JP2018525034A5 - - Google Patents
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Claims (14)
- 腫瘍特異的T細胞調製物を提供するための方法であって、以下の工程:
a 腫瘍特異的T細胞クローンを以下により選択する工程:
− 患者から得られた腫瘍試料を提供する工程;
− 核酸単離工程において該腫瘍試料から核酸調製物を単離する工程;
− 該核酸調製物から複数のT細胞受容体核酸配列を得る工程又は該複数のT細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のT細胞受容体アミノ酸配列を得る工程;
− 配列選択工程において、前記複数のT細胞受容体核酸配列から腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列を選択する工程、又は前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列から腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列を選択する工程;
b 腫瘍特異的T細胞クローンを以下により選別する工程:
− 前記患者から得られたリンパ球調製物を提供する工程;
− 前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列又は前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列を含む細胞を、単離工程において前記リンパ球調製物から単離する工程
を含む、腫瘍特異的T細胞調製物を提供するための方法。 - 前記単離工程は、以下の工程:
− 前記リンパ球調製物を、前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列又は前記選択されたT細胞受容体アミノ酸配列に対応するT細胞受容体のVセグメント内に含まれるアミノ酸配列に特異的に結合することができる反応性リガンドと、接触させる工程であって、前記リガンドが検出可能な標識に結合し、及び前記リガンドは、10−7、10−8又は10−9mol/l以下の解離定数で前記アミノ酸配列に結合する工程、及び
− 前記リンパ球調製物から、前記検出可能な標識を有するT細胞を単離する工程
を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記単離工程は、以下の工程:
− 前記リンパ球調製物を、前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列に特異的に結合する核酸プローブと接触させる工程であって、前記核酸プローブが検出可能な標識に結合する工程、
− 前記リンパ球調製物から、前記検出可能な標識を有するT細胞を単離する工程
を含み、又は
前記単離工程は、以下の工程:
− 前記リンパ球調製物を複数の画分に分離する、分離工程、
− 前記複数の画分に含まれる細胞を細胞培養条件下で増殖させる、増殖工程、及び
− 前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列又は選択された腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列を含む前記複数の画分の少なくとも1つの画分が選択される、選択工程
を含む、請求項1記載の方法。 - 前記選択工程は、以下の工程:
− 前記複数の画分を、前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列に特異的に結合する核酸プローブと接触させ、ここで前記核酸プローブが検出可能な標識に結合しており、かつ前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体配列を含む画分を同定する工程、又は
− 前記複数の画分からT細胞受容体核酸配列を得て、及び前記選択された腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列を含む画分を同定する工程
を含む、請求項3記載の方法。 - 前記配列選択工程は、以下の工程:
− 前記複数のT細胞受容体核酸配列又は前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程;
− 前記複数のT細胞受容体核酸配列に含まれるT細胞受容体核酸配列、前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列に含まれるT細胞受容体アミノ酸配列を、複数の腫瘍試料クローン型に分類する工程であって、ここで、特定のクローン型内に含まれる核酸配列又はアミノ酸配列は、実質同一又は同一の配列を表す工程;
− 各クローン型に関連するT細胞受容体核酸配列の数を決定し、又は各クローン型に関連するT細胞受容体アミノ酸配列の数を決定し、それにより前記クローン型の各々についてクローン型頻度を取得する工程;
− 前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで前記腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型100個のうちの1つである、及び/又は前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度100個のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるT細胞受容体アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である工程、及び
− 前記選択された腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列を、前記腫瘍特異的受容体核酸配列として選択する工程、又は前記選択された腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列のうちの1つのT細胞受容体アミノ酸配列を、前記腫瘍特異的アミノ酸配列として選択する工程
を含む、請求項1〜4のいずれか一項を含む方法。 - 更に以下の工程:
− 前記患者から得られた非腫瘍試料を提供する工程;
− 核酸単離工程において前記非腫瘍試料から核酸調製物を単離する工程;
− 前記核酸調製物から複数のT細胞受容体核酸配列を得て、又は該T細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のT細胞受容体アミノ酸配列を得て、複数の非腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列又は複数の非腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列を取得する工程;
− 前記複数の非腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列又は前記複数の非腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程;
