JP2017522004A - アンチセンス抗菌化合物および方法 - Google Patents

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Abstract

生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子に対して標的化されるアンチセンスオリゴマー、および関連組成物、ならびに感染している哺乳動物被験体を処置するために、例えば一次抗微生物薬としてまたは古典的な抗微生物薬との補助療法としてオリゴマーおよび組成物を使用する方法が提供される。一局面において、モルホリノサブユニット、および１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’環外炭素に接合するリン含有サブユニット間連結から構成されるアンチセンスモルホリノオリゴマーが提供される。

Description

関連出願への相互参照
この出願は、米国特許法§１１９（ｅ）の下、２０１４年５月１９日に出願された米国出願第６２／０００，４３１号および２０１５年３月６日に出願された米国出願第６２／１２９，７４６号（これらの各々は、それらの全体が参考として援用される）に対する優先権を主張する。
配列表に関する記述
本出願に関連する配列表は紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供し、参照により本明細書に組み込まれている。配列表を含有するテキストファイルの名称は、ＳＡＴＨ−００４＿０１ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは約１５ＫＢであり、２０１５年５月１５日に作製され、ＥＦＳ−ウェブによって電子的に提出されている。
本開示は、生化学的経路および／または細胞プロセスに関与する細菌の遺伝子に対して標的化されるアンチセンスオリゴマー、および関連組成物、ならびに感染している哺乳動物被験体を処置するために、例えば一次抗微生物薬としてまたは古典的な抗微生物薬との補助療法としてオリゴマーおよび組成物を使用する方法を含む。
現在、細菌病原体に対する使用におけるいくつかのタイプの抗生物質化合物が存在し、これらの化合物は種々の抗細菌機序によって作用する。例えば、ベータ−ラクタム系抗生物質、例えば、ペニシリンおよびセファロスポリンは、ペプチドグリカン合成における最終ステップを阻害するように作用する。バンコマイシンおよびテイコプラニン（ｔｅｉｃｈｏｐｌａｎｉｎ）を含めたグリコペプチド系抗生物質は、ムラミル−ペンタペプチドのグリコシル基転移およびペプチド転移の両方を阻害し、ペプチドグリカン合成を再び妨げる。他の周知の抗生物質は、細菌ＤＮＡ複製を阻害するキノロン、細菌ＲＮＡポリメラーゼの阻害剤、例えば、リファンピン、およびスルホンアミドを含めた、テトラヒドロフォレートの産生のための経路における酵素の阻害剤を含む。
一部のクラスの抗生物質は、タンパク質合成のレベルにおいて作用する。これらの中で注目すべきであるのは、アミノグリコシド、例えば、カナマイシンおよびゲンタマイシンである。このクラスの化合物は、細菌３０Ｓリボソームサブユニットを標的化し、５０Ｓサブユニットとの会合を防止し、機能的リボソームを形成する。別の重要なクラスの抗生物質であるテトラサイクリンはまた、３０Ｓリボソームサブユニットを標的化し、対応するｍＲＮＡコドンとのアミノアシル化したｔＲＮＡのアラインメントを防止することによって作用する。別のクラスの抗生物質であるマクロライドおよびリンコサミドは、５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、ペプチド伸長を阻害するか、またはリボソームトランスロケーションを防止することによって、細菌合成を阻害する。
抗生物質による細菌感染を制御または排除することにおける目覚ましい成功に関わらず、ヒトへの薬、ならびに家禽および家畜の生産における飼料の栄養補助剤としての両方における抗生物質の広範な使用は、多くの病原性細菌における薬物耐性をもたらしてきた。抗生物質耐性機序は、種々の形態をとることができる。特に、グラム陰性菌における、ベータラクタムに対する耐性の主要な機序の１つは、ラクタム環を切断することによって抗生物質を不活性とする酵素ベータ−ラクタマーゼである。同様に、アミノグリコシドに対する耐性は、この場合は、ホスホリル、アデニル、またはアセチル基を加えることによって、抗生物質を不活性化することができる酵素が関与することが多い。抗生物質の能動排出は、多くの細菌が耐性を発生させる別の方法である。テトラサイクリン排出について排出タンパク質をコードする遺伝子、例えば、ｔｅｔＡ、ｔｅｔＧ、ｔｅｔＬ、およびｔｅｔＫ遺伝子は同定されている。細菌標的は、薬物の標的を変化させることによって耐性を発生し得る。例えば、多くのベータ−ラクタム耐性菌におけるいわゆるペニシリン結合タンパク質（ＰＢＰ）は、標的タンパク質への重大な抗生物質結合を阻害するように変化する。テトラサイクリンに対する耐性は、排出が増進されることに加えて、抗生物質への結合についてリボソームと競合することができる細胞質タンパク質の出現が関与し得る。細菌酵素を阻害することによって作用するこれらの抗生物質、例えばスルホンアミドについて、標的酵素における点変異は耐性を与え得る。
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、共生生物としてヒトの大腸に通常、生息している。しかし、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、様々な臨床的感染を引き起こす恐れもあり、菌血症の主要原因である。院内菌血症および市中菌血症を有する患者から単離されたＥ．ｃｏｌｉの抗生物質耐性株の数が憂慮するほど増加している。複数の抗生物質に対して耐性である株は珍しくない。
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉは、長年にわたり出現している、院内感染の主な原因となっている、遍在する生物である。疫学のこの変化は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉが、医学界が世界的に直面している最も抗生物質耐性のグラム陰性病原体の１つになったことを考慮すると、とりわけ、懸念されることである。Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉにおける多剤耐性の急速な増加により、治療医師には、治療選択肢がほとんど残されていない。コリスチンなどの薬物が、現在、頻繁に使用されているが、コリスチン耐性株が出現している。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉは、様々な臨床的感染を引き起こす恐れがあり、肺炎が最も頻繁なものの１つである。
多剤耐性（ＭＤＲ）が関与する場合を含めた多くの病原性細菌における抗生物質耐性の出現は、多くの細菌病原体が医学的介入によって単純に処置不能であった抗生物質後の時代の恐怖を増加させる。このように、（ｉ）細菌感染の抗生物質処置を現在妨害している主要なタイプの抗生物質耐性に供されない、（ｉｉ）急速におよび標的細菌特異性に関して妥当な程度の予測性を伴って開発することができ、（ｉｉｉ）低用量において有効であり、かつ（ｉｖ）副作用をほとんど示さない抗微生物剤が必要とされている。
本開示の実施形態は、一部には、生化学的経路、細胞プロセスおよび／または抗生物質耐性に関連する細菌の遺伝子のアンチセンス標的化が、普通なら抗生物質耐性がある病原性細菌の抗生物質への感受性を高めて、ある特定の病原性細菌の成長能力を低下させることができるという発見に関連している。例えば、ＲＮＡ生合成、タンパク質生合成、脂肪酸生合成、ペプチドグリカン生合成、細胞エネルギーホメオスタシス、細胞分裂、芳香族化合物の生合成および抗生物質耐性に関連する遺伝子のアンチセンス標的化は、多くの一般に使用されている抗生物質に対する抗生物質耐性（例えば、多剤耐性）細菌の細胞死滅および／または抗生物質の感受性を高めることが示された。多くの場合、本明細書において記載されているアンチセンスオリゴマーは、臨床的に関連する濃度において殺菌性があること、および多剤耐性（ＭＤＲ）株を含めたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒおよびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａにおける多数の古典的な抗生物質と相乗作用を示すことが示された。こうして、本明細書において記載されているアンチセンスオリゴマーは、例えば、抗生物質と組み合わせて、または単独型療法として、こうした細菌の処置に利用することができる。
したがって、本開示の実施形態は、モルホリノサブユニット、および１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’環外炭素に接合するリン含有サブユニット間連結から構成され、かつ（ａ）約１０〜４０個のヌクレオチド塩基、および（ｂ）本明細書に記載されるような、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質、あるいは抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列を有する実質的に非荷電のアンチセンスモルホリノオリゴマーを含む。一部の例では、オリゴマーは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートしている。
ある特定の実施形態では、標的化配列は、表２Ａ〜Ｂから選択される。一部の実施形態では、オリゴマーは、長さが約１０〜１５個または約１１〜１２個のヌクレオチド塩基であり、表２Ａ〜Ｂから選択される標的化配列を有する。
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）：
のものまたは薬学的に許容されるその塩であり、
式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｘは、９〜３８の整数であり、
Ｔは、ＯＨおよび式：
の部分から選択され、
式中、各Ｒ４は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
の部分から選択され、
式中、
Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９ＯＨ、アシル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、
Ｒ９は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基のそれぞれは、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立して選択され、
Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイルおよび式：
の部分から選択され、
式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２のものであり、式中、各Ｒ１４は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端でアミド結合によってリンカー部分に付着しているが、ただし、Ｇの１つのみの実例が存在し、
標的化配列が、本明細書に記載されている通り、生化学的経路および／もしくは細胞プロセスに関連するタンパク質、または抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズする。
一部の実施形態では、標的配列は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドン、および／または細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの上流または下流の約３０塩基内の配列を含む。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、脂肪酸生合成タンパク質である。ある特定の実施形態では、脂肪酸生合成タンパク質は、アシルキャリアータンパク質である。ある特定の実施形態では、アシルキャリアータンパク質はＡｃｐＰである。一部の実施形態では、標的配列は、チミン塩基（Ｔ）が任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である、配列番号６９または７０である。ある特定の実施形態では、脂肪酸生合成タンパク質は、アセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットである。ある特定の実施形態では、アセチル補酵素ＡカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットはＡｃｃＡである。ある特定の実施形態では、標的化配列は、配列番号１〜１１で示されるか、配列番号１〜１１の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むか、または配列番号１〜１１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含み、チミン塩基（Ｔ）は任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ペプチドグリカン生合成タンパク質である。ある特定の実施形態では、ペプチドグリカン生合成タンパク質は、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼである。特定の実施形態では、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼは、ＭｕｒＡである。
ある特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、リボソームタンパク質である。一部の実施形態では、リボソームタンパク質は、５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８である。
ある特定の実施形態では、５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８はＲｐｍＢである。特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、細胞エネルギーホメオスタシスタンパク質である。
ある特定の実施形態では、細胞エネルギーホメオスタシスタンパク質は、アデニル酸キナーゼである。具体的な実施形態では、アデニル酸キナーゼはＡｄｋである。
ある特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、タンパク質生合成タンパク質である。一部の実施形態では、タンパク質生合成タンパク質は、翻訳開始因子である。様々な実施形態では、翻訳開始因子はＩｎｆＡである。
ある特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、細胞分裂タンパク質である。特定の実施形態では、細胞分裂タンパク質は、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位（ｆｕｔｕｒｅ ｓｉｔｅ）において環に集合するタンパク質である。
一部の実施形態では、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合するタンパク質は、ＦｔｓＺである。ある特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ＲＮＡ合成タンパク質である。
ある特定の実施形態では、ＲＮＡ合成タンパク質はＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子である。特定の実施形態では、ＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子はＲｐｏＤである。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、芳香族化合物の生合成タンパク質である。一部の実施形態では、芳香族化合物の生合成タンパク質は、コリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸（ｅｎｏｌｐｙｒｕｖｙｌｓｈｉｋｉｍａｔｅ）−３−リン酸ホスホリアーゼ（ｐｈｏｓｐｈｏｌｙａｓｅ））である。特定の実施形態では、このコリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）は、ＡｒｏＣである。
具体的な実施形態では、標的化配列は、配列番号１２〜５３で示されるか、配列番号１２〜５３の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むか、または配列番号１２〜５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含み、チミン塩基（Ｔ）は任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である。
ある特定の実施形態では、抗生物質耐性に関連するタンパク質は、ＴＥＭベータ−ラクタマーゼ（ＢｌａＴ）、クロラムフェニコール耐性遺伝子Ｃｍｌおよび耐性−小結節形成−細胞分裂（ＲＮＤ）型多剤排出ポンプサブユニットＡｄｅＡ（ａｄｅＡ）の少なくとも１つから選択される。特定の実施形態では、標的化配列は、配列番号５４〜５６で示されるか、配列番号５４〜５６の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むか、または配列番号５４〜５６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含み、チミン塩基（Ｔ）は任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である。
薬学的に許容される担体および本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーを含む、医薬組成物も含まれる。一部の医薬組成物は、トブラマイシン、メロペネムおよび／またはコリスチンの１つまたは複数などの、本明細書に記載されている抗微生物剤をさらに含む。
一部の実施形態は、細菌における生化学的経路および／または細胞プロセスならびに抗生物質耐性に関連するタンパク質の少なくとも１つから選択されるタンパク質の発現および活性を低下させる方法であって、細菌を本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーおよび／または医薬組成物に接触させることを含む、方法を含む。
ある特定の実施形態では、細菌は被験体内にあり、方法は、被験体にアンチセンスオリゴマーを投与することを含む。一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａおよびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの属から選択される。特定の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの抗生物質耐性株である。一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの多剤耐性（ＭＤＲ）株である。具体的な実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである。
ある特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、アシルキャリアータンパク質である。一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、アシルキャリアータンパク質は、ａｃｐＰによってコードされるＡｃｐＰタンパク質である。ある特定の実施形態では、細菌は、アシルキャリアータンパク質がａｃｐＰによってコードされるＡｃｐＰタンパク質である、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである。
一部の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ａｃｃＡによってコードされるアセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットである。
ある特定の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｍｕｒＡによってコードされるＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼである。
一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｒｐｍＢによってコードされるリボソームタンパク質である。
特定の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ａｄｋによってコードされるアデニル酸キナーゼである。
一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｉｎｆＡによってコードされる翻訳開始因子である。
ある特定の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｆｔｓＺによってコードされる細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合するタンパク質である。
一部の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｒｐｏＤによってコードされるＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子である。
一部の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ａｒｏＣによってコードされるコリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）である。
特定の実施形態では、細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗生物質耐性に関連するタンパク質は、ＢｌａＴ、ＣｍｌおよびＡｄｅＡの少なくとも１つから選択される。
一部の方法は、オリゴマーと抗微生物剤とを個別にまたは同時に投与することを含み、場合により、本オリゴマーの投与により、抗微生物剤への細菌の感受性が向上する。
ある特定の実施形態では、抗微生物剤は、β−ラクタム系抗生物質、アミノグリコシド系抗生物質およびポリミキシンの１つまたは複数から選択される。
一部の実施形態では、β−ラクタム系抗生物質は、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）およびモノバクタムの少なくとも１つから選択される。
特定の実施形態では、カルバペネムは、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネム、ラズペネム、テビペネム、レナペネムおよびトモペネム（ｔｏｍｏｐｅｎｅｍ）の１つまたは複数から選択される。具体的な実施形態では、カルバペネムはメロペネムである。
ある特定の実施形態では、アミノグリコシド系抗生物質は、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシンａ、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）およびストレプトマイシンの１つまたは複数から選択される。具体的な実施形態では、アミノグリコシド系抗生物質はトブラマイシンである。
ある特定の実施形態では、ポリミキシンは、コリスチン（ポリミキシンＥ）、ポリスポリン（ｐｏｌｙｓｐｏｒｉｎ）、ネオスポリン（ｎｅｏｓｐｏｒｉｎ）またはポリミキシンＢの１つまたは複数から選択される。具体的な実施形態では、ポリミキシンはコリスチンである。
ある特定の実施形態では、細菌は、ＢｌａＴを発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、抗微生物剤はβ−ラクタム系抗生物質である。一部の実施形態では、β−ラクタム系抗生物質は、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネム、ラズペネム、テビペネム、レナペネム、トモペネム、セファロスポリン（セフェム）、ペニシリン、ペニシリン誘導体（ペナム）およびアンピシリンの少なくとも１つから選択される。
特定の実施形態では、細菌は、ｃｍｌを発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、抗微生物剤はクロラムフェニコールである。ある特定の実施形態では、細菌は、ａｄｅＡを発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、この場合、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
ある特定の実施形態では、アミノグリコシド系抗生物質は、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシンａ、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）およびストレプトマイシンの少なくとも１つから選択される。
一部の実施形態では、テトラサイクリン系抗生物質は、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリンおよびドキシサイクリン（ｄｏｘｙｃｙｌｉｎｅ）の少なくとも１つから選択される。
特定の実施形態では、β−ラクタム系抗生物質は、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）およびモノバクタムの少なくとも１つから選択される。
一部の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ａｃｃＡによってコードされるアセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｍｕｒＡによってコードされるＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
特定の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｒｐｍＢによってコードされるリボソームタンパク質であり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
ある特定の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ａｄｋによってコードされるアデニル酸キナーゼであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
一部の実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｉｎｆＡによってコードされる翻訳開始因子であり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
一部の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｆｔｓＺによってコードされる細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合するタンパク質であり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
ある特定の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ｒｐｏＤによってコードされるＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子であり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
特定の実施形態では、細菌はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ａｒｏＣによってコードされるコリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）であり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の少なくとも１つから選択される。
一部の実施形態では、オリゴマーは、抗微生物剤単独に比べて少なくとも約１０％、細菌に対する抗微生物剤の最小発育阻止濃度（ｍｉｎｉｍｕｍ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ）（ＭＩＣ）を低下させる。
一部の実施形態では、オリゴマーは、抗微生物剤単独に比べて少なくとも約１０％、細菌の抗微生物剤への感受性を向上させる。
ある特定の実施形態では、オリゴマーと抗微生物剤とを組み合わせると、オリゴマーおよび／または微生物剤単独に比べて、細菌の抗生物質への感受性が相乗的に向上する。特定の実施形態では、抗微生物剤は、コリスチン、メロペネムおよびトブラマイシンから選択される。
ある特定の実施形態では、抗微生物剤およびアンチセンスオリゴマーは個別に投与される。様々な実施形態では、抗微生物剤およびアンチセンスオリゴマーは逐次的に投与される。一部の実施形態では、抗微生物剤およびアンチセンスオリゴマーは同時に投与される。
被験体における、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉまたはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉの細菌感染を処置する方法であって、被験体に、トブラマイシン、メロペネムおよびコリスチンの１つまたは複数から選択される抗生物質を本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーと組み合わせて投与することを含む、方法も含まれる。ある特定のアンチセンスオリゴマーは、アシルキャリアータンパク質（ＡｃｐＰ）をコードする細菌のａｃｐＰ遺伝子のｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列を含み、アンチセンスオリゴマーと抗生物質との組み合わせは、抗生物質単独に比べて、抗生物質に対してＭＤＲ ＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒまたはＭＤＲ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉの感受性を相乗的に高める。
図１Ａは、ホスホロジアミデート連結を有する例示的なモルホリノオリゴマー構造を示す。図１Ｂ〜Ｅは、Ｂ〜Ｅと示される例示的なモルホリノオリゴマーの繰返しサブユニットセグメントを示す。図１Ｆ〜Ｈは、例示的なＰＰＭＯにおいて使用される例示的なペプチドＰＭＯコンジュゲート構造を示す。 図１Ａは、ホスホロジアミデート連結を有する例示的なモルホリノオリゴマー構造を示す。図１Ｂ〜Ｅは、Ｂ〜Ｅと示される例示的なモルホリノオリゴマーの繰返しサブユニットセグメントを示す。図１Ｆ〜Ｈは、例示的なＰＰＭＯにおいて使用される例示的なペプチドＰＭＯコンジュゲート構造を示す。
図２Ａは、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃２により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約１ｌｏｇ低下しただけではなく、トブラマイシンと組み合わせると、対照に比べて、細菌の成長が４ｌｏｇを超えて相乗的に低下したことを示す。トブラマイシンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対して有意な効果を有しなかった。図２Ｂ（線形目盛）および図２Ｃ（対数目盛）は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃１の量を増加させることにより、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株に対してトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。 図２Ａは、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃２により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約１ｌｏｇ低下しただけではなく、トブラマイシンと組み合わせると、対照に比べて、細菌の成長が４ｌｏｇを超えて相乗的に低下したことを示す。トブラマイシンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対して有意な効果を有しなかった。図２Ｂ（線形目盛）および図２Ｃ（対数目盛）は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃１の量を増加させることにより、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株に対してトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。 図２Ａは、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃２により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約１ｌｏｇ低下しただけではなく、トブラマイシンと組み合わせると、対照に比べて、細菌の成長が４ｌｏｇを超えて相乗的に低下したことを示す。トブラマイシンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対して有意な効果を有しなかった。図２Ｂ（線形目盛）および図２Ｃ（対数目盛）は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃１の量を増加させることにより、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株に対してトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。
図３は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約６ｌｏｇ低下しただけではなく、コリスチンと組み合わせると、検出不能なレベル（ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ単独と比べて、さらに約３ｌｏｇ）まで細菌の成長が相乗的に低下したことを示す。コリスチンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対するこの重要な効果を有していなかった。
図４は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約５ｌｏｇ低下しただけではなく、メロペネムと組み合わせると、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ単独と比べて、細菌の成長がさらに約２ｌｏｇ相乗的に低下したことを示す。メロペネムおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対するこの有意な効果を有していなかった。
図５は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約６ｌｏｇ低下しただけではなく、トブラマイシンと組み合わせると、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ単独と比べて、細菌がさらに約１ｌｏｇ相乗的に低下したことを示す。トブラマイシンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対するこの有意な効果を有していなかった。
図６は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７の量を増加させることにより、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対してコリスチンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。
図７は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７の量を増加させることにより、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対してメロペネムの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。
図８は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７の量を増加させることにより、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対してトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。
図９Ａ〜９Ｃは、様々なＰＰＭＯおよびＳｃｒ対照を用いた、富培地（ｒｉｃｈ ｍｅｄｉａ）および最少培地でのＥ．ｃｏｌｉおよびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ株のＭＩＣの比較を示す。図９Ａは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃２）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃４）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃５）、ｍｕｒＡ（ＰＰＭＯ＃２４）、およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＥ．ｃｏｌｉ Ｗ３１１０の結果を示す。図９Ｂ〜９Ｃは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃７）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃８）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１４）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３３）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３４）、ｒｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃２９）およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥ（９Ｂ）ならびにＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ００５７（９Ｃ）の結果を示す。細菌は、ＭＨＩＩ（黒色棒）またはＡＢ最少培地（灰色棒）のどちらかで攻撃した。 図９Ａ〜９Ｃは、様々なＰＰＭＯおよびＳｃｒ対照を用いた、富培地および最少培地でのＥ．ｃｏｌｉおよびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ株のＭＩＣの比較を示す。図９Ａは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃２）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃４）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃５）、ｍｕｒＡ（ＰＰＭＯ＃２４）、およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＥ．ｃｏｌｉ Ｗ３１１０の結果を示す。図９Ｂ〜９Ｃは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃７）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃８）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１４）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３３）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３４）、ｒｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃２９）およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥ（９Ｂ）ならびにＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ００５７（９Ｃ）の結果を示す。細菌は、ＭＨＩＩ（黒色棒）またはＡＢ最少培地（灰色棒）のどちらかで攻撃した。 図９Ａ〜９Ｃは、様々なＰＰＭＯおよびＳｃｒ対照を用いた、富培地および最少培地でのＥ．ｃｏｌｉおよびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ株のＭＩＣの比較を示す。図９Ａは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃２）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃４）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃５）、ｍｕｒＡ（ＰＰＭＯ＃２４）、およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＥ．ｃｏｌｉ Ｗ３１１０の結果を示す。図９Ｂ〜９Ｃは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃７）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃８）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１４）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３３）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３４）、ｒｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃２９）およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥ（９Ｂ）ならびにＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ００５７（９Ｃ）の結果を示す。細菌は、ＭＨＩＩ（黒色棒）またはＡＢ最少培地（灰色棒）のどちらかで攻撃した。
図１０Ａ〜１０Ｃは、ａｃｐＰに対して標的化されるＰＰＭＯでの攻撃の際の、Ｅ．ｃｏｌｉ １１０１８５１、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥおよび００５７の成長に及ぼす最小殺菌（ＭＢＣ）生存度アッセイの動態を示す。培養物は、示されている通り、様々な濃度のＰＰＭＯを用いて、３７℃で好気的に成長させた。明記した時間に試料を採取し、１５０ｍＭ ＮａＣｌに逆希釈（ｂａｃｋ−ｄｉｌｕｔｅ）し、血液寒天上で平板培養した。プレートを１８時間、インキュベートし、得られたコロニー数を使用してＣＦＵ／ｍＬを決定した。図１０Ａは、ａｃｐＰ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃３）および（ＲＦＲ）４−スクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＥ．ｃｏｌｉ １１０１８５１の結果を示す。図１０Ｂ〜１０Ｃは、ａｃｐＰ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃７）および（ＲＸＲ）４−スクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥおよびＡＢ００５７の結果をそれぞれ示す。
図１１Ａ〜１１Ｌは、薄切片化したＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥの透過型電子顕微鏡検査（ＴＥＭ）を示す。図１１Ａ〜１１Ｂは、ＰＰＭＯによる処置前のＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥを示し、図１１Ｇ〜１１Ｈは、単独で６時間、インキュベートした後を示す。図１１Ｃ〜１１Ｄは、０時間における４０μＭのスクランブル対照の結果を示し、図１１Ｉ〜１１Ｊは、６時間の処置時における、４０μＭのスクランブル対照の結果を示す。図１１Ｅ〜１１Ｆは、０時間における４０μＭのａｃｐＰの結果を示し、図１１Ｋ〜１１Ｌは、６時間の処置時における、４０μＭの結果を示す。ＣＷ：細胞壁セクション、矢印は細胞壁の崩壊を指す。
図１２Ａ〜１２Ｆは、多剤耐性Ｅ．ｃｏｌｉ株ＡＩＳ０７０８３４に対する、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯと３種の異なる抗生物質との間の相乗作用を示す。コリスチン、メロペネムおよびトブラマイシンのＭＩＣは、様々な濃度のａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃１）またはスクランブル（Ｓｃｒ）対照ＰＰＭＯを用いて測定した。生存細胞は、抗生物質単独、ＰＰＭＯ単独、またはそれらの組み合わせで２４時間の培養後に計数した。図１２Ａ〜１２Ｂはコリスチンの結果を示し、図１２Ｃ〜１２Ｄはメロペネムの結果を示し、図１２Ｅ〜１２Ｆはトブラマイシンの結果を示す。すべての場合において、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯにより、試験した抗生物質のＭＩＣは有意に低下した。遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢも試験し、それ自体は、測定不能なＭＩＣ（データは図示せず）を有した。エラーバーは、標準偏差（すべての実験についてＮ＝２）を示す。 図１２Ａ〜１２Ｆは、多剤耐性Ｅ．ｃｏｌｉ株ＡＩＳ０７０８３４に対する、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯと３種の異なる抗生物質との間の相乗作用を示す。コリスチン、メロペネムおよびトブラマイシンのＭＩＣは、様々な濃度のａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃１）またはスクランブル（Ｓｃｒ）対照ＰＰＭＯを用いて測定した。生存細胞は、抗生物質単独、ＰＰＭＯ単独、またはそれらの組み合わせで２４時間の培養後に計数した。図１２Ａ〜１２Ｂはコリスチンの結果を示し、図１２Ｃ〜１２Ｄはメロペネムの結果を示し、図１２Ｅ〜１２Ｆはトブラマイシンの結果を示す。すべての場合において、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯにより、試験した抗生物質のＭＩＣは有意に低下した。遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢも試験し、それ自体は、測定不能なＭＩＣ（データは図示せず）を有した。エラーバーは、標準偏差（すべての実験についてＮ＝２）を示す。 図１２Ａ〜１２Ｆは、多剤耐性Ｅ．ｃｏｌｉ株ＡＩＳ０７０８３４に対する、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯと３種の異なる抗生物質との間の相乗作用を示す。コリスチン、メロペネムおよびトブラマイシンのＭＩＣは、様々な濃度のａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃１）またはスクランブル（Ｓｃｒ）対照ＰＰＭＯを用いて測定した。生存細胞は、抗生物質単独、ＰＰＭＯ単独、またはそれらの組み合わせで２４時間の培養後に計数した。図１２Ａ〜１２Ｂはコリスチンの結果を示し、図１２Ｃ〜１２Ｄはメロペネムの結果を示し、図１２Ｅ〜１２Ｆはトブラマイシンの結果を示す。すべての場合において、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯにより、試験した抗生物質のＭＩＣは有意に低下した。遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢも試験し、それ自体は、測定不能なＭＩＣ（データは図示せず）を有した。エラーバーは、標準偏差（すべての実験についてＮ＝２）を示す。
図１３Ａ〜１３Ｄは、選択した細菌株における、様々な遺伝子に対して標的化されるＰＰＭＯのＭＩＣを示す。図１３Ａは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｂは、ＭＯＰＳ最少培地において成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｃは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。図１３Ｄは、ＡＢ最少培地において成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。 図１３Ａ〜１３Ｄは、選択した細菌株における、様々な遺伝子に対して標的化されるＰＰＭＯのＭＩＣを示す。図１３Ａは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｂは、ＭＯＰＳ最少培地において成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｃは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。図１３Ｄは、ＡＢ最少培地において成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。 図１３Ａ〜１３Ｄは、選択した細菌株における、様々な遺伝子に対して標的化されるＰＰＭＯのＭＩＣを示す。図１３Ａは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｂは、ＭＯＰＳ最少培地において成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｃは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。図１３Ｄは、ＡＢ最少培地において成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。 図１３Ａ〜１３Ｄは、選択した細菌株における、様々な遺伝子に対して標的化されるＰＰＭＯのＭＩＣを示す。図１３Ａは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｂは、ＭＯＰＳ最少培地において成長させたＥ．ｃｏｌｉ株の結果を示す。図１３Ｃは、ＭＨＩＩにおいて成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。図１３Ｄは、ＡＢ最少培地において成長させたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種の結果を示す。
図１４Ａ〜１４Ｆは、３種の抗生物質とのｆｔｓＺ ＰＰＭＯの相乗作用を示す。多剤耐性Ｅ．ｃｏｌｉ ＡＩＳ０７０８３４を指標として使用し、様々な濃度のｆｔｓＺ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃４６）またはスクランブル（Ｓｃｒ）ＰＰＭＯ（Ｓｃｒ−１）を用いて、古典的な抗生物質のＭＩＣ（図１４Ａ、図１４Ｃ、図１４Ｅ）を測定した。抗生物質を用いて、またはＰＰＭＯ単独で、および相乗作用が明白である組み合わせで、２４時間培養後、生存細胞を計数した（図１４Ｂ、図１４Ｄ、図１４Ｆ）。抗生物質との相乗作用について、遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢも試験したが、それ自体は、測定不能なＭＩＣ（データは図示せず）を有した。エラーバーは標準偏差を示す。すべての実験について、Ｎ＝２。
図１５Ａ〜１５Ｂは、Ｅ．ｃｏｌｉ ＳＭＳ−３−５における、耐性遺伝子を標的化する、添加されたＰＰＭＯによる古典的な抗生物質の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を示す。（図１５Ａ）ｂｌａＴ−（ＲＸＲ）４ＸＢ（ＰＰＭＯ＃６６）によるアンピシリンのＭＩＣ。（図１５Ｂ）ｃｍｌＡ−（ＲＸＲ）４ＸＢ（ＰＰＭＯ＃６７）によるクロラムフェニコール（ｃｈｌｏｒａｍｐｈｅｍｉｃｏｌ）のＭＩＣ。Ｎ＝３。
図１６Ａ〜１６Ｂは、非必須耐性遺伝子のＰＰＭＯ媒介性ノックダウンにより、古典的な抗生物質の効力が回復することを示すことを示す。グラフは、（図１６Ａ）富栄養培地と（図１６Ｂ）最少培地の両方において、ＰＰＭＯ（ａｄｅＡ−（ＲＸＲ）４ＸＢ（ＰＰＭＯ＃６５）、Ｓｃｒ−（ＲＸＲ）４ＸＢ（Ｓｃｒ−２）、およびペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢ、図示せず）を独立して、およびトブラマイシンと共に、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ株のＡＹＥに希釈することにより行ったＭＩＣを示す。Ｎ＝３。
定義
他に定義しない限り、本明細書において使用するすべての技術用語および科学用語は、技術分野における当業者が一般に理解するのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと同様または同等な任意の方法および材料を本開示の実施または試験において使用することができるが、好ましい方法および材料を記載する。本開示の目的のために、下記の用語を下で定義する。
冠詞「ａ」および「ａｎ」は、本明細書において１つまたは１つ超（すなわち、少なくとも１つ）の、冠詞の文法上の目的を指すために使用される。例として、「要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または１つ超の要素を意味する。
「約」は、参照の含量（ｑｕａｎｔｉｔｙ）、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、または長さと、３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１％ほど変化する、含量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
「コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のためのコードに寄与する任意の核酸配列を意味する。対照的に、用語「非コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のためのコードに直接寄与しない任意の核酸配列を指す。
本明細書を通じて、文脈上他に要求されない限り、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」および「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、表示されたステップもしくは要素、またはステップもしくは要素の群を含むことを暗示するが、任意の他のステップもしくは要素、またはステップもしくは要素の群の除外することを暗示しないと理解される。
「からなる」は、語句「からなる」に続くいかなるものを含み、これらに限定されることを意味する。このように、語句「からなる」は、列挙された要素が必要とされるか、または必須であり、他の要素が存在し得ないことを示す。「から本質的になる」は、語句の後に列挙される任意の要素を含み、列挙された要素について本開示において特定される活性もしくは作用を妨げないか、またはこれの一因とならない他の要素に限定されることを意味する。このように、語句「から本質的になる」は、列挙された要素が必要とされるかまたは必須であるが、他の要素は任意選択であり、他の要素が列挙された要素の活性または作用に物質的に影響を与えるかどうかによって、存在してもしなくてもよいことを示す。
本明細書において使用する場合、用語「細胞を接触させること」、「導入すること」または「送達すること」は、当技術分野で通例の方法、例えば、トランスフェクション（例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、ポリエチレンイミン）、電気穿孔法（例えば、ヌクレオフェクション（ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｉｏｎ））、マイクロインジェクション、形質転換、および投与による細胞中への本明細書に記載のオリゴマーの送達を含む。
用語「細胞透過性ペプチド」（ＣＰＰ）または「細胞の取込みを増進するペプチド部分」は互換的に使用され、「輸送ペプチド」、「担体ペプチド」、または「ペプチド形質導入ドメイン」とも称されるカチオン性細胞透過性ペプチドを指す。一部の態様では、ペプチドは、所与の集団の細胞の約または少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％以内の細胞透過を誘発する能力を有し、かつ／または全身的投与の際にｉｎ ｖｉｖｏでの複数の組織への、または複数の組織内の巨大分子トランスロケーションを可能とする。ＣＰＰの特定の例は、「アルギニンに富んだペプチド」を含む。ＣＰＰは当技術分野において周知であり、例えば、参照によりそれら全ての全体が組み込まれている米国特許出願第２０１０／００１６２１５号ならびに国際特許出願公開第ＷＯ２００４／０９７０１７号、第ＷＯ２００９／００５７９３号、および第ＷＯ２０１２／１５０９６０号に開示されている。
「電子対」は、他の原子と結合または共有していない電子の原子価対を指す。
「相同性」は、同一であるか、または保存的置換を構成するアミノ酸の百分率数を指す。相同性は、配列比較プログラム、例えば、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒａｕｘら、１９８４年、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１２巻、３８７〜３９５頁）またはＢＬＡＳＴを使用して決定し得る。このように、本明細書において引用したものと同様または実質的に異なる長さの配列は、アラインメント中へのギャップの挿入によって比較することができたが、このようなギャップは、例えば、ＧＡＰによって使用される比較アルゴリズムによって決定される。
「単離した」は、その天然状態で材料に通常付随する構成成分を実質的または本質的に非含有である材料を意味する。例えば、「単離したポリヌクレオチド」または「単離したオリゴマー」は、本明細書において使用する場合、天然に存在する状態でポリヌクレオチドを挟む配列から精製または除去されているポリヌクレオチド、例えば、ゲノム中のフラグメントに隣接する配列から除去されたＤＮＡフラグメントを指し得る。用語「単離すること」は、細胞に関するときに、供給源の被験体（例えば、ポリヌクレオチド反復疾患を有する被験体）からの細胞（例えば、線維芽細胞、リンパ芽球）の精製を指す。ｍＲＮＡまたはタンパク質との関連で、「単離すること」は、供給源、例えば、細胞からのｍＲＮＡまたはタンパク質の回収を指す。
用語「モジュレートする」は、任意選択で明確な量および／または統計的に有意な量だけ、１つまたは複数の定量化できるパラメーターを「増加させる」か、または「減少させる」ことを含む。「増加する」もしくは「増加すること」、「増進する」もしくは「増進すること」または「刺激する」もしくは「刺激すること」は一般に、アンチセンス化合物なしまたは対照化合物のいずれかによってもたらされる応答に対して、１種または複数のアンチセンス化合物または組成物が、細胞または被験体においてより大きな生理学的応答（すなわち、下流効果）を生じさせるか、または引き起こす能力を指す。関連性のある生理学的応答または細胞応答（ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏでの）は、当業者には明らかである。「増加した」または「増進した」量は典型的には、「統計的に有意な」量であり、アンチセンス化合物なし（薬剤が存在しない）または対照化合物によって生成される量の１．１、１．２、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０倍もしくは５０倍を超える（例えば、５００倍、１０００倍）（すべての整数、およびその間の範囲および１超を含めた、例えば、１．５、１．６、１．７、１．８）増加を含み得る。用語「低減させる」または「阻害する」は一般に、１種または複数のアンチセンス化合物または組成物が、診断の技術分野における通例の技術によって測定すると、関連性のある生理学的応答または細胞応答、例えば、本明細書に記載されている疾患または状態の症状を「減少させる」能力に関し得る。関連性のある生理学的応答または細胞応答（ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏでの）は当業者には明らかであり、細菌細胞成長の低減、抗微生物剤の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）の低減などを含み得る。応答における「減少」は、アンチセンス化合物なしまたは対照組成物によって生じた応答と比較して「統計的に有意」であってよく、すべての整数およびその間の範囲を含めた、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の減少を含み得る。
