JP2017141181A - 化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 - Google Patents
化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017141181A JP2017141181A JP2016022811A JP2016022811A JP2017141181A JP 2017141181 A JP2017141181 A JP 2017141181A JP 2016022811 A JP2016022811 A JP 2016022811A JP 2016022811 A JP2016022811 A JP 2016022811A JP 2017141181 A JP2017141181 A JP 2017141181A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- compound
- group
- integer
- polynucleotide
- probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 title claims abstract description 623
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 102
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 71
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims description 172
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 title claims description 86
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 127
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 127
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 127
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 52
- 125000004663 dialkyl amino group Chemical group 0.000 claims abstract description 18
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 53
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 40
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 claims description 38
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 32
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 claims description 30
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 18
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 claims description 16
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 15
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 15
- 125000005107 alkyl diaryl silyl group Chemical group 0.000 claims description 11
- 125000005389 trialkylsiloxy group Chemical group 0.000 claims description 11
- 125000004665 trialkylsilyl group Chemical group 0.000 claims description 11
- -1 cyano, amino Chemical group 0.000 abstract description 19
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 abstract description 5
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 abstract description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 abstract description 4
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 abstract 1
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 abstract 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 127
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 120
- 239000002585 base Substances 0.000 description 90
- 238000002189 fluorescence spectrum Methods 0.000 description 69
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 57
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 52
- 239000003929 acidic solution Substances 0.000 description 36
- 238000000862 absorption spectrum Methods 0.000 description 33
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 30
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 27
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 26
- 230000005588 protonation Effects 0.000 description 25
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 24
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 20
- 238000000695 excitation spectrum Methods 0.000 description 19
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N palladium Substances [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 17
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 15
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 15
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 15
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 15
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 15
- 238000001644 13C nuclear magnetic resonance spectroscopy Methods 0.000 description 14
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 14
- 239000003637 basic solution Substances 0.000 description 13
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 13
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 12
- 239000011261 inert gas Substances 0.000 description 12
- 239000000047 product Substances 0.000 description 12
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 10
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 10
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 9
- 239000012300 argon atmosphere Substances 0.000 description 9
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 9
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 9
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 8
- 238000004566 IR spectroscopy Methods 0.000 description 8
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 8
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 8
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 8
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 8
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 8
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N phosphoryl trichloride Chemical compound ClP(Cl)(Cl)=O XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 8
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 8
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical group [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 7
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 7
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 7
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 7
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 7
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 description 7
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 7
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 6
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 6
- 239000012298 atmosphere Substances 0.000 description 6
- 125000001309 chloro group Chemical group Cl* 0.000 description 6
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 6
- 125000006165 cyclic alkyl group Chemical group 0.000 description 6
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 6
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 6
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 6
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 6
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 6
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 6
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 6
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical group [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 description 5
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 5
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 5
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 5
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 5
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 5
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 5
- NFHFRUOZVGFOOS-UHFFFAOYSA-N palladium;triphenylphosphane Chemical compound [Pd].C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 NFHFRUOZVGFOOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 5
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 5
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 5
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 5
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 5
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QWTBDIBOOIAZEF-UHFFFAOYSA-N 3-[chloro-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(Cl)OCCC#N QWTBDIBOOIAZEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108700040618 BRCA1 Genes Proteins 0.000 description 4
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 4
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 4
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N D-gluconic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 4
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 4
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- XJHCXCQVJFPJIK-UHFFFAOYSA-M caesium fluoride Chemical compound [F-].[Cs+] XJHCXCQVJFPJIK-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 4
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 4
- NXQGGXCHGDYOHB-UHFFFAOYSA-L cyclopenta-1,4-dien-1-yl(diphenyl)phosphane;dichloropalladium;iron(2+) Chemical compound [Fe+2].Cl[Pd]Cl.[CH-]1C=CC(P(C=2C=CC=CC=2)C=2C=CC=CC=2)=C1.[CH-]1C=CC(P(C=2C=CC=CC=2)C=2C=CC=CC=2)=C1 NXQGGXCHGDYOHB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 4
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 4
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 4
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 4
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 4
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 4
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 4
- BWHMMNNQKKPAPP-UHFFFAOYSA-L potassium carbonate Chemical compound [K+].[K+].[O-]C([O-])=O BWHMMNNQKKPAPP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 4
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 4
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 4
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UCFSYHMCKWNKAH-UHFFFAOYSA-N 4,4,5,5-tetramethyl-1,3,2-dioxaborolane Chemical compound CC1(C)OBOC1(C)C UCFSYHMCKWNKAH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 3
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-N Fluorane Chemical compound F KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical class C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 3
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 3
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 3
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 3
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000012295 chemical reaction liquid Substances 0.000 description 3
- 238000006880 cross-coupling reaction Methods 0.000 description 3
- 239000005549 deoxyribonucleoside Substances 0.000 description 3
- 230000005595 deprotonation Effects 0.000 description 3
- 238000010537 deprotonation reaction Methods 0.000 description 3
- BNIILDVGGAEEIG-UHFFFAOYSA-L disodium hydrogen phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].OP([O-])([O-])=O BNIILDVGGAEEIG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 239000012046 mixed solvent Substances 0.000 description 3
- ILWAGGBLQBWJRB-UHFFFAOYSA-N n-butyl-n-(dimethoxymethyl)butan-1-amine Chemical compound CCCCN(C(OC)OC)CCCC ILWAGGBLQBWJRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 description 3
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- AJPJDKMHJJGVTQ-UHFFFAOYSA-M sodium dihydrogen phosphate Chemical compound [Na+].OP(O)([O-])=O AJPJDKMHJJGVTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 3
- 238000000967 suction filtration Methods 0.000 description 3
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- KZPYGQFFRCFCPP-UHFFFAOYSA-N 1,1'-bis(diphenylphosphino)ferrocene Chemical compound [Fe+2].C1=CC=C[C-]1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=C[C-]1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 KZPYGQFFRCFCPP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UHUHBFMZVCOEOV-UHFFFAOYSA-N 1h-imidazo[4,5-c]pyridin-4-amine Chemical compound NC1=NC=CC2=C1N=CN2 UHUHBFMZVCOEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N D-gluconic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 2
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical class O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- YNHIGQDRGKUECZ-UHFFFAOYSA-L bis(triphenylphosphine)palladium(ii) dichloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Pd+2].C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 YNHIGQDRGKUECZ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 239000007810 chemical reaction solvent Substances 0.000 description 2
- MVPPADPHJFYWMZ-UHFFFAOYSA-N chlorobenzene Chemical compound ClC1=CC=CC=C1 MVPPADPHJFYWMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000002425 crystallisation Methods 0.000 description 2
- 230000008025 crystallization Effects 0.000 description 2
- 230000018044 dehydration Effects 0.000 description 2
- 238000006297 dehydration reaction Methods 0.000 description 2
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 2
- 239000000174 gluconic acid Substances 0.000 description 2
- 235000012208 gluconic acid Nutrition 0.000 description 2
- 150000004677 hydrates Chemical class 0.000 description 2
- 239000005457 ice water Substances 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 2
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 2
- 229940087646 methanolamine Drugs 0.000 description 2
- 125000002950 monocyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- 229910000403 monosodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019799 monosodium phosphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- MXQOYLRVSVOCQT-UHFFFAOYSA-N palladium;tritert-butylphosphane Chemical compound [Pd].CC(C)(C)P(C(C)(C)C)C(C)(C)C.CC(C)(C)P(C(C)(C)C)C(C)(C)C MXQOYLRVSVOCQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910000027 potassium carbonate Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 238000006862 quantum yield reaction Methods 0.000 description 2
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 2
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 2
- 238000001226 reprecipitation Methods 0.000 description 2
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- GEHJYWRUCIMESM-UHFFFAOYSA-L sodium sulfite Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])=O GEHJYWRUCIMESM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 2
- FYSNRJHAOHDILO-UHFFFAOYSA-N thionyl chloride Chemical compound ClS(Cl)=O FYSNRJHAOHDILO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 125000005270 trialkylamine group Chemical group 0.000 description 2
- CYTQBVOFDCPGCX-UHFFFAOYSA-N trimethyl phosphite Chemical compound COP(OC)OC CYTQBVOFDCPGCX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphine Chemical compound C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- DTGKSKDOIYIVQL-WEDXCCLWSA-N (+)-borneol Chemical group C1C[C@@]2(C)[C@@H](O)C[C@@H]1C2(C)C DTGKSKDOIYIVQL-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- HTBIZVQWEZWUCQ-UHFFFAOYSA-N 1h-benzimidazolo[4,5-h]quinoline Chemical group C1=CC2=CC=CN=C2C2=C1C(N=CN1)=C1C=C2 HTBIZVQWEZWUCQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004338 2,2,3-trimethylbutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003562 2,2-dimethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003660 2,3-dimethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003764 2,4-dimethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IVLXQGJVBGMLRR-UHFFFAOYSA-N 2-aminoacetic acid;hydron;chloride Chemical compound Cl.NCC(O)=O IVLXQGJVBGMLRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003229 2-methylhexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000005916 2-methylpentyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004336 3,3-dimethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 3-azaniumyl-2-hydroxypropanoate Chemical compound NCC(O)C(O)=O BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004337 3-ethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003469 3-methylhexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000005917 3-methylpentyl group Chemical group 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical class [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 description 1
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 description 1
- 0 CC1(*)O[C@@](CO)([C@]2O)C2=C1* Chemical compound CC1(*)O[C@@](CO)([C@]2O)C2=C1* 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N Coenzym Q(11) Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(O)=O)C(O)C1O UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930183912 Cytidylic acid Natural products 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000043276 Oncogene Human genes 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 101150003085 Pdcl gene Proteins 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 229940008309 acetone / ethanol Drugs 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000003670 adamantan-2-yl group Chemical group [H]C1([H])C(C2([H])[H])([H])C([H])([H])C3([H])C([*])([H])C1([H])C([H])([H])C2([H])C3([H])[H] 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N adenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 229950006790 adenosine phosphate Drugs 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000003125 aqueous solvent Substances 0.000 description 1
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 230000005587 bubbling Effects 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-N carbonic acid Chemical compound OC(O)=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 1
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 125000001995 cyclobutyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000582 cycloheptyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000006547 cyclononyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000640 cyclooctyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001511 cyclopentyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001559 cyclopropyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C1([H])* 0.000 description 1
- IERHLVCPSMICTF-XVFCMESISA-N cytidine 5'-monophosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 IERHLVCPSMICTF-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- IERHLVCPSMICTF-UHFFFAOYSA-N cytidine monophosphate Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(COP(O)(O)=O)O1 IERHLVCPSMICTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N dTMP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 125000002704 decyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 229910001873 dinitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L dipotassium hydrogen phosphate Chemical compound [K+].[K+].OP([O-])([O-])=O ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910000396 dipotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019797 dipotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 125000003438 dodecyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 229960001269 glycine hydrochloride Drugs 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N guanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- 239000004226 guanylic acid Substances 0.000 description 1
- 235000013928 guanylic acid Nutrition 0.000 description 1
- 150000008282 halocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 239000001307 helium Substances 0.000 description 1
- 229910052734 helium Inorganic materials 0.000 description 1
- SWQJXJOGLNCZEY-UHFFFAOYSA-N helium atom Chemical compound [He] SWQJXJOGLNCZEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 125000002883 imidazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 150000007529 inorganic bases Chemical class 0.000 description 1
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 description 1
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001972 isopentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001570 methylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])[*:2] 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- XONPDZSGENTBNJ-UHFFFAOYSA-N molecular hydrogen;sodium Chemical compound [Na].[H][H] XONPDZSGENTBNJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QPJSUIGXIBEQAC-UHFFFAOYSA-N n-(2,4-dichloro-5-propan-2-yloxyphenyl)acetamide Chemical compound CC(C)OC1=CC(NC(C)=O)=C(Cl)C=C1Cl QPJSUIGXIBEQAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004108 n-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003136 n-heptyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001280 n-hexyl group Chemical group C(CCCCC)* 0.000 description 1
- 125000000740 n-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000004123 n-propyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001971 neopentyl group Chemical group [H]C([*])([H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 150000002825 nitriles Chemical class 0.000 description 1
- 125000001400 nonyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000002868 norbornyl group Chemical group C12(CCC(CC1)C2)* 0.000 description 1
- 102000044158 nucleic acid binding protein Human genes 0.000 description 1
- 108700020942 nucleic acid binding protein Proteins 0.000 description 1
- 230000001293 nucleolytic effect Effects 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 230000033116 oxidation-reduction process Effects 0.000 description 1
- 238000010979 pH adjustment Methods 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- RLOWWWKZYUNIDI-UHFFFAOYSA-N phosphinic chloride Chemical compound ClP=O RLOWWWKZYUNIDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WRMXOVHLRUVREB-UHFFFAOYSA-N phosphono phosphate;tributylazanium Chemical compound OP(O)(=O)OP([O-])([O-])=O.CCCC[NH+](CCCC)CCCC.CCCC[NH+](CCCC)CCCC WRMXOVHLRUVREB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 125000003367 polycyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K potassium phosphate Substances [K+].[K+].[K+].[O-]P([O-])([O-])=O LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 125000002943 quinolinyl group Chemical group N1=C(C=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 125000002914 sec-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000003548 sec-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- 235000010265 sodium sulphite Nutrition 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000001384 succinic acid Substances 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 150000003462 sulfoxides Chemical class 0.000 description 1
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001981 tert-butyldimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([H])(C([H])([H])[H])[*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000037 tert-butyldiphenylsilyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[Si]([H])([*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 125000001973 tert-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005951 trifluoromethanesulfonyloxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000025 triisopropylsilyl group Chemical group C(C)(C)[Si](C(C)C)(C(C)C)* 0.000 description 1
- 125000000026 trimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([*])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K trisodium citrate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229940038773 trisodium citrate Drugs 0.000 description 1
- 125000002948 undecyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 1
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 1
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
Abstract
Description
[1].下記一般式(1)で表される化合物。
[3].前記R1が水素原子である、[1]又は[2]に記載の化合物。
[4].前記Zが前記一般式(1)−11で表される基であり、前記R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数である、[1]〜[3]のいずれか一項に記載の化合物。
[5].下記一般式(2)で表される化合物。
[7].前記R1が水素原子である、[5]又は[6]に記載の化合物。
[8].前記Zが前記一般式(1)−11で表される基であり、前記R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数である、[5]〜[7]のいずれか一項に記載の化合物。
[9].下記一般式(11b)で表される化合物。
[13].[5]〜[8]のいずれか一項に記載の化合物と、前記化合物又は前記化合物以外のその他の化合物と、の縮合物。
[14].前記その他の化合物がヌクレオチドであり、前記縮合物がポリヌクレオチドである、[13]に記載の縮合物。
[15].[13]又は[14]に記載の縮合物からなるプローブ。
[17].シトシンを有するポリヌクレオチドと、[15]に記載のプローブとを、異なる複数種のpH条件下でハイブリダイズさせて、ハイブリダイズ産物を得る工程と、異なる複数種のpH条件下での前記ハイブリダイズ産物及び前記プローブの蛍光を測定する工程と、前記pHの違いに基づく、前記蛍光の発光波長の変化を検出することで、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出する工程と、を備える、シトシンの検出方法。
なお、本明細書において、濃度の単位「M」は「モル/L」を意味する。
また、化学式中で使用されている各略号は、それぞれ以下の意味を有する。
Et:エチル基(CH3CH2)
Ph:フェニル基(C6H5)
Ac:アセチル基(CH3CO)
本発明の一実施形態の化合物は、下記一般式(1)で表される(本明細書においては、「化合物(1)」と称することがある)。
また、化合物(1)は、蛍光性化合物である。
R1は水素原子であることが好ましい。
すなわち、化合物(1)は、下記一般式(1)−1で表される化合物(以下、「化合物(1)−1」と略記することがある)、及び下記一般式(1)−2で表される化合物(以下、「化合物(1)−2」と略記することがある)に分類される。化合物(1)−1及び化合物(1)−2は、構造異性体である。
R11及びR12における前記アルキル基は、直鎖状、分岐鎖状及び環状のいずれでもよく、環状である場合、単環状及び多環状のいずれでもよい。そして、前記アルキル基は、炭素数が1〜12であることが好ましく、1〜10であることがより好ましく、1〜8であることがさらに好ましく、1〜5であることが特に好ましく、1〜3であることが最も好ましい。
直鎖状又は分岐鎖状の前記アルキル基は、炭素数が1〜10であることがより好ましく、1〜8であることがさらに好ましく、1〜5であることが特に好ましく、1〜3であることが最も好ましい。
環状の前記アルキル基は、炭素数が3〜10であることがより好ましく、3〜8であることがさらに好ましく、5〜7であることが特に好ましい。
環状の前記アルキル基は、単環状であることが好ましい。
n11は、化合物(1)−1(より具体的にはBIQ骨格)におけるR11の結合数であり、n12は、化合物(1)−2(より具体的にはBIQ骨格)におけるR12の結合数である。
n11が1〜5の整数である場合、化合物(1)(より具体的には化合物(1)−1)において、R11は、BIQ骨格のうち、X11が結合しているナフタレン骨格を構成している5個の炭素原子のいずれかに結合している。
同様に、n12が1〜5の整数である場合、化合物(1)(より具体的には化合物(1)−2)において、R12は、BIQ骨格のうち、X12が結合しているナフタレン骨格を構成している5個の炭素原子のいずれかに結合している。
同様に、化合物(1)において、n12が2以上の整数である場合、複数個のR12は互いに同一でも異なっていてもよい。すなわち、R12はすべて同一であってもよいし、すべて異なっていてもよく、一部のみ同一であってもよい。そして、これら複数個のR12の組み合わせは、特に限定されない。
X11及びX12における前記モノアルキルアミノ基の、窒素原子に結合している1個のアルキル基は、直鎖状、分岐鎖状及び環状のいずれでもよく、このようなアルキル基としては、R11及びR12における前記アルキル基と同様のものが挙げられる。
前記ジアルキルアミノ基中の2個のアルキル基は、互いに同一でも、異なっていてもよい。
化合物(1)−1でより好ましいものとしては、例えば、X11がシアノ基であり、R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(1)−1でより好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数であるもの等も挙げられる。
化合物(1)−1でさらに好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、X11がシアノ基であり、R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(1)−2でより好ましいものとしては、例えば、X12がシアノ基であり、R12が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n12が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(1)−2でより好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、R12が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n12が0〜2の整数であるもの等も挙げられる。
化合物(1)−2でさらに好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、X12がシアノ基であり、R12が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n12が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(1)のうち、化合物(1)−2で好ましいものとしては、例えば、下記式(1A)−201で表される化合物(以下、「化合物(1A)−201」と略記することがある)、下記式(1B)−201で表される化合物(以下、「化合物(1B)−201」と略記することがある)等が挙げられる。
化合物(1A)−101及び化合物(1A)−201はいずれも、デオキシリボヌクレオシド誘導体であり、本明細書においては、デオキシリボヌクレオシド誘導体である化合物(1)を「化合物(1A)」と称することがある。また、化合物(1B)−101及び化合物(1B)−201はいずれも、リボヌクレオシド誘導体であり、本明細書においては、リボヌクレオシド誘導体である化合物(1)を「化合物(1B)」と称することがある。
なお、これら化合物は、好ましい化合物(1)の一例に過ぎず、好ましい化合物(1)はこれらに限定されない。
さらに、化合物(1)は、蛍光性化合物であるだけでなく、化合物(1)の周辺領域のpHの変化に伴って蛍光発光波長が変化するという特性を有する。なお、本明細書において、「蛍光発光波長が変化する」とは、特に断りのない限り、「蛍光スペクトルにおいて蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長が変化する」ことを意味し、「蛍光発光強度が最大となるときの蛍光発光波長が変化する」ことが好ましい。
これに対して、下記式(III−1)及び下記式(III−2)で示すように、化合物(1)の塩基部位に相当するBIQ骨格も、プロトン化されていない状態では、ヌクレオシド中のチミン塩基と水素結合によって塩基対を形成可能であると推測される。しかし、BIQ骨格は、プロトン化された状態では、ヌクレオシド中のチミン塩基ではなく、シトシン塩基と高選択的に塩基対を形成する。このときの塩基対は、下記式(IV−1)及び下記式(IV−2)で示すように形成されると推測される。
このように、化合物(1)は、その周辺領域のpHに依存して、BIQ骨格のシトシン塩基との塩基対の形成の有無が変化する。
このように、周辺領域のpHの変化によって、蛍光発光波長及び蛍光発光強度が変化する化合物(1)は、プローブとして利用するのに特に好適である。
化合物(1)は、例えば、Zの種類に応じて、原料となるヌクレオシド誘導体に対して、公知の反応を行ってBIQ骨格を形成することで製造できる。より具体的には以下のとおりである。
化合物(1)のうち、化合物(1)−1は、例えば、下記一般式(1c)で表される化合物(以下、「化合物(1c)」と略記することがある)と、下記一般式(11b)で表される化合物(以下、「化合物(11b)」と略記することがある)と、を反応させて、下記一般式(11a)で表される化合物(以下、「化合物(11a)」と略記することがある)を得る工程(以下、「化合物(11a)製造工程」と略記することがある)、及び化合物(11a)から化合物(1)−1を得る工程(以下、「化合物(1)−1製造工程」と略記することがある)を有する製造方法により、製造できる。
以下、各工程について、詳細に説明する。
前記化合物(11a)製造工程においては、化合物(1c)と化合物(11b)とを反応させて、化合物(11a)を得る。
化合物(11a)を得る前記反応は、公知のクロスカップリング反応である。
化合物(1c)は公知化合物である。
化合物(1c)において、R10は水素原子、水酸基、トリアルキルシリルオキシ基又はアルキルジアリールシリルオキシ基である。
R10におけるトリアルキルシリルオキシ基としては、例えば、トリメチルシリルオキシ基((CH3)3SiO−)、トリエチルシリルオキシ基((CH3CH2)3SiO−)、tert−ブチルジメチルシリルオキシ基((CH3)3C(CH3)2SiO−)、トリイソプロピルシリルオキシ基(((CH3)2CH)3SiO−)等が挙げられる。
R10におけるアルキルジアリールシリルオキシ基としては、例えば、tert−ブチルジフェニルシリルオキシ基((CH3)3C(C6H5)2SiO−)等が挙げられる。
R2及びR3におけるトリアルキルシリル基としては、例えば、トリメチルシリル基((CH3)3Si−)、トリエチルシリル基((CH3CH2)3Si−)、tert−ブチルジメチルシリル基((CH3)3C(CH3)2Si−)、トリイソプロピルシリル基(((CH3)2CH)3Si−)等が挙げられる。
R2及びR3におけるアルキルジアリールシリル基としては、例えば、tert−ブチルジフェニルシリル基((CH3)3C(C6H5)2Si−)等が挙げられる。
G1におけるパーフルオロアルカンスルホニルオキシ基としては、例えば、トリフルオロメタンスルホニルオキシ基(CF3−S(=O)2−O−)、ノナフルオロブタンスルホニルオキシ基(C4F9−S(=O)2−O−)等が挙げられる。
化合物(11b)は新規化合物である。化合物(11b)の製造方法については、後ほど説明する。
化合物(11b)において、X11、R11及びn11は、前記一般式(1)−11におけるX11、R11及びn11と同じである。
化合物(11a)は新規化合物である。
化合物(11a)において、R10、R2及びR3は、化合物(1c)におけるR10、R2及びR3と同じであり、X11、R11及びn11は、化合物(11b)におけるX11、R11及びn11と同じである。
化合物(11a)は、目的物である化合物(1)−1の水酸基が保護基で保護された化合物である。
前記溶媒は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
パラジウム触媒は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。ただし、通常、パラジウム触媒は、1種を単独で用いれば十分である。
化合物(11a)製造工程において、パラジウム触媒の使用量は、例えば、化合物(1c)の使用量の0.01〜0.3倍モル量であることが好ましく、0.01〜0.1倍モル量であることがより好ましい。
前記塩基としては、例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム等の無機塩基が挙げられる。
前記塩基は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
化合物(11a)製造工程において、塩基の使用量は、例えば、化合物(1c)の使用量の1〜6倍モル量であることが好ましく、1〜4倍モル量であることがより好ましい。
化合物(11a)製造工程において、反応時間は、例えば、1〜12時間であることが好ましく、3〜9時間であることがより好ましい。
前記不活性ガスとしては、例えば、アルゴンガス、ヘリウムガス、窒素ガス等が挙げられる。
化合物(11a)製造工程においては、反応終了後、化合物(11a)を取り出さずに、次工程で用いてもよいが、目的物である化合物(1)−1の収率が向上する点から、化合物(11a)を上述の方法で取り出すことが好ましい。
前記化合物(1)−1製造工程においては、化合物(11a)から化合物(1)−1を得る。
化合物(1)−1を得る反応は、公知の脱保護反応である。すなわち、本工程では、R2及びR3(トリアルキルシリル基又はアルキルジアリールシリル基)が除去されて、水酸基が形成される。また、R10がトリアルキルシリルオキシ基又はアルキルジアリールシリルオキシ基である場合にも、同様にトリアルキルシリル基又はアルキルジアリールシリル基)が除去されて、水酸基が形成される。
前記脱保護反応は、例えば、酸性条件下で、又はフッ素原子含有化合物を添加して、行うことができる。
なお、本工程では、R10が水素原子である場合には、R1が水素原子である化合物(1)−1が得られ、R10が水酸基、トリアルキルシリルオキシ基又はアルキルジアリールシリルオキシ基である場合には、R1が水酸基である化合物(1)−1が得られる。
脱保護反応時において、例えば、酸の使用量は、化合物(11a)の使用量の1〜2倍モル量であることが好ましく、反応温度は10〜25℃であることが好ましく、反応時間は1〜2時間であることが好ましい。
前記フッ素原子含有化合物は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。ただし、通常、前記フッ素原子含有化合物は、1種を単独で用いれば十分である。
脱保護反応時において、フッ素原子含有化合物の使用量は、例えば、化合物(11a)の使用量の2〜6倍モル量であることが好ましく、2〜4倍モル量であることがより好ましい。
脱保護反応時において、反応温度は、例えば、15〜35℃であることが好ましく、18〜30℃であることがより好ましい。
脱保護反応時において、反応時間は、例えば、10分〜5時間であることが好ましく、30分〜3時間であることがより好ましい。
前記不活性ガスとしては、例えば、化合物(11a)製造工程におけるものと同様のものが挙げられる。
上述の新規化合物である化合物(11b)は、クロスカップリング反応の原料となる有機ホウ素化合物であり、同じ目的で用いる有機ホウ素化合物は、他に多数知られており、これら有機ホウ素化合物と同様の方法で製造できる。
例えば、化合物(11b)は、下記一般式(11b1)で表される化合物(以下、「化合物(11b1)」と略記することがある)から化合物(11b)を得る工程(以下、「化合物(11b)製造工程」と略記することがある)を有する製造方法により、製造できる。
化合物(11b)製造工程においては、例えば、以下に示すように、化合物(11b1)を、パラジウム触媒の存在下で、4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロランと反応させることにより、化合物(11b)が得られる。
前記塩基のうち、有機塩基としては、例えば、トリメチルアミン、トリエチルアミン等のトリアルキルアミン等が挙げられる。
前記塩基は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
化合物(11b1)製造工程において、塩基の使用量は、例えば、化合物(1c)の使用量の1〜8倍モル量であることが好ましく、1〜6倍モル量であることがより好ましい。
化合物(11b)製造工程において、反応時間は、例えば、1〜12時間であることが好ましく、3〜9時間であることがより好ましい。
前記不活性ガスとしては、例えば、化合物(11a)製造工程におけるものと同様のものが挙げられる。
化合物(1)のうち、化合物(1)−2は、例えば、化合物(1c)と、下記一般式(12b)で表される化合物(以下、「化合物(12b)」と略記することがある)と、を反応させて、下記一般式(12a)で表される化合物(以下、「化合物(12a)」と略記することがある)を得る工程(以下、「化合物(12a)製造工程」と略記することがある)、及び化合物(12a)から化合物(1)−2を得る工程(以下、「化合物(1)−2製造工程」と略記することがある)を有する製造方法により、製造できる。
前記化合物(12a)製造工程においては、化合物(1c)と化合物(12b)とを反応させて、化合物(12a)を得る。
化合物(12a)を得る前記反応は、公知のクロスカップリング反応である。
化合物(1c)は、上述の化合物(11a)製造工程で用いる化合物(1c)と同じものである。
化合物(12b)は新規化合物である。化合物(12b)の製造方法については、後ほど説明する。
化合物(12b)において、X12、R12及びn12は、前記一般式(1)−12におけるX12、R12及びn12と同じである。
化合物(12a)は新規化合物である。
化合物(12a)において、R10、R2及びR3は、化合物(1c)におけるR10、R2及びR3と同じであり、X12、R12及びn12は、化合物(12b)におけるX12、R12及びn12と同じである。
化合物(12a)は、目的物である化合物(1)−2の水酸基が保護基で保護された化合物である。
前記化合物(1)−2製造工程においては、化合物(12a)から化合物(1)−2を得る。
化合物(1)−2を得る反応は、公知の脱保護反応である。すなわち、本工程では、R2及びR3(トリアルキルシリル基又はアルキルジアリールシリル基)が除去されて、水酸基が形成される。また、R10がトリアルキルシリルオキシ基又はアルキルジアリールシリルオキシ基である場合にも、同様にトリアルキルシリル基又はアルキルジアリールシリル基)が除去されて、水酸基が形成される。
前記脱保護反応は、例えば、酸性条件下で、又はフッ素原子含有化合物を添加して、行うことができる。
なお、本工程では、R10が水素原子である場合には、R1が水素原子である化合物(1)−2が得られ、R10が水酸基、トリアルキルシリルオキシ基又はアルキルジアリールシリルオキシ基である場合には、R1が水酸基である化合物(1)−2が得られる。
上述の新規化合物である化合物(12b)は、化合物(11b1)に代えて、下記一般式(12b1)で表される化合物(以下、「化合物(12b1)」と略記することがある)を用いる点以外は、上述の化合物(11b)の製造方法と同様の方法で製造できる。
すなわち、化合物(12b)は、化合物(12b1)から化合物(12b)を得る工程(以下、「化合物(12b)製造工程」と略記することがある)を有する製造方法により、製造できる。化合物(12b)製造工程における反応、取り出し、精製等の各条件は、いずれも化合物(11b)製造工程の場合と同様とすることができる。
上述の説明のように、化合物(11a)及び化合物(12a)は、新規化合物である。これら化合物は包括して、例えば、下記一般式(1a)で表すことができる(本明細書においては、下記一般式(1a)で表される化合物を「化合物(1a)」と称することがある)。
本発明の一実施形態の化合物は、下記一般式(2)で表される(本明細書においては、「化合物(2)」と称することがある)。
また、化合物(2)は、蛍光性化合物である。
すなわち、化合物(2)は、下記一般式(2)−1−1で表される化合物(以下、「化合物(2)−1−1」と略記することがある)、下記一般式(2)−1−2で表される化合物(以下、「化合物(2)−1−2」と略記することがある)、下記一般式(2)−1−3で表される化合物(以下、「化合物(2)−1−3」と略記することがある)、下記一般式(2)−2−1で表される化合物(以下、「化合物(2)−2−1」と略記することがある)、下記一般式(2)−2−2で表される化合物(以下、「化合物(2)−2−2」と略記することがある)、及び下記一般式(2)−2−3で表される化合物(以下、「化合物(2)−2−3」と略記することがある)に分類される。化合物(2)−1−1及び化合物(2)−2−1は、構造異性体である。同様に、化合物(2)−1−2及び化合物(2)−2−2は、構造異性体であり、化合物(2)−1−3及び化合物(2)−2−3は、構造異性体である。
化合物(2)−1でより好ましいものとしては、例えば、X11がシアノ基であり、R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(2)−1でより好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数であるもの等も挙げられる。
化合物(2)−1でさらに好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、X11がシアノ基であり、R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(2)−2でより好ましいものとしては、例えば、X12がシアノ基であり、R12が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n12が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
化合物(2)−2でより好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、R12が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n12が0〜2の整数であるもの等も挙げられる。
化合物(2)−2でさらに好ましいものとしては、例えば、R1が水素原子であり、X12がシアノ基であり、R12が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n12が0〜2の整数であるもの等が挙げられる。
また、化合物(2B)−101−1、化合物(2B)−101−2、化合物(2B)−101−3、化合物(2B)−201−1、化合物(2B)−201−2、化合物(2B)−201−3はいずれも、リボヌクレオチド誘導体である。本明細書においては、リボヌクレオチド誘導体である化合物(2)を「化合物(2B)」と称することがある。
なお、これら化合物は、好ましい化合物(2)の一例に過ぎず、好ましい化合物(2)はこれらに限定されない。
すなわち、化合物(2)は、蛍光性化合物であるだけでなく、化合物(2)の周辺領域のpHの変化に伴って蛍光発光波長が変化するという特性を有する。
また、化合物(2)の塩基部位に相当するBIQ骨格は、プロトン化されていない状態では通常、ヌクレオシド中のチミン塩基と塩基対を形成すると推測される。しかし、BIQ骨格は、プロトン化された状態では、ヌクレオシド中のチミン塩基ではなく、シトシン塩基と高選択的に塩基対を形成する。
また、化合物(2)は、周辺領域のpHの変化によって、蛍光発光波長だけでなく、蛍光発光強度も変化するものとなる。このような特性を有する化合物(2)は、プローブとして利用するのに特に好適である。
また、化合物(2)は、後述する縮合物の製造原料として有用であり、得られた縮合物も各種のプローブとして使用可能である。縮合物については、後ほど詳しく説明する。
化合物(2)は、例えば、mの数に応じて公知のリン酸化方法を利用することで製造できる。より具体的には、以下のとおりである。
化合物(2)のうち、mが1である場合の5’−一リン酸体(本明細書においては、単に「5’−一リン酸体」と称することがある)は、例えば、化合物(1)の5’−水酸基を一リン酸化する工程(以下、「5’−一リン酸体製造工程」と略記することがある)を有する製造方法により、製造できる。ここで、5’−一リン酸体としては、化合物(2)−1−1及び化合物(2)−2−1が挙げられる。
化合物(2)のうち、mが2である場合の5’−二リン酸体(本明細書においては、単に「5’−二リン酸体」と称することがある)としては、化合物(2)−1−2及び化合物(2)−2−2が挙げられる。
得られた5’−二リン酸体は、上述の化合物(11a)製造工程の場合と同様の方法で取り出すことができ、取り出した5’−二リン酸体をさらに同様の方法で精製してもよい。
化合物(2)のうち、mが3である場合の5’−三リン酸体(本明細書においては、単に「5’−三リン酸体」と称することがある)は、例えば、化合物(1)の5’−水酸基を三リン酸化する工程(以下、「5’−三リン酸体製造工程」と略記することがある)を有する製造方法により、製造できる。ここで、5’−三リン酸体としては、化合物(2)−1−3及び化合物(2)−2−3挙げられる。
本発明の縮合物は、上述の化合物(2)と、化合物(2)又は化合物(2)以外のその他の化合物と、の縮合物である。
本発明の縮合物は、後述するように、各種のプローブとして用いるのに有用である。
なかでも本発明の縮合物としては、化合物(2)のリン酸基又は3’位の水酸基が、エステル結合を形成しているものが好ましい。
好ましい前記その他の化合物としては、例えば、1分子中に水酸基(OH−)及びリン酸基(H2PO4−)を合計で1個以上有するもの、すなわち、1分子中に水酸基を有さず、リン酸基を1個以上有するもの、1分子中に水酸基を1個以上有し、リン酸基を有しないもの、並びに1分子中に水酸基及びリン酸基をともに1個以上有するもの、等が挙げられる。前記その他の化合物において、リン酸基はアニオン(HPO4 −−)を形成していてもよい。
そして、前記その他の化合物がヌクレオチドであり、前記縮合物がポリヌクレオチドであることが特に好ましい。
通常、前記縮合物においては、すべての構成単位の合計量(モル数)に対する、化合物(2)から誘導された構成単位の含有量(モル数)の割合は、3〜100モル%であることが好ましく、5〜100モル%であることがより好ましい。
例えば、前記縮合物がポリヌクレオチドである場合には、これを構成している化合物(2)から誘導された構成単位の数は、1〜3であることが好ましく、1又は2であることがより好ましく、1であることが特に好ましい。そして、ポリヌクレオチドを構成しているヌクレオシドの数が、上述のように3〜25である場合に、化合物(2)から誘導された構成単位がこのような数の条件を満たすことが好ましい。
前記縮合物は、原料化合物である化合物(2)と、化合物(2)又は化合物(2)以外のその他の化合物と、を縮合する工程を有する製造方法により、製造できる。
原料化合物同士の縮合は、原料化合物の種類に応じて、公知の方法に従って行えばよい。
このようにPCR法を適用する場合には、例えば、上述の5’−三リン酸体である化合物(2)を用いてPCR法を行えばよい。
また、5’−三リン酸体である化合物(2)に代えて、化合物(1)の誘導体を用いてPCR法を行ってもよい。以下、化合物(1)の誘導体を用いて、前記縮合物を製造する方法について、説明する。
化合物(3)製造工程においては、例えば、化合物(1)とN,N−ジ−n−ブチルホルムアミドジメチルアセタールとを反応させることにより、化合物(3)が得られる。
化合物(3)製造工程における反応条件は、反応が良好に進行する限り特に限定されない。
前記溶媒は特に限定されないが、好ましいものとしては、例えば、ベンゼン、トルエン、キシレン等の炭化水素;テトラヒドロフラン(以下、「THF」と略記することがある)、ジエチルエーテル等のエーテル;N,N−ジメチルホルムアミド等のアミド(アミド結合を有する化合物);ジメチルスルホキシド等のスルホキシド;塩化メチレン、クロロベンゼン等のハロゲン化炭化水素等が挙げられる。
前記溶媒は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
N,N−ジ−n−ブチルホルムアミドジメチルアセタールの使用量は、化合物(1)の使用量の2〜5倍モル量であることが好ましい。
前記不活性ガスとしては、例えば、上述の化合物(11a)製造工程におけるものと同様のものが挙げられる。
化合物(4)製造工程においては、例えば、化合物(3)と4,4’−ジメトキシトリチルクロリド((CH3OC6H4)2C(C6H5)Cl)とを反応させることにより、化合物(4)が得られる。
化合物(4)製造工程における反応条件は、反応が良好に進行する限り特に限定されない。
前記溶媒は特に限定されないが、好ましいものとしては、例えば、ピリジン等の有機塩基が挙げられる。また、前記溶媒は、含有している水分を除去する操作を行った無水溶媒であることが好ましい。
前記溶媒は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
4,4’−ジメトキシトリチルクロリドの使用量は、化合物(3)の使用量の1〜1.5倍モル量であることが好ましい。
前記不活性ガスとしては、例えば、上述の化合物(11a)製造工程におけるものと同様のものが挙げられる。
化合物(5)製造工程においては、例えば、化合物(4)と2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイト(((CH3)2CH)2P(OCH2CH2CN)Cl)とを反応させることにより、化合物(5)が得られる。
化合物(5)製造工程における反応条件は、反応が良好に進行する限り特に限定されない。
前記溶媒は特に限定されないが、好ましいものとしては、例えば、アセトニトリル等のニトリルが挙げられる。
前記溶媒は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイトの使用量は、化合物(4)の使用量の1〜12倍モル量であることが好ましい。
前記塩基は特に限定されないが、好ましいものとしては有機塩基が挙げられ、前記有機塩基としては、例えば、トリエチルアミン、N,N−ジイソプロピルエチルアミン等のトリアルキルアミン等が挙げられる。
前記塩基は、1種を単独で用いてもよいし、2種以上を併用してもよく、2種以上を併用する場合、それらの組み合わせ及び比率は任意に選択できる。
前記塩基の使用量は、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイトの使用量の3〜12倍モル量であることが好ましい。
前記不活性ガスとしては、例えば、上述の化合物(11a)製造工程におけるものと同様のものが挙げられる。
上述の化合物(1)及び縮合物は、それぞれ各種のプローブとして用いるのに有用である。
すなわち、本発明のプローブとしては、化合物(1)からなるもの、及び前記縮合物からなるものが挙げられる。
以下、前記縮合物のうち、特にポリヌクレオチドからなるプローブについて、より詳細に説明する。
(i)標的ポリヌクレオチドと相補的なプローブを用いることにより、標的ポリヌクレオチドの特定位置のシトシンの有無を決定できる。同様の方法で1塩基多型の検出に利用できる。
(ii)DNAチップにおいて、本発明のプローブを基材上に固定又は吸着させることにより、特定の塩基配列を有するか否かを確認できる。特に、標的ポリヌクレオチドの特定位置のシトシンの有無を決定できる。
(iii)アンチセンスポリヌクレオチドに代えて本発明のプローブを使用する場合には、通常のポリヌクレオチドとは異なるため、核酸分解酵素(例えば、制限酵素等)や核酸結合タンパク質(例えば、転写因子等) 等の標的核酸への結合を阻害できる。このことから、これらの作用を利用した実験用試薬として利用できる。
(iv)本発明のプローブ自体蛍光を発するため、ポリヌクレオチドの蛍光ラベルに使用できる。
(v)DNA複製において、複製されるDNAと相補的なプローブとして使用することによりDNA複製のリアルタイム検出ができる。同様に、RNAへの転写において、転写されるRNAと相補的なプローブとして使用することによりRNA転写のリアルタイム検出ができる。
(vi)本発明のプローブは、シトシンを有する相補的配列とハイブリダイズすることにより蛍光発光波長が変化するため、この波長の変化により、本発明のプローブの酸化還元電位が変化する。このため、電極上に本発明のプローブを固定しておき、被験ポリヌクレオチドをこの電極に作用させて酸化還元電位を測定する方法で、核酸配列応答性のバイオセンサーとして利用できる。
(vii)本発明のポリヌクレオチドは、蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)に供される蛍光性プローブとして利用できる。
上述のプローブは、例えば、解析対象であるポリヌクレオチド中のシトシンを検出するのに有用である。
すなわち、本発明のシトシンの検出方法は、シトシンを有するポリヌクレオチドと、上述のプローブとを、酸性条件下でハイブリダイズさせて、ハイブリダイズ産物を得る工程と、酸性条件下での前記ハイブリダイズ産物及び前記プローブの蛍光を測定する工程と、シトシンの有無に基づく、前記蛍光の発光波長の変化を検出することで、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出する工程と、を備えるものである(以下、「検出方法1」と略記することがある)。
また、本発明のシトシンの検出方法は、シトシンを有するポリヌクレオチドと、上述のプローブとを、異なる複数種のpH条件下でハイブリダイズさせて、ハイブリダイズ産物を得る工程と、異なる複数種のpH条件下での前記ハイブリダイズ産物及び前記プローブの蛍光を測定する工程と、前記pHの違いに基づく、前記蛍光の発光波長の変化を検出することで、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出する工程と、を備えるものである(以下、「検出方法2」と略記することがある)。
以下、各検出方法について、説明する。
[ハイブリダイズ工程]
検出方法1では、シトシンを有するポリヌクレオチドを含有せず、前記プローブを含有する酸性溶液(以下、「酸性溶液1−1」と略記することがある)、及びシトシンを有するポリヌクレオチドと、前記プローブと、を含有する酸性溶液(以下、「酸性溶液1−2」と略記することがある)を用いる。
酸性溶液1−1はこのようなポリヌクレオチドを含有していないため、酸性溶液1−1中における前記プローブも、BIQ骨格がポリヌクレオチド中のシトシンと塩基対を形成しない。
蛍光は常法に従い、照射波長250〜600nm程度で測定すればよい。酸性溶液1−1中の前記プローブの蛍光測定と、酸性溶液1−2中のハイブリダイズ産物の蛍光測定とは、同じ種類の酸性溶液に溶解又は懸濁させた状態で行うことが好ましい。通常はハイブリダイズさせた際の酸性溶液に溶解又は懸濁させた状態で測定すればよい。
酸性溶液1−2中の前記プローブは、BIQ骨格がプロトン化された状態でシトシンと塩基対を形成している場合と、塩基対を形成していない場合とでは、蛍光発光波長が明りょうに異なり、蛍光発光強度が異なることもある。
また、酸性溶液1−1中の前記プローブは、シトシンと塩基対を形成しておらず、シトシンと塩基対を形成している場合とは、蛍光発光波長が異なり、蛍光発光強度が異なることもある。
したがって、酸性溶液1−1及び酸性溶液1−2について、前記測定工程において、前記プローブの蛍光を測定した場合、これら酸性溶液中でのシトシンの有無に基づいて、蛍光発光波長の変化を検出することによって、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出できる。
[ハイブリダイズ工程]
検出方法2では、シトシンを有するポリヌクレオチドと、前記プローブと、を含有し、pHが異なる複数種の溶液(以下、「溶液2群」と略記することがある)を用いる。
溶液2群とは、前記ポリヌクレオチド及びプローブ以外の含有成分について、その種類及び含有量のいずれか一方又は両方が調節され、pHが互いに異なるように調節された2種以上の溶液群である。溶液2群には、通常、1種以上の酸性溶液が必須溶液として含まれる。
必須溶液である酸性溶液のpH及び組成は、上述の検出方法1における酸性溶液1−1及び1−2の場合と同様である。
検出方法2における蛍光測定工程は、上述の検出方法1における蛍光測定工程と同様である。
前記プローブは、BIQ骨格がプロトン化された状態でシトシンと塩基対を形成している場合と、塩基対を形成していない場合とでは、蛍光発光波長が明りょうに異なり、蛍光発光強度が異なることもある。
したがって、溶液2群のpHが互いに異なる複数種の溶液について、前記測定工程において、前記プローブの蛍光を測定した場合、これら溶液のpHの違いに基づいて、蛍光発光波長の変化を検出することによって、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出できる。
上述のシトシンの検出方法は、例えば、遺伝子変異を検出するのに有用である。
すなわち、本発明の遺伝子変異の検出方法は、上述のシトシンの検出方法を用いるものである。
以下、遺伝子変異の検出方法について、説明する。
なお、以下においては、例えば、「一般式(1A)−101で表される化合物」を「化合物(1A)−101」と称するなど、各化合物に付している符号を用いて、その化合物の名称を確定した。
<化合物(11b)の製造>
以下に示す経路で、化合物(11b)として化合物(11b)−101を製造した。
アルゴン雰囲気下で化合物(11b4)−101(1.6g、 7.95mmol)を酢酸(25mL)に溶解させた。得られた酢酸溶液に、臭素(20mmol)を少量ずつ加え、さらに酢酸ナトリウム(1.3g、16mmol)を加えた後、50℃のオイルバス中で2.5時間撹拌した。その後、臭素(10mmol)を少量ずつ加え、さらに酢酸ナトリウム(0.7g、7mmol)を加えて、1.5時間撹拌した。その後、酢酸(50mL)、48%臭化水素酸(50mL)、亜硫酸ナトリウム(12g、95mmol)を加え、130℃で一晩還流させながら撹拌した。得られた反応液を室温まで冷却した後、10%水酸化ナトリウム水溶液を用いてpHを5に調整して、黒色結晶を析出させ、吸引ろ過を行い、水で洗浄して析出物を取り出した。ろ液にも反応生成物が含まれていたため、クロロホルム及び純水の2層系でろ液に対して分液操作を行い、有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水し、減圧濃縮することで白色結晶を得た。この白色結晶と、吸引ろ過で取り出した前記析出物とを合わせて、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(メタノール/クロロホルム/酢酸(10/100/1、体積比))により精製し、化合物(11b3)−101を白色粉末として得た(収量1g、収率100%)。
アルゴン雰囲気下で、化合物(11b3)−101(1g)、トルエン(15mL)、塩化チオニル(1.5mL)を混合し、120℃で2時間還流させながら撹拌した。得られた反応液を減圧濃縮し、濃縮物を氷水で冷やしながら、この濃縮物に飽和アンモニア水を加えて約30分撹拌した。反応液中で析出した茶褐色結晶を吸引ろ過で取り出した。得られた茶褐色結晶を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(メタノール/クロロホルム(1/100、体積比))により精製し、化合物(11b2)−101を肌色粉末として得た(収量750mg、収率36%)。
1H-NMR(DMSO-d6, 400MHz)σ5.77(br s, 2H), 7.11(s, 1H), 7.27(br s, 1H), 7.58(d, J = 8.7 Hz, 1H), 7.79(dd, J = 1.4 Hz, 1H), 7.92(br s, 1H), 8.11(s, 1H), 8.23(d, J = 1.4 Hz, 1H).
13C-NMR(DMSO-d6, 100MHz)σ107.3, 112.4, 124.8, 124.9, 125.7, 127.2, 127.6, 132.2, 135.2, 145.1, 167.9.
アルゴン雰囲気下で、化合物(11b2)−101(700mg、0.27mmol)をアセトニトリル(20mL)に懸濁させた。得られた懸濁液に、塩化ホスホリル(50μL、0.5mmol)を少しずつ加え、80℃のオイルバス中で2.5時間撹拌した。得られた反応液を、氷水(約50mL)中にゆっくりと注いだ後、約30分撹拌した。次いで、得られた反応液に対して、酢酸エチル及び炭酸水素ナトリウム水溶液の2層系で分液操作を行い、有機層を硫酸ナトリウムによって脱水した後、減圧濃縮した。得られた濃縮物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル(5/1〜3/1、体積比)により精製し、化合物(11b1)−101を白色粉末として得た(収量300mg、収率44%)。
1H-NMR(CDCl3, 400MHz)σ4.56(br s, 2H), 7.06(s, 1H), 7.47(dd, J = 1.4, 8.2 Hz,1H), 7.59(d, J = 8.2 Hz, 1H), 7.96(d, J = 1.4 Hz, 1H), 8.00(s, 1H).
13C-NMR(CDCl3, 100MHz)σ105.9, 108.5, 114.0, 119.6, 126.7, 127.1, 132.2, 133.0, 135.5, 144.5.
アルゴン雰囲気下で、化合物(11b1)−101(100mg、0.4mmol)及び[1,1’−ビス(ジフェニルホスフィノ)フェロセン]ジクロロパラジウム(II)(17mg、20μmol)を、1,4−ジオキサン(2mL)に溶解させた。得られた1,4−ジオキサン溶液に、トリメチルアミン(230μL、1.7mmol)を加え、さらに4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン(300μL、1.3mmol)を滴下し、フラスコ内の反応液が泡立ちながら黄色溶液から赤紫溶液に変化するのを確認した後、この溶液を90℃のオイルバス中で一晩撹拌した。得られた反応液を室温まで冷却した後、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル(10/1、体積比)により精製し、化合物(11b)−101を黄色粉末として得た(収量70mg、収率58%)。
1H-NMR(CDCl3, 400MHz)σ1.40(s, 12H), 5.12(br s, 2H), 6.83(s, 1H), 7.42(dd, J = 1.4, 8.7 Hz,1H), 7.51(d, J = 8.7 Hz, 1H), 8.03(d, J = 1.4 Hz, 1H), 8.22(s, 1H).
13C-NMR(CDCl3, 100MHz)σ24.9,84.3, 104.2, 106.9, 120.2, 125.3, 126.2, 127.9, 135.0, 138.4, 139.8, 152.3.
<化合物(11a)の製造>
以下に示す手順により、化合物(1a)のうち、化合物(11a)として化合物(11Aa)−101を製造した。
アルゴン雰囲気下で、化合物(1Ac)−101(125mg、0.2mmol)、化合物(11b)−101(70mg、0.2mmol)、炭酸カリウム(80mg、0.6mmol)、及びテトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(0)(11mg、10μmol)の混合物に、DMF(3mL)及び水(600μL)の混合溶媒を加え、懸濁液を得た。この懸濁液を90℃のオイルバス中で一晩撹拌した後、室温まで冷却し、減圧濃縮した。得られた濃縮物に対して、酢酸エチル及び炭酸水素ナトリウム水溶液の2層系で分液操作を行い、有機層を硫酸ナトリウムによって脱水した後、減圧濃縮した。得られた濃縮物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル(1/1〜1/3、体積比)により精製し、化合物(11Aa)−101を黄色粉末として得た(収量125mg、収率94%)。
1H-NMR(DMSO-d6, 400MHz)σ1.12(m, 42H), 2.71(m, 2H), 3.95(m, 2H), 4.33(m, 1H), 4.87(m, 1H), 5.82(br s, 2H), 6.88(dd, J = 1.8, 8.7 Hz, 1H), 7.55(dd, J = 1.8, 8.7 Hz, 1H), 7.97(d, J = 8.7 Hz, 1H), 8.25(s, 1H), 8.30(complex, 2H), 8.59(s, 1H).
13C-NMR(DMSO-d6, 100MHz)σ11.9, 12.2, 17.9, 18.1, 42.3, 63.4, 72.8, 77.2, 86.6, 89.2, 107.4, 117.8, 119.7, 120.8, 123.4, 125.3, 127.4, 128.9, 129.6, 131.7, 133.3, 134.9, 138.3, 145.1, 153.0.
<化合物(1)−1の製造>
以下に示す手順により、化合物(1)のうち、化合物(1)−1として化合物(1A)−101を製造した。
アルゴン雰囲気下で、化合物(11Aa)−101(125mg、0.2mmol)をTHF(2mL)に溶解させた。得られたTHF黄色溶液を室温下で撹拌しながら、ここへテトラブチルアンモニウムフルオライド(360μL、0.4mmol)を滴下し、さらに1時間撹拌した。反応液中で黄色結晶が析出したのを確認した後、この反応液に酢酸(360μL)を加えて中和を行い、さらに約10分撹拌した。反応液中で黄色沈殿物が多くなったのを確認した後、吸引ろ過を行い、0℃のアセトン/エタノール(5/1、体積比)混合溶媒で黄色沈殿物を洗浄して、化合物(1A)−101を黄色粉末として得た(収量54mg、収率80%)。
1H-NMR(DMSO-d6, 400MHz)σ2.71(m, 2H), 3.61(m, 1H), 3.66(m, 1H), 4.05(m, 1H), 4.49(m, 1H),5.07(dd, J = 5.0, 5.5 Hz, 1H), 5.47(d, J = 4.1 Hz, 1H), 6.87(dd, J = 5.5, 6.0 Hz, 1H), 7.18(br s, 2H), 7.64(dd, J = 1.8, 8.7 Hz, 1H), 8.10(d, J = 8.7 Hz, 1H), 8.67(s, 1H), 8.73(s, 1H), 8.80(s, 1H).
13C-NMR(DMSO-d6, 100MHz)σ60.6, 69.1, 78.0, 85.8, 87.8, 105.3, 117.4, 119.7, 121.6, 124.8, 126.4, 128.4, 129.5, 130.7, 132.8, 135.4, 139.7, 145.6, 153.7.
<化合物(1)−1の光学特性の評価>
[紫外線吸収スペクトルの測定]
上記で得られた化合物(1A)−101を、(S1)1,4−ジオキサン、(S2)THF、(S3)酢酸エチル、(S4)DMF、(S5)ジメチルスルホキシド(DMSO)、(S6)アセトニトリル、(S7)2−プロパノール、(S8)エタノール、(S9)メタノール、(S10)エチレングリコール、(S11)グリセロールの11種の溶媒に、それぞれ濃度が10μMとなるように溶解させ、11種の溶液を調製した。
次いで、得られたこれら溶液について、紫外可視分光光度計(島津製作所社製「UV−2550」)を用いて、紫外線吸収スペクトルを測定した。結果を図1(a)に示す。図1(a)のグラフにおける縦軸は吸光度を表し、横軸は光の波長(nm)を表す。
上記で得られた化合物(1A)−101の11種の溶液について、蛍光光度計(島津製作所社製「RF−5300PC」)を用いて、蛍光スペクトルを測定した。結果を図1(b)に示す。図1(b)のグラフにおける縦軸は光の強度を表し、横軸は光の波長(nm)を表す。
上記で得られた化合物(1A)−101の11種の溶液について、蛍光光度計(島津製作所社製「RF−5300PC」)を用いて、励起スペクトルを測定した。結果を図1(c)に示す。図1(c)のグラフにおける縦軸は光の強度を表し、横軸は光の波長(nm)を表す。
<化合物(1)−1における光学特性のpH依存性の評価>
[各pH条件下での紫外線吸収スペクトルの測定]
下記(b1)〜(b4)の4タイプの緩衝液を用い、pH4.0〜9.0に調節された、緩衝液/エタノール(9/1、体積比)の各種水溶液を調製し、これら水溶液にそれぞれ濃度が10μMとなるように、上記で得られた化合物(1A)−101を溶解させ、pHが異なる各種溶液を調製した。
(b1):グリシン塩酸塩及び塩化ナトリウムの合計濃度が10mMである、pH4.0の緩衝液。
(b2):酢酸及び酢酸ナトリウムの合計濃度が10mMであり、これら成分の比率を調節することで、pH4.3〜6.0のいずれかに調節された緩衝液。
(b3):リン酸一水素ナトリウム及びリン酸二水素ナトリウムの合計濃度が10mMであり、これら成分の比率を調節することで、pH6.3〜8.0のいずれかに調節された緩衝液。
(b4):塩化アンモニウム及びアンモニアの合計濃度が10mMであり、これら成分の比率を調節することで、pH8.3〜9.0のいずれかに調節された緩衝液。
上記で得られた、pHが異なる化合物(1A)−101の各種溶液について、蛍光光度計(島津製作所社製「RF−5300PC」)を用いて、蛍光スペクトルを測定した。結果を図2(b)に示す。
また、上記の蛍光スペクトルの測定結果のうち、波長379nmでの測定値を用いて、化合物(1A)−101のpKaを算出した結果、その値は6.08であった。
これらの結果から、化合物(1A)−101のpKaは、6.1〜6.2であると考えられた。
また、化合物(1A)−101において、pH8.5の塩基系における、励起光の波長が370nmである場合の絶対量子収率は0.852であり、蛍光寿命は5.2ナノ秒であった。
<縮合物(ポリヌクレオチド)の製造>
以下に示す手順により、化合物(1A)−101をモノマーとして用いた縮合物として、ポリヌクレオチドを製造した。
アルゴン雰囲気下で、化合物(1A)−101(42mg、0.1mmol)をDMF(2mL)に溶解させた。得られたDMF黄色溶液に、N,N−ジ−n−ブチルホルムアミドジメチルアセタール(100μL)を加え、80℃のオイルバス中で2時間撹拌した。得られた反応液を室温まで冷却した後、減圧濃縮し、得られた濃縮物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(クロロホルム/メタノール/トリエチルアミン(300/10/3〜100/5/1)により精製し、化合物(3A)−101を黄色粉末として得た(収量42mg、収率72%)。
1H-NMR(DMSO-d6, 400MHz)σ0.95(m, 6H), 1.36(m, 4H), 1.65(m, 4H), 2.71(m, 2H), 3.46(m, 2H), 3.61-3.67(complex, 4H), 4.05(m, 1H), 4.49(m, 1H),5.07(m, 1H), 5.49(d, J = 4.8 Hz, 1H), 6.93(t, J = 5.7, 6.0 Hz, 1H), 7.69(m, 1H), 8.20(d, J = 8.8 Hz, 1H), 8.48(s, 1H), 8.68(s, 1H), 8.82(s, 1H), 8.90(s, 1H), 8.93(s, 1H).
13C-NMR(DMSO-d6, 100MHz)σ13.6, 13.7, 19.1, 19.6, 28.7, 30.5, 40.1, 44.3, 50.7,60.4, 68.9, 85.6, 87.6, 106.2, 118.0, 119.5, 121.5, 124.3, 124.6, 127.3, 128.8, 131.9, 132.2, 133.9, 135.4, 139.9, 144.2, 156.7, 157.7.
アルゴン雰囲気下で、化合物(3A)−101(50mg、9.72×10−2mmol)をピリジン(1.5mL)に溶解させた。得られたピリジン黄色溶液に、4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(40mg、0.1mmol)を加え、室温下で一晩撹拌した。得られた反応液を減圧濃縮し、得られた濃縮物に対して、酢酸エチル及び炭酸水素ナトリウム水溶液の2層系で分液操作を行い、有機層を硫酸ナトリウムによって脱水した後、減圧濃縮した。得られた濃縮物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(クロロホルム/メタノール/トリエチルアミン(200/1/2、体積比)により精製し、化合物(4A)−101を黄色粉末として得た(収量38mg、収率53%)。
1H-NMR(DMSO-d6, 400MHz)σ0.98(m, 6H), 1.44(m, 4H), 1.74(m, 4H), 2.88(m, 1H), 3.09(dd, J = 10.5 Hz, 1H), 3.21(m, 1H), 3.33(m, J = 4.6, 10.5 Hz, 1H), 3.52(m, 2H), 3.53(s, 3H), 3.59(s, 3H), 3.75(m, 2H), 4.30(m, 1H), 4.89(m, 1H), 6.41(m, 2H), 6.50(m, 2H), 6.90(m, 1H), 7.02-7.15(complex, 9H), 7.56(dd, J = 1.4, 8.7 Hz, 1H), 8.39(s, 1H), 8.45(s, 1H), 8.57(s, 1H), 9.00(s, 1H), 9.11.
13C-NMR(DMSO-d6, 100MHz)σ14.1, 14.3, 20.5, 20.9, 30.1, 32.0, 40.3, 45.9, 52.3, 55.3, 55.3, 63.6, 70.7, 86.2, 86.5, 87.2, 108.0, 113.6(2C), 113.6(2C), 113.9, 119.5, 120.2, 123.0, 125.4, 125.5, 128.4(2C), 128.7(2C), 128.8, 129.8, 130.5(2C), 130.8(2C), 133.6, 134.0, 135.7, 136.1, 136.4, 136.6, 139.6, 145.8, 146.1, 158.1, 158.9, 159.2, 159.3.
アルゴン雰囲気下で、化合物(4A)−101(37mg、0.05mmol)をアセトニトリル(1mL)に溶解させた。得られたアセトニトリル溶液に、トリエチルアミン(0.5mL)加え、2−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイト(100μL)を滴下して、室温下で1時間撹拌した。得られた反応液に対して、酢酸エチル及び炭酸水素ナトリウム水溶液の2層系で分液操作を行い、得られた有機層に対して、さらに酢酸エチル及び塩化ナトリウム水溶液の2層系で分液操作を行った。次いで、得られた有機層を硫酸ナトリウムによって脱水した後、減圧濃縮することで、化合物(5A)−101を得た。
化合物(5A)−101をアセトニトリル(600μL)に溶解させ、得られた溶液と、DNA自動合成機(アプライドバイオシステムズ社製「DNAシンセサイザー3400」)とを用いて、DNA鎖の自動合成を行い、配列番号1に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(5’−CGCAATNTAACGC−3’(Nは化合物(5A)−101中のBIQ骨格を有する塩基部位を表す)、以下、「ODN1」と略記することがある)を得た。
移動相:AF緩衝液/アセトニトリル(アセトニトリルの濃度を45分で3体積%から20体積%まで上昇させた。)
流量:2.0mL/min
カラム:ケムコプラス社製「CHEMCOBOND 5−ODS−H」(10mm×150mm)
<ポリヌクレオチドにおける光学特性のpH依存性の評価>
[各pH条件下での紫外線吸収スペクトルの測定]
pH4.0〜8.0に調節された、下記(b5)〜(b7)の3タイプの緩衝液を調製し、これら緩衝液にそれぞれ濃度が5μMとなるように、上記で得られたODN1を溶解させ、pHが異なる各種溶液を調製した。
(b5):酢酸及び酢酸ナトリウムの合計濃度が10mMであり、これら成分の比率を調節することで、pH4.0〜6.0のいずれかに調節された緩衝液。
(b6):リン酸一水素ナトリウム及びリン酸二水素ナトリウムの合計濃度が10mMであり、これら成分の比率を調節することで、pH6.3〜8.0のいずれかに調節された緩衝液。
(b7):塩化アンモニウム及びアンモニアの合計濃度が10mMであり、これら成分の比率を調節することで、pH8.3〜9.0のいずれかに調節された緩衝液。
上記で得られた、pHが異なるODN1の各種溶液について、蛍光光度計(島津製作所社製「RF−5300PC」)を用いて、蛍光スペクトルを測定した。結果を図3(b)に示す。
上記で得られた、pHが異なるODN1の各種溶液について、蛍光光度計(島津製作所社製「RF−5300PC」)を用いて、励起スペクトルを測定した。結果を図3(c)に示す。
[実施例5]
pH4.0〜8.0に調節された、前記(b5)〜(b7)の3タイプの緩衝液を調製し、これら緩衝液に、上記で得られたODN1と、配列番号2に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(3’−GCGTTACATTGCG−5’、以下、「TrichC」と略記することがある)と、を溶解させた。次いで、90℃で5分加熱した後、ゆっくりと室温まで冷却することでハイブリダイゼーションさせて、これらポリヌクレオチドの二重鎖を含む、pHが異なる各種溶液を調製した。ODN1とTrichCの使用量は、前記溶液におけるこれらポリヌクレオチドの二重鎖の濃度が5μMとなるように調節した。
さらに、前記溶液の蛍光スペクトルでは、pHが低くなるに従って、蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長が変化していた。特に、蛍光発光強度が最大となるときの蛍光発光波長は、pHが6.5以上の場合には440nm又はその近傍であるのに対し、pHが6.0以下の場合には415nm又はその近傍であり、明りょうな変化が見られた。
さらに、このような短波長側へ変化した蛍光発光は、周辺に存在する核酸塩基の影響により、強く消光されることが判った。すなわち、pHの変化によって、発光波長が変化した蛍光発光の強度は、消光によって小さくなっていた。
これらの結果は、例えば、前記溶液のpHが6.0以下のような酸性条件下の場合、ODN1中のBIQ骨格が、プロトン化されるとともに、TrichC中の対面するシトシンを識別し、このシトシンと安定して塩基対を形成していることを示していた。
また、実施例5の結果から、シトシンを有するポリヌクレオチドと、本発明のポリヌクレオチドからなるプローブと、を含有し、pHが異なる複数種の溶液について、前記プローブの蛍光を測定し、その測定結果から、前記溶液のpHの違いに基づく蛍光発光波長の変化を検出することで、解析対象の前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出できることが確認された。
BIQ骨格のプロトン化の有無を検出できることが確認された。ここで、弱塩基性溶液とは、例えば、pH7.5〜8.0の溶液である。
TrichCに代えて、配列番号3に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(3’−GCGTTAAATTGCG−5’、以下、「TrichA」と略記することがある)を用いた点以外は、実施例5と同じ方法で、二重鎖の形成を試み、紫外線吸収スペクトル、蛍光スペクトル、励起スペクトル及びTmを測定した。TrichAの塩基配列は、中央の塩基がシトシンではなくアデニンである点以外は、上述のTrichCの塩基配列と同じである。紫外線吸収スペクトルの測定結果を図5(a)に、蛍光スペクトルの測定結果を図5(b)に、励起スペクトルの測定結果を図5(c)に、熱融解曲線を図5(d)に、それぞれ示す。また、Tmの測定値を表1に示す。
さらに、TrichAを用いた場合には、前記溶液の蛍光スペクトルでは、pHが変化しても、蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長に明りょうな変化が見られなかった。より具体的には、蛍光発光強度が最大となるときの蛍光発光波長は、概ねpHによらず440nm又はその近傍であった。この結果には、実施例5の場合と同様に、短波長側での蛍光発光の強い消光作用も関与している可能性がある。
これらの結果は、TrichAの共存下において、ODN1中のBIQ骨格は、前記溶液のpHが低くなるに従ってプロトン化の程度が増大したものの、前記溶液のpHによらず、TrichA中の対面するアデニンを識別せず、このアデニンとは塩基対を形成していないことを示していた。
TrichCに代えて、配列番号4に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(3’−GCGTTAGATTGCG−5’、以下、「TrichG」と略記することがある)を用いた点以外は、実施例5と同じ方法で、二重鎖の形成を試み、紫外線吸収スペクトル、蛍光スペクトル、励起スペクトル及びTmを測定した。TrichGの塩基配列は、中央の塩基がシトシンではなくグアニンである点以外は、上述のTrichCの塩基配列と同じである。紫外線吸収スペクトルの測定結果を図6(a)に、蛍光スペクトルの測定結果を図6(b)に、励起スペクトルの測定結果を図6(c)に、熱融解曲線を図6(d)に、それぞれ示す。また、Tmの測定値を表1に示す。
さらに、TrichGを用いた場合には、前記溶液の蛍光スペクトルでは、pHが変化しても、蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長に明りょうな変化が見られなかった。より具体的には、蛍光発光強度が最大となるときの蛍光発光波長は、概ねpHによらず440nm又はその近傍であった。この結果にも、実施例5の場合と同様に、短波長側での蛍光発光の強い消光作用も関与している可能性がある。
これらの結果は、TrichGの共存下において、ODN1中のBIQ骨格は、前記溶液のpHが低くなるに従ってプロトン化の程度が増大したものの、前記溶液のpHによらず、TrichG中の対面するグアニンを識別せず、このグアニンとは塩基対を形成していないことを示していた。
TrichCに代えて、配列番号5に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(3’−GCGTTATATTGCG−5’、以下、「TrichT」と略記することがある)を用いた点以外は、実施例5と同じ方法で、二重鎖の形成を試み、紫外線吸収スペクトル、蛍光スペクトル、励起スペクトル及びTmを測定した。TrichTの塩基配列は、中央の塩基がシトシンではなくチミンである点以外は、上述のTrichCの塩基配列と同じである。紫外線吸収スペクトルの測定結果を図7(a)に、蛍光スペクトルの測定結果を図7(b)に、励起スペクトルの測定結果を図7(c)に、熱融解曲線を図7(d)に、それぞれ示す。また、Tmの測定値を表1に示す。
さらに、TrichTを用いた場合には、前記溶液の蛍光スペクトルでは、pHが変化しても、蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長に明りょうな変化が見られなかった。より具体的には、蛍光発光強度が最大となるときの蛍光発光波長は、概ねpHによらず440nm又はその近傍であった。この結果にも、実施例5の場合と同様に、短波長側での蛍光発光の強い消光作用も関与している可能性がある。
ただし、本参考例でのTmの前記最高値は、比較例1及び比較例2でのTmの最高値よりも明らかに高かった。これは、ODN1中のBIQ骨格がプロトン化されていない状態で、アデニンの場合と同様に、TrichT中の対面するチミンを識別して、塩基対を形成しているためであると推測された。
<縮合物(ポリヌクレオチド)の製造>
DNA鎖の自動合成時における各モノマーの反応順序を変更した点以外は、実施例4と同様の方法で、配列番号6に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(5’−GGTACCANTGAAATA−3’(Nは化合物(5A)−101中のBIQ骨格を有する塩基部位を表す)、以下、「ODN2」と略記することがある)を得た。
<ポリヌクレオチドにおける光学特性のpH依存性の評価>
[各pH条件下での紫外線吸収スペクトルの測定]
pH4.5〜8.0に調節された、前記(b5)〜(b6)の2タイプの緩衝液、及びpH8.5〜9.0に調節された、前記(b7)のタイプの緩衝液を調製し、これら緩衝液にそれぞれ濃度が5μMとなるように、上記で得られたODN2を溶解させ、pHが異なる各種溶液を調製した。
上記で得られた、pHが異なるODN2の各種溶液について、蛍光光度計(島津製作所社製「RF−5300PC」)を用いて、蛍光スペクトルを測定した。結果を図8(b)に示す。
[実施例7]
pH4.5〜8.0に調節された、前記(b5)〜(b6)の2タイプの緩衝液、及びpH8.5〜9.0に調節された、前記(b7)のタイプの緩衝液を調製し、これら緩衝液に、上記で得られたODN2と、配列番号7に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(3’−CCATGGTCACTTTAT−5’、以下、「BRCA1−C」と略記することがある)と、を溶解させた。次いで、90℃で5分加熱した後、ゆっくりと室温まで冷却することでハイブリダイゼーションさせて、これらポリヌクレオチドの二重鎖を含む、pHが異なる各種溶液を調製した。ODN2とBRCA1−Cの使用量は、前記溶液におけるこれらポリヌクレオチドの二重鎖の濃度が5μMとなるように調節した。
さらに、前記溶液の蛍光スペクトルでは、pHが低くなるに従って、蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長が変化していた。より具体的には、pHが7.0以上の場合には概ね440nm又はその近傍のみに主たるピークが存在していた。これに対して、pHが6.5以下の場合には、440nm又はその近傍以外に、390nm又はその近傍にも主たるピークが存在していた。そして、pHが4.5及び5.0の場合には、440nm又はその近傍、及び390nm又はその近傍以外にも、410nm又はその近傍にも主たるピークが存在していた。このように、前記溶液のpHに依存して、蛍光発光波長の明りょうな変化が見られた
さらに、上述のODN1の場合と同様に、このような短波長側へ変化した蛍光発光は、周辺に存在する核酸塩基の影響により、強く消光されることが判った。すなわち、pHの変化によって、発光波長が変化した蛍光発光の強度は、消光によって小さくなっていた。
これらの結果は、例えば、前記溶液のpHが6.5以下のような酸性条件下の場合、ODN2中のBIQ骨格が、プロトン化されるとともに、BRCA1−C中の対面するシトシンを識別し、このシトシンと安定して塩基対を形成していることを示していた。
BRCA1−Cに代えて、配列番号8に示す塩基配列を有するポリヌクレオチド(3’−CCATGGTTACTTTAT−5’、以下、「BRCA1−T」と略記することがある)を用いた点以外は、実施例7と同じ方法で、二重鎖の形成を試み、紫外線吸収スペクトル、蛍光スペクトル及びTmを測定した。BRCA1−Tの塩基配列は、中央の塩基がシトシンではなくチミンである点以外は、上述のBRCA1−Cの塩基配列と同じである。紫外線吸収スペクトルの測定結果を図10(a)に、蛍光スペクトルの測定結果を図10(b)に、熱融解曲線を図10(c)に、それぞれ示す。
さらに、BRCA1−Tを用いた場合には、前記溶液の蛍光スペクトルでは、pHが変化しても、蛍光発光強度が大きい主たるピークの蛍光発光波長に明りょうな変化が見られなかった。より具体的には、蛍光発光強度が最大となるときの蛍光発光波長は、概ねpHによらず440nm又はその近傍であった。この結果にも、実施例7の場合と同様に、短波長側での蛍光発光の強い消光作用も関与している可能性がある。
Claims (17)
- 前記X11及びX12がシアノ基である、請求項1に記載の化合物。
- 前記R1が水素原子である、請求項1又は2に記載の化合物。
- 前記Zが前記一般式(1)−11で表される基であり、前記R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記X11及びX12がシアノ基である、請求項5に記載の化合物。
- 前記R1が水素原子である、請求項5又は6に記載の化合物。
- 前記Zが前記一般式(1)−11で表される基であり、前記R11が炭素数1〜5のアルキル基又はハロゲン原子であり、前記n11が0〜2の整数である、請求項5〜7のいずれか一項に記載の化合物。
- 下記一般式(1a)で表される化合物。
- 請求項1〜4のいずれか一項に記載の化合物からなるプローブ。
- 請求項5〜8のいずれか一項に記載の化合物と、前記化合物又は前記化合物以外のその他の化合物と、の縮合物。
- 前記その他の化合物がヌクレオチドであり、前記縮合物がポリヌクレオチドである、請求項13に記載の縮合物。
- 請求項13又は14に記載の縮合物からなるプローブ。
- シトシンを有するポリヌクレオチドと、請求項15に記載のプローブとを、酸性条件下でハイブリダイズさせて、ハイブリダイズ産物を得る工程と、
酸性条件下での前記ハイブリダイズ産物及び前記プローブの蛍光を測定する工程と、
シトシンの有無に基づく、前記蛍光の発光波長の変化を検出することで、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出する工程と、
を備える、シトシンの検出方法。 - シトシンを有するポリヌクレオチドと、請求項15に記載のプローブとを、異なる複数種のpH条件下でハイブリダイズさせて、ハイブリダイズ産物を得る工程と、
異なる複数種のpH条件下での前記ハイブリダイズ産物及び前記プローブの蛍光を測定する工程と、
前記pHの違いに基づく、前記蛍光の発光波長の変化を検出することで、前記ポリヌクレオチド中のシトシンを検出する工程と、
を備える、シトシンの検出方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016022811A JP6709999B2 (ja) | 2016-02-09 | 2016-02-09 | 化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016022811A JP6709999B2 (ja) | 2016-02-09 | 2016-02-09 | 化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017141181A true JP2017141181A (ja) | 2017-08-17 |
JP6709999B2 JP6709999B2 (ja) | 2020-06-17 |
Family
ID=59628408
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016022811A Expired - Fee Related JP6709999B2 (ja) | 2016-02-09 | 2016-02-09 | 化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6709999B2 (ja) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2011037796A (ja) * | 2009-08-17 | 2011-02-24 | Nihon Univ | C8位置換プリン塩基誘導体及びそれを利用した蛍光プローブ |
JP2015221769A (ja) * | 2014-05-23 | 2015-12-10 | 学校法人日本大学 | ウラシルヌクレオシド誘導体、ウラシルヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体ならびにそれらを含むプローブ |
-
2016
- 2016-02-09 JP JP2016022811A patent/JP6709999B2/ja not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2011037796A (ja) * | 2009-08-17 | 2011-02-24 | Nihon Univ | C8位置換プリン塩基誘導体及びそれを利用した蛍光プローブ |
JP2015221769A (ja) * | 2014-05-23 | 2015-12-10 | 学校法人日本大学 | ウラシルヌクレオシド誘導体、ウラシルヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体ならびにそれらを含むプローブ |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
SAITO,YOSHIO, TETRAHEDRON LETTERS, vol. 56, JPN6020001298, 2015, pages 3034 - 3038, ISSN: 0004195684 * |
SUZUKI,AZUSA, CHEMBIOCHEM, vol. 15, JPN6020001299, 2014, pages 1638 - 1644, ISSN: 0004256598 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP6709999B2 (ja) | 2020-06-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US7566775B2 (en) | N8- and C8-linked purine bases and structurally related heterocycles as universal nucleosides used for oligonucleotides hybridization | |
WO2011043385A1 (ja) | 特異な塩基対を形成する人工塩基対 | |
JP2005015395A (ja) | 新規ピリミドピリミジンヌクレオシドとその構造類縁体 | |
JP5618436B2 (ja) | 核酸プローブ、核酸プローブの設計方法、およびターゲット配列の検出方法 | |
EP3660021B1 (en) | Photoresponsive nucleotide analog capable of photocrosslinking in visible light region | |
Walter et al. | A strongly pairing fifth base: oligonucleotides with a C-nucleoside replacing thymidine | |
Yang et al. | Circular DNA by “Bis‐Click” Ligation: Template‐Independent Intramolecular Circularization of Oligonucleotides with Terminal Alkynyl Groups Utilizing Bifunctional Azides | |
JP5756995B2 (ja) | 新規蛍光性人工塩基 | |
WO2006027862A1 (ja) | ヌクレオシド類似体、およびそれを含むオリゴヌクレオチド類似体 | |
JP6709999B2 (ja) | 化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 | |
JP5137118B2 (ja) | ユニバーサル塩基 | |
Dalager et al. | Double-headed nucleotides introducing thymine nucleobases in the major groove of nucleic acid duplexes | |
JP2011037796A (ja) | C8位置換プリン塩基誘導体及びそれを利用した蛍光プローブ | |
CA2722479C (en) | Rna-selective hybridization reagent and use of the same | |
JP5075340B2 (ja) | ヌクレオシド誘導体 | |
Seio et al. | Short-RNA selective binding of oligonucleotides modified using adenosine and guanosine derivatives that possess cyclohexyl phosphates as substituents | |
JP2004502701A (ja) | 塩基類似体 | |
Taniguchi et al. | Synthesis of 1′-phenyl-2′-OMe ribose analogues connecting the thymine base at the 1′ position through a flexible linker for the formation of a stable anti-parallel triplex DNA | |
CN107556355B (zh) | 一种核苷双亚磷酰胺及其制备方法 | |
JP6491486B2 (ja) | 8−アザ−3,7−ジデアザアデニンヌクレオシド誘導体、8−アザ−3,7−ジデアザアデニンヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体ならびにプローブ | |
Kaura et al. | Locked nucleic acid (LNA) induced effect on the hybridization and fluorescence properties of oligodeoxyribonucleotides modified with nucleobase-functionalized DNA monomers | |
JP6206846B2 (ja) | 3−デアザプリンヌクレオシド誘導体、3−デアザプリンヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体 | |
JP5526443B2 (ja) | 新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチド及びそれを用いた塩基の識別方法 | |
JP2009256335A (ja) | 2’位にアルキル型保護基を有するリボ核酸の製造法 | |
WO2014069645A1 (ja) | ヌクレオシドアナログ誘導体およびその利用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20181109 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190131 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200121 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200317 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200428 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200512 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6709999 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |