JP2016067274A - 物質精製デバイス及びカートリッジ - Google Patents
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Abstract
【課題】水系液体層と油系液体層との界面が安定に維持される物質精製デバイスを提供する。【解決手段】本発明に係る物質精製デバイスは、洗浄流路と、洗浄流路に連通する溶出流路と、を有し、洗浄流路は、第1部分と、流路が延在する方向に直交する平面における断面積が第1部分より小さい第2部分と、を有し、第2部分に洗浄液と洗浄液とは混和しない流体との界面があり、溶出流路は、第3部分と流路が延在する方向に直交する平面における断面積が第3部分より小さい第4部分と、を有し、第4部分に溶出液と溶出液とは混和しない流体との界面があり、洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体であり、溶出液は、物質結合性固相担体から物質を脱離させる液体である。【選択図】図11
Description
本発明は、物質精製デバイス及びカートリッジに関する。
生化学の分野において、PCR(Polymerase Chain Reaction:ポリメラーゼ連鎖反応)の技術が確立されている。最近、PCR法における増幅の精度や検出感度は向上してきており、極微量の検体(DNA等)を増幅し、検出・解析することができるようになってきた。PCRは、増幅の対象とする核酸(標的核酸)及び試薬を含む溶液(反応液)に熱サイクルを施すことで、標的核酸を増幅させる手法である。PCRの熱サイクルとしては、2段階又は3段階の温度で熱サイクルを施す手法が一般的である。
一方、医療の現場におけるインフルエンザ等の感染症の診断は、現状ではイムノクロマト等の簡易検査キットを用いることが主流である。しかし、このような簡易検査では、精度が不十分となる場合があり、より高い検査精度を期待できるPCRを感染症の診断に適用することが望まれている。
近年、PCR法等に用いるデバイスとして、キャピラリー中に、水系液体層と非水溶性のゲル層とを交互に積層し、核酸を付着させた磁性体粒子を通過させることにより、核酸の精製を行うデバイスが提案されている(特許文献1参照)。
しかしながら、特許文献1に開示されたデバイスでは、水系液体層と非水溶性のゲル層とが一定の断面積のキャピラリー内(くびれ等のないキャピラリー内)に交互に配置されている。そのため、例えば、水系液体層又は非水溶性のゲル層の容積を一定以上に保ちつつキャピラリーを短くして小型化する場合には、両層の間の界面の面積が大きくなってしまう。そのため界面の形状や位置が変化しやすくなり、界面が不安定になることが危惧される。
本発明のいくつかの態様に係る目的の1つは、水系液体層と油系液体層との界面が安定に維持される物質精製デバイス又はカートリッジを提供することにある。
本発明は、上記課題の少なくとも一部を解決するために為されたものであり、以下の態様又は適用例として実現することができる。
[適用例1]
本発明に係る物質精製デバイスの一態様は、洗浄流路と、前記洗浄流路に連通する溶出流路と、を有し、前記洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記溶出流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有
し、前記第4部分に溶出液と前記溶出液とは混和しない流体との界面があり、前記洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体であり、前記溶出液は、物質結合性固相担体から物質を脱離させる液体である。
本発明に係る物質精製デバイスの一態様は、洗浄流路と、前記洗浄流路に連通する溶出流路と、を有し、前記洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記溶出流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有
し、前記第4部分に溶出液と前記溶出液とは混和しない流体との界面があり、前記洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体であり、前記溶出液は、物質結合性固相担体から物質を脱離させる液体である。
このような物質精製デバイスは、断面積が小さい第2部分、第4部分に、洗浄液及び溶出液と、これらと混和しない流体との界面がそれぞれ存在する。そのため、界面の面積が小さく、当該界面が変形したり移動したりしにくい。これにより洗浄液、溶出液及びこれらと混和しない流体の、流路の延在する方向における位置を安定に保つことができる。
[適用例2]適用例1において、前記洗浄流路は、複数の前記第1部分と、複数の前記第2部分と、を有してもよく、前記複数の第1部分と、前記複数の第2部分とが、前記流路が延在する方向に交互に配置されてもよい。
このような物質精製デバイスによれば、洗浄流路が、複数の第2部分を含むので、例えば、複数の洗浄液を配置しやすい。そのため、洗浄液で2回以上の洗浄を行いやすく、より効率よく物質の洗浄を行うことができる。
[適用例3]適用例1又は適用例2において、前記第1部分に前記洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があってもよい。
このような物質精製デバイスは、断面積が小さい第2部分に、洗浄液と洗浄液とは混和しない流体との一方の界面が存在し、かつ、断面積が大きい第1部分に、洗浄液と洗浄液とは混和しない流体との他方の界面が存在する。これにより、流路の延在する方向における、洗浄液の位置を安定に保ち、デバイスの流路が延在する方向の長さを長くすることなく、洗浄液の体積を大きくとることができる。そのため、より効率よく物質の洗浄を行うことができる。
[適用例4]本発明に係るカートリッジの一態様は、適用例1ないし適用例3のいずれか一例に記載の物質精製デバイスと、前記溶出流路と連通する反応室を形成する反応容器と、を含み、前記物質は、核酸であり、前記反応室は、前記溶出液とは混和しない流体を含み、前記反応室で核酸増幅反応を行う。
このようなカートリッジによれば、洗浄液及び溶出液とこれらと混和しない流体との各界面の、流路の延在する方向における位置が安定に保たれるので、核酸を容易に精製できるとともに、時間や手間を削減して、効率的に核酸増幅反応を行うことができる。
[適用例5]
本発明に係る物質精製デバイスの一態様は、第1洗浄流路と、前記第1洗浄流路に連通する第2洗浄流路と、を有し、前記第1洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に第1洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記第2洗浄流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有し、前記第4部分に第2洗浄液と前記第2洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記第1洗浄液及び第2洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体である。
本発明に係る物質精製デバイスの一態様は、第1洗浄流路と、前記第1洗浄流路に連通する第2洗浄流路と、を有し、前記第1洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に第1洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記第2洗浄流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有し、前記第4部分に第2洗浄液と前記第2洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記第1洗浄液及び第2洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体である。
このような物質精製デバイスは、断面積が小さい第2部分、第4部分に、洗浄液と、これらと混和しない流体との界面がそれぞれ存在する。そのため、界面の面積が小さく、当該界面が変形したり移動したりしにくい。これにより洗浄液及びこれと混和しない流体の、流路の延在する方向における位置を安定に保つことができる。
[適用例6]本発明に係るカートリッジの一態様は、適用例5に記載の物質精製デバイスと、前記第1洗浄流路又は前記第2洗浄流路と連通する反応室を形成する反応容器と、を含み、前記物質は、核酸であり、前記反応室で核酸増幅反応を行う。
このようなカートリッジによれば、各界面の、流路の延在する方向における位置が安定に保たれるので、核酸を容易に精製できるとともに、時間や手間を削減して、効率的に核酸増幅反応を行うことができる。
以下に本発明の幾つかの実施形態について図面を用いて詳細に説明する。以下に説明する実施形態は、本発明の例を説明するものである。本発明は以下の実施形態になんら限定されるものではなく、本発明の要旨を変更しない範囲において実施される各種の変形形態も含む。なお以下で説明される構成の全てが本発明の必須の構成であるとは限らない。
本実施形態に係る物質精製デバイスは、洗浄流路と、前記洗浄流路に連通する溶出流路と、を有し、前記洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記溶出流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有し、前記第4部分に溶出液と前記溶出液とは混和しない流体との界面があり、前記洗浄液は、物質(生体関連物質)が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体であり、前記溶出液は、物質結合性固相担体から物質を脱離させる液体であることを特徴の一つとする。
また、本実施形態に係る物質精製デバイスは、第1洗浄流路と、前記第1洗浄流路に連通する第2洗浄流路と、を有し、前記第1洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に第1洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記第2洗浄流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有し、前記第4部分に第2洗浄液と前記第2洗浄液とは混和しない流体との界面があり、前記第1洗浄液及び第2洗浄液は、物質(生体関連物質)が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体であることを特徴の一つとする。
すなわち、本実施形態に係る物質精製デバイスは、洗浄流路及び溶出流路の組み合わせを含む態様であってもよく、複数の洗浄流路を含む態様であってもよい。
また、本実施形態に係るカートリッジ(容器組立体)は、上記の物質精製デバイスと、前記溶出流路と連通する反応室を形成する反応容器と、を含み、前記物質は、核酸であり、前記反応室は、前記溶出液とは混和しない流体を含み、前記反応室で核酸増幅反応を行うことを特徴の一つとする。
ここで、生体関連物質としては、生体に関連した物質であって、核酸(DNA、RNA)、ポリペプチド、タンパク質、多糖類などの生体高分子、タンパク質、酵素、ペプチド、ヌクレオチド、アミノ酸、ビタミンなどの生体由来の低分子有機化合物、及び無機化合物などを含む。以下の実施形態では、生体関連物質として核酸を用いて説明する。
また、物質結合性固相担体は、生体関連物質を吸着すなわち可逆的な物理的結合により保持することが可能な物質である。物質結合性固相担体の形状は微粒子であることが好ましいが、これに限らず微細な繊維や網状体であってもよく、特に限定されない。物質結合性固相担体は、生体関連物質を吸着したまま組立体内を所望の方向へ移動させるため、磁性を有することが好ましい。以下の実施形態では、物質結合性固相担体として核酸を吸着する磁気ビーズ30(後述の図7、図8を参照)を用いて説明する。
洗浄液12,14,16(後述の図7、図8を参照)は、生体関連物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄するための液体である。したがって、洗浄液によって物質結合性固相担体を洗浄することにより、物質結合性固相担体に吸着された生体関連物質をより安定に吸着させつつ、他の夾雑物等を取り除くことができる。
洗浄液とは混和しない流体は、洗浄容器内で洗浄液と混和しない流体であり、洗浄液と相分離することができる。洗浄液とは混和しない流体は、洗浄液に対して不活性な物質であり、空気などの気体も含む。洗浄液とは混和しない流体は、洗浄液が水系液体である場合には、これと混和しない例えばオイル、オイルゲルなどを用いることができる。オイルゲルは、液体状のオイルをゲル化剤でゲル化したものである。なお、本実施形態において単に「オイル」という場合にはゲル化したものを除く。以下の実施形態では、洗浄液とは混和しない流体としてオイル20,22,24,26(後述の図7、図8を参照)を用いて説明する。
溶出液32(後述の図7、図8を参照)は、物質結合性固相担体から生体関連物質を脱離させて溶出液中に溶出させるものである。溶出液は、例えば、水や緩衝液を用いることができる。
溶出液とは混和しない流体は、溶出容器内で溶出液と混和しない流体であり、溶出液と相分離することができる。溶出液とは混和しない流体は、溶出液に対して不活性な物質である。以下の実施形態では、洗浄液とは混和しない流体としてオイル26(後述の図7、図8を参照)を用いて説明する。
1.容器組立体の概要
まず、図1〜図4を用いて、本実施形態に係る容器組立体1の概要について説明する。図1は、実施形態に係る容器組立体1(以下、カートリッジということがある)の正面図である。図2は、実施形態に係る容器組立体1の側面図である。図3は、実施形態に係る容器組立体1の平面図である。図4は、実施形態に係る容器組立体1の斜視図である。なお、図1〜図3における容器組立体1の状態を正立状態として説明する。
まず、図1〜図4を用いて、本実施形態に係る容器組立体1の概要について説明する。図1は、実施形態に係る容器組立体1(以下、カートリッジということがある)の正面図である。図2は、実施形態に係る容器組立体1の側面図である。図3は、実施形態に係る容器組立体1の平面図である。図4は、実施形態に係る容器組立体1の斜視図である。なお、図1〜図3における容器組立体1の状態を正立状態として説明する。
容器組立体1は、吸着容器100と、洗浄容器200と、溶出容器300と、反応容器400と、を含む。容器組立体1は、吸着容器100から反応容器400まで連通する図示しない流路を形成する容器である。容器組立体1の流路は、一方の端部はキャップ11
0によって、他方の端部は底部402によって閉じられている。
0によって、他方の端部は底部402によって閉じられている。
容器組立体1は、吸着容器100内で図示しない磁気ビーズに核酸を結合させ、磁気ビーズが洗浄容器200内を移動する間に精製し、溶出容器300内で図示しない溶出液液滴中に核酸を溶出させる前処理と、反応容器400内で核酸を含む溶出液の液滴に対しポリメラーゼ反応の熱サイクル処理と、を行う容器である。
容器組立体1の材質は、特に限定されないが、例えば、ガラス、高分子、金属などとすることができる。容器組立体1の材質にガラスや高分子などの可視光において透明性を有する材質を選択すると、容器組立体1の外部から内部(空洞内)を観察することができるのでより好ましい。また、容器組立体1の材質に、磁力を透過する物質や非磁性体を選択すると、容器組立体1に図示しない磁気ビーズを通過させる場合などに、容器組立体1の外部から磁力を与えることによってこれを行うことが容易化されるため好ましい。容器組立体1の材質は、例えば、ポリプロピレン樹脂であることができる。
吸着容器100は、内部に図示しない吸着液を収容する円筒状のシリンジ部120と、シリンジ部120の内部に挿入された可動式の押子であるプランジャー部130と、プランジャー部130の一方の端部に固定されるキャップ110と、を有する。吸着容器100は、キャップ110をシリンジ部120に対して移動することでプランジャー部130をシリンジ部120の内面に摺動させ、シリンジ部120内に収容した図示しない吸着液を洗浄容器200へ押し出すことができる。なお、吸着液については、後述する。
洗浄容器200は、第1〜第3洗浄容器210,220,230を接合して組み立てることで得られる。第1〜第3洗浄容器210,220,230は、それぞれ内部に図示しないオイル層で仕切られた1つ以上の洗浄液層を有する。そして、第1〜第3洗浄容器210,220,230を接合することで、洗浄容器200は内部に図示しない複数のオイル層によって区切られた複数の洗浄液層を有する。本実施形態の洗浄容器200では第1〜第3洗浄容器210,220,230からなる3つの洗浄容器を用いた例について説明したが、これに限らず、洗浄液層の数に応じて適宜増減することができる。なお、洗浄液については、後述する。
溶出容器300は、洗浄容器200の第3洗浄容器230に接合され、内部に溶出液をプラグの形状を維持可能に収容する。ここで、「プラグ」とは、流路内において、特定の液体が一区画を占める場合の液体を意味する。より具体的には、特定の液体のプラグは、流路の長手方向において、実質的に当該特定の液体のみが内部を占める柱状のものを指し、液体のプラグによって流路の内部の一定の空間が区画されている状態を示す。ここでの実質的にとの表現は、プラグの周囲、すなわち流路の内壁に少量(例えば薄膜状)の他の物質(液体等)が存在していてもよいことを指す。なお、溶出液については、後述する。
核酸精製デバイス5は、吸着容器100と、洗浄容器200と、溶出容器300と、を含む。
反応容器400は、溶出容器300に接合され、溶出容器300から押し出された液体を受け入れる容器であると共に、熱サイクル処理時に検体を含む溶出液の液滴を収容する容器である。また、反応容器400は、図示しない試薬を収容する。なお、試薬については、後述する。
2.容器組立体の詳細構造
次に、容器組立体1の詳細構造について、図5及び図6を用いて説明する。図5は、実施形態に係る容器組立体1の図3におけるA−A断面図である。図6は、実施形態に係る
容器組立体1の図3におけるC−C断面図である。なお、実際には、容器組立体1は、洗浄液などの内容物が充填された状態で組み立てられるものであるが、図5及び図6では容器組立体1の構造を説明するため内容物の記載を省略する。
次に、容器組立体1の詳細構造について、図5及び図6を用いて説明する。図5は、実施形態に係る容器組立体1の図3におけるA−A断面図である。図6は、実施形態に係る
容器組立体1の図3におけるC−C断面図である。なお、実際には、容器組立体1は、洗浄液などの内容物が充填された状態で組み立てられるものであるが、図5及び図6では容器組立体1の構造を説明するため内容物の記載を省略する。
2−1.吸着容器
吸着容器100は、シリンジ部120の一方の開口端部からプランジャー部130が挿入され、プランジャー部130の開口端部にはキャップ110が挿入されている。キャップ110は、その中央に通気部112を有し、プランジャー部130を操作したときに通気部112によってプランジャー部130の内圧の変化を抑えることができる。
吸着容器100は、シリンジ部120の一方の開口端部からプランジャー部130が挿入され、プランジャー部130の開口端部にはキャップ110が挿入されている。キャップ110は、その中央に通気部112を有し、プランジャー部130を操作したときに通気部112によってプランジャー部130の内圧の変化を抑えることができる。
プランジャー部130は、シリンジ部120の内周面を摺動する略円筒状の押子であり、キャップ110が挿入された開口端部と、該開口端部に対向する底部からシリンジ部120の長手方向に延びる棒状部132と、棒状部132の先端の先端部134と、を有する。棒状部132はプランジャー部130の底部の中央から突出しており、棒状部132の周囲には貫通孔が形成されてプランジャー部130内とシリンジ部内120とは連通する。
シリンジ部120は、容器組立体1の流路2の一部を構成し、プランジャー部130を収容する大径部と、該大径部より内径が小さい小径部と、大径部から小径部へ内径を縮径する縮径部と、該小径部の先端に吸着挿入部122と、吸着挿入部122の周囲を覆う円筒状の吸着カバー部126と、を有する。容器組立体1の流路2の一部となる大径部、小径部及び吸着挿入部122は、略円筒状である。
プランジャー部130の先端部134は、作業者への提供時において、シリンジ部120の小径部を封止して大径部及び縮径部と小径部とを仕切り、2つの区画を形成する。
シリンジ部120の吸着挿入部122は、洗浄容器200における第1洗浄容器210の一方の開口端部である第1受入部214内に挿入して嵌合することでシリンジ部120と第1洗浄容器210とを接合する。吸着挿入部122の外周面と第1受入部214の内周面とは密着して内容物である液体が外部へ漏れることを防止する。
2−2.洗浄容器
洗浄容器200は、容器組立体1の流路2の一部を構成し、第1〜第3洗浄容器210,220,230からなる組立体である。第1〜第3洗浄容器210,220,230は、基本的な構造は同じであるので、第1洗浄容器210の構造について説明し、第2、第3洗浄容器220,230についての説明は省略する。
洗浄容器200は、容器組立体1の流路2の一部を構成し、第1〜第3洗浄容器210,220,230からなる組立体である。第1〜第3洗浄容器210,220,230は、基本的な構造は同じであるので、第1洗浄容器210の構造について説明し、第2、第3洗浄容器220,230についての説明は省略する。
第1洗浄容器210は、容器組立体1の長手方向に延びる略円筒状であって、一方の開口端部に形成された第1挿入部212と、他方の開口端部に形成された第1受入部214と、第1挿入部212の周囲を覆う円筒状の第1カバー部216と、を有する。
第1挿入部212の外径は第2受入部224の内径と略同じである。また、第1受入部214の内径は吸着挿入部122の外径と略同じである。
第1洗浄容器210の第1挿入部212を第2洗浄容器220の第2受入部224に挿入して嵌合することで、第1挿入部212の外周が第2受入部224の内周と密着してシールすると共に、第1洗浄容器210と第2洗浄容器220とを接合する。同様にして、第1〜第3洗浄容器210,220,230が連結されて洗浄容器200を形成する。ここで「シールする」とは、少なくとも容器等に収容された液体または気体が外部に漏れないように封ずることであり、外部から内部へ液体または気体が侵入することを封ずること
を含んでもよい。
を含んでもよい。
2−3.溶出容器
溶出容器300は、容器組立体1の長手方向に延びる略円筒状であって、容器組立体1の流路2の一部を構成する。溶出容器300は、一方の開口端部に形成された溶出挿入部302と、他方の開口端部に形成された溶出受入部304と、を有する。
溶出容器300は、容器組立体1の長手方向に延びる略円筒状であって、容器組立体1の流路2の一部を構成する。溶出容器300は、一方の開口端部に形成された溶出挿入部302と、他方の開口端部に形成された溶出受入部304と、を有する。
溶出受入部304の内径は第3洗浄容器230の第3挿入部232の外径と略同じである。第3挿入部232を溶出受入部304に挿入して嵌合することで、第3挿入部232の外周が溶出受入部304の内周と密着してシールすると共に、第3洗浄容器230と溶出容器300とを接合する。
2−4.反応容器
反応容器400は、容器組立体1の長手方向に延びる略円筒状であって、容器組立体1の流路2の一部を構成する。反応容器400は、開口端部に形成された反応受入部404と、他方の閉じた端部に形成された底部402と、反応受入部404を覆うリザーバー部406と、を有する。
反応容器400は、容器組立体1の長手方向に延びる略円筒状であって、容器組立体1の流路2の一部を構成する。反応容器400は、開口端部に形成された反応受入部404と、他方の閉じた端部に形成された底部402と、反応受入部404を覆うリザーバー部406と、を有する。
反応受入部404の内径は、溶出容器300の溶出挿入部302の外径と略同じである。溶出挿入部302を反応受入部404に挿入して嵌合することで、溶出容器300と反応容器400は接合する。
反応受入部404の周囲には所定の空間を有するリザーバー部406が設けられる。リザーバー部406は、プランジャー部130の移動によって反応容器400から溢れ出る液体を受容できる容積を有する。
3.容器組立体の内容物及び容器組立体の操作
次に、容器組立体1の内容物について図7の(a)を用いて説明し、容器組立体1の操作について図7及び図8を用いて説明する。図7は、実施形態に係る容器組立体1の操作を説明する模式図である。図8は、実施形態に係る容器組立体1の操作を説明する模式図である。なお、図7及び図8では内容物の状態を説明するため、各容器を流路2で表現し、外形状や接合構造については省略している。
次に、容器組立体1の内容物について図7の(a)を用いて説明し、容器組立体1の操作について図7及び図8を用いて説明する。図7は、実施形態に係る容器組立体1の操作を説明する模式図である。図8は、実施形態に係る容器組立体1の操作を説明する模式図である。なお、図7及び図8では内容物の状態を説明するため、各容器を流路2で表現し、外形状や接合構造については省略している。
3−1.内容物
図7の(a)は、図1の状態における流路2内の内容物の状態を示す。流路2内の内容物は、キャップ110側から反応容器400へ向かって順に、吸着液10、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、磁気ビーズ30、第3オイル24、第3洗浄液16、第4オイル26、溶出液32、第4オイル26、試薬34である。
図7の(a)は、図1の状態における流路2内の内容物の状態を示す。流路2内の内容物は、キャップ110側から反応容器400へ向かって順に、吸着液10、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、磁気ビーズ30、第3オイル24、第3洗浄液16、第4オイル26、溶出液32、第4オイル26、試薬34である。
流路2は、容器組立体1の長手方向に直交する面の断面積が大きい部分(流路2の太い部分)と小さい部分(流路2の細い部分)とが交互に配置される。第1〜第4オイル20,22,24,26及び溶出液32は、その各液の一部または全部が流路2の細い部分に収容されている。流路2の細い部分の断面積は、隣接する互いに混和しない液体(流体であってもよい。以下同じ)の界面が流路2の細い部分に配置された場合に、その界面を安定に維持可能な面積を有する。したがって、流路2の細い部分に配置された液体によって、その液体とその液体の上下に配置された他の液体との配置関係を安定に維持することができる。また、流路2の細い部分に配置された液体と流路2の太い部分に配置された他の液体との界面が流路2の太い部分に形成される場合であっても、強い衝撃によってその界面が乱れても、静止した状態に置くことで、界面は所定の位置で安定に形成される。
流路2の細い部分は、吸着挿入部122、第1挿入部212、第2挿入部222、第3挿入部232、溶出挿入部302の内側に形成され、溶出容器300においては溶出挿入部302を超えて上方へ延在する。なお、流路2の細い部分に収容された液体は、容器を組み立てる前であっても安定に維持される。
3−1−1.オイル
第1〜第4オイル20,22,24,26は、いずれもオイルからなり、図7の状態において各オイルの前後の液体の間でプラグとして存在する。第1〜第4オイル20,22,24,26がプラグとして存在するために、各オイルの前後で隣接する液体は、互いに相分離する液体、すなわち混和しない液体が選択される。また、第1〜第4オイル20,22,24,26を構成するオイルは、互いに異なる種類のオイルであってもよい。これらに用いることができるオイルとしては、例えば、ジメチルシリコーンオイル等のシリコーン系オイル、パラフィン系オイル及びミネラルオイル並びにそれらの混合物から選択される一種を挙げることができる。
第1〜第4オイル20,22,24,26は、いずれもオイルからなり、図7の状態において各オイルの前後の液体の間でプラグとして存在する。第1〜第4オイル20,22,24,26がプラグとして存在するために、各オイルの前後で隣接する液体は、互いに相分離する液体、すなわち混和しない液体が選択される。また、第1〜第4オイル20,22,24,26を構成するオイルは、互いに異なる種類のオイルであってもよい。これらに用いることができるオイルとしては、例えば、ジメチルシリコーンオイル等のシリコーン系オイル、パラフィン系オイル及びミネラルオイル並びにそれらの混合物から選択される一種を挙げることができる。
3−1−2.吸着液
吸着液10とは、磁気ビーズ30に核酸を吸着させる場となる液体のことを指し、例えば、カオトロピック物質を含む水溶液である。吸着液10としては、例えば、5Mグアニジンチオシアン酸塩、2%Triton X−100、50mM Tris−HCl(pH7.2)を用いることができる。吸着液10はカオトロピック物質を含有すれば特に限定されないが、吸着液10には細胞膜の破壊あるいは細胞中に含まれるタンパク質を変性させる目的で界面活性剤を含有させてもよい。この界面活性剤としては、一般に細胞等からの核酸抽出に使用されるものであれば特に限定されないが、具体的には、Triton−Xなどのトリトン系界面活性剤やTween20などのツイーン系界面活性剤のような非イオン性界面活性剤、N−ウラロイルサルコシンナトリウム(SDS)等の陰イオン性界面活性剤が挙げられるが、特に非イオン性界面活性剤を、0.1〜2%の範囲となるように使用するのが好ましい。さらには、2−メルカプトエタノールあるいはジチオスレイトール等の還元剤を含有させることが好ましい。溶解液は、緩衝液であってもよいが、pH6〜8の中性であることが好ましい。これらのことを考慮し、具体的には、3M〜7Mのグアニジン塩、0%〜5%の非イオン性界面活性剤、0mM〜0.2mMのEDTA、0M〜0.2Mの還元剤等を含有することが好ましい。
吸着液10とは、磁気ビーズ30に核酸を吸着させる場となる液体のことを指し、例えば、カオトロピック物質を含む水溶液である。吸着液10としては、例えば、5Mグアニジンチオシアン酸塩、2%Triton X−100、50mM Tris−HCl(pH7.2)を用いることができる。吸着液10はカオトロピック物質を含有すれば特に限定されないが、吸着液10には細胞膜の破壊あるいは細胞中に含まれるタンパク質を変性させる目的で界面活性剤を含有させてもよい。この界面活性剤としては、一般に細胞等からの核酸抽出に使用されるものであれば特に限定されないが、具体的には、Triton−Xなどのトリトン系界面活性剤やTween20などのツイーン系界面活性剤のような非イオン性界面活性剤、N−ウラロイルサルコシンナトリウム(SDS)等の陰イオン性界面活性剤が挙げられるが、特に非イオン性界面活性剤を、0.1〜2%の範囲となるように使用するのが好ましい。さらには、2−メルカプトエタノールあるいはジチオスレイトール等の還元剤を含有させることが好ましい。溶解液は、緩衝液であってもよいが、pH6〜8の中性であることが好ましい。これらのことを考慮し、具体的には、3M〜7Mのグアニジン塩、0%〜5%の非イオン性界面活性剤、0mM〜0.2mMのEDTA、0M〜0.2Mの還元剤等を含有することが好ましい。
ここで、カオトロピック物質とは、水溶液中でカオトロピックイオン(イオン半径の大きな1価の陰イオン)を生じ、疎水性分子の水溶性を増加させる作用を有しており、核酸の固相担体への吸着に寄与するものであれば、特に限定されない。具体的には、グアニジン塩酸塩、ヨウ化ナトリウム、過塩素酸ナトリウム等が挙げられるが、これらのうち、タンパク質変成作用の強いグアニジンチオシアン酸塩またはグアニジン塩酸塩が好ましい。これらのカオトロピック物質の仕様濃度は、各物質によって異なり、例えば、グアニジンチオシアン酸塩を使用する場合には、3M〜5.5Mの範囲で、グアニジン塩酸塩を使用する場合は、5M以上で使用するのが好ましい。
水溶液中にカオトロピック物質が存在することによって、水溶液中の核酸は、水分子に囲まれて存在するよりも、固体に吸着して存在するほうが熱力学的に有利となるため、磁気ビーズ30の表面に吸着することとなる。
3−1−3.洗浄液
第1〜第3洗浄液12,14,16は、核酸の結合した磁気ビーズ30を洗浄するものである。
第1〜第3洗浄液12,14,16は、核酸の結合した磁気ビーズ30を洗浄するものである。
第1洗浄液12は、第1オイル20及び第2オイル22のいずれとも相分離する液体である。第1洗浄液12は、水または低塩濃度水溶液であることが好ましく、低塩濃度水溶液の場合、緩衝液であることが好ましい。低塩濃度水溶液の塩濃度は、100mM以下が好ましく、50mM以下がより好ましく、10mM以下が最も好ましい。また、第1洗浄液12は、上述したような界面活性剤を含有してもよく、pHは特に限定されない。第1洗浄液12を緩衝液とするための塩は特に限定されないが、トリス、ヘペス、ピペス、リン酸などの塩が好ましい。さらに、第1洗浄液12は、アルコールを核酸の担体への吸着、逆転写反応、PCR反応などを阻害しない量だけ含むことが好ましい。この場合、アルコール濃度は特に限定されない。
なお、第1洗浄液12にカオトロピック物質を含有させてもよい。例えば、第1洗浄液12にグアニジン塩酸塩を含有させると、磁気ビーズ30等に吸着した核酸の吸着を維持または強化しつつ磁気ビーズ30等を洗浄することができる。
第2洗浄液14は、第2オイル22及び第3オイル24のいずれとも相分離する液体である。第2洗浄液14は、基本的に、第1洗浄液12と同じでも異なる組成であってもよいが、カオトロピック物質を事実上含まない溶液であるほうが好ましい。後の溶液に、カオトロピック物質の持ち込みを無くすためである。第2洗浄液14としては、例えば5mMトリス塩酸緩衝液からなってもよい。第2洗浄液14は、上述したように、アルコールを含むことが好ましい。
第3洗浄液16は、第3オイル24及び第4オイル26のいずれとも相分離する液体である。第3洗浄液16は、基本的に、第2洗浄液14と同じでも異なる組成であってもよいが、アルコールを含まない。また、第3洗浄液16は、アルコールを反応容器400に持ち込むことを防止するためにクエン酸を含むことができる。
3−1−4.磁気ビーズ
磁気ビーズ30は、核酸を吸着するビーズであり、容器組立体1の外にある磁石3によって移動させることができるように比較的強い磁性を有することが好ましい。磁気ビーズ30は、例えば、シリカビーズまたはシリカコーティングされたビーズであってもよい。磁気ビーズ30は、好ましくはシリカコーティングされたビーズであってもよい。
磁気ビーズ30は、核酸を吸着するビーズであり、容器組立体1の外にある磁石3によって移動させることができるように比較的強い磁性を有することが好ましい。磁気ビーズ30は、例えば、シリカビーズまたはシリカコーティングされたビーズであってもよい。磁気ビーズ30は、好ましくはシリカコーティングされたビーズであってもよい。
3−1−5.溶出液
溶出液32は、第4オイル26と相分離する液体であり、溶出容器300中の流路2内で第4オイル26,26に挟まれたプラグとして存在する。溶出液32は、磁気ビーズ30に吸着した核酸を、磁気ビーズ30から溶出液32中に溶出させる液体である。また、溶出液32は、加熱によって第4オイル26中で液滴となる。溶出液32は、例えば、純水を用いることができる。ここで、「液滴」とは、自由表面で囲まれた液体である。
溶出液32は、第4オイル26と相分離する液体であり、溶出容器300中の流路2内で第4オイル26,26に挟まれたプラグとして存在する。溶出液32は、磁気ビーズ30に吸着した核酸を、磁気ビーズ30から溶出液32中に溶出させる液体である。また、溶出液32は、加熱によって第4オイル26中で液滴となる。溶出液32は、例えば、純水を用いることができる。ここで、「液滴」とは、自由表面で囲まれた液体である。
3−1−6.試薬
試薬34は、反応に必要な成分を含む。試薬34は、反応容器400における反応がPCRである場合には、溶出液の液滴36(図8を参照)の中に溶出させた標的核酸(DNA)を増幅するためDNAポリメラーゼなどの酵素及びプライマー(核酸)と、増幅産物を検出するための蛍光プローブのうち少なくとも一つが含まれていることができ、ここでは、プライマー、酵素及び蛍光プローブの全てが含まれている。試薬34は、第4オイル26とは相溶せず、核酸を含む溶出液32の液滴36に接すると溶けて反応するものであり、反応容器400内の流路2の重力方向における最下部の領域に固体状態で存在する。例えば、試薬34は、凍結乾燥(フリーズドライ)したものを用いることができる。
試薬34は、反応に必要な成分を含む。試薬34は、反応容器400における反応がPCRである場合には、溶出液の液滴36(図8を参照)の中に溶出させた標的核酸(DNA)を増幅するためDNAポリメラーゼなどの酵素及びプライマー(核酸)と、増幅産物を検出するための蛍光プローブのうち少なくとも一つが含まれていることができ、ここでは、プライマー、酵素及び蛍光プローブの全てが含まれている。試薬34は、第4オイル26とは相溶せず、核酸を含む溶出液32の液滴36に接すると溶けて反応するものであり、反応容器400内の流路2の重力方向における最下部の領域に固体状態で存在する。例えば、試薬34は、凍結乾燥(フリーズドライ)したものを用いることができる。
3−2.容器組立体の操作
容器組立体1の操作の一例として、図7及び図8を用いて説明する。
