JP2018514573A - 新規のファージディスプレイライブラリ、そのメンバーおよびその使用 - Google Patents

新規のファージディスプレイライブラリ、そのメンバーおよびその使用 Download PDF

Info

Publication number
JP2018514573A
JP2018514573A JP2017557141A JP2017557141A JP2018514573A JP 2018514573 A JP2018514573 A JP 2018514573A JP 2017557141 A JP2017557141 A JP 2017557141A JP 2017557141 A JP2017557141 A JP 2017557141A JP 2018514573 A JP2018514573 A JP 2018514573A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
list consisting
list
antigen
cdr
antibody
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2017557141A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2018514573A5 (ja
Inventor
ヴォーガン,トリスタン
ロウ,デヴィッド
チン,ステイシー
グリムショー,ベンジャミン,デヴィッド,
バトン,ジェームズ
Original Assignee
メディミューン リミテッド
メディミューン リミテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by メディミューン リミテッド, メディミューン リミテッド filed Critical メディミューン リミテッド
Publication of JP2018514573A publication Critical patent/JP2018514573A/ja
Publication of JP2018514573A5 publication Critical patent/JP2018514573A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/005Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies constructed by phage libraries
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/24Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against cytokines, lymphokines or interferons
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/26Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against hormones ; against hormone releasing or inhibiting factors
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/21Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin from primates, e.g. man
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/33Crossreactivity, e.g. for species or epitope, or lack of said crossreactivity
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565Complementarity determining region [CDR]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/567Framework region [FR]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/60Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
    • C07K2317/62Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
    • C07K2317/622Single chain antibody (scFv)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/90Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C40COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40BCOMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/10Libraries containing peptides or polypeptides, or derivatives thereof

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本発明は、その標的に対してより高い特異性および効力を有する改善されたヒト抗体が作製され得るライブラリ(特に、ファージディスプレイライブラリ)と、このようなヒト抗体を作製する方法とに関する。特に、本発明は、このようなライブラリから得ることができる、挑戦的な標的に対するヒト抗体であって、少なくとも18アミノ酸長のHCDR3を有するヒト抗体に関する。【選択図】図1