本明細書において使用する場合、「アンチセンスオリゴマー」、「オリゴマー」または「オリゴマー」は、ヌクレオチド、またはヌクレオチド類似体の直鎖状配列を指し、これは核酸塩基がワトソン−クリック塩基対合によってＲＮＡにおける標的配列とハイブリダイズし、標的配列内でオリゴマー：ＲＮＡヘテロ二重鎖を形成することを可能にする。用語「アンチセンスオリゴマー」、「アンチセンスオリゴマー」、「オリゴマー」および「化合物」は、互換的に使用され、オリゴマーを指し得る。環状サブユニットは、リボースもしくは別のペントース糖、またはある特定の実施形態では、モルホリノ基（下記のモルホリノオリゴマーの記載を参照されたい）をベースとし得る。
用語「オリゴマー」、「オリゴマー」または「アンチセンスオリゴマー」はまた、例えば、その３’末端または５’末端においてオリゴマーにコンジュゲートしている１つまたは複数のさらなる部分を有するオリゴマー、例えば、ポリエチレングリコール部分または他の親水性ポリマー、例えば、溶解度を増進することにおいて有用であり得る１０〜１００個のモノマーサブユニットを有するもの、または標的細菌細胞中への化合物の取込みを増進し、かつ／もしくは細胞内の化合物の活性を増進し、例えば、標的ポリヌクレオチドへのその結合を増進するのに有効な部分、例えば、脂質もしくはペプチド部分を包含する。
「ヌクレアーゼ耐性」オリゴマーは、体内または細菌細胞内の一般の細胞外および細胞内ヌクレアーゼ（例えば、エクソヌクレアーゼ、例えば、３’−エクソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、ＲＮａｓｅ Ｈによる）によって、非ハイブリダイズ形態またはハイブリダイズ形態で、その骨格がヌクレアーゼ切断に対して実質的に耐性であるものを指し、すなわち、オリゴマーは、オリゴマーが曝露される通常のヌクレアーゼ条件下でヌクレアーゼ切断をほとんど示さないか、ヌクレアーゼ切断を示さない。「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二重鎖」は、ヘテロ二重鎖が二本鎖ＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡ複合体を切断することができる細胞内および細胞外ヌクレアーゼによるｉｎ ｖｉｖｏでの分解に対して実質的に耐性であるような、その相補的標的へのアンチセンスオリゴマーの結合によって形成されたヘテロ二重鎖を指す。「ヘテロ二重鎖」は、アンチセンスオリゴマー、および標的ＲＮＡの相補的部分の間の二重鎖を指す。
本明細書において使用する場合、「核酸塩基」（Ｎｕ）、「塩基対合部分」または「塩基」は、互換的に使用され、天然ＤＮＡまたはＲＮＡにおいて見出されるプリンまたはピリミジン塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン）、ならびに改善された特性、例えば、オリゴマーへの結合親和性を付与する天然に存在するプリンおよびピリミジンの類似体を指す。例示的な類似体は、ヒポキサンチン（ヌクレオシドイノシンの塩基構成成分）；２，６−ジアミノプリン；５−メチルシトシン；Ｃ５−プロピニル−修飾ピリミジン；９−（アミノエトキシ）フェノキサジン（Ｇ−クランプ）などを含む。
リボース、糖類似体またはモルホリノに共有結合的に連結している核酸塩基は、ヌクレオシドを含む。「ヌクレオチド」は、１個のリン酸基と一緒にヌクレオシドから構成される。リン酸基は、隣接するヌクレオチドを互いに共有結合的に連結し、オリゴマーを形成させる。
オリゴマーが、生理学的条件下で、実質的に４０℃超または４５℃超、好ましくは、少なくとも５０℃、および典型的には、６０℃〜８０℃もしくはそれ超のＴｍで標的とハイブリダイズする場合、オリゴマーは、標的配列と「特異的にハイブリダイズする」。このようなハイブリダイゼーションは好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に対応する。所与のイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的ポリヌクレオチドとハイブリダイズする温度である。このようなハイブリダイゼーションは、標的配列に対するアンチセンスオリゴマーの「ほとんど」または「実質的な」相補性、および正確な相補性を伴って起こり得る。
本明細書において使用する場合、「十分な長さ」は、細菌ｍＲＮＡ標的配列の領域における、少なくとも約８、より典型的には、約８〜１０、８〜１１、８〜１２、８〜１３、８〜１４、８〜１５、８〜１６、８〜１７、８〜１８、８〜１９、８〜２０、８〜３０、８〜４０、または１０〜１１、１０〜１２、１０〜１３、１０〜１４、１０〜１５、１０〜１６、１０〜１７、１０〜１８、１０〜１９、１０〜２０、１０〜３０、１０〜４０（すべての整数およびその間の範囲を含めた）の連続しているかもしくは連続していない核酸塩基に対して相補的であるアンチセンスオリゴマーを含む。十分な長さのアンチセンスオリゴマーは、細菌ｍＲＮＡ標的の領域と特異的にハイブリダイズすることができる少なくとも最小数のヌクレオチドを有する。好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、長さが８〜３０ヌクレオチド、例えば、長さが約１０〜２０ヌクレオチドである。
用語「配列同一性」または、例えば、「と５０％同一の配列」を含むことは、本明細書において使用する場合、配列が、比較のウィンドウにわたり、ヌクレオチドごとにまたはアミノ酸ごとに同一である程度を指す。このように、「配列同一性の百分率」は、比較のウィンドウにわたり２つの最適に整列した配列を比較し、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）または同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、ＣｙｓおよびＭｅｔ）が両方の配列において存在する位置の数を決定して、マッチした位置の数を得て、マッチした位置の数を比較のウィンドウ（すなわち、ウィンドウサイズ）における位置の総数で除算し、結果を１００で乗じて、配列同一性の百分率を得ることによって計算し得る。比較ウィンドウを整列させるための配列の最適なアラインメントは、アルゴリズムのコンピュータ化実装（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ Ｒｅｌｅａｓｅ ７．０、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、５７５Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．、ＵＳＡにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）によって、または選択した様々な方法のいずれかによって生じさせた検査および最良のアラインメント（すなわち、比較ウィンドウにわたる最も高い百分率の相同性をもたらす）によって行い得る。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２５巻：３３８９頁、１９９７年によって開示されているようなＢＬＡＳＴファミリーのプログラムも参照し得る。
「被験体」または「それを必要とする被験体」は、哺乳動物被験体、例えば、ヒト被験体を含む。
用語「ＴＥＧ」、「ＥＧ３」または「トリエチレングリコールテール」は、例えば、その３’末端または５’末端においてオリゴマーにコンジュゲートしているトリエチレングリコール部分を指す。例えば、一部の実施形態では、「ＴＥＧ」は、例えば、式（Ｉ）、（ＩＩ）、または（ＩＩＩ）の化合物のＴが、式：
のものであることを含む。
用語「ｐｉｐ−ＰＤＡ」は、Ｇ基リンカーおよびピペラジニル窒素の間のアミド結合によって、Ｇ基（Ｇ基は、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）および下記でさらに考察するリンカー部分を含む）をオリゴマーの５’末端に接続する、５’末端ピペラジン−ホスホロジアミデート部分を指す。例えば、一部の実施形態では、「ｐｉｐ−ＰＤＡ」は、式（Ｉ）または（ＩＩ）の化合物のＴが、式：
のものであることを含む。
用語「標的配列」は、それに対してアンチセンスオリゴマーが対象としている標的ＲＮＡ、例えば、細菌ｍＲＮＡの一部、すなわち、オリゴマーが相補的配列のワトソン−クリック塩基対合によってハイブリダイズする配列を指す。ある特定の実施形態では、標的配列は、細菌遺伝子の翻訳開始領域の連続する領域であり得る。
用語「標的化配列」または「アンチセンス標的化配列」は、ＲＮＡ、例えば、細菌ｍＲＮＡ中の標的配列に対して相補的または実質的に相補的であるオリゴマー中の配列を指す。アンチセンス化合物の全配列、または一部のみは、標的配列に対して相補的であり得る。例えば、約１０〜３０塩基のオリゴマーにおいて、その塩基のうち約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、または２９個は、標的領域に対して相補的である標的化配列であり得る。典型的には、標的化配列は、連続する塩基で形成されるが、代わりに、例えば、オリゴマーの反対の末端から一緒に置かれたとき、標的配列にまたがる配列を構成する、連続していない配列から形成され得る。
「標的化配列」は、標的配列に対する「ほとんど」または「実質的な」相補性を有し、本開示の目的のために依然として機能し、すなわち、依然として「相補的」であり得る。好ましくは、本開示において用いられるオリゴマー類似体化合物は、１０ヌクレオチドのうち標的配列と最大で１つのミスマッチ、好ましくは、２０ヌクレオチドのうち最大で１つのミスマッチを有する。代わりに、用いられるアンチセンスオリゴマーは、本明細書において示すような例示的な標的化配列と、少なくとも９０％の配列相同性、好ましくは、少なくとも９５％の配列相同性を有する。
本明細書において使用する場合、用語「定量化すること」、「定量化」または他の関連する単語は、核酸、ポリヌクレオチド、オリゴマー、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の、単位体積における含量、質量、または濃度を決定することを指す。
本明細書において使用する場合、被験体（例えば、哺乳動物、例えば、ヒト）または細胞の「処置」は、個体または細胞の自然経過を変化させる試みにおいて使用される任意のタイプの介入である。処置には、これらに限定されないが、医薬組成物の投与が含まれ、予防的に、または病的事象の開始もしくは病原因子との接触の後に行われ得る。また含まれるのは、処置される疾患もしくは状態の進行の速度を低減させるか、その疾患もしくは状態の発生を遅延させるか、またはその発生の重症度を低減させることを対象とすることができる「予防的」処置である。「処置」または「予防法」は、疾患もしくは状態、またはその関連する症状の完全な根絶、治癒、または予防を必ずしも示さない。
ＩＩ．細菌の標的化配列
ある特定の実施形態は、生化学的経路および／または細胞プロセスにおける遺伝子をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性のものである、アンチセンスオリゴマー、ならびに関連する組成物および方法に関する。一般的な例は、細胞分裂、全体的な遺伝子調節機序、脂肪酸生合成、リボソームタンパク質、ＤＮＡ複製、転写、翻訳開始、リポポリサッカライド生合成、ペプチドグリカン生合成、核酸生合成、中間代謝および抗生物質耐性を含む。生化学的経路および細胞プロセスにおける遺伝子の特定の例は、ｒｐｓＪおよびｒｐｍＢ（リボソームタンパク質）；ｌｐｘＣ、ｗａａＣ、ｗａａＧ、ｗａａＡ、ｗａａＦ、ｌｐｘＡおよびｌｐｘＢ（リポポリサッカライド生合成）；ｍｕｒＡ（以前はｍｕｒＺとして公知）、ｍｒａＹ、ｍｕｒＣ、ｍｕｒＢ、ｍｕｒＥ、ｍｕｒＦおよびｍｕｒＧ（ペプチドグリカン生合成）；ｆａｂＧ、ａｃｐＰ、ａｃｃＡ、ａｃｃＢおよびｆａｂＺ（脂肪酸生合成）；ａｄｋ（細胞エネルギーホメオスタシス）；ｉｎｆＡ（抗転写終結（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｔｉｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ）および／またはタンパク質合成）；ｆｔｓＺ（細胞分裂）；ｒｐｏＤ（ＲＮＡ合成）；ａｒｏＣ（芳香族化合物の生合成）を含む。抗生物質耐性遺伝子の例には、ｂｌａＴ、ｃｍｌおよびａｄｅＡが含まれる。一部の実施形態では、遺伝子をコードするｍＲＮＡ標的配列は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、例えばＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉに由来する。一部の実施形態では、遺伝子をコードするｍＲＮＡ標的配列は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、例えばＥ．ｃｏｌｉに由来する。
一部の実施形態では、細菌標的は、脂肪酸の生合成と関連する遺伝子またはタンパク質である。脂肪酸生合成と関連するタンパク質の一般例は、中間の脂肪酸鎖の安定化、および脂肪酸シンターゼ複合体中の酵素のそれぞれへの中間の脂肪酸鎖のシャトリングにおいて重要な役割を果たすアシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）、例えば、ＡｃｐＰ；４’−ホスホパンテテイン補欠分子族をａｐｏ−ＡＣＰに移動して、機能的ホロ−ＡＣＰを形成させる酵素であるアシルキャリアータンパク質シンターゼ（ＡｃｐＳ）；脂肪酸生合成の最初の方向決定ステップ（ｃｏｍｍｉｔｔｅｄ ｓｔｅｐ）におけるマロニル−ＣｏＡへのアセチル−ＣｏＡの変換を触媒する４種のタンパク質から構成される酵素であるアセチル−ＣｏＡカルボキシラーゼ：ＡｃｃＡ（ビオチンからアセチル−ＣｏＡへのカルボキシル基の転移を触媒してマロニル−ＣｏＡを形成するカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニット）、ＡｃｃＢ（カルボキシル末端の近傍のリシン残基に共有結合的に付着しているビオチン補欠分子族を運搬するビオチンカルボキシルキャリアータンパク質であるＢＣＣＰ）、ＡｃｃＣ（重炭酸塩によるタンパク質結合性ビオチンのカルボキシル化を触媒するビオチンカルボキシラーゼ）、ＡｃｃＤ（ビオチンからアセチル−ＣｏＡへのカルボキシル基の転移を触媒してマロニル−ＣｏＡを形成するカルボキシルトランスフェラーゼベータサブユニット）；成長している脂肪酸鎖上の伸長または適合ステップのいずれかをそれぞれ触媒する脂肪酸生合成（Ｆａｂ）酵素、例えば、ＦａｂＡ、ＦａｂＩ、ＦａｂＦ、ＦａｂＢ、ＦａｂＤ、ＦａｂＨ、ＦａｂＧおよびＦａｂＺを含む。脂肪酸生合成と関連する遺伝子の特定の例は、ａｃｐＰおよびカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットａｃｃＡを含む。アシルキャリアータンパク質ａｃｐＰ遺伝子の例示的な翻訳開始コドン領域配列を、下記の表１において提供する。
したがって、具体的な実施形態は、アシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）をコードする細菌のａｃｐＰ遺伝子のｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性のものである、アンチセンスオリゴマー、ならびに関連組成物および方法に関する。一部の実施形態では、ａｃｐＰ遺伝子は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、例えばＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉに由来する。一部の実施形態では、ａｃｐＰ遺伝子は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、例えばＥ．ｃｏｌｉに由来する。
細菌の細胞壁であるペプチドグリカンは、形状の維持および浸透圧性ショック溶解からの防御に関与する、必須の細胞構成成分である。Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉのペプチドグリカンは、ペンタペプチドが付着しているＮ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）およびＮ−アセチルムラミン酸から構成される基本的な構成要素から組み立てられている。一部の実施形態では、細菌の標的は、ペプチドグリカン生合成に関連する遺伝子またはタンパク質である。ペプチドグリカン生合成に関連する遺伝子の特定の例には、ｍｕｒＡ（以前はｍｕｒＺとして公知）が含まれ、これは、ペプチドグリカン生合成の最初の方向決定ステップ（ｃｏｍｍｉｔｔｅｄ ｓｔｅｐ）を触媒する、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼをコードする。この酵素は、ホスホエノールピルベートからＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンの３−ＯＨへのエノールピルベートの転移を触媒する。
リボソームは、ｍＲＮＡ分子のタンパク質への翻訳に重要である極めて重要である。一部の実施形態では、細菌の標的は、リボソームタンパク質に関連する遺伝子またはタンパク質である。リボソームタンパク質に関連する遺伝子の特定の例には、ｒｐｍＢ、すなわち、リボソームの組立ておよび翻訳にとって不可欠な５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８である。
一部の実施形態では、細菌の標的は、細胞エネルギーホメオスタシスに関連する遺伝子またはタンパク質である。細胞エネルギーホメオスタシスに関連する遺伝子の特定の例には、アデニンヌクレオチドの相互変換（ｉｎｔｅｒｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎ）を触媒するホスホトランスフェラーゼ酵素をコードする、アデニル酸キナーゼ（ａｄｋ）遺伝子が含まれる。
一部の実施形態では、細菌の標的は、抗転写終結および／またはタンパク質生合成に関連する遺伝子またはタンパク質である。抗転写終結および／またはタンパク質生合成に関連する遺伝子の特定の例には、翻訳開始因子ＩＦ１が含まれる。ｉｎｆＡによってコードされるＩＦ１は、核酸の二次構造の結合および融解、ならびに抗転写終結において役割を果たし得る、Ｓ１様ドメインを含有するタンパク質である。他の機能には、７０Ｓリボソームの解離およびサブユニットの会合の速度の向上、ならびにＩＦ２およびＩＦ３などの他の翻訳開始因子の活性の刺激による翻訳開始の忠実性における関与も含まれ得る。
一部の実施形態では、細菌の標的は、細胞分裂に関連する遺伝子またはタンパク質である。細胞分裂に関連する遺伝子の特定の例には、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合するタンパク質をコードする、ｆｔｓＺ遺伝子が含まれる。これは、真核細胞タンパク質のチューブリンに対する原核生物のホモログである。
一部の実施形態では、細菌の標的は、ＲＮＡ合成に関連する遺伝子またはタンパク質である。ＲＮＡ合成に関連する遺伝子の特定の例には、ｒｐｏＤ遺伝子が含まれ、この遺伝子は、ポリメラーゼの遺伝子プロモーターへの結合を可能にし、細胞成長において大部分の遺伝子を転写するために重要な、ＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ（シグマ７０）因子をコードする。このシグマ因子によって認識される遺伝子は、転写開始点より１０ヌクレオチドおよび３５ヌクレオチド前に中心を置くプロモーターコンセンサス配列を有する。
芳香族化合物の生合成は、細菌細胞の成長および生存にとって重要である。シキミ酸経路は、他の芳香族化合物に対する中心的な前駆体である、コリスミ酸の合成をもたらす、微生物における生合成経路である。一部の実施形態では、細菌の標的は、芳香族化合物の生合成に関連する遺伝子またはタンパク質である。芳香族化合物の生合成に関連する遺伝子の特定の例には、ａｒｏＣ遺伝子が含まれ、この遺伝子は、コリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）、すなわち、５−エノールピルビルシキミ酸−３−ホスフェートのコリスミ酸への変換を触媒する、シキミ酸経路における最終酵素をコードする。
一部の実施形態では、遺伝子またはタンパク質は、少なくとも１つの抗微生物剤に対する細菌の耐性に関連しており、すなわち抗生物質耐性遺伝子である。抗生物質耐性遺伝子の一般的な例には、ある特定の抗微生物剤を酵素的に非活性化することができるベータ−ラクタマーゼ、および抗微生物剤の透過性または能動排出（ポンプアウト）を増加させるタンパク質が含まれる。抗生物質耐性遺伝子の特定の例には、ＴＥＭベータ−ラクタマーゼ（ｂｌａＴ）、クロラムフェニコール耐性遺伝子（ｃｍｌ）、および耐性−小結節形成−細胞分裂（ＲＮＤ）型多剤排出ポンプサブユニットＡｄｅＡ（ａｄｅＡ）が含まれる。
ある特定の実施形態では、標的配列は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンのすべてまたは一部分（例えば、１個または２個のヌクレオチド）を含有する。一部の実施形態では、標的配列は、共通開始コドンおよび選択的開始コドン（例えば、ＡＵＧ、ＧＵＧ、ＵＵＧ、ＡＵＵ、ＣＵＧ）を含めた、細菌ｍＲＮＡ標的配列の翻訳開始コドンの上流または下流の、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０塩基である配列、またはそれ以内の配列を含有する。例えば、特定の実施形態では、細菌ｍＲＮＡのＡＵＧ開始コドンにおいて、標的配列の５’末端は、アデニン、ウラシルまたはグアニンヌクレオチド（それぞれ）である。一部の実施形態では、細菌ｍＲＮＡのＧＵＧ開始コドンにおいて、標的配列の５’末端は、グアニン、ウラシルまたはグアニンヌクレオチド（それぞれ）である。一部の実施形態では、細菌ｍＲＮＡのＵＵＧ開始コドンにおいて、標的配列の５’末端は、ウラシル、ウラシルまたはグアニンヌクレオチド（それぞれ）である。一部の実施形態では、標的配列の５’末端または３末端は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの最後（第３）のヌクレオチドの下流の、残基１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０で始まる。一部の実施形態では、標的配列の５’末端または３末端は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの最初のヌクレオチドの上流の、残基１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０で始まる。
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉおよびＥ．ｃｏｌｉに由来する例示的な標的遺伝子の標的配列は、以下の表１に提供されている。
このように、ある特定の実施形態では、アンチセンス標的化配列は、表１において列挙した標的配列または本明細書に記載されている標的遺伝子（例えば、配列番号６９または７０）の１つまたは複数の領域にハイブリダイズするように設計されている。選択されたアンチセンス標的化配列は、より短く、例えば、約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５塩基、またはより長く、例えば、約２０、３０、もしくは４０塩基に作製することができ、配列が、標的配列へのハイブリダイゼーションの際に転写または翻訳を低減させるのに十分に相補的であり、かつ任意選択でＲＮＡと共に４５℃もしくはそれ超のＴｍを有するヘテロ二重鎖を形成する限りは、少数のミスマッチを含む。
ある特定の実施形態では、標的配列およびアンチセンス標的化配列の間の相補性の程度は、安定的な二重鎖を形成するのに十分である。標的ＲＮＡ配列とのアンチセンスオリゴマーの相補性の領域は、これらの範囲の間のすべての整数を含めた、８〜９塩基、８〜１０塩基、８〜１１塩基、８〜１２塩基、１０〜１１塩基、１０〜１２塩基ほどの短さであり得るが、１２〜１５塩基もしくはそれ超、例えば、１０〜４０塩基、１２〜３０塩基、１２〜２５塩基、１５〜２５塩基、１２〜２０塩基、または１５〜２０塩基であってよい。約１０〜１５塩基のアンチセンスオリゴマーは一般に、特有の相補的配列を有するのに十分に長い。ある特定の実施形態では、本明細書において考察されているように、相補的塩基の最小の長さを、必要な結合Ｔｍを達成するのに必要とし得る。
ある特定の実施形態では、４０塩基ほども長いオリゴマーが適切であり得、ここで、少なくとも最小数の塩基、例えば、１０〜１２塩基が、標的配列に対して相補的である。しかし、一般に、細胞における促進されたまたは能動取込みは、約３０塩基未満または約２０塩基未満のオリゴマー長さで最適化される。含まれるのは、約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０塩基からなるアンチセンスオリゴマーであり、ここでは少なくとも約６、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０の連続しているかもしくは連続していない塩基は、本明細書に記載されている標的遺伝子、例えば、表１の標的配列（例えば、配列番号６９または７０）に対して相補的である。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的配列に対して１００％相補的であり得るか、または、オリゴマーおよび標的配列の間に形成されるヘテロ二重鎖が、細胞ヌクレアーゼの作用、およびｉｎ ｖｉｖｏで起こり得る分解の他のモードを耐え、かつ標的化されたｍＲＮＡの発現を低減させるのに十分に安定的である限り、例えば、変異体を収容するようにミスマッチを含み得る。したがって、ある特定のオリゴマーは、オリゴマーおよび標的配列の間に約または少なくとも約７０％の配列相補性、例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列相補性を有し得る。ヌクレアーゼによる切断に対して影響されにくいオリゴマー骨格が、本明細書において考察されている。ミスマッチは、存在する場合、典型的には、中間におけるよりもハイブリッド二重鎖の末端領域に向かってより不安定化していない。許容されるミスマッチの数は、二重鎖安定性のよく理解された原理によって、オリゴマーの長さ、二重鎖中のＧ：Ｃ塩基対の百分率、および二重鎖中のミスマッチ（複数可）の位置によって決まる。このようなアンチセンスオリゴマーは標的配列に対して必ずしも１００％相補的でないが、例えば、標的ＲＮＡの翻訳が低減するように、標的配列に安定におよび特異的に結合することが有効である。
オリゴマーおよび標的配列の間に形成される二重鎖の安定性は、結合Ｔｍ、および細胞の酵素的切断に対する二重鎖の感受性の関数である。相補的配列ＲＮＡに関するオリゴマーのＴｍは、例えば、Ｈａｍｅｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ、１９８５年、１０７〜１０８頁によって記載されているもの、またはＭｉｙａｄａ Ｃ． Ｇ．およびＷａｌｌａｃｅ Ｒ． Ｂ．、１９８７年、Ｏｌｉｇｏｍｅｒ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．、第１５４巻、９４〜１０７頁に記載されているように、従来の方法によって測定され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、相補的配列ＲＮＡに関して、体温より高い、好ましくは、約４５℃超または５０℃超の結合Ｔｍを有し得る。６０〜８０℃の範囲またはそれ超のＴｍも含まれる。周知の原理によると、相補性をベースとするＲＮＡハイブリッドに関してオリゴマーのＴｍは、二重鎖におけるＣ：Ｇ対合塩基の比を増加させることによって、および／またはヘテロ二重鎖の長さ（塩基対で）を増加させることによって、増加させることができる。同時に、細胞の取込みを最適化する目的のために、オリゴマーのサイズを限定することが有利であり得る。
以下の表２Ａ〜Ｂは、本明細書において記載されているアンチセンスオリゴマーの例示的な標的化配列（５’から３’の方向で）を示す。
このように、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表２Ａ〜Ｂにおける標的化配列（例えば、配列番号１〜５６）またはその変異体、またはその連続しているかもしくは連続していない部分（複数可）を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる。例えば、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表２Ａ〜Ｂにおける標的化配列（例えば、配列番号１〜５６）のいずれかの約または少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、もしくは２７の連続しているかもしくは連続していないヌクレオチドを含む。連続していない部分について、介在するヌクレオチドを、欠失させるかもしくは異なるヌクレオチドで置換することができるか、または介在するヌクレオチドを加えることができる。変異体のさらなる例は、表２Ａ〜Ｂにおける標的化配列（例えば、配列番号１〜５６）のいずれかの全長にわたり、約または少なくとも約７０％の配列同一性または相同性、例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性または相同性を有するオリゴマーを含む。
アンチセンスオリゴマーおよびその変異体の活性は、当技術分野で通例の技術によってアッセイすることができる（例えば、実施例を参照されたい）。
ＩＩＩ．アンチセンスオリゴマー化合物
アンチセンスオリゴマーは典型的には、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズし、それによってタンパク質の発現（例えば、翻訳）を低減させるのに十分な長さおよび相補性の塩基配列を含む。オリゴマー化合物が細菌細胞によって能動的に取り込まれる能力を有し、一度取り込まれると、任意選択で約４０℃超または４５℃超のＴｍを有する、標的ｍＲＮＡと安定的な二重鎖（またはヘテロ二重鎖）を形成するとき、この必要条件を任意選択で満たす。
Ａ．アンチセンスオリゴマーの化学的特色
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーの骨格は実質的に非荷電であり、任意選択で細胞壁および／または細胞膜を横断する能動または促進輸送のための基質として認識される。標的ＲＮＡと安定的な二重鎖を形成するオリゴマーの能力はまた、標的に関するアンチセンスオリゴマーの長さおよび相補性の程度、Ｇ：ＣとＡ：Ｔ塩基マッチとの比、および任意のミスマッチした塩基の位置を含めた、骨格の他の特色に関し得る。アンチセンスオリゴマーが細胞ヌクレアーゼに耐える能力は、生存、および細胞への薬剤の最終送達を促進し得る。例示的なアンチセンスオリゴマー標的化配列を、表２Ａ〜Ｂ（上述）において列挙する。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、モルホリノをベースとするオリゴマー、例えば、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。モルホリノをベースとするオリゴマーは、核酸塩基を支持するモルホリノサブユニットを含み、リボースの代わりに、モルホリン環を含有するオリゴマーを指す。例示的なヌクレオシド間連結は、例えば、１つのモルホリノサブユニットのモルホリン環窒素を隣接するモルホリノサブユニットの４’環外炭素に接合するホスホルアミデートまたはホスホロジアミデートヌクレオシド間連結を含む。各モルホリノサブユニットは、塩基特異的水素結合によって、オリゴマー中の塩基に結合するのに有効なプリンまたはピリミジン核酸塩基を含む。