容器組立体1の操作の一例として、図7及び図8を用いて説明する。
容器組立体1の操作は、
(A)吸着容器100、洗浄容器200、溶出容器300及び反応容器400を接合して容器組立体1を組み立てる工程と、
(B)吸着液10が収容された吸着容器100に、核酸を含有する検体を導入する工程と、
(C)第2洗浄容器220から吸着容器100へ磁気ビーズ30を移動する工程と、
(D)吸着容器100を揺動して核酸を磁気ビーズ30に吸着させる工程と、
(E)吸着容器100から、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、第3洗浄液16及び第4オイル26の順に通過して、溶出容器300へ、核酸が吸着した磁気ビーズ30を移動する工程と、
(F)溶出容器300内で、溶出液32に対して磁気ビーズ30から核酸を溶出させる工程と、
(G)核酸を含む液滴を反応容器400内の試薬34に接触させる工程と、
を含む。
(A)吸着容器100、洗浄容器200、溶出容器300及び反応容器400を接合して容器組立体1を組み立てる工程と、
(B)吸着液10が収容された吸着容器100に、核酸を含有する検体を導入する工程と、
(C)第2洗浄容器220から吸着容器100へ磁気ビーズ30を移動する工程と、
(D)吸着容器100を揺動して核酸を磁気ビーズ30に吸着させる工程と、
(E)吸着容器100から、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、第3洗浄液16及び第4オイル26の順に通過して、溶出容器300へ、核酸が吸着した磁気ビーズ30を移動する工程と、
(F)溶出容器300内で、溶出液32に対して磁気ビーズ30から核酸を溶出させる工程と、
(G)核酸を含む液滴を反応容器400内の試薬34に接触させる工程と、
を含む。
以下、各工程について順番に説明する。
(A)容器組立体1を組み立てる工程
図7の(a)に示すように、組み立てる工程は、吸着容器100から反応容器400までを接合して、吸着容器100から反応容器400まで連続する流路2を形成するように容器組立体1を組み立てる。なお、図7の(a)では、吸着容器100はキャップ110が装着されているが、キャップ110をプランジャー部130に装着するのは(B)工程の後である。
図7の(a)に示すように、組み立てる工程は、吸着容器100から反応容器400までを接合して、吸着容器100から反応容器400まで連続する流路2を形成するように容器組立体1を組み立てる。なお、図7の(a)では、吸着容器100はキャップ110が装着されているが、キャップ110をプランジャー部130に装着するのは(B)工程の後である。
より具体的には、反応容器400の反応受入部404に溶出容器300の溶出挿入部302を挿入し、溶出容器300の溶出受入部304に第3洗浄容器230の第3挿入部232を挿入し、第3洗浄容器230の第3受入部234に第2洗浄容器220の第2挿入部222を挿入し、第2洗浄容器220の第2受入部224に第1洗浄容器210の第1挿入部212を挿入し、第1洗浄容器210の第1受入部214に吸着容器100の吸着挿入部122を挿入する。
(B)検体を導入する工程
導入する工程は、例えば検体が付着した綿棒を、吸着容器100のキャップ110が装着される開口から吸着液10の中に差し入れ、吸着液10にこれを浸漬して行う。より具体的には、吸着容器100のシリンジ部120に挿入された状態のプランジャー部130の一方の端部にある開口から綿棒を差し入れる。次に、綿棒を吸着容器100から取り出し、キャップ110を装着する。これが図7の(a)の状態である。また、検体は、ピペット等によって吸着容器100へ導入してもよい。また、検体がペースト状や固体状であれば、例えば、吸着容器100へ匙やピンセット等によりプランジャー部130の内壁に付着させたり投入したりしてもよい。図7の(a)に示すように、シリンジ部120及びプランジャー部130の中は途中まで吸着液10が充填されているが、キャップ110の装着される開口側には空間が残されている。
導入する工程は、例えば検体が付着した綿棒を、吸着容器100のキャップ110が装着される開口から吸着液10の中に差し入れ、吸着液10にこれを浸漬して行う。より具体的には、吸着容器100のシリンジ部120に挿入された状態のプランジャー部130の一方の端部にある開口から綿棒を差し入れる。次に、綿棒を吸着容器100から取り出し、キャップ110を装着する。これが図7の(a)の状態である。また、検体は、ピペット等によって吸着容器100へ導入してもよい。また、検体がペースト状や固体状であれば、例えば、吸着容器100へ匙やピンセット等によりプランジャー部130の内壁に付着させたり投入したりしてもよい。図7の(a)に示すように、シリンジ部120及びプランジャー部130の中は途中まで吸着液10が充填されているが、キャップ110の装着される開口側には空間が残されている。
検体には標的となる核酸が含まれている。以下、これを単に標的核酸ということがある。標的核酸は、例えば、DNAやRNA(DNA:Deoxyribonucleic Acid、及び/又はRNA:Ribonucleic Asid)である。標的核酸は、検体から抽出され、後述する溶出液32に溶出された後、例えばPCRの鋳型として利用される。検体としては、血液、鼻腔粘液、口腔粘膜、その他各種の生体試料などが挙げ
られる。
られる。
(C)磁気ビーズを移動する工程
磁気ビーズ30を移動する工程は、図7の(a)に示すように第2洗浄容器220の第3オイル24,24に挟まれてプラグ状に存在する磁気ビーズ30を、容器外部に配置した磁石3の磁力を印加した状態で、磁石3を吸着容器100へ向かって移動させることによって行う。
磁気ビーズ30を移動する工程は、図7の(a)に示すように第2洗浄容器220の第3オイル24,24に挟まれてプラグ状に存在する磁気ビーズ30を、容器外部に配置した磁石3の磁力を印加した状態で、磁石3を吸着容器100へ向かって移動させることによって行う。
この磁気ビーズ30の移動に合わせて、あるいはこれより先にキャップ110及びプランジャー部130をシリンジ部120から抜き出す方向へ移動して、吸着液10内の検体をプランジャー部130内からシリンジ部120内へ移動させる。このプランジャー部130の移動によって、先端部134によって塞がれていた流路2は吸着液10へ連通する。
磁気ビーズ30は、磁石3の移動に伴って流路2内を上昇し、図7の(b)に示すように、検体のある吸着液10内へ到達する。
(D)核酸を磁気ビーズに吸着させる工程
核酸を吸着させる工程は、吸着容器100を揺動させて行われる。この工程は、吸着容器100の開口がキャップ110によって吸着液10が漏れ出さないように封止されているので、効率的に行うことができる。この工程により、標的核酸は、カオトロピック剤の作用により、磁気ビーズ30の表面に吸着される。この工程では、磁気ビーズ30の表面に標的核酸以外の核酸や蛋白質が吸着してもよい。
核酸を吸着させる工程は、吸着容器100を揺動させて行われる。この工程は、吸着容器100の開口がキャップ110によって吸着液10が漏れ出さないように封止されているので、効率的に行うことができる。この工程により、標的核酸は、カオトロピック剤の作用により、磁気ビーズ30の表面に吸着される。この工程では、磁気ビーズ30の表面に標的核酸以外の核酸や蛋白質が吸着してもよい。
吸着容器100を揺動させる方法としては、公知のボルテックスシェイカーなどの装置を用いてもよいし、作業者の手で振り混ぜてもよい。また、磁気ビーズ30の磁性を利用して、外部から磁場を与えながら吸着容器100を揺動してもよい。
(E)核酸が吸着した磁気ビーズを移動する工程
核酸が吸着した磁気ビーズ30を移動する工程は、吸着容器100、洗浄容器200及び溶出容器300の外部から磁石3の磁力を印加しながら移動することによって磁気ビーズ30を吸着液10、第1〜第4オイル20,22,24,26及び第1〜第3洗浄液12,14,16の中を移動させる。
核酸が吸着した磁気ビーズ30を移動する工程は、吸着容器100、洗浄容器200及び溶出容器300の外部から磁石3の磁力を印加しながら移動することによって磁気ビーズ30を吸着液10、第1〜第4オイル20,22,24,26及び第1〜第3洗浄液12,14,16の中を移動させる。
磁石3は、例えば、永久磁石、電磁石等を用いることができる。また、磁石3は、作業者の手で動かして行ってもよいし、機械装置等を利用して行ってもよい。磁気ビーズ30は、磁力によって引き寄せられる性質を有しているため、この性質を利用して、吸着容器100、洗浄容器200、そして溶出容器300へと、磁石3の相対的な配置を変化させて、流路2内を移動させる。磁気ビーズ30が各洗浄液を通過するときの速度は特に限定されないし、同一洗浄液内で流路2の長手方向に沿って往復するようにして移動させてもよい。なお、磁気ビーズ30以外の粒子等をチューブ内で移動させる場合は、例えば、重力や電位差を利用してこれを行うことができる。
(F)核酸を溶出させる工程
核酸を溶出させる工程は、溶出容器300内で、溶出液の液滴36に対して磁気ビーズ30から核酸を溶出させる。図7における溶出液32は、溶出容器300の流路の細い部分にプラグとして存在していたが、上記のように磁気ビーズ30を移動させる間に、反応容器400を加熱することで内容液が膨張し、図8に示すように液滴36として溶出容器300内を上方へ移動している。そして、図8の(a)に示すように、磁気ビーズ30が溶出容器300の溶出液の液滴36に到達すると、溶出液の作用により、磁気ビーズ30
に吸着された標的核酸が、溶出液の液滴36内に溶出する。
核酸を溶出させる工程は、溶出容器300内で、溶出液の液滴36に対して磁気ビーズ30から核酸を溶出させる。図7における溶出液32は、溶出容器300の流路の細い部分にプラグとして存在していたが、上記のように磁気ビーズ30を移動させる間に、反応容器400を加熱することで内容液が膨張し、図8に示すように液滴36として溶出容器300内を上方へ移動している。そして、図8の(a)に示すように、磁気ビーズ30が溶出容器300の溶出液の液滴36に到達すると、溶出液の作用により、磁気ビーズ30
に吸着された標的核酸が、溶出液の液滴36内に溶出する。
(G)試薬34に接触させる工程
試薬34に接触させる工程は、核酸を含む液滴36を反応容器400内の最下部にある試薬34に接触させる。具体的には、図8の(b)に示すように、キャップ110を押し、プランジャー部130の先端部134によって第1オイル20を押し下げることで、磁石3の磁力が印加された磁気ビーズ30を所定位置に維持したまま、標的核酸が溶出した溶出液の液滴36が反応容器400へ移動し、反応容器400の最下部にある試薬34に接触する。液滴36が接触した試薬34は溶けて溶出液中の標的核酸と混ざり合い、例えば熱サイクルを用いたPCRを実施することができる。
試薬34に接触させる工程は、核酸を含む液滴36を反応容器400内の最下部にある試薬34に接触させる。具体的には、図8の(b)に示すように、キャップ110を押し、プランジャー部130の先端部134によって第1オイル20を押し下げることで、磁石3の磁力が印加された磁気ビーズ30を所定位置に維持したまま、標的核酸が溶出した溶出液の液滴36が反応容器400へ移動し、反応容器400の最下部にある試薬34に接触する。液滴36が接触した試薬34は溶けて溶出液中の標的核酸と混ざり合い、例えば熱サイクルを用いたPCRを実施することができる。
4.PCR装置
図9及び図10を用いて、容器組立体1を用いて核酸溶出処理及びPCRを行うPCR装置50について説明する。図9は、PCR装置50の概略構成図である。図10は、PCR装置50のブロック図である。
図9及び図10を用いて、容器組立体1を用いて核酸溶出処理及びPCRを行うPCR装置50について説明する。図9は、PCR装置50の概略構成図である。図10は、PCR装置50のブロック図である。
PCR装置50は、回転機構60と、磁石移動機構70と、押圧機構80と、蛍光測定器55と、コントローラー90と、を有する。
4−1.回転機構
回転機構60は、回転用モーター66とヒーター65とを含み、回転用モーター66を駆動することにより容器組立体1及びヒーター65を回転する。回転機構60が容器組立体1及びヒーター65を回転して上下反転させることによって、反応容器400の流路内において標的核酸を含む液滴が移動し、熱サイクル処理が行われる。
回転機構60は、回転用モーター66とヒーター65とを含み、回転用モーター66を駆動することにより容器組立体1及びヒーター65を回転する。回転機構60が容器組立体1及びヒーター65を回転して上下反転させることによって、反応容器400の流路内において標的核酸を含む液滴が移動し、熱サイクル処理が行われる。
ヒーター65は、図示しない複数のヒーターを含み、例えば、溶出用、高温用及び低温用のヒーターを含むことができる。溶出用ヒーターは、容器組立体1のプラグ状の溶出液を加熱し、標的核酸の磁気ビーズから溶出液への溶出を促進する。高温用ヒーターは、反応容器400の流路の上流側の液体を低温用ヒーターよりも高い温度に加熱する。低温用ヒーターは、反応容器の流路の底部402を加熱する。高温用ヒーターと低温用ヒーターによって、反応容器400の流路内の液体に温度勾配を形成することができる。ヒーター65には、温度制御装置が設けられ、コントローラー90からの指令に従って、容器組立体1内の液体を処理に適した温度に設定できる。
ヒーター65は、反応容器400の底部402の外壁が露出する開口を有する。蛍光測定器55は、その開口から溶出液の液滴の輝度を測定する。
4−2.磁石移動機構
磁石移動機構70は、磁石3を移動させる機構である。磁石移動機構70は、容器組立体1内の磁気ビーズを磁石3に引き寄せるとともに、磁石3を移動させることによって磁気ビーズを容器組立体1内で移動させる。磁石移動機構70は、一対の磁石3と、昇降機構と、揺動機構と、を有する。
磁石移動機構70は、磁石3を移動させる機構である。磁石移動機構70は、容器組立体1内の磁気ビーズを磁石3に引き寄せるとともに、磁石3を移動させることによって磁気ビーズを容器組立体1内で移動させる。磁石移動機構70は、一対の磁石3と、昇降機構と、揺動機構と、を有する。
揺動機構は、一対の磁石3を図9の左右方向(図9の前後方向であってもよい)に揺動させる機構である。一対の磁石3は、PCR装置50に装着された容器組立体1を左右方向から挟みこむように配置(図7、図8を参照)され、容器組立体1の流路と直交する方向(ここでは図9の左右方向)で磁気ビーズと磁石3との距離を近接させることができる。したがって、一対の磁石3を左右方向に矢印のように揺動させると、その動きに合わせて容器組立体1内の磁気ビーズが左右方向に移動する。昇降機構は、磁石3を上下方向に移動させ、磁石3の移動に合わせて磁気ビーズを図9の上下方向に移動させることができ
る。
る。
4−3.押圧機構
押圧機構80は、容器組立体1のプランジャー部を押す機構であり、プランジャー部が押圧機構80によって押されることによって、溶出容器300内の液滴が反応容器400内に押し出され、反応容器400内でPCRを実施することができるようになる。
押圧機構80は、容器組立体1のプランジャー部を押す機構であり、プランジャー部が押圧機構80によって押されることによって、溶出容器300内の液滴が反応容器400内に押し出され、反応容器400内でPCRを実施することができるようになる。
図9では、押圧機構80を正立した容器組立体1の上方に配置して示しているが、押圧機構80がプランジャー部を押す方向は、図9における上下方向ではなく、例えば、上下方向に対して45度傾いていてもよい。このようにすることで、磁石移動機構70と干渉しない位置に押圧機構80を配置することが容易になる。
4−4.蛍光測定器
蛍光測定器55は、反応容器400の液滴の輝度を測定する測定器である。蛍光測定器55は、反応容器400の底部402に対向する位置に配置される。なお、蛍光測定器55は、マルチプレックスPCRに対応できるように、複数の波長域の輝度検出が可能であると望ましい。
蛍光測定器55は、反応容器400の液滴の輝度を測定する測定器である。蛍光測定器55は、反応容器400の底部402に対向する位置に配置される。なお、蛍光測定器55は、マルチプレックスPCRに対応できるように、複数の波長域の輝度検出が可能であると望ましい。
4−5.コントローラー
コントローラー90は、PCR装置50の制御を行う制御部である。コントローラー90は、例えばCPUなどのプロセッサーと、ROMやRAMなどの記憶装置とを有する。記憶装置には各種プログラム及びデータが記憶されている。また、記憶装置は、プログラムを展開する領域を提供する。プロセッサーが記憶装置に記憶されたプログラムを実行することによって、各種の処理が実現される。
コントローラー90は、PCR装置50の制御を行う制御部である。コントローラー90は、例えばCPUなどのプロセッサーと、ROMやRAMなどの記憶装置とを有する。記憶装置には各種プログラム及びデータが記憶されている。また、記憶装置は、プログラムを展開する領域を提供する。プロセッサーが記憶装置に記憶されたプログラムを実行することによって、各種の処理が実現される。
例えば、コントローラー90は、回転用モーター66を制御して、容器組立体1を所定の回転位置まで回転させる。回転機構60には図示しない回転位置センサが設けられており、コントローラー90は、回転位置センサの検出結果に応じて回転用モーター66を駆動・停止させる。
また、コントローラー90は、ヒーター65を制御して、ヒーターをオン・オフ制御して発熱させ、容器組立体1内の液体を所定の温度まで加熱する。
また、コントローラー90は、磁石移動機構70を制御して、磁石3を上下方向に移動させ、図示しない位置センサの検出結果に応じて磁石3を図9の左右方向に揺動させる。
また、コントローラー90は、蛍光測定器55を制御して、反応容器400内の液滴の輝度を測定する。この測定結果は、コントローラー90の図示しない記憶装置に保存される。
このPCR装置50に容器組立体1を装着し、上記3−2の(C)〜(G)の工程を実施することができ、さらにPCRを実施することができる。
5.洗浄流路及び溶出流路
図11は、図1の状態における容器組立体1の流路2内の内容物の配置を説明する模式図である。図11に示すように、容器組立体1は、吸着容器100と、洗浄容器200と、溶出容器300と、反応容器400と、を含む。すなわち、容器組立体1は、核酸精製デバイス5と、反応容器400と、を含む。
図11は、図1の状態における容器組立体1の流路2内の内容物の配置を説明する模式図である。図11に示すように、容器組立体1は、吸着容器100と、洗浄容器200と、溶出容器300と、反応容器400と、を含む。すなわち、容器組立体1は、核酸精製デバイス5と、反応容器400と、を含む。
また、図11に示すように、流路2内の内容物は、キャップ110側から反応容器40
0へ向かって順に、吸着液10、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、磁気ビーズ30、第3オイル24、第3洗浄液16、第4オイル26、溶出液32、第4オイル26、試薬34である。
0へ向かって順に、吸着液10、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、磁気ビーズ30、第3オイル24、第3洗浄液16、第4オイル26、溶出液32、第4オイル26、試薬34である。
容器組立体1は、洗浄流路501と、洗浄流路501に連通する溶出流路502と、を有する。洗浄流路501は、洗浄容器200によって形成された流路であり、洗浄流路501には、第1オイル20、第1洗浄液12、第2オイル22、第2洗浄液14、第3オイル24、磁気ビーズ30、第3オイル24、第3洗浄液16、第4オイル26、溶出液32、第4オイル26が配置されている。
容器組立体1の流路2の一部である洗浄流路501は、第1〜第3洗浄容器210,220,230により形成される。第1〜第3洗浄容器210,220,230は、基本的な構造は同じであり、それぞれ、洗浄流路501の第1部分510及び第2部分520を形成している。
第1〜第3洗浄容器210,220,230によって形成される洗浄流路501は、いずれも第1部分510と、第2部分520と、を有する。第2部分520は、洗浄流路501が延在する方向(図示の例では洗浄容器210,220,230が並ぶ方向)に直交する平面における断面積(以下、単に「断面積」ということがある。)が、第1部分510より小さい。すなわち、第1部分510のほうが、第2部分520よりも太い流路となっている。
そして、第1洗浄容器210によって形成された洗浄流路501の部分では、第2部分520に洗浄液12と第2オイル22との界面601aが配置され、第2洗浄容器220によって形成された洗浄流路501の部分では、第2部分520に洗浄液14と第3オイル24との界面602aが配置され、第3洗浄容器230によって形成された洗浄流路501の部分では、第2部分520に洗浄液16と第4オイル26との界面603aが配置されている。
このように、本実施形態の核酸精製デバイス5は、断面積が小さい第2部分520に、洗浄液と、オイルとの界面601a〜603aがそれぞれ存在する。そのため、これらの界面の面積は、洗浄流路501が延在する方向に直交する平面における断面積に従って、第1部分510に存在する場合よりも小さくなっている。
また、溶出流路502は、溶出容器300によって形成された流路であり、溶出流路502には、第4オイル26、溶出液32、第4オイル26が配置されている。溶出流路502は、第3部分530と、第4部分540と、を有する。第4部分540は、溶出流路502が延在する方向に直交する平面における断面積が第3部分530より小さい。すなわち、第3部分530のほうが、第4部分540よりも太い流路となっている。そして、第4部分540に溶出液32と第4オイル26との界面604aが配置されている。
このように、本実施形態の核酸精製デバイス5は、断面積が小さい第2部分520、第4部分540に、洗浄液及び溶出液と、オイルとの界面601a〜604aがそれぞれ存在する。そのため、これらの界面の面積は、溶出流路502が延在する方向に直交する平面における断面積に従って、第1部分510、第3部分530に存在する場合よりも小さくなっている。
界面の面積が小さいと、流体に働く慣性力よりも当該界面における界面張力が支配的となる。これにより、例えば、流路に印可される圧力や、外力によって生じる慣性力によって、当該界面が変形(揺動)したり移動したりしにくくなる。したがって、洗浄液、溶出
液及びこれらと混和しない流体の、流路の延在する方向における位置を安定に保つことができる。
液及びこれらと混和しない流体の、流路の延在する方向における位置を安定に保つことができる。
なお、界面601a〜603aの、第2部分520における洗浄流路501が延在する方向の位置は、特に限定されない。界面601a〜603aの位置は、隣り合って並ぶプラグ間の間隔や、洗浄液の体積等を考慮して適宜に設定することができる。界面604aの、第4部分540における溶出流路502が延在する方向の位置についても同様に限定されず、核酸精製デバイス5の操作や、溶出液の体積等を考慮して適宜に設定することができる。
本実施形態の核酸精製デバイス5では、洗浄流路501の第1部分510及び第2部分520は、略円柱形であり、該円柱の径が、それぞれ、2mm及び1mmであることは既に述べた。しかし、洗浄流路501の第1部分510及び第2部分520の形状や断面積は、以下のように適宜に変更することができる。
ここで、流体に働く慣性力よりも界面における界面張力が支配的となる界面の面積(すなわち洗浄流路501が延在する方向に直交する平面における断面積)は、3.2mm2程度よりも小さい。すなわち、第2部分520の断面積は、約3.2mm2以下(第2部分520が円柱形状である場合にはその径が2.0mm以下に相当する。)であることが好ましい。一方、第2部分520の断面積は、0.01mm2以下(第2部分520が円柱形状である場合にはその径が0.3mm以下に相当する。)では、界面張力が支配的ではあるが、洗浄液の体積を小さくする必要が生じたり、流体を流動させる際の抵抗が大きくなってくる。洗浄流路501の第2部分520の断面積は、例えば、このような指標に基づいて設定することができる。
また、第1部分510の断面積は、第2部分520の断面積より大きく、第1部分510に洗浄液の他の界面(界面601b、界面602b及び界面603b:後述する。)が、洗浄液のプラグ形状を維持できるように形成できれば、限定されない。例えば、第1部分510の断面積は、約3.2mm2以上(第1部分510が円柱形状である場合にはその径が2.0mm以上に相当する。)であることが好ましい。第1部分510の断面積が大きいほど、核酸精製デバイス5の長さを長くすることなく洗浄液の体積を増やすことが容易となる。一方、第1部分510の断面積は、20mm2以上(第1部分510が円柱形状である場合にはその径が5mm以上に相当する。)では、洗浄液のプラグ形状を維持しにくくなる。洗浄流路501の第1部分510の断面積は、例えば、このような指標に基づいて設定することができる。
第1部分510及び第2部分520のそれぞれの洗浄流路501の延在する方向における長さは、特に限定されず、適宜に設計することができる。
また、本実施形態の核酸精製デバイス5では、洗浄流路501が、3つの第1部分510と、3つの第2部分520と、を有している。第2部分520に界面が配置できるかぎり、第2部分520及び第1部分510は、それぞれ必要に応じて、1つでも2つでも4つ以上あってもよい。また、図示のように、第1部分510及び第2部分520が複数ある場合には、複数の第1部分510と、複数の第2部分520とが、洗浄流路501が延在する方向に交互に配置されてもよい。このように配置することで、洗浄流路501の複数の第2部分520ごとに洗浄液を安定に配置することができ、洗浄液で2回以上の洗浄を行いやすく、より効率よく核酸(物質結合性固相担体)の洗浄を行うことができる。
さらに、図示の例では、第1部分510及び第2部分520が複数あり、洗浄流路501は、吸着容器100側の端に第1部分510が配置され、溶出容器300側の端に第2
部分520が配置されている。このような配置は各容器の設計に従って自由に変更することができ、例えば、吸着容器100側の端に第2部分520が配置され、溶出容器300側の端に第1部分510が配置されてもよく、両端ともに、第1部分510又は第2部分520が配置されてもよい。
部分520が配置されている。このような配置は各容器の設計に従って自由に変更することができ、例えば、吸着容器100側の端に第2部分520が配置され、溶出容器300側の端に第1部分510が配置されてもよく、両端ともに、第1部分510又は第2部分520が配置されてもよい。
本実施形態の核酸精製デバイス5では、溶出流路502が、1つの第3部分530と、1つの第4部分540と、を有している。第4部分540に界面が配置できるかぎり、第4部分540及び第3部分530は、それぞれ必要に応じて、2つ以上あってもよい。また、図示しないが、第3部分530及び第4部分540が複数ある場合には、複数の第3部分530と、複数の第4部分540とが、溶出流路502が延在する方向に交互に配置されてもよい。
さらに、図示の例では、第3部分530及び第4部分540が、溶出流路502において、洗浄容器230側の端に第3部分530が配置され、反応容器400側の端に第4部分540が配置されている。このような配置は各容器の設計に従って自由に変更することができ、例えば、洗浄容器230側の端に第4部分540が配置され、反応容器400側の端に第3部分530が配置されてもよく、両端ともに、第3部分530又は第4部分540が配置されてもよい。
溶出流路502における第3部分530及び第4部分540の寸法は、上述の洗浄流路501の第1部分510及び第2部分520と同様に設計することができ、以下のように適宜に変更することができる。
第4部分540の断面積は、約3.2mm2以下(第4部分540が円柱形状である場合にはその径が2.0mm以下に相当する。)であることが好ましい。一方、第4部分540の断面積は、0.01mm2以下(第4部分540が円柱形状である場合にはその径が0.3mm以下に相当する。)では、界面張力が支配的ではあるが、溶出液32の体積を小さくする必要が生じたり、流体を流動させる際の抵抗が大きくなってくる。また、この場合、溶出液32の溶出流路502が延在する方向における長さが長くなりすぎる場合がある。溶出流路502の第4部分540の断面積は、例えば、このような指標に基づいて設定することができる。
また、第3部分530の断面積は、第4部分540の断面積より大きく、第3部分530に溶出液32が移動した場合に、第4オイル26中で溶出液32の液滴を形成できれば、限定されない。溶出液32の体積にも依存するが、例えば、第3部分530の断面積は、約3.2mm2以上(第3部分530が円柱形状である場合にはその径が2.0mm以上に相当する。)であることが好ましい。溶出流路502の第3部分530の断面積は、例えば、このような指標に基づいて設定することができる。
第3部分530及び第4部分540のそれぞれの溶出流路502の延在する方向における長さは、特に限定されず、適宜に設計することができる。
一方、本実施形態の核酸精製デバイス5では、洗浄液12、洗浄液14及び洗浄液16の溶出容器300側の界面である、界面601a、界面602a及び界面603aが第2部分520に配置され、吸着容器100側の界面(他の界面)である、界面601b、界面602b及び界面603bが第1部分510に配置されている。このように、洗浄液のプラグの一方の界面のみが第2部分520に配置されれば、十分にプラグを安定的に固定することができる。
このような核酸精製デバイス5は、断面積が小さい第2部分520に、洗浄液とオイル
との一方の界面が存在し、かつ、断面積が大きい第1部分510に、洗浄液とオイルとの他方の界面が存在する。これにより、流路の延在する方向における、洗浄液の位置を安定に保ち、流路が延在する方向の長さを長くすることなく、洗浄液の体積を大きくとることができる。そのため、より効率よく物質の洗浄を行うことができる。
との一方の界面が存在し、かつ、断面積が大きい第1部分510に、洗浄液とオイルとの他方の界面が存在する。これにより、流路の延在する方向における、洗浄液の位置を安定に保ち、流路が延在する方向の長さを長くすることなく、洗浄液の体積を大きくとることができる。そのため、より効率よく物質の洗浄を行うことができる。
なお、必要に応じて、吸着容器100側の界面(他の界面)である、界面601b、界面602b及び界面603bを第2部分520に配置してもよい。またなお、界面601b〜603bを第1部分510に配置する場合、第2部分520における洗浄流路501が延在する方向の位置は、特に限定されない。界面601b〜603bの位置は、隣り合って並ぶプラグ間の間隔や、洗浄液の体積等を考慮して適宜に設定することができる。
また、本実施形態の核酸精製デバイス5では、溶出液32の反応容器400側の界面である、界面603aが第4部分540に配置され、洗浄容器200側の界面(他の界面)である、界面603bも第4部分540に配置されている。このように、溶出液32のプラグの両方の界面が第4部分540に配置されれば、より確実にプラグを安定に固定することができる。また、必要に応じて、吸着容器100側の界面(他の界面)である、界面603bを第3部分530に配置してもよい。
6.カートリッジ
本実施形態のカートリッジ(容器組立体1)は、上述の核酸精製デバイス5と、上述の反応容器400(「2−4.反応容器」参照)と、を含む。
本実施形態のカートリッジ(容器組立体1)は、上述の核酸精製デバイス5と、上述の反応容器400(「2−4.反応容器」参照)と、を含む。
反応容器400は、溶出流路502と連通する反応室700を形成する。反応室700には、容器組立体1が組み立てられた状態では、図11に示すように、第4オイル26と、試薬34とが配置される。第4オイル26は、溶出流路502の第4オイル26と一体である。反応室700では、PCR(核酸増幅反応)の熱サイクル反応が行われる。
このようなカートリッジによれば、洗浄液及び溶出液32と、これらと混和しない流体(オイル)との各界面の、流路の延在する方向における位置が安定に保たれるので、核酸を容易に精製できるとともに、時間や手間を削減して、効率的に核酸増幅反応を行うことができる。
本発明は、上述した実施形態に限定されるものではなく、さらに種々の変形が可能である。例えば、本発明は、実施形態で説明した構成と実質的に同一の構成(例えば、機能、方法、及び結果が同一の構成、あるいは目的及び効果が同一の構成)を含む。上述の実施形態では、吸着流路、洗浄流路、溶出流路の組み合わせ一例に説明したが、本発明には2つ以上の洗浄流路からなる物質精製デバイスも含まれる。また、本発明は、実施形態で説明した構成の本質的でない部分を置き換えた構成を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成と同一の作用効果を奏する構成又は同一の目的を達成することができる構成を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成に公知技術を付加した構成を含む。
1…容器組立体、2…流路、3…磁石、5…核酸精製デバイス、10…吸着液、12…第1洗浄液、14…第2洗浄液、16…第3洗浄液、20…第1オイル、22…第2オイル、24…第3オイル、26…第4オイル、30…磁気ビーズ、32…溶出液、34…試薬、36…液滴、50…PCR装置、55…蛍光測定器、60…回転機構、65…ヒーター、66…回転用モーター、70…磁石移動機構、80…押圧機構、90…コントローラー、100…吸着容器、110…キャップ、112…通気部、120…シリンジ部、122…吸着挿入部、126…吸着カバー部、130…プランジャー部、132…棒状部、134…先端部、200…洗浄容器、210…第1洗浄容器、212…第1挿入部、214…
第1受入部、216…第1カバー部、220…第2洗浄容器、222…第2挿入部、224…第2受入部、226…第2カバー部、230…第3洗浄容器、232…第3挿入部、234…第3受入部、236…第3カバー部、300…溶出容器、302…溶出挿入部、304…溶出受入部、400…反応容器、402…底部、404…反応受入部、406…リザーバー部、501…洗浄流路、502…溶出流路、510…第1部分、520…第2部分、530…第3部分、540…第4部分、601a,601b,602a,602b,603a,603b,604a,604b…界面、700…反応室
第1受入部、216…第1カバー部、220…第2洗浄容器、222…第2挿入部、224…第2受入部、226…第2カバー部、230…第3洗浄容器、232…第3挿入部、234…第3受入部、236…第3カバー部、300…溶出容器、302…溶出挿入部、304…溶出受入部、400…反応容器、402…底部、404…反応受入部、406…リザーバー部、501…洗浄流路、502…溶出流路、510…第1部分、520…第2部分、530…第3部分、540…第4部分、601a,601b,602a,602b,603a,603b,604a,604b…界面、700…反応室
Claims (6)
- 洗浄流路と、前記洗浄流路に連通する溶出流路と、を有し、
前記洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、
前記溶出流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有し、前記第4部分に溶出液と前記溶出液とは混和しない流体との界面があり、
前記洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体であり、
前記溶出液は、物質結合性固相担体から物質を脱離させる液体である、物質精製デバイス。 - 請求項1において、
前記洗浄流路は、複数の前記第1部分と、複数の前記第2部分と、を有し、
前記複数の第1部分と、前記複数の第2部分とが、前記流路が延在する方向に交互に配置された、物質精製デバイス。 - 請求項1又は請求項2において、
前記第1部分に前記洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面がある、物質精製デバイス。 - 請求項1ないし請求項3のいずれか一項に記載の物質精製デバイスと、
前記溶出流路と連通する反応室を形成する反応容器と、
を含み、
前記物質は、核酸であり、
前記反応室は、前記溶出液とは混和しない流体を含み、前記反応室で核酸増幅反応を行う、カートリッジ。 - 第1洗浄流路と、
前記第1洗浄流路に連通する第2洗浄流路と、を有し、
前記第1洗浄流路は、第1部分と、前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第1部分より小さい第2部分と、を有し、前記第2部分に第1洗浄液と前記洗浄液とは混和しない流体との界面があり、
前記第2洗浄流路は、第3部分と前記流路が延在する方向に直交する平面における断面積が前記第3部分より小さい第4部分と、を有し、前記第4部分に第2洗浄液と前記第2洗浄液とは混和しない流体との界面があり、
前記第1洗浄液及び第2洗浄液は、物質が吸着した物質結合性固相担体を洗浄する液体である、物質精製デバイス。 - 請求項5に記載の物質精製デバイスと、
前記第1洗浄流路又は前記第2洗浄流路と連通する反応室を形成する反応容器と、
を含み、
前記物質は、核酸であり、
前記反応室で核酸増幅反応を行う、カートリッジ。
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