JP2018504601A - 曲線減算を介する類似性に基づく質量分析の検出 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2015年2月5日に出願された米国仮特許出願第62/112,212号の利益を主張するものであり、該米国仮特許出願の内容は、その全体が参照により本明細書中に援用される。
図1は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム100を図示する、ブロック図である。コンピュータシステム100は、情報を通信するためのバス102または他の通信機構と、情報を処理するためのバス102と結合されるプロセッサ104とを含む。コンピュータシステム100はまた、プロセッサ104によって実行されるべき命令を記憶するために、バス102に結合される、ランダムアクセスメモリ(RAM)または他の動的記憶デバイスであり得る、メモリ106を含む。メモリ106はまた、プロセッサ104によって実行されるべき命令の実行の間、一時的変数または他の中間情報を記憶するために使用されてもよい。コンピュータシステム100はさらに、プロセッサ104のための静的情報および命令を記憶するために、バス102に結合される、読取専用メモリ(ROM)108または他の静的記憶デバイスを含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス110は、情報および命令を記憶するために提供され、バス102に結合される。
上記で説明されるように、複合試料では、既知の化合物の生成イオンの抽出イオンクロマトグラム(XIC)は、2つまたはそれを上回るピークを有することができる。結果として、XICから見出されることができる、既知の化合物の実際の滞留時間は、曖昧である。本曖昧性は、各時間間隔で質量範囲にわたって付加的生成イオンデータを収集すること、および正しい滞留時間を判定するために付加的生成イオンデータを使用することの両方によって、対処されることができる。付加的生成イオンデータは、生成イオンのXICピークを既知の化合物の他の生成イオンのXICピークとグループ化するために使用されることができる。既知の化合物の他の生成イオンのXICピークと対応することが見出される、生成イオンのXICピークは、既知の化合物のピークであり、正しい滞留時間を有する可能性がより高い。残念ながら、質量分析業界は、今まで、広い質量範囲にわたって収集される複数の生成イオンのXICから既知の化合物のピーク群を選択する系統的で確実かつ正確な方法を取得することができていない。
図8は、種々の実施形態による、既知の化合物の2つまたはそれを上回る生成イオンのXICピークをグループ化するためのシステム800を示す、概略図である。システム800は、分離デバイス810と、質量分析計820と、プロセッサ830とを含む。分離デバイス810は、試料混合物から既知の化合物を分離する。分離デバイス810は、電気泳動デバイス、クロマトグラフデバイス、または移動度デバイスを含むことができるが、それらに限定されない。
図9は、種々の実施形態による、既知の化合物の2つまたはそれを上回る生成イオンのXICピークをグループ化するための方法900を示す、例示的流れ図である。
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、そのコンテンツが、既知の化合物の2つまたはそれを上回る生成イオンのXICピークをグループ化するための方法を行うよう、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む、非一過性の有形コンピュータ可読記憶媒体を含む。本方法は、1つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを含むシステムによって行われる。
Claims (15)
- 既知の化合物の2つまたはそれを上回る生成イオンの抽出イオンクロマトグラム(XIC)ピークをグループ化するためのシステムであって、
試料混合物から既知の化合物を分離する、分離デバイスと、
複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、質量範囲全体に及ぶようにするために、1つまたはそれを上回る順次質量窓幅を使用して、前記分離する試料混合物に1つまたはそれを上回る質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンを行い、前記複数の滞留時間について前記質量範囲全体の生成イオンスペクトルの集合を生成する、質量分析計と、
プロセッサであって、
前記複数の滞留時間について前記質量範囲全体の前記生成イオンスペクトルの集合を受信することと、
前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンのそれぞれのXICを計算し、M個のXICを生成することと、
前記M個のXICのうちの各XICを他のM個のXICのそれぞれから減算し、
前記
前記1つまたはそれを上回る領域のうちの各領域に関して、前記領域を同定する、前記1つまたはそれを上回る減算曲線を計算するために使用される2つまたはそれを上回るXICを取得し、前記領域中にある前記2つまたはそれを上回るXICの各ピークをピーク群に追加することと
を行うプロセッサと
を備える、システム。 - 前記差分強度の統計的尺度を計算するステップは、前記差分強度の平均を計算するステップを含む、請求項1に記載のシステム。
- 滞留時間i+mについて計算される前記差分強度の前記平均μi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算するステップは、前記差分強度の標準偏差を計算するステップを含む、請求項1に記載のシステム。
- 滞留時間i+mについて計算される前記差分強度の前記標準偏差σi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算するステップは、前記差分強度の中央値、最頻値、または分散のうちの1つを計算するステップを含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロセッサはさらに、前記1つまたはそれを上回る領域の各ピーク群をスコア化し、前記既知の化合物を同定もしくは定量化するために、最高スコアリングピーク群を使用する、請求項1に記載のシステム。
- 既知の化合物の2つまたはそれを上回る生成イオンの抽出イオンクロマトグラム(XIC)ピークをグループ化するための方法であって、
複数の滞留時間について質量範囲全体の生成イオンスペクトルの集合を取得するステップであって、既知の化合物は、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、1つまたはそれを上回る質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンは、複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、前記質量範囲全体に及ぶようにするために、1つまたはそれを上回る順次前駆体イオン質量窓幅を使用して、前記分離する試料混合物に行われ、質量分析計を使用して、前記複数の滞留時間について前記質量範囲全体の前記生成イオンスペクトルの集合を生成する、ステップと、
プロセッサを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択するステップと、
前記プロセッサを使用して、前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンのそれぞれのXICを計算し、M個のXICを生成するステップと、
前記プロセッサを使用して、前記M個のXICのうちの各XICを他のM個のXICのそれぞれから減算し、
前記
前記1つまたはそれを上回る領域のうちの各領域に関して、前記プロセッサを使用して、前記領域を同定する、前記1つまたはそれを上回る減算曲線を計算するために使用される2つまたはそれを上回るXICを取得し、前記領域中にある前記2つまたはそれを上回るXICの各ピークをピーク群に追加するステップと
を含む、方法。 - 前記差分強度の統計的尺度を計算するステップは、前記差分強度の平均を計算するステップを含む、請求項8に記載の方法。
- 滞留時間i+mについて計算される前記差分強度の前記平均μi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算するステップは、前記差分強度の標準偏差を計算するステップを含む、請求項8に記載の方法。
- 滞留時間i+mについて計算される前記差分強度の前記標準偏差σi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算するステップは、前記差分強度の中央値、最頻値、または分散のうちの1つを計算するステップを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記プロセッサを使用して、前記1つまたはそれを上回る領域の各ピーク群をスコア化し、前記既知の化合物を同定もしくは定量化するために、最高スコアリングピーク群を使用するステップをさらに含む、請求項8に記載の方法。
- 非一過性の有形コンピュータ可読記憶媒体を備えるコンピュータプログラム製品であって、前記非一過性の有形コンピュータ可読記憶媒体のコンテンツは、既知の化合物の2つまたはそれを上回る生成イオンの抽出イオンクロマトグラム(XIC)ピークをグループ化するための方法を行うよう、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供するステップであって、前記システムは、1つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、分析モジュールとを備える、ステップと、
前記測定モジュールを使用して、複数の滞留時間について質量範囲全体の生成イオンスペクトルの集合を取得するステップであって、既知の化合物は、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、1つまたはそれを上回る質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンは、前記質量範囲全体に及ぶようにするために、1つまたはそれを上回る順次前駆体イオン質量窓幅を使用して、複数の滞留時間のうちの各滞留時間に、前記分離する試料混合物に行われ、質量分析計を使用して、前記複数の滞留時間について前記質量範囲全体の前記生成イオンスペクトルの集合を生成する、ステップと、
分析モジュールを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択するステップと、
前記分析モジュールを使用して、前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンのそれぞれのXICを計算し、M個のXICを生成するステップと、
前記分析モジュールを使用して、前記M個のXICのうちの各XICを他のM個のXICのそれぞれから減算し、
前記分析モジュールを使用して、前記
前記1つまたはそれを上回る領域のうちの各領域に関して、前記分析モジュールを使用して、前記領域を同定する、前記1つまたはそれを上回る減算曲線を計算するために使用される2つまたはそれを上回るXICを取得し、前記領域中にある前記2つまたはそれを上回るXICの各ピークをピーク群に追加するステップと
を含む、コンピュータプログラム製品。
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Cited By (2)
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