モルホリノをベースとするオリゴマー（アンチセンスオリゴマーを含めた）は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれている、米国特許第５，６９８，６８５号；同第５，２１７，８６６号；同第５，１４２，０４７号；同第５，０３４，５０６号；同第５，１６６，３１５号；同第５，１８５，４４４号；同第５，５２１，０６３号；同第５，５０６，３３７号ならびに係属中の米国特許出願第１２／２７１，０３６号；同第１２／２７１，０４０号；ならびにＰＣＴ特許出願公開第ＷＯ／２００９／０６４４７１号および同第ＷＯ／２０１２／０４３７３０号ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎら、１９９７年、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ａｎｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ、７巻、１８７〜１９５頁において詳述されている。
オリゴマー構造内で、リン酸基は一般に、オリゴマーの「ヌクレオシド間連結」を形成すると言及される。ＲＮＡおよびＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間連結は、３’から５’のホスホジエステル連結である。「ホスホルアミデート」基は、３個の付着した酸素原子および１個の付着した窒素原子を有するリンを含み、一方、「ホスホロジアミデート」基は、２個の付着した酸素原子および２個の付着した窒素原子を有するリンを含む。本明細書に記載されているモルホリノをベースとするオリゴマーの非荷電またはカチオン性のヌクレオシド間連結において、１個の窒素は必ず連結鎖に対してペンダントである。ホスホロジアミデート連結における第２の窒素は典型的には、モルホリン環構造における環窒素である。
特定の実施形態では、モルホリノサブユニットは、構造：
によるリン含有サブユニット間連結によって接合しており、式中、Ｙ１＝酸素（Ｏ）または硫黄、窒素、または炭素であり、Ｚ＝酸素または硫黄、好ましくは、酸素であり、Ｐｊは、塩基特異的水素結合によって、ポリヌクレオチド中の塩基に結合するのに有効であるプリンまたはピリミジン塩基対合部分であり、Ｘは、−ＮＲＲ’であり、式中、ＲおよびＲ’は、同じまたは異なり、かつＨまたはアルキルのいずれかである。特定の実施形態では、Ｘは、−ＮＲＲ’であり、式中、ＲおよびＲ’は、同じまたは異なり、かつＨまたはメチルのいずれかである。
また含まれるのは、図１Ａ〜１Ｅにおける式のヌクレオチドの配列を含むアンチセンスオリゴマーである。図１Ａにおいて、Ｂは、塩基特異的水素結合によって、ポリヌクレオチドにおける塩基に結合するのに有効であるプリンまたはピリミジン塩基対合部分である。Ｙ１またはＹ２は、酸素、硫黄、窒素、または炭素、好ましくは、酸素であり得る。リンからペンダントであるＸ部分は、フッ素、アルキルもしくは置換アルキル、アルコキシもしくは置換アルコキシ、チオアルコキシもしくは置換チオアルコキシ、または環状構造、例えば、モルホリンもしくはピペリジンを含めた、非置換、一置換、もしくは二置換窒素であり得る。アルキル、アルコキシおよびチオアルコキシは、１〜６個の炭素原子を含む。Ｚ部分は、硫黄または酸素であってよく、好ましくは、酸素である。
したがって、本開示の様々な実施形態は、モルホリノサブユニット、および１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’環外炭素に接合するリン含有サブユニット間連結から構成され、かつ（ａ）約１０〜４０個のヌクレオチド塩基、ならびに（ｂ）生化学的経路および／もしくは細胞プロセスに関連するタンパク質、または本明細書に記載されている抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列を有する、実質的に非荷電のアンチセンスモルホリノオリゴマーを含む。一部の場合、オリゴマーは細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートしている。
様々な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）：
の化合物または薬学的に許容されるその塩を含み、
式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｘは、９〜３８の整数であり、
Ｔは、ＯＨおよび式：
の部分から選択され、
式中、各Ｒ４は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
の部分から選択され、
式中、
Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９ＯＨ、アシル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、
Ｒ９は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基のそれぞれは、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立して選択され、
Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイルおよび式：
の部分から選択され、
式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２のものであり、各Ｒ１４は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端でアミド結合によってリンカー部分に付着しており、ただし、Ｇの１つのみの実例が存在し、
標的化配列が、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズする。
一部の実施形態では、Ｘは９〜１８である。ある特定の実施形態では、Ｘは、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０である。
ある特定の実施形態では、Ｔは、
から選択される。
一部の実施形態では、Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される。
様々な実施形態では、Ｔは、
から選択され、Ｒ２はＧである。
一部の実施形態では、Ｔは、式：
のものであり、
Ｒ６は、式：
のものであり、
Ｒ２はＧである。
ある特定の実施形態では、Ｔは、式：
のものであり、
Ｒ２はＧである。
ある特定の実施形態では、Ｔは、式：
のものである。
一部の実施形態では、Ｒ２はＧであるか、またはＴは、式：
のものである。
一部の実施形態では、Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される。
様々な実施形態では、Ｒ２は、ＨまたはＧから選択され、Ｒ３は、電子対またはＨから選択される。特定の実施形態では、Ｒ２はＧである。一部の実施形態では、Ｒ２はＨまたはアシルである。一部の実施形態では、各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態では、Ｒ１の少なくとも１つの実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある特定の実施形態では、Ｒ１の各実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
本開示の様々な実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＩ）：
の化合物または薬学的に許容されるその塩を含み、
式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｘは９〜２８の整数であり、
Ｔは、
から選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択され、
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端でアミド結合によってリンカー部分に付着しており、ただし、Ｇの１つのみの実例が存在する。一部の実施形態では、Ｔは上で定義されているＴＥＧであり、Ｒ２はＧであり、Ｒ３は電子対またはＨである。ある特定の実施形態では、Ｒ２はＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択され、Ｔは、式：
のものである。
一部の実施形態では、Ｒ２はＧであるか、またはＴは、式：
のものである。
様々な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＩＩ）：
の化合物または薬学的に許容されるその塩を含み、
式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｘは９〜２８の整数であり、
Ｔは、
から選択され、
Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に付着している。一部の実施形態では、Ｒ１の少なくとも１つの実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある特定の実施形態では、Ｒ１の各実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
様々な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶ）：
の化合物または薬学的に許容されるその塩を含み、
式中、Ｘは９〜２８の整数であり、
各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に付着している。一部の実施形態では、Ｒ１の少なくとも１つの実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある特定の実施形態では、Ｒ１の各実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
様々な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（Ｖ）：
の化合物であり得、
式中、
Ｘは９〜１８の整数であり、
各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２は、Ｈ、トリチル、４−メトキシトリチル、アシル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択され、
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に付着している。一部の実施形態では、Ｒ１の少なくとも１つの実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。ある特定の実施形態では、Ｒ１の各実例は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
様々な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩ）：
の化合物または薬学的に許容されるその塩を含み、
式中、Ｘは９〜２８の整数であり、
各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
Ｒ２はＨまたはアシルから選択され、
Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
のものであり、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に付着している。
アンチセンスオリゴマーは、当技術分野において公知であり、本明細書において引用した参照文献において記載されている方法を用いて、段階的固相合成によって調製することができる。
Ｂ．細胞透過性ペプチド
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートしている。一部の実施形態では、ＣＰＰは、アルギニンに富んだペプチドである。「アルギニンに富んだ担体ペプチド」は、ＣＰＰが少なくとも２個、好ましくは、２、３、４、５、６、７、または８個のアルギニン残基を有し、それぞれは１個または複数の非荷電の疎水性残基によって任意選択で分離しており、約６〜１４個のアミノ酸残基を任意選択で含有することを意味する。図１Ｆ〜１Ｈは、５’および３’ＰＭＯコンジュゲートを含めた実施例において使用されるＣＰＰ−ＰＭＯコンジュゲートの例示的な化学構造を示す。
例示的なＣＰＰを、表Ｃ１（配列番号５７〜６８）において提供する。
一部の実施形態では、ＣＰＰは、そのＣ末端において、１アミノ酸リンカー、２アミノ酸リンカー、３アミノ酸リンカー、４アミノ酸リンカー、または５アミノ酸リンカーを介して、オリゴマーの３’末端または５’末端に連結している。
ＣＰＰ、これらの合成、およびＣＰＰをオリゴマーにコンジュゲートする方法は、例えば、すべてが参照によりその全体が組み込まれている国際特許出願公開第ＷＯ２００４／０９７０１７号、同第ＷＯ２００９／００５７９３号、および同第ＷＯ２０１２／１５０９６０号において詳述されている。
一部の実施形態では、ＣＰＰは、そのＣ末端において、１アミノ酸リンカー、２アミノ酸リンカー、３アミノ酸リンカー、４アミノ酸リンカー、または５アミノ酸リンカーを介して、オリゴマーの３’末端または５’末端に連結している。式（Ｉ）〜（ＶＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含めた特定の実施形態では、リンカーは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ（Ｘリンカー）、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ（Ｂリンカー）、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ（ＸＢペプチドリンカー）、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ（Ｇリンカー）、または式：
を含むことができ、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に付着している。式（Ｉ）〜（ＶＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含めた本開示の一部の実施形態において、Ｇは、配列番号５９、６０および６４〜６８から選択される。式（Ｉ）〜（ＶＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含めた様々な実施形態では、ＣＰＰは、配列番号５７および６１〜６３から選択される。
一部の実施形態では、式（Ｉ）〜（ＶＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含め、ＣＰＰは、
（式中、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される）
から選択される。
一部の実施形態では、式（Ｉ）〜（ＶＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含め、Ｇは、
（式中、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される）
から選択される。
様々な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマー、または薬学的に許容されるその塩は、
（式中、Ｘは、９〜３８の整数であり、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択され、Ｒｂは、Ｈ、アセチル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、各Ｎｕは、プリンまたはピリミジン塩基対合部分であり、これらの部分は一緒になって、上記の標的化配列を形成する）
から選択される、式（ＶＩＩ）のアンチセンスオリゴマーを含む。
Ｃ．アンチセンスオリゴマー標的化配列
式（Ｉ）〜（ＶＩＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーの様々な実施形態では、標的化配列は、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質、あるいは抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズすることができる。一部の実施形態では、標的配列は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンおよび／または細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの上流もしくは下流の約３０塩基内の配列を含む。
様々な実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、脂肪酸生合成タンパク質であり得る。一部の実施形態では、脂肪酸生合成タンパク質は、アシルキャリアータンパク質であることができる。ある特定の実施形態では、アシルキャリアータンパク質はＡｃｐＰであり得る。一部の実施形態では、脂肪酸生合成タンパク質は、アセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットであり得る。ある特定の実施形態では、アセチル補酵素ＡカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットはＡｃｃＡであり得る。一部の実施形態では、標的配列は、配列番号１〜１１であり得、この場合、チミン塩基（Ｔ）は、任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である。ある特定の実施形態では、標的化配列は、表２Ａ中の標的化配列（例えば、配列番号１〜１１）の少なくとも１つを含むかもしくはそれからなる、表２Ａ中の標的化配列（例えば、配列番号１〜１１）の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むかもしくはそれらからなる、または表２Ａ中の標的化配列（例えば、配列番号１〜１１）に少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含むかもしくはそれからなり、この場合、チミン塩基（Ｔ）は、任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ペプチドグリカン生合成タンパク質であり得る。ある特定の実施形態では、ペプチドグリカン生合成タンパク質は、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼであることができる。一部の実施形態では、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼは、ＭｕｒＡであり得る。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、リボソームタンパク質である。ある特定の実施形態では、リボソームタンパク質は、５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８である。一部の実施形態では、５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８はＲｐｍＢである。
様々な実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、細胞エネルギーホメオスタシスタンパク質である。一部の実施形態では、この細胞エネルギーホメオスタシスタンパク質は、アデニル酸キナーゼである。ある特定の実施形態では、アデニル酸キナーゼはＡｄｋである。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、タンパク質生合成タンパク質である。ある特定の実施形態では、タンパク質生合成タンパク質は、翻訳開始因子である。様々な実施形態では、翻訳開始因子はＩｎｆＡである。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、細胞分裂タンパク質である。ある特定の実施形態では、細胞分裂タンパク質は、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合するタンパク質である。例えば、一部の実施形態では、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合するタンパク質は、ＦｔｓＺである。
ある特定の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、ＲＮＡ合成タンパク質である。一部の実施形態では、ＲＮＡ合成タンパク質はＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子である。例えば、ある特定の実施形態では、ＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子はＲｐｏＤである。
一部の実施形態では、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質は、芳香族化合物の生合成タンパク質である。ある特定の実施形態では、芳香族化合物の生合成タンパク質は、コリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）である。例えば、一部の実施形態では、コリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）は、ＡｒｏＣである。
一部の実施形態では、抗生物質耐性に関連するタンパク質は、ＢｌａＴ、ＣｍｌおよびＡｄｅＡの１つまたは複数から選択される。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質がペプチドグリカン生合成タンパク質、リボソームタンパク質、細胞エネルギーホメオスタシスタンパク質、タンパク質生合成タンパク質、細胞分裂タンパク質、ＲＮＡ合成タンパク質、芳香族化合物の生合成タンパク質または抗生物質耐性であり得る、一部の実施形態では、標的化配列は、表２Ｂ中に示されている標的化配列（例えば、配列番号１２〜５６）のうちの少なくとも１つを含むかもしくはそれからなる、表２Ｂ中の標的化配列（例えば、配列番号１２〜５６）の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むかもしくはそれらからなる、または表２Ｂ中の標的化配列（例えば、配列番号１２〜５６）に少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含むかもしくはそれからなり、この場合、チミン塩基（Ｔ）は、任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である。
ある特定の実施形態では、式（Ｉ）〜（ＶＩＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含め、標的化配列は、
ａ）配列番号１（ＣＴＴＣＧＡＴＡＧＴＧ）（Ｘは９である）；
ｂ）配列番号２（ＡＴＡＴＣＧＣＴＣＡＣ）（Ｘは９である）；
ｃ）配列番号３（ＡＴＴＣＴＣＣＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｄ）配列番号４（ＣＡＣＡＧＧＡＡＴＴＣ）（Ｘは９である）；
ｅ）配列番号５（ＴＴＧＣＣＡＴＴＡＧＣ）（Ｘは９である）；
ｆ）配列番号６（ＣＴＧＴＡＧＴＧＡＴＴＴＣＡＣＣＡ）（Ｘは１５である）；
ｇ）配列番号７（ＴＴＡＴＣＴＡＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｈ）配列番号８（ＧＣＡＣＧＴＴＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｉ）配列番号９（ＡＧＡＡＡＡＣＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｊ）配列番号１０（ＴＴＧＡＴＡＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；および
ｋ）配列番号１１（ＧＣＴＴＴＴＴＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
（チミン塩基（Ｔ）はウラシル塩基（Ｕ）であってもよい）
から選択される。
一部の実施形態では、式（Ｉ）〜（ＶＩＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含め、標的化配列は、
ａ）配列番号１２（ＡＴＣＣＡＴＴＴＡＧＴ）（Ｘは９である）；
ｂ）配列番号１３（ＣＡＴＴＴＡＧＴＴＴＧ）（Ｘは９である）；
ｃ）配列番号１４（ＡＡＴＴＴＡＴＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｄ）配列番号１５（ＡＡＡＴＴＴＡＴＣＣＡ）（Ｘは９である）；
ｅ）配列番号１６（ＡＣＴＣＧＧＧＡＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｆ）配列番号１７（ＣＴＡＴＴＣＴＣＣＡＡ）（Ｘは９である）；
ｇ）配列番号１８（ＧＧＣＡＧＡＣＴＣＧＧ）（Ｘは９である）；
ｈ）配列番号１９（ＣＴＴＡＧＡＣＡＴＧＧ）（Ｘは９である）；
ｉ）配列番号２０（ＡＴＧＡＴＡＣＧＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｊ）配列番号２１（ＴＣＴＴＴＧＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｋ）配列番号２２（ＴＣＡＡＡＴＧＡＧＧＣ）（Ｘは９である）；
ｌ）配列番号２３（ＡＡＴＧＡＧＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｍ）配列番号２４（ＡＴＡＧＴＴＴＣＴＣＴＣＣ）（Ｘは１１である）；
ｎ）配列番号２５（ＴＣＡＴＣＴＴＴＧＣＴ）（Ｘは９である）；
ｏ）配列番号２６（ＴＴＴＴＧＣＴＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｐ）配列番号２７（ＴＴＣＣＣＴＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｑ）配列番号２８（ＴＴＴＣＣＡＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｒ）配列番号２９（ＡＣＧＣＴＡＡＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｓ）配列番号３０（ＴＧＴＴＴＧＡＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｔ）配列番号３１（ＡＡＴＴＣＧＡＧＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｕ）配列番号３２（ＴＧＴＴＡＡＡＧＡＧＣ）（Ｘは９である）；
ｖ）配列番号３３（ＣＴＴＧＴＡＡＣＣＡＣＡＣＣＡ）（Ｘは１３である）；
ｗ）配列番号３４（ＧＧＴＧＣＡＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｘ）配列番号３５（ＧＡＣＴＴＡＡＴＣＡＡ）（Ｘは９である）；
ｙ）配列番号３６（ＣＴＡＣＴＧＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｚ）配列番号３７（ＣＡＴＴＧＡＧＡＴＴＴ）（Ｘは９である）；
ａａ）配列番号３８（ＡＣＡＴＣＴＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｂｂ）配列番号３９（ＴＴＣＴＧＡＴＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｃｃ）配列番号４０（ＧＴＡＴＡＴＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｄｄ）配列番号４１（ＴＣＣＴＧＣＡＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｅｅ）配列番号４２（ＡＴＡＴＡＣＣＴＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｆｆ）配列番号４３（ＧＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＧＡＣＣＡ）（Ｘは１５である）；
ｇｇ）配列番号４４（ＧＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＣＣＡ）（Ｘは１４である）；
ｈｈ）配列番号４５（ＴＧＴＴＴＣＡＴＡＣＧ）（Ｘは９である）；
ｉｉ）配列番号４６（ＧＧＴＴＴＧＣＣＡＡＧ）（Ｘは９である）；
ｊｊ）配列番号４７（ＴＧＴＴＴＣＡＣＣＡＴ）（Ｘは９である）；
ｋｋ）配列番号４８（ＩＩＩＩＴＣＧＣＣＡＡ）（Ｘは９である）；
ｌｌ）配列番号４９（ＣＴＣＴＴＡＡＴＧＡＴ）（Ｘは９である）；
ｍｍ）配列番号５０（ＡＴＣＣＡＣＡＣＡＡＧ）（Ｘは９である）；
ｎｎ）配列番号５１（ＴＣＣＡＣＣＡＡＧＴＣＡＣＣＡ）（Ｘは１３である）；
ｏｏ）配列番号５２（ＡＧＡＧＴＴＣＡＡＧＧ）；
ｐｐ）配列番号５３（ＧＧＴＧＣＴＣＡＡＡＣ）
（チミン塩基（Ｔ）はウラシル塩基（Ｕ）であってもよい）
から選択される。
本開示の一部の実施形態では、式（Ｉ）〜（ＶＩＩ）のアンチセンスオリゴマー化合物を含め、標的化配列は、
ａ）配列番号５４（ＡＴＡＣＴＧＴＣＣＡＡ）；
ｂ）配列番号５５（ＣＴＣＴＴＣＣＴＴＴＴ）；および
ｃ）配列番号５６（ＴＣＣＴＴＣＴＧＡＴＴ）
（式中、Ｘは９であり、チミン塩基（Ｔ）はウラシル塩基（Ｕ）であってもよい）
から選択される。
Ｄ． 例示的なアンチセンスオリゴマー
本開示の例示的なアンチセンスオリゴマー（ＡＯＮ）には、以下の表３Ａ〜Ｂに記載されているものを含む。
ＩＶ．使用の方法および製剤
本開示の実施形態は、本明細書において記載されているアンチセンスオリゴマーを使用して、生化学的経路、細胞プロセスおよび／または抗生物質耐性に関連する１つまたは複数の細菌のタンパク質の発現および活性を低下させる方法を含む。ある特定の実施形態は、アンチセンスオリゴマーを単独で、または１種もしくは複数の追加の抗微生物剤と組み合わせて使用し、細菌の複製、増殖または成長を低下させる、例えば、被験体において細菌感染を処置する方法を含む。一部の例では、アンチセンスオリゴマーは、１種または複数の抗微生物剤に対する細菌の感受性を向上させる。
アンチセンスオリゴマーを、通常、薬学的に許容される担体と組み合わせて含む、医薬組成物も含まれる。ある特定の医薬組成物は、１種または複数の抗微生物剤をさらに含むことができる。本明細書において提供されている方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで実施することができる。
例えば、ある特定の実施形態は、それを必要とする被験体（例えば、細菌感染を有する被験体または細菌感染を有する危険性がある被験体）に、本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーまたは医薬組成物を投与することを含む、被験体において細菌感染を処置する方法を含む。また含まれるのは、細菌と本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーとを接触させることを含む、細菌の複製を低減させる方法である。
一部の実施形態では、細菌は、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａおよびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの属から選択される。
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａは、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科由来のグラム陰性の非胞子形成の条件的嫌気性桿状細菌の属であり、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａが関連する病因の大多数に関与している種Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む。
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒは、Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの綱に属するグラム陰性菌の属である。臨床的に関連性のあるＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種群の例は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ−ｂａｕｍａｎｎｉｉ種群（グルコース酸化非溶血性）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｌｗｏｆｆｉｉ（グルコース陰性非溶血性）、およびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ（溶血性）を含む。具体例は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉを含む。
こうして、一部の実施形態では、細菌は、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの属の上記のメンバーのいずれかである。具体的な実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである。一部の実施形態では、細菌は、表Ｅ１中の株の１つまたは複数から選択される。
ある特定の実施形態では、細菌は、細菌の多剤耐性（ＭＤＲ）株である。複数薬剤耐性（ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）（ＭＤＲ）、多剤耐性（ｍｕｌｔｉ−ｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）または多耐性（ｍｕｌｔｉｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）は、疾患を引き起こす微生物（細菌、ウイルス、真菌または寄生生物）が別個の抗微生物薬、例えば、抗生物質、抗真菌薬、抗ウイルス薬、抗寄生生物薬などに耐えることができる状態である。特定の実施形態では、細菌は、広範囲薬剤耐性（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅｌｙ−ｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ）（ＸＤＲ）または汎薬剤耐性（ｐａｎ−ｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ）（ＰＤＲ）である。一部の実施形態では、細菌は、広域スペクトルのβ−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生グラム陰性菌、または多剤耐性グラム陰性桿状（ＭＤＲ ＧＮＲ）ＭＤＲＧＮ細菌である。具体的な実施形態では、細菌は、ＭＤＲ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ例えば、ＭＤＲ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、またはＭＤＲ Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、例えば、ＭＤＲ Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えば、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒに由来する、ａｃｐＰ、ａｃｃＡ、ａｃｐＳおよび／またはｆａｂ遺伝子などの脂肪酸生合成遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、アシルキャリアータンパク質をコードするａｃｐＰ遺伝子を含む、または発現する。特定の実施形態では、細菌はａｃｃＡ遺伝子を含むまたは発現し、この遺伝子は、アセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットをコードする。具体的な実施形態では、脂肪酸生合成に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種、例えばＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。具体的な実施形態では、脂肪酸生合成に関連する１つまたは複数の遺伝子を含む、または発現する細菌は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種である。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、それを必要とする被験体が免疫無防備状態であり、嚢胞性線維症（ＣＦ）または慢性肉芽腫症（ＣＧＤ）などの、根底にある肺疾患を有する。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えばＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に由来するペプチドグリカン生合成遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼをコードするｍｕｒＡ遺伝子を含む、または発現する。具体的な実施形態では、ペプチドグリカン生合成に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．に由来する、リボソームタンパク質遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８をコードするｒｐｍＢ遺伝子を含む、または発現する。具体的な実施形態では、リボソームタンパク質遺伝子に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．である。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えばＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に由来する細胞のホメオスタシス遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、アデニル酸キナーゼをコードするａｄｋ遺伝子を含むか、または発現する。具体的な実施形態では、細胞のホメオスタシス遺伝子に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えばＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に由来するタンパク質生合成遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、翻訳開始因子をコードするｉｎｆＡ遺伝子を含む、または発現する。具体的な実施形態では、タンパク質生合成遺伝子に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えばＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．に由来する細胞分裂遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位における環に集合するタンパク質をコードする、ｆｔｓＺ遺伝子を含む、または発現する。具体的な実施形態では、細胞分裂遺伝子に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．である。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えばＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．に由来するＲＮＡ合成遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、ＲＮＡポリメラーゼのシグマＤ因子をコードするｒｐｏＤ遺伝子を含む、または発現する。具体的な実施形態では、ＲＮＡ合成遺伝子に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．である。
生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する遺伝子の例には、例えばＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．に由来する芳香族化合物の生合成遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）が含まれる。特定の実施形態では、細菌は、コリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）をコードするａｒｏＣ遺伝子を含む、または発現する。具体的な実施形態では、芳香族化合物の生合成遺伝子に関連する１つまたは複数の遺伝子を含むまたは発現する細菌は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．である。
一部の実施形態では、細菌（単数または複数）は、１つまたは複数の抗生物質耐性遺伝子を含む（例えば、コードする）。抗生物質耐性遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）の一般的な例には、ある種の抗微生物剤を酵素的に非活性化することができるベータ−ラクタマーゼ、および抗微生物剤の透過性または能動排出（ポンプアウト）を増加させる遺伝子／タンパク質が挙げられる。抗生物質耐性遺伝子の特定の例には、ＴＥＭベータ−ラクタマーゼ（ｂｌａＴ）、クロラムフェニコール耐性遺伝子であるｃｍｌおよび耐性−小結節形成−細胞分裂（ＲＮＤ）型多剤排出ポンプサブユニットＡｄｅＡ（ａｄｅＡ）が含まれる。具体的な実施形態では、細菌は、ｂｌａＴ、ｃｍｌおよびａｄｅＡから選択される少なくとも１つの抗生物質耐性遺伝子を含むまたは発現する、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．である。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細菌（単数または複数）における、生化学的経路、細胞プロセスおよび／または抗生物質耐性に関連する遺伝子の発現を低下させる。例えば、一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、対照（例えば、アンチセンスオリゴマーの非存在、スクランブルオリゴマー、オリゴマーとの接触前）と比べて、約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００もしくは１０００％またはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）あるいは、対照に対して、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００倍もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）発現を低下させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＡｃｐＰ、ＡｃｃＡ、ＭｕｒＡ、ＲｐｍＢ、Ａｄｋ、ＩｎｆＡ、ＦｔｓＺ、ＲｐｏＤ、ＡｒｏＣ、ＢｌａＴ、Ｃｍｌおよび／もしくはＡｄｅＡの１つまたは複数の発現を低下させ、細菌は、ＡｃｐＰ、ＡｃｃＡ、ＭｕｒＡ、ＲｐｍＢ、Ａｄｋ、ＩｎｆＡ、ＦｔｓＺ、ＲｐｏＤ、ＡｒｏＣ、ＢｌａＴ、Ｃｍｌおよび／もしくはＡｄｅＡの１つまたは複数を含むかまたはそれらを発現する、ＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒまたはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種である。遺伝子またはタンパク質発現は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ（例えば、実施例を参照されたい）またはｉｎ ｖｉｖｏで測定することができる。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細菌（単数または複数）の成長を低減または阻害する。例えば、一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、対照（例えば、アンチセンスオリゴマー、スクランブルオリゴマーが存在しない、オリゴマーとの接触の前）と比べて、約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００％もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）、または対照と比べて、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００倍もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）細菌（単数または複数）の成長を低減させる。細菌成長は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ（例えば、実施例を参照されたい）またはｉｎ ｖｉｖｏで測定することができる。特定の実施形態では、細菌の成長を低下させるアンチセンスオリゴマーは、ＡｃｐＰ、ＡｃｃＡ、ＭｕｒＡ、ＲｐｍＢ、Ａｄｋ、ＩｎｆＡ、ＦｔｓＺ、ＲｐｏＤ、ＡｒｏＣ、ＢｌａＴ、Ｃｍｌおよび／もしくはＡｄｅＡの１つまたは複数から選択される、生化学的経路および／または細胞プロセスに関連するタンパク質に対して標的化され、細菌は、ＡｃｐＰ、ＡｃｃＡ、ＭｕｒＡ、ＲｐｍＢ、Ａｄｋ、ＩｎｆＡ、ＦｔｓＺ、ＲｐｏＤ、ＡｒｏＣ、ＢｌａＴ、Ｃｍｌおよび／もしくはＡｄｅＡの１つまたは複数を含むまたは発現する、ＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒまたはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種である。一部の実施形態では、本明細書に記載されている通り、アンチセンスオリゴマーは、１つまたは複数の抗微生物剤と組み合わせて用いられ、例えば、細菌（単数または複数）の成長を相乗的に低下させる。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、対照と比べて、約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは約１０００％もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）、または対照と比べて、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、もしくは１００倍もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）細菌のペリプラズムにおけるベータ−ラクタマーゼ（例えば、カルバペネマーゼ）活性を低減させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細菌のペリプラズムにおいてメロペネマーゼ（ｍｅｒｏｐｅｎｅｍａｓｅ）酵素活性を低減させる。特定の実施形態では、ベータ−ラクタマーゼ活性を低減させるアンチセンスオリゴマーは、ｂｌａＴに対して標的化され、細菌は、ＢｌａＴを含むか、または発現する、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである。これらは、例示的な細菌種であり、ｂｌａＴ遺伝子を発現している任意の細菌は、本明細書に記載されている化合物および方法に対して影響されやすいと予想される。ベータ−ラクタマーゼ活性は、当技術分野で通例の技術によって測定することができる。
一部の実施形態では、方法はｉｎ ｖｉｖｏで実施され、それを必要とする被験体、例えば、本明細書に記載されている細菌の１つまたは複数に感染しているか、または感染している危険性があるそれを必要とする被験体にアンチセンスオリゴマーを投与することを含む。このように、本明細書に記載のアンチセンスオリゴマーを、被験体に投与して、本明細書に記載されている細菌のいずれかによる感染症を（予防的または治療的に）処置することができる。このような処置と併せて、薬理ゲノミクス（例えば、個体の遺伝子型／表現型と、外来性化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係の研究）を考慮し得る。治療薬の代謝における差異は、薬理学的活性薬物の用量および血中濃度の間の関係を変化させることによって重度の毒性または治療上の失敗をもたらし得る。
このように、医師または臨床医は、治療剤を投与するかどうかの決定において、関連性のある薬理ゲノミクス研究において得た知識を適用し、治療剤による処置の投与量および／または治療レジメンを適合させることを考慮し得る。
標的核酸へのアンチセンスオリゴマーの有効な送達は、処置の一態様である。アンチセンスオリゴマー送達の経路には、これらに限定されないが、経口および非経口経路を含めた様々な全身的経路、例えば、静脈内、皮下、腹腔内、および筋内、ならびに吸入、経皮的、および局部送達が含まれる。適当な経路は、処置を受けている被験体の状態に応じて当業者が決定し得る。血管または血管外循環、血液またはリンパ系、および脳脊髄液は、アンチセンスオリゴマーを導入し得る一部の非限定的な部位である。直接的なＣＮＳ送達を用いてもよく、例えば、脳内、脳室内、または髄腔内投与を、投与経路として使用し得る。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、経皮的な方法で（例えば、リポソーム中に任意選択でパッケージ化されているアンチセンスオリゴマーの、例えばエマルジョン中への組込みにより）送達することができる。このような経皮的およびエマルジョン／リポソーム媒介性送達の方法は、例えば、その内容が参照により本明細書中にその全体が組み込まれている米国特許第６，９６５，０２５号において、当技術分野におけるアンチセンスオリゴマーの送達について記載されている。
本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーはまた、埋め込み可能なデバイスを介して送達され得る。このようなデバイスの設計は当技術分野において承認されているプロセスであり、例えば、合成埋め込み物の設計は、例えば、その内容が参照により組み込まれている米国特許第６，９６９，４００号に記載されている。
アンチセンスオリゴマーは、当技術分野において承認されている技術（例えば、トランスフェクション、電気穿孔法、融合、リポソーム、コロイド状ポリマー粒子、ならびにウイルスおよび非ウイルスベクター、ならびに当技術分野において公知の他の手段）を使用して、細胞中に導入することができる。選択される送達の方法は、オリゴマー化学、処置される細胞、および細胞の場所によって少なくとも決まり、これは当業者には明らかである。例えば、局在化は、リポソームを方向付ける表面上の特異的マーカーを有するリポソーム、標的細胞を含有する組織中への直接の注入、特異的受容体媒介性取込みなどによって達成することができる。
当技術分野において公知のように、アンチセンスオリゴマーは、例えば、リポソーム媒介性取込み、脂質コンジュゲート、ポリリシン媒介性取込み、ナノ粒子媒介性取込み、および受容体媒介性エンドサイトーシス、ならびにさらなる送達の非エンドサイトーシスモード、例えば、マイクロインジェクション、透過処理（例えば、ストレプトリシンＯ透過処理、アニオン性ペプチド透過処理）、電気穿孔法を伴う方法、および当技術分野において公知の送達の様々な非侵襲的非エンドサイトーシス方法を使用して送達し得る（例えば、参照によりその全体が組み込まれているＤｏｋｋａおよびＲｏｊａｎａｓａｋｕｌ、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ、４４巻：３５〜４９頁を参照されたい）。
アンチセンスオリゴマーは、生理学的におよび／または薬学的に許容される任意の好都合なビヒクルまたは担体中で投与され得る。このような組成物は、当業者によって用いられる種々の標準的な薬学的に許容される担体のいずれかを含み得る。例には、これらに限定されないが、食塩水、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、水、水性エタノール、エマルジョン、例えば、油／水エマルジョンまたはトリグリセリドエマルジョン、錠剤およびカプセル剤が含まれる。適切な生理学的に許容される担体の選択は、投与の選択したモードによって変化する。「薬学的に許容される担体」は、薬学的投与と適合性のありとあらゆる溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むことを意図する。薬学的に活性な物質のためのこのような媒体および薬剤の使用は、当技術分野で周知である。任意の通常の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除き、組成物におけるその使用が意図される。補助的活性化合物をまた、組成物中に組み込むことができる。
本明細書に記載されている化合物（例えば、アンチセンスオリゴマー、抗微生物剤）は一般に、遊離酸または遊離塩基として利用され得る。代わりに、本明細書に記載の化合物は、酸付加塩または塩基付加塩の形態で使用され得る。本明細書に記載の遊離アミノ化合物の酸付加塩は、当技術分野で周知の方法によって調製してもよく、有機酸および無機酸から形成され得る。適切な有機酸は、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、グルコン酸、乳酸、マンデル酸、ケイ皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、およびベンゼンスルホン酸を含む。
適切な無機酸は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、および硝酸を含む。塩基付加塩はカルボン酸アニオンと共に形成されるそれらの塩を含み、有機および無機カチオン、例えば、アルカリ金属およびアルカリ土類金属から選択されるもの（例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウムおよびカルシウム）、ならびにアンモニウムイオンおよびその置換誘導体（例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、２−ヒドロキシエチルアンモニウムなど）と形成される塩を含む。このように、用語「薬学的に許容される塩」は、ありとあらゆる許容される塩の形態を包含することを意図する。
さらに、プロドラッグがまた、本開示の文脈内に含まれる。プロドラッグは、このようなプロドラッグが患者に投与されるとき、化合物をｉｎ ｖｉｖｏで放出する任意の共有結合的に結合した担体である。プロドラッグは一般に、通例の操作によってまたはｉｎ ｖｉｖｏで修飾が切断され、親化合物が生じるように官能基を修飾することによって調製される。プロドラッグは、例えば、ヒドロキシ、アミンまたはスルフヒドリル基が、患者に投与されたとき切断されてヒドロキシ、アミンまたはスルフヒドリル基を形成する任意の基に結合している本開示の化合物を含む。このように、プロドラッグの代表例は、本明細書に記載のアンチセンスオリゴマーのアルコールおよびアミン官能基のアセテート、ホルメートおよびベンゾエート誘導体を含む（しかしこれらに限定されない）。さらに、カルボン酸（−ＣＯＯＨ）の場合、エステル、例えば、メチルエステル、エチルエステルなどを用いてもよい。
一部の場合において、リポソームを用いて、細胞中へのアンチセンスオリゴマーの取込みを促進し得る（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓ， Ｓ．Ａ．、Ｌｅｕｋｅｍｉａ、１０巻（１２号）：１９８０〜１９８９頁、１９９６年；Ｌａｐｐａｌａｉｎｅｎら、Ａｎｔｉｖｉｒａｌ Ｒｅｓ．、２３巻：１１９頁、１９９４年；Ｕｈｌｍａｎｎら、ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｍｅｒｓ： ａ ｎｅｗ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ， Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ、第９０巻、第４号、２５、５４４〜５８４頁、１９９０年；Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ， Ｇ．、第１４章、Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ， Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒｓ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、２８７〜３４１頁、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、１９７９年を参照されたい）。ヒドロゲルはまた、例えば、ＷＯ９３／０１２８６に記載されているように、アンチセンスオリゴマー投与のためのビヒクルとして使用され得る。代わりに、オリゴマーは、ミクロスフィアまたは微粒子中で投与され得る。（例えば、Ｗｕ， Ｇ．Ｙ．およびＷｕ， Ｃ．Ｈ．、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、２６２巻：４４２９〜４４３２頁、３０号、１９８７年を参照されたい）。代わりに、アンチセンスオリゴマーと複合体化したガスを充填した微小気泡の使用は、米国特許第６，２４５，７４７号に記載されているように標的組織への送達を増進することができる。持続放出組成物をまた使用し得る。これらは、成形した物品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態の半透性ポリマーマトリックスを含み得る。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、適切な医薬担体中で、細菌感染（例えば、抗生物質耐性またはＭＤＲ細菌感染）の症状を示す哺乳動物被験体、例えば、ヒトまたは家畜に投与される。一部の態様では、被験体は、ヒト被験体、例えば、細菌感染を有すると診断されている患者である。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、薬学的に許容される担体中に含有され、経口的に送達される。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、薬学的に許容される担体中に含有され、静脈内に（ｉ．ｖ．）送達される。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも２００〜４００ｎＭのピーク血中濃度のアンチセンスオリゴマーをもたらすのに有効な量および様式で投与される。典型的には、１つまたは複数の用量のアンチセンスオリゴマーは、一般に規則的な間隔で約１〜２週間の期間投与される。経口投与のためのある特定の用量は、７０ｋｇ当たり約１〜１０００ｍｇのオリゴマーである。場合によって、患者あたり１０００ｍｇ超の用量のオリゴマーが必要であり得る。ｉ．ｖ．投与のために、一部の用量は、７０ｋｇ当たり約０．５ｍｇ〜１０００ｍｇのオリゴマーである。アンチセンスオリゴマーは、規則的な間隔で短期間、例えば、２週間またはそれ未満毎日投与され得る。しかし、場合によって、アンチセンスオリゴマーは、より長期間にわたって間欠的に投与される。投与は、抗微生物剤（例えば、抗生物質）または本明細書に記載のような他の治療的処置の投与の前か、または同時でよい。処置レジメンは、処置を受けている被験体の免疫アッセイ、他の生化学的試験および生理学的検査の結果に基づいて、示されるように調節され得る（用量、頻度、経路など）。
本明細書に記載のアンチセンスオリゴマーを使用した有効なｉｎ ｖｉｖｏの処置レジメンは、投与の持続期間、用量、頻度および経路、ならびに処置を受けている被験体の状態によって変化し得る（すなわち、予防的投与 対 限局性感染または全身性感染に応じた投与）。したがって、このようなｉｎ ｖｉｖｏの療法は、処置を受けている特定のタイプの障害または細菌感染に適している試験によるモニタリング、および最適な治療成績を達成するための用量または処置レジメンにおける対応する調節を含むことが多い。
処置は、例えば、当技術分野において公知の疾患の一般指標によってモニターし得る。ｉｎ ｖｉｖｏで投与された本明細書に記載のアンチセンスオリゴマーの有効性は、アンチセンスオリゴマーの投与の前、間および後に、被験体から採取した生物学的体試料（組織、血液、尿など）から決定され得る。このような試料のアッセイは、（１）当業者には公知の手順、例えば、電気泳動ゲル移動度アッセイを使用して、標的配列および非標的配列を伴うヘテロ二重鎖形成が存在するか、または存在しないかについてモニターすること；（２）標準的な技術、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、ＥＬＩＳＡまたはウエスタンブロッティングによって決定するような、参照正常ｍＲＮＡまたはタンパク質に対して変異体ｍＲＮＡの量をモニターすることを含む。
ＩＩＩ．併用療法
ある特定の実施形態は、併用療法、例えば、抗微生物剤、例えば、抗生物質と組み合わせたアンチセンスオリゴマーの投与を含む。併用療法を用いて、例えば、１種または複数の抗微生物剤に対する所与の細菌の感度または感受性を増加させ、それによって治療成績（例えば、感染症の消散）を改善させることができる。同様に、ある特定の併用療法を用いて、例えば、１種または複数の抗微生物剤に対する所与の細菌の耐性を低減または逆転させることができる。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、所与の細菌に対する抗生物質の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を低減させる。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーおよび抗微生物剤は、細菌の成長の低下および／または細菌の細胞死滅の向上に相乗作用を示す。また含まれるのは、アンチセンスオリゴマーおよび抗微生物剤、例えば、抗生物質を含む本明細書に記載のような医薬組成物である。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーおよび抗微生物剤は、別々に投与される。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーおよび抗微生物剤は、逐次的に投与される。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーおよび抗微生物剤は、例えば、同じまたは異なる医薬組成物の一部として同時に投与される。
アンチセンスオリゴマーと組み合わせて投与することができる抗微生物剤（例えば、抗生物質）の例には、ベータ−ラクタム系抗生物質、例えば、カルバペネム、ペニシリンおよびペニシリン誘導体（またはペナム）、アンピシリン、クロラムフェニコール、セファロスポリン（例えば、セファセトリル（Ｃｅｆａｃｅｔｒｉｌｅ）（セファセトリル（ｃｅｐｈａｃｅｔｒｉｌｅ））、セファドロキシル（Ｃｅｆａｄｒｏｘｉｌ）（セファドロキシル（ｃｅｆａｄｒｏｘｙｌ）；Ｄｕｒｉｃｅｆ）、セファレキシン（Ｃｅｐｈａｌｅｘｉｎ）（セファレキシン（ｃｅｆａｌｅｘｉｎ）；Ｋｅｆｌｅｘ）、セファログリシン（Ｃｅｆａｌｏｇｌｙｃｉｎ）（セファログリシン（ｃｅｐｈａｌｏｇｌｙｃｉｎ））、セファロニウム（Ｃｅｆａｌｏｎｉｕｍ）（セファロニウム（ｃｅｐｈａｌｏｎｉｕｍ））、セファロリジン（ｃｅｆａｌｏｒｉｄｉｎｅ）（セファロリジン（ｃｅｐｈａｌｏｒａｄｉｎｅ））、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）（セファロチン（ｃｅｐｈａｌｏｔｈｉｎ）；Ｋｅｆｌｉｎ）、セファピリン（Ｃｅｆａｐｉｒｉｎ）（セファピリン（ｃｅｐｈａｐｉｒｉｎ）；Ｃｅｆａｄｒｙｌ）、セファトリジン、セファザフルール、セファゼドン、セファゾリン（Ｃｅｆａｚｏｌｉｎ）（セファゾリン（ｃｅｐｈａｚｏｌｉｎ）；Ａｎｃｅｆ、Ｋｅｆｚｏｌ）、セフラジン（Ｃｅｆｒａｄｉｎｅ）（セフラジン（ｃｅｐｈｒａｄｉｎｅ）；Ｖｅｌｏｓｅｆ）、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル（Ｃｅｃｌｏｒ、Ｄｉｓｔａｃｌｏｒ、Ｋｅｆｌｏｒ、Ｒａｎｉｃｌｏｒ）、セフォニシド（Ｍｏｎｏｃｉｄ）、セフプロジル（セフプロキシル；Ｃｅｆｚｉｌ）、セフロキシム（Ｚｅｆｕ、Ｚｉｎｎａｔ、Ｚｉｎａｃｅｆ、Ｃｅｆｔｉｎ、Ｂｉｏｆｕｒｏｋｓｙｍ、Ｘｏｒｉｍａｘ）、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ（Ｌｏｒａｂｉｄ）；セファマイシン：セフブペラゾン、セフメタゾール（Ｚｅｆａｚｏｎｅ）、セフミノクス、セフォテタン（Ｃｅｆｏｔａｎ）、セフォキシチン（Ｍｅｆｏｘｉｎ）、セフォチアム（Ｐａｎｓｐｏｒｉｎ）、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル（Ｓｅｆｄｉｎ、Ｚｉｎｉｒ、Ｏｍｎｉｃｅｆ、Ｋｅｆｎｉｒ）、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム（Ｆｉｘｘ、Ｚｉｆｉ、Ｓｕｐｒａｘ）、セフメノキシム、セフォジジム、セフォタキシム（Ｃｌａｆｏｒａｎ）、セフォベシン（Ｃｏｎｖｅｎｉａ）、セフピミゾール、セフポドキシム（Ｖａｎｔｉｎ、ＰＥＣＥＦ）、セフテラム、セフチブテン（Ｃｅｄａｘ）、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム（Ｃｅｆｉｚｏｘ）、セフトリアキソン（Ｒｏｃｅｐｈｉｎ）、セフォペラゾン（Ｃｅｆｏｂｉｄ）、セフタジジム（Ｍｅｅｚａｔ、Ｆｏｒｔｕｍ、Ｆｏｒｔａｚ）、ラタモキセフ（モキサラクタム）、セフクリジン、セフェピム（Ｍａｘｉｐｉｍｅ）、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム（Ｃｅｆｒｏｍ）、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、セフタロリン、セファロラム、セファパロール、セフカネル、セフェドロロール、セフェンピドン、セフェトリゾール、セフィビトリル、セフマチレン、セフメピジウム（Ｃｅｆｍｅｐｉｄｉｕｍ）、セフォキサゾール、セフロチル（Ｃｅｆｒｏｔｉｌ）、セフスミド（Ｃｅｆｓｕｍｉｄｅ）、セフチオキシド（Ｃｅｆｔｉｏｘｉｄｅ）、セフラセチム（Ｃｅｆｕｒａｃｅｔｉｍｅ））、およびモノバクタム（例えば、アズトレオナム、チゲモナム（ｔｉｇｅｍｏｎａｍ）、ノカルジン（ｎｏｃａｒｄｉｎ）Ａ、タブトキシン（ｔａｂｔｏｘｉｎ））；アミノグリコシド、例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシンａ、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、およびストレプトマイシン；テトラサイクリン、例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、およびドキシサイクリン；スルホンアミド、例えば、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジミジン、スルファフラゾール、スルフイソミジン、スルファドキシン、スルファメトキサゾール、スルファモキソール、スルファジメトキシン、スルファメトキシピリダジン、スルファメトキシジアジン、スルファドキシン、およびスルファメトピラジン；キノロン、例えば、シノキサシン、ナリジキシン酸、オキソリン酸（Ｕｒｏｘｉｎ）、ピロミド酸（Ｐａｎａｃｉｄ）、ピペミド酸（Ｄｏｌｃｏｌ）ロソキサシン（Ｅｒａｄａｃｉｌ）、シプロフロキサシン（Ａｌｃｉｐｒｏ、Ｃｉｐｒｏｂａｙ、Ｃｉｐｒｏ、Ｃｉｐｒｏｘｉｎ、ウルトラシプロ（ｕｌｔｒａｃｉｐｒｏ））、エノキサシン（Ｅｎｒｏｘｉｌ、Ｐｅｎｅｔｒｅｘ）、フレロキサシン（Ｍｅｇａｌｏｎｅ、Ｒｏｑｕｉｎｏｌ）、ロメフロキサシン（Ｍａｘａｑｕｉｎ）、ナジフロキサシン（Ａｃｕａｔｉｍ、Ｎａｄｏｘｉｎ、Ｎａｄｉｘａ）、ノルフロキサシン（Ｌｅｘｉｎｏｒ、Ｎｏｒｏｘｉｎ、Ｑｕｉｎａｂｉｃ、Ｊａｎａｃｉｎ）、オフロキサシン（Ｆｌｏｘｉｎ、Ｏｘａｌｄｉｎ、Ｔａｒｉｖｉｄ）、ペフロキサシン（Ｐｅｆｌａｃｉｎｅ）、ルフロキサシン（Ｕｒｏｆｌｏｘ）、バロフロキサシン（Ｂａｌｏｘｉｎ）、グレパフロキサシン（Ｒａｘａｒ）、レボフロキサシン（Ｃｒａｖｉｔ、Ｌｅｖａｑｕｉｎ、Ｔａｖａｎｉｃ）、パズフロキサシン（Ｐａｓｉｌ、Ｐａｚｕｃｒｏｓｓ）、スパルフロキサシン（Ｚａｇａｍ）、テマフロキサシン（Ｏｍｎｉｆｌｏｘ）、トスフロキサシン（Ｏｚｅｘ、Ｔｏｓａｃｉｎ）、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン（Ｚｉｇａｔ、Ｔｅｑｕｉｎ）（Ｚｙｍａｒ−ｏｐｔｈ．）、ゲミフロキサシン（Ｆａｃｔｉｖｅ）、モキシフロキサシン（Ａｃｆｌｏｘ Ｗｏｏｄｗａｒｄ、Ａｖｅｌｏｘ、Ｖｉｇａｍｏｘ、シタフロキサシン（Ｇｒａｃｅｖｉｔ）、トロバフロキサシン（Ｔｒｏｖａｎ）、プルリフロキサシン（Ｑｕｉｓｎｏｎ）；オキサゾリジノン、例えば、エペレゾリド（ｅｐｅｒｅｚｏｌｉｄ）、リネゾリド、ポシゾリド（ｐｏｓｉｚｏｌｉｄ）、ラデゾリド（ｒａｄｅｚｏｌｉｄ）、ランベゾリド（ｒａｎｂｅｚｏｌｉｄ）、ステゾリド（ｓｕｔｅｚｏｌｉｄ）、およびテジゾリド；ポリミキシン、例えば、ポリスポリン（ｐｏｌｙｓｐｏｒｉｎ）、ネオスポリン（ｎｅｏｓｐｏｒｉｎ）、ポリミキシンＢ、ポリミキシンＥ（コリスチン）；リファマイシン、例えば、リファンピシンまたはリファンピン、リファブチン、リファペンチン、およびリファキシミン；リピアルマイシン（ｌｉｐｉａｒｍｙｃｉｎ）、例えば、フィダキソマイシン；マクロライド、例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、カルボマイシン（ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ）Ａ、ジョサマイシン、キタサマイシン、ミデカマイシン／酢酸ミデカマイシン、オレアンドマイシン、ソリスロマイシン（ｓｏｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、スピラマイシン、およびトロレアンドマイシン；リンコサミド、例えば、リンコマイシン、クリンダマイシン、およびピルリマイシン；環状リポペプチド、例えば、ダプトマイシン；グリコペプチド、例えば、バンコマイシンおよびテイコプラニン（ｔｅｉｃｈｏｐｌａｎｉｎ）；グリシルサイクリン、例えば、チゲサイクリンが含まれる。このように、上記の抗生物質の任意の１つまたは複数は、本明細書に記載されている細菌（単数または複数）のいずれかの処置のために本明細書に記載されているアンチセンスオリゴマーのいずれかと合わせることができる。
一部の実施形態では、抗微生物剤は、本明細書に記載されている通り、アミノグリコシド系抗生物質、テトラサイクリン系抗生物質およびβ−ラクタム系抗生物質の１つまたは複数から選択される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ａｃｃＡの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、脂肪酸生合成遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ｍｕｒＡの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、ペプチドグリカン生合成遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ｒｐｍＢの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、リボソームタンパク質遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ａｄｋの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、細胞のホメオスタシス遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ｉｎｆＡの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質生合成遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ｆｔｓＺの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、細胞分裂遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ｒｐｏＤの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、ＲＮＡ合成遺伝子に対して標的化される。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ａｒｏＣの１つまたは複数から選択される遺伝子を含むまたは発現し、アンチセンスオリゴマーは、芳香族化合物の生合成遺伝子に対して標的化される。具体的な実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．である。
一部の実施形態では、抗微生物剤は、本明細書に記載のようなベータ−ラクタム系抗生物質である。これらおよび関連する実施形態のある特定のものでは、細菌は、ベータ−ラクタマーゼ、例えば、ＢｌａＴを含むか、または発現し、アンチセンスオリゴマーは、ベータ−ラクタマーゼに対して標的化される。特定の実施形態では、抗微生物剤は、カルバペネムである。カルバペネムの例は、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネム、ラズペネム、テビペネム、レナペネム、トモペネムおよびアンピシリンを含む。具体的な実施形態では、抗微生物剤はメロペネムである。特定の実施形態では、抗微生物剤は、セファロスポリン（セフェム）、ペニシリンまたはペニシリン誘導体（ペナム）である。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細菌、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉのＭＤＲ株に対する、メロペネムなどのカルバペネムのＭＩＣを低下させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーと、メロペネムなどのカルバペネムとを組み合わせると、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉのＭＤＲ株の、細菌の細胞成長を低下（例えば、相乗的に低下）させるか、または細菌の細胞死滅を向上（例えば、相乗的に向上）させる。
一部の実施形態では、抗微生物剤は、本明細書に記載されている、アミノグリコシドである。アミノグリコシドの例には、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシンａ、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）およびストレプトマイシンが含まれる。具体的な実施形態では、抗微生物剤はトブラマイシンである。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細菌、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉのＭＤＲ株に対する、トブラマイシンなどのアミノグリコシドのＭＩＣを低下させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーと、トブラマイシンなどのアミノグリコシドとを組み合わせると、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉのＭＤＲ株の細菌の細胞成長を低下（例えば、相乗的に低下）させるか、または細菌の細胞死滅を向上（例えば、相乗的に向上）させる。これらおよび関連する実施形態の一部では、細菌は、抗生物質耐性遺伝子ａｄｅＡを含むか、または発現し、アンチセンスオリゴマーは、抗生物質耐性遺伝子に対して標的化される。具体的な実施形態では、細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである。
ある特定の実施形態では、抗微生物剤は、コリスチン（ポリミキシンＥ）、ポリスポリン、ネオスポリンまたはポリミキシンＢなどのポリミキシンである。具体的な実施形態では、抗微生物剤はコリスチンである。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細菌、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉのＭＤＲ株に対する、コリスチンなどのポリミキシンのＭＩＣを低下させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーと、コリスチンなどのポリミキシンとを組み合わせると、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉのＭＤＲ株の細菌の細胞成長を低下（例えば、相乗的に低下）させるか、または細菌の細胞死滅を向上（例えば、相乗的に向上）させる。
ある特定の実施形態では、抗微生物剤は、セフタジジム、ドキシサイクリン、ピペラシリン、メロペネム、クロラムフェニコール、および／またはコトリモキサゾール（トリメトプリム／スルファメトキサゾール）の１つまたは複数を含む。これらの実施形態および関連する実施形態の一部では、細菌は、ｃｍｌなどの１つまたは複数の抗生物質耐性遺伝子を含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種であり、アンチセンスオリゴマーは、抗生物質耐性遺伝子に対して標的化される。具体的な実施形態では、細菌はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、抗微生物剤単独と比べて、抗微生物剤に対する所与の細菌の感受性または感度を増加させる。例えば、ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、抗微生物剤単独と比べて、標的化されている細菌（単数または複数）に対する抗微生物剤の殺菌性（細胞死滅）および／または静菌性（成長緩徐化）活性を増加させることによって、抗微生物剤に対する細菌（単数または複数）の感受性または感度を増加させる。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、抗微生物剤単独と比べて、約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００％もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）、または抗微生物剤単独と比べて、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００倍もしくはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）感受性または感度を増加させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、抗微生物剤単独と比べて、所与の細菌の抗微生物剤に対する感受性または感度を相乗的に増加させる。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、抗微生物剤単独と比べて、標的化されている細菌（単数または複数）に対する抗微生物剤の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を低減させる。「最小発育阻止濃度」または「ＭＩＣ」は、一晩（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）のインキュベーション後の微生物の目に見える成長を阻害する抗微生物剤の最も低い濃度を指す。最小発育阻止濃度は、抗微生物剤に対する微生物の耐性を確認し、また新たな抗微生物剤の活性をモニターするために診断検査室において重要である。ＭＩＣは一般に、細菌性生物に対する抗微生物剤の活性の最も基本的な実験室測定値と見なされる。このように、ある特定の実施形態では、オリゴマーは、細菌（単数または複数）に対する抗微生物剤の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を、抗微生物剤単独と比べて少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００％またはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）低減させる。ある特定の実施形態では、オリゴマーは、細菌（単数または複数）に対する抗微生物剤の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を、抗微生物剤単独に対して約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００倍またはそれを超えて（すべての整数およびその間の範囲を含めた）低減させる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、抗微生物剤単独と比べて、標的化される細菌（単数または複数）に対する抗微生物剤のＭＩＣを相乗的に低下させる。
一部の実施形態では、感度を増加させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｂｌａＴに対して標的化され、細菌は、ＢｌａＴを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、抗微生物剤は、セファロスポリン、ペニシリン、ペニシリン誘導体（ペナム）またはアンピシリンなどのベータ−ラクタムである。
一部の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｃｍｌに対して標的化され、細菌は、Ｃｍｌを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．であり、抗微生物剤は、クロラムフェニコールである。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはａｄｅＡに対して標的化され、細菌は、ＡｄｅＡを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン）、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはａｃｃＡに対して標的化され、細菌は、ＡｃｃＡを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｍｕｒＡに対して標的化され、細菌は、ＭｕｒＡを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｒｐｍＢに対して標的化され、細菌は、ＲｐｍＢを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはａｄｋに対して標的化され、細菌は、Ａｄｋを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｉｎｆＡに対して標的化され、細菌は、ＩｎｆＡを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｆｔｓＺに対して標的化され、細菌は、ＦｔｓＺを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはｒｐｏＤに対して標的化され、細菌は、ＲｐｏＤを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
特定の実施形態では、感度を向上させるかまたはＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴマーはａｒｏＣに対して標的化され、細菌は、ＡｒｏＣを含むまたは発現するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉであり、抗微生物剤は、アミノグリコシド系抗生物質（例えば、トブラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、アミカシン、ジベカシン、シソマイシン、ネチルマイシン、ネオマイシンＢ、ネオマイシンＣ、ネオマイシンＥ（パロモマイシン）、ストレプトマイシン）、テトラサイクリン系抗生物質（例えば、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、デメクロサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、ドキシサイクリン、またはβ−ラクタム系抗生物質（例えば、カルバペネム、ペニシリン誘導体（ペナム）、セファロスポリン（セフェム）、モノバクタム）である。
ＶＩ．処置をモニターする方法
本明細書に記載の方法が関与する所与の治療レジメンの有効性は、例えば、細菌感染の一般指標、例えば、全血球計算（ＣＢＣ）、核酸検出方法、免疫診断試験、または細菌培養によってモニターされ得る。
一部の態様では、細菌感染の同定およびモニタリングは、（１）核酸検出方法、（２）血清学的検出方法、すなわち、従来の免疫アッセイ、（３）培養方法、および（４）生化学的方法の１つまたは複数が関与する。このような方法は、定性的または定量的であり得る。
核酸プローブは、公に利用可能である細菌核酸配列に基づいて設計してもよく、特定の細菌タイプ、例えば、特定の種もしくは株に特異的であるか、または細菌の１つ超の種もしくはタイプに共通していてもよい（すなわち、グラム陽性菌またはグラム陰性菌）、細菌感染を示す標的遺伝子または代謝物（すなわち、毒素）を検出するために使用され得る。核酸増幅検査（例えば、ＰＣＲ）をまた、このような検出方法において使用し得る。
血清学的同定は、生物標本、例えば、糞便、尿、脳脊髄液、血液などから単離した細菌試料または培養物を使用して達成され得る。細菌の検出のための免疫アッセイは一般に、当業者が通例通り用いる方法、例えば、ＥＬＩＳＡまたはウエスタンブロットによって行われる。さらに、特定の細菌株または細菌種に対して特異的なモノクローナル抗体は、商業的に利用可能であることが多い。
培養方法を使用して、これらに限定されないが、好気性培養対嫌気性培養、様々な培養条件下での成長および形態を含めた技術を用いることによって、特定のタイプの細菌を単離および同定し得る。例示的な生化学的試験は、グラム染色（Ｇｒａｍ、１８８４年；グラム陽性菌は濃青色に染まり、そしてグラム陰性細菌は赤色に染まる）、酵素的分析、ならびにファージタイピングを含む。
このような診断試験および定量試験、ならびに細菌感染を示す他の生理学的因子の正確な性質は、細菌標的、処置される状態、および処置が予防的または治療的であるかどうかによって変化することが理解される。
被験体が特定のタイプの細菌感染を有すると診断された場合において、細菌感染の状態はまた、典型的には、処置を受けている特定のタイプの細菌感染をモニターするために当業者が使用する診断技術を使用してモニターされる。
ＰＭＯまたはＰＰＭＯ処置レジメンは、処置を受けている被験体の免疫アッセイ、他の生化学的試験および生理学的検査の結果に基づいて、示したように調節（用量、頻度、経路など）され得る。
上記から、どのように本開示の様々な目的および特色が満たされるかが認識される。方法は、増進された細胞取込みおよび抗細菌作用を達成する抗ａｃｐＰアンチセンスオリゴマーを使用して、細菌感染、例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）細菌に対する療法において改善を提供する。その結果、必要とされる化合物の価格および量の両方に関して、薬物療法はより有効であり、より安価である。
１つの例示的な態様は、実質的に任意の病原性細菌に対して有効な化合物を、例えば、新たな薬物耐性株に対する迅速な応答のために容易に設計および試験することができることである。
下記の実施例は、本開示を例示することを意図するが、本開示を限定することを意図しない。本明細書において言及する特許および非特許参照文献のそれぞれは、参照によりその全体が組み込まれている。
材料および方法
ペプチドにコンジュゲートしたホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー。ＰＰＭＯは、既に記載されている通り、Ｓａｒｅｐｔａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ．（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、米国）において合成して精製した（Ｔｉｌｌｅｙら、Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ ５０巻：２７８９〜２７９６頁、２００６年）。凍結乾燥したＰＰＭＯを超高純度水に溶解し、滅菌濾過した。ＰＰＭＯペプチドは、示されているオリゴマー配列の５’または３’末端のどちらかに付着した。
細菌。特に明記されていない限り、細菌の株はＵＴ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎの臨床微生物学研究所から得た。株は、ＡＴＣＣ、Ｅ．ｃｏｌｉ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｔｏｃｋ Ｃｅｎｔｅｒ（Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）から購入したもの、または共同研究者から提供されたものも含んだ。それらの株は、ゲノムが配列決定された分離株と様々なレベルの抗生物質耐性を有する臨床分離株の両方を含んだ。単一コロニーをミューラーヒントン陽イオン調整（ＭＨＩＩ）ブロス（Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ Ｄｉｆｃｏ ＢＢＬ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ、ＮＪ、米国）中で、固定相（１〜２ｍＬ、３７℃、２５０ｒｐｍ）に好気的に成長させた。ＯＤ６００をとり、個々の株のコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬ／ＯＤに基づいて、５×１０５の作業用ストック液を生成した。作業用ストック液は１５０ｍＭ ＮａＣｌに希釈し、トリプチックソイ寒天ｗ／５％ヒツジ血液プレート（Ｒｅｍｅｌ、Ｌｅｎｅｘａ、ＫＳ）上で平板培養して、開始濃度を確認した。最少栄養条件に関しては、Ｅ．ｃｏｌｉをＭＯＰＳ最少培地（Ｎｅｉｄｈａｒｔら、Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ、１１９巻：７３６〜７４７頁、１９７４年）中でインキュベートし、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒを１０ｍＭクエン酸塩を含むＡＢ最少培地（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ最少培地）（Ｃｌａｒｋ、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２３巻：９９〜１１２頁、１９６７年）で行った。
最小阻害濃度アッセイ。最小阻害濃度（ＭＩＣ）アッセイは、Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＣＬＳＩ）によって記載されている微量希釈法を使用して、ミューラーヒントンＩＩ培地中で行った。培養物の光学密度（ＯＤ）は、５９５〜６００ｎｍでマイクロプレート分光光度計で読み取った。３７℃の好気的成長（２００〜２５０ｒｐｍ）を１８〜２０時間行った後、＜０．０６のＯＤを含む１００μｌの培養物を成長なしとして点数化した。抗生物質は、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、米国）から購入した。
最小殺菌濃度アッセイ。最小殺菌濃度（ＭＢＣ）アッセイはＭＩＣとして行い、アリコートを明記した時間点で採取して１５０ｍＭ ＮａＣｌに希釈し、平板培養した。プレートを１８時間、インキュベートし、コロニーを数えた。ＰＰＭＯのＩＣ７５を、試験した株の７５％におけるＭＩＣ値として定義した。
透過型電子顕微鏡検査（ＴＥＭ）。指定した時間点において、細菌の試料を遠心分離して、ハンクス平衡塩類溶液（ＨＢＳＳ−）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｇｉｂｃｏ、Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ、米国）で洗浄し、１／２Ｋａｒｎｏｖｓｋｙ固定液（４％パラホルムアルデヒド、２．５％グルタルアルデヒドおよび０．１Ｍリン酸ナトリウム緩衝液）に再懸濁し、Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙ ＵＴ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｅｎｔｅｒ、Ｄａｌｌａｓ、ＴＸによって処理するまで、４℃で保管した。ＴＥＭグリッドを調べ、画像はＦＥＩ Ｔｅｃｎａｉ Ｇ２ Ｓｐｉｒｉｔ Ｂｉｏｔｗｉｎ顕微鏡（ＦＥＩ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｈｉｌｌｓｂｏｒｏ、ＯＲ、米国）で取り込んだ。
相乗作用の研究。ＭＩＣは、９６ウェルプレートで、ＰＰＭＯおよび古典的な抗生物質（示した通り）で行った。ＰＰＭＯは、プレートで最初に水平方向に希釈し、古典的な抗生物質をプレートの列を横切って希釈した。阻害は目視観察およびＯＤ６００（Ｂｅｒｅｎｂａｕｍら、Ｊ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ １２巻：５５５〜５６３頁、１９８３年およびＢｅｒｅｎｂａｕｍ、Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ １３７巻：１２２〜１３０頁、１９７８年を参照されたい）によって決定した。コロニー数の決定に関しては、標的生物のアリコートを所望の濃度のＰＰＭＯ、慣用的な抗生物質、または両方の組み合わせとともにインキュベートし、３７℃で成長させて、２５０ｒｐｍで遠心分離した。培養物を０および２４時間の時間点で、１５０ｍＭ ＮａＣｌに希釈し、平板培養して、次に、コロニーを数えた。相乗作用は、記載されているイソボール（ｉｓｏｂｏｌｅ）法を使用して定量した（Ｔａｌｌａｒｉｄａ、Ｇｅｎｅｓ Ｃａｎｃｅｒ． ２巻：１００３〜８頁、２０１１年を参照されたい）：（抗生物質の有効濃度／抗生物質のＭＩＣ）＋（ＰＰＭＯの有効濃度／ＰＰＭＯのＭＩＣ）。１未満の計算値が相乗作用を示した。
グラフィカルソフトウェア。標準偏差およびグラフ分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（登録商標）６ソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、米国）で行った。
（実施例１）
Ｅ．ｃｏｌｉのａｃｐＰに対して標的化されるＰＰＭＯの活性
Ｅ．ｃｏｌｉのａｃｐＰ遺伝子に対して標的化される、細胞透過性ペプチドにコンジュゲートしたホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＰＭＯ）を調製し、その効力を、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株（ＡＩＳ０７０８３４）に対してｉｎ ｖｉｔｒｏで評価した。
ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃２は、以下の配列：５’−ＣＴＴＣＧＡＴＡＧＴＧ−３’（配列番号１）を有する。ＰＰＭＯは、その３’末端で、（ＲＸＲ）４ＸＢ（配列番号５９）のＣ末端ベータ−アラニンにコンジュゲートした。
ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ（１μＭ）は、単独で、またはトブラマイシン（２μｇ／ｍｌ）との組み合わせのどちらかで細菌培養物に加えた。ＰＰＭＯスクランブル対照（１μＭ）、ペプチド対照（１μＭ）およびトブラマイシン（２μｇ／ｍｌ）を個別にまたは様々な組み合わせで、細菌培養物に加えた。コロニー形成単位（ＣＦＵ）は２４時間で計数した。
図２Ａに示されている通り、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃２により、スクランブルＰＰＭＯ対照およびペプチド対照に比べて、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約１ｌｏｇ低下しただけではなく、トブラマイシンと組み合わせると、対照に比べて、細菌の成長が４ｌｏｇを超えて相乗的に低下した。トブラマイシンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対して有意な効果を有しなかった。
（実施例２）
トブラマイシンのＭＩＣに対するａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯの効果
Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株（ＡＩＳ０７０８３４）に対するトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）への効果について、ＰＰＭＯを試験した。
ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃１は、以下の配列：５’−ＣＴＴＣＧＡＴＡＧＴＧ−３’（配列番号１）を有する。ＰＰＭＯを、その５’末端で、（ＲＸＲ）４ＸＢ（配列番号５９）のＣ末端ベータ−アラニンにコンジュゲートした。
トブラマイシンのＭＩＣは、９６ウェルマイクロタイタープレートフォーマットにおいて、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅの微量希釈法を使用して測定した。各マイクロタイタープレートには、トブラマイシンの複数の同一希釈系列が含まれた。トブラマイシンの各希釈系列において、固定量のＰＰＭＯを加えた。抗生物質の各希釈系列は、様々な濃度のＰＰＭＯを含んだ。結果を図２Ｂ〜２Ｃに示す。
図２Ｂ（線形目盛）および図２Ｃ（対数目盛）は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃１の量を増加させることにより、Ｅ．ｃｏｌｉの多剤耐性株に対してトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が濃度依存的に有意に低下したことを示す。
（実施例３）
Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉのａｃｐＰに対して標的化されるＰＰＭＯの活性
Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉのａｃｐＰ遺伝子に対して標的化される、細胞透過性ペプチドにコンジュゲートしたホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＰＭＯ）を調製し、その効力を、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対してｉｎ ｖｉｔｒｏで評価した。
ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７は、以下の配列：５’−ＡＴＡＴＣＧＣＴＣＡＣ−３’（配列番号２）を有する。ＰＰＭＯを、その３’末端で（ＲＸＲ）４ＸＢ（配列番号５９）のＣ末端ベータ−アラニンにコンジュゲートした。
ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７（２μＭ）を、単独で、またはコリスチン（０．２５μｇ／ｍｌ）、メロペネム（０．５μｇ／ｍｌ）もしくはトブラマイシン（２μｇ／ｍｌ）との組み合わせのどちらかで細菌培養物に加えた。ＰＰＭＯスクランブル対照（２μＭ）、コリスチン（０．２５μｇ／ｍｌ）、メロペネム（０．５μｇ／ｍｌ）およびトブラマイシン（２μｇ／ｍｌ）を個別にまたは様々な組み合わせで、細菌培養物に加えた。コロニー形成単位（ＣＦＵ）は２４時間で計数した。結果を図３〜５に示す。
図３は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約６ｌｏｇ低下しただけではなく、コリスチンと組み合わせると、細菌の成長が検出不能なレベル（ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ単独と比べて、さらに約３ｌｏｇ）まで相乗的に低下したことを示す。コリスチンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対するこの有意な効果を有していなかった。
図４は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約５ｌｏｇ低下しただけではなく、メロペネムと組み合わせると、細菌の成長がａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ単独と比べて、さらに約２ｌｏｇ、相乗的に低下したことを示す。メロペネムおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対するこの有意な効果を有していなかった。
図５は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７により、スクランブルＰＰＭＯ対照に比べて、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株の細菌の成長（コロニー形成単位；ＣＦＵ）が約６ｌｏｇ低下しただけではなく、トブラマイシンと組み合わせると、細菌がａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ単独と比べて、さらに約１ｌｏｇ、相乗的に低下したことを示す。トブラマイシンおよび対照ＰＰＭＯ（単独または組み合わせのどちらも）は、細菌の成長に対するこの有意な効果を有していなかった。
（実施例４）
抗生物質のＭＩＣに対するａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯの効果
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）およびＥ．ｃｏｌｉ ＡＩＳ０７０８３４の多剤耐性株に対する、コリスチン、メロペネムおよびトブラマイシンの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）への効果について、実施例３からのＰＰＭＯ＃７を試験した。
抗生物質コリスチン、メロペネム、およびトブラマイシンのＭＩＣを、９６ウェルマイクロタイタープレートフォーマットのＣｌｉｎｉｃａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅの微量希釈法を使用して測定した。各抗生物質の複数の同一の希釈系列を、各マイクロタイタープレート上に含めた。抗生物質の各希釈系列において、固定量のＰＰＭＯを加えた。抗生物質の各希釈系列は、異なる濃度のＰＰＭＯを含んだ。結果を図３〜８に示す。
図６は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７の量を増加させることにより、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対するコリスチンのＭＩＣが濃度依存的に有意に低下したことを示す。２μＭのＰＰＭＯの存在下で、コリスチンのＭＩＣは、１μｇ／ｍＬから０．２５μｇ／ｍＬまで低下し（図３も参照されたい）、相乗作用は０．７５であった。
図７は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７の量を増加させても、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対するメロペネムのＭＩＣが濃度依存的に有意に低下したことを示す。ＰＰＭＯの非存在下で、メロペネムのＭＩＣは２μｇ／ｍＬであり、これは、４μＭのＰＰＭＯが存在する場合、０．２５μｇ／ｍＬまで低下した（図４も参照されたい）。メロペネムとａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯとの間の相乗作用は０．７５であった。
この効果は、相乗作用がアミノグリコシド系のトブラマイシンの場合にも認められたので、細菌の膜構造に影響を及ぼした抗生物質に限定されるものではなかった。図８は、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ＃７の量を増加させることにより、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＹＥ）の多剤耐性株に対してトブラマイシンのＭＩＣが濃度依存的に有意に低下したことを示す。ＰＰＭＯの非存在下で、トブラマイシンのＭＩＣは６４μｇ／ｍＬであった。ＭＵＣは、４μＭのＰＰＭＯの存在下で、２μｇ／ｍＬまで低下した（図５も参照されたい）。トブラマイシンとａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯとの間の相乗作用は０．６２５であった。
試験したすべての抗生物質に関して、ＰＰＭＯまたは抗生物質単独のどちらか一方と比較して、ＰＰＭＯを抗生物質と組み合わせた場合、少なくとも１ｌｏｇのＣＦＵ／ｍｌに対応する低下があった。８μＭまたはそれ未満のスクランブルＰＰＭＯは、単独では活性を示さず、試験した抗生物質と相乗作用も示さなかった。
ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１）と同じ３種の抗生物質との間の同様の相乗作用が、Ｅ．ｃｏｌｉ株ＡＩＳ０７０８３４（図１２Ａ〜１２Ｆを参照されたい）において認められた。図１２Ａ〜１２Ｂはコリスチンの結果を示し、図１２Ｃ〜１２Ｄはメロペネムの結果を示し、図１２Ｅ〜１２Ｆはトブラマイシンの結果を示す。すべての場合において、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯにより、試験した抗生物質のＭＩＣが有意に低下した。遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢも試験し、それ自体は、測定不能なＭＩＣ（データは図示せず）を有した。
（実施例５）
必須遺伝子を標的化するＰＰＭＯは、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．およびＥ．ｃｏｌｉのｉｎ ｖｉｔｒｏでの成長を阻害する
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．およびＥ．ｃｏｌｉのｉｎ ｖｉｔｒｏでの成長を阻害する能力について、ａｃｐＰに対して標的化されるＰＰＭＯを試験した。細菌株ならびに培養およびアッセイ条件は、上記の材料および方法のセクションに記載されている。
ＭＩＣは、上記の両方の属の細菌について、富培地および最少培地の両方で行った。Ｅ．ｃｏｌｉ（約２２株）およびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（約３４株）のパネルは、以下の表Ｅ１に示されている通り、薬物感受性株と多剤耐性株の両方を含んだ。
使用したＰＰＭＯのすべておよびそれらの配列の一覧表示が提供されている（表３Ａ〜Ｂ）。ＰＰＭＯは、脂肪酸、リポポリサッカライドまたはペプチドグリカン生合成を含めた、様々な経路における、公知のまたは推定上の必須の細菌遺伝子に対して設計した。使用した培地に関わりなく、アシルキャリアータンパク質（ＡｃｐＰ）に標的化されるＰＰＭＯは、Ｅ．ｃｏｌｉとＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの両方において、最良のｉｎ ｖｉｔｒｏ阻害を示した。ＭＨＩＩでは、６種のＰＰＭＯがＥ．ｃｏｌｉにおいて最も活性であり、４μＭまたはそれ未満のＩＣ７５であった（図１３Ａ）。６種のうちの５種はすべて、ａｃｐＰに標的化され、差異は標的上の様々なペプチド付着または位置に関するものであった。ａｃｐＰ ＰＰＭＯは、ＩＣ７５が１〜４μＭの範囲のＭＩＣを有した。他の活性なＰＰＭＯはｍｕｒＡを標的化し、ＩＣ７５が４μＭのＭＩＣを有した。
細菌の遺伝子が必須かどうかの決定は、細菌を成長させた培地に基づいて、変動し得る。ＭＯＰＳ最少培地において、１５種のＥ．ｃｏｌｉ株をスクリーニングした（図１３Ｂ）。このスクリーニングにより、ＩＣ７５が、４μＭまたはそれ未満のＭＩＣを有するＰＰＭＯの数が１０種に増加した。１０種のうちの６種が、ＭＨＩＩ培地において有効であることが分かったＰＰＭＯとなったが、ＭＩＣ値は改善され、最も強力なａｃｐＰ ＰＰＭＯはＩＣ７５が０．５μＭのＭＩＣを有した。追加の強力なＰＰＭＯが同定され、遺伝子標的：ｒｐｍＢ（組換えリボソームタンパク質遺伝子；ＩＣ７５のＭＩＣが０．５および１μＭ）、ａｄｋ（アデニル酸キナーゼ遺伝子；ＩＣ７５のＭＩＣが２μＭ）およびｉｎｆＡ（抗転写終結遺伝子；ＩＣ７５のＭＩＣが４μＭ）を含んだ。
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒでは、ａｃｐＰ ＰＰＭＯ＃６および＃７は、富栄養ＭＨＩＩ培地において、それぞれ、ＩＣ７５のＭＩＣが２〜４μＭを有した。これらのＰＰＭＯは、オリゴマーの５’（ＰＰＭＯ＃６）末端または３’（ＰＰＭＯ＃７）末端上の同一ペプチドの位置決めだけが異なった（図１３Ｃ）。Ｅ．ｃｏｌｉにおいて認められた通り、最少培地中で試験したＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒでは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで活性を示したＰＰＭＯの数が増加した。ＭＨＩＩ中で活性であった２種と合わせて、４種の追加のａｃｐＰ ＰＰＭＯが活性を有することが分かり、ＩＣ７５は２〜４μＭの範囲のＭＩＣであった。ＡＢ最少培地において、ＩＣ７５が４μＭを有するｆｔｓＺ（細胞分裂Ｚ環）およびＩＣ７５が４μＭを有するａｃｃＡ（アセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニット）を含め、さらなる遺伝子標的を同定した（図１３Ｄ）。
最少培地におけるＰＰＭＯの活性の増強がＭＤＲ株においても同様に維持され、Ｅ．ｃｏｌｉ Ｗ３１１０、ならびにＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥおよび００５７は、富培地と比較した場合の１〜２分の１であるＭＩＣ値を有した（図１３Ａ〜Ｄ；図９Ａ〜９Ｃ；図１０Ａ〜１０Ｃ；および図１２Ａ〜１２Ｃを参照されたい）。
図９Ａは、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃２）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃４）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃５）、ｍｕｒＡ（ＰＰＭＯ＃２４）、およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＥ．ｃｏｌｉ Ｗ３１１０の結果を示す。図９Ｂ〜９Ｃは、それぞれ、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃７）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃８）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１３）、ａｃｐＰ（ＰＰＭＯ＃１４）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３３）、ｆｔｓＺ（ＰＰＭＯ＃３４）、ｒｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃２９）およびスクランブル（Ｓｃｒ）対照で攻撃したＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥ（９Ｂ）およびＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ００５７（９Ｃ）の結果を示す。
ＰＰＭＯは、動態ＭＢＣアッセイにより測定される通り、多剤耐性（ＭＤＲ）株において殺菌性でもあった。様々な濃度のＰＰＭＯの存在下または非存在下で、ＭＤＲ株であるＥ．ｃｏｌｉ １１０１８５１、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥおよびＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ００５７を成長させて、試料を様々な時間点で平板培養し、存在している生存細菌の量を決定した（上記のＭＢＣアッセイ）。結果を図１０Ａ〜１０Ｃに示す。多剤耐性があるかに関わらず、ＰＰＭＯは、時間依存的死滅と濃度依存的死滅の両方を実証した。１〜２μＭの濃度のＰＰＭＯにより、２時間までに、Ｅ．ｃｏｌｉ １１０１８５１において４ｌｏｇよりも大きく生存度が低下した（図１０Ａ）。８時間までに、０．０６２５μＭまたはそれ超の試験した濃度のすべてが殺菌性であり、検出限界未満であった。
ＰＰＭＯは、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ株ＡＹＥおよびＡＢ００５７においても、時間依存的死滅と濃度依存的死滅の両方を実証したが、Ｅ．ｃｏｌｉにおける場合よりも、ＰＰＭＯの濃度が高く、死滅速度も遅かった。２４時間では、試験した両方の株において、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃７）は殺菌性であり、＞４μＭのＰＰＭＯ濃度では、検出限界未満であった（図１０Ｂ〜１０Ｃ）。同じペプチドに連結しているスクランブルオリゴ配列を有するＰＰＭＯ（Ｓｃｒ−（ＲＸＲ）４）は、いずれの株に対しても効果はなかった（図１０Ａ〜１０Ｃ）。
多剤耐性Ｅ．ｃｏｌｉ株であるＡＩＳ０７０８３４に対する、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯと３種の異なる抗生物質との間にも相乗作用が存在した（図１２Ａ〜１２Ｆを参照されたい）。コリスチン、メロペネムおよびトブラマイシンのＭＩＣは、様々な濃度のａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃１）またはスクランブル（Ｓｃｒ）対照ＰＰＭＯを用いて測定した。生存細胞は、抗生物質単独、ＰＰＭＯ単独、またはそれらの組み合わせで２４時間、培養して計数した。図１２Ａ〜１２Ｂはコリスチンの結果を示し、図１２Ｃ〜１２Ｄはメロペネムの結果を示し、図１２Ｅ〜１２Ｆはトブラマイシンの結果を示す。すべての場合において、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯにより、試験した抗生物質のＭＩＣが有意に低下した。遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢも試験し、それ自体は、測定不能なＭＩＣ（データは図示せず）を有した。
全体的に、これらのデータは、とりわけ、ＭＤＲ株を含めたＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．およびＥ．ｃｏｌｉのａｃｐＰおよび他の遺伝子に対して標的化されるＰＰＭＯが、臨床関連濃度（例えば、ＩＣ７５が４μＭまたはそれ未満）において殺菌性であることを示す。これらのデータはまた、ａｃｐＰおよび他の遺伝子に対して標的化されるＰＰＭＯが、ＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒおよびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａのＭＤＲ株において、古典的な抗生物質であるトブラマイシン、メロペネムおよびコリスチンと相乗作用を示したこと、ならびにそれらの抗生物質の効力を回復させたことを示す。したがって、ＰＰＭＯは、単独で、または従来の抗生物質と相乗的に使用することができた。阻害濃度未満の抗生物質をＰＰＭＯと組み合わせて使用した場合、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉおよびＥ．ｃｏｌｉの生存度または成長は有意に低下した。コリスチンなどの一部の抗生物質に関しては、ＰＰＭＯと組み合わせると、＞３ｌｏｇの生存度低下をもたらした。
（実施例６）
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの細胞壁に対するａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯの効果
透過型電子顕微鏡検査（ＴＥＭ）を使用して、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯでの攻撃後のＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒに対する形態変化を研究した。富栄養ＭＨＩＩ培地（ミューラーヒントン陽イオン調整ブロス；Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ Ｄｉｆｃｏ ＢＢＬ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ、ＮＪ、米国）において、４０μＭの濃度のａｃｐＰ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃７）またはスクランブル（Ｓｃｒ）ＰＰＭＯ対照の存在下、または非存在下で、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥを成長させた。図１１Ａおよび１１Ｂは、０時間で、ＰＰＭＯが何ら存在しない場合の、無傷の細胞壁および細胞質空間を有するＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥを示す。これは、Ｓｃｒ ＰＰＭＯ（図１１Ｃ〜１１Ｄ）およびａｃｐＰ ＰＰＭＯ（図１１Ｅ〜１１Ｆ）の存在下の、０時間時におけるＡＹＥにも該当した。インキュベーションの６時間後、Ｓｃｒ ＰＰＭＯによりインキュベートした細胞（図１１Ｉ〜１１Ｊ）は、未処置試料のもの（図１１Ｇ〜１１Ｈ）と区別不能であった。対照的に、ａｃｐＰ標的化ＰＰＭＯとの６時間のインキュベーション後、細胞壁の崩壊が観察された（図１１Ｋ〜１１Ｌ）。この崩壊は早くも３時間で認められた（データは図示せず）。これらの結果は、Ａｃｐ ＰＰＭＯの存在下でのＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの細胞生存度の低下は、少なくとも一部、ＰＰＭＯが細胞壁に損傷をもたらす能力によるものであることを示唆している。
（実施例７）
ＰＰＭＯは従来の抗生物質との組み合わせで相乗的である
活性なＰＰＭＯと従来の抗生物質との組み合わせが、それらの効果において相加的かまたは相乗的かを決定するため、チェッカーボードＭＩＣアッセイ（ｃｈｅｃｋｅｒｂｏａｒｄ ＭＩＣ ａｓｓａｙ）を行った。漸増濃度のｆｔｓＺ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃４６）またはスクランブル（Ｓｃｒ）ＰＰＭＯ（Ｓｃｒ−１）、および漸増濃度のコリスチン、メロペネムまたはトブラマイシンのいずれかとともに、多剤耐性Ｅ．ｃｏｌｉ ＡＩＳ０７０８３４をインキュベートした。
２μＭのｆｔｓＺ ＰＰＭＯ存在下では、コリスチンのＭＩＣは、０．５μｇ／ｍＬから０．０５μｇ／ｍＬまで低下した（図１４Ａ）。さらに、メロペネムのＭＩＣは、ｆｔｓＺ ＰＰＭＯの濃度が増加するにつれて低下した。ｆｔｓＺ ＰＰＭＯの非存在下では、メロペネムのＭＩＣは１２μｇ／ｍＬであり、これは、４μＭのｆｔｓＺ ＰＰＭＯが存在する場合、２μｇ／ｍＬまで低下した（図１４Ｃ）。相乗作用がアミノグリコシド系のトブラマイシンの場合にも認められたので、この効果は細菌の膜構造に影響を及ぼした抗生物質に限定されるものではなかった。ｆｔｓＺ ＰＰＭＯの非存在下では、トブラマイシンのＭＩＣは２７０μｇ／ｍＬであった。これは、２μＭのＰＰＭＯの存在下では、ほとんど検出不能レベルにまで低下した（図１４Ｅ）。試験したすべての抗生物質に関して、ＰＰＭＯまたは抗生物質単独のどちらか一方と比較して、ｆｔｓＺ ＰＰＭＯを抗生物質と組み合わせた場合、少なくとも４ｌｏｇのＣＦＵ／ｍｌに対応する低下があった（図１４Ｂ、図１４Ｄ、図１４Ｆ）。３２μＭもしくはそれ未満のスクランブルＰＰＭＯ、または３２μＭもしくはそれ未満の遊離ペプチド（ＲＸＲ）４ＸＢは、単独では活性を示さず、試験した抗生物質と相乗作用も示さなかった。
（実施例８）
非必須抗生物質耐性遺伝子に標的化されるＰＰＭＯは、ＭＤＲ株の従来の抗生物質に対する感受性を回復する。
ＰＰＭＯによる抗生物質耐性のモジュレートは、代替的な治療戦略であり得る。概念の証拠として、特異的な非必須抗生物質耐性遺伝子を標的化するよう、ＰＰＭＯを設計した。ｂｌａＴは、ＴＥＭベータ−ラクタマーゼファミリーの一部であり、ＳＭＳ−３−５のようなＥ．ｃｏｌｉの環境株中で見出される。ＳＭＳ−３−５はベータ−ラクタム系のアンピシリン（ＭＩＣ＞１０２４μｇ／ｍＬ）に耐性であるが、漸増濃度のｂｌａＴ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃６６）とインキュベートした場合、ＭＩＣは、累進的に低下した（図１５Ａ）。ｃｍｌＡは、環境のＥ．ｃｏｌｉ株において見出される、アミノグリコシド耐性遺伝子である。ＳＭＳ−３−５はクロラムフェニコール（ＭＩＣ＞５１２μｇ／ｍＬ）に耐性であるが、漸増濃度のｃｍｌＡ ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃６７）とインキュベートした場合、ＭＩＣもやはり、用量依存的に累進的に低下した（図１５Ｂ）。
