JP2016537026A - 活性なtertを産生するための新しい方法 - Google Patents

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Abstract

本発明は、テロメラーゼ逆転写酵素(TERT)を酵母細胞において発現させることにより、再現性良く大量の可溶かつ活性なテロメラーゼ逆転写酵素を産生する方法に関する。精製プロセスの特定のパラメータを制御することにより、高収率の活性な組換えTERTが得られた。このようにして得られたTERTタンパク質は、生体外で転写されたTRによりテロメラーゼ活性を示し、これはテロメラーゼ構築阻害剤のハイスループット化学スクリーニングおよび治療適用への道を開くものである。
【選択図】なし

Description

テロメアは、非コード反復DNA配列(ヒトのTTAGGG)を含む真核生物の染色体の末端に位置する構造である。これらの領域は連続的な細胞分裂周期において次第に短くなり、これにより必須な遺伝情報が失われ、最終的に細胞死が引き起こされる。従って、テロメア領域の存在により染色体末端からのDNAの喪失が妨げられ、それにより細胞老化現象に対する保護が得られる。
テロメアの維持は、テロメラーゼとして知られているテロメア特異的DNAポリメラーゼの機能である。テロメラーゼは、テロメアのGリッチストランドの3’側に複数のTTAGGG反復配列を付加するための鋳型として使用されるそれ自身のRNA分子(TR)を運ぶ逆転写酵素である。従って、テロメラーゼは2つの必須成分、すなわち逆転写酵素(RT)活性を有するタンパク質コアとRNA分子(TR)とを含む。ヒトのテロメラーゼのコアタンパク質は、「テロメラーゼ触媒サブユニット」または「hTERT」(ヒトのテロメラーゼ逆転写酵素)と呼ばれる。このサブユニットは、3つの領域、すなわちi)RT触媒ドメインと、ii)テロメラーゼ活性、RNAサブユニットへの結合および多量体化に関与しているテロメラーゼ特異的N末端ドメインと、iii)酵素処理能力を促進する役割を担っていると推定されるC末端伸長部とを含む、127kDaのポリペプチドである(Autexier C. et al, Annu. Rev. Biochem. 2006)。細胞において、hTERTおよびその鋳型RNAは、TLP1(Nakayama J. et al., Cell 1997)、hsp90、hsp23(Holt S.E. et al., Genes Dev. 1999)およびジスケリン(dyskerin)(Mitchell J.R. et al. Nature 1999)などの多くの他のタンパク質を含むより大きな複合体の一部である。
現在では、テロメラーゼ活性は多くの癌型の不死を促進するということが広く受け入れられている。従って、テロメア短縮プロセスを回復させ、かつ最終的に癌細胞死を引き起すために、正常な体細胞に影響を与えずに(これらの細胞はテロメラーゼを発現しないため)、hTERT触媒成分を阻害することが期待される。従って、hTERT酵素活性すなわちテロメラーゼ構築の阻害剤は、癌治療のための有望な手段として考えられている(Zhang X. et al, Genes Dev. 1999)。
しかし、効率的なテロメラーゼ阻害剤の同定には、確実なスクリーニングアッセイを行うために、プロセッシブ型テロメラーゼ複合体、特に活性なhTERT触媒サブユニットの事前の生体外再構成が必要である。
さらに、多量の組換えhTERTの活性型の産生は、癌罹患患者のための免疫療法手順で使用することができる、抗テロメラーゼ免疫応答を誘導することを目的としたワクチンを開発するのに最も重要であろう。
最後に、有利なことに、細胞老化に関連する疾患(特に加齢疾患)および不妊症などのヒトのテロメラーゼ活性の欠如を特徴とする疾患および病気を治療するために、組換えhTERTを医薬組成物に使用することができる。
従って、多量の可溶かつ活性な組換えhTERTタンパク質を得ることが強く求められている。しかし、これまでのところ、満足が得られるような発現および精製手順は開発されていない。
事実、異なる発現および精製システムを用いたこのタンパク質を産生するための様々な試みでは限られた結果しか得られなかったため、大量の適切に折り畳まれた酵素的に活性な組換えhTERTを精製することは非常に難しい問題とみなされている。全長hTERTは、過剰発現させることができなかったり(Holt S.E. et al., Genes Dev. 1999)、不溶であると報告されたりしている(Masutomi K. et al. J. Biol. Chem. 2000、Mikuni O. et al. BBRC 2002、Wu C.K. et al. Protein Expr. Purif. 2007)。MEGA−9界面活性剤を用いた酵素の可溶化(Masutomi K. et al. J. Biol. Chem. 2000によって提唱されている)は再現不可能である(Wu C.K. et al. Protein Expr. Purif. 2007)。さらに、親和性タグによる活性なhTERTの精製は効率が悪く、His−hTERT融合物が発現されたが、Hisタグを用いた精製の成功は報告されていない(Bachand F. et al, JBC 1999および Wenz et al. EMBO 2001)。精製に代わる手段としての昆虫細胞による分泌hTERTは、その酵素が小胞体に結合したままであるため成功していない(Wu et al, Protein Expr. Purif. 2007)。最後に、グルタチオンセファロースまたはヘパリンセファロースを用いて精製されたhTERTは、カラム精製後にそのテロメラーゼ再構成能力が失われたと報告されている(Bachand F et al, JBC 1999およびMizuno H. et al, J. Biochem., 2007)。従って、組換えテロメラーゼを調製するためのタグ付けされたhTERTタンパク質を容易に産生することはできないと思われる。全てのこれらの試みの失敗から、ヒトのテロメラーゼは「精製が困難であり、かつ大量に調製することができない」と結論づけられた(Alves D. et al, Nat. Chem. Biol. 2008)。
しかし、本発明者らは、例えばピキア・パストリス(学名:Pichia pastoris)細胞などの酵母細胞においてhTERTを発現させることにより、大量の可溶かつ活性なhTERTを再現性良く産生することが実際に可能であることを本明細書に示す。以下に詳述するように、精製プロセスの特定のパラメータを制御することにより高収率の活性な組換えhTERTをさらに得ることができる。このようにして得られたhTERTタンパク質は、生体外で転写されたhTRによりテロメラーゼ活性を示し、これはテロメラーゼ構築阻害剤のハイスループット化学スクリーニングおよび治療適用への道を開くものである。
PGAPZベクターを用いてhTERTを発現させることができるが、特定のMBPタグを使用しない限り精製することができない。 PGAPZベクターを用いてGST−hTERT(155kDa)を細胞内で発現させる。抗GST抗体(Sigma社)を用いて、野生型ピキア・パストリスからの細胞抽出物(レーン1)またはGST−hTERTを発現しているピキア・パストリス細胞からの細胞抽出物(レーン2)に対してウエスタンブロットを行った。 ゼオシン耐性クローンはGST−hTERTを発現する。抗GST抗体(Sigma社)を用いて、野生型ピキア・パストリスからの細胞抽出物(レーン1)またはGST−hTERTを発現するように形質転換された異なるピキア・パストリスクローンの細胞抽出物(レーン2〜7)に対してウエスタンブロットを行った。 GST−hTERTはグルタチオンセファロースとの低い親和性を示す(レーン1:流出、レーン2:結合された画分)。 α−hTERTを分泌させることができない。野生型ピキア・パストリス細胞(レーン1、3)または、出芽酵母(サッカロミセス・セレビシエ)(学名:Saccharomyces cerevisiae)α因子の分泌シグナルに融合されたhTERTに対応するα−hTERT形質転換酵母(レーン2、4)の細胞内画分(レーン1〜2)または細胞外画分(レーン3〜4)に対する抗hTERT抗体を用いたウエスタンブロット。 異なるタグを含むhTERT発現レベルの比較。α−hTERT(レーン1)、GST−hTERT(レーン2)およびタグ無しhTERT(レーン3、127kDa)で形質転換されたピキア・パストリス細胞に対する抗hTERT抗体を用いたウエスタンブロットにより、酵母の可溶な細胞内内容物を分析した。 ピキア・パストリス細胞においてMBP−hTERTおよびα−MBP−hTERTを低レベルで発現させる。MBP−hTERT(レーン1および2)、hTERT(レーン3)およびα−MBP−hTERT(レーン4)で形質転換されたピキア・パストリス細胞の細胞抽出物に対する抗hTERT抗体を用いたウエスタンブロット。 MBP−hTERTおよびα−MBP−hTERTタンパク質はメタノールを用いた発現系では検出されない。AOX1プロモーター(pPIC3.5Kベクター)の制御下でMBP−hTERTを発現しているピキア細胞(レーン1)またはα−MBP−hTERTを発現しているピキア細胞(レーン2)に対する抗HA抗体を用いたウエスタンブロット。 hTERTのN末端部分はアクセス可能である。His−HA−hTERTを発現しているピキア・パストリス細胞の全細胞溶解物からのHis−HA−hTERTの免疫沈降後の抗HAタグ抗体を用いたウエスタンブロット(レーン3)。対照:His−HA−hTERTを発現している酵母からの全細胞溶解物(レーン1)およびA+Gビーズのみを用いた免疫沈降(レーン2)。 低い細胞内pHによりタンパク質分解が生じる。本発明の条件(細胞内pH6.3)でhTERTを精製した場合、分解されず(レーン1)、細胞内pHが5.5である場合、顕著に分解される(レーン2)。 プロテアーゼ阻害剤および界面活性剤は必要ではない。標準的な精製を行い(レーン1)、抽出および洗浄溶液中にプロテアーゼ阻害剤カクテル(Roche社)および1%tritonを添加して行った精製と比較し(レーン2)、これにより収率は増加せず、非常に僅かにのみ純度が向上した。 弱酸性/中性のpHで最良の精製が生じる。カラム結合前に抽出物のpHを異なるpHに調整し、次いで各条件に対応するpHを用いて洗浄工程を行った。 ピキア・パストリスにおけるcMBP−hTERTの精製。 cMBP−hTERTの精製および切断。アミロースセファロースを用いてcMBP−hTERTを精製した。ウエスタンブロット(左)およびクマシーブリリアントブルー染色(右)の両方によって、精製済タンパク質を監視した。レーン1:細胞抽出物、レーン2:アミロースビーズから溶出したcMBP−hTERT、およびレーン3:TEVプロテアーゼによるMBPタグ切断後のタンパク質。 cMBP−hTERT純度およびMBPタグ除去効率。レーン1:アミロースカラムからの溶出後のcMBP−hTERT。レーン2:過剰なHis−TEVプロテアーゼにより室温で1時間切断されたcMBP−hTERT。レーン3:ニッケルカラム再結合によりTEVプロテアーゼを除去し、試料を再濃縮して、純度レベルおよびTEVプロテアーゼによる切断効率をより正確に評価した。 テロメラーゼ活性の再構成。500ngの生体外で転写されたhTRを100ngの精製済cMBP−hTERTに添加してテロメラーゼ活性を再構成し、いくつかの方法で検出した。 cMBP−hTERTおよびhTR(レーン1)、cMBP−hTERTのみ(レーン2)またはhTRのみ(レーン3)を用いたテロメラーゼ直接アッセイ。 qTRAP。LightCyclerII(Roche社)を用いたテロメラーゼ活性の定量的測定により、再構成された活性が1つの293T細胞で認められたもの(3)よりも約9000倍高い(1、2)ことが分かった。 hTRのみ(レーン1)、cMBP−hTERT+hTR(レーン2)、およびMBP−hTERTのみ(レーン3)を用いたTRAP(テロメア反復配列の増幅手順)。 qTRAPによって測定したテロメラーゼ再構成の速度。 hTERTと内因性酵母RNAとの結合。 アガロースゲル泳動によって示されるように、リボ核タンパク質(RNP)としてhTERTタンパク質を精製した。 レーンL:100bpのDNAラダー(Promega社)。レーン3:精製済cMBP−hTERT。レーン4:プロテイナーゼKで消化したcMBP−hTERT。レーン5:精製済cMBP−hTERT。レーン6:精製済cMBP−hTERT+デオキシリボヌクレアーゼI。レーン7:精製済cMBP−hTERT+リボヌクレアーゼA。レーン8:精製済cMBP−hTERT+リボヌクレアーゼT1。レーン8:精製済cMBP−hTERT+ミクロコッカス・ヌクレアーゼ(MNase)。レーン9:精製済cMBP−hTERT+ベンゾナーゼ。 電気泳動移動度シフト解析(EMSA)。50μCiの[α−32P]−CTPを添加してhTRを生体外で合成した。各レーンに対して、1μgのcMBP−hTERTを0.5μgの標識されたhTRと共に20μl中で1時間インキュベートした。1×TBE中に1.2%の冷蔵したアガロースゲル上で複合体を110Vで2時間泳動させた。このゲルを10%酢酸および10%エタノールで1時間固定し、乾燥し、ホスホイメージャースクリーンに露光した。STORM860(GE Healthcare社)を使用してスキャンを行った。レーン1はhTRのみを含んでいる。レーン2および3はリボヌクレアーゼAで精製したhTRおよびcMBP−hTERTを含んでいる。レーン4および5はリボヌクレアーゼAで精製していないhTRおよびcMBP−hTERTを含んでいる。
テロメラーゼのhTERTサブユニットの発現の成功は、例えば昆虫細胞(Masutomi K. et al. J. Biol. Chem. 2000、Wenz C. et al. EMBO 2001、Mikuni O. et al. BBRC 2002およびWu C.K. et al, Protein Expr. Purif. 2007)または酵母細胞(Bachand F. et al, JBC 1999)において報告されている。しかし、これらの方法は全て、これらの操作コストに著しく影響を与えるプロテアーゼ阻害剤の使用を必要とする。従って、これらの方法は大量のhTERT酵素を得るのには適していない。
本発明は、低コストで再現性良く多量の可溶かつ活性なTERTを産生する方法に関する。本発明の方法は、酵母細胞に導入される組換えベクター(例えば、組み込みプラスミド)の使用を必要とする。プロテアーゼ阻害剤を必要とすることなく細胞溶解およびTERT精製を行うことが重要である。純水により最良の結果が得られることが分かったため、市販の溶解緩衝液の使用も推奨されない。従って、従来の施設を有する研究所において低コストで本発明の方法を行うことができる。
本発明者らは、酵母系において正確に折り畳まれたhTERTを発現させ、かつ厳重に規制された精製プロセスによりこの酵素を再現可能かつ大量に回収することについて開示する。重要なことに、先行技術で開示されている手順とは対照的に、本発現および精製プロセスでは精製後に酵素的に活性なhTERTを回収することができる。さらに、本発明の方法によって回収される酵素は可溶であり、かつヒトのテロメラーゼ構築および/または活性の強力かつ特異的な阻害剤を同定するためのスクリーニング方法で効率的に使用することができる。
本発明者らは、本発現および精製プロセスの各工程にとって最良の条件を同定するために数多くの実験条件を試験および比較した。その結果、非常に難しいと考えられていたテロメラーゼのTERTサブユニットを生体外で産生するための最適化された再現可能な方法をそれらにより同定した。
この方法を使用してヒトのhTERTと相同なテロメラーゼ逆転写酵素(TERT)、例えば他の生物種(出芽酵母、分裂酵母(シゾサッカロミセス・ポンベ)(学名:Schizosaccharomyces pombe)、クルイベロミセス・ラクチス(学名:Kluyveromyces lactis)、ピキア・パストリス、テトラヒメナ・サーモフィラ(学名:Tetrahymena thermophila)、ゼブラフィッシュ(学名:Danio rerio)、トラフグ(学名:Takifugu rubripes)、メダカ(学名:Oryzias latipes)、ハツカネズミ(学名:Mus musculus)など)由来のテロメラーゼ逆転写酵素を産生することができる。従って、本発明の方法によってヒトのテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)および非ヒトTERTを産生することができる。
より詳細には、本発明の方法は、以下の少なくとも4つの別個の工程:
a)適当なタグでタグ付けされたTERTタンパク質をコードするヌクレオチドベクターを含む酵母細胞を用意する工程、
b)酵母細胞によって組換えTERTタンパク質が細胞内で産生されるように、特定の条件で前記細胞を増殖させる工程、
c)特定の条件で前記酵母細胞の粗製タンパク質抽出物を調製する工程、
d)適当な親和性精製手順によりTERTタンパク質を精製する工程、
を含む。
さらにより詳細には、前記適当なタグは、マルトース結合タンパク質(MBP)のそのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したタグ(cMBP)である。事実、本発明者らは、TERTを前記タグに結合させると酵母から大量の活性なTERTを回収できること、およびcMBP−TERT融合タンパク質の発現は有利なことに酵母において機能する構成的プロモーター(例えばGAPDHプロモーター)に機能的に連結させると向上することを示した。
本発明者ら、定常期に到達するまでcMBP−hTERT発現酵母細胞の増殖を正確に監視しなければならないこと、および酵母細胞が培養される培地が最も重要であることも実証した。
有利なことにどんなプロテアーゼ阻害剤も含有していない冷たい純水中で機械的剪断を行うことができるため、cMBP−hTERT融合タンパク質の抽出のために複雑な溶解緩衝液は必要ではない。次いで、pHが好ましくは6.0〜7.5、より好ましくは6.3〜7.0の範囲内の結合および洗浄緩衝液を使用して精製工程を行う。pHが7.6未満の結合および洗浄緩衝液の使用により、精製済hTERTの収率および比活性度を高めることができる。
これらの実験条件を再現することにより、当業者であれば、低コストで多量のhTERT酵素を活性型で産生することができるであろう。典型的には、振盪フラスコ内で増殖させた酵母細胞1リットル当たり0.3mgの活性かつ可溶なhTERT酵素を回収することができる。
第1の態様では、本発明は、
a)ヌクレオチドベクターを含む酵母細胞を増殖させる工程であって、前記ベクターは、
・そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したマルトース結合タンパク質タグ(cMBP)、および
・テロメラーゼ逆転写酵素(TERT)タンパク質
を含む融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結された構成的プロモーターを含むことを特徴とする工程と、
b)工程a)の細胞の粗製タンパク質抽出物を調製する工程と、
c)必要であれば、前記抽出物のpHを6.0〜7.5の範囲内のpHに調整する工程と、
d)アミロース結合固体担体により融合タンパク質cMBP−TERTを精製する工程と、
を含む、可溶かつ活性なテロメラーゼ逆転写酵素(TERT)タンパク質の産生方法に関する。
本発明の方法を使用して、ヒトのテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)ならびにヒトのhTERTと相同な他の動物種由来のTERT酵素を産生することができる。
これらの非ヒトTERTタンパク質は、以下:
・出芽酵母のTERT(UniProt:Q06163)、
・分裂酵母のTERT(UniProt:O13339)、
・クルイベロミセス・ラクチスのTERT(ジェンバンク:CAH01870.1)、
・ピキア・パストリスのTERT(UniProt:F2QT80)、
・テトラヒメナ・サーモフィラのTERT(UniProt:O77448)、
・トラフグのTERT(UniProt:Q4KTA7)、
・メダカのTERT(NCBI:NP_001098286.1)、
・ハツカネズミのTERT(UniProt:O70372)、
・ドブネズミ(学名:Rattus Norvegicus)のTERT(UniProt:Q673L6)、
・ゼブラフィッシュのTERT(UniProt:A2THE9)、
・ハイイロオオカミ(学名:Canis lupus)のTERT(UniProt:Q6A548)、
・あるいは、当該技術分野において記載されているあらゆるTERTタンパク質、例えば、NCBIウェブサイト:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=telomerase+reverse+transcriptase上のタンパク質、
・ENSEMBLゲノムサーバ:www.ensembl.org/Multi/Search/Results?q=TERT;facet_feature_type=Gene上のタンパク質、
・またはUniprot:http://www.uniprot.org/uniprot/?query=tert&sort=scoreによって参照されるタンパク質、
からなる群から選択してもよい。
好ましい実施形態では、本発明は、
a)ヌクレオチドベクターを含む酵母細胞を増殖させる工程であって、前記ベクターは、
・そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したマルトース結合タンパク質タグ(cMBP)、および
・ヒトのテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)タンパク質
を含む融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結された構成的プロモーターを含むことを特徴とする工程と、
b)工程a)の細胞の粗製タンパク質抽出物を調製する工程と、
c)必要であれば、前記抽出物のpHを6.0〜7.5の範囲内のpHに調整する工程と、
d)アミロース結合固体担体により融合タンパク質cMBP−hTERTを精製する工程と、
を含む、可溶かつ活性なヒトのテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)タンパク質の産生方法に関する。
好ましくは、工程a)の細胞の粗製タンパク質抽出物を調製する工程を、酵母細胞の細胞内pHが5.8未満の値に到達する前、より好ましくは酵母細胞の細胞内pHが6.3未満の値に到達する前に行う。
好ましくは、工程c)では、前記抽出物のpHを6.3〜7.0の範囲内のpHに調整する。前記粗製タンパク質抽出物が工程b)の後に6.3〜7.0の範囲内のpHを有する場合には、この工程は不要である。
テロメラーゼ逆転写酵素(TERTまたはヒトにおけるhTERTと略す)は、テロメラーゼ酵素の触媒サブユニットである。このサブユニットは、テロメラーゼRNA成分(hTR)と共に、テロメラーゼ複合体の最も重要な成分である(Weinrich SL. et al, Nat. Genet. 1997)。具体的には、hTERTは、染色体テロメアのそれぞれの端部へのTTAGGG配列(配列番号5)の付加を触媒することに関与している。DNAの反復配列のこの付加により、複数回の複製周期後の染色体末端部の分解が防止される(Poole JC et al, Gene 2001)。hTERTは、例えば配列番号1(イソ型1、ジェンバンク受入番号:NP_937983.2)を有する。この酵素は逆転写酵素(RT)活性を示すRNA依存性DNAポリメラーゼであり、すなわちRNA鋳型からDNAを合成することができる。
本明細書中の「ヒトのテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)タンパク質」という用語は、配列番号1のhTERTタンパク質ならびにその変異体を指す。本発明の文脈における「hTERT変異体」は、配列番号1と少なくとも75%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%の配列同一性を共有し、かつ配列番号1の酵素と同じテロメラーゼ触媒活性を有するものとして定義される。
通常は、hTERT変異体は、100kDa〜150kDa、好ましくは100kDa〜130kDaの分子量を有する。それらはアミノ酸残基の内部欠失、挿入または保存的置換により、配列番号1のhTERTタンパク質とは異なり得る。そのような変異は、天然のスプライシング変異体において認められるものに対応し得る。好ましい変異体の例は欧州特許第0841396号に開示されている。触媒活性のhTERTタンパク質変異体の他の例は、文献に提供されている。テロメラーゼ活性にとって必要ではないリンカー領域L1およびL2が欠損している突然変異体については、Armbruster et al , Mol. Cell. Biol. 2001に記載されている。また、Banik SSR et al(Mol. Cell. Biol. 2002)は、hTERTの触媒活性に影響を与えることなく置換を許容する領域E−I〜E−IV間に突然変異を示す突然変異体について記載している。
「配列同一性」という用語は、アミノ酸配列間の同一性または一致の程度を指す。本発明の文脈では、2つのアミノ酸配列は、それらのアミノ酸の少なくとも75%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%が同一であれば、それぞれ少なくとも75%、好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%の同一性を有する。アミノポリペプチド配列の同一性は、NeedlemanおよびWunschのグローバルアルゴリズム(J.Mol.Biol. 1970)を用いて同定することが好ましい。
本明細書で使用されるhTERTタンパク質変異体は、前記hTERTタンパク質変異体が配列番号1の酵素と同じ逆転写酵素活性を有している場合、配列番号1のhTERTタンパク質と「同じテロメラーゼ触媒活性」を有する。より詳細には、これらの変異体は、配列番号1の酵素と同程度に多くの反復配列TTAGGG(配列番号5)を付加することによりDNAプライマーまたは染色体テロメアを伸長させることができるものでなければならない。逆転写酵素活性の測定方法は当該技術分野でよく知られている。それらのうちのいくつかは以下に開示されている。
好ましくは、「hTERTタンパク質」という用語は本出願で使用される場合、配列番号1のhTERTタンパク質そのものを指す。
本発明の方法で使用されるヌクレオチドベクターは、ヒトのテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む。当然のことながら、遺伝暗号の変性の結果として、前記ヌクレオチド配列は天然に生じるhTERT遺伝子の配列(NM_198253.2、配列番号2)を有する必要はない。事実、多数のポリヌクレオチドが、配列番号1のアミノ酸配列を有するhTERTタンパク質またはその変異体をコードする。hTERTタンパク質またはその変異体をコードするヌクレオチドをクローニングするための試薬および方法は、例えば欧州特許第0841396号に開示されている。特に、酵母発現のために最適化されているhTERTをコードするヌクレオチド配列を使用すると有利である。
本明細書で使用される、「ヌクレオチドベクター」という用語は、外来遺伝子のDNAまたはRNA配列を宿主細胞に導入することができる媒体を意味する。ヌクレオチドベクターとしては、例えばプラスミド、ファージおよびウイルスが挙げられる。酵母では、3種類のベクター、すなわち組み込みベクタープラスミド(YIp)、エピソームプラスミド(YEp)およびセントロメアプラスミド(YCp)を使用することができる。酵母における発現に適したベクターとしては、限定されるものではないが、pYepSec1、pMFa、pJRY88、pYES2(Invitrogen社、カリフォルニア州サンディエゴ)、PGAPZ(Invitrogen社)およびpTEF−MF(Dualsystems Biotech Product社)、pKLAC2(New England Biolabs社)が挙げられる。好ましくは、本発明のヌクレオチドベクターは組み込みプラスミド、すなわち生存および複製のために宿主染色体への組み込みに依存するプラスミドである。より好ましくは、このヌクレオチドベクターは組み込みプラスミドPGAPZ(Invitrogen社)である。
RNAまたは酵素などの発現産物を「コードする」配列は、発現されると前記RNAまたは前記酵素の産生を生じるヌクレオチド配列である。
本発明のベクターでは、hTERTまたはTERTタンパク質をコードするオープンリーディングフレームは、構成的プロモーターに機能的に連結されている。コード配列は、RNAポリメラーゼが前記コード配列をRNAに転写し、次いでこれをタンパク質に翻訳する際にその発現を制御するプロモーター配列「に機能的に連結」されている。
「プロモーター」は、そこから(すなわち、二本鎖DNAのセンス鎖の3’方向に)転写を開始することができるヌクレオチド配列である。プロモーター配列内には、転写開始部位(例えば、ヌクレアーゼS1によるマッピングにより好都合に見つけられる)ならびにRNAポリメラーゼの結合に関与するタンパク質結合ドメイン(コンセンサス配列)が存在する。プロモーターは構成的であってもよく(すなわち、それらは酵母細胞での全ての状況において活性であり、その機能的に結合された遺伝子の連続転写を可能にする)、あるいは誘導性であってもよい(すなわち、それらの活性は、規定の生物的もしくは非生物的因子の存在または不存在によって誘導される)。
本発明の方法で使用することができる酵母細胞は、好ましくは、出芽酵母、分裂酵母、クルイベロミセス・ラクチスおよびハンゼヌラポリモルファならびにピキア・パストリスおよびピキア・メタノリカのようなメチロトローフ酵母からなる群から選択される。好ましい実施形態では、本発明の方法で使用される酵母細胞はピキア・パストリス細胞である。
好ましくは本発明の遺伝子の発現を制御するために使用されるプロモーターは、酵母細胞において構成的に機能するプロモーターである。いくつかの構成的酵母プロモーターは、酵母宿主細胞においてタンパク質発現のために利用可能である。これらとしては、例えば、pCYCプロモーター、pAdhプロモーター、pSte5プロモーター、酵母ADH1プロモーター、cyc100最小プロモーター、cyc70最小プロモーター、cyc43最小プロモーター、cyc28最小プロモーター、cyc16最小プロモーター、pPGK1プロモーター、CLB1プロモーター、およびグリセルアルデヒド−3−リン酸脱水素酵素(GAPまたはGAPDH)プロモーターが挙げられる(これらのプロモーターの配列は、例えばhttp://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Yeast/Constitutiveに開示されている)。
好ましい実施形態では、本発明のヌクレオチドベクターは、GAPDHプロモーターを含む。このプロモーターは実際には、ピキア・パストリス酵母細胞において構成的に機能する。より好ましい実施形態では、前記GAPDHプロモーターは配列番号10を有する。
本発明のヌクレオチドベクターは、そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したマルトース結合タンパク質(MBP)タグをコードするヌクレオチド配列も必然的に含む。マルトース結合タンパク質(MBP)は、マルトデキストリンの取り込みおよび効率的な異化作用に関与する大腸菌のマルトース/マルトデキストリン系の一部である。それは多くのタンパク質が関わる複雑な輸送系である。そのN末端部分は、「ペリプラズムシグナルペプチド」(配列番号7)とも呼ばれるペリプラズム標的シグナルを含む。このシグナルペプチドは、MBPタンパク質の細菌細胞のペリプラズムへの搬出に関与している。
完全長MBPタグ(配列番号6)との融合を使用して、大腸菌において発現される組換えタンパク質の溶解性を増加させることが多い。また、組換えタンパク質の精製のための親和性タグとしてMBPを使用することができる。典型的には、MBPを含む融合タンパク質は、全ての他のタンパク質がアミロースカラムを流れている間にそこに結合する。カラムをマルトースで溶出することにより、これらの融合タンパク質を精製することができる。本発明では、MBPをhTERTまたはTERTの精製を促進するためのタグとして使用する。
過去の報告(Wu et al, Protein Expr. Purif. 2007)に反して、本発明者らは、hTERTタンパク質の細胞外搬出を低減することによりhTERT精製収率が高まることを示した。これは、融合タンパク質MBP−hTERT中のMBPのN末端ペリプラズム標的シグナルを除去することにより達成される。そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したMBPタグを以下「cMBP」と呼ぶ。cMBPは配列番号8を有することが好ましい。
好ましい実施形態では、本発明のヌクレオチドベクターは、hTERTタンパク質が細胞内に残存するように、酵母において機能する分泌シグナルを含んでいない。
従って、好ましい実施形態では、hTERTまたはTERTタンパク質は、配列番号8のマルトース結合タンパク質タグ(そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したマルトース結合タンパク質タグに対応する)でタグ付けされている。このcMBPタグは、例えばヌクレオチド配列番号9によってコードされる。
本発明の好ましい実施形態では、hTERTまたはTERTタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、cMBPタグをコードするヌクレオチド配列の5’に位置している。本発明の別の実施形態では、hTERTタンパク質またはTERTをコードするヌクレオチド配列は、cMBPタグをコードするヌクレオチド配列の3’に位置している。従って、本発明の融合タンパク質では、cMBPタグは、hTERTまたはTERT酵素のC末端またはN末端に位置していていもよい。cMBPタグは、hTERTまたはTERT酵素のN末端に位置していることが好ましい。
本発明の融合タンパク質は、cMBPタグに直接または間接的に連結されたhTERTまたはTERT酵素を含む。この2つのポリペプチドは、それらの間の立体障害を低減するスペーシング配列(すなわち「スペーサー」)によって特に分離されていてもよい。従って、好ましい実施形態では、本発明の融合タンパク質は、cMBPタグとhTERTまたはTERTタンパク質との間に位置するスペーサーを含んでいてもよい。従って、本実施形態では、本発明のヌクレオチドベクターは、hTERTまたはTERTおよびcMBPをコードするヌクレオチド配列間にスペーサーをコードするヌクレオチド配列を含む。このスペーサーは、例えば配列番号12または配列番号13を有する。
融合タンパク質cMBP−hTERTまたはcMBP−TERTが精製された形態で得られたら、対象のタンパク質hTERTまたはTERTをcMBPタグから分離すると有利であり得る。本発明の融合タンパク質がcMBPタグとhTERTまたはTERTタンパク質との間に位置するプロテアーゼ切断部位を含む場合、特異的プロテアーゼによりこの分離を達成することができる。
有利なことに、本発明のヌクレオチドベクターは、公知のプロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列をさらに含むことができる。このヌクレオチド配列は、マルトース結合タンパク質タグをコードする配列とhTERTまたはTERTタンパク質をコードする配列との間に位置することが好ましい。
プロテアーゼ切断部位は当該技術分野でよく知られている。それらは、少なくとも1種のプロテアーゼ酵素(例えば、特にセリンプロテアーゼまたはシステインプロテアーゼ)によって認識されるアミノ酸配列である。ペプチド切断部位の例は配列番号16(Asp Asp Asp Asp Lys/Asp)のエンテロキナーゼ切断部位である。エンテロキナーゼは、配列のC末端における切断により不活性なトリプシノーゲンを活性なトリプシンに、すなわちVal−−(Asp)−−Lys−−Ile−−Val〜(トリプシノーゲン)をVal−−(Asp)−−Lys(ヘキサペプチド)+Ile−−Val〜(トリプシン)に変換することが知られているセリンプロテアーゼ酵素(EC3.4.21.9)である。エンテロキナーゼは、Lysの前に4つのAspがあり、かつプロリン残基がその後ろにない場合にリジンの後ろを切断する。別の有用なプロテアーゼ切断部位は、アミノ酸配列番号14または配列番号15(Glu Asn Leu Tyr Phe Gln GlyまたはSer)を有する、いわゆる「TEVプロテアーゼ」切断部位である。TEVプロテアーゼは、核内封入体(タバコエッチウイルスによってコードされるタンパク質)の27kDaの触媒ドメインの一般的な名前である。これは市販されている(Invitrogen社)。
好ましい実施形態では、本発明のベクターは、マルトース結合タンパク質タグをコードする配列とhTERTまたはTERTタンパク質をコードする配列との間に位置するTEVプロテアーゼ切断部位(配列番号14または配列番号15)をコードする配列を含む。
本明細書で使用される「cMBP−hTERT」または「cMBP−TERT」という用語は、「本発明の融合タンパク質」という表現と同義で使用される。それらは、全てのそれらの可能な空間的定位におけるhTERTまたはTERTポリペプチド配列またはその変異体と、そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したマルトース結合タンパク質タグとを含む融合タンパク質(hTERT−cMBPまたはcMBP−hTERT)を指し、この融合タンパク質の2つの部分は、スペーサーおよび/またはプロテアーゼ切断部位によって任意に分離されている。
より好ましい実施形態では、本発明の方法で使用されるヌクレオチドベクターは、融合タンパク質cMBP−TEV−hTERTまたはcMBP−TERTをコードするヌクレオチド配列に機能的に連結されたGAPDHプロモーターなどの酵母において機能する構成的プロモーターを含む。
特定の実施形態では、ヌクレオチドベクターは、融合タンパク質cMBP−hTERTまたはcMBP−TEV−hTERT(配列番号17)(あるいはhTERT−cMBPまたはhTERT−TEV−cMBP)をコードするヌクレオチド配列に機能的に結合されたGAPDHプロモーターを含む組み込みプラスミドPGAPZ(Invitrogen社)である。このベクターは配列番号18を有する。
本発明の発現ベクターを、当該技術分野で知られている任意の方法によって本発明の酵母細胞に導入してもよい。好ましくは、前記ベクターは酵母細胞に形質転換されている。いくつかの形質転換方法が当業者に知られている。それらとしては、酢酸リチウムを用いた形質転換法、スフェロプラスト法、電気穿孔法などが挙げられる。
本明細書中の「形質転換」という用語は、酵母宿主細胞が、導入された核酸によってコードされたタンパク質を発現するような、規定のタンパク質をコードする異種核酸の前記細胞への導入を意味する。導入された核酸を受け取って発現する宿主細胞は「形質転換」されている。
その後、融合タンパク質の発現が可能になるように、形質転換された酵母細胞を増殖させる。酵母細胞の増殖のために従来通りに使用される培地が本明細書では推奨される。当業者は、広範に記載されているこれらの培地についてよく知っている。
好ましい実施形態では、発現実験のために使用される形質転換された酵母細胞を、アガロースペトリ皿(例えば、1.5%寒天、1%酵母抽出物、2%ペプトン、硫酸アンモニウムを含む0.2%酵母窒素原基礎培地、2%デキストロースを含む)上で予め増殖させておく。より好ましくは、この前培養工程を1〜2日間継続する。興味深いことに、この前培養工程は、精製された酵素の比活性および安定性を高め、かつ夾雑RNAレベルの低下も引き起こす。
別の好ましい実施形態では、形質転換された酵母細胞を少なくとも0.5%、より好ましくは1%、さらにより好ましくは少なくとも2%の酵母抽出物を含む栄養培地で増殖させる。前記栄養培地は、炭素源(グルコースなど)および塩(NaHPOなど)も含んでいてもよい。グルコースは約2〜8%、好ましくは4%の量で前記栄養培地中に存在してもよい。NaHPOは、約10〜300mM、好ましくは約50〜200mM、より好ましくは100mMの量で前記栄養培地中に存在してもよい。栄養培地の最初のpHは好ましくは6.0〜7.0の範囲内である。さらに、酵母細胞は、15℃〜35℃、好ましくは27℃〜30℃の範囲内の温度で増殖させることが好ましい。
これらの条件で形質転換された酵母細胞を増殖させることにより、それらの細胞内pHはゆっくりと低下する。さらに、重要なことに、機械的剪断後に測定される酵母細胞の細胞内pHを5.8未満、好ましくは6.3未満の値に低下させてはいけない。言い換えると、それらの細胞内pHが約5.8以上、好ましくは約6.3以上である間は酵母細胞を栄養培地で増殖させる。細胞内pHの測定方法は当該技術分野でよく知られている(概説についてはLoiselle FB and Casey JR, Methods Mol. Biol. 2010を参照)。例えば、酵母細胞を低温(典型的には4℃)の冷水に溶解させ、かつpHメータで上澄みのpHを測定することにより、細胞内pHを測定することができる。
なお、この臨界pH値は指数増殖の終了後すぐに、すなわち定常増殖期の開始時に到達する。実際には、6.3/5.8の臨界細胞内pH値(細胞溶解後に測定)は、酵母含有培養物の600nm(OD600)での光学濃度が11〜16、好ましくは12〜15(例えばエッペンドルフ(Eppendorf)分光光度計で測定した場合)の範囲内である場合に到達することが本発明者らによって観察された。
細胞増殖中に、cMBP−hTERTまたはcMBP−TERT融合タンパク質は発現され、分泌することなく酵母細胞内に蓄積する。細胞内に蓄積されたcMBP−hTERTまたはcMBP−TERT融合タンパク質を放出させるために酵母細胞を溶解すると有利である。この溶解工程b)は、形質転換された細胞の細胞内pHが5.8、好ましくは6.3に到達する前に行わなければならない。特定の実施形態では、形質転換された細胞の細胞内pHが6.3に到達したらすぐに、この溶解工程b)を行わなければならない。
好ましい実施形態では、工程b)において酵母細胞を水性溶液中に溶解する。より好ましい実施形態では、前記水性溶液は塩および界面活性剤を含まない。さらにより好ましい実施形態では、前記水性溶液は純水である。特に好ましい実施形態では、前記水性溶液はどんなプロテアーゼ阻害剤も含有していない。本発明者らは、驚くべきことに、hTERTまたはTERTタンパク質は最適化された培養条件ではタンパク質分解に対して敏感ではなく、かつプロテアーゼ阻害剤は必要ではないことを実際に観察した。これにより、本発明のプロセスは先行技術の精製手順よりも高価にならない。
溶解工程b)を、好ましくは低温、すなわち0℃〜10℃の範囲内の温度(典型的には4℃)で達成する。
好ましい実施形態では、任意の従来の手段によって細胞溶解を行う。例えば、加圧型細胞破砕装置などの任意の物理的手段を用いて酵母細胞壁を機械的に破壊することが好ましい。あるいは、専用のガラスビーズを酵母細胞を含む水性溶解溶液に添加してもよく、その後に前記混合物を例えば5〜15分間、好ましくは10分間激しくボルテックスで撹拌する。適当な速度(例えば、3000g/10分間、次いで必要に応じて10000g/15分間)で混合物を遠心分離することにより、細胞画分(細胞残屑および大きな細胞小器官など)およびガラスビーズを破棄できると有利である。細胞溶解および遠心分離を低温、すなわち0℃〜10℃の範囲内の温度(典型的には4℃)で達成しなければならない。
cMBP−hTERTまたはcMBP−TERT融合タンパク質を含有する粗製タンパク質抽出物は、酵母細胞を含有する水性溶液の低温での遠心分離によって得ることができる。本明細書中の「粗製タンパク質抽出物」は、細胞内タンパク質、例えば融合タンパク質cMBP−hTERTまたはcMBP−TERTを含み、かつ細胞壁の画分または残屑および大きな細胞小器官をほとんど含まない溶液画分に対応する。
当業者は、対象のhTERTタンパク質の量または活性を変えることなく細胞画分(細胞残屑および大きな細胞小器官など)の全てを効率的に除去するために使用することができる適当な遠心分離条件を十分に心得ている。遠心分離速度は典型的に、3,000g〜20,000gの範囲内である。可溶なタンパク質などの非圧縮粒子は、大部分が「上澄み」と呼ばれる液体中に残留し、それを別の管に移すことによりタンパク質を細胞画分から分離することができる。次いで、この上澄みをさらなる精製工程のために使用する。
本発明の方法は、6.0〜7.5の範囲内のpH、好ましくは6.3〜7.0の範囲内のpHに到達させるために、溶解した細胞を含有する水性溶液のpHを上昇させる工程(工程c)をさらに必要とする場合もある。このpHの上昇は、好ましくは工程b)の後に得られた粗製タンパク質抽出物において達成される。但し、細胞画分を除去する前にpHを上昇させることもできる。前記粗製タンパク質抽出物が6.0〜7.5、より好ましくは6.3〜7.0の範囲内のpHを既に有している場合には、この工程は不要である。
本発明者らは、hTERT含有試料のpHをこの範囲内に維持することで、精製プロセスの終了時に多量の活性なhTERTタンパク質の回収が支援されることを実際に観察した。任意の塩基性緩衝液を使用してこのpHの上昇を達成してもよい。タンパク質抽出方法で通常利用される緩衝液としては、例えばトリス緩衝液(1M、pH8.0)、HEPES、リン酸緩衝液またはMOPS緩衝液が挙げられる。
親和性精製により、cMBP−hTERTまたはcMBP−TERT融合タンパク質を容易に精製することができる。好ましくは、この工程で使用される緩衝液は、6.0〜7.5の範囲内のpH、より好ましくは6.3〜7.0の範囲内のpHを有する(図1K)。
リボヌクレアーゼA(例えば、1mLの抽出物当たり10μgのFermentas社製ウシ膵臓リボヌクレアーゼA)などのリボヌクレアーゼをこの工程で任意に添加して夾雑RNAのレベルを低下させていもよい。但し、内因性酵母RNAによりhTERTの安定性および溶解性を高めた場合(実施例2.8および図5を参照)、放出されたRNAを分解するがRNP中のhTERTと堅く結合された酵母RNAを除去しないという理由から、ベンゾナーゼおよびミクロコッカス・ヌクレアーゼ(Mnase)が好ましい(図4Bを参照)。
親和性精製では、固体担体に固定化されたリガンドとの結合相互作用の差に基づいて粗製タンパク質抽出物に含まれるcMBP−hTERTまたはcMBP−TERTタンパク質の分離を行う。前記リガンドは固体担体に共有結合されているが、融合タンパク質には非共有結合的に結合されている。従って、融合タンパク質を当該技術分野でよく知られている特異的溶出条件において固体担体から溶出させてもよい。
好ましくは、本発明では固体担体に共有結合されるリガンドは、MBPおよびcMBPに非共有結合させることができるアミロースである。アミロースは、D−グルコース単位を含む直鎖状ポリマーである。これは、MBPでタグ付けされた融合タンパク質を精製するために一般に使用されている(pMAL(商標)タンパク質融合&精製システム、New England Biolabs社)。
本発明の方法の精製工程で使用される固体担体は、アミロースを共有結合させることができる任意の材料である。有用な固体担体は、高い表面積:体積の比、リガンドの共有結合のために容易に修飾される化学基、最小の非特異的結合特性、良好な流動特性および機械的/化学的安定性を有するものである。好ましい実施形態では、本発明の方法で使用される固体担体は、親和性マトリックスおよびビーズからなる群から選択される。典型的には、それらはアガロース、セファロース、セルロース、デキストラン、ポリアクリルアミド、ラテックスおよびガラスで作られている。また、多孔性担体(例えば、糖もしくはアクリルアミド系ポリマー樹脂またはゲル)および磁気担体(例えば磁気ビーズ)を使用してもよい。
好ましい実施形態では、本発明の方法の精製工程d)は、アミロース結合アガロースビーズを使用する。アミロース結合アガロースビーズは、例えばNew England Biolabs社(NEB)によって市販されている。
次いで、前記抽出物中に存在するcMBP−hTERTまたはcMBP−TERTタンパク質が固体担体に非共有結合された状態になるように、粗製タンパク質抽出物をリガンド結合固体担体と接触させる。当業者は、この結合を促進する実験条件をよく知っている。典型的には、接触を30分間、好ましくは1時間続けてもよい。この工程は低温で行うことが好ましい。
次いで、固体担体を適当な洗浄緩衝液で洗い流して未結合成分を除去すると有利である。これらの洗浄緩衝液のpHは6.0〜7.5、より好ましくは6.3〜7.0の範囲内であると有利である。従って、好ましい実施形態では、本発明の方法の工程d)は、固体担体を6.0〜7.5、好ましくは6.3〜7.0の範囲内のpHを有する緩衝液で洗浄する工程を含む。本発明者らは、これらの緩衝液のpHをこの範囲に維持することにより、精製プロセスの終了時に多量の活性なhTERTまたはTERTタンパク質の回収が支援されることを実際に観察した。
洗浄緩衝液は、非特異的結合(例えばイオン結合)相互作用を防止するために高レベルの1種以上の塩を含有していてもよい。高塩緩衝液は、典型的にKCl、MgCl、NaClおよび/またはリン酸ナトリウム、より詳細には400mM〜800mMのNaClおよび5mM〜20mMのリン酸ナトリウムを含有する。好ましい高塩緩衝液は、600mMのNaClおよび10mMのモノリン酸ナトリウムを含有する。
好ましい実施形態では、固体担体を最初に上に定義した高塩緩衝液で洗い、次いで塩非含有緩衝液で洗う。これらの従来の工程は、固体担体に非特異的に結合された全ての夾雑分子を効率的に除去するために必要である。
塩非含有緩衝液としては、例えばトリス(pH7.0、10mM)、HEPES(例えば10mM)、MOPS緩衝液などが挙げられる。
マルトースをこの系に添加することにより、本発明の融合タンパク質をさらに溶出させた。これにより、cMBP−hTERTまたはcMBP−TERT融合タンパク質を固体担体から溶出させて融合タンパク質を回収することができる。実際のところ、マルトース−タンパク質がアミロースと競合して、融合タンパク質の放出を促進してもよい。
マルトースを含有する従来の溶出緩衝液を使用してもよい。好ましい実施形態では、前記溶出緩衝液は、NaCl、KClおよび/またはMgClなどの塩を含有する。これは5mM〜30mMのHEPESを含んでいてもよい。より好ましい実施形態では、前記溶出緩衝液は、100mM〜200mMのKCl、1mM〜5mMのMgCl、5mM〜30mMのHEPES、40mM〜80mMのマルトースを含有し、かつ6.5〜7.5の範囲内のpHを有する。さらにより好ましい実施形態では、前記溶出緩衝液は、130mMのKCl、2mMのMgCl、10mMのHEPES、50mMのマルトースを含有し、かつ約7.0のpHを有する。
溶出された画分は典型的に、約300ng/μLの活性かつ可溶なcMBP−hTERTまたはcMBP−TERTタンパク質を含有する。本発明の方法は、再現性良くかつ低コストで少なくとも100μg/Lの実質的に純粋かつ活性なhTERTまたはTERT酵素を得ることができる最初の方法である。
