JP2017503493A - 自殺リスクに関連する遺伝子マーカーおよびその使用の方法 - Google Patents
自殺リスクに関連する遺伝子マーカーおよびその使用の方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017503493A JP2017503493A JP2016542129A JP2016542129A JP2017503493A JP 2017503493 A JP2017503493 A JP 2017503493A JP 2016542129 A JP2016542129 A JP 2016542129A JP 2016542129 A JP2016542129 A JP 2016542129A JP 2017503493 A JP2017503493 A JP 2017503493A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- subject
- suicide
- combination
- marker
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/08—Antiepileptics; Anticonvulsants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/18—Antipsychotics, i.e. neuroleptics; Drugs for mania or schizophrenia
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/22—Anxiolytics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/24—Antidepressants
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
- G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
- G16C99/00—Subject matter not provided for in other groups of this subclass
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
- Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation
Abstract
Description
[0007] 本発明によれば、自殺のリスクをもつ対象を同定する方法であって、対象由来の生物学的試料において自殺に関連する1以上の遺伝子マーカーを同定することを含み、少なくとも1つのマーカーがrs2491144(SEQ ID NO:1)と定められ、マーカーrs2491144におけるG対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定される方法が、提供される。
[0010] 本発明によれば、上記および本明細書において記載された方法であって、生物学的試料が、血液、唾液、脊髄液、脳生検、対象から得られた培養細胞、便、尿、検死試料、または組織学的目的のために採取された凍結切片である方法も、提供される。
[0013] 本発明によれば、上記および本明細書において記載された方法であって、精神疾患が、鬱病、統合失調症、統合失調感情障害、双極性障害、人格障害、季節性感情障害、不安障害、および心的外傷後ストレス障害からなる群から選択される方法も、提供される。
[0015] 本発明によれば、上記および本明細書において記載された方法であって、対象が、鬱病、統合失調症、統合失調感情障害、双極性障害、人格障害、季節性感情障害、不安障害、および心的外傷後ストレス障害からなる群から選択される精神疾患の1以上の症状を示す方法も、提供される。
a)対象を、薬物療法、非薬物療法(non−medicinal therapy)もしくはそれらの組み合わせにより処置する;
b)対象をモニターする;
c)対象をカウンセリングする;
d)対象を、精神疾患もしくは精神疾患もしくは自殺に関連する1以上の症状に関して試験もしくはスクリーニングする;
e)対象から得られたゲノムDNAを含む生物学的試料もしくは二次生物学的試料を、1以上の追加の遺伝子マーカー、ヌクレオチド配列、タンパク質、代謝産物もしくはそれらのあらゆる組み合わせに関して試験する;
f)自殺リスクを増大させる化合物、組成物、物品もしくはきっかけの入手を除去もしくは低減する、または
それらのあらゆる組み合わせ。
[0025] 本発明によれば、上記および本明細書において記載された方法であって、非薬物療法が、電気痙攣療法もしくは電気ショック療法、磁気発作療法、経頭蓋磁気刺激、認知行動療法、弁証法的行動療法、リスク散逸グループ療法、深部脳刺激、またはそれらの組み合わせを含む方法も、提供される。
a)以下において定められる多型:
rs2491144(SEQ ID NO:1)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:1の相補配列(complement)もしくは多型部位を含むその断片、
rs9315639(SEQ ID NO:2)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:2の相補配列もしくは多型部位を含むその断片、
rs11082138(SEQ ID NO:3)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:3の相補配列もしくは多型部位を含むその断片、
rs11697517(SEQ ID NO:4)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:4の相補配列もしくは多型部位を含むその断片、
rs2186437(SEQ ID NO:5)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:5の相補配列もしくは多型部位を含むその断片、
もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含むヌクレオチド配列を増幅するための1以上のプライマー;
b)SEQ ID NO:1、2、3、4もしくは5、もしくはそれらの相補配列に多型部位を含むヌクレオチドの領域にわたってハイブリダイズする1以上のプローブ、ここで、前記のプローブは、多型部位において多型の特定のバリアントにハイブリダイズする;
c)緩衝剤、ヌクレオチド、DNA増幅酵素、もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含む、1種類以上の試薬および/または製品;
d)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、それらの相補配列もしくはそれらのあらゆる組み合わせの多型を遺伝子型決定するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品、
e)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、それらの相補配列もしくはそれらのあらゆる組み合わせの配列を決定するDNA配列決定反応を実施するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品、
f)SEQ ID NO:1〜5、多型部位を含むそれらの断片もしくはそれらの相補配列のあらゆる1つもしくは組み合わせを含む、もしくはそれからなる複数のヌクレオチド配列を含む、遺伝子チップもしくはヌクレオチド配列アレイ;
g)本明細書で記載される構成要素を用いる、本明細書で記載される方法を実施する、その方法の実施から得られるデータを解釈する、もしくはそれらのあらゆる組み合わせのための1以上の指示;
h)対象の症状を検査、診断、モニターもしくは決定するために用いられることができる、尺度、基準等;
またはa)〜h)のあらゆる組み合わせもしくは部分的組合せ。
a)rs2491144(SEQ ID NO:1)、rs9315639(SEQ ID NO:2)、rs11082138(SEQ ID NO:3)、rs11697517(SEQ ID NO:4)、rs2186437(SEQ ID NO:5)において定められる多型もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含むヌクレオチド配列を増幅するための1以上のプライマー;
b)SEQ ID NO:1、2、3、4もしくは5に多型部位を含むヌクレオチドの領域にわたってハイブリダイズする1以上のプローブ、ここで、前記のプローブは、多型部位において多型の特定のバリアントにハイブリダイズする;
c)緩衝剤、ヌクレオチド、DNA増幅酵素、もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含む、1種類以上の試薬および/または製品;
d)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、もしくはそれらの組み合わせの多型を遺伝子型決定するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品、
e)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、もしくはそれらの組み合わせの配列を決定するDNA配列決定反応を実施するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品、
f)SEQ ID NO:1〜5を含む、もしくはそれからなる複数のヌクレオチド配列を含む、遺伝子チップもしくはヌクレオチド配列アレイ、ならびに;
g)本明細書で記載される構成要素を用いる、本明細書で記載される方法を実施する、その方法の実施から得られるデータを解釈する、もしくはそれらのあらゆる組み合わせのための1以上の指示;
h)対象の症状を検査、診断、モニターもしくは決定するために用いられることができる、尺度、基準等;
またはa)〜h)のあらゆる組み合わせもしくは部分的組合せ。
[0030] 本発明のこれらのおよび他の特徴は、以下の記載からより明らかになると考えられ、ここで、添付の図面への参照がなされ、ここで:
[0033] 本発明は、自殺のリスクをもつ対象を同定する方法であって、ゲノムDNAが、1)rs2491144(SEQ ID NO:1)もしくは多型部位を含むその断片、またはSEQ ID NO:1の相補配列であるヌクレオチド配列もしくは多型部位を含むその断片;2)rs9315639(SEQ ID NO:2)もしくは多型部位を含むその断片、またはrs9315639(SEQ ID NO:2)の相補配列であるヌクレオチド配列もしくは多型部位を含むその断片;3)rs11082138(SEQ ID NO:3)もしくは多型部位を含むその断片、またはrs11082138(SEQ ID NO:3)の相補配列であるヌクレオチド配列もしくは多型部位を含むその断片;4)rs11697517(SEQ ID NO:4)もしくは多型部位を含むその断片、またはrs11697517(SEQ ID NO:4)の相補配列であるヌクレオチド配列もしくは多型部位を含むその断片;5)rs2186437(SEQ ID NO:5)もしくは多型部位を含むその断片、またはrs2186437(SEQ ID NO:5)の相補配列であるヌクレオチド配列もしくは多型部位を含むその断片と定められる自殺に関連する1以上の多型マーカーを含むかどうかを決定するために対象のゲノムDNAを含む生物学的試料を試験することを含み、ここで、マーカーrs2491144におけるG対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、マーカーrs9315639におけるC対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、マーカーrs11082138におけるC対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、マーカーrs11697517におけるT対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、そして;マーカーrs2186437におけるC対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定される方法を提供する。
精神疾患を有すると診断されている、または自殺リスクに関する精神疾患の1以上の症状を示す対象を同定する方法であって、以下の工程を含む方法:
ゲノムDNAが、rs2491144(SEQ ID NO:1)、rs9315639(SEQ ID NO:2)、rs11082138(SEQ ID NO:3)、rs11697517(SEQ ID NO:4)、rs2186437(SEQ ID NO:5)またはそれらの組み合わせと定められる1以上のマーカーを含むかどうかを決定するために、対象のゲノムDNAを含む生物学的試料を試験し、ここで、
マーカーrs2491144におけるG対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、
マーカーrs9315639におけるC対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、
マーカーrs11082138におけるC対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、
マーカーrs11697517におけるT対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定され、そして;
マーカーrs2186437におけるC対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定される。
a)rs2491144(SEQ ID NO:1)もしくは多型部位を含むその断片;rs9315639(SEQ ID NO:2)もしくは多型部位を含むその断片;rs11082138(SEQ ID NO:3)もしくは多型部位を含むその断片;rs11697517(SEQ ID NO:4)もしくは多型部位を含むその断片;rs2186437(SEQ ID NO:5)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはそれらのあらゆる組み合わせにおいて定められる多型を含むヌクレオチド配列を増幅するための1以上のプライマー。当業者には理解されるであろうように、上記のヌクレオチド配列の相補配列であるヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなるプライマーが用いられることもでき、上記の配列もしくはそれに相補的である配列に対して約90〜100%、例えば90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.9%もしくは100%(それらに限定されないが)の配列同一性を示す配列も同様である;
b)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、多型部位を含むそれらの断片もしくはそれらの相補配列に、多型部位を含むヌクレオチドの領域にわたってハイブリダイズする1以上のプローブ、ここで、前記のプローブは、多型部位において多型の特定のバリアントにハイブリダイズする。また、限定であることを望むわけでは決してないが、プローブは、適切な基、例えば蛍光タグ、蛍光体、放射性標識等で標識されることができる。さらに、1以上のプローブは、支持体、例えばバイオチップ、アレイ、スライド、マルチウェルプレート、ビーズ等(それらに限定されないが)に共有結合していることができ、またはそれと物理的に会合していることもできる。一態様において、それは限定であることを決して意図されていないが、プローブは、核酸のアレイを含むことができる;
c)緩衝剤、ヌクレオチド、DNA増幅酵素、もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含む、1種類以上の試薬および/または製品;
d)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、もしくはそれらの組み合わせの多型を遺伝子型決定するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品、
e)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、もしくはそれらの組み合わせの配列を決定するDNA配列決定反応を実施するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品、
f)SEQ ID NO:1〜5、それらの断片もしくはそれらの相補配列を含む、もしくはそれからなる1以上のヌクレオチド配列を含む、遺伝子チップもしくはヌクレオチド配列アレイ;
g)本明細書で記載される構成要素を用いる、本明細書で記載される方法を実施する、その方法の実施から得られるデータを解釈する、もしくはそれらのあらゆる組み合わせのための1以上の指示;
h)対象の症状を検査、診断、モニターもしくは決定するために用いられることができる、尺度、基準等;
またはa)〜h)のあらゆる組み合わせもしくは部分的組合せ。
[0061] 我々は、カナダ、トロントの中毒および精神保健センターにおける334人の双極性障害の患者の試料(試料GBP)を集めた。GBP試料に関する詳細は、以前に記載されている(13)。参加者は、登録の時点で少なくとも18歳であり、自己申告により欧州人の祖先を報告した。彼らは、家庭医の医院、診療所、病院、および患者支援グループでの宣伝により募集された。DSM−IVおよびICD−10基準に従う双極性障害に関する彼らの診断は、精神医学の臨床評価のためのスケジュール(SCAN)を用いて確証された。除外基準は、静脈内薬物依存の診断、報告された静脈内薬物の使用、気分不一致性精神病症状の存在、アルコールのみと関連する、もしくはその結果としての躁病エピソード、物質乱用、物質依存、医学的疾患、または薬物療法を含んでいた。
rs2491144に関して、BETAが負であるため、試験対立遺伝子(A)のそれぞれの追加のコピーを有すると、G対立遺伝子と比較してより高い自殺の深刻さに関する低下したリスクが存在する。従って、GGは、よりリスクの高い遺伝子型である。
1. Angst F, Stassen HH, Clayton PJ, Angst J. Mortality of patients with mood disorders: follow-up over 34-38 years. J Affect Disord 2002; 68(2-3): 167-181.
2. Nordentoft M, Mortensen PB, Pedersen CB. Absolute risk of suicide after first hospital contact in mental disorder. Arch Gen Psychiatry 2011; 68(10): 1058-1064.
3. Zai CC, de Luca V, Strauss J, Tong RP, Sakinofsky I, Kennedy JL. Genetic Factors and Suicidal Behavior. 2012.
4. Roy A, Segal NL, Sarchiapone M. Attempted suicide among living co-twins of twin suicide victims. Am J Psychiatry 1995; 152(7): 1075-1076.
5. Statham DJ, Heath AC, Madden PA, Bucholz KK, Bierut L, Dinwiddie SH, et al. Suicidal behaviour: an epidemiological and genetic study. Psychol Med 1998; 28(4): 839-855.
6. Voracek M, Loibl LM. Genetics of suicide: a systematic review of twin studies. Wien Klin Wochenschr 2007; 119(15-16): 463-475.
7. Hesselbrock V, Dick D, Hesselbrock M, Foroud T, Schuckit M, Edenberg H, et al. The search for genetic risk factors associated with suicidal behavior. Alcohol Clin Exp Res 2004; 28(5 Suppl): 70S-76S.
8. Zubenko GS, Maher BS, Hughes HB, 3rd, Zubenko WN, Scott Stiffler J, Marazita ML. Genome-wide linkage survey for genetic loci that affect the risk of suicide attempts in families with recurrent, early-onset, major depression. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet 2004; 129B(1): 47-54.
9. Willour VL, Zandi PP, Badner JA, Steele J, Miao K, Lopez V, et al. Attempted suicide in bipolar disorder pedigrees: evidence for linkage to 2p12. Biol Psychiatry 2007; 61(5): 725-727.
10. Perlis RH, Huang J, Purcell S, Fava M, Rush AJ, Sullivan PF, et al. Genome-wide association study of suicide attempts in mood disorder patients. Am J Psychiatry 2010; 167(12): 1499-1507.
11. Schosser A, Butler AW, Ising M, Perroud N, Uher R, Ng MY, et al. Genomewide association scan of suicidal thoughts and behaviour in major depression. PLoS One 2011; 6(7): e20690.
12. Willour VL, Seifuddin F, Mahon PB, Jancic D, Pirooznia M, Steele J, et al. A genome-wide association study of attempted suicide. Mol Psychiatry 2012; 17(4): 433-444.
13. Scott LJ, Muglia P, Kong XQ, Guan W, Flickinger M, Upmanyu R, et al. Genome-wide association and meta-analysis of bipolar disorder in individuals of European ancestry. Proc Natl Acad Sci U S A 2009; 106(18): 7501-7506.
14. Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MA, Bender D, et al. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. Am J Hum Genet 2007; 81(3): 559-575.
15. Howie B, Fuchsberger C, Stephens M, Marchini J, Abecasis GR. Fast and accurate genotype imputation in genome-wide association studies through pre-phasing. Nat Genet 2012; 44(8): 955-959.
16. Delaneau O, Zagury JF, Marchini J. Improved whole-chromosome phasing for disease and population genetic studies. Nat Methods 2013; 10(1): 5-6.
17. Abecasis GR, Altshuler D, Auton A, Brooks LD, Durbin RM, Gibbs RA, et al. A map of human genome variation from population-scale sequencing. Nature 2010; 467(7319): 1061-1073.
18. Inatani M, Haruta M, Honjo M, Oohira A, Kido N, Takahashi M, et al. Upregulated expression of N-syndecan, a transmembrane heparan sulfate proteoglycan, in differentiated neural stem cells. Brain Res 2001; 920(1-2): 217-221.
19. Hienola A, Tumova S, Kulesskiy E, Rauvala H. N-syndecan deficiency impairs neural migration in brain. J Cell Biol 2006; 174(4): 569-580.
20. Kaksonen M, Pavlov I, Voikar V, Lauri SE, Hienola A, Riekki R, et al. Syndecan-3-deficient mice exhibit enhanced LTP and impaired hippocampus-dependent memory. Mol Cell Neurosci 2002; 21(1): 158-172.
21. Wetzel C, Hu J, Riethmacher D, Benckendorff A, Harder L, Eilers A, et al. A stomatin-domain protein essential for touch sensation in the mouse. Nature 2007; 445(7124): 206-209.
22. McGowan PO, Sasaki A, D'Alessio AC, Dymov S, Labonte B, Szyf M, et al. Epigenetic regulation of the glucocorticoid receptor in human brain associates with childhood abuse. Nat Neurosci 2009; 12(3): 342-348.
23. Perroud N, Paoloni-Giacobino A, Prada P, Olie E, Salzmann A, Nicastro R, et al. Increased methylation of glucocorticoid receptor gene (NR3C1) in adults with a history of childhood maltreatment: a link with the severity and type of trauma. Transl Psychiatry 2011; 1: e59.
24. Hubler TR, Scammell JG. Intronic hormone response elements mediate regulation of FKBP5 by progestins and glucocorticoids. Cell Stress Chaperones 2004; 9(3): 243-252.
25. Magee JA, Chang LW, Stormo GD, Milbrandt J. Direct, androgen receptor-mediated regulation of the FKBP5 gene via a distal enhancer element. Endocrinology 2006; 147(1): 590-598.
26. Kripke DF, Nievergelt CM, Tranah GJ, Murray SS, Rex KM, Grizas AP, et al. FMR1, circadian genes and depression: suggestive associations or false discovery? J Circadian Rhythms 2013; 11(1): 3.
27. Brouwer JR, Severijnen E, de Jong FH, Hessl D, Hagerman RJ, Oostra BA, et al. Altered hypothalamus-pituitary-adrenal gland axis regulation in the expanded CGG-repeat mouse model for fragile X-associated tremor/ataxia syndrome. Psychoneuroendocrinology 2008; 33(6): 863-873.
[0070] 全ての引用は、参照により本明細書に援用される。
Claims (22)
- 自殺のリスクをもつ対象を同定する方法であって、対象由来の生物学的試料において自殺に関連する1以上の遺伝子マーカーを同定することを含み、少なくとも1つのマーカーはrs2491144(SEQ ID NO:1)と定められ、マーカーrs2491144におけるG対立遺伝子の存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定される、前記方法。
- 請求項1に記載の方法であって、さらに対象由来の生物学的試料において自殺に関連する1以上の追加の遺伝子マーカーを同定することを含み、1以上の追加の遺伝子マーカーが、rs9315639(SEQ ID NO:2)、rs11082138(SEQ ID NO:3)、rs11697517(SEQ ID NO:4)、およびrs2186437(SEQ ID NO:5)からなる群と定められ、
ここでマーカーrs9315639におけるC対立遺伝子、マーカーrs11082138におけるC対立遺伝子、マーカーrs11697517におけるT対立遺伝子、およびマーカーrs2186437におけるC対立遺伝子のいずれかの存在によって、対象が増大した自殺のリスクをもつと同定される、前記方法。 - さらに対象から生物学的試料を得る工程を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 生物学的試料が、血液、唾液、脊髄液、脳生検、対象から得られた培養細胞、便、尿、検死試料、または組織学的目的のために採取された凍結切片である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 対象由来の生物学的試料において自殺に関連する1以上の遺伝子マーカーを同定する工程が、PCR分析、配列決定、5’エキソヌクレアーゼ蛍光アッセイ、プローブハイブリダイゼーションまたはそれらの組み合わせを含む、請求項4に記載の方法。
- 対象が精神疾患を有すると診断された対象である、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 精神疾患が、鬱病、統合失調症、統合失調感情障害、双極性障害、人格障害、季節性感情障害、不安障害、および心的外傷後ストレス障害からなる群から選択される、請求項6に記載の方法。
- 対象が精神疾患の1以上の臨床症状を示す、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 対象が、鬱病、統合失調症、統合失調感情障害、双極性障害、人格障害、季節性感情障害、不安障害、および心的外傷後ストレス障害からなる群から選択される精神疾患の1以上の症状を示す、請求項8に記載の方法。
- さらに、コンピューターシステムにおいて自殺に関連する1以上の遺伝子マーカーに関する対象の遺伝子型を受け取ることを含み、同定する工程がコンピューターシステムにより実施される、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 対象の遺伝子型を、患者の遺伝子型の決定において用いられる機器から直接受け取る、請求項10に記載の方法。
- さらに、コンピューターシステムにおいて患者の診断を受け取ることを含む、請求項10または11に記載の方法。
- さらに、対象が増大した自殺のリスクをもつか否かの表示を出力する工程を含む、請求項10〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 対象が増大した自殺のリスクをもつか否かの表示が、患者の特定の報告に基づいて表される、請求項13に記載の方法。
- コンピューター可読媒体であって、実行された際に、1つまたは複数の処理装置に、
rs2491144(SEQ ID NO:1)、rs9315639(SEQ ID NO:2)、rs11082138(SEQ ID NO:3)、rs11697517(SEQ ID NO:4)、およびrs2186437(SEQ ID NO:5)からなる群から選択される1以上の自殺に関連する遺伝子マーカーに関する対象の遺伝子型を受け取らせ;
マーカーrs2491144(SEQ ID NO:1)におけるG対立遺伝子、マーカーrs9315639(SEQ ID NO:2)におけるC対立遺伝子、マーカーrs11082138(SEQ ID NO:3)におけるC対立遺伝子、マーカーrs11697517(SEQ ID NO:4)におけるT対立遺伝子、およびマーカーrs2186437(SEQ ID NO:5)におけるC対立遺伝子のいずれかの存在を同定させ;および
少なくともマーカーrs2491144(SEQ ID NO:1)におけるG対立遺伝子が存在する場合、対象が増大した自殺のリスクをもつという表示を出力させ、またはマーカーrs2491144(SEQ ID NO:1)においてG対立遺伝子が存在しない場合、ヌルの結果を出力させる;
実行可能な指示を含む前記コンピューター可読媒体。 - 請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法に従って増大した自殺のリスクをもつと同定された対象において自殺のリスクを低減するための方法であって、当該方法が以下の1以上を含む、前記方法:
a)対象を、薬物療法、非薬物療法もしくはそれらの組み合わせにより処置する;
b)対象をモニターする;
c)対象をカウンセリングする;
d)対象を、精神疾患もしくは精神疾患もしくは自殺に関連する1以上の症状に関して試験もしくはスクリーニングする;
e)対象から得られたゲノムDNAを含む生物学的試料もしくは二次生物学的試料を、1以上の追加の遺伝子マーカー、ヌクレオチド配列、タンパク質、代謝産物もしくはそれらのあらゆる組み合わせに関して試験する;
f)自殺リスクを増大させる化合物、組成物、物品もしくはきっかけの入手を除去もしくは低減する;または
それらのあらゆる組み合わせ。 - 薬物療法による対象の処置が、1種類以上の抗精神病薬、気分安定薬、抗鬱薬、抗痙攣薬、抗不安薬、またはそれらのあらゆる組み合わせを投与することを含む、請求項16に記載の方法。
- 薬物療法が、クロザピン、リチウム、またはケタミンを含む、請求項16に記載の方法。
- 非薬物療法が、電気痙攣療法もしくは電気ショック療法、磁気発作療法、経頭蓋磁気刺激、認知行動療法、弁証法的行動療法、リスク散逸グループ療法、深部脳刺激、またはそれらの組み合わせを含む、請求項16に記載の方法。
- 対象の精神疾患または自殺もしくは精神疾患に関連する1以上の症状に関する前記の試験またはスクリーニングが、該対象の鬱病、統合失調症、統合失調感情障害、双極性障害、強迫性障害、人格障害、季節性感情障害、嗜癖、薬物乱用、アルコール依存症、問題のある賭博、増大した不安、不安障害、無価値感、精神病症状、妄想、幻覚、激越、不穏状態、短気、攻撃性または怒りに関する試験またはスクリーニングを含む、請求項16に記載の方法。
- 以下を含むキット:
a)以下において定められる多型を含むヌクレオチド配列を増幅するための1以上のプライマー:
rs2491144(SEQ ID NO:1)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:1の相補配列もしくは多型部位を含むその断片;
rs9315639(SEQ ID NO:2)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:2の相補配列もしくは多型部位を含むその断片;
rs11082138(SEQ ID NO:3)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:3の相補配列もしくは多型部位を含むその断片;
rs11697517(SEQ ID NO:4)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:4の相補配列もしくは多型部位を含むその断片;
rs2186437(SEQ ID NO:5)もしくは多型部位を含むその断片、もしくはSEQ ID NO:5の相補配列もしくは多型部位を含むその断片;
もしくはそれらのあらゆる組み合わせ;
b)SEQ ID NO:1、2、3、4もしくは5、もしくはそれらの相補配列に多型部位を含むヌクレオチドの領域にわたってハイブリダイズする1以上のプローブ、ここで、前記プローブは、多型部位において多型の特定のバリアントにハイブリダイズする:
c)緩衝剤、ヌクレオチド、DNA増幅酵素、もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含む、1種類以上の試薬および/または製品:
d)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、それらの相補配列もしくはそれらのあらゆる組み合わせの多型を遺伝子型決定するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品:
e)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、それらの相補配列もしくはそれらのあらゆる組み合わせの配列を決定するDNA配列決定反応を実施するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品:
f)SEQ ID NO:1〜5、多型部位を含むそれらの断片もしくはそれらの相補配列のあらゆる1つもしくは組み合わせを含む、もしくはそれらからなる複数のヌクレオチド配列を含む、遺伝子チップもしくはヌクレオチド配列アレイ:
g)本特許請求の範囲で記載された構成要素を用いるための、本特許請求の範囲で記載された方法を実施するための、該方法の実施から得られるデータを解釈するための、もしくはそれらのあらゆる組み合わせのための1以上の指示:
h)対象の症状を検査、診断、モニターもしくは決定するために用いられることができる、尺度、基準等:
またはa)〜h)のあらゆる組み合わせもしくは部分的組合せ。 - 請求項21に記載のキットであって、以下を含む前記キット:
a)rs2491144(SEQ ID NO:1)、rs9315639(SEQ ID NO:2)、rs11082138(SEQ ID NO:3)、rs11697517(SEQ ID NO:4)、rs2186437(SEQ ID NO:5)において定められる多型もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含むヌクレオチド配列を増幅するための1以上のプライマー;
b)SEQ ID NO:1、2、3、4、もしくは5に多型部位を含むヌクレオチドの領域にわたってハイブリダイズする1以上のプローブ、ここで、前記のプローブは、多型部位において多型の特定のバリアントにハイブリダイズする;
c)緩衝剤、ヌクレオチド、DNA増幅酵素、もしくはそれらのあらゆる組み合わせを含む、1種類以上の試薬および/または製品;
d)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、もしくはそれらの組み合わせの多型を遺伝子型決定するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品;
e)SEQ ID NO:1、2、3、4、5、もしくはそれらの組み合わせの配列を決定するDNA配列決定反応を実施するための、1種類以上の試薬、構成要素および/または製品;
f)SEQ ID NO:1〜5を含む、もしくはそれからなる複数のヌクレオチド配列を含む、遺伝子チップもしくはヌクレオチド配列アレイ;ならびに、
g)本特許請求の範囲で記載された構成要素を用いるための、本特許請求の範囲で記載された方法を実施するための、該方法の実施から得られるデータを解釈するための、もしくはそれらのあらゆる組み合わせのための1以上の指示;
h)対象の症状を検査、診断、モニターもしくは決定するために用いられることができる、尺度、基準等;
またはa)〜h)のあらゆる組み合わせもしくは部分的組合せ。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201361920332P | 2013-12-23 | 2013-12-23 | |
US61/920,332 | 2013-12-23 | ||
PCT/CA2014/051257 WO2015095967A1 (en) | 2013-12-23 | 2014-12-23 | Genetic markers associated with suicide risk and methods of use thereof |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017503493A true JP2017503493A (ja) | 2017-02-02 |
JP2017503493A5 JP2017503493A5 (ja) | 2018-02-01 |
JP6679486B2 JP6679486B2 (ja) | 2020-04-15 |
Family
ID=53477254
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016542129A Active JP6679486B2 (ja) | 2013-12-23 | 2014-12-23 | 自殺リスクに関連する遺伝子マーカーおよびその使用の方法 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10435748B2 (ja) |
EP (1) | EP3087203B1 (ja) |
JP (1) | JP6679486B2 (ja) |
KR (1) | KR20160111925A (ja) |
CN (1) | CN106062213A (ja) |
AU (1) | AU2014373588B2 (ja) |
CA (1) | CA2934815C (ja) |
IL (1) | IL246417B (ja) |
SG (1) | SG11201605150YA (ja) |
WO (1) | WO2015095967A1 (ja) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2891830A1 (en) | 2015-05-15 | 2016-11-15 | Centre For Addiction And Mental Health | Genetic markers for suicide risk and related methods |
CA3022339A1 (en) * | 2016-04-29 | 2017-11-02 | Supernus Pharmaceuticals, Inc. | Methods, system, and kit for monitoring, diagnosing, and treating impulsive aggression |
CN108531569B (zh) * | 2017-03-03 | 2021-05-07 | 上海伯豪医学检验所有限公司 | 用于强迫症与精神分裂症、抑郁症甄别的基因标志物及其应用 |
CN108148905A (zh) * | 2018-02-13 | 2018-06-12 | 广州市番禺区中心医院(广州市番禺区人民医院、广州市番禺区心血管疾病研究所) | 一段可作为抑郁症标记物的序列 |
US20220259657A1 (en) * | 2019-05-23 | 2022-08-18 | Unist(Ulsan National Institute Of Science And Technology) | Method for discovering marker for predicting risk of depression or suicide using multi-omics analysis, marker for predicting risk of depression or suicide, and method for predicting risk of depression or suicide using multi-omics analysis |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010031712A2 (en) * | 2008-09-18 | 2010-03-25 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Means and methods for diagnosing predisposition for treatment emergent suicidal ideation (tesi) |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
USH2191H1 (en) | 2000-10-24 | 2007-06-05 | Snp Consortium | Identification and mapping of single nucleotide polymorphisms in the human genome |
US7361468B2 (en) * | 2004-07-02 | 2008-04-22 | Affymetrix, Inc. | Methods for genotyping polymorphisms in humans |
EP2166112B1 (en) | 2008-09-18 | 2013-06-05 | Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Means and methods for diagnosing predisposition for treatment emergent suicidal ideation |
KR101249635B1 (ko) * | 2010-10-13 | 2013-04-01 | 서울대학교산학협력단 | 양극성 장애 진단용 egr2 유전자 snp, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 키트 |
-
2014
- 2014-12-23 CA CA2934815A patent/CA2934815C/en active Active
- 2014-12-23 CN CN201480076117.6A patent/CN106062213A/zh active Pending
- 2014-12-23 WO PCT/CA2014/051257 patent/WO2015095967A1/en active Application Filing
- 2014-12-23 SG SG11201605150YA patent/SG11201605150YA/en unknown
- 2014-12-23 US US15/107,437 patent/US10435748B2/en active Active
- 2014-12-23 EP EP14873830.5A patent/EP3087203B1/en not_active Not-in-force
- 2014-12-23 KR KR1020167019492A patent/KR20160111925A/ko not_active Application Discontinuation
- 2014-12-23 AU AU2014373588A patent/AU2014373588B2/en not_active Ceased
- 2014-12-23 JP JP2016542129A patent/JP6679486B2/ja active Active
-
2016
- 2016-06-23 IL IL246417A patent/IL246417B/en active IP Right Grant
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010031712A2 (en) * | 2008-09-18 | 2010-03-25 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Means and methods for diagnosing predisposition for treatment emergent suicidal ideation (tesi) |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
WILLOUR VL., ET AL: "A genome-wide association study of attempted suicide", MOLECULAR PSYCHIATRY, vol. Vol. 17, JPN6018044509, 2012, pages 433 - 444, XP055353840, DOI: doi:10.1038/mp.2011.4 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR20160111925A (ko) | 2016-09-27 |
CA2934815C (en) | 2022-01-04 |
US10435748B2 (en) | 2019-10-08 |
CA2934815A1 (en) | 2015-07-02 |
IL246417B (en) | 2020-08-31 |
AU2014373588B2 (en) | 2021-04-01 |
WO2015095967A1 (en) | 2015-07-02 |
AU2014373588A1 (en) | 2016-07-21 |
EP3087203A1 (en) | 2016-11-02 |
US20170002412A1 (en) | 2017-01-05 |
IL246417A0 (en) | 2016-08-31 |
EP3087203A4 (en) | 2017-09-20 |
SG11201605150YA (en) | 2016-07-28 |
EP3087203B1 (en) | 2019-09-11 |
JP6679486B2 (ja) | 2020-04-15 |
CN106062213A (zh) | 2016-10-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Volpi et al. | Whole genome association study identifies polymorphisms associated with QT prolongation during iloperidone treatment of schizophrenia | |
Lai et al. | The SPCH1 region on human 7q31: genomic characterization of the critical interval and localization of translocations associated with speech and language disorder | |
Lin et al. | Epigenetics and depression: an update | |
JP6679486B2 (ja) | 自殺リスクに関連する遺伝子マーカーおよびその使用の方法 | |
JP2020089370A (ja) | 抗精神病薬に基づく処置により誘導される錐体外路症状(eps)の発症を予測する方法 | |
US20200407790A1 (en) | Biomarker | |
JP2015535172A (ja) | 軟骨障害の予後バイオマーカー | |
US20230220472A1 (en) | Deterimining risk of spontaneous coronary artery dissection and myocardial infarction and sysems and methods of use thereof | |
Cossée et al. | Exonic microdeletions in the X-linked PQBP1 gene in mentally retarded patients: a pathogenic mutation and in-frame deletions of uncertain effect | |
Hassan et al. | A syndromic form of autosomal recessive congenital microcephaly (Jawad syndrome) maps to chromosome 18p11. 22–q11. 2 | |
US20230193388A1 (en) | Compositions and methods for assessing the efficacy of inhibitors of neurotranmitter transporters | |
JP6524073B2 (ja) | 抗精神病薬誘導体重増加に関連する遺伝子マーカーおよびその使用のための方法 | |
US20030032099A1 (en) | Methods for predicting susceptibility to obesity and obesity-associated health problems | |
KR102158713B1 (ko) | Gba 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
JP6788879B2 (ja) | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 | |
CN105765077B (zh) | 测定抗甲状腺药物诱导的粒细胞缺乏症风险的检测方法以及测定用试剂盒 | |
US20100129805A1 (en) | Slc1a1 antipsychotic drug response markers | |
Bergen et al. | Summaries from the XVIII World Congress of Psychiatric Genetics, Athens, Greece, 3–7 October 2010 | |
KR102158725B1 (ko) | Mink1 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
KR102158716B1 (ko) | Arhgap32 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
KR102158723B1 (ko) | Spcs3 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
KR102158719B1 (ko) | Loc102724084 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
JP2008141961A (ja) | 第10番染色体長腕領域における2型糖尿病感受性遺伝子 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20171211 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20171211 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20181112 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190212 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190411 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190919 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20191213 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200303 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200318 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6679486 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |