JP2017530725A - リアーゼおよびリアーゼをコードするdna、該dnaを含有するベクターおよび(s)−フェニルアセチルカルビノールの不斉合成方法 - Google Patents
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Abstract
Description
不斉化学合成に基づく(S)−PACの製造方法は、68%または86%のeeを生じる。これらの方法は、刊行物Davis, Franklin A.;Sheppard, Aurelia C.;Lal, G. Sankar Tetrahedron Letters、1989年、30巻、7 779〜782頁(非特許文献1)およびAdam, Waldemar;Fell, Rainer T.;Stegmann, Veit R.;Saha−Moeller, Chantu R. Journal of the American Chemical Society、1998年、120巻、4 708〜714頁(非特許文献2)に記載されている。加えて、例えば以下の反応、例えば刊行物Toukoniitty, Esa;Maeki−Arvela, Paeivi;Kuzma, Marek;Villela, Alexandre;Kalantar Neyestanaki, Ahmad;Salmi, Tapio;Sjoeholm, Rainer;Leino, Reko;Laine, Ensio;Murzin, Dmitry Yu、Journal of Catalysis、2001年、204巻、2 281〜291頁(非特許文献3)に記載されている1−フェニルプロパン−1,2−ジオンの還元およびFleming, Steven A.;Carroll, Sean M.;Hirschi, Jennifer;Liu, Renmao;Pace, J. Lee;Redd, J. Ty Tetrahedron Letters、2004年、45巻、17 3341〜3343頁(非特許文献4)によって記載されているベンズアルデヒドに基づく合成およびBrussee, J.;Roos, E. C.;Gen, A. Van Der Tetrahedron Letters、1988年、29巻、35 4485〜4488頁(非特許文献5)によって記載されている2−ヒドロキシ−2−フェニルアセトニトリルの反応におけるように、(S)−PACが副生成物としてだけ生成し、(R)−PACが鏡像体過剰で存在する方法がある。
(S)−フェニルアセチルカルビノールをベンズアルデヒドおよびピルビン酸またはアセトアルデヒドから製造できる酵素ならびにその酵素をコードするDNAおよび当該DNAを含有するベクターが提供されるべきである。
さらに、その酵素の製造方法が提供されるべきである。従来技術による目下の欠点および問題が、克服されるべきである。
粗製細胞抽出物または細胞全体を使用した場合にも高い鏡像体過剰率を可能にする、(S)−フェニルアセチルカルビノールの製造方法が提供されるべきである。
従来技術の欠点が、累積的に克服されるべきである。
− 543位にヒスチジンを有する、配列番号1によるApPDC−E469G−W543H
− 543位にフェニルアラニンを有する、配列番号3によるApPDC−E469G−W543F
− 543位にプロリンを有する、配列番号5によるApPDC−E469G−W543P
− 543位にイソロイシンを有する、配列番号7によるApPDC−E469G−W543I
− 543位にロイシンを有する、配列番号9によるApPDC−E469G−W543L
− 543位にメチオニンを有する、配列番号11によるApPDC−E469G−W543M
− 543位にバリンを有する、配列番号13によるApPDC−E469G−W543V
− 543位にアラニンを有する、配列番号15によるApPDC−E469G−W543A
− 543位にチロシンを有する、配列番号17によるApPDC−E469G−W543Y
− 543位にトレオニンを有する、配列番号19によるApPDC−E469G−W543T
− 543位にグリシンを有する、配列番号21によるApPDC−E469G−W543G
− 543位にセリンを有する、配列番号23によるApPDC−E469G−W543S
− 543位にシステインを有する、配列番号25によるApPDC−E469G−W543C
好ましくは、上記デオキシリボ核酸は配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23および25のタンパク質をコードする。
例えば、以下のデオキシリボ核酸を挙げることができる。
− ApPDC−E469G−W543Hをコードする配列番号2
− ApPDC−E469G−W543Fをコードする配列番号4
− ApPDC−E469G−W543Pをコードする配列番号6
− ApPDC−E469G−W543Iをコードする配列番号8
− ApPDC−E469G−W543Lをコードする配列番号10
− ApPDC−E469G−W543Mをコードする配列番号12
− ApPDC−E469G−W543Vをコードする配列番号14
− ApPDC−E469G−W543Aをコードする配列番号16
− ApPDC−E469G−W543Yをコードする配列番号18
− ApPDC−E469G−W543Tをコードする配列番号20
− ApPDC−E469G−W543Gをコードする配列番号22
− ApPDC−E469G−W543Sをコードする配列番号24
− ApPDC−E469G−W543Cをコードする配列番号26
本発明の1つの実施態様において、上記デオキシリボ核酸は、ベクター、好ましくはプラスミドに連結されている。
空ベクターとしては、例えば、pET−20b(+)、pET−21a−d(+)、pET−22b(+),pET−23a−d(+),pET−24a−d(+),pET−25b(+)、pET−26b(+)、pET−27b(+)、pET−28a(+)、pET−29a−c(+)、pET−30a−c(+)、pET−31b(+)、pET−34b(+)、pET−35b(+)、pET−36b(+)、pET−37b(+)、pET−38b(+)を使用することができ、これらに上記の適当な本発明DNAが連結される。
あるいは、上記デオキシリボ核酸は、ゲノムに連結されることもできる。
上記の連結されたデオキシリボ核酸は、酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードし、1627〜1629位にトリプトファンと比べて減少した嵩高さを有するアミノ酸をコードするDNA配列である。
好ましくは、上記の連結されたデオキシリボ核酸は、配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23および25によるタンパク質をコードする。
例えば、配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、24および26によるデオキシリボ核酸を挙げることができる。
本発明により、酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードし、1627〜1629位にトリプトファンと比べて減少した嵩高さを有するアミノ酸をコードするデオキシリボ核酸を含むベクターが提供される。
好ましくは、上記ベクターは、配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、24または26によるデオキシリボ核酸を含む。
好ましくは、上記ベクターはプラスミドである。
20mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、2.5mM硫酸マグネシウム、100μMチアミン二リン酸、5mg/mLのApPDC−E469G−W543H(ApPDC−E469G−W543Hが発現されて存在した大腸菌の細胞全体)、50mMリン酸カリウム緩衝液(pH6.5)、25℃、反応時間:48時間。
20mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、2.5mM硫酸マグネシウム、100μMチアミン二リン酸、20mg/mL(湿重量)ApPDC−E469G−W543H(ApPCD−E469G−W543Hが発現されて存在した大腸菌細胞全体)、50mMリン酸カリウム緩衝液(pH6.5)、25℃、反応時間:48時間。
収率:68%。
20mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、2.5mM硫酸マグネシウム、100μMチアミン二リン酸、1mg/mL ApPDC−E469G−W543H(単離された酵素)、50mMリン酸カリウム緩衝液(pH6.5)、25℃、反応時間:48時間。
(S)−PACの鏡像体純度:ee 97%。
収率:64%。
最初の段階で、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によりテンプレートDNAを増幅し、その際、同時にいわゆる縮重プライマーおよびNDTコドンの使用により突然変異を挿入する。使用するプライマーは、「Eurofins MWG Operon」社(http://www.eurofinsgenomics.eu)に注文したものであり、以下の配列を有した:
順方向: 5’ GGATATGCTGGTTCAANDTGGCCGCAAGGTTGC 3’(配列番号30)
逆方向: 5’ GGCAACCTTGCGGCCAHNTTGAACCAGCATATC 3’(配列番号31)
大腸菌株BL21−DE3および大腸菌株DH5αを、「部位飽和変異誘発」によって製造したDNAで形質転換した。このために、コンピテント細胞50μlにDNA 100ngを添加し、氷上で30分間インキュベートした。続いて、42℃で90秒間、熱ショックを行った。3分後に、氷上でSOC培地500μlを添加し、溶液をEppendorf Thermomixer中のポートで350RPMおよび37℃で45分間インキュベートした。インキュベーションを行った後、細胞懸濁物をEppendorf組織遠心分離機に入れて13,000RPMで30秒間遠心分離し、続いてペレットを上清100μl中に再懸濁した。100μlに濃縮した細胞懸濁物をLB寒天プレート(100μg/mlアンピシリン入り)上に播種し、37℃で16時間、逆さにしてインキュベートした。
形質転換した個別のコロニー46個を爪楊枝でプレートから釣り上げ、48 Nerbeプレート(Nerbe Plus GmbH)のそれぞれのウェルの中でLB培地1mlと共に850RPMおよび20℃で24時間インキュベートした(「マスタープレート」)。別のウェルに、予め同様にApPDC−E469GテンプレートDNAで形質転換した大腸菌BL21−DE3細胞を接種した。インキュベートした後、48ウェルFlowerPlate(登録商標)(m2p−labs、Germany)の中の自己誘導培地1.5mlにつき細胞懸濁物10μlを入れた。FlowerPlateを20℃および850RPMで48時間インキュベートした。「マスタープレート」の残りの体積(990μl)をグリセリン300μlと混合し、−80℃で保存した。
FlowerPlate(登録商標)(48ウェルプレートにおける花の形のバッフル(Schikanen))中に発現された変異体を凍結した(48h、4℃)。再解凍後、96ウェルプレートの2つのウェルに細胞懸濁物を500μlずつ移した(二重の測定)。プレートを4,000RPMで3分間遠心分離し、1mg/mlリゾチームを有するKPi緩衝液420μl中にペレットを再懸濁した。プレートを20℃および400RPMで1時間インキュベートし、続いて再度4,000RPMで10分間遠心分離した。それぞれ上清250μlをそれぞれ2ml−Nerbeプレートのウェル一つにピペットで入れ、40mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、4mM硫酸マグネシウムおよび400μMチアミン二リン酸からの反応溶液250μlを添加した。プレートを再度24時間インキュベートし、続いて反応溶液を分析した(HPLC分析を参照されたい)。
炭素連結反応溶液200μlをそれぞれヘプタン200μlと混合し、ボルテックス撹拌し、続いて上相150μlをそれぞれHPLCバイアル中に移した。Chiralpak IC−3カラム(Chiral Technologies Inc.)を用いて、以下の方法を使用して試料の分析を行った。
炭素連結反応において(S)−PACについて最高のee値をもたらした酵素のDNAを、マスタープレートに基づき突然変異を同定するために配列決定した。そのために、まず、グリセリンと混合したマスタープレートから細胞を白金耳でLB培地(+50μg/mlアンピシリン)50mL中に移植し、250mL三角フラスコ中に入れて37℃でインキュベートした。12時間インキュベーション後に、細胞懸濁物20mLを遠心分離した(4,000RPM、5分、4℃)。ペレット中の細胞のDNAを、製造業者(Qiagen N.V.)の指示と同様に、「QIAprep(登録商標)Spin Miniprep Kit」の方法に従い単離した。その際、DNAの濃度を100ng/μlに調整し、LGC Genomics GmbH社がそのDNAを配列決定した。
酵素変異体ApPDC−E469G/W543Hを製造する別の方法は、例えばいわゆるQuikChange(登録商標)−PCR法(米国特許第5,789,166号、同第5,932,419号、同第6,391,548号)である。PCRのこの変法では、置換すべきDNAトリプレットコードの位置に、対応する配列変化を有するプライマー対が使用される。酵素変異体ApPDC−E469G/W543Hを製造するために、変異体ApPDC−E469Gをコードする遺伝子を使用することができる。このいわゆるDNAテンプレートは、ベクター(例えばpET22a)中にクローニングされて存在すべきであろう。位置W543にアミノ酸トリプトファンをコードするトリプレットコードの代わりに、この位置にヒスチジンをコードする突然変異(すなわち:CACまたはCAT)を有するプライマーを使用しなければならない。このQuikChange(登録商標)−PCR法の全ての他のパラメータおよび必要なプライマーの選択は、製造業者(Agilent Technologies、Inc.)の指示と同様に、「QuikChange(登録商標)Site−Directed Mutagenesis Kit」の使用説明書を用いて実施することができる。
ATGACCTATACTGTTGGCATGTATCTTGCAGAACGCCTTGTACAGATCGGGCTGAAGCATCACTTCGCCGTGGCGGGCGACTACAATCTCGTTCTTCTGGATCAGTTGCTCCTCAACAAGGACATGAAACAGATCTATTGCTGCAATGAGTTGAACTGTGGCTTCAGCGCGGAAGGCTACGCCCGTTCTAACGGGGCTGCGGCAGCGGTTGTCACCTTCAGCGTTGGCGCCATTTCCGCCATGAACGCCCTCGGCGGCGCCTATGCCGAAAACCTGCCGGTTATCCTGATTTCCGGCGCGCCCAACAGCAATGATCAGGGCACAGGTCATATCCTGCATCACACAATCGGCAAGACGGATTACAGCTACCAGCTTGAAATGGCCCGTCAGGTCACCTGTGCCGCCGAAAGCATTACCGACGCTCACTCCGCCCCGGCCAAGATTGACCACGTCATTCGCACGGCGCTGCGCGAGCGTAAGCCGGCCTATCTGGACATCGCGTGCAACATTGCCTCCGAGCCCTGCGTGCGGCCTGGCCCTGTCAGCAGCCTGCTGTCCGAGCCTGAAATCGACCACACGAGCCTGAAGGCCGCAGTGGACGCCACGGTTGCCTTGCTGGAAAAATCGGCCAGCCCCGTCATGCTGCTGGGCAGCAAGCTGCGGGCCGCCAACGCACTGGCCGCAACCGAAACGCTGGCAGACAAGCTGCAATGCGCGGTGACCATCATGGCGGCCGCGAAAGGCTTTTTCCCCGAAGACCACGCGGGTTTCCGCGGCCTGTACTGGGGCGAAGTCTCGAACCCCGGCGTGCAGGAACTGGTGGAGACCTCCGACGCACTGCTGTGCATCGCCCCCGTATTCAACGACTATTCAACAGTCGGCTGGTCGGCATGGCCCAAGGGCCCCAATGTGATTCTGGCTGAGCCCGACCGCGTAACGGTCGATGGCCGCGCCTATGACGGCTTTACCCTGCGCGCCTTCCTGCAGGCTCTGGCGGAAAAAGCCCCCGCGCGCCCGGCCTCCGCACAGAAAAGCAGCGTCCCGACGTGCTCGCTCACCGCGACATCCGATGAAGCCGGTCTGACGAATGACGAAATCGTCCGTCATATCAACGCCCTGCTGACATCAAACACGACGCTGGTGGCAGAAACCGGCGATTCATGGTTCAATGCCATGCGCATGACCCTGCCGCGCGGTGCGCGCGTGGAACTGGAAAT
GCAGTGGGGCCATATCGGCTGGTCCGTGCCCTCCGCCTTCGGCAATGCCATGGGCTCGCAGGACCGCCAGCATGTGGTGATGGTAGGCGATGGCTCCTTCCAGCTTACCGCGCAGGAAGTGGCTCAGATGGTGCGCTACGAACTGCCCGTCATTATCTTTCTGATCAACAACCGTGGCTATGTCATTGGCATCGCCATTCATGACGGCCCGTACAACTATATCAAGAACTGGGATTACGCCGGCCTGATGGAAGTCTTCAACGCCGGAGAAGGCCATGGACTTGGCCTGAAAGCCACCACCCCGAAGGAACTGACAGAAGCCATCGCCAGGGCAAAAGCCAATACCCGCGGCCCGACGCTGATCGAATGCCAGATCGACCGCACGGACTGCACGGATATGCTGGTTCAATGGGGCCGCAAGGTTGCCTCAACCAACGCGCGCAAGACCACTCTGGCCCTCGAG
関連のタンパク質配列を、配列リストにおいて配列番号29として記載する。
細胞全体での1L規模での酵素の発現のために、まず、グリセリンと混合したマスタープレートから細胞を白金耳でLB培地(+100μg/mlアンピシリン)50mL中に移植し、250mL三角フラスコ中で120RPMおよび37℃でインキュベートした。16時間インキュベーション後に、培養物10mLを自己誘導培地1Lに入れ、5L三角フラスコ中で90RPMおよび20℃で72時間インキュベートした。続いて細胞を遠心分離(4℃、6,000RPM、30分)によって回収し、その後の使用まで−20℃で保存した。
1L規模で培養した細胞10gを、4℃に冷却した破壊緩衝液(50mMリン酸カリウム(pH6.5)、100μMチアミン二リン酸、2mM硫酸マグネシウム)25mLと共に氷上で再懸濁した。続いて、再懸濁した細胞を超音波(SD14−Sonotrode(Hielscher Ultrasonics GmbH)、2分処理を4回、それぞれ氷から1分冷却する)を用いて破壊した。細胞の破片を分離するために溶液を遠心分離し(45分、18,000RPM、4℃)、上清(「細胞抽出物」)を新しい容器に移した。
Claims (18)
- アセトバクター・パストリアヌス(Acetobacter pasteurianis)由来の野生型と比べて改変されたタンパク質ApPDC−E469Gにおける543位のアミノ酸トリプトファンが、トリプトファンよりも嵩高さが低いアミノ酸によって置き換えられていることを特徴とする、リアーゼ。
- 配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23または25のうちの一つのアミノ酸配列を有することを特徴とする、請求項1に記載のリアーゼ。
- 酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードし、1627〜1629位のコドンが、トリプトファンよりも嵩高さが低いアミノ酸をコードするコドンによって置換されていることを特徴とする、リアーゼをコードするデオキシリボ核酸。
- 配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24または26のヌクレオチド配列を有することを特徴とする、請求項3に記載のデオキシリボ核酸。
- 請求項3または4に記載の配列を含むことを特徴とする、ベクター。
- プラスミドであることを特徴とする、請求項5に記載のベクター。
- 請求項5に記載の配列が、pET−20b(+)、pET−21a−d(+)、pET−22b(+)、pET−23a−d(+)、pET−24a−d(+)、pET−25b(+)、pET−26b(+)、pET−27b(+)、pET−28a(+)、pET−29a−c(+)、pET−30a−c(+)、pET−31b(+)、pET−34b(+)、pET−35b(+)、pET−36b(+)、pET−37b(+)、pET−38b(+)の群からの空のベクターに連結されていることを特徴とする、請求項6に記載のベクター。
- pH値5〜9で行われることを特徴とする、請求項8に記載の方法。
- 緩衝液としてHEPES、MOPS、TEAまたはTRIS−HClが使用されることを特徴とする、請求項8または9に記載の方法。
- 補因子としてチアミンリン酸および硫酸マグネシウムが使用されることを特徴とする、請求項8〜10のいずれか一つに記載の方法。
- 変換が、in vivoで行われることを特徴とする、請求項8〜11のいずれか一つに記載の方法。
- (S)−フェニルアセチルカルビノールの産生が、大腸菌、コリネバクテリウム、例えばコリネバクテリウム・グルタミカム、または酵母、例えばサッカロミセス・セレビシエの群からの産生生物において行われることを特徴とする、請求項12に記載の方法。
- 請求項13の生物が配列2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24または26のうちの少なくとも一つのDNAで形質転換され、かつ/または上記DNAがゲノムに組み込まれることを特徴とする、請求項12または13に記載の方法。
- 形質転換のために、請求項5〜7のいずれか一つに記載のベクターが使用されることを特徴とする、請求項14に記載の方法。
- 変換が、in vitroで行われることを特徴とする、請求項8〜11のいずれか一つに記載の方法。
- 配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23または25のいずれか一つの単離された酵素が使用されることを特徴とする、請求項16に記載の方法。
- 産生生物からの粗製細胞抽出物が使用されることを特徴とする、請求項16に記載の方法。
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