− 前記複数の非腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列又は前記複数の非腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列に含まれるT細胞受容体核酸配列を、複数の非腫瘍特異的クローン型に分類する工程であって、ここで、特定のクローン型に含まれるT細胞受容体核酸配列又はT細胞受容体アミノ酸配列は、同一又は実質的に同一の配列を表す工程、
− 前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・ 前記腫瘍特異的クローン型は、該複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型100個のうちの1つであるか、又は該複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型の100個の最大頻度のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び
・ 前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの100個の最大頻度のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型は、前記非腫瘍試料中には存在しないか、又は前記腫瘍特異的クローン型の頻度の20%、15%、10%、又は5%以下の頻度を示す非腫瘍特異的クローン型に割り当てることができる、工程
を含む、請求項5記載の方法。 - 更に以下の工程:
− 前記患者から得られた血液試料を提供する工程;
− 核酸単離工程において該血液試料から核酸調製物を単離する工程;
− 該核酸調製物から複数のT細胞受容体核酸配列、又は該複数のT細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のT細胞受容体アミノ酸配列を得る工程;
− 該複数のT細胞受容体核酸配列又は該複数のT細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程;
− 該複数のT細胞受容体核酸配列に含まれるT細胞受容体核酸配列又はT細胞受容体アミノ酸配列を、複数の血液試料クローン型に分類する工程であって、ここで特定のクローン型内に含まれるT細胞受容体核酸配列又はT細胞受容体アミノ酸配列は同一又は実質的に同一の配列を表す工程;
− 前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・ 前記腫瘍特異的クローン型は、該複数の腫瘍試料のうち最大頻度のクローン型100個のうちの1つであるか、又は該複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、該複数の腫瘍試料クローン型の100個の最大頻度のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるT細胞受容体アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び
・ 前記複数の腫瘍試料のうちの100個の最大頻度のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型は、前記1つの腫瘍特異的クローン型の頻度未満の頻度を示す血液試料クローン型に割り当てることができる、工程
を含む、請求項5又は6記載の方法。 - 更に以下の工程:
− 前記患者から得られた無細胞試料を提供する工程;
− 核酸単離工程において該無細胞試料から核酸調製物を単離する工程;
− 該核酸調製物から複数のT細胞受容体核酸配列、又は該複数のT細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のT細胞受容体アミノ酸配列を得る工程;
− 該複数のT細胞受容体核酸配列又は該複数のT細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程;
− 該複数のT細胞受容体核酸配列に含まれるT細胞受容体核酸配列又は該複数のT細胞受容体アミノ酸配列に含まれるT細胞受容体アミノ酸配列を、複数の無細胞試料クローン型に分類する工程であって、ここで特定のクローン型内に含まれるT細胞受容体核酸配列又はT細胞受容体アミノ酸配列は同一又は実質的に同一の配列を表す工程;
− 前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・ 前記腫瘍特異的クローン型は、該複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型100個のうちの1つであるか、又は該複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、該複数の腫瘍試料クローン型の100個の最大頻度のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるT細胞受容体アミノ酸配列を含む、複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び
・ 前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの100個の最大頻度のクローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型は、無細胞試料クローン型に割り当てることができる、工程
を含む、請求項5〜7のいずれか一項に記載の方法。 - 前記複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型100個のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記100個の最大頻度の腫瘍特異的クローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸酸配列にコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列、又は前記100個の最大頻度の腫瘍特異的クローン型のうちの前記1つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列のうちの1つのT細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列
を含む、複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型
に割り当てることができる、請求項5〜8のいずれか一項に記載の方法。 - 前記腫瘍試料クローン型の最大頻度のクローン型、又は前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記最大頻度の腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体配列にコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型が、選択され、ここで前記最大頻度のクローン型が、前記非腫瘍試料中には存在しないか、又は前記腫瘍特異的クローン型の頻度の、20%、15%、10%、又は5%以下の頻度を示す非腫瘍クローン型に割り当てることができ、及び/又は前記各腫瘍試料クローン型の頻度未満の頻度を示す血液試料クローン型に割り当てることができ、及び/又は無細胞クローン型に割り当てることができ、及び/又は前記最大頻度の腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型に割り当てることができる、
請求項5〜9のいずれか一項に記載の方法。 - 更に以下の工程:
− 前記腫瘍試料から5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・ 前記選択された腫瘍特異的クローン型は、該最大頻度のクローン型100個のうちの5、10、15又は20個であって、前記複数の腫瘍試料クローン型のうち該5個の最大頻度のクローン型、該10個の最大頻度のクローン型、該15個の最大頻度のクローン型、該20個の最大頻度のクローン型であるか、及び/又は前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型のいずれか1つに含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列のうちの1つのT細胞受容体核酸配列によってコードされるT細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び/又は
・ 前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型は、非腫瘍試料中には存在しないか、又は前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型の頻度の、20%、15%、10%、又は5%以下の頻度を表す非腫瘍特異的クローン型に割り当てることができる、及び/又は
・ 前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型の頻度未満の頻度を示す血液試料クローン型に割り当てることができる、及び/又は
・ 前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型は、無細胞試料クローン型に割り当てることができる、及び/又は
・ 前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの別のクローン型に割り当てることができ、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体配列のうちの前記T細胞受容体核酸配列のいずれか一つにコードされるT細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるT細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型に割り当てることができる、
請求項5〜10のいずれか一項に記載の方法。 - − 前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの、前記100個の最大頻度のクローン型のうちの1つ、前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型のうちのいずれか1つが、以下の場合に非腫瘍特異的クローン型に割り当てられ、これは、前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列の中のT細胞受容体核酸配列にコードされるT細胞受容体アミノ酸配列、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列のうちの1つのT細胞アミノ酸配列が、前記非腫瘍試料クローン型に含まれるT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体アミノ酸配列のT細胞アミノ酸配列が、前記非腫瘍試料クローン型に含まれるT細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合である、及び/又は
− 前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの、前記100個の最大頻度のクローン型のうちの1つ、前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型のうちのいずれか1つが、以下の場合に血液試料クローン型に割り当てられ、これは、前記腫瘍特異的クローン型に含まれるT細胞受容体配列にコードされるT細胞受容体アミノ酸配列が、前記血液試料クローン型に含まれるT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれるT細胞アミノ酸配列が、前記血液試料クローン型に含まれるT細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合である、及び/又は
− 前記複数の腫瘍試料クローン型のうち前記最大頻度のクローン型100個のうちの1つ、前記選択された5、10、15又は20個の腫瘍特異的クローン型のうちのいずれか1つが、以下の場合に無細胞試料クローン型に割り当てられ、これは、前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞受容体核酸配列の中のT細胞受容体核酸配列にコードされるT細胞受容体アミノ酸配列が、前記無細胞試料クローン型に含まれるT細胞受容体核酸配列によりコードされるT細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のT細胞アミノ酸配列のうちのT細胞アミノ酸配列が、前記無細胞試料クローン型に含まれるT細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合である、
請求項5〜11のいずれか一項に記載の方法。 - 前記核酸単離工程は、以下の工程:
a. 前記腫瘍試料からT細胞を単離し、前記単離されたT細胞から核酸を単離する工程、及び/又は
b. T細胞受容体核酸配列を特異的に増幅する核酸増幅反応を行う工程
を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。 - 前記腫瘍特異的T細胞受容体核酸配列は、ヒトT細胞受容体の鎖のCDR3領域をコードし、又は前記腫瘍特異的T細胞受容体アミノ酸配列は、ヒトT細胞受容体の鎖のCDR3領域に含まれるか、又はそのものである、
請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
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