JP2018530579A - ウイルス性癌ネオエピトープのための組成物および方法 - Google Patents

ウイルス性癌ネオエピトープのための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

組換えウイルスまたはその他の組換え体発現系の調製および使用のための方法および組成物が提示され、ネオエピトープが患者および癌特異的方法で最初に特定され、その後さらに、患者に対するＨＬＡ適合により選別される。選択ネオエピトープは次に、発現ネオエピトープを、選別ネオエピトープに対する所望の親和性を有するＨＬＡ型（ＭＨＣ−Ｉおよび／またはＭＨＣ−ＩＩ亜型）の方に向ける配列要素を使って発現される。
【選択図】図２

Description

本出願は、２０１５年１０月１２日に出願された米国特許仮出願第６２／２４０４８７号に対する優先権を主張する。
発明の分野
本発明の分野は、癌の処置のための治療法としての遺伝子改変ウイルスに関し、特に、患者特異的ＨＬＡ適合ネオエピトープのウイルス送達と発現に関する。
背景の説明は、本発明の理解に有用であると思われる情報を含む。本明細書で提供される情報のいずれかが本請求発明に対する先行技術であるということ、もしくはこれに関連するということ、または、明確にもしくは暗示的に参照されるいずれかの出版物が先行技術であるということを認めるものではない。
全ての出版物および特許出願が、あたかもそれぞれの出版物または特許出願が具体的かつ個々に、参照により組み込まれると示されるのと同程度に参照により本明細書に組み込まれる。組み込まれた参考文献中の用語の定義または使用が、本明細書で提供されるその用語の定義と矛盾するまたは相容れない場合には、本明細書で提供されるその用語の定義が適用され、参考文献におけるその用語の定義は適用されない。
最近になって、遺伝子改変ウイルスを用いた免疫療法が、種々の癌の処置に対し概念的に効果的で、魅力的な手段になってきた。しかし、解決されるべき多数の課題が残されている。例えば、発現させるべき好適な抗原の選択は、重要である（例えば、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１２ Ｊｕｌ １０；３０（７）：６５８−７０を参照）。さらに、高頻度に発現するエピトープであっても、全ての患者において強力な、腫瘍防御免疫反応を保証することにはならないであろう。さらに、患者はまた、ほとんどのウイルスベクターに対し免疫応答を開始し、従って、以前にそのウイルスに対し曝露された患者ではそのウイルスの使用は妨げられ、そのベクターの使用を１回しか使えないように制限することになる。そのほかのウイルスの中で、アデノウイルスが遺伝子治療によく使われる（例えば、Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．２０１５ Ａｕｇ ２１；６（２４）：１９９７６−８９、参照）が、この場合も同様の欠点がある。
免疫原性を減らすために、複数ワクチン接種のみでなく、アデノウイルスに対する既存の免疫を有する個体のワクチン接種にも好適する遺伝子改変アデノウイルスが報告された（例えば、国際公開第２００９／００６４７９号、および同第２０１４／０３１１７８号を参照）。このウイルスは、通常は、免疫原性を低下させるための、Ｅ２ｂ遺伝子およびその他の後期タンパク質の欠失により実現される。さらに、これらの特異的欠失に起因して、このような遺伝子改変ウイルスは複製能欠損型であり、比較的大きな組換え積荷を可能とする。例えば、国際公開第２０１４／０３１１７８号は、ＣＥＡ（結腸直腸胎児性抗原）を発現して結腸癌に対する免疫反応をもたらすための、このような遺伝子改変ウイルスの使用について記載している。少なくともいくつかの結果は、このようなウイルスを使った処置群で改善されたという評価であるが、それにもかかわらず、種々の欠点が残されている。特に、ただ１回発現された、多くの腫瘍に共通の抗原は、有効な免疫応答を開始するには十分でない場合がある。さらに、免疫系は、患者間で顕著に変化するので、単一の抗原に対する予測性と効力は通常、容易には明らかにならない。
このように、種々の癌に対する免疫療法の種々の系および方法が当技術分野において既知ではあるものの、全てまたはほとんど全ての免疫療法は、いくつかの欠点がある。特に注目すべきは、多くの癌における比較的大きな数のネオエピトープを考慮すると、免疫原性を予測可能なネオエピトープのパラメーターは、把握が難しい。従って、現在既知の系および方法は、ネオエピトープベースの免疫療法に対する合理的な設計手法を提供できない。このように、ネオエピトープ選択およびネオエピトープベースの治療薬創出のための改善された系および方法に対するニーズが未だ存在する。
本発明の主題は、免疫療法の系、組成物、および方法に関し、この免疫療法では、合理的設計手法を用いて、患者に対する高い特異性を有するネオエピトープを特定し、ネオエピトープが特定された患者に対する高い反応性を確認する。その後、このような高信頼性ネオエピトープを、好ましくは遺伝子組み換えされた複製能欠損型非免疫原性ウイルス（すなわち、宿主をウイルスに曝露後に、宿主中のウイルスに対し防御免疫を誘発しないと思われるウイルス）または他の発現系を介して送達し、免疫応答を刺激する。
本発明の主題の一態様では、発明者らは、癌および患者特異的ネオエピトープを発現するように構成された組換え核酸を生成するステップを含む免疫療法を用いて患者の癌の治療方法を意図している。最も典型的には、ネオエピトープは、患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する高親和性結合剤である。さらに、このような方法における組換え核酸は、発現したネオエピトープを少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による提示の方向に向ける配列要素を含むことが意図されている。さらに別のステップでは、細胞は、組換え核酸を遺伝子導入され（例えば、ウイルス、ウイルス発現ベクター、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、またはＲＮＡを用いて）、それにより、該細胞に対し、癌および患者特異的ネオエピトープを細胞の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型上に発現および提示させる。遺伝子導入ステップは、患者中で、または遺伝子導入される細胞が患者に投与された場所で実施される。
通常、癌および患者特異的ネオエピトープは、患者の患部組織および健康組織由来のオミクスデータを比較することにより特定されること、および／または癌および患者特異的ネオエピトープは、変異型、転写強度、翻訳強度、および既知の分子変異の内の少なくとも１つによる選別により特定されることがさらに意図されている。最も典型的には、高親和性結合剤は、１５０ｎＭ未満の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する親和性を有する、および／または患者のＨＬＡ型は、ドブルイングラフを使ってコンピュータにより決定される。
このような方法のさらなる態様では、配列要素は、リソソーム標的化配列、エンドソーム標的化配列、ペルオキシソーム標的化配列、または細胞質保持配列であり、組換え核酸は、同時刺激分子をコードする配列および／またはチェックポイント阻害剤をコードする配列をさらに含み得る。
本発明の主題に限定されないが、細胞は通常、患者の免疫担当細胞または抗原提示細胞であり、遺伝子導入はアデノウイルスを用いて患者中で行い得る。さらに、このような方法は、代用細胞（例えば、患者から以前に得られた患者細胞またはＨＬＡ適合性同種異系細胞）中で、少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型によるネオエピトープの提示を検証する追加のステップを含み得ることが意図されている。あるいは、意図された方法は、患者の癌細胞または患者の癌組織中で、少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型によるネオエピトープの提示を検証するステップをさらに含み得る。例えば、このような検証ステップは、ネオエピトープに結合する合成結合剤または抗体を使って実施し得る。
本発明の主題の別の態様では、発明者らは、患者の疾患関連患者特異的ネオエピトープを特定するために、患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較するステップを含む免疫療法のための組換え核酸を生成する方法を意図している。別のステップでは、患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型が特定され、そのネオエピトープの、少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する結合親和性が決定される。その後、結合親和性が所定の閾値より低い場合、そのネオエピトープは、さらなる用途に対し選択される。このような方法のさらに別のステップでは、組換え核酸（例えば、アデノウイルス発現ベクター）は、選択ネオエピトープをコードする核酸配列を含むように構成され、選択ネオエピトープをコードする核酸配列は、選択ネオエピトープの発現を推進するプロモーターの制御下にある。最も典型的には、核酸配列は、発現した選択ネオエピトープを少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による提示の方向に向ける配列要素をさらに含む。
通常、このような方法では、オミクスデータの比較ステップは、オミクスデータのインクリメンタル同期アライメント（ｉｎｃｒｅｍｅｎｔａｌ ｓｙｎｃｈｒｏｎｏｕｓ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）により実施すること、および／または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型がドブルイングラフを使ってコンピュータにより決定されることが意図されている。さらに、ネオエピトープの少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する結合親和性は、コンピュータにより決定され、所定の閾値は１５０ｎＭ未満であることが意図されている。
一般に、第２のネオエピトープをコードする組換え核酸は、第２の核酸配列および／または同時刺激分子をコードする配列および／またはチェックポイント阻害剤をコードする配列をさらに含み得ることがさらに意図されている。好適な配列要素は、リソソーム標的化配列、エンドソーム標的化配列、ペルオキシソーム標的化配列、および／または細胞質保持配列を含む。
したがって、発明者らは、癌ネオ抗原の提示を向上させる方法も意図しており、該方法は、患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較し、患者の複数の疾患関連患者特異的ネオエピトープを特定するステップを含む。別のステップでは、疾患関連患者特異的ネオエピトープは、選別ネオエピトープを得るために、変異型、転写強度、翻訳強度、および／または既知の分子変異で選別される。さらに別のステップでは、患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する高親和性結合剤が選別ネオエピトープから選択され、高親和性結合剤は、患者細胞または適合性ＨＬＡ型の細胞で発現する。またさらなるステップでは、少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による高親和性結合剤の提示が検証され、発現および提示が検証されると、高親和性結合剤は、免疫療法で使用される。
最も好ましくは、オミクスデータの比較ステップは、オミクスデータのインクリメンタル同期アライメントにより実施され、ここで、患部組織は、癌組織である。さらに意図された態様では、変異型はミスセンス変異であり、転写強度は、ＲＮＡｓｅｑにより測定され、翻訳強度は、選択反応モニタリング質量分析により測定され、既知の分子変異は、一塩基多型、短い欠失および挿入多型、マイクロサテライトマーカー、短いタンデム反復、ヘテロ接合配列、マルチヌクレオチド多型、および名前付きバリアントの内の少なくとも１つを含む。さらに、高親和性結合剤は、少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する１５０ｎＭ未満の親和性を有することも意図されている。さらに追加して、このような方法における患者細胞または適合性ＨＬＡ型細胞は、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、Ｔ細胞）であること、および／または適合性ＨＬＡ型細胞は、患部組織と同じ組織型を有することが意図されている。
高親和性結合剤の提示を検証するステップは通常、患者の細胞または適合性ＨＬＡ型細胞の表面上の高親和性結合剤の結合を検出する（例えば、高親和性結合剤に結合する合成結合剤または抗体を介して）ステップを用いる。またさらに意図されている態様では、免疫療法は、組換えアデノウイルス、ウイルス性発現ベクター、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、またはＲＮＡによるものである。
本発明の主題のさらに別の態様では、発明者らは、癌ネオ抗原の提示を向上させる方法も意図しており、該方法は、１つのステップで、患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較し、患者の複数の疾患関連患者特異的ネオエピトープを特定する。別のステップでは、疾患関連患者特異的ネオエピトープは、変異型、転写強度、翻訳強度、および既知の分子変異の内の少なくとも１種により選別して、選別ネオエピトープを得て、患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する高親和性結合剤が選別ネオエピトープから選択される。さらに別のステップでは、高親和性結合剤に特異的に結合する合成結合剤が調製され、患者細胞または組織に対する合成結合剤の結合が検出される。合成ペプチドの結合が検証されると、その後、高親和性結合剤は、免疫療法で使用される。
最も好ましくは、オミクスデータの比較ステップは、オミクスデータのインクリメンタル同期アライメントにより実施され、ここで、患部組織は、癌組織である。さらに意図された態様では、変異型はミスセンス変異であり、転写強度は、ＲＮＡｓｅｑにより測定され、翻訳強度は、選択反応モニタリング質量分析により測定され、既知の分子変異は、一塩基多型、短い欠失および挿入多型、マイクロサテライトマーカー、短いタンデム反復、ヘテロ接合配列、マルチヌクレオチド多型、および名前付きバリアントの内の少なくとも１つを含む。さらに、高親和性結合剤は、少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する１５０ｎＭ未満の親和性を有することも意図されている。
合成結合剤は、抗体もしくはその断片、またはファージディスプレイもしくはＲＮＡディスプレイから得られたペプチドであるのが好ましい。さらに、検出ステップに関しては、このようなステップは、患者の細胞または組織上の合成結合剤の光学検出を含むことが意図されている（例えば、患者の細胞または組織が生検試料中に配置されている場合）。上記のように、好適な免疫療法は、組換えアデノウイルス、ウイルス性発現ベクター、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、またはＲＮＡを含む。
したがって、異なる観点から見た場合、発明者らはまた、本明細書で意図されている方法により生成された核酸を含む組換えウイルスを意図している。このようなウイルス（またはその他の発現系）は、従って、癌処置用の医薬組成物中に含めてよい。
本発明の主題の種々の対象物、特徴、態様および利点は、以下の好ましい実施形態の詳細な説明からさらに明らかとなるであろう。
ヒト染色体、アレル多様性（図１Ａ）ならびに発現および膜位置（図１Ｂ）に対するＨＬＡ型の位置の代表的模式図である。 ヒト染色体、アレル多様性（図１Ａ）ならびに発現および膜位置（図１Ｂ）に対するＨＬＡ型の位置の代表的模式図である。 計算ネオエピトープの選別結果を示す代表的プロットである。
発明者らは、これまでに、ウイルスベクターまたはその他の発現系を用いて、１つまたは複数の患者および癌特異的抗原を宿主に送達し、治療効果を生成する、免疫療法の種々の系、組成物、および方法を発見してきた。最も典型的には、治療効果は、抗原を保有する細胞または病原体に対する防御免疫応答である。したがって、および本発明の主題の１つの特に意図された態様では、好ましくは、患者の腫瘍および対応する正常（すなわち、非癌）組織試料由来の核酸配列情報を使って、癌と診断された個体の患者および癌特異的ネオエピトープが特定される。これに関して、腫瘍および対応する正常試料を使ってネオエピトープが特定される場所では、全てのまたはほぼ全てのそれ以外の観察された患者試料と参照ゲノムとの間の非腫瘍関連変化は、除外されることを理解されたい。したがって、別の観点からは、腫瘍と同じ患者の対応する正常試料との間の比較は、比較的高頻度に発生するヒト間または患者−参照間変異を全て取り除き、それにより、多量の擬陽性ネオエピトープ発生の可能性を取り除くことになろう。
さらに追加して、このように特定された患者および癌特異的ネオエピトープの適切な提示および認識の可能性を高めるために、患者の特定のＨＬＡ型が決定され（例えば、以降でより詳細に記載されるコンピュータ予測を使って）、特定されたネオエピトープの画定したＨＬＡ型に対する結合親和性がコンピュータにより試験される。最も典型的には、ＨＬＡ型決定には、少なくとも３種のＭＨＣ−Ｉ亜型（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ）および少なくとも３種のＭＨＣ−ＩＩ亜型（例えば、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲ）を含み、それぞれの亜型は少なくとも４桁まで決定されるのが好ましい。したがって、特定された高親和性バインダーの配列は、それぞれの対応する核酸配列に逆翻訳され、それが次に、ウイルスによる感染後、宿主細胞中の１つまたは複数の発現用調節配列の制御下で、組換え体発現系（例えば、アデノウイルスＡｄ５［Ｅ１−Ｅ２ｂ−］）に挿入される。またさらに、好ましい発現系は、ネオエピトープ配列（単一または複数）に関連して、発現したネオエピトープ（単一または複数）を、それらが高親和性を有するＭＨＣ−Ｉおよび／またはＭＨＣ−ＩＩ亜型の方に向ける、１つまたは複数の配列要素を含むことを理解されたい。
したがって、組換えウイルスまたはその他の発現系は、ネオエピトープに対し高親和性を有することが確定しているＨＬＡ提示に好適なだけでなく、そのＨＬＡ提示の方に向けることも行う真の患者および癌特異的ネオエピトープの細胞内発現をもたらすことが予測され、これが、次に、免疫応答を生成する高い可能性が期待され、宿主中の腫瘍に対する治療的に有効な免疫応答に繋がる。
腫瘍に対する治療的に有効な免疫応答の確率をさらに高めるために、以降でさらに詳細に考察されるように、種々の方法でネオエピトープの発現および提示に関する試験ができる。満足できるインビトロ試験の場合には、次にネオエピトープを、通常は、患者中の細胞の発現により、インビボ治療薬として用いることができる。無論、複数のネオエピトープを、本明細書で示された教示も踏まえて、用いることができ、特に好ましい態様では、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つの異なるネオエピトープを用いるであろう（例えば、同じ組換えウイルス中に、または別々のウイルス中にコードして）ということに留意されたい。最終的に、発現系は、ネオエピトープが発現される細胞環境中で免疫応答を助けるタンパク質をコードする追加の配列をさらに含み得る。例えば、好適なタンパク質には、免疫促進性サイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−１５スーパーアゴニスト、など）、チェックポイント阻害剤（例えば、ＣＴＬＡ−４またはＰＤ１シグナル伝達の阻害剤）、および／または同時刺激分子（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６、など）が挙げられる。
ネオエピトープの選択
ネオエピトープは、特有の腫瘍特異的抗原を作り出した、腫瘍細胞中で発現したランダム変異として特徴付けることができる。したがって、異なる観点から見ると、ネオエピトープは、変異の型（例えば、欠失、挿入、塩基転換、遷移、転座）および変異の影響（例えば、ナンセンス、ミスセンス、フレームシフト、など）を考慮することにより特定し得る。これは、従って、サイレントおよびその他の無関係の（例えば、非発現）変異を除外する、最初の内容選別として機能し得る。さらに、ネオエピトープ配列は、比較的短い長さ（例えば、７〜１１ｍｅｒ）を有する配列ストレッチとして定義できることを理解されたい。このようなストレッチは、アミノ酸配列の変化（単一または複数）を含むであろう。最も典型的には、変化したアミノ酸は、中心アミノ酸位置であるかその近傍であろう。例えば、典型的なネオエピトープは、構造：Ａ４−Ｎ−Ａ４、またはＡ３−Ｎ−Ａ５、またはＡ２−Ｎ−Ａ７、またはＡ５−Ｎ−Ａ３、またはＡ７−Ｎ−Ａ２を有し得る。式中Ａは、タンパク質を構成するアミノ酸であり、Ｎは、変化した（野生型に対して、または対応する正常型に対して）アミノ酸である。例えば、本明細書で意図されているネオエピトープ配列は、比較的短い長さ（例えば、５〜３０ｍｅｒ、より典型的には７〜１１ｍｅｒ、または１２〜２５ｍｅｒ）を有する配列ストレッチを含み、このようなストレッチは、アミノ酸配列の変化（単一または複数）を含む。
したがって、単一アミノ酸変化は、変化したアミノ酸の位置に応じて、変化したアミノ酸を含む多くのネオエピトープ配列中に現れ得ることを理解されたい。好都合にも、このような配列変動は、ネオエピトープの複数の選択を可能とし、そのため、次に、１つまたは複数の望ましい形質（例えば、患者ＨＬＡ型に対する最高親和性、最大構造安定性、など）を基準にして選択可能な潜在的に有用な標的の数が増える。最も典型的には、ネオエピトープは、２〜５０アミノ酸長さ、より典型的には５〜３０アミノ酸、最も典型的には９〜１５アミノ酸となるように計算され、アミノ酸変化は、好ましくは中央位置であるか、または他の方法でネオエピトープのＭＨＣへの結合を向上させるように配置する。例えば、エピトープがＭＨＣ−Ｉ複合体により提示される場合、典型的なネオエピトープ長さは、約８〜１１アミノ酸であり、一方、ＭＨＣ−ＩＩ複合体を介して提示するための典型的なネオエピトープ長さは、約１３〜１７アミノ酸長さである。容易に分かるように、ネオエピトープ中の変化したアミノ酸の位置は中央位置以外であってよいので、実際のペプチド配列およびそれに伴うネオエピトープの配置はかなり変わってもよい。
無論、ネオエピトープの識別または発見は、新しい生検材料、凍結または別の方法で保存した組織または細胞試料、循環性腫瘍細胞、エキソソーム、種々の体液（および特に血液）、などを含む種々の生体物質から初めてよいことを理解されたい。したがって、好適なオミクス分析の方法には、核酸シーケンシング、および特にＤＮＡに対し操作するＮＧＳ法（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシング、イオントレントシーケンシング、４５４パイロシーケンス、ナノポアシークエンシング、など）、ＲＮＡシーケンシング（例えば、ＲＮＡｓｅｑ、逆転写ベースシーケンシング、など）、およびタンパク質シーケンシングまたは質量分析ベースシーケンシング（例えば、ＳＲＭ、ＭＲＭ、ＣＲＭ、など）が挙げられる。
従って、核酸ベースシーケンシング用としては特に、腫瘍組織の高スループットゲノムシーケンシングは、ネオエピトープの迅速な特定を可能とすることを特に認識されたい。しかし、このようにして得られた配列情報は、標準的基準に対し比較する場合、通常発生する患者間変異（例えば、ＳＮＰ、ｓｈｏｒｔ ｉｎｄｅｌ、異なる反復数、などに起因する）ならびにヘテロ接合性が比較的多数の擬陽性のネオエピトープの可能性をもたらすことになるということを理解する必要がある。したがって、特定ネオエピトープの内の多くは、好結果を得る免疫戦略用の候補とはならないであろう。特に、このような不正確さは、患者の腫瘍試料が、対応する同じ患者の正常（すなわち、非腫瘍）試料に対して比較される場合は取り除くことができる。
本発明の主題の１つの特に好ましい態様では、ＤＮＡ解析は、腫瘍および対応する正常な試料の全ゲノムシーケンシングおよび／またはエクソームシーケンシング（通常、少なくとも１０ｘ、より典型的には少なくとも２０ｘの読み深度で）により実施される。あるいは、ＤＮＡデータはまた、以前の配列決定に由来する既に確立した配列レコード（例えば、ＳＡＭ、ＢＡＭ、ＦＡＳＴＡ、ＦＡＳＴＱ、またはＶＣＦファイル）から得てもよい。したがって、データセットは、未加工または加工データセットを含んでよく、代表的データセットには、ＢＡＭＢＡＭフォーマット、ＳＡＭＢＡＭフォーマット、ＦＡＳＴＱフォーマット、またはＦＡＳＴＡフォーマットを有するものが含まれる。しかし、データセットは、ＢＡＭＢＡＭフォーマットまたはＢＡＭＢＡＭ ｄｉｆｆ ｏｂｊｅｃｔ（例えば、米国特許出願公開第２０１２／００５９６７０Ａ１号および米国特許出願公開第２０１２／００６６００１Ａ１号を参照）として提供されるのが特に好ましい。さらに、データセットは、患者および腫瘍特異的情報をそのようにして得るための、同じ患者の腫瘍および対応する正常な試料の反映であることに留意されたい。したがって、腫瘍を生じない（例えば、サイレント変異、ＳＮＰ、など）遺伝的生殖細胞系列は除外できる。無論、腫瘍試料は、初期腫瘍由来、処置の開始時腫瘍由来、再発腫瘍または転移部由来、などであってよいことは認識されるべきである。ほとんどの場合、患者の対応する正常な試料は、血液、または腫瘍と同じ組織型由来の非患部組織であり得る。
同様に、配列データの計算処理解析は、多くの方式で実施し得る。しかし、最も好ましい方法では、解析は、例えば、米国特許出願公開第２０１２／００５９６７０Ａ１号および米国特許出願公開第２０１２／００６６００１Ａ１号に開示のような、ＢＡＭファイルおよびＢＡＭサーバーを使った腫瘍および正常試料の位置誘導同期アライメント（ｌｏｃａｔｉｏｎ−ｇｕｉｄｅｄ ｓｙｎｃｈｒｏｎｏｕｓ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）により、コンピュータで実施される。好都合にも、このような解析は、擬陽性ネオエピトープを減らし、メモリーおよび計算資源に対する要求を大きく低減させる。
いずれのコンピュータ向け言語も、サーバー、インターフェース、システム、データベース、エージェント、ピア、エンジン、制御装置、または個々にまたはまとめて動作するその他のタイプのコンピューティングデバイスなどのコンピューティングデバイスの任意の好適な組み合わせを含むように読み込む必要があるということに留意されたい。コンピューティングデバイスは、有形の非一時的コンピュータ可読記憶媒体（例えば、ハードドライブ、ソリッドステートドライブ、ＲＡＭ、フラッシュ、ＲＯＭ、など）に保存されたソフトウェア命令を実行するように構成されたプロセッサーを含むということを理解すべきである。ソフトウェア命令は、コンピューティングデバイスを、開示装置に関連して以下に考察する役割、信頼性、またはその他の機能を備えるように構成するのが好ましい。さらに開示技術は、コンピュータベースアルゴリズム、プロセス、方法、またはその他の命令の実施態様に関連する開示ステップをプロセッサーに実行させるソフトウェア命令を保存した非一時的コンピュータ可読媒体を含むコンピュータプログラム製品として実施できる。特に好ましい実施形態では、種々のサーバー、系、データベース、またはインターフェースは、できる限り、ＨＴＴＰ、ＨＴＴＰＳ、ＡＥＳ、公開秘密鍵交換、ウェブサービスＡＰＩ、既知の金融取引プロトコル、またはその他の電子工学的情報交換方法に基づいて、規格化プロトコルまたはアルゴリズムを使ってデータを交換する。デバイス内でのデータ交換は、パケット交換網、インターネット、ＬＡＮ、ＷＡＮ、ＶＰＮ、またはその他のタイプのパケット交換網；回線交換網；セル交換網；またはその他のタイプのネットワークを介して実施できる。
計算処理解析をさらに促進し、ネオエピトープベース治療の処置結果を向上させるために、ネオエピトープ配列は、ＭＨＣ−Ｉ結合に必要な最小寸法（例えば、少なくとも５〜６アミノ酸）およびＭＨＣ−Ｉ結合に有利な最大寸法（例えば、９〜１１アミノ酸）を有する比較的小さい断片またはＭＨＣ−ＩＩ結合に必要な最小寸法（例えば、少なくとも１２〜１４アミノ酸）およびＭＨＣ−ＩＩ結合に有利な最大寸法（例えば、１９〜２１アミノ酸）を有する比較的小さい断片に限定される。したがって、ネオエピトープは通常、ＭＨＣ−Ｉ結合に対しては７〜１２アミノ酸およびＭＨＣ−ＩＩ結合に対しては１４〜２０アミノ酸を有することになる。例えば、好適なネオエピトープは、変化したアミノ酸を含む９アミノ酸の長さを有してよく（ＭＨＣ−Ｉに結合するのが明確な場合）、また、変化したアミノ酸を含む２０アミノ酸の長さを有してよい（ＭＨＣ−ＩＩに結合するのが明確な場合）。
異なる観点から見た場合、患者および癌特異的配列のコンピュータによる収集物は、５〜２５アミノ酸の所定長さを有し、少なくとも１つの変化したアミノ酸を含むように、設定することができる。このような収集物は通常、それぞれの変化したアミノ酸に対し、変化したアミノ酸の位置が同じでない、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、少なくとも５つの、または少なくとも６つのメンバーを含むであろう。その後、このような収集物を使って、以降でより詳細に記載されるように、さらに選別できる（例えば、細胞内の位置、転写／発現レベル、ＭＨＣ−Ｉおよび／またはＩＩ親和性、などで）。
例えば、および腫瘍および対応する正常な配列データに対する同期位置誘導解析を使って、発明者らは以前、次の癌型：ＢＬＣＡ、ＢＲＣＡ、ＣＥＳＣ、ＣＯＡＤ、ＤＬＢＣ、ＧＢＭ、ＨＮＳＣ、ＫＩＣＨ、ＫＩＲＣ、ＫＩＲＰ、ＬＡＭＬ、ＬＧＧ、ＬＩＨＣ、ＬＵＡＤ、ＬＵＳＣ、ＯＶ、ＰＲＡＤ、ＲＥＡＤ、ＳＡＲＣ、ＳＫＣＭ、ＳＴＡＤ、ＴＨＣＡ、およびＵＣＥＣ、を含む種々の癌および患者由来の種々の癌ネオエピトープを特定した。全てのネオエピトープデータは、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ１６／２９２４４号で見つけることができる。この特許出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
癌の型とステージに応じて、ネオエピトープの数は、免疫療法での使用に実用的な数を大きく超える場合があることに留意されたい。さらに、そのように特定されたネオエピトープの全てが、必ずしも治療的に有効な患者の反応をもたらすとは限らないであろう。実際に、一部のネオエピトープのみが免疫応答を生成することは、当該技術分野において周知である。治療的に望ましい応答の可能性を高めるために、ネオエピトープをさらに選別できる。無論、本明細書で提示された方法では、下流解析でサイレント変異を考慮する必要がないことを理解されたい。しかし、好ましい変異分析は、変異の型（例えば、欠失、挿入、塩基転換、遷移、転座）に加えて、変異の影響の情報（例えば、ナンセンス、ミスセンス、など）も提供し、従って、サイレント変異が除去される最初の内容選別として機能し得る。例えば、ネオエピトープは、変異がフレームシフト、ナンセンスおよび／またはミスセンス変異である場合のさらなる考察に関し選択できる。
さらなる選別手法では、ネオエピトープは、細胞内位置パラメーターに関する詳細解析にも供し得る。例えば、ネオエピトープ配列は、ネオエピトープが膜結合位置として特定される（例えば、細胞の細胞膜の外側に位置する）かどうか、および／またはコンピュータによる構造的計算はネオエピトープが溶媒曝露状態である可能性が高いかどうか、または構造的に安定なエピトープ（例えば、Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０１４）であるかどうかのさらなる考察に関して選択し得る。
ネオエピトープの選別に関して、本明細書では、オミクス（または他の）解析によりネオエピトープが実際に発現したことが示される場合、ネオエピトープは使用に特に好適するということが通常意図されている。ネオエピトープの発現および発現レベルの特定は、当該技術分野において既知の全ての方法で実施でき、好ましい方法には、定量的ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡまたはｍＲＮＡ）分析および／または定量的プロテオミクス解析が挙げられる。最も典型的には、ネオエピトープの含有のための閾値レベルは、対応する正常な配列の発現レベルの少なくとも２０％、より典型的には少なくとも５０％であり、これにより、（ネオ）エピトープは、少なくとも可能性として、免疫系に「見える」ことを確実にする。したがって、オミクス解析はまた、遺伝子発現解析（トランスクリプトーム解析）を含み、それにより、変異を有する遺伝子の発現レベルの特定を助けるのが、通常好ましい。
当該技術分野において既知の多くのトランスクリプトーム解析の方法があり、全ての既知の方法は、本明細書に用いるのに好適すると考えられる。例えば、好ましい材料には、ｍＲＮＡおよび一次転写産物（ｈｎＲＮＡ）が含まれ、ＲＮＡ配列情報は、逆転写ポリＡ＋−ＲＮＡから得られ、これは、次に、腫瘍試料および同じ患者の対応する正常な（健康な）試料から得られる。同様に、ポリＡ＋−ＲＮＡは通常、トランスクリプトームの表現としては好ましいが、その他の形態のＲＮＡ（ｈｎ−ＲＮＡ、非ポリアデニル化ＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、など）も同様に本明細書に用いるのに好適すると考えられることに留意されたい。好ましい方法には、定量的ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡまたはｍＲＮＡ）分析および／または特にＲＮＡｓｅｑを含む定量的プロテオミクス解析が挙げられる。他の態様では、ＲＮＡ定量化およびシーケンシングは、ｑＰＣＲおよび／またはｒｔＰＣＲベース方法を使って実施されるが、種々の代替法（例えば、固相ハイブリダイゼーションベース方法）も同様に好適すると考えられる。別の観点から見た場合、トランスクリプトーム解析は（単独でまたはゲノム解析と組み合わせて）、癌および患者特異的変異を有する遺伝子を特定および定量するのに好適し得る。
同様に、プロテオミクス解析は、ネオエピトープのＲＮＡの実際の翻訳を確認するために、多くの方法で実施でき、また、全ての既知のプロテオミクス解析の方法が本明細書で意図されている。しかし、特に好ましいプロテオミクス方法には、抗体ベース方法および質量分析法が挙げられる。さらに、プロテオミクス解析は、タンパク質それ自体の定性的または定量的情報を与えるのみでなく、タンパク質が触媒的または他の機能活性を有する場合、タンパク質活性データも含み得ることに留意されたい。プロテオミクスアッセイを実施するための１つの代表的技術は、米国特許第７４７３５３２号に記載されている。この特許は参照により本明細書に組み込まれる。さらに好適なタンパク質発現の特定およびさらには定量化の方法には、種々の質量分析法（例えば、選択反応モニタリング（ＳＲＭ）、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）、および連続反応モニタリング（ＣＲＭ））が含まれる。
選別のさらに別の態様では、ネオエピトープは、（例えば、患者または患者収集物の）既知のヒト配列を含むデータベースと比較し、それにより、ヒト同一配列の使用を回避し得る。さらに、選別は、ＳＮＰが腫瘍および対応する正常な配列の両方に存在する場合、患者中のＳＮＰに起因するネオエピトープ配列の除去も含み得る。例えば、ｄｂＳＮＰ（一塩基多型データベース）は、米国立ヒトゲノム研究所（ＮＨＧＲＩ）と連携して米国国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）が運営する、異なる種内および種間の遺伝的変異に対する無料の公開アーカイブである。データベースの名称は、１つのクラスの多型（一塩基多型（ＳＮＰ））のみの収集物を意味するが、実際には、比較的広い範囲の分子変異：（１）ＳＮＰ、（２）短い欠失および挿入多型（ｉｎｄｅｌ／ＤＩＰ）、（３）マイクロサテライトマーカーまたは短いタンデム反復（ＳＴＲ）、（４）マルチヌクレオチド多型（ＭＮＰ）、（５）ヘテロ接合配列、および（６）名前付きバリアントを含む。ｄｂＳＮＰは、明らかに中性の多型、既知の表現型に対応する多型、および変異のない領域を受け入れる。このようなデータベースおよび上述の他の選別オプションを用いて、患者および腫瘍特異的ネオエピトープを選別して、それらの既知の配列を取り除き、実質的に擬陽性を減らした複数のネオエピトープ配列を有する配列セットが得られる。
あまり好ましくない態様では、癌および患者特異的ネオエピトープは、より一般的なネオエピトープで強化し得るか、あるいはそのネオエピトープで置き換え得る。例えば、意図された一般的なネオエピトープは、種々の癌関連および癌特異的抗原（例えば、少なくとも０．１％、または少なくとも０．５％、または少なくとも１％、または少なくとも５％の頻度を有する）を含む。あるいは、好適なネオ抗原はまた、所定の最低頻度（例えば、少なくとも０．１％、または少なくとも０．５％、または少なくとも１％、または少なくとも５％の頻度を有する）で少なくとも１種の特異的ＭＨＣ亜型で発生すると特定されたものを同様に含み得る。ネオエピトープ、方法およびこれらに関連するシステムのさらなる態様は、同一所有者の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ１６／２６７９８号およびＰＣＴ／ＵＳ１６／２９２４４号に開示されている。これら両出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
ＨＬＡ決定および適合
ヒト主要組織適合抗原（ＭＨＣ）、またはヒト白血球抗原（ＨＫＡ）複合体は、２つの別々のクラスの同時発現する高度多形性細胞表面抗原をコードする少なくとも７つの座位を含む多くの遺伝子座を含む。これらの分子は、プロセッシングを受けたペプチドに結合し、これを循環Ｔ細胞リンパ球に提示し、細胞および液性免疫応答の両方にとって不可欠である。したがって、免疫療法においては、ネオエピトープがＭＨＣ複合体に結合し、提示される場合、ネオエピトープが効果的である可能性がより高いことは容易に明らかになるはずである。
しかし、都合の悪いことに、ＭＨＣ複合体は、極めて多様性であり、異なる患者間で全く異なり、ネオエピトープの結合予測を困難にする。クラスＩ分子、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−Ｃ、およびクラスＩＩ分子、ＤＲ、ＤＱおよびＤＰは、染色体６ｐ２１．３１の短腕の約３５００ｋｂｐセグメント中にコードされている（図１Ａおよび１Ｂに概略的に図示されている）。クラスＩ抗原は、全ての有核細胞上に存在し、それらは、主にサイトゾル由来のペプチド（ウイルス性および自己ペプチド）を循環ＣＤ８＋Ｔ細胞に対し提示する細胞表面ヘテロダイマーとして機能する。クラスＩ細胞表面ヘテロダイマーは、１つの極めて多形性のアルファ鎖を有し、変動性残基がペプチド結合溝内でクラスター形成しており、これは遺伝子のエキソン２および３によりコードされている。ＨＬＡクラスＩ分子はまた、キラー免疫グロブリン受容体（ＫＩＲ）に対するリガンドとして機能し、これは、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の細胞傷害活性を調節する。ＨＬＡクラスＩＩ分子は、Ｂ細胞、マクロファージおよびその他の抗原提示細胞の表面上に認められ、α−βヘテロダイマーが主に外因的に誘導されたペプチド（細菌および化学的毒素）を循環ＣＤ４＋Ｔ細胞に提示する。クラスＩＩ分子では、ベータ鎖は、極めて多形性領域を含み、これらは、遺伝子のエキソン２に局在化し、ペプチド結合溝をコードする。
したがって、有効な結合および提示は、ネオエピトープの配列と、患者の特定のＨＬＡ型の組み合わせ機能であることを理解されたい。最も典型的には、ＨＬＡ型決定には、少なくとも３種のＭＨＣ−Ｉ亜型（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ）および少なくとも３種のＭＨＣ−ＩＩ亜型（例えば、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲ）を含み、それぞれの亜型は少なくとも４桁まで決定されるのが好ましい。しかし、さらに大きい深度（例えば、６桁、８桁）も本明細書で意図されている。
患者の１つのＨＬＡ型が確認され（既知の化学またはコンピュータによる決定を使って）、ＨＬＡ型に対する構造解が計算されるか、またはデータベースから取得され、これが、その後、コンピュータによる結合モデルで使用され、（通常、選別された）ネオエピトープのＨＬＡ構造解に対する結合親和性が決定される。以降でさらに考察されるように、結合親和性を決定するために好適なシステムには、ＮｅｔＭＨＣプラットフォーム（例えば、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２００８ Ｊｕｌ １；３６（ウェブサーバー版）：Ｗ５０９−Ｗ５１２．）が含まれる。以前に明確にしたＨＬＡ型に対する高親和性を有する（例えば、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満）ネオエピトープを、その後、ＭＨＣ−Ｉ／ＩＩ亜型の知識を加味して、治療薬創出に関して、選択する。
ＨＬＡ決定は、当該技術分野において周知の湿式化学の各種方法を使って実施でき、すべてのこれらの方法は、本明細書で用いるのに好適すると考えられる。しかし、特に好ましい方法では、ＨＬＡ型はまた、以降でより詳細に示すような、ほとんどのまたは全ての既知のおよび／または一般的なＨＬＡ型を含む基準配列を使ったオミクスデータからもコンピュータにより予測できる。
例えば、本発明の主題による１つの好ましい方法では、染色体６ｐ２１．３（またはＨＬＡアレルが見つかるいずれか他の位置またはその近傍）に対する比較的大きな数の患者の配列リードマッピングがデータベースまたはシーケンシング装置により得られる。最も典型的には、配列リードは、約１００〜３００塩基の長さを有し、リード品質、アラインメント情報、配向、位置、などを含むメタデータを含む。例えば、好適なフォーマットには、ＳＡＭ、ＢＡＭ、ＦＡＳＴＡ、ＧＡＲ、などが挙げられる。本発明の主題に限らないが、患者配列リードが少なくとも５ｘ、より典型的には少なくとも１０ｘ、さらにより典型的には少なくとも２０ｘ、および最も典型的には少なくとも３０ｘのカバレッジ深度を提供することが一般的に望ましい。
患者配列リードに加えて、意図した方法は、既知の、異なるＨＬＡアレルの複数の配列を含む１つまたは複数の基準配列をさらに用いる。例えば、典型的な基準配列は、そのＨＬＡ型の複数のＨＬＡアレルを有する少なくとも１種のＨＬＡ型の配列セグメントを含む合成（対応するヒトまたはその他の哺乳動物の相当物のない）配列であってよい。例えば、好適な基準配列には、ＨＬＡ−Ａの少なくとも５０個の異なるアレルに対する既知のゲノム配列の収集物が含まれる。あるいは、またはさらに追加して、基準配列はまた、ＨＬＡ−Ａの少なくとも５０個の異なるアレルに対する既知のＲＮＡ配列の収集物を含んでもよい。無論、および以降でより詳細にさらに考察されるように、基準配列は、ＨＬＡ−Ａの５０個のアレルに限定されないが、ＨＬＡ型に関する代わりの組成物およびアレルの数／組成物を有してもよい。最も典型的には、基準配列は、コンピュータ可読フォーマットであり、データベースまたはその他のデータ保存装置から提供されるであろう。例えば、好適な基準配列フォーマットには、ＦＡＳＴＡ、ＦＡＳＴＱ、ＥＭＢＬ、ＧＣＧ、またはジェンバンクフォーマットが含まれ、直接に取得してもまたは公開データリポジトリ（例えば、ＩＭＧＴ、ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ、またはＴｈｅ Ａｌｌｅｌｅ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ Ｎｅｔ Ｄａｔａｂａｓｅ、ＥＵＲＯＳＴＡＭ、ｗｗｗ．ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔ）のデータから作製してもよい。あるいは、基準配列は、アレル頻度、人種のアレル分布、一般的または希なアレル型などの１つまたは複数の所定の判定基準に基づいて、個体の既知のＨＬＡアレルから作製してもよい。
基準配列を使って、ここで、患者配列リードをドブルイングラフに通し、最良適合アレルを特定することができる。これに関して、それぞれの個体は、それぞれのＨＬＡ型に対し２個のアレルを保持すること、およびこれらのアレルは、類似であってよく、または場合によっては、同一でさえあってもよいことに留意されたい。このような高い程度の類似度は、従来のアラインメント方式に対し深刻な問題を提起する。これまでに、発明者は、ＨＬＡアレル、および非常に密接に関係したアレルでも、ドブルイングラフが、配列リードを比較的小さいｋ−ｍｅｒ（通常、１０〜２０塩基の長さを有する）に分解することにより、およびアレルの配列に一致するｋ−ｍｅｒのその配列リードに基づいて、それぞれのアレルに対しそれぞれの患者配列リードが投票（「定量的リード支持」）をする、重み付け投票（ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｖｏｔｅ）法を組み込むことにより作成される手法を使って分離できることを発見した。アレルに対する累積最高投票が、最も可能性の高い予測ＨＬＡアレルを示す。さらに、アレルに一致するそれぞれの断片が、そのアレルに対する全体カバレッジおよびカバレッジ深度を計算するためにも使われることが一般的に望ましい。
スコアリングは、必要に応じ、特に、トップヒットの多くが類似である場合（例えば、それらのスコアのかなりの部分が高度に共有されたｋ−ｍｅｒセットから来る場合）、さらに改善または精緻化し得る。例えば、スコア精密化は、現在のトップヒットに対し実質的に類似性（例えば、９９％またはその他の所定の値超）のアレルをその後の考慮から除外する、重み付けスキームを含み得る。現在のトップヒットにより使用されたｋ−ｍｅｒのカウントは、その後、因子（例えば、０．５）により再重み付けされ、これらの重み付けしたカウントを合計することにより、それぞれのＨＬＡアレルに対するスコアが再計算される。この選択プロセスは、反復されて、新しいトップヒットが見つけられる。方法の精度は、腫瘍により発現されたアレルの特定を可能とするＲＮＡ配列データを使って、さらに改善できる。このアレルは、ＤＮＡ中に存在する２個の内のただの１個に過ぎない場合もある。意図された系および方法のさらなる有利な態様では、ＤＮＡまたはＲＮＡ、またはＤＮＡとＲＮＡの両方の組み合わせは、極めて正確なＨＬＡ予測をするように処理でき、また、腫瘍または血液ＤＮＡまたはＲＮＡから誘導することができる。さらなる態様、好適な方法およびコンピュータによる高精度ＨＬＡ型判定については、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ１６／４８７６８号に記載されている。この出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
必要に応じ、ネオエピトープは、アレル頻度をベースに、これに１００万リードあたりの転写物を乗じてスコア化／順位付けして、尤度スコアを得ることができる。このスコアはその後、ＨＬＡ情報を使ってさらに増やし、患者のＨＬＡ型に対する実際の結合親和性を計算することができる。例えば、代表的順位付けフォーマットは、下記であってよい：
＞２５４ ＮＭ＿００１０００．３ ＲＰＬ３９ Ｍｉｓｓｅｎｓｅ ｐ．Ｍ２９Ｋ Ａ−＞Ｔ Ｎｏｒｍａｌ：ＷＩＲＭＫＴＧＮＫ，ＡＦ：０．１７９１０４４７７６１２ＴＰＭ：１０２３．９６ ＴＰＭ＿ＭＥＤＩＡＮ：７．３５ ＬＬ：１８３．３９５８２０８９６ ｎｅｔＭＨＣ：２４２．９６ Ａｌｌｅｌｅ：ＨＬＡ−Ａ０３０１ ＷＩＲＫＫＴＧＮＫ。
ここで、ファイルはＦＡＳＴＡフォーマットファイルであり、登録項目は「＞」キャラクターで始まり、この行は、試料情報を報告するだけである。次の行はネオエピトープである。試料情報行には、試料識別番号（例えば、２５４）、Ｒｅｆｓｅｑ遺伝子ＩＤ（例えば、ＮＭ＿００１０００．３）、ＨＵＧＯ慣用名（例えば、ＲＰＬ３９）、バリアント分類（例えば、ミスセンス）、タンパク質変化（例えば、ｐ．Ｍ２９Ｋ）、塩基対変化（例えば、Ａ→Ｔ）、正常エピトープ（例えば、正常：ＷＩＲＭＫＴＧＮＫ）、アレル頻度（例えば、ＡＦ：０．１７９１０４４７７６１２）、この遺伝子の１００万リードあたりの転写物（例えば、ＴＰＭ：１０２３．９６）、ＴＰＭ＿ＭＥＤＩＡＮ、これは全ての遺伝子の発現レベル中央値（ＴＰＭ＿ＭＥＤＩＡＮ：７．３５）、ＬＬスコア、これは丁度ＡＦｘＴＰＭである（例えば、ＬＬ：１８３．３９５８２０８９６）、ｎｅｔＭＨＣ予測結合値（例えば、ｎｅｔＭＨＣ：２４２．９６）、およびネオエピトープが結合する特異的ＨＬＡアレル（例えば、アレル：ＨＬＡ−Ａ０３０１）が含まれる。次の行は、従って、ネオエピトープ（例えば、ＷＩＲＫＫＴＧＮＫ）である。
患者および腫瘍特異的ネオエピトープおよびＨＬＡ型が特定されると、さらなる計算処理解析は、ネオエピトープをＨＬＡに結合させることにより実施され、最良の結合剤（例えば、最小ＫＤ、例えば、５００ｎＭ未満、または２５０ｎＭ未満、または１５０ｎＭ未満、または５０ｎＭ未満）が、例えば、ＮｅｔＭＨＣを使って決定される。このような手法は、患者および腫瘍に対し真に特異的ネオエピトープを特定するのみでなく、細胞上に提示される可能性が最も高く、従って、治療効果のある免疫応答を誘発する可能性が最も高いネオエピトープを特定するものでもあることを理解されたい。無論、このように特定されたＨＬＡ適合ネオエピトープは、以降でさらに考察するように、そのエピトープをコードする核酸をウイルス中にペイロードとして含める前に、インビトロで生化学的に確認できることも理解されたい。
無論、患者ＨＬＡ型の患者および癌特異的ネオエピトープとの適合を、ＮｅｔＭＨＣ以外のシステムを使って行うことができること、および好適なシステムには、ＮｅｔＭＨＣ ＩＩ、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ、ＩＥＤＢ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ（ＵＲＬ ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ）、ＲａｎｋＰｅｐ、ＰＲＥＤＥＰ、ＳＶＭＨＣ、Ｅｐｉｐｒｅｄｉｃｔ、ＨＬＡＢｉｎｄｉｎｇ、およびその他（例えば、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１１；３７４：１−４を参照）が含まれることを理解されたい。最高親和性の計算では、変化したアミノ酸の位置が移動している（上記を参照）ネオエピトープ配列の収集物を使用できることに留意されたい。あるいは、またはさらに追加して、ネオエピトープに対する修飾を、Ｎおよび／またはＣ末端修飾を付加することにより組み込んで、発現したネオエピトープの患者ＨＬＡ型に対する結合をさらに強化し得る。したがって、ネオエピトープは、特定されたままの未変性であってもよく、またはさらに修飾して特定のＨＬＡ型により良好に適合させてもよい。
さらに、必要に応じて、対応する野生型配列（すなわち、アミノ酸変化のないネオエピトープ配列）の結合を計算して、親和性の差を確かなものにすることができる。例えば、ネオエピトープとその対応する野生型配列との間のＭＨＣ結合における特に好ましい親和性の差異の大きさは、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１０００倍、などである。
図２は、一連の選別ステップの典型的な結果の代表例を示す。この場合、対応する正常な試料に対する（すなわち、同じ患者の非患部組織に対する比較）同期位置誘導アライメントによるトリプルネガティブ乳癌試料の全ゲノムシーケンシング解析により、腫瘍試料中の比較的大きな数（約１８，０００）のネオエピトープが明らかになった。特に、第１の選別ステップにより、発現強度を基準にして、全特定ネオエピトープの５０％超が取り除かれた。ここで、対応する正常な試料に比べて、２０％より低い発現レベルを有するネオエピトープ配列が取り除かれた。残りの配列をコンピュータによる解析に供し、同じ試料の単一の特異的ＨＬＡ型に結合するはずの（例えば、５００ｎＭ未満の親和性）配列を決定した。繰り返して、かなりの比率のネオエピトープが除去されたこと、および最終的に全ネオエピトープの１．３％のみが使用に好適することが分かったことに留意されたい。
このような解析は、それぞれのＨＬＡ型は多数の、多くの場合極めて類似したアレルを有するため、また、配列が高度の類似性を有する場合、従来のアライメント法は通常大きな識別能力を持つことができないので、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡシーケンシング情報からのＨＬＡ特定に特に有利であることに留意されたい。さらに、このような解析は、好都合にも、専用の検査室機器の必要性のない患者から既に得られているシーケンシングオミクスデータから実施されることを理解されたい。異なる観点から見ると、ネオエピトープの発見、選別、ＨＬＡ型決定、さらにはそのようにして特定されたネオエピトープの患者の特定のＨＬＡ型への結合でさえも、全てコンピュータで実行できる。
ウイルス構築
好ましい患者および癌特異的ＨＬＡ適合ネオエピトープの選択の際に、細胞内発現およびその後の細胞上でのネオエピトープの提示のための組換え核酸が構築される。組換え核酸は、ネオエピトープが、ＭＨＣ−Ｉおよび／またはＭＨＣ−ＩＩ提示経路およびネオエピトープが高親和性を有することが分かっているＭＨＣ亜型（単一または複数）に向けられるように、配置中に１つまたは複数の患者および癌特異的ネオエピトープをコードする配列部分を含む。このような標的化および合理的な提示は、より多くの強い免疫応答を生成すると考えられ、これは、１つまたは複数の同時刺激分子および／またはチェックポイント阻害剤の皮下送達、または、より典型的には、発現によりさらに高められる。無論、このような組換え核酸（単一または複数）の全ての送達方法は安定であると思われること、および組換え核酸（単一または複数）は、ＤＮＡワクチンとして、遺伝子導入組成物中に送達可能な組換えウイルスゲノム、またはＤＮＡもしくはＲＮＡとして、処方され得ることを理解されたい。したがって、当該技術分野において既知の全ての発現系（例えば、細菌発現系、酵母発現系、「裸の」ＤＮＡおよびＲＮＡ発現系）は、本明細書で用いるのに好適であると思われることに留意されたい。
しかし、遺伝子治療で既に確立されている、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、アルファウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス等を含むウイルスを使用するのが特に好ましい。しかし、適切な選択肢の内で、アデノウイルスが特に好ましい。さらに、一般に、ウイルスは複製能欠損型で、非免疫原性ウイルスであり、これは通常、選択ウィルスタンパク質（例えば、Ｅ１、Ｅ３タンパク質）の標的欠失により行われるのがさらに好ましい。このような望ましい特性は、Ｅ２ｂ遺伝子機能を削除することによりさらに高められ得、および組換えウイルスの高い力価は、最近報告されたように（例えば、Ｊ Ｖｉｒｏｌ １９９８ Ｆｅｂ；７２（２）：９２６−９３３）、遺伝子改変ヒト２９３細胞を用いて達成できる。最も典型的には、所望の核酸配列（ウイルス感染細胞からの発現のための）は、当該技術分野において周知の適切な調節エレメントの制御下にある。
ネオエピトープをコードする配列部分の組み込みに関しては、種々のネオエピトープは多くの方法で配置され得ること、および転写または翻訳単位は、複数のエピトープの、典型的には短いリンカー（例えば、４〜２０個のアミノ酸を有する可撓性リンカー）により分離され、プロテアーゼ切断部位をさらに含み得る、鎖状体配置を有し得ることに留意されたい。このような鎖状体は、１〜２０個のネオエピトープ（通常、ウイルスを介して送達され得る組換え核酸の大きさにより制限される）を含んでよく、また、鎖状体は、ＭＨＣ−ＩおよびＭＨＣ−ＩＩ複合体への送達に関し、同じであっても異なっていてもよいことに留意されたい。したがって、下記のように、種々のペプチドを特定の細胞内区画へ送り、ＭＨＣ−Ｉおよび／またはＭＨＣ−ＩＩを介してそのような選択的あるいは特異的提示を達成することができることを理解されたい。別の観点から見ると、腫瘍関連抗原およびネオエピトープは、両方の提示経路を介して提示され得、または選択的に１つまたは別の経路に同時に、または引き続く処置ラウンドで提示され得ることが認識されるべきである。
遺伝子改変ウイルスの「ペイロード」に関しては、１つを超える、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはさらに多くのネオエピトープの発現が好ましく、これは、複数の別々の改変ウイルス、または１つを超えるネオエピトープ配列（例えば、鎖状体またはキメラ配列として）を有するウイルスを用いて実現できることが意図されている。本発明の主題に限らないが、ネオエピトープ配列は、キメラタンパク質に翻訳されてもされなくてもよい、タンデム型ミニ遺伝子（例えば、ａａ１２−ネオエピトープ１２−ａａ１２）として、または単一転写ユニットとして構成されることが一般に好ましい。したがって、エピトープは、モノマー、マルチマー、個々にまたは鎖状体に、またはＮおよび／またはＣ末端ペプチドを有するハイブリッド配列として提示され得ることを理解されたい。最も典型的には、ウイルスコドン選択および／または宿主コドン選択に対応するための好適なコドン使用法を用いて、核酸配列を逆翻訳することが好ましい。しかし、別のコドン使用法または非適合コドン使用法も適切であると思われる。さらに好適な配置および発現カセットに関しては、同時係属の２０１６年３月２日出願の米国特許仮出願第６２／３０２１６８号、および２０１６年３月２８日出願の米国特許仮出願第６２／３１４３６６号が参照される。これらの仮出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
ネオエピトープ配列（例えば、単一ネオエピトープとして、またはポリトープとして発現される）は、片方または両方のＭＨＣ提示経路に対し構成され、好適な配列要素を用いてその方向に向けられることをさらに理解されたい。そのように発現したネオエピトープの所望のＭＨＣ系への送達に関しては、ＭＨＣ−Ｉ提示ペプチドは通常、プロテアソームプロセッシングおよび小胞体を通る送達を介して細胞質から生じることに留意されたい。したがって、以降でさらに詳細に考察されるように、ＭＨＣ−Ｉ提示に向けたエピトープの発現は通常、細胞質に向けられることになる。他方では、ＭＨＣ−ＩＩ提示ペプチドは通常、細胞膜への送達の前に、酸性プロテアーゼ（例えば、レグマイン、カテプシンＬおよびカテプシンＳ）による分解とプロセッシングを介してエンドソームおよびリソソーム区画から生ずる。したがって、これに関しても以降でさらに詳細に考察されるように、ＭＨＣ−ＩＩ提示に向けたエピトープの発現は通常、エンドソームおよびリソソーム区画に向けられることになる。
最も好ましい態様では、シグナルペプチドを、ネオエピトープをエンドソームおよびリソソーム区画への輸送の（およびネオエピトープ提示をＭＨＣ−ＩＩの方に向ける）ために、または細胞質空間で保持する（およびネオエピトープ提示をＭＨＣ−Ｉに向ける）ために、使用し得る。例えば、ペプチドがエンドソームおよびリソソーム区画に送出される場合、標的化シグナルペプチドおよび内部標的化ペプチドを用いることができる。標的化ペプチドのシグナルペプチドは、好ましくはＮ末端に付加され、６〜１３６の塩基性および疎水性アミノ酸を含む。ペルオキシソーム標的化の場合には、標的化配列はＣ末端にあってもよい。その他のシグナル（例えば、シグナルパッチ）を使用してよく、ペプチド配列中で離れて存在する配列要素を含み、適切なペプチド折り畳み時に機能的になる。さらに、グリコシル化などのタンパク質修飾は、標的化を誘導できる。特に好適な標的化シグナルとしては、発明者らは、ペルオキシソーム標的化シグナル１（ＰＴＳ１）、Ｃ末端トリペプチド、およびＮ−末端近傍に位置するノナペプチドのペルオキシソーム標的化シグナル２（ＰＴＳ２）を意図している。さらに、エンドソームおよびリソソームへのタンパク質の選別輸送はまた、通常短い直鎖配列を含むタンパク質の細胞質ドメイン内のシグナルにより媒介され得る。いくつかのシグナルは、チロシンベース選別シグナルと呼ばれ、ＮＰＸＸまたはＹＸＸＯコンセンサスモチーフへ適合する。ジロイシンベースシグナルとして知られるその他のシグナルは、［ＤＥ］ＸＸＸＬ［ＬＩ］またはＤＸＸＬＬコンセンサスモチーフに適合する。全てのこれらのシグナルは、膜の細胞質側表面周辺部に結合したタンパク質コート成分により認識される。ＹＸＸＯおよび［ＤＥ］ＸＸＸＬ［ＬＩ］シグナルは、アダプター蛋白質（ＡＰ）複合体ＡＰ−１、ＡＰ−２、ＡＰ−３、およびＡＰ−４により、特徴的な、わずかな特異性で認識され、一方、ＤＸＸＬＬシグナルは、ＧＧＡとして知られる別のファミリーのアダプターにより認識される。また、ＦＹＶＥドメインを付加することができ、これは、液胞タンパク質選別およびエンドソーム機能と関連付けられてきた。またさらなる態様では、エンドソーム区画はまた、ヒトＣＤ１末端配列を使って標的化することもできる（例えば、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２２，５２２−５３１、参照）。
細胞基質区画への輸送またはその中での保持は、１つまたは複数の特異的配列要素を必ずしも必要としない場合がある。しかし、少なくともいくつかの態様では、膜係留タンパク質または膜係留タンパク質の膜係留ドメインを含む、ＮまたはＣ末端細胞質の保持シグナルを付加し得る。例えば、膜係留タンパク質には、ＳＮＡＰ−２５、シンタキシン、シナプトブレビン、シナプトタグミン、ベシクル結合膜タンパク質（ＶＡＭＰ）、シナプス小胞糖タンパク質（ＳＶ２）、高親和性コリン輸送体、ニューレキシン、電位作動型カルシウムチャネル、アセチルコリンエステラーゼ、およびＮＯＴＣＨが挙げられる。
さらに、ウイルス送達担体はまた、感染樹状細胞とＴ細胞との間の相互作用を高めるために、少なくとも１個の、より典型的には、少なくとも２個の、さらにより典型的には、少なくとも３個の、最も典型的には少なくとも４個の同時刺激分子をコードすることが意図されている。例えば、好適な同時刺激分子には、特に、Ｂ７．１（ＣＤ８０）および／またはＢ７．２（ＣＤ８６）と組み合わせた、ＩＣＡＭ−１（ＣＤ５４）、ＩＣＯＳ−Ｌ、およびＬＦＡ−３（ＣＤ５８）が挙げられる。さらに意図されている同時刺激分子には、４−１ＢＢＬ、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４８、ＣＤ７０、ＣＤ１１２、ＣＤ１５５、ＧＩＴＲＬ、ＯＸ４０Ｌ、およびＴＬ１Ａが挙げられる。さらに、同時刺激分子の発現は、抗原および／またはネオエピトープが１つまたは複数の同時刺激分子と共に提示されるように、連携されるのが好ましいことを理解されたい。したがって、同時刺激分子は、単一転写物から、例えば、配列内リボソーム進入部位または２Ａ配列を使って、または複数の転写物から産生されることが通常意図されている。
同様に、ウイルスベクターは、チェックポイント受容体に結合する１つまたは複数のペプチドリガンドをコードする配列部分をさらに含むことが意図されている。最も典型的には、結合は、その受容体を介したシグナル伝達を阻害するか、少なくとも低減させ、特に、意図されている受容体には、ＣＴＬＡ−４（特にＣＤ８＋細胞に対し）、ＰＤ−１（特にＣＤ４＋細胞に対し）が挙げられる。例えば、ペプチド結合剤は、抗体断片および特にｓｃＦｖを含むことができるが、受容体に特異的に結合する小分子ペプチドリガンドも含むことができる。再度、ペプチド分子の発現は、抗原および／またはネオエピトープが１つまたは複数のペプチド分子と共に提示されるように、連携されるのが好ましいことを理解されたい。したがって、ペプチド分子は、単一転写物から、例えば、配列内リボソーム進入部位または２Ａ配列を使って、または複数の転写物から産生されることが通常意図されている。
その後、ウイルスを、個々にまたは組み合わせて、通常、投与単位当たり１０４〜１０１１のウイルス力価のウイルス粒子を有する無菌の注射可能組成物として処方される医薬組成物の治療ワクチンとして使用され得る。あるいは、ウイルスを用いて、患者（または他のＨＬＡ適合）細胞にエクスビボで感染させて、その後この感染細胞は患者に注入される。さらなる例では、患者のウイルスによる処置は、裸の形の、またはネオエピトープ（単一または複数）、腫瘍関連抗原またはウイルスと同じペイロードを標的とする抗体を発現しているキメラ抗原受容体を保持した、同種移植または自己ナチュラルキラー細胞またはＴ細胞が同時に生じ得る。患者由来のＮＫ−９２細胞株を含むナチュラルキラー細胞はまた、ＣＤ１６を発現し得、抗体と結合できる。本明細書で使用される場合、医薬組成物または薬物の「投与」という用語は、医薬組成物または薬物の直接および間接投与を意味し、医薬組成物または薬物の直接投与は通常、医療専門家（例えば、医師、看護師、など）により実施され、間接投与は、医薬組成物または薬物を直接投与（例えば、注射、点滴、経口送達、局所送達、などを介して）するために医療専門家に提供するステップまたは利用可能にするステップを含む。
最後に、ウイルスが、複数のネオエピトープをコードする核酸ペイロードを含む場合、複数のネオエピトープは、少なくとも付加的にまたは相乗的に宿主免疫応答を高め得ることが意図されていることに留意されたい。同様に、それぞれのウイルスが異なるネオエピトープを有する複数のウイルスが使用される場合、複数のネオエピトープは、少なくとも付加的にまたは相乗的に宿主免疫応答を高め得ることが意図されている。このような付加的または相乗的効果は、特異的腫瘍またはステージに対し典型的であり、または特定の患者パラメーター（例えば、年齢、性別、前処置、など）に特異的なものであり得る。
試験／品質管理
