JP2017205121A - バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 - Google Patents
バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017205121A JP2017205121A JP2017132667A JP2017132667A JP2017205121A JP 2017205121 A JP2017205121 A JP 2017205121A JP 2017132667 A JP2017132667 A JP 2017132667A JP 2017132667 A JP2017132667 A JP 2017132667A JP 2017205121 A JP2017205121 A JP 2017205121A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleotide sequence
- probe
- target nucleotide
- sequence
- region
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6825—Nucleic acid detection involving sensors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
- C12Q2521/307—Single strand endonuclease
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/131—Modifications characterised by incorporating a restriction site
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/185—Modifications characterised by incorporating bases where the precise position of the bases in the nucleic acid string is important
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/197—Modifications characterised by incorporating a spacer/coupling moiety
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/204—Modifications characterised by specific length of the oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/107—Temperature of melting, i.e. Tm
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating Or Analyzing Materials By The Use Of Electric Means (AREA)
Abstract
【解決手段】前記標的ヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーであって、前記標的ヌクレオチド配列の外側のヌクレオチド配列を有するヌクレオチドとハイブリッド形成するように配置され、前記標的ヌクレオチド配列の外側の前記ヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的である5'アンカー領域と、標的ヌクレオチド配列の一部分とハイブリッド形成するように配置された3'伸長領域と、前記標的ヌクレオチド配列に相補的でない、又は部分的にのみ相補的であり、制限酵素により切断することができる配列を含む、5'アンカー領域と3'伸長領域との間にあるバブル領域とを含むオリゴヌクレオチドプライマー。
【選択図】なし
Description
種々の実施形態において用いられるように、ナノワイヤは、その長さに沿った任意の点にて少なくとも1つの横断面の寸法を有し、いくつかの実施形態において、500ナノメートル未満、好ましくは200ナノメートル未満、より好ましくは150ナノメートル未満、さらに好ましくは100ナノメートル未満、さらにより好ましくは70ナノメートル未満、さらに好ましくは50ナノメートル未満、さらにより好ましくは20ナノメートル未満、さらに好ましくは10ナノメートル未満、さらにより好ましくは5ナノメートル未満の2つの直交横断面の寸法を有する、伸長ナノスケール半導体である。その他の実施形態において、横断面の寸法は、2ナノメートル未満または1ナノメートルでありうる。ある一連の実施形態において、ナノワイヤは、0.5ナノメートル〜200ナノメートルの範囲の少なくとも1つの横断面の寸法を有する。コアおよび外部領域を有するナノワイヤについて記載する場合、上記の寸法は、コアの寸法に関する。伸長半導体の横断面は、それらに限定されないが、円形、正方形、方形、楕円形および管形を含むいずれの任意の形状であってよい。等辺等角および不等の形状が含まれる。本発明のナノワイヤを作製できる材料の例の非限定的なリストは、以下から明らかになりうる。
電界効果は、一般的に、F(反応速度などについて)の記号で表される、対象の中心と、離れた単極または双極との間の、結合よりもむしろ空間を通した直接作用による分子内クーロン相互作用の実験的に観察できる効果のことをいう。電界効果(または「直接効果」)の大きさは、単極電荷/双極子モーメント、双極の方向、対象の中心と離れた単極または双極との間の最短距離、および有効誘電率に依存しうる。これは、コンピュータのトランジスタ、およびより最近ではナノセンサとして用いられるDNA電界効果形トランジスタにおいて活用されている。
試料または生体試料の用語は、一般的に、生物学的供給源からの任意の細胞、組織または流体(「生体試料」)、あるいは血清もしくは水を含む本発明に従って評価できる生物学的または非生物学的な任意のその他媒体のことをいう。試料は、それらに限定されないが、生物(例えばヒト、非ヒト哺乳動物、無脊椎動物、植物、真菌、藻類、細菌、ウイルスなど)から得られる生体試料、ヒトによる消費のために設計された食物から得られる試料、家畜飼料、乳のような動物による消費のために設計された食物を含む試料、臓器提供試料、血液供給を目的とする血液試料、水道からの試料などを含む。試料のある例は、特定の核酸配列の存在もしくは非存在を決定するためにヒトまたは動物から得られる試料である。
