JP2018523988A - 黄色部分および赤色部分の果実を有するトマト植物 - Google Patents
黄色部分および赤色部分の果実を有するトマト植物 Download PDFInfo
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Abstract
Description
トマト栽培品種は、有利には、当技術分野で周知である有益な農業形質、例えば、高い発芽率、除草剤抵抗性、虫害抵抗性、細菌、真菌またはウイルス性疾患への抵抗性、種々の非生物的ストレスへの抵抗性、雄性不稔、活発な生長およびその任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。これらの形質は、トマト栽培品種の遺伝的背景の一部を形成することもあり、または当業者に周知の任意の方法、育種、単一形質転換および形質転換を含むがこれに限定されない方法によって導入されることができる。
a.rarl対立遺伝子の存在について、各子孫栽培トマト植物またはその部分から採取した核酸試料を調べる;
b.該rarl対立遺伝子を含む子孫栽培トマト植物を選抜する;および
c.ステップ(b)で選抜した植物によって生産される果実を調べて、Arlecchino表現型を有する果実を生産する栽培トマト植物を選抜する。
a.rarl対立遺伝子の存在について、各形質転換細胞から採取した核酸試料を調べること;
b.該rarl対立遺伝子を含む複数の細胞を選抜すること、
c.該rarl対立遺伝子を含む複数のトランスジェニック植物を得るために、複数の形質転換細胞を再生させること、および
d.トランスジェニック植物によって生産された果実を調べて、Arlecchino表現型を有する果実を生産する植物を選抜すること。
定義
例示的で非限定的な種類の育種としては、交雑、自殖、倍加半数体誘導体生成およびその組み合わせを含む。
(a)遺伝因子を含むドナートマト植物からのrarl対立遺伝子を含む遺伝因子をレシピエントトマト栽培品種、好ましくはエリート栽培品種に導入して、子孫栽培トマト植物をもたらす;
(b)各子孫栽培トマト植物から採取した核酸を、rarl対立遺伝子の存在について調べる;および
(c)該rarl対立遺伝子を含む栽培トマト植物を選抜する。
ソラヌム・ピンピネリフォリウム(Solanum pimpinellifolium)BILを小さい赤い果実をつける自家和合性の野生種系統ソラヌム・ピンピネリフォリウム(LA1589と命名される)と、加工用トマト、同系交配品種、栽培品種(cv.)E6203(TA209)(ソラヌム・リコペルシクム(S.lycopersicum))との交雑から構築した(Grandillo SおよびTanksley S D.1996.Theor. Appl. Genet.92:935−951)。両方の種からのBILの構築中、初期の世代を、戻し交雑後代(AB)QTL調査(Grandillo Sら,2007.Theor. Appl. Genet.92:935−951によって再検討される)の一部として、収量関連形質について、および種々の形態的形質と生化学的特性についても評価した。S.ピンピネリフォリウムBILは178の系列から構成されており、この供給源の遺伝子地図は、野生種S.ピンピネリフォリウムと反復親cv.E6203との間が多形であることが判明した、ゲノムに固定された4008のSNPマーカーから構築された。これらのマーカーを873ビンに分割し、ビンあたり、平均長0.87Mbpおよび平均4.59SNPの構成とした。各ビンは、独特の分離パターンを示し、隣接したビン対間の地図距離をcMで算出することが可能であった。算出した地図は長さ1174.1cMであり、野生種ゲノムの100%をカバーし、最も長い連鎖群は第3染色体(129.5cM)で、最も短い連鎖群は第6染色体(60.2cM)を示す。
ソラヌム・ピンピネリフォリウムとソラヌム・リコペルシクムからの種間BIL集団の作出により、BIL集団内に新たな変異の形成がもたらされた。果色の表現型が不安定な単一植物をBIL#112で同定した。この植物は2010年の間に(BC2self10世代内、図1)生産され、および観察された表現型はこれまでに種々の品種コレクションで検出されていない。
上述の結果は、Arlecchino表現型がBIL#112とTA209の交雑に由来するF1植物の果実として劣性に遺伝し、他の野生型(WT)栽培品種は完全に赤色になることが判明したことを示した。BIL#112の交雑に由来するF1植物において、タンジェリン変異e3406m2およびゼータ変異e2083m1への表現型相補性も、判明した。Arlecchino表現型を有する植物の交雑においてのみ、表現型黄色果肉(r/r;フィトエン合成酵素1遺伝子(Psy1)が欠損)を有する2つの独立した変異は相補性の欠如を示し、果実は弱い縞柄の表現型を示した(表2)。これらの結果は、Arlecchinoがおそらく黄色果肉に対する対立遺伝子であることを示唆する。
Arlecchino表現型を有する成熟した果実の赤色部分および黄色部分のカロテノイド含有量を調べて、野生型トマト(M82)の赤色果実および黄色果肉品種e3756m2(r/r;M82 EMS誘導体)の黄色果実と比較した。カロテノイドをKachanovskyら.(Kachanovsky D Eら,2012 Proc. Natl. Acad. Sci. 109:19021−19026)に記載のように異なる部分から抽出し、Waters 996フォトダイオードアレイ検出器(Ronen Gら,1999.Plant J 17:341−351)を用いる高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を使用して分離した。Arlecchino果実内の赤色部分は、野生型果実と類似のプロファイルを有するカロテノイド総含有量の約5倍高かったが、黄色部分カロテノイド含有量は黄色果肉(e3756m2)変異体果実と類似のプロファイルを有するよりもかなり低い(図4、表3)。
カロテノイドは、すべての植物、藻類とラン藻によって、ならびにいくつかの非光合成細菌および真菌によって合成される炭素数40のイソプレノイド色素である。カロテノイドのポリエン鎖は3〜15の共役二重結合によって伸長することができ、カロテノイド特有の吸収スペクトルに関与し、特異的な光化学的性質を付与する。カロテノイド経路における第1の関与段階は、フィトエン、すなわち、酵素フィトエン合成酵素(PSY)によって触媒された、最初のC40カロテノイドを生成するために2つのゲラニルゲラニルピロリン酸(GGPP)分子の頭−頭縮合である。元のBIL#112 Arlecchino表現型植物のフィトエン合成酵素1の初期DNA配列決定によって、ヌクレオチド3338の後に挿入されたイントロン8(ATCTGGATA、配列番号1)内の9bp挿入が明らかになった。
Psy1のイントロン8を、Arlecchino表現型の果実の赤色部分と黄色部分から採取したDNA試料からPCRによって増幅し、次いでpGEMプラスミドベクターにクローン化した。ゲノムDNAは、Genomic Plant DNA Purification Kit(Thermo)を使用して抽出した。イントロンを、下記の表4に収載されるプライマーを使用して増幅した。黄色部分または赤色部分からのPCR産物を保有するpGEMプラスミドを用いて大腸菌(E.coli)細胞を遺伝子導入した。黄色組織からのpGEMクローンを含む7つの大腸菌のコロニーおよび赤色組織からのpGEMクローンを含む21のコロニーを検査した。黄色組織からのすべてのDNAクローンは、本明細書で「Arlecchinoマーカー」と命名した、アデニン(”A)ヌクレオチド(配列番号7)によって分離されたTCTGGATA(配列番号2)の直接反復の複製と同じ配列パターンを示した。赤色組織からのクローンは、コロニー間で配列変化を示し、コロニーの大半はトランスポゾン除去フットプリントを含有していたが、残りのコロニーは黄色コロニーで観察されたものと同じパターンを示した(図5)。これらの結果は、1コピーからトランスポゾンが除去された可能性、または赤色部分への黄色細胞の混入による可能性を示した。
初期PCR分析によりArlecchinoマーカーの存在を確認した。READYMIXキット(Syntezza)、50〜100ngのゲノムDNA、上記表4に記載の0.4μMの順方向および逆方向のプライマーを用いてPCRを行った。95℃で2分間の変性ステップを用いてPCRを開始し、続いて96℃で45秒間の変性を38サイクル、58〜60℃で30秒間のアニーリング、72℃で90秒間の伸長、最終的に72℃で10分間の伸長を行った。
Psy1転写物は、3対のプライマーを用いて、Arlecchino赤色果実部分と黄色果実部分およびArlecchino葉組織から抽出したRNAから増幅した。エキソン7からエキソン8に広がるセグメントを増幅することを目標とした反応Iは、検討した3つのRNA試料のすべてで成功した。エキソン7からエキソン8に、およびエキソン8からエキソン9に広がるそれぞれのセグメントを増幅することを目標とした反応IIおよびIIIは、Arlecchino果実赤色部分から抽出したRNAを含有する試料のみで成功した(表7)。これらの結果は、エキソン9が黄色組織および葉組織で損なわれていることを示す。
Arlecchinoトランスポゾン配列をGXLポリメラーゼとプライマーを用いて完成させた。
ARL1順方向:GTGGATCCTGAAATGGCTTG(配列番号12); ARL1逆方向:AGTACTAATAAAATGGTTTTGCC(配列番号13);および
ARL3逆方向:ATGATACACCGACTAGCCC(配列番号16)。
Claims (42)
- 胎座および/または子室から果実の果皮を横切って表皮に及ぶ黄色−赤色部分のArlecchino表現型を有する果実を生産するトマト栽培品種であって、前記表現型がrarlの少なくとも1つの対立遺伝子に関連づけられ、前記rarl対立遺伝子が前記対立遺伝子のイントロン内に挿入を含むフィトエン合成酵素1(Psy1)対立遺伝子であり、前記挿入がPsy1の非機能的スプライスバリアントをもたらす、トマト栽培品種。
- 前記黄色部分の細胞がrarl対立遺伝子に対してホモ接合性である、請求項1に記載のトマト栽培品種。
- 前記挿入がトランスポゾン3’末端で配列番号2に記載の核酸配列と隣接している前記トランスポゾンを含む、請求項1〜2のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記挿入がトランスポゾン3’末端で配列番号1に記載の核酸配列と隣接している前記トランスポゾンを含む、請求項1〜2のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記トランスポゾンが配列番号3に記載の核酸配列と少なくとも90%相同の核酸配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記トランスポゾンが配列番号3に記載の核酸配列を含む、請求項5に記載のトマト栽培品種。
- 前記Psy1対立遺伝子内の前記挿入が配列番号4に記載の核酸配列と少なくとも90%相同の核酸配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記Psy1対立遺伝子内の前記挿入が配列番号4に記載の核酸配列を含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記rarl対立遺伝子が配列番号5に記載の核酸配列を含む、請求項8に記載のトマト栽培品種。
- 前記トマト栽培品種が前記rarl対立遺伝子に対して少なくとも1つの果皮細胞ホモ接合体と、少なくとも1つの野生型Psy1対立遺伝子を含む少なくとも1つの果皮細胞またはトランスポゾン除去フットプリントを含む少なくとも1つのPsy1対立遺伝子とを含む、請求項1〜9のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記トランスポゾン除去フットプリントが配列番号7に記載の核酸配列内に少なくとも1つのヌクレオチド欠失を含む、請求項10に記載のトマト栽培品種。
- 前記果実が催色期およびそれ以降、成熟果実である、請求項1〜11のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記栽培品種が小さい「チェリー」果実を生産する、請求項1〜12のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記栽培品種がソラヌム・リコペルシクムである、請求項1〜13のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記栽培品種がそのゲノム内に黄色果肉表現型をコードする追加のPsy1変異対立遺伝子をさらに含む、請求項1に記載のトマト栽培品種。
- 前記追加のPsy1変異対立遺伝子が配列番号8および配列番号9のいずれか1つに記載の核酸配列を含む、請求項15に記載のトマト栽培品種。
- 前記黄色部分の細胞が1つのrarl対立遺伝子と、前記黄色果肉表現型をコードする1つのPsy1変異対立遺伝子とを含み、および前記赤色部分が野生型Psy1対立遺伝子と、トランスポゾン除去フットプリントを含むPsy1対立遺伝子と、またはその組み合わせを含む、請求項15〜16のいずれか1項に記載のトマト栽培品種。
- 前記rarl対立遺伝子に対してホモ接合性であり、前記rarl対立遺伝子がトランスポゾン3’末端に配列番号2に記載の核酸配列と隣接しているトランスポゾンの挿入を含むフィトエン合成酵素1(Psy1)対立遺伝子であるトマト栽培品種であって、前記トマト栽培品種が完全に黄色の果実を生産する、トマト栽培品種。
- 前記rarl対立遺伝子が配列番号5に記載の核酸配列を含む、請求項18に記載のトマト栽培品種。
- 請求項17〜18のいずれか1項に記載のトマト栽培品種の種子であって、前記種子から生長する植物がrarl対立遺伝子に対してホモ接合性であり、および完全に黄色の果実を生産する、種子。
- 前記種子から生長した植物が胎座および/または子室から果実の果皮を横切って表皮に及ぶ黄色−赤色部分の表現型を有する果実を生産し、前記表現型がrarlの少なくとも1つの対立遺伝子に関連づけられ、前記rarl対立遺伝子が前記対立遺伝子のイントロン内に挿入を含むフィトエン合成酵素1(Psy1)対立遺伝子であり、前記挿入がPsy1の非機能的スプライスバリアントをもたらす、請求項1〜17のいずれか1項に記載のトマト栽培品種の種子。
- 請求項1〜21のいずれか1項に記載のトマト栽培品種の植物部位であって、葉、花粉、胚、根、根端、葯、花、単離細胞、単離組織およびそのいずれの部分からなる群から選択される、植物部位。
- 胎座および/または子室から果実の果皮を横切って表皮に及ぶ黄色−赤色部分の表現型を有するトマト果実であって、前記表現型が果実を生産する栽培トマト植物において少なくとも1つのrarlの対立遺伝子に関連づけられ、前記rarl対立遺伝子が前記対立遺伝子のイントロン内に挿入を含むフィトエン合成酵素1(Psy1)対立遺伝子であり、前記挿入がPsy1の非機能的スプライスバリアントをもたらす、トマト果実。
- 前記rarl対立遺伝子が配列番号5に記載の核酸配列を含む、請求項23に記載のトマト果実。
- 前記黄色部分の細胞がrarl対立遺伝子に対してホモ接合性である、請求項23〜24のいずれか1項に記載のトマト果実。
- 胎座および/または子室から果実の果皮を横切って表皮に及ぶ黄色−赤色部分のArlecchino表現型を有する果実を生産するトマト栽培品種を生産する方法であって、フィトエン合成酵素1のrarl対立遺伝子を含む遺伝因子を赤色果実またはその一部を生産するトマト栽培品種に導入することを含み、前記rarl対立遺伝子が前記対立遺伝子のイントロン内に挿入を含み、前記挿入がPsy1の非機能的スプライスバリアントをもたらす、方法。
- 前記遺伝因子が、子孫栽培トマト植物を形成するために前記遺伝因子を含むドナートマト植物と赤色果実を生産するトマト栽培品種を交雑させることによって導入される、請求項26に記載の方法。
- 前記方法が
a.rarl対立遺伝子の存在について、各子孫栽培トマト植物またはその部分から採取した核酸試料を調べるステップ;
b.前記rarl対立遺伝子を含む子孫栽培トマト植物を選抜するステップ;および
c.ステップ(b)で選抜した植物によって生産される果実を調べて、Arlecchino表現型を有する果実を生産する栽培トマト植物を選抜するステップをさらに含む、請求項27に記載の方法。 - 前記遺伝因子が、赤色果実を生産するトマト栽培品種の複数の細胞を前記遺伝因子で形質転換することによって導入される、請求項26に記載の方法。
- 前記方法が
a.rarl対立遺伝子の存在について、各形質転換細胞から採取した核酸試料を調べること;
b.前記rarl対立遺伝子を含む複数の細胞を選抜すること、
c.前記rarl対立遺伝子を含む複数のトランスジェニック植物を得るために、複数の形質転換細胞を再生させること、および
d.前記トランスジェニック植物によって生産された果実を調べて、Arlecchino表現型を有する果実を生産する植物を選抜することをさらに含む、請求項29に記載の方法。 - 前記rarl対立遺伝子の存在について前記核酸試料を調べることが、配列番号7に記載の核酸配列を含むrarl対立遺伝子マーカーを増幅することによって行われる、請求項28および30のいずれか1項に記載の方法。
- 前記rarl対立遺伝子マーカーが配列番号10および配列番号11に記載の核酸配列を含む一対のプライマーを用いて増幅される、請求項31に記載の方法。
- 前記rarl対立遺伝子の存在について前記核酸試料を調べることが、配列番号3に記載の核酸配列を有するトランスポゾン配列を増幅することによって行われる、請求項28および30のいずれか1項に記載の方法。
- 前記トランスポゾンが配列番号12および配列番号13に記載の核酸配列を含む一対のプライマーを用いて増幅される、請求項33に記載の方法。
- 前記rarl対立遺伝子の存在について前記核酸試料を調べることが、前記Psy1対立遺伝子内のトランスポゾン挿入の3’ゲノム接合部を増幅することによって行われる、請求項28および30のいずれか1項に記載の方法。
- 前記3’ゲノム接合部が配列番号14および配列番号11に記載の核酸配列を含む一対のプライマーを用いて増幅される、請求項35に記載の方法。
- 前記rarl対立遺伝子の存在について前記核酸試料を調べることが、前記Psy1対立遺伝子内のトランスポゾン挿入の5’ゲノム接合部を増幅することによって行われる、請求項28および30のいずれか1項に記載の方法。
- 前記5’ゲノム接合部が配列番号15および配列番号16に記載の核酸配列を含む一対のプライマーを用いて増幅される、請求項37に記載の方法。
- 胎座および/または子室から果実の果皮を横切って表皮に及ぶ黄色−赤色部分のArlecchino表現型を有する果実を生産するトマト栽培品種を生産する方法であって、フィトエン合成酵素1の少なくとも1つの対立遺伝子を挿入変異によって変異導入することを含む、方法。
- 前記挿入が非機能的Psy1対立遺伝子をもたらすイントロン内にある、請求項39に記載の方法。
- 前記挿入がトランスポゾンである、請求項40に記載の方法。
- 配列番号5に記載の核酸配列を含む変異フィトエン合成酵素1をコードする単離ポリヌクレオチド。
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