ネオエピトープの実際の発現、プロセッシング、およびＭＨＣ提示を特定するために、またさらに意図されている手法では、発明者らは、そのネオエピトープをコードする核酸は、エクスビボで患者細胞または代用細胞中に遺伝子導入され得ること、およびそのように遺伝子導入された細胞はその後、エピトープのＭＨＣ提示に関して解析され得ることを意図している。例えば、このような患者細胞は、同じ患者の免疫担当細胞、およびより好ましくは、プロフェッショナル抗原提示細胞（例えば、マクロファージ、樹状細胞、ＮＫ細胞、Ｔ細胞、など）を含むことが意図されている。あるいは、白血球（例えば、軟膜または他の方法で調製）または部分富化白血球に遺伝子導入し得る。その後、細胞表面上への結合ネオエピトープの検出を、抗体または以降でさらに詳細に記される合成結合剤を使って実施し得る。他方では、細胞が非患者細胞である場合、これらの細胞は、少なくとも７種の、少なくとも８種の、少なくとも９種の、少なくとも１０種のＭＨＣ亜型に対してＨＬＡ適合している（少なくとも４桁レベルまで）ことが意図されている。最も好ましくは、このような細胞はヒト（同種異系）細胞であろう。しかし、その他の哺乳動物（異種）細胞も好適すると考えられる。
またさらに意図されている態様では、ネオエピトープ提示の可能性の検証も同様に、好ましくは、光学検出用の親和性マーカーまたは実体で標識された合成ネオエピトープを使って実施し得る。このような合成ネオエピトープは、ネオエピトープのＴ細胞受容体、ＭＨＣ複合体、などへの結合の検出に有用な場合がある。さらに、特にこのような合成ネオエピトープが固相に結合されている場合、合成ネオエピトープを使って、既に存在する可能性のある患者から抗体を検出および単離し得る。
特定ネオエピトープ（単一または複数）に対する合成抗体を得るために、コンピュータにより特定されたものをインビトロで調製し、合成ペプチドを得ることが意図されている。当該技術分野において既知の合成ペプチドを調製する多くの方法があり、全ての既知の方法は、本明細書に用いるのに好適すると考えられる。例えば、癌ネオエピトープ配列を有するペプチドは、固相で（例えば、メリフィールド合成を使って）、液相合成を介して、またはより小さいペプチド断片から調製できる。あまり好ましくない態様では、ペプチドはまた、好適な宿主中で組換え核酸の発現により生成し得る（特に、必要に応じてネオエピトープまたは切断部位間にスペーサーを含めて、複数のネオエピトープが単一ペプチド鎖上にある場合）。
したがって、ネオエピトープ配列に対応するまたはそれを含む合成ペプチドの構造は、Ｘ−Ｌ１−（Ａｎ−Ｌ２）ｍ−Ｑであってよく、式中、Ｘは、共有結合でまたは非共有結合で合成ペプチドを固相に結合させる任意のカップリング基または部分であり、Ｌ１は、合成ペプチドを固相またはカップリング基に共有結合させる任意のリンカーである。Ａｎは、ネオエピトープ配列を有する合成ペプチドで、Ａは固有の（タンパク質を構成する）アミノ酸であり、ｎは、７〜３０の整数であり、最も典型的には、７〜１１、または１５〜２５である。Ｌ２は、特に複数の合成ペプチド配列（同じまたは異なる）が構築物中にある場合、存在してもよい任意のリンカーであり、ｍは整数で、典型的には１〜３０、最も典型的には２〜１５である。最後に、Ｑは、合成ペプチドの末端を固相（例えば、立体的にペプチドを制約するために）またはレポーター基（例えば、蛍光マーカー）または他の機能部分（例えば、親和性マーカー）に結合させるために使用してもよい末端基である。したがって、合成ペプチドが直接ＭＨＣ−Ｉ結合に使われる場合、全長は、８〜１０アミノ酸となることに留意されたい。
例えば、Ｘは、固相上で対応する結合剤（例えば、アビジン）に結合する非共有結合親和性部分（例えば、ビオチン）、またはペプチドのＮもしくはＣ末端アミノまたはカルボキシル基と反応する化学基（スペーサーを含有または非含有）、またはペプチドもしくはリンカーＬ１中のスルフヒドリル基と反応する選択的反応性基（例えば、ヨードアセチルまたはマレイミド基）であり得る。Ｌ１は、合成ペプチドの固相からの長さを増やすために使用し得、従って、通常、約２〜２０炭素−炭素結合に等しい長さ（例えば、０．３ｎｍ〜３ｎｍ）を有する可撓性直鎖部分（グリコール基、アルコキシ基、グリシン、などを含む）を含む。無論、合成ペプチドは、ペプチドがその上に産生され、従って、別のカップリング基またはリンカーを必要としない固相を使用し得るということも理解されたい。
特定の合成ペプチドおよびカップリング法に応じて、固相の性質は、大幅に変化してよく、ペプチドの結合用として既知の全ての固相は、本明細書に用いるのに好適であると思われるということを理解されたい。例えば、好適な固相には、アガロースビーズ、ポリマービーズ（着色して、または個別に特定可能な他の方法で）、マイクロタイタープレートのウエルの壁表面、紙、ニトロセルロース、ガラス、などが挙げられる。当業者なら、固相および結合化学の好適な選択を容易に見積もるであろう。さらに好ましい態様では、固相は通常、ファージ（または他の足場担体）上の提示ペプチドを、合成ペプチドを介して可逆的に固相に結合させるなどのファージディスプレイ法に関連するプロトコルに好適するであろうことも留意される。またさらに意図される用途では、特に、合成タンパク質が哺乳動物のワクチンとして、または抗体生産のための非ヒト哺乳動物の免疫原性化合物として使用される場合、固相は、ワクチン接種に使われるキャリアタンパク質（例えば、アルブミン、ＫＬＨ、破傷風トキソイド、ジフテリア毒素、など）であってもよいことも認識されたい。同様に、合成タンパク質はまた、何ら担体を使用しないワクチンまたは免疫原性化合物としても使用し得る。
またさらに好ましい方法では、および上述のように、合成ペプチド（癌ネオエピトープを含むまたはそれに対応する）が固相上に固定される場合、ネオエピトープに対する親和剤、特に抗体は、単離および／または精製し得ることを認識されたい。最も好ましくは、このような単離は、前もって作製された高多様性抗体ライブラリーを含み得る。本明細書で使用される場合、文脈から別義が示されない限り、用語の「抗体（単一または複数）」は、抗体の全てのアイソタイプおよび亜型（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、など）ならびに全てのその断片、一価ＩｇＧを含む、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ−Ｆｃ、ＶｈＨ、などを含む。さらに、意図されている抗体は、ヒト化されてもよく、ヒトまたは非ヒト（例えば、げっ歯類）起源由来でもよく、またはキメラであってもよい。典型的な方法では、高多様性ライブラリーは、少なくとも１０９の多様なメンバー、または少なくとも１０１０の多様なメンバーの多様性を有する、または、通常、Ｍ１３ファージおよびＰＩＩＩ、ｐＶＩＩＩ、ｐＶＩ、またはｐＩＸを介した提示に基づいて、またはＴ７ファージおよびｇｅｎｅ１０カプシドタンパク質に基づいて、さらに高い多様性を有するファージディスプレイライブラリーであってもよい。
容易に理解されるように、大きな多様性ライブラリーの使用により、比較的短時間に、さらに最良の結合剤を選択できるいくつかの結合候補抗体が得られるであろう。実際に、固定合成ペプチドに対する結合親和性は、所望より小さく、当該技術分野において周知のプロトコルを使った親和性成熟により親和性は改善できることを認識すべきである。例えば、低親和性（ＫＤ＞１０−７Ｍ）結合剤またはより小さいライブラリーのメンバーを、当該技術分野において周知の方法を使って親和性成熟に供し、結合親和性および／または反応速度を改善し得る（例えば、Ｂｒｉｅｆｉｎｇｓ Ｉｎ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ｖｏｌ １．Ｎｏ ２．１８９−２０３．Ｊｕｌｙ ２００２、を参照）。さらに、抗体ライブラリーが一般に、好ましいが、その他の足場も好適すると考えられ、それらには、βバレル、リボソームディスプレイ、細胞表面ディスプレイ、など（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ．２００６ Ｊａｎ；１５（１）：１４−２７、参照）、および特にＲＮＡディスプレイ（例えば、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ２００１；９８（９）：４８２５−６）が挙げられることに留意されたい。したがって、好ましい態様では、合成ペプチドは、高親和性結合（ＫＤ＜１０−７Ｍ、およびより典型的にはＫＤ＜１０−８Ｍ）抗体をそのように特定するための、抗体のライブラリーでベイト（ｂａｉｔ）として使用されることを理解されたい。
本明細書の発明概念から逸脱することなく、既に記載されたものに加えて、さらに多くの変更が可能であることは、当業者には明らかでなければならない。したがって、本発明の主題は、添付の特許請求の範囲を除いて、限定されるものではない。さらに、規格値および特許請求の範囲の両方の解釈において、全ての用語は、文脈に適合させて可能な限り最も広くなるように解釈されるべきである。特に、用語の「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、非排他的な要素、成分、またはステップを意味し、言及された要素、成分、またはステップが、明示的に言及されないその他の要素、成分、またはステップと共に、存在、または利用、または組み合わせられ得ると解釈されるべきである。本明細書の特許請求の範囲が、Ａ、Ｂ、Ｃ・・・およびＮからなる群より選択される少なくともいずれか１つに言及する場合、文言は、ＡプラスＮ、またはＢプラスＮ、などではなく、その群からの１つの要素のみを要求すると解釈されるべきである。

Claims (42)

  1. 免疫療法を使って患者の癌を処置する方法であって、
    癌および患者特異的ネオエピトープを発現するように構成された組換え核酸を生成するステップであって、
    前記ネオエピトープが、前記患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する高親和性結合剤であり、
    前記組換え核酸が、前記発現したネオエピトープを前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による提示の方向に向ける配列要素を含むステップと、
    細胞に前記組換え核酸を遺伝子導入し、それにより、前記細胞に対し、前記癌および患者特異的ネオエピトープを前記細胞の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型上に発現および提示させるステップであって、
    前記遺伝子導入ステップが、前記患者中で実施されるか、または前記遺伝子導入された細胞が、前記患者に投与されるステップと、を含む、方法。
  2. 前記癌および患者特異的ネオエピトープが、患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較することにより特定される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記癌および患者特異的ネオエピトープが、変異型、転写強度、翻訳強度、および既知分子変異の内の少なくとも１種による選別により特定される、請求項２に記載の方法。
  4. 前記組換え核酸が、ウイルス性発現ベクター、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、またはＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
  5. 前記高親和性結合剤が、前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対し、１５０ｎＭ未満の親和性を有する、請求項１に記載の方法。
  6. 前記患者のＨＬＡ型が、ドブルイングラフを使ってコンピュータにより決定される、請求項１に記載の方法。
  7. 前記配列要素がリソソーム標的化配列、エンドソーム標的化配列、ペルオキシソーム標的化配列、または細胞質保持配列である、請求項１に記載の方法。
  8. 前記組換え核酸が、同時刺激分子をコードする配列およびチェックポイント阻害剤をコードする配列の内の少なくとも１つをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  9. 前記細胞が前記患者の抗原提示細胞である、請求項１に記載の方法。
  10. 前記患者の遺伝子導入が、アデノウイルスを使って実施される、請求項１に記載の方法。
  11. 代用細胞中で、前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による、前記ネオエピトープの提示を検証するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  12. 前記代用細胞が、前記患者から以前に得た患者細胞またはＨＬＡ適合性同種異系細胞である、請求項１１に記載の方法。
  13. 患者癌細胞または患者癌組織中で、前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による、前記ネオエピトープの提示を検証するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  14. 前記提示を検証するステップが、前記ネオエピトープに結合する合成結合剤または抗体を用いて実施される、請求項１３に記載の方法。
  15. 免疫療法用の組換え核酸を生成する方法であって、
    患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較し、前記患者の疾患関連患者特異的ネオエピトープを特定するステップと、
    前記患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型を特定するステップと、
    前記ネオエピトープの前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する結合親和性を決定するステップと、
    前記結合親和性が所定の閾値より低い場合に、前記ネオエピトープを選択するステップと、
    同時刺激分子をコードする第１の核酸配列および前記選択ネオエピトープをコードする第２の核酸配列を含むように組換え核酸を生成するステップであって、前記選択ネオエピトープをコードする前記核酸配列が前記選択ネオエピトープの発現を促進するプロモーターの制御下にあり、
    前記核酸配列が、前記発現した選択ネオエピトープを、前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による提示の方向に向ける配列要素をさらに含むステップを含む、方法。
  16. 前記オミクスデータを比較するステップが、前記オミクスデータのインクリメンタル同期アライメントにより実施される、請求項１５に記載の方法。
  17. 前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型が、ドブルイングラフを使ってコンピュータにより決定される、請求項１５に記載の方法。
  18. 前記ネオエピトープの前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する前記結合親和性が、コンピュータにより決定され、前記所定の閾値が１５０ｎＭ未満である、請求項１５に記載の方法。
  19. 前記組換え核酸が、第２のネオエピトープをコードする第３の核酸配列をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
  20. 前記組換え核酸が、チェックポイント阻害剤をコードする配列をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
  21. 前記配列要素が、リソソーム標的化配列、エンドソーム標的化配列、ペルオキシソーム標的化配列、または細胞質保持配列である、請求項１５に記載の方法。
  22. 前記組換え核酸が、アデノウイルス発現ベクターである、請求項１５に記載の方法。
  23. 癌ネオ抗原提示を改善する方法であって、
    前記患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較し、前記患者の複数の疾患関連患者特異的ネオエピトープを特定するステップと、
    変異型、転写強度、翻訳強度、および既知分子変異の内の少なくとも１種により前記疾患関連患者特異的ネオエピトープを選別し、選別ネオエピトープを得るステップと、
    前記選別ネオエピトープから、前記患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する高親和性結合剤を選別するステップと、
    患者細胞または適合性ＨＬＡ型を有する細胞中で、前記高親和性結合剤を発現させるステップおよび前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型による前記高親和性結合剤の提示を検証するステップと、
    発現が検証されると、前記高親和性結合剤を免疫療法で使用するステップと、を含む、方法。
  24. 前記オミクスデータを比較するステップが、前記オミクスデータのインクリメンタル同期アライメントにより実施され、前記患部組織が癌組織である、請求項２３に記載の方法。
  25. 前記変異型が、ミスセンス変異であり、前記転写強度が、ＲＮＡｓｅｑにより測定され、前記翻訳強度が、選択反応モニタリング質量分析により測定され、前記既知の分子変異が、一塩基多型、短い欠失および挿入多型、マイクロサテライトマーカー、短いタンデム反復、ヘテロ接合配列、マルチヌクレオチド多型、および名前付きバリアントの内の少なくとも１つを含む、請求項２３に記載の方法。
  26. 前記高親和性結合剤が、前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対し、１５０ｎＭ未満の親和性を有する、請求項２３に記載の方法。
  27. 前記患者細胞または適合性ＨＬＡ型を有する細胞が、抗原提示細胞である、請求項２３に記載の方法。
  28. 前記抗原提示細胞が、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、またはＴ細胞である、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記適合性ＨＬＡ型を有する細胞が、前記患部組織と同じ組織型を有する、請求項２３に記載の方法。
  30. 前記高親和性結合剤の提示を検証するステップが、前記高親和性結合剤の前記患者細胞または前記適合性ＨＬＡ型を有する細胞の表面への結合を検出するステップを使用する、請求項２３に記載の方法。
  31. 前記高親和性結合剤の提示を検出するステップが、前記高親和性結合剤に結合する合成結合剤または抗体を使用する、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記免疫療法が、組換えアデノウイルス、ウイルス性発現ベクター、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、またはＲＮＡである、請求項２３に記載の方法。
  33. 癌ネオ抗原提示を改善する方法であって、
    患者の患部組織および健康な組織由来のオミクスデータを比較し、前記患者の複数の疾患関連患者特異的ネオエピトープを特定するステップと、
    変異型、転写強度、翻訳強度、および既知分子変異の内の少なくとも１種により前記疾患関連患者特異的ネオエピトープを選別し、選別ネオエピトープを得るステップと、
    前記選別ネオエピトープから、前記患者のＨＬＡ型の少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型および少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対する高親和性結合剤を選別するステップと、
    前記高親和性結合剤に特異的に結合する合成結合剤を調製するステップと、
    患者細胞または組織に対する前記合成結合剤の結合を検出するステップと、
    前記合成ペプチドの結合が検証されると、前記高親和性結合剤を免疫療法で使用するステップと、を含む、方法。
  34. 前記オミクスデータを比較するステップが、前記オミクスデータのインクリメンタル同期アライメントにより実施され、前記患部組織が癌組織である、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記変異型が、ミスセンス変異であり、前記転写強度が、ＲＮＡｓｅｑにより測定され、前記翻訳強度が、選択反応モニタリング質量分析により測定され、前記既知の分子変異が、一塩基多型、短い欠失および挿入多型、マイクロサテライトマーカー、短いタンデム反復、ヘテロ接合配列、マルチヌクレオチド多型、および名前付きバリアントの内の少なくとも１つを含む、請求項３３に記載の方法。
  36. 前記高親和性結合剤が、前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩ亜型または前記少なくとも１種のＭＨＣクラスＩＩ亜型に対し、１５０ｎＭ未満の親和性を有する、請求項３３に記載の方法。
  37. 前記合成結合剤が、抗体もしくはその断片、またはファージディスプレイもしくはＲＮＡディスプレイから得られたペプチドである、請求項３３に記載の方法。
  38. 前記検出するステップが、前記患者細胞または組織上の前記合成結合剤の光学検出を含む、請求項３３に記載の方法。
  39. 前記患者細胞または組織が、生検試料内に配置されている、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記免疫療法が、組換えアデノウイルス、ウイルス性発現ベクター、細菌発現ベクター、酵母発現ベクター、またはＲＮＡである、請求項３３に記載の方法。
  41. 請求項１５に記載の方法により産生された核酸を含む組換えウイルス。
  42. 請求項４１に記載の組換えウイルスを含む医薬組成物。
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