JP2016050866A - 質量分析装置 - Google Patents
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Abstract
Description
a)被検試料中の、種類及び濃度が既知である標準化合物に対する質量分析を所定回数実施し、得られたデータを積算して評価用積算データを求めるように当該装置の各部を制御する標準化合物測定制御部と、
b)前記標準化合物測定制御部による制御の下で得られた前記評価用積算データに基づくデータベース検索を実行することにより、前記標準化合物を推定するとともに、その推定の確度を示す指標値を算出する標準化合物推定部と、
c)前記標準化合物推定部による化合物推定の成否及び前記指標値に基づいて、適切なデータの積算回数を決定する積算回数決定部と、
を備えることを特徴としている。
そこで、本発明に係る質量分析装置の好ましい一実施態様として、
前記積算回数決定部が、前記標準化合物推定部による化合物推定の成否及び前記指標値に基づいてそのときのデータ積算回数が不足していると判断しデータ積算回数を増加させた場合に、前記標準化合物測定制御部、前記標準化合物推定部、及び前記積算回数決定部により、増加されたデータ積算回数における質量分析の結果であるデータに基づく化合物の推定を再度実行し、その結果を用いて、増加されたデータ積算回数の適宜を判断する構成とするとよい。
d)前記積算回数決定部によりデータ積算回数が決定されたあとに、前記被検試料中の目的化合物に対する測定をそのデータ積算回数だけ実施し、得られたデータを積算するように当該装置の各部を制御する目的化合物測定制御部と、
e)前記目的化合物測定制御部による制御の下で得られた積算データに基づくデータベース検索を実行することにより前記目的化合物を推定する目的化合物推定部と、
をさらに備える構成とするとよい。
目的化合物推定部は上記標準化合物推定部と同様の手法で、目的化合物を推定すればよい。
f)標準化合物に対して得られたマススペクトルに基づいてスペクトル品質評価値を算出するスペクトル品質評価部と、
g)目的化合物に対して得られたマススペクトルに基づいて算出されるスペクトル品質評価値が前記スペクトル品質評価部で算出された値に達するまで、前記積算回数決定部により決定されたデータ積算回数よりもさらに回数を増加させる積算回数調整部と、
をさらに備え、前記目的化合物推定部は、前記積算回数調整部により調整されたあとのデータ積算回数の下で得られた積算データに基づくデータベース検索を実行することにより前記目的化合物を推定する構成とするとよい。
上記構成において、スペクトル品質評価部及び積算回数調整部は、例えばこれら手法のいずれかを用いて、標準化合物のマススペクトルについてのスペクト品質評価値を求めるようにすることができる。
MALDIイオン源11では、サンプルプレート上に用意された試料に対してパルス的にレーザ光を照射し、それによって該試料に含まれる化合物をイオン化する。
イオントラップ12は例えば3次元四重極型のイオントラップであり、電場の作用によってイオンを一旦保持したあとに特定の質量電荷比を有するイオンを選別し、さらにその選別されたイオンを衝突誘起解離によって開裂させてプロダクトイオンを生成する。
TOFMS13は、イオントラップ12から所定のタイミングで略一斉に射出されたイオンを質量電荷比に応じて分離して検出する。このようにして、質量分析部1では、試料中の特定の化合物に由来するイオンを開裂させることで生成したプロダクトイオンに対するマススペクトル(MSnスペクトル)、つまりはプロダクトイオンスペクトルの元となるプロファイルデータを得ることができる。
なお、制御・処理部2の少なくとも一部の機能は、パーソナルコンピュータにインストールされた専用の制御・処理ソフトウエアがそのコンピュータ上で動作することにより具現化されるものとすることができる。
分析者は、同定したい目的ペプチドの濃度(含有量)を推定し、その推定濃度の既知の標準ペプチドを目的ペプチドに加えてMALDI用の被検試料を調製する。したがって、サンプルプレート上に形成される被検試料には目的ペプチドと標準ペプチドとが含まれる。ここでは、この標準ペプチドを内部標準物質として用いる。
図4により、第2実施例の質量分析装置において実施される特徴的な質量分析動作を説明する。図4に示したフローチャートにおけるステップS11〜S15は図2に示したフローチャートにおけるステップS1〜S5と全く同じ処理であるので説明を略す。即ち、ステップS11〜S15の処理により、被検試料に含まれる標準ペプチドを測定した結果を利用した同定処理に基づいてデータ積算回数が決定される。第1実施例では、この決定されたデータ積算回数を測定パラメータとして目的ペプチドに対するMS/MS分析が行われるが、この第2実施例では、さらにデータ積算回数を調整する。
こうして算出されたスペクトル品質評価値は、所定濃度の標準ペプチドが正確に同定され、しかもその際のスコアや期待値が所定閾値以上であるときのスペクトル品質評価値である。
被検試料中の目的ペプチドの濃度が標準ペプチドの濃度よりも低い場合や、或いは濃度が同程度であっても目的ペプチドがイオン化されにくい(イオン化効率が低い)場合には、標準ペプチドに基づいて定められたデータ積算回数ではMS/MSスペクトルのSN比等の品質が十分でないことがある。その場合であっても、この第2実施例の構成によれば、データ積算回数をさらに増やし、目的ペプチドに対するMS/MSスペクトルの品質が十分に高い状態でデータベース検索によるペプチド同定を実施することができる。それによって、目的ペプチドの濃度や種類(アミノ酸配列)に応じた適切なデータ積算回数を設定することができ、データ積算回数の過不足が一層軽減される。
さらにまた、上記実施例は本発明の一例であり、上記の各種変形のみならず、本発明の趣旨の範囲でさらに適宜に変更、修正、追加を行っても本願特許請求の範囲に包含されることは当然である。
11…MALDIイオン源
12…イオントラップ
13…飛行時間型質量分析計(TOFMS)
2…制御・処理部
21…データ積算処理部
22…マススペクトル作成部
23…データベース(DB)検索部
24…タンパク質配列データベース(DB)
25…同定結果評価部
26…積算回数調整部
27…分析制御部
28…スペクトル品質評価部
3…入力部
4…表示部
Claims (4)
- 被検試料に含まれる化合物由来のイオンに対する質量分析を複数回実施し、その1回毎の質量分析により得られたデータを積算することで得られたデータに基づいて前記化合物を同定する質量分析装置において、
a)被検試料中の、種類及び濃度が既知である標準化合物に対する質量分析を所定回数実施し、得られたデータを積算して評価用積算データを求めるように当該装置の各部を制御する標準化合物測定制御部と、
b)前記標準化合物測定制御部による制御の下で得られた前記評価用積算データに基づくデータベース検索を実行することにより、前記標準化合物を推定するとともに、その推定の確度を示す指標値を算出する標準化合物推定部と、
c)前記標準化合物推定部による化合物推定の成否及び前記指標値に基づいて、適切なデータの積算回数を決定する積算回数決定部と、
を備えることを特徴とする質量分析装置。 - 請求項1に記載の質量分析装置であって、
前記積算回数決定部が、前記標準化合物推定部による化合物推定の成否及び前記指標値に基づいてそのときのデータ積算回数が不足していると判断しデータ積算回数を増加させた場合に、前記標準化合物測定制御部、前記標準化合物推定部、及び前記積算回数決定部により、増加されたデータ積算回数における質量分析の結果であるデータに基づく化合物の推定を再度実行し、その結果を用いて、増加されたデータ積算回数の適宜を判断することを特徴とする質量分析装置。 - 請求項2に記載の質量分析装置であって、
d)前記積算回数決定部によりデータ積算回数が決定されたあとに、前記被検試料中の目的化合物に対する測定をそのデータ積算回数だけ実施し、得られたデータを積算するように当該装置の各部を制御する目的化合物測定制御部と、
e)前記目的化合物測定制御部による制御の下で得られた積算データに基づくデータベース検索を実行することにより前記目的化合物を推定する目的化合物推定部と、
をさらに備えることを特徴とする質量分析装置。 - 請求項1〜3のいずれか1項に記載の質量分析装置であって、
f)標準化合物に対して得られたマススペクトルに基づいてスペクトル品質評価値を算出するスペクトル品質評価部と、
g)目的化合物に対して得られたマススペクトルに基づいて算出されるスペクトル品質評価値が前記スペクトル品質評価部で算出された値に達するまで、前記積算回数決定部により決定されたデータ積算回数よりもさらに回数を増加させる積算回数調整部と、
をさらに備え、前記目的化合物推定部は、前記積算回数調整部により調整されたあとのデータ積算回数の下で得られた積算データに基づくデータベース検索を実行することにより前記目的化合物を推定することを特徴とする質量分析装置。
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