JP2018535202A - ネオエピトープの反復発見と適応可能な免疫療法およびその方法 - Google Patents

ネオエピトープの反復発見と適応可能な免疫療法およびその方法 Download PDF

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Abstract

考えられる癌治療は、治療後、もしくは連続する一連の免疫療法および／または化学療法の間、さらなる免疫療法を知らせるために、患者の種々の生検部位由来の患者特異的、癌特異的および部位特異的ネオエピトープの再帰的解析を含む。再帰的解析は、治療関連ネオエピトープを同定するために、好ましくは種々のネオエピトープ属性を包含する。【選択図】図１

Description

本出願は、２０１５年１０月１２日に出願の米国仮出願第６２／２４０４８２号の優先権を主張し、該仮出願は参照によって本明細書に組み入れられる。
本発明の分野は、腫瘍性疾患の免疫療法治療および特に転移性癌の免疫療法治療である。
背景の説明には、本発明を理解することに役立ち得る情報が含まれる。本明細書に提供される情報のいずれも従来技術である、もしくは現在主張される発明に関連している、または具体的にもしくは暗示的に参照されている刊行物のいずれも従来技術であることを認めるものではない。
本明細書のすべての刊行物は、個々の刊行物または特許出願が参照によって組み入れられることが具体的かつ個別に示されているのと同程度に、参照によって組み入れられる。組み入れられた参考文献中の用語の定義または使用が本明細書に提示される用語の定義と矛盾するまたは反する場合、本明細書に提示されるその用語の定義が適用され、参考文献中のその用語の定義は適用されない。
癌治療、特に個別化癌治療は、多くの患者にとって実行可能な選択肢にますますなってきている。しかし、そのような治療の向上にもかかわらず、再発は依然として処置が成功しないことが多く、望ましい結果になり得ることが少ない。他にも理由はあるが、とりわけ腫瘍の不均一性（例えば、国際公開第２０１５／１６４５６０号を参照されたい）は、治療を成功に導く抗原の適切な選択の可能性を著しく低下させる。さらに、国際公開第 ２０１４／０５８９８７号に記述されるように、多くの腫瘍は経時的にクローンとして種々の転移を発現し、したがって、免疫治療による標的になり得ない。またさらに、他の非免疫療法薬による治療は、ほとんどの場合免疫療法薬治療を妨げることになる。
したがって、たとえ免疫療法のための種々の癌治療選択肢が当技術分野で知られていても、癌の免疫療法において治療成果を向上させるのに役立つ系および方法が依然として必要とされている。
種々の部位および好ましくは異なる時点からのネオエピトープ解析によって誘導される再帰的な癌治療が癌の再発を抑制する可能性または消滅させる可能性さえも著しく高いことを本発明者らは発見した。特に好ましい態様において、生検は患者の原発腫瘍、リンパ節および腫瘍転移から採取され、これらの試料のそれぞれをオミクス解析にかけ、免疫学的組成物（例えば、抗体、シンボディ、改変ＮＫ細胞、Ｔ細胞、組換えウイルスなど）による治療に適した患者特異的、腫瘍特異的、および部位特異的なネオエピトープ情報を取得する。次いで、患者は免疫療法および任意選択で（低用量）化学療法を受け、続いてさらに生検を同じ部位および／または新たな部位から採取し、これらのエピトープを内部に持つ、または表示する癌細胞の存在、もしくは増減をモニターし、ならびにこれらの部位内の新たなネオエピトープを同定する。次いで、免疫学的治療および／または化学療法を調整して、患者をさらに治療する。
本発明の主題の一態様において、本発明者らは腫瘍と診断された患者のための誘導免疫療法の方法を熟慮する。特に好ましい方法では、オミクスデータは、患者の第１および第２の部位での腫瘍細胞について受け取られ、次いでこのオミクスデータを用いて、第１および第２のそれぞれの部位の腫瘍細胞におけるネオエピトープを決定する。別のステップにおいて、グループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および／または経路属性のうちの少なくとも１つ（もしくは少なくとも２つ、もしくは少なくとも３つ、もしくは少なくとも４つ）を用いて、第１および第２の部位の腫瘍細胞内の治療関連ネオエピト−プが同定される。免疫治療組成物は治療関連ネオエピトープを用いて作製され、次いで免疫治療組成物が患者に投与される。
特定の態様において患者が治療未経験者であり得るが、患者は、作製された免疫治療組成物と異なる、または異ならないこともあり得る最初の免疫治療組成物での治療をこれまでに受けていたこともあり得る。最も一般的には、第１の部位が原発腫瘍であり、一方第２の部位は局所領域転移、遠隔転移、リンパ節または循環系（例えば、腫瘍細胞が血中循環腫瘍細胞である場合）であり得る。
さらに、それぞれのネオエピトープが適合する通常のオミクスデータに対するフィルタリングを行うことによって、および／または該患者のＨＬＡ型に対してフィルタリングを行うことによって決定されることが通常好まれる。グループ属性に関して、そのような属性が独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープおよび／またはクローン性状態であり得、部位属性が原発腫瘍部位、転移部位および／または循環系であり得、機能属性がドライバー変異もしくはパッセンジャー変異であり得ることが考えられる。代謝属性は薬物耐性または解糖増加であり得、および経路属性は増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、ホルモンシグナル経路における変異、および／またはシグナル経路使用におけるシフトであり得る。
さらに、好適な免疫治療組成物は、治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球を含むことが考えられる。新たなネオエピトープを標的にし続けるために、（ａ）第１および第２の部位における腫瘍細胞についてのオミクスデータを受け取るステップ、（ｂ）該オミクスデータを用いてそれぞれのネオエピトープを決定するステップ、（ｃ）治療関連ネオエピトープを同定するステップ、および（ｄ）該治療関連ネオエピトープを用いて免疫治療組成物を作製するステップを繰り返し、それによって最新の免疫治療組成物を生成し得ることがさらに考えられる。
したがって、異なる観点から見ると、本発明者らは、第１の部位および第２の部位の少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療前のネオエピトープ配列情報を受け取るステップと、第１の部位および第２の部位の少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療後のネオエピトープ配列情報を受け取るさらなるステップとを含む癌患者のための免疫療法を最適化する方法も可能とみなす。上述のように、治療前および治療後のネオエピトープのそれぞれの配列情報は、好ましくは、グループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および／または経路属性を有する。さらに別のステップにおいて、最新の治療関連ネオエピトープは、治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および／または経路属性に基づいて同定される。次いで、最新の免疫治療組成物は、最新の治療関連ネオエピトープを用いて作製され、および最新の免疫治療組成物が患者に投与される。
最も一般的には、第１の部位は原発腫瘍であり、第２の部位は局所領域転移、遠隔転移、リンパ節または循環系である。例えば、治療前および治療後のネオエピトープ配列情報は、第１の部位および第２の部位における腫瘍細胞由来であり、最新の治療関連ネオエピトープは、治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のグループ属性、部位属性および機能属性のうちの少なくとも２つに基づき得る。上述のように、グループ属性は独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープまたはクローン性状態であり得、部位属性は原発腫瘍部位、転移部位または循環系であり得、機能属性はドライバー変異、パッセンジャー変異、増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、またはホルモンシグナル経路における変異であり得ることが通常好ましい。同様に、免疫治療組成物は、治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、または治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団であり得ることが通常好ましい。
したがって、本発明者らも、腫瘍と診断された患者の治療を向上させる方法が可能とみなす。好ましい方法は、患者の腫瘍細胞についての複数の第１のオミクスデータを受け取るステップを含み、第１のオミクスデータが腫瘍細胞の少なくとも２つの異なる部位から取得される。さらなるステップにおいて、患者特異的、癌特異的および部位特異的ネオエピトープは第１のオミクスデータから決定され、それぞれはグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および／または経路属性のうちの少なくとも１つを有し、および続いてネオエピトープを用いて患者特異的免疫治療組成物を生成する。さらなるステップにおいて、複数の第２のオミクスデータは患者の腫瘍細胞から受け取られ、第２のオミクスデータが腫瘍細胞の少なくとも２つの異なる部位から取得され、および第２のオミクスデータが患者特異的免疫治療組成物による患者の治療後に取得される。もう一度、最新の患者特異的、癌特異的、および部位特異的ネオエピトープは第２のオミクスデータから決定され、それぞれはグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および／または経路属性のうちの少なくとも１つを有し、および最新のネオエピトープを用いて患者特異的免疫治療組成物を生成する。
第１および第２の部位、属性および患者特異的免疫治療組成物に関して、上記の同じ考慮点を適用する。加えて、患者特異的免疫治療組成物および最新の患者特異的免疫治療組成物は、治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される異なる実体であることが通常考えられる。
本発明の主題の種々の目的、特徴、態様および利点は、同じ番号が同じ構成成分を表わす添付図面とともに、以下の好ましい実施形態の詳細な説明から明らかとなるであろう。
異なる部位および時点にわたる腫瘍の不均一性の例示的な図である。
種々の癌の治療が免疫療法および／または化学療法の後、患者特異的、腫瘍特異的および部位特異的ネオエピトープの再帰的同定を用いて、著しく向上することができ、および続いて同定された前述のネオエピトープを新たな治療標的として用いて、免疫療法を改善または調節し得ることを本発明者らは発見した。最も注目すべきことに、そのような手法も、さもなければ従来の療法を用いて治療され得ない腫瘍および／または転移の特異的な亜集団を標的にすることを可能にする。さらに、考えられる系および方法は、腫瘍が高率の遺伝子変化の影響下にある場合でさえ、治療標的を最新のものにすることを可能にする。
これに関連して、好ましいネオエピトープは癌に共通するエピトープ（例えばＣＥＡ）または癌の特定の型に特異的なエピトープ（例えばＰＳＡ）ではないが、特定の腫瘍だけにまたは腫瘍内の部位も限定されている抗原であることを理解すべきである。さらに、以下に詳述するように、好ましいネオエピトープは、特定の患者（したがってＳＮＰおよび他の既知の変異体を排除する）およびその患者のＨＬＡ型にも特異的であることを理解すべきである。最後に、また以下に詳述するように、本明細書に用いるのに好適なネオエピトープは、それらの解剖学的部位に関して特異的である。異なる観点から見ると、考えられるネオエピトープは、特定の患者およびその患者のＨＬＡ型、腫瘍および部位に特有である。加えて、ネオエピトープはさらに特定の治療段階（例えば、治療の前に、第１ラウンドの治療の後になど）に特異的であり得る。
対照的に、ネオエピトープが標準の「健常な」参照配列を用いて、腫瘍試料から決定される場合、多数のそのようなネオエピトープは特異なＳＮＰのために偽陽性の可能性がある。さらに、患者のＨＬＡ型が考慮されない場合、たとえネオエピトープが患者特異的なネオエピトープであるとしても、かなりの数のネオエピトープは免疫系に「見えない」。このように、現在知られている大部分のネオエピトープ系および方法は、治療効果をもたらすことができないかなりの量の偽陽性結果を示すことになる。さらに、ネオエピトープ解析が単一の試料だけに基づいている場合、解剖学的部位および時期にわたる腫瘍の遺伝的不均一性は、ほとんどの免疫治療法を効果のない、または効果の低いものにする。図１は免疫療法への抗原投与を例示的に示す。ここでは、三種陰性乳癌と診断された患者は、図のように異なる時期および部位で複数の生検を受けた。加えて、患者はシスプラチンによる治療も７日目から開始し、およびベリパリブによる治療を１２５日目に開始した。各生検および時点の円プロットから分かるように、腫瘍および転移は遺伝的に多様で動的であった。この不均一性を考慮すると、種々の部位および時期にわたる他のネオエピトープをさらに解析することなく、単一のネオエピトープを用いる免疫療法は、所望の治療成果をもたらす可能性が低い。この課題を克服するために、ここで本発明者らは、腫瘍と診断された患者のために、（ａ）患者の第１の部位における腫瘍細胞についてのオミクスデータを受け取るステップ、および患者の第２の部位における腫瘍細胞についてのオミクスデータを受け取るステップ、（ｂ）このオミクスデータを用いて第１の部位および第２の部位の腫瘍細胞におけるそれぞれのネオエピトープを決定するステップ、（ｃ）グループ属性、部位属性および機能属性の少なくとも１つを用いて、第１の部位および第２の部位の腫瘍細胞における治療関連ネオエピトープを同定するステップ、および（ｄ）その治療関連ネオエピトープを用いて免疫治療組成物を作製し、次いでその免疫治療組成物を患者に投与するステップを含む、誘導免疫療法の方法を可能とみなす。
したがって、別の観点から見て、本発明者らは、癌を有する患者のために、（ａ）第１の部位および第２の部位の少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療前のネオエピトープ配列情報を受け取るステップ、（ｂ）第１の部位および第２の部位の少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療後のネオエピトープ配列情報を受け取るステップ、（ｃ）ここでは、治療前および治療後のネオエピトープ配列情報の各々がグループ属性、部位属性および機能属性を有する、（ｄ）治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のグループ属性、部位属性および機能属性の少なくとも１つに基づいて最新の治療関連ネオエピトープを同定するステップ、および（ｅ）最新の治療関連ネオエピトープを用いて最新の免疫治療組成物を作製し、次いでその最新の免疫治療組成物を患者に投与するステップを含む、免疫療法を最適化する方法も可能とみなす。
したがって、さらに別の観点から見て、本発明者らは、腫瘍と診断された患者のために、（ａ）患者の腫瘍細胞についての複数の第１のオミクスデータを受け取ることであって、第１のオミクスデータが腫瘍細胞の少なくとも２つの異なる部位から取得される、オミクスデータを受け取るステップ、（ｂ）第１のオミクスデータから患者特異的、癌特異的、および部位特異的ネオエピトープを決定し、それぞれがグループ属性、部位属性、および機能属性の少なくとも１つを有するステップ、（ｃ）これらのネオエピトープを用いて、患者特異的免疫治療組成物を生成するステップ、（ｄ）患者の腫瘍細胞についての複数の第２のオミクスデータを受け取ることであって、第２のオミクスデータが腫瘍細胞の少なくとも２つの異なる部位から取得され、および第２のオミクスデータが、患者特異的免疫治療組成物による患者の治療後に取得される、オミクスデータを受け取るステップ、（ｅ）第２のオミクスデータから最新の患者特異的、癌特異的、および部位特異的ネオエピトープを決定し、それぞれがグループ属性、部位属性、および機能属性の少なくとも１つを有するステップ、および（ｆ）最新のネオエピトープを用いて、最新の患者特異的免疫治療組成物を生成するステップを含む、治療を向上させる方法も可能とみなす。
ネオエピトープに関して、ネオエピトープが独特で腫瘍特異的抗原を生成する腫瘍細胞において発現されたランダム変異としてみなすことができることを理解すべきである。したがって、異なる観点から見ると、ネオエピトープは、種類（例えば、欠失、挿入、トランスバージョン、転移、転位）と、変異（例えば、ナンセンス、ミスセンス、フレームシフトなど）の影響とを考慮することによって同定されることができ、このようにサイレント変異および他の非関連の変異（例えば非発現変異）を排除する第１のコンテンツフィルタとして役立ち得る。ネオエピトープ配列が比較的短い長さ（例えば７〜１１ｍｅｒ）の配列ストレッチと定義されることができ、そのようなストレッチはアミノ酸配列中に変化（複数可）を含むことをさらに理解すべきである。最も一般的に、変化したアミノ酸は、中央のアミノ酸位置で、またはその近くにある。例えば、代表的なネオエピトープはＡ４−Ｎ−Ａ４もしくはＡ３−Ｎ−Ａ５もしくはＡ２−Ｎ−Ａ７もしくはＡ５−Ｎ−Ａ３もしくはＡ７−Ｎ−Ａ２の構造を有することがあり得、ここでＡはタンパク質を構成するアミノ酸であり、Ｎは変化したアミノ酸（野生型と比較して、または適合する正常型と比較して）である。例えば、本明細書で意図されるネオエピトープ配列としては、比較的短い長さ（例えば５〜３０ｍｅｒ、より一般的には７〜１１ｍｅｒ、または１２〜２５ｍｅｒ）の配列ストレッチが挙げられ、そのようなストレッチはアミノ酸配列中に変化（複数可）を含む。
このように、単一アミノ酸変化は、変化したアミノ酸の位置に応じて、変化したアミノ酸を含む多数のネオエピトープ配列内に存在し得ることを理解すべきである。有利には、そのような配列多様性により、ネオエピトープの複数の選択が可能になり、その結果、潜在的に有用な標的の数が増え、次いで１つまたは複数の望ましい形質（例えば患者ＨＬＡ型への最も高い親和性、最も高い構造安定性など）に基づいて選択されることができる。最も一般的に、そのようなネオエピトープは、２〜５０の間のアミノ酸、より一般的には５〜３０の間のアミノ酸、最も一般的には９〜１５の間のアミノ酸の長さを有すると算出され、変化したアミノ酸が中央に位置するか、そうでなければＭＨＣとのその結合を可能にする、または向上させる様式で位置していることが好ましい。例えば、エピトープがＭＨＣ−Ｉ複合体によって提示される場合、代表的なネオエピトープ長は約８〜１１のアミノ酸であるが、ＭＨＣ−ＩＩ複合体を介する提示のための代表的なネオエピトープ長は約１３〜１７のアミノ酸長である。容易に認識されるように、ネオエピトープ中の変化したアミノ酸の位置は中央以外の位置であり得るので、実際のペプチド配列およびネオエピトープのその実際のトポロジーを有するペプチド配列は大幅に異なり得る。
もちろん、ネオエピトープの同定または発見は種々の生物由来物質、例えば、以下にさらに詳述するように、新鮮な生検、凍結そうでなければ保存組織もしくは細胞の試料、血中循環腫瘍細胞、エクソソーム、種々の体液（特に血液）などとともに開始し得ることを理解すべきである。このように、オミクス解析の好適な方法としては、核酸配列決定、および特に、ＤＮＡ（例えば、イルミナシーケンシング、イオントレントシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、ナノポアシーケンシングなど）、ＲＮＡ配列決定（例えば、ＲＮＡシーケンシング、逆転写ベースのシーケンシングなど）、およびタンパク質配列決定または質量分析ベースの配列決定（例えば、ＳＲＭ、ＭＲＭ、ＣＲＭなど）で操作するＮＧＳ方法が挙げられる。
そのため、特に、核酸ベースの配列決定の場合、腫瘍組織のハイスループットゲノム配列決定によりネオエピトープの迅速な同定が可能になることを特に認識すべきである。しかし、そのようにして取得した配列情報を標準参照に対して比較する場合、通常生じる患者間変異（例えば、ＳＮＰ、短いインデル、異なるリピート数などに起因する）、ならびにヘテロ接合性により、比較的多数の潜在的偽陽性のネオエピトープが生じることを理解する必要がある。注目すべきことに、患者の腫瘍試料が同じ患者の適合する正常（すなわち非腫瘍）試料に対して比較する場合、そのような誤りは排除されことができる。
本発明の主題の特に好ましい一態様において、ＤＮＡ解析は、腫瘍試料と適合する正常試料の両方の全ゲノムシーケンシングおよび／またはエキソームシーケンシング（一般的には、少なくとも１０×、より一般的には少なくとも２０×のカバー深度で）によって行われる。あるいは、ＤＮＡデータは、以前の配列決定からすでに確立された配列記録（例えば、ＳＡＭ、ＢＡＭ、ＦＡＳＴＡ、ＦＡＳＴＱまたはＶＣＦファイル）からも提供され得る。したがって、データセットは、未処理データセットまたは処理データセットを含むことができ、例示的なデータセットとしては、ＢＡＭＢＡＭフォーマット、ＳＡＭＢＡＭフォーマット、ＦＡＳＴＱフォーマットまたはＦＡＳＴＡフォーマットが挙げられる。しかし、データセットはＢＡＭＢＡＭフォーマットで、または、ＢＡＭＢＡＭ ｄｉｆｆオブジェクトとして提供されることが特に好ましい（例えば、米国特許出願公開第２０１２／００５９６７０Ａ１号および同第２０１２／００６６００１Ａ１号を参照されたい）。さらに、患者および腫瘍特異的情報を取得するためにデータセットは同じ患者の腫瘍試料および適合する正常試料を反映することに留意されたい。したがって、腫瘍を引き起こさない生殖系列の遺伝的変化（例えば、サイレント変異、ＳＮＰなど）は排除されることができる。もちろん、以下にさらに詳述するが、腫瘍試料は初発腫瘍由来、治療開始時の腫瘍由来、再発または転移部位由来であり得ることを認識すべきである。ほとんどの場合、患者の適合する正常試料は血液、または腫瘍と同じ組織型からの非病変組織であり得る。
もちろん、配列データのコンピュータ解析は多数の様式で行われ得ることに留意されたい。しかし、最も好ましい方法において、解析は、例えば、ＢＡＭファイルおよびＢＡＭサーバを使用する米国特許出願公開第２０１２／００５９６７０Ａ１号および同第２０１２／００６６００１Ａ１号に開示されるように、腫瘍試料と正常試料の部位誘導同時アライメントによってｉｎ ｓｉｌｉｃｏで行われる。そのような解析は、有利には偽陽性ネオエピトープを減少させ、メモリと計算資源に対する要求を大幅に減らす。
さらに、適合する正常配列データが異なる時点および／または異なる部位からの腫瘍配列データに置き換えられる様式で解析が行われ得ることも理解すべきである。このように、腫瘍の解析は、腫瘍配列情報を適合する正常配列情報と比較した様式で行われるだけでなく、腫瘍の１つの部位で経時的に（例えば、第１ラウンドの治療の前後の原発腫瘍）、または原発腫瘍対他の部位（例えば、原発腫瘍対遠隔転移）で差分変異の検出を可能にする様式でも行われ得る。したがって、遺伝的浮動およびそれによるネオエピトープドリフトを同定することができ、治療を容易に適応させることができる。そのうえ、治療の以前のラウンドの効果をネオエピトープの存在の有無と相関させることができ、これを治療有効性のための分子のプロキシマーカーとして用いることができる。例えば、第１のネオエピトープを用いる免疫療法は、そのネオエピトープを発現する腫瘍細胞集団またはクローンの根絶になり得、一方新たなネオエピトープによる治療耐性のクレームは容易に同定され、追跡調査することができる。異なる観点から見ると、同じ患者の生検データからの差分ネオエピトープ解析は、新しい免疫療法の世代にとって有用でないばかりでなく、治療前の追跡および評価にとっても有用でないことがあり得る。
コンピュータを対象とするいずれの言語も、サーバ、インターフェース、システム、データベース、エージェント、ピア、エンジン、コントローラを含むコンピューティングデバイスの任意の適切な組み合わせ、または個別にもしくは集合的に動作する他の種類のコンピューティングデバイスを包含すると解読される必要あることに留意されたい。コンピューティングデバイスが有形の非一時的コンピュータ可読記憶媒体（例えば、ハードドライブ、ソリッドステートドライブ、ＲＡＭ、フラッシュ、ＲＯＭなど）上に格納されたソフトウェア命令を実行するように構成されたプロセッサを含むことを理解すべきである。開示された装置に関して後述するように、ソフトウェア命令はコンピューティングデバイスを役割、責任または他の機能性を提供するように好ましくは構成する。さらに、開示された技術は、コンピュータベースのアルゴリズム、プロセス、方法または他の命令の実行に関連した開示されているステップをプロセッサに実行させるソフトウェア命令を格納している非一時的コンピュータ可読記憶媒体を含むコンピュータプログラム製品として、具体化されることができる。特に好適な実施形態において、種々のサーバ、システム、データベースまたはインターフェースは、おそらくＨＴＴＰ、ＨＴＴＰＳ、ＡＥＳ、公開鍵／秘密鍵交換、ウェブサービスＡＰＩ、既知の金融取引プロトコルまたは他の電子情報交換方法に基づいて、標準プロトコルまたはアルゴリズムを使用してデータを交換する。デバイス中でのデータ交換は、パケット交換ネットワーク、インターネット、ＬＡＮ、ＷＡＮ、ＶＰＮまたは他の種類のパケット交換ネットワーク；回線交換ネットワーク；セル交換セットワーク；または他の種類のネットワーク上で行われ得る。
異なる観点から見ると、患者特異的、癌特異的および部位特異的配列のｉｎ ｓｉｌｉｃｏ収集は、５と２５のアミノ酸の間の所定の長さを有し、変化したアミノ酸を少なくとも１つ含むことを確立することができる。そのような収集は、一般的に、各変化したアミノ酸について、変化したアミノ酸の位置が同じでない少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５または少なくとも６のメンバーを含める。次いで、以下にさらに詳述するように、そのような収集は、さらなるフィルタリング（例えば、細胞内部位、転写および／または発現レベル、ＭＨＣ−Ｉおよび／またはＩＩ親和性などによる）のために用いることができる。
癌の型および病期に応じて、一部分のネオエピトープだけが免疫応答を起こすことが観察された。治療効果のある反応の可能性を増加させるために、ネオエピトープはさらにフィルタリングされ得る。もちろん、下流解析は本明細書に提示される方法のためにサイレント変異を考慮に入れる必要がないことを理解すべきである。しかし、好ましい変異解析は、変異型（例えば、欠失、挿入、トランスバージョン、転移、転位）に加えて、変異（例えば、ナンセンス、ミスセンス、フレームシフトなど）の影響の情報を提供し、およびこのようにサイレント変異を排除する第１のコンテンツフィルタとして役立ち得る。例えば、ネオエピトープは、変異がフレームシフト、ナンセンスおよび／またはミスセンス変異である場合、さらなる考慮のために選択され得る。そのようなフィルタリングは、シーケンシングデータまたはｉｎ ｓｉｌｉｃｏ翻訳配列を用いて行われ得る。
さらなるフィルタリング手法において、ネオエピトープは細胞内部位パラメータについての詳細解析にかけることもできる。例えば、ネオエピトープ配列は、ネオエピトープが膜結合部位（例えば、細胞の細胞膜の外側に位置している）を有すると同定される場合、および／またはｉｎ ｓｉｌｉｃｏ構造計算により、ネオエピトープが溶媒に曝露される可能性がある、または構造的に安定したエピトープを示す（例えば、Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０１４）などの場合、さらなる考慮のために選択され得る。
ネオエピトープのフィルタリングに関して、オミクス（または他の）解析によりネオエピトープが実際に発現されている場合、ネオエピトープ本明細書に用いるのに特に好適であることが一般に考えられる。ネオエピトープの発現および発現レベルの同定は、当技術分野で既知のすべての様式で行われることができ、好ましい方法としては、定量的ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡまたはｍＲＮＡ）解析および／または定量的プロテオミクス解析が挙げられる。最も一般的には、ネオエピトープを含む閾値レベルは、発現レベルの少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または対応する適合する正常配列の発現レベルの少なくとも５０％であり、このように（ネオ）エピトープが免疫系に対して少なくとも潜在的に「見える」ことを確実にする。したがって、変異を有する遺伝子の発現レベルを同定するのに役立つように、オミクス解析も遺伝子発現の解析（トランスクリプトーム解析）を含むことが一般に好ましい。
当技術分野で既知のトランスクリプトーム解析の方法は多数あり、既知のすべての方法は本明細書に用いるのに好適と思われる。例えば、好ましい材料としては、ｍＲＮＡおよび一次転写産物（ｈｎＲＮＡ）が挙げられ、およびＲＮＡ配列情報は、逆転写ポリＡ＋−ＲＮＡから取得することができ、そして次に同じ患者の腫瘍試料および適合する正常（健常）試料から取得される。同様に、ポリＡ＋−ＲＮＡは一般的にトランスクリプトームの表現として好ましいが、ＲＮＡの他の型（ｈｎＲＮＡ、非ポリアデニール化ＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなど）も本明細書に用いるのに好適と思われることに留意されたい。好ましい方法としては、定量的ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡまたはｍＲＮＡ）解析および／または定量的プロテオミクス解析、特にＲＮＡｓｅｑを含む、が挙げられる。他の態様において、ＲＮＡ定量化および配列決定はＲＮＡｓｅｑ、ｑＰＣＲおよび／またはｒｔＰＣＲベースの方法を使用して行われるが、しかし種々の代替方法（例えば、固相ハイブリダイゼーションベースの方法）も好適であると思われる。別の観点から見ると、癌特異的変異および患者特異的変異を有する遺伝子を同定し、定量化するために、トランスクリプトーム解析は、（単独で、またはゲノム解析と組み合わせて）好適であり得る。
同様に、プロテオミクス解析は、ネオエピトープのＲＮＡの実際の翻訳を確認するために多数の様式で行われることができ、プロテオミクス解析のすべての既知の様式は本明細書で意図される。しかし、具体的には好ましいプロテオミクス方法としては、抗体ベースの方法および質量分光法が挙げられる。さらに、プロテオミクス解析は、タンパク質それ自体についての定性的情報または定量的情報を提供し得るだけでなく、タンパク質が触媒活性または他の機能活性を有する場合、タンパク質活性データも含み得ることに留意されたい。プロテオミクスアッセイを行うための例示的な一手法は、米国特許第７４７３５３２号に記述されており、参照によって本明細書に組み入れられる。さらにタンパク質発現の同定および定量化での好適な方法としては、種々の質量分光分析（例えば、選択反応モニタリング（ＳＲＭ）、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）および連続反応モニタリング（ＣＲＭ））が挙げられる。
フィルタリングのさらに別の態様において、ヒトの同一配列の使用を防止するために、ネオエピトープは、既知のヒト配列（例えば、患者の配列または患者の収集）を含むデータベースに対して比較され得る。さらに、ＳＮＰが腫瘍および適合する正常配列の両方に存在する場合、フィルタリングは、患者におけるＳＮＰによるネオエピトープ配列の除去も含み得る。例えば、ｄｂＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ Ｄａｔａｂａｓｅ）は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＨＧＲＩ）と協力してＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）によって開発され、主催されている、種内および異なる種間の遺伝的変異についての無料公開アーカイブである。このデータベースの名前は多型の１クラスだけの収集（一塩基多型（ＳＮＰ））を意味するが、実際には比較的広範囲の分子変異、を収容している。（１） ＳＮＰ、（２）短い欠失と挿入多型（インデル／ＤＩＰ）、（３）マイクロサテライトマーカーまたは短いタンデム反復（ＳＴＲ）、（４）マルチヌクレオチド多型性（ＭＮＰ）、（５）ヘテロ接合配列、および（６）命名されている変種を収容している。ｄｂＳＮＰは、明らかに中立多型、既知の表現型に対応している多型、および変異のない領域を受け入れる。
そのようなデータベースおよび上述の他のフィルタリング選択肢を用いて、患者特異的および腫瘍特異的ネオエピトープのフィルタリングを行い、その既知の配列を除去することができ、実質的に偽陽性を減少させた複数のネオエピトープを含む配列セットを得る。
それにもかかわらず、フィルタリングにもかかわらず、ネオエピトープも患者のＭＨＣ複合体上に提示される必要があるので、すべてのネオエピトープが免疫系に見えるわけではないことを認識すべきである。実際、一部分のネオエピトープだけは提示のために十分な親和性を有し、ＭＨＣ複合体のかなりの多様性は、全てではないがほとんどの一般のネオエピトープの使用を妨げる。したがって、免疫療法と関連して、ネオエピトープがＭＨＣ複合体に結合し、該複合体によって提示される場合、ネオエピトープがおそらく効果的であることは、容易に明らかになろう。異なる観点から見ると、効果的な結合および提示がネオエピトープ配列と、患者の特定のＨＬＡ型との結合機能であることを理解すべきである。最も一般的には、好適なＨＬＡ型決定は少なくとも３つのＭＨＣ−Ｉのサブタイプ（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ）および少なくとも１つもしくは２つもしくは３つのＭＨＣ−ＩＩのサブタイプ（例えば、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲ）を含む。好ましくは、各サブタイプは、少なくとも４桁の深度まで決定されることになる。しかし、より大きな深度（例えば、６桁、８桁）も、本明細書で意図される。
ＨＬＡ決定は、当技術分野で周知の湿式化学における種々の方法を用いて行われることができ、これらの方法のすべては本明細書に用いるのに好適と思われる。一旦患者のＨＬＡ型が確認される（既知の化学またはｉｎ ｓｉｌｉｃｏ決定を用いて）ならば、ＨＬＡ型の構造解はデータベースから算出または取得されることができ、次いでｉｎ ｓｉｌｉｃｏでドッキングモデルを用いて、（一般的にはフィルタリングを行った）ネオエピトープのＨＬＡ構造解への結合親和性を決定する。さらに後述するように、結合親和性を決定する好適な系としては、ＮｅｔＭＨＣプラットフォーム（例えば、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２００８ Ｊｕｌ １；３６（Ｗｅｂ Ｓｅｒｖｅｒ ｉｓｓｕｅ）：Ｗ５０９−Ｗ５１２を参照されたい）が挙げられる。次いで、これまで決定されたＨＬＡ型の高親和性（例えば、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満）を有するネオエピトープは、患者のＭＨＣ−Ｉ／ＩＩサブタイプの認識とともに、治療法作成のために選択される。
特に好ましい方法において、ＨＬＡ型は、既知および／または一般的なＨＬＡ型のほとんどもしくはすべてを含む参照配列を使用して、患者のオミクスデータからｉｎ ｓｉｌｉｃｏで予測されることができる。例えば、例示的な一方法において、染色体６ｐ２１．３（またはＨＬＡ対立遺伝子が見つかる他のいかなる部位で／近くでも）へ位置づける比較的多数の患者配列リードはデータベースまたはシーケンシング装置によって提供される。
最も一般的には、配列リードは約１００〜３００塩基の長さであり、例えばリード品質、アライメント情報、方向づけ、部位などのメタデータを含む。例えば、適切なフォーマットとしては、ＳＡＭ、ＢＡＭ、ＦＡＳＴＡ、ＧＡＲなどが挙げられる。本発明の主題を限定することなく、患者配列リードは少なくとも５×、より一般的には少なくとも１０×、さらに一般的には少なくとも２０×、最も一般的には少なくとも３０×のカバー深度をもたらすことが一般に好ましい。
患者配列リードに加えて、考えられる方法は、複数の既知の配列および異なるＨＬＡ対立遺伝子を含む１または複数の参照配列をさらに用いることである。例えば、代表的な参照配列は、そのＨＬＡ型の複数のＨＬＡ対立遺伝子とともに、少なくとも１つのＨＬＡ型の配列セグメントを含む合成（ヒトまたは他の哺乳動物のカウンターパートに対応することなく）配列であり得る。例えば、好適な参照配列は、ＨＬＡ−Ａの少なくとも５０の異なる対立遺伝子の既知のゲノム配列の収集を含む。あるいは、または追加として、参照配列はＨＬＡ−Ａの少なくとも５０の異なる対立遺伝子についての既知のＲＮＡ配列の収集も含み得る。もちろん、参照配列はＨＬＡ−Ａの５０の対立遺伝子に限定されるものではないが、ＨＬＡ型および対立遺伝子の数／組成に関して代替組成を有し得る。最も一般的には、参照配列はコンピュータ可読フォーマットであり、データベースまたは他のデータ記憶デバイスから提供される。例えば、好適な参照配列フォーマットとしては、ＦＡＳＴＡ、ＦＡＳＴＱ、ＥＭＢＬ、ＧＣＧまたはＧｅｎＢａｎｋフォーマットが挙げられ、公開データレポジトリ（例えば、ＭＧＴ、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ情報システム、またはＴｈｅ Ａｌｌｅｌｅ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ Ｎｅｔ Ｄａｔａｂａｓｅ，ＥＵＲＯＳＴＡＭ，ＵＲＬ：ｗｗｗ．ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔ）のデータから直接取得または構築されることができる。あるいは、参照配列は、対立遺伝子頻度、民族対立遺伝子の分布、一般的あるいはまれな対立遺伝子型などの１または複数の所定の基準に基づいて個々の既知のＨＬＡ対立遺伝子から構築されることもできる。
最良適合で対立遺伝子を同定するために、参照配列を使用して、患者配列リードは、今ではｄｅ Ｂｒｕｉｊｎグラフを通り抜けることができる。これに関連して、各個人が各ＨＬＡ型について２つの対立遺伝子を保有し、これらの対立遺伝子は極めて類似している、または場合によっては同一であり得ることに留意されたい。類似性のそのような高い程度は、従来のアライメントスキームについての重大な問題を提起する。本発明者は今では、ＨＬＡ対立遺伝子および極めて密接に関連している対立遺伝子さえ、ｄｅ Ｂｒｕｉｊｎグラフが配列リードを比較的小さいｋ−ｍｅｒ（一般的に１０〜２０塩基の間の長さである）に分解することによって、および各患者配列リードが、対立遺伝子の配列に適合するその配列リードのｋ−ｍｅｒに基づいて対立遺伝子のそれぞれの投票（「定量的リードサポート」）を提供する重み付き投票プロセスを実行することによって構築される手法を用いて解決されることができることを発見した。次いで、対立遺伝子のための累積的に最も高い投票は、予測されるＨＬＡ対立遺伝子が最も可能性が高いことを示す。加えて、対立遺伝子の相手である各フラグメントを用いて、その対立遺伝子のための全体的なカバー度およびカバー深度を算出することも一般的に好まれる。
特に、トップヒットの多数が類似している場合（例えば、それらのスコアのかなりの部分が高度に共有されたｋ−ｍｅｒのセットに由来する場合）、必要に応じてスコアリングはさらに向上させる、または改良されることもできる。例えば、スコア改良は、現在のトップヒットに実質的に類似する（例えば＞９９％、または他の所定値）対立遺伝子が今後の検討から削除される重み付けスキームを含んでもよい。次いで、現在のトップヒットが用いるｋ−ｍｅｒの計数は係数（例えば０．５）によって再重み付けされ、各ＨＬＡ対立遺伝子のスコアはこれらの重み付けされた計数を合計することによって再算出される。この選択プロセスを繰り返して、新しいトップヒットを見いだす。本方法の精度は、腫瘍によって発現される対立遺伝子の同定を可能にするＲＮＡ配列データを用いてさらに向上させることがでる。それは、時にはＤＮＡに存在する２つの対立遺伝子のうちのただ１つであり得る。考えられる系および方法のさらに有利な態様において、高精度のＨＬＡ予測を行うために、ＤＮＡもしくはＲＮＡ、またはＤＮＡとＲＮＡの両方の組み合わせは、プロセシングされることができ、および腫瘍もしくは血液ＤＮＡもしくはＲＮＡ由来であり得る。さらなる態様、好適な方法、および高精度ｉｎ ｓｉｌｉｃｏのＨＬＡタイピングに関する考察は国際ＰＣＴ／ＵＳ１６／４８７６８号に記述されており、参照によって本明細書に組み入れられる。
一旦患者／腫瘍特異的ネオエピトープおよびＨＬＡ型が同定されるならば、コンピュータ分析は、例えばＮｅｔＭＨＣを使用して、ネオエピトープをＨＬＡにドッキングさせ、最良のバインダー（例えば、最低ＫＤが例えば５００ｎＭ未満、もしくは２５０ｎＭ未満、もしくは１５０ｎＭ未満、もしくは５０ｎＭ未満）を決定することによって行われることができる。そのような手法が患者および各部位の腫瘍に真性である特異的ネオエピトープだけでなく、細胞上で提示される可能性が最も高く、そのようなものとして治療効果で免疫応答を誘導する可能性が最も高いネオエピトープも同定することを理解すべきである。もちろん、このように同定されたＨＬＡ適合ネオエピトープが治療用組成物での使用の前にｉｎ ｖｉｔｒｏで生化学的に確証されることができる（例えば、ＭＨＣ複合体とネオエピトープおよび／または提示の間に高親和性結合を確立する）ことも理解すべきである。
もちろん、患者のＨＬＡ型を患者特異的および癌特異的ネオエピトープと適合させることがＮｅｔＭＨＣ以外のシステムを用いて行われ得ることを理解すべきであり、好適なシステムとしては、ＮｅｔＭＨＣ ＩＩ、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ、ＩＥＤＢ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ（ＵＲＬ ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ）、ＲａｎｋＰｅｐ、ＰＲＥＤＥＰ、ＳＶＭＨＣ、Ｅｐｉｐｒｅｄｉｃｔ、ＨＬＡＢｉｎｄｉｎｇおよびその他が挙げられる （例えば、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１１；３７４：１−４を参照されたい）。最も高い親和性を算出する際に、変化したアミノ酸の位置が移動される（上記を参照）ネオエピトープ配列の収集を用いることができる点に留意されたい。あるいは、またはさらに発現されたネオエピトープと患者ＨＬＡ型との結合をさらに高めるために、ネオエピトープへの修飾は、Ｎ末端および／またはＣ末端修飾を加えることによって行われ得る。このように、特定のＨＬＡ型によく適合するように同定された、またはさらに修飾されたネオエピトープは、未変性であり得る。さらに、所望の場合、対応する野生型配列（すなわち、アミノ酸変化のないネオエピトープ配列）の結合は高度な差分親和性を確実にするように算出されることができる。例えば、ネオエピトープと、その対応する野生型配列の間のＭＨＣ結合における特に好ましい高差分親和性は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１０００倍などである。
本発明の主題の特に考えられる態様において、腫瘍細胞における治療関連ネオエピトープを同定するために、いくつかの生検は癌と診断された患者において少なくとも２部位以上、より一般的には少なくとも３部位から採取される。最も一般的には、そのような生検は、一般的には比較的狭い時間枠内（例えば同日）に、原発腫瘍から、腫瘍の近位リンパ節から、１または複数の局所領域転移、および１または複数の遠隔転移からの生検が含まれることになる。もちろん、当然のことながら、生検のすべての様式が好適であると考えられ、新鮮な（液体および固体）生検、急速冷凍生検、ＦＦＰＥ試料などを含む。次いで、これらの異なる生検をオミクス解析にかけて、各部位についてのそれぞれのオミクスデータを取得し、次いでそれを使用して、治療関連ネオエピトープを用いる患者特異的、疾患特異的および部位特異的免疫療法または化学療法を設計する。
複数の生検および関連する複数のネオエピトープが有利には癌組織のすべての出現にわたる変異変化のさらに代表的な画像を提供するだけでなく、治療サーベイランスおよび経時的順応も可能にすることに留意されたい。さらに、後述するように帰属の特定の様式によって、治療は１または複数の特定の態様またはサブクローン（例えば、転移細胞だけを標的にする、もしくは化学療法耐性細胞だけを標的にする、もしくは創始者変異だけを標的する）に向けて目的に合わせることができる。複数の生検が存在し、および治療の潜在的標的が増えると、上述のように同定されたネオエピトープをさらなる属性に対象とし、特定の目的を達成するように、並べ替え可能な数をネオエピトープの臨床的関連セットまで減少させる。
最も好ましくは、帰属はグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性、経路属性の少なくとも１つ（もしくは少なくとも２つもしくは少なくとも３つもしくは少なくとも４つ）を含む。例えば、属性がグループ属性である場合、グループ属性は同じ患者の他のネオエピトープと比べてネオエピトープに関する情報を提供する。したがって、好適なグループ属性には、独特のネオエピトープとして、もしくは共有ネオエピトープ（例えば、原発腫瘍と、流入領域リンパ節内の腫瘍細胞との間で共有、またはすべての生検中のすべての腫瘍細胞間で共有）としてネオエピトープの同定、倍数性状態（例えば、異数体、倍数体など）、クローン性状態（例えば、サブクローン群内の特定のサブクローンに属している）の同定、診断検査による検出時期（例えば、最初の診断時に存在、後に発症した腫瘍または転移）および／またはネオエピトープが見つかる病変組織の型（例えば、原発腫瘍、転移など）などが含まれる。クローン性解析に関して、この解析が既存のオミクスデータに基づいて行われることが好ましい。特に、好適なクローン性解析は、国際公開第２０１４／０５８９８７号に教示される方法を用いて行われる。もちろん、当然のことながら、各特定のグループ属性は、複数の記述子を含み得る。
好適な部位属性は、一般に、ネオエピトープの肉眼的かつ微細な解剖学的部位に関する記述的情報を提供する。例えば、部位属性には、腫瘍部位（例えば、臓器および／または罹患した細胞構造（複数可）による）、転移の部位（例えば、リンパ節、局所領域、遠隔）およびネオエピトープが循環系細胞または骨髄細胞（例えば、血中循環腫瘍細胞）で見つかっているか、いないかの情報が含まれる。機能属性に関しては、機能属性はネオエピトープが有する、または有すると推測される機能的影響に関する情報を提供することが考えられる。例えば、機能属性には、ドライバー変異またはパッセンジャー変異である（または関連する）ネオエピトープの同定が含まれる。機能属性の他の例としては、ネオエピトープをコードする核酸のメチル化状態またはスプライスバリアントも挙げられる。
本発明の主題のさらに考えられる態様において、ネオエピトープは、ネオエピトープが関連する細胞についての代謝情報を提供する代謝属性を有し得る。例えば、ネオエピトープは、特定の薬物に対して耐性を示す、または薬物もしくは治療型に影響される細胞集団で見いだし得る。代謝情報には、細胞の呼吸状態（例えば、乳酸レベルの増加または解糖酵素の活性）、細胞表面の栄養トランスポーター（例えば、グルコーストランスポーターＧＬＵＴ１、アミノ酸トランスポーター二量体化パートナー４Ｆ２ｈｃ、ＥＡＴ２、ＳＮＡＴ１／２などの正味アミノ酸トランスポーターなど）の存在または非存在も含まれ得る。同様に、経路属性の性質も、かなり変化することがあり、一般に、ネオエピトープが観察される（例えば、経路活性における変異もしくは１または複数の欠損もしくは変化の機能的影響に関して）細胞の経路情報が含まれる。例えば、好適な経路属性には、増殖シグナル経路における変異もしくは機能、アポトーシスシグナル経路における変異もしくは機能、ホルモンシグナル経路における変異もしくは機能、および／またはシグナル経路使用におけるシフトについての情報が含まれる。注目すべきことに、そのような経路情報は、同じオミクスデータから取得することができ、および経路解析はシグナルタンパク質または構成的に活性な受容体タンパク質もしくはドメインの活性の増加もしくは減少を明らかにし得る。当技術分野で知られている経路解析について種々の様式があり、本明細書に用いるのに適切と考えられる。しかし、特に好ましい態様において、経路解析は、ＰＡＲＡＤＩＧＭを用いて行われる（例えば、国際公開第２０１１／１３９３４５号または同２０１３／０６２５０５号の記載を参照されたい）。
ネオエピトープおよび関連する属性が決まると、取得される情報は免疫療法薬の生成に有用であり得る単なる配列の収集だけでなく、同定される配列が、向上した免疫療法治療組成物のための適切な標的選択を誘導することができる遺伝的、生理的かつ経時的な「メタデータ」を提供することを理解すべきである。例えば、原発腫瘍および転移腫瘍がドライバー変異に関連している同じネオエピトープを有する場合、そのネオエピトープは特に、すべての腫瘍性増殖を根絶するために免疫療法を用いる標的として好適であり得る。一方では、原発腫瘍の２つの転移が共通のネオエピトープを共有する場合、共通ネオエピトープを標的にする免疫療法が実施されることができ、一方、原発腫瘍は外科的に切除されることができる。したがって、異なる観点から見ると、ネオエピトープ配列は、特定の腫瘍クローン、特定の部位、またはすべての腫瘍増殖を標的にするために少なくとも１つ、もしくは少なくとも２つ、もしくは少なくとも３つ、もしくは少なくとも４つの属性に基づいて選択されてもよい。
患者の腫瘍が手術不能の部位に存在する、またはさもなければ急速な切除が必要とされる場合、例えば、グループ属性を用いて、患者から癌を除去するための包括的治療（例えば、グループ属性が共有ネオエピトープである場合）に、または高度に標的化された治療（例えば、グループ属性が独特のネオエピトープである場合）に役立ち得る個々のネオエピト−プを同定することができる。一方では、グループ属性が倍数性状態を同定する場合、そのグループ属性を用いて、増幅された（過活動性）シグナリング成分を優先的に標的にすることができる。一方では、グループ属性がクローン性状態である場合、その属性を用いて、急速に増殖するサブクローンまたは高転移性サブクローンを標的にすることができる。さらなる例において、グループ属性が診断検査による検出時期または病変組織型である場合、後に発症した腫瘍または転移が最初に標的にされることができ、一方、原発腫瘍は化学療法を用いて治療されることができる。
部位属性に関して、ネオエピトープは、そのネオエピトープの肉眼的／または微細な解剖学的部位に特異的であることが同定され得ることを認識すべきである。そのようなものとして、そのような切除が実行可能でない、または危険すぎる（例えば、脳転移または肝転移）場合、腫瘍および／または転移を選択的に治療して、外科的切除を避けることができる。同様に、ネオエピトープがドライバー変異に存在する、または関連している場合、機能属性は特に有用になり得る。そのような場合、そのようなネオエピトープが免疫療法によって標的にされる場合、腫瘍増殖および進行は効果的に終わらせる、または遅らせることができる。一方では、属性が代謝属性であり、腫瘍細胞が薬物または他の治療様式に感受性があることを示している場合、免疫療法よりもむしろ薬物療法を勧めてもよい。同様に、経路属性が構成的活性受容体を示す場合、薬物療法を施して、そのシグナリング経路を介するシグナルの流れを止める、または減少させることができる。
もちろん、異なる属性からの情報を組み合わせ、治療選択肢および標的をさらに定め得ることを認識すべきである。例えば、グループ属性および部位属性を用いて、免疫療法薬による治療のための１または複数の共通標的を同定することができるが、代謝属性を用いて、非免疫療法薬に感受性があり得る残存する腫瘍を特定することができる。異なる観点から見ると、集合論からの演算を使用する種々の数学的演を種々の属性で用いて、合目的な様式で特定のネオエピトープを選択することができる。例えば、本明細書における教示と関連して用いられる考えられる演算としては、合併、共通部分、べき集合、差集合、対称差およびデカルト積が挙げられる。そのような演算のすべては、１または複数の特定の治療結果を標的にする１または複数のネオエピトープをもたらすことになる。
このように、解析は、免疫療法治療が腫瘍の一サブセットに好適であり得るが、一方、他の腫瘍は同じ患者において、従来の様式、例えば照射、化学療法および／または放射線療法のほうで治療され得ることも明らかにし得る。同様に、本明細書に提示される方法は、免疫療法が他の治療法、例えば、照射、化学療法および／または放射線療法で増強され得ることを明らかし得る。さらに、１または複数の属性を非免疫療法治療でも用いて、治療経過を追跡する、または定量化することができることにも留意すべきである。例えば、原発腫瘍の独特のネオエピトープの消滅は原発腫瘍を標的にする薬物治療のプロキシマーカーとして使用し得る（例えば、血管新生阻害剤を用いて）が、血中循環腫瘍細胞中の共有ネオエピトープの消滅を用いて、免疫チェックポイント阻害剤の治療効果を経過観察する、または定量化することができる。同様に、一連の治療後のネオエピトープの出現を用いて、残存腫瘍細胞の遺伝的浮動を同定することができ、これを免疫療法薬のその後の設計において用いることができる。
ネオエピトープ属性の特定の使用に関係なく、そのように同定され、選択されたネオエピトープもしくは複数のネオエピトープは、特定の患者のための免疫治療組成物の作製で使用し得ることを理解すべきである。このように、本明細書に提示される方法は、有利には患者特異的、腫瘍特異的、および部位特異的なＨＬＡ適合免疫治療組成物の直接的または間接的作製を可能にすることになることに留意すべきである。本明細書で用いる場合、免疫治療組成物に関連して「作製する」または「作製」という用語は、免疫治療組成物を作製させることを含むことも意味する。例えば、免疫治療組成物は、ワクチン、抗体または他のネオエピトープに特異的な親和性試薬もしくはネオエピトープに特異的な細胞ベースの組成物を生成することによって直接作成され得る、または免疫治療組成物を生成するメーカーに選択されるネオエピトープに関する情報を提供することによって間接的に作成され得る。
容易に理解されるように、好適な免疫治療組成物は、治療関連ネオエピトープをコードする組換え（例えば、ネイキットＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルス、細菌）発現系、治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞（例えば、ＮＫ細胞、Ｔ細胞、樹状細胞）、治療関連ネオエピトープの（キメラ）受容体を発現する組換え免疫担当細胞（例えば、ＣＡＲを発現するＴ細胞）、治療関連ネオエピトープを結合するための合成抗体、および治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団を含む。
例えば、治療関連ネオエピトープの選択に応じて、組換え核酸は、細胞内発現およびその後の細胞上でのネオエピトープの提示のために構築されることができる。組換え核酸は、ネオエピトープがＭＨＣ−Ｉおよび／またはＭＨＣ−ＩＩ提示経路ならびにネオエピトープが高い親和性を有することが知られているＭＨＣサブタイプ（複数可）に向けられるような配置において１または複数の患者特異的および癌特異的ネオエピトープをコードする配列部分を含む。そのような標的化および合理的ベースの提示は、より強い免疫応答をもたらすと考えられ、皮下送達または１もしくは複数の共刺激分子のより一般的な発現および／またはチェックポイント阻害剤によってさらに増強され得る。もちろん、当然のことながら、そのような組換え核酸（複数可）の送達のすべての様式は好適であると考えられ、および組換え核酸（複数可）はＤＮＡワクチンとして、トランスフェクション組成物で送達可能な組換えウイルスゲノム、またはＤＮＡもしくはＲＮＡとして調製されることができる。したがって、当技術分野で既知のすべての発現系（例えば、細菌発現系、酵母発現系、ネイキッドＤＮＡおよびＲＮＡ発現系）は本明細書に用いるのに好適と思われることに留意されたい。
しかし、遺伝子治療においてすでに確立されているウイルス、例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、アルファウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルスなどを用いることが特に好ましい。しかし、他の適切な選択の中で、アデノウイルスは特に好ましい。さらに、ウイルスが複製欠損で、非免疫原性ウイルスであることがさらに一般に好ましい。これは一般的に選択されたウイルスタンパク質（例えばＥ１、Ｅ３タンパク質）の標的欠失によって達成される。そのような望ましい性質は、Ｅ２ｂ遺伝機能を欠失させることによってさらに増強されることができ、最近報告された（例えば、Ｊ Ｖｉｒｏｌ １９９８ Ｆｅｂ；７２（２）：９２６−９３３）ように、組換えウイルスの高力価は遺伝子組換えヒト２９３細胞を用いて達成することができる。最も一般的には、望ましい核酸配列（ウイルス感染細胞からの発現のために）は、当技術分野で周知の適切な調節エレメントの制御下にある。
ネオエピトープをコードする配列部分の統合に関して、種々のネオエピトープが多数の様式で配置されることができ、および転写または翻訳ユニットが一般的には短いリンカー（例えば、４と２０の間のアミノ酸を有する）によって分離され、さらにプロテアーゼ切断部位を含み得る複数のエピトープのコンカテマー配置を有することに留意されたい。そのようなコンカテマーは、１と２０の間のネオエピトープ（一般的にはウイルスを介して送達されることができる組換え核酸の大きさによって限定される）を含むことができ、およびコンカテマーはＭＨＣ−Ｉ複合体およびＭＨＣ−ＩＩ複合体への送達が同一または異なり得ることに留意されたい。したがって、以下に示すように、当然のことながら、ＭＨＣ−Ｉおよび／またはＭＨＣ−ＩＩを介する優先的なまたはさらに特異的な提示を達成するために、種々のペプチドが特定の細胞内コンパートメントへ送られることができる。別の観点から見ると、腫瘍関連抗原およびネオエピトープが両方の提示経路を介して、または同時に、もしくはその後の一連の治療でいずれかの経路を選択的に提示され得ることを認識すべきである。
遺伝子組換えウイルスの「ペイロード」に関して、複数の、例えば２、３、４、５およびそれ以上の治療関連ネオエピトープの発現が好ましい。これは、複数の異なる組換えウイルス、または複数のネオエピトープ配列（例えば、コンカテマー配列もしくはキメラ配列）を有するウイルスを用いて、達成されることができる。本発明の主題に限定されないが、ネオエピトープ配列がタンデムなミニ遺伝子（例えば、ａａ１２−ネオエピトープ１２−ａａ１２）として、またはキメラタンパク質に翻訳され得る、または翻訳され得ない、単一転写単位として構成されていることが一般に好ましい。このように、当然のことながら、エピトープは単量体、多量体として、個々にもしくはコンカテマーで、またはＮ末端および／またはＣ末端ペプチドを有するハイブリッド配列として提示されることができる。最も一般的には、ウイルスおよび／または宿主のコドン選択に適応するために、核酸配列が好適なコドン使用を用いて逆翻訳されることが好ましい。しかし、代替コドン使用または非適合コドン使用も適当であると考えられる。さらに好適な構成および発現カセットに関して、同時係属中の２０１６年３月２日出願の米国仮出願第６２／３０２１６８号および２０１６年３月２８日出願の同第６２／３１４３６６号を参照されたい。これらは参照によって本明細書に組み入れられる。
ネオエピトープ配列（例えば、単一ネオエピトープとして、またはポリトープとして発現される）が好適な配列要素を使用して一方または両方のＭＨＣ提示経路を構成し、および向けられ得ることをさらに理解すべきでる。そのように発現したネオエピトープを所望のＭＨＣ系へのルーティングに関して、ＭＨＣーＩ提示ペプチドは一般的にプロテアソームプロセシングを介して細胞質から起こり、小胞体を通って送達される。このように、以下にさらに詳述するように、ＭＨＣ−Ｉ提示を目的とするエピトープの発現は、一般に細胞質に向けられる。一方では、ＭＨＣ−ＩＩ提示ペプチドは、一般的に、細胞膜に送達される前に、酸性プロテアーゼ（例えば、レグマイン、カテプシンＬおよびカテプシンＳ）による分解およびプロセシングを介してエンドソームおよびリソソームコンパートメントから起こる。このように、以下さらに詳述するように、ＭＨＣ−ＩＩ提示を目的とするエピトープの発現は、一般にエンドソームおよびリソソームコンパートメントを対象とする。
最も好ましい態様において、シグナルペプチドは、ネオエピトープをエンドソームおよびリソソームコンパートメントに輸送する（ＭＨＣ−ＩＩにネオエピトープ提示を向けることで）ために、または細胞質空間での保持のために（およびＭＨＣ−Ｉにネオエピトープ提示を向けることで）用いられることができる。例えば、ペプチドがエンドソームおよびリソソームコンパートメントに輸出される場合、プレ配列標的および内部標的ペプチドは使用されることができる。標的ペプチドのプレ配列は、Ｎ末端に加えられることが好ましく、および６〜１３６の間の塩基および疎水性アミノ酸を含む。ペルオキシソーム標的の場合、標的配列はＣ末端であり得る。他のシグナル（例えば、シグナルパッチ）を使用することができ、ペプチド配列において別々である配列要素を含むことができ、適切なペプチドが折り畳まれると機能的になる。加えて、グリコシル化のようなタンパク質修飾は、ターゲティングを誘発することができる。他の好適な標的シグナルの中で、本発明者らはシグナル１（ＰＴＳ１）を標的とするペルオキシソーム、Ｃ末端トリペプチド、およびＮ末端の近くに位置するノナペプチドであるシグナル２（ＰＴＳ２）を標的とするペルオキシソームを熟考する。加えて、エンドソームおよびリソソームに対するタンパク質の選別は、一般的に短い直鎖状配列を含むタンパク質のサイトゾルドメイン内のシグナルによって媒介されることもあり得る。一部のシグナルは、チロシンベースの選別シグナルと呼ばれ、ＮＰＸＹまたは
Figure 2018535202
 コンセンサスモチーフに適合する。ジロイシンベースのシグナルとして知られている他のシグナルは、［ＤＥ］ＸＸＸＬ［ＬＩ］またはＤＸＸＬＬコンセンサスモチ−フに適合する。これらのシグナルのすべては、膜のサイトゾル表面の周辺に結合したにタンパク質コートの成分によって認識される。
Figure 2018535202
 および［ＤＥ］ＸＸＸＬ［ＬＩ］シグナルは、アダプタータンパク質（ＡＰ）複合体ＡＰ−１、ＡＰ−２、ＡＰ−３およびＡＰ−４による特徴的な微細特異性で認識され、一方ＤＸＸＬＬシグナルは、ＧＧＡとして知られているアダプターの別のファミリーによって認識される。また、ＦＹＶＥドメインは加えられることができ、液胞タンパク質選別およびエンドソーム機能に関連していた。さらなる態様において、エンドソームコンパートメントは、ヒトＣＤ１尾部配列（例えば、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２２，５２２−５３１を参照されたい）を用いて、標的化されることもできる。
サイトゾルコンパートメントにおける輸送または保持が１または複数の特異的配列要素を必ずしも必要としないこともある。しかし、少なくとも一部の態様において、Ｎ末端またはＣ末端の細胞質保持シグナルは、膜アンカー型タンパク質または膜アンカー型タンパク質の膜アンカードメインを含み、加えられてもよい。例えば、膜アンカー型タンパク質としては、ＳＮＡＰ−２５、シンタキシン、シナプトブレビン、シナプトタグミン、小胞結合膜タンパク質（ＶＡＭＰ）、シナプス小胞糖タンパク質（ＳＶ２）、高親和性コリン輸送体、ニューレキシン、電位開口型カルシウムチャネル、アセチルコリンエステラーゼおよびＮＯＴＣＨが挙げられる。
さらに、感染樹状細胞およびＴ細胞間の相互作用を向上させるために、ウイルス送達ビヒクルも少なくとも１、より一般的には少なくとも２、さらに一般的には少なくとも３、および最も一般的には少なくとも４の共刺激分子をコードすることが考えられる。例えば、好適な共刺激分子としては、ＩＣＡＭ−１（ＣＤ５４）、ＩＣＯＳ−Ｌ、およびＬＦＡ−３ （ＣＤ５８）、特にＢ７．１（ＣＤ８０）および／またはＢ７．２（ＣＤ８６）の組み合わせが挙げられる。さらに考えられる共刺激分子としては、４−１ＢＢＬ、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４８、ＣＤ７０、ＣＤ１１２、ＣＤ１５５、ＧＩＴＲＬ、ＯＸ４０ＬおよびＴＬ１Ａが挙げられる。さらに、共刺激分子の発現は、抗原および／またはネオエピトープが１または複数の共刺激分子と共に提示されるように調整されるのが好ましいことを理解すべきである。このように、共刺激分子が単一転写物から、例えば、配列内リボソーム進入部位または２Ａ配列を用いて、または複数の転写物から生成されることが一般的に考えられる。
同様に、ウイルスベクターが、チェックポイント受容体に結合する１または複数のペプチドリガンドをコードする配列部分をさらに含むことが考えられる。最も一般的には、結合は受容体を介してシグナル伝達を阻害する、または少なくとも低下させ、および具体的に考えられる受容体としては、ＣＴＬＡ−４（特にＣＤ８＋細胞に対して）およびＰＤ−１（特にＣＤ４＋細胞に対して）が挙げられる。例えば、ペプチドバインダーは、抗体フラグメント、特にｓｃＦｖを含むことができるが、受容体に特異的に結合する低分子ペプチドリガンドも含むことができる。もう一度、ペプチド分子の発現は、抗原および／またはネオエピトープが１または複数の共刺激分子と共に提示されるように調整されるのが好ましいことを理解すべきである。このように、ペプチド分子が単一転写物から、例えば、配列内リボソーム進入部位または２Ａ配列を用いて、または複数の転写物から生成されることが一般的に考えられる。
次いで、ウイルスは医薬組成物中の治療ワクチンとして個々に、または組み合わせて使用されることができ、一般的には投与単位当たり１０４〜１０１１の間のウイルス粒子のウイルス力価を有する無菌注射用組成物として調製される。あるいは、ウイルスを使用して、患者（または他のＨＬＡ適合）細胞をｅｘ ｖｉｖｏで感染させ、次いでそのように感染した細胞を該患者に注入する。さらなる例において、ウイルスを有する患者の治療は、同種移植もしくは自家のナチュラルキラー細胞、または未変性Ｔ細胞もしくは抗体標的ネオエピトープ、複数のネオエピトープ、腫瘍関連抗原またはウイルスと同じペイロードを発現するキメラ抗原受容体を有するＴ細胞を伴う。患者由来ＮＫ−９２細胞株を含むナチュラルキラー細胞もＣＤ１６を発現することができ、抗体と結合することができる。本明細書に用いる場合、医薬組成物もしくは免疫治療組成物を「投与すること」という用語は、該組成物の直接的および間接的投与の両方を指し、該組成物の直接的投与は一般的に医療専門家（例えば、医師、看護師など）によって行われ、および間接的投与は、医薬組成物もしくは薬物を医療専門家に提供するステップ、または直接的投与（例えば注射、注入、経口送達、局所送達などによる）のために医薬組成物もしくは薬物を利用可能にするステップを含む。
さらに考えられる態様において、免疫治療組成物は、１または複数の治療関連ネオエピトープ、一般的には合成ペプチドとして調製されたものも含み得る。合成ペプチドを調製するために当技術分野で既知の方法が多数存在し、および既知のすべての方式は本明細書に用いるのに好適と思われる。例えば、癌ネオエピトープ配列によるペプチドは、固相（例えば、メリフィールド合成を用いる）上で、液相合成を介して、または小さいペプチドフラグメントから調製されることができる。あまり好ましくない態様において、ペプチドは、好適な宿主（特に複数の治療関連ネオエピトープが単一のペプチド鎖上にあり、任意選択でネオエピトープ間または切断部位間にスペーサーを有する場合）における組換え核酸の発現によっても生成され得る。
したがって、治療関連ネオエピトープ配列に対応する、または該配列を含む合成ペプチドの構造はＸ−Ｌ１−（Ａｎ−Ｌ２）ｍ−Ｑであり得、ここでＸは、合成ペプチドを固相に共有結合でまたは非共有結合で付着させるのに適している任意のカップリング基または部分であり、Ｌ１は、合成ペプチドを固相またはカップリング基に共有結合で連結させる任意選択のリンカーである。Ａｎは、ネオエピトープ配列を有する合成ペプチドであり、Ａは天然（タンパク質原性）アミノ酸であり、ｎは７と３０の間、最も一般的には７と１１または１５と２５の間の整数である。Ｌ２は、複数の合成ペプチド配列（同一または異なる）が構造物中に存在する場合、特に存在し得る任意選択のリンカーであり、ｍは、一般的に１と３０の間、最も一般的に２と１５の間の整数である。最後にＱは末端基であり、合成ペプチドの末端を固相に（例えば、ペプチドを立体的に拘束するために）またはレポーター基に（例えば、蛍光マーカー）または他の官能部分に（例えば、親和性マーカー）結合するために用いられる。したがって、合成ペプチドが直接ＭＨＣ−Ｉ結合のために使用される場合、全長は８と１０の間のアミノ酸であることに留意されたい。同様に、合成ペプチドが直接ＭＨＣ−ＩＩ結合のために使用される場合、全長は１４と２０のアミノ酸の間である。一方では、合成ペプチドがＭＨＣ提示の前に細胞内で処理される（一般的にはプロテアソームプロセシングによって）場合、全長は一般的に１０と４０の間のアミノ酸であり、合成ペプチドにおけるアミノ酸変化は中央に、またはその近くに位置する。
例えば、Ｘは、固相上で対応する結合剤（例えば、アビジン）を結合する非共有結合親和性部分（例えば、ビオチン）、またはペプチドのＮ末端アミノ基もしくはカルボキシル基と反応する化学基（スペーサーを含むもしくは含まない）、またはペプチドもしくはリンカーＬ１においてスルフヒドリル基と反応する選択的反応群（例えば、ヨードアセチル基またはマレイミド基）であり得る。Ｌ１は、固相からの合成ペプチドの距離を増加させるために用いることができ、したがって、一般的には、約２〜２０の間の炭素−炭素結合（例えば、０．３ｎｍと３ｎｍの間）に等しい長さを有する可変的な線状部分（例えば、グリコール基、アルコキシ基、グリシンなどを含む）を含む。もちろん、その上でペプチドが生成された固相を合成ペプチドが用いることができ、したがって別のカップリング基またはリンカーを必要としないことも理解すべきである。
特定の合成ペプチドおよび結合方法によって、当然のことながら、固相の性質がかなり変化することがあり、ペプチドの付着のためのすべての既知の固相は本明細書に用いるのに好適と思われる。例えば、好適な固相としては、アガロースビーズ、ポリマービーズ（着色した、またはそうでなければ個々に対処することが可能）、マイクロタイタープレートのウェルの壁面、紙、ニトロセルロース、ガラスなどが挙げられる。当業者は固相および付着化学の適切な選択肢を容易に知ることになる。さらに好ましい態様において、固相は一般に、合成ペプチドを介して固相に可逆的に結合するために、ペプチドがファージ上（または他の足場担体）に提示されることが可能になるように、ファージディスプレイ法に関連するプロトコルに好適であることにも留意されたい。さらに考えられる使用において、特に、合成タンパク質が哺乳動物においてワクチンとして、または抗体産生のために非ヒト哺乳動物において免疫原性化合物として使用される場合、固相はワクチン接種（例えば、アルブミン、ＫＬＨ、破傷風トキソイド、ジフテリア毒素）で用いられる担体タンパク質であり得ることも認識すべきである。同様に、合成タンパク質もワクチン、または任意の担体を含まない免疫原性化合物として使用され得る。
同定された治療関連ネオエピトープ（複数可）に対する合成抗体を得るために、合成ペプチドを得るために、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏで同定されたものをｉｎ ｖｉｔｒｏで調製することが考えられる。さらに好ましい方法において、合成ペプチド（癌ネオエピトープを含む、またはこれに対応する）が固相に固定されている場合、ネオエピトープへの親和性物質、特に抗体が単離されおよび／または精製され得ることを認識すべきである。最も好ましくは、そのような単離は、抗体のプレハブ方式の高度な多様性ライブラリを含むことになる。本明細書で用いる場合、さもなければ文脈が指示しない限り、「抗体」または「複数の抗体」という用語は、抗体のすべてのアイソタイプおよびサブタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥなど）ならびにそのすべてのフラグメント、例えば一価ＩｇＧ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ−Ｆｃ、ＶｈＨなどを含む。さらに、考えられる抗体は、ヒト化、ヒト由来もしくは「非ヒト（例えば、齧歯動物）由来であり得、またはキメラであり得る。一般的な方法において、高度な多様性ライブラリは、一般的にＭ１３ファージ、およびｐＩＩＩ、ｐＶＩＩＩ、もしくはｐＶＩ、もしくはｐＩＸを介するディスプレイに基づいて、またはＴ７ファージおよび遺伝子１０キャプシドタンパク質に基づいて、少なくとも１０９の多様なメンバー、もしくは少なくとも１０１０の多様なメンバー、もしくはさらに多くのメンバーの多様性を有するファージディスプレイライブラリであり得る。容易に理解されるように、大きな多様性ライブラリを使用すると最善のバインダーのためにさらに選択されることができるいくつかの結合候補抗体が比較的短い時間で提供されることになる。実際、固定した合成ペプチドに対する結合親和性が所望されるよりも低い場合、親和性は当技術分野で周知のプロトコルを用いて親和性成熟を介して向上させることができることを認識すべきでる。例えば、低親和性（ＫＤ＞１０−７Ｍ）のバインダーまたは小さいライブラリのメンバーを親和性成熟にかけて、当技術分野で周知の方法（例えば、Ｂｒｉｅｆｉｎｇｓ Ｉｎ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ． Ｖｏｌ １．Ｎｏ ２．１８９−２０３．Ｊｕｌｙ ２００２を参照されたい）を用いて、結合親和性および／または動態を向上させることができる。加えて、抗体ライブラリが一般に好ましいが、他の足場も好適であると考えられ、βバレル、リボソームディスプレイ、細胞表面ディスプレイなどが挙げられる（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ．２００６ Ｊａｎ；１５（１）：１４−２７を参照されたい）ことに留意されたい。このように、当然のことながら、好ましい態様において、抗体ライブラリにおいて合成ペプチドをベイトとして使用して、高親和性結合（ＫＤ＜１０−７Ｍ、より一般的にＫＤ＜１０−８Ｍ）抗体を同定する。
抗体がこれらの抗体をコードする核酸を保有する細胞に直接結合されると、当然のことながら次いでさらにそれらの核酸を解析して、超可変ループをコードする配列要素、すなわちそれぞれ軽鎖および重鎖のためのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、および／またはＳＤＲ（特異性決定残基）を同定することができる。最も一般的には、決定は標準塩基配列決定方法を使用して行われる。一旦決定されたならば、次いで、超可変ループ、すなわちＣＤＲ１−Ｈ、ＣＤＲ２−および／またはＣＤＲ３−Ｈおよび／またはＣＤＲ１−Ｌ、ＣＤＲ２−Ｌおよび／またはＣＤＲ３−Ｌがヒトもしくはヒト化抗体足場または抗体上にグラフとされることが考えられる。容易に理解されるように、グラフティングは、ヒトもしくはヒト化抗体足場または抗体をコードする核酸の遺伝子工学によって行われ得る。例えば、各ＣＤＲ内には、抗原（すなわち、特異性決定残基（ＳＤＲ））との相互作用に直接関与する可変位置がさらに存在するが、ＣＤＲループの立体構造を維持するさらに保存された残基が存在する。ＳＤＲは、抗原抗体複合体の三次元構造および／またはＣＤＲの変異解析から同定されることができる。ＳＤＲグラフト化ヒト化抗体は、ＣＤＲの立体構造を維持しているＳＤＲおよび残基をヒト鋳型上にグラフトすることによって構築される。
したがって、癌ネオエピトープに対する特異性を有するヒトまたはヒト化抗体は、これまで抗原に接触していない細胞において抗体が発現される完全に合成方法で調製され得ることを認識すべきである。さらに、考えられる方法は、治療関連ネオエピトープに対する抗体を産生できなかった、または効果的に用いることができなかった患者の治療のために患者特異的抗体および癌特異的抗体の産生を可能にする。
本発明の主題に限定するものではないが、そのようにして調製された合成抗体は、ＩｇＧ（もしくは他のアイソタイプ）として、フラグメント（例えば、二重特異性Ｆａｂもしくは他の二重特異性フラグメント）として、および／またはキメラタンパク質（例えば、キメラＴ細胞受容体における外部ドメインとしてのｓｃＦｖ）として、単独で、または治療薬もしくは診断薬とともに、および／または細胞への抗体の膜アンカーを確実にするために膜貫通ドメインを有するハイブリッドタンパク質として直接使用されることができる。
このように、本発明者らは、そのようにして同定した合成抗体を治療薬または診断薬（細胞成分または非細胞成分を有し得る）に結合して、免疫治療組成物を得る、癌免疫療法のための免疫治療組成物を生成する方法を熟考する。
免疫治療組成物の特定の型に関係なく、治療関連ネオエピトープの決定は治療の第１ラウンドおよび／または連続ラウンド（外科、免疫療法、放射線、化学療法などが含まれ得る）後に繰り返して行われ得ることを認識すべきである。最も一般的に、新しく同定された治療関連ネオエピトープに関して得られた情報は、さらなる免疫療法（例えば、組換えアデノウイルス、またはおそらく改変ＮＫ細胞と組み合わせでの合成抗体、すべて任意選択でチェックポイント阻害剤と組み合わせて）で用いることができる。さらに、免疫療法が用いられる場合、従来の化学療法治療は免疫機能をサポートする、または維持するために比較的低用量で行われ得ることが一般に考えられる。例えば、化学療法は低用量療法（例えば、０．１％と１％の間、もしくは１％と５％の間、もしくは５％と１０％の間、もしくは１０％と２０％の間、もしくは高いが従来の用量（処方情報を参照されたい）の５０％未満、もしくは６０％未満、もしくは７５％未満）を用いて行われ得る。
免疫療法および／または化学療法（または他の治療介入）を含む治療サイクルの期間は、一般的に癌の型および病期、薬物の種類、および／または患者の健康によって決まり、当然ながら、薬物投与の複数ラウンドは、数時間から数日、または数週間も離すことが必要なこともある。したがって、治療サイクルは、一般的に少なくとも１日、より一般的には少なくとも１週間、さらにより一般的には少なくとも４週間、最も一般的には少なくとも６週間続くことになる。異なる観点から見ると、治療サイクルの期間は、１週間と１ヵ月の間、１ヵ月と３ヵ月の間、もしくは６週間と６ヵ月の間、もしくはさらに長い期間（例えば、寛解まで、もしくは他の診断エンドポイントまで）のこともあり得る。治療サイクルの終了時に、伝統的な評価（例えば、Ｘ線検査、血液検査または他の検査を用いる）が一般的に行われ、少なくとも１セットの新たな生検、一般的には第１ラウンドまたは前回のラウンドと同じ部位の少なくとも一部を含む。もちろん、必要に応じて、新しい部位でも試料を採取してもよい。治療が効果的であった場合、および原発性腫瘍および／または転移が検出不可能または生検に適していない場合、血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）または微細小胞またはエクソソームが単離され、治療経過および／または効果を評価するためにさらなるオミクス情報のために解析され得ることが考えられる。例えば、治療は、転移およびＣＴＣを停止させるのに効果的であり得るが、原発腫瘍の増殖の停止には効果的でなく、または治療は原発腫瘍には効果的であり得るが、すべてのまたは一部の転移には効果的でない。評価および／またはオミクス情報の結果によって、免疫療法または化学療法は、それに応じて適応されることができる。例えば、以前のエピトープが残存する場合、新たなネオエピトープのセットは標的にされることができる。オミクスデータの変化は、癌細胞集団における進化のシフトを示すことができ、特定の細胞集団またはエピトープ集団へのシフトは特定の治療の適合性を示すことができ、または他の治療の選択肢を排除し得る。
例えば、免疫療法および／または化学療法の新たなラウンドは、最初のラウンドまたは前回のラウンドと同じまたは同様の方法で行われ、決定された第１および／または第２の（および／または以降の）のセットによって伝えられる。したがって、治療の第２ラウンドは、一般的に、治療関連ネオエピトープに関して第１ラウンドと異なるが、治療の種類（異なるアデノウイルス、異なる抗体もしくはシンボディのセット、または異なるＮＫ細胞（例えば、ネオエピトープに対する抗体を保有するＮＫ−９２改変細胞））に関しても異なる。したがって、以降のラウンドの生検およびさらなる改変またはそうでなければ適合する免疫療法または化学療法は、癌増殖の減少または維持に役立ち、または腫瘍を完全に取り除くのに役立つことが考えられる。あるいは、またはそれに加えて、ネオエピトープに対する抗体は、ＮＫ細胞、特にＮＫ−９２細胞（高親和性Ｆｃ−細胞受容体を示すようにさらに改変されてもよい）を用いて標的実体として使用されることができる。本発明の主題のさらに考えられる態様において、ネオエピトープを示す細胞への免疫応答を刺激し、指示するために、抗体フラグメントまたは抗体は、Ｔ細胞に、特にＮＫ細胞に結合することもできる。したがって、癌ネオエピトープに対する効果的な免疫応答は、患者または他の生物において免疫化を必要としないプロセスを用いて誘導されることができ、治療用抗体の応答時間および有効性を劇的に低下させることを認識すべきである。
本明細書の説明および添付の特許請求の範囲全体を通して用いる場合、「１つ（ａ）」、「１つ（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」の意味は、文脈上明らかに別の意味を示していると判断されない限り、複数の言及を包含する。また、本明細書の説明に用いる場合、「おける（ｉｎ）」の意味は、文脈上明らかに別の意味を示していると判断されない限り、「内における（ｉｎ）」および「上における（ｏｎ）」を包含する。文脈が反対を指示しない限り、本明細書に記載のすべての範囲は、その終点を含むものとして解釈されるべきであり、オープンエンドの範囲は商業的に実用的な値を含むものとして解釈されるべきである。同様に、文脈が反対を示さない限り、すべてのリストの値は中間値を含むと考えるべきである。さらに、本明細書に記載のすべての方法は、本明細に別段に明記しない限り、または文脈によって明確に否定されない限り、任意の好適な順序でも実行されることができる。
本明細の特定の実施形態に関して提供したいずれかの実施例およびすべての実施例、または例示的な文言（例えば「などの」）の使用は、本発明を単によりよく明らかにすることを意図したものであり、別段特許請求がなされていない限り、本発明の範囲に限定を提起するものではない。本明細書中の文言は、本発明の実施に不可欠ないずれの非請求要素も示すものとして解釈されてはならない。
当業者にとって、すでに記載のものに加えて、さらに多くの改変が本明細書に記載の発明概念から逸脱することなく可能であることが明らかとなろう。したがって、本発明の主題は、添付の請求項の範囲を除いて限定されないものとする。さらに明細書および請求項の両方を解釈する際、すべての用語は、文脈と一貫した最も広い可能な様式で解釈されるべきである。特に「含む」および「含んでいる」という用語は、要素、成分、またはステップが、明示的には言及されてない他の要素、成分、またはステップとともに存在し、もしくは利用され、もしくは組み合わされ得ることを示す非排他的な様式で、要素、成分、またはステップを指すものとして解釈されるべきである。本明細書および請求項がＡ、Ｂ、Ｃ、……、およびＮからなる群から選択される何かのうちの少なくとも１つを参照する場合、当該本文は、ＡプラスＮまたはＢプラスＮ、などではなく、当該群からのただ１つの要素を必要とするものとして解釈されるべきである。

Claims (34)

  1. 腫瘍と診断された患者のための誘導免疫療法の方法であって、
    患者の第１の部位における腫瘍細胞のオミクスデータを受け取ること、および患者の第２の部位における腫瘍細胞のオミクスデータを受け取ること、
    前記オミクスデータを用いて、前記第１の部位および第２の部位の腫瘍細胞内のそれぞれのネオエピトープを決定すること、
    各決定したそれぞれのネオエピトープのグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つを決定すること、
    各決定したそれぞれのネオエピトープのグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つを用いて、前記第１の部位および第２の部位の腫瘍細胞における前記決定したそれぞれのネオエピトープの中から治療関連ネオエピトープを同定すること、および
    前記治療関連ネオエピトープを用いて免疫治療組成物を作製し、前記免疫治療組成物を前記患者に投与することを含む、方法。
  2. 腫瘍と診断された前記患者が前記作製された免疫治療組成物と異なる最初の免疫治療組成物でこれまでに治療されていた、請求項１に記載の方法。
  3. 前記第１の部位が原発腫瘍であり、および前記第２の部位が局所領域転移、遠隔転移、リンパ節および循環系からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  4. 前記それぞれのネオエピトーブが前記患者の適合する通常のオミクスデータに対してフィルタリングを行うことによって決定される、請求項１に記載の方法。
  5. 前記それぞれのネオエピトープが前記患者のＨＬＡ型に対してさらにフィルタリングを行うことによって決定される、請求項４に記載の方法。
  6. 前記グループ属性が独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープ、倍数性状態およびクローン性状態からなる群から選択され、前記部位属性が原発腫瘍部位、転移部位および循環系からなる群から選択され、前記機能属性がドライバー変異、パッセンジャー変異およびメチル化状態からなる群から選択され、前記代謝属性が薬物耐性および解糖増加からなる群から選択され、ならびに前記経路属性が増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、ホルモンシグナル経路における変異、およびシグナル経路使用におけるシフトからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  7. 前記免疫治療組成物が前記治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、前記治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および前記治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  8. 前記免疫治療組成物を前記患者に投与するステップと、次いで（ａ）前記第１の部位および第２の部位における腫瘍細胞についてのオミクスデータを受け取ること、（ｂ）前記オミクスデータを用いてそれぞれのネオエピトープを決定すること、（ｃ）治療関連ネオエピトープを同定すること、および（ｄ）前記治療関連ネオエピトープを用いて前記免疫治療組成物を作製し、それによって最新の免疫治療組成物を生成することを繰り返すステップとをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  9. 癌を有する患者のための免疫療法を最適化する方法であって、
    第１の部位および第２の部位のうちの少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療前のネオエピトープ配列情報を受け取ることと、
    前記第１の部位および前記第２の部位のうちの少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療後のネオエピトープ配列情報を受け取ることとであって、
    前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のそれぞれがグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つを有する、配列情報を受け取ること、
    前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のそれぞれのグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つに基づいて最新の治療関連ネオエピトープを同定すること、および
    前記最新の治療関連ネオエピトープを用いて最新の免疫治療組成物を作製すること、次いで前記最新の免疫治療組成物を前記患者に投与することを含む、方法。
  10. 前記第１の部位が原発腫瘍であり、および前記第２の部位が局所領域転移、遠隔転移、リンパ節および呼吸系からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
  11. 前記治療前のネオエピトープ配列情報が前記第１の部位および第２の部位における腫瘍細胞由来であり、ならびに前記治療後のネオエピトープ配列情報が前記第１の部位および第２の部位における腫瘍細胞由来である、請求項９に記載の方法。
  12. 前記最新の治療関連ネオエピトープを同定する前記ステップが、前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも２つに基づいている、請求項９に記載の方法。
  13. 前記グループ属性が独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープ、倍数性状態およびクローン性状態からなる群から選択され、前記部位属性が原発腫瘍部位、転移部位および循環系からなる群から選択され、前記機能属性がドライバー変異、パッセンジャー変異およびメチル化状態からなる群から選択され、前記代謝属性が薬物耐性および解糖増加からなる群から選択され、ならびに前記経路属性が増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、ホルモンシグナル経路における変異、およびシグナル経路使用におけるシフトからなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
  14. 前記免疫治療組成物が前記治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、前記治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および前記治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
  15. 前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報がＨＬＡ適合患者特異的および腫瘍特異的ネオエピトープ配列情報である、請求項９に記載の方法。
  16. 腫瘍と診断された患者のための治療を向上させる方法であって、
    患者の腫瘍細胞についての複数の第１のオミクスデータを受け取ることであって、前記第１のオミクスデータが前記腫瘍細胞の少なくとも２つの異なる部位から取得される、複数の第１のオミクスデータを受け取ること、
    前記第１のオミクスデータから患者特異的、癌特異的および部位特異的ネオエピトープを決定することであって、各々がグループ属性、部位属性、機能属性、転移属性および経路属性のうちの少なくとも１つを有する、患者特異的、癌特異的および部位特異的ネオエピトープを決定すること、
    前記ネオエピトープを用いて、患者特異的免疫治療組成物を生成すること、
    前記患者の腫瘍細胞についての複数の第２のオミクスデータを受け取ることであって、前記第２のオミクスデータが前記腫瘍細胞の少なくとも２つの異なる部位から取得され、および前記第２のオミクスデータが前記患者特異的免疫治療組成物による前記患者の治療後に取得される、複数の第２のオミクスデータを受け取ること、
    前記第２のオミクスデータからの複数の最新の患者特異的、癌特異的および部位特異的ネオエピトープを決定することであって、各々がグループ属性、部位属性、機能属性、転移属性および経路属性のうちの少なくとも１つを有する、複数の最新の患者特異的、癌特異的および部位特異的ネオエピトープを決定すること、
    前記患者のＨＬＡ型を決定すること、
    複数のＨＬＡ適合ネオエピトープを得るために、前記患者の前記決定ＨＬＡ型に対する結合親和性によって、前記複数の最新の患者特異的、癌特異的および部位特的ネオエピトープをフィルタリングすることであって、前記ＨＬＡ適合ネオエピトープが５００ｎＭ未満の前記決定ＨＬＡ型に対する結合親和性を有する、ネオエピトープをフィルタリングすること、
    前記ＨＬＡ適合ネオエピトープの少なくとも１つを用いて最新の患者特異的免疫治療組成物を生成することを含む、方法。
  17. 前記少なくとも２つの異なる部位が、原発腫瘍である第１の部位と、局所領域転移、遠隔転移、リンパ節および循環系からなる群から選択される第２の部位とを含む、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記グループ属性が独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープ、倍数性状態およびクローン性状態からなる群から選択され、前記部位属性が原発腫瘍部位、転移部位および循環系からなる群から選択され、前記機能属性がドライバー変異、パッセンジャー変異およびメチル化状態からなる群から選択され、前記代謝属性が薬物耐性および解糖増加からなる群から選択され、ならびに前記経路属性が増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、ホルモンシグナル経路における変異、およびシグナル経路使用におけるシフトからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
  19. 前記患者特異的免疫治療組成物が前記治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、前記治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および前記治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
  20. 前記患者特異的免疫治療組成物および前記最新の患者特異的免疫治療組成物が、前記治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、前記治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および前記治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される異なる実体である、請求項１６に記載の方法。
  21. 腫瘍と診断された患者のための誘導免疫療法の方法であって、
    患者の第１の部位における腫瘍細胞のオミクスデータを受け取ること、および患者の第２の部位における腫瘍細胞のオミクスデータを受け取ること、
    前記オミクスデータを用いて、前記第１の部位および第２の部位の腫瘍細胞におけるそれぞれのネオエピトープを決定すること、
    各決定したそれぞれのネオエピトープのグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つを決定すること、
    各決定したそれぞれのネオエピトープのグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つを用いて、前記第１の部位および第２の部位の腫瘍細胞における前記決定したそれぞれのネオエピトープの中から治療関連ネオエピトープを同定すること、および
    前記治療関連ネオエピトープを用いて免疫治療組成物を作製することを含む、方法。
  22. 腫瘍と診断された前記患者が前記作製された免疫治療組成物と異なる最初の免疫治療組成物でこれまでに治療された、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記第１の部位が原発腫瘍であり、および前記第２の部位が局所領域転移、遠隔転移、リンパ節および循環系からなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  24. 前記それぞれのネオエピトープが前記患者の適合する通常のオミクスデータに対するフィルタリングを行うことによって決定される、請求項２１に記載の方法。
  25. 前記それぞれのネオエピトープが前記患者のＨＬＡ型に対してさらにフィルタリングを行うことによって決定される、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記グループ属性が独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープ、倍数性状態およびクローン性状態からなる群から選択され、前記部位属性が原発腫瘍部位、転移部位および循環系からなる群から選択され、前記機能属性がドライバー変異、パッセンジャー変異およびメチル化状態からなる群から選択され、前記代謝属性が薬物耐性および解糖増加からなる群から選択され、ならびに前記経路属性が増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、ホルモンシグナル経路における変異、およびシグナル経路使用におけるシフトからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  27. 前記免疫治療組成物が前記治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、前記治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および前記治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  28. 癌を有する患者のための免疫療法を最適化する方法であって、
    第１の部位および第２の部位のうちの少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療前のネオエピトープ配列情報を受け取ることと、
    前記第１の部位および前記第２の部位のうちの少なくとも１つにおける腫瘍細胞についての治療後のネオエピトープ配列情報を受け取ることとであって、
    前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のそれぞれがグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つを有する、配列情報を受け取ること、
    前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のそれぞれのグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも１つに基づいて最新の治療関連ネオエピトープを同定すること、および
    前記最新の治療関連ネオエピトープを用いて最新の免疫治療組成物を作製することを含む、方法。
  29. 前記第１の部位が原発腫瘍であり、および前記第２の部位が局所領域転移、遠隔転移、リンパ節および循環系からなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記治療前のネオエピトープ配列情報が前記第１の部位および第２の部位における腫瘍細胞由来であり、ならびに前記治療後のネオエピトープ配列情報が前記第１の部位および第２の部位における腫瘍細胞由来である、請求項２８に記載の方法。
  31. 前記最新の治療関連ネオエピトープを同定する前記ステップが、前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報のグループ属性、部位属性、機能属性、代謝属性および経路属性のうちの少なくとも２つに基づいている、請求項２８に記載の方法。
  32. 前記グループ属性が独特のネオエピトープ、共有ネオエピトープ、倍数性状態およびクローン性状態からなる群から選択され、前記部位属性が原発腫瘍部位、転移部位および循環系からなる群から選択され、前記機能属性がドライバー変異、パッセンジャー変異およびメチル化状態からなる群から選択され、前記代謝属性が薬物耐性および解糖増加からなる群から選択され、ならびに前記経路属性が増殖シグナル経路における変異、アポトーシスシグナル経路における変異、ホルモンシグナル経路における変異、およびシグナル経路使用におけるシフトからなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
  33. 前記免疫治療組成物が前記治療関連ネオエピトープをコードする組換えウイルス発現系、前記治療関連ネオエピトープを発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオエピトープ受容体を発現する組換え免疫担当細胞、前記治療関連ネオピオトープを結合するための合成抗体、および前記治療関連ネオエピトープによってｅｘ ｖｉｖｏで活性化された白血球の集団からなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
  34. 前記治療前および治療後のネオエピトープ配列情報がＨＬＡ適合患者特異的、腫瘍特異的ネオエピトープ配列情報である、請求項２８に記載の方法。
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