JP2018519846A - 臭気除去効果を有する菌株、およびそれを使用して家畜排泄物から臭気を除去するための方法 - Google Patents

臭気除去効果を有する菌株、およびそれを使用して家畜排泄物から臭気を除去するための方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、臭気除去効果を有する新規な菌株、およびそれを使用して家畜排泄物からの臭気を除去するための方法に関する。本発明による菌株は、家畜排泄物から発生した臭気を除去または減少させる優れた能力を有し、したがって、家畜排泄物が生じる家畜小屋を改善するために、または家畜排泄物から無臭の堆肥を調製するために効果的に使用することができる。それに加えて、本発明による臭気除去方法は、既存の施設が継続して使用されることを可能にし、したがって、追加の出費の負担を軽減することができ、家畜のタイプまたは規模に関わらず例外なく使用することもできる。

Description

本発明は、臭気除去効果を有する新規な菌株、およびそれを使用して家畜排泄物から臭気を除去するための方法に関する。
最近、家畜産業の開発で、大量の家畜排泄物が、牧場、養豚場、養鶏場等で生じるが、処理施設の不足のためにいかなる浄化処理もせずに廃棄されている。家畜排泄物は有機物質であり、それは、有機肥料として高い価値を有する。家畜排泄物は、微生物による好気性発酵により堆肥にすることができる。しかしながら、家畜排泄物を使用して堆肥にする過程中に発生する臭気は、周辺地域に深刻な被害を引き起こし得る。それ故、家畜排泄物からの臭気を除去することができれば、それは、無臭の堆肥を調製するために有用であろう。
家畜排泄物の処理過程中に発生する臭気は、アンモニアガス、揮発性アミン例えばインドール、イオウ化合物、揮発性低級脂肪酸、ならびに揮発性アルデヒドおよびアルコールから生じて、それらは家畜の腸内微生物による有機物質の分解過程で生成することが知られている。
臭気を除去するための従来の技法には、微生物を使用するバイオフィルター法、活性炭吸着法、生化学的湿式スクラッバー法、およびプラズマ分解法が含まれる。しかしながら、上記の方法は、高濃度の臭気を連続的に除去することに限界を有し、かつ多大な費用がかかるという不利な点を有する。
韓国特許第10−1120095号に、柑橘類の木鋸屑およびウマ排泄物堆肥を、臭気を減少させる微生物と一緒に使用することにより、ブタ排泄物から臭気を移すかまたは吸着する方法が開示されている。韓国特許公開第2012−0068194号には、家畜排泄物肥料を、竹葉とマツ葉の混合物、ラクトバチルス・パラケフィリ(Lactobacillus parakefili)および酵母(カンジダ・グラブラータ(Candida glabrata))からなる土着の微生物ならびに10〜30重量%の量の無水グルコースで構成される組成物と混合することにより、家畜排泄物から臭気を除去する方法が開示されている。しかしながら、上記の特許に記載された方法は、大規模の家畜排泄物の処理には適当でなく、それは、人工的に培養される微生物の処理効率が、排泄物の腐敗の程度に依存して大幅に変化し、かつ家畜排泄物からの臭気を減少させるために使用される材料を得ることが困難だからである。韓国特許第10−0378667号にも、臭気を分解する微生物と5〜10%の家畜排泄物の組成物を、木鋸屑、籾殻および落ち葉の粉末と一緒に混合して、該混合物を好気的に発酵させることにより堆肥にするための方法が開示されている。韓国特許第10−0848677号には、家禽排泄物の100重量部に基づいて30〜50重量部の腐葉土、10〜30重量部のリグナムクレイ(lignum clay)、5〜20重量部の生石灰、5〜20重量部の廃棄物化石、0.5〜2重量部の好熱微生物を混合して、次に該混合物を50〜60℃の温度で5〜7週間発酵させるための方法が開示されている。しかしながら、上記の特許に記載された方法は、添加されるべき賦形剤の量が処理されるべき排泄物の量より多いので非常に非効率的であり、かつ大規模処理のための機械設備投資が必要なので実際的でない。
それ故、家畜排泄物を効率的に処理するために、家畜排泄物からの臭気をより速やかに、かつ経済的に除去または減少させるための方法を開発することが必要とされる。
したがって、本発明の目的は、家畜排泄物から発生した臭気を除去する能力を有する新規な菌株を提供することである。
本発明の別の目的は、上記の菌株を含有する臭気除去用組成物を提供することである。
本発明の別の目的は、該組成物を使用して家畜排泄物からの臭気を除去するための方法を提供することである。
本発明の別の目的は、上記の組成物を使用して家畜排泄物から無臭の堆肥を調製するための方法を提供することである。
上記の目的を達成するために、本発明は、(a)ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505(受託番号KCCM11653P);(b)ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503(受託番号KCCM11654P);(c)エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108(受託番号KCCM11655P);(d)コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191(受託番号KCCM11656P);(e)オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099(受託番号KCCM11657P);および(f)コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092(受託番号KCCM11658P)からなる群から選択される菌株を提供する。
それに加えて、本発明は、上記の菌株もしくはその組合せ、またはその培養液を含む、臭気除去用組成物も提供する。
それに加えて、本発明は、上記の組成物を家畜排泄物に噴霧すること、またはそれを家畜排泄物と混合することを含む、家畜排泄物からの臭気を除去するための方法も提供する。
それに加えて、本発明は、上記の組成物を家畜排泄物に噴霧すること、またはそれを家畜排泄物と混合することを含む、家畜排泄物から無臭の堆肥を調製するための方法も提供する。
本発明による菌株は、家畜排泄物から発生した臭気を除去するかまたは減少させる優れた能力を有し、したがって、家畜排泄物から無臭の堆肥を調製するために効果的に使用することができる。それに加えて、本発明による臭気除去方法は、既存の施設の使用を可能にして追加の出費を減少させ、家畜のタイプまたは規模に関わらず例外なく使用することもできる。
図1は、本発明による6種の菌株の形状を示す顕微鏡写真を提供する。 図2は、本発明による6種の菌株のコロニー形状を示す写真を提供する。 図3は、本発明による6種の菌株のLSC寒天培地およびTSC寒天培地それぞれにおけるコロニーの形状および色を示す写真を提供する。 図4は、16S DNA配列に基づくBA−092菌株の系統樹である。 図5は、16S DNA配列に基づくYA−191菌株の系統樹である。 図6は、16S DNA配列に基づくCA−108菌株の系統樹である。 図7は、16S DNA配列に基づくYAC−099菌株の系統樹である。 図8は、16S DNA配列に基づくSD−503菌株の系統樹である。 図9は、16S DNA配列に基づくSE−505菌株の系統樹である。 図10は、本発明による菌株を使用した、排泄物の液体発酵システムおよび堆肥化システムのプロセスを示す模式図を描写する。
ここで使用する用語「家畜排泄物」は、家畜、例えば、ブタ、ウシ、および家禽から生じた排泄物を指す。
本発明は、
(a)ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505(受託番号KCCM11653P);
(b)ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503(受託番号KCCM11654P);
(c)エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108(受託番号KCCM11655P);
(d)コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191(受託番号KCCM11656P);
(e)オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099(受託番号KCCM11657P);および
(f)コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092(受託番号KCCM11658P)
からなる群から選択される菌株を提供する。
該菌株は、排泄物を含有する土壌から単離されて、生化学的および分子生物学的方法により新たな菌株として同定された(例3を参照されたい)。本発明者らは、6種の菌株を、ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505、ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503、エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191、オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099、およびコリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092と、それぞれ命名して、それらを韓国微生物培養センター(KCCM)に、2015年1月8日に寄託した。6種の菌株の受託番号は、それぞれ、KCCM11653P、KCCM11654P、KCCM11655P、KCCM11656P、KCCM11657PおよびKCCM11658Pである。
これらの菌株は、それらの炭素供給源利用能力、成長温度、酵素活性および脂肪酸組成等に関して標準菌株と異なる。
本発明の菌株は、臭気除去効果を有し、特に、家畜排泄物(例えば、ブタ、ウシ、または家禽)またはそれから調製された堆肥等から臭気を除去する効果を有する。
それに加えて、本発明は、上記の菌株もしくはその組合せ、またはその培養液を含む、臭気除去用組成物を提供する。
本発明の一態様において、臭気除去用組成物は、ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505単独またはその培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503単独またはその培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108単独またはその培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191単独またはその培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099単独またはその培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092単独でまたはその培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092とコリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191との組合せ、またはそれらの培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108とオセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099との組合せ、またはそれらの培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503とノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505との組合せ、またはそれらの培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191、ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503およびノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505の組合せ、またはそれらの培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108、オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099、ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503およびノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505の組合せ、またはそれらの培養液を含む。
本発明の別の態様において、臭気除去用組成物は、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191、エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108、オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099、ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503およびノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505の組合せ、またはそれらの培養液を含む。
各菌株またはそれらの培養液が組み合わされた、臭気除去用組成物の場合、各菌株またはそれらの培養液が同じ比(体積)で組み合わされていることが好ましい。
上記の臭気除去用組成物は、臭気を除去するために効果的であることが知られている、他の化合物、物質およびこれらに類似したものをさらに含有していてもよい。
さらに、本発明は、上記の組成物を家畜排泄物に噴霧すること、またはそれを家畜排泄物と混合することを含む、家畜排泄物からの臭気を除去するための方法を提供する。本発明による臭気除去用組成物は、家畜排泄物自体だけでなく家畜の身体(特に、排泄物で汚染された家畜の身体)にも噴霧することにより、家畜の身体で発生する臭気を除去するために使用することができる。
それに加えて、本発明は、家畜排泄物からの臭気が除去された堆肥を調製するための方法であって、上記の組成物を家畜排泄物に噴霧すること、またはそれを家畜排泄物と混合することを含む方法を提供する。
無臭の堆肥を調製するための方法は、家畜排泄物から堆肥を調製する従来の方法に適用することができる。すなわち、無臭の堆肥は、本発明による臭気除去用組成物を家畜排泄物に噴霧するか、またはそれを家畜排泄物と混合することにより調製することができる。
本発明の一態様において、堆肥を調製するための方法は、液体発酵システムおよび堆肥化システムを利用してもよい。
液体発酵システムは、ブタ排泄物および本発明の菌株を発酵タンクに加える工程と、33±2℃で発酵させて無臭の発酵ブロスを調製する工程と、発酵ブロスを乾燥させる工程とを含んでいてもよい。それに加えて、堆肥化システムは、ブタ排泄物からの前記乾燥させた発酵ブロスを、ウシおよび/または家禽排泄物と混合する工程と、それらを3〜7日間分解させて堆肥を調製する工程とを含んでいてもよい。韓国特許第1402610号で開示された堆肥化装置を参照してもよい。
この後、本発明を、例を参照して詳細に説明する。しかしながら、例は、本発明の範囲を限定することなく本発明を例示することが意図される。
例1
臭気除去効果を有する菌株の単離
家畜排泄物からの優れた臭気除去効果および家畜排泄物中における優れた成長活性を有する菌株を、以下の手順により単離した。
具体的には、汚染されていない肥沃な土壌の試料を集めて、次に、脱湿させた風を30℃で使用して乾燥し、含水率を30%(w/w)以下にした。乾燥された土壌試料を、50%(w/w)の各種の家畜の未処理排泄物、例えば、ウシ、ブタおよび家禽の排泄物とそれぞれ混合して、80%の湿度を33℃で維持しながら好気的に3〜7日間発酵させた。土壌試料の臭気を、直接的な官能的方法により測定して、大幅な臭気減少が観察された試料を選択した。選択された試料を35℃以下で乾燥させて、未処理排泄物と1:1の比で再び混合して、同じ発酵条件下で発酵させて臭気の程度を検査した。発酵過程が繰り返されたときに、臭気が24時間以内に除去された試料を、活性な細菌を単離するための検体として選択した。同時に、ブタ排泄物を純水中に懸濁させて、固体含有濃度が3%(w/v)以上になるように希釈した。それに寒天を1.8%(w/w)の濃度で加えた。該懸濁液を滅菌して固形培地を調製した。活性な細菌を単離するための検体を、固形培地上に散布して、106cfu/g以上の優勢菌株を単離して、単離された優勢菌株を固形培地上に再び散布して臭気除去効果を有する6タイプの菌株を単離した。
例2
単離された菌株の形状および成長特性
<2−1>菌株の形状
単離された菌株の特性を検査するために、6タイプの菌株を顕微鏡(1,000×)により直接観察して、ブタ排泄物寒天培地上に散布して、コロニーの形状および色を観察した。
結果を図1および2に示す。選択された6タイプの菌株は、異なった形状および色を有する。6タイプの菌株を、BA−092、YA−191、CA−108、YAC−099、SD−503およびSE−505と、それぞれ命名した。
<2−2>成長特性
一方、菌株の培養特性を種々の培養培地中で比較するために、定性的培養実験を、表1に挙げた典型的な腐敗性および病原性細菌の選択培地、一般細菌培地および排泄物培地で、それぞれ実施した。
結果を表2および図3に示した。
<表1>
選択培地のタイプに依存する菌株の評価
<表2>
選択培地中における本発明の菌株の成長特性
表2および図3に示したように、選択培地における成長特性を比較したとき、単離された活性な菌株は、選択培地に依存して、コロニーの形状および色において有意な差を示した。排泄物培地、例えば、ブタ、ウシおよび家禽の排泄物培地および各未処理排泄物で成長させた活性なスターター細菌により接種された培養物を、表2の選択培地上にそれらを散布することにより比較して、一般的に単離された活性なスターター細菌が優勢であることが観察された。選択培地の特性のため、BPA培地の場合には、黒色コロニーが主に増殖して、それはスターター細菌中のBA−092およびYA−191菌株がBPA培地で黒色コロニーを示すという結果と一致し、LS寒天培地におけるコロニー特性は、スターター細菌YAC−099が培地を暗褐色色素で着色させたという結果と一致した。SD−503とSE−505の間でTSC寒天培地上の黒さの程度にも差があった。
さらに、表2では、活性な細菌の成長が優れていた選択培地の各々で、対照群よりも多数の成長コロニーが検出されて、活性な細菌の特性が期待通りに観察された。放線菌の場合、典型的なSD−503およびSE−505の菌株が、TSC、MSA、およびMYP寒天培地で出現し、その場合、成長活性は、培養時間の経過とともに、選択培地間で優れていた。
一般的に使用される栄養寒天培地(NA)(BD、米国)およびトリプシンダイズ寒天培地(TSA)(BD、米国)の成長程度を表3に示した。SD−503菌株は、NA培地で良好な成長を示し、他の5タイプの菌株は、TSA培地で最良の成長を示した。
<表3>
培養培地中における本発明の菌株の成長特性
成長したコロニーの形状および色、代謝物による培地および細菌の色素沈着、ならびに成長の有無の総合的な検査により、6タイプの菌株は異なった菌株であることが示された。
例3
菌株の同定
<3−1>生化学的同定
例1で単離された6タイプの菌株を生化学的に同定するために、それらの特性を、API 50CHキット、API Coryneキット(BioMerieux、フランス)等を使用して、生化学的方法により比較した。結果を表4に示した。
<表4>
本発明の菌株の成長特性
<3−2>分子生物学的同定
例1で単離された6タイプの菌株を分子生物学的に同定するために、SD−503菌株を栄養寒天培地(BD、米国)上に散布して、他の5タイプの菌株をトリプシンダイズ寒天培地(BD、米国)上に散布した。菌株を3〜5日間37℃で培養した。生じたコロニーを1mlの蒸留水中に高濃度で懸濁させて、ゲノムDNAを、Accuprep(登録商標)ゲノムDNA抽出キット(Bioneer、韓国)を使用して抽出した。抽出されたゲノムDNAを電気泳動によって同定した。菌株の16S rDNAの塩基配列を分析するために、上で抽出されたゲノムDNAをテンプレートとして、並びに27Fプライマー(5’−AGAGTTTGATCMTGGCTCAG−3’、配列番号1)および1492Rプライマー(5’−TACGGYTACCTTGTTACGACTT−3’、配列番号2)を使用して、PCRを実施した。PCRは、94℃/1分、55℃/1分および72℃/1分の条件で、合計35サイクル実施した。DNA増幅後、約1500bpの16S rDNAが電気泳動により同定された。増幅された16S rDNAをAccuprep PCR精製キット(Bioneer、韓国)を使用して精製した。精製された16S rDNAをpGEM(登録商標)−T Easyベクター(Promega)に連結して、大腸菌(E.coli)DH5αを、生じたベクターで形質転換させた。プラスミドDNAを形質転換体から抽出して、次に塩基配列を、27Fプライマー、1492Rプライマー、530Fプライマー(5’−GTGCCAGCMGCCGCGG−3’、配列番号3)および1100Rプライマー(5’−GGGTTGCGCTCGTTG−3’、配列番号4)を使用して自動DNA配列アナライザー(ABI3100、Applied Biosystem Inc.、米国)により分析した。その後、塩基配列を組み合わせて、それらの関係および16s rDNA類似性をEzTaxonサーバー(http://www.ezbiocloud.net/eztaxon,Kim et al.,2012)を使用して調べた。
16S rDNAの遺伝子配列分析の結果を表5に示した。
<表5>
16S rDNAの塩基配列を使用する菌株の同定
BA−092およびYA−191菌株の16S rDNAの塩基配列は、それぞれ、配列番号5および配列番号6で示され、この2種の菌株の16S rDNAの塩基配列は、標準菌株のコリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YS−314菌株と比較して、それぞれ、99.59%および99.53%の相同性を有することが見出された。コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092およびYA−191菌株の16S rDNAの塩基配列に基づいて、関係する標準菌株間の関係を描いた系統樹を、図4および5にそれぞれ示す。
CA−108菌株の16S rDNAの塩基配列は配列番号7で示され、菌株の16S rDNAの塩基配列は、標準菌株のエンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)YIM100590菌株と比較して、97.59%の相同性を有することが見出された。エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108菌株の16S rDNAの塩基配列に基づいて、関係する標準菌株間の関係を描いた系統樹を図6に示す。
YAC−099菌株の16S rDNAの塩基配列は配列番号8で示され、菌株の16S rDNAの塩基配列は、標準菌株のオセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YIM100590菌株と比較して、98.82%の相同性を有することが見出された。オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099菌株の16S rDNAの塩基配列に基づいて、関係する標準菌株間の関係を描いた系統樹を図7に示す。
SD−503菌株の16S rDNAの塩基配列は配列番号9で示され、菌株の16S rDNAの塩基配列は、標準菌株のノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)DSM43377菌株と比較して、97.85%の相同性を有することが見出された。ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503菌株の16S rDNAの塩基配列に基づいて、関係する標準菌株間の関係を描いた系統樹を図8に示す。
SE−505菌株の16S rDNAの塩基配列は、配列番号10で示され、菌株の16S rDNAの塩基配列は、標準菌株のノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)HM6菌株と比較して、97.91%の相同性を有することが見出された。ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505菌株の16S rDNAの塩基配列に基づいて、関係する標準菌株間の関係を描いた系統樹を図9に示す。
上記の結果に基づいて、BA−092およびYA191の菌株を、それぞれ、コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)と同定し;CA−108菌株をエンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)と同定し;YAC−099菌株をオセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)と同定し;SD−503菌株をノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)と同定し;およびSE−505菌株をノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)と同定して、それらを表6におけるように命名して、韓国微生物の培養センター(KCCM)に、2015年1月8日に寄託した。
<表6>
寄託された菌株の名称
例4
次世代ゲノムシーケンシング(NGS)による染色体の配列分析
ゲノムDNAを例1で単離された6タイプの菌株から得て、染色体の配列を次世代ゲノムシーケンシング(NGS)により分析した。ゲノムDNAの配列を、Illumina Mi−Seqを使用して配列決定してリードを発生させ、Velvet(バージョン1.2.10)をGenome de novoアセンブリープログラムとして使用してアセンブルした。
各菌株のゲノム配列決定の作業を、BioProjectとして、国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)のウェブサイト(https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/)に登録して、以下の受託番号が与えられた。
− ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505(PRJNA278703);
− ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503(PRJNA278701);
− オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099(PRJNA278698)
− エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108(PRJNA278697);
− コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191(PRJNA278696);
− コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092(PRJNA278694)。
さらに、各菌株のゲノム配列を、全ゲノムショットガン(WGS)としてNCBI(https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/wgs/)に登録して、以下の受託番号を確保した。
− ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505(LAFG00000000);
− ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503(LAFF00000000);
− オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099(LAFE00000000);
− エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108(LAFD00000000);
− コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191(LAFC00000000);
− コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092(LAFB00000000)。
例5
本発明の菌株と標準菌株の間の特性の比較
本発明の菌株と標準菌株の特性、例えば、炭素供給源利用能力、成長温度、酵素活性および脂肪酸組成等における差を調べた。
BA−092およびYA−091菌株の炭素供給源利用能力および成長温度の結果を、下の表7に示した。
<表7>
BA−092およびYA−091菌株の炭素供給源利用能力および成長温度
表7に示したように、BA−092菌株は、標準菌株YS−314と異なって、マンノースおよびマルトースを利用する能力を有さず、45℃で成長しなかった。それに加えて、YA−091菌株も、標準菌株YS−314と異なって、45℃で成長しなかった。それ故、本発明の菌株BA−092およびYA−091は、当技術分野で公知のコリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)標準菌株と異なった特性を有することが確認された。
それに加えて、CA−108菌株とエンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)標準菌株YIM100590の間の炭素供給源利用能力における差(Cao et al.,Int.J.Syst.Bacteriol.62:2710−2716、2012)を下の表8に示した。
<表8>
YIM100590とCA−108菌株の炭素供給源利用能力における差
表8に示したように、CA−108菌株は、標準菌株YIM100590と異なって、7タイプの炭素、例えば、D−アラビトール、N−アセチルグルコサミン、D−マンニトール、D−マンノース、スクロース、D−サリシン、D−ソルビトールを利用する能力を有しなかった。それ故、本発明のCA−108菌株は、当技術分野で公知のエンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)標準菌株と異なった特性を有することが確認された。
それに加えて、YAC−099菌株とオセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)標準菌株JLT1488の間の炭素供給源利用能力および酵素活性における差(Fu et al.,Int.J.Syst.Bacteriol.62:2490−2494、2012)を下の表9に示した。
<表9>JLT1488とYAC−099菌株の間の炭素供給源利用能力および酵素活性における差
表9に示したように、YAC−099菌株は、標準菌株JLT1488と異なって、炭素供給源、例えば、D−アミグダリンおよびN−アセチルグルコサミンを利用する能力を有さず、アルカリ性ホスファターゼおよびベータグルコシダーゼの酵素活性を示さなかった。それ故、本発明のYAC−099菌株は、当技術分野で公知のオセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)標準菌株と異なった特性を有することが確認された。
それに加えて、SD−503菌株と標準菌株DSM43377の間の炭素供給源利用能力における差(Grund and Kroppenstedt,Int.J.Syst.Bacteriol.40:5−11,1990)および細胞内脂肪酸組成の分析結果を下の表10および表11に示した。
<表10>
DSM43377とSD−503菌株の間の炭素供給源利用能力における差
<表11>
DSM43377とSD−503の菌株の間の細胞内脂肪酸組成の分析結果
表10および表11に示したように、SD−503菌株は、標準菌株DSM43377と異なって、炭素供給源、例えば、グルコース、フルクトース、セロビオース、スクロースおよびエスクリンを利用する能力を有しなかった。その上、SD−503菌株は、標準菌株DSM43377のものと比較して異なった細胞内脂肪酸組成を示した。それ故、本発明のSD−503菌株は、当技術分野で公知の標準菌株ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)と異なった特性を有することが確認された。
それに加えて、SE−505菌株と標準菌株HM6の間の炭素供給源利用能力における差(Hamedi et al.,Int.J.Syst.Bacteriol.60、2346−2352,2010)および細胞内脂肪酸組成の分析結果を、下の表12および表13に示した。
<表12>
HM6とSE−505菌株の間の炭素供給源利用能力における差
<表13>
HM6およびSE−505菌株の細胞内脂肪酸組成の分析結果
表12および表13に示したように、SE−505菌株は、標準菌株HM6と異なって、炭素供給源、例えば、D−ガラクトース、メリビオース、サッカロース、ラクトース、マンニトール、マンノース、ラムノース、D−キシロースおよびデンプンを利用する能力を有さず、15%NaClで成長せず、硝酸塩を還元しなかった。その上、SE−505菌株は、標準菌株HM6のものと比較して異なった細胞内脂肪酸組成を示した。それ故、本発明のSE−505菌株は、当技術分野で公知の標準菌株ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)と異なった特性を有することが確認された。
例6
本発明の菌株およびそれらの組合せの臭気除去効果
<6−1>ブタ排泄物に対する臭気除去効果
ブタ排泄物を、本発明で単離されて選択された6タイプの菌株の単独または組合せで処理して、次に臭気の変化を測定した。
6種の菌株の中で、BA−092、YA−191、CA−108、YAC−099およびSE−505の菌株を、200mlのTSB液体培地中において33℃で5日間、震盪培養した。SD−503菌株は、200mlの栄養液体培地中において33℃で5日間震盪培養した。対照菌株として、BA−092およびYA−191と密接に関係するコリネバクテリウム・グルタミクム(Corynebacterium glutamicum)KCTC1445の菌株、CA−108およびYAC−099と密接に関係するジョージニア・サティヤナラヤナイ(Georgenia satyanarayanai)KCTC19802菌株、ならびにSD−503およびSE−505と密接に関係するノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)亜種アルバ(alba)KCTC9616菌株を使用した。対照菌株は、200mlのTSB培地中において33℃で5日間培養した。次に、該培養液を、個別にまたは組み合わせて(当量比)下の表16に示したように、排泄物と80:20の体積比で混合して、次に33℃で1日震盪培養した。培養後、培養液を滅菌ペトリ皿(150×25mm)に移して、5Lの密封容器中に20分間置いた。上部のガスを集めた後、複合臭気、アンモニア、硫化水素等を、下の表14に挙げた携帯装置および使い捨て検出管を用いて測定して、臭気の程度を、表15に示した判定基準に従って、直接的な官能的方法により測定した。結果を下の表16に示した。
<表14>
臭気測定方法および測定された臭気
<表15>
直接的な官能的方法の判定基準
<表16>
本発明による菌株の単独または組合せにより処理されたブタ排泄物からの臭気
表16に示したように、本発明による菌株は、単独または組合せで、未処理対照および対照菌株と比較したときに、はるかに優る臭気除去効果を示した。
<6−2>ブタ排泄物堆肥に対する臭気除去効果
本発明による菌株のブタ排泄物堆肥に対する臭気除去効果を調べるために、例<6−1>における排泄物の代わりに粉砕された米ぬかを使用して、試験を実施した。
培養された菌株単独または組合せの培養液を、滅菌され粉砕された米ぬかと、1:1の重量比で混合して、次に例<6−1>と同じ様式で、33℃で3日間培養した。次に、臭気の程度を例<6−1>と同じ様式で測定した。結果を下の表17に示した。
<表17>
本発明による菌株の単独または組合せによる処理後のブタ排泄物堆肥の臭気の程度
表17に示したように、本発明による菌株は、単独または組合せで、未処理対照および対照菌株と比較して優る臭気除去効果を示した。
例7
本発明の菌株の豚舎およびブタに対する臭気除去効果
本発明の6種の菌株の各々を、排泄物固形培地(ブタ排泄物;3〜4%Brix、0.5%酵母抽出物で構成される)に散布して培養した。その後、培地中で成長した細菌のみを集めて、少なくとも10倍の純水に懸濁させた。懸濁液を豚舎の内側および外側ならびにブタの身体に均一に噴霧して、臭気の変化を、例6におけると同様に直接的な官能的方法により測定した。結果として、豚舎の内側および外側の臭気は完全に消失し、ブタ身体からの臭気も完全に消失した。
例8
本発明の菌株を使用する家畜排泄物堆肥の調製および臭気の測定
図10に示したプロセスに従って、本発明の菌株を使用して家畜排泄物から堆肥を調製した。具体的には、本発明の菌株を使用して、ブタ排泄物を液体発酵(液体発酵システム)、続いて固体発酵(堆肥化システム)に供して、堆肥を調製した。システムに関しては、韓国特許第1402610号を参照した。
堆肥にする前と後の臭気成分の変化を分析した。結果を表18に示した。
<表18>
排泄物処理の前および後における臭気成分変化の測定
表18に示したように、少しも臭気がない堆肥を、本発明の菌株を用いて排泄物を処理することにより調製することができることが確認された。
調製例1:ブタ排泄物からの臭気を除去するためのスターター細菌溶液の調製
本発明の6種の菌株の各々を、滅菌されたTSB培地または栄養液体培地中で1〜5日間培養した。次に、各培養液を、3〜4%Brixブタ排泄物および0.5%酵母抽出物を含有するブタ排泄物寒天培地上に散布した。寒天培地を33℃で1〜5日間インキュベートした。成長した細菌をスクレーパーでこすり落として、滅菌された10%(v/v)グリセリン、0.8%(w/v)生理食塩水、0.5%(w/v)酵母抽出物等を含有する保存溶液中に懸濁させた。懸濁液を単独でまたは組合せで使用して、臭気を除去するためのスターター細菌溶液を調製した。
調製例2:ウシ排泄物からの臭気を除去するためのスターター細菌溶液の調製
本発明の6種の菌株の各々を、滅菌されたTSB培地または栄養液体培地中で1〜5日間培養した。次に、各培養液を、3〜4%Brixウシ排泄物および0.5%酵母抽出物を含有するウシ排泄物寒天培地上に散布した。寒天培地を33℃で1〜5日間インキュベートした。成長した細菌をスクレーパーでこすり落として、滅菌された10%(v/v)グリセリン、0.8%(w/v)生理食塩水、0.5%(w/v)酵母抽出物等を含有する保存溶液中に懸濁させた。懸濁液を単独でまたは組合せで使用して、臭気を除去するためのスターター細菌溶液を調製した。
調製例3:家禽排泄物からの臭気を除去するためのスターター細菌溶液の調製
本発明の6種の菌株の各々を、滅菌されたTSB培地または栄養液体培地中で1〜5日間培養した。次に、各培養液を3〜4%Brix家禽排泄物および0.5%酵母抽出物を含有する家禽排泄物寒天培地上に散布した。寒天培地を33℃で1〜5日間インキュベートした。成長した細菌を、スクレーパーでこすり落として、滅菌された10%(v/v)グリセリン、0.8%(w/v)生理食塩水、0.5%(w/v)酵母抽出物等を含有する保存溶液中に懸濁させた。懸濁液を単独でまたは組合せで使用して、臭気を除去するためのスターター細菌溶液を調製した。
調製例4:豚舎に噴霧するための液体組成物の調製
本発明の6種の菌株の各々を、滅菌されたTSB培地または栄養液体培地中で1〜5日間培養した。次に、各培養液を4000×gで10分間遠心分離して、次に蒸留水で洗浄して細菌のみを得た。得られた細菌を、次に滅菌された10%(v/v)グリセリン、0.8%(w/v)生理食塩水、0.5%(w/v)酵母抽出物等を含有する保存溶液中に懸濁させた。懸濁液を単独でまたは組合せで使用して、豚舎に噴霧するための液体組成物を調製した。豚舎に噴霧するために調製された液体組成物を豚舎またはブタの身体に噴霧するときに10倍に希釈した。
調製例5:臭気を除去するための固体組成物の調製
本発明の6種の菌株の各々を、滅菌されたTSB培地または栄養液体培地中で1〜5日間培養した。次に、各培養液の500Lを4000×gで10分間遠心分離して、蒸留水で2回洗浄して各菌株の細菌を得た。次に、得られた各菌株の細菌を100Lの純水中に懸濁させ、10kgのデキストリンと混合して噴霧乾燥した。乾燥された材料を単独でまたは組合せで使用して、臭気を除去するための固体組成物を調製した。

Claims (6)

  1. (a)ノカルディオプシス・シヌスペルシシ(Nocardiopsis sinuspersici)SE−505(受託番号KCCM11653P);
    (b)ノカルディオプシス・アルバ(Nocardiopsis alba)SD−503(受託番号KCCM11654P);
    (c)エンテラクチノコッカス・コプロフィルス(Enteractinococcus coprophilus)CA−108(受託番号KCCM11655P);
    (d)コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)YA−191(受託番号KCCM11656P);
    (e)オセアニタレア・ナンハエンシス(Oceanitalea nanhaiensis)YAC−099(受託番号KCCM11657P);および
    (f)コリネバクテリウム・エフィシエンス(Corynebacterium efficiens)BA−092(受託番号KCCM11658P)
    からなる群から選択される菌株。
  2. 前記菌株が臭気除去効果を有する、請求項1に記載の菌株。
  3. 請求項1に記載の菌株もしくはその組合せまたはその培養液を含む、臭気除去用組成物。
  4. 前記組成物が家畜排泄物からの臭気を除去するために使用される、請求項3に記載の組成物。
  5. 請求項3に記載の組成物を家畜排泄物に噴霧すること、または請求項3に記載の組成物を前記家畜排泄物と混合することを含む、前記家畜排泄物からの臭気を除去するための方法。
  6. 請求項3に記載の組成物を家畜排泄物に噴霧すること、または請求項3に記載の組成物を前記家畜排泄物と混合することを含む、前記家畜排泄物から無臭の堆肥を調製するための方法。
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