JP2017209063A - 絨毛膜羊膜炎関連微生物同定ならびに検出方法、絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセットならびにアッセイキット、および絨毛膜羊膜炎検出方法 - Google Patents
絨毛膜羊膜炎関連微生物同定ならびに検出方法、絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセットならびにアッセイキット、および絨毛膜羊膜炎検出方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017209063A JP2017209063A JP2016105177A JP2016105177A JP2017209063A JP 2017209063 A JP2017209063 A JP 2017209063A JP 2016105177 A JP2016105177 A JP 2016105177A JP 2016105177 A JP2016105177 A JP 2016105177A JP 2017209063 A JP2017209063 A JP 2017209063A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- primer
- chorioamnionitis
- seq
- mer
- detecting
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title claims abstract description 85
- 206010060937 Amniotic cavity infection Diseases 0.000 title claims abstract description 67
- 208000008158 Chorioamnionitis Diseases 0.000 title claims abstract description 67
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 37
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 title claims description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title description 14
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 claims abstract description 67
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 44
- 241000894007 species Species 0.000 claims abstract description 41
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 39
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 37
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims abstract description 36
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 claims abstract description 25
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims abstract description 21
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims description 40
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 claims description 29
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 claims description 29
- 241000606124 Bacteroides fragilis Species 0.000 claims description 9
- 241000190890 Capnocytophaga Species 0.000 claims description 9
- 241000207201 Gardnerella vaginalis Species 0.000 claims description 9
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 claims description 9
- 241001561398 Lactobacillus jensenii Species 0.000 claims description 9
- 241000204048 Mycoplasma hominis Species 0.000 claims description 9
- 241000123706 Sneathia sanguinegens Species 0.000 claims description 9
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 claims description 9
- 241000935255 Ureaplasma parvum Species 0.000 claims description 9
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 claims description 9
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 4
- 210000001691 amnion Anatomy 0.000 claims description 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 abstract description 16
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 abstract description 10
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 abstract description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 24
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 22
- 208000005107 Premature Birth Diseases 0.000 description 9
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 8
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 7
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 5
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 5
- 238000010629 Molecular evolutionary genetics analysis Methods 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 210000001136 chorion Anatomy 0.000 description 4
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 210000004969 inflammatory cell Anatomy 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 4
- 206010036590 Premature baby Diseases 0.000 description 3
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 3
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 3
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 3
- 230000003169 placental effect Effects 0.000 description 3
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 3
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 2
- 208000035010 Term birth Diseases 0.000 description 2
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 2
- 239000008213 purified water Substances 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 2
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 2
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 2
- 208000004145 Endometritis Diseases 0.000 description 1
- 206010056254 Intrauterine infection Diseases 0.000 description 1
- 208000006399 Premature Obstetric Labor Diseases 0.000 description 1
- 206010036595 Premature delivery Diseases 0.000 description 1
- 206010036600 Premature labour Diseases 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010062233 Uterine infection Diseases 0.000 description 1
- 238000002669 amniocentesis Methods 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000001174 ascending effect Effects 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000008816 organ damage Effects 0.000 description 1
- 230000032696 parturition Effects 0.000 description 1
- 230000009984 peri-natal effect Effects 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 208000026440 premature labor Diseases 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000010902 straw Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 230000036266 weeks of gestation Effects 0.000 description 1
Abstract
Description
マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、
ガルドネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)、
ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、
ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenzae)、
スネシア・サンギネジェンス(Sneathia sanguinegens)、
カプノサイトファガ・スプチゲン(Capnocytophaga sputigene)、
バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)ならびに
ストレプトコッカス・アガラクチエ(Streptococcus agalactiae)。
フォワードプライマー:ATGTAGAAAGTCGCTCTTTGTG (22 mer)(SEQ ID NO:1)
リバースプライマー:GGCCGACATTTAATGATGATCG (22 mer)(SEQ ID NO:2 )
フォワードプライマー:TTGGAATACCCATTGGAAACAA (22 mer) (SEQ ID NO:3) リバースプライマー:CTCTATCTAACTCTAGTTTGCT (22 mer)(SEQ ID NO:4)
フォワードプライマー:CTTGGAAACGGGTGGTAATGCT (22 mer)(SEQ ID NO:5) リバースプライマー:AGACGCGACGAACCGCCTACAA (22 mer) (SEQ ID NO:6)
フォワードプライマー:TAATACCGGATAAAAGCTACTT (22 mer)(SEQ ID NO:7)
リバースプライマー:GTCAAATAAAGGCCAGTTACTA (22 mer)(SEQ ID NO:8)
フォワードプライマー:GCATTTCAGACTGGGTAACTA (21 mer)(SEQ ID NO:9)
リバースプライマー:TGAGATTCGCTCCACCTCGCA (21 mer)(SEQ ID NO:10)
フォワードプライマー:AGGGGACTGAGATACGGCCCTT (22 mer)(SEQ ID NO:11) リバースプライマー:GAGCCACAGGTTTTCACCTTC (21 mer)(SEQ ID NO:12)
フォワードプライマー:GAGCGGCATCGTTTTTATATT (20 mer)(SEQ ID NO:13)
リバースプライマー:AGGCAGTTGCTTAGTTGAGCTA (22 mer)(SEQ ID NO:14)
フォワードプライマー:TATCCAACCTGCCCTTTACTCG (22 mer)(SEQ ID NO:15)
リバースプライマー:AATACATACAAAACAGTATACA (22 mer)(SEQ ID NO:16)
フォワードプライマー:AGAAGTGACAGGTGGTGCATGG (22 mer)(SEQ ID NO:17)
リバースプライマー:AATCCGAACTGAGATTGGCTTTA (23 mer)(SEQ ID NO:18)
マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、
ガルドネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)、
ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、
ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenzae)、
スネシア・サンギネジェンス(Sneathia sanguinegens)、
カプノサイトファガ・スプチゲン(Capnocytophaga sputigene)、
バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)ならびに
ストレプトコッカス・アガラクチエ(Streptococcus agalactiae)。
1464222211192_0.nlm
.nih.gov) から、絨毛膜羊膜炎関連微生物と同じ種の16SrRNA遺伝子配列情報を10菌種20株を上限にFASTA形式でダウンロードした。これらをMEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis, http://www.megasoftware.net)でマルチプルアライメントし、16SrRNA遺伝子中に種内で共通かつ種間で異なる配列を同定し、絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用PCRプライマーセットを作製した。作製したPCRは、in-silico PCR (http://insilico.ehu.es/PCR/)で確認した。
フォワードプライマー:ATGTAGAAAGTCGCTCTTTGTG (22 mer)(SEQ ID NO:1);
リバースプライマー:GGCCGACATTTAATGATGATCG (22 mer)(SEQ ID NO:2)
フォワードプライマー:TTGGAATACCCATTGGAAACAA (22 mer) (SEQ ID NO:3);
リバースプライマー:CTCTATCTAACTCTAGTTTGCT (22 mer)(SEQ ID NO:4)
フォワードプライマー:CTTGGAAACGGGTGGTAATGCT (22 mer)(SEQ ID NO:5); リバースプライマー:AGACGCGACGAACCGCCTACAA (22 mer) (SEQ ID NO:6)
フォワードプライマー:TAATACCGGATAAAAGCTACTT (22 mer)(SEQ ID NO:7);
リバースプライマー:GTCAAATAAAGGCCAGTTACTA (22 mer)(SEQ ID NO:8)
フォワードプライマー:GCATTTCAGACTGGGTAACTA (21 mer)(SEQ ID NO:9);
リバースプライマー:TGAGATTCGCTCCACCTCGCA (21 mer)(SEQ ID NO:10)
フォワードプライマー:AGGGGACTGAGATACGGCCCTT (22 mer)(SEQ ID NO:11); リバースプライマー:GAGCCACAGGTTTTCACCTTC (21 mer)(SEQ ID NO:12)
フォワードプライマー:GAGCGGCATCGTTTTTATATT (20 mer)(SEQ ID NO:13);
リバースプライマー:AGGCAGTTGCTTAGTTGAGCTA (22 mer)(SEQ ID NO:14)
フォワードプライマー:TATCCAACCTGCCCTTTACTCG (22 mer)(SEQ ID NO:15);
リバースプライマー:AATACATACAAAACAGTATACA (22 mer)(SEQ ID NO:16)
フォワードプライマー:AGAAGTGACAGGTGGTGCATGG (22 mer)(SEQ ID NO:17);
リバースプライマー:AATCCGAACTGAGATTGGCTTTA (23 mer)(SEQ ID NO:18)
フォワードプライマー(SEQ ID NO:19):
5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGAGRGTTTGATYMTGGCTCAG-3'
リバースプライマー(SEQ ID NO:20):
5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTGCTGCCTCCCGTAGGAGT-3'
テンプレート 1 μL
フォワードプライマー(5μM) 2 μL
リバースプライマー(5μM) 2 μL
10× Loading Buffer (Takara) 2 μL
dNTP (Takara) 2 μL
Taqポリメラーゼ 0.2 μL
蒸留水 11.8 μL
合計 21.0 μL
1.Hold 95℃ 3分
2.サイクル 95℃、15秒;55℃、15秒;72℃、15秒
(35サイクル)
3.Hold 72℃ 3分
4℃ 保存
Stage III 12検体(羊水感染群:12検体;非羊水感染群:0検体)
Stage II以下 29検体(羊水感染群:6検体;非羊水感染群:23検体)
感度: 100% (12/12)
特異度: 79%(23/29)
陽性的中率:67%(12/18)
陰性的中率:100%(23/23)
B:マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)
C:ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenzae)
D:バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)
F:スネシア・サンギネジェンス(Sneathia sanguinegens)
G:カプノサイトファガ・スプチゲン(Capnocytophaga sputigene)
H:ガルドネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)
I:ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)
J:ストレプトコッカス・アガラクチエ(Streptococcus agalactiae)
フォワードプライマー:ATGTAGAAAGTCGCTCTTTGTG (22 mer)(SEQ ID NO:1);
リバースプライマー:GGCCGACATTTAATGATGATCG (22 mer)(SEQ ID NO:2)
フォワードプライマー:TTGGAATACCCATTGGAAACAA (22 mer) (SEQ ID NO:3);
リバースプライマー:CTCTATCTAACTCTAGTTTGCT (22 mer)(SEQ ID NO:4)
フォワードプライマー:CTTGGAAACGGGTGGTAATGCT (22 mer)(SEQ ID NO:5); リバースプライマー:AGACGCGACGAACCGCCTACAA (22 mer) (SEQ ID NO:6)
フォワードプライマー:TAATACCGGATAAAAGCTACTT (22 mer)(SEQ ID NO:7);
リバースプライマー:GTCAAATAAAGGCCAGTTACTA (22 mer)(SEQ ID NO:8)
フォワードプライマー:GCATTTCAGACTGGGTAACTA (21 mer)(SEQ ID NO:9);
リバースプライマー:TGAGATTCGCTCCACCTCGCA (21 mer)(SEQ ID NO:10)
フォワードプライマー:AGGGGACTGAGATACGGCCCTT (22 mer)(SEQ ID NO:11); リバースプライマー:GAGCCACAGGTTTTCACCTTC (21 mer)(SEQ ID NO:12)
フォワードプライマー:GAGCGGCATCGTTTTTATATT (20 mer)(SEQ ID NO:13);
リバースプライマー:AGGCAGTTGCTTAGTTGAGCTA (22 mer)(SEQ ID NO:14)
フォワードプライマー:TATCCAACCTGCCCTTTACTCG (22 mer)(SEQ ID NO:15);
リバースプライマー:AATACATACAAAACAGTATACA (22 mer)(SEQ ID NO:16)
フォワードプライマー:AGAAGTGACAGGTGGTGCATGG (22 mer)(SEQ ID NO:17);
リバースプライマー:AATCCGAACTGAGATTGGCTTTA (23 mer)(SEQ ID NO:18)
Claims (8)
- 羊水などの被験試料中に含まれる細菌から抽出した全ゲノムDNAを、細菌共通の16SrRNA遺伝子のユニバーサルプライマーを利用して16SrRNA遺伝子を特異的にPCR増幅し、UniFrac距離に基づく主座標分析とOperational Taxonomic Unit解析(OTU解析)によって絨毛膜羊膜炎関連微生物を同定することを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法。
- 請求項1に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法であって、前記OTU解析によるOTUが16SrRNA遺伝子のユニバーサルプライマーの97%以上の類似度を有する菌種からなることを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法。
- 請求項1または2に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法であって、前記絨毛膜羊膜炎関連微生物が、下記絨毛膜羊膜炎関連微生物の少なくとも1種から選ばれる菌種であることを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法。
ウレアプラズマ・パルブム(Ureaplasma parvum)、
マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、
ガルドネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)、
ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、
ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenzae)、
スネシア・サンギネジェンス(Sneathia sanguinegens)、
カプノサイトファガ・スプチゲン(Capnocytophaga sputigene)、
バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)ならびに
ストレプトコッカス・アガラクチエ(Streptococcus agalactiae)。 - 請求項1ないし3のいずれか1項に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法にて同定された各菌種に特異的な下記フォワードプライマーとリバースプライマーからなる1対のプライマーから構成されるプライマーセットからなることを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセット。
ウレアプラズマ・パルブム(Ureaplasma parvum)のプライマーセット(プライマー名:U_p)(アンプリコンサイズ:652 bp);
フォワードプライマー:ATGTAGAAAGTCGCTCTTTGTG (22 mer)(SEQ ID NO:1)
リバースプライマー:GGCCGACATTTAATGATGATCG (22 mer)(SEQ ID NO:2);
マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)のプライマーセット(プライマー名:M_p); (アンプリコンサイズ:543 bp);
フォワードプライマー:TTGGAATACCCATTGGAAACAA (22 mer) (SEQ ID NO:3) リバースプライマー:CTCTATCTAACTCTAGTTTGCT (22 mer)(SEQ ID NO:4);
ガルドネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)のプライマーセット(プライマー名:G_p)(アンプリコンサイズ:464 bp);
フォワードプライマー:CTTGGAAACGGGTGGTAATGCT (22 mer)(SEQ ID NO:5) リバースプライマー:AGACGCGACGAACCGCCTACAA (22 mer) (SEQ ID NO:6);
ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)のプライマーセット(プライマー名:L_p)(アンプリコンサイズ:331 bp);
フォワードプライマー:TAATACCGGATAAAAGCTACTT (22 mer)(SEQ ID NO:7)
リバースプライマー:GTCAAATAAAGGCCAGTTACTA (22 mer)(SEQ ID NO:8);
ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenzae)のプライマーセット(プライマー名:H_p)(アンプリコンサイズ:662 bp);
フォワードプライマー:GCATTTCAGACTGGGTAACTA (21 mer)(SEQ ID NO:9)
リバースプライマー:TGAGATTCGCTCCACCTCGCA (21 mer)(SEQ ID NO:10);
スネシア・サンギネジェンス(Sneathia sanguinegens)のプライマーセット(プライマー名:Sn_p)(アンプリコンサイズ:308 bp);
フォワードプライマー:AGGGGACTGAGATACGGCCCTT (22 mer)(SEQ ID NO:11) リバースプライマー:GAGCCACAGGTTTTCACCTTC (21 mer)(SEQ ID NO:12);
カプノサイトファガ・スプチゲン(Capnocytophaga sputigene)のプライマーセット(プライマー名:C_p)(アンプリコンサイズ:441 bp);
フォワードプライマー:GAGCGGCATCGTTTTTATATT (20 mer)(SEQ ID NO:13)
リバースプライマー:AGGCAGTTGCTTAGTTGAGCTA (22 mer)(SEQ ID NO:14);
バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)のプライマーセット(プライマー名:B_p)(アンプリコンサイズ:382 bp);
フォワードプライマー:TATCCAACCTGCCCTTTACTCG (22 mer)(SEQ ID NO:15)
リバースプライマー:AATACATACAAAACAGTATACA (22 mer)(SEQ ID NO:16);およびストレプトコッカス・アガラクチエ(Streptococcus agalactiae)のプライマーセット(プライマー名:St_p)(アンプリコンサイズ:275 bp);
フォワードプライマー:AGAAGTGACAGGTGGTGCATGG (22 mer)(SEQ ID NO:17)
リバースプライマー:AATCCGAACTGAGATTGGCTTTA (23 mer)(SEQ ID NO:18)。 - 請求項4に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物検査用プライマーセットを用いて羊水などの被験試料から請求項4に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物の下記菌種の少なくとも1種を検査することを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物検査方法。
ウレアプラズマ・パルブム(Ureaplasma parvum)、
マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、
ガルドネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)、
ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、
ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenzae)、
スネシア・サンギネジェンス(Sneathia sanguinegens)、
カプノサイトファガ・スプチゲン(Capnocytophaga sputigene)、
バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)ならびに
ストレプトコッカス・アガラクチエ(Streptococcus agalactiae)。 - 請求項4に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用PCRプライマーセットを含むことを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用アッセイキット。
- 請求項6に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用アッセイキットを用いて羊水などの被験試料から絨毛膜羊膜炎関連微生物を検出することを特徴とする絨毛膜羊膜炎関連微生物検出方法。
- 請求項1ないし3のいずれか1項に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物同定方法を用いて羊水などの被験試料中の絨毛膜羊膜炎関連微生物を同定することによって、または請求項4に記載の絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用PCRプライマーセットもしくは請求項6に記載のアッセイキットを用いて前記絨毛膜羊膜炎関連微生物の菌種を同定もしくは検出することによって絨毛膜羊膜炎を検出することを特徴とする絨毛膜羊膜炎検出方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016105177A JP6860771B2 (ja) | 2016-05-26 | 2016-05-26 | 絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセット、アッセイキット、および絨毛膜羊膜炎検出方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016105177A JP6860771B2 (ja) | 2016-05-26 | 2016-05-26 | 絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセット、アッセイキット、および絨毛膜羊膜炎検出方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017209063A true JP2017209063A (ja) | 2017-11-30 |
JP6860771B2 JP6860771B2 (ja) | 2021-04-21 |
Family
ID=60474244
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016105177A Active JP6860771B2 (ja) | 2016-05-26 | 2016-05-26 | 絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセット、アッセイキット、および絨毛膜羊膜炎検出方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6860771B2 (ja) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2021112236A1 (ja) * | 2019-12-06 | 2021-06-10 | 学校法人福岡大学 | 絨毛膜羊膜炎の発症予測方法 |
WO2021112237A1 (ja) * | 2019-12-06 | 2021-06-10 | 学校法人福岡大学 | 絨毛膜羊膜炎の発症予測方法 |
JP7445980B2 (ja) | 2018-05-22 | 2024-03-08 | アートプレッド ビー. ブイ. | 生殖補助医療手法の転帰の予測方法およびキット |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010082640A1 (ja) * | 2009-01-15 | 2010-07-22 | 北海道三井化学株式会社 | 耐熱性dnaポリメラーゼを含む酵素調製物およびその製造方法、並びに検出対象生物の検出方法 |
US20120264126A1 (en) * | 2009-12-03 | 2012-10-18 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Methods for the diagnosis of bacterial vaginosis |
WO2014088088A1 (ja) * | 2012-12-07 | 2014-06-12 | 三菱化学メディエンス株式会社 | マイコプラズマ属及びウレアプラズマ属細菌を検出、同定する方法 |
JP2015039361A (ja) * | 2013-08-23 | 2015-03-02 | 株式会社ロッテ | 唾液の細菌叢の解析方法 |
CN104694414A (zh) * | 2014-11-21 | 2015-06-10 | 北京百益恒源科技有限公司 | 一株詹氏乳酸杆菌(Lactobacillus jensenii)及其制药用途 |
-
2016
- 2016-05-26 JP JP2016105177A patent/JP6860771B2/ja active Active
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010082640A1 (ja) * | 2009-01-15 | 2010-07-22 | 北海道三井化学株式会社 | 耐熱性dnaポリメラーゼを含む酵素調製物およびその製造方法、並びに検出対象生物の検出方法 |
US20120264126A1 (en) * | 2009-12-03 | 2012-10-18 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Methods for the diagnosis of bacterial vaginosis |
WO2014088088A1 (ja) * | 2012-12-07 | 2014-06-12 | 三菱化学メディエンス株式会社 | マイコプラズマ属及びウレアプラズマ属細菌を検出、同定する方法 |
JP2015039361A (ja) * | 2013-08-23 | 2015-03-02 | 株式会社ロッテ | 唾液の細菌叢の解析方法 |
CN104694414A (zh) * | 2014-11-21 | 2015-06-10 | 北京百益恒源科技有限公司 | 一株詹氏乳酸杆菌(Lactobacillus jensenii)及其制药用途 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
東 佳那子、中山 二郎: "進化する次世代シーケンサーによる腸内細菌の解析", 腸内細菌学会, vol. 29, JPN6020011886, 2015, pages 135 - 144, ISSN: 0004361617 * |
標準作業手順書 バイオレメディエーションにおける生態系影響評価方法, JPN6020011883, March 2016 (2016-03-01), pages 1 - 25, ISSN: 0004361616 * |
米田 徳子: "早産の原因解明〜羊水中感染微生物の迅速高感度検出システムの構築〜", 科学研究費助成事業 研究成果報告書, JPN6020011880, 15 June 2015 (2015-06-15), ISSN: 0004361615 * |
齋藤 滋: "羊水中病原微生物の迅速同定と迅速薬剤感受性試験を用いた産科診療システムの構築", 科学研究費助成事業(科学研究費補助金)研究成果報告書, JPN6020011878, 28 May 2013 (2013-05-28), ISSN: 0004361614 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP7445980B2 (ja) | 2018-05-22 | 2024-03-08 | アートプレッド ビー. ブイ. | 生殖補助医療手法の転帰の予測方法およびキット |
WO2021112236A1 (ja) * | 2019-12-06 | 2021-06-10 | 学校法人福岡大学 | 絨毛膜羊膜炎の発症予測方法 |
WO2021112237A1 (ja) * | 2019-12-06 | 2021-06-10 | 学校法人福岡大学 | 絨毛膜羊膜炎の発症予測方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP6860771B2 (ja) | 2021-04-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Parnell et al. | Microbial communities in placentas from term normal pregnancy exhibit spatially variable profiles | |
Burnham et al. | Urinary cell-free DNA is a versatile analyte for monitoring infections of the urinary tract | |
Liu et al. | Endometrial microbiota in infertile women with and without chronic endometritis as diagnosed using a quantitative and reference range-based method | |
Graspeuntner et al. | Selection of validated hypervariable regions is crucial in 16S-based microbiota studies of the female genital tract | |
Dols et al. | Molecular assessment of bacterial vaginosis by Lactobacillus abundance and species diversity | |
Urushiyama et al. | Microbiome profile of the amniotic fluid as a predictive biomarker of perinatal outcome | |
Zhang et al. | Incremental value of metagenomic next generation sequencing for the diagnosis of suspected focal infection in adults | |
Franasiak et al. | Endometrial microbiome at the time of embryo transfer: next-generation sequencing of the 16S ribosomal subunit | |
Liu et al. | Diverse vaginal microbiomes in reproductive-age women with vulvovaginal candidiasis | |
Datcu et al. | Vaginal microbiome in women from Greenland assessed by microscopy and quantitative PCR | |
Han et al. | Uncultivated bacteria as etiologic agents of intra-amniotic inflammation leading to preterm birth | |
Haahr et al. | Vaginal microbiota and in vitro fertilization outcomes: development of a simple diagnostic tool to predict patients at risk of a poor reproductive outcome | |
Carrillo-Ávila et al. | Comparison of qPCR and culture methods for group B Streptococcus colonization detection in pregnant women: evaluation of a new qPCR assay | |
Chang et al. | Vaginal microbiota profiles of native Korean women and associations with high-risk pregnancy | |
JP2018527938A (ja) | サンプルの逸脱状態、特に健康状態および/または病原性状態の決定を含む核酸ベースの診断アプローチのための方法およびデバイス | |
JP2019511922A (ja) | 早産転帰に対する早期リスク評価のための方法及びシステム | |
Baud et al. | Microbial diversity in the vaginal microbiota and its link to pregnancy outcomes | |
Smith et al. | Cervical and vaginal flora specimens are highly concordant with respect to bacterial vaginosis-associated organisms and commensal Lactobacillus species in women of reproductive age | |
JP6860771B2 (ja) | 絨毛膜羊膜炎関連微生物検出用プライマーセット、アッセイキット、および絨毛膜羊膜炎検出方法 | |
Benny et al. | Placentas delivered by pre‐pregnant obese women have reduced abundance and diversity in the microbiome | |
Komiya et al. | MinION, a portable long-read sequencer, enables rapid vaginal microbiota analysis in a clinical setting | |
CN112368398A (zh) | 利用血液微生物群落的变化预测早产风险 | |
Kunaseth et al. | Vaginal microbiome of women with adenomyosis: A case-control study | |
Witt et al. | Detection of microbial cell-free DNA in maternal and umbilical cord plasma in patients with chorioamnionitis using next generation sequencing | |
Mashouf et al. | Direct identification of Streptococcus agalactiae in vaginal colonization in pregnant women using polymerase chain reaction |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190325 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20190325 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200331 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200529 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20201006 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20201130 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20201130 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20201130 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20201221 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20210105 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20210209 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20210303 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6860771 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |