JP2017112937A - 熱サイクル装置及びその制御方法 - Google Patents
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Abstract
【課題】オイルの対流が抑制され、反応液の位置を安定に制御できる熱サイクル装置の制御方法。
【解決手段】熱サイクル装置の制御方法は、反応容器を装着可能な装着部と、反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、反応容器の第2領域を第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、第1領域及び第2領域の配置を切換える駆動機構と、を含む熱サイクル装置の制御方法であって、第1配置は、第1領域が第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置で、第2配置は、第2領域が第1領域よりも下となる配置で、第3配置は、反応容器の長手方向の軸線が水平となる配置であるか又は軸線が傾斜する配置であり且つ第2領域が第1領域よりも上となる配置であり、駆動機構によって、第1配置、第2配置、第3配置の順で切換えを制御、第1配置から第2配置には、角速度ω1で切換え、第2配置から第3配置には、角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切換える。
【選択図】図6
【解決手段】熱サイクル装置の制御方法は、反応容器を装着可能な装着部と、反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、反応容器の第2領域を第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、第1領域及び第2領域の配置を切換える駆動機構と、を含む熱サイクル装置の制御方法であって、第1配置は、第1領域が第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置で、第2配置は、第2領域が第1領域よりも下となる配置で、第3配置は、反応容器の長手方向の軸線が水平となる配置であるか又は軸線が傾斜する配置であり且つ第2領域が第1領域よりも上となる配置であり、駆動機構によって、第1配置、第2配置、第3配置の順で切換えを制御、第1配置から第2配置には、角速度ω1で切換え、第2配置から第3配置には、角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切換える。
【選択図】図6
Description
本発明は、熱サイクル装置及びその制御方法に関する。
高速で核酸を増幅させる方法として、円筒状の反応容器中にオイルと少量の核酸増幅反応液を投入し、当該容器の一端を高温、他端を低温に維持し、容器を回転させて、その一端が鉛直方向下となるようにして高温のオイル中に反応液を位置させる状態と、他端が鉛直方向下となるようにして低温のオイル中に反応液を位置させる状態とを交互に切換えることにより、核酸増幅反応液の温度に熱サイクルを高速で発生させる方法が知られている(例えば、特許文献1参照)。
特許文献1に記載の方法では、容器の高温側の一端が低温側の一端より下に配置された状態では、高温のオイルが低温のオイルの下側に位置する。オイルは高温で密度が小さく、低温で密度が大きくなるので、容器内のオイルに対流が生じ、容器両端のオイルの温度が変動し、核酸増幅反応が不安定になることがあった。
そのため対流が生じにくい姿勢で容器を保持することが考えられる。しかし、高温のオイルが高い位置になるように容器を保持すると、反応液が重力の作用で低温側に落下してしまう。したがって、反応液を高温側で保持する際に、反応液の落下を生じにくくして、かつ、オイルの対流を生じにくくする必要がある。
また、熱サイクル装置を動作させて容器を回転させ、対流が生じにくい姿勢に容器を保持するとき、回転を開始又は停止させる際に、回転速度の変化が急峻すぎると、オイルの対流を起こしやすくしたり、反応液を所定の位置に保持しにくくなる場合があった。
本発明の幾つかの態様に係る目的の一つは、オイルの対流が抑制されるとともに、反応液の位置を安定に制御できる熱サイクル装置の制御方法及び熱サイクル装置を提供することにある。
本発明は上述の課題の少なくとも一部を解決するために為されたものであり、以下の態様又は適用例として実現することができる。
本発明に係る熱サイクル装置の制御方法の一態様は、
長手方向を有し、反応液と、前記反応液よりも比重が小さく、かつ、前記反応液とは混和しない液体とが充填された反応容器を装着可能な装着部と、
前記反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、
前記反応容器の第2領域を前記第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、
前記第1領域及び前記第2領域の配置を、第1配置、第2配置及び第3配置の間で切換える駆動機構と、
を含む熱サイクル装置の制御方法であって、
前記第1配置は、前記第1領域が、前記第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第2配置は、前記第2領域が、前記第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第3配置は、前記反応容器の長手方向の軸線が、水平となる配置であるか、又は、前記軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ前記第2領域が前記第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、
前記駆動機構によって、前記第1配置、前記第2配置、前記第3配置の順で切換えるように制御し、
前記第1配置から前記第2配置には、角速度ω1で切り替え、
前記第2配置から前記第3配置には、前記角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切り替える。
長手方向を有し、反応液と、前記反応液よりも比重が小さく、かつ、前記反応液とは混和しない液体とが充填された反応容器を装着可能な装着部と、
前記反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、
前記反応容器の第2領域を前記第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、
前記第1領域及び前記第2領域の配置を、第1配置、第2配置及び第3配置の間で切換える駆動機構と、
を含む熱サイクル装置の制御方法であって、
前記第1配置は、前記第1領域が、前記第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第2配置は、前記第2領域が、前記第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第3配置は、前記反応容器の長手方向の軸線が、水平となる配置であるか、又は、前記軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ前記第2領域が前記第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、
前記駆動機構によって、前記第1配置、前記第2配置、前記第3配置の順で切換えるように制御し、
前記第1配置から前記第2配置には、角速度ω1で切り替え、
前記第2配置から前記第3配置には、前記角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切り替える。
このような制御方法によれば、相対的に高温のオイルが重力が作用する方向で下となる配置において、鉛直方向の重力の成分が最大となる期間を短くすることができる。すなわち、第2領域が、第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置において、第1領域の鉛直上方に第2領域が位置している期間が短くなり、オイルの対流を生じさせる重力の成分を、反応容器の長手方向から逸らす期間を長くとることができる。これにより、オイルの対流が抑制され、例えば核酸増幅反応を効率よく行うことができる。また、第3配置に切り替えるときに、相対的に小さい角速度ω2で回転された状態から停止するか、第3配置となるときに回転が停止しないため、反応液の位置ずれを生じにくく、安定に維持することができる。
本発明に係る熱サイクル装置の制御方法において、
前記第2領域に前記反応液が存在する状態で、前記第2配置から前記第3配置へと切り替えてもよい。
前記第2領域に前記反応液が存在する状態で、前記第2配置から前記第3配置へと切り替えてもよい。
このようにすれば、反応液が第2領域にある状態まで待ってから、第3配置へと切り替えるための駆動(回転)が開始されるので、より確実に反応液を第2温度に到達させることができる。
本発明に係る熱サイクル装置の制御方法において、
前記熱サイクル装置は、前記反応液が前記第2領域に位置することを判定する判定部を備え、
前記第2配置に切換えた後、前記第3配置に切換える前に、前記反応液が前記第2領域に位置すると前記判定部によって判定された場合に前記第3配置に切換え、前記反応液が前記第2領域に位置しないと前記判定部によって判定された場合には前記第2配置を維持してもよい。
前記熱サイクル装置は、前記反応液が前記第2領域に位置することを判定する判定部を備え、
前記第2配置に切換えた後、前記第3配置に切換える前に、前記反応液が前記第2領域に位置すると前記判定部によって判定された場合に前記第3配置に切換え、前記反応液が前記第2領域に位置しないと前記判定部によって判定された場合には前記第2配置を維持してもよい。
このようにすれば、反応液が第2領域にある状態まで待ってから、第3配置へと切り替えるための駆動(回転)が開始されるので、より確実に反応液を第2温度に到達させることができる。
本発明に係る熱サイクル装置の制御方法において、
前記角速度ω1は、前記角速度ω2の10倍以上30倍以下であってもよい。
前記角速度ω1は、前記角速度ω2の10倍以上30倍以下であってもよい。
このような制御方法によれば、第3配置に切り替えるときに、さらに相対的に小さい角速度ω2で回転された状態から停止するか、第3配置となるときに回転が停止しないため、反応液の位置をより安定に維持することができる。
本発明に係る熱サイクル装置の一態様は、
長手方向を有し、反応液と、前記反応液よりも比重が小さく、かつ、前記反応液とは混和しない液体とが充填された反応容器を装着可能な装着部と、
前記反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、
前記反応容器の第2領域を前記第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、
前記第1領域及び前記第2領域の配置を、第1配置、第2配置及び第3配置の間で切換える駆動機構と、
前記駆動機構を制御する制御機構と、
を含む熱サイクル装置であって、
前記第1配置は、前記第1領域が、前記第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第2配置は、前記第2領域が、前記第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第3配置は、前記反応容器の長手方向の軸線が、水平となる配置であるか、又は、前記軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ前記第2領域が前記第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、
前記制御機構は、前記第1領域、及び前記第2領域の配置を、前記第1配置、前記第2配置、前記第3配置の順で切換えるように制御し、
前記第1配置から前記第2配置には、角速度ω1で切り替え、
前記第2配置から前記第3配置には、前記角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切り替える。
長手方向を有し、反応液と、前記反応液よりも比重が小さく、かつ、前記反応液とは混和しない液体とが充填された反応容器を装着可能な装着部と、
前記反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、
前記反応容器の第2領域を前記第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、
前記第1領域及び前記第2領域の配置を、第1配置、第2配置及び第3配置の間で切換える駆動機構と、
前記駆動機構を制御する制御機構と、
を含む熱サイクル装置であって、
前記第1配置は、前記第1領域が、前記第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第2配置は、前記第2領域が、前記第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第3配置は、前記反応容器の長手方向の軸線が、水平となる配置であるか、又は、前記軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ前記第2領域が前記第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、
前記制御機構は、前記第1領域、及び前記第2領域の配置を、前記第1配置、前記第2配置、前記第3配置の順で切換えるように制御し、
前記第1配置から前記第2配置には、角速度ω1で切り替え、
前記第2配置から前記第3配置には、前記角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切り替える。
このような熱サイクル装置によれば、相対的に高温のオイルが重力が作用する方向で下となる配置において、鉛直方向の重力の成分が最大となる期間が短い。すなわち、第2領域が、第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置において、第1領域の鉛直上方に第2領域が位置している時間が短くなり、オイルの対流に作用する重力の成分を、反応容器の長手方向から逸らす期間が長くなる。これにより、オイルの対流が抑制され、例えば核酸増幅反応を効率よく行うことができる。また、第3配置に切り替えるときに、相対的に小さい角速度ω2で回転された状態から停止するか、第3配置となるときに回転が停止しないため、反応液の位置をより安定に維持することができる。
以下に本発明のいくつかの実施形態について説明する。以下に説明する実施形態は、本発明の一例を説明するものである。本発明は以下の実施形態になんら限定されるものではなく、本発明の要旨を変更しない範囲において実施される各種の変形形態も含む。なお以下で説明される構成の全てが本発明の必須の構成であるとは限らない。
1.熱サイクル装置の構成
図1は、本実施形態に係る熱サイクル装置1の斜視図である。図1Aは、熱サイクル装置1の蓋50を閉じた状態、図1Bは、熱サイクル装置1の蓋50を開けた状態であり、装着部11に反応容器100が装着された状態を表す。図2は、熱サイクル装置1の本体10の分解斜視図である。図3は、反応容器100の断面の模式図である。図4は、熱サイクル装置1における本体10の断面であって、図1AのA−A線における断面の模式図である。
図1は、本実施形態に係る熱サイクル装置1の斜視図である。図1Aは、熱サイクル装置1の蓋50を閉じた状態、図1Bは、熱サイクル装置1の蓋50を開けた状態であり、装着部11に反応容器100が装着された状態を表す。図2は、熱サイクル装置1の本体10の分解斜視図である。図3は、反応容器100の断面の模式図である。図4は、熱サイクル装置1における本体10の断面であって、図1AのA−A線における断面の模式図である。
熱サイクル装置1は、図1Aに示すように、本体10及び駆動機構20を含む。また、図2に示すように、本体10は、装着部11、第1加熱部12(加熱部に相当)及び第2加熱部13を含む。第1加熱部12と第2加熱部13との間にはスペーサー14が設けられている。本体10においては、第1加熱部12が底板17の側、第2加熱部13が蓋50の側に配置されている。本体10においては、第1加熱部12、第2加熱部13、及びスペーサー14はフランジ16、底板17及び固定板19に固定されている。
装着部11は、後述する反応容器100を装着する構造である。図1B及び図2に示すように、装着部11は、反応容器100を差し込んで装着するスロット構造であり、第1加熱部12の第1ヒートブロック12b、スペーサー14、及び第2加熱部13の第2ヒートブロック13bを貫通する穴に反応容器100を差し込む構造となっている。装着部11の数は複数であってもよく、図1Bの例では、8個の装着部11が本体10に設けられている。
熱サイクル装置1は、反応容器100を第1加熱部12及び第2加熱部13に対して所定の位置に保持する構造を含む。これにより、第1加熱部12及び第2加熱部13によって反応容器100の所定の領域を加熱できるようになっている。図4に示す例では、後述する反応容器100の流路110の第1領域111を第1加熱部12が加熱し、第2領域112を第2加熱部13が加熱する。図示の例では、反応容器100の位置を定める構造は底板17であり、図4Aに示すように、反応容器100を底板17に接触する位置まで差し込むことで、第1加熱部12及び第2加熱部13に対して反応容器100を所定の位置に保持できる。
第1加熱部12は、装着部11に反応容器100を装着した場合に、後述する反応容器100の第1領域111を第1温度に加熱する。図4Aに示す例では、第1加熱部12は、反応容器100の第1領域111を加熱する位置に配置されている。
図2に示す例では、第1加熱部12は、熱を発生させる機構と、発生した熱を反応容器100に伝える部材とを含む。図2に示す例では、第1加熱部12は第1ヒーター12a及び第1ヒートブロック12bを含む。第1ヒーター12aはカートリッジヒーターであり、導線15によって図示しない外部電源に接続されている。第1ヒーター12aは第1ヒートブロック12bに挿入されており、第1ヒーター12aが発熱することで第1ヒートブロック12bが加熱される。第1ヒートブロック12bは、第1ヒーター12aから発生した熱を反応容器100に伝える部材である。熱サイクル装置1ではアルミニウム製のブロックである。
カートリッジヒーターは温度制御が容易であるので、第1ヒーター12aをカートリッジヒーターとすることで、第1加熱部12の温度を容易に安定させることができる。したがって、より正確な熱サイクルを実現できる。アルミニウムは熱伝導率が高いので、第1ヒートブロック12bをアルミニウム製とすることで、反応容器100を効率よく加熱できる。また、第1ヒートブロック12bに加熱ムラが生じにくいので、精度の高い熱サイクルを実現できる。また、加工が容易なので第1ヒートブロック12bを精度よく成型でき、加熱の効率を高めることができる。
第1加熱部12は、装着部11に反応容器100を装着した場合に、反応容器100に接触していることが好ましい。これにより、第1加熱部12によって反応容器100を加熱した場合に、第1加熱部12の熱を反応容器100に安定して伝えることができるので、反応容器100の温度を安定させることができる。装着部11が第1加熱部12の一部として形成されている場合には、装着部11が反応容器100と接触することが好ましい。これにより、第1加熱部12の熱を反応容器100に安定して伝えることができるので反応容器100を効率よく加熱できる。
第2加熱部13は、装着部11に反応容器100を装着した場合に、反応容器100の第2領域112を、第1温度よりも高い第2温度に加熱する。図4Aに示す例では、第2加熱部13は、反応容器100の第2領域112を加熱する位置に配置されている。図2に示すように、第2加熱部13は、第2ヒーター13a及び第2ヒートブロック13bを含む。第2加熱部13は、加熱する反応容器100の領域及び加熱する温度が第1加熱部12と異なる以外は、第1加熱部12と同様に構成することができる。
なお、本実施形態では、第1加熱部12が第2温度よりも低い第1温度に加熱しているが、例えばPCRを行う場合には、その逆としてもよく、第2加熱部13が第2温度よりも低い第1温度に加熱するようにしてもよい。
第1加熱部12及び第2加熱部13の温度は、図示しない温度センサー及び後述する制御部によって制御される。第1加熱部12及び第2加熱部13の温度は、反応容器100の所定の位置(第1領域111、第2領域112等)が、所定の温度(例えば、各種のPCRに適する温度)にそれぞれ加熱されるように設定される。第1加熱部12を第1温度に、第2加熱部13を第2温度に制御することで、反応容器100の第1領域111を第1温度に、第2領域112を第2温度に加熱できる。温度センサーは例えば熱電対である。
駆動機構20は、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13を駆動する機構である。駆動機構20は図示しないモーター及び駆動軸を含み、駆動軸と本体10のフランジ16とが接続されている。駆動軸は、装着部11の長手方向に対して垂直に設けられており、モーターを動作させると駆動軸を回転の軸として本体10が回転される。
熱サイクル装置1は、図示しない制御部(制御機構)を含む。制御部は、第1温度、第2温度、第1時間、第2時間、角速度ω1、角速度ω2及び熱サイクルのサイクル数を含む、各設定に応じたパラメーターの少なくとも1つを制御する。制御部は、駆動機構20の動作を制御することによって、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13が所定の配置(姿勢)に保持される時間や、駆動機構20による回転の角速度を制御する。制御部は、制御する項目ごとに異なる機構を設けても、全項目を一括して制御するものであってもよい。
熱サイクル装置1における制御部は電子制御であり、上記項目を全て制御する。制御部は図示しないCPU等のプロセッサー、及び、ROM(Read Only Memory)やRAM(Random Access Memory)等の記憶装置を含む。記憶装置には上記各項目を制御するための各種プログラム、データ等が記憶されている。また、記憶装置は各種処理の処理中データ、処理結果などを一時的に記憶するワークエリアを有する。
本体10には、図2及び図4Aに示すように、第1加熱部12と第2加熱部13との間にスペーサー14が設けられている。スペーサー14は、第1加熱部12又は第2加熱部13を保持する部材である。スペーサー14を設けることにより、第1加熱部12と第2加熱部13との間の距離を、より正確に定めることができる。すなわち、後述する反応容器100の第1領域111及び第2領域112に対する第1加熱部12及び第2加熱部13の位置を、より正確に定めることができる。
スペーサー14の材質は必要に応じて適宜選択できるが、断熱材であることが好ましい。これにより、第1加熱部12及び第2加熱部13の熱が相互に及ぼす影響を少なくできるので、第1加熱部12及び第2加熱部13の温度制御が容易になる。スペーサー14が断熱材である場合には、装着部11に反応容器100を装着した場合に、第1加熱部12と第2加熱部13との間の領域において反応容器100を囲むようにスペーサー14が配置されることが好ましい。これにより、反応容器100の第1加熱部12と第2加熱部13との間の領域からの放熱を抑制できるので、反応容器100の温度がより安定する。
本体10は、固定板19を含む。固定板19は、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13を保持する部材である。図1B及び図2に示す例においては、2枚の固定板19がフランジ16に嵌め合わされており、第1加熱部12、第2加熱部13及び底板17が固定されている。固定板19によって本体10の構造がより強固になるので、本体10が破損しにくくなる。
熱サイクル装置1は、蓋50を含む。図1A及び図4Aの例では、装着部11は蓋50によって覆われている。蓋50によって装着部11を覆うことで、第1加熱部12によって加熱をした場合に、本体10から外部への放熱を抑制できるので、本体10内の温度を安定させることができる。蓋50は、固定部51によって本体10に固定されてもよい。固定部51は磁石である。図1B及び図2の例に示すように、本体10の蓋50の接触する面には磁石が設けられている。図1B及び図2には示されていないが、蓋50にも、本体10の磁石が接触する位置に磁石が設けられており、蓋50で装着部11を覆うと、磁力によって蓋50が本体10に固定される。これにより、駆動機構20によって本体10を駆動した場合に蓋50が外れたり動いたりすることを防止できる。したがって、蓋50が外れることで熱サイクル装置1内の温度が変化することを防止できるので、より正確な熱サイクルを後述する反応液140に施すことができる。
本体10は、気密性の高い構造であることが好ましい。本体10が気密性の高い構造であると、本体10内部の空気が本体10の外部に逃げにくいので、本体10内の温度がより安定する。図2に示すように、2個のフランジ16、底板17、2枚の固定板19、及び蓋50によって、本体10内部の空間が密閉される。
固定板19、底板17、蓋50、フランジ16は断熱材を用いて形成されることが好ましい。これにより、本体10から外部への放熱をさらに抑制できるので、本体10内の温度をより安定させることができる。
熱サイクル装置1は蛍光検出器を含んでもよい。これにより、例えばリアルタイムPCRのような蛍光検出を行いながらPCRを行う用途に熱サイクル装置1を使用できる。熱サイクル装置1が蛍光検出器を備える場合、蛍光検出器の数は任意である。また、蛍光検出器の設けられる位置は、反応容器100内の反応液140を光学的に測定できる限り任意である。さらに、蛍光検出器を反応容器100内の反応液140を光学的に測定できる位置に移動させる構成を含んでもよい。熱サイクル装置1に蛍光検出器を設ける場合には、蛍光検出器は、反応容器100の流路110の第1領域111(低温側)からの光を検出できるように設けられることが好ましい。このような蛍光検出器を用いることにより、リアルタイムPCRとして適切な蛍光測定をすることができる。
また、熱サイクル装置1は、図示しない判定部を備えてもよい。判定部は、反応容器100を装着部11に装着した状態で、反応容器100の内部を観測することにより、第1領域111又は第2領域112に反応液140が存在するか否かを判定する。各領域における反応液140の有無は、例えば、ヒートブロックに窓を設け、外部からカメラにより反応液140の位置を確認できるようにしたり、反応液140がPCRの反応液である場合には上述の蛍光検出器を用いて蛍光を観測して、各領域に反応液140が存在するかどうかの判定を行ってもよい。
なお、各部材が反応容器100を覆うような構造であっても、これらの部材に窓を設けたり透明な素材で形成すれば、装置の外部から反応液140が移動する様子を観察することができる。したがって、熱サイクル処理が適切に行われているか否かを、目視によっても確認できる。
2.熱サイクル装置を用いた熱サイクル処理
2.1.反応容器
図3は、反応容器100の断面図である。図4Aは、熱サイクル装置1の、図1AのA−A線における断面の模式図である。図4A、図4B及び図4Cは、熱サイクル装置1に反応容器100が装着された状態を示す。図4Aは第1配置、図4Bは第2配置、図4Cは第3配置を示す。以下では、反応容器100について説明し、次に、反応容器100を用いた場合の、熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理について説明する。
2.1.反応容器
図3は、反応容器100の断面図である。図4Aは、熱サイクル装置1の、図1AのA−A線における断面の模式図である。図4A、図4B及び図4Cは、熱サイクル装置1に反応容器100が装着された状態を示す。図4Aは第1配置、図4Bは第2配置、図4Cは第3配置を示す。以下では、反応容器100について説明し、次に、反応容器100を用いた場合の、熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理について説明する。
図3に示すように、反応容器100は流路110及び封止部120を含む。流路110には、反応液140と、反応液140よりも比重が小さく、かつ、反応液140とは混和しない液体(以下、「液体」という)130とが充填され、封止部120によって封止されている。
流路110は、対向する内壁に近接して反応液140が移動するように形成されている。ここで、流路110の「対向する内壁」とは、流路110の壁面の、向かい合う位置関係にある内壁を意味する。「近接」とは、反応液140と流路110の壁面との距離が近いことを意味し、反応液140が流路110の壁面に接触する場合を含む。従って、「対向する内壁に近接して反応液140が移動する」とは、「流路110の壁面の、向かい合う位置関係にある2つの領域の両方に対して距離が近い状態で、反応液140が移動する」こと、すなわち、対向する内壁に沿って反応液140が移動することを意味する。換言すると、流路110の対向する2つの内壁間の距離は、反応液140が該内壁に近接して移動する程度の距離である。
反応容器100の流路110がこのような形状であると、流路110内を反応液140が移動する方向を規制できるので、後述する流路110の第1領域111と、第1領域111とは異なる第2領域112との間を反応液140が移動する経路をある程度規定できる。これにより、反応液140が第1領域111と第2領域112との間を移動する所要時間を、ある程度の範囲に制限できる。従って、「近接」の程度は、第1領域111と、第2領域112との間を反応液140が移動する時間の変動が、両領域における反応液140の加熱時間に影響を与えない程度、すなわち、反応の結果に影響を与えない程度であることが好ましい。より具体的には、対向する内壁間の反応液140が移動する方向に対して垂直な方向における距離が、反応液140の液滴が2つ以上入らない程度であることが望ましい。
図3の例では反応容器100の外形は長手方向を有する円柱状であり、中心軸方向(図3における上下方向)に流路110が形成されている。流路110の形状は、流路110の長手方向に対して垂直な方向の断面、すなわち流路110のある領域における反応液140が移動する方向に対して垂直な断面(これを流路110の「断面」とする)が円形の筒状である。従って、反応容器100においては、流路110の対向する内壁は、流路110の断面の直径を構成する流路110の壁面上の2点を含む領域であり、対向する内壁に沿って反応液140が流路110の長手方向に移動する。
反応容器100の第1領域111は、第1加熱部12によって第1温度に加熱される、流路110の一部の領域である。第2領域112は、第2加熱部13によって第2温度に加熱される、第1領域111とは異なる流路110の一部の領域である。反応容器100においては、第1領域111は、流路110の長手方向における一方の端部を含む領域であり、第2領域112は、流路110の長手方向における他方の端部を含む領域である。図4A及び図4Bに示す例では、流路110の封止部120側の端部を含む点線で囲まれた領域が第2領域112であり、封止部120から遠い側の端部を含む点線で囲まれた領域が第1領域111である。
反応容器100の長手方向に沿う方向の、第1領域111及び第2領域112の長さは、反応液140の温度を当該領域で制御できる範囲で任意である。しかし、反応容器100の長手方向に沿う方向の、第1領域111及び第2領域112の長さは、反応液140の当該方向の長さ(反応液140が球状である場合にはその直径)の2倍以上が好ましく、より好ましくは3倍以上である。このようにすれば、反応液140が流路110の長手方向の端部に接触しなくても反応液140の温度を制御しやすい。そのため、例えば、後述の第3配置においても、反応液140の温度を第2温度に維持することが容易である。
また、図4Aに示すように、蓋50が上方にある状態で、より高い温度である第2温度に加熱する第2加熱部13を配置するようにすれば、反応容器100を装着部11に装着する際に、第2加熱部13が加熱されていたとしても、反応容器100内の液体130の対流を抑制することができる。さらに、第2加熱部13を、このように配置すると、反応容器100を装着部11に装着する際に、第2加熱部13が加熱されていたとしても、反応液140が、より低い温度である第1温度に加熱されるので、例えばPCRを行う際に、望まぬ変性(解離)反応等を生じにくくすることができる。
流路110には、液体130と、反応液140とが充填されている。液体130は、反応液140とは混和しない、すなわち混ざり合わない性質であるため、図3に示すように、反応液140は液体130の中に液滴の状態で保持されている。反応液140は、液体130よりも比重が大きいため、流路110の重力方向における最下部の領域に位置している。液体130としては、例えば、ジメチルシリコーンオイル又はパラフィンオイルを使用できる。反応液140は、反応に必要な成分を含む液体である。反応がPCRである場合には、PCRによって増幅されるDNA(標的核酸)、DNAを増幅するために必要なDNAポリメラーゼ、並びにプライマー等が含まれる。例えば、液体130としてオイルを用いてPCRを行う場合には、反応液140は上記の成分を含む水溶液であることが好ましい。
2.2.熱サイクル処理
2.2.1.第1の態様
図5は、第1の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の手順の一例を表すフローチャートである。図6は、第1の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の一例を示すタイムチャートである。図6は、上段が反応容器100の姿勢及び反応液140の位置を示す模式図であり、中段が駆動軸周りの角速度の時間変化を示すグラフであり、下段が反応容器100の長手方向が鉛直方向から傾いた角度の時間変化を示すグラフである。以下、図4A、図4B、図4C、図5及び図6を参照しながら、熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理を説明する。図4A、図4B、図4C、図6においては、矢印gの方向(図における下方向)が重力の作用する方向である。熱サイクル処理の例としてシャトルPCR(2段階温度PCR)を行う場合を説明する。なお、以下に説明する各工程は熱サイクル処理の一例を示すものである。必要に応じて工程の順序を入れ替えたり、2以上の工程を連続的にあるいは並行して行ったり、工程を追加したりしてもよい。
2.2.1.第1の態様
図5は、第1の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の手順の一例を表すフローチャートである。図6は、第1の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の一例を示すタイムチャートである。図6は、上段が反応容器100の姿勢及び反応液140の位置を示す模式図であり、中段が駆動軸周りの角速度の時間変化を示すグラフであり、下段が反応容器100の長手方向が鉛直方向から傾いた角度の時間変化を示すグラフである。以下、図4A、図4B、図4C、図5及び図6を参照しながら、熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理を説明する。図4A、図4B、図4C、図6においては、矢印gの方向(図における下方向)が重力の作用する方向である。熱サイクル処理の例としてシャトルPCR(2段階温度PCR)を行う場合を説明する。なお、以下に説明する各工程は熱サイクル処理の一例を示すものである。必要に応じて工程の順序を入れ替えたり、2以上の工程を連続的にあるいは並行して行ったり、工程を追加したりしてもよい。
シャトルPCRは、高温と低温の2段階の温度処理を繰り返し反応液に施すことにより、反応液中の核酸を増幅させる手法である。高温の処理においては2本鎖DNAの解離(熱変性ともいう)が、低温の処理においてはアニーリング(プライマーが1本鎖DNAに結合する反応)及び伸長反応(プライマーを始点としてDNAの相補鎖が形成される反応)が行われる。
一般に、シャトルPCRにおける高温は80℃から100℃の間の温度、低温は50℃から70℃の間の温度である。各温度における処理は所定時間行われ、高温に保持する時間は低温に保持する時間よりも短いことが一般的である。例えば、高温が1秒から10秒程度、低温が10秒から60秒程度としてもよく、反応の条件によってはこれよりも長い時間であってもよい。本実施形態では、第1加熱部12が低温側(第1温度)の温度であり、第2加熱部13が高温側(第2温度)の温度であるものとする。
なお、使用する試薬の種類や量によって、適切な時間、温度及びサイクル数(高温と低温を繰り返す回数)は異なるので、試薬の種類や反応液140の量を考慮して適切なプロトコルを決定した上で反応を行うことが好ましい。また、本実施形態では、時間については、回転中の時間も考慮して設定することが好ましい。
まず、反応容器100を、装着部11に装着する(ステップS101)。本実施形態では、反応容器100は、装着部11に装着可能な形状を有しており、液体130が充填された流路110に反応液140を導入後、封止部120によって封止された反応容器100を装着部11に装着する。反応液140の導入は、マイクロピペットやインクジェット方式の分注装置等を用いて行うことができる。
装着部11に反応容器100を装着した状態においては、第1加熱部12は第1領域111を、第2加熱部13は第2領域112を、それぞれ含む位置において反応容器100に接している。なお、この例では、ステップS101では、第1加熱部12及び第2加熱部13は、加熱されていないが、加熱された状態でステップS101を行ってもよい。本実施形態においては、図4Aに示すように反応容器100を底板17に接触するように装着することで、第1加熱部12及び第2加熱部13に対して反応容器100を所定の位置に保持できる。
本実施形態においては、ステップS101における装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13、の配置は第1配置である。図4Aに示すように、第1配置は、第1領域111が第2領域112よりも鉛直方向下となる配置である。換言すると、第1配置は、第1領域111が、第2領域112よりも重力が作用する方向で下となる配置である。本実施形態では、第1配置では、反応容器100の第1領域111を、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置させる。したがって、第1領域111は、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13が所定の配置にある場合に、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置する流路110の一部の領域である。第1配置においては、重力の作用する方向における流路110の最下部に第1領域111が位置しているので、液体130よりも比重の大きい反応液140は、第1領域111に位置している。本実施形態においては、装着部11に所定の個数の反応容器100を装着したら、蓋50によって装着部11を覆い、制御部に各領域の加熱を開始させる(ステップS102)。
ステップS102では、第1加熱部12及び第2加熱部13により反応容器100を加熱する。第1加熱部12と第2加熱部13とは、反応容器100の異なる領域を異なる温度に加熱する。すなわち、第1加熱部12は第1領域111を第1温度に加熱し、第2加熱部13は第2領域112を第2温度に加熱する。これにより、流路110の第1領域111と第2領域112との間には、第1温度と第2温度との間で温度が漸次変化する温度勾配が形成される。
本実施形態においては、第1温度は、熱サイクル処理において目的とする反応に適した温度のうち相対的に低い温度であり、第2温度は、熱サイクル処理において目的とする反応に適した温度のうち、相対的に高い温度である。したがって本実施形態のステップS102においては、第1領域111から第2領域112へ向けて温度が高くなる温度勾配が形成される。本実施形態の熱サイクル処理はシャトルPCRであるので、第2温度は2本鎖DNAの解離に適した温度、第1温度はアニーリング及び伸長反応に適した温度とすることが好ましい。
ステップS102における、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置は第1配置であるので、ステップS102において反応容器100を加熱すると、反応液140は第1温度に加熱される。このとき第1温度に加熱された反応液140は、第2温度に加熱される工程を経ていないので、アニーリング及び伸長反応は起きない。仮に第1加熱部12及び第2加熱部13が加熱されていたとしても、速やかに装着することにより、アニーリング及び伸長反応が起きないようにすることは容易である。
第1配置は、第2領域112が、第1領域111よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、例えば反応容器100の長手方向に沿った軸線が鉛直線に対して平行±10度程度となる配置であり、好ましくは、軸線が鉛直線に対して平行となる配置である(図4A)。
本実施形態では、この時点でPCRは開始されておらず、PCRの開始の信号を制御部に入力することにより熱サイクル装置1を作動させ、熱サイクル(PCR)を開始する(ステップS103)。
ステップS104では、駆動機構20によって本体10を駆動し、駆動軸の周りに角速度ω1で回転させて、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置を第1配置から第2配置へ切換える。第2配置は、第2領域112が、第1領域111よりも重力が作用する方向で下となる配置である。本実施形態では、第2配置では、反応容器100の第2領域112を、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置させる。
ここで角速度ω1は、駆動機構20の構成に応じて任意に設定できるが、後述する角速度ω2よりも大きく設定される。ステップS104では、できるだけ早期に反応液140を第2領域112に移動させることが好ましく、しかも、反応液140が落下した後の位置が定まりやすいので、角速度ω1は、採用する駆動機構20が生じさせ得る最大の角速度としてもよい。なお、角速度ω1は遠心力によって液体130の温度勾配が乱されない程度であることが好ましい。
角速度ω1の具体的な値としては、1(rad/s)以上15(rad/s)以下であり、好ましくは2(rad/s)以上10(rad/s)以下、より好ましくはπ(rad/s)以上3π(rad/s)以下、さらに好ましくはπ(rad/s)以上2π(rad/s)以下である。
また、ステップS104は、図6の(a)と(b)との間で行われる。図6の例では、角速度ω1は、2π(rad/s)であり、ステップS104に要する時間は0.5秒である。したがって、中段のグラフの横軸と実線とにより囲まれた領域の面積が回転角度に相当し、図示の例では、おおむね2π(rad/s)×0.5(s)=π(rad)=180度となっている。
熱サイクル装置1においては、制御部の制御によって駆動機構20が本体10を回転駆動する。駆動軸を回転の軸として、モーターによってフランジ16を回転駆動すると、フランジ16に固定されている装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13が回転される。駆動軸は装着部11の長手方向に対して垂直な方向の軸であるので、モーターの動作によって駆動軸が回転すると、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13が回転される。以下の説明では、図4Aに示す第1配置を駆動軸周りの角度として0度、図4Bに示す第2配置を駆動軸周りの角度として180度、図4Cに示す第3配置を駆動軸周りの角度として270度と称することがある。
駆動軸周りの回転の方向は、特に限定されず、第1配置から第2配置に切り替えることができれば、時計回りでも反時計回りでもよい。また、例えば、配線に生じた捩れを解消するために、回転の方向を反転させてもよい。ただし、後述するステップS108において、第3配置から第1配置に切り替える際には、第2配置を経由しない方向に回転させる。なお、第2配置から第3配置へと切り替えるステップS106(後述)は、ステップS104の回転方向と同じであっても反対であってもよい。
第2配置は、第2領域112が、第1領域111よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、例えば反応容器100の長手方向に沿った軸線が鉛直線に対して平行±10度程度となる配置であり、好ましくは、軸線が鉛直線に対して平行となる配置である(図4B)。
図4Bに示すように、第2配置は、第1領域111が第2領域112よりも鉛直方向上となる配置であり、本実施形態では、反応容器100の第2領域112を、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置させる配置である。したがって、第2領域112は、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13が所定の配置にある場合に、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置する流路110の一部の領域である。第2配置においては、重力の作用する方向における流路110の最下部に第2領域112が位置しているので、液体130よりも比重の大きい反応液140は、第2領域112に位置することになる。
ステップS104により、第1配置から第2配置に切り替えられると、反応液140は、第2領域112へと落下する(図6(c)参照)。より正確には、第1配置から駆動軸周りに回転して、反応容器100の長手方向に沿った軸線が水平の状態を越えたとき(図6の(a)と(b)の間の中央付近、グラフにおける0.25秒付近)から、反応液140は第2領域112へ向かって落ち始める(転がり始める)。
第1の態様では、熱サイクル装置1に上述の判定部(第2領域112に反応液140が存在するか否かを判定する)が設けられており、判定部により、第2領域112に反応液140が存在すると判定した場合(ステップS105でY)には、ステップS106の処理が行われる。判定部により、第2領域112に反応液140が存在しないと判定した場合(ステップS105でN)には、第2領域112に反応液140が到達するまで待機する。すなわち、第1の態様では、第2領域112に反応液140が到達するまで駆動軸周りの回転運動が停止される(図6(d)及びグラフの3秒の位置を参照)。
なお、この第1の態様の例では、判定部は、光学的に第2領域112に反応液140が到達することを検出している。しかし、判定部は、予備実験等を行って、第2領域112に反応液140が到達するまでの時間を測定し、係る時間が経過したか否かによって、第2領域112での反応液140の存在を判定してもよい。
第2領域112に反応液140が存在すると判定した場合(ステップS105でY)、ステップS106では、駆動機構20によって本体10を駆動し、駆動軸の周りに角速度ω2で回転させて、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置を第2配置から第3配置へ切換える。ここで角速度ω2は、PCRの条件(時間等)や、駆動機構20の構成に応じて任意に設定できるが、上述の角速度ω1よりも小さく設定される。角速度ω2の具体的な値としては、0.1(rad/s)以上10(rad/s)以下であり、好ましくは0.2(rad/s)以上5(rad/s)以下、より好ましくはπ/10(rad/s)以上π(rad/s)以下、さらに好ましくはπ/6(rad/s)以上π/2(rad/s)以下である。
また、ステップS106は、図6の(d)と(f)との間で行われる。図6の例では、角速度ω2は、0.2π(rad/s)であり、ステップS106に要する時間は約2.75秒である。中段のグラフの横軸と実線とにより囲まれた領域の面積が回転角度に相当し、図示の例では、おおむね0.18π(rad/s)×2.75(s)=0.5π(rad)=90度となっている。
また、角速度ω2は、PCRの条件に依存するが、ω2の1/50以上1/3以下、好ましくはω2の1/40以上1/5以下、より好ましくはω2の1/30以上1/10以下である。すなわち、角速度ω1は、角速度ω2の3倍以上50倍以下、好ましくは角速度ω2の5倍以上40倍以下、より好ましくは角速度ω2の10倍以上30倍以下である。このような範囲であると、第3配置に切り替えるときに、第3配置で停止する場合であっても、相対的に小さい角速度ω2で回転された状態から停止されるので、反応液の位置をより安定に維持することができる。
本実施形態では、第3配置は、反応容器100の長手方向の軸線が水平となる配置である。したがって第3配置では、反応液140は、流路110内を移動(落下)せず、第2領域112の範囲内で存在することになる(図4C、図6(f)参照)。
本実施形態では、流路110に段差等(後述する)が存在しないため、第3配置は、好ましくは反応容器100の長手方向の軸線が水平となる配置であるが、第2領域112が第1領域111よりも重力が作用する方向でわずかに下となる配置であってもよい。このときの傾斜の角度は、例えば、水平から当該方向に向かって3度以内であることが好ましく、1度以内であることがより好ましい。
本実施形態では、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置が第3配置に達したときに、反応液140が、所定の時間、第2温度を経験したか否かを判定する。ここで、所定の時間とは、例えば、熱変性、解離、ホットスタート等のために必要な時間である。すなわち、角速度ω2が、比較的大きい場合には、所定の時間が経過する前に第3配置となり得るが、このような場合には、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めて、所定の時間が経過するまで待機する(ステップS107でN)。なおこの態様は、図6には示されていないが、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めることについては、図9を参照。
一方、角速度ω2が、比較的小さい場合には、所定の時間が経過すると同時、又は、所定の時間が経過した後に、第3配置となり得る。このような場合には、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止める必要はない(ステップS107でY、併せて図6参照)。
所定の時間が経過すると同時に第3配置となる態様としては、所定の時間及び角速度ω2の積が、第2配置から第3配置までの回転角度に一致する場合が挙げられ、そのような関係となるように各パラメーターを設計することにより実現できる。また、このような関係となる場合には、ステップS107は、省略してもよい。
所定の時間が経過すると同時、又は、所定の時間が経過した後に、第3配置となる場合には、駆動軸周りの回転を止める必要がないため、反応液140に対して負の角加速度を与えることがないため、反応液140の位置を第2領域112内でさらに安定させることができる。
次に、反応液140が、所定の時間、第2温度を経験したら(ステップS107でY)、続いて駆動機構20によって本体10を駆動し、駆動軸の周りに角速度ω3で回転させて、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置を第3配置から第1配置へ切換える(ステップS108)。
ここで角速度ω3は、PCRの条件(時間等)や、駆動機構20の構成に応じて任意に設定でき、例えば、上述の角速度ω1と同様に設定される。角速度ω3の具体的な値は、角速度ω1で述べたと同様である。ステップS108では、できるだけ早期に反応液140を第1領域111に移動させることが好ましく、しかも、反応液140が落下した後の位置が定まりやすいので、角速度ω3は、採用する駆動機構20が生じさせ得る最大の角速度としてもよい。なお、角速度ω3は遠心力によって液体130の温度勾配が乱されない程度であることが好ましい。
また、ステップS108は、図6の(f)と(a)との間で行われる。図6の例では、角速度ω3は、2π(rad/s)であり、ステップS108に要する時間は約0.25秒である。中段のグラフの横軸と実線とにより囲まれた領域の面積が回転角度に相当し、図示の例では、おおむね2π(rad/s)×0.25(s)=0.5π(rad)=90度となっている。
第1配置は、第2領域112が、第1領域111よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、例えば反応容器100の長手方向に沿った軸線が鉛直線に対して平行±10度程度となる配置であり、好ましくは、軸線が鉛直線に対して平行となる配置である(図4A)。図4Aに示すように、第1配置は、第1領域111が第2領域112よりも鉛直方向下となる配置であり、本実施形態では、反応容器100の第1領域111を、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置させる配置である。したがって、第1領域111は、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13が所定の配置にある場合に、重力の作用する方向における流路110の最下部に位置する流路110の一部の領域である。第1配置においては、重力の作用する方向における流路110の最下部に第2領域112が位置しているので、液体130よりも比重の大きい反応液140は、第1領域111に落下して位置することになる。
ステップS108により、第3配置から第1配置に切り替えられると、反応液140は、第1領域111へと落下する。より正確には、第3配置から駆動軸周りに回転して、反応容器100の長手方向に沿った軸線が水平の状態を越えたときから、反応液140は第1領域111へ向かって落ち始める(転がり始める)。
本実施形態では、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置が第1配置に達したときに、反応液140が、所定の時間、第1温度を経験したか否かを判定する。ここで、所定の時間とは、例えば、アニーリング、伸長反応(増幅)のために必要な時間である。反応液140が第1温度を経験するのは、反応液140が第1領域111に達した後からとなり、上記所定の時間は、反応液140が落下する時間を考慮して設定する。
角速度ω3を、所定の時間及び角速度ω3の積が、第2配置から第3配置までの回転角度よりも大きく設定する場合には、第1配置となった際には、駆動軸周りの回転を止めて、所定の時間が経過するまで待機する(ステップS109)。
所定の時間が経過したら(ステップS109でY)、所定のPCRの熱サイクルのサイクル数に達したかどうかを判定する(ステップS110)。そして、所定の熱サイクル数に達していない場合(ステップS110でN)には、ステップS104を行う。所定の熱サイクル数に達している場合(ステップS110でY)には、PCRの熱サイクルが終了する。
なお、ステップS110では、所定のサイクル数に達したか否かを判定したが、例えば、蛍光測定等により、PCRの増幅度が所定の範囲となったか否かを判定してもよい。この場合には、所定の増幅度に達していない場合には、ステップS104を行い、所定の増幅度となった場合に、PCRの熱サイクルを終了する。
このような第1の態様の熱サイクル処理(熱サイクル装置の制御方法)によれば、相対的に高温のオイルが重力が作用する方向で下となる配置において、鉛直方向の重力の成分が最大となる期間を短くすることができる。すなわち、第2領域が、第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置において、第1領域の鉛直上方に第2領域が位置している期間(図6における(b)から(d)の期間)が短くなり、オイルの対流を生じさせる重力の成分を、反応容器の長手方向から逸らす期間を長くとることができる。これにより、オイルの対流が抑制され、例えば核酸増幅反応を効率よく行うことができる。また、第3配置に切り替えるときに、相対的に小さい角速度ω2で回転された状態から停止するか、第3配置となるときに回転が停止しないため、反応液の位置ずれを生じにくく、安定に維持することができる。
2.2.2.第2の態様
図7は、第2の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の手順を表すフローチャートである。図8は、第2の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の一例を示すタイムチャートである。図8は、上段が反応容器100の姿勢及び反応液140の位置を示す模式図であり、中段が駆動軸周りの角速度の時間変化を示すグラフであり、下段が反応容器100の長手方向が鉛直方向から傾いた角度の時間変化を示すグラフである。
図7は、第2の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の手順を表すフローチャートである。図8は、第2の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の一例を示すタイムチャートである。図8は、上段が反応容器100の姿勢及び反応液140の位置を示す模式図であり、中段が駆動軸周りの角速度の時間変化を示すグラフであり、下段が反応容器100の長手方向が鉛直方向から傾いた角度の時間変化を示すグラフである。
熱サイクル処理の第2の態様は、ステップS105を有しない点で、上述の第1の態様と異なる以外は、同様であるため、同様の点についての説明を省略する。また、第2の態様では、熱サイクル装置1に上述の判定部(第2領域112に反応液140が存在するか否かを判定する)は不要となるが、他の目的(例えば、PCRの増幅度の監視等)で設けられてもよい。
第2の態様では、第2配置に切り替えられた後(図8の(b)参照)、直ちにステップS106の処理が実行される。そのため、第2領域112に反応液140が到達するか否かにかかわらず、駆動軸周りの回転運動が停止することなく継続する。すなわち、第2配置の角度において、回転の角速度ω1から角速度ω2へと連続して変更される(図8のグラフの横軸0.5秒の位置を参照)。
第2の態様では、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置が第3配置に達したときに、反応液140が、所定の時間、第2温度を経験したか否かを判定する。ここで、所定の時間とは、例えば、熱変性、解離、ホットスタート等のために必要な時間である。すなわち、角速度ω2が、比較的大きい場合には、所定の時間が経過する前に第3配置となり得るが、このような場合には、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めて、所定の時間が経過するまで待機する(ステップS107でN)。なおこの態様は、図8には示されていないが、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めることについては、図9を参照。
一方、角速度ω2が、比較的小さい場合には、所定の時間が経過すると同時、又は、所定の時間が経過した後に、第3配置となり得る。このような場合には、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止める必要はなく(ステップS107でY)、第3配置の角度において、回転の角速度ω2から角速度ω3へと変更される。反応液140が、所定の時間、第2温度を経験したら(ステップS107でY)、続いて駆動機構20によって本体10を駆動し、駆動軸の周りに角速度ω3で回転させて、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置を第3配置から第1配置へ切換える(ステップS108)。ステップS108以降は、上述の第1の態様と同様であるため説明を省略する。
2.2.3.第3の態様
上述の第1の態様及び第2の態様の説明において、角速度ω2が、比較的大きい場合などに、所定の時間が経過する前に第3配置となった場合、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めて、所定の時間が経過するまで待機することについて説明した。その一態様を第3の態様として説明する。
上述の第1の態様及び第2の態様の説明において、角速度ω2が、比較的大きい場合などに、所定の時間が経過する前に第3配置となった場合、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めて、所定の時間が経過するまで待機することについて説明した。その一態様を第3の態様として説明する。
図9は、第3の態様に係る熱サイクル装置1を用いた熱サイクル処理の一例を示すタイムチャートである。図9は、上段が反応容器100の姿勢及び反応液140の位置を示す模式図であり、中段が駆動軸周りの角速度の時間変化を示すグラフであり、下段が反応容器100の長手方向が鉛直方向から傾いた角度の時間変化を示すグラフである。
第3の態様は、第1の態様及び第2の態様のステップS106、ステップS107において、所定の時間が経過する前に第3配置となった場合に相当し、その他のステップについては、第1の態様又は第2の態様と同様であるため、説明を省略する。
図9を参照し、第3の態様において、第2配置に切り替えられた後(図9の(b)参照)、直ちに角速度ω2にて第2配置から第3配置に切り替えられる。そのため、第2領域112に反応液140が到達するか否かにかかわらず、駆動軸周りの回転運動が停止することなく継続する。
第3の態様は、角速度ω3が、比較的大きい場合に相当し、所定の時間が経過する前に第3配置となっており(図9(e)参照)、第3配置となったときに、駆動軸周りの回転を止めて、所定の時間が経過するまで待機する。
そして、所定の時間が経過すると同時、又は、所定の時間が経過した後に(ステップS107でY)、駆動機構20によって本体10を駆動し、駆動軸の周りに角速度ω3で回転させて、装着部11、第1加熱部12及び第2加熱部13の配置を第3配置から第1配置へ切換える(ステップS108)(図9の横軸5.75秒付近を参照)。その後は、上述の第1の態様と同様であるため説明を省略する。
また、図9の中段及び下段のグラフに、一点鎖線で示すように回転の角速度を変化させてもよい。第3配置は、重力の作用する方向が反応容器100の長手方向と略直交するため、反応液140の位置が安定しにくい。そのため、本実施形態では、第3配置で停止することがあっても、比較的小さい角速度ω2から停止させるため、反応液140を第2領域112に留まらせやすい。しかし、図9の一点鎖線で示すように、第3配置で回転を停止させる際に、角速度ω2をなだらかに0となるように制御してもよい。このようにすれば、第2領域112に存在する反応液140を、さらに安定して第2領域112に留めることができる。
2.3.変形例
上記実施形態の反応容器100は、以下のように変形することができる。そして、係る変形例の反応容器101により、上記実施形態の第3配置を、以下のように変形して実施することができる。
上記実施形態の反応容器100は、以下のように変形することができる。そして、係る変形例の反応容器101により、上記実施形態の第3配置を、以下のように変形して実施することができる。
図10は、変形例に係る反応容器の断面の模式図である。図11は、変形例に係る熱サイクル装置の本体10の、図1AのA−A線に相当する断面の模式図であり第3配置を示す。図12は、変形例に係る熱サイクル装置を用いた熱サイクル処理の一例を示すタイムチャートである。
図11は、熱サイクル装置に反応容器101が装着された状態を示し、第3配置を示す。以下では、反応容器101について説明し、次に、反応容器101を用いた場合の、熱サイクル装置を用いた熱サイクル処理について説明する。
なお、本変形例においては、上記実施形態で述べたと同様の機能、作用を有する部材については、同様の符号を用い、詳細な説明を省略する。
図10に示すように、反応容器100は流路110及び封止部120を含む。流路110には、反応液140と、反応液140よりも比重が小さく、かつ、反応液140とは混和しない液体(以下、「液体」という)130とが充填され、封止部120によって封止されている。
流路110は、対向する内壁に近接して反応液140が移動するように形成されている。流路110の第1領域111と、第1領域111とは異なる第2領域112との間を反応液140が移動する経路をある程度規定できる。これにより、反応液140が第1領域111と第2領域112との間を移動する所要時間を、ある程度の範囲に制限できる。
図10の例では、反応容器101は、流路110、封止部120および突出部150を含む。突出部150は、第3の配置において、反応液が突出部150に留まることができるように構成され、本変形例では、突出部150として、第2領域112内の側面に傾斜壁112cが設けられており、この傾斜壁112cより第2領域112の上端112a側の径の大きさaは、第2領域112の下端112b側の径の大きさbより大きくなっている。
反応容器101の第1領域111は、第1加熱部12によって第1の温度に加熱される、流路110の一部の領域である。第2領域112は、第2加熱部13によって第2の温度に加熱される、第1領域111とは異なる流路110の一部の領域である。
反応容器101においては、第1領域111は、流路110の長手方向における一方の端部を含む領域であり、第2領域112は、流路110の長手方向における他方の端部を含む領域である。図11に示す例では、流路110の封止部120側の端部を含む点線で囲まれた領域が第2領域112であり、封止部120から遠い側の端部を含む点線で囲まれた領域が第1領域111である。
図11に示すように、装着部11に反応容器101を装着した状態においては、第1加熱部12は第1領域111を、第2加熱部13は第2領域112を、それぞれ含む位置において反応容器100に接している。本変形例においては、図11に示すように反応容器101を底板17に接触するように装着することで、第1加熱部12及び第2加熱部13に対して反応容器101を所定の位置に保持できる。
図10に示すように、変形例の反応容器101は、流路に段差が形成されており、係る段差は、第2領域112に反応液140がある場合に、反応液140が第1領域111に移動する際の障壁として機能することができる。ここで、図10に示すように、反応容器101の長手方向の軸から、傾斜壁112cの内壁面の接線が傾斜した角を「角α」と定義する。
図11に示すように、変形例においては、上記実施形態における第3配置(図4(c))の、駆動軸周りの角度が異なっている。
上記実施形態では、反応容器100に段差が存在しなかったため、第3配置は反応容器100の長手方向が略水平となる配置であった。これは、第3配置から、第2領域112がより上方になると、反応液140が第1領域111に向かって落下し始める可能性があったからである。
これに対して、本変形例では、反応容器101に段差が存在するため、反応容器101の長手方向が略水平となる配置としても、第2領域112に反応液140が安定して存在する。さらに、反応容器101の長手方向が略水平となる配置から、第2領域112が第1領域111よりも上方に位置するように傾斜させても、角α程度までは、第2領域112に反応液140が安定して存在することができる。すなわち、傾斜壁112cの内壁面の接線が略水平となる状態まで、第2領域112に反応液140が安定して存在することができる。
したがって、本変形例では、第2領域112が第1領域111よりも上方に位置し、傾斜壁112cの内壁面の接線が略水平となる状態を第3配置とする。換言すると、本変形例では、第3配置は、軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ第2領域112が第1領域111よりも重力が作用する方向で上となる配置である。そうすると、第3配置では、より高温の第2領域112をより低温の第1領域111よりも上方に位置させることができるため、液体130の対流をさらに抑制することができるし、第2配置を経ることにより乱れた液体130の温度分布を、より整えることができる。
図12に示すタイムチャートは、上述の第2の態様と第3配置となる駆動軸の角度が異なる以外は同様である。図12の(d)は、第3配置を示しており、第3配置の角度が、「270+α」となっている。その他の手順等は、上述の実施形態と同様であるため、説明を省略する。本変形例においても、上述の各事項を、適宜に採用できることは容易に理解されよう。
なお、本変形例において、角αは、90度未満、好ましくは80度以下である。しかし90度以上であってもよい。反応容器に、αが90度以上の形状を採用した場合には、例えば、第2領域が第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置、すなわち上述の第1配置と同じ配置を第3配置とすればよく、第3配置から第1配置に切り替える際には、反応容器を反応液が落下するまで傾ければ、反応液を第1領域111に移動させることができる。なお、この場合必要に応じて、駆動軸周りに反応容器を逆回転させて、第1配置に反応容器の傾斜を戻してもよい。
本発明は、上述した実施形態に限定されるものではなく、さらに種々の変形が可能である。例えば、本発明は、実施形態で説明した構成と実質的に同一の構成(例えば、機能、方法及び結果が同一の構成、あるいは目的及び効果が同一の構成)を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成の本質的でない部分を置き換えた構成を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成と同一の作用効果を奏する構成又は同一の目的を達成することができる構成を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成に公知技術を付加した構成を含む。
1…熱サイクル装置、10…本体、11…装着部、12…第1加熱部(加熱部)、12a…第1ヒーター、12b…第1ヒートブロック、13…第2加熱部、13a…第2ヒーター、13b…第2ヒートブロック、14…スペーサー、15…導線、16…フランジ、17…底板、19…固定板、20…駆動機構、22…スライド、50…蓋、51…固定部、100,101…反応容器、110…流路、111…第1領域、112…第2領域、112c…傾斜壁、120…封止部、130…液体、140…反応液、150…突出部
Claims (5)
- 長手方向を有し、反応液と、前記反応液よりも比重が小さく、かつ、前記反応液とは混和しない液体とが充填された反応容器を装着可能な装着部と、
前記反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、
前記反応容器の第2領域を前記第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、
前記第1領域及び前記第2領域の配置を、第1配置、第2配置及び第3配置の間で切換える駆動機構と、
を含む熱サイクル装置の制御方法であって、
前記第1配置は、前記第1領域が、前記第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第2配置は、前記第2領域が、前記第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第3配置は、前記反応容器の長手方向の軸線が、水平となる配置であるか、又は、前記軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ前記第2領域が前記第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、
前記駆動機構によって、前記第1配置、前記第2配置、前記第3配置の順で切換えるように制御し、
前記第1配置から前記第2配置には、角速度ω1で切り替え、
前記第2配置から前記第3配置には、前記角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切り替える、熱サイクル装置の制御方法。 - 請求項1において、
前記第2領域に前記反応液が存在する状態で、前記第2配置から前記第3配置へと切り替える、熱サイクル装置の制御方法。 - 請求項1又は請求項2において、
前記熱サイクル装置は、前記反応液が前記第2領域に位置することを判定する判定部を備え、
前記第2配置に切換えた後、前記第3配置に切換える前に、前記反応液が前記第2領域に位置すると前記判定部によって判定された場合に前記第3配置に切換え、前記反応液が前記第2領域に位置しないと前記判定部によって判定された場合には前記第2配置を維持する、請求項1に記載の熱サイクル装置の制御方法。 - 請求項1ないし請求項3のいずれか一項において、
前記角速度ω1は、前記角速度ω2の10倍以上30倍以下である、熱サイクル装置の制御方法。 - 長手方向を有し、反応液と、前記反応液よりも比重が小さく、かつ、前記反応液とは混和しない液体とが充填された反応容器を装着可能な装着部と、
前記反応容器の第1領域を加熱する第1加熱部と、
前記反応容器の第2領域を前記第1加熱部の温度よりも高温に加熱する第2加熱部と、
前記第1領域及び前記第2領域の配置を、第1配置、第2配置及び第3配置の間で切換える駆動機構と、
前記駆動機構を制御する制御機構と、
を含む熱サイクル装置であって、
前記第1配置は、前記第1領域が、前記第2領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第2配置は、前記第2領域が、前記第1領域よりも重力が作用する方向で下となる配置であり、
前記第3配置は、前記反応容器の長手方向の軸線が、水平となる配置であるか、又は、前記軸線が水平線に対して傾斜する配置であり且つ前記第2領域が前記第1領域よりも重力が作用する方向で上となる配置であり、
前記制御機構は、前記第1領域、及び前記第2領域の配置を、前記第1配置、前記第2配置、前記第3配置の順で切換えるように制御し、
前記第1配置から前記第2配置には、角速度ω1で切り替え、
前記第2配置から前記第3配置には、前記角速度ω1よりも小さい角速度ω2で切り替える、熱サイクル装置。
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