JP2016504039A - グラチラマーアセテート関連医薬品の特性決定 - Google Patents
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Abstract
Description
免疫細胞内でGAによってモジュレートされる機能経路をさらに特性決定するために、ハイスループット遺伝子発現解析を使用した。この技術により、何千もの遺伝子の検査を容易にし、広範囲の生物学的機能を同定することができる。マイクロアレイ遺伝子発現解析は、GAを、またはGA−Natco(Glatimer(登録商標)、Natco Pharma,Ltd.、ハイデラバード、インド)と呼ばれている異形体を用い、エクスビボで再活性化させたGA−プライム型マウス脾臓細胞を使用して行われた。GAまたはGA−Natcoによって誘導される遺伝子の転写変化は、GA活性の既知の機序と関連している可能性のある機能経路に関して評価した。この高感度ハイスループット遺伝子発現解析は、GAの作用様式、および別の方法では検出が困難な各種グラチラモイド間の差を解明する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品のバッチを得る工程と;
b)所定量のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品で哺乳動物を免疫する工程と;
c)免疫後、所定時間に、工程b)の哺乳動物由来の細胞培養物を調製する工程と;
d)工程c)の培養物からの細胞を所定量の工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品とインキュベートする工程と;
e)Gene Expression Omnibusのアクセッション番号GSE40566におけるグラチラマーアセテート参考基準またはグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品によって制御される遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;CD40、CD86、GATA3、HLA−DMA、HLA−DMB、ICOS、IFNG、IFNGR2、IL2、IL13、IL4、IL18、IL12RB1、IL17A、IL17F、IL18R1、IL2RA、IL2RG、IL4R、IL6R、TBX21、TGFBR2、TNF、FOXP3、IL10RB、KLRD1、CD69、LTB、CD83、PRF1、CAMK2D、LTA、FSCN1、TLR7、CSF2、CCR7、FASLG、IL1A、CCL5、CD8B、CXCL10、TLR2、CCL4、TLR7、IGHA1、IL24、SOCS1、OAS1、JAK1、PTPN2、IFITM1、IFI35、STAT2、BCL2、MVD、FDPS、SQLE、NSDHL、DHCR24、Acat2/Acat3、MSMO1、LSS、CYP51A1、NFKBIE、PIK3R1、PPP3CC、CD3D、IL2RB、PTEN、CD3G、ICOS、CAMK2D、NFAT5、LAT、ITK、H2−M2、FASLG、LIF、IGHA1、PRKACB、SGK1、MAPK11、TSC22D3、JUN、FKBP5、ADRB2、MAP3K1、MAPK12、POU2F1、SMARCA2、CDKN1A、TGFB3、HSP90AA1、DHCR24、CCR5、およびCXCL9からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表12に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞(multi-lineage progenitor cell)、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程と
を含み、
それにより、工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する、
方法を提供する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品のバッチを得る工程と;
b)所定量のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品で哺乳動物を免疫する工程と;
c)免疫後、所定時間に、工程b)の哺乳動物由来の細胞培養物を調製する工程と;
d)工程c)の培養物からの細胞を所定量の工程a)のグラチラマーアセテート薬剤関連物質または医薬品とインキュベートする工程と;
e)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定する工程と
を含み、
それにより、工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する、
方法を提供する。
i)本発明の方法に従って2つ以上のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定し、それぞれのグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の特性を得る工程と;
ii)工程i)で得られたグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の特性を比較する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を識別する、
方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定することを含む、工程と;
ii)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a,およびCcl3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、ダウンレギュレーションの欠如を示す場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定することを含む、工程と;
ii)FoxP3の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定することを含む、工程と;
ii)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定することを含む、工程と;
ii)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、およびCcl3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーション示すか、もしくはダウンレギュレーションの欠如を示す場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定することを含む、工程と;
ii)FoxP3の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定することを含む、工程と;
ii)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品をげっ歯動物に投与する工程と;
b)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択されるげっ歯動物の生物学的活性レベルを判定する工程と;
c)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する、
方法を提供する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品をげっ歯動物に投与する工程と、
b)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子のげっ歯動物における発現レベルを判定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程と;
c)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4の群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、およびCcl3の群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、もしくはダウンレギュレーションの欠如を示す場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する、
方法を提供する。
本発明は、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する方法であって、
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品のバッチを得る工程と;
b)所定量のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品で哺乳動物を免疫する工程と;
c)免疫後、所定時間に、工程b)の哺乳動物由来の細胞培養物を調製する工程と;
d)工程c)の培養物からの細胞を、所定量の工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品とインキュベートする工程と;
e)Gene Expression Omnibusのアクセッション番号GSE40566におけるグラチラマーアセテート参考基準またはグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品によって制御される遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;CD40、CD86、GATA3、HLA−DMA、HLA−DMB、ICOS、IFNG、IFNGR2、IL2、IL13、IL4、IL18、IL12RB1、IL17A、IL17F、IL18R1、IL2RA、IL2RG、IL4R、IL6R、TBX21、TGFBR2、TNF、FOXP3、IL10RB、KLRD1、CD69、LTB、CD83、PRF1、CAMK2D、LTA、FSCN1、TLR7、CSF2、CCR7、FASLG、IL1A、CCL5、CD8B、CXCL10、TLR2、CCL4、TLR7、IGHA1、IL24、SOCS1、OAS1、JAK1、PTPN2、IFITM1、IFI35、STAT2、BCL2、MVD、FDPS、SQLE、NSDHL、DHCR24、Acat2/Acat3、MSMO1、LSS、CYP51A1、NFKBIE、PIK3R1、PPP3CC、CD3D、IL2RB、PTEN、CD3G、ICOS、CAMK2D、NFAT5、LAT、ITK、H2−M2、FASLG、LIF、IGHA1、PRKACB、SGK1、MAPK11、TSC22D3、JUN、FKBP5、ADRB2、MAP3K1、MAPK12、POU2F1、SMARCA2、CDKN1A、TGFB3、HSP90AA1、DHCR24、CCR5、およびCXCL9からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表12に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程と
を含み、
それにより、工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する、
方法を提供する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品のバッチを得る工程と;
b)所定量のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品で哺乳動物を免疫する工程と;
c)免疫後、所定時間に、工程b)の哺乳動物由来の細胞培養物を調製する工程と;
d)工程c)の培養物からの細胞を、所定量の工程a)のグラチラマーアセテート薬剤関連物質または医薬品とインキュベートする工程と;
e)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定する工程と
を含み、
それにより、工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する、
方法を提供する。
i)本発明の方法に従って2つ以上のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定し、それぞれのグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の特性を得る工程と;
ii)工程i)で得られたグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の特性を比較する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を識別する、
方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定することを含む、工程と;
ii)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a,およびCcl3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、ダウンレギュレーションの欠如を示す場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定することを含む、工程と;
ii)FoxP3の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定することを含む、工程と;
ii)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定することを含む、工程と;
ii)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、およびCcl3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、もしくはダウンレギュレーションの欠如を示す場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定することを含む、工程と;
ii)FoxP3の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
i)本発明の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定することを含む、工程と;
ii)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法を提供する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品をげっ歯動物に投与する工程と;
b)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択されるげっ歯動物の生物学的活性レベルを判定する工程と;
c)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する、
方法を提供する。
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品をげっ歯動物に投与する工程と、
b)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子のげっ歯動物における発現レベルを判定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程と;
c)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4の群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、およびCcl3の群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、もしくはダウンレギュレーションの欠如を示す場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する、
方法を提供する。
ここで使用される場合、「ナイーブ対象」とは、いかなる多発性硬化症薬によっても処置されていない対象である。
実験の詳細
方法
マウス
すべての実験手順は、研究における動物の使用に関して容認されている倫理基準に適合し、Teva Institutional Animal Care and Use Committeeによって承認されている実験動物ガイドラインの管理および使用に関する委員会(Committee for the Care and Use of Experimental Animals guidelines)に従った。これらの実験については、本発明者らは、8〜12週間齢のメス(Balb/c×SJL)F1マウス(Harlan、Israel)を購入した。
すべての実験手順は、研究における動物の使用に関して容認されている倫理基準に適合し、Teva Institutional Animal Care and Use Committeeによって承認されている実験動物ガイドラインの管理および使用に関する委員会に従った。GA反応性T細胞を刺激誘導するため、8匹のメスのマウス、8〜12週齢のF1雑種(SJL×BALB/C)(Harlan Biotech Israel、Rehovot、Israelから購入)にPBS中のGA参考基準(GA−RS)の2.5mg/mL溶液の100μLを注射した。(マウス1匹当たり250μgのGA−RS)。GA−RS(Teva)は、標準バッチとして定められ、すべてのコパキソン(登録商標)バッチの品質管理(QC)リリース試験における基準として使用されている、選定されたGA医薬物質バッチである。マウスは、免疫処置後、3日間個別に換気ケージで飼育し、マウスを屠殺し、それらの脾臓を無菌的に摘出し、RPMI1640中で氷上に置いた。単一細胞懸濁液を調製した。
脾臓細胞は、次の何れかで処置した:A)GA、Tevaによって製造されたGA参考基準(GA−RS;22のサンプル)およびGA医薬品(GA−DP、30のバッチから得た34のサンプル)を含んでいるもの;ならびに、Teva以外の会社によって製造された他のグラチラモイドの5つの異なるバッチから得た11のサンプルを含んでいるGA−Natco。
活性化した脾臓細胞由来の全RNAの抽出は、PerfectPure RNA Cultures CEKK kit 50(5Prime GmbH、Hamburg、Germany)を使用し、メーカーの使用説明書に従って実施した。RNAの品質は、260/280nmの吸光度比およびゲル電気泳動(Experion(商標)、Bio−Rad、Hercules、CA)によって評価した。サンプルから抽出した全RNAは、45,200個を超える転写物を含有するIllumina Mouse WG−6_V2マイクロアレイチップにハイブリダイズさせた。
最初のビーズレベルデータ前処理は、Illumina BeadStudioソフトウェアを使用して実施した。続くバイオインフォマティクス解析は、Negev, Ltd.(NIBN, Beer−Sheva, Israel)のNational Institute for Biotechnologyのバイオインフォマティクスコア施設で行った。遺伝子レベルシグナルに対するビーズレベルデータのとりまとめは、中央絶対偏差(MAD)3よりも大きい外れ値を除いた後、Rパッケージ「beadarray」(45)を使用して実施した。サンプル間の分値正規化は、Partek Genomics Suite (Partek, Inc., St. Louis, Missouri)を使用して実施し、続いて、実験のバッチ効果の補正(すなわち、RNA抽出とアレイ処理の日付の違いに関連したもの)は、Partek Batch Remover(商標)ツールを使用して実施した。その結果、サンプルの少なくとも1つにおいて発現シグナルが(log2スケールで)6を超える34,666個の発現遺伝子をさらなる解析のために保持した。達成されたシグナルの主成分解析(PCA)を図1に示す。
34,666個の発現遺伝子を次の試験に供した:(1)GA(すなわちGA−RSおよびGA−DP)と培養基を比較するt検定;(2)GA−Natcoと培養基を比較するt検定;および(3)3つのサンプル群:GA−RS、GA−DPおよびGA−Natcoを比較する一元配置分散解析試験。この試験は2回実施した:11個のGA−Natcoサンプルすべてについては1回、GA−Natcoサンプルの8個だけは1回であった。それぞれの一元配置分散解析試験には、2対の比較(「差異」):GA−DP対GA−RSおよびGA−Natco対GA−RSが含まれていた。倍差値は、線形目盛で示した。
階層クラスター解析は、サンプル全体のそれぞれの遺伝子の平均シグナルがゼロと等しく、標準偏差が1と等しくなるようにデータを正規化した後、Expander(46)で実施した。
マイクロアレイデータは、Gene Expression Omnibus(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)にアクセッション番号GSE40566で集積された。
グラチラモイドにより脾臓細胞において誘導される遺伝子関連の主要生物学的機序を同定するため、遺伝子機能アノテーション、エンリッチメント、および経路解析をIngenuity Pathways Analysis (IPA)Suite(www.ingenuity.com)により実施した。プログラムは、様々な実験プラットフォームおよび一次文献情報源からのデータを統合し、分子の相互作用、細胞の表現型および疾患プロセスに対する洞察を提供し、次いで、遺伝子転写変化の下流の生物学的効果を予測する。IPAウェブソフトウェアも調節遺伝子および転写因子の機能的なネットワークの再構築に使用した。それぞれのプロセスに関する有意スコア(フィッシャーの右側直接確率検定を使用し、p値として表わされる)は、IPAデータベースに保存されているすべての機能性/経路アノテーションにおいてこれらの遺伝子の総数に関するネットワークまたは経路に関与する遺伝子転写産物の数として計算される。すべてのp値は、p=0.05のカットオフで、Benjamini−Hochberg FDR法を使用する複数の試験の補正に適用された。
GAおよびGA−Natcoによって制御される遺伝子の同定
マウスをGA参考基準(RS)で免疫し、3日後に脾臓を摘出し、細胞を抽出した。培養した脾臓細胞を、24時間、培養基、マンニトールまたはグラチラモイドの何れか(GA−RS、GA−DPまたはGA−Natco)でエクスビボにて再活性化した。RNAを抽出し、完全遺伝子発現解析を実施した。
正規化された遺伝子発現シグナルの主成分解析(PCA)は、2つの主要なクラスターを示した。1つのクラスターにおいては培養基およびマンニトールのサンプルであり、別のクラスターにおいてはグラチラモイド(GA−RS、GA−DPおよびGA Natco)であった(図1)。
培養基と比較してGAにより差次的に発現される遺伝子の機能解析
GAサンプルによる活性化の後にアップレギュレートまたはダウンレギュレートされた1474個の遺伝子の機能解析からは、特に、最も顕著に影響を受けた生物学的機能は、Tリンパ球およびBリンパ球をはじめとする免疫細胞の増殖および活性化の強化、APCの刺激および免疫反応、およびエフェクターTリンパ球の分化に関連したものであったことが示唆された(表1)。同時に、細胞傷害性Tリンパ球の量に関連する機能、および血液形成前駆細胞の発達に関連する機能はダウンレギュレートされた。
