JP2017530725A - リアーゼおよびリアーゼをコードするdna、該dnaを含有するベクターおよび(s)−フェニルアセチルカルビノールの不斉合成方法 - Google Patents

リアーゼおよびリアーゼをコードするdna、該dnaを含有するベクターおよび(s)−フェニルアセチルカルビノールの不斉合成方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、リアーゼおよびリアーゼをコードするDNA、該DNAを含有するベクターならびに(S)−フェニルアセチルカルビノールの不斉合成方法に関する。本発明によると、アセトバクター・パストリアヌス(Aceobacter pasteurianus)由来の野生型と比べて改変されたタンパク質ApPDC−E469Gにおける543位のトリプトファンが、トリプトファンよりも嵩の低いアミノ酸によって置き換えられているリアーゼが提供される。さらに本発明では、リアーゼをコードするデオキシリボ核酸が提供される。本発明のリアーゼを用いることにより、出発物質であるベンズアルデヒドおよびピルビン酸またはアセトアルデヒドから(S)−フェニルアセチル−カルビノールを少なくとも94%の鏡像体過剰率で製造することができる。

Description

本発明は、リアーゼおよびリアーゼをコードするDNA、該DNAを含有するベクターおよび(S)−フェニルアセチル−カルビノールの不斉合成方法に関する。
(S)−フェニルアセチルカルビノールは、有機合成における貴重なキラル構成要素であり、ファインケミカルおよび医薬品を合成するために利用することができる。従来の技術水準によると、アキラルで安価な化合物から不斉合成により(S)−フェニルアセチルカルビノール、すなわち(S)−PACを光学純度>89%eeで生成することができる方法は全く知られていない。しかしながら、高い光学純度は、ファインケミカルまたは医薬品を製造する場合に断然重要である。
従来技術によると、(S)−フェニルアセチルカルビノールを製造する目的で、多様な方法が公知である。
一つには、化学合成が公知である。
不斉化学合成に基づく(S)−PACの製造方法は、68%または86%のeeを生じる。これらの方法は、刊行物Davis, Franklin A.;Sheppard, Aurelia C.;Lal, G. Sankar Tetrahedron Letters、1989年、30巻、7 779〜782頁(非特許文献1)およびAdam, Waldemar;Fell, Rainer T.;Stegmann, Veit R.;Saha−Moeller, Chantu R. Journal of the American Chemical Society、1998年、120巻、4 708〜714頁(非特許文献2)に記載されている。加えて、例えば以下の反応、例えば刊行物Toukoniitty, Esa;Maeki−Arvela, Paeivi;Kuzma, Marek;Villela, Alexandre;Kalantar Neyestanaki, Ahmad;Salmi, Tapio;Sjoeholm, Rainer;Leino, Reko;Laine, Ensio;Murzin, Dmitry Yu、Journal of Catalysis、2001年、204巻、2 281〜291頁(非特許文献3)に記載されている1−フェニルプロパン−1,2−ジオンの還元およびFleming, Steven A.;Carroll, Sean M.;Hirschi, Jennifer;Liu, Renmao;Pace, J. Lee;Redd, J. Ty Tetrahedron Letters、2004年、45巻、17 3341〜3343頁(非特許文献4)によって記載されているベンズアルデヒドに基づく合成およびBrussee, J.;Roos, E. C.;Gen, A. Van Der Tetrahedron Letters、1988年、29巻、35 4485〜4488頁(非特許文献5)によって記載されている2−ヒドロキシ−2−フェニルアセトニトリルの反応におけるように、(S)−PACが副生成物としてだけ生成し、(R)−PACが鏡像体過剰で存在する方法がある。
さらにまた、キラル構成要素1−フェニルプロパン−1,2−ジオールを(S)−PACに酸化することができる合成が記載されている。(S)−PACは、Zi−Qiang Rong、Hui−Jie Pan、Hai−Long Yan、およびYu Zhao Organic Letters、2014年16(1)、208〜211頁(非特許文献6)によって記載されたように鏡像体過剰率(ee)91%で、またはWaldemar Adam、Chantu R. Saha−Moeller、およびCong−Gui Zhao、Journal of Organic Chemistry、64(20)、7492〜7497頁;1999年(非特許文献7)によって記載されたように69%で生成するが、加えて、手間をかけて除去しなければならない位置異性体が混入する。
さらに、2013年のAlvaro Gomez Baraibarによる標題「Development of a biocatalytic production process for (S)−alpha−hydroxy ketones」(非特許文献8)の論文に記載されている酵素的不斉合成が公知である。この論文に従って、細胞全体で合成させるために大腸菌(Escherichia coli)に異種発現させたこの酵素を使用すると、(S)−PACの光学純度は、約43%eeになる。
(S)−PACのこの唯一の酵素的不斉合成は、ベンズアルデヒドおよびアセトアルデヒド、またはベンズアルデヒドおよびピルビン酸に基づく炭素連結反応において記載された。この反応は、469位のグルタミン酸がグリシンによって置換されている、アセトバクター・パストリアヌス(Acetobacter pasteurianus)由来酵素ピルビン酸デカルボキシラーゼ変異体であるApPDC−E469Gによって触媒される。その際、単離された酵素を用いて達成された最高の鏡像体過剰率は、Rother Nee Gocke, Doerte;Kolter, Geraldine;Gerhards, Tina;Berthold, Catrine L.;Gauchenova, Ekaterina;Knoll, Michael;Pleiss, Juergen;Mueller, Michael;Schneider, Gunter;Pohl, MartinaによってChemCatChem、2011年、3巻、10 1587〜1596頁(非特許文献9)での公表に記載されるように、89%である。
Davis, Franklin A.;Sheppard, Aurelia C.;Lal, G. Sankar Tetrahedron Letters、1989年、30巻、7 779〜782頁 Adam, Waldemar;Fell, Rainer T.;Stegmann, Veit R.;Saha−Moeller, Chantu R. Journal of the American Chemical Society、1998年、120巻、4 708〜714頁 Toukoniitty, Esa;Maeki−Arvela, Paeivi;Kuzma, Marek;Villela, Alexandre;Kalantar Neyestanaki, Ahmad;Salmi, Tapio;Sjoeholm, Rainer;Leino, Reko;Laine, Ensio;Murzin, Dmitry Yu、Journal of Catalysis、2001年、204巻、2 281〜291頁 Fleming, Steven A.;Carroll, Sean M.;Hirschi, Jennifer;Liu, Renmao;Pace, J. Lee;Redd, J. Ty Tetrahedron Letters、2004年、45巻、17 3341〜3343頁 Brussee, J.;Roos, E. C.;Gen, A. Van Der Tetrahedron Letters、1988年、29巻、35 4485〜4488頁 Zi−Qiang Rong、Hui−Jie Pan、Hai−Long Yan、およびYu Zhao、Organic Letters、2014年16(1)、208〜211頁 Waldemar Adam、Chantu R. Saha−Moeller、およびCong−Gui Zhao Journal of Organic Chemistry、64(20)、7492〜7497頁;1999年 Alvaro Gomez Baraibar、「Development of a biocatalytic production process for (S)−alpha−hydroxy ketones」、2013年 Rother Nee Gocke, Doerte;Kolter, Geraldine;Gerhards, Tina;Berthold, Catrine L.;Gauchenova, Ekaterina;Knoll, Michael;Pleiss, Juergen;Mueller, Michael;Schneider, Gunter;Pohl, Martina、ChemCatChem、2011年、3巻、10 1587〜1596頁
従来技術から出発して、本発明の課題は、(S)−フェニルアセチルカルビノールを不斉合成するための酵素的方法であって、(S)−フェニルアセチルカルビノールのより高い鏡像体過剰率を可能にする酵素的方法を提供することである。(S)−フェニルアセチルカルビノールの鏡像体過剰率は、89%より高いべきである。細胞全体を用いて製造する場合、鏡像体過剰率は43%を超えるべきである。さらに、副生成物も、位置異性体も形成すべきでない。その際、キラルではない安価な出発材料を使用できるべきである。(S)−フェニルアセチルカルビノールの不斉合成が可能になるべきである。キラル生成混合物の高価な分離は回避すべきである。
(S)−フェニルアセチルカルビノールをベンズアルデヒドおよびピルビン酸またはアセトアルデヒドから製造できる酵素ならびにその酵素をコードするDNAおよび当該DNAを含有するベクターが提供されるべきである。
さらに、その酵素の製造方法が提供されるべきである。従来技術による目下の欠点および問題が、克服されるべきである。
粗製細胞抽出物または細胞全体を使用した場合にも高い鏡像体過剰率を可能にする、(S)−フェニルアセチルカルビノールの製造方法が提供されるべきである。
