JP2018523992A - パルボウイルスを大規模生産および精製するための方法 - Google Patents

パルボウイルスを大規模生産および精製するための方法 Download PDF

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Abstract

特性解析ストラテジを含むパルボウイルスを生産するため、好ましくはH−1PVを生産するための、再現性があり、かつ効果的でスケーラブルな方法が記載される。

Description

本発明は、パルボウイルスを生産するため、好ましくはH−1PVを生産するための、再現性があり、かつ、効果的でスケーラブルな方法、並びに、(感染性)パルボウイルス粒子を精製するための方法を提供する。
H−1PVは、パルボウイルス科(Parvoviridae)のパルボウイルス亜科(Parvovirinae)サブファミリー内のプロトバルボウイルス(Protoparvovirus)属に属する(非特許文献1:Cotmore他,2014)。H−1PVは、直径が25nmの非エンベロープ正二十面体カプシドからなり、非構造的タンパク質−特に、NS1(83kDa)およびNS2(25kDa)−並びに、カプシドタンパク質VP1(81kDa)およびVP2(65kDa)をコードする、長さ約5kbの一本鎖DNAゲノムを含有する。また、別のカプシドタンパク質VP3(63kDa)は、VP2の翻訳後切断によって産生される(非特許文献2:Faisst他,1995、非特許文献3:Halder他,2012、非特許文献4:HansonおよびRhode,1991、非特許文献5:Toolan他,1960)。プロトパルボウイルスはS相依存様式で複製し、許容細胞の感染後に溶菌サイクルを受ける(非特許文献6:Burnett他,2006)。H−1PVの自然宿主はラットであるが、このウイルスは、多数のヒト腫瘍細胞を含む形質転換細胞内で優先的に複製するので、近年極めて大きな関心を集めてきた。したがって、前記ウイルスは、様々な細胞培養および動物モデルにおいて証明されてきた腫瘍細胞崩壊性および腫瘍抑制性を有する(非特許文献7:Nuesch他,2012、非特許文献8:Rommelaere他,2010)。異種移植片モデルでは、H−1PVは、頸部腫瘍(非特許文献9:Faisst他,1998、非特許文献10:Li他,2013)、膵臓腫瘍(非特許文献11:Angelova他,2009b、非特許文献12:Grekova他,2011)、乳癌(非特許文献13:Dupressoir他,1989)、神経膠腫(非特許文献14:Geletneky他,2010、非特許文献15:Kiprianova他,2011)、および、リンパ腫(非特許文献16:Angelova他,2009a)を含む多数のヒト腫瘍を抑制することが証明されてきた。更に、H−1PVは、癌幹細胞を排除することに成功することが証明されている(特許文献1:欧州特許第2404609(A1)号明細書)。これらの前臨床試験による概念実証に基づいて、再発性多形性膠芽腫を有する患者を対象に、2011年には、H−1PVの最初の臨床試験(第I/IIa相)が開始された(非特許文献17:Geletneky他,2012)。
H−1PVの治療可能性を試験および最終的に活用するためには、効率的で、簡単かつ再現性のあるウイルス産生方法、並びに、最終ウイルスバッチの定量的および定性的特性解析のための信頼できるアッセイを開発することが不可欠である。NB−324K細胞内でのH−1PVの小規模生産および塩化セシウム(非特許文献3:Halder他,2012、非特許文献18:Paradiso,1981)またはイオジキサノール(Wrzesinski他,2003、非特許文献19:Zolotukhin他,1999)密度勾配遠心分離によるNB−324K細胞の精製についての方法は公表されている。文献は、更に、電子顕微鏡法(非特許文献3:Halder他,2012、)または赤血球凝集アッセイ(非特許文献20:KongsvikおよびToolan,1972)によるH−1PV物理的粒子および定量的PCR(非特許文献21:Lacroix他,2010)によるゲノム含有粒子のプラークアッセイ(非特許文献22:TattersallおよびBratton,1983)による感染性ビリオンの滴定についても記載している。しかし、ウイルス収率および純度またはウイルス定量および品質モニタリングのための分析方法の感受性を決定および最適化するための系統的な比較分析は実施されてこなかった。
欧州特許第2404609(A1)号明細書
Cotmore, S.F., Agbandje-McKenna, M., Chiorini, J.A., Mukha, D.V., Pintel, D.J., Qiu, J., Soderlund-Venermo, M., Tattersall, P., Tijssen, P., Gatherer, D. and Davison, A.J., 2014. The family Parvoviridae. Archives of virology 159, 1239-47. Faisst, S., Faisst, S.R., Dupressoir, T., Plaza, S., Pujol, A., Jauniaux, J.C., Rhode, S.L. and Rommelaere, J., 1995. Isolation of a Fully Infectious Variant of Parvovirus H-1 Supplanting the Standard Strain in Human-Cells. Journal of Virology 69, 4538-4543. Halder, S., Nam, H.J., Govindasamy, L., Vogel, M. , Dinsart, C, Salome, N., McKenna, R. and Agbandje-McKenna, M., 2012. Production, purification, crystallization and structure determination of H-1 Parvovirus. Acta crystallographica. Section F, Structural biology and crystallization communications 68, 1571-6. Hanson, N.D. and Rhode, S.L., 3rd, 1991. Parvovirus NS1 stimulates P4 expression by interaction with the terminal repeats and through DNA amplification. J Virol 65, 4325-33. 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したがって、本発明の基礎にある技術的課題は、パルボウイルスの産生、精製および特性解析を標準化および最適化することである。
前記技術的課題の解決は、特許請求の範囲において特徴付けた実施形態を提供することにより達成される。
腫瘍細胞崩壊性のプロトパルボウイルスに関する研究は、再発性の切除可能な悪性神経膠腫を有する患者におけるH−1PVの最初の第I/IIa相試験に伴って、臨床プラクティスに転換する段階に達している(Geletneky他,2012)。この臨床試験は、有効性を評価し、例えば、膵臓癌もしくは神経芽細胞腫などの他の癌に対するアプローチに拡張することを目的とする更なる臨床試験が後に続くと予期されている(Lacroix他,2010、Li他,2013)。これらの開発は、プロトパルボウイルスの産生および特性解析のための堅固な手法の利用可能性に左右される。一方では、概念の実証を提供することができる前臨床試験データを生成するためには、標準化された手法が必要とされる。明確に特性解析されたウイルス調製物および分析方法の使用は、実際に、腫瘍学における腫瘍細胞崩壊性プロトパルボウイルスの治療有効性の妥当な再現性のある証拠を得るための前提条件である。他方では、臨床バッチを生成することおよびそれらの仕様を確立することに責任を追っている認証施設に技術および標準を移すための標準操作手順もまた必要とされる。
本発明を導くに至った実験中に、改善されたウイルスバッチ清澄化および感染性粒子精製を通して望ましくないコンタミネーションの排除を伴う、大規模ウイルス生産のための重要な革新が導入された。本発明者らは、抗癌ウイルス療法のための前臨床試験および臨床試験の両方においてH−1PVを活用するための基礎としての標準化された産生、精製および特性解析手法を開発することに焦点を当ててきた。二つの感染ストラテジおよび二つのウイルス精製ストラテジを試験し、結果として生じたウイルス調製物をそれらの純度、並びに、完全粒子、感染性粒子および中空粒子含量について比較した。従来型収集システム(例えば、10層式CellSTACK(登録商標)(CS)チャンバー、好ましい収率、感染細胞当たりの1×10感染単位)内でシミアン・ウイルス40(SV40)(TattersalおよびBratton,1983)を用いて形質転換されたNB−324Kヒト新生児腎細胞を培養して感染させる工程を含む採用された産生方法は、単純で、スケーラブルであり、かつ再現性がある。コンタミネーションしているDNAおよびタンパク質を排除するための後処理プロセス(downstream processing)には、DNAse処理、濾過および二回のイオジキサノール密度勾配遠心分離が含まれ、第1勾配はステップ勾配であり、第2勾配はステップ勾配(例えば、到達力価:1×1010PFU/mL)若しくは、連続勾配(例えば、到達力価:3×1011PFU/mL)のいずれかである。研究目的で中空ビリオンの感染性粒子無含有調製物を得るための、塩化セシウム密度勾配遠心分離の後にUV照射(例えば、到達した力価:1×1014個の物理的粒子/mL)を実施する手法もまた開発された。物理的粒子の迅速な感受性(および、したがって、粒子対感染性率)決定のために、集合(assembled)カプシドを特異的に標的とする新規なモノクローナル抗体に基づいて、「カプシド−ELISA」が開発された。
本発明は、この標準化の努力について具体的に説明する。本発明は、前臨床研究を支援するための方法について記載する。H−1PVストック調製の改善は、三段階、(1)再現性のある標準化された大規模ウイルス生産、(2)代替手法によるウイルスの精製および濃縮、および、(3)品質管理基準の実行で達成された。
(A)再現性のある標準化された大規模H−1PV生産
堅固な標準化されたH−1PV産生方法は、以下に例示され、図9に要約したように、五つの個別ウイルスバッチについて確立された。
単一の10層式CSチャンバーを用いて、前臨床試験および臨床試験での使用と適合する濃度1×1010PFU/mLを備える2×1011PFUのウイルス収率が達成された。この収率は、感染細胞当たり約1×10個の感染性粒子の生産性に相当する。10層式システムは、100×10cmの細胞培養皿とほぼ同一の付着面積を提供する(Halder他,2012)。効率的な産生は、95%を超える生存率、20未満の継代数、マイコプラズマコンタミネーションの欠如(Multiplexion、独国)およびFBSの一貫性の品質とともに、プロデューサー細胞(NB−324K)の良好な状態に起因して可能であった。
ローラーボトルシステム内でH−1PV産生の規模を拡張することを目指した初期の試みは、間欠的な5%のCOガス処理およびHepes/NaHCO緩衝化を適用した場合でさえ、失敗に終わった(データは示していない)。しかし、本発明者らは、ウイルス産生のための最適な細胞内環境をCOガス処理によって達成した。
規模拡張を達成するための単純で効率的な方法は、5の10層式チャンバーから1×1012PFUまでの回収量をもたらすCSチャンバーを使用することであった。さらなる規模拡張は40層式チャンバーを使用することで可能になるであろうが、40層式チャンバーの振とうおよびガス処理の取扱いはより煩雑である。付着性細胞を用いた更なる規模拡張は、ワクチン産生について記載されたように、キャリア(carrier)の使用を包含するであろう(Rajendran他,2014)。魅力的な代替法は、ミンク腸炎PVワクチン産生について記載されたように(Hundt他,2007)、波炉(wave reactor)内で懸濁細胞培養を使用することであろう。付着性細胞および懸濁細胞での高力価組換えAAVベクター産生に関する関連方法は、国際公開第2015/031686(A1)号パンフレットに記載されている。
(B)H−1PV調製物の効率的な精製および濃縮
未処理ウイルス採取物は、完全粒子、中空粒子および中間密度粒子を含有しており、ウイルスおよび宿主細胞のDNAおよびタンパク質の両方によってコンタミネーションされた。これらを最初にDNAse処理し、次にフィルター(例えば、0.2μmフィルター)に通して清澄化した。これは宿主細胞DNAおよび非パッケージウイルスDNAの37%および全タンパク質の24%の排除を生じさせた。宿主細胞DNAの残留断片は、62bpより小さいことが証明された。
H−1PVは、更にイオジキサノールまたはCsCl勾配遠心分離により精製した。これらの方法を、得られたH−1PV力価、中空粒子からの完全粒子の分離、および、SDS−PAGE後の電子顕微鏡法およびクマシーブルー染色によって測定した夾雑タンパク質の存在に関して比較した。近年の報告書(Halder他,2012)では、電子顕微鏡法によって証明されたように、3ラウンドのCsCl遠心分離を通して中空粒子対完全粒子の高精製が達成された。それでもCsClには毒性があるために、この手法は前臨床試験用および臨床試験用ウイルスバッチの標準精製には推奨されない。このことに刺激され、本発明者らは、連続IOD−PBSおよびVIS−リンゲル密度勾配遠心分離を含む二段階精製手法を開発した。
CsCl勾配分画とVIS−リンゲル勾配分画との比較は、これらの方法の良い点と悪い点を示している。一方では、CsCl勾配遠心分離は、中空粒子分画内の粒子対PFU比はCsCl密度勾配遠心分離後の方が前記VIS−リンゲルステップ後より10倍高く、比力価が1014PP/mg(タンパク質)を超えていたことから、研究目的での中空ビリオンを調製するための精選方法であると思われる。他方、二段階イオジキサノール勾配遠心分離手法は、CsClの毒性(臨床試験適用の場合における短所)を回避するので、そして、コストがより低く、消費時間が短いので(CsCl遠心分離のための3日間に比して半日間)、感染性粒子を精製するためのより優れた方法として浮上した。更に、この手法は、約5×1011PFU/mg(タンパク質)の比活性力価を生じさせる。Vis−リンゲル完全粒子分画におけるウイルス濃度は約1×1010PFU/mLであり、Vis−リンゲルステップ勾配を連続勾配と取り換えると3×1011PFU/mLまでに増加した。Vis−リンゲル勾配から収集したウイルス分画は2年間にわたり安定性で、これらの分画を何らかのそれ以上の緩衝剤交換を行わずにウイルスストックとして使用することを可能にした。これらの様々な理由から、イオジキサノール精製手法は、感染性H−1PVのストックを調製するために日常的に使用されている。本明細書に提示した密度勾配遠心分離に加えて、他のシステム内で妥当性が確認された他のウイルス精製手法は、腫瘍崩壊性PVの調製へのそれらの適用可能性について試験する価値がある。クロマトグラフィーおよびクロマトフォーカシングは、AAVについて証明されたように(Qu他,2007)、中空粒子および完全粒子がクロマトグラフィーによって分離することができるので、大規模生産のために特に関心が高い(Okada他,2009)。前記プロトパルボウイルスMVMを捕獲するための膜吸収の使用についても、近年記載されてきた(Weaver他,2013)。
(C)完全粒子バッチおよび中空粒子バッチの高品質性
ハーモナイゼーション国際会議は、“”Specifications:Test Procedures and Acceptance Criteria for Biotechnological/Biological Products”(Q6B,1999)において、このタイプの産物のためのガイドラインを発行した。これらのガイドラインは、それらの物理化学的特性、生物学的活性、免疫化学的特性、量、純度、不純物およびコンタミネーション物質を含む、製剤が特性解析されなければならないレベルを規定している。原則として、前記原料物質、精製工程および処方が、製剤の一貫性の品質を保証する。H−1PVバッチは、ICHガイドラインにしたがって定量および特定される。本発明において取り扱った特定の課題は、中空粒子による完全粒子ウイルスストックのコンタミネーションであった。これは、中空粒子が非毒性ではあるが、細胞生理学に影響を及ぼして、抗ウイルス免疫応答を誘導する可能性があるために、重要である(Gao他,2014)。したがって、ゲノム含有ビリオンおよび全物理的ウイルス粒子の両方を定量するための方法が必要とされる。定量的PCRは完全ビリオンを定量するための良好な方法であると思われるが、物理的粒子定量のより便宜的方法が必要とされる。本発明においては、集合H−1PVカプシドを特異的に認識する、前記mAb BL−H1を使用する「カプシド−ELISA」が開発された。このELISAは、パルボウイルス粒子を検出するために伝統的に使用されてきた前記赤血球凝集反応検定ほど煩雑ではなく、信頼性がより高く、更に感受性がより高いことが証明された。完全ビリオンバッチから中空粒子を清澄化することは、依然として精製手法を更に改善するための目標である。これとは逆に、感染性ビリオンを全く含まない、および、ウイルス感染性の非存在下でそれらのインビトロおよびインビボ作用について試験できる中空粒子ストックを得ることもまた重要である。これは、感染性ビリオンを不活化するために中空粒子バッチをUV光で照射することにより達成された。前記手法は、含有する感染性ビリオンが10−10%未満である中空粒子バッチを生じさせる。
(D)BL−H1モノクローナル抗体の適用範囲
ウイルスストックの定性的および定量的制御における使用に加えて、mAb BL−H1は、前臨床試験および臨床試験両方に付随する研究にとって価値が高いことが判明した。それは、処置動物由来の血清中のH−1PV特異的抗体を定量するための標準物質として使用されており(Grekova他,2011)、将来は患者における血清変換を監視するために使用することができよう。BL−H1は、ELISAにおいて感染被験者におけるウイルス血症を検出する捕捉抗体としても、そして、PV感染についての動物施設由来のラットをスクリーニングするためにも使用することができる(欧州特許第2332986(A1)号明細書)。
ウイルスカプシドタンパク質を標的とする抗体の特性解析を示す図である。 感染性H−1PV分子クローンでトランスフェクトされた293T HEK細胞から調製されたタンパク質抽出物がスクロース勾配遠心分離によって分析された。個別分画は、GP、IU、HAUおよびVPタンパク質の存在について分析された。VPは、BL−H1またはαVP抗体を用いるウェスタンドットブロッティングによってそれぞれ検出された。データは、BL−H1 mAbが集合カプシドを特異的に認識するが、αVPはVPタンパク質を認識することを示している。 H−1PVカプシドELISAの特性解析を示す図である。 450nmでの吸光度は、添加されたH−1PV粒子の数(ELMIによって決定)に対してプロットされた。指示した数値は、標準偏差バーを伴う3回の独立測定の平均値を表す。線形用量反応はデータの回帰分析から引き出された。「QC−L」および「QC−M」と指示したサンプルは、それぞれ4および8×10個の粒子を含有しており、引き続いて、低濃度および中濃度の品質管理標準物質として使用された。 CsCl勾配遠心分離による完全H−1PVカプシドからの中空H−1PVカプシドの分離を示す図である。 カプシドは、赤血球凝集アッセイ(HAU)またはカプシド−ELISA(PP)のいずれかによって検出されたが、ウイルス粒子を含有するゲノム(GP)はQ−PCRによって定量された。 H−1PV産生の再現性を示す図である。 10層式CS内での産生後、ウイルス採取物が調製および分析された。PFU、GPおよびPP力価が決定され、感染時点でCS内の細胞数に比較して表示された。5回の独立産生についての数値を示した。 (a)連続的なIOD−PBSおよびVIS−リンゲル、または、(b)CsClのいずれかでの密度勾配遠心分離後における中空粒子からの完全粒子の分離の程度を示す図である。 指示した分画の前記PFU、GP、および、PP力価を示した(5回の独立実験からの標準偏差を伴う平均値)。 (a)連続的なIOD−PBSおよびVIS−リンゲル、または、(b)CsClのいずれかでの密度勾配遠心分離後における中空粒子からの完全粒子の分離の程度を示す図である。 指示した分画の前記PFU、GP、および、PP力価を示した(5回の独立実験からの標準偏差を伴う平均値)。 完全粒子および中空粒子分画内の回収率、比活性および粒子対感染性率を示す図である。 ウイルス採取物が清澄化され、次にIOD−PBSおよびVIS−リンゲル密度勾配遠心分離またはCsCl密度勾配遠心分離によって精製された。清澄化採取物、ウイルス含有IOD−PBS勾配分画、完全粒子および中空粒子VIS−リンゲル勾配分画、並びに、完全粒子および中空粒子CsCl勾配分画のサンプルが分析された。(a)中間分画および完全粒子分画内の比活性(PFU/mg)、PFU回収率(%)およびPP/PFU比、(b)中間分画および中空粒子分画内の比カプシド力価(specific capsid titer)(PP/mg)、PP回収率(%)およびPP/PFU比。 完全粒子および中空粒子分画内の回収率、比活性および粒子対感染性率を示す図である。 ウイルス採取物が清澄化され、次にIOD−PBSおよびVIS−リンゲル密度勾配遠心分離またはCsCl密度勾配遠心分離によって精製された。清澄化採取物、ウイルス含有IOD−PBS勾配分画、完全粒子および中空粒子VIS−リンゲル勾配分画、並びに、完全粒子および中空粒子CsCl勾配分画のサンプルが分析された。(a)中間分画および完全粒子分画内の比活性(PFU/mg)、PFU回収率(%)およびPP/PFU比、(b)中間分画および中空粒子分画内の比カプシド力価(specific capsid titer)(PP/mg)、PP回収率(%)およびPP/PFU比。 連続VIS−リンゲル勾配遠心分離によるH−1PVの濃縮を示す図である。 H−1PV採取物が清澄化され、次に、最初はIOD−PBSステップ勾配および次にVIS−リンゲル連続勾配で、密度勾配遠心分離によって精製された。GPおよびIU力価は、IOD−PBSステップ勾配後に清澄化ウイルス採取物内で、そして、連続勾配の分画1〜10内で決定された。前記IUリッチ分画4〜6が更に分析され、3.0×1011PFU/mLまでの感染性H−1PV濃度が証明された。 連続精製工程からのウイルスバッチのタンパク質組成を示す図である。 パネルa、b:ウイルスサンプル(1×1010PP)からのタンパク質抽出物がSDS−PAGEによって分析され、(a)銀染色または(b)αVP抗体を用いた免疫ブロッティングによって解明された。レーン1:ウイルス採取物、レーン2:清澄化ウイルス採取物、レーン3〜7:(3)完全粒子、(4)中間 完全/中空粒子、(5)中空粒子、(6)UV照射中間 完全/中空粒子、および、(7)UV照射中空粒子に相当するCsCl勾配分画、レーン8:IOD−PBS勾配からのウイルス粒子、レーン9〜11:(9)完全粒子、(10)中間 完全/中空粒子、および、(11)中空粒子に相当するVIS−リンゲル勾配分画、M:サイズマーカー。パネルc、d:(c)UV照射前、および、(d)UV照射後の中空粒子分画を示す電子顕微鏡写真。 (A)感染性粒子、および、(B)中空粒子を調製するための推奨手法を用いたH−1PV産生のフロー図を示す図である。
したがって、本発明は、完全活性パルボウイルス粒子、および、中空非活性パルボウイルス粒子を産生するための方法であって、
(a)プロデューサー細胞系NB−324Kを提供する工程、
(b)好適な条件下で前記細胞系を増殖させる工程、および、0.5〜2×10−2PFU/細胞のMOIを備えるパルボウイルスを用いて2.0〜5.0×10細胞/cmの細胞密度で前記細胞を感染させる工程、
(c)前記細胞を感染2〜6日後に採取して遠心分離によって細胞ペレットを得る工程、
(d)細胞溶解物を含有するパルボウイルスを得るために、再懸濁した前記細胞ペレットを機械的、物理的、または、化学的な細胞溶解に供する工程、
(e)前記細胞溶解物を超音波処理して前記細胞溶解物をDNAse処理に供する工程、
(f)濾過によって前記DNAse処理したパルボウイルス採取物を清澄化する工程、および、
(g1)2回の連続密度勾配超遠心分離によって前記パルボウイルスを精製する工程であって、第1勾配はイオジキサノール/PBSステップ勾配であり、第2勾配はイオジキサノール/リンゲルステップ勾配またはイオジキサノール/リンゲル連続勾配であり、一つの分画内で全活性パルボウイルス粒子およびまた別の分画内で中空パルボウイルス粒子を得るためものである、工程、または
(g2)中空パルボウイルス粒子を得るために前記パルボウイルスを連続CsCl勾配超遠心分離によって精製する工程、を含む方法に関する。
最適な結果を得るために、前記プロデューサー細胞系NB−324Kは、(a)少なくとも95%の生存性、(b)20未満の継代数、(c)マイコプラズマコンタミネーションの欠如、および(d)SV40産生の欠如を特徴とする。
好ましくは、本発明の前記方法は、パルボウイルスH−1PVを産生/精製するために使用される。
当業者であれば、プロデューサー細胞系を増殖させるため、および、細胞をパルボウイルスで感染させるための一般的条件を知っている。通常は、細胞は、例えば、5%のCO雰囲気下で熱不活化ウシ胎児血清(例えば、5%のFBS)を含む最小必須培地中において37℃で培養される。好ましくは、前記培地には、ペニシリン、ストレプトマイシンおよびL−グルタミンを補給すべきである。
本発明の好ましい実施形態では、工程(b)の前記細胞の密度は、3.0〜4.0×10細胞/cmである。
本発明の方法の更に好ましい実施形態では、ウイルス産生は、単回使用細胞培養システム内、好ましくは、10層式細胞培養チャンバー内、例えばCellSTACK(登録商標)(CS)チャンバー内で実施される。更なる規模拡張は、40層式CSチャンバー若しくは搬送システムを用いて達成することができる。
好ましくは、採取のために、培養培地が吸引され、感染細胞は好適な緩衝剤および/または酵素、例えば、PBS−EDTA若しくはトリプシンを用いて処理される。培地上清および脱離細胞は、細胞ペレットを得るために、好ましくは5,000gで、好ましくは約5分間にわたり遠心分離される。当業者であれば、プロデューサー細胞からパルボウイルスを遊離させるための好適な機械的、化学的または、物理的方法を知っている。好ましくは、これは凍結/融解サイクル、超音波処理および/またはTriton(登録商標)S100処理によって実施できる。当業者であれば、前記細胞を超音波処理し、この後にDNAse処理するための好適な方法についても知っている。例えば、前記細胞は、十分な時間にわたり30〜70Wで超音波処理することができ、DNAse処理は、20〜80U/mLのDNAseを用いて、通常は37℃で10〜50分間実施される。
完全活性パルボウイルス粒子の更なる精製および濃縮のためには、イオジキサノール/PBS(IOD−PBS)およびVisipaque/リンゲル(Vis−リンゲル)密度勾配が実施される。下記では、これらの工程について更に詳細に説明する。
上記の「イオジキサノール」は、「Visipaque」(ヒトへの注射に使用)または「イオジキサノルム(Iodixanolum)」(研究用)に対する同義語である。化学構造は、
Figure 2018523992
である。
IUPAC名は、5−[アセチル−[3−[N−アセチル−3,5−ビス(2,3−ジヒドロキシプロピルカルバモイル)2,4,6,−トリヨードアニリノ]2−ヒドロキシプロピル]アミノ]−1−N,3,N−ビス(2,3−ジヒドロキシプロピル)−2,4,6−トリヨードベンゼン−1,3−ジカルボキサミド(5-[acetyl-[3-[N-acetyl-3,5-bis(2,3-dihydroxypropylcarbamoyl)2,4,6,-triiodoanilino]2-hydroxypropyl]amino]-1-N,3,N-bis(2,3-dihydroxypropyl)-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxamide)である。CAS番号は、92339-11-2である。Visipaqueは更に、CTイメージングのための周知の造影剤である。
(i)IOD−PBS密度勾配およびVis−リンゲル密度勾配
したがって、タンパク質を除去するために、Zolotukhinによって記載された(Zolotukhin他,1999)ステップ密度勾配遠心分離を実施した。好ましい実施形態では、Quicksealチューブ(Beckman、独国、例えば25×89mm)に10〜50mL、好ましくは20mLのウイルス懸濁液を充填した。この懸濁液の下に、緩衝剤、例えば、PBS中の、2〜5層、例えば、4層のイオジキサノール(Alexis Shield、ノルウェー)を置いた。好ましいイオジキサノール濃度、15、25、40および60%。超遠心分離は、超遠心分離機において好適な時間および速度で、好ましくは、227,220の相対遠心分離力(RCF)に相当する50,000rpmの50.2 Tiローター(Beckman、L870M、独国)で4℃、2時間で実施した。通常、40%のイオジキサノール層から3.5mLのウイルス懸濁液が収集された。この後、更にタンパク質を除去して中空粒子から完全粒子を分離するために、緩衝剤、好ましくは、リンゲル液(B.Braun、独国)中に希釈したVisipaque(GE Healthcare、ノルウェー)を使用して第2密度勾配遠心分離を実施した。好ましい実施形態では、Quicksealチューブ(例えば、25×89mm)に緩衝剤、例えば、リンゲル液中に、少なくとも1:2.5で希釈したIOD−PBS密度勾配からのウイルス懸濁液を充填した。この後、1〜10mL(例えば、5mL)の25%、1〜10mL(例えば、4mL)の40%、および、1〜10mL(例えば、4mL)の55%のリンゲル液中のVisipaqueを下に置いた。40%の層を検出するために、25%および55%のVisipaque/リンゲル相がフェノールレッドで着色された参照勾配を作成した。更に、前記40%相を前記サンプルチューブ上の外側に表示した。超遠心分離は、好適な条件下で、例えば、50,000rpmに設定した50.2 Tiローター内において4℃で2時間実施した。次に、前記40%相の2つの分画、好ましくは、1〜5mL、例えば2.5mLの完全粒子分画(40%層の下方のバンド)および、好ましくは0.1〜1.5mLの、例えば、800μLの中空粒子分画(40%層の上方のバンド)をシリンジおよび中空針を用いて収集した。屈折計(AR200、Reichert Analytical Instruments、独国)を使用して5μLサンプルの屈折率を測定し、分画を取り出した領域の密度は、イオジキサノールについての参照表(AXIS-SHIELD、ノルウェー)を用いて計算した。
(ii)連続Vis−リンゲル勾配
連続Vis−リンゲル勾配のために、Quicksealチューブに、約1.3〜1.4、例えば、1.3815(30%のVisipaqueに相当する)の屈折指数までリンゲル液に希釈したウイルス懸濁液を充填した。前記ウイルス懸濁液の下に、0.1〜1mL、好ましくは0.5mLの60〜70%、好ましくは、65.2%のVisipaqueクッションを置き、前記チューブに、好ましくは、30%のVisipaque/リンゲル液を完全に充填した。超遠心分離は、好適な条件下で、例えば、63,000rpmでの70.1 Tiローター内において4℃で10時間実施した。約500μLの分画を制御滴下法(controlled dripping)の下で底部から収集した。
上記のように、本発明によると、中空不活性粒子を得るために、CsCl密度勾配が実施される。CsCl密度勾配は、以前に記載されたように確立された(Paradiso,1981)。好ましい実施形態では、ポリアロマー製遠心チューブ(Beckmann、独国、14×95mm)に1〜10mL、好ましくは、5mLのCsClを約1.4g/cmの密度で充填し、この上に0.1〜2mL、好ましくは1mLの1Mサッカロース、次に5mLのウイルス懸濁液を充填した。超遠心分離は、好適な条件下で、好ましくは39,000rpmに設定したSW41ローター内で15℃にて少なくとも20時間実施した。底部から様々な分画(例えば、分画#1:500μL、分画#2:300μL、分画#3〜20:200μL)を収集し、カプシド(物理的粒子、PP)含量を下記に記載する新規なELISA(カプシド−ELISA)、または、赤血球凝集アッセイによって測定した。赤血球凝集単位を検出するために(KongsvikおよびToolan,1972)、分画は緩衝剤(例えば、PBS)中で1:10〜1:50、例えば1:25に希釈し、更に、丸底96ウエルプレート(Greiner Bio-One、独国)内で連続的(例えば、1:2)に希釈した。次に、PBS中の、好適な量、好ましくは、25μLの2%のモルモット赤血球懸濁液(Charles River Laboratories、独国)を加えた。前記プレートを、例えば、4℃で1時間インキュベートし、赤血球凝集が完了した時点の力価を最高希釈率として読み取った。屈折指数を測定し、CsClについての参照表にしたがって前記密度を計算した(Griffith,2006)。完全カプシドまたは中空カプシドを含有する分画をプールし、室温でおよそ30分間にわたり、例えば、1,000体積のVTE緩衝剤に対して直接的に透析した。この後に、毒性CsClを除去するために4℃で数回、好ましくは3回の透析サイクルを実施した。
また別の好ましい実施形態では、中空粒子は、前記Vis−リンゲル勾配遠心分離後に得ることもできる。上記したように、前記中空粒子分画は、40%層内の上方バンドとして位置する。
中空粒子プール内の残留感染性粒子を不活化するためには、前記中空粒子分画は非活性化工程に供せられる。好適な非活性化法は、UV不活化法(Tuynder他,2004)、化学的、物理的、および/または、熱的方法である。特に、前記UV不活化法が好ましい。
本発明は、天然パルボウイルスカプシド対非集合カプシドタンパク質、または、変性カプシドの比率を決定するための方法を更に提供する。好ましい実施形態では、前記比率は、モノクローナル抗体を使用して決定される。特に好ましいモノクローナル抗体は、モノクローナル抗体BL−H1(DSM ACC3030)である。当業者であれば、この抗体を使用するために好適なフォーマット、例えばELISAを知っている。下記の実施例は、本発明を説明することを意図しているが、本発明を限定することは意図していない。当該の実施例は使用できる方法の典型であるが、当業者に公知の他の方法もまた代わりに利用することができる。
実施例1
材料および方法
(A)プロデューサー細胞系、H−1PVウイルスストック
シミアン・ウイルス40(SV40)を用いて形質転換させたNB−324Kヒト新生児腎細胞(TattersallおよびBratton,1983)を5%のCO雰囲気下で5%の熱不活化ウシ胎児血清(FBS、Biowest、仏国)を含む最小必須培地(MEM、Sigma、独国)中で37℃にて培養した。前記培地には、100U/mLのペニシリン、100μg/mLのストレプトマイシンおよび2mMのL−グルタミン(Life Technologies、独国)を補充した。産生するために、6,360cmの増殖面積を備える10層式CellSTACK(登録商標)培養チャンバー(Corning、独国)内に175cmのY型フラスコ(Nunc、デンマーク国)で増殖させたNB−324K細胞を播種した。0.4%のトリパンブルー(Invitrogen(商標)、独国)を用いて生細胞を染色することによって、細胞密度および生存率を測定した。細胞数は、Countess(登録商標)セルカウンター(Life Technologies、独国)を用いて計数した。社内精製H−1PVウイルスストックを使用して、前記細胞を感染させた。
(B)H−1PVの産生
便宜的な単回使用産生システムとして、10層式CellSTACK(登録商標)(CS)を選択した。細胞播種および感染を同時に実施するために、NB−324K細胞を10層式CS内に3.6×10細胞/cmで播種し、直ちにH−1PVを用いて細胞当たり0.01プラーク形成単位(PFU)の感染多重度(MOI)で感染させた。感染中のpHは、7.0±0.1であった。前記感染細胞を5%のCO雰囲気下の37℃で4日間にわたり、顕微鏡下で観察される死細胞および脱離細胞のパーセンテージとして測定される前記細胞変性作用(CPE)が少なくとも30%に達するまでインキュベートした。同時ではない播種および感染のためには、NB−324K細胞を10層式CS内に7.9×10細胞/cmで播種し、それまでにコントロールフラスコ培養で測定されたおよそ3.6×10細胞/cmの密度に達する時間により、3日間にわたり増殖させた。次に、これらのアンカー細胞を上記したように0.01PFU/細胞のMOIで感染させ、4日間インキュベートした。採取するために、前記培地を吸引し、感染細胞をPBS/1mMのEDTAを用いて処理した。前記培地上清および脱離細胞を5分間にわたり5,000×gで遠心した。前記ペレットをPBSで洗浄し、0.05MのTris HC1、30.5mMのEDTAを含有するウイルスTris/EDTA緩衝剤(pH8.7)(VTE)中に再懸濁させ、回の凍結/融解サイクルに供した。5,000×gでの5分間の遠心分離後、細胞断片を廃棄した。次に前記細胞溶解液をSonorex Super 10P超音波ホモジナイザー(Bandelin、独国)内で48Wにて1分間超音波処理し、DNAse(50U/mL、Sigma、独国)を用いて37℃で30分間処理した。
(C)H−1PVの精製
前記DNase処理ウイルス採取物は、0.2μmのSartolab(登録商標)P20 Plusフィルター(Sartorius、独国)に通す濾過によって清澄化した。ウイルスを精製するためには、一つはイオジキサノール−PBS(IOD−PBS)を用いて、および、一つはVisipaque−リンゲル(VIS−リンゲル)を用いて−または、塩化セシウム密度勾配の後にVTE緩衝剤に対する透析を行ういずれか二つの連続ステップ勾配を用いる二種の異なる方法を使用した。
(i)IOD−PBSおよびVIS−リンゲル密度勾配
タンパク質を除去するために、Zolotukhin(Zolotukhin他,1999)によって記載されたステップ密度勾配遠心分離を実施した。このために、25×89mmのQuicksealチューブ(Beckmann、独国)に20mLのウイルス懸濁液を充填した。この懸濁液の下に、PBS中の4層のイオジキサノール(Alexis Shield、ノルウェー)(イオジキサノール濃度;15、25、40および60%)を置いた。超遠心分離は、227,220の相対遠心分離力(RCF)に相当する50,000rpmに設定した50.2 Tiローター(Beckmann、L870M、独国)内で4℃にて2時間実施した。通常、前記40%のイオジキサノール層から3.5mLのウイルス懸濁液が収集された。この後、更にタンパク質を除去して中空粒子から完全粒子を分離するために、リンゲル液(B.Braun、独国)中に希釈したVisipaque(GE Healthcare、ノルウェー)を使用して第2密度勾配遠心分離を実施した。このためには、リンゲル液中に少なくとも1:2.5で希釈したIOD−PBS密度勾配からのウイルス懸濁液を25×89mmのQuicksealチューブに充填した。この後、リンゲル液中の5mLの25%、4mLの40%および4mLの55%のVisipaqueを下に置いた。40%の層を検出するために、25%および55%のVisipaque/リンゲル相がフェノールレッドで着色された参照勾配を作成した。更に、前記40%相を前記サンプルチューブ上の外側に表示した。超遠心分離は、50,000rpmに設定した50.2 Tiローター内において4℃で2時間実施した。この後に、シリンジおよび中空針を用いて、前記40%相の二つの分画を収集した。2.5mLの前記完全粒子分画(40%層の下方のバンド)、および、800μLの前記中空粒子分画(40%層の上方のバンド)。屈折計(AR200、Reichert Analytical Instruments、独国)を使用して5μLサンプルの屈折率を測定し、イオジキサノールについての参照表(AXIS-SHIELD、ノルウェー)を用いて分画を取り出した領域の密度を計算した。
(ii)連続VIS−リンゲル勾配
連続Vis−リンゲル勾配のために、Quicksealチューブに1.3815の屈折指数までリンゲル液に希釈した(30%のVisipaqueに相当する)ウイルス懸濁液を充填した。前記ウイルス懸濁液の下に、0.5mLの65.2%のVisipaqueクッションを置き、前記チューブに30%のVisipaque/リンゲル液を完全に充填した。超遠心分離は、63,000rpmに設定した70.1 Tiローター内において4℃で10時間実施した。約500μLの分画を制御滴下法の下で底部から収集した。
(iii)塩化セシウム密度勾配および赤血球凝集アッセイ
CsCl密度勾配は、以前に記載されたように確立された(Paradiso,1981)。このために、14×95mmのポリアロマー製遠心チューブ(Beckmann、独国)に5mLのCsClを1.4g/cmの密度で充填し、この上に1mLの1Mサッカロース、次に5mLのウイルス懸濁液を充填した。超遠心分離は、39,000rpmに設定したSW41ローター内で15℃にて少なくとも20時間実施した。底部から様々な分画(例えば、分画#1:500μL、分画#2:300μL、分画#3〜20:200μL)を収集し、カプシド(物理的粒子、PP)含量を本明細書に記載した新規なELISA(カプシド−ELISA)、または、赤血球凝集アッセイによって測定した。赤血球凝集単位を検出するために(KongsvikおよびToolan,1972)、分画をPBS中に1:1.25で希釈し、更に丸底96ウエルプレート(Greiner Bio-One、独国)内で連続的に1:2に希釈した。次に、PBS中の、25μLの2%のモルモット赤血球懸濁液(Charles River Laboratories、独国)を加えた。前記プレートを4℃で1時間インキュベートし、赤血球凝集反応が完了した時点の力価を最高希釈率として読み取った。屈折指数を測定し、CsClについての参照表にしたがって密度を計算した(Griffith,2006)。完全または中空カプシドを含有する分画をプールし、室温でおよそ30分間にわたり1,000体積のVTE緩衝剤に対して直接的に透析した。この後に、前記毒性CsClを除去するために4℃で3回の透析サイクルを実施した。
(D)中空粒子プールのUV不活化
前記中空粒子プール内の残留感染性粒子を不活化するために、500μLの中空粒子分画を無菌層流フード下の6cm培養皿(Greiner Bio-One、独国)の中心に置いた。254nmで発光するUVランプ(NU−4型、Herolab、独国)を使用して、放射計(VLX−3W、Benda、独国)を用いて測定した0.5mW/cmでサンプルを照射した。前記サンプルは、UVを使用しない5分間の間隔をあけて、4回、2分間ずつ照射した。
(E)ウイルスの定量および特性解析
(i)プラーク形成アッセイ
プラークアッセイは、本質的にTattersallおよびBratton,1983に記載されたように実施した。NB−324K細胞は、5%のFBS、100μg/mLのペニシリン、100μg/mLのストレプトマイシンおよび2mMのL−グルタミンを含有するMEM培地中で単層培養により増殖させた。NB−324K細胞は、H−1PVの連続希釈液を用いて60%のコンフルエンスで感染させ、37℃で1時間インキュベートした。次に接種原(inoculum)をバクトアガーオーバーレイ(5%のFBSを含有するMEM中で1.7%)と置換した。感染4日後、バクトアガー(Becton Dickinson、独国)を含有する0.02%のトルイレンレッド染色液(Sigma、独国)の添加により生細胞を18〜24時間にわたり染色した。前記培養皿を37℃の5%のCO雰囲気下でインキュベートした。感染5日後にライトボックス上でプラーク形成単位を計数し、プラーク形成単位の濃度をPFU/mLで表示した。
(ii)感染性H−1PVについてのDNAハイブリダイゼーションアッセイ
NB−324K細胞(7.6×10細胞/ウエル)は、H−1PVによって感染させる24時間前に、96ウエルプレート内に播種した。前記NB−324K細胞をH−lPVの10倍連続希釈液で感染させ、5%のCO雰囲気下において37℃で72時間インキュベートした。−80°Cでの凍結およびアルカリ性融解(1.5MのNaOH)後、それらのDNAをCL−1000紫外線架橋剤(UVP、米国)で架橋させたナイロン膜に移し、NSl特異的32P放射標識プローブとハイブリダイズさせた後にオートラジオグラフィーにかけた。ウイルス滴定を二回実施し、力価はmL当たりの感染単位(IU)で表示した(Lacroix他,2010)。
(iii)ゲノム含有ウイルス粒子の決定
ゲノム含有ウイルス粒子(GP)の数は、本質的には以前に記載されたように(Lacroix他,2010)、Q−PCRによって決定した。各ウエルには、1×のPremix Ex Taq(商標)(TaKaRa、仏国)、0.3μΜの標識NSl−TaqMan(商標)プローブ、0.3μΜの各プライマーおよび3μLの鋳型を含有する20μLの反応ミックスを充填した。Q−PCRは、Abi Prism 7900 HT配列検出システムで実施し、結果は前記SDS 2.1ソフトウエア(Applied Biosystems、独国)を用いて処理した。
(iv)H−1PVのカプシド−ELISA
ELISAは、カプシド(完全または中空、以下では「物理的粒子」またはPPと呼ぶ)検出のために開発された。柔軟性の96ウエルのU底プレート(BD Falcon、ニュージーランド)を4℃で一晩、PBS中の2ng/μLの100μLのモノクローナル抗体BL−H1でコーティングした。この抗体の前記開発(Leuchs他,2010)については下記に記載する。前記コーティング液を除去し、200μLのブロッキング緩衝剤(PBS中の2mg/mLのカゼイン(Sigma、独国)および0.05%のTween 20(Sigma、独国))を各ウエルに加え、前記混合液を37℃で1時間インキュベートした。ブロッキング緩衝剤を吸引し、前記ウエルをPBS、0.05%のTween 20により洗浄し、この後に前記陽性コントロール、前記陰性コントロール、前記サンプルおよびH−1PV標準物質の連続希釈液(それらの全部がPBS緩衝剤中に含まれる)を100μL/ウエルで二回ずつプレーティングした。前記プレートを37℃で1時間インキュベートした。前記反応混合物を吸引し、前記ウエルを洗浄した。次に、ホースラディッシュペルオキシダーゼ(0.1μg/mL)で標識した100μLのmAb BL−H1を各ウエルに加え、37℃で1時間インキュベートした。サンプルを吸引し、前記ウエルをPBS、0.05%のTween 20で洗浄した。100μLの3,3’,5,5’−テトラメチルベンジジン(Sigma、独国)を各ウエルに加え、前記プレートを室温の暗所で15分間インキュベートした。前記反応は、1ウエル当たり100μLの1MのHSOを加えることにより停止させた。サンプル吸光度は、450nmでAscent Multiscanプレートリーダー(Thermov Fisher Scientific、独国)を使用して測定した。
(v)ビシンコニン酸(BCA)アッセイおよびブラッドフォードアッセイ
タンパク質濃度は、5〜250μg/mLの動作範囲でPierce(登録商標)BCAタンパク質アッセイキット23227(Pierce、米国)を使用して決定した。前記タンパク質濃度は、ウシ血清アルブミン(BSA)標準物質を用いて決定し、Nanodrop 2000を用いて測定した。前記ブラッドフォードアッセイは、標準物質としてのBSA(Sigma、独国)を用いて、96ウエルプレート内で50〜2,000μg/mLの動作範囲で実施した。
(vi)SDS−PAGE、銀染色およびウェスタンブロッティング
ウイルス調製物の前記純度を評価するために、10%のSDS−PAGEを実施し(SERVA Electrophoresis、独国)、次に銀染色(Invitrogen、独国)およびウェスタンブロッティングを実施した。ウイルスカプシドタンパク質(VP)の検出のためには、ウサギポリクローナル抗VP(αVP)(C.Dinsart、DKFZ、ハイデルベルクによって提供された)およびホースラディッシュペルオキシダーゼ結合抗ウサギIgG(Amersham(商標)ECLウェスタンブロッティング分析)を使用した。
(vii)DNAの測定
DNAは、Nanodrop分光光度計を用いて260nmで前記吸光度を測定することにより定量した。前記ウイルス調製物中のヒトゲノムDNAは、前記製造業者の指示にしたがって、h−TERT(ヒトテロメラーゼ逆転写酵素)を検出するために前記Quantifiler(登録商標)ヒトDNA定量キット(Applied Biosystems、独国)を用いるQ−PCRによって定量した。前記検出限界は、26ng/mLであり、前記アンプリコンのサイズは62bpであった。陽性コントロールとして、NB−324K細胞ゲノムDNAを使用した。
(viii)エンドトキシンおよび無菌性
エンドトキシンによるコンタミネーションは、Endosafe(登録商標)Gel−Clotカブトガニアメーバ様細胞(Limulus Amebocyte)溶解物アッセイ(Charles River Laboratories、独国)を用いて試験した。前記アッセイの前記感受性は、1mL当たり0.25エンドトキシン単位(EU)であった。各H−1PV調製物は、37℃で5日間にわたり2.5μLの大豆/ペプトン寒天上の前記調製物をインキュベートすることによって細菌性もしくは真菌性コンタミネーションの非存在についてチェックした。
(ix)電子顕微鏡法
ウイルス調製物の定性的分析のために、電子顕微鏡画像を撮影した。このために、5μLのウイルス懸濁液を使用準備の整ったカーボンコーティングを施した銅グリッドに加え、2分間インキュベートした。次に前記グリッドを5μLの二回蒸留水で洗浄し、2%の酢酸ウラニル液で30秒間コーティングした。前記液滴は、Whatman 50濾紙を使用して前記グリッドから吸着させ、前記グリッドをおよそ1分間乾燥させた。顕微鏡写真は、Zeiss透過型電子顕微鏡を20,100倍の倍率で使用して撮影した。
(F)前記モノクローナル抗体BL−H−1の開発および特性解析
H−1PVカプシド(PP)に対するモノクローナル抗体を産生するために、Balb/cマウス(Charles River、独国)を三カ月間にわたり三回、各時点に1.2×10PFUを用いる腹腔内注射で免疫した。H−1PVの最終注射の一週間後、マウスの脾臓を切除し、脾臓細胞をX63/Ag8リンパ腫細胞(Kuck他,2007、Wobus他,2000)と融合させた。前記ハイブリドーマ細胞を増殖させ、単一クローン由来の前記上清をH−1PVに対してウェスタンドットブロッティングによってスクリーニングした。単一コロニー分析により陽性ウエルを選択し、三ラウンドの選択後、前記選択したハイブリドーマ細胞を使用してCELLine 1000バイオリアクター(Integra Biosciences AG、スイス国)内でBL−H1抗体を産生した。10%のFBS、100μg/mLのペニシリン、100μg/mLのストレプトマイシン、2mMのL−グルタミン、20mMのHepes(pH7.2)を補給したRPMI 1640培地を使用して、前記ハイブリドーマ細胞を培養した。前記BL−H1抗体のサブクラスは、前記Amershamマウスモノクローナル抗体イソタイプ分類キット(Braunschweig、独国)を用いて決定した。精製は、前記HiTrap(商標)プロテインA HP親和性カラムキット(GE Healthcare、スウェーデン国)およびAektaプライムシステム(GE Healthcare、独国)を使用して実施した。前記IgG2a濃度は、前記マウスIgG2a ELISAセット(BD Biosciences、独国)を使用して決定した。
(i)ウェスタンドットブロッティングによるH−1PVの分析
精製H−1PV(1×10PFU/ドット)またはスクロース密度勾配分画(100μLのPBS中に1:10で希釈)は、真空ブロッターを用いてニトロセルロース膜(AppliChem、独国)に移した。洗浄工程は、PBS、0.05%のTween 20を用いて実施した。前記膜は、5%の脱脂粉乳を含有するPBSを用いて1時間ブロッキングした。ハイブリドーマスクリーニングのために、40μLの未希釈ハイブリドーマ上清を少なくとも3時間インキュベートした。スクロース勾配分析のために、精製mAb BL−H1(1:1,000)またはαVP抗体(1:500に希釈した)のいずれかを使用した。次に前記膜を室温で30分間洗浄し、PBS中の二次ペルオキシダーゼ結合ヤギ抗マウス抗体(GE Healthcare、独国)またはヤギ抗ウサギ抗体(GE Healthcare、独国)と一緒にインキュベートした。検出は、ECL PlusおよびHyperfilm ECL(Amersham Biosciences GmbH、独国)を用いて実施した。
(ii)集合および非集合ウイルスカプシドタンパク質のスクロース密度勾配分画
抽出物は、感染性H−1PV分子クローン(Kestler他,1999)を用いてトランスフェクトした293T細胞(CRL−11268、American Tissue Culture Collection)から調製し、トランスフェクション72時間後に採取した。1mLの抽出物を10〜50%の線形スクロース勾配に移した。遠心分離は、28,000rpmに設定したTST 41.14(Kontron)ローター内で4℃にて3.3時間実施した。分画(400μL)を収集し、ウェスタンブロッティングおよび赤血球凝集アッセイによって分析した。前記分画を更に感染性およびゲノム含有粒子についてもアッセイした。
実施例2
H−1PVの特性解析
本発明の目的の一つは、前記H−1PVの製造手法を標準化することであった。これは、標準操作手順を確立するために、上流、および、下流プロセス工程を特徴付けること、再現性を保証すること、並びに、前記最終産物の前記同一性、純度、および、安全性を完全に特徴付けることを包含していた。
細胞の調製および感染の二種の代替法をコアの産生プロセスから上流で試験した。コアの産生から下流の二種の異なる精製工程についても比較した。表1は、産生手法における中間工程および下記に記載する前記最終産物を特徴付けるために使用した前記アッセイを要約したものである。物理的粒子をより便宜的に定量するためには、以下に記載する新規なアッセイを確立することが不可欠であった。
Figure 2018523992
本試験の二つの目標は、中空粒子から完全粒子を分離すること、および、最終産物の粒子対感染性率を決定することであった。パルボウイルス治療の治療有効性および予想免疫反応の両方に影響を及ぼすはずのこの比率を決定するためには、物理的粒子の総数を決定することが必要である(Rajendran他)。PPを定量するための便宜的方法を開発するために、本発明者らは、天然カプシドを認識するが非集合カプシドタンパク質または変性カプシドを認識することができない、H−1PVに対するモノクローナル抗体を産生した。BL−H1と呼ばれるこの抗体は、IgG2a型の抗体である。この抗体の特異性は、感染性H−1PV分子クローンを用いてトランスフェクトされた293T細胞の抽出物のスクロース密度遠心分離後に得られた分画を対象に実施した様々な分析の結果を示している図1に例示した。ウェスタンドットブロット上では、αVP抗血清(主として非集合カプシドタンパク質を認識する)、および、mAb BL−H1の両方を備えるシグナルを生じさせる最適な分画は分画9〜18であった。これらの分画は、赤血球凝集反応を測定することによって証明された集合カプシド、GPおよびIUを含有することが見いだされた。BL−H1は非集合または部分集合カプシドタンパク質を含有する分画3〜8とは反応しなかった。分画9〜19は、中空粒子およびゲノム含有粒子の両方を含んでおり、感染性粒子は分画12〜19内で濃縮されていた。興味深いことに、前記赤血球凝集反応シグナルおよびBL−H1シグナルは前記勾配の同一領域に限定されたが、後者のピークはより高い密度に向かってシフトした。更に、BL−H1は変性カプシドタンパク質とは反応しないことが見いだされ、密接に関連するマウスのプロトパルボウイルス微小ウイルスのカプシドとは交差反応を示さなかった(データは示していない)。
実施例3
H−1PVカプシドを定量するためのELISA
H−1PV産生を通して物理的粒子を定量するために、本発明者らは、mAb BL−H1を使用する「カプシド−ELISA」を開発した。前記ELISAを標準化するために、H−1PVを公知の力価を備えるアデノウイルス5型(Ad5、American Type Culture Collection)のストックの適切な希釈液と混合し、前記混合物を電子顕微鏡法によって可視化した。無作為に選択した8枚の画像上で、H−1PV粒子およびAd5粒子を計数し、公知のAd5力価と関連付けてH−1PV粒子の数を決定した。ELISAは、PPの数(2.5×10〜3.9×10PPの範囲内)と450nmでの吸光度との再現性のある線形関係を示した(図2)。試験した希釈液中の二つであるQC−L(低ビリオンロード)およびQC−M(中ビリオンロード)をこの後のアッセイにおける品質コントロールとして使用した。完全H−1PVカプシドから中空粒子を分離するためにCsCl密度勾配遠心分離を使用した場合、このELISAは、両方の定量を許容した。これは、(本発明者らのカプシド−ELISAおよび赤血球凝集アッセイによって決定した)カプシドの分布、および、遠心分離後のゲノム含有粒子の分布を示している図3に例示されている。物理的粒子を検出するための前記二種の方法は、スーパーインポーズ可能なプロファイルを生じさせ、中空カプシドについての一つの主要ピーク、および、完全カプシドについての二つの小さなピークを生じさせた。DNA含有カプシドのPCR検出も同様に二つの密度群(4〜6分画および7〜10分画)を明らかにした。中間密度粒子は干渉性欠陥粒子からなる可能性があるが(FaustおよびWard,1979)、中間密度粒子の性質はこれ以上分析されなかった。それでも、本発明者らの結果は、前記開発したELISAが物理的粒子の日常的検出のために好適であることを明白に示している。
実施例4
H−1PVの大規模生産
(A)細胞の播種および感染の最適化
本発明者らは、最初に感染時の細胞密度、MOI、および、採取時を最適化した。前記ウイルス最高収率は、およそ30%のCPEとともに、3.6×10細胞/cmの細胞密度、1×10−2PFU/細胞のMOIおよび感染4日後の採取で得られた(データは示していない)。これらの条件は、引き続いて全産生実験において使用したが、唯一の相違は、一部の細胞を175cmのY型フラスコ内で増殖させ、採取し、CSに移して直ちに感染させたが、他の細胞は感染前3日間にわたり前記CS内で増殖するに任せたことであった。
表2aは、感染させて同時に播種した細胞および感染前に前記CS内で3日間にわたり増殖させられた細胞が、感染細胞当たりのウイルス産生または感染細胞当たりの上清内へのウイルス放出のいずれに関しても有意に相違しなかったことを示している。どちらの場合も、感染細胞当たりおよそ1×10PFUが産生されたが、これは10層式CellSTACK(登録商標)当たり2×1011PFUの平均収率に一致する。得られた前記ウイルス採取物中のタンパク質濃度は、前記二種の手法についてほぼ類似しており(2×10g/mL)、これは前記二種の培養が採取時に同一密度に達したことを示している。播種3日後の感染が同時の播種および感染と比較して作用時間および材料を節約したので、前者のアプローチを採用した。培養培地上清は、相当に低い濃度(およそ10PFU/mL)で、全PFUの10%しか含有していなかった。上清を濃縮する工程は面倒で、時間を消費し、非効率であるので、ルーチン産生では、この分画を廃棄した。
Figure 2018523992
(B)標準化上流プロセスおよびH−1PV収率の再現性
図4に示したように、前記H−1PVビリオンの収率は、5回の独立産生にわたり高度に再現性であった。粒子対感染性比(PP/PFU)およびゲノム含有粒子の比率(PP/GP)もまたこれらの産生間で類似であった。PFU対GP対PPの比率は、1:7×10:5×10であった。したがって、平均して、指標細胞は、産生性感染を受けるためには7×10ゲノム含有ビリオンで感染させなければならないと思われた。全ビリオンの約14%は、カプシド封入ゲノムを含有していた。
実施例5
H−1PVの精製
(A)H−1PV採取物のDNase消化および清澄化
未処理ウイルス採取物は、非カプシド封入ウイルスおよび宿主細胞DNAを消化するためにDNaseを用いて処理し、次にSartolab(登録商標)P20 Plusフィルターに通す濾過によって清澄化した。個々の5バッチについて得られた結果は、これらの工程の有意性を証明した。前記ヒトDNA定量キットを用いて測定したように、前記宿主細胞DNAの99.8%は、DNase処理によって除去した。それでもA260nm測定によって決定されたように、前記全DNAの37%しか除去されなかった。前記残留DNAは、DNA検出のために使用されるh−TERTアンプリコン(62bp)より小さい保護されたウイルスゲノムおよび/または細胞DNA断片であろう。図8aに例示したように、濾過工程は、宿主細胞およびFBS由来タンパク質の24%を排除した。清澄化後には前記感染性ビリオンの80%超および物理的粒子の100%が回収された(表2b)。結論として、この第1精製工程は高速で、有意な量の外来DNAおよびタンパク質を排除する。
Figure 2018523992
(B)中空粒子からの完全粒子の分離
中空H−1PV粒子から完全H−1PV粒子を分離するために、二種の勾配遠心分離手法を比較した。二つの10層式CS培養からの五つの個別H−1PV採取物を用いて類似の結果が得られた。清澄化後、各採取物を二つの同等部分に分割し、一方は、二つの連続ステップ勾配、IOD−PBSおよびVIS−リンゲルによって精製したが、ヒトへ注射するためには後者のリンゲルおよびVisipaque調製物の方が良好に適していた。材料および方法の項で記載したように、二つの分画を収集したが、完全粒子分画(前記40%相の下方バンド)は1.25/mLの近似密度を備え、中空粒子分画(前記40%相の上方バンド)は1.23g/mLの近似密度を備えていた。図5aに示したように、完全粒子分画内の感染性粒子の平均力価は1.3×1010PFU/mLであったが、他方、GPおよびPP濃度は、それぞれ9.2×1012GP/mLおよび1.7×1013PP/mLであった。中空粒子分画における力価は、6.3×10PFU/mL、4.6×1012GP/mLおよび3.9×1013PP/mLであった。
Figure 2018523992
中空粒子を得るための代替法として、前記ウイルス採取物の残り半分を連続CsCl密度勾配により分画化し、この後にVTEに対する透析を実施した。図5bに示したように、中空粒子分画はわずかに高い粒子濃度(1.1×1014PP/mL)を示し、依然として残留感染性ウイルスを含有していた(1.8×10PFU/mL、1.2×1012GP/mL)。完全粒子分画内の感染性粒子は、前記IOD−PBSおよびVIS−リンゲル勾配遠心分離後に得られたPFU力価に匹敵するPFU力価を有していたが(1.0×1010PFU/mL)、中空粒子によるコンタミネーションはわずかに減少していた(1.4×1013PP/mL)。どちらの方法も優れた再現性を示した。
(C)感染性H−1PV粒子の回収および濃縮
図6aに示したように、IOD−PBS密度勾配遠心分離は、感染性粒子の有意な消失(46%)をもたらした。続くVIS−リンゲル勾配工程での消失は、極めてわずかであった。結合イオジキサノール勾配遠心分離が感染性ウイルス分画から全タンパク質の90%超の排除をもたらしたことは注目に値する。IOD−PBS工程は、比活性における15.4倍の増加をもたらし、VIS−リンゲル工程は、更に5.9倍の増加をもたらした。したがって、この精製プロセスを通して、3×1011PFU/mg(タンパク質)への比活性における全体で91倍の増加が達成された。他方、CsCl密度勾配精製は感染性粒子の消失はわずかに高いだけであったが(57%)、より効率的なタンパク質排除をもたらし、比活性の227倍の増加を生じさせた。結果として生じた粒子対感染性比(PP/PFU)は、両方の精製後に10:1に近かった。
(D)中空粒子の回収
図6bに示したように、中空粒子分画内の物理的粒子の回収率は、IOD−PBSおよびVIS−リンゲル密度勾配遠心分離後(7%)よりもCsCl密度勾配精製後の方が高かった(清澄化ウイルス採取物からの全PPの78%)。更に、VIS−リンゲル中空粒子分画は、CsCl中空粒子分画(GP対PP比:1:10;PFU対PP比:1:10)に比較して相当に高い比率のGP(GP対PP比:1:10)およびPFU(PFU対PP比:1:10)を含有していた。これにより、本発明者らは、中空カプシドを精製するためにはCsCl密度勾配遠心分離を推奨する。CsCl中空粒子分画のカプシド濃度は、約1.4×1014PP/mg(タンパク質)であった。
(E)連続VIS−リンゲル勾配遠心分離によるH−1PVの濃縮
上記のIOD−PBS/VIS−リンゲルおよびCsCl精製法によって得たウイルスバッチ内の感染性粒子の力価は、約1×1010PFU/mLであった。一部の用途についてはより高い力価が必要とされるので、本発明者らは、前記VIS−リンゲル工程勾配を連続勾配と置換することを試みた。これにより本発明者らは、3×1011PFU/mLの力価を達成することができた(図7)。
実施例6
不活化中空粒子
CsCl分画化後に得られた中空粒子分画内では、依然として感染性ウイルスを検出することができた(PFU対PP比:1:10)。非感染性コントロールとして中空粒子の使用を許容するためには、カプシド構造を変化させることなくウイルス感染性を排除する不活化法を開発することが不可欠であった。これは、UV照射によって達成された(表3)。UV照射はPP力価を変化させなかったが、測定したGP力価を90%減少させた。これはおそらく、Q−PCRによるそれらの滴定を用いてウイルスゲノム内で誘導されたDNA損傷の干渉に起因すると思われる。重要なことに、UV照射はウイルス感染性を7対数超減少させ、残留感染性は7×1011PP当たり1PFUと低かった。これは、H−1PVの腫瘍崩壊作用の前臨床試験における非感染性コントロールとしてUV照射した中空粒子の精製調製物を使用することを可能にした(Kiprianova他,2011)。
Figure 2018523992
実施例7
前記H−1PV調製物の純度
前記H−1PV調製物をタンパク質およびDNAコンタミネーション、エンドトキシンの存在、並びに、無菌性について分析した。精製プロセスにおける様々な工程および勾配分画からのタンパク質をSDS−PAGEによって分析し、銀染色により明らかにした。図8aに例示したように、予想ウイルスポリペプチドであるVP1、VP2およびVP3が検出された。密度勾配分画化後に残留している不純物の量は、低値から検出不能までであった。二種の精製法は同様に効果的であった。CsCl精製中空粒子には、中空カプシドがVP2からVP3切断を受けることができない(Paradiso他,1984、Tattersall他,1976)という事実に一致して、VP3が欠如したことは注目に値する。UV照射後には、有意なカプシドタンパク質分解は観察されなかった。ウェスタンブロット分析は、VPポリペプチドバンドの同一性を確証した(図8b)。電子顕微鏡法によって、非UV照射カプシドとUV照射カプシドとの超微細構造的差は全く観察されなかった(図8c、d)。どの前記精製法を使用しても全カプシドの精製バッチは2.5EU/mL未満しか含有していなかったが、他方、中空不活化粒子バッチは、5EU/kg(体重)の米国食品医薬品局の制限下での動物モデルにおけるH−1PV調製物の使用と適合して、25EU/mL未満を含有していた(MalyalaおよびSingh,2008)。全調製物は無菌であることが実証された。
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Claims (12)

  1. 中空不活性または完全活性パルボウイルス粒子を産生するための方法であって、
    (a)プロデューサー細胞系NB−324Kを提供する工程、
    (b)好適な条件下で前記細胞系を増殖させる工程、および、0.5〜2×10−2PFU/細胞のMOIでパルボウイルスを用いて2.0〜5.0×10細胞/cmの細胞密度で前記細胞を感染させる工程、
    (c)前記細胞を感染2〜6日後に採取して遠心分離によって細胞ペレットを得る工程、
    (d)細胞溶解物を含有するパルボウイルスを得るために、再懸濁した前記細胞ペレットを機械的、物理的、または、化学的細胞溶解方法に供する工程、
    (e)前記細胞溶解物を超音波処理し、それをDNAse処理に供する工程、
    (f)濾過によって前記DNAse処理したパルボウイルス採取物を清澄化する工程、および、
    (g1)2回の連続密度勾配超遠心分離によって前記パルボウイルスを精製する工程であって、第1勾配はイオジキサノール/PBSステップ勾配であり、第2勾配はイオジキサノール/リンゲルステップ勾配またはイオジキサノール/リンゲル連続勾配であり、一つの分画内で全活性パルボウイルス粒子および別の分画内で中空パルボウイルス粒子を得るための工程、または、
    (g2)中空パルボウイルス粒子を得るために連続CsCl勾配超遠心分離によって前記パルボウイルスを精製する工程、を含む方法。
  2. 前記工程(b)の前記細胞密度は、3.0〜4.0×10細胞/cmである請求項1に記載の方法。
  3. 前記工程(f)のためにプレフィルターを備える0.2μmフィルターが使用される請求項1または2に記載の方法。
  4. 前記プロデューサー細胞系NB−324Kは、
    (a)少なくとも95%の生存率、
    (b)20未満の継代数、および/または、
    (c)マイコプラズマコンタミネーションの欠如、によって特徴付けされる請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
  5. ウイルス産生は、収集システム内で実施される請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記収集システムは、10層式細胞培養チャンバーである請求項5に記載の方法。
  7. 前記パルボウイルスは、H−1PVである請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
  8. 天然パルボウイルスカプシド対非集合カプシドタンパク質または変性カプシドの比率を決定する工程を更に含む請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記比率は、モノクローナル抗体を使用して決定される請求項8に記載の方法。
  10. 前記モノクローナル抗体は、抗体BL−H1(DSM ACC 3030)である請求項9に記載の方法。
  11. 中空非活性化粒子を提供するために、工程(g2)で得られた中空粒子が、残留するまだ活性の粒子を非活性化するための非活性化工程に供せられる請求項1に記載の方法。
  12. 前記非活性化工程は、UV不活化である請求項11に記載の方法。
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