GA−Natco対培養基によって差次的に発現される遺伝子の機能解析
GA−Natcoバッチ対培養基機能解析は、GAシグネチャーの場合と同様に、最も有意に影響を受けた生物学的機能は、リンパ球(p=6.48E−35)、免疫細胞(p=2.70E−35)、B細胞(p=2.74E−15)、および造血細胞株(p=2.02E−10)の増殖;リンパ球(6.03E−25)、食細胞(5.95E−07)、および単球(p=2.25E−24)の活性化;ならびにAPC(p=2.88E−6)およびマクロファージ(p=1.87E−06)の増殖に関連していることを示唆した。
GA−NatcoとGA−RSを識別する98個の遺伝子の機能解析
記載のように、8つのGA−NatcoサンプルとGA−RSの直接比較を98個の遺伝子で明らかにし、倍差は1.3以上であった。これらの遺伝子は、免疫応答、炎症反応、免疫細胞の接着および様々な細胞遊走の刺激ならびに移動機序の機能上のプロセス活性化の強化に関連していた(表5)。炎症反応機能において、炎症は、IL2、IL1A、IL1B、C3、S100A8およびS100A9の過剰発現をはじめとする、30個の異なる転写産物のうち20個が活性炎症反応と一致する方向で発現されたことを考えると、GA−Natcoサンプルにおいて増加することが予測された(p=8.67E−19)。同様に、細胞移動の増加についての予測も、39個の転写産物のうち29個(CXCL2、CXCL3 CCL4を含む)がGA−Natcoサンプルにおいて過剰発現されたことから予測される(p=9.55E−15)。興味深いことに、発熱の高いリスクに関連する炎症反応遺伝子のネットワーク(IL1B、IL1A、CCL4、CCL3、CD14を含む)も同様に過剰発現された。
グラチラマーアセテート医薬物質(GA、Copaxone(登録商標))は4種類のアミノ酸で構成されているポリマーの混合物であるが、これは再発寛解型多発性硬化症(RRMS)およびクリニカリ−・アイソレイテッド・シンドローム(CIS、clinically isolated syndrome)を処置するための認可医薬品である。GAは、優性の炎症誘発性表現型(Th1/Th17)から抗炎症性表現型(Th2/Treg)にT細胞バランスをシフトする、GA特異的T細胞を誘導することによってその活性を媒介する。GAが免疫細胞にその活性を及ぼす機能上の経路をさらに特性決定するため、本発明者らは、GA刺激脾臓細胞に対して遺伝子発現プロファイリングを使用した。マウスをGAで免疫し、3日後、脾臓細胞を回収し、エクスビボにおいてGAで再活性化した。遺伝子発現プロファイルおよび経路解析を再活性化脾臓細胞で評価したところ、GAによって有意にアップレギュレートまたはダウンレギュレートされた合計1474個の遺伝子が示された。GAによって誘導された主な機能上の経路は次のとおりであった:増殖ならびにTリンパ球およびBリンパ球を含む免疫細胞の活性化、抗原提示細胞の刺激、ならびにエフェクターTリンパ球の分化の増加。Tヘルパー細胞分化は、GAによって改変された遺伝子転写産物に関連する最も顕著な標準経路であった。こうした発現パターンは、他のグラチラモイドが細胞活性化に使用された場合には認められなかった。このGA誘導経路は、MS患者におけるGA活性の既知の機序と一致し、この医薬品の特有の治療効果をさらに支持する。
例としてグラチラマーアセテート(GA)および他のグラチラミド(glatiramid)(PG)を使用し、本発明者らは、示差的発現遺伝子のリストを超えたコンピュータによる方法の完全な一式を開発しようと、2種類の医薬品の免疫学的影響を厳密に比較するために転写プロファイルを使用して試みた。本発明者らは、(1)それぞれの医薬品バッチについてそれらの転写シグネチャーを測定した場合に2種類の医薬品の変動を比較すること;(2)それぞれの医薬品によってモジュレートされる細胞型の構成を特性決定すること;(3)誘導し抑制する遺伝子のコンテクスト、ならびに、モジュレートする免疫細胞型および臨床結果に結びつく可能性における2種類の医薬品の免疫調節挙動を特性決定および説明することに注目した。
変動解析:GAはPGよりも安定性が有意に高い
異なる製造プロセスによって生産される医薬品を比較する際、それらが生物学的影響において等しく安定しているかどうかを評価することが重要である。本発明者らは、PGの生物学的影響がGAと同様に安定しているかどうかの問題に対処するため、関連のすべてのプローブに対して全体的な変動における差を検討しようと試みた。活性化によって特異的に誘導された変動のあるプローブとして(実験的ノイズ、例えば、培養基にのみ暴露させたサンプルで確認された変動などとは対照的に)関連プローブを定義する場合、本発明者らは、GAの場合よりも、PGにおいてはプローブが4倍を超える有意に高い変動を有することを確認した(図4Aおよび表6)。
重要免疫系遺伝子に対する影響の比較:GAは、TregマーカーFoxP3およびGpr83をPGよりも効果的に誘導する。
重要免疫系細胞型における潜在的効果に関連する影響の比較:GAは、PGよりも効果的にTregsを誘導する
本発明者らは、遺伝子発現データを使用して、2つの異なる医薬品がどのように免疫系細胞に差次的に影響を及ぼすかを系統的に判定しようとした。本発明者らは、まず、ANOVA系パターン解析法を利用して、培養基と比較してPGによってのみ有意にダウンレギュレートされ、培養基と比較してGAまたはGA参考基準によってはダウンレギュレートされない遺伝子のリストを同定した(表10、方法)。次いで、本発明者らは、新規な手法によって免疫系細胞型エンリッチメントについてこのリストを試験した(方法)。PGによってのみダウンレギュレートされた遺伝子は、Tregsをはじめとする様々なT細胞に特異的な遺伝子でエンリッチされている(表11)。この同じ手法から、培養基と比較してGAおよびGA参考基準によって有意にアップレギュレートされたが、培養基と比較してPGによってアップレギュレートされなかった遺伝子は(表10)、再び、最もエンリッチされた細胞型としてTregsをはじめとするT細胞を産生した(表11)。最後に、4つのパラメトリック法によって判定した場合、PGよりもGAによって活性化されたサンプルで有意に高発現する遺伝子は(表8)、再度、TregsをはじめとするT細胞をエンリッチした(表11)。
重要免疫系細胞型に対する潜在的な安全性に関する影響の比較:PGは、GAよりも大幅に骨髄系細胞をアップレギュレートし得る
ANOVA系パターン解析を使用して(方法)、本発明者らは、培養基と比較してPGによってのみ有意にアップレギュレートされるが、培養基と比較してGAまたはGA参考基準によってはアップレギュレートされない遺伝子のリストを同定した(表11)。細胞型エンリッチメントによって、様々な間質細胞、マクロファージおよび単球が得られた(表11)。同様に、培養基と比較してGAおよびGA参考基準によって有意にダウンレギュレートされるが、培養基と比較してPGによってはダウンレギュレートされない遺伝子(表10)は、マクロファージ、単球および顆粒球を大幅にエンリッチした(表11)。最後に、4つの異なるパラメトリック法による、GAによって活性化されたサンプルよりもPGによって活性化されたサンプルにおいて有意に高発現する遺伝子(表8)は、主として、マクロファージおよび単球をエンリッチした(表11)。
観察された差異の根底にある機序の調査:なぜPGはGAほど効果的にTregsをアップレギュレートしないのか?
単球は、GAがTregsを誘導する機序において機能している可能性があるので(49)、本発明者らは、個々のサンプルにおけるFOXP3およびCD14の発現を比較することを試みた。FOXP3が低いPGサンプルもまた、高CD14を有している(図10C)。これは、単球に対する差次的影響が、GAおよびPGがTregsに差次的に影響することによる1つの機序であり得ることを示唆している。
観察された差の根底にある機序の調査:なぜPGは単球をアップレギュレートするのか?
GAは単球のCD40発現レベルを下げることが知られており(49)、これは、CD40が、GAによる活性化後の発現がPGによる活性化後よりも有意に低い遺伝子のリスト中にある(Wilcoxon、方法)(図12)という本発明者らの知見と一致している。GAはT細胞接触対LPSによって刺激される単球に様々な影響を及ぼす:前者の場合、GAは単球IL1B産生の低下をもたらし、一方、後者の場合、GAはその増加をもたらす(52)。これは、PGからの高発現を有する遺伝子におけるMSigDBエンリッチメント(方法)の実施により(Wilcoxon、方法)LPS応答経路において有意なエンリッチメントが生じることからも明白であった(p<4.96×10−6に調整、表9)。さらに、本発明者らは、FOXP3が低レベルのそれらのPGサンプルが高レベルのIL1Bを有することも示す(図10D)。GSEA解析は、単球とマクロファージに特異的な遺伝子が、GAよりもPGで高発現であるそれらの遺伝子の中で有意にエンリッチされたことを示した(図9E)。IL1Bはまた、それがCD14と高度に相関しているので、単球と関連していると考えられる(図13)。最後に、IL1Bレベルは、ANOVA(p<0.043に調整)とバックグラウンド除去のLIMMA(p<0.037に調整)の両方で、GAよりもPGにおいて有意に高い(表8)。
実験計画、データ収集、および前処理
実験計画、データ収集および前処理工程は、既に記載されている(15)。簡単に説明すると、(Balb/c×SJL)F1マウスにGA参考基準を注射し、GA応答性T細胞を誘導した。3日後、マウスを屠殺し、それらの脾臓細胞を単離し、これらの脾臓細胞を24時間アクチベータ溶液と混合した。アクチベータ溶液は、複数バッチのGA、ならびにグラチラマーアセテート参考基準、および複数バッチのPG(Glatimer, Natco Pharma, Ltd., Hyderabad, India)を含む。次いで、RNAを抽出し、Illumina WG−6_V2チップを使用するマイクロアレイによって遺伝子発現を特性決定した。画像処理、ビーズ当たりのシグナル強度の定量、およびバックグラウンドシグナルの補正には、IlluminaのBeadStudioソフトウェアを利用した。マイクロアレイデータは、アクセッション番号GSE40566で、Gene Expression Omnibusに集積した。
本発明者らは、Rの「preprocessCore」パッケージによって、46,547個のプローブ全体にわたり、214のサンプルすべてに関する抽出データを変位値正規化した(29)。次いで、本発明者らは、RのSVAパッケージにおいて実行されるComBat(30)でバッチ変動を修正した(62)。各々のマイクロアレイチップの記号はバッチ標識を提供していた;バッチは全部で18であった。処置用の標識(すなわち、医薬品、参考基準…)は共変量として添加した。
活性化によって特異的に誘導される変動(実験ノイズとは対照的に)を有するプローブを同定するため、本発明者らは、培養基よりもGAまたはPGの何れかで活性化した場合に有意に変動し得るプローブを同定しようと試みた。F検定を使用して、本発明者らは、各々のプローブについてGAを培養基と比較し、PGを培養基と比較した。次いで、本発明者らは、処置の何れかが培養基よりも高い変動に達するプローブのセットを取得した(ユニオン、少なくとも1つの経路を通過)。プローブ単独のそれらのセットに関して、本発明者らは、F−検定を利用してGAからPGの変動を比較し、プローブ間の差異の有意性を測定した。
大規模な生産方法の目的は、小規模生産された製品と同じ品質の製品を大量に生産することである。GAとPGの方法の均質性を評価するため、本発明者らは比較の基準を求めた。この比較の基準は、培養基と比較した参考基準の絶対倍差によりトップ1000のプローブをまず同定することにより構築した(表13)。リストは、培養基と比較してアップレギュレートおよびダウンレギュレートされたプローブを含む。プローブは、参考基準によりアップレギュレートされたものは6.00以上の平均参考基準発現を有する必要があり、参考基準によりダウンレギュレートされたものが6.00以上の平均培養基発現を有する必要があるように選別された。このことは、リストの1000のプローブがともに参考基準によりも有意に影響が及ぼされ、しかも十分に発現されて、発現の低いプローブに関連するノイズを確実に回避させた。
PGサンプルとGAサンプルでの変動における相対的差異を測定するため、本発明者らは、処置の各々のセット(GAおよびPG)に関する母分散の不偏推定値として標本分散を利用した。簡単に説明すると、本発明者らは、イルミナ(Illumina)マイクロアレイ中の各々のプローブについて、PGサンプルでの分散値をGAサンプルでの分散値で除算した比を計算した。この測定は、処置間の各々のプローブでの分散値の直観的比較を提供し、この比はF−検定によって計算される基礎統計である(63)。次いで、本発明者らは、1以上の比(GAと比較してPGで変動が高い)から1未満まで(PGと比較してGAで変動が高い)プローブをソートした。
PGおよびGAで処理したサンプルの変動を解析および比較するため、本発明者らは、発現が高く(ランクによる最も高い発現のトップ10%)変動係数の高い(CV、ランクによる最も高いCVのトップ10%)ものまでプローブのリストを限定した。組み合わせた基準によって、ともに発現が高く(平均log2強度>=9)変動が高い(平均CV>=2%)315個のプローブのセットが得られた。
プローブ強度とプローブ変動の関係を測定するため、本発明者らは、正規化/バッチ補正後に、各々のプローブのlog2強度を計算した(技術的反復を平均して、技術的問題により発生した変動よりもむしろ生物学的変動に焦点をあてる(64))。本発明者らはまた、その平均log2強度で各々のプローブの標準偏差を除算することによって、CVと表示した変動係数を計算した。次いで、本発明者らは、X軸上のプローブのlog2強度とY軸上のCVを使用して、すべてのプローブに関する関係をプロットした。プロットは、強度の高いプローブの低CVに対するバイアス、およびその逆を示す。このバイアスにもかかわらず、本発明者らは、なおも、クラスとして、PG処理サンプルは、2つの処理と培養基の間で変動の高いプローブの数に基づきGA処理サンプルと比較して(F−検定により測定した場合)総括的に有意に高い変動を示すと考える。
PGとGAの間の示差的発現プローブを見出すため、本発明者らは、プローブレベルで様々な統計的検定を利用し、異なる方法全体の結果を統合した。まず、本発明者らは、各々のプローブに分散解析法(ANOVA)を使用して、処理間の差次的発現の統計的有意差を計算し(65)、Benjamini−Hochbergの偽発見率(False Discovery Rate)(FDR)補正法を使用して多重仮説検定について調節した(66)。次に、本発明者らは、マイクロアレイのための線形モデル(LIMMA)データ解析(67、68)Rパッケージ、Bioconductorフレームワーク部分(69)を利用してPGおよびGAのサンプルを比較し、培養基からの固定効果について調節する線形モデルに適合させた(効果=(GA−PG)−(PG−培養基))。線形モデルの係数は、改良t−検定を使用して有意性に関して試験し(標準偏差を考慮)、各々のプローブに関するp値はFDRを使用して調整した(66)。同時に、本発明者らは、GenePattern(70)で実施される比較マーカー選択を使用し、PGとGAの間のプローブを直接比較した。本発明者らは、このフレームワーク内で2つの個別の技術;従来のt−検定およびシグナル対ノイズ比検定(Signal-to-Noise Ratio test)(SNR)を適用した。これらの2つのそれぞれの検定について、本発明者らはFDRにより公称p値を調整した。記載した4つのすべての検定について、本発明者らは、0.05以下の調整閾値を使用した。
PGおよびGAのサンプルにおけるプローブ発現分布の自然変動のため、本発明者らは、ノンパラメトリック手法によって差異を同定しようと試みた。これに関し、本発明者らは、各々のプローブについて、R(R version 2.15.1(2012−06−22))で実施されるウィルコクソン順位和検定(71)を使用した。
FoxP3転写因子の下流遺伝子が2つの処置によってどのようにモジュレートされたかを検討するため、本発明者らは、ChIP(クロマチン免疫沈降法)によりFoxP3結合部位を有し、FoxP3−T細胞と比較して示差的発現される遺伝子を含むヒト胸腺および末梢から単離されたFoxP3+T細胞由来のZheng et al.(72)により構築された遺伝子セットを利用した。ヒトからマウスへのオルソロジーマッピングは、マウスゲノムデータベース(73)が提供するマップを使用して実施した。次いで、本発明者らは、遺伝子セットエンリッチメントアルゴリズム(GSEA)(48)を使用して、培養基と比較してGAで、および培養基と比較してPGでアップレギュレートされた遺伝子のFoxP3標的のエンリッチメントを測定した。簡単に説明すると、GSEAは、インプットとして遺伝子セット(この場合、FoxP3標的のセット)と発現マトリックス(PGもしくはGAまたは未処置/培養基の何れかで処置されたサンプルのセット)を入力し、次いで、各々のクラス/処置に関する発現マトリックスにおけるそれらの発現に基づいて遺伝子をランク化する。次いで、GSEAは、各々の処置に対して過剰出現した各々の遺伝子セットがどの程度の発現の極値(高発現または低発現)であるかに基づいて、各々の遺伝子セットのエンリッチメントスコアを計算する。
本発明者らは、ANOVA系パターン同定法と呼ばれる技術を使用して、実験条件全体の発現の特異的パターンと一致するプローブを同定しようと試みた。
遺伝子セットにおいて細胞型特異性を測定するため、本発明者らは、Benitaらのエンリッチメントツール(74)を利用し、IMMGEN(Immunological Genome Project)における各々の細胞型に各々の遺伝子を関連づける特異性スコアを計算した(75)。次いで、本発明者らは超幾何検定を利用し、各々の細胞型にわたって遺伝子セットに関する合計特異性スコアの有意性を計算した。最後に、本発明者らは、多重仮説検定に関するBenjamini−Hochbergの偽発見率(False Discovery Rate)(FDR)補正法を使用して、超幾何学的エンリッチメントによる各々のp値アウトプットを調整した(66)。
遺伝子リストの機能的有意性を評価するため(テストセット)、本発明者らは、MSigDB(17)のデータベースのバージョン3.1を参照セットとして使用した。本発明者らは、標準の超幾何学的エンリッチメント検定を、本発明者らのテストセットからの少なくとも3つの遺伝子が参照セットに存在する追加の判定基準とともに実施した。次いで、本発明者らは、Benjamini−Hochberg補正手順を適用し、0.05の有意閾値を使用した。
本発明者らは、画期的な新薬の免疫学的影響をPGの影響と比較するための一連の計算方法を開発した。
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Claims (43)
- グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する方法であって、
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品のバッチを得る工程と;
b)所定量のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品で哺乳動物を免疫する工程と;
c)免疫後、所定時間に、工程b)の前記哺乳動物由来の細胞培養物を調製する工程と;
d)工程c)の前記培養物からの細胞を、所定量の工程a)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品とインキュベートする工程と;
e)Gene Expression Omnibusのアクセッション番号GSE40566におけるグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品によって制御される遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;CD40、CD86、GATA3、HLA−DMA、HLA−DMB、ICOS、IFNG、IFNGR2、IL2、IL13、IL4、IL18、IL12RB1、IL17A、IL17F、IL18R1、IL2RA、IL2RG、IL4R、IL6R、TBX21、TGFBR2、TNF、FOXP3、IL10RB、KLRD1、CD69、LTB、CD83、PRF1、CAMK2D、LTA、FSCN1、TLR7、CSF2、CCR7、FASLG、IL1A、CCL5、CD8B、CXCL10、TLR2、CCL4、TLR7、IGHA1、IL24、SOCS1、OAS1、JAK1、PTPN2、IFITM1、IFI35、STAT2、BCL2、MVD、FDPS、SQLE、NSDHL、DHCR24、Acat2/Acat3、MSMO1、LSS、CYP51A1、NFKBIE、PIK3R1、PPP3CC、CD3D、IL2RB、PTEN、CD3G、ICOS、CAMK2D、NFAT5、LAT、ITK、H2−M2、FASLG、LIF、IGHA1、PRKACB、SGK1、MAPK11、TSC22D3、JUN、FKBP5、ADRB2、MAP3K1、MAPK12、POU2F1、SMARCA2、CDKN1A、TGFB3、HSP90AA1、DHCR24、CCR5、およびCXCL9からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;表12に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程と
を含み、
それにより、工程a)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する方法であって、
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品のバッチを得る工程と;
b)所定量のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品で哺乳動物を免疫する工程と;
c)免疫後、所定時間に、工程b)の前記哺乳動物由来の細胞培養物を調製する工程と;
d)工程c)の前記培養物からの細胞を、所定量の工程a)の前記グラチラマーアセテート薬剤関連物質または医薬品とインキュベートする工程と;
e)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定する工程と
を含み、
それにより、工程a)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定する、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を識別する方法であって、
i)請求項1または請求項2の方法に従って2つ以上のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を特性決定し、それぞれの前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の特性を得る工程と;
ii)工程i)で得られた前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の特性を比較する工程と
を含み、
それにより、前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を識別する、方法。 - 前記哺乳動物がげっ歯動物である、請求項1〜3の何れか1項の方法。
- 工程c)の前記培養物が初代培養物である、請求項1〜4の何れか1項の方法。
- 工程a)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品がグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品である、請求項1〜5の何れか1項の方法。
- 工程a)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品がグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品以外のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品である、請求項1〜5の何れか1項の方法。
- 工程b)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品がグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品である、請求項1〜7の何れか1項の方法。
- 工程b)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品がグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品以外のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品である、請求項1〜7の何れか1項の方法。
- 工程b)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品が工程a)と同一のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品である、請求項1〜7の何れか1項の方法。
- 工程b)の前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品が工程a)のグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品とは異なるグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品である、請求項1〜7の何れか1項の方法。
- グラチラマーアセテート関連医薬物質を含む医薬品を生産する方法において、改良が、
i)請求項1の方法に従って前記グラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定することを含む、工程と;
ii)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a,およびCcl3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、ダウンレギュレーションの欠如を示す場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質を含む医薬品を生産する方法において、改良が、
i)請求項1の方法に従って前記グラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定することを含む、工程と;
ii)FoxP3の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質を含む医薬品を生産する方法において、改良が、
i)請求項2の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬物質を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定することを含む、工程と;
ii)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、医薬品中の含有物として許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質のバッチを処分する工程と
を含む、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質を含む医薬品をリリースする方法において、改良が、
i)請求項1の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定すること;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定することを含む、工程と;
ii)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、およびCcl3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーション示すか、もしくはダウンレギュレーションの欠如を示す場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質を含む医薬品をリリースする方法において、改良が、
i)請求項1の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定することを含む、工程と;
ii)FoxP3の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質を含む医薬品をリリースする方法において、改良が、
i)請求項2の方法に従ってグラチラマーアセテート関連医薬品を特性決定する工程であり、
ここで、工程e)は、抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される工程c)の細胞の生物学的活性レベルを判定することを含む、工程と;
ii)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、リリースについて許容できないものとしてグラチラマーアセテート関連医薬品のバッチを処分する工程と
を含む、方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する方法であって、
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品をげっ歯動物に投与する工程と;
b)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制、Foxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択されるげっ歯動物の生物学的活性レベルを判定する工程と;
c)抗原提示細胞への免疫反応、エフェクターリンパ球の分化、Tリンパ球の抑制およびFoxp3ポジティブ制御性T細胞の活性化からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して低い場合、または、単核白血球の広がり、Tリンパ球の増殖、リンパ球の広がり、ナイーブリンパ球の分化、炎症反応、免疫細胞の接着、細胞運動、細胞の遊走性、細胞の走化性、食細胞の細胞移動、単球の走化性、単球の細胞移動および発熱からなる群から選択される生物学的活性レベルが参考基準と比較して高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程と
を含み、
それにより、グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する、
方法。 - グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する方法であって、
a)グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品をげっ歯動物に投与する工程と、
b)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される1つ以上の遺伝子のげっ歯動物における発現レベルを判定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;表12に示した遺伝子からなる群から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを判定する工程;または、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子について遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程と;
c)Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2 Bcl11b、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4の群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して低い場合、または、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、およびCcl3の群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準と比較して高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;表8に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;表10に示した遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが参考基準の発現レベルと実質的に同一でない場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;GPR83、IFNGおよびFoxp3からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、CD14、CD40、TLR2およびIL1Bからなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;FoxP3+T細胞遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが低い場合、または、マクロファージ遺伝子として表12で同定された遺伝子および単球遺伝子として表12で同定された遺伝子からなる群から選択される遺伝子の発現レベルが高い場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程;あるいは、遺伝子セットエンリッチメント解析が、FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞およびCD4+CD8+T細胞からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてダウンレギュレーションを示すか、もしくはアップレギュレーションの欠如を示す場合、または、遺伝子セットエンリッチメント解析が、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についてアップレギュレーションを示すか、もしくはダウンレギュレーションの欠如を示す場合、準最適活性を生じるものとしてグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品を同定する工程と
を含み、
それにより、前記グラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の準最適活性を同定する、方法。 - 前記発現レベルが血液で判定される、請求項18〜19の何れか1項の方法。
- 前記発現レベルがPBMCで判定される、請求項20の方法。
- 前記参考基準がグラチラマーアセテート関連医薬物質または医薬品の投与前の発現レベルである、請求項18〜19の何れか1項の方法。
- 前記参考基準がグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品の投与後の発現レベルである、請求項18〜19の何れか1項の方法。
- 前記げっ歯動物がマウスである、請求項4、請求項18または請求項19の方法。
- 前記マウスがメス(SJL×BALB/C)F1マウスである、請求項24の方法。
- 前記マウスが約8週齢から約12週齢である、請求項24または請求項25の方法。
- 前記初代培養物が脾臓細胞の培養物である、請求項1または請求項2の方法。
- 前記初代培養物がリンパ節細胞の培養物である、請求項1または請求項2の方法。
- 前記脾臓細胞の初代培養物が免疫の約3日後に調製される、請求項28の方法。
- 工程d)の前記インキュベーションが約24時間である、請求項1〜14の何れか1項の方法。
- 前記グラチラマーアセテート関連医薬物質がグラチラモイドであり、または、前記グラチラマーアセテート関連医薬品がグラチラモイドを含む、請求項1〜30の何れか1項の方法。
- 前記グラチラマーアセテート関連医薬物質がグラチラマーアセテート医薬物質以外のグラチラモイドであり、または、前記グラチラマーアセテート関連医薬品がグラチラマーアセテート医薬物質以外のグラチラモイドを含む、請求項1〜30の何れか1項の方法。
- Ecm1、Pres1、Pdlim4、Gpr83、Ifng、Il24、LOC100046608、Gm590、Gpr114、Tmie、Rasgrp1、Myo6、Pfkp、Usp18、Arl4c、Als2cl、2810410P22Rik、Arl5a、Gbp2、Rasgrp1、Ankrd37、Tpi1、4930583H14Rik、Ifit3、LOC667370、Klhdc1、Cd247、Igfbp4、Oas2、Bcl11b、Fscn1、Ctsg、Mpo、Prtn3、Lyzs、Emr1、Chi3l1、Anxa3、Hp、Lyz2、Lyz、Fer1l3、Sirpa、Cd63、Clec4n、Clec4d、EG433016、Stfa1、Chi3l3 Ngp、S100a8、S100a9、Clecsf9、Saa3、5033414K04Rik、Slc7a11、Slpi、Cd14、Fpr2、Fcgr3、F10、Gpnmb、Tgfbi、Mmp14、Slc11a1、C3、Gpr84、Acta2、Lcn2、Hmox1、Tpsab1、Ccl4、Il2、Inhba、Cxcl1、Serpinb2、Upp1、Gpr109a、Gp38、Il1b、Cxcl2、Il1a、Ccl3、6720418B01Rik、5830496L11Rik、Cd8b1、Fcgrt、LOC385615およびScml4からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1、12、15または19の何れか1項の方法。
- Foxp3、Il2、Il1a、Il1b、C3、S100a8、S100a9、Cxcl2、Cxcl3、Ccl4、Ccl3およびCd14からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1の方法。
- Gene Expression Omnibusアクセッション番号GSE40566におけるグラチラマーアセテート医薬物質または医薬品によって制御される遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1の方法。
- CD40、CD86、GATA3、HLA−DMA、HLA−DMB、ICOS、IFNG、IFNGR2、IL2、IL13、IL4、IL18、IL12RB1、IL17A、IL17F、IL18R1、IL2RA、IL2RG、IL4R、IL6R、TBX21、TGFBR2、TNF、FOXP3、IL10RB、KLRD1、CD69、LTB、CD83、PRF1、CAMK2D、LTA、FSCN1、TLR7、CSF2、CCR7、FASLG、IL1A、CCL5、CD8B、CXCL10、TLR2、CCL4、TLR7、IGHA1、IL24、SOCS1、OAS1、JAK1、PTPN2、IFITM1、IFI35、STAT2、BCL2、MVD、FDPS、SQLE、NSDHL、DHCR24、Acat2/Acat3、MSMO1、LSS、CYP51A1、NFKBIE、PIK3R1、PPP3CC、CD3D、IL2RB、PTEN、CD3G、ICOS、CAMK2D、NFAT5、LAT、ITK、H2−M2、FASLG、LIF、IGHA1、PRKACB、SGK1、MAPK11、TSC22D3、JUN、FKBP5、ADRB2、MAP3K1、MAPK12、POU2F1、SMARCA2、CDKN1A、TGFB3、HSP90AA1、DHCR24、CCR5、およびCXCL9からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1の方法。
- 表8に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1、12、15または19の何れか1項の方法。
- 表10に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1、12、15または19の何れか1項の方法。
- FoxP3、GPR83、CD14、TLR2、IFNG、CD40およびIL1Bからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1、12、15または19の何れか1項の方法。
- 表12に示した遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを判定する工程を含む、請求項1、12、15または19の何れか1項の方法。
- FoxP3+CD4+T細胞、CD4+T細胞CD8+T細胞、ガンマデルタT細胞、ナチュラルキラーT細胞、CD4+CD8+T細胞、マクロファージ細胞、単球細胞、間質細胞、多重系列前駆体細胞、樹状細胞、繊維芽細胞網状赤血球、繊維芽細胞および顆粒球からなる群から選択される少なくとも1つの細胞型に関連した遺伝子についての遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程を含む、請求項1、12、15または19の何れか1項の方法。
- 遺伝子セットエンリッチメント解析を判定する工程が、表11に示したランクリストファイルの1つ以上に存在する遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを評価する工程を含む、請求項41の方法。
- 前記参考基準が培養基である、請求項12〜17の何れか1項の方法。
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