種々の実施形態において用いる場合、バイオセンサは、一般的に、生物学的成分を物理化学的検出器成分と組み合わせた、分析物の検出用デバイスである。いくつかの実施形態において、これは、3つの部分を含みうる:1.感受性生物学的要素(生物学的材料(例えば組織、微生物、細胞器官、細胞受容体、酵素、抗体、核酸など)、生物学的派生物質またはバイオミミック)。感受性要素は、生物工学により創出できる;2.分析物と生物学的要素との相互作用に起因するシグナルを、より容易に測定でき、定量できる別のシグナルに変換する(すなわち変換器)、変換器または検出器要素(物理化学的様式で働く;光学的、圧電的、電気化学的など);3.使いやすい様式で結果を表示することを主に担う付属の電子機器またはシグナル処理機。いくつかのその他の実施形態において、バイオセンサは、試料処理ユニットと、試料処理ユニットと操作可能に連結された変換器ユニットと、変換器ユニットの導電性媒体と操作可能に連結されたシグナル処理ユニットとを含みうる。いくつかの例において、変換器ユニットは、導電性媒体上に固定化されたプローブを含んでよく、ここで、該プローブは、標的ヌクレオチド配列と、所望により、少なくとも1つの追加のヌクレオチド配列とを、5'アンカー領域と3'伸長領域とその間のバブル領域とを含む1または複数のプライマーを用いて増幅させ、5'アンカー領域の少なくとも一部分が、以下にさらに記載されるように、増幅の後に除去されることにより調製される。いくつかのその他の例において、シグナル処理ユニットは、シグナル検知ユニット、シグナル記録ユニット、データ処理ユニットおよびデータ報告ユニットの1または複数をさらに含みうる。
本発明のある態様において、ナノ構造と結合するように配置される生物学的材料は、核酸である。このような核酸は、DNA、RNAおよびそれらの任意の誘導体を含みうる。ある実施形態において、生物学的材料は、DNAである。DNAがナノ構造と結合する場合、ヌクレオチドの数は、5塩基〜100塩基の範囲であってよい。いくつかの実施形態において、DNAヌクレオチドの数は、7塩基、10塩基、15塩基、20塩基、25塩基、30塩基、35塩基、40塩基、45塩基、50塩基、60塩基、70塩基、80塩基、90塩基および100塩基であってよい。いくつかのその他の実施形態において、リボ核酸および任意の核酸誘導体が、ナノ構造と結合しうる。さらにいくつかのその他の実施形態において、DNA、RNAおよびその誘導体は同時に用いてよい。よって、ある例において、DNA配列がナノ構造に結合してよく、別の例において、RNA配列がナノ構造に結合してよく、さらに別の例において、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、ペプチドヌクレオチド、モルホリノ、ロックドヌクレオチド、グリコールヌクレオチド、トレオースヌクレオチド、任意の合成ヌクレオチド、それらの任意のアイソフォーム、およびそれらの任意の誘導体のような核酸誘導体がナノ構造に結合してよい。いくつかのその他の例において、DNAとRNA、DNAと核酸誘導体、RNAと誘導体、およびDNAとRNAと誘導体とを含むヌクレオチド配列がナノ構造に結合してよい。
本開示に関連して用いられるある実施形態は、短い配列の増幅と、短い増幅標的配列を得るためのその後の制限酵素「切り落とし」とを可能にしうる新規なプライマー設計について記載する。このような新規なプライマーの設計および処理方法は、プローブの調製のためだけでなく、標的ヌクレオチド配列と、該標的配列と結合した任意の追加の配列とを含む分析物のためにも用いることができる。さらに、いくつかの実施形態において、プローブおよび分析物はともに、バイオセンサの検出精度を増加させるために、新規なプライマーの設計および切り落とし処理を用いて調製される。本明細書の他の場所にも開示されるように、新規なプライマーの設計および切り落とし処理によるプローブおよび分析物の調製および/または処理は、それらをバイオセンサに提供する前に行うことができるか、または実際にバイオセンサ内で行うことができる。単なる例示の目的のために、上記の応用のいくつかの非限定的な例を、以下の実施例の部分に示す。
(実施例1)
一貫した短いアンプリコンと増幅プライマーの切り落としを可能にする新規なプローブ設計
一般的に、分子生物学において、対象のヌクレオチドポリマー配列は、ゲノムまたはRNA、cDNAのようなその他のヌクレオチドポリマーの特定の領域を、ポリメラーゼ連鎖反応とよばれる方法を用いて増幅することにより研究される。この方法は、しばしば、対象の配列(例えば1塩基多型またはリピートなど)を挟む、標的ヌクレオチドポリマー分子内の対照の配列の逆相補配列を有する2つのプライマー(短いオリゴヌクレオチド)の合成を必要とする。これらのプライマーを、標的分子に、ポリメラーゼ(鋳型配列から、ヌクレオチドポリマーへのヌクレオチドの重合を触媒する酵素)とともに加える。PCRでは、75〜80℃の活性最適温度を有する好熱性細菌サームス・アクアティカス(Thermus aquaticus)からのTaqポリメラーゼのような特別の熱安定性ポリメラーゼ、ヌクレオチドモノマー(アデニン、グアニン、シトシンおよびチミン)ならびにポリメラーゼ作用を可能にするバッファーが用いられる。ミックスは、融解(すなわち、相補ヌクレオチドポリマー鎖の2つの鎖の間の水素結合を破壊する)を起こす92〜94℃に加熱され、次いで、オリゴヌクレオチドプライマーの融解温度まで迅速に冷却されて、このことによりそれらが標的分子にハイブリッド形成することが可能になる。ミックスは、次いで、72℃まで迅速に加熱され、これはTaqポリメラーゼ触媒作用にとっての最適温度であり、酵素は、2つのプライマー間のギャップを「埋め」、よって、2つのプライマー間のヌクレオチドポリマーの別のコピーを創出する。この熱サイクルを反復して、さらに2つのコピーを生成し、次いで、再び、さらに4つのコピーを生成するなどして、コピー数を検出可能なレベルにまでする。標的ヌクレオチドポリマー分子から特定の配列を増幅するその他の方法は、HDA、RPA、LAMPなどの等温法を含む。
(1)プライマーを標的分子の特定の領域と結合させる5'アンカーセクション、
(2)約8〜15bp超であるが15bp以上まででもありうる短い配列を含み、低いTm(アンカー領域がハイブリッド形成する選択された条件下でのみハイブリッド形成するように最適化された)を有する、重合の開始部位として作用しうる3'「伸長」領域、ならびに
(3)標的配列と約50%以下相同性である「バブル」領域。いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼにより切断されうる1または複数のヌクレオチド配列は、5'アンカー領域および/またはバブル領域に存在しうる。
(式中、Cは塩濃度であり、Lは2重鎖の長さである(Schildkraut,C.およびLifson,S.1965-Biopolymers 3、195〜208頁;Thomas,C.A.Jnr.およびDancis B.M.1973-Journal of molecular biology、77、43〜55頁))。
i)いくつかの実施形態に記載されるプライマーのトポロジーを例示する。「a」は「アンカー」セクションを表し、「b」は「バブル」領域を表し、「c」は「伸長」領域を表す。
ii)対象の配列に隣接してうまくハイブリッド形成した2つのプライマーを例示し、「a」は「アンカー」セクションを表し、「b」は「バブル」領域を表し、「c」は「伸長」を表す。
iii)「伸長」領域がまだ結合していない傍らで「アンカー」領域がハイブリッド形成した状態を例示する。このことは、いくつかの理由のうちの1つによるものでありうる;1.温度が、伸長領域のハイブリッド形成を促進しうる点までまだ降下していない、2.「伸長」領域の配列が標的配列内のそれぞれの配列と完全に逆相補的でないかもしれない。このことは、リピート配列または近い一致と結合する「アンカー」領域を原因とするのであろうが、バブルおよび伸長領域の熱力学を原因として、伸長領域は、少なくともいくつかの例においてハイブリッド形成するためには、それについて100%一致であることを必要としうる。
iv)このプライマー系を用いて増幅されるアンプリコンのトポロジーを例示する。「a」は「アンカー」セクションを表し、「b」は「バブル」領域を表し、「c」は「伸長」領域を表し、「d」は対象の配列を表す。
v)制限酵素消化の後のアンプリコンのトポロジーを表す。
新規なプライマー設計および増幅されたプライマーの切り落としを用いる分析物の調製
実施例1に記載される、プローブを調製するために用いたのと同様の方法を、いくつかの実施形態において分析物を調製するために用いることもできる。このような手順により調製される分析物は、標的ヌクレオチド配列とプライマー配列の一部分とを含み、PCRの誤りまたはプライマーの無作為なミスマッチ形成により加えられうる追加の配列を含まないだろう。よって、核酸検出のシグナルは、標的配列により主に決定され、追加の非標的配列の存在に影響されないだろう。それ自体として、少なくともいくつかの実施形態において、検出の精度が改善されるだろう。
分析物のヌクレアーゼ処理
ヌクレアーゼは、核酸のヌクレオチドサブユニット間のホスホジエステル結合を切断できる酵素である。いくつかのヌクレアーゼは、特定の配列を認識して切断できるが、いくつかのその他のヌクレアーゼは、ある所定のヌクレオチド配列を優先することなくヌクレオチドポリマーを切断できる。配列特異的ヌクレアーゼは、一般的に、当該技術において容易に入手可能である多様な制限酵素を含む。配列非特異的ヌクレアーゼも当該技術において入手可能であり、それらのいくつかの例は、S1ヌクレアーゼ、P1ヌクレアーゼ、小球菌ヌクレアーゼ、マングビーンヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ、II、III、IV、V、VI、VIIおよびVIIIならびにKlenowフラグメントである。本発明の種々の実施形態において、このような配列特異的および配列非特異的ヌクレアーゼは全て含まれ、DNA、RNAまたはその両方に特異的なヌクレアーゼも含まれる。ある所定のいくつかの実施形態において、1本鎖核酸だけを切断できるヌクレアーゼを、分析物の処理に用いることができる。非限定的な例としてS1ヌクレアーゼを用いる以下の実施例において、本発明のいくつかの実施形態をさらに記載する。
i)固体支持体aに固定化されたプローブbを例示し、固体支持体は、バイオセンサ(例えば、それらに限定されないが、ナノワイヤまたはカーボンナノチューブ)、ナノ粒子(例えば、それらに限定されないが、ナノスフェアまたはマイクロビーズ)または任意のその他の固体支持体であろう。
ii)切られるかもしくは酵素により断片化され、発現され、または増幅されることにより導くことができ、固体支持体aと結合したプローブと結合した標的ヌクレオチドポリマーcを例示する。いくつかの実施形態のこの具体的な例において、2重鎖を形成した領域のみが対象の特定の配列を含有し、フランキング配列は1本鎖のままであることに注目されたい。
iii)この図は、ヌクレアーゼ(例えばS1ヌクレアーゼ)を用いる消化の後に何が残りうるか、すなわち、この具体的な例においてはプローブと2重鎖を形成した少なくとも標的配列cとヌクレオチドモノマーdのみが残りうることを例示する。この「切り落とし済み」標的分子は、次いで、温度を上昇させることにより「融解」させて、次いでバイオセンサにより検出されうるように、またはプローブがバイオセンサに既に固定化されているならば、測定を行うことができるようにそれを遊離させることができる。
複数の標的ヌクレオチド配列の検出(多重化)
さらに、いくつかの実施形態において、標的配列内の多くの部位の多重検出を、1つの標的配列上の、調査されるこれらの複数の部位または複数の標的配列内でプローブを張り付けることにより行うことができる。この具体的な例において、標的配列は、いくつかの既知の変異を含むであろうし、切られるかもしくは酵素により断片化され、発現されかつ逆転写され、または増幅されることにより導くことができる。ある実施形態において、オーバーラップする張り付けプローブは、一般的に、野生型配列を覆うようにそれぞれが同じまたは同様のTmを有するように設計できる。さらに、ある所定の実施形態において、「変異」または「種特異的」または「対象配列特異的」プローブを、通常、変異1つあたり、または種特異的配列1つあたり、またはハプロタイプ/アレル/もしくは対象配列1つあたり1プローブで、野生型プローブと同じまたは同様のTmを有して設計できる。
i)1つの長いアンプリコンを、より短いプローブにより調査することを可能にする多重検出反応のある可能な実験設計を例示する。この場合、16個の既知の変異を含有しうる標的配列a、BRCAエキソン10は、切られるかもしくは酵素により断片化され、発現されかつ逆転写され、または増幅されることにより導くことができる。オーバーラップする張り付けプローブは、野生型配列を覆うようにそれぞれが同じまたは同様のTmを有するように設計できる、c。さらに、「変異」プローブdを、変異1つあたり1プローブで、野生型プローブと同じまたは同様のTmを有して設計できる。それぞれのプローブは、標的配列の増幅されたコピーに結合でき、プローブのTmにて一旦ハイブリッド形成すると、ヌクレアーゼで消化されて、2重鎖を形成した配列が残る。例えば変異プローブが野生型標的配列と非特異的に結合する場合、ミスマッチは、そのような非特異的結合を妨げるように実験条件を調節する(例えば塩濃度、温度の変更、またはPNA/DNA複合体はDNA/DNA複合体より安定性が低くなりうるのでPNAをプローブとして用い、非特異的結合事象におけるミスマッチにヌクレアーゼが近づくことができ、ミスマッチは除去されうる)ことにより排除しうる。
バイオセンサを用いる分析物の検出-I
実施例5〜7では、いくつかの実施形態の例示を目的として、ヒト大腸腺腫症遺伝子における配列変動を検出する方法について記載する。この例示は、ここで開示される方法のいくつかの実施形態をより明確に説明するためにのみ提供され、本発明の範囲を限定するとみなされるべきでない。本明細書の他の場所でも開示するように、本出願に示す種々の検出方法を、それらに限定されないが、ヒトを含む哺乳動物におけるある所定の疾患の予後、予測および/または診断、ならびに液体、気体または任意の対象の環境中の細菌、ウイルスおよび真菌のようないくつかの病原体の検出を含む多様な目的に用いることができる。
バイオセンサを用いる分析物の検出-II
実施例6は、ヒトAPC遺伝子検出の例示的なシナリオを用いる本発明の別の実施形態を示す。
バイオセンサを用いる分析物の検出-III
実施例7は、ヒトAPC遺伝子検出の例示的なシナリオを用いる本発明のさらに別の実施形態を示す。
Claims (29)
- 標的ヌクレオチド配列を含む分析物を検出する方法であって、
標的ヌクレオチド配列と、所望により、少なくとも1つの追加のヌクレオチド配列とを、5'アンカー領域と3'伸長領域とその間のバブル領域とを含む1または複数のプライマーを用いて増幅し、5'アンカー領域の少なくとも一部分を増幅の後に除去し、そのことによりプローブを作製するステップと、
分析物を、プローブと、ハイブリッド形成条件下で接触させるステップと、
標的ヌクレオチド配列の存在、レベルおよび/または配列変化に関連するシグナルを検出するステップと
を含む方法。 - 分析物が、DNA、RNAもしくはそれらの任意の誘導体を含む、請求項1に記載の方法。
- 1または複数のプライマーが、ヌクレアーゼにより切断されるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼが、DNAおよび/またはRNAの制限酵素を含む、請求項3に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼにより切断される前記ヌクレオチド配列が、バブル領域および5'アンカー領域の少なくとも一方に存在する、請求項3に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼにより切断される前記ヌクレオチド配列が、3'アンカー領域または標的ヌクレオチド配列のいずれにも存在しない、請求項5に記載の方法。
- プローブが、DNA、RNAまたはそれらの任意の誘導体を含む、請求項1に記載の方法。
- プローブが、導電性媒体上に固定化されている、請求項1に記載の方法。
- 前記導電性媒体が、ナノワイヤ、ナノチューブ、ナノギャップ、ナノポア、ナノビーズおよび電流を伝導できる任意のその他のナノ構造からなる群より選択される、請求項8に記載の方法。
- シグナルが、分析物とプローブとのハイブリッド形成がプローブの電荷の変化を引き起こす場合に発生する、請求項9に記載の方法。
- 標的ヌクレオチド配列における配列変化が検出される、請求項1に記載の方法。
- 標的ヌクレオチド配列の存在、レベルおよび配列変化の2つ以上が同時に検出される、請求項1に記載の方法。
- 異なるヌクレオチド配列をそれぞれが含む2タイプ以上のプローブをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 標的ヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーであって、
標的ヌクレオチド配列の外側のヌクレオチド配列とハイブリッド形成するように配置され、標的ヌクレオチド配列の外側の前記ヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的である5'アンカー領域と、
標的ヌクレオチド配列の一部分とハイブリッド形成するように配置された3'伸長領域と、
5'アンカー領域と3'伸長領域との間にあるバブル領域と
を含み、5'アンカー領域およびバブル領域の少なくとも一方がヌクレアーゼ切断配列を含むオリゴヌクレオチドプライマー。 - 5'アンカー領域が、約15〜30bpであり、標的ヌクレオチド配列の外側の前記ヌクレオチド配列と約70〜100%相補的であり、
3'伸長領域が、約5〜30bpであり、標的ヌクレオチド配列の前記一部分と約80〜100%相補的であり、標的ヌクレオチド配列の一部分とハイブリッド形成した3'伸長領域の融解温度が、5'アンカー領域が標的ヌクレオチド配列の外側の前記ヌクレオチド配列とハイブリッド形成するときの選択された条件下で、3'伸長領域が標的ヌクレオチド配列の一部分とのみハイブリッド形成できるように最適化され、
バブル領域が、標的ヌクレオチド配列と約50%以下相補的であり、ヌクレアーゼ切断配列を含む、
請求項14に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。 - 1反応におけるPCR多重化を容易にするように配置されている、請求項14に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
- 短いアンプリコンの一貫した増幅を促進するように配置されている、請求項14に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
- 試料中の分析物を検出するためのバイオセンサであって、分析物が標的ヌクレオチド配列を含み、
導電性媒体上に固定化されたプローブを含むシグナル検知ユニットであり、プローブが、標的ヌクレオチド配列と、所望により、少なくとも1つの追加のヌクレオチド配列とを、5'アンカー領域と3'伸長領域とその間のバブル領域とを含む1または複数のプライマーを用いて増幅させ、5'アンカー領域の少なくとも一部分が増幅の後に除去されることにより調製されるシグナル検知ユニットと、
シグナル検知ユニットの導電性媒体と操作可能に連結されたシグナル検出ユニットと、
シグナル検出ユニットと操作可能に連結されたシグナル処理ユニットと
を含むバイオセンサ。 - シグナル処理ユニットが、シグナル検知ユニット、シグナル記録ユニット、データ処理ユニットおよびデータ報告ユニットの1つまたは複数をさらに含む、請求項18に記載のバイオセンサ。
- 標的ヌクレオチド配列を含む分析物を検出する方法であって、
分析物を得るステップと、
分析物を、導電性媒体上に固定化された、標的ヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的であるプローブと、ハイブリッド形成条件下で接触させることにより、プローブが標的ヌクレオチド配列とハイブリッド形成し、それにより標的ヌクレオチド配列とプローブとの2重鎖を作製するステップと、
2重鎖中に存在しない1本鎖ヌクレオチド配列を除去するステップと、
標的配列の存在、レベルおよび/または配列変化に関連するシグナルを検出するステップと
を含む方法。 - 標的ヌクレオチド配列を含む分析物を検出する方法であって、
標的ヌクレオチド配列を含む分析物を得るステップと、
分析物を、標的ヌクレオチド配列とハイブリッド形成するオリゴヌクレオチドと接触させることにより、標的ヌクレオチド配列とオリゴヌクレオチドとの2重鎖を作製するステップと、
2重鎖中に存在しない1本鎖ヌクレオチド配列を除去するステップと、
2重鎖から標的ヌクレオチド配列を得るステップと、
得られた標的ヌクレオチド配列を、導電性媒体上に固定化された、標的ヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的であるプローブと、ハイブリッド形成条件下で接触させることにより、プローブが標的ヌクレオチド配列とハイブリッド形成し、それにより標的ヌクレオチド配列とプローブとの2重鎖を作製するステップと、
標的ヌクレオチド配列の存在、レベルおよび/または配列変化に関連するシグナルを検出するステップと
を含む方法。 - プローブを、標的ヌクレオチド配列と、所望により、少なくとも1つの追加のヌクレオチド配列とを、5'アンカー領域と3'伸長領域とその間のバブル領域とを含む1または複数のプライマーを用いて増幅することにより作製し、5'アンカー領域の少なくとも一部分を増幅した後に除去する、請求項20または21に記載の方法。
- 5'アンカー領域およびバブル領域の少なくとも一方が、ヌクレアーゼ切断配列を含む、請求項22に記載の方法。
- 分析物が、以下の方法:
標的ヌクレオチド配列を含む分析物を、標的ヌクレオチド配列の一部分に対応するヌクレオチド配列を含む1または複数のプライマーを用いて増幅する方法、
生物からヌクレオチド配列を得て、該ヌクレオチド配列を、プローブと接触させるために適するサイズに切る方法、および
生物からヌクレオチド配列を得て、該ヌクレオチド配列を、1または複数のヌクレアーゼを用いて、プローブと接触させるために適するサイズに切断する方法
の1つにより得られる、請求項20または21に記載の方法。 - 1本鎖ヌクレオチド配列の除去が、1または複数のヌクレアーゼを用いる1本鎖ヌクレオチド配列の切断を含む、請求項20または21に記載の方法。
- 1または複数の前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼおよび/または配列非特異的ヌクレアーゼを含む、請求項25に記載の方法。
- 1または複数の前記ヌクレアーゼが、S1ヌクレアーゼ、P1ヌクレアーゼ、小球菌ヌクレアーゼ、マングビーンヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ、II、III、IV、V、VI、VIIおよびVIIIならびにKlenowフラグメントからなる群より選択される、請求項25に記載の方法。
- 前記導電性媒体が、ナノワイヤ、ナノチューブ、ナノギャップ、ナノポア、ナノビーズおよび電流を伝導できる任意のその他のナノ構造からなる群より選択される、請求項20または21に記載の方法。
- シグナルが、標的ヌクレオチド配列とプローブとのハイブリッド形成がプローブの電荷の変化を引き起こす場合に発生する、請求項28に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US9401708P | 2008-09-03 | 2008-09-03 | |
US61/094,017 | 2008-09-03 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015079215A Division JP6228154B2 (ja) | 2008-09-03 | 2015-04-08 | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017205121A true JP2017205121A (ja) | 2017-11-24 |
Family
ID=41263996
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011525636A Pending JP2012501642A (ja) | 2008-09-03 | 2009-09-03 | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 |
JP2015079215A Active JP6228154B2 (ja) | 2008-09-03 | 2015-04-08 | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 |
JP2017132667A Pending JP2017205121A (ja) | 2008-09-03 | 2017-07-06 | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011525636A Pending JP2012501642A (ja) | 2008-09-03 | 2009-09-03 | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 |
JP2015079215A Active JP6228154B2 (ja) | 2008-09-03 | 2015-04-08 | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US9605302B2 (ja) |
EP (2) | EP2329039B1 (ja) |
JP (3) | JP2012501642A (ja) |
ES (1) | ES2574137T3 (ja) |
WO (1) | WO2010026450A1 (ja) |
Families Citing this family (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2574137T3 (es) * | 2008-09-03 | 2016-06-15 | Quantumdx Group Limited | Estrategias y métodos de detección de ácidos nucleicos mediante biosensores |
WO2010121130A2 (en) | 2009-04-16 | 2010-10-21 | President And Fellows Of Harvard College | Molecular delivery with nanowires |
US20130260467A1 (en) * | 2010-09-29 | 2013-10-03 | President And Fellows Of Harvard | Molecular delivery with nanowires |
IN2015DN01300A (ja) | 2012-08-06 | 2015-07-03 | Quantumdx Group Ltd | |
US10105080B1 (en) | 2014-10-24 | 2018-10-23 | Verily Life Sciences Llc | Interstitial fluid sampling above microneedle array |
WO2016112315A2 (en) | 2015-01-09 | 2016-07-14 | President And Fellows Of Harvard College | Nanowire arrays for neurotechnology and other applications |
KR101816099B1 (ko) * | 2016-03-17 | 2018-01-10 | 서강대학교산학협력단 | 나노입자의 하프-코팅 방법 |
CN106399484B (zh) * | 2016-08-31 | 2020-03-24 | 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 | 双泡状荧光探针及其应用和试剂盒 |
US11419947B2 (en) | 2017-10-30 | 2022-08-23 | Massachusetts Institute Of Technology | Layer-by-layer nanoparticles for cytokine therapy in cancer treatment |
JP2021531025A (ja) * | 2018-07-27 | 2021-11-18 | パロゲン, インコーポレイテッドPalogen, Inc. | ナノポアデバイスおよびこれを用いた荷電粒子の検出方法 |
US20200377929A1 (en) * | 2019-05-30 | 2020-12-03 | Massachusetts Institute Of Technology | Peptide nucleic acid functionalized hydrogel microneedles for sampling and detection of interstitial fluid nucleic acids |
CN112869259A (zh) * | 2020-08-18 | 2021-06-01 | 天津大学 | 呼吸系统检测病毒用口罩 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008531040A (ja) * | 2005-03-05 | 2008-08-14 | シージーン アイエヌシー | 二重特異性オリゴヌクレオチドを使用した方法及び二重特異性オリゴヌクレオチド |
Family Cites Families (38)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3879408A (en) | 1972-09-08 | 1975-04-22 | American Home Prod | Process for preparing anhydropenicillins |
US4469863A (en) | 1980-11-12 | 1984-09-04 | Ts O Paul O P | Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof |
US5235033A (en) | 1985-03-15 | 1993-08-10 | Anti-Gene Development Group | Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof |
US5034506A (en) | 1985-03-15 | 1991-07-23 | Anti-Gene Development Group | Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages |
ES2052602T3 (es) * | 1986-10-03 | 1994-07-16 | Ciba Geigy Ag | Nuevos peptidos afines a las linfocinas. |
US5216141A (en) | 1988-06-06 | 1993-06-01 | Benner Steven A | Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages |
US5137806A (en) * | 1989-12-11 | 1992-08-11 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Methods and compositions for the detection of sequences in selected DNA molecules |
US5386023A (en) | 1990-07-27 | 1995-01-31 | Isis Pharmaceuticals | Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling |
US5602240A (en) | 1990-07-27 | 1997-02-11 | Ciba Geigy Ag. | Backbone modified oligonucleotide analogs |
US5210015A (en) * | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
US7150982B2 (en) * | 1991-09-09 | 2006-12-19 | Third Wave Technologies, Inc. | RNA detection assays |
US5644048A (en) | 1992-01-10 | 1997-07-01 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Process for preparing phosphorothioate oligonucleotides |
US5677125A (en) * | 1994-01-14 | 1997-10-14 | Vanderbilt University | Method of detection and diagnosis of pre-invasive cancer |
US5637684A (en) | 1994-02-23 | 1997-06-10 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Phosphoramidate and phosphorothioamidate oligomeric compounds |
US5500341A (en) * | 1994-09-19 | 1996-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Species-specific detection of Mycobacterium kansasii |
US6261797B1 (en) * | 1996-01-29 | 2001-07-17 | Stratagene | Primer-mediated polynucleotide synthesis and manipulation techniques |
US5654155A (en) * | 1996-02-12 | 1997-08-05 | Oncormed, Inc. | Consensus sequence of the human BRCA1 gene |
WO1997033737A1 (en) | 1996-03-15 | 1997-09-18 | President And Fellows Of Harvard College | Method of forming articles and patterning surfaces via capillary micromolding |
US6780982B2 (en) | 1996-07-12 | 2004-08-24 | Third Wave Technologies, Inc. | Charge tags and the separation of nucleic acid molecules |
US6656692B2 (en) * | 1999-12-21 | 2003-12-02 | Ingeneus Corporation | Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes |
US6475736B1 (en) * | 2000-05-23 | 2002-11-05 | Variagenics, Inc. | Methods for genetic analysis of DNA using biased amplification of polymorphic sites |
KR100984603B1 (ko) | 2000-12-11 | 2010-09-30 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하버드 칼리지 | 나노센서 |
US20040010815A1 (en) * | 2001-09-26 | 2004-01-15 | Lange B. Markus | Identification and characterization of plant genes |
KR20030049802A (ko) | 2001-12-17 | 2003-06-25 | 권윤정 | 바이오 칩에서 프로브와 시료 핵산의 혼성화 여부를 효소반응으로 구별하는 방법 |
US6815167B2 (en) | 2002-04-25 | 2004-11-09 | Geneohm Sciences | Amplification of DNA to produce single-stranded product of defined sequence and length |
US20030215816A1 (en) | 2002-05-20 | 2003-11-20 | Narayan Sundararajan | Method for sequencing nucleic acids by observing the uptake of nucleotides modified with bulky groups |
WO2005005666A1 (en) | 2002-11-19 | 2005-01-20 | Singulex, Inc. | Detection of target molecules through interaction with probes |
JP4342890B2 (ja) | 2003-09-30 | 2009-10-14 | 富士フイルム株式会社 | ミスマッチ結合ポリヌクレオチドの除去方法 |
JP2006109759A (ja) * | 2004-10-14 | 2006-04-27 | Olympus Corp | 核酸配列を変換した後に検出および/または定量するためのプローブ及び方法 |
PT1856257E (pt) | 2005-03-05 | 2012-01-02 | Seegene Inc | Processos utilizando um oligonucleótido de especificidade dual e oligonucleótido de especificidade dual utilizado |
EP1885876A2 (de) | 2005-03-17 | 2008-02-13 | Genovoxx GmbH | Makromolekulare nukleotidverbindungen und methoden zu deren anwendung |
CN101184853B (zh) * | 2005-03-29 | 2012-07-04 | 阿普尔拉股份有限公司 | 用于分析核酸的基于纳米线的系统 |
US20090233280A1 (en) | 2005-12-28 | 2009-09-17 | Canon Kabushiki Kaisha | Method of acquiring information regarding base sequence and information reading device for the same |
US20080003693A1 (en) * | 2006-06-12 | 2008-01-03 | Great Basin Scientific, Inc. | Methods and materials for detecting frameshift mutations |
US20080076121A1 (en) * | 2006-09-22 | 2008-03-27 | Paul Kenneth Wolber | Microarray nuclease protection assay |
WO2009006445A2 (en) | 2007-06-29 | 2009-01-08 | Applied Biosystems | Systems and methods for electronic detection with nanofets |
NZ587060A (en) * | 2007-12-31 | 2012-09-28 | Nanocor Therapeutics Inc | Rna interference for the treatment of heart failure |
ES2574137T3 (es) * | 2008-09-03 | 2016-06-15 | Quantumdx Group Limited | Estrategias y métodos de detección de ácidos nucleicos mediante biosensores |
-
2009
- 2009-09-03 ES ES09785845.0T patent/ES2574137T3/es active Active
- 2009-09-03 WO PCT/IB2009/005008 patent/WO2010026450A1/en active Application Filing
- 2009-09-03 EP EP09785845.0A patent/EP2329039B1/en active Active
- 2009-09-03 EP EP16167837.0A patent/EP3075867B1/en active Active
- 2009-09-03 JP JP2011525636A patent/JP2012501642A/ja active Pending
- 2009-09-03 US US13/062,213 patent/US9605302B2/en active Active
-
2015
- 2015-04-08 JP JP2015079215A patent/JP6228154B2/ja active Active
-
2017
- 2017-03-27 US US15/470,815 patent/US20170211136A1/en not_active Abandoned
- 2017-07-06 JP JP2017132667A patent/JP2017205121A/ja active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008531040A (ja) * | 2005-03-05 | 2008-08-14 | シージーン アイエヌシー | 二重特異性オリゴヌクレオチドを使用した方法及び二重特異性オリゴヌクレオチド |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3075867B1 (en) | 2019-03-13 |
US20170211136A1 (en) | 2017-07-27 |
JP2012501642A (ja) | 2012-01-26 |
ES2574137T3 (es) | 2016-06-15 |
US9605302B2 (en) | 2017-03-28 |
EP2329039B1 (en) | 2016-05-11 |
EP3075867A1 (en) | 2016-10-05 |
JP2015130882A (ja) | 2015-07-23 |
JP6228154B2 (ja) | 2017-11-08 |
US20110294685A1 (en) | 2011-12-01 |
WO2010026450A1 (en) | 2010-03-11 |
EP2329039A1 (en) | 2011-06-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6228154B2 (ja) | バイオセンサを用いる核酸検出のための検知方策および方法 | |
Li et al. | Nucleic acid tests for clinical translation | |
JP6158253B2 (ja) | 電荷量タグを含む合成ヌクレオチドのデザイン、合成及び使用 | |
EP2917732B1 (en) | Concentrating a target molecule for sensing by a nanopore | |
JP6152344B2 (ja) | ニッキングエンドヌクレアーゼを用いるアッセイ方法 | |
US20140170656A1 (en) | Methods of Detecting Target Nucleic Acids | |
TWI699528B (zh) | 感應器與感應系統 | |
CN112480218A (zh) | 用于装配具有多个亚基的蛋白的方法 | |
Wu et al. | Low-noise solid-state nanopore enhancing direct label-free analysis for small dimensional assemblies induced by specific molecular binding | |
Asandei et al. | Nonfunctionalized PNAs as beacons for nucleic acid detection in a nanopore system | |
KR20150139582A (ko) | 나노파티클-지원 신호 증폭을 이용한 rna 마이크로칩 검출 | |
US20140212870A1 (en) | FET Sensors With Subtractive Probes for Indirect Detection and Methods | |
KR101899372B1 (ko) | 핵산 복합체 페어를 포함하는 pcr용 키트 및 이의 용도 | |
WO2010030035A1 (en) | Impedance spectroscopy measurement of dna | |
KR20040037015A (ko) | 핵산 프로브 고정화 기체 및 그것을 이용한 표적 핵산의존재를 검출하는 방법 | |
US20040086895A1 (en) | Method of electrochemical detection of somatic cell mutations | |
CN102937613B (zh) | 一种基于亚甲基蓝指示剂定量检测pcr的电化学安培检测法 | |
US20150275279A1 (en) | Rna-based, amplification-free, organism identification using nano-enabled electronic detection | |
WO2024086745A2 (en) | Systems and methods for analyzing a target molecule | |
Helix | 1 Two-Electrode Platforms | |
CN116867906A (zh) | 用于测序或感测核酸的具有多层石墨烯片的半导体纳米传感装置 | |
US20060141505A1 (en) | Chimeric fusion molecule for analyte detection and quantitation | |
EP1620575A2 (en) | Method of electrochemical detection of somatic cell mutations |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170710 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170724 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180806 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20181101 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190107 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190201 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20190722 |