ＰＰＭＯによる抗生物質耐性遺伝子の妨害が他の属に有効であり得るかどうかを確認するため、ＡｄｅＡＢＣ ＲＮＤ型多剤排出ポンプの構成成分をコードするａｄｅＡに対するＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃６５）と共にＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ ＡＹＥをインキュベートした。ＡｄｅＡＢＣは、アミノグリコシドを含む様々な抗生物質に耐性を与える。ＭＨＩＩおよびＡＢ最少培地の両方で、様々な濃度のトブラマイシンおよびａｄｅＡ ＰＰＭＯによりＡＹＥを処置した。両方の培地において、トブラマイシン単独は６４μｇ／ｍＬのＭＩＣを有したが、ａｄｅＡ ＰＰＭＯの濃度を増加すると、トブラマイシンのＭＩＣは有意に低下する（図１６Ａ、図１６Ｂ）。８μＭのａｄｅＡ ＰＰＭＯの場合、トブラマイシンのＭＩＣは、ＭＨＩＩおよび最少培地において、それぞれ４μｇ／ｍＬおよび１μｇ／ｍＬに低下した。８μＭでのスクランブルＰＰＭＯは、トブラマイシンのＭＩＣに対して効果を有さなかった。

Claims (46)

  1. モルホリノサブユニット、および１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’環外炭素に接合するリン含有サブユニット間連結から構成され、かつ（ａ）約１０〜４０個のヌクレオチド塩基、ならびに（ｂ）生化学的経路および／もしくは細胞プロセスに関連するタンパク質、または抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列を有し、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートされている、アンチセンスモルホリノオリゴマー。
  2. 式（Ｉ）：
    のアンチセンスモルホリノオリゴマーまたは薬学的に許容されるその塩であって、
    式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
    Ｘは、９〜３８の整数であり、
    Ｔは、ＯＨおよび式：
    の部分から選択され、
    式中、各Ｒ４は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
    の部分から選択され、
    式中、
    Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
    Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９ＯＨ、アシル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、
    Ｒ９は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基のそれぞれは、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立して選択され、
    Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
    Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイルおよび式：
    の部分から選択され、
    式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２のものであり、式中、各Ｒ１４は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
    Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
    Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
    のものであり、式中、前記ＣＰＰは、前記ＣＰＰのカルボキシ末端でアミド結合によって前記リンカー部分に付着しており、ただし、Ｇの１つのみの実例が存在し、
    前記標的化配列が、生化学的経路および／または細胞プロセスならびに抗生物質耐性に関連するタンパク質の少なくとも１つから選択されるタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズする、
    アンチセンスモルホリノオリゴマーまたは薬学的に許容されるその塩。
  3. 前記標的配列が、前記細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドン、および／または前記細菌ｍＲＮＡの前記翻訳開始コドンの上流または下流の約３０塩基内の配列を含む、請求項１または２に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  4. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、脂肪酸生合成タンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  5. 前記脂肪酸生合成タンパク質が、ＡｃｐＰによってコードされたアシルキャリアータンパク質である、請求項４に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  6. 前記標的配列が配列番号６９または７０であり、ここでチミン塩基（Ｔ）が任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である、請求項５に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  7. 前記脂肪酸生合成タンパク質が、ＡｃｃＡによってコードされるアセチル補酵素Ａカルボキシラーゼのカルボキシルトランスフェラーゼアルファサブユニットである、請求項４に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  8. 前記標的化配列が、配列番号１〜１１で示されるか、配列番号１〜１１の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むか、または配列番号１〜１１に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含み、ここでチミン塩基（Ｔ）が任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である、請求項１から７のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  9. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、ＭｕｒＡによってコードされるＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼであるペプチドグリカン生合成タンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  10. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、リボソームタンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  11. 前記リボソームタンパク質が、ＲｐｍＢによってコードされる５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８である、請求項１０に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  12. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、Ａｄｋによってコードされるアデニル酸キナーゼである細胞エネルギーホメオスタシスタンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  13. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、ＩｎｆＡによりコードされる翻訳開始因子であるタンパク質生合成タンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  14. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、ＦｔｓＺによりコードされる、細菌の細胞分裂の隔壁の見込み部位において環に集合する細胞分裂タンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  15. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、ＲｐｏＤによってコードされるＲＮＡポリメラーゼであるＲＮＡ合成タンパク質のシグマＤ因子である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  16. 生化学的経路および／または細胞プロセスに関連する前記タンパク質が、ＡｒｏＣによってコードされるコリスミ酸シンターゼ（５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸ホスホリアーゼ）である芳香族化合物の生合成タンパク質である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  17. 前記標的化配列が、配列番号１２〜５３で示されるか、配列番号１２〜５３の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むか、または配列番号１２〜５３に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含み、ここでチミン塩基（Ｔ）が任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である、請求項１から３または９から１６のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  18. 抗生物質耐性に関連する前記タンパク質が、ＴＥＭベータ−ラクタマーゼ（ＢｌａＴ）、クロラムフェニコール耐性遺伝子Ｃｍｌおよび耐性−小結節形成−細胞分裂（ＲＮＤ）型多剤排出ポンプサブユニットＡｄｅＡ（ａｄｅＡ）の少なくとも１つから選択される、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  19. 前記標的化配列が、配列番号５４〜５６で示されるか、配列番号５４〜５６の少なくとも１０の連続するヌクレオチドのフラグメントを含むか、または配列番号５４〜５６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する変異体を含み、ここでチミン塩基（Ｔ）が任意選択でウラシル塩基（Ｕ）である、請求項１から３または１８のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  20. Ｔが、
    から選択される、請求項２に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  21. Ｒ２が、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される、請求項２または２０に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  22. Ｔが、
    から選択され、
    Ｒ２が、Ｇである、請求項２、２０または２１のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  23. Ｔが、式：
    のものであり、
    Ｒ６が、式：
    のものであり、
    Ｒ２が、Ｇである、請求項２に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  24. Ｔが、式：
    のものであり、
    Ｒ２が、Ｇである、前出の請求項２または２０から２３のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  25. Ｔが、式：
    のものである、請求項２に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  26. Ｒ２が、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される、請求項２５に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  27. Ｒ１の少なくとも１つの実例が、−Ｎ（ＣＨ３）２である、請求項２または２０から２６のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  28. 各Ｒ１が、−Ｎ（ＣＨ３）２である、請求項２７に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  29. 前記ＣＰＰが、
    から選択され、
    Ｒａが、Ｈ、アセチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される、
    前出の請求項のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  30. Ｇが、
    から選択され、
    Ｒａが、Ｈ、アセチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択される、
    請求項２または２０から２８のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  31. 前記アンチセンスオリゴマーが、
    から選択される式（ＶＩＩ）のもの、または上記のいずれかの薬学的に許容される塩であり、
    式中、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイルおよびステアロイルから選択され、Ｒｂは、Ｈ、アセチル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、ＸおよびＮｕは、請求項１において定義した通りである、
    前出の請求項のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  32. Ｒａがアセチルであり、ＲｂがＨである、請求項３１に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  33. 前記標的化配列が、
    ａ） 配列番号１（ＣＴＴＣＧＡＴＡＧＴＧ）（Ｘは９である）
    ｂ） 配列番号２（ＡＴＡＴＣＧＣＴＣＡＣ）（Ｘは９である）
    ｃ） 配列番号３（ＡＴＴＣＴＣＣＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｄ） 配列番号４（ＣＡＣＡＧＧＡＡＴＴＣ）（Ｘは９である）
    ｅ） 配列番号５（ＴＴＧＣＣＡＴＴＡＧＣ）（Ｘは９である）
    ｆ） 配列番号６（ＣＴＧＴＡＧＴＧＡＴＴＴＣＡＣＣＡ）（Ｘは１５である）
    ｇ） 配列番号７（ＴＴＡＴＣＴＡＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｈ） 配列番号８（ＧＣＡＣＧＴＴＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｉ） 配列番号９（ＡＧＡＡＡＡＣＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｊ） 配列番号１０（ＴＴＧＡＴＡＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）、および
    ｋ） 配列番号１１（ＧＣＴＴＴＴＴＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    から選択され、ここでチミン塩基（Ｔ）はウラシル塩基（Ｕ）であってもよい、
    請求項２から３または２０から３２のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  34. 前記標的化配列が、
    ａ） 配列番号１２（ＡＴＣＣＡＴＴＴＡＧＴ）（Ｘは９である）
    ｂ） 配列番号１３（ＣＡＴＴＴＡＧＴＴＴＧ）（Ｘは９である）
    ｃ） 配列番号１４（ＡＡＴＴＴＡＴＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｄ） 配列番号１５（ＡＡＡＴＴＴＡＴＣＣＡ）（Ｘは９である）
    ｅ） 配列番号１６（ＡＣＴＣＧＧＧＡＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｆ） 配列番号１７（ＣＴＡＴＴＣＴＣＣＡＡ）（Ｘは９である）
    ｇ） 配列番号１８（ＧＧＣＡＧＡＣＴＣＧＧ）（Ｘは９である）
    ｈ） 配列番号１９（ＣＴＴＡＧＡＣＡＴＧＧ）（Ｘは９である）
    ｉ） 配列番号２０（ＡＴＧＡＴＡＣＧＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｊ） 配列番号２１（ＴＣＴＴＴＧＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｋ） 配列番号２２（ＴＣＡＡＡＴＧＡＧＧＣ）（Ｘは９である）
    ｌ） 配列番号２３（ＡＡＴＧＡＧＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｍ） 配列番号２４（ＡＴＡＧＴＴＴＣＴＣＴＣＣ）（Ｘは１１である）
    ｎ） 配列番号２５（ＴＣＡＴＣＴＴＴＧＣＴ）（Ｘは９である）
    ｏ） 配列番号２６（ＴＴＴＴＧＣＴＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｐ） 配列番号２７（ＴＴＣＣＣＴＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｑ） 配列番号２８（ＴＴＴＣＣＡＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｒ） 配列番号２９（ＡＣＧＣＴＡＡＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｓ） 配列番号３０（ＴＧＴＴＴＧＡＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｔ） 配列番号３１（ＡＡＴＴＣＧＡＧＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｕ） 配列番号３２（ＴＧＴＴＡＡＡＧＡＧＣ）（Ｘは９である）
    ｖ） 配列番号３３（ＣＴＴＧＴＡＡＣＣＡＣＡＣＣＡ）（Ｘは１３である）
    ｗ） 配列番号３４（ＧＧＴＧＣＡＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｘ） 配列番号３５（ＧＡＣＴＴＡＡＴＣＡＡ）（Ｘは９である）
    ｙ） 配列番号３６（ＣＴＡＣＴＧＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｚ） 配列番号３７（ＣＡＴＴＧＡＧＡＴＴＴ）（Ｘは９である）
    ａａ） 配列番号３８（ＡＣＡＴＣＴＧＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｂｂ） 配列番号３９（ＴＴＣＴＧＡＴＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｃｃ） 配列番号４０（ＧＴＡＴＡＴＧＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｄｄ） 配列番号４１（ＴＣＣＴＧＣＡＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｅｅ） 配列番号４２（ＡＴＡＴＡＣＣＴＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｆｆ） 配列番号４３（ＧＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＧＡＣＣＡ）（Ｘは１５である）
    ｇｇ） 配列番号４４（ＧＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＣＣＡ）（Ｘは１４である）
    ｈｈ） 配列番号４５（ＴＧＴＴＴＣＡＴＡＣＧ）（Ｘは９である）
    ｉｉ） 配列番号４６（ＧＧＴＴＴＧＣＣＡＡＧ）（Ｘは９である）
    ｊｊ） 配列番号４７（ＴＧＴＴＴＣＡＣＣＡＴ）（Ｘは９である）
    ｋｋ） 配列番号４８（ＩＩＩＩＴＣＧＣＣＡＡ）（Ｘは９である）
    ｌｌ） 配列番号４９（ＣＴＣＴＴＡＡＴＧＡＴ）（Ｘは９である）
    ｍｍ） 配列番号５０（ＡＴＣＣＡＣＡＣＡＡＧ）（Ｘは９である）
    ｎｎ） 配列番号５１（ＴＣＣＡＣＣＡＡＧＴＣＡＣＣＡ）（Ｘは１３である）
    ｏｏ） 配列番号５２（ＡＧＡＧＴＴＣＡＡＧＧ）（Ｘは９である）
    ｐｐ） 配列番号５３（ＧＧＴＧＣＴＣＡＡＡＣ）（Ｘは９である）
    から選択され、ここでチミン塩基（Ｔ）はウラシル塩基（Ｕ）であってもよい、
    請求項２から３または２０から３２のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  35. 前記標的化配列が、
    ａ） 配列番号５４（ＡＴＡＣＴＧＴＣＣＡＡ）
    ｂ） 配列番号５５（ＣＴＣＴＴＣＣＴＴＴＴ）、および
    ｃ） 配列番号５６（ＴＣＣＴＴＣＴＧＡＴＴ）
    から選択され、ここでチミン塩基（Ｔ）はウラシル塩基（Ｕ）であってもよい、
    請求項２から３または２０から３２のいずれか一項に記載のアンチセンスモルホリノオリゴマー。
  36. 薬学的に許容される担体およびアンチセンスモルホリノオリゴマーを含む医薬組成物であって、前記アンチセンスモルホリノオリゴマーは、モルホリノサブユニット、および１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’環外炭素に接合するリン含有サブユニット間連結から構成され、かつ（ａ）約１０〜４０個のヌクレオチド塩基、ならびに（ｂ）生化学的経路および／もしくは細胞プロセスに関連するタンパク質、または抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列を有し、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートされている、医薬組成物。
  37. 前記アンチセンスモルホリノオリゴマーが、式（Ｉ）：
    のものまたは薬学的に許容されるその塩であり、
    式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
    Ｘは、９〜３８の整数であり、
    Ｔは、ＯＨおよび式：
    の部分から選択され、
    式中、各Ｒ４は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
    の部分から選択され、
    式中、
    Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
    Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９ＯＨ、アシル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、
    Ｒ９は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基のそれぞれは、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立して選択され、
    Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
    Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイルおよび式：
    の部分から選択され、
    式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２のものであり、式中、各Ｒ１４は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
    Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
    Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
    のものであり、式中、前記ＣＰＰは、前記ＣＰＰのカルボキシ末端でアミド結合によって前記リンカー部分に付着しており、ただし、Ｇの１つのみの実例が存在し、
    前記標的化配列が、生化学的経路および／または細胞プロセスならびに抗生物質耐性に関連するタンパク質の少なくとも１つから選択されるタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズする、
    請求項３６に記載の医薬組成物。
  38. 細菌における、生化学的経路および／または細胞プロセスならびに抗生物質耐性に関連するタンパク質の少なくとも１つから選択されるタンパク質の発現および活性を低下させる方法であって、前記細菌をアンチセンスモルホリノオリゴマーに接触させることを含み、前記アンチセンスモルホリノオリゴマーは、モルホリノサブユニット、および１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’環外炭素に接合するリン含有サブユニット間連結から構成され、かつ（ａ）約１０〜４０個のヌクレオチド塩基、ならびに（ｂ）生化学的経路および／もしくは細胞プロセスに関連するタンパク質、または抗生物質耐性に関連するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列を有し、前記オリゴマーは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートされている、方法。
  39. 前記アンチセンスモルホリノオリゴマーが、式（Ｉ）：
    のものまたは薬学的に許容されるその塩であり、
    式中、各Ｎｕは、一緒になって標的化配列を形成する核酸塩基であり、
    Ｘは、９〜３８の整数であり、
    Ｔは、ＯＨおよび式：
    の部分から選択され、
    式中、各Ｒ４は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
    の部分から選択され、
    式中、
    Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
    Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９ＯＨ、アシル、トリチルおよび４−メトキシトリチルから選択され、
    Ｒ９は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基のそれぞれは、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立して選択され、
    Ｒ１の各実例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は、独立してＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
    Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイルおよび式：
    の部分から選択され、
    式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２のものであり、式中、各Ｒ１４は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
    Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
    Ｇは、細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）、ならびに−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰおよび−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択されるリンカー部分であるか、またはＧは、式：
    のものであり、
    式中、前記ＣＰＰは、前記ＣＰＰのカルボキシ末端でアミド結合によって前記リンカー部分に付着しており、ただし、Ｇの１つのみの実例が存在し、
    前記標的化配列が、生化学的経路および／または細胞プロセスならびに抗生物質耐性に関連するタンパク質の少なくとも１つから選択されるタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列と特異的にハイブリダイズする、
    請求項３８に記載の方法。
  40. 前記細菌が、被験体内にあり、前記方法は、前記被験体に前記アンチセンスオリゴマーを投与することを含む、請求項３８または３９に記載の方法。
  41. 前記細菌が、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａおよびＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの属から選択される、前出の請求項のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記細菌が、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの抗生物質耐性株、およびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの多剤耐性（ＭＤＲ）株から選択される、前出の請求項のいずれか一項に記載の方法。
  43. 前記細菌が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉまたはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉである、前出の請求項のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記オリゴマーと抗微生物剤とを個別にまたは同時に投与することを含み、場合により、前記オリゴマーの投与により前記抗微生物剤への前記細菌の感受性が向上する、前出の請求項のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記抗微生物剤が、β−ラクタム系抗生物質、アミノグリコシド系抗生物質およびポリミキシンの１つまたは複数から選択される、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記オリゴマーと前記抗微生物剤との組み合わせが、前記オリゴマーおよび／または前記微生物剤単独と比べて、前記細菌の前記抗生物質への感受性を相乗的に向上させる、請求項４４または４５に記載の方法。
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