Description

本発明は、その標的に対してより高い特異性および効力を有する改善されたヒト抗体が作製され得るライブラリ(特に、ファージディスプレイライブラリ)と、このようなヒト抗体を作製する方法とに関する。特に、本発明は、挑戦的な標的に対するヒト抗体に関する。
ファージディスプレイ技術は当該技術分野においてよく知られており、例えば、McCafferty et al.Nature 348(1990):552−554(参照により本明細書中に援用される)および国際公開第1993/11236号パンフレット(参照により本明細書中に援用される)において開示されている。しかしながら、特定の標的に対する機能性ヒト抗体(すなわち、高い特異性および/または効力で結合する抗体)の作製が挑戦的なものであることも当該技術分野で知られている(Hutchings et al.(2010)MAbs 2(6):594−606;Wilkinson et al.(2015)J Biomol Screen 20(4):454−467;およびSmith(2015)J Biomol Screen 20(4):437−453を参照;これらはそれぞれ参照により本明細書中に援用される)。このような挑戦的な標的は、従来の可溶性標的および単純な受容体よりも、それに対する機能性抗体を作製するのが困難であると考えられている。挑戦的な標的には、例えば、膜内在性タンパク質(例えば、イオンチャネル、輸送タンパク質、Gタンパク質共役受容体またはGPCRなど)およびウイルスタンパク質(例えば、ウイルスカプシドタンパク質など)が含まれる。
ファージディスプレイライブラリなどの従来のライブラリからこのような標的に対する機能性ヒト抗体を作製するには、適切な機能性を有する2つまたは3つの可能性のある抗体を見出すために、何万もの可能性のある抗体のスクリーニングが必要とされ得る。これは、明らかに時間および他の資源の著しい投資を意味する。現在のところ、ヒト使用のために世界的に現在認可されている抗体(30を超える)のうち、GPCRに対するものは1つのみ(モガムリズマブ、日本で認可された抗CCR4mAb)であり、ウイルス標的に対するものは1つのみ(パリビズマブ)であり、イオンチャネルまたは輸送体に対するものは存在しない。
このような挑戦的な標的に結合する機能性抗体が必要とされている。このような抗体を得るためにより少ないスクリーニングを必要とする改善されたライブラリが必要とされている。低い資源集約度で実行可能である、このような抗体を作製する改善された方法が必要とされている。
本発明は、ヒトscFvを提示するファージライブラリを提供することにより、上記の必要性の1つまたは複数を満たすものであり、ライブラリにより提示されるヒトscFv可変重鎖CDR3(CDR H3)の少なくとも50%は、少なくとも18アミノ酸長である。
少なくとも18アミノ酸長である、ライブラリにより提示されるヒトscFv可変重鎖CDR H3の割合は、少なくとも60%であってもよい。少なくとも18アミノ酸長である、ライブラリにより提示されるヒトscFv可変重鎖CDR H3の割合は、少なくとも70%であってもよい。少なくとも18アミノ酸長である、ライブラリにより提示されるヒトscFv可変重鎖CDR H3の割合は、少なくとも80%であってもよい。少なくとも18アミノ酸長である、ライブラリにより提示されるヒトscFv可変重鎖CDR H3の割合は、少なくとも90%であってもよい。
本発明のライブラリにより提示される好ましいCDR H3可変重鎖は、少なくとも18アミノ酸長である。CDR H3可変重鎖は、18〜30アミノ酸長であり得る。CDR H3可変重鎖は、20〜30アミノ酸長であり得る。CDR H3可変重鎖は、20〜24アミノ酸長であり得る。以下に記載されるように、本開示により例示される本発明のCDR H3可変重鎖は、20〜24アミノ酸長である。
特定のCDRを構成するアミノ酸の定義は、使用される方法に応じて異なり得ることが知られており、例えば、Kabatに従って定義されるCDRは、IMGTに従って定義されたときと異なる数のアミノ酸を含み得る。他に特に示されない限り、本明細書に記載されるアミノ酸の長さは、Kabat番号付けにより定義される通りである。
従来のヒト抗体は、平均約12〜13アミノ酸長(この平均を中心として正規分布を有する)である重鎖CDR H3を有する。しかしながら、より長いループ重鎖CDR H3を有するヒト抗体が当該技術分野において知られており、特に、Spindler et al.(PLOS Pathogens(2014)Vol 10 Issue 10 e1004377)、Burton et al.(PNAS(2005)Vol 102No.42 14943−14948)、Corti&Lanzavecchia(Annu.Rev.Immunol(2013)31:705−742)、Whittle et al.(PNAS(2011)Vol 108 No.34 14216−14221)およびCollis et al.(J.Mol.Biol.(2003)325,337−354)において開示されており、これらはそれぞれ参照により本明細書中に援用される。Collis et al.は、標的がウイルスである場合に平均ヒトCDR H3の長さが約16個のアミノ酸である場合を除いて、(正規分布した)ヒトCDR H3の平均長さは、10〜12個のアミノ酸であることを決定した。
いずれの理論にも束縛されることなく、本発明者らは、従来よりも長いCDR H3を有するヒト抗体が、例えば、細孔、疎水性ポケットまたはキャニオン構造を含有する特定の標的に対して高い特異性および/または効力を有する可能性が高いであろうことを提唱する。従って、本発明者らは、Vaughan et al.,(1996)およびLloyd et al.,(2009)に記載されるものなどの現存のファージディスプレイライブラリからこのような抗体を得ることを試みたが、これは、このようなライブラリが20以上のアミノ酸長を有するヒトCDR H3の5%以下を提示するという事実によって妨げられることが分かった。従って、本発明者らは、ライブラリにより提示されるヒトCDR H3の大部分が少なくとも18アミノ酸長である新規のライブラリを作製した。
ライブラリは、最初に、少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を有する抗体のヒト生殖系列配列から作製される。ライブラリは、上記で引用された参考文献に開示される長いCDR H3抗体を含む任意の既知のこのような抗体のヒト生殖系列配列から作製され得る。ライブラリは、少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を含有する抗FPR1抗体のヒト生殖系列配列から作製され得る。ヒト抗FPR1抗体は、24アミノ酸長であるCDR H3を含有し得る。ヒト抗FPR1抗体は、Douthwaite et al.(MAbs(2015)7(1):152−166;参照により本明細書中に援用される)に記載されるように、FPR0165であり得る。
本発明者らは、本発明のライブラリから作製されるヒト抗体が困難または挑戦的な標的抗原に結合し、および機能的に影響する(例えば、拮抗または刺激する)可能性が高いであろうことを提唱する。従って、本発明は、挑戦的な標的に対する機能性ヒト抗体(すなわち、高い特異性および/または効力を有するヒト抗体)を作製するための、本発明のライブラリの使用を提供する。本発明は、挑戦的な標的に結合し得るヒト抗体を作製する方法をさらに提供し、本方法は、標的に特異的なヒト抗体を本発明のライブラリから単離するステップを含む。抗体を得るためのファージディスプレイライブラリの使用は、当業者にとって日常的なことである。サンプルプロトコルは以下に例示される。
抗体に対する挑戦的な標的は当該技術分野において知られており、膜内在性タンパク質(例えば、イオンチャネル、輸送タンパク質、GPCRなど)およびウイルスカプシドタンパク質(その構造内に疎水性キャニオンを有することが多い)が含まれる。従って、本発明のライブラリから作製されるヒト抗体は、膜タンパク質に対して特異的であり得る。本発明のライブラリから作製されるヒト抗体は、イオンチャネルに対して特異的であり得る。本発明のライブラリから作製されるヒト抗体は、輸送タンパク質に対して特異的であり得る。本発明のライブラリから作製されるヒト抗体は、GPCRに対して特異的であり得る。本発明のライブラリから作製されるヒト抗体は、ウイルスカプシドタンパク質に対して特異的であり得る。
本発明は、少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を有するヒト抗体をさらに提供する。本発明のヒト抗体は、本発明のライブラリから得ることができる。従って、ヒト抗体は、上記の本発明の使用または方法によって得ることができる。CDR3 H3は、18〜30アミノ酸長であり得る。CDR3 H3は、20〜30アミノ酸長であり得る。CDR3 H3は、20〜24アミノ酸長であり得る。本発明のヒト抗体は、上記のように、挑戦的な標的に結合し得る。本発明のヒト抗体は、Spindler et al.(PLOS Pathogens(2014)Vol 10 Issue 10 e1004377)、Burton et al.(PNAS(2005)Vol 102 No.42 14943−14948)、Corti&Lanzavecchia(Annu.Rev.Immunol(2013)31:705−742)、Whittle et al.(PNAS(2011)Vol 108 No.34 14216−14221)およびCollis et al.(J.Mol.Biol.(2003)325,337−354)のいずれかに開示されるようなCDR H3配列を有さない。
本発明のヒト抗体は、アゴニストまたはアンタゴニストであり得る。本発明のヒト抗体は、その標的に対して50ナノモル濃度未満の効力(IC50)を有し得る。本発明のヒト抗体は、その標的に対して20ナノモル濃度未満の効力(IC50)を有し得る。発明のヒト抗体は、その標的に対して10ナノモル濃度未満の効力(IC50)を有し得る。
本発明のヒト抗体は、モノクローナル抗体であり得る。誤解を避けるために、「抗体」という用語は明確にこのような抗原結合性断片を含む。従って、本発明のヒト抗体は、Fab、Fab’、F(ab)2、Fv、またはscFvなどのその抗原結合性断片であってもよい。
本発明者らは、20〜24アミノ酸長であるCDR H3を有する本発明のヒト抗体のアミノ酸組成を分析した。結果は、以下の表に記載される通りである。
従って、表において提供される情報に基づいて、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3が20アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得ることは明白である。
位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置10:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置11:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置12:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置13:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
位置14:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置15:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
位置16:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
位置17:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置18:P、M、F、Lからなるリストから選択される
位置19:D
位置20:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
あるいは、表において提供される情報に基づいて、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3が21アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得ることは明白である。
位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
位置8:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置10:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
位置11:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置12:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置13:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置14:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
位置15:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置16:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
位置17:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
位置18:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置19:P、M、F、Lからなるリストから選択される
位置20:D
位置21:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
あるいは、表において提供される情報に基づいて、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3が22アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得ることは明白である。
位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置10:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置11:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
位置12:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置13:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置14:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置15:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
位置16:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置17:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
位置18:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
位置19:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置20:P、M、F、Lからなるリストから選択される
位置21:D
位置22:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
あるいは、表において提供される情報に基づいて、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3が23アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得ることは明白である。
位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
位置8:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置10:R、D、Q、P、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置11:K、Q、E、H、Y、W、S、T、G、A、F、L、Iからなるリストから選択される
位置12:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
位置13:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置14:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置15:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置16:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
位置17:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置18:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
位置19:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
位置20:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置21:P、M、F、Lからなるリストから選択される
位置22:D
位置23:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
あるいは、表において提供される情報に基づいて、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3が24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得ることは明白である。
位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置10:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置11:R、D、Q、P、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置12:K、Q、E、H、Y、W、S、T、G、A、F、L、Iからなるリストから選択される
位置13:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
位置14:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置15:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置16:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置17:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
位置18:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置19:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
位置20:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置22:P、M、F、Lからなるリストから選択される
位置23:D
位置24:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
あるいは、表において提供される情報に基づいて、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3が24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得ることは明白である。
位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置10:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置11:C
位置12:K、Q、E、H、Y、W、S、T、G、A、F、L、Iからなるリストから選択される
位置13:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
位置14:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置15:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
位置16:C
位置17:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
位置18:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置19:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
位置20:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置22:P、M、F、Lからなるリストから選択される
位置23:D
位置24:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
以下の表からの情報は合理的に一般化することができ、従って、例えば、位置1のアミノ酸は、CDR H3が20、21、22、23または24アミノ酸長であるかどうかに関係なく、R、K、D、E、P、S、G、AおよびVから選択される。従って、本発明のヒト抗体が、R、K、D、E、P、S、G、AおよびVから選択される位置1のアミノ酸を有するであろうと推論することは合理的である。位置2(すなわち、アミノ酸は、R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択され得る);位置3(すなわち、アミノ酸は、R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択され得る);位置4(すなわち、アミノ酸は、R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択され得る);位置5(すなわち、アミノ酸は、K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択され得る);位置6(すなわち、アミノ酸は、D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択され得る);および位置7(すなわち、アミノ酸は、R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択され得る)について、同じことが推論され得る。
以下の表6〜11に記載されるように、本発明者らは、本発明のヒト抗体の特定の位置における各アミノ酸の存在についてパーセンテージ数値(±1.5%以内の精度)を割り当てた。10%以上のカットオフポイントを指定すると、20アミノ酸長であるCDR H3を有する本発明の特定のヒト抗体は、以下のアミノ酸配列を含み得る。
位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置8:D、S、G、M、Vからなるリストから選択される
位置9:Y、S、T、G、L、Vからなるリストから選択される
位置10:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置11:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置12:Y、G、Vからなるリストから選択される
位置13:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
位置14:Y、Gからなるリストから選択される
位置15:Yからなるリストから選択される
位置16:D、Y、Gからなるリストから選択される
位置17:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置18:M、Fからなるリストから選択される
位置19:D
位置20:P、Y、Vからなるリストから選択される
あるいは、10%以上のカットオフポイントを指定すると、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3は21アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得る。
位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置8:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置9:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置10:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置11:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置12:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置13:Y、G、Vからなるリストから選択される
位置14:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
位置15:Y、Gからなるリストから選択される
位置16:Y
位置17:D、Y、Gからなるリストから選択される
位置18:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置19:M、Fからなるリストから選択される
位置20:D
位置21:P、Y、Vからなるリストから選択される
あるいは、10%以上のカットオフポイントを指定すると、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3は22アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得る。
位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置8:D、S、G、M、Vからなるリストから選択される
位置9:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置10:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置11:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置12:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置13:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置14:Y、G、Vからなるリストから選択される
位置15:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
位置16:Y、Gからなるリストから選択される
位置17:Y
位置18:D、Y、Gからなるリストから選択される
位置19:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置20:M、Fからなるリストから選択される
位置21:D
位置22:P、Y、Vからなるリストから選択される
あるいは、10%以上のカットオフポイントを指定すると、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3は23アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得る。
位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置8:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置9:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置10:R、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置11:Y、S、Gからなるリストから選択される
位置12:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置13:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置14:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置15:Y、G、Vからなるリストから選択される
位置16:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
位置17:Y、Gからなるリストから選択される
位置18:Y
位置19:D、Y、Gからなるリストから選択される
位置20:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置21:M、Fからなるリストから選択される
位置22:D
位置23:P、Y、Vからなるリストから選択される
あるいは、10%以上のカットオフポイントを指定すると、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3は24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得る。
位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置8:D、S、G、M Vからなるリストから選択される
位置9:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置10:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置11:R、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
位置12:Y、S、Gからなるリストから選択される
位置13:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置14:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置15:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置16:Y、G、Vからなるリストから選択される
位置17:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
位置18:Y、Gからなるリストから選択される
位置19:Y
位置20:D、Y、Gからなるリストから選択される
位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置22:M、Fからなるリストから選択される
位置23:D
位置24:P、Y、Vからなるリストから選択される
あるいは、10%以上のカットオフポイントを指定すると、本発明のライブラリまたはヒト抗体のCDR H3は24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列を含み得る。
位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置8:D、S、G、M Vからなるリストから選択される
位置9:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置10:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置11:C
位置12:Y、S、Gからなるリストから選択される
位置13:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
位置14:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
位置15:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
位置16:C
位置17:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
位置18:Y、Gからなるリストから選択される
位置19:Y
位置20:D、Y、Gからなるリストから選択される
位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
位置22:M、Fからなるリストから選択される
位置23:D
位置24:P、Y、Vからなるリストから選択される
本発明は、ここで、例として以下の図面を参照して記載される。
ファージディスプレイライブラリが基づく抗FPR抗体のFab断片(FPR0165)のX線結晶構造であり、長いVH CDRループが構造の解明のために十分に安定していることを示す。 長いVH CDR3ライブラリのためのVHインサート設計の概略図である。ループ位置11および16にシステインをコードする24アミノ酸長の構築物を加えて、VH CDR長さ20〜24を表す6つの構築物を合成した。表6〜11に定義されるアミノ酸組成を有する6つの異なるCDR3インサートを設計した。 6つの長いVH CDR3レパートリーのクローニング効率の分析である。各サブライブラリからの264〜528の個々のクローンのscFv遺伝子を配列決定して、HCDR3多様性およびライブラリ品質の評価を決定した。この分析は、ライブラリが高度に多様性(配列決定したクローン間でHCDR3配列の100%の多様性)であり、各サブライブラリ内のクローンの約70%が全長インフレームscFvをコードすることを示した。 抗体軽鎖レパートリーを含有するファージミドベクターへのクローニング後の実際のVH CDR3ループ長さのディープシーケンシング分析である。1つのサブライブラリにつき120〜160万の個々の読取りデータから、NGS(次世代シーケンシング)は、各サブライブラリ内の60〜70%のクローンが予想される長さのVHCDR3を含有することを示す。また、この分析は、各サブライブラリ内の位置の大部分について、最終ライブラリ内のアミノ酸使用がライブラリ設計と一致する(観察/設計されたアミノ酸の頻度=0.1〜2)ことも確認した。 6つのVHレパートリーインサートのクローニング後の軽鎖生殖系列使用の多様性である。1つのサブライブラリにつき100000のランダムに選択した個々の読取りデータを用いて、VL生殖系列の多様性についての情報を作成した。3つの最も頻繁に使用されるVL生殖系列はIGLV1−4401、IGV3−1901およびIGLV1−4001であり、それぞれ各サブライブラリの7〜10%に相当する。最も一般的なカッパ生殖系列はIGKV3−2001であり、各サブライブラリの4〜5%に相当する。 本発明のファージディスプレイライブラリから得られた4つの抗P2X4抗体(抗体1〜4)のVH(6a、6b)およびVL(6c、6d)配列である。
実施例1:長いVH CDR3(CDR H3)ライブラリの設計
異常に長いVH CDR3を含有する抗FPR1抗体が記載されている(Kabat定義により24個のアミノ酸;IMGT定義により26個;Douthwaite,JA et al.,2015;MAbs:7(1):152−166;参照により本明細書中に援用される)。この抗体のFab断片(FPR0165)のX線結晶構造は、長いVH CDRループが構造の解明のために十分に安定していることを示した(図1)。FPR0165の重鎖配列はVH3−1507遺伝子に最も密接に適合し、これは、VH CDR3の最初の共通配列がシステイン、それに続くアラニン、およびその次のアルギニンまたはリジン(CAR/K)である代わりに、遺伝子がシステインおよびそれに続く2つのスレオニンをコードする(CTT)という点で異常である。いずれの理論にも束縛されることなく、本発明者らは、この長いVH CDR3ループのベースにあるこの異常な構造的特徴がいくらかの構造的安定性を提供し得ることを提唱する。従って、長いVH CDR3ループを有する抗体ライブラリの重鎖レパートリーの基礎として、生殖系列遺伝子VH3−1507を使用することが決定された。
20、21、22、23および24アミノ酸長である5つのVH CDR3ループ長さを最初に設計した(Kabat番号付けにより定義される、すなわち、CDR3ループはVH生殖系列配列内のCTTモチーフ(Kabat番号付け92〜94)の直前のアミノ酸から始まるとして定義され、VH CDR3は、Kabat位置95から始まる)。ループ内に多様性を設計するために、所与のループ長さにおける既知のヒト抗体配列の分析を使用した(Zemlin M et al.,2003;J.Mol.Biol.334(4):733−749)。所与のループ長さのVH CDR3に沿った各位置について、各アミノ酸の(ヒトにおける)平均使用率を決定した(表1〜5)。
周期的な酵素的単一コドン合成(cyclical enzymatic single codon synthesis)を用いて、VHライブラリレパートリーを合成した(ColibraTM,Isogenica Ltd,Little Chesterford,UK;欧州特許第1907548号明細書、欧州特許第2236612号明細書および米国特許第8357638B2号明細書およびAshraf MA et al.,2013;Biochem.Soc.Trans.41:1189−1194)。この方法論の技術的な限界には、成功的に合成され得る特定の位置における各アミノ酸の最低使用%が5%であることが含まれた。従って、ライブラリのVHレパートリーは、20〜24アミノ酸長のループ長さについてZemlin et al.に記載されるアミノ酸組成の修正バージョンに基づいて設計した(表6〜10)。位置11および16において固定されたシステイン対を含有する24アミノ酸の付加的なVHレパートリーも設計した。いくつかのヒト抗体D遺伝子は、その中にコードされたシステインアミノ酸対を含有する。いずれの理論にも束縛されることなく、本発明者らは、これらの位置における2つのシステインのジスルフィド対形成がVH CDR3ループの構造的安定性の増大をもたらし得ることを提唱し、従って、このレパートリーの設計に包含させた(表11)。VH CDR3の直接下流のC末端フレームワーク4領域は、通常、ヒトVHJセグメントによってコードされる。ライブラリ設計の場合、これはライブラリの設計の基礎として使用されるFPR0165抗体において使用されたため、これはVHJセグメントに由来する単一配列IGHJ601に限定された。従って、異なるループ長さのそれぞれについて合成されたVH構築物全体は、生殖系列VH3−1507に由来するVHフレームワーク1(FW1)−CDR1−FW2−CDR2−FW3−と、その後の設計されたCDR3配列(表6〜11)と、その後のIGHJ601遺伝子に由来する単一のFW4領域(Kabat定義による位置103におけるトリプトファンから始まる)とから構成された。ファージミドベクターへのインサートのクローニングを促進するために、制限エンドヌクレアーゼNcoIおよびXhoIの制限部位をそれぞれ上流側および下流側で構築物に設計した。ライブラリの設計全体は図2に要約される。
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
Figure 2018514573
実施例2:VHレパートリーのクローニングおよびEG3ライブラリの作製
最終ライブラリの多様性を最大限にするために、ヒト抗体VラムダおよびVカッパ遺伝子を含有するファージミドベクターに6つのVHレパートリーをクローン化した(Lloyd C et al.,2009;Protein Eng Des Sel 22(3):159−168)。このアクセプターフレームワークライブラリ(pCantab6ベクター内)を一晩成長させ、Maxiprep(Qiagen,Manchester,UK)によりDNAを抽出した。37℃において制限酵素NcoIおよびXhoI(NEB,Hitchin,UK)により精製DNAを順次消化した後、20分間にわたる80℃の熱不活性化ステップを行なった。Phase Lock Gel(5Prime GmbH,Hilden,Germany)を用いたフェノール:クロロホルム抽出と、その後のエタノール沈殿とにより、二重消化されたベクターを精製した。Chromospin+TE−1000カラム(Takara Clontech,Saint−Germain−en−Laye,France)におけるベクターDNAの精製により、DNA詰め物(stuffer)断片を除去した。6つのVHレパートリーインサートを37℃で4時間、制限酵素NcoIおよびXhoI(NEB)により同時に消化した後、20分間の80℃の熱不活性化ステップを行い、関連のオーバーハングを生成した。
様々な比率(3:1、6:1および12:1のインサート:ベクター)においてT4リガーゼキット(NEB)を用いて試験ライゲーションを実施した後、フェノール:クロロホルム抽出し、エタノール沈殿させた。次に、ライゲーションを新たに作ったエレクトロコンピテントTG1細胞に電気穿孔した後、37℃で回収した。関連の抗生物質を含有する寒天上に細胞を蒔き、30℃で一晩インキュベートした。コロニーにおいてコロニーPCRを実施し、ベクターおよびインサートの正しいライゲーションを確認した。インサート:ベクター比が選択されたら、サブライブラリのそれぞれについて既に記載したように大規模のライゲーションを実施した。連続希釈を実施して、既に記載されたように、ライブラリサイズの評価を提供した(Marks JD,et al.(1991)J.Mol.Biol.,222:581−5971)。各サブライブラリからの264〜528の個々のクローンのscFv遺伝子を配列決定して、HCDR3多様性およびライブラリ品質の評価を決定した。この分析は、ライブラリが高度に多様性(配列決定したクローン間でHCDR3配列の100%の多様性)であり、各サブライブラリ内のクローンの約70%が全長インフレームscFvをコードすることを示した(図3)。
6つの個々のサブライブラリの成功的なクローニング後、標準技術を用いて個々のサブライブラリのファージアリコートを調製した(Sambrook J,et al,(1987)Molecular Cloning−A Laboratory Approach.Cold Spring Harbor Laboratory Press.)。次に、これらを当量比で組み合わせた。組み合わせた最終的なscFvライブラリは、7.5x10の個々の組換え体のサイズを有すると推定されたレパートリーを有し、これをEG3ライブラリと名付けた。
各サブライブラリ内のVHCDR3長さ分布およびVHCDR3アミノ酸使用を決定するために、新しく構築されたライブラリからのDNAを作製し、次世代シーケンシングによる配列決定のために提出した(MiSeq−Illumina,Little Chesterford,UK)。VHは固定フレームワークを有するため、VL生殖系列の多様性の評価も得た。
1つのサブライブラリにつき120〜160万の個々の読取りデータから、NGS(次世代シーケンシング、すなわちIllumina MiSeq(登録商標)を用いて実行される)は、各サブライブラリ内の60〜70%のクローンが予想される長さのVHCDR3を含有することを示す(図4)。また、この分析は、各サブライブラリ内の位置の大部分について、最終ライブラリ内のアミノ酸使用がライブラリ設計と一致する(観察/設計されたアミノ酸の頻度=0.1〜2)ことも確認した。アミノ酸使用が予想される範囲内に含まれなかった場合、それぞれの場合のアミノ酸をその位置において10%未満で生じるように設計した。例えば、各ライブラリにおいて、イソロイシンはKabat位置98においてわずかに過剰に表示され(観察=0.12対設計0.05)、チロシンはKabat位置102においていくらか過剰に表示された(観察=0.21対設計0.1)。1つのサブライブラリにつき100000のランダムに選択した個々の読取りデータを用いて、VL生殖系列の多様性についての情報を作成した(図5)。3つの最も頻繁に使用されるVL生殖系列はIGLV1−4401、IGV3−1901およびIGLV1−4001であり、それぞれ各サブライブラリの7〜10%に相当する。最も一般的なカッパ生殖系列はIGKV3−2001であり、各サブライブラリの4〜5%に相当する。
実施例3:モデル抗原SCFおよびインスリンに対するEG3ライブラリからのscFvの単離
通常の可溶性抗原に対するEG3ライブラリの性能を試験するために、2つのモデル抗原、ヒトインスリンおよびヒト幹細胞因子(SCF)に対して選択を実施した。本質的にVaughan et al.Nat.Biotech.14、309−314(1996)およびHawkins et al.(J.Mol.Biol.226、889−896(1992)に記載されるように、ビオチン化組換えヒトSCF ECD(残基1〜214;HEK293EBNA細胞内で産生)、またはビオチン化ウシインスリン(SigmaカタログI5500、EZ link Sulfo−NHS−LC−Biotin(Thermo/Pierce,21335)を用いて遊離アミンを介してビオチン化)に対する可溶性選択により、SCFまたはインスリンに特異的なscFv抗体をEG3ライブラリから単離し、2つのこれまでに記載されたヒトscFv抗体ライブラリ(Groves,et al.,J.Immunol.Methods,313:129−139(2006);Lloyd et al.,Protein Eng.Des.Sel.22(3):159−68(2009))に対して比較した。簡単には、10〜1012のscFv−ファージ粒子をMPBS(PBS+3%(w/v)Marvelスキムミルク粉末)中、室温で1時間ブロックした。50μlのストレプトアビジンコートした常磁性ビーズ(Dynabeads(登録商標)、M−280)を、ブロックしたファージに添加した後、1時間インキュベーションを行なった。ストレプトアビジンビーズを磁石で捕捉し、ビオチン化SCFまたはインスリンを100nM(ラウンド1)または50nM(ラウンド2)の最終濃度になるまで添加した。室温で1時間のインキュベーション後、次に抗原に結合したscFvを、ストレプトアビジンコートした常磁性ビーズ上に捕捉した。PBST(PBS+0.1%(v/v)Tween−20)でビーズを十分に洗浄することにより、非結合ファージを除去した。5μg/mlのトリプシンの添加により、抗原上に保持されたファージ粒子を溶出させ、その後、37℃で30分間のインキュベーションを行なった。ビーズを磁石上に捕捉し、上清を使用して対数期のTG1大腸菌(E.coli)を感染させた後、次の選択ラウンドのためにファージの救済を行なった。2つの選択ラウンドをこのようにして実施した。
上記の2つの選択ラウンド後の選択出力からの96の個々のクローン(対照クローンを含む)を96ウェルプレートにおいて成長させた。一本鎖Fv断片をファージ粒子上に提示させ、結合アッセイで試験して関連の選択抗原に対する特異性を決定した。ファージ提示されたscFv上清サンプルは、96ウェルのディープウェルプレートにおいて以下のように生成させた。96ウェルのマスタープレートの各ウェルからの5μlの培養物を、500μlの2TYAG(2TY+100μg/mlのアンピシリン+2%のグルコース)培地を含有するGreinerディープウェル培養プレートに移し、37℃、280rpmで5時間インキュベートした。次に、K07M13ヘルパーファージ(2TYAG中1.5x1011pfu/mlに希釈)を100μl/ウェルで添加し、プレートを37℃、150rpmでインキュベートして感染させた。3200rpmで10分間、プレートを遠心沈殿させて上清を除去した。500μl/ウェルの2TYAK(2TY+100μg/mlのアンピシリン+50μg/mlのカナマイシン)中に細菌ペレットを再懸濁させ、プレートを25℃、280rpmで一晩インキュベートした。朝に500μlの2xPBS中6%(w/v)のスキムミルク粉末を各ウェルに添加し、プレートを室温で1時間インキュベートした。次に、プレートを3200rpmで10分間遠心分離し、ブロックされたファージ提示scFv上清をELISA実験に直接使用した。
ストレプトアビジンプレート(Greiner,655990)を、PBS中2.5μg/mlのビオチン化抗原でコートし、4℃で一晩インキュベートした。プレートをPBSで3回洗浄し、300μl/ウェルのMPBSにより室温で1時間ブロックした。プレートをPBSで1回洗浄し、ブロックされたファージサンプルを添加した(50μl/ウェル、室温で1時間)。プレートをPBSTで3回洗浄し、ファージ提示scFvの検出のために、50μl/ウェルのMPBS中1:5000希釈の抗M13−HRP抗体(Amersham,27−9421−01)を各ウェルに添加し、その後、室温で1時間のインキュベーションを行なった。プレートをPBSTで3回洗浄し、TMB、50μl/ウェル(Sigma,T0440)で現像した。50μl/ウェルの0.1MのH2SO4により反応を停止させた後、450nmにおいてEnVisionTMプレートリーダーの読取りを行なった。450nmにおける吸光度が0.5よりも大きく、無関係の抗原に対する同じサンプルの吸光度が0.1よりも小さければ、ファージ提示scFvは選択抗原に結合すると考えられた。SCFまたはインスリン結合クローンのscFv遺伝子の配列決定を実行して、選択されたクローンのVHCDR3多様性を評価した。2つの可溶性選択ラウンド後の3つのファージライブラリの全てから、両方の抗原について特異的なバインダーの多様なパネルを同定した。
Figure 2018514573
実施例4:ファージディスプレイ選択を用いて単離されたイオンチャネルに対する抑制抗体の同定および特徴付け
EG3ライブラリがイオンチャネルなどのより挑戦的な種類の標的に対する抗体を同定するために十分に適しているかどうかを決定するために、イオンチャネルP2X4において選択を実施した。本明細書に記載されるファージディスプレイを用いて例示的なP2X4抑制抗体1〜4を得た。ナイーブなヒト一本鎖Fv(scFv)ファージディスプレイライブラリを糸状ファージM13に基づくファージミドベクターにクローン化し、選択のために使用した(Lloyd(2009)Protein Eng Des Sel 22,159−168;Vaughan et al.,Nature biotechnology 14,309−314,1996)。本質的にVaughan et al(Vaughan et al.,上記)によって既に記載されたように、組換えヒトP2X4(hu P2X4)における一連の選択サイクルを用いて、EG3ライブラリ、またはこれまでに記載されたナイーブファージディスプレイライブラリ(集合的にCAT2.0ライブラリと称される)から抗P2X4特異的抗体を単離した。簡単には、PBS(Dulbecco’s PBS、pH7.4)中のヒトP2X4をMaxiSorp(登録商標)マイクロタイタープレート(Nunc)のウェルに4℃で一晩固定化した。ウェルをPBSで洗浄してから、PBS−Marvel乾燥スキンミルク(3%w/v)により1時間ブロックした。PBS−Marvel(3%w/v)中の精製ファージをウェルに添加し、コートされた抗原と室温で1時間結合させた。PBSを用いる一連の洗浄サイクルにより、非結合ファージを除去した。37℃で30分間、トリプシンを用いて結合ファージ粒子を溶出させ、大腸菌(E.coli)TG1細菌に感染させ、次の選択ラウンドのために救済した。
ファージディスプレイ選択からのヒトP2X4抗体の同定
記載(上記)されたファージディスプレイ法から同定されたScFv抗体を細菌内で発現させ、0.2MのHEPES緩衝液pH7.4、0.5mMのEDTAおよび0.5Mのスクロース中で調製した未精製細菌ペリプラズム抽出物(scFvを含有する)としてスクリーニングした。あるいは、重鎖および軽鎖可変領域をPCRにより増幅し、HEK293F細胞においてヒトIgG1抗体として発現させるためにベクターにクローン化した。細菌scFvサンプルのスクリーニングのために、384ウェルのアッセイプレート(Corning 3655)に5μlの細菌抽出物を添加した。アッセイ緩衝液を以下のように調製し、細菌scFv抽出物を含むアッセイプレートに5μlを添加した:1X Hanks平衡塩溶液(HBSS)(Sigma H8264)、0.1%(v/v)BSA(PAA K05−013)、20mMのHEPES(Gibco 15630)および1U/mlのアピラーゼ(Sigma A6535)。抗myc検出(Serotec MCA220)および抗マウスDyLight649(Jackson Immuno Research Labs 115−495−071)をアッセイ緩衝液中で同じ溶液にそれぞれ15.6nMおよび24nMに希釈し、scFvサンプルを含むアッセイプレートに5ulを添加した。ヒトP2X4(huP2X4)を発現するHEK293F細胞(Q99571、ENSP00000336607)をアッセイ緩衝液中で2.6e5細胞/mlに希釈し、15μlをアッセイプレートに添加した。並行して、huP2X4を発現しないHEK293F細胞への結合についてもscFvサンプルを試験した。
HEK293F発現IgGサンプルのスクリーニングのために、2.5μlの細胞培養上清を384ウェルのアッセイプレート(Corning 3655)に添加した。アッセイ緩衝液を上記のように調製し、IgGサンプルを含むアッセイプレートに7.5μlを添加した。抗ヒトAlexaFluor 647(Life Technologies A21445)をアッセイ緩衝液中で6nMに希釈し、IgGサンプルを含むアッセイプレートに10 lを添加した。huP2X4を発現するHEK293F細胞(Q99571、ENSP00000336607)をアッセイ緩衝液中で4e5細胞/mlに希釈し、10 lをアッセイプレートに添加した。並行して、huP2X4を発現しないHEK293F細胞への結合についてもIgGサンプルを試験した。両方のタイプのサンプルをスクリーニングするためにセットアップしたアッセイプレートをTopsealプレートシーラー(Perkin Elmer 6005250)により密封し、室温で少なくとも4時間インキュベートした後、マイクロウェルの底に定着したビーズまたは細胞に局在化された蛍光を検出する蛍光ベースのプラットフォームである蛍光微量アッセイ技術(Fluorescence Microvolume Assay Technology)(FMAT)において読取りを行なった(Dietz et al.,Cytometry 23:177−186(1996)、Miraglia et al.,J.Biomol.Screening 4:193−204(1999))。FMAT分析ソフトウェアを用いてデータを分析し、0〜10,000FL1カウントの蛍光、通常、0.15〜0.40の色および10〜60のサイズに基づいて事象をゲーティングした。20の事象の最小カウントを閾値として設定した後、各ウェルについてのデータを報告した。huP2X4細胞においてFL1カウントが1000を超えるかどうかをさらに試験するために、HEK293F huP2X4細胞への結合を示すが、対照HEK293F細胞への結合は示さないScFvを選択した。200よりも大きいFL1カウントを有する特異的なhuP2X4結合シグナルを示すIgGサンプルをヒットとして同定し、さらに特徴付けた。
未精製サンプルとしてHEK293F huP2X4細胞への特異的な結合シグナルを示すscFvまたはIgGサンプルにDNAシーケンシングを行なった(Vaughan et al.上記、Nature Biotechnology 14:309−314)、(Osbourn 1996;Immunotechnology.2,181−196)。特有のscFvを細菌内で発現させ、アフィニティクロマトグラフィにより精製した(Bannister et al(2006)Biotechnology and bioengineering,94.931−937によって記載される通り)。電気生理学において精製抗体を機能活性について試験した。
Figure 2018514573
P2X4に対するモノクローナル抗体の電気生理学的な特徴付け
ヒトP2X4を安定して発現するHEK 293F細胞を、アキュターゼ(accutase)を用いて50%の集密度で回収した。次に、HEPES(10mM)+アピラーゼ(1U/ml、ATPアーゼ/ADPアーゼ活性=1)を補充した10mlのFreestyle 293F培地中に2〜3e6細胞/mlの密度で細胞を再懸濁させた。集団パッチ(population patch)配置の自動化電気生理学プラットフォームQPatch 16X(Sophion)を用いてP2X4の機能をアッセイした。QPatch細胞外緩衝液(QEB)の組成は、(mM単位で)NaCl(140)、KCl(2)、MgCl2(1)CaCl2(2)、HEPES(10)であった。コンパウンドプレート細胞外緩衝液(CPEB1)の最終組成は、NaCl(137.6)、KCl(2.2)、MgCl2(0.66)、CaCl2(1.3)、HEPES(6.6)、KH2PO4(0.49)、NaH2PO4(2.66)であった。細胞外緩衝液のpHをNaOH(1M)により7.4に調整し、モル浸透圧濃度をスクロースにより300mOsmに調整し、溶液を0.2μmでろ過した。コンパウンドプレート細胞外緩衝液に0.1%ウシ血清アルブミンを補充した。QPatch細胞内緩衝液は、(mM単位で)CsF(140)、NaCl(10)、EGTA(1)、HEPES(10)を含有した。細胞内緩衝液のpHをCsOH(1M)により7.3に調整し、溶液を0.2μmでろ過した。IgGをNaOH(1M)によりpH7.4に滴定した。
全細胞配置を得た後、70%直列抵抗補償を用いて細胞を−50mVで電圧固定した。CPEB1中のリガンドアゴニストのアデノシン5’−三リン酸二ナトリウム塩(ATP、3μM)を20分間、5分毎に3秒間適用し、4つの対照アゴニスト応答を得た。各アゴニスト応答は、CPEB1+アピラーゼ(1U/ml)で洗い落とした。次に、試験IgGまたはアイソタイプ対照IgG(NIP228)の持続的な存在下で4つの付加的なアゴニスト応答を5分毎に測定した。
4つのIgGはヒトP2X4電流を有意に抑制し(抗体番号1、2、3および4)、そのうちの2つの抗体1および4は完全に抑制し、それぞれIC50が19.6および3.8nMであることが分かった。P2X4電流の抑制は急速であり、IgG添加後の最初の時点で生じたが、アイソタイプ対照IgG NIP 228 CMCは有意な効果を示さなかった。比較すると、CAT 2.0ライブラリからの33000のscFvの全スクリーニングからは、ヒトP2X4電流を完全に抑制する1つのみの抗体が単離された(Lloyd et al.,2009,Protein Engineering Design and Selection 22(3)159−168)。
Figure 2018514573
Figure 2018514573

Claims (45)

  1. ヒトscFvを提示するファージライブラリであって、前記ライブラリにより提示されるヒトscFv可変重鎖CDR3(CDR H3)の少なくとも50%が少なくとも18アミノ酸長である、ファージライブラリ。
  2. 前記ライブラリにより提示される前記ヒトscFv可変重鎖CDR3(CDR H3)の少なくとも60%が少なくとも18アミノ酸長である、請求項1に記載のファージライブラリ。
  3. 前記ライブラリにより提示される前記ヒトscFv可変重鎖CDR3(CDR H3)の少なくとも70%が少なくとも18アミノ酸長である、請求項1に記載のファージライブラリ。
  4. 前記ライブラリにより提示される前記ヒトscFv可変重鎖CDR3(CDR H3)の少なくとも80%が少なくとも18アミノ酸長である、請求項1に記載のファージライブラリ。
  5. 前記ライブラリにより提示される前記ヒトscFv可変重鎖CDR3(CDR H3)の少なくとも90%が少なくとも18アミノ酸長である、請求項1に記載のファージライブラリ。
  6. 前記CDR H3可変重鎖が18〜30アミノ酸長である、請求項1〜5のいずれか一項に記載のファージライブラリ。
  7. 前記CDR H3可変重鎖が20〜30アミノ酸長である、請求項1〜6のいずれか一項に記載のファージライブラリ。
  8. 前記CDR H3可変重鎖が20〜24アミノ酸長である、請求項1〜7のいずれか一項に記載のファージライブラリ。
  9. 少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を有する抗体のヒト生殖系列配列から作製される、請求項1〜8のいずれか一項に記載のファージライブラリ。
  10. 少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を有する抗FPR1抗体のヒト生殖系列配列から作製される、請求項1〜9のいずれか一項に記載のファージライブラリ。
  11. 前記抗FPR1抗体が、24アミノ酸長であるCDR H3を有する、請求項10に記載のファージライブラリ。
  12. 前記抗FPR−1抗体がFPR0165である、請求項11に記載のファージライブラリ。
  13. 標的抗原に対する機能性ヒト抗体またはその抗原結合性断片を作製するための、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリの使用。
  14. 標的抗原に対する機能性ヒト抗体またはその抗原結合性断片を作製する方法であって、前記標的抗原に対して特異的なヒト抗体を、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリから単離することを含む方法。
  15. 前記ヒト抗体がその標的抗原に特異的に結合し、かつ少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を有する、請求項13に記載の使用または請求項14に記載の方法によって得ることができるヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  16. ヒト抗体またはその抗原結合性断片であって、その標的抗原に特異的に結合し、かつ少なくとも18アミノ酸長であるCDR H3を有するヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  17. 前記CDR H3可変重鎖が18〜30アミノ酸長である、請求項15または16に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  18. 前記CDR H3可変重鎖が20〜30アミノ酸長である、請求項15〜17のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  19. 前記CDR H3可変重鎖が20〜24アミノ酸長である、請求項15〜18のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  20. 膜内在性タンパク質に特異的に結合する、請求項15〜19のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  21. 前記膜内在性タンパク質が、
    (i)イオンチャネル、
    (ii)輸送タンパク質、または
    (iii)GPCR
    である、請求項20に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  22. 前記膜内在性タンパク質が2つ以上の膜貫通ドメインを含む、請求項20に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  23. 2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15またはそれを超える膜貫通ドメインを含む、請求項20に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  24. 前記抗体がウイルスカプシドタンパク質に特異的に結合する、請求項15〜19のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  25. 前記抗体がアンタゴニストである、請求項15〜24のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  26. 前記抗体がアゴニストである、請求項15〜24のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  27. 前記抗体またはその抗原結合性断片の標的抗原に対して50ナノモル濃度未満のIC50を有する、請求項15〜26のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  28. 前記抗体またはその抗原結合性断片の標的抗原に対して20ナノモル濃度未満のIC50を有する、請求項15〜26のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  29. 前記抗体またはその抗原結合性断片の標的抗原に対して10ナノモル濃度未満のIC50を有する、請求項15〜26のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  30. モノクローナルである、請求項15〜29のいずれか一項に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  31. Fab、Fab’、F(ab)2、Fv、またはscFv断片である、請求項15〜30のいずれか一項に記載の抗体の抗原結合性断片。
  32. 前記CDR H3が20アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
    位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置10:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置11:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置12:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置13:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
    位置14:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置15:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置16:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
    位置17:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置18:P、M、F、Lからなるリストから選択される
    位置19:D
    位置20:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  33. 前記CDR H3が21アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
    位置8:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置10:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置11:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置12:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置13:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置14:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
    位置15:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置16:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置17:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
    位置18:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置19:P、M、F、Lからなるリストから選択される
    位置20:D
    位置21:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  34. 前記CDR H3が22アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
    位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置10:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置11:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置12:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置13:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置14:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置15:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
    位置16:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置17:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置18:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
    位置19:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置20:P、M、F、Lからなるリストから選択される
    位置21:D
    位置22:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  35. 前記CDR H3が23アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
    位置8:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置10:R、D、Q、P、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置11:K、Q、E、H、Y、W、S、T、G、A、F、L、Iからなるリストから選択される
    位置12:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置13:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置14:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置15:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置16:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
    位置17:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置18:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置19:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
    位置20:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置21:P、M、F、Lからなるリストから選択される
    位置22:D
    位置23:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  36. 前記CDR H3が24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
    位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置10:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置11:R、D、Q、P、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置12:K、Q、E、H、Y、W、S、T、G、A、F、L、Iからなるリストから選択される
    位置13:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置14:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置15:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置16:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置17:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
    位置18:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置19:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置20:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
    位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置22:P、M、F、Lからなるリストから選択される
    位置23:D
    位置24:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  37. 前記CDR H3が24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、K、D、E、P、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、E、H、P、Y、S、G、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置3:R、D、H、P、Y、S、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、K、D、H、P、Y、W、S、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置5:K、D、H、P、Y、S、T、G、A、M、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置6:D、P、Y、S、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、K、D、E、P、Y、S、T、G、F、V、Iからなるリストから選択される
    位置8:R、D、P、Y、S、T、G、A、M F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置9:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置10:R、D、P、Y、W、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置11:C
    位置12:K、Q、E、H、Y、W、S、T、G、A、F、L、Iからなるリストから選択される
    位置13:R、D、E、P、Y、W、S、G、A、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置14:R、D、P、Y、S、T、G、A、M、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置15:R、D、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、V、Iからなるリストから選択される
    位置16:C
    位置17:R、K、D、E、P、Y、S、T、Gからなるリストから選択される
    位置18:R、K、E、P、Y、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置19:R、E、P、Y、S、T、G、A、F、L、Vからなるリストから選択される
    位置20:D、Y、S、T、G、F、Lからなるリストから選択される
    位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置22:P、M、F、Lからなるリストから選択される
    位置23:D
    位置24:P、Y、L、V、Iからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  38. 前記CDR H3が20アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
    位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
    位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
    位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置8:D、S、G、M、Vからなるリストから選択される
    位置9:Y、S、T、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置10:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置11:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置12:Y、G、Vからなるリストから選択される
    位置13:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置14:Y、Gからなるリストから選択される
    位置15:Yからなるリストから選択される
    位置16:D、Y、Gからなるリストから選択される
    位置17:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置18:M、Fからなるリストから選択される
    位置19:D
    位置20:P、Y、Vからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  39. 前記CDR H3が21アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
    位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
    位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
    位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置8:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置9:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置10:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置11:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置12:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置13:Y、G、Vからなるリストから選択される
    位置14:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置15:Y、Gからなるリストから選択される
    位置16:Y
    位置17:D、Y、Gからなるリストから選択される
    位置18:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置19:M、Fからなるリストから選択される
    位置20:D
    位置21:P、Y、Vからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  40. 前記CDR H3が22アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
    位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
    位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
    位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置8:D、S、G、M、Vからなるリストから選択される
    位置9:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置10:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置11:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置12:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置13:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置14:Y、G、Vからなるリストから選択される
    位置15:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置16:Y、Gからなるリストから選択される
    位置17:Y
    位置18:D、Y、Gからなるリストから選択される
    位置19:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置20:M、Fからなるリストから選択される
    位置21:D
    位置22:P、Y、Vからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  41. 前記CDR H3が23アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
    位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
    位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
    位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置8:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置9:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置10:R、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置11:Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置12:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置13:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置14:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置15:Y、G、Vからなるリストから選択される
    位置16:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置17:Y、Gからなるリストから選択される
    位置18:Y
    位置19:D、Y、Gからなるリストから選択される
    位置20:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置21:M、Fからなるリストから選択される
    位置22:D
    位置23:P、Y、Vからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  42. 前記CDR H3が24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
    位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
    位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
    位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置8:D、S、G、M Vからなるリストから選択される
    位置9:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置10:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置11:R、Y、W、S、T、G、Aからなるリストから選択される
    位置12:Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置13:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置14:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置15:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置16:Y、G、Vからなるリストから選択される
    位置17:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置18:Y、Gからなるリストから選択される
    位置19:Y
    位置20:D、Y、Gからなるリストから選択される
    位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置22:M、Fからなるリストから選択される
    位置23:D
    位置24:P、Y、Vからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  43. 前記CDR H3が24アミノ酸長であり、かつ以下のアミノ酸配列:
    位置1:R、D、G、Vからなるリストから選択される
    位置2:R、D、P、Y、S、G、Lからなるリストから選択される
    位置3:R、P、Y、T、G、A、F、Vからなるリストから選択される
    位置4:R、Y、G、Iからなるリストから選択される
    位置5:D、Y、S、G、Mからなるリストから選択される
    位置6:D、Y、S、G、V、Iからなるリストから選択される
    位置7:R、D、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置8:D、S、G、M Vからなるリストから選択される
    位置9:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置10:Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置11:C
    位置12:Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置13:Y、S、G、L、Vからなるリストから選択される
    位置14:Y、S、G、A、Vからなるリストから選択される
    位置15:E、Y、S、G、Vからなるリストから選択される
    位置16:C
    位置17:R、Y、S、Gからなるリストから選択される
    位置18:Y、Gからなるリストから選択される
    位置19:Y
    位置20:D、Y、Gからなるリストから選択される
    位置21:Y、W、G、Aからなるリストから選択される
    位置22:M、Fからなるリストから選択される
    位置23:D
    位置24:P、Y、Vからなるリストから選択される
    を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項15〜31のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片。
  44. 前記CDR H3可変重鎖が18〜30、20〜30、または20〜24アミノ酸長である、請求項32〜43のいずれか一項に記載のライブラリから得ることができるヒト抗体またはその抗原結合性断片。
  45. 請求項32〜43のいずれか一項に記載のライブラリから得られる、請求項44に記載のヒト抗体またはその抗原結合性断片。
JP2017557141A 2015-05-01 2016-04-29 新規のファージディスプレイライブラリ、そのメンバーおよびその使用 Pending JP2018514573A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562155646P 2015-05-01 2015-05-01
US62/155,646 2015-05-01
PCT/EP2016/059713 WO2016177651A1 (en) 2015-05-01 2016-04-29 Novel phage display library, members thereof and uses of the same

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2018514573A true JP2018514573A (ja) 2018-06-07
JP2018514573A5 JP2018514573A5 (ja) 2019-06-06

Family

ID=55862790

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2017557141A Pending JP2018514573A (ja) 2015-05-01 2016-04-29 新規のファージディスプレイライブラリ、そのメンバーおよびその使用

Country Status (6)

Country Link
US (1) US10829540B2 (ja)
EP (1) EP3288972A1 (ja)
JP (1) JP2018514573A (ja)
HK (1) HK1248254A1 (ja)
TW (1) TW201704263A (ja)
WO (1) WO2016177651A1 (ja)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2015025015A (ja) * 2007-09-14 2015-02-05 アディマブ, インコーポレイテッド 合理的に設計された、合成抗体ライブラリおよびその使用
JP2015504896A (ja) * 2012-01-09 2015-02-16 ザ・スクリップス・リサーチ・インスティテュート 超長相補性決定領域及びその使用
JP2015509091A (ja) * 2012-01-09 2015-03-26 ザ スクリプス リサーチ インスティテュート ヒト化抗体

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ATE275198T1 (de) 1991-12-02 2004-09-15 Medical Res Council Herstellung von antikörpern auf phagenoberflächen ausgehend von antikörpersegmentbibliotheken.
WO2004065416A2 (en) 2003-01-16 2004-08-05 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
GB0515131D0 (en) 2005-07-22 2005-08-31 Univ Aston Oligonucleotide library encoding randomised peptides
CA2773564A1 (en) 2009-09-14 2011-03-17 Dyax Corp. Libraries of genetic packages comprising novel hc cdr3 designs
US9915665B2 (en) * 2012-12-28 2018-03-13 Abbvie Inc. High-throughput system and method for identifying antibodies having specific antigen binding activities

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2015025015A (ja) * 2007-09-14 2015-02-05 アディマブ, インコーポレイテッド 合理的に設計された、合成抗体ライブラリおよびその使用
JP2015504896A (ja) * 2012-01-09 2015-02-16 ザ・スクリップス・リサーチ・インスティテュート 超長相補性決定領域及びその使用
JP2015509091A (ja) * 2012-01-09 2015-03-26 ザ スクリプス リサーチ インスティテュート ヒト化抗体

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
J. MOL. BIOL., vol. 334, JPN6020017265, 2003, pages 733 - 749, ISSN: 0004270729 *
J. MOL. BIOL., vol. 413, JPN6020017266, 2011, pages 261 - 278, ISSN: 0004270730 *
PLOS ONE, vol. Vol.7, Issue 8, JPN7020001353, 2012, pages 43471, ISSN: 0004270728 *

Also Published As

Publication number Publication date
US10829540B2 (en) 2020-11-10
TW201704263A (zh) 2017-02-01
HK1248254A1 (zh) 2018-10-12
WO2016177651A9 (en) 2018-01-04
WO2016177651A1 (en) 2016-11-10
US20180155409A1 (en) 2018-06-07
EP3288972A1 (en) 2018-03-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Moutel et al. NaLi-H1: A universal synthetic library of humanized nanobodies providing highly functional antibodies and intrabodies
Saeed et al. Antibody engineering for pursuing a healthier future
US11629434B2 (en) Antibody screening methods
US20210347855A1 (en) Synthetic Single Domain Antibody
JP6053672B2 (ja) アフィニティに基づく用途のためのエピトープタグ
JP2017141231A (ja) インフルエンザウイルスに対する中和分子
EP3970798A1 (en) Sars-cov-2-nanobodies
Lipes et al. An entirely cell-based system to generate single-chain antibodies against cell surface receptors
Chan et al. Naive human antibody libraries for infectious diseases
Morita et al. Antibody fragments for on-site testing of cannabinoids generated via in vitro affinity maturation
AU2016378819A1 (en) Antibodies against immunocomplexes comprising cyanobacterial cyclic peptide hepatotoxins
Liu et al. Synthetic Fab fragments that bind the HIV-1 gp41 heptad repeat regions
Kiguchi et al. Antibodies and engineered antibody fragments against M13 filamentous phage to facilitate phage-display-based molecular breeding
JP6918399B2 (ja) 抗体ナイーブライブラリーを生成する方法、前記ライブラリー及びその用途
US10829540B2 (en) Phage display library, members thereof and uses of the same
US10689461B2 (en) Antibody dual display dual compositions and methods of use thereof
Leow et al. The development of single domain antibodies for diagnostic and therapeutic applications
Chen et al. Identification of recombinant antibodies against multiple distinct toll-like receptors by homolog mining a single immune scFv phage library
Kramer et al. Challenges of γ9δ2TCR affinity maturation when using phage display
WO2024049864A1 (en) Antibody screening
CN117836308A (zh) 用于选择特异性结合剂的手段和方法
Kierny Generating Recombinant Affinity Reagents by Phage-and Ribosome-Display
Hompoonsup Identification and Transcriptional Characterisation of Novel Inhibitors of NAv1. 7 and TRKB
Leow et al. Monoclonal IgY Antibodies 13
Zhao Development of a phage-based diagnostic sensor for active tuberculosis

Legal Events

Date Code Title Description
A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20181116

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20190121

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20190425

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20190425

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20200602

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20210105