従来技術の欠点が、累積的に克服されるべきである。
この課題は、請求項1および他の独立請求項の前提部に基づき、本発明により、これらの請求項の特徴部分に示した特徴によって解決される。本発明によると、この課題は、543位のトリプトファンが、立体的により小さいかもしくはトリプトファンと比べて減少した嵩高さ(Raumerfuellung)を有するアミノ酸によって置換されているリアーゼApPDC−E469Gの変異体、ならびにそれをコードするデオキシリボ核酸およびこれらのデオキシリボ核酸を含有するベクターによって解決される。さらに、この課題は、独立請求項に従い、ベンズアルデヒドをピルビン酸またはアセトアルデヒドと共に変換して(S)−フェニルアセチルカルビノールにするためにこのリアーゼが使用されることによって解決される。
本発明によるリアーゼ、それをコードするDNA、上記ベクターおよび(S)−フェニルアセチルカルビノールの製造方法を用いると、今や、単離した酵素を使用した場合に97%eeの鏡像体過剰率で、細胞全体を使用した場合に95%ee、および粗製細胞抽出物を使用した場合に94%eeの(S)−フェニルアセチルカルビノールを製造することが可能である。副生成物、特に位置異性体は形成しない。合成をアキラル出発材料で済ませることによって、合成は格安になる。鏡像体の分割を省略することができる。(S)−フェニルアセチルカルビノールを製造する場合、粗製細胞抽出物または細胞全体を用いて高い鏡像体過剰率を達成することもできる。従来技術により記載されている全ての欠点が、累積的に取り除かれる。
本発明の有利なさらなる発展形態は、従属請求項に記載される。
本発明によると、アセトバクター・パストリアヌス由来の野生型と比べて改変されたタンパク質ApPDC−E469Gにおける543位のトリプトファンが、トリプトファンよりも立体的に小さいかもしくはトリプトファンよりも嵩高さが低い(weniger raumerfuellend)アミノ酸によって置き換えられているリアーゼが提供される。
このリアーゼは、(S)−フェニルアセチルカルビノールを製造する場合に立体選択性の増大にプラスの影響を及ぼす。
好ましくは、この要件を満たす、以下のリアーゼを挙げることができる:
− 543位にヒスチジンを有する、配列番号1によるApPDC−E469G−W543H
− 543位にフェニルアラニンを有する、配列番号3によるApPDC−E469G−W543F
− 543位にプロリンを有する、配列番号5によるApPDC−E469G−W543P
− 543位にイソロイシンを有する、配列番号7によるApPDC−E469G−W543I
− 543位にロイシンを有する、配列番号9によるApPDC−E469G−W543L
− 543位にメチオニンを有する、配列番号11によるApPDC−E469G−W543M
− 543位にバリンを有する、配列番号13によるApPDC−E469G−W543V
− 543位にアラニンを有する、配列番号15によるApPDC−E469G−W543A
− 543位にチロシンを有する、配列番号17によるApPDC−E469G−W543Y
− 543位にトレオニンを有する、配列番号19によるApPDC−E469G−W543T
− 543位にグリシンを有する、配列番号21によるApPDC−E469G−W543G
− 543位にセリンを有する、配列番号23によるApPDC−E469G−W543S
− 543位にシステインを有する、配列番号25によるApPDC−E469G−W543C
さらに、本発明によると、前記酵素をコードするデオキシリボ核酸が提供される。
本発明によると、酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードするデオキシリボ核酸であって、1627〜1629位にトリプトファンと比べて嵩高さが低いアミノ酸をコードするデオキシリボ核酸が対象となる。
好ましくは、上記デオキシリボ核酸は配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23および25のタンパク質をコードする。
例えば、以下のデオキシリボ核酸を挙げることができる。
− ApPDC−E469G−W543Hをコードする配列番号2
− ApPDC−E469G−W543Fをコードする配列番号4
− ApPDC−E469G−W543Pをコードする配列番号6
− ApPDC−E469G−W543Iをコードする配列番号8
− ApPDC−E469G−W543Lをコードする配列番号10
− ApPDC−E469G−W543Mをコードする配列番号12
− ApPDC−E469G−W543Vをコードする配列番号14
− ApPDC−E469G−W543Aをコードする配列番号16
− ApPDC−E469G−W543Yをコードする配列番号18
− ApPDC−E469G−W543Tをコードする配列番号20
− ApPDC−E469G−W543Gをコードする配列番号22
− ApPDC−E469G−W543Sをコードする配列番号24
− ApPDC−E469G−W543Cをコードする配列番号26
この位置にアミノ酸ヒスチジンをコードする、配列番号2による例について、1627〜1629位に例えば核酸TGGがあることができる。
本発明の1つの実施態様において、上記デオキシリボ核酸は、ベクター、好ましくはプラスミドに連結されている。
空ベクターとしては、例えば、pET−20b(+)、pET−21a−d(+)、pET−22b(+),pET−23a−d(+),pET−24a−d(+),pET−25b(+)、pET−26b(+)、pET−27b(+)、pET−28a(+)、pET−29a−c(+)、pET−30a−c(+)、pET−31b(+)、pET−34b(+)、pET−35b(+)、pET−36b(+)、pET−37b(+)、pET−38b(+)を使用することができ、これらに上記の適当な本発明DNAが連結される。
あるいは、上記デオキシリボ核酸は、ゲノムに連結されることもできる。
上記の連結されたデオキシリボ核酸は、酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードし、1627〜1629位にトリプトファンと比べて減少した嵩高さを有するアミノ酸をコードするDNA配列である。
好ましくは、上記の連結されたデオキシリボ核酸は、配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23および25によるタンパク質をコードする。
例えば、配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、24および26によるデオキシリボ核酸を挙げることができる。
本発明により、酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードし、1627〜1629位にトリプトファンと比べて減少した嵩高さを有するアミノ酸をコードするデオキシリボ核酸を含むベクターが提供される。
好ましくは、上記ベクターは、配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、24または26によるデオキシリボ核酸を含む。
好ましくは、上記ベクターはプラスミドである。
図1は、本発明のプラスミド(pET21 a(+)ベクター地図)を示す。
配列番号27において、例えば、配列番号2のDNAを含む本発明のプラスミドを表す。
本発明による酵素をコードするDNAは、当業者に公知の方法に従って定方向または非定方向変異誘発によって製造することができる。その際、定方向変異誘発が好ましい。これらの方法は、当業者に公知である。特定の明細書部分に、本発明の一実施形態についての一製造例を具体的に開示する。このアプローチは、基本的に全ての他の開示されたデオキシリボ核酸および酵素のためにも使用することができ、その結果、本発明による全ての酵素およびデオキシリボ核酸を類似の方法で製造することができる。
本発明によると、式(1)に従って、543位にトリプトファンと比べて減少した嵩高さをもつアミノ酸を有する酵素ApPDC−E469Gの変異体、好ましくは配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23または25による群からの酵素を用いて、ベンズアルデヒドがピルビン酸またはアセトアルデヒドと共に変換されて、(S)−フェニルアセチルカルビノールにされる。
Figure 2017530725
変換は、好ましくは水溶液中で行われる。
pH値は、5〜9、好ましくは6.5〜8、特に好ましくは6.5〜7の範囲である。
そのために、緩衝液として例えばリン酸カリウム緩衝液、HEPES、MOPS、TEAまたはTRIS−HClを使用することができる。
さらに、補因子としてチアミン二リン酸および硫酸マグネシウムを使用することができる。
反応は、in vivoまたはin vitroで行うことができる。
(S)−フェニルアセチルカルビノールのin vivo産生のために、産生生物として例えば大腸菌、コリネバクテリウム(Corynebakterium)、例えばコリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebakterium glutamicum)、またはサッカロミセス・セレビシエ(Saccheromycies cerevisiae)などの酵母を使用することができる。
その際に、産生生物は、本発明によるDNAまたはそのDNAを含むベクターで形質転換される。
DNAは、産生生物のゲノム内に導入することもできる。
その際、本発明により組み込まれた遺伝子は、異種発現される。
in vitro産生のために、単離された酵素または産生生物の細胞抽出物のいずれかを使用することができる。
典型的な温度は、20℃〜40℃であり、好ましくは20℃〜30℃であり、特に好ましくは、温度20℃〜25℃である。
反応時間は、2h〜48h、好ましくは6h〜24h、特に好ましくは12hとし得る。
以下にいくつかの例を紹介するが、これらの例を限定的に解釈すべきではない。
反応は、古典的な手法で反応フラスコ中で撹拌しながら行うことができる。
実施例1:
20mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、2.5mM硫酸マグネシウム、100μMチアミン二リン酸、5mg/mLのApPDC−E469G−W543H(ApPDC−E469G−W543Hが発現されて存在した大腸菌の細胞全体)、50mMリン酸カリウム緩衝液(pH6.5)、25℃、反応時間:48時間。
(S)−PACの鏡像体純度:ee 94%。
実施例2:
20mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、2.5mM硫酸マグネシウム、100μMチアミン二リン酸、20mg/mL(湿重量)ApPDC−E469G−W543H(ApPCD−E469G−W543Hが発現されて存在した大腸菌細胞全体)、50mMリン酸カリウム緩衝液(pH6.5)、25℃、反応時間:48時間。
(S)−PACの鏡像体純度:ee 95%。
収率:68%。
実施例3:
20mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、2.5mM硫酸マグネシウム、100μMチアミン二リン酸、1mg/mL ApPDC−E469G−W543H(単離された酵素)、50mMリン酸カリウム緩衝液(pH6.5)、25℃、反応時間:48時間。
(S)−PACの鏡像体純度:ee 97%。
収率:64%。
変異体ApPDC−E469G−W543Hは、単離された酵素を使用して、97%eeの(S)−PACを産生する。大腸菌で異種発現され、安価な全細胞−触媒として使用されるApPDC−E469G−W543Hを使用して、95%eeの(S)−PACを生成することができる。大腸菌で異種発現されたApPDC−E469G−W543H変異体を有する細胞抽出物としての使用は、94%のeeをもたらす。
以下に、酵素ApPDC−E469G−W543Hをコードするデオキシリボ核酸の、および当該酵素の製造をより詳細に説明する。
遺伝子配列ApPDC−E469G(テンプレートDNA)から出発してW543位でアミノ酸置換を受けるために、Reetsら(M.T.Reetz,D.Kahakeaw and R.Lohmer,ChemBioChem,2008(9)1797-1804)の変法によるいわゆる「部位飽和変異誘発」の方法を実施した。この方法の場合、20種の天然アミノ酸のうち12種をコードするNDTコドンを使用する。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)
最初の段階で、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によりテンプレートDNAを増幅し、その際、同時にいわゆる縮重プライマーおよびNDTコドンの使用により突然変異を挿入する。使用するプライマーは、「Eurofins MWG Operon」社(http://www.eurofinsgenomics.eu)に注文したものであり、以下の配列を有した:
ApPDC−E469G−W543NDTを製造するための部位飽和変異誘発用プライマー
順方向: 5’ GGATATGCTGGTTCAANDTGGCCGCAAGGTTGC 3’(配列番号30)
逆方向: 5’ GGCAACCTTGCGGCCAHNTTGAACCAGCATATC 3’(配列番号31)
まず、マスター溶液を製造し、続いて4つの開始液にそれぞれ50μlずつ分配した。反応を開始するために、「KODホットスタートポリメラーゼ」1μlを添加した。
PCR反応開始液:
Figure 2017530725
反応を以下の条件で行った:
Figure 2017530725
テンプレートDNAを消化するために、酵素DpnI(Eppendorf)1μlを溶液に添加し、37℃で1時間インキュベートした。次に、さらに形質転換する前に混合物全体を「DNA Purification Kit」(Chemikalienliste)で精製した。
大腸菌BL21−DE3および大腸菌DH5αの形質転換
大腸菌株BL21−DE3および大腸菌株DH5αを、「部位飽和変異誘発」によって製造したDNAで形質転換した。このために、コンピテント細胞50μlにDNA 100ngを添加し、氷上で30分間インキュベートした。続いて、42℃で90秒間、熱ショックを行った。3分後に、氷上でSOC培地500μlを添加し、溶液をEppendorf Thermomixer中のポートで350RPMおよび37℃で45分間インキュベートした。インキュベーションを行った後、細胞懸濁物をEppendorf組織遠心分離機に入れて13,000RPMで30秒間遠心分離し、続いてペレットを上清100μl中に再懸濁した。100μlに濃縮した細胞懸濁物をLB寒天プレート(100μg/mlアンピシリン入り)上に播種し、37℃で16時間、逆さにしてインキュベートした。
酵素変異体の発現
形質転換した個別のコロニー46個を爪楊枝でプレートから釣り上げ、48 Nerbeプレート(Nerbe Plus GmbH)のそれぞれのウェルの中でLB培地1mlと共に850RPMおよび20℃で24時間インキュベートした(「マスタープレート」)。別のウェルに、予め同様にApPDC−E469GテンプレートDNAで形質転換した大腸菌BL21−DE3細胞を接種した。インキュベートした後、48ウェルFlowerPlate(登録商標)(m2p−labs、Germany)の中の自己誘導培地1.5mlにつき細胞懸濁物10μlを入れた。FlowerPlateを20℃および850RPMで48時間インキュベートした。「マスタープレート」の残りの体積(990μl)をグリセリン300μlと混合し、−80℃で保存した。
細胞破壊および炭素連結
FlowerPlate(登録商標)(48ウェルプレートにおける花の形のバッフル(Schikanen))中に発現された変異体を凍結した(48h、4℃)。再解凍後、96ウェルプレートの2つのウェルに細胞懸濁物を500μlずつ移した(二重の測定)。プレートを4,000RPMで3分間遠心分離し、1mg/mlリゾチームを有するKPi緩衝液420μl中にペレットを再懸濁した。プレートを20℃および400RPMで1時間インキュベートし、続いて再度4,000RPMで10分間遠心分離した。それぞれ上清250μlをそれぞれ2ml−Nerbeプレートのウェル一つにピペットで入れ、40mMベンズアルデヒド、400mMピルビン酸、4mM硫酸マグネシウムおよび400μMチアミン二リン酸からの反応溶液250μlを添加した。プレートを再度24時間インキュベートし、続いて反応溶液を分析した(HPLC分析を参照されたい)。
HPLC分析
炭素連結反応溶液200μlをそれぞれヘプタン200μlと混合し、ボルテックス撹拌し、続いて上相150μlをそれぞれHPLCバイアル中に移した。Chiralpak IC−3カラム(Chiral Technologies Inc.)を用いて、以下の方法を使用して試料の分析を行った。
HPLCのプログラム
Figure 2017530725
定量のための典型的な保持時間および使用波長
Figure 2017530725
DNAの単離およびDNA配列決定による最良の酵素変異体の同定
炭素連結反応において(S)−PACについて最高のee値をもたらした酵素のDNAを、マスタープレートに基づき突然変異を同定するために配列決定した。そのために、まず、グリセリンと混合したマスタープレートから細胞を白金耳でLB培地(+50μg/mlアンピシリン)50mL中に移植し、250mL三角フラスコ中に入れて37℃でインキュベートした。12時間インキュベーション後に、細胞懸濁物20mLを遠心分離した(4,000RPM、5分、4℃)。ペレット中の細胞のDNAを、製造業者(Qiagen N.V.)の指示と同様に、「QIAprep(登録商標)Spin Miniprep Kit」の方法に従い単離した。その際、DNAの濃度を100ng/μlに調整し、LGC Genomics GmbH社がそのDNAを配列決定した。
LB(溶原性ブロス)培地
Figure 2017530725
QuikChange(登録商標)を用いて変異体ApPDC−E469G−W543Hを製造する代替的な定方向方法
酵素変異体ApPDC−E469G/W543Hを製造する別の方法は、例えばいわゆるQuikChange(登録商標)−PCR法(米国特許第5,789,166号、同第5,932,419号、同第6,391,548号)である。PCRのこの変法では、置換すべきDNAトリプレットコードの位置に、対応する配列変化を有するプライマー対が使用される。酵素変異体ApPDC−E469G/W543Hを製造するために、変異体ApPDC−E469Gをコードする遺伝子を使用することができる。このいわゆるDNAテンプレートは、ベクター(例えばpET22a)中にクローニングされて存在すべきであろう。位置W543にアミノ酸トリプトファンをコードするトリプレットコードの代わりに、この位置にヒスチジンをコードする突然変異(すなわち:CACまたはCAT)を有するプライマーを使用しなければならない。このQuikChange(登録商標)−PCR法の全ての他のパラメータおよび必要なプライマーの選択は、製造業者(Agilent Technologies、Inc.)の指示と同様に、「QuikChange(登録商標)Site−Directed Mutagenesis Kit」の使用説明書を用いて実施することができる。
変異体ApPDC−E469G−W543Hを製造するためのQuikChange(登録商標)−PCR法のDNA−テンプレート(ApPDC−E469G)
ATGACCTATACTGTTGGCATGTATCTTGCAGAACGCCTTGTACAGATCGGGCTGAAGCATCACTTCGCCGTGGCGGGCGACTACAATCTCGTTCTTCTGGATCAGTTGCTCCTCAACAAGGACATGAAACAGATCTATTGCTGCAATGAGTTGAACTGTGGCTTCAGCGCGGAAGGCTACGCCCGTTCTAACGGGGCTGCGGCAGCGGTTGTCACCTTCAGCGTTGGCGCCATTTCCGCCATGAACGCCCTCGGCGGCGCCTATGCCGAAAACCTGCCGGTTATCCTGATTTCCGGCGCGCCCAACAGCAATGATCAGGGCACAGGTCATATCCTGCATCACACAATCGGCAAGACGGATTACAGCTACCAGCTTGAAATGGCCCGTCAGGTCACCTGTGCCGCCGAAAGCATTACCGACGCTCACTCCGCCCCGGCCAAGATTGACCACGTCATTCGCACGGCGCTGCGCGAGCGTAAGCCGGCCTATCTGGACATCGCGTGCAACATTGCCTCCGAGCCCTGCGTGCGGCCTGGCCCTGTCAGCAGCCTGCTGTCCGAGCCTGAAATCGACCACACGAGCCTGAAGGCCGCAGTGGACGCCACGGTTGCCTTGCTGGAAAAATCGGCCAGCCCCGTCATGCTGCTGGGCAGCAAGCTGCGGGCCGCCAACGCACTGGCCGCAACCGAAACGCTGGCAGACAAGCTGCAATGCGCGGTGACCATCATGGCGGCCGCGAAAGGCTTTTTCCCCGAAGACCACGCGGGTTTCCGCGGCCTGTACTGGGGCGAAGTCTCGAACCCCGGCGTGCAGGAACTGGTGGAGACCTCCGACGCACTGCTGTGCATCGCCCCCGTATTCAACGACTATTCAACAGTCGGCTGGTCGGCATGGCCCAAGGGCCCCAATGTGATTCTGGCTGAGCCCGACCGCGTAACGGTCGATGGCCGCGCCTATGACGGCTTTACCCTGCGCGCCTTCCTGCAGGCTCTGGCGGAAAAAGCCCCCGCGCGCCCGGCCTCCGCACAGAAAAGCAGCGTCCCGACGTGCTCGCTCACCGCGACATCCGATGAAGCCGGTCTGACGAATGACGAAATCGTCCGTCATATCAACGCCCTGCTGACATCAAACACGACGCTGGTGGCAGAAACCGGCGATTCATGGTTCAATGCCATGCGCATGACCCTGCCGCGCGGTGCGCGCGTGGAACTGGAAAT
GCAGTGGGGCCATATCGGCTGGTCCGTGCCCTCCGCCTTCGGCAATGCCATGGGCTCGCAGGACCGCCAGCATGTGGTGATGGTAGGCGATGGCTCCTTCCAGCTTACCGCGCAGGAAGTGGCTCAGATGGTGCGCTACGAACTGCCCGTCATTATCTTTCTGATCAACAACCGTGGCTATGTCATTGGCATCGCCATTCATGACGGCCCGTACAACTATATCAAGAACTGGGATTACGCCGGCCTGATGGAAGTCTTCAACGCCGGAGAAGGCCATGGACTTGGCCTGAAAGCCACCACCCCGAAGGAACTGACAGAAGCCATCGCCAGGGCAAAAGCCAATACCCGCGGCCCGACGCTGATCGAATGCCAGATCGACCGCACGGACTGCACGGATATGCTGGTTCAATGGGGCCGCAAGGTTGCCTCAACCAACGCGCGCAAGACCACTCTGGCCCTCGAG
上記配列を、配列リストにおいて配列番号28として記載する。ここで配列番号28は、配列番号29による、改変されるべきタンパク質をコードするDNAを例示的に開示するものである。しかし本発明によると、改変されるべき酵素を製造するために、改変されるべき出発タンパク質をコードする全ての他のデオキシリボ核酸を使用することができる。それをコードするヌクレオチドは、当業者に公知である。
関連のタンパク質配列を、配列リストにおいて配列番号29として記載する。
「細胞全体」の形態での変異体の製造
細胞全体での1L規模での酵素の発現のために、まず、グリセリンと混合したマスタープレートから細胞を白金耳でLB培地(+100μg/mlアンピシリン)50mL中に移植し、250mL三角フラスコ中で120RPMおよび37℃でインキュベートした。16時間インキュベーション後に、培養物10mLを自己誘導培地1Lに入れ、5L三角フラスコ中で90RPMおよび20℃で72時間インキュベートした。続いて細胞を遠心分離(4℃、6,000RPM、30分)によって回収し、その後の使用まで−20℃で保存した。
自己誘導培地
Figure 2017530725
単離した酵素の形態での変異体の製造
1L規模で培養した細胞10gを、4℃に冷却した破壊緩衝液(50mMリン酸カリウム(pH6.5)、100μMチアミン二リン酸、2mM硫酸マグネシウム)25mLと共に氷上で再懸濁した。続いて、再懸濁した細胞を超音波(SD14−Sonotrode(Hielscher Ultrasonics GmbH)、2分処理を4回、それぞれ氷から1分冷却する)を用いて破壊した。細胞の破片を分離するために溶液を遠心分離し(45分、18,000RPM、4℃)、上清(「細胞抽出物」)を新しい容器に移した。
固定化金属イオンアフィニティークロマトグラフィーおよびサイズ排除クロマトグラフィーを用いてApPDC変異体を精製するために、とりわけタンパク質のUV吸収(280nm)および電気伝導率を検出し、流速を調整する目的で、「Amersham Bioscience」社の「AEKTA(商標)精製装置」を使用した。精製するために、予めローディング緩衝液180mLで平衡化しておいた体積60mLのNi−NTA−Superflow(Qiagen N.V.)を有するカラムに、製造した細胞抽出物(約25mL)を流速3mL/minでロードした。続いて、カラム材料と結合していないまたは非常に弱く結合しているタンパク質を除去するために、流速5ml/minのローディング緩衝液でさらに洗浄した。UV吸収(280nm)が安定なベースラインに再び達した後、カラム材料と弱く結合しているタンパク質を溶出するために洗浄緩衝液(50mMリン酸カリウム(pH6.5)、100μMチアミン二リン酸、2mM硫酸マグネシウム、50mMイミダゾール)を流速5mL/minで使用した。UV吸収(280nm)が再び安定化した後、目的タンパク質を溶出するために、溶出緩衝液(50mMリン酸カリウム(pH6.5)、100μMチアミン二リン酸、2mM硫酸マグネシウム、250mMイミダゾール)を流速5mL/minで使用した。
緩衝液交換のために、予め緩衝液交換用緩衝液(10mMリン酸カリウム(pH6.5)、100μMチアミン二リン酸、2mM硫酸マグネシウム)2Lで洗浄したサイズ排除クロマトグラフィーカラム(カラム体積1L、Sephadex−G25、GE−Healthcare)にIMACの溶出液を流速10mL/minでロードした。高められたUV吸収(280nm)を有する画分を合わせ、結晶皿中で凍結させた(−20℃)。凍結乾燥するために、凍結したタンパク質溶液を0.22mBarの減圧下に3日間置いた。生成した粉末のタンパク質含量は20%であった。純度(外来タンパク質に関する目的タンパク質の割合)は、>90%であった。

Claims (18)

  1. アセトバクター・パストリアヌス(Acetobacter pasteurianis)由来の野生型と比べて改変されたタンパク質ApPDC−E469Gにおける543位のアミノ酸トリプトファンが、トリプトファンよりも嵩高さが低いアミノ酸によって置き換えられていることを特徴とする、リアーゼ。
  2. 配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23または25のうちの一つのアミノ酸配列を有することを特徴とする、請求項1に記載のリアーゼ。
  3. 酵素ApPDC−E469Gの変異体をコードし、1627〜1629位のコドンが、トリプトファンよりも嵩高さが低いアミノ酸をコードするコドンによって置換されていることを特徴とする、リアーゼをコードするデオキシリボ核酸。
  4. 配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24または26のヌクレオチド配列を有することを特徴とする、請求項3に記載のデオキシリボ核酸。
  5. 請求項3または4に記載の配列を含むことを特徴とする、ベクター。
  6. プラスミドであることを特徴とする、請求項5に記載のベクター。
  7. 請求項5に記載の配列が、pET−20b(+)、pET−21a−d(+)、pET−22b(+)、pET−23a−d(+)、pET−24a−d(+)、pET−25b(+)、pET−26b(+)、pET−27b(+)、pET−28a(+)、pET−29a−c(+)、pET−30a−c(+)、pET−31b(+)、pET−34b(+)、pET−35b(+)、pET−36b(+)、pET−37b(+)、pET−38b(+)の群からの空のベクターに連結されていることを特徴とする、請求項6に記載のベクター。
  8. ベンズアルデヒドが、式(1)
    Figure 2017530725
    に従って、ピルビン酸またはアセトアルデヒドと共に変換される(S)−フェニルアセチルカルビノールの製造方法であって、変換が、請求項1または2に記載のリアーゼを用いて行われることを特徴とする、製造方法。
  9. pH値5〜9で行われることを特徴とする、請求項8に記載の方法。
  10. 緩衝液としてHEPES、MOPS、TEAまたはTRIS−HClが使用されることを特徴とする、請求項8または9に記載の方法。
  11. 補因子としてチアミンリン酸および硫酸マグネシウムが使用されることを特徴とする、請求項8〜10のいずれか一つに記載の方法。
  12. 変換が、in vivoで行われることを特徴とする、請求項8〜11のいずれか一つに記載の方法。
  13. (S)−フェニルアセチルカルビノールの産生が、大腸菌、コリネバクテリウム、例えばコリネバクテリウム・グルタミカム、または酵母、例えばサッカロミセス・セレビシエの群からの産生生物において行われることを特徴とする、請求項12に記載の方法。
  14. 請求項13の生物が配列2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24または26のうちの少なくとも一つのDNAで形質転換され、かつ/または上記DNAがゲノムに組み込まれることを特徴とする、請求項12または13に記載の方法。
  15. 形質転換のために、請求項5〜7のいずれか一つに記載のベクターが使用されることを特徴とする、請求項14に記載の方法。
  16. 変換が、in vitroで行われることを特徴とする、請求項8〜11のいずれか一つに記載の方法。
  17. 配列1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23または25のいずれか一つの単離された酵素が使用されることを特徴とする、請求項16に記載の方法。
  18. 産生生物からの粗製細胞抽出物が使用されることを特徴とする、請求項16に記載の方法。
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