好ましい実施形態では、hTERTまたはTERTは、プロテアーゼを溶出された画分に添加することによりMBPタグを切断して外す。前記プロテアーゼは前記融合タンパク質に対してのみ活性であり得、前記融合タンパク質は、融合タンパク質の2つの部分の間に位置する前記プロテアーゼによって認識される切断部位を含むことは明らかである。例えば、TEVプロテアーゼ切断部位をコードする配列がhTERTまたはTERTタンパク質およびcMBPタグをコードするヌクレオチド配列間に付加されている場合、有利なことに溶出された画分中にTEVプロテアーゼを添加することにより2つのポリペプチドの分離が得られる。これらのプロテアーゼの使用については過去に記載されており、市販のキットが利用可能である(Invitrogen社)。
本発明者らは、上記発現および精製方法を適用することにより、精製収率が約50%になることを示した。従って、hTERTまたはTERTタンパク質は溶出された画分中に存在する主要なタンパク質である。言い換えると、これは、溶出された画分がhTERTまたはTERT以外の分子を50%のみ含有することを意味する。
本発明の方法により回収された融合タンパク質およびcMBPタグの切断後に回収されるhTERTまたはTERTタンパク質は活性であることが重要である。すなわち、それらはテロメア反復配列の合成のための鋳型を含むテロメラーゼRNA成分(TR)の存在下で有意なテロメラーゼ活性、より詳細には有意な逆転写酵素(RT)活性を示す。好ましい実施形態では、それらは、配列番号1の天然のhTERT酵素がヒトのテロメラーゼRNA(hTR)の存在下で示すものと同じ逆転写酵素(RT)活性を示す。別の好ましい実施形態では、それらは天然の非ヒトTERT酵素がその対応する非ヒトテロメラーゼRNA(TR)の存在下で示すものと同じ逆転写酵素(RT)活性を示す。TR配列は当該技術分野でよく知られている。それらは、例えばNC_001134.8(出芽酵母S288cのTR)、NC_006038.1(クルイベロミセス・ラクチスNRRLY−1140のTR)、NC_000069.6(ハツカネズミのTR)、EF569636.1(ゼブラフィッシュ(学名:Danio rerio)のTR)などとして参照番号が付されている。
本発明のタンパク質の活性は、任意の従来のアッセイによって評価することができる。典型的には、これらのアッセイはTRの存在下で行う。このTRは、例えば配列番号4(ジェンバンク:U86046.1)またはその他の生物種におけるその相同な配列を有する。これらのアッセイのうちのいくつかを以下に簡単に説明する。
最初に、PCRを用いたテロメア反復配列増幅手順(TRAPアッセイ)を使用することができる(Kim et al. NAR 1997)。TRAPアッセイは、試験されるhTERTまたはTERTタンパク質の調製、および生体外で転写されたTR、プライマーおよびdNTPの添加を含んでもよい(以下の実施例を参照)。hTERTタンパク質またはTERTまたはその変異体が酵素的に活性であれば、添加されたプライマーは伸長し、かつ反応産物(鋳型)はPCRによって増幅される。この技術は非常に高感度であるが、定性的評価しか提供することができない。定量的分析のために、コンピュータプログラムを用いた濃度測定によりX線フィルム中に現れる6bpのラダーの面積または強度を測定することができる。市販のキットでは試料処理時間の短縮と共に高感度が得られ、多くの試料においてテロメラーゼ活性の検出を高めることができる。hTERTまたはTERTタンパク質および/またはその変異体の酵素的な逆転写酵素活性を測定するための別の定量的方法は、プライマー伸長アッセイである。このアッセイでは、プライマー配列に対して合成されたポリヌクレオチド内に組み込まれた放射性ヌクレオチドの量を測定する。放射性産物が分離されるゲルに露光されたホスホイメージャースクリーン上のバンドの強度の関数として、組み込まれた量を測定する。ホスホイメージャースクリーン上で目視によってテスト実験および対照実験を比較することができる。このアッセイはMorin, G. B., Cell, 1989によって記載されているアッセイに基づく。hTERTタンパク質および変異体の逆転写酵素活性を評価するための別のアッセイは、ドットブロットアッセイである。
ドットブロットアッセイは、ハイスループットを有し、かつ大抵の場合は自動的に1日に何百回ものアッセイを実施することができるため、日常的なスクリーニングにとって有用である。2日目の午後までには結果の入手が可能である。最後に、いつくかの感受性の高い直接的なテロメラーゼ活性アッセイが提案されている(Cohen SB. et al, Nat. Methods, 2008, Capital Biosciences社のHoudini(商標))。
必須ではないが、例えば、ゲル濾過、グリセリン勾配濾過または限外濾過により、さらなる精製工程を達成してもよい。
本発明のhTERT/TERTタンパク質の特性評価
本発明の方法により、MBPでタグ付けされたhTERTまたはTERT酵素を産生することができる。興味深いことに、MBPは先天免疫に関与することが知られているため、本発明の方法により得られるMBPでタグ付けされたhTERTまたはTERT酵素をワクチン組成物などに使用することができる。この場合、MBPタグの切断は不要であり、本発明の方法は先行技術の精製方法よりもはるかに実施が容易である。
以下の実施例に示すように、本発明の方法により、hTERTを酵母細胞において発現させた場合、精製された可溶かつ活性なhTERTタンパク質を得ることができる。本発明者らは、酵母細胞で産生されたhTERTが、酵素を可溶化および安定化することができる酵母内因性RNA(図4)と同時精製されることを観察した。図5に示すように、本発明によって得られるhTERTタンパク質は、外から加えられたリボヌクレアーゼを含有する試料中では凝集するが、未処理試料中では凝集しない。より詳細には、リボヌクレアーゼAの存在下で精製した場合、本発明の方法によって得られるhTERT酵素は4℃での24時間の貯蔵後に活性が低下していたが、未処理hTERTは活性を喪失することなく(データは示さず)同じ条件で少なくとも48時間貯蔵することができることが観察された。従って、内因性酵母RNAは本発明の方法によって得られるhTERTに結合し、かつhTERTタンパク質の安定化に関与していると思われる。
故に、本発明の方法により得られるhTERTまたはTERTタンパク質は、酵母RNAに結合するという点で先行技術よりも特有の特徴を有する。本発明者らの結果によれば、この結合は安定化を誘導し、かつhTERT酵素の溶解性を長期間維持する。
従って、本明細書で使用される「本発明のTERTタンパク質」という用語は、本発明の方法によって得られた、すなわち酵母において得られたヒトのTERT(hTERT)タンパク質またはあらゆる他の動物TERTタンパク質に関する。上に説明したように、本タンパク質は、
・酵母RNAに結合させることができ、
・MBPタグに融合させることができ、
・どんな変性剤または界面活性剤も含まない産生プロセスで得られた、
という特有の特徴を含む。
本発明は、本発明のTERTタンパク質を含むあらゆる組成物に関する。
上に説明したように、本発明のTERTタンパク質を含有する組成物は、分泌シグナルを含まずMBPタグを含むという点で、先行技術に記載されているものとは異なり得る。
さらに、本発明のTERTタンパク質を含有する組成物は、酵母RNAを含有するという点で(リボヌクレアーゼ処理を使用しなかった場合)、先行技術に記載されているものとは異なり得る。
最後に、これらの組成物は、どんな界面活性剤または変性剤も含有しておらず、それらを微量にも含有していないという点でも、先行技術に記載されているものとは異なり得る。実際のところ、先行技術の方法とは異なり、本発明の方法は、本発明の可溶かつ活性なTERTタンパク質の産生および/または精製プロセスの間に、どんな界面活性剤または変性剤の使用も必要としない。
好ましい実施形態では、本発明は、Triton X-100、IGEPAL CA-630 (Nonidet P-40)、デオキシコール酸ナトリウム、Tween20、CHAPS、ドデシル硫酸ナトリウムまたはMEGA−9からなる群から選択されるどんな界面活性剤または変性剤も含まない本発明のTERTタンパク質を含有する組成物に関する。
より好ましい実施形態では、本発明は、どんな界面活性剤または変性剤も含まない、リボ核タンパク質複合体中の酵母RNAに結合された、精製された可溶かつ活性なTERTタンパク質を含む組成物に関する。
好ましい実施形態では、本発明は、Triton X-100、IGEPAL CA-630 (Nonidet P-40)、デオキシコール酸ナトリウム、Tween20、CHAPS、ドデシル硫酸ナトリウムまたはMEGA−9からなる群から選択されるどんな界面活性剤または変性剤も含まない、本発明のMBPでタグ付けされたTERTタンパク質を含有する組成物に関する。
好ましい実施形態では、本発明は、酵母RNAに結合された、本発明のMBPでタグ付けされたTERTタンパク質を含有する組成物に関する。
本発明の組成物は、医薬組成物または実験的アッセイにおいて生体外で使用される組成物であってもよい。
特に、これらの組成物はワクチン組成物であってもよい。あるいは、これらを例えば結晶学によってTERT構造を分析するための実験道具として使用してもよい。
本発明のTERTタンパク質の治療的使用
本発明のTERTタンパク質をいくつかの用途で使用することができる。
第2の態様では、このように精製した本発明の組換えTERTタンパク質を使用して、細胞においてテロメラーゼ活性を生成するか上昇させ、その増殖能を高めることができる。例えば、テロメア長を増加させる皮膚の線維芽細胞におけるTERTタンパク質の発現により線維芽細胞の増殖能を高め、そのような発現により年齢依存的な創傷閉鎖の低下を遅らせたり改善したりすることができる(例えば、West, Arch. Derm. 1994を参照)。
従って、本態様では、本発明は、細胞におけるヒトのテロメラーゼ活性の欠如を特徴とする疾患および病気を治療するのに有用な試薬および方法を提供する。これらの疾患としては、以下により完全に記載するように、特に細胞老化に関連する疾患(特に加齢疾患)および不妊症が挙げられる。
従って、一態様では、本発明は、安定化化合物、希釈剤、担体または別の有効成分もしくは薬剤と任意に組み合わせた、本発明のTERTタンパク質を含有する薬学的に許容される組成物に関する。
好ましい実施形態では、これらの医薬組成物に使用される本発明のTERTタンパク質はさらにMBPタグに連結されている。別の好ましい実施形態では、これらの医薬組成物に使用される本発明のTERTタンパク質は、リボ核タンパク質複合体中の酵母内因性RNAにさらに結合されている。別の好ましい実施形態では、これらの医薬組成物は、どんな界面活性剤または変性剤も含有しておらず、それらを微量にも含有していない。
あらゆる好適な薬学的に許容される担体を本発明の組成物に使用することができ、そのような担体は当該技術分野でよく知られている。担体の選択は、組成物が投与される特定の部位および本組成物を投与するために使用される特定の方法によってある程度決まる。注射に適した製剤としては、水性および非水性溶液、抗酸化剤、緩衝液、静菌薬および製剤を目的のレシピエントの血液と等張させる溶質を含有することができる等張性無菌注射溶液、ならびに懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤および防腐剤を含むことができる水性および非水性無菌懸濁液が挙げられる。これらの製剤をアンプルおよびバイアルなどの単位用量または複数回用量密封容器に入れて提供することができ、使用の直前に無菌の液体担体、例えば水の添加のみを必要とするフリーズドライ(凍結乾燥)条件に貯蔵することができる。先に記載した種類の無菌粉末、顆粒および錠剤から即時注射溶液および懸濁液を調製することができる。
特に、本発明は、細胞老化に関連する疾患(特に加齢疾患)および不妊症などのヒトのテロメラーゼ活性の欠如を特徴とする疾患および病気を治療するために使用される、本発明のTERTタンパク質を含有する医薬組成物に関する。
また、本発明は、細胞老化に関連する疾患(特に加齢疾患)および不妊症などのヒトのテロメラーゼ活性の欠如を特徴とする疾患および病気の治療を目的とした医薬組成物の調製のための本発明のTERTタンパク質の使用に関する。
ある種の加齢疾患は、テロメア長の減少および複製能の低下を引き起こす細胞におけるテロメラーゼ活性の欠如(またはそのレベルが非常に低いこと)により生じる、テロメア長の減少(より若い細胞と比較)を起因とする細胞老化に伴う変化を特徴とする。細胞老化に伴う病気としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病および脳卒中、外皮の加齢性疾患、例えば、真皮の萎縮、弾力線維分解や皮膚のしわ、皮脂腺過形成、老人性黒子、白髪や脱毛、慢性皮膚潰瘍および加齢性創傷治癒障害、変形性関節症、骨粗鬆症、加齢性免疫系機能障害(例えば、BおよびTリンパ球、単球、好中球、好酸球、好塩基球、NK細胞およびそれらのそれぞれの前駆細胞などの細胞が関与)、加齢性血管系疾患、例えば、アテローム性動脈硬化症、石灰化、血栓症および動脈瘤、糖尿病、筋萎縮、呼吸器疾患、肝臓および消化管の疾患、代謝性疾患、内分泌疾患(例えば、脳下垂体および副腎の疾患)、生殖系疾患ならびに加齢性黄斑変性症が挙げられる。
本発明は、不妊症を治療するのに有用な方法および組成物も提供する。ヒトの生殖細胞(例えば、精原細胞、それらの前駆細胞または子孫細胞)は、無限増殖を可能にし、かつ高いテロメラーゼ活性を特徴とする。TERTタンパク質の異常なレベルまたはレベルの低下により、例えば精子の不適切または異常な産生が生じて、不妊症すなわち生殖障害が生じる可能性がある。従って、テロメラーゼレベルを上昇させるために本明細書に記載されている方法および組成物を用いて「テロメラーゼ系」不妊症を治療することができる。本発明の方法および試薬は、治療的介入前に低レベルのテロメラーゼを発現するかテロメラーゼを発現しない幹細胞においてテロメラーゼ活性および増殖能を上昇させるのにも有用である。
細胞においてTERTタンパク質レベルを上昇させてテロメア長を増加させ、それにより複製能を回復させるかより高い複製能を細胞に付与することにより、これらの疾患および病気を治療することができる。生体外で培養された細胞または生体内の細胞に対してそのような方法を実施することができる。一実施形態では、テロメラーゼを活性化させ、かつテロメアを長くするためにこれらの細胞を生体外でTERTタンパク質に接触させ、次いで、前記細胞をそれを必要としている対象に投与する。例えば微量注入または当該技術分野で知られている他の手段によって、触媒活性のTERTポリペプチドを細胞または組織に導入することができる。
本発明のTERTタンパク質のワクチン接種使用
別の態様では、本発明のTERTタンパク質は、患者における抗TERT免疫応答を誘導するために使用(すなわち、ワクチンとして作用)することができる。ワクチン接種を受けると、個体または動物は、高レベルのテロメラーゼを発現している細胞(例えば悪性細胞)に対する免疫応答の増加を誘発する。
従って、別の態様では、本発明は、例えば癌に罹患している対象において抗TERT免疫応答を誘導するために使用されるワクチン組成物に関する。
また、本発明は、対象において抗TERT免疫応答を誘導することを目的とした免疫原性ワクチンを調製するための本発明のTERTタンパク質の使用に関する。特に、免疫原性ワクチンは癌に罹患している患者に投与することを目的としている。
好ましい実施形態では、これらのワクチン組成物に使用される本発明のTERTタンパク質はさらにMBPタグに連結されている。別の好ましい実施形態では、これらのワクチン組成物に使用される本発明のTERTタンパク質は、リボ核タンパク質複合体中の酵母内因性RNAにさらに結合されている。
別の好ましい実施形態では、これらのワクチン組成物はどんな界面活性剤または変性剤も含有していない。
本発明のTERTタンパク質によるテロメラーゼ阻害剤のスクリーニング
あるいは、本発明のTERTタンパク質は、様々な薬物スクリーニング技術のいずれかにおいて治療用化合物のスクリーニングのために使用することができる。そのような試験で用いられる本発明のTERTタンパク質は、溶液中に遊離していてもよく、固体担体に固定されていてもよく、細胞表面に支持されていてもよく、あるいは細胞内に位置していてもよい。TERTタンパク質と試験されている薬剤との結合複合体の形成は、EMSA、ゲル濾過またはグリセリン勾配によって検出してもよい。
特定の実施形態では、本発明のスクリーニング方法は、特に、i)酵素活性部位に結合する調節剤、ii)テロメラーゼ結合タンパク質(HSP90、HSP70、Dyskerin、Pontinなど)、ヌクレオチドまたはテロメアのDNAによりTERTとそのRNA部分との結合を阻害する調節剤、iii)酵素複合体の分離を促進する調節剤、iv)テロメアDNAの合成を妨害する調節剤、あるいはv)酵素の処理能力に影響を与える調節剤を単離することができる。
一実施形態では、本発明は、テロメラーゼ複合体の拮抗薬を同定するための生体外アッセイに関する。これらの拮抗薬は、例えばペプチド(構造的模倣剤など)、ポリペプチド(TERTまたはテロメラーゼ結合タンパク質のドミナントネガティブ突然変異体など)、小さい化学分子(天然もしくは合成)、オリゴヌクレオチド(TERTもしくはTRに結合するDNAもしくはRNAオリゴヌクレオチド(例えばアプタマー)など)または抗体である。
これらのアッセイは、本発明のTERTタンパク質を試料中の試験化合物に接触させる工程と、この試験化合物が試料中のテロメラーゼ活性に影響を与えるか否かを判定する工程とを含む。通常は、この判定は、試料中のテロメラーゼ活性を試験化合物を含有しない試料のテロメラーゼ活性と比較する工程を含む。
効率的なテロメラーゼ阻害剤の同定方法は、
・試料中で本発明のTERTタンパク質、テロメラーゼRNA(TR)および候補阻害剤を接触させる工程と、
・試料のテロメラーゼ活性を試験する工程と、
を含む。
好ましくは、テロメラーゼ構築阻害剤である効率的なテロメラーゼ阻害剤の同定方法は、
a)試料中で本発明のTERTタンパク質および候補阻害剤を接触させる工程と、
b)テロメラーゼRNA(TR)を添加する工程と、
c)試料のテロメラーゼ活性を試験する工程と、
を上記順序で含む。
別の好ましい実施形態では、テロメラーゼ触媒阻害剤である効率的なテロメラーゼ阻害剤の同定方法は、
a)試料中で本発明のTERTタンパク質およびテロメラーゼRNA(TR)を接触させる工程と、
b)候補阻害剤を添加する工程と、
c)試料のテロメラーゼ活性を試験する工程と、
を上記順序で含む。
好ましくは、候補阻害剤を含有する試料中のテロメラーゼ活性が低いか存在しない場合にこの候補阻害剤を選択する。
好ましい実施形態では、前記スクリーニング方法は、候補阻害剤の不存在および存在下でテロメラーゼ活性を比較する工程を必要とする。この場合、前記阻害剤の不存在下で試料中で測定したテロメラーゼ活性と比較した場合に、候補阻害剤の存在下で試料中で測定したテロメラーゼ活性が少なくとも50%、より好ましくは少なくとも70%、さらにより好ましくは少なくとも90%低下している場合にこの候補阻害剤を選択する。
別の好ましい実施形態では、前記スクリーニング方法は、テロメラーゼ活性アッセイのPCR工程に対する候補阻害剤の影響の評価を含む。この場合、テロメア伸長前に候補阻害剤を添加した場合にテロメラーゼ活性が影響を受けるがテロメア伸長後に候補阻害剤を添加した場合に影響を受けない場合にこの候補阻害剤を選択する。
試料のテロメラーゼ活性をアッセイするための実験条件については過去に記載されている。テロメラーゼ複合体の活性を測定するために使用される古典的なアッセイは、例えば、TRAPアッセイ、ドットブロットアッセイまたは直接テロメラーゼ活性アッセイであり、これらについては上に記載されている。正確な手順は以下の実施例に詳細に記載されている。
好ましくは、本発明のTERTタンパク質および鋳型RNA(例えば、配列番号4のhTR)を含む、生体外で再構成されるリボ核タンパク質複合体(RNP)のテロメラーゼ活性の変化を監視することにより、前記阻害剤を同定する。
本発明の方法の異なる工程を実施するために、当該技術分野の範囲内で従来の分子生物学、微生物学および組換えDNA技術を用いてもよい。そのような技術は文献において十分に説明されている。例えば、Sambrook, Fitsch & Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (本明細書では「Sambrook et al., 1989」という)、DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes I and II (D. N. Glover ed. 1985)、Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait ed. 1984)、Nucleic Acid Hybridization (B. D. Hames & S. J. Higgins, eds. 1984)、Animal Cell Culture (R. I. Freshney, ed. 1986)、Immobilized Cells and Enzymes (IRL Press, 1986)、B. E. Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning (1984)、F. M. Ausubel et al. (eds.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (1994)を参照されたい。
1.材料および実験的設定
1.1.プラスミド構築
hTERT cDNA(Whitehead Institute of Biomedical ResearchのRobert Weinbergからの贈り物)およびpMAL p-2(New England Biolabs社)を以下のプライマーと共に、MBP(配列番号:9)およびhTERT(配列番号3)のPCR増幅のための鋳型として使用した。
・MBP−F(配列番号19):ATGCAATTCGAAGGTACCAAGCTTGCCACCATGAAAATCGAAGAAGGTAAAC
・MBP−R(配列番号20):p−TCGTTGGATCGTAATCGTTGTTGTTATTGTTATTG
・hTERT−F(配列番号21):p−CCGAAAACTTATATTTTCAGGGTATGCCGCGCGCTCCCCGCTGCCG、および
・hTERT−R(配列番号22):CTTCAAGACCATCCTGGACTGAGTCGAGCCGCGGCGGCCGCATGCAA
次いで、PCR断片をカラム精製した。MBPのDNAをBstBIで消化し、hTERTのDNAをXbaIで消化した。両断片を再度カラム精製し、PGAPZαベクターのBstBI/XbaI部位の中に二重連結した。
1.2.本発明の方法に係るcMBP−hTERTの発現および精製
このプラスミドをシークエンシングで確認し、次いで20μgをAvrIIで直線化し、精製し、Bio-Rad Gene Pulser(1500V、25μF、200Ω)を用いてピキア・パストリスのX−33株(Invitrogen社)の中に電気穿孔法により導入した。複数の組み込み体を、寒天プレート(硫酸アンモニウムを含む0.2%酵母窒素原基礎培地、1%酵母抽出物、2%ペプトン、2%デキストロース、1Mのソルビトール、pH7.0、300μg/mlのゼオシン)上で選択し、27℃で2〜3日間インキュベートした。コロニーを再画線し、次いでLBG(それぞれ20g/LのL培地およびグルコース)中で増殖させて、ウエスタンブロット(Epitomics社製のhTERT抗体)でhTERT発現を確認した。200ml(1%酵母抽出物、pH7.0、1%デキストロース、500μg/mlのゼオシン)中、160rpmおよび27℃で確認済みのクローンを増幅させ、次いで2mlの管に分注し、10%グリセリンと共に−80℃で保存した。
各培養のために1つのバイアルを解凍し、酵母を固体培地上で1〜2日間前培養し、細胞内pHが6.3以上になるようにOD600が12〜15になるまで、2Lの振盪フラスコ中の250〜500mLの培地(2%酵母抽出物、4%グルコース、100mMのNaHPO、pH7.5)で増幅させた。
全ての精製工程を、冷たい溶液および冷蔵した器具を用いて低温室で行った。
酵母を1500rpmで10分間ペレット化し、水で洗浄し、次いで15mLの水に再懸濁させ、かつ5mLのガラスビーズと共にボルテックスで10分間撹拌した。水の中に塩も界面活性剤も添加する必要はない。この溶解物のpHは約5.9〜6.4である。
上澄みを3000gで10分間遠心分離し、新しい管の中で再度3000gで15分間遠心分離した。そのpHを確認すると約6.3であり、この上澄みを2mLの予備洗浄したアミロース−アガロースビーズ(NEB社)に接触させた。回転ホイール上で1時間後、アミロースビーズを高塩緩衝液(600mMのNaCl、10mMのモノリン酸ナトリウム、pH7.0)で1回洗浄し、塩非含有緩衝液(10mMのHEPES、pH7.0)で1回洗浄した。cMBP−hTERTを500μLの溶出緩衝液(130mMのKCl、2mMのMgCl、10mMのHEPES、pH7.0、50mMのマルトース)で溶出させた。cMBP−hTERTタンパク質の濃度をBSAラダーに対するクマシーブリリアントブルー染色によりゲル上で推定した(図2A)。cMBP−hTERTは典型的に約0.1〜0.3mg/mLであることが分かった。cMBP−hTERTを2日間4℃に維持した。
1.3.精製プロセスの制御
アミロースセファロースを用いてcMBP−hTERTタンパク質の精製を行った後、ウエスタンブロットおよびクマシーブリリアントブルー染色を行った(図2A)。レーン2(TEVプロテアーゼによるMBPタグの切断前)とレーン3(TEVプロテアーゼによるMBPタグの切断後)との間でのサイズの変化により、精製済タンパク質はcMBP−hTERTであることを確認した(MBPとhTERTとの間にTEV部位が含められていた)。
TEVプロテアーゼにより室温で1時間切断し、次いでニッケルカラム再結合により取り出したcMBP−hTERTの純度により、純度レベルおよびTEVプロテアーゼによる切断効率をより正確に評価することができた(図2B)。
精製済MBP−hTERTタンパク質をトリプシンで消化し、MS/MSで分析した。hTERTは最も高い配列包括度(75%、図示せず)を有するタンパク質であった。
500ngの生体外で転写されたhTRを100ngの精製済MBP−hTERTに添加して、テロメラーゼ活性を再構成した。この活性はテロメラーゼ直接アッセイ(図3A)、テロメア反復配列増幅手順(TRAPまたはqTRAP、図3Bおよび図3C)などのいくつかの方法によって明らかとなった。テロメラーゼ活性は、安定期に到達する前の最初の1分間で増加する(図3D)。最終的にEMSAにより、組換えhTERTの32Pで標識されたhTRへの結合を示すこともできる。
1.4.テロメラーゼ直接アッセイ
僅かな修正を伴うが記載されているとおりに(D'Ambrosio et al., 2012)直接アッセイを行った。テロメラーゼ基質として、40mMのトリス−HCl(pH7.9)、1mMのMgCl、1mMのジチオスレイトール、2mMのスペルミジン、40μMのdATP、80μMのdTTP、2μMのdGTP、20μCiの[α−32P]−dGTP(3,000Ci/mmol)および33nMの5’ビオチン化プライマーを含有する20μLの反応緩衝液中で、再構成されたテロメラーゼを30℃で45分間インキュベートした。25mMになるまでEDTAを添加して反応を停止させた。ビオチン化プライマーを20μLのストレプトアビジン−アガロースビーズ(GE Healthcare社)に室温で10分間結合させることにより、取り込まれなかったヌクレオチドを除去する。ビーズを10mMのトリス−HCl(pH8.0)、1mMのEDTA、1MのNaClで2回、10mMのトリス−HCl(pH8.0)、1mMのEDTAで1回洗浄する。プライマーを90%ホルムアミド、10mMのEDTA、0.5mMのビオチン(Sigma社)中、95℃で10分間加熱して溶出させ、15%ポリアクリルアミド−尿素シークエンシングゲル(19:1のアクリルアミド:ビスアクリルアミド比)上で分離させた。ゲルをプラスチックフィルムで覆い、ホスホイメージャースクリーンに露光し、STORM860(Molecular Dynamics社)を用いてスキャンした。
1.5.電気泳動移動度シフト解析
電気泳動移動度シフト解析(EMSA)によりcMBP−hTERT/hTR複合体を分析した。50μCiの[α−32P]−CTPを添加してhTRを合成し、cMBP−hTERTと共に1時間構築した。1×TBE中に1.2%の冷蔵したアガロースゲル上で全長hTRを110Vで2時間泳動させた。ゲルを10%酢酸および10%エタノール中で1時間固定し、乾燥して、ホスホイメージャースクリーンに露光した。STORM860(Molecular Dynamics社)を使用してスキャンを行った。
1.6.酵母RNAの検出
10μL(1μg)の精製済cMBP−hTERTタンパク質を、それらの専売緩衝液に入れたいくつかの市販の酵素の1μL原液と共に30分間インキュベートした後、試料をTAE緩衝液(トリス、酢酸、EDTA)中にSYBR GREEN II RNA(Invitrogen社)を含有する1%アガロースゲル中で30分間泳動させた。
2.hTERTの発現のために最適化された条件の同定
2.1.N末端ペリプラズム標的シグナルの除去により酵母におけるより良好な発現が可能になる
MBPはN末端ペリプラズム標的シグナルを含有する。本発明者らは、この配列をMBP−hTERTから除去することにより、クマシーブリリアントブルー染色で精製済タンパク質cMBP−hTERTを検出することができるような酵母におけるより良好な発現が可能になることを示した(図2を参照)。
有利なことに、これにより望ましくないグリコシル化の発生が回避される。
2.2.hTERTを酵母細胞から分泌させることができない
PGAPZベクターを用いてGST−hTERT(155kDa)を細胞内で発現させる(図1Aおよび図1Bを参照)。
しかし、GST−hTERTを出芽酵母α因子の分泌シグナルに融合させた場合(α−hTERT、136kDa)、α−hTERTは細胞内に残留した(図1Dおよび図1E)。hTERTおよびα−hTERTの細胞内および細胞外基質レベルを比較すると、分泌シグナルの添加によってhTERTの発現レベルが高まらないことが分かった。図1Fは、α−MBP−hTERTが細胞内または細胞外のいずれにおいてもウエスタンブロット抗HAによってほとんど検出不可能であることも示している。
従って、昆虫細胞における記載されている状況(Wu et al., Protein Expr. Purif. 2007)に反して、本酵母系では、可溶なhTERTを発現させるために(出芽酵母α因子からの)ペプチドシグナルの添加は必要ではなかった(図1E)。
さらに、MBPのペリプラズムシグナルの除去により酵母におけるMBP−hTERTの発現レベルが高まることも実証された(図2)。
2.3.MBPのみがhTERTの効率的な精製を可能にする
本発明者らは、いくつかの他のタグ(His、His−MBP、GST)の使用により効率的な精製が支援されないことを実証した(GSTの実施例、図1Cを参照)。Hisでタグ付けされたhTERTは、精製後にクマシーブリリアントブルー染色によって検出できず、精製済MBP−hTERTで得られたテロメラーゼ活性レベルの2〜5%しか生じなかった。ウエスタンブロットでは、そのN末端においてStrep−タグIIに融合されたhTERTを発現するように形質転換された酵母においてタンパク質発現を検出することができず(2種類の異なる構築物を試験)、従って、このタグはタンパク質の発現または安定性にとって有害であり得る。
2.4.発現系の重要性(構成的プロモーターおよびリッチ培地)
AOX1プロモーターに基づく古典的なピキア系では完全なタンパク質を効率的に発現させることができなかった(図1G)。GAPDHプロモーターを用いた場合、hTERTは、リッチ培地(酵母抽出物を含有)のみで効率的に発現されることが分かった。従って、構成的プロモーターまたは場合により、リッチ培地において抑制されない誘導性プロモーターが好ましい。
2.5.増殖条件の重要性
最近解凍したか4℃で保存した酵母は、より低品質のhTERTタンパク質を産生する。新しい前培養物からの指数関数的に増殖している酵母を用いた場合に最良の結果が得られた。
細胞内pHが約6.0になるまで酵母を増殖させなければならない。振盪フラスコ条件では、これは通常、OD600nm=10〜12に対応する。酸性条件での酵母増殖では、劣化したMBP−hTERTタンパク質が回収される(図1I)。
2.6.抽出条件の重要性
核/塩基性タンパク質では予期せずに、高塩濃度(NaClまたはKCl)が抽出効率を低下させることが分かった。緩衝液(HEPESまたはトリス、pH7〜8)も抽出を低下させた。
興味深いことに、純水を用いた場合に、細胞破壊後の酵母の細胞内pH(約6.0)が得られる最良の結果が認められた。抽出/精製の間のグリセリン、界面活性剤、EDTA、EGTA、DTT、プロテアーゼ阻害剤の添加ならびに抽出後の塩(KCL、Mg2+、NaCL、重炭酸アンモニウム)の添加は全て、精製済タンパク質の収率、純度および活性レベルに対してほとんど影響を与えなかった(図1J)。
2.7.精製条件の重要性
僅かに酸性のpH(6.3〜7.0)においてアミロース樹脂への最良の結合が観察された(図1K)。従って、効率的な精製は、結合および全ての洗浄溶液を6.0〜7.5の範囲内のpHに設定することを要件とする。
2.8.リボ核タンパク質としてのhTERTタンパク質の精製および酵母RNAの重要性
本方法を用いて産生されるhTERTタンパク質は、いくつかの内因性酵母RNAと結合されていることが分かった(図4A)。これらの要素をリボヌクレアーゼAによって除去することができた(図4B)。hTERTに対して高い親和性を有するhTRの導入によって置換されるため、それらはhTERTに(恐らくイオン相互作用および/または水素結合を介して)可逆的に結合するものと思われる。従って、リボヌクレアーゼAを用いたこれらのRNAの除去は、hTRによりテロメラーゼ活性を再構成するために必要ではない。しかし、精製プロセス中にリボヌクレアーゼAを添加してこれらの要素を除去した場合、3mg/mlを超えて濃縮すると精製済cMBP−hTERTは凝集する傾向があり、かつ沈殿することが分かった。電気泳動移動度シフト解析によるcMBP−hTERT−hTR複合体の分析により、調製されたタンパク質とリボヌクレアーゼAとの高分子重量の凝集体が形成されることが明らかとなった。実際には、かなりの割合の複合体がウェルの底に残留し、かつこのゲルの中に進入することができなかった(図5、レーン2および3)。さらに、結合された酵母RNAを保存する条件で精製されたhTERTタンパク質は、精製後に4℃で少なくとも48時間安定な触媒活性を示すが、これらのRNAなしに回収されたhTERTは、最初の24時間以内にその活性の大部分を失う。従って、これらの酵母RNAへのその結合を保存する条件でのhTERTの精製により、長期間の高い安定性を有し、かつこれらの要素なしに精製されたhTERTと比較して向上した溶解性を有する組換えタンパク質が得られる。
3.ハイスループットスクリーニングにおけるMBPで精製したhTERTの使用
MBPで精製したhTERTを使用して、8000の構成要素からなる化学ライブラリーを用いて潜在的テロメラーゼ阻害剤を同定した。
阻害モードの決定:3種類の条件で各分子を試験する。テロメラーゼ構築前(PRE)またはテロメラーゼ構築後(POST)、あるいはテロメア伸長後(PCR−C)のいずれかの時点で各分子を添加する。工程1で導入した場合にのみ阻害することを条件に、テロメラーゼ構築阻害剤を同定する。テロメラーゼ触媒阻害剤は工程1または2のいずれかにおいて導入された場合に作用する。PCR阻害剤(偽陽性)は工程3においてのみ阻害する。
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PGAPZベクターを用いてhTERTを発現させることができるが、特定のMBPタグを使用しない限り精製することができない。 PGAPZベクターを用いてGST−hTERT(155kDa)を細胞内で発現させる。抗GST抗体(Sigma社)を用いて、野生型ピキア・パストリスからの細胞抽出物(レーン1)またはGST−hTERTを発現しているピキア・パストリス細胞からの細胞抽出物(レーン2)に対してウエスタンブロットを行った。 ゼオシン耐性クローンはGST−hTERTを発現する。抗GST抗体(Sigma社)を用いて、野生型ピキア・パストリスからの細胞抽出物(レーン1)またはGST−hTERTを発現するように形質転換された異なるピキア・パストリスクローンの細胞抽出物(レーン2〜7)に対してウエスタンブロットを行った。 GST−hTERTはグルタチオンセファロースとの低い親和性を示す(レーン1:流出、レーン2:結合された画分)。 α−hTERTを分泌させることができない。野生型ピキア・パストリス細胞(レーン1、3)または、出芽酵母(サッカロミセス・セレビシエ)(学名:Saccharomyces cerevisiae)α因子の分泌シグナルに融合されたhTERTに対応するα−hTERT形質転換酵母(レーン2、4)の細胞内画分(レーン1〜2)または細胞外画分(レーン3〜4)に対する抗hTERT抗体を用いたウエスタンブロット。 異なるタグを含むhTERT発現レベルの比較。α−hTERT(レーン1)、GST−hTERT(レーン2)およびタグ無しhTERT(レーン3、127kDa)で形質転換されたピキア・パストリス細胞に対する抗hTERT抗体を用いたウエスタンブロットにより、酵母の可溶な細胞内内容物を分析した。 ピキア・パストリス細胞においてMBP−hTERTおよびα−MBP−hTERTを低レベルで発現させる。MBP−hTERT(レーン1および2)、hTERT(レーン3)およびα−MBP−hTERT(レーン4)で形質転換されたピキア・パストリス細胞の細胞抽出物に対する抗hTERT抗体を用いたウエスタンブロット。 MBP−hTERTおよびα−MBP−hTERTタンパク質はメタノールを用いた発現系では検出されない。AOX1プロモーター(pPIC3.5Kベクター)の制御下でMBP−hTERTを発現しているピキア細胞(レーン1)またはα−MBP−hTERTを発現しているピキア細胞(レーン2)に対する抗HA抗体を用いたウエスタンブロット。 hTERTのN末端部分はアクセス可能である。His−HA−hTERTを発現しているピキア・パストリス細胞の全細胞溶解物からのHis−HA−hTERTの免疫沈降後の抗HAタグ抗体を用いたウエスタンブロット(レーン3)。対照:His−HA−hTERTを発現している酵母からの全細胞溶解物(レーン1)およびA+Gビーズのみを用いた免疫沈降(レーン2)。 低い細胞内pHによりタンパク質分解が生じる。本発明の条件(細胞内pH6.3)でhTERTを精製した場合、分解されず(レーン1)、細胞内pHが5.5である場合、顕著に分解される(レーン2)。 プロテアーゼ阻害剤および界面活性剤は必要ではない。標準的な精製を行い(レーン1)、抽出および洗浄溶液中にプロテアーゼ阻害剤カクテル(Roche社)および1%tritonを添加して行った精製と比較し(レーン2)、これにより収率は増加せず、非常に僅かにのみ純度が向上した。 弱酸性/中性のpHで最良の精製が生じる。カラム結合前に抽出物のpHを異なるpHに調整し、次いで各条件に対応するpHを用いて洗浄工程を行った。 ピキア・パストリスにおけるcMBP−hTERTの精製。 cMBP−hTERTの精製および切断。アミロースセファロースを用いてcMBP−hTERTを精製した。ウエスタンブロット(左)およびクマシーブリリアントブルー染色(右)の両方によって、精製済タンパク質を監視した。レーン1:細胞抽出物、レーン2:アミロースビーズから溶出したcMBP−hTERT、およびレーン3:TEVプロテアーゼによるMBPタグ切断後のタンパク質。 cMBP−hTERT純度およびMBPタグ除去効率。レーン1:アミロースカラムからの溶出後のcMBP−hTERT。レーン2:過剰なHis−TEVプロテアーゼにより室温で1時間切断されたcMBP−hTERT。レーン3:ニッケルカラム再結合によりTEVプロテアーゼを除去し、試料を再濃縮して、純度レベルおよびTEVプロテアーゼによる切断効率をより正確に評価した。 テロメラーゼ活性の再構成。500ngの生体外で転写されたhTRを100ngの精製済cMBP−hTERTに添加してテロメラーゼ活性を再構成し、いくつかの方法で検出した。 cMBP−hTERTおよびhTR(レーン1)、cMBP−hTERTのみ(レーン2)またはhTRのみ(レーン3)を用いたテロメラーゼ直接アッセイ。 qTRAP。LightCyclerII(Roche社)を用いたテロメラーゼ活性の定量的測定により、再構成された活性が1つの293T細胞で認められたもの(3)よりも約9000倍高い(1、2)ことが分かった。 hTRのみ(レーン1)、cMBP−hTERT+hTR(レーン2)、およびMBP−hTERTのみ(レーン3)を用いたTRAP(テロメア反復配列の増幅手順)。 qTRAPによって測定したテロメラーゼ再構成の速度。 hTERTと内因性酵母RNAとの結合。 アガロースゲル泳動によって示されるように、リボ核タンパク質(RNP)としてhTERTタンパク質を精製した。レーンL:100bpのDNAラダー(Promega社)。レーン3:精製済cMBP−hTERT。レーン4:プロテイナーゼKで消化したcMBP−hTERT。 ーン5:精製済cMBP−hTERT。レーン6:精製済cMBP−hTERT+デオキシリボヌクレアーゼI。レーン7:精製済cMBP−hTERT+リボヌクレアーゼA。レーン8:精製済cMBP−hTERT+リボヌクレアーゼT1。レーン:精製済cMBP−hTERT+ミクロコッカス・ヌクレアーゼ(MNase)。レーン10:精製済cMBP−hTERT+ベンゾナーゼ。 電気泳動移動度シフト解析(EMSA)。50μCiの[α−32P]−CTPを添加してhTRを生体外で合成した。各レーンに対して、1μgのcMBP−hTERTを0.5μgの標識されたhTRと共に20μl中で1時間インキュベートした。1×TBE中に1.2%の冷蔵したアガロースゲル上で複合体を110Vで2時間泳動させた。このゲルを10%酢酸および10%エタノールで1時間固定し、乾燥し、ホスホイメージャースクリーンに露光した。STORM860(GE Healthcare社)を使用してスキャンを行った。レーン1はhTRのみを含んでいる。レーン2および3はリボヌクレアーゼAで精製したhTRおよびcMBP−hTERTを含んでいる。レーン4および5はリボヌクレアーゼAで精製していないhTRおよびcMBP−hTERTを含んでいる。
マルトースをこの系に添加することにより、本発明の融合タンパク質をさらに溶出させた。これにより、cMBP−hTERTまたはcMBP−TERT融合タンパク質を固体担体から溶出させて融合タンパク質を回収することができる。実際のところ、マルトースがアミロースと競合して、融合タンパク質の放出を促進してもよい。
好ましい実施形態では、hTERTまたはTERTは、プロテアーゼを溶出された画分に添加することによりMBPタグを切断して外す。前記プロテアーゼは前記融合タンパク質に対してのみ活性であり得、前記融合タンパク質は、融合タンパク質の2つの部分の間に位置する前記プロテアーゼによって認識される切断部位を含むことは明らかである。例えば、TEVプロテアーゼ切断部位をコードする配列がhTERTまたはTERTタンパク質およびcMBPタグをコードするヌクレオチド配列間に付加されている場合、有利なことに溶出された画分中にTEVプロテアーゼを添加することにより2つのポリペプチドの分離が得られる。これらのプロテアーゼの使用については過去に記載されており、市販のキットが利用可能である(Invitrogen社)。
本発明のhTERT/TERTタンパク質の特性評価
本発明の方法により、MBPでタグ付けされたhTERTまたはTERT酵素を産生することができる。興味深いことに、MBPは先天免疫に関与することが知られているため、本発明の方法により得られるMBPでタグ付けされたhTERTまたはTERT酵素をワクチン組成物などに使用することができる。この場合、MBPタグの切断は不要であり、本発明の方法は先行技術の精製方法よりもはるかに実施が容易である。
精製済MBP−hTERTタンパク質をトリプシンで消化し、MS/MSで分析した。hTERTは最も高い配列包括度(75%、図示せず)を有するタンパク質であった。
500ngの生体外で転写されたhTRを100ngの精製済MBP−hTERTに添加して、テロメラーゼ活性を再構成した。この活性はテロメラーゼ直接アッセイ(図3A)、テロメア反復配列増幅手順(TRAPまたはqTRAP、図3Bおよび図3C)などのいくつかの方法によって明らかとなった。テロメラーゼ活性は、安定期に到達する前の最初の1分間で増加する(図3D)。最終的にEMSAにより、組換えhTERTの32Pで標識されたhTRへの結合を示すこともできる。
しかし、hTERTを出芽酵母α因子の分泌シグナルに融合させた場合(α−hTERT、136kDa)、α−hTERTは細胞内に残留した(図1Dおよび図1E)。hTERTおよびα−hTERTの細胞内および細胞外基質レベルを比較すると、分泌シグナルの添加によってhTERTの発現レベルが高まらないことが分かった。図1Fは、α−MBP−hTERTが細胞内または細胞外のいずれにおいてもウエスタンブロット抗HAによってほとんど検出不可能であることも示している。
2.3.MBPのみがhTERTの効率的な精製を可能にする
本発明者らは、いくつかの他のタグ(His、His−MBP、GST)の使用により効率的な精製が支援されないことを実証した(GSTの実施例、図1Cを参照)。Hisでタグ付けされたhTERTは、精製後にクマシーブリリアントブルー染色によって検出できず、精製済MBP−hTERTで得られたテロメラーゼ活性レベルの2〜5%しか生じなかった。ウエスタンブロットでは、そのN末端においてStrep−タグIIに融合されたhTERTを発現するように形質転換された酵母においてタンパク質発現を検出することができず(2種類の異なる構築物を試験)、従って、このタグはタンパク質の発現または安定性にとって有害であり得る。
3.ハイスループットスクリーニングにおけるMBPで精製したhTERTの使用
MBPで精製したhTERTを使用して、8000の構成要素からなる化学ライブラリーを用いて潜在的テロメラーゼ阻害剤を同定した。

Claims (27)

  1. a)ヌクレオチドベクターを含む酵母細胞を増殖させる工程であって、前記ベクターは、
    ・そのN末端ペリプラズム標的シグナルが欠失したマルトース結合タンパク質(cMBP)、および
    ・テロメラーゼ逆転写酵素(TERT)タンパク質
    を含有する融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結された構成的プロモーターを含むことを特徴とする工程と、
    b)工程a)の細胞の粗製タンパク質抽出物を調製する工程と、
    c)必要であれば、前記抽出物のpHを6.0〜7.5の範囲内のpHに調整する工程と、
    d)アミロース結合固体担体により前記融合タンパク質cMBP−TERTを精製する工程と、
    を含む、活性かつ可溶なテロメラーゼ逆転写酵素(TERT)タンパク質の産生方法。
  2. 前記酵母細胞の細胞内pHが5.8未満の値に到達する前に工程b)を行う、請求項1に記載の方法。
  3. 前記酵母細胞はピキア・パストリス細胞である、請求項1に記載の方法。
  4. 前記構成的プロモーターは好ましくは配列番号10のGAPDHプロモーターである、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
  5. 前記マルトース結合タンパク質タグは配列番号8のポリペプチドを有する、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
  6. 前記ヌクレオチド配列は、前記マルトース結合タンパク質タグをコードする配列と前記TERTタンパク質をコードする配列との間に、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
  7. 工程b)は、水性溶液、好ましくは塩および界面活性剤非含有水への前記酵母細胞の溶解を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
  8. 前記水性溶液はどんなプロテアーゼ阻害剤も含有していない、請求項7に記載の方法。
  9. 前記固体担体はアミロース結合アガロースビーズからなる、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
  10. 前記固体担体を6.0〜7.5の範囲内のpHを有する洗浄緩衝液で洗浄する、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
  11. 前記精製済画分中にプロテアーゼを添加することにより、前記cMBPタグを前記TERTタンパク質から切断する工程をさらに含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
  12. 前記ベクターは組み込みベクターである、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
  13. 請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法によって得られた前記TERTタンパク質を含有する組成物。
  14. TERTは前記cMBPに連結されている、請求項13に記載の組成物。
  15. TERTは酵母RNAに結合されている、請求項13または14に記載の組成物。
  16. どんな界面活性剤も変性剤も含有していない、請求項13、14または15のいずれか1項に記載の組成物。
  17. 薬として使用される請求項13〜16のいずれか1項に記載の組成物。
  18. 実験的生体外アッセイのための請求項13〜16のいずれか1項に記載の組成物の使用。
  19. 細胞老化または不妊症を治療するために使用される、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法によって得られた前記TERTタンパク質を含有する医薬組成物。
  20. TERTは前記cMBPに連結されている、請求項19に記載の医薬組成物。
  21. TERTは酵母RNAに結合されている、請求項19または20に記載の医薬組成物。
  22. どんな界面活性剤も変性剤も含有していない、請求項19〜21のいずれか1項に記載の医薬組成物。
  23. 対象において抗TERT免疫応答を誘導させるために使用される、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法によって得られた前記TERTタンパク質を含有するワクチン組成物。
  24. TERTは前記cMBPに連結されている、請求項23に記載のワクチン組成物。
  25. TERTは酵母RNAに結合されている、請求項23または24に記載のワクチン組成物。
  26. どんな界面活性剤も変性剤も含有していない、請求項23〜25のいずれか1項に記載のワクチン組成物。
  27. 請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法によって得られた前記TERTタンパクを用いて効率的なテロメラーゼ阻害剤を生体外で同定する方法。
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