JP2015533285A - シトクロムp450およびシトクロムp450レダクターゼポリペプチド、コードする核酸分子、ならびにそれらの用途 - Google Patents

シトクロムp450およびシトクロムp450レダクターゼポリペプチド、コードする核酸分子、ならびにそれらの用途 Download PDF

Info

Publication number
JP2015533285A
JP2015533285A JP2015540004A JP2015540004A JP2015533285A JP 2015533285 A JP2015533285 A JP 2015533285A JP 2015540004 A JP2015540004 A JP 2015540004A JP 2015540004 A JP2015540004 A JP 2015540004A JP 2015533285 A JP2015533285 A JP 2015533285A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
cytochrome
nucleic acid
polypeptide
seq
oxidase
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Ceased
Application number
JP2015540004A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2015533285A5 (ja
Inventor
イエルク ボールマン,カール
イエルク ボールマン,カール
チャベス,マリア ルイーザ ディアス
チャベス,マリア ルイーザ ディアス
モニオディス,ジェシー
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
University of Western Australia
Original Assignee
University of Western Australia
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by University of Western Australia filed Critical University of Western Australia
Publication of JP2015533285A publication Critical patent/JP2015533285A/ja
Publication of JP2015533285A5 publication Critical patent/JP2015533285A5/ja
Ceased legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0012Oxidoreductases (1.) acting on nitrogen containing compounds as donors (1.4, 1.5, 1.6, 1.7)
    • C12N9/0036Oxidoreductases (1.) acting on nitrogen containing compounds as donors (1.4, 1.5, 1.6, 1.7) acting on NADH or NADPH (1.6)
    • C12N9/0038Oxidoreductases (1.) acting on nitrogen containing compounds as donors (1.4, 1.5, 1.6, 1.7) acting on NADH or NADPH (1.6) with a heme protein as acceptor (1.6.2)
    • C12N9/0042NADPH-cytochrome P450 reductase (1.6.2.4)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C11ANIMAL OR VEGETABLE OILS, FATS, FATTY SUBSTANCES OR WAXES; FATTY ACIDS THEREFROM; DETERGENTS; CANDLES
    • C11BPRODUCING, e.g. BY PRESSING RAW MATERIALS OR BY EXTRACTION FROM WASTE MATERIALS, REFINING OR PRESERVING FATS, FATTY SUBSTANCES, e.g. LANOLIN, FATTY OILS OR WAXES; ESSENTIAL OILS; PERFUMES
    • C11B9/00Essential oils; Perfumes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0071Oxidoreductases (1.) acting on paired donors with incorporation of molecular oxygen (1.14)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P15/00Preparation of compounds containing at least three condensed carbocyclic rings
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P5/00Preparation of hydrocarbons or halogenated hydrocarbons
    • C12P5/007Preparation of hydrocarbons or halogenated hydrocarbons containing one or more isoprene units, i.e. terpenes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/02Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y106/00Oxidoreductases acting on NADH or NADPH (1.6)
    • C12Y106/02Oxidoreductases acting on NADH or NADPH (1.6) with a heme protein as acceptor (1.6.2)
    • C12Y106/02004NADPH-hemoprotein reductase (1.6.2.4), i.e. NADP-cytochrome P450-reductase
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y114/00Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14)

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Oil, Petroleum & Natural Gas (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)

Abstract

シトクロムP450ポリペプチドが提供され、これは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む。シトクロムP450ポリペプチドをコードする核酸分子も提供される。それらの核酸および/またはポリペプチドを含有する細胞が提供され、細胞を培養することによってサンタロールおよびベルガモトールなどのテルペンを産生するための方法も提供される。

Description

関連出願
「CYTOCHROME P450 AND CYTOCHROME P450 REDUCTASE POLYPEPTIDES, ENCODING NUCLEIC ACID MOLECULES AND USES THEREOF」と題する2012年11月1日出願の米国特許仮出願第61/796,129号、および「CYTOCHROME P450 AND CYTOCHROME P450 REDUCTASE POLYPEPTIDES, ENCODING NUCLEIC ACID MOLECULES AND USES THEREOF」と題する2013年5月31日出願の米国特許仮出願第61/956,086号の優先権の利益を主張する。上記出願のそれぞれの対象は、その全体が参照によって援用される。
電子的に提供される配列表の参照による援用
配列表の電子版が本明細書と一緒に提出され、その内容は全体が参照によって援用される。当該電子ファイルはサイズが301キロバイトであり、229SEQPC1.txtというタイトルである。
シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼ、P450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子、ならびに、その合成がシトクロムP450サンタレンおよびベルガモテンオキシダーゼによって触媒される反応を含む産物を産生するための方法が提供される。産物のうちには、サンタロールおよびベルガモトールならびにそれらの前駆体および誘導体も含まれる。
ビャクダン(Santalum album)は、大きな経済的価値があるゆっくり成長する半寄生性の熱帯性樹木であり、インド南部、スリランカ、インドネシア東部、およびオーストラリア北部において生育しているのが見られる。その木材は、その美しい木目、高い密度、および優れた彫刻特性ゆえに大いに求められている。ビャクダン心材は、心材中の樹脂および精油(サンタロール、サンタレン、および他のセスキテルペノイドを含む)によって付与される独特の芳香を有する。通常は、Santalum album心材は最大6乾燥重量%のセスキテルペン油を含有する。ビャクダン油は、主として、セスキテルペンアルコールのα−サンタロール、β−サンタロール、Z−α−trans−ベルガモトール、およびepi−β−サンタロールを含有しており、加えて、α−サンタレン、β−サンタレン、α−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、β−ビサボレン、α−クルクメン、β−クルクメン、およびγ−クルクメンを含む。ビャクダン油は、柔らかく甘い木質の動物的なバルサム系の匂いを有する。これはテルペノイドのβ−サンタロールによって付与され、非常に重宝される。ビャクダン油はSantalum種の心材の蒸留によって得られており、香料の芳香成分および伝統薬として、並びに殺虫剤として用いられている。
数世紀の乱開発は、天然林のビャクダンの消滅をもたらした。需要を満たし且つ残る保護区を保全するために、大型の植林がオーストラリア北部の至る所に設置されている最中である。さらに、遺伝的および環境的要因(例えば気候および地域的条件)ゆえに、大体同一の生育条件下であっても、産生される心材油の量には大きなばらつきがある。通常は、植物天然抽出物の価格および入手性は、植物の豊富さ、油の収量、および地理的な起源に依存する。
ビャクダン油中のサンタロールおよび他のセスキテルペノイドを作り出そうという化学的取り組みが試みられて来たが、それらの化合物の高度に複雑な構造は、大量のそれらの調製のための経済的に実行可能な合成プロセスを達し難くして来た。したがって、サンタロールおよび他のセスキテルペノイドの効率的で費用効果が高い合成の必要性が存在する。それらは、フレグランス産業における使用のために多いに求められているビャクダンの芳香をもたらす。
したがって、本明細書の対象には、サンタロールおよび他のセスキテルペノイドの産生のための方法ならびにその方法の所産の産物の提供が含まれる。
本明細書においては、シトクロムP450ポリペプチドまたはそれらの触媒活性断片をコードする核酸分子、およびコードされるポリペプチド、ならびにかかる核酸分子またはコードされるポリペプチドを含有する宿主細胞が提供される。例えば、コードされるシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片もしくは部分は、少なくとも65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を配列番号50に対して(例えば、少なくとも90%の配列同一性を配列番号50に対して)示す。シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子、およびコードされるポリペプチド、ならびにかかる核酸分子またはコードされるリペプチドを含有する宿主細胞も提供される。例えば、コードされるシトクロムレダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片は、少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して(例えば、少なくとも90%の配列同一性を、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して)示す。本明細書において提供される核酸分子の任意のものは、cDNAであり得る。または、単離または精製された核酸分子であり得る。本明細書において提供される核酸分子およびポリペプチドには、サンタレン/ベルガモテンオキシダーゼ活性を示す一連のCYP450が含まれ、それらはとりわけ、ビャクダン油生合成の代謝工学、ビャクダン植林の改善、および天然のビャクダン林の保全を可能にする。
特に、本明細書において提供される宿主細胞には、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドの任意のものをコードする異種核酸を含有するように操作された宿主細胞が含まれる。それによって、宿主細胞は、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、epi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロール、およびα−trans−ベルガモテンからのα−trans−ベルガモトールの1つ以上(例えば、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−α−trans−ベルガモトールの1つ以上)を産生することが可能である。例えば、宿主細胞は、コードされるシトクロムP450ポリペプチドのサンタレンおよび/またはベルガモテンのテルペン基質を産生するために、本明細書に記載されるサンタレンシンターゼをさらに含有するようにも操作される。宿主細胞は、シトクロムP450レダクターゼをコードする異種核酸(例えば本明細書に記載されるいずれか1つ)をさらに含有するようにも操作され得る。宿主細胞は、原核細胞または真核細胞、例えば細菌、酵母、昆虫、植物、または哺乳動物細胞である。例えば、宿主細胞は、Saccharomyces属細胞、Pichia属細胞、または大腸菌細胞である。本明細書の特定の例においては、宿主細胞はSaccharomyces cerevisiae細胞である。宿主細胞は、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体(例えばファルネシル二リン酸)を産生するか、または産生もしくは過剰発現するように改変される。
例えば、本明細書においては、単離されたSantalum albumシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片が提供される。それらは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片およびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含む。本明細書においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはそれらの触媒活性断片をコードする核酸分子も提供される。それらの改変された形態も提供される。
さらに、シトクロムP450レダクターゼポリペプチド(改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)をコードする核酸分子が提供される。本明細書においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと、ポリペプチドを含有する宿主細胞とが提供され、ポリペプチドは宿主細胞にとって異種性である。シトクロムP450酵素と第2の部分(例えばシンターゼまたはその触媒活性部分)とを含有する融合蛋白質をコードする核酸分子が提供される。
さらに、Santalum albumのサンタレンシンターゼおよび/またはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼおよび/またはシトクロムP450レダクターゼあるいは酵素のいずれか1つの触媒活性断片を含有する融合蛋白質をコードする核酸分子が提供される。融合蛋白質をコードする核酸分子の例は、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、サンタレンシンターゼおよびベルガモテンオキシダーゼ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450レダクターゼ、ならびにシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼおよびシトクロムP450レダクターゼ、または任意の上記酵素の触媒活性断片を含有する融合蛋白質をコードする核酸分子である。コードされる蛋白質と、核酸および/または蛋白質を含有する宿主細胞とが提供される。
さらに、本明細書においては、コードされるシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片のいずれか1つを産生するための方法が提供され、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドを産生するための方法を含む。さらに、本明細書においては、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の産生のための方法が提供される。これは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよび/またはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと、それらの産物が産生される元の基質とを接触させることによる。方法は、単離された試薬または部分的に単離された試薬を用いてインビトロにおいて、または、酵素と任意選択でシンターゼおよび/または他の基質とをコードする宿主細胞によってインビボにおいて実施され得る。
例えば、本明細書においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片が提供される。提供される単離されたSantalum albumのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する。一例においては、提供される単離されたSantalum albumのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、サンタレンからのサンタロールおよび/またはベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する。例えば、単離されたSantalum albumのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、epi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロール、および/またはα−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。例えば、単離されたSantalum albumのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。さらに、本明細書においては、CYP76ファミリーの一員である単離されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼが提供される。
本明細書においては、Santalum albumのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする単離された核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、または、その配列が配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載されているシトクロムP450サンタレンオキシダーゼに対して少なくとも96%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする、単離された核酸分子(および、宿主細胞にとって異種性である核酸分子を含有する宿主細胞)が提供される。別の例においては、本明細書において、配列番号7、74、75、76、または77に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも50%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を有する、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする単離された核酸分子が提供される。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する。例えば、コードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸配列に対して示す。
さらに、本明細書においては、配列番号3、68、69、70、もしくは71に記載の核酸の配列を有する核酸分子、配列番号3、68、69、70、もしくは71に記載の核酸の配列に対して少なくとも98%の配列同一性を有する核酸の配列、およびその縮重物から選択される、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする単離された核酸分子が提供される。具体的な一例においては、単離された核酸分子は、配列番号3、68、69、70、または71に記載のヌクレオチドの配列を有する。一部の例においては、単離された核酸分子は、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする。提供される単離された核酸分子はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードし、それらはサンタレン(例えばα−サンタレン、β−サンタレン、もしくはepi−β−サンタレン)からのサンタロール(例えばα−サンタロール、β−サンタロール、またはepi−β−サンタロール)の生成を触媒する、および/または、サンタレンの水酸化または一酸素添加を触媒する。一部の例においては、コードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、α−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。さらに、本明細書においては、本明細書において提供される単離された核酸分子のいずれか1つによってコードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供される。
例えば、本明細書においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片が提供される。提供される単離されたSantalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片は、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒し、および/または、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する。例えば、単離されたSantalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、α−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。一部の例においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、サンタレンの水酸化を触媒しない。別の例においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、サンタレンの水酸化を触媒する。さらに、本明細書においては、CYP76ファミリーの一員である単離されたSantalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼが提供される。
本明細書においては、Santalum albumのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする、単離された核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては単離された核酸分子が提供され、これが、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、または、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450ポリペプチドに対して少なくとも96%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする。別の例においては、本明細書においては単離された核酸分子が提供され、これが、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも50%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する。例えば、コードされるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列に対して示す。
さらに、本明細書においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする単離された核酸分子が提供され、それらは、配列番号2、4、5、もしくは67のいずれか1つに記載の核酸の配列、配列番号2、4、5、もしくは67のいずれか1つに記載の核酸の配列に対して少なくとも98%の配列同一性を有する核酸の配列、およびその縮重物を有する。具体的な一例においては、単離された核酸分子は、配列番号2、4、5、または67に記載の核酸の配列を有する。一部の例においては、単離された核酸分子は、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする。提供される単離された核酸分子はシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードし、これはベルガモテン(例えばα−trans−ベルガモテン)からのベルガモトール(例えばZ−α−trans−ベルガモトール)の生成を触媒し、および/または、ベルガモテン(例えばα−trans−ベルガモテン)の水酸化または一酸素添加を触媒する。一部の例においては、コードされるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、サンタレンの水酸化を触媒しない。さらに、本明細書においては、本明細書において提供される単離された核酸分子のいずれか1つによってコードされる、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供される。
さらに、本明細書においては、Santalum albumのシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする単離された核酸分子が提供され、これらは、配列番号1または72に記載の核酸の配列、配列番号1または72に記載の核酸の配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有する核酸の配列、およびその縮重物を有する。さらに、本明細書においてはシトクロムP450ポリペプチドをコードする単離された核酸分子が提供され、これが、配列番号50もしくは78に記載のアミノ酸の配列を有するか、または、配列番号50もしくは78に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を有する。さらに、本明細書においては、本明細書において提供される単離された核酸分子のいずれか1つによってコードされるSantalum albumのシトクロムP450ポリペプチドが提供される。
さらに、本明細書においては、1つ以上のシトクロムP450に由来する1つ以上の異種ドメインまたはその部分を有する、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子が提供される。ドメインは、ヘリックスA、βストランド1−1、βストランド1−2、ヘリックスB、βストランド1−5、ヘリックスB’、ヘリックスC、ヘリックスD、βストランド3−1、ヘリックスE、ヘリックスF、ヘリックスG、ヘリックスH、βストランド5−1、βストランド5−2、ヘリックスI、ヘリックスJ、ヘリックスJ’、ヘリックスK、βストランド1−4、βストランド2−1、βストランド2−2、βストランド1−3、ヘムドメイン、ヘリックスL、βストランド3−3、βストランド4−1、βストランド4−2、およびβストランド3−2から選択される。一部の例においては、異種ドメインまたはその連続した部分が、異種ドメインを含有しないシトクロムP450ポリペプチドの対応する天然ドメインの全体または連続した部分と交換される。例えば、コードされる改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、別のシトクロムP450の異種ドメインの全体を含有する。別の例においては、コードされる改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、1種類以上の別のシトクロムP450に由来する異種ドメインの連続したアミノ酸の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、または95%を有する。
本明細書においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片が提供される。例えば、本明細書においては、単離されたSantalum albumのシトクロムP450レダクターゼが提供され、これはNADPHから電子受容体(すなわち、シトクロムP450、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、またはスクアレンエポキシダーゼ)への2個の電子の伝達を触媒する。特定の例においては、電子受容体はシトクロムP450である。
さらに、本明細書においては、Santalum albumのシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする単離された核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては単離された核酸分子が提供され、これは、配列番号12もしくは13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードするか、または、配列番号12もしくは13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする。別の例においては、本明細書において、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする単離された核酸分子が提供され、これが、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示す。
さらに、本明細書においては単離された核酸分子が提供され、それらは、配列番号10または11に記載の核酸の配列、配列番号10または11に記載の核酸の配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有する核酸の配列、およびその縮重物を有する。例えば、本明細書においては、配列番号10または11に記載の核酸の配列を有する単離された核酸分子が提供される。一部の例においては、単離された核酸分子は、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を有する、シトクロムP405レダクターゼポリペプチドをコードする。具体的な一例においては、単離された核酸分子は、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする。提供される核酸分子はシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードし、NADPHから電子受容体への2個の電子の伝達を触媒する(例えば、シトクロムP450、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、またはスクアレンエポキシダーゼ)。具体的な一例においては、電子受容体はシトクロムP450である。さらに、本明細書においては、核酸分子によってコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。
さらに、本明細書においては、改変されたSantalum albumのシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、それは、改変を含有しないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して少なくとも1つのアミノ酸の交換、付加、または欠失を含有する。一部の例においては、コードされる改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、NまたはC末端がトランケートされている。例えば、本明細書において提供するのは、N末端がトランケートされた改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子である。例えば、核酸分子は改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードし、これは、配列番号14もしくは15に記載のアミノ酸の配列を有するか、または、配列番号14もしくは15に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列を有する。さらに、本明細書においては核酸分子が提供され、それらは、配列番号63または64に記載の核酸の配列、配列番号63または64に記載の核酸の配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有する核酸の配列、およびその縮重物を有する。提供される核酸分子はシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードし、NADPHから電子受容体(例えば、シトクロムP450、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、またはスクアレンエポキシダーゼ)への2個の電子の伝達を触媒する。具体的な一例においては、電子受容体はシトクロムP450である。さらに、本明細書においては、核酸分子によってコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。
本明細書においては、融合蛋白質をコードする核酸分子が提供され、これは、Santalum albumのサンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片、および/あるいはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片、および/あるいはシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。
本明細書においては、融合蛋白質をコードする核酸分子が提供され、これは、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有する。全長サンタレンシンターゼは、配列番号58〜60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列によってコードされ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼをコードする本明細書において提供される任意の核酸分子によってコードされる。別の例においては、本明細書においては、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼをコードする、核酸分子が提供される。サンタレンシンターゼは、配列番号17、52、および53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、配列番号7、73、74、75、および76のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有する。
本明細書においては、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはそれらの触媒活性断片を含有する融合蛋白質をコードする、核酸分子が提供される。サンタレンシンターゼは、配列番号58〜60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼをコードする本明細書において提供される任意の核酸分子である。別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼをコードする核酸分子が提供される。サンタレンシンターゼは、配列番号17、52、および53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有し、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、配列番号6、8、9、および73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有する。
本明細書においては、融合蛋白質をコードする核酸分子が提供され、これは、シトクロムP450またはその触媒活性断片およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有し、シトクロムP450は、シトクロムP450オキシダーゼをコードする本明細書において提供される任意の核酸分子であり、シトクロムP450レダクターゼは、シトクロムP450レダクターゼをコードする本明細書において提供される任意の核酸分子である。例えば、本明細書においては、配列番号6〜9および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450、ならびに、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供される。
一部の例においては、融合蛋白質をコードする本明細書において提供される核酸分子において、サンタレンシンターゼおよび/またはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼおよび/またはシトクロムP450レダクターゼは、直接連結される。別の例においては、融合蛋白質をコードする本明細書において提供される核酸分子において、サンタレンシンターゼおよび/またはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼおよび/またはシトクロムP450レダクターゼは、リンカーを介して連結される。
さらに、本明細書においては、本明細書において提供される任意の核酸分子を含有するベクターが提供され、これは、シトクロムP450(例えば、サンタレンオキシダーゼおよびベルガモテンオキシダーゼ)、シトクロムP450レダクターゼ、改変されたシトクロムP450レダクターゼ、および融合蛋白質をコードする核酸分子を含む。一部の例においては、ベクターは原核生物ベクター、ウィルスベクター、または真核生物ベクターである。例えば、ベクターは酵母ベクターである。さらに、本明細書においては、本明細書において提供される任意のベクターを含有する細胞が提供される。さらに、本明細書においては、本明細書において提供される任意の核酸分子を含有する細胞が提供され、これは、シトクロムP450(例えば、サンタレンオキシダーゼおよびベルガモテンオキシダーゼ)、シトクロムP450レダクターゼ、改変されたシトクロムP450レダクターゼ、および融合蛋白質をコードする核酸分子を含む。一部の例においては、細胞は原核細胞または真核細胞である。別の例においては、細胞は、細菌、酵母、昆虫、植物、または哺乳動物細胞から選択される。一例においては、細胞は酵母細胞である。酵母細胞には、Saccharomyces属細胞およびPichia属細胞が含まれる。例えば、細胞はSaccharomyces cerevisiae細胞である。別の例においては、細胞は大腸菌細胞である。したがって、サンタロールおよびベルガモトールの産生用の組み換え細胞(酵母細胞を含む)が提供される。細胞はシンターゼ(例えば、Santalum albumのシンターゼなどのサンタレンシンターゼ)をコードする核酸を含んで、本明細書において提供されるP450酵素の基質の産生を触媒し得る。
さらに、本明細書においては細胞が提供され、これは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450レダクターゼポリペプチド、および/または融合蛋白質(Santalum albumのサンタレンシンターゼおよび/またはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンシンターゼおよび/またはシトクロムP450レダクターゼを含有する)を発現する。さらに、本明細書においては、本明細書において提供される任意のベクターを含有するトランスジェニック植物が提供される。一部の例においては、トランスジェニック植物はタバコである。
本明細書においては、シトクロムP450ポリペプチドを産生するための方法が提供され、これは、シトクロムP450ポリペプチドをコードする本明細書において提供される核酸分子、または、シトクロムP450ポリペプチドをコードする本明細書において提供される任意のベクターを細胞内に導入することと、細胞を、核酸またはベクターによってコードされるシトクロムP450ポリペプチドの発現にとって適当な条件下において培養することと、任意選択でシトクロムP450ポリペプチドを単離することとによる。
本明細書においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドを産生するための方法が提供され、これは、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする本明細書において提供される核酸分子、または、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする本明細書において提供される任意のベクターを細胞内に導入することと、細胞を、核酸またはベクターによってコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの発現にとって適当な条件下において培養することと、任意選択でシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを単離することとによる。
本明細書においては、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の産生のための方法が提供され、これは、(a)サンタレンおよび/またはベルガモテンとシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンオキシダーゼとを、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の生成にとって適当な条件下において接触させることと、(b)任意選択で、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を単離することとによる。一部の例においては、ステップ(a)はインビトロまたはインビボにおいて実施される。例えば、ステップ(a)は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子またはベクターによって形質転換された細胞によって、インビボにおいて実施される。これによって、核酸分子またはベクターによってコードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが発現されて、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンおよび/またはベルガモテンからのサンタロールおよび/またはベルガモトールの生成を触媒する。
本明細書においては核酸分子を含有する宿主細胞が提供され、これは、本明細書において提供されるシトクロムP450またはシトクロムP450ポリペプチドをコードする。核酸分子およびシトクロムP450ポリペプチドは細胞にとって異種性である。一部の例においては、宿主細胞は、シトクロムP450のテルペン基質を産生するシンターゼをコードする核酸をさらに含有する。一部の例においては、シンターゼは宿主細胞にとって異種性である。特定の例においては、テルペンシンターゼはサンタレンシンターゼ(例えばテルペンシンターゼ)であり、サンタレンおよび/またはベルガモテンの生成を触媒する。例えば、テルペンシンターゼは、配列番号17、52、および53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、および53のいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列を有する。一部の例においては、宿主細胞は、細菌、酵母、昆虫、植物、または哺乳動物細胞から選択される、原核細胞または真核細胞である。具体的な一例においては、宿主細胞は酵母細胞であり、これはSaccharomyces属細胞またはPichia属細胞である。例えば、宿主細胞はSaccharomyces cerevisiae細胞である。別の例においては、宿主細胞は大腸菌細胞である。一部の例においては、宿主細胞は非環式のピロホスファートのテルペン前駆体(例えばファルネシル二リン酸)を産生する。特定の例においては、宿主細胞はファルネシル二リン酸を天然に産生するか、または、改変されていない細胞と比較してより多くのファルネシル二リン酸を産生するように改変される。さらに、本明細書においては、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の産生のための方法が提供され、前記の方法は、本明細書において提供される宿主細胞のいずれか1つを、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の生成にとって適当な条件下において培養するステップと、任意選択でサンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を単離するステップとを含む。
本明細書においては、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の産生のための方法が提供され、これは、(a)非環式のピロホスファートのテルペン前駆体とサンタレンシンターゼとを、サンタレンおよび/またはベルガモテンの生成にとって適当な条件下において接触させることと、(b)所産のサンタレンおよび/またはベルガモテンとシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼとを、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の生成にとって適当な条件下において接触させて、サンタロール、ベルガモトール、もしくはその混合物を産生することと、(c)任意選択で、ステップ(a)において産生されたサンタレンおよびベルガモテンまたはステップ(b)において産生されたサンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を単離することによる。一部の例においては、ステップ(a)および/またはステップ(b)は、インビトロまたはインビボにおいて実施される。例えば、ステップ(a)が、サンタレンシンターゼをコードする核酸分子によって形質転換された細胞によってインビボにおいて実施され、それによって、核酸分子によってコードされたサンタレンシンターゼが発現される。サンタレンシンターゼは、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体からのサンタレンおよびベルガモテンの生成を触媒する。且つ/または、ステップ(b)が、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子もしくはベクターによって形質転換された細胞によってインビボにおいて実施され、それによって、核酸分子もしくはベクターによってコードされたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが発現される。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンおよび/もしくはベルガモテンからのサンタロールおよび/もしくはベルガモトールの生成を触媒する。かかる例においては、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体はファルネシルピロリン酸であり得る。
本明細書において提供される方法の任意のものにおいて、要望は、細菌、酵母、昆虫、植物、または哺乳動物細胞から選択される原核細胞または真核細胞であり得る。一部の例においては細胞は酵母細胞であり、これはSaccharomyces属細胞またはPichia属細胞(例えば、Saccharomyces cerevisiae細胞)である。一部の例においては、細胞は、改変されていない細胞と比較してより多くのFPPを産生するように改変される。方法の一部の例においては、細胞は、サンタレンシンターゼを産生するように改変される。例えば、細胞が改変されて、配列番号17、52、もしくは53に記載のアミノ酸の配列を有するサンタレンシンターゼ、または、それに対して少なくとも80%、85%、90%、95%の配列同一性を有するシンターゼを産生する。
本明細書において提供される方法の一部の例においては、サンタレンまたはベルガモテンは、α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、またはα−trans−ベルガモテンである。一部の例においては、サンタロールまたはベルガモトールは、α−サンタロール、β−サンタロール、epi−β−サンタロール、またはα−trans−ベルガモトールである。一部の例においては、サンタロールまたはベルガモトールは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−α−trans−ベルガモトールである。提供される方法のさらなる例においては、サンタレン、ベルガモテン、サンタロール、ベルガモトール、またはそれらの混合物が、有機溶媒および/またはカラムクロマトグラフィーによる抽出によって単離される。
提供される方法の一部の例においては、サンタレンおよび/またはベルガモテンが、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ(すなわち、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、本明細書において提供される任意の核酸分子によってコードされる本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼをコードする本明細書において提供される核酸分子、または、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼをコードする本明細書において提供されるベクター)と接触させられて、それによってサンタロールおよび/またはベルガモトールが産生される。
提供される方法の一部の例においては、ベルガモテンが、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ(すなわち、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、本明細書において提供される任意の核酸分子によってコードされる本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼをコードする本明細書において提供される核酸分子、または、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼをコードする本明細書において提供されるベクター)と接触させられて、それによってベルガモトールが産生される。
さらに、本明細書においては、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の産生のための方法が提供される。ステップ(a)および(b)のそれぞれは、同時にまたは連続的に実施され得る。一例においては、ステップ(a)および(b)は、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼを含有する融合ポリペプチドをコードする核酸分子、または、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはベルガモテンオキシダーゼを含有する融合ポリペプチドによって、同時に実施される。特定の例においては、サンタレンおよび/またはベルガモテンは、融合ポリペプチドをコードする本明細書において提供される核酸分子、本明細書において提供される核酸分子によってコードされる融合ポリペプチドと接触させられる。
(Z)−α−サンタロール(1)、(E)−α−サンタロール(9)、(Z)−β−サンタロール(2)、(E)−β−サンタロール(10)、(E)−epi−β−サンタロール(3)、(Z)−epi−β−サンタロール(11)、(Z)−α−trans−ベルガモトール(4)、(E)−α−trans−ベルガモトール(12)、α−サンタレン(5)、β−サンタレン(6)、epi−β−サンタレン(7)、およびα−trans−ベルガモテン(8)の化学構造を示す。 配列番号7に記載のサンタレンオキシダーゼと配列番号6、8、および9に記載のベルガモテンオキシダーゼとのアラインメントを示す。「*」は、アラインメントされた残基が同一であるということを意味する。「:」は、アラインメントされた残基が同一ではないが類似しており、保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。「.」は、アラインメントされた残基が類似しており、半保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。
配列番号12および13に記載のSantalum albumのシトクロムP450レダクターゼと配列番号46および58に記載のArabidopsis thalianaのシトクロムP450レダクターゼとのアラインメントを示す。「*」は、アラインメントされた残基が同一であるということを意味する。「:」は、アラインメントされた残基が同一ではないが類似しており、保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。「.」は、アラインメントされた残基が類似しており、半保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。 実施例4に記載のSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、ならびにテルペノイド代謝のためのシトクロムP450酵素の、予測される蛋白質配列の近隣結合の系統を示す。 配列番号7に記載のサンタレンオキシダーゼおよび配列番号6に記載のベルガモテンオキシダーゼと配列番号66に記載のシトクロムP450BM−3とのアラインメントを示す。「*」は、アラインメントされた残基が同一であるということを意味する。「:」は、アラインメントされた残基が同一ではないが類似しており、保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。「.」は、アラインメントされた残基が類似しており、半保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。
SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)(図6A)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)(図6B)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)(図6C)、および空ベクター(図6D)のインビボ試験から抽出された産物のGC−MSクロマトグラムを示す(実施例10に記載)。ピークは表13において同定されている。 S. album油抽出物の全イオンクロマトグラムを示す。ピークは表13において同定されている。 S. albumの天然の油(図8A)ならびにSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)(図8B)および空ベクター(図8C)のインビボ試験から抽出された産物のGC−MSクロマトグラムを示す(実施例10に記載)。ピークは表11において同定されている。 S. albumの天然の油(図9A)およびSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)のインビトロ試験から抽出された産物(図9B)のGC−MSクロマトグラムを示す(実施例11に記載)。ピークは表11において同定されている。
S. albumのCYP76Fと近縁のテルペンを修飾するシトクロムP450との蛋白質配列の近隣結合の系統を示す(実施例4に記載)。強調されたCYP76Fは、クレードI(Iで示す)およびクレードII(IIで示す)のものを示している。 SaSSY、SaCPR2、およびSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)(図11A)、ならびに空ベクター(図11B)を発現する酵母細胞によってインビボにおいて生成した産物の、GC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。ピークは表12において同定されている。記号(*)で示したピークはファルネソールにあたり、これはSaCYP76F無しでも酵母細胞によって産生される。記号(#)で示した図11Aのピークは、サンタロールの酵母によるインビボ修飾にあたる(12Aおよび12B参照)。 天然ビャクダン油試料のセスキテルペノールのGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。酵母細胞(これはSaCYP76F遺伝子を含有しない)との一晩のインキュベーションの前(図12A)および後(図12B)。記号(#)で示した図12Bのピークは、SaCYP76Fとは無関係の、サンタロールの酵母によるインビボ修飾にあたる。ピークは表12において同定されている。
SaSSy、SaCPR2、およびSaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)(図13A)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)(図13B)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)(図13C)、またはSaCYP76F42(SaCYP76−G13)(図13D)を発現する酵母細胞によってインビボにおいて生成した化合物の、GC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。ピークは表12において同定されている。記号(*)で示したピークはファルネソールにあたり、これはSaCYP76F無しでも酵母細胞によって産生される。記号(#)で示したピークは、SaCYP76Fとは無関係の、サンタロールの酵母によるインビボ修飾にあたる。 SaSSy、SaCPR2、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)(図14A)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)(図14B)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)(図14C)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)(図14D)、またはSaCYP76F43(SaCYP76−G18)(図14E)を発現する酵母細胞によってインビボにおいて生成した化合物の、GC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。ピークは表12において同定されている。記号(*)で示したピークはファルネソールにあたり、これはSaCYP76F無しでも酵母細胞によって産生される。記号(#)で示したピークは、SaCYP76Fとは無関係の、サンタロールの酵母によるインビボ修飾にあたる。
SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)とα−、β−、およびepi−β−サンタレン、ならびにα−trans−ベルガモテンのセスキテルペン混合物とによって、インビトロにおいて生成した産物のGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す(図15A)。図15Bは、真正品のS. album油のGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。図15Cは、空ベクターによって形質転換された酵母細胞から単離されたミクロソームを用いて実施された対照の試験の、GC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。ピークは表12において同定されている。 α−、β−、およびepi−β−サンタレン、ならびにα−trans−ベルガモテンのセスキテルペン混合物(基質)とクレードIのSaCYP76FのcDNAであるSaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)(図16A)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)(図16B)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)(図16C)、SaCYP76F42(SaCYP76−G13)(図16D)、または対照の空ベクター(図16E)とによって、インビトロにおいて生成した産物のGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。ピークは表12において同定されている。
α−、β−、およびepi−β−サンタレン、ならびにα−trans−ベルガモテンのセスキテルペン混合物(基質)とクレードIIのSaCYP76FのcDNAであるSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)(図17A)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)(図17B)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)(図17C)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)(図17D)、または対照の空ベクター(図17E)とによって、インビトロにおいて生成した産物のGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。ピークは表12において同定されている。 S. albumのCYP76F蛋白質を含有する単離されたミクロソームの、還元CO差スペクトルを示す。シトクロムP450または空のベクターを含むS.cerevisiaeのミクロソーム画分のCO差スペクトルが示されている。SaCYP76F蛋白質の濃度は、91,000M−1cm−1という吸光係数に基づいて示されている。
SaSSyを発現する組み換え酵母株によって産生されたセスキテルペン混合物(図19A)およびTLCによって分離された画分(図19B〜19D)のGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。セスキテルペン混合物および画分は、実施例9に記載のように調製された。ピークは、α−サンタレン(ピーク1)、α−exo−ベルガモテン(ピーク2)、epi−β−サンタレン(ピーク3)、およびβ−サンタレン(ピーク4)に対応している。 部分的に精製された基質を用い、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)またはSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)によってインビトロにおいて生成した産物のGC−MS分析(抽出イオンクロマトグラム)を示す。図20A〜20Cは、α−サンタレン(図20A)、α−exo−ベルガモテン(図20B)、またはepi−β−サンタレンおよびβ−サンタレン(図20C)を基質として用いるSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)の試験の産物のグラフを示す。図20D〜20Fは、α−サンタレン(図20D)、α−exo−ベルガモテン(図20E)、またはepi−β−サンタレンおよびβ−サンタレン(図20F)を基質として用いるSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)の試験の産物のグラフを示す。図20Gは、真正品のSantalum album油の抽出イオンクロマトグラムを示している。ピークは表12において同定されている。
配列番号6〜9および73〜78に記載のS. albumのシトクロムP450のアラインメントを示す。水平の矢印は、プロリン領域(a)、酸素結合モチーフ(b)、およびヘム結合モチーフ(c)を示す。枠は、Gotoh (1992) J Biol Chem 267:83-90によって最初に記載された基質認識部位(SRS)領域を示す。「*」は、アラインメントされた残基が同一であるということを意味する。「:」は、アラインメントされた残基が同一ではないが類似しており、保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。「.」は、アラインメントされた残基が類似しており、半保存的なアミノ酸残基をアラインメントされた位置に含有しているということを意味する。
概要
A.定義
B.概要
1.テルペノイドの生合成
a.サンタロール
b.ベルガモトール
2.シトクロムP450酵素
a.構造
b.活性
3.シトクロムP450レダクターゼ
a.構造
b.活性
C.シトクロムP450ポリペプチドおよびコードする核酸分子
1.シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド
改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド
2.シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド
改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド
3.さらなる改変
a.トランケートポリペプチド
b.変更された活性または特性を有するポリペプチド
c.ドメインスワッピング
d.融合蛋白質
D.シトクロムP450レダクターゼポリペプチドおよびコードする核酸分子
1.シトクロムP450レダクターゼポリペプチド
2.改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチド
3.さらなる改変
a.トランケートポリペプチド
b.変更された活性または特性を有するポリペプチド
c.ドメインスワッピング
d.融合蛋白質
E.改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドならびにコードする核酸分子を産生するための方法
F.シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドおよびコードする核酸分子の発現
1.Santalum albumのシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸の単離
2.改変された核酸の作製
3.ベクターおよび細胞
4.発現系
a.原核細胞
b.酵母細胞
c.植物および植物細胞
d.昆虫および昆虫細胞
e.哺乳動物細胞
f.例示的な宿主細胞
5.精製
6.融合蛋白質
G.テルペノイドを産生するための方法、ならびにかかる産物とシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性とを検出するための方法
1.サンタロールおよびベルガモトールの合成
a.サンタレンおよびベルガモテンの酸化
b.非環式のピロホスファートのテルペン前駆体の変換
2.産生のための方法
a.例示的な細胞
b.細胞の培養
c.単離ならびに検出および同定のための試験
3.ビャクダン油の産生
4.シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの酵素活性を検出するための試験
a.シトクロムP450ポリペプチドの活性を測定するための方法
b.シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性を測定するための方法
H.実施例
A.定義
別段の定めがない限り、本明細書において用いられる全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の業者によって通例理解されるのと同じ意味を有する。本明細書の開示全体に渡って参照される全ての特許、特許出願、公開された出願および公刊物、Genbankの配列、データベース、ウェブサイト、および他の公開された情報は、別段の定めがない限り、それらの全体が参照によって援用される。本明細書の用語について複数の定義がある場合には、本節のものが優先される。URLまたは他のかかる識別子もしくはアドレスが参照される場合には、当然のことながら、かかる識別子は変わり得、インターネット上の具体的な情報は現れては消え得るが、相当する情報はインターネットを検索することによって発見され得る。その参照は、かかる情報の入手可能性および公開提供を示す。
本明細書において用いられる場合、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体は、少なくとも1つのテルペンの産生の前駆体である任意の非環式のピロホスファート化合物であり、ファルネシルピロリン酸(FPP)、ゲラニルピロリン酸(GPP)、およびゲラニルゲラニルピロリン酸(GGPP)を含むが限定されない。非環式のピロホスファートのテルペン前駆体は、したがって、テルペンシンターゼの基質である。
本明細書において用いられる場合、テルペンは、イソプレン単位(C)に基づく、一般式C5x8x(例えばC1016)を有する不飽和炭化水素である。テルペンへの言及は、非環式、単環式、および多環式のテルペンを含む。テルペンは、モノテルペン(10個の炭素原子を含有する)、セスキテルペン(15個の炭素原子を含有する)、ジテルペン(20個の炭素原子を含有する)、およびトリテルペン(30個の炭素原子を含有する)を含むが、これらに限定されない。テルペンへの言及は、テルペンの立体異性体も含む。
本明細書において用いられる場合、テルペノイドは化学的に修飾されたテルペンである。一例においては、テルペノイドは、ヒドロキシル基の付加によって化学的に修飾されたテルペン、例えばサンタロールまたはベルガモトールである。テルペノイドへの言及は、非環式、単環式、および多環式のテルペノイドを含み、モノテルペノイド、セスキテルペノイド、およびジテルペノイドを含む。テルペノイドへの言及は、テルペノイドの立体異性体も含む。
本明細書において用いられる場合、テルペンシンターゼは、ピロホスファートのテルペン前駆体からの1つ以上のテルペンの生成を触媒できるポリペプチドである。一部の例においては、テルペンシンターゼは、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体(例えばFPP、GPP、またはGGPP)からの1つ以上のテルペンの生成を触媒し、サンタレンシンターゼを含むがこれに限定されない。別の例においては、テルペンシンターゼは、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体からの1つ以上のテルペンの生成を触媒し、サンタレンシンターゼを含むがこれに限定されない。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450」、「シトクロムP450オキシダーゼ」、「シトクロムP450ポリペプチド」、「シトクロムP450オキシダーゼポリペプチド」、または「CYP」は、任意のテルペン前駆体(モノテルペン、セスキテルペン、およびジテルペンを含む)の一酸素添加を触媒できるポリペプチドである。シトクロムP450は、テルペンまたはテルペンの混合物の一酸素添加を触媒して、1つ以上のテルペノイド産生をもたらし得る。
本明細書の目的のためには、本明細書において提供されるシトクロムP450オキシダーゼは、シトクロムP450オキシダーゼ活性を有する酵素であり、配列番号50に記載のシトクロムP450オキシダーゼ配列とアラインメントされたときに、約50%、55%、60%、65%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%であるか、それらよりも大きいか、およそそれらよりも大きい配列同一性を有する。シトクロムP450オキシダーゼへの言及は任意のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドを含み、これは組み換え的に産生されたポリペプチド、合成的に産生されたポリペプチド、および細胞または植物体(ビャクダン樹の心材を含むが限定されない)から抽出または単離されたシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドを含むが、限定されない。シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドの例は、Santalum albumから単離されたものを含む。シトクロムP450オキシダーゼへの言及は、任意の属または種に由来するシトクロムP450オキシダーゼを含み、アレルまたは種間バリアント、スプライシングバリアントによってコードされるバリアント、および他のそのバリアントが含まれる。それらは、アラインメントされたときに、配列番号50に記載のシトクロムP450オキシダーゼに対して少なくともまたは少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、またはさらなる配列同一性を有するポリペプチドを含む。シトクロムP450オキシダーゼは、シトクロムP450オキシダーゼ活性を保持するその触媒活性断片も包含する。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ」または「シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド」は、サンタレンからのサンタロールの生成を触媒できる(例えば、サンタレンの一酸素添加または水酸化を触媒できる)ポリペプチドである。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、サンタロールの1つまたは混合物をサンタレンの1つまたは混合物から産生し得る。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンからのベルガモトールの生成も触媒できる。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、epi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロール、および/またはα−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールもしくはE−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。
本明細書の目的のためには、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性を有する酵素であり、配列番号7、74、75、76、または77に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ配列とアラインメントされたときに、50%、55%、60%、65%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%であるか、それらを超えるか、またはおよそそれらを超える配列同一性を有する。
シトクロムP450サンタレンオキシダーゼへの言及は任意のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドを含み、これは組み換え的に産生されたポリペプチド、合成的に産生されたポリペプチド、および細胞または植物体(ビャクダン樹の心材を含むが限定されない)から抽出または単離されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドを含むが、限定されない。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの例は、Santalum albumから単離されるものを含む。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼへの言及は、任意の属または種に由来するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼを含み、アレルまたは種間バリアント、スプライシングバリアントによってコードされるバリアント、および他のそのバリアントが含まれる。それらは、アラインメントされたときに、配列番号7、74、75、76、または77に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼに対して少なくともまたは少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、またはさらなる配列同一性を有するポリペプチドを含む。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性を保持するその触媒活性断片も包含する。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性」または「サンタレンオキシダーゼ活性」は、1つ以上のサンタレンからの1つ以上のサンタロールの生成を触媒する能力を指す。すなわち、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、サンタレンの一酸素添加または水酸化を触媒する。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、ベルガモテンの水酸化も触媒する。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、epi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロール、および/またはα−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。サンタレンまたはベルガモテンの反応によるサンタロールまたはベルガモトールの生成を評価するための方法は当分野において周知であり、本明細書に記載されている。サンタロールまたはベルガモトールの産生は、例えばガスクロマトグラフィー質量分析(GC−MS)などの方法によって評価され得る(下記の実施例参照)。もしも反応によって産生されるサンタロールおよびベルガモトールの量が、反応によって産生されるテルペノイドの総量の、少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、またはさらに多くであるならば、シトクロムP450は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性、またはサンタレンおよびベルガモテンからのサンタロールもしくはベルガモトールの生成を触媒する能力を示す。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ」または「シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド」は、ベルガモテンの一酸素添加または水酸化を触媒できるポリペプチドである。例えば、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、α−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールまたはE−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。
本明細書の目的のためには、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を有する酵素であり、配列番号6、8、9、または73に記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ配列とアラインメントされたときに、50%、55%、60%、65%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%であるか、それらを超えるか、またはおよそそれらを超える配列同一性を有する。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼへの言及は任意のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含み、これは、組み換え的に産生されたポリペプチド、合成的に産生されたポリペプチド、および細胞または植物体(ビャクダン樹の心材を含むが限定されない)から抽出または単離されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含むが、これらに限定されない。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの例は、Santalum albumから単離されたものを含む。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼへの言及は、任意の属または種に由来するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼを含み、アレルまたは種間バリアント、スプライシングバリアントによってコードされるバリアント、および他のそのバリアントが含まれる。それらは、アラインメントされたときに、配列番号6、8、9、または73に記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼに対して少なくともまたは少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、またはさらなる配列同一性を有するポリペプチドを含む。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を保持するその触媒活性断片も包含する。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性」または「ベルガモテンオキシダーゼ活性」は、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する能力を指す。すなわち、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、ベルガモテンの一酸素添加または水酸化を触媒する。例えば、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、α−trans−ベルガモテンからのZ−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。ベルガモテンの反応によるベルガモトール生成を評価するための方法は当分野において周知であり、本明細書に記載されている。ベルガモトールの産生は、例えばガスクロマトグラフィー質量分析(GC−MS)などの方法によって評価され得る(下記の実施例参照)。もしも反応によって産生されたベルガモトールの量が、反応によって産生されたテルペノイドの総量のうち少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、またはさらに多くであるならば、シトクロムP450は、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性、またはベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する能力を示す。
本明細書において用いられる場合、α−サンタロールは、次の構造を有するセスキテルペノイドまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、β−サンタロールは、次の構造を有するセスキテルペノイドまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、epi−β−サンタロールは、次の構造を有するセスキテルペノイドまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、Z−α−trans−ベルガモトールまたはZ−α−exo−ベルガモトールは、次の構造を有するセスキテルペノイドまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、E−α−trans−ベルガモトールまたはE−α−exo−ベルガモトールは、次の構造を有するセスキテルペノイドまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、α−サンタレンは、次の構造を有するセスキテルペンまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、β−サンタレンは、次の構造を有するセスキテルペンまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、epi−β−サンタレンは、次の構造を有するセスキテルペンまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、α−trans−ベルガモテンまたはα−exo−ベルガモテンは、次の構造を有するセスキテルペンまたはその異性体もしくは立体異性体である。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450レダクターゼ」または「CPR」は、NADPHから電子受容体(例えば、シトクロムP450)への2個の電子の伝達を触媒することができるポリペプチドである。本明細書の目的のためには、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼはシトクロムP450レダクターゼ活性を有する酵素であり、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼ配列とアラインメントされたときに、50%、55%、60%、65%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%であるか、それらを超えるか、またはおよそそれらを超える配列同一性を有する。
シトクロムP450レダクターゼへの言及は任意のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを包含し、これは組み換え的に産生されたポリペプチド、合成的に産生されたポリペプチド、および細胞または植物体(ビャクダン樹の心材を含むが限定されない)から抽出または単離されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含むが、限定されない。シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの例は、Santalum albumから単離されたものを含む。シトクロムP450レダクターゼへの言及は、任意の属または種に由来するシトクロムP450レダクターゼを含み、アレルまたは種間バリアント、スプライシングバリアントによってコードされるバリアント、および他のそのバリアントが含まれる。それらは、アラインメントされたときに、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼに対して、少なくともまたは少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、またはさらなる配列同一性を有するポリペプチドを含む。シトクロムP450レダクターゼは、シトクロムP450レダクターゼ活性を保持するその触媒活性断片も包含する。
本明細書において用いられる場合、「シトクロムP450レダクターゼ活性」は、NADPHから電子受容体(例えば、シトクロムP450)への2個の電子の伝達を触媒する能力を指す。シトクロムP450レダクターゼ活性を評価するための方法は当分野において周知であり、本明細書に記載されている。例えば、シトクロムP450レダクターゼ活性は、人工の電子受容体(例えばシトクロムc)の還元によって特定され得る。
本明細書において用いられる場合、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに関する「野生型」または「天然」は、天然のまたは天然に存在するシトクロムP450遺伝子またはシトクロムP450レダクターゼ遺伝子によってコードされる、シトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを指す。これは、天然の生物(植物を含む)中に存在するアレルバリアントも含む。野生型シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼへの言及は、種への言及がなければ、野生型シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの任意の種を包含することが意図されている。
本明細書において用いられる場合、種間バリアントは、異なる種(異なるビャクダン種、例えばSantalum album、Santalum australocaledonicum、Santalum spicatum、およびSantalum murrayanumを含む)の間におけるポリペプチドのバリアントを指す。通常は、種間バリアントは、少なくともまたは少なくとも約40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、またはさらなる配列同一性を互いに有する。種間バリアントの間において対応する残基は、通常は同一の参照配列と個々に比較して、各配列を参照配列とアラインメントしてマッチするヌクレオチドまたはアミノ酸残基の数を最大化することによって、特定され得る。対象の位置は、次に、参照核酸分子またはポリペプチドにおいて割り当てられた番号を与えられる。アラインメントは、特に配列同一性が80%よりも大きい場合には、マニュアルまたは目視によって実施され得る。複数のバリアントの間の配列同一性を特定するためには、アラインメントは1つずつ同一の参照ポリペプチドに対して実施される。
本明細書において用いられる場合、アレルバリアントまたはアレルバリエーションは、同じ染色体遺伝子座を占める遺伝子の2つ以上の選択的な型のいずれか1つを引用する。アレルバリエーションは変異によって天然に生じ、集団内の表現型多型をもたらし得る。遺伝子変異はサイレント(コードされるポリペプチドの変化無し)であり得、または、変更されたアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし得る。用語「アレルバリアント」は、本明細書においては、遺伝子のアレルバリアントによってコードされる蛋白質を示すためにも用いられる。通常は、遺伝子の参照型は、ある種の集団または1つの参照の一員に由来するポリペプチドの野生型および/または優勢な型をコードする。通常は、アレルバリアントは種間および種内のバリアントを含むが、通常は、同一種に由来する野生型および/または優勢な型に対して少なくとも80%、90%、またはさらなるアミノ酸同一性を有する。同一性の程度は、遺伝子と、比較が種間であるか種内であるかに左右される。通常は、種内のアレルバリアントは、野生型および/または優勢な型に対して少なくとも約80%、85%、90%、または95%の同一性またはさらに多くを有し、ポリペプチドの野生型および/または優勢な型に対して96%、97%、98%、99%、またはさらなる同一性を含む。本明細書のアレルバリアントへの言及は、通常は、同種の一員間における蛋白質のバリエーションを指す。
本明細書において用いられる場合、スプライシングバリアントは、ゲノムDNAの1次転写物の選択的プロセシングによって産生されるバリアントを指し、これは1種より多くのmRNAをもたらす。
本明細書において用いられる場合、「改変されたシトクロムP450」または「改変されたシトクロムP450ポリペプチド」または「改変されたCYP」は、改変されていないまたは野生型のシトクロムP450ポリペプチドと比較して1つ以上のアミノ酸の違いを有する、シトクロムP450ポリペプチドを指す。1つ以上のアミノ酸の違いは、1つ以上のアミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失などのアミノ酸変異であり得、または、全体のドメインもしくはその一部の挿入もしくは欠失もしくは交換、およびその任意の組み合わせであり得る。改変は、任意の変異導入プロトコール(遺伝子シャッフリング法を含む)によって実施され得る。通常は、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して1次配列中に1つ以上の改変を有する。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、少なくとも1、5、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135個、またはさらなるアミノ酸の違いを、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して有し得る。通常は、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15個のアミノ酸の交換を有するであろうが、特にそのドメインまたは部分がスワッピングされるときにはさらに多くを含み得る。所産のポリペプチドが野生型シトクロムP450に関わる少なくとも1つのシトクロムP450活性(例えば、触媒活性、モノオキシゲナーゼ活性、および/またはテルペンからのテルペノイドの生成を触媒する能力)を有する限り、任意の改変が考えられる。
通常は、所産のシトクロムP450ポリペプチドは、本明細書において提供される野生型シトクロムP450ポリペプチドに対して少なくとも50%の配列同一性を有するであろう。
本明細書において用いられる場合、「改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ」または「改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド」は、改変されていないまたは野生型シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと比較して1つ以上のアミノ酸の違いを有する、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドを指す。1つ以上のアミノ酸の違いは、1つ以上のアミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失などのアミノ酸変異であり得、または、全体のドメインまたはその部分の挿入もしくは欠失もしくは交換、およびその任意の組み合わせであり得る。改変は、遺伝子シャッフリング法を含む任意の変異導入プロトコールによって実施され得る。通常は、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと比較して1次配列中に1つ以上の改変を有する。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともl、5、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135個、またはさらなるアミノ酸の違いを、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと比較して有し得る。通常は、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15個のアミノ酸の交換を有するであろうが、特にドメインまたはその部分がスワッピングされるときにはさらに多くを含み得る。所産のポリペプチドが、野生型シトクロムP450サンタレンオキシダーゼに関わる少なくとも1つのシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性(例えば、触媒活性、サンタレンまたはベルガモテンからのサンタロールまたはベルガモトールの生成を触媒する能力)を有する限り、任意の改変が考えられる。通常は、所産のシトクロムP450ポリペプチドサンタレンオキシダーゼは、少なくとも50%の配列同一性を、本明細書において提供される野生型シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して有する。
本明細書において用いられる場合、「改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ」または「改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド」は、改変されていないまたは野生型シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと比較して1つ以上のアミノ酸の違いを有する、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを指す。1つ以上のアミノ酸の違いは、1つ以上のアミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失などのアミノ酸変異であり得、または、全体のドメインもしくはその部分の挿入もしくは欠失もしくは交換、およびその任意の組み合わせであり得る。改変は、遺伝子シャッフリング法を含む任意の変異導入プロトコールによって実施され得る。通常は、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと比較して1次配列中に1つ以上の改変を有する。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくとも1、5、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135個、またはさらなるアミノ酸の違いを、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して有し得る。通常は、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15個のアミノ酸の交換を有するであろうが、特にドメインまたはその部分がスワッピングされるときにはさらに多くを含み得る。所産のポリペプチドが、野生型シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに関わる少なくとも1つのシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性(例えば、触媒活性、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する能力)を有する限り、任意の改変が考えられる。通常は、所産のシトクロムP450ポリペプチドベルガモテンオキシダーゼは、少なくとも50%の配列同一性を、本明細書において提供される野生型シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して有するであろう。
本明細書において用いられる場合、「改変されたシトクロムP450レダクターゼ」または「改変されたCPR」は、改変されていないまたは野生型のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して1つ以上のアミノ酸の違いを有する、シトクロムP450ポリペプチドを指す。1つ以上のアミノ酸の違いは、1つ以上のアミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失などのアミノ酸変異であり得、または、全体のドメインもしくはその部分の挿入もしくは欠失もしくは交換、およびその任意の組み合わせであり得る。改変は、遺伝子シャッフリング法を含む任意の変異導入プロトコールによって実施され得る。通常は、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して1次配列中に1つ以上の改変を有する。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくとも1、5、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135個、またはさらなるアミノ酸の違いを、改変されていないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して有し得る。通常は、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15個のアミノ酸の交換を有するであろうが、特にドメインまたはその部分がスワッピングされるときには、さらに多くを含み得る。所産のポリペプチドが、野生型シトクロムP450レダクターゼに関わる少なくとも1つのシトクロムP450レダクターゼ活性(例えば触媒活性、2個の電子を電子受容体、例えばシトクロムP450に伝達する能力)を有する限り、任意の改変が考えられる。通常は、所産のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくとも50%の配列同一性を、本明細書において提供される野生型シトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して有するであろう。
本明細書において用いられる場合、「対応する残基」は、アラインメントされた位置にある残基を指す。関連またはバリアントのポリペプチドは、当業者に公知の任意の方法によってアラインメントされる。かかる方法は通常はマッチを最大化し、マニュアルアラインメントおよび利用可能な様々なアラインメントプログラム(例えば当業者に公知のBLASTPおよびその他)によって作られるものなどの方法を含む。ポリペプチドの配列をアラインメントすることによって、当業者は、保存された同一のアミノ酸残基を目安として用いて、対応する残基を同定できる。対応する位置は、例えば蛋白質構造のコンピューターシミュレーションによるアラインメントを用いることによって、構造上のアラインメントにも基づき得る。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼシンターゼとシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼシンターゼとの間において対応する残基は、図2A〜2Bおよび21A〜21Cに示されており、Arabidopsis thalianaのシトクロムP450レダクターゼとSantalum albumのシトクロムP450レダクターゼとの間において対応する残基は図3A〜3Cに示されている。
本明細書において用いられる場合、ドメインまたは領域(通常は、少なくとも3以上、通常は5または7以上のアミノ酸の配列)は、分子(例えば蛋白質またはコードする核酸)の部分を指し、これは分子の他の部分からは構造的および/または機能的に明確であり、区別可能である。蛋白質は、1つまたは1つよりも多くの明確なドメインを有し得る。例えば、ドメインは、近縁のファミリーの一員(例えば他のテルペンシンターゼ)に対するその配列の相同性によって同定、定義、または特徴付けられ得る。ドメインは、アミノ酸の線形配列またはアミノ酸の非線形配列であり得る。多くのポリペプチドは複数のドメインを含有する。かかるドメインは公知であり、当業者によって同定され得る。本明細書における例示のためにいくつかの定義が提供されるが、当然のことながら、具体的なドメインを名前によって識別することは十分に当分野の知識の範囲内である。適宜、適切なソフトウェアが用いられてドメインを同定できる。例えば、上述のように、異なるシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ中の対応するドメインは、配列アラインメントによって、例えば当分野において周知のツールおよびアルゴリズム(例えばBLASTP)を用いて同定され得る。
本明細書において用いられる場合、機能ドメインは、機能的な活性(例えば触媒活性)によって識別されるポリペプチドの部分を指す。機能ドメインは、その機能、例えば触媒活性または生体分子(例えば、基質結合または金属結合)と相互作用する能力によって特徴付けられ得る。一部の例においては、ドメインは独立して生物学的な機能または特性を示せるので、独立したまたは別の分子に融合されたドメインが活性(例えば触媒活性または基質結合)を果たせる。
本明細書において用いられる場合、構造ドメインは、1つ以上の構造モチーフからなる蛋白質内において、独立して折り畳み構造を形成できるポリペプチド鎖の部分を指す。
本明細書において用いられる場合、アミノ酸または核酸配列に関する「異種」は、天然のポリペプチド中に存在しないまたはポリヌクレオチドによってコードされていない配列の部分を指す。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼシンターゼのポリペプチドのアミノ酸の部分(例えば、ドメインもしくは領域またはその部分)は、もしもかかるアミノ酸が天然または野生型のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼシンターゼ(例えば、配列番号7に記載のもの)中に存在しないまたはそれをコードするポリヌクレオチドによってコードされていないならば、それにとって異種性である。かかる異種アミノ酸を含有するポリペプチドまたはそれをコードするポリヌクレオチドは、それぞれ「キメラポリペプチド」または「キメラポリヌクレオチド」と呼ばれる。
本明細書において用いられる場合、用語「改変されたシトクロムP450の特性が、第1のシトクロムP450と比較して改善」は、改変を含有していないシトクロムP450と比較して、改変されたシトクロムP450の特性の望ましい変化を指す。通常は1つの特性または複数の特性が改善されて、テルペン基質と改変されたシトクロムP450シンターゼとの反応によって産生される所望のテルペノイドの量が、基質と改変されていないシトクロムP450シンターゼとの反応によって産生される所望のテルペノイドの量と比較して増大するようにされる。改変されたシトクロムP450シンターゼにおいて改善され得る例示的な特性は、例えばテルペノイド産生、触媒活性、産物の分布、基質特異性、位置選択性、および立体選択性を含む。特性の1つ以上が当分野において周知の方法を用いて評価されて、特性が改善された(すなわち、所望のテルペノイドまたはテルペノイドの産生にとってより望ましくなるように変更された)かどうかを特定できる。
本明細書において用いられる場合、テルペノイド産生(テルペノイド収量とも呼ばれる)は、テルペンとシトクロムP450との反応から産生されたテルペノイドの量(重量または重量/体積による)を指す。全テルペノイドの産生への言及は、反応によって産生された全テルペノイドの総量を指す。一方、特定のテルペノイド産生への言及は、反応によって産生された特定のテルペノイド(例えばβ−サンタロールおよびα−サンタロール)の量を指す。
本明細書において用いられる場合、改善されたテルペノイド産生は、同一のテルペンと改変されていないシトクロムP450との反応によって産生される量と比較して、テルペンと改変されたシトクロムP450との反応からもたらされるテルペノイドの総量の増大(すなわち、改善された全テルペノイドの産生)またはテルペノイドの特定の量の増大を指す。テルペンとシトクロムP450との反応によって産生されるテルペノイドの量(全体または特定)は、同じテルペンと改変されていないシトクロムP450との同じ条件下における反応によって産生されるテルペノイドの量と比較して、少なくともまたは少なくとも約1%、3%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに増大し得る。
本明細書において用いられる場合、基質特異性は、1つの標的基質に対する別のものに優る(例えば1つのテルペン(例えばβ−サンタレン、α−サンタレン、epi−β−サンタレン、またはα−trans−ベルガモテン)に対する別のものに優る)シトクロムP450の選好性を指す。基質特異性は、当分野において周知の方法、例えばkcat/Kを計算するものを用いて評価され得る。例えば、基質特異性は、種々の基質(例えばβ−サンタレン、α−サンタレン、epi−β−サンタレン、またはα−trans−ベルガモテン)に対する酵素の相対的なkcat/K(これは触媒効率の尺度である)を比較することによって評価され得る。
本明細書において用いられる場合、変更された基質特異性は、改変されていないシトクロムP450(例えば、野生型シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ)と比較して、改変されたシトクロムP450ポリペプチド(例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド)の基質特異性の変化を指す。基質(例えば、β−サンタレン、α−サンタレン、epi−β−サンタレン、またはα−trans−ベルガモテン)に対する改変されたシトクロムP450ポリペプチドの特異性(例えばkcat/K)は、同じ基質に対する元のシトクロムP450の特異性と比較して少なくともまたは少なくとも約10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに変更され得る。
本明細書において用いられる場合、「改善された基質特異性」は、より望ましい特異性への基質特異性の変化または変更を指す。例えば、改善された基質特異性は、所望の基質(例えば、β−サンタレン、α−サンタレン、epi−β−サンタレン、またはα−trans−ベルガモテン)に対する、改変されたシトクロムP450ポリペプチドの基質特異性の増大を含み得る。改変されたシトクロムP450ポリペプチドの基質(例えば、β−サンタレン、α−サンタレン、epi−β−サンタレン、またはα−trans−ベルガモテン)に対する特異性(例えばkcat/K)は、改変されていないシトクロムP450の特異性と比較して、少なくともまたは少なくとも約1%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに増大し得る。
本明細書において用いられる場合、「産物の分布」は、テルペン(例えばβ−サンタレン)とシトクロムP450(本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドを含む)との反応によって産生される、種々のテルペノイドの相対量を指す。産生されるテルペノイドの量は、シトクロムP450によって産生される全産物の百分率として表され得る。例えば、β−サンタレンとシトクロムP450サンタレンオキシダーゼとの反応からもたらされる産物の分布は、90%(重量/体積)のβ−サンタロールおよび10%(重量/体積)の他の化合物であり得る。溶液中のテルペノイドの種類および量を評価するための方法は当分野において周知であり、本明細書に記載されており、例えばガスクロマトグラフィー質量分析(GC−MS)を含む(下記の実施例参照)。
本明細書において用いられる場合、変更された産物の分布は、テルペン(例えばβ−サンタレン)とシトクロムP450(例えばシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ)との間の反応によって産生される個々のテルペノイドの相対量の変化を指す。通常は、第1のシトクロムP450(例えば野生型シトクロムP450)を用いてテルペンから産生された個々のテルペノイドの相対量を特定し、次に、第2のシトクロムP450(例えば改変されたシトクロムP450)を用いて産生された個々のテルペノイドの相対量と比較することによって、変化が評価される。もしも任意の1つ以上のテルペノイドの相対量が、少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、またはさらに増大または減少するならば、変更された産物の分布が起こると見なされる。
本明細書において用いられる場合、改善された産物の分布は、より望ましい(すなわちより望ましい相対量のテルペノイドを含有する)ものへの産物の分布の変化を指す。例えば、改善された産物の分布は、所望のテルペノイドの増大した量および/または望まれないテルペノイドの減少した量を含有し得る。改善された産生分布に占める所望のテルペノイドの量は、少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、またはさらに増大し得る。改善された産生分布に占める望まれないテルペノイドの量は、少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、またはさらに減少し得る。
本明細書において用いられる場合、核酸または核酸分子はDNA、RNA、およびそのアナログを包含し、ペプチド核酸(PNA)およびその混合物も含む。核酸は、一または二本鎖であり得る。プローブまたはプライマーに言及するときには、それらは任意選択で例えば検出可能な標識(例えば蛍光もしくは放射性標識)によって標識され、一本鎖分子が考えられる。ライブラリーをプロービングまたはプライミングするために、かかる分子は、通常は、それらの標的が統計的にユニークであるかまたは少ないコピー数(通常は5未満、通常は3未満)であるような長さである。通常は、プローブまたはプライマーは、対象の遺伝子に対して相補的または同一な配列の、少なくとも14、16、または30個の連続したヌクレオチドを含有する。プローブおよびプライマーは、10、20、30、50、100、またはそれ以上の核酸の長さであり得る。
本明細書において用いられる場合、用語「ポリヌクレオチド」は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドの塩基の一または二本鎖のポリマーを意味し、5’から3’末端に向かって読まれる。ポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含み、天然の供給源から単離、インビトロにおいて合成、または天然および合成の分子の組み合わせから調製され得る。ポリヌクレオチド分子の長さは、本明細書においてはヌクレオチド(「nt」と略される)または塩基対(「bp」と略される)によって示される。用語「ヌクレオチド」は、文脈が許すところでは一または二本鎖分子に用いられる。用語が二本鎖分子にあてられるときには、全体の長さを示すために用いられ、用語「塩基対」と等価だと理解される。当業者には当然のことながら、二本鎖ポリヌクレオチドの2つの鎖は長さがやや異なり得、その末端は互い違いであり得る。したがって、二本鎖ポリヌクレオチド分子中の全ヌクレオチドが対にならないことがあり得る。かかる不対末端は、通常は長さが20ヌクレオチドを超えない。
本明細書において用いられる場合、異種核酸は核酸であり、それが発現される細胞によってインビボにおいて通常は産生されない、または、細胞によって産生されるが別の遺伝子座にあるかもしくは別様に発現される、または、転写、翻訳、もしくは他の制御可能な生化学的プロセスに影響することによって、内在性の核酸(例えばDNA)の発現に影響するかもしくはそれを変更するメディエータをコードする。異種核酸は、それが導入される細胞にとって通常は内在性でなく、別の細胞から得られたか、または合成的に調製されたものである。異種核酸は内在性であり得るが、別の遺伝子座から発現されるかまたはその発現が変更された核酸である。通常は、必ずではないものの、かかる核酸は、通常は細胞によって産生されないまたはそれが発現される細胞における同じ様式では産生されない、RNAおよび蛋白質をコードする。異種核酸(例えばDNA)は異質核酸(例えばDNA)とも呼ばれ得る。したがって、異種核酸または異質核酸は、対応する核酸分子(例えばDNA)がゲノム中において見いだされる正しい向きまたは位置に存在していない核酸分子を含む。また、別の生物または種に由来する(すなわち外来性の)核酸分子も指し得る。
核酸が発現される細胞にとって異種または異質だと当業者が認めるまたは見なす任意の核酸(例えばDNA)は、本明細書において異種核酸に包含される。異種核酸は、内在性にも発現される、外来性に追加された核酸を含む。異種核酸の例は、追跡可能なマーカー蛋白質(例えば、薬剤耐性を付与する蛋白質)をコードする核酸、治療有効性の物質(例えば、抗癌剤、酵素、およびホルモン)をコードする核酸、および他の種類の蛋白質(例えば抗体)をコードする核酸(例えばDNA)を含むが、限定されない。異種核酸によってコードされた抗体は、異種核酸が導入された細胞の表面において分泌または発現され得る。
本明細書において用いられる場合、ペプチドは、2〜40アミノ酸の長さのポリペプチドを指す。
本明細書において用いられる場合、本明細書において提供されるアミノ酸の種々の配列中に存在するアミノ酸は、それらの公知の3文字または1文字略語によって同定される(表1)。種々の核酸断片中に存在するヌクレオチドは、当分野において通常用いられる標準的な1文字表記によって表される。
本明細書において用いられる場合、「アミノ酸」は、アミノ基およびカルボン酸基を含有する有機化合物である。ポリペプチドは2つ以上のアミノ酸を含有する。
本明細書の目的のためには、アミノ酸は、20個の天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、およびアミノ酸アナログ(すなわち、α炭素が側鎖を有するアミノ酸)を含む。
J. Biol. Chem., 243: 3557-3559 (1968)に記載の標準的なポリペプチドの命名法および採択された連邦規則集第37巻1.821〜1.822に従って、アミノ酸残基の略語が表1に示されている。
本明細書において式によって表される全てのアミノ酸残基配列は、アミノ末端からカルボキシル末端という慣例の方向で、左から右への向きを有する。さらに、用語「アミノ酸残基」は幅広く定義され、対応表(表1)に挙げられたアミノ酸ならびに改変型および非通常型アミノ酸(例えば、連邦規則集第37巻1.821〜1.822において挙げられたものおよび参照によって本明細書に援用されるもの)を包含する。さらに、アミノ酸残基配列の始まりまたは終わりのダッシュは、1つ以上のアミノ酸残基のさらなる配列に対する、NHなどのアミノ末端基またはCOOHなどのカルボキシル末端基へのペプチド結合を示唆する。
本明細書において用いられる場合、「天然に存在するアミノ酸」は、ポリペプチド中に存在する20個のL−アミノ酸を指す。
本明細書において用いられる場合、「非天然アミノ酸」は、アミノ基およびカルボン酸基を含有する有機化合物を指し、表1に挙げられた天然に存在するアミノ酸のいずれでもない。天然に生じないアミノ酸は、したがって、例えば20個の天然に存在するアミノ酸以外のアミノ酸またはアミノ酸のアナログを含み、アミノ酸のD−立体異性体(isostereomer)を含むが、それらに限定されない。例示的な非天然アミノ酸は当業者に公知であり、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド中に含まれ得る。
本明細書において用いられる場合、改変は、ポリペプチドのアミノ酸の1次配列または核酸分子のヌクレオチドの配列の改変に関し、アミノ酸およびヌクレオチドの欠失、挿入、ならびに交換および再構成を含む。本明細書の目的のためには、アミノ酸の交換(または置換)、欠失、および/または挿入は、本明細書において提供されるシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの任意のものの中になされ得る。改変は、保存的なアミノ酸の交換、さらに非保存的なアミノ酸置換および挿入、ドメインスワッピング、ならびに1次配列の他のかかる変更を行うことによってなされ得る。例えば、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの特性を望ましくまたは有利に変更するアミノ酸の交換がなされ得る。例えば、アミノ酸の交換がシトクロムP450サンタレンオキシダーゼに対して行われて、所産の改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼが、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較してより多くのβ−サンタロールをサンタレンおよびベルガモテンの混合物から産生するようにできる。例えば、アミノ酸の交換がシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼに対して行われて、所産のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼが、改変されていないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較してより多くのベルガモトールをサンタレンおよびベルガモテンの混合物から産生するようにできる。改変は、翻訳後修飾または別の部分への直接的もしくは間接的な結合もしくは連結によって生じ得る分子の他の変化も含み得る。ただし、かかる改変が考えられるときには、それらは、適宜、翻訳後修飾またはコンジュゲートまたは他のかかる用語によって呼ばれ得る。ポリペプチドを改変する方法は当業者にとって慣行であり、標準的な方法(例えば部位特異的変異、増幅法、および遺伝子シャッフリング法)によって実施され得る。
本明細書において用いられる場合、考えられるアミノ酸の交換または置換は保存的置換を含むが限定されず、これは表2に記載のものを含むが、限定されない。アミノ酸の適当な保存的置換は当業者に公知であり、通常はポリペプチドの立体配座または活性を変更することなくなされ得る。当業者には当然のことながら、通常は、ポリペプチドの非必須領域の一アミノ酸置換は実質的に生物活性を変更しない(例えばWatson et al. Molecular Biology of the Gene, 4th Edition, 1987, The Benjamin/Cummings Pub. co., p.224参照)。保存的なアミノ酸置換は、例えば次の表2に記載のものに従ってなされる。
他の保存的置換も考えられ、実験的にまたは公知の保存的置換に従って決められ得る。
本明細書において用いられる場合、DNA構築物は、一または二本鎖の直鎖状または環状のDNA分子であり、天然に見いだされない様式で組み合わせおよび並列されたDNAのセグメントを含有する。DNA構築物は人間による操作の結果として存在し、操作された分子のクローンおよび他の複製物を含む。
本明細書において用いられる場合、DNAセグメントは、特定の属性を有するより長いDNA分子の一部である。例えば、特定のポリペプチドをコードするDNAセグメントは、5’から3’の方向に読んだときに特定のポリペプチドのアミノ酸の配列をコードする、より長いDNA分子(例えばプラスミドまたはプラスミド断片)の一部である。
本明細書において用いられる場合、「1次配列」は、ポリペプチド中のアミノ酸の配列残基を指す。
本明細書において用いられる場合、2つの蛋白質間または核酸間の「類似性」は、蛋白質のアミノ酸の配列または核酸のヌクレオチド配列の間の関連性を指す。類似性は、残基の配列およびそれに含まれる残基の同一性および/または相同性の程度に基づき得る。
蛋白質または核酸間の類似性の程度を評価するための方法は、当業者に公知である。例えば、配列の類似性を評価する1つの方法においては、2つのアミノ酸またはヌクレオチド配列が、配列間の同一性の最大レベルをもたらすやり方でアラインメントされる。「同一性」は、アミノ酸またはヌクレオチド配列同士が不変な程度を指す。アミノ酸配列(およびある程度のヌクレオチド配列)のアラインメントは、アミノ酸(またはヌクレオチド)の保存的な違いおよび/または頻繁な置換も考慮に入れ得る。保存的な違いは、当該残基の物理化学的特性を保存するものである。アラインメントは、グローバル(比較される配列同士の配列の全長に対するアラインメントであり、全残基を含む)またはローカル(最も類似した領域または複数領域のみを含む配列の部分のアラインメント)であり得る。
本明細書において用いられる場合、「に対応する位置」、または開示される配列(例えば配列表に記載)中においてヌクレオチドもしくはアミノ酸の位置がヌクレオチドもしくはアミノ酸の位置に「対応する」という記載は、開示される配列とのアラインメントによって同一性を最大化することが確認されたヌクレオチドまたはアミノ酸の位置を指す(標準的なアラインメントアルゴリズム(例えばGAPアルゴリズム)を用いる)。本明細書の目的のためには、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ配列のアラインメントは配列番号7に記載のアミノ酸配列に対してである。本明細書の目的のためには、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ配列のアラインメントは、配列番号6、8、または9のいずれか1つ、特に配列番号6に記載のアミノ酸配列に対してである。配列をアラインメントすることによって、当業者は、対応する残基を、例えば保存された同一のアミノ酸残基を目安として用いて同定し得る。通常は、対応する位置を同定するためには、最高のマッチが得られるようにアミノ酸の配列がアラインメントされる(例えば、Computational Molecular Biology, Lesk, A.M., ed., Oxford University Press, New York, 1988、Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D.W., ed., Academic Press, New York, 1993、Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M., and Griffin, H.G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994、Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987、およびSequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991、Carillo et al. (1988) SIAM J Applied Math 48:1073参照)。図2A〜2B、3A〜3C、5A〜5B、および21A〜21Cは、交換用の例示的な対応する残基の例示的なアラインメントおよび同定を例示している。
本明細書において用いられる場合、「配列同一性」は、試験および参照のポリペプチドまたはポリヌクレオチド間の比較において、同一または類似のアミノ酸またはヌクレオチド塩基の数を指す。配列同一性は、類似性または同一性の領域を同定するための核酸または蛋白質配列の配列アラインメントによって、特定され得る。本明細書の目的のためには、配列同一性は、同一の残基を同定するためのアラインメントによって通常は特定される。アラインメントはローカルまたはグローバルであり得る。マッチ、ミスマッチ、およびギャップが、比較される配列間において同定され得る。ギャップは、アラインメントされた配列の残基間に挿入された空のアミノ酸またはヌクレオチドであり、同一のまたは類似の記号がアラインメントされるようにしている。通常は、内部および末端のギャップが存在し得る。配列同一性は、ギャップを考慮に入れることによって、同一の残基の数/最短の配列の長さ×100として特定され得る。ギャップペナルティを用いるときには、配列同一性は、末端ギャップに対するペナルティ無しで特定され得る(例えば、末端ギャップはペナルティを与えられない)。または、配列同一性は、ギャップを考慮に知れないで、同一の位置の数/アラインメントされた配列全体の長さ×100として特定され得る。
本明細書において用いられる場合、「グローバルアラインメント」は、2つの配列を最初から終わりまでアラインメントするアラインメントであり、各配列中の各文字を1回だけアラインメントする。アラインメントは、配列間の類似性または同一性があるか否かにかかわらず生成される。例えば、「グローバルアラインメント」に基づく50%の配列同一性は、それぞれ長さが100ヌクレオチドの2つの比較される配列の全配列のアラインメントにおいて、残基の50%が同じであるということを意味する。当然のことながら、グローバルアラインメントは、アラインメントされた配列の長さが同じでないときであっても、配列同一性を特定するために用いられ得る。配列の末端の違いは、「末端ギャップに対するペナルティ無し」が選択されない限り、配列同一性を特定する際に考慮される。通常は、グローバルアラインメントは、それらの長さの大部分に渡ってかなりの類似性を互いに有する配列に対して用いられる。グローバルアラインメントを行うための例示的なアルゴリズムは、ニードルマン・ブンシュアルゴリズムを含む(Needleman et al. (1970) J. Mol. Biol. 48: 443)。グローバルアラインメントを行うための例示的なプログラムは一般利用可能であり、国立生物工学情報センター(NCBI)ウェブサイト(ncbi.nlm.nih.gov/)において利用可能なグローバルシーケンスアラインメントツール、およびdeepc2.psi.iastate.edu/aat/align/align.htmlにおいて利用可能なプログラムを含む。
本明細書において用いられる場合、「ローカルアラインメント」は、2つの配列をアラインメントするアラインメントであるが、類似性または同一性を互いに有する配列のそれらの部分のみをアラインメントする。したがって、ローカルアラインメントは、1つの配列のサブセグメントが別の配列中に存在するかどうかを特定する。もしも類似性がないならば、アラインメントは返されない。ローカルアラインメントアルゴリズムは、BLASTまたはスミス−ウォーターマンアルゴリズムを含む(Adv. Appl. Math. 2:482 (1981))。例えば、「ローカルアラインメント」に基づく50%の配列同一性は、任意の長さの2つの配列の全配列のアラインメントにおいて、長さが100ヌクレオチドの類似性または同一性の領域が、類似性または同一性の領域に同一の残基の50%を有するということを意味する。
本明細書の目的のためには、配列同一性は、標準的なアラインメントアルゴリズムプログラムによって、各供給者によって設定されたデフォルトのギャップペナルティで、またはマニュアルで特定され得る。GAPプログラムのデフォルトのパラメータは、(1)単項比較マトリクス(一致に対して1の値を、不一致に対して0を含む)およびGribskov et al. (1986) Nucl. Acids Res. 14:6745の重み付き比較マトリクス(Schwartz and Dayhoff, eds., Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, pp. 353-358 (1979)に記載されている)、(2)各ギャップに対する3.0のペナルティ、および各ギャップ中の各記号に対するさらなる0.10のペナルティ、ならびに(3)末端ギャップに対するペナルティ無し、を含み得る。任意の2つの核酸分子が少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%「同一」のヌクレオチド配列を有するかどうか、もしくは任意の2つのポリペプチドが少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%「同一」のアミノ酸配列を有するかどうか、または、同一性の割合を説明する他の類似のバリエーションは、公知のコンピューターアルゴリズムを用いて、ローカルまたはグローバルアラインメントに基づいて特定され得る(例えばwikipedia.org/wiki/Sequence_alignment_software参照。多数の公知のおよび一般利用可能なアラインメントデータベースおよびプログラムへのリンクを提供している)。通常は、本明細書の目的のためには、配列同一性は、グローバルアラインメントに基づくコンピューターアルゴリズム、例えば、NCBI/BLAST(blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&Page _TYPE=BlastHome)から利用可能なニードルマン・ブンシュのグローバルシーケンスアラインメントツール、LAlign(William PearsonがHuangおよびMillerのアルゴリズムを実装している(Adv. Appl. Math. (1991) 12:337-357))、およびdeepc2.psi.iastate.edu/aat/align/align.htmlにおいて利用可能なXiaoqui Huangのプログラムを用いて特定される。通常は、本明細書のヌクレオチド配列を比較するときには、末端ギャップに対するペナルティを有するアラインメントが用いられる。ローカルアラインメントも、比較される配列が実質的に同じ長さであるときには用いられ得る。
本明細書において用いられる場合、用語「同一性」は、試験および参照のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの間における比較を表す。1つの限定しない例においては、「少なくとも90%同一」は、参照ポリペプチドに対して90〜100%の同一性の割合を指す。90%以上のレベルの同一性は、例示の目的のために仮定して、100アミノ酸という試験および参照のポリペプチドの長さが比較されると、試験ポリペプチド中のアミノ酸の10%(すなわち10/100)以下が参照ポリペプチドのものと異なるということを示している。同様の比較は、試験および参照ポリヌクレオチドの間においてなされ得る。かかる違いは、アミノ酸配列の全長に渡ってランダムに分布した点変異として現れ得、または種々の長さの1つ以上の場所にかたまり得る(許される最大値、例えば10/100アミノ酸の違い(約90%の同一性)まで)。違いは、アミノ酸残基の欠失またはトランケートも原因であり得る。違いは、核酸またはアミノ酸の置換、挿入、または欠失として定義される。比較される配列の長さに応じて、約85〜90%を超える相同性または同一性のレベルでは、結果は、プログラムおよび設定されるギャップパラメータとはかなり無関係である。かかる高レベルの同一性は容易に評価され得、多くの場合にはソフトウェアに頼ることがない。
本明細書において用いられる場合、用語「実質的に同一」または「類似」は、当業者には当然のことながら文脈によって様々であるが、当業者はこれを評価できる。
本明細書において用いられる場合、アラインメントされた配列とは、相同性(類似性および/または同一性)を利用して、ヌクレオチドまたはアミノ酸の配列中の対応する位置をアラインメントすることを指す。通常は、約50%または50%以上の同一性によって近縁の2つ以上の配列がアラインメントされる。配列のアラインメントされたセットは、対応する位置においてアラインメントされた2つ以上の配列を指し、RNA(例えばEST)および他のDNAに由来する整列した配列がゲノムDNA配列とアラインメントされることを含み得る。
本明細書において用いられる場合、実質的に純粋とは、十分に均質であるので、かかる純度を評価するために当業者によって用いられる分析の標準的な方法(例えば薄層クロマトグラフィー(TLC)、ゲル電気泳動、および高速液体クロマトグラフィー(HPLC))によって測定された場合に直ちに検出可能な不純物を含まないように見えるということ、または、十分に純粋であるので、さらなる精製が物質の物理的および化学的特性(例えば酵素および生物活性)を検出可能には変更しない、ということを意味する。実質的に化学的に純粋な化合物を産生するための化合物の精製の方法は、当業者に公知である。実質的に化学的に純粋な化合物は、しかしながら、立体異性体または異性体の混合物であり得る。かかる場合には、さらなる精製は化合物の特異的活性を増大させ得る。
本明細書において用いられる場合、単離または精製されたポリペプチドまたは蛋白質またはその生物活性部分は、蛋白質が作られた元の組織の細胞に由来する細胞性物質もしくは他の汚染蛋白質を実質的に含まないか、または、化学合成されたときには化学物質前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。調製物は、直ちに検出可能な不純物(かかる純度を評価するために当業者によって用いられる分析の標準的な方法、例えば薄層クロマトグラフィー(TLC)、ゲル電気泳動、および高速液体クロマトグラフィー(HPLC)によって特定される)を含まないように見えるか、またはさらなる精製が物質の物理的および化学的特性(例えば蛋白質分解および生物活性)を検出可能には変更しないほどに十分に純粋であるように見えるならば、実質的に含まないと結論され得る。実質的に化学的に純粋な化合物を産生するための化合物の精製の方法は、当業者に公知である。実質的に化学的に純粋な化合物は、しかしながら、立体異性体の混合物であり得る。かかる場合には、さらなる精製は化合物の特異的活性を増大させ得る。
本明細書において用いられる場合、「実質的に細胞性物質を含まない」は、シトクロムP450、シトクロムP450レダクターゼ、テルペン、またはテルペノイド産物の調製物を包含し、シトクロムP450、シトクロムP450レダクターゼ、テルペン、またはテルペノイド産物が、それが単離または産生された元の細胞の細胞成分から分離されている。一実施形態においては、用語「実質的に細胞性物質を含まない」は、シトクロムP450、シトクロムP450レダクターゼ、テルペン、またはテルペノイド産物の調製物が、約30%、20%、10%、5%未満もしくはそれら未満、またはさらに少し(乾燥重量による)のシトクロムP450、シトクロムP450レダクターゼ、テルペン、またはテルペノイド産物でないもの(細胞培地を含む)を有するということを含む。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼが組み換え的に産生されるときには、これも実質的に培地を含まない。すなわち、培地は、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ調製物の体積の20%、10%、もしくは5%またはおよそそれら未満に相当する。
本明細書において用いられる場合、用語「化学物質前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、蛋白質の合成に関与する化学物質前駆体または他の化学物質から蛋白質が分離されている、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ蛋白質の調製物を含む。この用語は、30%(乾燥重量による)、20%、10%、5%未満もしくはおよそそれら未満、またはさらに少しの化学物質前駆体またはシンターゼでない化学物質もしくは成分を有する、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ蛋白質の調製物を包含する。
本明細書において用いられる場合、「合成の」は、例えば合成核酸分子または合成遺伝子または合成ペプチドに関しては、組み換え手法および/または化学合成法によって産生される核酸分子またはポリペプチド分子を指す。
本明細書において用いられる場合、組み換えDNA手法を用いる組み換え手法による産生は、クローニングされたDNAによってコードされる蛋白質を発現するための分子生物学の周知の方法の使用を指す。
本明細書において用いられる場合、ベクター(またはプラスミド)は、その発現または複製のために細胞に異種核酸を導入するために用いられる、個別的なDNAエレメントを指す。ベクターは通常はエピソームのままであり得るが、ゲノムの染色体中への遺伝子またはその部分のインテグレーションを達成するように設計され得る。さらに、人工染色体(例えば細菌人工染色体、酵母人工染色体、および哺乳動物人工染色体)であるベクターが考えられる。かかる媒体の選択および使用は当業者には周知である。
本明細書において用いられる場合、発現は、核酸が転写されてmRNAになり、翻訳されてペプチド、ポリペプチド、または蛋白質になるプロセスを指す。もしも核酸がゲノムDNAに由来する場合には、適切な真核宿主細胞または生物が選択されれば、発現はプロセシング(例えばmRNAのスプライシング)を含み得る。
本明細書において用いられる場合、発現ベクターは、制御配列(例えばプロモーター領域)と作動的に連結されたDNAを発現できるベクターを含み、前記制御配列がかかるDNA断片の発現を達成できる。かかるさらなるセグメントはプロモーターおよびターミネーター配列を含み得、任意選択で1つ以上の複製起点、1つ以上の選択マーカー、エンハンサー、ポリアデニル化シグナルなどを含み得る。発現ベクターは、通常はプラスミドまたはウィルスDNAから作られ、または両方のエレメントを含有し得る。したがって、発現ベクターは、適切な宿主細胞への導入によってクローニングされたDNAの発現をもたらす、組み換えDNAまたはRNA構築物(例えばプラスミド、ファージ、組み換えウィルス、または他のベクター)を指す。適切な発現ベクターは当業者には周知であり、真核細胞および/または原核細胞内で複製可能なもの、およびエピソームのままであるものまたは宿主細胞ゲノム中にインテグレーションするものを含む。
本明細書において用いられる場合、ベクターは「ウィルスベクター」または「ウィルス系ベクター」も含む。ウィルス系ベクターは操作されたウィルスであり、これは外来性遺伝子に対して作動的に連結されて、(媒体またはシャトルとして)外来性遺伝子を細胞に移入する。ウィルス系ベクターはアデノウィルスベクター、レトロウィルスベクター、およびワクシニアウィルスベクターを含むが、これらに限定されない。
本明細書において用いられる場合、DNAセグメントに関する作動可能にまたは作動的に連結とは、セグメントがそれらの初期の目的のために協調して機能するように構成されるということを意味する。例えば転写は、プロモーターの下流および任意の転写される配列の上流において開始する。プロモーターは、通常は、転写機構が結合して転写を開始し、コードするセグメントを通過してターミネーターに至るドメインである。
本明細書において用いられる場合、「キメラ蛋白質」または「融合蛋白質」は、異なるポリペプチドに対して作動的に連結されたポリペプチドを指す。例えば、1つの核酸分子に由来するコード配列と別の核酸分子に由来するコード配列とを含有する1つの核酸配列によってコードされるポリペプチド、そのコード配列が同じリーディングフレームであり、したがって融合構築物が宿主細胞によって転写および翻訳されたときには、2つの蛋白質を含有する蛋白質が産生される。2つの分子は構築物中において隣接し得、または1、2、3、もしくはさらに多く、通常は10、9、8、7、もしくは6アミノ酸未満を含むリンカーポリペプチドによって離間され得る。融合構築物によってコードされる蛋白質産物は、融合ポリペプチドと呼ばれる。本明細書において提供されるキメラまたは融合蛋白質は、1つ以上のサンタレンシンターゼポリペプチドもしくはその部分、および/または1つ以上のシトクロムP450ポリペプチドもしくはその部分、および/または1つ以上のシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、および/または1つ以上の他のポリペプチド(転写/翻訳調節シグナル、シグナル配列、局在用のタグ、精製用のタグ、同定用の蛋白質、免疫グロブリンGのドメインの一部、および/または標的剤の任意の1つ以上)を含み得る。キメラシトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、ポリペプチドのそれらの内在性ドメインまたは領域が別のポリペプチドと交換されたものも包含する。それらのキメラまたは融合蛋白質は、組み換え手法によって融合蛋白質として産生されたもの、化学的手法によって(例えば、スルフヒドリル基へのカップリングなどによる化学的カップリングによって)産生されたもの、および任意の他の方法によって産生されたものを含む。それによって、少なくとも1つのポリペプチド(すなわち、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ)またはその部分が直接的にまたはリンカーを介して間接的に別のポリペプチドに連結される。
本明細書において用いられる場合、用語「評価する」または「特定する」は、産物の活性の絶対値を得ること、さらに活性のレベルを示す指標、比、百分率、映像、または他の値を得ることという意味での、定量的または定性的な特定を包含する。評価は、直接的または間接的であり得る。
本明細書において用いられる場合、ポリペプチドがアミノ酸の記載された配列から「本質的になる」という記載は、全長ポリペプチドの記載された部分またはその断片のみが存在するということを意味する。ポリペプチドは別の起源のさらなるアミノ酸を任意選択で含み得、また通常は含むであろう。または、別のポリペプチドに挿入され得る。
本明細書において用いられる場合、単数形の「a」、「an」、および「the」は、文脈が明らかに別様に定めない限りは複数の指示物を包含する。したがって、例えば「アミノ酸の交換」を含むポリペプチドへの言及は、1つまたは複数のアミノ酸の交換を有するポリペプチドを包含する。
本明細書において用いられる場合、範囲および量は「約」具体的な値または範囲として表され得る。約は、正確な量も包含する。したがって「約5%」は「約5%」および「5%」も意味する。
本明細書において用いられる場合、「任意選択の」または「任意選択で」は、続いて記載される出来事または状況が生ずるまたは生じないということ、出来事または状況が生ずる場合と生じない場合とを包含するということを意味する。例えば、テルペンを単離する任意選択のステップは、テルペンが単離されるもしくは単離されないということを意味する。または、テルペノイドを単離する任意選択のステップは、テルペノイドが単離されるもしくは単離されないということを意味する。
本明細書において用いられる場合、任意の保護基、アミノ酸、および他の化合物の略語は、別段の記載がない限り、それらの一般的な語法、公認の略語、またはIUPAC−IUB委員会生化学命名法((1972) Biochem. 11:1726参照)に従う。
開示の明瞭性のために、限定のためではなく、詳細な説明は以下の項に分けられる。
B.概要
本明細書においては、Santalum album由来のシトクロムP450酵素ならびにそのバリアントおよび改変された形態が、サンタロールおよび他のセスキテルペノイドの産生用に提供される。かかるシトクロムP450は、サンタレンおよびベルガモテンからのサンタロールまたはベルガモトールの生合成的な産生を触媒し、サンタレンおよびベルガモテンの両方は、酵素のサンタレンシンターゼによってファルネシルピロリン酸から生合成的に作られ得る(WO2011/000026およびJones et al. (2011) J Biol Chem 286: 17445-17454参照。さらに、本明細書においては、Santalum album由来のシトクロムP450レダクターゼならびにそのバリアントおよび改変された形態が提供される。さらに、本明細書においては、サンタロールおよび他のセスキテルペノイドをファルネシル二リン酸ならびに/またはサンタレンおよびベルガモテンから作る方法が提供される。提供されるシトクロムP450酵素は、それらの貴重な産物(サンタロールおよびベルガモトールを含む)の産生を、商業的に有益な量で、費用効果が高くエネルギー効率が良いやり方で可能にする。
1.テルペノイドの生合成
テルペンは有機化合物の大きく多様なクラスであり、様々な植物によって、非環式のピロホスファートのイソプレン前駆体(例えば、ゲラニルピロリン酸(GPP)、ファルネシルピロリン酸(FPP)、およびゲラニルゲラニルピロリン酸(GGPP))から産生される。テルペンはその含有するイソプレン(C)単位の数に基づいて名付けられる。例えば、モノテルペンはGPPから作られて10個の炭素を含有し、セスキテルペンはFPPから作られて15個の炭素を含有し、ジテルペンはGGPPから作られて20個の炭素を含有する。化学的に修飾されたテルペンは、テルペノイドまたはイソプレノイドと呼ばれる。テルペンおよびテルペノイドは植物の精油の主成分であり、食品の香味添加物、香水のフレグランスとして、ならびに伝統および代替医療に広く用いられている。
サンタロールおよびベルガモトールはセスキテルペノイドであり、Santalum種(Santalum album(インドビャクダン、ホワイトサンダルウッド、チャンダナ)、Santalum austrocaledonicum(オーストラリアビャクダン)、およびSantalum spicatumを含む)の心材を含む植物中に存在する。ベルガモトールは、さらに蘭などの植物中にも見いだされ得る。サンタロールおよびベルガモトールは、それぞれサンタレンおよびベルガモテンの酸化産物である。S. albumでは、精油の約90%がセスキテルペンアルコールの(Z)−α−、(Z)−β−、および(Z)−epi−β−サンタロール、ならびに(Z)−α−exo−ベルガモトールによって構成される。α−およびβ−サンタロールはビャクダン油の芳香の最も重要な原因である。(Z)−α−サンタロールおよび(Z)−β−サンタロールは真正品のS. album油の主成分である。
本明細書において提供されるP450酵素は、ビャクダン油の芳香にとって重要なセスキテルペンアルコールを産生するために用いられ得る。サンタレンおよびベルガモテンは、非環式のピロホスファートの前駆体FPPからテルペンシンターゼサンタレンシンターゼによって生合成的に合成され得る(WO2011/000026およびJones et al. (2011) J Biol Chem 286:17445-17454参照)。サンタレンシンターゼはサンタレンの混合物(すなわち、α−、β−、epi−β−サンタレン、およびα−exo−ベルガモテン)を産生するということが公知である。サンタレンシンターゼの例は、配列番号16に記載されており配列番号17に記載のアミノ酸の配列をコードするSantalum albumのサンタレンシンターゼ(SaSSY)、配列番号59に記載されており配列番号52に記載のアミノ酸の配列をコードするSantalum austrocaledonicumのサンタレンシンターゼ(SauSSY。Genbank登録番号HQ343277またはAD087001)、または、配列番号60に記載されており配列番号53に記載のアミノ酸の配列をコードするSantalum spicatumのサンタレンシンターゼ(SspiSSy。Genbank登録番号HQ343278またはAD087002)である。
本明細書において提供されるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドは、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、epi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロール、および/またはα−trans−ベルガモテンからのα−trans−ベルガモトールの1つ以上の生成を触媒することが見いだされる。シトクロムP450オキシダーゼによるテルペン基質の水酸化または一酸素添加は、通常はシトクロムレダクターゼの存在下において実施される。例えば、本明細書において提供されるSantalum albumのシトクロムレダクターゼ(SaCPR)は生合成に関わっており、電子をNADPHからシトクロムP450に供給する。したがって、サンタロールおよびベルガモトール(ビャクダン油の成分を含む)の生合成の経路は、本明細書において提供されるシトクロムP450オキシダーゼおよびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸とサンタレンシンターゼをコードする核酸分子とを組み合わせて形質転換することによって、宿主細胞内において代謝的に操作され得る。
a.サンタロール
具体的には、ビャクダン油の芳香の原因であるサンタロールは、α−サンタロール(1および9)、β−サンタロール(2および10)、およびepi−β−サンタロール(3および11)を含む(図1参照)。(Z)−α−サンタロール(Z−α−サンタロール、(Z)−5−(1R,2S,6S)−2,3−ジメチルトリシクロール[2.2.1.02,6]ヘプタン−3−イル)−2−メチルペント−2−エン−1−オール。1)および(E)−α−サンタロール((E)−5−((1R,2s,6S)−2,3−ジメチルトリシクロ[2.2.1.02,6]ヘプタン−3−イル)−2−メチルペント−2−エン−1−オール。9)は、セスキテルペンのα−サンタレン5の酸化によって生合成的に合成される(図1参照)。(Z)−β−サンタロール(Z−β−サンタロール、(Z)−2−メチル−5−[(1S,2R,4R)−2−メチル−3−メチレン−ビシクロ[2.2.1]ヘプタン−2−イル]ペント−2−エン−1−オール。2)および(E)−β−サンタロール((E)−2−メチル−5−((1S,2R,4R)−2−メチル−3−メチレンビシクロ[2.2.1]ヘプタン−2−イル)ペント−2−エン−1−オール。10)は、セスキテルペンのβ−サンタレン6の酸化によって生合成的に合成される(図1参照)。(E)−epi−β−サンタロール((E)−2−メチル−5−[(1R,2R,4S)−2−メチル−3−メチレンビシクロ[2.2.1]ヘプタン−2−イル)ペント−2−エン−1−オール。3)および(Z)−epi−β−サンタロール((Z)−2−メチル−5−((1R,2R,4S)−2−メチル−3−メチレンビシクロ[2.2.1]ヘプタン−2−イル)ペント−2−エン−1−オール。11)は、セスキテルペンのepi−β−サンタレン7の酸化によって生合成的に合成される(図1参照)。
b.ベルガモトール
(Z)−α−trans−ベルガモトール((Z)−α−exo−ベルガモトール、cis−α−trans−ベルガモトール、(2Z)−5−[(1S,5S,6R)−2,6−ジメチルビシクロ[3.3.1]ヘプト−2−エン−6−イル]−2−メチル−2−ペンテン−1−オール。4)および(E)−α−trans−ベルガモトール((E)−α−exo−ベルガモトール、(E)−5−((1S,5S,6R)−2,6−ジメチルビシクロ[3.1.1]ヘプト−2−エン−6−イル)−2−メチルペント−2−エン−1−オール。12)は、ビャクダン油中に見いだされるセスキテルペノイドであり、これらはセスキテルペンのα−trans−ベルガモテン8の酸化によって生合成的に合成される(図1参照)。
2.シトクロムP450酵素
シトクロムP450(CYP)はヘモプロテインまたはヘムチオレート蛋白質のスーパーファミリーであり、様々な疎水性の基質への酸素の1つの挿入を触媒し、多くの場合に高い位置および立体選択性を有する。シトクロムP450は普遍的な蛋白質であり、様々な化合物を代謝することに関与する。然してP450は自然界に広く存在し、外来異物を無毒化すること、非通常の炭素源の異化、および二次代謝産物の生合成などのプロセスに関与している。CYPは、それらの幅広い基質特異性と酸素の使用とが有名であり、アデノシン二リン酸(ADP)のリン酸化の必要がない。それらは、一酸素添加、窒素および硫黄のヘテロ原子の水酸化、エポキシ化、脱ハロゲン化、脱アミノ化、および脱アルキル化を媒介できる。CYPによって触媒される具体的な反応は、脱メチル化、水酸化、エポキシ化、N−酸化、スルホキシド化(sulfooxidation)、N−、S−、およびO−脱アルキル化、脱硫酸化、脱アミノ化、ならびにアゾ、ニトロ、およびN−オキシド基の還元を含む。
通常は、シトクロムP450はモノオキシゲナーゼであり、1つの酸素原子を基質中に取り込ませる。通常は、一酸素添加は、電子をNAD(P)Hからヘム鉄に伝達するための1つまたは2つのさらなる蛋白質を必要とする。CYPはそれらの電子伝達相手に基づいて複数のグループまたはクラスに分けられる。クラスIのCYPは、細菌および真核生物のミトコンドリアP450システムによく見られ、FAD含有レダクターゼおよび鉄硫黄(iron-sulfer)レドキシンまたはフェロドキシン(ferrodoxin)を用いる。FAD含有レダクターゼは電子をNAD(P)Hからフェロドキシン(ferrodoxin)に伝達し、今度はフェロドキシン(ferrodoxin)がCYPを還元する。クラスIIのシトクロムP450は、真核生物および植物において最もよく見られるCYPであり、ミクロソームおよび細菌のP450システムも含む。クラスIIのCYPは、NADPH:シトクロムP450レダクターゼ(またはシトクロムP450レダクターゼ)を用いて電子をNAD(P)HからシトクロムP450に伝達する。他の電子伝達鎖を利用する多数の他のクラスが存在している。
シトクロムP450は体系的な命名法を用いて名付けられ、これは語根記号CYP、続いてファミリーを表す数字、サブファミリーを表す文字、および個々の遺伝子を表す数字を含む(例えばCYP76−G5)。ファミリーは40%よりも大きいアミノ酸配列同一性を互いに有し、サブファミリーは55%よりも大きいアミノ酸配列同一性を互いに有する。
植物のシトクロムP450遺伝子ファミリーは非常に大きい。例えば、全ゲノム配列の調査は、少なくとも272個の予測されるシトクロムP450遺伝子をArabidopsisにおいて、少なくとも455個のユニークなシトクロムP450遺伝子を米において明らかにした(例えばNelson et al. (2004) Plant Physiol. 135(2):756-772参照)。植物のCYPは小胞体(ER)および葉緑体に局在し得る。植物においては、CYPは様々なヒドロキシラーゼ、エポキシダーゼ、ペルオキシダーゼ、およびオキシゲナーゼを含み、それらは主にクラスIIの一酸素添加に基づいている。植物のp450は生化学的経路に関与しており、これは例えば、フェニルプロパノイド、アルカロイド、テルペノイド、脂質、青酸配糖体、およびグルコシノレートなどの植物産物の合成を含む(例えばChapple (1998) Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 49:311-343参照)。
a.構造
シトクロムP450間における配列保存性は比較的低いが、それらの全体的なトポグラフィーおよび構造の折り畳みは高度に保存されている。全CYPの間では、わずか3つの完全に保存された残基、すなわちExxRモチーフのグルタミン酸およびアルギニン(配列番号54)ならびにヘムに結合するシステインが存在する。保存された構造ノジュールは構造および機能にとって重要であり、基質認識に関与する可変領域は個々の特性に影響する(例えば、Werck-Reichhart and Feyereisen (2000) Genome Biology 1(6)3000.1-3000.9、Sirim et al. (2010) BMC Structural Biology 10:34、およびBaudry et al. (2006) Prot Eng Design & Selection 19:343-353参照)。
シトクロムP450は、通常は、A〜Lと名付けられたαヘリックスと1〜5と名付けられたβプリーツシートとを含有する。それらは、βドメイン(基質認識に関わり、主にβシートからなる)およびαドメイン(触媒中心を含有し、主にαヘリックスである)に含まれている。構造領域はN末端からC末端に向かって次の通りである。ヘリックスA、βストランド1−1、βストランド1−2、ヘリックスB、βストランド1−5、ヘリックスB’、ヘリックスC、ヘリックスC’、ヘリックスD、βストランド3−1、ヘリックスE、ヘリックスF、ヘリックスG、ヘリックスH、βストランド5−1、βストランド5−2、ヘリックスI、ヘリックスJ、ヘリックスJ’、ヘリックスK、βストランド1−4、βストランド2−1、βストランド2−2、βストランド1−3、ヘリックスK’、ヘリックスK”、ヘムドメイン、ヘリックスL、βストランド3−3、βストランド4−1、βストランド4−2、およびβストランド3−2(例えばWerck−Reichhart and Feyereisen (2000) Genome Biology 1(6)3000.1−3000.9参照)。
シトクロムP450は、蛋白質のN末端近くの膜貫通ヘリックスによって植物の小胞体(ER)または葉緑体に係留される(Chapple (1998) Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol 49:311−343)。膜貫通ヘリックスに続いて、通常は、一連の塩基性アミノ酸残基を含有するヒンジ領域とコンセンサス配列(P/I)PGPx(G/P)xPを含有するプロリンリッチ領域(配列番号55)とがある。このヒンジ領域は、膜に対する酸素の最適な位置取りを可能にする。プロリンヒンジ領域の欠失は活性の完全な喪失をもたらし(Szczesna−Skorupa et al. (1993) Arch Biochem Biophys 304: 170−175)、プロリン残基からアラニンへの変異は構造を崩壊させて、ヘムの取り込みを無くならせた(Yamazaki et al. (1993) J Biochem 114:652−657)。
保存されたCYPコア領域は、「meander」と呼ばれるコイル、4つのヘリックスの束(ヘリックスD、E、I、およびL)、ヘリックスJおよびK、ならびに2セットのβシートからなる(Werck-Reichhart and Feyereisen (2000) Genome Biology 1(6)3000.1-3000.9)。コア領域はヘム結合ループを含有し、これはヘムの近位表面に位置するP450コンセンサス配列GRRxCP(A/G)(配列番号56)をヘリックスLの直前に含有し、ヘム鉄の第5のリガンドとして働く完全に保存されたシステインを有する。触媒の活性部位は鉄プロトポルフィリンIX(ヘム)であり、保存されたシステイン残基のチオレートを第5のリガンドとして有する。最後の配位部位は、分子酸素に結合して活性化させるために存在している(Groves et al., 1995 In Cytochrome P450: Structure, Mechanism, and Biochemistry (Ed: Ortiz de Montellano) Plenum Press, New York, NY, pp. 3-48)。コア領域はヘリックスIの中心部も含んでおり、触媒作用に必要な酸素分子に対するトレオニンを含有する結合ポケットを含有する。これはコンセンサス配列(A/G)Gx(D/E)T(T/S)(配列番号57)を有しており、プロトン伝達グルーブにもあたる。最後に、コア領域は、完全に保存されたExxRモチーフ(配列番号54)をヘムの近位側のヘリックスK中に含有する(例えばWerck-Reichhart and Feyereisen (2000) Genome Biology 1(6)3000.1-3000.9参照)。酵素の近位表面は酸化還元相手の認識および活性部位への電子伝達に関与している。プロトンは遠位表面から活性部位チャンネルに流入する。基質接近チャンネルは、膜に近接して、FGループ、Aヘリックス、およびβストランド1−1および1−2の間に位置する。
シトクロムP450の基質認識部位(SRS)は多様であり、SRS1(BおよびCヘリックスの間のループ領域)、SRS2(FヘリックスのC末端)、SRS3(FGループの一部、GヘリックスのN末端)、SRS4(SRS4を含有するヘリックスIは活性部位にあるピロール環Bの上に伸びる)、SRS5(Kヘリックスとβシート1のストランド4との間のループ)、およびSRS6(βシート4のβターン)を含む。
b.機能
シトクロムP450は、生理温度において、活性化されない炭化水素の位置特異的および立体特異的な酸化を触媒する。シトクロムP450は、鉄ヘム中心を用いて分子酸素を活性化させ、酸化還元電子のシャトルを用いて酸化反応を助ける。シトクロムP450システムによる水酸化の一般的な反応は、
RH+NADPH+H+O → ROH+NADP+H
であり、Rは基質化合物を表す。上記の通り、通常はシトクロムP450はモノオキシゲナーゼであり、基質への分子酸素の原子の1つの挿入を触媒する。第2の酸素は還元されて水になる。触媒作用は、1)基質結合、2)複合体の鉄(II)状態への1電子還元、3)スーパーオキシド複合体を生ずる分子酸素の結合、および4)短寿命の活性酸素種をもたらす第2の還元を含む。活性化された酸素は基質を攻撃し、通常は基質の一酸素添加をもたらす。CYPによって触媒される他の反応は、脱アルキル化、脱水、脱水素、異性化、二量体化、炭素間結合の切断、および還元を含む。
3.シトクロムP450レダクターゼ
シトクロムP450レダクターゼ(NADPH:シトクロムP450レダクターゼ、NADPH−シトクロムP450オキシドレダクターゼ、NADPH:フェリヘモプロテインオキシドレダクターゼ、NADPH:P450オキシドレダクターゼ、CPR、CYPOR。EC1.6.2.4)は、ジフラビンレダクターゼファミリーのマルチドメイン酵素であり、NAD(P)HからシトクロムP450、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、およびスクアレンエポキシダーゼへの電子伝達に必要とされる(Louerat-Orieu et al (1998) Eur J Biochem 258:1040-1049)。植物は、シトクロムP450レダクターゼの多数のアイソフォームを含有していることが公知である(Ro et al. (2002) Plant Physiology 130:1837-1851、Mizutani and Ohta (1998) Plant Physiology 116:357-367参照)。通常は、少なくとも1つのCPRが構成的に発現されており、他のCPRは環境ストレス(例えばUV光および病原体の感染)によって高まる。さらに、植物シトクロムP450レダクターゼはERまたは葉緑体に局在でき、その局在は対応する相手のシトクロムP450酵素によって決められ得る。
a.構造
シトクロムP450レダクターゼは、アミノ酸配列相同性(約30%、最大約90%)を、異なる種(細菌、酵母、真菌、植物、魚類、昆虫、および哺乳動物を含む)の間において互いに有する(Louerat-Orieu et al (1998) Eur J Biochem 258:1040-1049)。シトクロムP450レダクターゼは、2つの機能ドメイン、すなわち疎水性のN末端のシングルαヘリックスの膜係留ドメイン(配列番号12のアミノ酸1〜95)および親水性のC末端触媒ドメイン(配列番号12のアミノ酸96〜704)を含有する(Wang et al. (1997) Proc Natl Acad Sci USA 94:8111-8416)。N末端ドメインは疎水性の膜係留ドメイン(配列番号12のアミノ酸40〜60)を含有し、これは蛋白質を膜に(例えば植物のERまたは葉緑体に)係留し、したがってCPRおよびCYPが空間的に関わりあって電子伝達を可能にするようにしている。N末端ドメインは活性に必要ではない。なぜなら、C末端の可溶性ドメイン単独で電子をシトクロムcまたは他の電子受容体に伝達できるからである。C末端の可溶性ドメインは、2つの構造ドメイン、すなわちN末端フラビンモノヌクレオチド(FMN)ドメイン(アミノ酸101〜244、配列番号12)およびC末端フラビンアデニンジヌクレオチド(FAD)ドメイン(アミノ酸301〜704、配列番号12)を含有する(Dym and Eisenberg (2001) Protein Science 10:1712-1728)。FMNドメインはフラボドキシンに相同であり、これはフラビン補因子FMNの結合を可能にする。FADドメインは、フラビン補因子FADおよびNADPHの結合ドメインを含有し、触媒活性に必要な残基をさらに含有する。FMNおよびFADドメインは連結ドメイン(配列番号12のアミノ酸245〜300)によって繋げられている。これはFMNおよびFADドメインの相対的な位置取りに重要であり、効率的な電子伝達に必要な2つのフラビン補因子の正しい配列を保証する。
N末端のFMNドメインは逆平行β構造を有し、C末端のNAD(P)サブドメインはピリジンジヌクレオチド結合の折り畳みの代表的な類型を有する。FMNドメインは5個のαヘリックスを両脇に有する5つのストランドのβシートを含有しており、FMNはβシートのC末端側に位置する。FAD結合ドメインのコアは逆平行な扁平なβバレルであり、NADP(H)結合ドメインはαヘリックスを両脇に有する平行な5つのストランドのβシートである。連結ドメインは主にαヘリックスによって構成される。構造領域はN末端からC末端に向かって次の通りである。αヘリックスA、βストランド1、αヘリックスB、βストランド2、αヘリックスC、βストランド3、αヘリックスD、βストランド4、αヘリックスE、βストランド5、αヘリックスF、βストランド6、βストランド7、βストランド8、βストランド9、βストランド10、αヘリックスG、βストランド11、βストランド12、βストランド12’、αヘリックスH、αヘリックスI、αヘリックスJ、αヘリックスK、αヘリックスM、βストランド13、βストランド14、βストランド15、αヘリックスN、βストランド16、βストランド16’、βストランド17、αヘリックスO、βストランド18、αヘリックスP、βストランド19、αヘリックスQ、αヘリックスR、βストランド20、αヘリックスS、αヘリックスT、およびβストランド21。
シトクロムP450レダクターゼは、保存された補因子および基質結合ドメインを含有し、それらはFMN、FAD、NADPH結合領域、ならびにシトクロムcおよびシトクロムP450結合部位を含む。P450およびシトクロムc結合部位は、配列番号12のアミノ酸232〜240を含有する。FMNドメインは、FMNピロリン酸(配列番号12のアミノ酸98〜119)およびFMNのイソアロキサジン環(配列番号12のアミノ酸161〜214)の結合領域を含んでいる。FADドメインは、FADピロリン酸(配列番号12のアミノ酸317〜353)およびFADのイソアロキサジン環(配列番号12のアミノ酸482〜505)の結合領域を含んでいる。FAD結合ポケットは、配列番号12のアミノ酸344、482、484、485、500〜502、516〜519、および704を含み、FAD結合モチーフは、配列番号12のアミノ酸482、484、および485を含む。FADドメインは、NADPHリボースおよびピロリン酸(配列番号12のアミノ酸555〜576)ならびにNADPHニコチンアミド(配列番号12のアミノ酸651〜668)の結合領域も含有する。NADPH結合ポケットは、配列番号12のアミノ酸残基324、502、204、560、561、595、595、624、625、630、632、634、659、663、および666を含む。配列番号12のアミノ酸残基Ser485、Cys657、Asp702、およびTrp704は、水素化物の受け渡しに関与する触媒残基である(Hubbard et al. (2001) J Biol Chem 276:29163-29170)。配列番号12のアミノ酸残基516、519、および522はリン酸結合モチーフに含まれる(Dym and Eisenberg (2001) Protein Science 10:1712-1728)。βαβ構造モチーフは、配列番号12のアミノ酸残基557、560〜563、および565から形成される(Dym and Eisenberg (2001) Protein Science 10:1712-1728)。
b.機能
シトクロムP450レダクターゼは、2個の電子をNAD(P)HからシトクロムP450へと、フラビン補因子のFADおよびFMNを介してシャトルする。FADは2つの電子供与体NAD(P)Hから水素化物アニオンを受け取り、電子を一度に1つFMNに渡す。FMNは次に電子をシトクロムP450に渡す。シトクロムP450は、種々の基質の水酸化のために上記のように電子を使う。
C.シトクロムP450ポリペプチドおよびシトクロムP450ポリペプチドをコードする核酸分子
本明細書においてはシトクロムP450ポリペプチドが提供され、これはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む。さらに、本明細書においては、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子が提供される。本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、それぞれα−サンタレン、β−サンタレン、またはepi−β−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタロール、またはepi−β−サンタロールの生成(β−サンタレンからのβ−サンタロールの産生を含む)を触媒する。本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、α−trans−ベルガモテンからのα−trans−ベルガモトールの生成も触媒できる。一部の例においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子は、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるものと同じまたは実質的に同じものである。別の例においては、核酸分子およびコードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるもののバリアントである。本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、α−trans−ベルガモテンからのα−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。一部の例においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子は、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるものと同じものである。別の例においては、核酸分子およびコードされるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるもののバリアントである。
さらに、本明細書においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドと、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドの任意のものをコードする核酸分子とが提供される。改変は、シトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)の任意の領域に対してなされ得る。ただし、所産の改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、少なくとも改変されていないシトクロムP450ポリペプチドの触媒活性を保持するものとする。例えば、改変がシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して行われ得、ただし所産の改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性(すなわち、サンタレンすなわちα−サンタレン、β−サンタレン、またはepi−β−サンタレンの水酸化を触媒する能力)を保持するものとする。別の例においては、改変がシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して行われ得るが、ただし所産の改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわち、ベルガモテンすなわちα−trans−ベルガモテンの水酸化を触媒する能力)を保持するものとする。
改変は、核酸のコドン最適化、および/またはコードされるポリペプチドの1つのアミノ酸の改変(例えば、1つまたは複数のアミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失)もしくは複数のアミノ酸の改変(例えば、複数アミノ酸の交換、挿入、もしくは欠失)をもたらす変更を含み得るが限定されず、ポリペプチドの領域またはドメインのスワッピングも包含する。一部の例においては、全体的または部分的なドメインまたは領域(例えば、本明細書に記載される任意のドメインまたは領域)が、別のシトクロムP450ポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分と交換される。改変の例はアミノ酸の交換であり、1つまたは複数のアミノ酸の交換を含む。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、少なくともまたは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120個、またはさらなる改変された位置を、改変を含有していないシトクロムP450ポリペプチドと比較して含有し得る。
本明細書においては、CYP76ファミリーのシトクロムP450ポリペプチドが提供される。本明細書においては、配列番号50に記載のアミノ酸の配列を有する、CYP76のシトクロムP450ポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、配列番号50に記載のシトクロムP450ポリペプチドに対して少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を示す、シトクロムP450ポリペプチドが提供される。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドは、少なくともまたは少なくとも約65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を、配列番号50に記載のシトクロムP450ポリペプチドに対して示し得、得られるシトクロムP450ポリペプチドは、少なくともシトクロムP450モノオキシゲナーゼ活性(すなわち、テルペンの水酸化または一酸素添加を触媒する能力)を保持する。さらに、本明細書においては、CYP76ファミリーの改変されたシトクロムP450ポリペプチドが提供される。特に、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、アミノ酸の交換もしくは置換、付加もしくは欠失、トランケート、またはその組み合わせを、配列番号50に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドに関して含有する。かかる改変をシトクロムP450ポリペプチドまたはその任意のバリアントに対して行い、それぞれを本明細書に記載されるシトクロムP450活性(例えばモノオキシゲナーゼ活性)について試験することは、当業者の水準の範囲内である。
さらに、本明細書においては、配列番号50に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドをコードする、配列番号1に記載のアミノ酸の配列を有するCYP76核酸分子またはその縮重物が提供される。配列番号1に記載のCYP76核酸分子は、さらなるCYP蛋白質を同定および/またはクローニングするために用いられるプライマーを設計するために用いられ得る。さらに、本明細書においては、配列番号1に記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する、シトクロムP450ポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。例えば、本明細書において提供される核酸分子は、少なくともまたはおよそ少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%、またはさらなる配列同一性を、配列番号1に記載のヌクレオチドの配列に対して示し得る。ただし、コードされるシトクロムP450ポリペプチドは、少なくともシトクロムP450のモノオキシゲナーゼ活性(すなわち、テルペンの水酸化を触媒する能力)を保持するものとする。さらに、本明細書においては、配列番号1に記載の配列の縮重配列が提供され、配列番号50に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドをコードする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
本明細書においては、シトクロムP450のSaCYP76F39v1(CYP76−G10)、SaCYP76F42(CYP76−G13)、SaCYP76F39v2(CYP76−G15)、SaCYP76F40(CYP76−G16)、およびSaCYP76F41(CYP76−G17)ポリペプチドが提供される。本明細書においては、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列を有する、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においてはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供され、これが、少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を、配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して示す。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともまたは少なくとも約65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を、配列番号7、73、74、75、または76に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して示し得、得られるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性(すなわち、サンタレンすなわちα−サンタレン、β−サンタレン、またはepi−β−サンタレンの水酸化を触媒する能力)を保持する。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
本明細書においては、シトクロムP450のSaCYP76F38v1(CYP76−G5)、SaCYP76F37v1(CYP76−G11)、SaCYP76F38v2(CYP76−G12)、およびSaCYP76F37v2(CYP76−G14)ポリペプチドが提供される。本明細書においては、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においてはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供され、これが、少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して示す。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともまたは少なくとも約65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を、配列番号6、8、9、または73に記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して示し得、得られるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわち、ベルガモテンの水酸化を触媒する能力)を保持する。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
さらに、本明細書においては、シトクロムP450のSaCYP76F43(CYP76−G18)ポリペプチドが提供される。本明細書においては、配列番号78に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、配列番号78に記載のシトクロムP450ポリペプチドに対して少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を示す、シトクロムP450ポリペプチドが提供される。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドは、少なくともまたは少なくとも約65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を、配列番号78に記載のシトクロムP450ポリペプチドに対して示し得、得られたシトクロムP450ポリペプチドは、少なくともシトクロムP450モノオキシゲナーゼ活性(すなわち、テルペンの水酸化または一酸素添加を触媒する能力)を保持する。特に、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、アミノ酸の交換もしくは置換、付加もしくは欠失、トランケート、またはその組み合わせを、配列番号78に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドに関して含有する。かかる改変をシトクロムP450ポリペプチドまたはその任意のバリアントに対して行い、それぞれを本明細書に記載されるシトクロムP450活性(例えばモノオキシゲナーゼ活性)について試験することは当業者の水準の範囲内である。
さらに、一部の例においては、本明細書において、シトクロムP450ポリペプチドの触媒活性断片が提供される。一部の例においては、シトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)の活性断片が、上記のように改変される。かかる断片は、全長のシトクロムP450ポリペプチド(全長のサンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)の1つ以上の特性を保持する。通常は、活性断片はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を示す(すなわち、それぞれサンタロールおよびベルガモトールの生成を触媒する)。
本明細書において提供されるシトクロムP450(本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)は、他の改変(例えばポリペプチドの1次配列中にない改変)を含有し得、これは翻訳後修飾を含む。例えば、本明細書に記載される改変は、融合ポリペプチドまたはキメラポリペプチドである(例えば、別のシトクロムP450モノオキシゲナーゼに由来する1つ以上のドメインまたは領域を含有する)シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ(異なるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドまたは異なるシトクロムP450モノオキシゲナーゼのハイブリッドを包含する)であり得、さらには、組み換え的もしくは合成的に調製または既知のポリペプチドの配列に基づく当分野において公知の他の方法によって構築された、合成のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドであり得る。
本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、それぞれサンタロールおよびベルガモトールの産生を触媒するために用いられ得る。通常は、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンからのサンタロールの生成を触媒し、例えばサンタレンの水酸化を触媒する。一部の例においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、ベルガモテンからのベルガモトールの生成も触媒する。通常は、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒し、例えばベルガモテンの水酸化を触媒する。反応は、インビボにおいて、例えば核酸が導入された宿主細胞内において行われ得る。ポリペプチドの少なくとも1つは宿主にとって異種性であろう。反応は、インビトロにおいても、酵素と適切な基質とによる接触によって適切な条件下において実施され得る。
さらに、本明細書においては、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼをコードする核酸分子が提供される。さらに、本明細書においては、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼをコードする核酸分子が提供される。かかる例においては、適当な宿主(例えば細菌または酵母細胞)による核酸分子の発現が、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450オキシダーゼの発現をもたらす。かかる細胞が用いられて、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450オキシダーゼを産生でき、および/またはサンタロールおよびベルガモトールを産生するためのインビボ反応を実施できる。例えば、サンタロールおよびベルガモトールは、宿主細胞によって(特に、非環式のテルペン前駆体FPPを過剰産生する酵母細胞によって)ファルネシル二リン酸(FPP)から作られ得る。一部の例においては、ファルネシル二リン酸シンターゼ(例えばSantalum albumのファルネシル二リン酸シンターゼ)をコードする核酸分子も適当な宿主(例えば細菌または酵母細胞)によって発現されて、FPPの過剰発現をもたらし得る。
さらに、本明細書においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。核酸分子は、同じベクターもしくはプラスミドまたは別々のベクターもしくはプラスミド中にあり得る。かかる例においては、適当な宿主(例えば細菌または酵母細胞)による核酸分子の発現は、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450オキシダーゼの発現をもたらす。かかる細胞が用いられて、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450オキシダーゼを産生でき、および/またはサンタロールおよびベルガモトールを産生するためのインビボ反応を実施できる。例えば、サンタロールおよびベルガモトールは、宿主細胞によって(特に、非環式のテルペン前駆体FPPを過剰産生する酵母細胞によって)ファルネシル二リン酸(FPP)から作られ得る。
1.シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド
本明細書においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの任意のものをコードする核酸分子が提供される。本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン油中に見いだされるテルペノイド(α−サンタロール、β−サンタロール、epi−β−サンタロール、およびα−trans−ベルガモトールを含む)の生成を触媒する。本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンからのサンタロールの生成を触媒する。一部の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンからのベルガモトールの生成も触媒する。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、および/またはepi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロールの生成を触媒する(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドはα−サンタレン、β−サンタレン、および/またはepi−β−サンタレンの水酸化を触媒する)。具体的な一例においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが、α−サンタレンからの(E)−α−サンタロール、α−サンタレンからの(Z)−α−サンタロール、β−サンタレンからの(E)−β−サンタロール、β−サンタレンからの(Z)−β−サンタロール、epi−β−サンタレンからの(E)−epi−β−サンタロール、および/またはepi−β−サンタレンからの(Z)−epi−β−サンタロールの生成を触媒する。一部の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、α−trans−ベルガモテンからの(Z)−α−trans−ベルガモトールおよび/または(E)−α−trans−ベルガモトールの生成も触媒する。具体的な一例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および/または(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。特に、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、α−およびβ−サンタロールの(Z)および(E)立体異性体をそれぞれ約1:5および1:4の比で産生する。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは狭い基質特異性を示し、α−サンタレンまたはβ−サンタレンを選好する。一部の例においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、基質のα−ビサボロールも変換した。
一部の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン油中に見いだされるテルペノイド(α−サンタロール、β−サンタロール、epi−β−サンタロール、およびα−trans−ベルガモトールを含む)の、非環式の前駆体ファルネシルピロリン酸とサンタレンシンターゼとのテルペン反応産物からの生成を触媒する。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および/または(E)−α−trans−ベルガモトールの、非環式の前駆体FPPとサンタレンシンターゼ(例えばSantalum albumのサンタレンシンターゼ(SaSSY、配列番号16))とのテルペン反応産物からの生成を触媒する。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および/または(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、真正品のビャクダン油のものとは異なる比で触媒する(実施例11ならびに図15Aおよび15B参照)。例えば、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)によって生成される主産物は(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールであった。一方、ビャクダン油の主な化合物は(Z)−α−サンタロールおよび(Z)−β−サンタロールである(図15Aおよび15B参照)。
例えば、本明細書においては、配列番号7、74、75、76、および77のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においてはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供され、これが少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を、配列番号7、74、75、76、および77のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して示す。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくとも65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%、またはおよそそれらの、またはそれらより大きなアミノ酸配列同一性を、配列番号7、74、75、76、および77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して示し得る。ただし、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性を示す(すなわち、サンタレンからのサンタロールおよび/またはベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する)ものとする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
本明細書においては、SaCYP76F39v1(CYP76−G10)、SaCYP76F39v2(CYP76−G15)、SaCYP76F40(CYP76−G16)、SaCYP76F41(CYP76−G17)、およびSaCYP76F42(CYP76−G13)と名付けられたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼが提供され、これらはそれぞれ配列番号7、74、75、76、および77に記載のアミノ酸の配列を有する。さらに、本明細書においては、配列番号7、74、75、76、および77のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの、活性断片が提供される。かかる断片はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの1つ以上の特性を保持する。通常は、活性断片はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性(すなわち、サンタレンからのサンタロールの生成を触媒する能力)を示す。
さらに、本明細書においては、配列番号3、68、69、70、および71のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有する核酸分子またはその縮重物が提供され、それぞれは配列番号7、74、75、76、および77に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする。さらに、本明細書においてはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが、少なくとも85%の配列同一性を、配列番号3、68、69、70、および71のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して有する。例えば、本明細書において提供される核酸分子は、少なくともまたは少なくとも約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、95%、95%、96%、97%、98%、または99%、またはさらなる配列同一性を、配列番号3、68、69、70、および71のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して示し得る。ただし、コードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性(すなわち、サンタレンからのサンタロールの生成を触媒する能力)を示すものとする。さらに、本明細書においては、配列番号3、68、69、70、および71のいずれか1つに記載の配列の縮重配列が提供され、それぞれ配列番号7、74、75、76、および77に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
一部の例においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子は、ビャクダン樹Santalum albumから単離される。別の例においては、核酸分子およびコードされるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるもののバリアントである。
1つの具体例においては、配列番号7のアミノ酸の配列を有するSaCYP76F39v1(CYP76−G10)ポリペプチドが、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、インビボ試験において、サンタレンシンターゼを発現する酵母において(実施例10.B.2参照)、また、インビトロ試験において、α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンの混合物を基質として(実施例11.B.2.a.ii参照)触媒した。インビボ試験においては、(E)−β−サンタロール、(E)−α−サンタロール、および(Z)−β−サンタロールが主産物であった(図11A参照)。インビトロ試験においては、(E)−β−サンタロールおよび(E)−α−サンタロールが主産物であった(図15A参照)。さらに別の例においては、α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、またはepi−β−サンタレンおよびβ−サンタレンのインビトロ試験において、SaCYP76F39v1(CYP76−G10)ポリペプチドは、それぞれ(Z)−および(E)−α−サンタロール、(Z)−および(E)−α−trans−ベルガモトール、ならびに(Z)−および(E)−epi−β−サンタロールならびに(Z)−および(E)−β−サンタロールの生成を触媒した(実施例11.Cおよび図20A〜20C参照)。基質のα−およびβ−サンタレンに関するSaCYP76F39v1(CYP76−G10)ポリペプチドの速度論的特性は、下記の実施例12に記載されている。
別の例においては、配列番号74に記載のアミノ酸の配列を有するSaCYP76F39v2(CYP76−G15)ポリペプチドは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、インビボ試験において、サンタレンシンターゼを発現する酵母において触媒した(実施例10.B.3および図13A参照)。α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンの混合物を基質とするインビトロ試験においては、SaCYP76F39v2(CYP76−G15)ポリペプチドは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒し(実施例11.B.3.bおよび図16A参照)、(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールが主産物であった。
別の例においては、配列番号75に記載のアミノ酸の配列を有するSaCYP76F40(CYP76−G16)ポリペプチドは、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、インビボ試験において、サンタレンシンターゼを発現する酵母において触媒した(実施例10.B.3および図13B参照)。α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンの混合物を基質とするインビトロ試験においては、SaCYP76F40(CYP76−G16)ポリペプチドは(E)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒し(実施例11.B.3.bおよび図16B参照)、(E)−α−trans−ベルガモトールおよび(E)−β−サンタロールが主産物であった。
別の例においては、配列番号76に記載のアミノ酸の配列を有するSaCYP76F41(CYP76−G17)ポリペプチドが、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、インビボ試験において、サンタレンシンターゼを発現する酵母において触媒した(実施例10.B.3および図13C参照)。α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンの混合物を基質とするインビトロ試験においては、SaCYP76F41(CYP76−G17)ポリペプチドは(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒し(実施例11.B.3.bおよび図16C参照)、(E)−α−サンタロールが主産物であった。
別の例においては、配列番号77に記載のアミノ酸の配列を有するSaCYP76F42(CYP76−G13)ポリペプチドが、(Z)−α−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、インビボ試験において、サンタレンシンターゼを発現する酵母において触媒した(実施例10.B.3および図13D参照)。α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンの混合物を基質とするインビトロ試験においては、SaCYP76F42(CYP76−G13)ポリペプチドは(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒し(実施例11.B.3.bおよび図16D参照)、(E)−α−trans−ベルガモトールが主産物であった。
改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド
さらに、本明細書においては、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが提供される。改変は、通常はアミノ酸の挿入、欠失、および/または置換であり、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの任意の領域中に行われ得る。ただし、所産の改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性を保持するものとする。例えば、改変はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼの任意の領域であり得る。ただし、所産の改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、少なくともシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性(すなわち、サンタレンからのサンタロールの生成を触媒する能力)を保持するものとする。
改変は、1アミノ酸の改変(例えば、1アミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失)または複数アミノ酸の改変(例えば、複数アミノ酸の交換、挿入、もしくは欠失)であり得る。一部の例においては、全体的または部分的なドメインまたは領域(例えば、下記の任意のドメインまたは領域)が、別のシトクロムP450ポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分と交換される。改変の例はアミノ酸の交換であり、1つまたは複数のアミノ酸の交換を含む。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともまたは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120個、またはさらなる改変された位置を、改変を含んでいないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと比較して含み得る。例えば、本明細書に記載される改変は、配列番号7、74、75、76、および77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドまたはその任意のバリアント中に含まれ得る。前記バリアントは、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を、配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対して有する任意のものを包含する。本明細書に基づけば、記載される変異の任意の1つ以上を含有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドを作製することと、それぞれを本明細書に記載されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性について試験することとは当業者の水準の範囲内である。
さらに、一部の例においては、本明細書においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの改変された活性断片が提供され、これは本明細書において提供される改変の任意のものを含有する。かかる断片は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼの1つ以上の特性を保持する。通常は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドはサンタレンオキシダーゼ(すなわち、サンタレンおよび/またはベルガモテンを加水分解する能力)を示す。
シトクロムP450サンタレンオキシダーゼの改変は、他の改変をさらに含有しているシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドに対しても行われる。それらは、ポリペプチドの1次配列の改変および1次配列中にない改変を包含する。例えば、本明細書に記載される改変は、融合ポリペプチドまたはキメラポリペプチドである(例えば、別のシトクロムP450に由来する1つ以上のドメインまたは領域を含有する)シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド(異なるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと異なるシトクロムP450ポリペプチドとのハイブリッドを含む)であり得、さらには、組み換え的に調製もしくは合成もしくは既知のポリペプチドの配列に基づいて当分野において公知の他の方法によって構築された、合成のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドであり得る。
一部の例においては、改変はアミノ酸の交換である。さらなる例においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、1つのドメイン中に1つ以上の改変を含有する。本明細書の別の箇所に記載のように、ドメインまたは構造ドメイン中の改変は、別のシトクロムP450ポリペプチドに由来する対応する異種残基の交換であり得る。
シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性を保持するためには、改変は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性にとって必要な位置(すなわち、触媒中心または保存された残基)に対しては通常は行われない。例えば、通常は、改変は、配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に関して、Glu367、Arg370、Gly445、Arg446、Arg447、Ile448、Cys449、Pro450、またはGly451に対応する位置においてはなされない。
改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは2つ以上の改変を含有し得、それらは、アミノ酸の交換もしくは置換、挿入もしくは欠失、トランケート、またはその組み合わせを包含する。通常は、本明細書において提供される複数の改変は当業者によって組み合わされ得る。ただし、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ活性を保持するものとする。
さらに、本明細書においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの任意のものをコードする核酸分子が提供される。特定の例においては、核酸配列がコドン最適化されて、例えばコードされる配列の発現レベルを増大させ得る。具体的なコドン使用頻度は、改変されたポリペプチドが発現される宿主生物によって決まる。当業者は、細菌または酵母(例えば、大腸菌またはSaccharomyces cerevisiaeを含む)による発現用の最適なコドンに精通している。例えば、コドン使用頻度情報は、kazusa.or.jp.codonにおいて利用可能なコドン使用頻度データベースから入手可能である(Richmond (2000) Genome Biology, 1:241をデータベースの説明について参照)。Forsburg (2004) Yeast, 10:1045-1047、Brown et al. (1991) Nucleic Acids Research, 19:4298、Sharp et al. (1988) Nucleic Acids Research, 12:8207-8211、Sharp et al. (1991) Yeast, 657-78も参照。本明細書の例においては、本明細書において提供される核酸配列は、Saccharomyces cerevisiaeのコドン使用頻度に基づいてコドン最適化される。
本明細書において提供される改変されたポリペプチドおよびコードする核酸分子は、当業者に公知の標準的な組み換えDNA技術によって作られ得る。標的蛋白質中の任意の1つ以上のアミノ酸の変異を達成するための当分野において公知の任意の方法が用いられ得る。方法は、コードする核酸分子の標準的な部位特異的もしくはランダム変異導入、または固相ポリペプチド合成法を含む。例えば、本明細書に記載されるように、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子は、変異導入(例えば、エラープローンPCRによるコードする核酸のランダム変異導入、部位特異的変異導入、オーバーラップPCR、遺伝子シャッフリング、または他の組み換え手法)に供され得る。ポリペプチドをコードする核酸は次に宿主細胞内に導入されて、異種的に発現され得る。したがって、本明細書においては、本明細書において提供される改変されたポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子も提供される。一部の例においては、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、合成的に(例えば固相または溶液相ペプチド合成を用いて)産生される。
2.シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド
本明細書においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子が提供される。本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する。通常は、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、α−trans−ベルガモテンからの(Z)−α−trans−ベルガモトールおよび(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する(例えば、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドはα−trans−ベルガモテンの水酸化を触媒する)。具体的な例においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが、α−trans−ベルガモテンからの(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する。一部の例においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが、少量の(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールの生成をさらに触媒する。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは狭い基質特異性を示し、α−サンタレンまたはβ−サンタレンを選好する。一部の例においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは基質のtrans−ネロリドールも変換した。
例えば、本明細書においてはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供され、これは配列番号6、8、9、および73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有する。さらに、本明細書においてはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供され、これが、少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を、配列番号6、8、9、および73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して示す。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくとも65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%、またはおよそそれらの、またはそれらより大きなアミノ酸配列同一性を、配列番号6、8、9、および73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して示し得る。ただし、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を示す(すなわち、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する)ものとする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
本明細書においては、SaCYP76F38v1(CYP76−G5)、SaCYP76F37v1(CYP76−G11)、SaCYP76F38v2(CYP76−G11)、およびSaCYP76F37v2(CYP76−G14)と名付けられたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼが提供され、それぞれは配列番号6、8、9、および73に記載のアミノ酸の配列を有する。さらに、本明細書においては、配列番号6、8、9、および73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの活性断片が提供される。かかる断片は、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの1つ以上の特性を保持する。通常は、活性断片はシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわち、ベルガモトールからのベルガモテンの水酸化を触媒する能力)を示す。
特定の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、配列番号6、8、9、および73に記載のアミノ酸の配列を有し、(E)−α−trans−ベルガモトール、(E)−α−サンタロール、および(E)−β−サンタロールの生成を、α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、epi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンの混合物を基質とするインビトロ試験において触媒した。かかる例においては、(E)−α−trans−ベルガモトールが主産物であり、(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールが副産物であった(実施例11.B.3.bおよび図17A〜17D参照)。別の例においては、α−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、またはepi−β−サンタレン、およびβ−サンタレンのインビトロ試験において、配列番号8に記載のアミノ酸の配列を有する本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、それぞれ(E)−α−サンタロール、(E)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−β−サンタロールの生成を触媒した(実施例11.Cおよび図20D〜20F参照)。さらに別の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、配列番号6、8、9、および73に記載のアミノ酸の配列を有し、(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を、サンタレンシンターゼを発現する酵母のインビボ試験において触媒した(実施例10.C.2および図14A〜14D参照)。基質のα−およびβ−サンタレンに対するSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)ポリペプチドの速度論的特性は、下記の実施例12に記載されている。
さらに、本明細書においては、配列番号2、4、5、および67のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有する核酸分子またはその縮重物が提供され、それぞれは配列番号6、8、9、および73に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする。本明細書においては、配列番号2、4、5、および67のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子も提供される。例えば、本明細書において提供される核酸分子は、少なくともまたはおよそ少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、95%、95%、96%、97%、98%、または99%、またはさらなる配列同一性を、配列番号2、4、5、および67のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して示し得る。ただし、コードされるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわち、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する能力)を示すものとする。さらに、本明細書においては、配列番号2、4、5、および67のいずれか1つに記載の配列の縮重配列が提供され、それぞれ配列番号6、8、9、および73に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
一部の例においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子が、ビャクダン樹Santalum albumから単離される。別の例においては、核酸分子およびコードされるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるもののバリアントである。
改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド
本明細書においては、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが提供される。改変は、通常はアミノ酸の挿入、欠失、および/または置換であり、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの任意の領域中になされ得る。ただし、所産の改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を保持するものとする。例えば、改変は、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼの任意の領域中になされ得る。ただし、所産の改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは少なくともシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわち、ベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する能力)を保持するものとする。
改変は、1アミノ酸の改変(例えば、1アミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失)、または複数アミノ酸の改変(例えば、複数アミノ酸の交換、挿入、もしくは欠失)であり得る。一部の例においては、全体的または部分的なドメインまたは領域(例えば、下記の任意のドメインまたは領域)が、別のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分と交換される。改変の例はアミノ酸の交換であり、1つまたは複数のアミノ酸の交換を含む。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、少なくともまたは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120個、またはさらなる改変された位置を、改変を含有していないシトクロムP450ポリペプチドと比較して含有し得る。例えば、本明細書に記載される改変は、配列番号6、8、9、もしくは73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、またはその任意のバリアント中にあり得る。前記バリアントは、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を、配列番号6、8、9、および73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドに対して有する任意のものを包含する。本明細書に基づけば、記載される変異の任意の1つ以上を含有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを作製すること、およびそれぞれを本明細書に記載されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性について試験することは当業者の水準の範囲内である。
さらに、一部の例においては、本明細書において、本明細書において提供される改変の任意のものを含有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの改変された活性断片が提供される。かかる断片はシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼの1つ以上の特性を保持する。通常は、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドはベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわちベルガモテンを加水分解する能力)を示す。
他の改変(ポリペプチドの1次配列中の改変および1次配列中ではない改変を含む)をさらに含有しているシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの改変。例えば、本明細書に記載される改変は、融合ポリペプチドまたはキメラポリペプチドである(例えば、別のシトクロムP450に由来する1つ以上のドメインまたは領域を含有する)シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド(異なるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと異なるシトクロムP450ポリペプチドとのハイブリッドを包含する)であり得、さらには、組み換え的に調製または合成または既知のポリペプチドの配列に基づいて当分野において公知の他の方法によって構築された、合成のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドであり得る。
一部の例においては、改変はアミノ酸の交換である。さらなる例において、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、1つ以上の改変をドメイン中に含有する。本明細書の別の箇所に記載のように、ドメインまたは構造ドメインの改変は、別のシトクロムP450ポリペプチドに由来する対応する異種残基の交換であり得る。
シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を保持するために、改変は、シトクロムP450活性にとって必要な位置、すなわち触媒中心または保存された残基には通常はなされない。例えば、通常は、改変は、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列に関して、Glu367、Arg370、Gly445、Arg446、Arg447、Ile448、Cys449、Pro450、またはGly451に対応する位置にはなされない。
改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは2つ以上の改変を含有し得、それらはアミノ酸の交換もしくは置換、挿入もしくは欠失、トランケート、またはその組み合わせを含む。通常は、本明細書において提供される複数の改変は当業者によって組み合わされ得るが、ただし改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性を保持するものとする。
さらに、本明細書においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの任意のものをコードする、核酸分子が提供される。特定の例においては、核酸配列がコドン最適化されて、例えばコードされる配列の発現レベルを増大させ得る。具体的なコドン使用頻度は、改変されたポリペプチドが発現される宿主生物によって決まる。当業者は、細菌または酵母(例えば大腸菌またはSaccharomyces cerevisiaeを含む)による発現用の最適なコドンに精通している。例えば、コドン使用頻度情報は、kazusa.or.jp.codonにおいて利用可能なコドン使用頻度データベースから入手可能である(Richmond (2000) Genome Biology, 1:241をデータベースの説明については参照)。さらにForsburg (2004) Yeast, 10:1045-1047、Brown et al. (1991) Nucleic Acids Research, 19:4298、Sharp et al. (1988) Nucleic Acids Research, 12:8207-8211、Sharp et al. (1991) Yeast, 657-78参照。本明細書の例においては、本明細書において提供される核酸配列は、Saccharomyces cerevisiaeのコドン使用頻度に基づいてコドン最適化される。
本明細書において提供される改変されたポリペプチドおよびコードする核酸分子は、当業者に公知の標準的な組み換えDNA技術によって作られ得る。標的蛋白質の任意の1つ以上のアミノ酸の変異を達成するための、当分野において公知の任意の方法が用いられ得る。方法は、コードする核酸分子の標準的な部位特異的またはランダム変異導入、または固相ポリペプチド合成法を含む。例えば、本明細書に記載されるように、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸分子は、変異導入(例えば、エラープローンPCRによるコードする核酸のランダム変異導入、部位特異的変異導入、オーバーラップPCR、遺伝子シャッフリング、または他の組み換え手法)に供され得る。ポリペプチドをコードする核酸は、次に、宿主細胞内に導入されて異種的に発現され得る。したがって、本明細書においては、本明細書において提供される改変されたポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子も提供される。一部の例においては、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、合成的に(例えば固相または溶液相ペプチド合成を用いて)産生される。
3.さらなる改変
本明細書においては、さらなる改変を含有するシトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)が提供される。例えば、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、例えば、トランケートされたシトクロムP450ポリペプチド、変更された活性もしくは特性を有するシトクロムP450ポリペプチド、キメラシトクロムP450ポリペプチド、ドメインスワッピングを含有するシトクロムP450ポリペプチド、シトクロムP450融合蛋白質、または本明細書の別の箇所に記載の任意の改変を有するシトクロムP450ポリペプチドを包含する。
a.トランケートポリペプチド
さらに、本明細書においては、トランケートされたシトクロムP450ポリペプチドが提供される。トランケートされたシトクロムP450ポリペプチドは、N末端またはC末端をトランケートされ得るが、ただしトランケートされたシトクロムP450ポリペプチドはシトクロムP450(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ活性)の触媒活性を保持するものとする。通常は、トランケートされたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンオキシダーゼ活性(すなわち、サンタレンすなわちα−サンタレン、β−サンタレン、またはepi−β−サンタレンの水酸化を触媒する能力)を示す。通常は、トランケートされたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンオキシダーゼ活性(すなわち、ベルガモテンの水酸化を触媒する能力)を示す。一部の例においては、シトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)はC末端をトランケートされる。別の例においては、シトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)はN末端をトランケートされる。
一部の例においては、シトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)は、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドのN末端、C末端、または両方の末端をトランケートされる(例えば、配列番号6〜9のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列のトランケート)。別の例においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドの任意のものがトランケートされる。改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、それらのN末端、C末端、または両方の末端をトランケートされ得る。例えば、本明細書において提供される任意のシトクロムP450ポリペプチドは、正確に少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75個、またはおよそそれらの、またはそれらより多くのアミノ酸残基を、N末端においてトランケートされ得る。ただし、シトクロムP450ポリペプチドはシトクロムP450活性を保持するものとする。別の例においては、本明細書において提供される任意のシトクロムP450ポリペプチドは、正確に少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75個、またはおよそそれらの、またはそれらより多くのアミノ酸残基を、C末端においてトランケートされ得る。ただし、シトクロムP450ポリペプチドはシトクロムP450活性を保持するものとする。
b.変更された活性または特性を有するポリペプチド
本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、活性および/または特性の変化も示し得る。改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、例えば改善された特性(例えば、増大した触媒活性、増大した選択性、増大した基質特異性、増大した基質結合、増大した安定性、および/または宿主細胞による増大した発現)および変更された特性(例えば、変更された産物の分布および変更された基質特異性)を示し得る。かかる改善されたまたは変更された活性は、サンタロールおよび/またはベルガモトールの増大した産生をもたらし得る。
一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、変更された基質特異性を有する。例えば、改変されたシトクロムP450ポリペプチドの基質特異性は、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して少なくともまたは少なくとも約10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに変更され得る。例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンまたはベルガモテンでないテルペン基質の一酸素添加を触媒し得る。かかる例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、任意の適当なテルペン基質からの、サンタロールまたはベルガモトール以外のテルペノイドの生成を触媒する。例えば、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、サンタロールおよびベルガモトール以外の1種類以上のモノテルペノイド、セスキテルペノイド、またはジテルペノイドを産生し得る。
一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、変更されたテルペノイド産物の分布を有する。一部の例においては、変更された産物の分布は所望のテルペノイド産物の増大した量をもたらし、したがって、改変されていないシトクロムP450の産物の分布と比較して産物の分布が改善される。別の例においては、変更された産物の分布は所望のテルペノイド産物の減少した量をもたらし、したがって、改変されたシトクロムP450の産物の分布は改変されていないシトクロムP450のものと比較して減少している。一例においては、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較してテルペノイド産物の異なる比を産生する。例えば、改変されたシトクロムP450によって産生されるテルペノイドの量は、改変されていないシトクロムP450によって産生される別のテルペノイドの量と比較して、少なくともまたは少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、またはおよそそれら程度、またはそれらよりさらに増大または減少し得る。例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼによって産生されるテルペノイドの量(例えばβ−サンタロール)は、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼによって産生される別のテルペノイドの量(例えばα−サンタロール)と比較して、少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、またはさらに増大し得る。一部の例においては、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、任意の他のテルペノイド化合物よりも多くのβ−サンタロールを産生する。別の例においては、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、テルペノイド産物の異なる比を、改変されていないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較して産生する。例えば、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼによって産生されるテルペノイドの量(例えばα−trans−ベルガモトール)は、改変されていないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼによって産生される別のテルペノイドの量と比較して、少なくともまたは少なくとも約0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、またはさらに増大し得る。
一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して類似の、増大した、および/または改善された活性を示す。例えば、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して増大したテルペノイド産生を示す。増大したテルペノイド産生は、改変されたシトクロムP450ポリペプチドによって産生されるテルペノイドの総量の増大であり得、または、改変されたシトクロムP450ポリペプチドによって産生される特定のテルペノイドの量の増大であり得る。例えば、改変されたシトクロムP450ポリペプチドによる全テルペノイド産生は、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して少なくともまたは少なくとも約1%、3%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに増大し得る。一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドによる全テルペノイド産生は、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して少なくともまたは約1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、またはさらに多い。別の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドによる特定のテルペノイドの産生は、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して少なくともまたは少なくとも約1%、3%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに増大し得る。一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して少なくともまたは約1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、またはさらなる特定のテルペノイド産物を産生する。
一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドと比較して改善された基質特異性を示す。改変されたシトクロムP450ポリペプチドの基質特異性は、改変されていないシトクロムP450ポリペプチドの基質特異性と比較して少なくともまたは少なくとも約1%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらに増大し得る。例えば、改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、別のテルペン(例えばベルガモテン)と比較して、あるテルペン(例えばサンタレン)に対する増大した基質特異性を示し得る。かかる例においては、サンタレンに対する増大した特異性は、サンタロールの増大した産生およびベルガモトールの減少した産生をもたらす。
一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチド(例えば改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド)は、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと比較して類似のまたは増大したまたは改善されたサンタレンオキシダーゼ活性を示す。例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと比較して、α−サンタレン、β−サンタレン、および/またはepi−β−サンタレンの酸化に関して増大した特異性または選択性を示し得る。かかる例の一部の例においては、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較してβ‐サンタレンに選択的に一酸素添加する。別の例においては、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較して、ベルガモテンの酸化に対する減少した選択性を示す。例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、改変されていないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較して、少なくともまたは少なくとも約10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、またはさらなるベルガモテンの酸化のための活性の減少を示す。
一部の例においては、改変されたシトクロムP450ポリペプチド、例えば改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、同様のまたは増大したまたは改善されたベルガモテンオキシダーゼ活性を、改変されていないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと比較して示す。例えば、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、改変されていないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較して、α−trans−ベルガモテンの酸化に関して増大した特異性または選択性を示し得る。
c.ドメインスワッピング
本明細書においては、キメラポリペプチドである改変されたシトクロムP450ポリペプチドが提供され、これは、その1つ以上のドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸残基の欠失と異種性のアミノ酸の配列の挿入とによる、スワッピング(欠失および挿入)を含有する。一部の例においては、異種配列は、アミノ酸のランダム化された配列である。別の例においては、異種配列は、別のシトクロムP450に由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸の連続した配列である。交換または挿入される異種配列は、通常は、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40個、またはさらなるアミノ酸を含む。異種配列が別のシトクロムP450の対応するドメインまたはその部分に由来する例においては、異種配列は、通常は、対応するドメインもしくは領域または部分の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%、またはさらなる連続したアミノ酸を含む。かかる例においては、異種性の対応するドメインもしくは領域またはその部分に隣接する残基も、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチド中に含まれ得る。
本明細書において提供されるスワッピング変異体の一例においては、シトクロムP450ポリペプチドの少なくとも1つのドメインもしくは領域またはその部分は、別のシトクロムP450ポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸の連続した配列と交換される。一部の例においては、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、またはさらなるドメインもしくは領域またはその部分が、別のシトクロムP450ポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸の連続した配列と交換される。
シトクロムP450ポリペプチドの任意のドメインもしくは領域またはその部分が、アミノ酸の異種配列(例えば、別のシトクロムP450の対応するドメインまたは領域に由来する異種配列)と交換され得る。ドメインまたは領域は、構造ドメインまたは機能ドメインであり得る。当業者はシトクロムP450のドメインまたは領域に精通している。機能ドメインは、例えば触媒ドメインまたはその部分を含む。構造ドメインは、ヘリックスA、βストランド1−1、βストランド1−2、ヘリックスB、βストランド1−5、ヘリックスB’、ヘリックスC、ヘリックスC’、ヘリックスD、βストランド3−1、ヘリックスE、ヘリックスF、ヘリックスG、ヘリックスH、βストランド5−1、βストランド5−2、ヘリックスI、ヘリックスJ、ヘリックスJ’、ヘリックスK、βストランド1−4、βストランド2−1、βストランド2−2、βストランド1−3、ヘリックスK’、ヘリックスK”、ヘムドメイン、ヘリックスL、βストランド3−3、βストランド4−1、βストランド4−2、およびβストランド3−2の全体または部分を含み得る。当業者は種々のシトクロムP450に精通しており、対応するドメインもしくは領域またはそのアミノ酸の部分を同定できる。
通常は、所産の改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、シトクロムP450のモノオキシゲナーゼ活性とサンタロールおよび/またはベルガモトールをサンタレンおよびベルガモテンから産生する能力とを示す。例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、50%〜5000%(例えば50%〜120%、100%〜500%、または110%〜250%)のサンタレンからのサンタロール産生を、改変(例えば、アミノ酸の交換、またはドメインもしくは領域のアミノ酸残基のスワッピング)を含有していないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較して、および/または配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載の野生型シトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較して示す。通常は、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンからの増大したサンタロール産生を、改変を含有していないシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較して(例えば、配列番号7、74、75、76、または77に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼと比較して)示す。例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、同じ条件下における改変を含有していない野生型シトクロムP450サンタレンオキシダーゼシンターゼによってサンタレンから産生される量の、少なくともまたは約101%、102%、103%、104%、105%、106%、107%、108%、109%、110%、115%、120%、125%、130%、135%、140%、145%、150%、160%、170%、180%、200%、250%、300%、350%、400%、500%、1500%、2000%、3000%、4000%、5000%の量でサンタレンからサンタロールを産生し得る。例えば、サンタロール産生は、少なくとも1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、またはさらに増大する。
別の例においては、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、50%〜5000%(例えば50%〜120%、100%〜500%、または110%〜250%)のベルガモトールのベルガモテンからの産生を、改変(例えば、アミノ酸の交換またはドメインもしくは領域のアミノ酸残基のスワッピング)を含有していないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較して、および/または配列番号6、8、9、もしくは73に記載の野生型シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較して示す。通常は、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ベルガモテンからの増大したベルガモトール産生を、改変を含有していないシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較して(例えば、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼと比較して)示す。例えば、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、同じ条件下における改変を含有していない野生型シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼシンターゼによってベルガモテンから産生されるベルガモトールの量の、少なくともまたは約101%、102%、103%、104%、105%、106%、107%、108%、109%、110%、115%、120%、125%、130%、135%、140%、145%、150%、160%、170%、180%、200%、250%、300%、350%、400%、500%、1500%、2000%、3000%、4000%、5000%の量で、ベルガモテンからベルガモトールを産生し得る。例えば、ベルガモトール産生は、少なくとも1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、またはさらに増大する。
本明細書の特定の例においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450ポリペプチドは、スワッピング変異体である。これによって、1つ以上の構造ドメインの全体または部分が、別のシトクロムP450ポリペプチドの対応する構造ドメインと交換される。下記の表3は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ(配列番号7)およびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ(配列番号6)の構造ドメインを、シトクロムP450ポリペプチドとシトクロムP450BM−3、クラスIIのミクロソームP450とのアラインメントに基づいて同定している(配列番号66、登録番号2HPD、Ravichandran et al. (1993) Science 261:731-736。図5A〜5Bも参照)。したがって、対応するドメインは他のシトクロムP450ポリペプチド中にも同定され得る。
キメラポリペプチドを作製するための当分野において公知の任意の方法が用いられて、ドメインの全体もしくは連続した部分またはシトクロムP450と第2のシトクロムP450の対応するドメインの全体または連続した部分とを交換できる(米国特許第5,824,774号、第6,072,045号、第7,186,891号、および第8,106,260号、ならびに米国特許出願公開第20110081703号参照)。さらに、遺伝子シャッフリング法が用いられて、キメラポリペプチドおよび/またはドメインもしくは領域のスワッピングを有するポリペプチドを作製できる。
例えば、任意の2つのシトクロムP450の対応するドメインまたは領域同士が、当分野において公知の任意の適当な組み換え方法を用いて、またはインビトロ合成によって交換され得る。組み換え方法の例は、本明細書に記載されるような2段階のオーバーラップPCR法である。かかる方法においては、第1のシトクロムP450の標的ドメインまたはその部分をコードする核酸中の複数のコドン位置に変異を導入するプライマーが、用いられ得る。変異は一緒になって異種領域(すなわち、第2のシトクロムP450に由来する対応する領域)を形成する。または、例えば、ランダム化されたアミノ酸が、特定のドメインまたは領域を置換するために用いられ得る。当然のことながら、クローニングまたは組み換え手法におけるプライマーのエラー、PCRのエラー、および/または他のエラーは、第2のシトクロムP450レダクターゼに由来する対応する領域と同一のアミノ酸配列を所産のスワッピングまたは交換された領域またはドメインが示さないようなエラーをもたらし得る。
例示的なPCR系の方法においては、第1段階のPCRが、(i)交換されようとする領域の下流にアニーリングする下流プライマーと、交換またはランダム化されようとするドメインまたは領域の各側の相同配列の約15ヌクレオチド(または、アニーリングを達成するために有効な数、例えば5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、20、25ヌクレオチド、またはさらに多く)を含む変異プライマー(これらは、標的遺伝子中に移入されようとする領域の両脇にある)、および(ii)交換されようとする領域の上流にアニーリングする上流プライマーと、交換またはランダム化されようとするドメインまたは領域の各側の相同配列の約15ヌクレオチド(または、アニーリングを達成するために有効な数、例えば5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、20、25ヌクレオチド、またはさらに多く)を同じく含む反対鎖の変異プライマー(これらは、標的遺伝子中に移入されようとする領域の両脇にある)を用いる。第1のシトクロムP450遺伝子のドメインまたは領域が第2のシトクロムP450に由来する対応するドメインまたは領域と交換されるという交換が行われようとする場合には、第1のシトクロムP450由来の両脇の領域間の変異プライマーのヌクレオチドは、第2のシトクロムP450の対応する領域のコドンを含有する。ドメインまたは領域中のアミノ酸がランダム化されるべき場合には、第1のシトクロムP450由来の両脇の領域間の変異プライマーのヌクレオチドは、ランダムなヌクレオチドを含有する。オーバーラップPCRが次に行われて、上流および下流のオリゴを用いて2つの断片を連結する。所産のPCR産物は、次に、改変されたシトクロムP450の発現用の任意の適当なベクターにクローニングされ得る。
さらに、本明細書のスワッピング変異を含有する改変されたシトクロムP450ポリペプチドの任意のものは、本明細書に記載される1つ以上のさらなるアミノ酸を含有し得る。
d.さらなるバリアント
本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドは、蛋白質バリアントを作製するための当業者に公知の任意の方法によって改変され得、DNAもしくは遺伝子シャッフリング、エラープローンPCR、オーバーラップPCR、または他の組み換え手法を含むが、それらに限定されない。一例においては、任意の本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドまたはバリアントのシトクロムP450ポリペプチドをコードする核酸分子は、遺伝子シャッフリングによって改変され得る。遺伝子シャッフリングは、少なくとも2つのヌクレオチド配列のランダムな断片化および再構築からなる1つ以上のサイクルを含み、続いて、所望の特性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を選択するためのスクリーニングを行う。組み換えはインビトロにおいて(Stemmer et al. (1994) Proc Natl Acad Sci USA 91:10747-10751、Stemmer et al. (1994) Nature 370:389-391、Cramieri et al. (1998) Nature 391:288-291、米国特許第5,605,793号、第5,811,238号、第5,830,721号、第5,834,252号、および第5,837,458号参照)またはインビボにおいて(国際公開第199707205号公報参照)行われ得る。ポリペプチドをコードする核酸分子は、次に宿主細胞内に導入されて異種的に発現され、それらのシトクロムP450活性について下記G節に記載の任意の方法によって試験され得る。
e.融合またはキメラ蛋白質
本明細書において提供される核酸分子は、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450ポリペプチドを含有する融合またはキメラ核酸分子を含む。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これがFPPからのサンタロール(例えばα−サンタロール、β−サンタロール、またはepi−β−サンタロール)の生成を触媒でき、本明細書において提供される任意のサンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドを含有する。例えば、本明細書においては、配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと、配列番号7、74、75、76、または77に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドとを含有する融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。さらに、本明細書においては、配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと、配列番号7、74、75、76、または77に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドとを含有する融合ポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、FPPからのベルガモトール(例えばα−trans−ベルガモトール)の生成を触媒できる融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これは、本明細書において提供される任意のサンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンベルガモテンポリペプチドを含有する。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼおよび配列番号6、8、9、もしくは73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これは配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと配列番号6、8、9、もしくは73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドとを含有する。融合ポリペプチドは、直接的にまたはリンカーを介して連結され得る。
本明細書において提供される核酸分子は、シトクロムP450ポリペプチドおよびシトクロムP450レダクターゼを含む融合またはキメラ核酸分子を包含する。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドおよび配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼを含む。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これが配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼとを含有する。別の例においては、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが配列番号6、8、9、もしくは73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドおよび配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼを含む。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これが配列番号6、8、9、もしくは73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼとを含有する。融合ポリペプチドは、直接的にまたはリンカーを介して連結され得る。
本明細書において提供される核酸分子は、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼを含有する融合またはキメラ核酸分子を含む。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと、配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼとを含有する。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと、配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドと、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼとを含有する。別の例においては、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これは配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと、配列番号6、8、9、または73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼとを含有する。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これは配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼと、配列番号6、8、9、または73のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドと、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼとを含有する。融合ポリペプチドは、直接的にまたはリンカーを介して連結され得る。
別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450、および/またはシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供されて、宿主細胞(細菌または酵母宿主細胞)によって発現されたときにサンタレンシンターゼ、シトクロムP450、および/またはシトクロムP450レダクターゼが発現されるようにする。一例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450サンタレンオキシダーゼをコードする核酸分子が提供される。別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼをコードする核酸分子が提供される。さらに別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供される。別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供される。さらに、宿主細胞がFPPを産生できるときには、コードされるポリペプチドはサンタロールおよび/またはベルガモトールの産生を触媒する。
融合蛋白質の他の例は、シグナル配列、局在用などのタグ(例えばhisタグもしくはmycタグ)または精製用のタグ(例えばGST融合、GFP融合、もしくはCBP融合)、および蛋白質分泌および/または膜結合を導くための配列の融合物を含むが、これらに限定されない。
D.シトクロムP450レダクターゼポリペプチドおよびコードする核酸分子
本明細書においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子が提供される。本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する。一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子は、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるものと同じものである。別の例においては、核酸分子およびコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるもののバリアントである。
さらに、本明細書においては、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子とが提供される。改変は、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの任意の領域においてなされ得る。ただし、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくとも改変されていないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのCPR触媒活性を保持するものとする。例えば、改変はシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して行われ得るが、ただしシトクロムP450レダクターゼポリペプチドはCPR活性(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を保持するものとする。
改変は、核酸のコドン最適化、および/またはコードされるポリペプチド中の1アミノ酸の改変(例えば、1アミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失)または複数アミノ酸の改変(例えば、複数アミノ酸の交換、挿入、もしくは欠失)をもたらす変更を含み得、ポリペプチドのドメインまたは領域のスワッピングも包含する。一部の例においては、全体的または部分的なドメインまたは領域(例えば、本明細書に記載される任意のドメインまたは領域)が、別のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分と交換される。改変の例はアミノ酸の置換であり、1つまたは複数のアミノ酸の置換を含む。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくともまたは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120個、またはさらなる改変された位置を、改変を含有していないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して含有し得る。
本明細書においては、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を有する、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においてはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供され、これが少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して示す。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%であるか、少なくともそれらであるか、または少なくともおよそそれらであるアミノ酸配列同一性を、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して示し得る。ただし、所産のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくともCPR活性(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を保持するものとする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
さらに、一部の例においては、本明細書において、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの触媒活性断片が提供される。一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性断片は、上記のように改変される。かかる断片は、全長シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの1つ以上の特性を保持する。通常は、活性断片はCPR活性(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を示す。
本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、他の改変、例えばポリペプチドの1次配列中にない改変(翻訳後修飾を含む)を含有し得る。例えば、本明細書に記載される改変は、融合ポリペプチドまたはキメラポリペプチドである(例えば、別のシトクロムP450レダクターゼポリペプチド由来の1つ以上のドメインまたは領域を含有する)シトクロムP450レダクターゼポリペプチド(異なるシトクロムP450レダクターゼポリペプチド同士のハイブリッドを含む)であり得、さらには、組み換え的に調製または合成または既知のポリペプチドの配列に基づいて当分野において公知の他の方法によって構築された、合成のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドであり得る。
本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達するために用いられ得る。反応はインビボにおいて、例えば核酸が導入された宿主細胞によって行われ得る。ポリペプチドの少なくとも1つは宿主にとって異種となる。反応は、適切な条件下において適切な基質と酵素とを接触させることによって、インビトロでも実施され得る。
さらに、本明細書においては、シトクロムP450ポリペプチドおよびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドおよびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。別の例においては、シトクロムP450ベルガモテンシンターゼポリペプチドおよびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。さらに、本明細書においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。例えば、本明細書においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。それらの核酸分子は、同じベクターもしくはプラスミドまたは別々のベクターもしくはプラスミド中にあり得る。かかる例においては、適当な宿主(例えば細菌または酵母細胞)による核酸分子の発現は、シトクロムP450オキシダーゼおよびシトクロムP450レダクターゼの発現を、または、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450オキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼの発現を、含まれる核酸分子に応じてもたらす。かかる細胞が用いられて、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450オキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼを産生し得、ならびに/またはサンタロールおよびベルガモトールを産生するためのインビボ反応を実施し得る。例えば、サンタロールおよびベルガモトールは、宿主細胞によってファルネシル二リン酸(FPP)から(特に、非環式のテルペン前駆体FPPを過剰産生する酵母細胞によって)作られ得る。一部の例においては、ファルネシル二リン酸シンターゼ(例えばSantalum albumのファルネシル二リン酸シンターゼ)をコードする核酸分子も適当な宿主(例えば細菌または酵母細胞)によって発現されて、FPPの過剰発現をもたらし得る。
1.シトクロムP450レダクターゼポリペプチド
本明細書においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの任意の1つをコードする核酸分子が提供される。本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、CPR活性を示す。通常は、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力を示す。
例えば、本明細書においては、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。さらに、本明細書においては、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して、少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を示すシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくとも65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%であるか、それらを超えるか、またはおよそそれらを超えるアミノ酸配列同一性を、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して示し得る。ただし、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼ活性を示す(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する)ものとする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
さらに、本明細書においては、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性断片が提供される。例えば、本明細書においてはトランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供され、これが配列番号14または15に記載のアミノ酸の配列を有する。かかる断片は、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの1つ以上の特性を保持する。通常は、活性断片はシトクロムP450レダクターゼ活性を示す(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する)。
さらに、本明細書においては、配列番号10もしくは11に記載のアミノ酸の配列を有する核酸分子またはその縮重物が提供され、それぞれ配列番号12もしくは13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする。さらに、本明細書においては、配列番号10または11に記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。例えば、本明細書において提供される核酸分子は、少なくともまたは大体少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、95%、95%、96%、97%、98%、または99%、またはさらなる配列同一性を、配列番号10または11に記載のヌクレオチドの配列に対して示し得る。ただし、コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼ活性(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を示すものとする。さらに、本明細書においては、配列番号10または11に記載の配列の縮重配列が提供され、それぞれ配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする。同一性の割合は、当業者によって標準的なアラインメントプログラムを用いて特定され得る。
一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子はビャクダン樹Santalum albumから単離される。
別の例においては、核酸分子およびコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、ビャクダン樹Santalum albumから単離されるもののバリアントである。
2.改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチド
本明細書においては、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。改変は、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの任意の領域についてなされ得る。ただし、所産の改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくともシトクロムP450レダクターゼ活性(例えば、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を保持するものとする。
改変は、1アミノ酸の改変(例えば1アミノ酸の交換(置換)、挿入、もしくは欠失)、または複数アミノ酸の改変(例えば、複数アミノ酸の交換、挿入、もしくは欠失)であり得る。一部の例においては、全体的または部分的なドメインまたは領域(例えば、下記の任意のドメインまたは領域)が、別のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの対応するドメインもしくは領域またはその部分と交換される。改変の例はアミノ酸の交換であり、1つまたは複数のアミノ酸の交換を含む。例えば、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくともまたは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、90、95、100、105、110、115、120個、またはさらなる改変された位置を、改変を含有していないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して含有し得る。
本明細書に記載される改変は、任意のシトクロムP450レダクターゼポリペプチド中にあり得る。例えば、本明細書に記載される改変は、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼまたはその任意のバリアント中にあり得る。前記バリアントは、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼに対して有する任意のものを含む。
特に、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、配列番号12に記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに関して、アミノ酸の交換もしくは置換、付加もしくは欠失、トランケート、またはその組み合わせを含有する。かかる改変をシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(例えば配列番号12〜15に記載の任意のもの)またはその任意のバリアントに対して行うことは、当業者の水準の範囲内である。本明細書に基づけば、記載される変異の任意の1つ以上を含有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを作製することと、それぞれを本明細書に記載されるシトクロムP450レダクターゼ活性(例えば、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)について試験することとは当業者の水準の範囲内である。
さらに、一部の例においては、本明細書において、本明細書に記載される改変の任意の1つを含有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの改変された活性断片が提供される。かかる断片はシトクロムP450レダクターゼの1つ以上の特性(例えば、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を保持する。シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの改変は、他の改変をさらに含有しているシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対しても行われ得、それらはポリペプチドの1次配列の改変および1次配列中にない改変を包含する。例えば、本明細書に記載される改変は、異なるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドとの融合ポリペプチドまたはキメラポリペプチドである(例えば、別のシトクロムP450レダクターゼに由来する1つ以上のドメインまたは領域を含有する)シトクロムP450レダクターゼポリペプチドであり得、さらには、組み換え的に調製または合成または既知のポリペプチドの配列に基づいて当分野において公知の他の方法によって構築された、合成のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドであり得る。
一部の例においては、改変はアミノ酸の交換である。さらなる例においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、1つ以上の改変をドメイン中に含有する。例えば、ドメインまたは構造ドメインの改変は、別のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに由来する対応する異種残基の交換であり得る。
シトクロムP450レダクターゼ活性を保持するためには、改変は、通常は、シトクロムP450レダクターゼ活性にとって必要な位置、すなわち触媒中心または保存された残基にはなされない。例えば、通常は、改変は、配列番号12に記載のアミノ酸の配列に関してSer485、Cys657、Asp702、およびTrp704に対応する位置にはなされない。
本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは2つ以上の改変を含有し得、それらはアミノ酸の交換もしくは置換、挿入もしくは欠失、トランケート、またはその組み合わせを含む。通常は、本明細書に記載される複数の改変は当業者によって組み合わされ得るが、ただし改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼ活性を保持するものとする。
さらに、本明細書においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの任意のものをコードする核酸分子が提供される。特定の例においては、核酸配列はコドン最適化されて、例えばコードされる配列の発現レベルを増大させ得る。具体的なコドン使用頻度は、改変されたポリペプチドが発現される宿主生物によって決まる。当業者は、細菌または酵母(例えば大腸菌またはSaccharomyces cerevisiaeを含む)による発現用の最適なコドンに精通している。例えば、コドン使用頻度情報は、例えばkazusa.or.jp.codonにおいて利用可能なコドン使用頻度データベースから入手可能である(例えばRichmond (2000) Genome Biology, 1:241をデータベースの説明について参照)。また、Forsburg (2004) Yeast, 10:1045-1047、Brown et al. (1991) Nucleic Acids Research, 19:4298、Sharp et al. (1988) Nucleic Acids Research, 12:8207-8211、Sharp et al. (1991) Yeast, 657-78も参照。本明細書の例においては、本明細書において提供される核酸配列は、Saccharomyces cerevisiaeのコドン使用頻度に基づいてコドン最適化される。
本明細書において提供される改変されたポリペプチドおよびコードする核酸分子は、当業者に公知の標準的な組み換えDNA技術によって産生され得る。標的蛋白質中の任意の1つ以上のアミノ酸の変異を達成するための当分野において公知の任意の方法が、用いられ得る。方法は、コードする核酸分子の標準的な部位特異的もしくはランダム変異導入、または固相ポリペプチド合成法を含む。例えば、本明細書に記載されるように、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子は、変異導入(例えば、エラープローンPCRによるコードする核酸のランダム変異導入、部位特異的変異導入、オーバーラップPCR、遺伝子シャッフリング、または他の組み換え手法)に供され得る。ポリペプチドをコードする核酸は次に宿主細胞内に導入されて、異種的に発現され得る。したがって、本明細書においては、本明細書において提供される改変されたポリペプチドのいずれか1つをコードする核酸分子も提供される。一部の例においては、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、例えば固相もしくは溶液相ペプチド合成を用いて合成的に産生される。
3.さらなる改変
本明細書においては、さらなる改変を含有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。例えば、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、例えば、トランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、変更された活性もしくは特性を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、キメラシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、ドメインスワッピングを含有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、シトクロムP450レダクターゼ融合蛋白質、または本明細書の別の箇所に記載の任意の改変を有するシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを包含する。
a.トランケートポリペプチド
さらに、本明細書においては、トランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。トランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドはN末端またはC末端をトランケートされ得るが、ただしトランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼの触媒活性(例えばシトクロムP450レダクターゼ活性)を保持するものとする。通常は、トランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、シトクロムP450レダクターゼ活性(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を示す。一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、C末端をトランケートされる。別の例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、N末端をトランケートされる。
一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのN末端、C末端、または両方の末端をトランケートされる(例えば、配列番号12または13のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列のトランケート)。別の例においては、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのいずれか1つがトランケートされる。改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、それらのN末端、C末端、または両方の末端をトランケートされ得る。例えば、本明細書において提供される任意のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、正確にまたは少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、またはおよそそれらの、またはそれらより多くのアミノ酸残基をN末端においてトランケートされ得る。ただし、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼ活性を保持するものとする。別の例においては、本明細書において提供される任意のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、正確にまたは少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、またはおよそそれらの、またはそれらより多くのアミノ酸残基をC末端においてトランケートされ得る。ただし、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼ活性を保持するものとする。一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼは膵臓ステアプシンまたはトリプシンによる消化によってトランケートされ得、これはN末端の疎水性アンカーを分離する。
例えば、本明細書においてはトランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供され、配列番号14または15に記載のアミノ酸の配列を有する。さらに、本明細書においては、配列番号14または15に記載のアミノ酸の配列を有するトランケートされたシトクロムP450レダクターゼに対して、少なくともまたは少なくとも約65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸の配列を有する、トランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供される。ただし、所産のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、少なくともシトクロムP450レダクターゼ活性(すなわち、2個の電子をNADPHからシトクロムP450に伝達する能力)を保持するものとする。さらに、本明細書においては、配列番号63または64に記載のヌクレオチドの配列を有する核酸分子が提供され、これが、それぞれ配列番号14または15に記載のアミノ酸の配列を有するトランケートされたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする。
b.変更された活性または特性を有するポリペプチド
本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、活性および/または特性の変化も示し得る。改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、例えば、改善された特性(例えば、増大した触媒活性、増大した安定性、および/または宿主細胞内における増大した発現)を示し得る。別の例においては、改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、同様の、増大した、および/または改善された活性を、改変されていないシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較して示す。
c.ドメインスワッピング
本明細書においては、キメラポリペプチドである改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが提供され、これは、その1つ以上のドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸残基の欠失とアミノ酸の異種配列の挿入とによる、スワッピング(欠失および挿入)を含有する。一部の例においては、異種配列は、アミノ酸のランダム化された配列である。別の例においては、異種配列は、別のシトクロムP450レダクターゼに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸の連続した配列である。交換または挿入される異種配列は、通常は、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40個、またはさらなるアミノ酸を含む。異種配列が別のシトクロムP450レダクターゼの対応するドメインまたはその部分に由来する例においては、異種配列は、通常は、対応するドメインもしくは領域または部分の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%、またはさらなる連続したアミノ酸を含む。かかる例においては、異種性の対応するドメインもしくは領域またはその部分に隣接する残基も、本明細書において提供される改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチド中に含まれ得る。
本明細書において提供されるスワッピング変異体の一例においては、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの少なくとも1つのドメインもしくは領域またはその部分が、別のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸の連続した配列と交換される。一部の例においては、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、またはさらなるドメインもしくは領域またはその部分が、別のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに由来する対応するドメインもしくは領域またはその部分のアミノ酸の連続した配列と交換される。
シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの任意のドメインもしくは領域またはその部分は、アミノ酸の異種配列(例えば、別のシトクロムP450レダクターゼに由来する対応するドメインまたは領域の異種配列)と交換され得る。ドメインまたは領域は、構造ドメインまたは機能ドメインであり得る。当業者は、シトクロムP450レダクターゼのドメインまたは領域に精通している。機能ドメインは、例えば触媒ドメインまたはその部分を含む。構造ドメインは、αヘリックスA、βストランド1、αヘリックスB、βストランド2、αヘリックスC、βストランド3、αヘリックスD、βストランド4、αヘリックスE、βストランド5、αヘリックスF、βストランド6、βストランド7、βストランド8、βストランド9、βストランド10、αヘリックスG、βストランド11、βストランド12、βストランド12’、αヘリックスH、αヘリックスI、αヘリックスJ、αヘリックスK、αヘリックスM、βストランド13、βストランド14、βストランド15、αヘリックスN、βストランド16、βストランド16’、βストランド17、αヘリックスO、βストランド18、αヘリックスP、βストランド10、αヘリックスQ、αヘリックスR、βストランド20、αヘリックスS、αヘリックスT、およびβストランド21の全体または部分を含み得る。当業者は種々のシトクロムP450に精通しており、対応するドメインもしくは領域またはそのアミノ酸の部分を同定できる。通常は、所産の改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドはシトクロムP450レダクターゼ活性を示す。
キメラポリペプチドを作製するための当分野において公知の任意の方法が用いられて、ドメインの全体または連続した部分またはシトクロムP450レダクターゼと第2のシトクロムP450レダクターゼの対応するドメインの全体または連続した部分とを交換できる(米国特許第5,824,774号、第6,072,045号、第7,186,891号、および第8,106,260号、ならびに米国特許出願公開第20110081703号参照)。さらに、遺伝子シャッフリング法が用いられて、キメラポリペプチドおよび/またはドメインもしくは領域のスワッピングを有するポリペプチドを作製し得る。
例えば、任意の2つのシトクロムP450レダクターゼの対応するドメインまたは領域同士が、当分野において公知の任意の適当な組み換え方法を用いて、またはインビトロ合成によって交換され得る。組み換え方法の例は、本明細書に記載されるような2段階のオーバーラップPCR法である。かかる方法においては、第1のシトクロムP450レダクターゼ中の標的とされるドメインまたはその部分をコードする核酸中の複数コドン位置に変異を導入するプライマーが、用いられ得る。それらの変異が一緒になって異種領域(すなわち、第2のシトクロムP450レダクターゼに由来する対応する領域)を形成する。または、例えばランダム化されたアミノ酸が用いられて、特定のドメインまたは領域を交換できる。当然のことながら、プライマーのエラー、PCRのエラー、および/またはクローニングもしくは組み換え手法の他のエラーが、所産のスワッピングまたは交換された領域またはドメインが第2のシトクロムP450レダクターゼシンターゼ由来の対応する領域と同一のアミノ酸配列を示さないようなエラーをもたらし得る。
例示的なPCR系の方法においては、第1段階のPCRが、(i)交換されようとする領域の下流にアニーリングする下流プライマーと、交換またはランダム化されようとするドメインまたは領域の各側の相同配列の約15ヌクレオチド(または、アニーリングを達成するために有効な数、例えば5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、20、25ヌクレオチド、またはさらに多く)を含む変異プライマー(これらは、標的遺伝子中に移入されようとする領域の両脇にある)、および(ii)交換されようとする領域の上流にアニーリングする上流プライマーと、交換またはランダム化されようとするドメインまたは領域の各側の相同配列の約15ヌクレオチド(または、アニーリングを達成するために有効な数、例えば5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、20、25ヌクレオチド、またはさらに多く)を同じく含む反対鎖の変異プライマー(これらは、標的遺伝子中に移入されようとする領域の両脇にある)を用いる。第1のシトクロムP450レダクターゼ遺伝子のドメインまたは領域が第2のシトクロムP450レダクターゼに由来する対応するドメインまたは領域と交換されるという交換が行われようとする場合には、第1のシトクロムP450レダクターゼ由来の両脇の領域間の変異プライマーのヌクレオチドは、第2のシトクロムP450レダクターゼの対応する領域のコドンを含有する。ドメインまたは領域中のアミノ酸がランダム化される場合には、第1のシトクロムP450レダクターゼ由来の両脇の領域間の変異プライマーのヌクレオチドは、ランダムなヌクレオチドを含有する。上流および下流のオリゴを用いて、2つの断片をつなぐために、オーバーラップPCRが次に行われる。所産のPCR産物は、次に、改変されたシトクロムP450レダクターゼの発現用の任意の適当なベクターにクローニングされる。
さらに、本明細書のスワッピング変異を含有する改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのいずれか1つは、本明細書に記載される1つ以上のさらなるアミノ酸を含有し得る。
d.さらなるバリアント
本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、蛋白質バリアントを作製するための当業者に公知の任意の方法によって改変され得、それらはDNAもしくは遺伝子シャッフリング、エラープローンPCR、オーバーラップPCR、または他の組み換え手法を含むが、限定されない。一例においては、本明細書において提供される任意のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはバリアントのシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子は、遺伝子シャッフリングによって改変される。遺伝子シャッフリングは、少なくとも2つのヌクレオチド配列のランダムな断片化および再構築からなる1つ以上のサイクルを含んでおり、続いて、所望の特性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を選択するためのスクリーニングを行う。組み換えは、インビトロにおいて(Stemmer et al. (1994) Proc Natl Acad Sci USA 91:10747-10751、Stemmer et al. (1994) Nature 370:389-391、Cramieri et al. (1998) Nature 391:288-291、米国特許第5,605,793号、第5,811,238号、第5,830,721号、第5,834,252号、および第5,837,458号参照)またはインビボにおいて(国際公開第199707205号公報参照)行われ得る。ポリペプチドをコードする核酸分子は、次に宿主細胞内に導入され、異種的に発現されて、下記のG節に記載の任意の方法によってそれらのシトクロムP450レダクターゼ活性について試験され得る。
e.融合またはキメラ蛋白質
本明細書において提供される核酸分子は、シトクロムP450ポリペプチドおよびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含有する融合またはキメラ核酸分子を含む。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これは、サンタレンまたはベルガモテンからのサンタロールまたはベルガモトール(例えば、α−サンタロール、β−サンタロール、epi−β−サンタロール、またはZ−α−trans−ベルガモトール)の生成を触媒でき、本明細書において提供される任意のシトクロムP450ポリペプチドおよび任意のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含有する。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これは配列番号6〜9のいずれか1つに記載のシトクロムP450ポリペプチドと、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドとを含む。さらに、本明細書においては融合ポリペプチが提供され、これが配列番号6〜9のいずれか1つに記載のシトクロムP450ポリペプチドと配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドとを含有する。融合ポリペプチドは、直接的にまたはリンカーを介して連結され得る。
本明細書において提供される核酸分子は、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼを含有する融合またはキメラ核酸分子を包含する。例えば、本明細書においては融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼ、配列番号7に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、および配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼを含む。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼ、配列番号7に記載のシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、および配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼを含有する。別の例においては、本明細書において、融合ポリペプチドをコードする核酸分子が提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼ、配列番号6、8、または9のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、および配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼを含む。さらに、本明細書においては融合ポリペプチドが提供され、これが配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のサンタレンシンターゼ、配列番号6、8、または9のいずれか1つに記載のシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、および配列番号12〜15のいずれか1つに記載のシトクロムP450レダクターゼを含有する。融合ポリペプチドは、直接的にまたはリンカーを介して連結され得る。
別の例においては、本明細書においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450、および/またはシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供されて、宿主細胞(細菌または酵母宿主細胞)によって発現されたときに、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450、および/またはシトクロムP450レダクターゼが発現されるようにする。1つの別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供される。別の例においては、本明細書において、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供される。さらに、宿主細胞がFPPを産生できるときには、コードされるポリペプチドはサンタロールおよび/またはベルガモトールの産生を触媒する。
融合蛋白質の他の例は、シグナル配列、局在用などのタグ(例えばhisタグもしくはmycタグ)または精製用のタグ(例えばGST融合、GFP融合、もしくはCBP融合)、および蛋白質分泌および/または膜結合を導くための配列の融合物を含むが、これらに限定されない。
E.改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドならびにコードする核酸分子を産生するための方法
改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(サンタレンオキシダーゼおよびベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)を産生するための方法が提供される。方法は、所望の特性(増大した触媒活性、増大した選択性、増大した基質特異性、増大した基質結合、増大した安定性、宿主細胞による増大した発現、変更された産物の分布、および/または変更された基質特異性を含むが、限定されない)を有するシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼを作製するために用いられ得る。改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼは、当分野において公知の任意の方法を用いて産生され得、任意選択で所望の特性についてスクリーニングされ得る。特定の例においては、所望の特性を有する改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼが、本明細書において例示される方法に従って変異によって作製される。したがって、本明細書においては、改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ、ならびに改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が提供され、これらは本明細書に記載される方法を用いて産生される。
本明細書において提供される方法の例は、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの1つ以上の内在性ドメインまたは領域を、第2のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに由来する対応するドメインまたは領域(すなわち、異種ドメインまたは領域)と交換することによって、改変されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼが産生されるものである。さらなる例においては、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの2つ以上の内在性ドメインまたは領域が、2つ以上の他のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(例えば、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9。または第10のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ)に由来する対応する異種ドメインまたは領域と交換される。したがって、所産の改変されたシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、またはさらなる種類のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに由来する異種ドメインまたは領域を含み得る。さらなる例においては、方法は、さらにまたは代わりに、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼシンターゼの1つ以上のドメインまたは領域を、ランダム化されたアミノ酸残基と交換することを含む。
任意のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼが、本明細書において提供される方法において用いられ得る。第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(すなわち、改変されるべきシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ)は、第2の(または、第3、第4、第5などの)シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(すなわち、異種ドメインまたは領域が由来する元のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ)と同じまたは異なるクラスであり得る。
本明細書において提供される方法を実施するにあたっては、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの内在性ドメインの全体または連続した部分が、第2のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに由来する対応する異種ドメインの全体または連続した部分と交換され得る。例えば、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼのドメインまたは領域の3、4、5、6、7、8、9、10個、またはさらなる連続したアミノ酸が、第2のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに由来する対応する領域の3、4、5、6、7、8、9、10個、またはさらなる連続したアミノ酸と交換され得る。一部の例においては、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの内在性ドメインに隣接する1つ以上のアミノ酸残基も交換され、および/または異種ドメインに隣接する1つ以上のアミノ酸残基も交換に用いられる。さらに、本明細書に記載される方法は、第1のドメインの全体または連続した部分および第2の隣接するドメインの全体または連続した部分が、別のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに由来する対応するドメイン(またはその部分)と交換される方法も包含する。
交換され得るドメインまたは領域は、機能ドメインまたは構造ドメインを含む。本明細書に記載される方法を用いて交換され得るシトクロムP450中の例示的なドメインまたは領域は、ヘリックスA、βストランド1−1、βストランド1−2、ヘリックスB、βストランド1−5、ヘリックスB’、ヘリックスC、ヘリックスC’、ヘリックスD、βストランド3−1、ヘリックスE、ヘリックスF、ヘリックスG、ヘリックスH、βストランド5−1、βストランド5−2、ヘリックスI、ヘリックスJ、ヘリックスJ’、ヘリックスK、βストランド1−4、βストランド2−1、βストランド2−2、βストランド1−3、ヘリックスK’、ヘリックスK”、ヘムドメイン、ヘリックスL、βストランド3−3、βストランド4−1、βストランド4−2、およびβストランド3−2に対応する構造ドメインまたは領域を含むが、限定されない。それらのドメインもしくは領域またはその部分のいずれか1つ以上が、本明細書に記載の方法を用いて、別のシトクロムP450に由来する対応するドメインと交換され得る。それらのドメインは、領域は、任意のシトクロムP450の中に、当分野において周知の方法を用いて(例えば、当業者に公知の方法を用いるアラインメントによって)同定され得る(例えば図5A〜5B参照)。かかる方法は通常はマッチを最大化し、マニュアルアラインメントを用いることならびに利用可能な多数のアラインメントプログラム(例えばBLASTP)および当業者に公知の他のものを用いることなどの方法を含む。配列番号50に記載のシトクロムP450および任意の他のシトクロムP450の配列をアラインメントすることによって、上記のドメインまたは領域の任意のものが任意のシトクロムP450中に同定され得る。
本明細書に記載される方法を用いて交換され得るシトクロムP450レダクターゼ中の例示的なドメインまたは領域は、αヘリックスA、βストランド1、αヘリックスB、βストランド2、αヘリックスC、βストランド3、αヘリックスD、βストランド4、αヘリックスE、βストランド5、αヘリックスF、βストランド6、βストランド7、βストランド8、βストランド9、βストランド10、αヘリックスG、βストランド11、βストランド12、βストランド12’、αヘリックスH、αヘリックスI、αヘリックスJ、αヘリックスK、αヘリックスM、βストランド13、βストランド14、βストランド15、αヘリックスN、βストランド16、βストランド16’、βストランド17、αヘリックスO、βストランド18、αヘリックスP、βストランド19、αヘリックスQ、αヘリックスR、βストランド20、αヘリックスS、αヘリックスT、およびβストランド21に対応する構造ドメインまたは領域を含むが、限定されない。それらのドメインは、領域は、任意のシトクロムP450レダクターゼの中に、当分野において周知の方法を用いて(例えば、当業者に公知の方法を用いるアラインメントによって)同定され得る(例えば図3A〜C参照)。かかる方法は通常はマッチを最大化し、例えば、マニュアルのアラインメントを用いるおよび利用可能な多数のアラインメントプログラム(例えばBLASTP)を用いる方法、ならびに当業者に公知の他のものを包含する。配列番号12に記載のシトクロムP450レダクターゼおよび任意の他のシトクロムP450レダクターゼの配列をアラインメントすることによって、上記のドメインまたは領域の任意のものが任意のシトクロムP450レダクターゼ中に同定され得る。
本明細書において提供される方法においては、第1のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼの内在性ドメインの全体または連続した部分が、C.4.cおよびD.3.c節で説明されるように当分野において公知の適当な組み換え方法を用いて、第2のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼに由来する対応する異種ドメインの全体または連続した部分と交換され得る。
F.シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドならびにコードする核酸分子の発現
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドならびにその活性断片(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)は、組み換え蛋白質作製および発現のための当分野において周知の方法によって得られる。かかるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが用いられて、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼが発現されている宿主細胞によってまたはシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドの精製後にインビトロにおいて、サンタレンからサンタロールを産生し得る。かかるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが用いられて、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼが発現されている宿主細胞によってまたはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドの精製後にインビトロにおいて、ベルガモテンからベルガモトールを産生し得る。かかるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450が発現されている宿主細胞によって、適当な非環式のピロホスファートの前駆体(例えばFPP)からサンタロールまたはベルガモトールを産生するために用いられ得る。所望の遺伝子をコードする核酸の同定用の当業者に公知の任意の方法が用いられて、シトクロムP450(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼもしくはシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼ)をコードする核酸を得ることができる。例えば、改変されていないまたは野生型のシトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸は、周知の方法を用いて、植物供給源(例えばSantalum album)から得られる。改変されたシトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、次に、改変されていないまたは野生型のシトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに変異を導入するための当分野において公知の任意の方法(本明細書に記載される任意の方法(例えば、エラープローンPCRによるコードする核酸のランダム変異導入、部位特異的変異導入、オーバーラップPCR、または他の組み換え手法)を含む)を用いて操作され得る。ポリペプチドをコードする核酸は次に宿主細胞内に導入されて、異種的に発現され得る。
一部の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドまたはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドを含む)は、合成的に(例えば固相または液相ペプチド合成を用いて)産生される。
1.Santalum albumのシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸の単離
シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ)をコードする核酸は、核酸分子をクローニングおよび単離するための当分野において公知の任意の利用可能な方法を用いて、クローニングまたは単離され得る。かかる方法は核酸のPCR増幅およびライブラリーのスクリーニングを包含し、核酸ハイブリダイゼーションスクリーニングを含む。一部の例においては、核酸の増幅のための方法が、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸分子を単離するために用いられ得、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法を含む。核酸を含有する物質は出発物質として用いられ得、そこからシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子が単離され得る。例えば、Santalum種(Santalum albumを含むがそれに限定されない)由来のDNAおよびmRNA調製物が用いられて、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ遺伝子を得ることができる。核酸ライブラリーも出発材料の供給源として用いられ得る。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼをコードする分子(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼをコードする分子)を増幅するためのプライマーが設計され得る。例えば、プライマーは、シトクロムP450をコードする既知の核酸配列(例えば配列番号22〜25に記載のもの)に基づいて設計され得る。別の例においては、プライマーは、シトクロムP450レダクターゼをコードする既知の核酸配列(例えば配列番号40〜41に記載のもの)に基づいて設計され得る。増幅によって作られた核酸分子はシーケンシングされて、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードすることが確認され得る。本明細書において提供される核酸分子は、他種における近縁の核酸分子を同定するために用いられ得る。
さらなるヌクレオチド配列が、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子に連結され得る。それらは、合成遺伝子をベクター(例えば、蛋白質発現ベクター、またはコア蛋白質をコードするDNA配列の増幅用に設計されたベクター)にクローニングする目的のために、制限エンドヌクレアーゼ部位を含有するリンカー配列を含む。さらに、機能的なDNAエレメントを規定するさらなるヌクレオチド配列が、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼをコードする核酸分子に対して作動的に連結され得る。さらに、得られるシンターゼが融合蛋白質となるように、他の部分またはドメインをコードする核酸を含むこともできる。例えば、他の酵素(例えばFPPシンターゼまたはサンタレンシンターゼ)または蛋白質精製タグ(例えばHisまたはFlagタグ)をコードする核酸。
2.改変された核酸の作製
シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(例えば、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、または改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)をコードする核酸は、変異を達成するための当分野において公知の任意の方法を用いて、調製または作製され得る。改変のための方法は、コードする核酸分子の標準的な合理的および/またはランダム変異導入を包含する(例えば、エラープローンPCR、ランダムな部位特異的飽和変異導入、DNAシャッフリング、または合理的な部位特異的変異導入、例えば変異導入キット(例えば、ストラタジーン社から入手可能なQuikChange)を用いる)。さらに、通常の組み換えDNA技術が用いられて、異種アミノ酸を含有するポリペプチドをコードする核酸を作製し得る。例えば、キメラポリペプチドまたは異種アミノ酸配列を含有するポリペプチドをコードする核酸は、2段階PCR法(例えば上記)を用いて、ならびに/または所望のキメラポリペプチドの部品の通常のサブクローニング用の制限酵素およびクローニング手法を用いて作製され得る。
作製された後は、核酸分子は、当分野において公知の任意の方法を用いて、改変されたシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを生ずるために細胞内で発現され得る。改変されたシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(例えば改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、または改変されたシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)は、次にスクリーニングによって、所望の特性または活性について(例えばテルペン基質からテルペノイドを産生する能力について)評価され得る。特定の例においては、所望の特性を有する改変されたシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが、変異によって作製され、本明細書において例示される例に従って特性をスクリーニングされる。通常は、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドが作製される場合には、改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドはサンタロールをサンタレンから産生する。通常は、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが作製される場合には、改変されたシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドはベルガモトールをベルガモテンから産生する。
3.ベクターおよび細胞
本明細書において提供されるシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの1つ以上(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)の組み換え発現のためには、シンターゼをコードするヌクレオチド配列の全体または部分を含有する核酸が、適切な発現ベクター(すなわち、挿入された蛋白質コード配列の転写および翻訳に必要なエレメントを含有するベクター)に挿入され得る。用いられる発現系に応じて、必要な転写および翻訳シグナルも、シトクロムP450もしくはシトクロムP450レダクターゼ遺伝子の天然プロモーターおよび/またはそれらの両脇の領域から供給され得る。したがって、さらに、本明細書においては、本明細書において提供される任意のシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドをコードする核酸を含有するベクターが提供される。例示的なベクターはpESC−LEU、pESC−LEU2d、およびpYEDP60を含むが、それらに限定されない。
ベクターを含有する細胞(原核および真核細胞を含む)も提供される。さらに、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼを含む)をコードする核酸分子を含有する宿主細胞も提供される。かかる細胞および宿主細胞は、細菌細胞、酵母細胞、真菌細胞、古細菌(Archea)、植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞を含む。特定の例においては、細胞または宿主細胞は酵母細胞、例えばSaccharomyces cerevisiaeまたはPichia pastoris細胞である。特定の例においては、細胞または宿主細胞はSaccharomyces cerevisiae細胞であり、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体、例えばファルネシル二リン酸(FPP)を発現する。一部の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450を含有する細胞または宿主細胞は、改変されていない細胞よりも多くのFPPを産生するように改変され得る。
細胞は、コードされるシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼが細胞によって発現される条件下において上記細胞を培養することによって、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)を産生するために用いられる。一部の例においては、シトクロムP450ポリペプチド(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)は細胞にとって異種性である。一部の例においては、発現されたシトクロムP450および/またはシトクロムP450レダクターゼは精製される。別の場合には、発現されたシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼは、宿主細胞内において、1つ以上のサンタレンまたはベルガモテンを1つ以上のサンタロールまたはベルガモトールに変換する。一部の例においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼが発現され、それによって非環式のピロホスファートのテルペン前駆体のFPPをサンタロールに変換する。別の例においては、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼが発現され、それによって非環式のピロホスファートのテルペン前駆体FPPをベルガモトールに変換する。
ベクターへのDNA断片の挿入のための当業者に公知の任意の方法が用いられて、適切な転写/翻訳調節シグナルと蛋白質をコードする配列とを含有するキメラ遺伝子を含んでいる発現ベクターを構築できる。それらの方法は、インビトロの組み換えDNAおよび合成法ならびにインビボ組み換え体(遺伝子組み換え)を含み得る。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドもしくは改変されたシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、またはそのドメイン、誘導体、断片、もしくはホモログをコードする核酸配列の発現は、第2の核酸配列によって制御され得、その結果、遺伝子またはその断片が組み換えDNA分子によって形質転換された宿主によって発現されるようにする。例えば、蛋白質の発現は、当分野において公知の任意のプロモーター/エンハンサーによって制御され得る。一実施形態においては、プロモーターは、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ蛋白質の遺伝子にとって天然のものではない。用いられ得るプロモーターは、原核生物、酵母、哺乳動物、および植物のプロモーターを含むが、これらに限定されない。プロモーターの種類は用いられる発現系に左右され、これは以下でさらに詳しく説明される。
一実施形態においてはベクターが用いられ、これが、シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたは改変されたシトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、またはそのドメイン、断片、誘導体、もしくはホモログをコードする核酸に対して作動可能に連結されたプロモーター、1つ以上の複製起点、および任意選択で1つ以上の選択マーカー(例えば抗生物質耐性遺伝子)を含有する。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの発現のためのベクターおよび系が説明される。
4.発現系
シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(改変されたものおよび改変されていないもの)を含む)は、蛋白質産生のための当分野において公知の任意の方法によって産生され得、これは、インビトロおよびインビボの方法、例えば、シトクロムP450もしくはシトクロムP450レダクターゼ(例えばシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、もしくはシトクロムP450レダクターゼ)をコードする核酸分子のインビボにおける産生用の宿主細胞もしくは宿主植物への導入、または、シトクロムP450もしくはシトクロムP405レダクターゼ(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、もしくはシトクロムP450レダクターゼ)をコードする核酸分子からのインビトロ発現を含む。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼ、および改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)は、シンターゼポリペプチドの必要な量および形態を産生するのに適当な任意の生物によって発現され得る。発現宿主は、原核および真核生物、例えば大腸菌、酵母、植物、昆虫細胞、哺乳動物細胞(ヒト細胞株を含む)、およびトランスジェニック動物を含む。発現宿主は、それらの蛋白質産生レベルおよび発現された蛋白質上に存在する翻訳後修飾の種類が異なり得る。発現宿主の選択は、それらおよび他の因子、例えば規制および安全性の考慮事項、生産コスト、ならびに精製の必要性および方法に基づいてなされ得る。
真核生物の宿主による発現は、酵母、例えばSaccharomyces属(例えばSaccharomyces cerevisiae)およびPichia属(例えばPichia pastoris)のもの、昆虫細胞(例えば、Drosophila細胞およびlepidopteran細胞)、植物および植物細胞(例えば、柑橘類、タバコ、トウモロコシ、米、藻類、およびアオウキクサ)による発現を含み得る。発現用の真核細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞または幼ハムスター腎臓(BHK)細胞などの哺乳動物細胞株も含む。真核生物の発現宿主はトランスジェニック動物による産生も含み、例えば血清、乳、および卵中の産生を含む。
シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(例えばシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼ)の発現のための、多くの発現ベクターが入手可能であり、当業者に公知である。発現ベクターの例はサンタレンシンターゼおよびFPPシンターゼをコードするものであり、実施例7に記載のベクターを含む。発現ベクターの選択は、宿主発現系の選択によって左右される。かかる選択は、当業者の知識の水準の十分に範囲内である。通常は、発現ベクターは、転写プロモーターおよび任意選択でエンハンサー、翻訳シグナル、ならびに転写および翻訳終結シグナルを含み得る。安定な形質転換に用いられる発現ベクターは通常は選択マーカーを有し、これは形質転換された細胞の選抜および維持を可能にする。一部の例においては、複製起点が用いられて、細胞内におけるベクターのコピー数を増幅させ得る。
シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、ならびに改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)は、蛋白質融合物としても用いられ得、または発現され得る。例えば、融合物は、ポリペプチドにさらなる機能性を付加するように作製され得る。融合蛋白質の例は、シグナル配列、局在用などのタグ(例えばhisタグもしくはmycタグ)または精製用のタグ(例えばGST融合、GFP融合、もしくはCBP融合)、ならびに蛋白質分泌および/または膜結合を導くための配列の融合物を含むが、これらに限定されない。
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)の産生の方法は、宿主細胞による非環式のピロホスファートのテルペン前駆体(例えばFPP)の共発現を含み得る。一部の例においては、宿主細胞は天然にFPPを発現する。かかる細胞は、FPPのより大量を発現するように改変され得る(例えば米国特許第6,531,303号、第6,689,593号、第7,838,279号、および第7,842,497号参照)。別の場合には、天然にはFPPを産生しない宿主細胞が、FPPを産生するように改変される。
a.原核細胞
原核生物(特に大腸菌)は、本明細書において提供されるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの大量を産生するための系を提供する。大腸菌の形質転換は、当業者に周知の単純で迅速な技術である。大腸菌細胞の形質転換用の例示的な発現ベクターは、例えばpGEM発現ベクター、pQE発現ベクター、およびpET発現ベクターを含む(米国特許第4,952,496号参照。ノバジェン社、マディソン、ウィスコンシン州から入手可能。また、システムを説明するノバジェン社から公開された文献も参照)。かかるプラスミドは、pET11a(T7−lacプロモーター、T7ターミネーター、誘導性の大腸菌lacオペレーター、およびlacリプレッサー遺伝子を含む)、pET12a〜c(T7プロモーター、T7ターミネーター、および大腸菌ompT分泌シグナルを含む)、pET15bおよびpET19b(ノバジェン社、マディソン、ウィスコンシン州)(Hisカラムによる精製用のHisタグ(商標)リーダー配列およびカラムによる精製後の切断を可能にするトロンビン切断部位、T7−lacプロモーター領域、およびT7ターミネーターを含む)、pACYC−Duet(ノバジェン社、マディソン、ウィスコンシン州。配列番号45)を含む。
大腸菌用の発現ベクターは誘導性プロモーターを含み得、これは、高レベルの蛋白質発現を誘導するためおよび宿主細胞にとって何らかの毒性を示す蛋白質を発現するために有用である。例示的な原核生物プロモーターは、例えばβ−ラクタマーゼプロモーター(Jay et al., (1981) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:5543)およびtacプロモーター(DeBoer et al., (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:21-25)を含む。「Useful Proteins from Recombinant Bacteria」 in Scientific American 242:79-94 (1980)も参照)。誘導性プロモーターの例は、lacプロモーター、trpプロモーター、ハイブリッドtacプロモーター、T7およびSP6のRNAプロモーター、ならびに温度調節型λPプロモーターを含む。
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)は、大腸菌の細胞質環境中で発現され得る。細胞質は還元的な環境であり、一部の分子にとっては、これは不溶性の封入体の生成をもたらし得る。還元剤(例えばジチオスレイトールおよびβ−メルカプトエタノール)および界面活性剤(例えば、グアニジンHClおよび尿素)が用いられて、蛋白質を再可溶化し得る。代替的な手法は、細菌のペリプラズム空間におけるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼの発現であり、これは酸化環境ならびにシャペロニン様およびジスルフィドイソメラーゼを提供し、可溶性蛋白質の産生をもたらす。通常は、リーダー配列が発現されるべき蛋白質に融合されて、蛋白質をペリプラズムに導く。リーダーは次にペリプラズム内のシグナルペプチダーゼによって除去される。ペリプラズム標的性のリーダー配列の例は、ペクチン酸リアーゼ遺伝子由来のpelBリーダー、およびアルカリホスファターゼ遺伝子に由来するリーダーを包含する。一部の場合には、ペリプラズムにおける発現は、発現された蛋白質の培地中への漏出を可能にする。蛋白質の分泌は、培養上清からの迅速で単純な精製を可能にする。分泌されない蛋白質は、浸透圧溶解によってペリプラズムから得られる。細胞質発現と同様に、一部の場合には蛋白質は不溶化し得、変性剤および還元剤が用いられて可溶化および再折り畳みを容易にし得る。誘導および増殖の温度も、発現レベルおよび可溶性に影響し得る。通常は、25℃〜37℃の温度が用いられる。変異も、発現される蛋白質の可溶性を増大させるために用いられ得る。通常は、細菌はグリコシル化蛋白質を産生する。
b.酵母細胞
酵母の系(例えば、Saccharomyces属(例えばSaccharomyces cerevisiae)、SchizoSaccharomyces pombe、Yarrowia lipolytica、Kluyveromyces lactis、およびPichia pastorisに由来するものだがこれらに限定されない)が用いられて、本明細書において提供されるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド、ならびに改変されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)を発現できる。酵母発現系は、シンターゼによって反応が触媒されるテルペンを産生するためにも用いられ得る。酵母は、エピソーム複製ベクターによって、または相同組み換えによる安定な染色体へのインテグレーションによって形質転換され得る。一部の例においては、誘導性プロモーターが遺伝子発現を制御するために用いられる。酵母によるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの発現用の例示的なプロモーター配列は、とりわけ、メタロチオナイン(metallothionin)、3−ホスホグリセリン酸キナーゼ(Hitzeman et al. (1980) J. Biol. Chem. 255:2073)、または他の解糖系酵素(Hess et al. (1968) J. Adv. Enzyme Reg. 7: 149およびHolland et al. (1978) Biochem. 17:4900)、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒドリン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコースリン酸イソメラーゼ、3−ホスホグリセリン酸ムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、およびグルコキナーゼのプロモーターを含む。
酵母発現への使用に好適な他のベクターおよびプロモーターは、さらに、Hitzeman, EPA-73,657またはFleer et al. (1991) Gene, 107:285-195およびvan den Berg et al. (1990) Bio/Technology, 8:135-139に記載されている。別の代替物は、Russell et al. (J. Biol. Chem. 258:2674, 1982)およびBeier et al. (Nature 300:724, 1982)に記載のグルコース抑制型ADH2プロモーター、または改変ADH1プロモーターを含むが、これらに限定されない。酵母および大腸菌内で複製可能なシャトルベクターは、例えば、大腸菌における選抜および複製のためのpBR322由来のDNA配列(Amp遺伝子および複製起点)を上記の酵母ベクター中に挿入することによって、構築され得る。
酵母発現ベクターは、選択マーカー(例えば、LEU2、TRP1、HIS3、およびURA3)を、形質転換されたDNAの選抜および維持のために含み得る。例示的なベクターは、pESC−Leu、pESC−Leu2D、pESC−His、およびpYEDP60を含む。酵母によって発現された蛋白質は多くの場合に可溶性であり、シャペロニン(例えばBipおよび蛋白質ジスルフィドイソメラーゼ)との共発現は発現レベルおよび可溶性を改善し得る。さらに、酵母によって発現された蛋白質は、分泌シグナルペプチド融合物(例えばSaccharomyces cerevisiae由来の酵母接合型αファクター分泌シグナル)ならびに酵母細胞表面蛋白質(例えばAga2p接合接着受容体)またはArxula adeninivoransのグルコアミラーゼとの融合物を用いて、分泌へと導かれ得る。プロテアーゼ切断部位(例えばKex−2プロテアーゼ)が操作されて、分泌経路から出るに従ってポリペプチドから融合した配列を取り外し得る。
酵母は、メバロン酸依存性のイソプレノイド生合成経路に必要な蛋白質、例えばFPPシンターゼ(ERG20。これはFPPを産生できる)を天然に発現している。したがって、酵母細胞によるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)の発現は、FPPからのセスキテルペン(例えばサンタレンおよびベルガモテン)ならびにサンタロールおよびベルガモトールの産生をもたらし得る。シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)の発現用の例示的な酵母細胞は、FPPの増大したレベルを発現するように改変された酵母を包含する。例えば、酵母細胞は、より少ないスクアレンシンターゼまたはより少なく活性なスクアレンシンターゼを産生するように改変され得る(例えばerg9変異体。例えば米国特許第6,531,303号および第6,689,593号参照)。これは、野生型酵母細胞と比較してより高レベルの宿主細胞内におけるFPPの蓄積をもたらし、今度は、セスキテルペンおよびセスキテルペノイド(例えばサンタレン、ベルガモテン、サンタロール、およびベルガモトール)の増大した収量をもたらす。別の例においては、酵母細胞は、より多くのFPPシンターゼを産生するように、FPPシンターゼ遺伝子(例えばSantalum albumのSaFPPS(配列番号18))の導入によって改変され得る。一部の例においては、かかる酵母の天然のFPP遺伝子は欠失させられ得る。酵母によるFPPの増大した産生を可能にする他の改変は、例えば、アセチルCoAの産生を増大させる、FPPおよびGPPを基質として用いる酵素のコードする遺伝子を不活性化させる、ならびにHMG−CoAレダクターゼを過剰発現する改変(米国特許第7,842,497号に記載)を含むが、これらに限定されない。例示的な改変された酵母細胞は、YPH499(MATa,ura3−52,lys2−801,ade2−101,trp1−Δ63,his3−Δ200,leu2−Δ1)、WAT11(MATa,ade2−1,his3−11,−15;leu2−3,−112,ura3−1,canR,cyr+。染色体にインテグレーションされたArabidopsisのNADPH依存性のP450レダクターゼATR1を含有する。Pompon et al. (1995) Toxicol Lett 82-83:815-822、Ro et al. (2005) Proc Natl Acad Sci USA 102:8060-8065参照)、およびBY4741(MATa,his3Δ1,leu2Δ0,met15Δ0,ura3Δ0。ATCC#201388)、改変されたSaccharomyces cerevisiae株CALI5−1(ura3,leu2,his3,trp1,Δerg9::HIS3,HMG2cat/TRPl::rDNA,dpp1,sue)、ALX7−95(ura3,his3,trp1,Δerg9::HIS3,HMG2cat/TRP1::rDNA,dpp1,sue)、ALX11−30(ura3,trp1,erg9def25、HMG2cat/TRP1::rDNA,dpp1,sue)を含むが、限定されない。これらは公知であり、米国特許第6,531,303号、第6,689,593号、第7,838,279号、第7,842,497号、ならびに米国特許出願公開第20040249219号および第20110189717号の1つ以上に記載されている。
c.植物および植物細胞
トランスジェニック植物細胞および植物は、シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)の発現用に用いられ得る。発現構築物は、通常は、直接的なDNA移入(例えば、微粒子ボンバードメントおよびプロトプラストへのPEG系の移入)を用い、またアグロバクテリウム系の形質転換によって植物に移入される。発現ベクターは、プロモーターおよびエンハンサー配列、転写終結エレメント、ならびに翻訳調節エレメントを含み得る。発現ベクターおよび形質転換技術は、通常は双子葉宿主(例えばArabidopsisおよびタバコ)および単子葉宿主(例えばトウモロコシおよび米)の間で分かれる。発現に用いられる植物プロモーターの例は、カリフラワーモザイクウィルスプロモーター、ノパリンシンターゼプロモーター、リボース二リン酸カルボキシラーゼプロモーター、ならびにユビキチンおよびUBQ3プロモーターを含む。選択マーカー(例えば、ハイグロマイシン、マンノースリン酸イソメラーゼ、およびネオマイシンホスホトランスフェラーゼ)は、形質転換された細胞の選抜および維持を容易にするために多くの場合に用いられる。形質転換された植物細胞は、細胞、凝集塊(カルス組織)として培養物として維持されるか、または植物体に再生され得る。トランスジェニック植物細胞は、蛋白質を産生するように操作された藻類も含み得る(例えばMayfield et al. (2003) Proc Natl Acad Sci USA 100:438-442参照)。形質転換された植物は、Nicotiana、Solanum、Sorghum、Arabidopsis、Medicago(アルファルファ)、Gossypium(綿)、およびBrassica(セイヨウアブラナ)属から選択される植物を含む。一部の例においては、植物はNicotiana tabacumの種に属し、シトクロムP450および/またはシトクロムP450レダクターゼを過剰発現するベクター(例えば、米国特許出願公開第20090123984号および米国特許第7,906,710号に記載のもの)によって形質転換される。
d.昆虫および昆虫細胞
昆虫および昆虫細胞、特にバキュロウィルス発現系は、シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)を発現するために用いられ得る(例えばMuneta et al. (2003) J. Vet. Med. Sci. 65(2):219-223参照)。昆虫細胞および昆虫の幼虫は、ヘモリンパによる発現を含めて、高レベルの蛋白質を発現し、高等真核生物によって用いられる翻訳後修飾のほとんどが可能である。バキュロウィルスは限定的な宿主範囲を有し、これは安全性を改善して真核生物の発現の規制上の問題を減らす。通常は、発現ベクターは、高レベル発現用のバキュロウィルスのポリヘドリンプロモーターなどのプロモーターを用いる。よく用いられるバキュロウィルス系は、バキュロウィルス、例えばAutographa californica核多角体病ウィルス(AcNPV)およびBombyx mori核多角体病ウィルス(BmNPV)、ならびに昆虫細胞株、例えばSpodoptera frugiperdaに由来するSf9(例えばMizutani and Ohta (1998) Plant Physiology 116:357-367参照)、Pseudaletia unipuncta(A7S)、およびDanaus plexippus(DpN1)を含む。高レベル発現のためには、発現されようとする分子のヌクレオチド配列が、ウィルスのポリヘドリン開始コドンのすぐ下流に融合される。哺乳動物の分泌シグナルは昆虫細胞内において正確にプロセシングされ、発現された蛋白質を培地中に分泌するために用いられ得る。さらに、細胞株のPseudaletia unipuncta(A7S)およびDanaus plexippus(DpN1)は、哺乳動物細胞系に類似のグリコシル化パターンを有する蛋白質を産生する。
昆虫細胞の代替発現系は、安定に形質転換された細胞の使用である。Schnieder2(S2)およびKc細胞(Drosophila melanogaster)ならびにC7細胞(Aedes albopictus)などの細胞株が発現に用いられ得る。Drosophilaのメタロチオネインプロモーターは、カドミウムまたは銅による重金属誘導の存在下において高レベルの発現を誘導するために用いられ得る。発現ベクターは、ネオマイシンおよびハイグロマイシンなどの選択マーカーの使用によって通常は維持される。
e.哺乳動物の発現
哺乳動物発現系は、シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)を発現するために用いられ得、その反応がシンターゼによって触媒されるテルペンを産生するためにも用いられ得る。発現構築物は、ウィルス感染(例えばアデノウィルス)によってまたは直接的なDNA移入(例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、DEAE−デキストラン、ならびにエレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションなどの物理的手段)によって、哺乳動物細胞に移入され得る。哺乳動物細胞用の発現ベクターは、通常は、mRNAキャップ部位、TATAボックス、翻訳開始配列(Kozakコンセンサス配列)、およびポリアデニル化エレメントを含む。かかるベクターは、多くの場合に、高レベル発現用の転写のプロモーター/エンハンサー、例えばSV40プロモーター/エンハンサー、ヒトサイトメガロウィルス(CMV)プロモーター、およびラウス肉腫ウィルス(RSV)の長い末端リピートを含む。それらのプロモーター/エンハンサーは、多くの細胞種において活性である。組織および細胞型のプロモーターおよびエンハンサー領域も、発現用に用いられ得る。例示的なプロモーター/エンハンサー領域は、エラスターゼI、インスリン、免疫グロブリン、マウス乳癌ウィルス、アルブミン、α−フェトプロテイン、α1−アンチトリプシン、βグロビン、ミエリン塩基性蛋白質、ミオシン軽鎖−2、および性腺刺激ホルモン放出ホルモン遺伝子調節などの遺伝子由来のものを含むが、限定されない。選択マーカーが用いられて、発現構築物を有する細胞を選抜および維持し得る。選択マーカー遺伝子の例は、ハイグロマイシンBホスホトランスフェラーゼ、アデノシンデアミナーゼ、キサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ、アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ、およびチミジンキナーゼを含むが、限定されない。細胞表面のシグナル伝達分子(例えばTCR−ζおよびFcεRI−γ)との融合は、細胞表面における活性状態の蛋白質の発現を導き得る。
多くの細胞株が、哺乳動物における発現用に利用可能であり、マウス、ラット、ヒト、サル、およびニワトリおよびハムスター細胞を含む。例示的な細胞株は、BHK(すなわちBHK−21細胞)、293−F、CHO、CHO Express(CHOX、Excellgene社)、Balb/3T3、HeLa、MT2、マウスNSO(非分泌型)、および他のミエローマ細胞株、ハイブリドーマおよびヘテロハイブリドーマ細胞株、リンパ球、線維芽細胞、Sp2/0、COS、NIH3T3、HEK293、293S、293T、2B8、ならびにHKB細胞を含むが、限定されない。血清不含培地に適合した細胞株も利用可能であり、細胞培地からの分泌蛋白質の精製を容易にする。1つのかかる例は、血清不含EBNA−1細胞株である(Pham et al. (2003) Biotechnol. Bioeng. 84:332−42)。
f.例示的な宿主細胞
本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチド(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、またはシトクロムP450レダクターゼ)の発現用の例示的な宿主細胞は、原核および真核細胞を含む。通常は、宿主細胞は非環式のピロホスファートのテルペン前駆体を産生する。例えば、宿主細胞はファルネシル二リン酸を産生する。一部の例においては、宿主細胞は、FPPをメバロン酸依存性のイソプレノイド生合成経路(例えば、酵母細胞を含む真菌、および動物細胞)またはメバロン酸非依存性のイソプレノイド生合成経路(例えば細菌および高等植物)の一部として産生する細胞株であり得る。一部の例においては、宿主細胞はファルネシル二リン酸を天然に産生する。別の例においては、宿主細胞は、改変されていない細胞と比較してより多くのファルネシル二リン酸を産生するように改変される。例示的な宿主細胞は細菌、酵母、昆虫、植物、および哺乳動物細胞を含む。特定の例においては、宿主細胞は酵母細胞である。例えば、酵母細胞はSaccharomyces属細胞、例えばSaccharomyces cerevisiae細胞である。別の例においては酵母細胞はPichia属細胞、例えばPichia pastoris細胞である。別の具体的な例においては、宿主細胞は大腸菌細胞である。
特定の例においては、宿主細胞は、FPPを過剰発現するように改変されている。かかる細胞の例は改変された酵母細胞である。例えば、より少ないスクアレンシンターゼまたはより少なく活性なスクアレンシンターゼを産生するように改変された酵母細胞(例えばerg9変異体。例えば米国特許第6,531,303号および第6,689,593号参照)は、本明細書において提供される方法において、ラブデンジオール(labdenediol)二リン酸を産生するために有用である。減少したスクアレンシンターゼ活性は、野生型酵母細胞と比較してより高レベルの宿主細胞内におけるFPPの蓄積をもたらす。例示的な改変された酵母細胞は、改変されたSaccharomyces cerevisiae株YPH499(MATa,ura3−52,lys2−801,ade2−101,trp1−Δ63,his3−Δ200,leu2−Δ1)、WAT11(MATa,ade2−1,his3−11,−15;leu2−3,−112,ura3−1,canR,cyr+。染色体にインテグレーションされたArabidopsisのNADPH依存性P450レダクターゼATR1を含有する。Pompon et al. (1995) Toxicol Lett 82-83:815-822、Ro et al. (2005) Proc Natl Acad Sci USA 102:8060-8065参照)、およびBY4741(MATa,his3Δ1,leu2Δ0,met15Δ0,ura3Δ0。ATCC#201388)を含むが、限定されない。本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドの発現用のかかる宿主細胞の使用は、前駆体FPPの増大した収量を可能にし、したがってサンタレンおよびベルガモテンの増大した収量を可能にする。
本明細書においては、本明細書において提供される任意のシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞が提供される。本明細書においては、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞が提供される。一部の例においては、宿主細胞は、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。別の例においては、宿主細胞は、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列を有する。別の例においては、宿主細胞は核酸を含有し、これは、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする。さらに別の例においては、宿主細胞は、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有するシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸を含有する。
本明細書においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞が提供される。一部の例においては、宿主細胞はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号3、68、69、70、または71のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。別の例においては、宿主細胞はシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号3、68、69、70、または71のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列を有する。別の例においては、宿主細胞は核酸を含有し、これが配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする。さらに別の例においては、宿主細胞は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸を含有し、これが少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を、配列番号7、74、75、76、または77のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して有する。
本明細書においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞が提供される。一部の例においては、宿主細胞はシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号2、4、5、または67のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。別の例においては、宿主細胞はシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号2、4、5、または67のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列を有する。別の例においては、宿主細胞は核酸を含有し、これが配列番号6、8、9、または73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする。さらに別の例においては、宿主細胞は、配列番号6、8、9、もしくは73のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸を含有する。
一部の例においては、シトクロムP450またはその触媒活性断片を含有する本明細書において提供される宿主細胞の任意のものは、さらにテルペンシンターゼを含有し得る。本明細書においては、シトクロムP450またはその触媒活性断片とテルペンシンターゼとを含有する宿主細胞が提供される。かかる例においては、テルペンシンターゼはサンタレンシンターゼであり得る。例えば、テルペンシンターゼは、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するサンタレンシンターゼ、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するサンタレンシンターゼ、または、サンタレンシンターゼをコードする核酸分子である。コードする核酸分子は、配列番号16、59、もしくは60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列、またはサンタレンシンターゼをコードする核酸分子を有する。核酸分子は、少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性の割合を、配列番号16、59、または60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して有する。
本明細書においては宿主細胞が提供され、これが、シトクロムP450またはその触媒活性断片と、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するサンタレンシンターゼ、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するサンタレンシンターゼ、または、サンタレンシンターゼをコードする核酸分子とを含有する。核酸分子は、配列番号16、59、もしくは60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列、またはサンタレンシンターゼをコードする核酸分子を有する。核酸分子は、少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性の割合を、配列番号16、59、または60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して有する。かかる例においては、シトクロムP450またはその触媒活性断片はシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片であり、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。または、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片であり、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列、または、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子、または、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性の割合を有するシトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子を有する。
一例においては、本明細書において、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片とサンタレンシンターゼとを含有する宿主細胞が提供される。別の例においては、本明細書において、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片とサンタレンシンターゼとを含有する宿主細胞が提供される。さらに別の例においては、本明細書において、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片とサンタレンシンターゼとを含有する宿主細胞が提供される。
さらに、本明細書においては、シトクロムP450またはその触媒活性断片とテルペンシンターゼとを含有し、さらにシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞が提供される。かかる例において、テルペンシンターゼはサンタレンシンターゼであり得る。例えば、テルペンシンターゼは、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するサンタレンシンターゼ、または配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するサンタレンシンターゼ、またはサンタレンシンターゼをコードする核酸分子である。核酸分子は、配列番号16、59、または60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列、またはサンタレンシンターゼをコードする核酸分子を有する。核酸分子は、少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性の割合を、配列番号16、59、または60のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して有する。かかる例において、シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片はシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片であり、配列番号10または11のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。または、シトクロムP450レダクターゼもしくはその触媒活性断片であり、配列番号10もしくは11のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列、または、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子、または、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有するシトクロムP450レダクターゼもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子を有する。かかる例においては、シトクロムP450またはその触媒活性断片は、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片であり、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。または、シトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片であり、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列、または、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子、または、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有するシトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子を有する。
一例においては、本明細書において宿主細胞が提供され、これがシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片、サンタレンシンターゼ、およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。別の例においては、本明細書において宿主細胞が提供され、これがシトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片、サンタレンシンターゼ、およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。さらに別の例においては、本明細書において宿主細胞が提供され、これがシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片、サンタレンシンターゼ、およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。
本明細書においては、シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞が提供される。一部の例においては、宿主細胞はシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号10または11のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。別の例においては、宿主細胞はシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有し、配列番号10または11のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列を有する。別の例においては、宿主細胞は、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸を含有する。さらに別の例においては、宿主細胞は、配列番号12〜15のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性の割合を有するシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸を含有する。
一部の例においては、シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する宿主細胞は、シトクロムP450またはその触媒活性断片をさらに含む。例えば、本明細書においては、シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片とシトクロムP450またはその触媒活性断片とを含有する宿主細胞が提供される。かかる例においては、シトクロムP450またはその触媒活性断片はシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片であり、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列を有する。または、シトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片であり、配列番号1〜5および67〜72のいずれか1つに記載のヌクレオチドの配列に対して少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性の割合を有する核酸の配列、または、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を有するシトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子、または、配列番号6〜9、50、および73〜78のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列に対して、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性の割合を有するシトクロムP450ポリペプチドもしくはその触媒活性断片をコードする核酸分子を有する。
一例においては、本明細書において宿主細胞が提供され、これは、シトクロムP450ポリペプチドまたはその触媒活性断片およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。別の例においては、本明細書において宿主細胞が提供され、これは、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはその触媒活性断片およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。さらに別の例においては、本明細書において宿主細胞が提供され、これは、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼまたはその触媒活性断片およびシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片を含有する。
5.精製
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)の宿主細胞からの精製の方法は、選ばれる宿主細胞および発現系に左右される。分泌される分子の場合は、蛋白質は通常は細胞を除去した後の培地から精製される。細胞内発現では、細胞が溶解されて、蛋白質は抽出物から精製され得る。トランスジェニック生物(例えばトランスジェニック植物および動物)が発現用に用いられるときには、組織または器官が、溶解細胞抽出物を作るための出発物質として用いられ得る。さらに、トランスジェニック動物による産生は乳または卵中のポリペプチドの産生を含み得る。これは回収され得て、蛋白質が当分野の標準的な方法を用いて適宜抽出およびさらに精製され得る。
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)は、当分野において公知の標準的な蛋白質精製技術を用いて精製され得る。それらは、SDS−PAGE、サイズ分画およびサイズ排除クロマトグラフィー、硫安沈殿、キレートクロマトグラフィー、ならびにイオン交換クロマトグラフィーを含むが、限定されない。また、発現構築物は、アフィニティータグ、例えばmycエピトープ、GST融合、またはHisを付加するように操作され、それぞれmyc抗体、グルタチオン樹脂、およびNi樹脂によってアフィニティー精製されて蛋白質になり得る。純度は当分野において公知の任意の方法によって評価され得、ゲル電気泳動および染色ならびに分光光度測定技術を含む。
6.融合蛋白質
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼ(シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを含む)ならびに1つ以上の他のポリペプチドを含有する融合蛋白質も提供される。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと別のポリペプチドとの連結は、直接的にまたはリンカーを介して間接的に実施され得る。一例においては、連結は、ヘテロ二官能性物質またはチオール結合もしくは他のかかる結合などの化学結合であり得る。融合は組み換え的な手法によっても実施され得る。シトクロムP450またはシトクロムP450レダクターゼ(例えばシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド)と別のポリペプチドとの融合は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチド、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチド、およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドのNまたはC末端であり得る。
融合蛋白質は、標準的な組み換え技術によって産生され得る。例えば、別々のポリペプチド配列をコードする複数DNA断片が、従来技術に従ってインフレームで1つにライゲーションされ得る。これは、例えば、平滑または突出末端をライゲーションに用いること、適切な末端を可能にするための制限酵素消化、適宜の粘着末端のフィルイン、望ましくない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的なライゲーションによる。別の実施形態においては、融合遺伝子は、自動DNA合成機を含む従来技術によって合成され得る。または、遺伝子断片のPCR増幅が、2つの連続した遺伝子断片間に相補的なオーバーハングを生ずるアンカープライマーを用いて実施され、それらが次にアニーリングおよび再増幅されてキメラ遺伝子配列を生じ得る(例えばAusubel et al. (eds.) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, 1992参照)。さらに、融合部分(例えばGSTポリペプチド)を既にコードしている多くの発現ベクターが市販されている。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸は、融合部分がインフレームでシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ蛋白質に連結されるように、かかる発現ベクターにクローニングされ得る。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸は、融合部分がインフレームでシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ蛋白質に連結されるように、かかる発現ベクターにクローニングされ得る。一部の例においては、シトクロムP450ポリペプチドをコードする核酸は、シトクロムP450がインフレームでサンタレンシンターゼポリペプチドをコードする核酸に連結されるように、かかる発現ベクターにクローニングされ得る。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンオキシダーゼポリペプチドをコードする核酸は、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼまたはベルガモテンオキシダーゼがインフレームでサンタレンシンターゼポリペプチドをコードする核酸に連結されるように、かかる発現ベクターにクローニングされ得る。シトクロムP450およびサンタレンシンターゼは、リンカー無しで直接的に連結され得、またはリンカーによってインフレームで間接的に連結され得る。
G.テルペノイドを産生するための方法、ならびにかかる産物とシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性とを検出するための方法
本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドは、テルペノイド(モノテルペノイド、セスキテルペノイド、およびジテルペノイドを含む)を任意の適当なテルペン基質(モノテルペン、セスキテルペン、およびジテルペンを含む)から産生するために用いられ得、それらの能力について評価され得る。通常は、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、サンタロールをサンタレンから産生し、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、ベルガモトールをベルガモテンから産生する。当業者に公知の任意の方法が用いられて、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドによって触媒されるテルペノイドを産生し得る。テルペン基質からのテルペノイドの生成を触媒する本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドの能力は、それらの方法を用いて評価され得る。テルペノイド産物はGC−MSによって分析され、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンのマッチに基づいて同定され得る(例えば下記の実施例6に記載のもの)。
本明細書において提供されるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドは、2個の電子をNADPHから任意の適当な電子受容体(シトクロムP450、シトクロムc、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、およびスクアレンエポキシダーゼを含む)に伝達するために用いられ得、それらの能力について評価され得る。
シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチド(例えば、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼ、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼ)の他の活性および特性も、当分野において周知の方法および試験を用いて評価され得る。シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性とテルペノイドの生成を触媒するそれらの能力とを評価することに加えて、反応の速度論、増大した基質特異性、変更された基質利用、および/または変更された産物の分布(別のシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドと比較したもの)が、当分野において周知の方法を用いて評価され得る。例えば、本明細書において提供されるサンタレンオキシダーゼおよびベルガモテンオキシダーゼポリペプチドによって産生されるテルペノイドの量および種類は、実施例6に記載されたものなどのガスクロマトグラフィー法(例えばGC−MS)によって評価され得、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーのMS断片化パターンと比較され得る(実施例6参照)。産物は、真正品のビャクダン油の化合物との比較によっても同定され得る。
以下には、サンタロール((Z)−α−サンタロール、(E)−α−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、および(E)−epi−β−サンタロールを含む)ならびに(E)−α−trans−ベルガモトールおよび(Z)−α−trans−ベルガモトールの産生のための方法が記載され、サンタロールおよびベルガモトールの産生が、本明細書において提供されるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドによって触媒される。さらに、本明細書においては、本明細書において提供されるシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性を評価するための方法が記載される。
1.サンタロールおよびベルガモトールの合成
本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドが用いられて、テルペン基質のサンタレンおよびベルガモテンからのサンタロールおよびベルガモトールの生成を触媒し得る。一部の例においては、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼが、サンタレンシンターゼおよびFPPを産生または過剰発現する細胞によって発現されて、サンタロールが産生されるようになる(本明細書の別の箇所で説明される)。別の例においては、シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼが、サンタレンシンターゼを産生または過剰発現する細胞によって発現されて、ベルガモトールが産生されるようになる(本明細書の別の箇所で説明される)。別の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、任意の適当な宿主細胞(例えばE節に記載の任意のもの)から発現および精製される。精製されたシトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、次にインビトロにおいてサンタレンおよびベルガモテンと組み合わされて、サンタロールおよびベルガモトールを産生する。
a.サンタレンおよびベルガモテンの酸化
一部の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、上記E節に記載のように、過剰発現されて精製される。シトクロムP450サンタレンオキシダーゼは、次に、1つ以上のテルペン基質(α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、および/またはα−trans−ベルガモテンを含む)と一緒にインキュベーションされて、α−サンタロール、β−サンタロール、およびepi−β−サンタロール、ならびにα−trans−ベルガモトール(例えば、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトール)の1つ以上が産生される。または、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドは、テルペン基質(α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、および/またはα−trans−ベルガモテンを含む)も産生する宿主細胞によって発現されて、α−サンタロール、β−サンタロール、およびepi−β−サンタロール、ならびにα−trans−ベルガモトール(例えば、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、および(E)−α−trans−ベルガモトール)の1つ以上の産生をもたらす。サンタロールおよびベルガモトールの産生ならびに産物の量の定量が、次に、本明細書において提供される任意の方法(例えば、ガスクロマトグラフィー質量分析(例えばGC−MS)、ガスクロマトグラフィー・水素炎イオン化型検出(GC−FID)、および液体クロマトグラフィー質量分析(LC−MS))を用いて特定される。質量分析パターンは、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーのMS断片化パターン(例えば実施例6に記載)、または、ビャクダン油中の公知のテルペノイドとの比較によって比較され得る。
別の例においては、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、上記のE節に記載のように過剰発現および精製される。シトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼは、次に1つ以上のテルペン基質(α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、および/またはα−trans−ベルガモテンを含む)と一緒にインキュベーションされて、(E)−α−trans−ベルガモトールまたは(Z)−α−trans−ベルガモトールの1つ以上が産生される。一部の例においては、少量のα−サンタロール、β−サンタロールおよび/またはepi−β−サンタロールも産生される。または、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、テルペン基質(α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、および/またはα−trans−ベルガモテンを含む)も産生する宿主細胞によって発現されて、(E)−α−trans−ベルガモトールまたは(Z)−α−trans−ベルガモトールの産生をもたらす。一部の例においては、少量のα−サンタロール、β−サンタロール、および/またはepi−β−サンタロールも産生される。ベルガモトールの産生および産物の量の定量が、次に、本明細書に記載される任意の方法(例えば、ガスクロマトグラフィー質量分析(例えばGC−MS)、ガスクロマトグラフィー・水素炎イオン化型検出(GC−FID)、および液体クロマトグラフィー質量分析(LC−MS))を用いて特定される。質量分析パターンは、実施例6に記載などのように、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーのMS断片化パターンに対して、またはビャクダン油中の公知のテルペノイドとの比較によって比較され得る。
b.非環式のピロホスファートのテルペン前駆体の変換
一部の例においては、テルペノイドは、生合成的に非環式のピロホスファートのテルペン前駆体(例えばゲラニルピロリン酸、ファルネシルピロリン酸、およびゲラニルゲラニルピロリン酸)から生成し得、これは、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体およびテルペンシンターゼを産生する宿主細胞内におけるシトクロムP450モノオキシゲナーゼの発現による。好適な宿主細胞は上記E節に記載されている。一例においては、サンタロールおよびベルガモトールが、FPPおよびサンタレンシンターゼを産生する宿主細胞によるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼの発現によって、生合成的に生成する(実施例10参照)。別の例においては、ベルガモトールが、FPPおよびサンタレンシンターゼを産生する宿主細胞によるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼの発現によって、生合成的に生成する(実施例10参照)。サンタロールおよびベルガモトールの産生ならびに産物の量の定量が、次に、本明細書に記載される任意の方法(例えば、ガスクロマトグラフィー質量分析(例えばGC−MS)、ガスクロマトグラフィー・水素炎イオン化型検出(GC−FID)、および液体クロマトグラフィー質量分析(LC−MS))を用いて特定される。質量分析パターンは、例えば実施例6に記載のNISTおよびWileyライブラリーのエントリーのMS断片化パターンに対して、またはビャクダン油中の公知のテルペノイドとの比較によって、比較され得る。
別の例においては、テルペノイドは、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体から、1)非環式のピロホスファートのテルペン前駆体をテルペンシンターゼと一緒にインキュベーションし、2)反応産物をシトクロムP450モノオキシゲナーゼ一緒にインキュベーションすることによって生成し得る。一部の例においては、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体とテルペンシンターゼとの反応産物は単離される。別の例においては、シトクロムP450モノオキシゲナーゼが、事前の精製なしの第1の反応混合物に対して直接添加される。2つのステップは、同時にまたは連続的に実施され得る。反応によって産生されるテルペノイドは、本明細書において提供される任意の方法(例えば、ガスクロマトグラフィー質量分析(例えばGC−MS)、ガスクロマトグラフィー・水素炎イオン化型検出(GC−FID)、および液体クロマトグラフィー質量分析(LC−MS))を用いて同定および定量され得る。質量分析パターンは、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーのMS断片化パターンと(例えば実施例6に記載)、または、ビャクダン油中の公知のテルペノイドとの比較によって比較され得る。
2.産生のための方法
a.例示的な細胞
サンタロールおよびベルガモトールは、本明細書において提供されるシトクロムP450シンターゼポリペプチドおよび/またはシトクロムP450レダクターゼポリペプチドを、メバロン酸依存性のイソプレノイド生合成経路(例えば、酵母細胞を含む真菌および動物細胞)またはメバロン酸非依存性のイソプレノイド生合成経路(例えば細菌および高等植物)の一部としてFPPを産生する細胞株によって発現することによって産生され得る。特定の例においては、サンタロールは、本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼポリペプチドとサンタレンシンターゼポリペプチドとを、FPPを過剰産生するように改変された細胞株によって発現することによって産生される。別の例においては、ベルガモトールが、本明細書において提供されるシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドとサンタレンシンターゼポリペプチドとを、FPPを過剰産生するように改変された細胞株によって発現することによって産生される。かかる細胞の例は、改変された酵母細胞である。例えば、より少ないスクアレンシンターゼまたはより少なく活性なスクアレンシンターゼを産生するように改変された酵母細胞(例えばerg9変異体。例えば米国特許第6,531,303号および第6,689,593号参照)は、本明細書において提供される方法において、ラブデンジオール(labdenediol)二リン酸を産生するために有用である。減少したスクアレンシンターゼ活性は、野生型酵母細胞と比較してより高レベルの宿主細胞内におけるFPPの蓄積をもたらし、したがってサンタレンおよびベルガモテンの増大した収量を可能にする。例示的な改変された酵母細胞は、改変されたSaccharomyces cerevisiae株YPH499(MATa,ura3−52,lys2−801,ade2−101,trp1−Δ63,his3−Δ200,leu2−Δ1)、WAT11(MATa,ade2−1,his3−11,−15;leu2−3,−112,ura3−1,canR,cyr+。染色体インテグレーションされたArabidopsisのNADPH依存性P450レダクターゼATR1を含有する。Pompon et al. (1995) Toxicol Lett 82-83:815-822、Ro et al. (2005) Proc Natl Acad Sci USA 102:8060-8065参照)、およびBY4741(MATa,his3Δ1,leu2Δ0,met15Δ0,ura3Δ0。ATCC#201388)を含むが、限定されない。
b.細胞の培養
例示的な方法においては、本明細書において提供されるシトクロムP450は、ファルネシル二リン酸およびサンタレンシンターゼを過剰発現するように改変された宿主細胞株によって発現される。それによって、シトクロムP450の発現によって、ファルネシル二リン酸がサンタロールおよびベルガモトールに変換される。別の例示的な方法においては、本明細書において提供されるシトクロムP450とサンタレンシンターゼとが、ファルネシル二リン酸を過剰発現するように改変された宿主細胞株によって発現される。それによって、両方の蛋白質の発現によって、ファルネシル二リン酸がサンタロールまたはベルガモトールに変換される。シトクロムP450およびサンタレンシンターゼは、別々に、または本明細書の別の箇所に記載の融合蛋白質として一緒に発現され得る。シトクロムP450およびサンタレンシンターゼは、同時にまたは連続的に発現され得る。宿主細胞は、当分野において周知の任意の適当な方法を用いて培養される。一部の例においては、例えば種々のシトクロムP450を発現する細胞のハイスループットスクリーニングのために、シトクロムP450を発現する細胞が96ウェルプレートの各ウェル中で培養される。宿主細胞が酵母である別の例においては、シトクロムP450ポリペプチド、サンタレンシンターゼ、およびFPPを発現する細胞が、下記などの発酵法を用いて培養される。
種々の発酵法が、本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドを発現する酵母細胞からのサンタロールおよびベルガモトールの産生のために用いられ得る。例えば、大規模産生はバッチまたは連続発酵によって実施され得る。従来のバッチ発酵は閉鎖系であり、培地の組成は発酵の最初に設定され、発酵中には人為的変更を受けない。したがって、発酵の最初に培地は所望の微生物または複数の微生物を接種され、発酵は栄養素のさらなる添加無しに起こるに任される。通常は、バッチ発酵における炭素源の濃度は限られており、pHおよび酸素濃度などの因子が制御される。バッチシステムにおいては、システムの代謝物およびバイオマスの組成は発酵が停止する時まで常に変化する。バッチ培養液中においては、細胞は通常は不活発な誘導期から盛んな増殖の対数期へ、そして最後に静止期へと移って行き、そこで増殖速度が落ちるか停止する。未処理の場合は、静止期の細胞は最終的に死滅する。
標準的なバッチシステムのバリエーションは流加システムであり、これは通常のバッチシステムと同様だが、ただし発酵が進むに連れて栄養素が添加される。流加システムは、カタボライト抑制が細胞の代謝を阻害しがちなとき、限られた量の基質を培地中に有することが望ましい場合に有用である。さらに、栄養素をフィードする能力は、多くの場合には、バッチ発酵プロセスと比較して流加発酵プロセスにおけるより高い細胞密度をもたらす。pH、溶存酸素、栄養素濃度、および廃ガス(例えばCO)分圧などの因子は、流加発酵においては通常は測定および制御される。
サンタロールまたはベルガモトールの産生は、連続発酵によっても達成され得る。連続発酵は開放系であり、所定の発酵培地が連続的にバイオリアクターに添加され、等量のコンディション培地が処理のために同時に取り出される。この系は、通常は培養液を一定の高密度に維持し、細胞は主に増殖のそれらの対数期にある。連続発酵は、細胞増殖または最終産物濃度に影響する因子の任意の個数の調整を可能にする。例えば、1つの方法は、制限栄養素(例えば炭素源または窒素レベル)を固定した比率に維持し、全ての他のパラメータを落ち着かせる。他の系においては、増殖に影響する多数の因子が連続的に変更され得、一方で細胞濃度(培地の濁度によって測定される)は一定に保たれる。連続系は定常状態の増殖条件を維持することを狙っており、したがって培地の取り出しによる細胞の減少は発酵中の細胞増殖速度と釣り合っていなければならない。連続的な発酵プロセスのために栄養素および増殖因子を調整する方法ならびに産物生成速度を最大化する技術は、当分野において周知である。
細胞培養後に、細胞培地が回収されて、産生されたサンタロールおよびベルガモトールを得る。
c.単離ならびに検出および同定のための試験
本明細書において提供されるシトクロムP450ポリペプチドによって上記方法を用いて産生されたサンタロールおよびベルガモトールは、当分野において公知の任意の方法によって単離および評価され得る。一例においては、細胞培地が有機溶媒によって抽出されて、産生された任意のテルペンまたはテルペノイドを有機層に分離する。当分野において公知の任意の方法(例えば、ガスクロマトグラフィーまたはカラムクロマトグラフィー)によって、サンタロールおよび/もしくはベルガモトールの産生は評価され得、ならびに/またはサンタロールおよび/もしくはベルガモトールは他の産物から単離され得る。例えば、有機層はGC−MSによって分析され得る。
産生されるサンタロールおよび/またはベルガモトールの量は、有機化合物を分離および分析するために有用な、任意の公知の標準的なクロマトグラフィー技術によって特定され得る。例えば、サンタロールおよび/またはベルガモトールの産生は、炭化水素(例えば、サンタロールおよび/またはベルガモトールならびに他のテルペノイド)の検出および定量に有用な任意の公知のクロマトグラフィー技術によって試験され得、これはガスクロマトグラフィー質量分析(GC−MS)、水素炎イオン化型検出器を用いるガスクロマトグラフィー(GC−FID)、キャピラリーGC−MS、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびカラムクロマトグラフィーを含むが、限定されない。通常は、それらの技術は、産生されるテルペノイドの量を定量するために用いられる公知の国際標準の存在下において実施される。例えば、セスキテルペノイドを含むテルペノイド(例えばサンタロールおよび/またはベルガモトール)は、ガスクロマトグラフィーと質量分析検出によって、真正品の標準のものに対する保持時間および質量スペクトルの比較によって同定され得る。通常の標準はサンタロールおよび/またはベルガモトールを含むが、これらに限定されない。別の例においては、定量は、ガスクロマトグラフィーと水素炎イオン化型検出によって、真正品の標準の既知の量による校正曲線、および内部標準のピーク面積に対する正規化に基づいて達成され得る。それらのクロマトグラフィー技術は、有機層中に存在する任意のテルペン(例えば、シトクロムP450によって産生される他のテルペノイドも含む)の同定を可能にする。
一部の例においては、サンタロールおよび/またはベルガモトール産生の速度論はシンターゼ試験によって特定され得、放射性のイソプレノイド基質(例えばH−FPPまたは14C−FPP)が種々の濃度のシンターゼと一緒に用いられる。産物は有機層によって抽出され、放射能が液体シンチレーションカウンターを用いて測定された。速度定数は、データへのミカエリス・メンテンの式の直接的な当てはめによって特定される。
3.ビャクダン油の産生
本明細書において提供されるシトクロムP450サンタレンオキシダーゼおよびシトクロムP450ベルガモテンオキシダーゼポリペプチドは、ビャクダン油を産生するために用いられ得る。例えば、シトクロムP450サンタレンオキシダーゼが、サンタレンシンターゼを産生または過剰発現する細胞によって発現されて、サンタロールおよびベルガモトール(α−サンタロール、β−サンタロール、およびepi−β−サンタロール、ならびにZ−α−trans−ベルガモトールを含む)が産生されるようにできる(本明細書の別の箇所で説明される)。テルペノイド産物は、例えば実施例8に記載のGC−MS分析によって、S. album由来の真正品のビャクダン油中に見いだされるものと比較され得る。
4.シトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの酵素活性を検出するための試験
a.シトクロムP450ポリペプチドの活性を測定するための方法
当業者は、シトクロムP450ポリペプチドの酵素活性を検出するための方法および試験に精通している。シトクロムP450ポリペプチドは、酵母によって発現され得るか、またはミクロソーム膜画分から精製され得る。シトクロムP450モノオキシゲナーゼ活性は、インビトロにおいて、シトクロムP450ポリペプチドと種々のモノテルペン、セスキテルペン、およびジテルペン基質とのインキュベーションによって特定され得る(実施例11に記載)。反応産物は、産物の比も含めて、当業者に公知の任意の方法(GC−MS、GC−FID、LC−MS、既知の標準との比較、ならびにプロトンおよび炭素の核磁気共鳴法(NMR)を含む)によって特定され得る。または、活性は、シトクロムP450の酵母培養物に対するテルペン基質の添加および上記のように産物を同定することによって、インビボにおいて特定され得る。ミクロソームの全P450含量はCO差分吸収分光法によって定量され得る(Guengerich et al. (2009) Nat Protoc 4:1245-1251および実施例8参照)。
酵素的な速度論は、インビトロにおいてNADPHおよびCPRの存在下において特定され得る。かかる試験においては、CPRは限られた量でふくまれる(例えば、酵素活性の特定では0.1U、特定、相対活性および速度論的パラメータでは5ミリユニット)。試験は様々な基質濃度に渡って実施され得、産物生成がGC−MSによって特定され得る。テルペンを直接的に酵母培養物に添加する。
b.シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの活性を測定するための方法
当業者は、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの酵素活性を検出するための方法および試験に精通している。一例においては、CPR活性は、C4H(桂皮酸4−ヒドロキシラーゼ)の活性を検出する試験を用いて特定され得る。これは例えばRo et al. (2001) Plant Physiology 126:317-329に記載されている。C4Hはヘムチオレート蛋白質であり、桂皮酸からのp−クマル酸の生成を触媒する。この試験は、C4Hの存在下において、酵母細胞によるシトクロムP450レダクターゼの発現によってインビボで用いられ得る(Ro et al. (2002) Plant Physiology 130:1837-1851も参照)。C4H活性は、HPLCによるp−クマル酸の生成の検出によって特定される(Mizutani et al. (1993) Plant Cell Physiology 34:481-488)。
CPR活性をインビトロで評価するために、CPRは酵母ミクロソーム画分(例えばPompon et al. (1996) Methods Enzymol 272:51-64)および下記の実施例8に記載されているもの)から精製され得る。ミクロソーム中の全P450含量はCO差分吸収分光法によって定量され得る(Omura and Sato (1964) J Biol Chem 239:2370-2378、Mizutani and Ohta (1998) Plant Physiology 116:357-367)。FADおよびFMNの含量はFaeder and Siegel (1973) Anal Biochem 53:332-336に記載のように特定され得る。インビトロのCPR活性は当業者に公知の種々の試験によって試験され得る。例えば、活性は上記のC4H試験を用いて特定され得る。別の例においては、活性は、人工の電子受容体(例えばシトクロムcまたは酸化型フェリシアニド)の還元を測定することによって特定される(Xia et al. (2011) J Biol Chem 286:16246-16260、Hamdane et al. (2009) J Biol Chem 284:11374-11384、Shen et al. (1989) J Biol Chem 264:7584-7589)。還元型シトクロムcの生成は、分光光度計を用いて、吸光係数(Σ=21mM−1cm−1)を用いてA550の変化から還元速度を計算することによって測定される(Imai (1976) J Biochem 80:267-276)。CPRを検出するために用いられる別の試験は、P450−2B4再構成系のエトキシクマリンO−デエチラーゼ活性レポーター試験である(Louerat-Orieu et al (1998) Eur J Biochem 258:1040-1049)。
シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの細胞内の膜局在部位(例えば、CPRがERに局在するか葉緑体に局在するか)は、カリフラワーモザイクウィルス35Sプロモーターの制御下で、Arabidopsis中において、GFPがそのC末端に融合したCPRを発現することによって特定され得る(Ro et al. (2002) Plant Physiology 130:1837-1851参照)。別々に形質転換されたT1およびT2の苗が、次にGFPの存在について、蛍光顕微鏡法および共焦点顕微鏡法によって(Ro et al. (2002) Plant Physiology 130:1837-1851参照)または苗のミクロソーム蛋白質のイミュノブロット分析によってスクリーニングされた。GFP−CPR融合物中のCPRの機能性は、C4H試験を用いて証明され得る。
G.実施例
以下の実施例は単に例示の目的で含まれており、発明の範囲を限定することは意図されていない。
実施例1
Santalum albumのcDNAのクローニングおよびシーケンシング
本実施例においては、RNAがビャクダン樹の木材試料から抽出された。cDNAが作製され、シーケンシングされた。
A.S. albumのRNAの単離および抽出
いくつかの25mmの穴が、西オーストラリア州の林産物委員会によって管理されている土地で生育するSantalum album成木の下部幹に穿孔された。心材−辺材移行ゾーンの木材試料が集められ、液体窒素中で直ちに凍結された。RNAが、Kolosova et al., (2004) BioTechniques 36:821-824から改変されたプロトコールを用いて10gの組織から抽出された。LiClによる沈殿後に、RNAは−80℃においてcDNA合成まで保存された。
B.S. albumのcDNAライブラリーの作製
S. album木部の全RNA(1.4μg)が、スーパースクリプトIII逆転写酵素(インビトロジェン)によって、1時間42℃において逆転写された。SMART-CreatorキットとpDNR−LIBベクター(クロンテック、配列番号20)を用いた。ライゲーション混合物が、エレクトロポレーションによって25μLのファージ耐性エレクトロコンピテント大腸菌細胞に形質転換され、ゲノムサイエンスセンター(バンクーバー、カナダ)においてSangerシーケンシングされた。
C.454PyrシーケンシングおよびSangerシーケンシング
Santalum albumの心材に由来する2つのcDNAライブラリーが調製され、サンガー技術によってシーケンシングされて、11,520個のペアエンド配列を生成した。1プレートの454チタニウムシーケンシングが両方のライブラリーについて行われ、902,111個のリードを生成した。アセンブリは、454およびサンガー配列を用い、Newblerアセンブラーv2.6(454 Life Sciences社、ロシュダイアグノスティックス社)によって、デフォルトのパラメータで実施された。これは31,461個のコンティグ(isotig)を生成した。
実施例2
S. albumのシトクロムP450ポリペプチドをコードする核酸の同定
シトクロムP450をコードする遺伝子が、BLASTx検索(blast.ncbi.nlm.nih.gov。Altschul et al. (1990) J Mol Biol 215:403-410)を用い、P450蛋白質のCYP76ファミリーの一連の公知の植物のP450をコードする遺伝子とアセンブリされた配列(実施例1から)とを比較することによって同定された。
下記の表4は、BLASTx検索(blast.ncbi.nlm.nih.gov。Altschul et al. (1990) J Mol Biol 215:403-410)によって同定された7つのisotigの概要を提供しており、isotig、最小のE値、P450データベースのマッチの遺伝子ID、CYP450ファミリー、およびリード数を含む。E値(期待値)は、当該スコアを有するランダムに存在すると予想されるマッチの数を表す。通常は、E値が小さいほど、マッチは有意である可能性が高い。
このファミリーの転写物はESTデータベース中に最も豊富であった。これらは4種類のグループにクラスター化する。グループ1は3つのisotig(表4の1〜3番)に相当し、合計2,143個のリードが1,107個のユニークな配列を含み、1530bpのオープンリーディングフレーム(ORF)を有する1917塩基対(bp)の最終的なアセンブリされた配列を生成する。グループ2は2つのisotig(表4の4〜5番)に相当する。これは228個のリードを有し、140個のユニークなリードが1776bpのアセンブリされた配列および1530bpのORFを生成した。グループ3(表7の6番)は11個のリードに相当し、1200bpの部分配列を生成した。グループ4(表7の7番)は、いくつかのストップコドンを配列中に有する277bpのシングルトンである。
実施例3
シトクロムP450をコードするcDNAの単離
実施例2において同定されたCYP76ファミリーのグループ1およびグループ2のcDNA分子(上記表の1〜5番)が、cDNA単離用に選択された。
A.CYP76ファミリーの一員のクローニング
全長cDNA分子が、実施例1に記載のように調製されたS. albumのcDNA(配列番号1に記載)の、PhusionホットスタートII−DNAポリメラーゼ(Thermo Scientific社)によるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅された。グループ1およびグループ2のORFに従って設計された遺伝子特異的プライマーを用いた(下記の表5に記載)。PCR条件は次の通りであり、
98℃で3min
2サイクル:98℃(10秒)、Tm−2℃(20秒)、72℃(30秒)
30サイクル:98℃(10秒)、Tm(20秒)、72℃(30秒)
最終伸長:72℃(7分)
Isogroup1のTmは55℃、Isogroup2のTmは52℃であった。PCR産物はゲル精製され、製造者の説明書に従ってpJET1.2ベクター(Fermentas社、配列番号21)にクローニングされた。大腸菌のα-Selectケミカルコンピテントセル(Bioline社)が、クローニングおよびプラスミド増幅のために用いられた。全ての構築物はDNAシーケンシングによって点検された。
Isogroup1のプライマーによる増幅は1つのユニークなcDNAクローンをもたらし、これはSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)と名付けられた。Isogroup2のプライマーによる増幅は3つの異なるcDNAクローンをもたらし、これらはSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)と名付けられた。Isogroup2のプライマーによる第2の増幅は、6つのさらなる別々のcDNAクローンをもたらした。これらはSaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、SaCYP76F39v2(SaCYP76−Gl5)、SaCYP76F40(SaCYP76−Gl6)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、SaCYP76F42(SaCYP76−G13)、およびSaCYP76F43(SaCYP76−G18)と名付けられた。核酸およびコードされるアミノ酸の配列の配列番号は、下記の表6に示されている。10個の単離されたcDNA分子によってコードされる翻訳されたアミノ酸配列は、93%〜99%の同一性(下記の表7参照)および1.0〜6.6%の相違を互いに有する。ペアの距離はClustalW(低速/正確、Gonnetの重みマトリックス)によって得られた(ebi.ac.uk/clustalw、欧州バイオインフォマティクス研究所)。
実施例4
SaCYP76蛋白質の配列および系統分析
推定されるアミノ酸配列のGenbankの非重複蛋白質データベース(blast.ncbi.nlm.nih.gov。Altschul et al. (1990) J Mol Biol 215:403-410)に対するBLASTx検索は、Vitis viniferaの推定上のシトクロムP450(Genbank登録番号XP_002281735、配列番号26)を同定した。これはS. albumのCYPに対して62%〜64%の配列同一性を有する。また、Catharanthus roseusのCYP76B6ゲラニオールヒドロキシラーゼ(Genbank登録番号CAC80883、Collu et al. (2001) FEBS Lett 308:215-220、配列番号27)を同定した。これはS. albumのCYPに対して54%〜55%の配列同一性を有する。全長蛋白質配列の蛋白質アラインメントは、ClustalW(ebi.ac.uk/clustalw、欧州バイオインフォマティクス研究所)によってなされた。
系統樹が、MEGAバージョン4(Centre for Evolutionary Medicine and Informatics。Tamura et al., 2007 Mol Biol Evol 24:1596-1599)によって、近隣結合(NJ)法を用い、デフォルトのパラメータで作製された。
50%を超えるブートストラップ(500回反復)の信頼値が分岐点に示されている。予測される蛋白質配列の近隣結合の系統が、最初の4つのS. albumのCYPクローンであるSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、および他種のテルペノイド代謝のシトクロムP450酵素について図4に示されている。SaCYP76遺伝子は、この系統において単独のクラスターを形成しており、他種のゲラニオール/ネロールヒドロキシラーゼを含むCYP76Bクラスターに最も近い。図4の系統に含まれるアミノ酸配列の登録番号は、本明細書において提供されるS. albumのCYP76のP450クローンであるSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)に加えて、Helianthus tuberosusのCYP76B1(CAA71178、配列番号28)、Catharanthus roseusのCYP76B6(CAC80883、配列番号27)、Swertia mussotiiのCYP76B6(ACZ48680、配列番号29)、Persea americanaのCYP71A1(P24465、配列番号30)、Mentha x piperitaのCYP71A32(Q947B7、配列番号31)、Artemisia annuaのCYP71AV1(ABB82944、配列番号32)、Cichorium intybusのCYP71AV8(ADM86719、配列番号33)、Lactuca sativaのCYP71BL1(AEI59780、配列番号34)、Nicotiana tabacumのCYP71D20(Q94FM7、配列番号35)、Mentha x piperitaのCYP71D13(Q9XHE7、配列番号36)、Mentha spicataのCYP71D18(Q6WKZ1、配列番号37)、Catharanthus roseusのCYP72A1(Q05047、配列番号38)、およびOryza sativaのCYP76M7(AK105913、配列番号39)を含んだ。
第2の近隣結合の系統樹が、全10個のS. albumのCYP76F蛋白質と近縁のテルペンを修飾するシトクロムP450の一員(CYP71クラン)とによって構築された。Picea sitchensisのPsCYP720B4(ADR78276、配列番号79)を外群として用いた。系統樹は図10に記載されている。S. albumのCYP76F蛋白質は2つの別々のクレードに分類され、他種のCYP76Bクラスターに最も近かった。クレードIのサンタレン/ベルガモテンオキシダーゼは、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)を含んだ。クレードIIのベルガモテンオキシダーゼは、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)を含んだ。図10の系統樹に含まれる他のテルペンを修飾するCYPのアミノ酸配列の登録番号は、S. albumのCYP76のP450クローンに加えて、CaCYP76B4というCamptotheca acuminateの推定上のゲラニオール−10−ヒドロキシラーゼ(AES93118、配列番号80)、CrCYP76B6というCatharanthus roseusのゲラニオール10−ヒドロキシラーゼ(Q8VWZ7、配列番号81)、SmCYP76B4というSwertia mussotiiのゲラニオール10−ヒドロキシラーゼ(D1MI46、配列番号82)、OsCYP76M7というOryza sativaのent−カサジエンC11a−ヒドロキシラーゼ(NP_001047185、配列番号83)、MpCYP71A32というMentha x piperitaのメントフランシンターゼ(Q947B7、配列番号84)、PaCYP71A1というPersea americana(P24465、配列番号85)、CiCYP71AV8というCichoriium intybusのバレンセンオキシダーゼ(ADM86719、配列番号86)、MpCYP71D13というMentha x gracilisの(−)−リモネン−3−ヒドロキシラーゼ(AY281027、配列番号87)、NtCYP71D20というNicotiana tabacumの5−epi−アリストコレン−1,3−ジヒドロキシラーゼ(AF368376、配列番号88)、およびGaCYP706B1というGossypium arboretumの(+)−デルタ−カジネン−8−ヒドロキシラーゼ(AAK60517、配列番号89)を含む。
実施例5
シトクロムP450レダクターゼ
シトクロムP450レダクターゼをコードする遺伝子が、アセンブリされた配列をArabidopsisの一連の公知の植物のシトクロムP450レダクターゼと比較することによって同定された(CAB58575.1(配列番号58)およびCAB58576.1(配列番号46))。全長cDNA、遺伝子SaCPR1およびSaCPR2が、シトクロムP450レダクターゼのORFに従って設計された遺伝子特異的プライマー(表8に記載)によって、実施例1に記載のように調製されたS. albumのcDNAのPhusionホットスタートII−DNAポリメラーゼ(Thermo Scientific社)によるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅された。
PCR条件は次の通りであった。
98℃、3分
2サイクル:98℃(10秒)、Tm−2℃(20秒)、72℃(30秒)
30サイクル:98℃(10秒)、Tm(20秒)、72℃(30秒)
最終伸長:72℃(7分)
PCR産物はゲル精製され、そのままpET28b(+)ベクター(配列番号51)にクローニングされた。または、先ずpJETベクターにクローニングされてから発現ベクターにサブクローニングされた。大腸菌のα-Selectケミカルコンピテントセル(Bioline社)がクローニングおよびプラスミド増幅用に用いられた。全ての構築物はDNAシーケンシングによって点検された。PCR増幅は、2つのS. albumのシトクロムP450レダクターゼ(CPR)クローン(CPRlおよびCPR2と名付けられた)をもたらした。それらはそれぞれ配列番号10および11に記載の核酸配列を有し、配列番号12および13に記載の蛋白質をコードする。2つのCPR核酸配列は70%の配列同一性を互いに有し、2つのCPR蛋白質は82%の配列同一性を互いに有する。
ウェブ型のBlastXプログラム(Altschul et al., (1990) J. Mol. Biol. 215:403-2410)が次に用いられて、同定された配列とGenbankデータベースの配列とを比較した。CPR配列は、79%の配列相同性をVitis viniferaの予測されたシトクロムP450レダクターゼ様蛋白質(Genbank登録番号XP_002270732、配列番号42)と、78%の配列相同性をGossypium hirsutumのシトクロムP450レダクターゼ(Genbank登録番号ACN54324、配列番号43)と、75%の配列相同性をArtemisia annuaのシトクロムP450レダクターゼ(Genbank登録番号ABI98819、配列番号44)と互いに有する。
配列番号12のアミノ酸44〜692(トランケートされた蛋白質配列は配列番号14に記載、核酸配列は配列番号63に記載)および配列番号13のアミノ酸61〜704(トランケートされた蛋白質配列は配列番号15に記載、核酸配列は配列番号64に記載)を含有するトランケートされたCPRが作製された。
組み換えSaCPRの活性は、シトクロムCレダクターゼ(NADPH)試験キット(シグマ社)を用いて試験された。
実施例6
ガスクロマトグラフィー質量分析による分析
ガスクロマトグラフィー質量分析(GC−MS)による分析が、S. albumのシトクロムP450の酸化産物およびS. album油を分析するために用いられた。
A.SGE社Solgel-Waxキャピラリーカラム
GC−MS分析が、SGE社Solgel-Waxキャピラリーカラム(30m×0.25mmのID×0.25μm厚)を含むアジレント社6890A/5973NのGC−MSシステムによって、SIMスキャンモード(スキャン:m/z40−400;SIM:m/z93,94,119,136,122,202,および204(データ取り込み時間50)で実施された。多くの2μL試料が、パルスドスプリットレスモード、250℃、1mL/minヘリウムのカラム流量、および50psiのパルス圧で、0.5min、次のプログラムによって注入された。40℃で2min、ramp:8℃/minで100℃まで、15℃/minで250℃まで、5min保持。
または、次のプログラムも、S. albumのSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)の産物およびS. album油を分析するために用いられた。多くの2μL試料が、パルスドスプリットレスモード、250℃、0.8mL/minヘリウムのカラム流量、10psiのパルス圧で、次のプログラムで0.05min注入された。40℃で3min、10℃/minで100℃まで、2℃/minで250℃まで、10min保持。
産物の同定は、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンの最高のマッチに基づき(Wiley Registry(登録商標) 9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)、真正品のS. album油の化合物およびコヴァッツ・インデックス値との比較によって同定され得る。
B.HP5およびDB-Waxフューズドシリカカラム
GC−MS分析は、電子イオン化選択イオンモニタリング(SIM)スキャンモードで運転するアジレント社7890A/5975CのGC−MSシステムによって行った。試料は、HP5(無極性、30m×0.25mmのID×0.25μm厚)およびDB-Waxフューズドシリカカラム(極性、30m×0.25mmのID×0.25μm厚)によって分析された。何れの場合にも、インジェクタはパルスドスプリットレスモードで運転され、インジェクタ温度は250℃に維持された。ヘリウムガスがキャリアガスとして0.8mL/minの流速で用いられ、パルス圧は25psi、0.5minに設定された。スキャンレンジ:m/z40−500;SIM:m/z93,94,105,107,119,122,202(データ取り込み時間50msec)。
HP5カラムのオーブンプログラムは次の通りであった。
40℃で3min、ramp:10℃/minで130℃まで、2℃/minで180℃まで、50℃/minで300℃まで、300℃で10min保持。
DB−waxカラムのオーブンプログラムは次の通りであった。
40℃で3min、ramp:10℃/minで130℃まで、2℃/minで200℃まで、50℃/minで250℃まで、250℃で15min保持。
Chemstationソフトウェアが、データの収集および処理に用いられた。化合物は、真正品の試料およびNIST/EPA/NIH質量スペクトルライブラリーv2.0の質量スペクトラルとの比較によって、ならびにValder et al. (2003) J Essent Oil Res 15:178-186およびSciarrone et al. (2011) J Chromatogr A 1218:5374に記載のものの保持指標との比較によって同定された。
実施例7
細菌および酵母による発現
S. albumのFPPシンターゼ、サンタレンシンターゼ、シトクロムP450SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、およびシトクロムP450レダクターゼ遺伝子が、pCDF−Duet(ノバジェン社)およびpACYC−Duet(ノバジェン社)細菌発現ベクターにクローニングされた。全長のS. albumのシトクロムCYP76FのP450、シトクロムP450レダクターゼ、サンタレンシンターゼ、およびファルネシル二リン酸シンターゼをコードする遺伝子が、種々の酵母発現ベクターにクローニングされて、Saccharomyces cerevisiaeの酵母株BY4741(MATa,his3Δ1,leu2Δ0,met15Δ0,ura3Δ0。ATCC#201388)による発現を可能にした。
A.細菌発現ベクター
以前に記載されたS. album由来のFPPシンターゼ(配列番号18)およびサンタレンシンターゼ(配列番号16)をコードする遺伝子(国際公開第2011000026号公報およびJones et al. (2011) J Biol Chem 286:17445-17454参照)が、細菌発現ベクターpCDF−Duet(ノバジェン社、配列番号65)にクローニングされて、pCDF−Duet:SaFPPS:SaSSyを生じた。SaCPRをコードする遺伝子(配列番号11)およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)遺伝子(配列番号2)が、細菌発現ベクターpACYC−Duet(ノバジェン社、配列番号45)にクローニングされて、pACYC−Duet:SaCPR:SaCYP76F38v1を生じた。これらの発現ベクターは二重発現ベクターであり、2つの標的遺伝子の共発現を2つのマルチクローニングサイトによって可能にする。
ストレプトマイシン選択マーカーを有するpCDF−Duet:SaFPPS:SaSSyは、ケミカルコンピテントC41(DE3)大腸菌細胞(Avidis社)に形質転換された。それらの細胞は培養され、塩化カルシウムを用いて再びケミカルコンピテントにされ、pACYC−Duet:SaCPR:SaCYP76F38v1(これはクロラムフェニコール選択マーカーを有する)によって形質転換された。両方の抗生物質が用いられて、両方の二重ベクターを含有するコロニーを選抜した。それらのコロニーは、一晩富栄養培地(テリフィックブロス)において16℃で培養されてから、蛋白質発現がIPTGの添加によって開始された。シトクロムP450蛋白質の発現は、ポルフィリン合成を助けるための5−アミノ−レブリン酸を補充され、細胞ペレットの赤変によって証明された。
B.酵母発現ベクターの作製
1.S. albumのシトクロムP450
S. albumのCYP76Fの全長cDNA(上記の表6において同定されている)が、酵母発現ベクターpYeDP60(Cullin and Pompon (1988) Gene 65:203-217、Pompon et al. (1996) Methods Enzymol 272:51-64、Abecassis et al. (2003) Methods Mol Biol 23l :165-173)にサブクローニングされた後に、Hamann and Moller (2007) Protein Expr Purif 56:12l-127のウラシル除去(USER)クローニング技術が行われた。pYeDP60ベクターはURAマーカーを含有する。所産の構築物は下記の表9に記載されている。
2.S. albumのサンタレンシンターゼおよびファルネシル二リン酸シンターゼ
サンタレンシンターゼをコードするcDNA(SaSSY、配列番号16)およびファルネシル二リン酸シンターゼをコードするcDNA(SaFPPS、配列番号18)が、それぞれガラクトース誘導性の発現ベクターpESC−LEU(ストラタジーン社、配列番号47)またはpESC−LEU2d(Ro et al. (2008) BMC Biotechnology 8:83参照)のNotI−BglIIおよびBamHI−XhoI部位に、in−fusionクローニング(クロンテック社)によって、製造者の説明書に従ってクローニングされた。SaSSy遺伝子(配列番号16)のみを含有するさらなるベクターが作製された。pESC−LEUおよびpESC−LEU2dベクターはLEUマーカーを含有し、pESC−LEU2dベクターはLeu2プロモーター内に欠失を含む高コピー数ベクターである。所産の構築物は下記表9に記載されている。
3.シトクロムP450レダクターゼ
シトクロムP450レダクターゼをコードするcDNA(SaCPR、配列番号11)が実施例3において同定されたが、これはpESC−HISベクター(ストラタジーン社、配列番号49)のEcoRI−NotI部位に、in−fusionクローニング(クロンテック社)によって、製造者の説明書に従ってクローニングされた。所産の構築物は下記表9にまとめられている。
C.酵母の形質転換および発現
全ての構築物はSaccharomyces cerevisiae酵母株BY4741(MATa,his3Δ1,leu2Δ0,met15Δ0,ura3Δ0。ATCC#201388)に形質転換された。Gietz et al. (1992) Nucleic Acids Res 20:1425に記載のLiCl法を用いた。形質転換された酵母は適切な合成ドロップアウト選択培地によってプレート上において選抜され、30℃において48時間培養された。
1.サンタレンシンターゼの発現
サンタレンおよびベルガモテンの産生が、S. albumのサンタレンシンターゼをコードする構築物を用いて評価された。高コピー数構築物のpESC−LEU2d:SaSSYを発現する酵母細胞は、GC−MS(実施例6Aに記載)によって特定されるサンタレンおよびベルガモテンの約2倍の量を、pESC−LEU:SaSSY構築物を発現する酵母細胞と比較して産生した。ファルネシル二リン酸シンターゼの存在下または非存在下において、サンタレンシンターゼを発現する細胞間の違いは観察されなかった。これは、酵母の酵素によって産生されるFPPが、S. albumのサンタレンシンターゼがサンタレンおよびベルガモテンを産生するために使用可能であったということを示唆している。高コピー数構築物のpESC−LEU2d:SaSSYが、さらなる実験では用いられた。
2.サンタレンシンターゼおよびシトクロムP450レダクターゼの発現
サンタレンシンターゼをコードするpESC−LEU2d:SaSSY構築物およびS. albumのシトクロムP450レダクターゼ(SaCPR)をコードするpESC−His:SaCPR構築物が、酵母株BY4741に一緒に形質転換された。SaCPRは、NADPHからCYP450への電子を供給するために含まれた。
実施例8
ミクロソームの調製
インビトロ試験における使用のためのS. albumのシトクロムP450酵素を精製するために、ミクロソームが調製された。ミクロソームは断片化した小胞体(ER)を含み、これはシトクロムP450を含有する。したがって、ミクロソームの精製は、濃縮および単離されたシトクロムP450をもたらす。S. albumのCYP76FのP450によってコードされる組み換えP450のCOスペクトルが、Guengerich et al. (2009) Nat Protoc 4:1245-1251に従って測定された。
ミクロソーム膜が、250mLの酵母培養液からPompom et al. (1996) Methods Enzymol 2(71):51-64に従って調製された。要約すると、5mLの一晩培養液が50mLのSD選択培地に接種するために用いられ、0.2のOD600で開始し、30℃において170rpmで24時間培養された。200mLの体積のYPDE培地(1%酵母抽出物、2%バクトペプトン、5%エタノール、2%ブドウ糖)が、50mLの培養液を接種され、さらなる24時間に渡って30℃において170rpmでインキュベーションされた。細胞は1,000×gの10minの遠心によって回収され、250mLのYP培地中の2%ガラクトースによって、30℃において170rpmで12〜16時間誘導された。ミクロソームの単離のためには、酵母細胞が10minの2,000×gの遠心によってペレット化され、5mLのTEK(50mMトリス−HCl(pH7.5)、1mMのEDTA、100mMのKCl)によって1回洗浄され、TES2緩衝液(50mMトリス−HCl(pH7.5)、1mMのEDTA、600mMソルビトール、5mMのDTT、および0.25mMのPMSF)中に再懸濁された。全ての以降のステップは4℃において実施された。酵母の細胞壁が、酸洗浄済みガラスビーズ(425〜600μm、シグマ社)および3×30secの激しいマニュアル振とうを用いて、機械的に破壊された。細胞ホモジネートが10,000×gにおいて15min遠心された後、上清の超遠心が100,000×gで1時間行われて膜を回収した。ミクロソームは、50mMトリス−HCl緩衝液(pH7.5)、1mMのEDTA、および30%(v/v)グリセロールを含有する緩衝液中において再懸濁およびホモジナイズされ、酵素試験に直接使用または−80℃において保存された。
全ての10個のS. albumのCYP76Fのミクロソーム調製物は、SaCYP76F43(SaCYP76−G18)を除いて、特徴的なP450のCO差スペクトルを示した(図18参照)。ミクロソーム調製物のP450含量は0.2〜1.6μMの範囲であった。ミクロソーム調製物は、P450活性について、下記の実施例11に記載のようにスクリーニングされた。
実施例9
セスキテルペンオレフィンの作製および単離
セスキテルペンオレフィンのα−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、およびα−trans−ベルガモテンは市販ではなく、Jones et al. (2011) J Biol Chem 286:17445−17454に記載のように酵母によるS. albumのサンタレンシンターゼ(SaSSY、配列番号16)の発現によって産生され得る。
α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、およびα−trans−ベルガモテンを含有するセスキテルペン油が、工業スケール発酵によって産生された。混合物は、硝酸銀含浸TLCプレートを用いてDaramwar et al. (Analyst 137:4564-4570 (2012))に従って分離された。画分がTLCプレートからこすり取られ、セスキテルペンがペンタンによって溶出された後に、純度のGC−MS分析が行われた。抽出イオンクロマトグラムが、図19A〜19Dにおいて、α−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、およびα−trans−ベルガモテン(図19A)、α−サンタレン(ピーク1、図19B)、α−trans−ベルガモテン(ピーク2、図19C)、ならびにepi−β−サンタレンおよびβ−サンタレン(ピーク3および4、図19D)を含有する油について示されている。単離されたセスキテルペンは、下記の実施例11のインビトロ試験において用いられた。
実施例10
S.cerevisiaeにおけるS. albumのシトクロムP450活性の機能分析
実施例7.C.2に記載の活性なサンタレンシンターゼおよびシトクロムP450レダクターゼを含有するS.cerevisiae酵母宿主株が用いられて、上記の実施例2において同定されたS. albumのシトクロムCYP76FのP450を発現した。活性が、酸化産物のインビボ生成の測定によって下記のA節に記載のように評価された。pYeDP60ベクター中のそれぞれのS. albumのCYP76Fが、サンタレンシンターゼおよびCPRを発現する酵母宿主細胞に個々に形質転換された。空のpYeDP60ベクターを含有する対照株が作製された。
A.酵母によるインビボのP450試験
インビボ試験のためには、酵母が一晩30℃において5mLの2%ブドウ糖および最少選択培地によって培養された。翌日に、50mLの培養が0.2の初期OD600で開始され、培養液が0.6〜0.8のOD600に達するまで30℃において170rpmで振とうしながら培養された。2%ガラクトースを含む最少選択培地への移しかえによって蛋白質発現が開始され、約14〜16時間培養された。酵母細胞は10minの1,000×gの遠心によって回収され、5mLの無菌ddHOによって1回洗浄された。細胞は、約250μLの酸洗浄済みガラスビーズ(425〜600μm、シグマ社)と1分間のボルテックスとを用いて、2mLのヘキサン:酢酸エチル(85:15)によって2回抽出された。集められた抽出物は無水NaSOを含むきれいな試験管に移され、Nガスの穏やかな流れの下において蒸発させられて約200μLになった。
試料はGC−MS分析(実施例6に記載)用のGCガラスバイアルに移されるか、または−80℃において保存された。
B.クレードIのSantalum albumのP450
クレードIのS. albumのP450のSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)が、インビボにおけるそれらの活性について、実施例6Aまたは6Bに記載のGC−MS分析によって試験された。
1.SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)と実施例6Aに記載のGC−MS分析
サンタレンシンターゼおよびSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)の共発現は11個の産物ピークの検出をもたらし、それらはα−、β−、およびepi−β−サンタロール、ならびにα−trans−ベルガモトールとして同定された(図8A〜8Bおよび下記の表11参照)。11個の産物のうち9個は、異なる比ではあったがS. album油中にも検出された(図8Aおよび8Bに示されている)。産物は、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンのマッチに基づき(Wiley Registry(登録商標) 9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)、真正品のS. album油の化合物およびコヴァッツ・インデックス値との比較によって同定され得る(図8Aおよび表11参照)。S. album油の主成分は、α−サンタロール、Z−α−trans−ベルガモトール、E−cis,epi−β−サンタロール、およびtrans−β−サンタロールである。一方、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)の主産物はcis−α−サンタロール、α−サンタロール、およびtrans−β−サンタロールである。それらの違いは、SaSSyおよびSaP450酵素が酵母細胞および樹木内において活性である異なる生理条件(例えばpH)のせいであり得、または経時的な産物の比の変化のせいであり得る。酵母において測定される産物は数時間という期間に生成し蓄積した。一方、樹木から抽出される油は、可能性としては何年もの蓄積の産物である。サンタレンシンターゼの発現と無関係に酵母によって産生されるファルネソール(#を付した)、および酵母から抽出されたドデカン酸(を付した)も観察された(図8Bおよび8C参照)。
2.SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)と実施例6Bに記載のGC−MS分析
サンタレンシンターゼおよびSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)の共発現は、8つの産物の検出をもたらした。これらは、(Z)−および(E)−α−サンタロール(ピーク5および7)、(Z)−および(E)−β−サンタロール(ピーク6および8)、(Z)−および(E)−epi−β−サンタロール(ピーク9および11)、ならびに(Z)−および(E)−α−trans−ベルガモトール(ピーク10および12)として同定された(図11A参照)。下記の表12は、ピーク番号、化合物、および線形保持指標を、DBwaxカラムおよびHP5カラムについて示している。産物の同定は、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンの最高のマッチに基づき(Wiley Registry(登録商標)9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)、真正品のS. album油の化合物およびコヴァッツ・インデックス値との比較によった。図に示されているように、(Z)−α−trans−ベルガモトールの産物ピークは(E,E)−ファルネソールにあたるピークと重なったが、これはSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)とは無関係に酵母によって産生されていた(図11B参照)。
産生したセスキテルペノールの一部は、不明な化合物に変わった(図11Aにおいてはハッシュタグ(#)によって識別される)。形質転換されていない酵母細胞が真正品のビャクダン油と一緒にインキュベーションされたとき、同じ不明な化合物が同定された。これは、それらの不明な化合物がSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)の直接の産物ではなく、ビャクダンセスキテルペノールを変換する酵母の内在的な活性によって産生されているということを示している(図12A〜12B参照)。
3.SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)
SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)が、セスキテルペンを酸化するそれらの能力について、実施例6Bに記載のGC−MS分析と上記のインビボ試験を用いて試験された。サンタレンシンターゼとSaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、またはSaCYP76F42(SaCYP76−G13)との共発現は、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)について観察されたものとほぼ同じ比の産物グラフを生じた(表12および図13A〜13D参照)。
C.クレードIIのSantalum albumのP450
クレードIIのS. albumのP450であるSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)が、インビボにおけるそれらの活性について、GC−MS分析によって実施例6Aまたは6Bに記載のように試験された。
1.SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)と実施例6Aに記載のGC−MS分析
サンタレンシンターゼとSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、またはSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)との共発現は、組み換え酵母系において、実質的に同一の産物をもたらした(図6A、6B、および6C、および下記の表13参照)。産物は、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンのマッチに基づいて(Wiley Registry(登録商標)9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)、真正品のS. album油の化合物との比較によって同定された(図7および表13参照)。ピーク1および7(これらは、SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)で観察された)はα−trans−ベルガモトールに対応しており、恐らく別々の異性体に相当する。ピーク1および7はS. album油でも観察された(図7および表13参照)。約18分間の保持時間を有する第3のピーク(#を付した)はファルネソールとして同定されたが、サンタレンシンターゼおよびSaCYP76の発現とは無関係に酵母によって産生されている。これは、空ベクターを含有する対照細胞によるその発現によって観察される(図6D)。
2.SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、またはSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)もしくはSaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)
SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、またはSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)もしくはSaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)が、セスキテルペンを酸化するそれらの能力について、上記のインビボ試験と実施例6Bに記載のGC−MS分析を用いて試験された。サンタレンシンターゼとSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、またはSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)もしくはSaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)との共発現は、組み換え酵母系において、主にE−α−trans−ベルガモテン(表12のピーク8)と非常に微量の(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロール(表12のピーク7および12)をもたらした(表12および図14A〜14D参照)。
D.SaCYP76F43(SaCYP76−G18)
SaCYP76F43(SaCYP76−G18)が、セスキテルペンを酸化するその能力について、実施例6Bに記載のGC−MS分析による上記のインビボ試験を用いて試験された。サンタレンシンターゼとSaCYP76F43(SaCYP76−G18)との共発現後に活性は観察されなかった(図14E参照)。
E.SaCPR1およびSaCPR2
SaCPR1およびSaCPR2は蛋白質レベルで70%同一であるが、産物のグラフの変化に影響し得るかどうかを試験するために、両方のCPRが実施例6Bに示されているように試験された。代表的なクラスIおよびクラスIIのSaCYP76FであるSaCYP76F39v1およびSaCYP76F38v1を用いた。上記のB.2およびC.2節に記載のものと比較して、産物および相対的量の違いは観察されなかった。
実施例11
インビトロ酵素試験
S. albumのシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼを含有する酵母ミクロソーム(実施例8で作製された)が、サンタレンおよびベルガモテンを酸化するそれらの能力について試験された。A)SaSSyおよびFPPのインビトロ反応産物を用いる共役酵素試験、B)基質のサンタレンおよびベルガモテンの単離された混合物、またはC)基質としての個別のサンタレンもしくはベルガモテンを用いた。
A.共役酵素試験を用いるサンタレンおよびベルガモテンの酸化
細菌によって発現されたS. albumのサンタレンシンターゼ(SaSSy)の共役酵素試験(Jones et al. (2011) J Biol Chem 286:17445-17454)が、50μgのHisタグ精製されたSaSSyおよび70μMファルネシルピロリン酸(FPP)を用い、TPS緩衝液(25mMのHEPES(pH7.5)、5mMのMgCl、lmMのDTT)中において、450μLの体積で開始された。試験は、30minに渡って30℃においてインキュベーションされた後に、50μLのミクロソーム調製物(S. albumのシトクロムP450およびシトクロムP450レダクターゼを含有する)ならびに0.8mMのNADPHが添加された。反応はさらなる1時間30℃においてインキュベーションされ、500μLのヘキサン/酢酸エチル(85:15)による抽出によって停止された。有機層がNガスの穏やかな流れの下において約100μLまで濃縮され、GC−MS分析によって分析(上記6Aに記載)または−80℃で保存された。
1.SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)
共役酵素試験が、インビトロにおいてSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)を用いて実施され、インビボの結果と比較されて、試験の有用性を検証した。共役試験の反応産物のGC−MS分析は、実施例8のインビボ試験において同定された同じ2つのピークを示した。両方の試験において、SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)はベルガモテンからZ−α−trans−ベルガモトールへの水酸化を触媒したが、どのサンタレンの酸化も触媒しなかった。
B.サンタレンおよびベルガモテンの混合物の酸化
S. albumのP450が、それらのセスキテルペンオキシダーゼ活性について、サンタレンおよびベルガモテンの混合物を基質として用いて評価された。
1.試験
2種類のインビトロ試験が用いられて、S. albumのCYP76Fをセスキテルペンオキシダーゼ活性についてスクリーニングした。
a.インビトロ試験1
試験は400μLの反応体積で実施され、150μLのリン酸カリウム緩衝液100mM(pH7.5)、20μLの20mMのNADPH、1μLの25mMサンタレン/ベルガモテン混合物(α−サンタレン、epi−β−サンタレン、β−サンタレン、α−ベルガモテンを含有する)、および80pmolのミクロソーム調製物(実施例8に記載のように調製された)を含んだ。反応は30℃において1時間インキュベーションされ、500μLのヘキサン:酢酸エチル(85:15)を加えることによって停止された後に、30秒間ボルテックスした。有機層がNガスの穏やかな流れの下において約100μLまで濃縮され、GC−MS分析によって分析(上記実施例6Aに記載)または−80℃で保存された。
b.インビトロ試験2
試験は400μLの反応体積で実施され、50mMリン酸カリウム(pH7.5)、0.8mMのNADPH、および40μMの基質を含んだ。酵素反応は50μLのミクロソーム調製物(実施例8で調製された)を添加することによって開始され、30℃において2時間振とうしながらインキュベーションされ、500μLのヘキサンを加えることによって停止された。有機層が新たなGCバイアルに移され、Nガスの穏やかな流れの下において約100μLまで濃縮され、GC−MS分析(上記の実施例6Bに記載)によって分析された。
2.クレードIのSantalum albumのP450
クレードIのS. albumのP450であるSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)を含有するミクロソームが、それらのセスキテルペン酸化活性について、上記の試験を用い、サンタレンおよびベルガモテンの混合物を基質として用いて試験された。
a.SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)
インビトロのセスキテルペンオキシダーゼ活性、クレードIのS. albumのP450のSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)が、上記の両方の試験を用いて評価された。
i.インビトロ試験1を用いる初期実験
SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)を含有するミクロソームが、それらの活性について、上記のB.1.a節に記載の試験を用いて試験された。GC−MS分析は8つの異なる産物ピークを示し、それらはサンタロールとして同定された(図9B参照。ピークは上記表11のものに対応する)。産物の同定は、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンの最高のマッチに基づき(Wiley Registry(登録商標)9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)、真正品のS. album油の化合物(図9A)およびコヴァッツ・インデックス値との比較によった。
ii.インビトロ試験2を用いる試験
SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)を含有するミクロソームが、それらの活性について、上記のB.1.b節に記載の試験を用いて試験された。反応産物のGC−MS分析は、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)がα−サンタレン、β−サンタレン、epi−β−サンタレン、およびα−trans−ベルガモテンの水酸化を触媒し、8つの異なる化合物をもたらしたということを明らかにした。それらは、(Z)−および(E)−α−サンタロール、(Z)−および(E)−β−サンタロール、(Z)−および(E)−epi−β−サンタロール、ならびに(Z)−および(E)−α−trans−ベルガモトールとして同定された(図15Aおよび表12参照)。産物のグラフが真正品のビャクダン油試料と比較された(表12および図15B参照)。これは、異なる比ではあるが、同一の保持時間および質量スペクトルを全8化合物について示した。SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)は、(E)−α−サンタロールおよび(Z)−α−サンタロールを約5:1の比で、(E)−β−サンタロールおよび(Z)−β−サンタロールを約4:1の比で産生した。SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)によって生成した主産物は、(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールであった。一方、ビャクダン油の主な化合物は(Z)−α−サンタロールおよび(Z)−β−サンタロールである。NADPHの非存在下または空ベクターを有する酵母のミクロソームでは、産物は生成しなかった(図15C参照)。
b.SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)
SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)を含有するミクロソームが、それらの活性について、上記B.1.b節に記載の試験を用いて試験された。反応産物のGC−MS分析は、SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)が、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)で観察されたものと同様の産物のグラフをもたらすことを明らかにした(表12および図16A〜16D参照)。SaCYP76F40(SaCYP76−G16)およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)について観察された主産物は、(E)−α−trans−ベルガモトール(または(E)−α−exo−ベルガモトール)および(E)−β−サンタロールであった。
3.クレードIIのS. albumのP450
クレードIIのS. albumのP450であるSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)を含有するミクロソームが、それらのセスキテルペン酸化活性について、上記の試験を用い、サンタレンおよびベルガモテンの混合物を基質として用いて試験された。
a.SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)
SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)およびSaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)を含有するミクロソームが、それらの活性について、上記B.1.a節に記載の試験を用いて試験された。反応産物のGC−MS分析は、対照反応(ミクロソームがベクター対照のみを含有する)では存在しない1つの産物ピークを示した。産物ピークは、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのそのMS断片化パターンの最高のマッチに基づき(Wiley Registry(登録商標)9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)、真正品のS. album油の化合物との比較によって、Z−α−trans−ベルガモトールとして同定された。
b.SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)
SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)を含有するミクロソームが、それらの活性について、上記B.1.b節に記載の試験を用いて試験された。反応産物のGC−MS分析は、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−Gl2)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)が3つの化合物を産生したことを明らかにした。それらは、主産物の(E)−α−trans−ベルガモトール(または(E)−α−exo−ベルガモトール)、ならびに副産物の(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールとして同定された(表12および図17A〜17D参照)。
4.SaCYP76F43(SaCYP76−G18)
SaCYP76F43(SaCYP76−G18)を含有するミクロソームが、それらの活性について、上記B.1.b節に記載の試験を用い、サンタレンおよびベルガモテンの混合物を基質として用いて試験された。活性は観察されなかった(図17E参照)。これは、対応するCO差スペクトルによって証明されているように(図18参照)、恐らく酵母内における低い発現のせいである。
C.個別のセスキテルペンの酸化
候補のP450を含有するミクロソーム調製物が、個別のセスキテルペンを酸化するそれらの能力について試験された。セスキテルペンは、上記の実施例9に記載のように単離された。主にα−サンタレン、α−trans−ベルガモテン、またはepi−β−サンタレンおよびβ−サンタレンを含有する3つの画分が、個別の基質として、クレードIのP450のSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)またはクレードIIのP450のSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)を含む試験において用いられた。試験は上記のB.1.b節に記載のように実施され、産物は真正品の標準との比較によって同定された(表12および図20G参照)。
SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)とα−サンタレンとの反応は(Z)−および(E)−α−サンタロールを産生した。一方、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)では(E)−α−サンタロールのみが産生された(図20A対図20D参照)。α−trans−ベルガモテンからは、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)は(Z)−および(E)−α−trans−ベルガモトールを産生したが、(E)−α−trans−ベルガモトールの生成のみがSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)については観察された(図20B対図20E参照)。SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)は、4つの産物、すなわち(Z)−および(E)−epi−β−サンタロールならびに(Z)−および(E)−β−サンタロールを、epi−β−サンタレンおよびβ−サンタレンを用いる試験において生じた。一方、(E)−β−サンタロールのみが、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)を用いる試験では検出された(図20C対図20F参照)。これらの結果は、サンタレンおよびベルガモテンの混合物のミクロソームインビトロ試験によって観察された活性を裏付けている(上記B節)。
実施例10および11の結果の要約
クレードIのS. albumのP450サンタレン/ベルガモテンオキシダーゼ
クレードIのS. albumのP450であるSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)は、サンタレンおよびベルガモテンの酸化を触媒し、α−、β−、およびepi−β−サンタロールならびにベルガモトールの(Z)および(E)立体異性体を産生した。α−およびβ−サンタロールの(Z)および(E)立体異性体のP450の比は、それぞれ約1:5および1:4であった。したがって、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)、SaCYP76F39v2(SaCYP76−G15)、SaCYP76F40(SaCYP76−G16)、SaCYP76F41(SaCYP76−G17)、およびSaCYP76F42(SaCYP76−G13)は、サンタレン/ベルガモテンオキシダーゼとして同定された。
クレードIIのS. albumのP450ベルガモテンオキシダーゼ
クレードIIのS. albumのP450であるSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)は、主にベルガモテンからベルガモトールへの酸化を触媒した。(E)−α−trans−ベルガモトールが主産物であり、少量の(E)−α−サンタロールおよび(E)−β−サンタロールが観察された。SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)、SaCYP76F38v2(SaCYP76−G12)、SaCYP76F37v2(SaCYP76−G14)、およびSaCYP76F38v1はベルガモテンオキシダーゼとして同定された。
実施例12
速度論的特性
クレードIおよびクレードIIのSaCYP76F酵素の速度論を検討するために、速度論的試験が、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)およびSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)と基質のα−サンタレンまたはβ−サンタレンとを用いて実施された。試験は400μLの反応体積で実施され、50mMリン酸カリウム(pH7.5)、0.8mMのNADPH、および基質濃度12〜138μMのα−サンタレンまたはβ−サンタレンを含んだ。酵素反応は、17pmolのSaCYP7639v1または35pmolのSaCYP7637v1を添加することによって開始され、30℃において20分間振とうしながらインキュベーションされ、500μLのヘキサンを加えることによって停止された。有機層が新たなGCバイアルに移され、Nガスの穏やかな流れの下において約100μLまで濃縮され、GC−MS分析(上記の実施例6Bに記載)によって分析された。速度論的データはHernandez and Ruiz((1998) Bioinformatics 14:227-228)に記載のツールを用いて評価された。
見かけ上のK値、kcat値、およびkcat/K値が、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)およびSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)とα−サンタレンおよびβ−サンタレンについて下記の表14に示されている。
実施例13
基質特異性
A.クレードIおよびクレードIIのSaCYP76F酵素の基質特異性
クレードIおよびクレードIIのSaCYP76F酵素によって利用される基質の範囲を試験するために、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)およびSaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)を含有する酵母ミクロソームが、種々のセスキテルペン(基質のα−サンタレンおよびβ−サンタレン、ならびに非環式のイソプレニル側鎖がサンタレンに類似した7つのさらなるセスキテルペンを含み、これらはα−クルクメン、ジンギベリン(zingiberine)、β−ビサボレン、β−セスキフェランドレン、α−ビサボロール、trans−β−ファルネセン、およびtrans−ネロリドールを含む)を変換するそれらの能力について試験された。各基質は、上記の実施例11.B.1.bに記載のインビトロ試験を用いて試験された。
結果は下記の表15に示されており、基質(それらの構造を含む)および相対活性(これは、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)とβ−サンタレンによる産物生成に対する相対的な産物生成の速度を表す)を記載している。表中に示されているように、SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)およびSaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)は狭い基質選択性を示し、何れもサンタレン(α−サンタレンまたはβ−サンタレンを含む)を基質として選好した。SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)は2つのサンタレンのみを効率的に変換し、α−ビサボロールについては低い活性を有した。SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)は、α−クルクメン、ジンギベレン、β−ビサボレン、β−セスキフェランドレン、trans−β−ファルネセン、またはtrans−ネロリドールを基質として利用しなかった。同様に、SaCYP76F37v1(SaCYP76−G11)は2つのサンタレンおよびtrans−ネロリドールに選択的に活性であった。
B.種々のモノおよびセスキテルペン基質の酸化
S. albumのシトクロムP450のSaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)およびシトクロムP450レダクターゼを含有する酵母ミクロソームが、種々のモノおよびセスキテルペン基質(リナロール、ゲラニオール、ネロール、ネロリドール、およびビサボロールを含む)を酸化するそれらの能力について、直接的に試験された。反応混合物は、50mMリン酸カリウム、0.8mMのNADPH、および60〜80μMのテルペン基質を、350μLの総体積中に含んだ。酵素反応は50μLのミクロソーム調製物を添加することによって開始され、30℃において1時間、振とうしながらインキュベーションされ、500μLのヘキサン/酢酸エチル(85:15)による抽出によって停止された。有機層がNガスの穏やかな流れの下において約100μLまで濃縮され、実施例6に記載のGC−MS分析によって分析された。結果はベクター対照と比較された。反応産物は、NISTおよびWileyライブラリーのエントリーとのMS断片化パターンのマッチに基づいて同定された(Wiley Registry(登録商標)9th Edition/NIST 2011; Fred W. McLafferty, John Wiley & Sons, Inc.)。
1.SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)
SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)とリナロールとの反応は、2つの産物、すなわちピーク1(約17.5分間の保持時間)およびピーク2(約18.5分間の保持時間)をもたらした。リナロールは約10.5の保持時間を有した。ピーク1および2のMS断片化パターンの最高のマッチは、それぞれ3,8−ジメチル−1,7−オクタジエン−6−オールおよび8−ヒドロキシリナロールにあたる。SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)とゲラニオールとの反応は、約21分間の保持時間を有する1つの産物をもたらした。ゲラニオールは約14分間の保持時間を有した。このピークのMS断片化パターンの最高のマッチは、トランス,trans−2,6−ジメチル−2,6−オクタジエン−1,8ジオールにあたる。SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)とネロールとの反応は、約20.8分間の保持時間を有する1つの産物をもたらした。一方、ネロールは約13.4分間の保持時間を有した。このピークのMS断片化パターンの最高のマッチは、2,6−ジメチル−2,6−オクタジエン−1,8ジオールにあたる。SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)とネロリドールとの反応は、2つの産物を約21.3および22.3分間の保持時間でもたらした。一方、ネロリドールは約16.1分間の保持時間を有した。SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)とビサボロールとの反応は、約25.2の保持時間を有する1つの産物をもたらした。ビサボロールは約17.6の保持時間を有した。SaCYP76F38v1(SaCYP76−G5)とネロリドールおよびビサボロールとの反応によって生成した産物のMS断片化パターンは、MS断片化パターンデータベース中の既知物質とマッチしなかった。
2.SaCYP76F39v1(SaCYP76−G10)
CYP76−G10も、リナロール、ネロール、およびビサボロールの水酸化をインビトロにおいて触媒した。それぞれの場合に、産物生成は、上記のCYP76−G5によって触媒されたものと同じであった。
改変は当業者にとって明らかであると考えられ、本発明は添付の請求項の範囲によってのみ限定されるものである。

Claims (172)

  1. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子を含む宿主細胞であって、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、配列番号50またはその対応する触媒活性部分に対して少なくとも65%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒し、
    前記核酸分子が前記宿主細胞にとって異種性である、
    前記宿主細胞。
  2. コードされる全長シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドが、配列番号50に対して少なくとも70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を示す、請求項1に記載の宿主細胞。
  3. コードされる全長シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドが、配列番号50に対して少なくとも90%の配列同一性を示す、請求項1または請求項2に記載の宿主細胞。
  4. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、ビャクダン属(Santalum)のP450オキシダーゼポリペプチドである、請求項1〜3のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  5. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、ビャクダン(Santalum album)のP450オキシダーゼポリペプチドである、請求項1〜4のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  6. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、CYP76ファミリーの一員である、請求項1〜5のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  7. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のアミノ酸の配列を含むか、または、
    コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、および
    コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/もしくはベルガモテンの水酸化もしくは一酸素添加を触媒する、
    請求項1〜6のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  8. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項7に記載の宿主細胞。
  9. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項8に記載の宿主細胞。
  10. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列を含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  11. 核酸分子が、
    (a)配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列、
    (b)配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列に対して、少なくとも65%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    から選択されるヌクレオチドの配列を含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  12. 核酸分子が、配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列に対して少なくとも98%の配列同一性を有するヌクレオチドの配列を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  13. 核酸分子が、配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列を含む、請求項11に記載の宿主細胞。
  14. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、サンタレンの水酸化または一酸素添加を触媒する、請求項1〜13のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  15. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、サンタレンおよびベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、請求項1〜14のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  16. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、サンタレンからサンタロールの、およびベルガモテンからベルガモトールの生成を触媒する、請求項1〜15のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  17. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、α−サンタレンからα−サンタロールの、β−サンタレンからβ−サンタロールの、epi−β−サンタレンからepi−β−サンタロールの、およびα−trans−ベルガモテンからα−trans−ベルガモトールの生成を触媒する、請求項1〜16のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  18. サンタロールが、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、または(Z)−epi−β−サンタロールである、請求項17に記載の宿主細胞。
  19. ベルガモトールが、(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールである、請求項17に記載の宿主細胞。
  20. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドもしくはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列を含むか、または
    コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドもしくはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、および
    シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    請求項1〜6のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  21. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項20に記載の宿主細胞。
  22. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項21に記載の宿主細胞。
  23. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列を含む、請求項1〜6および20のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  24. 核酸分子が、
    (a)配列番号2、4、5、または67のいずれかに記載の核酸の配列、
    (b)配列番号2、4、5、または67のいずれかに記載の核酸の配列に対して少なくとも65%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    から選択されるヌクレオチドの配列を含む、請求項1〜6および20〜23のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  25. 核酸の配列が、配列番号2、4、5、または67のいずれかに記載の核酸の配列に対して少なくとも98%の配列同一性を有する、請求項24に記載の宿主細胞。
  26. 核酸分子が、配列番号2、4、5、または67のいずれかに記載の核酸の配列を含む、請求項24に記載の宿主細胞。
  27. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、請求項1〜6および20〜26のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  28. コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、α−trans−ベルガモテンからの(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する、請求項1〜6および20〜27のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  29. コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンの水酸化を触媒しない、請求項1〜6および20〜28のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  30. シトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンの水酸化を触媒する、請求項1〜6および20〜29のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  31. シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子を含み、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分が、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、NADPHから電子受容体への2個の電子の伝達を触媒し、
    前記核酸分子が宿主細胞にとって異種性である、
    請求項1〜30のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  32. シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子を含む宿主細胞であって、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分が、配列番号12もしくは13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその対応する触媒活性部分に対して少なくとも80%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、NADPHから電子受容体への2個の電子の伝達を触媒し、
    前記核酸分子が前記宿主細胞にとって異種性である、
    前記宿主細胞。
  33. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項31または請求項32に記載の宿主細胞。
  34. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項33に記載の宿主細胞。
  35. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、Santalum属のP450レダクターゼポリペプチドである、請求項31〜34のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  36. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、Santalum albumのP450オキシダーゼポリペプチドである、請求項31〜35のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  37. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、請求項31〜36のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  38. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を含む、請求項31〜37のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  39. シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子が、
    (a)配列番号10または11に記載の核酸の配列、
    (b)配列番号10または11に記載の核酸の配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    を含むヌクレオチドの配列から選択される、請求項31〜38のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  40. シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子が、配列番号10または11に記載の核酸の配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有する核酸の配列を含む、請求項39に記載の宿主細胞。
  41. 核酸分子が、配列番号10または11に記載の核酸の配列を含む、請求項39に記載の宿主細胞。
  42. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが、配列番号14もしくは15に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号14もしくは15に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%もしくは99%のアミノ酸配列同一性を示す配列を含む触媒活性断片である、請求項31〜36のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  43. 核酸分子が、
    (a)配列番号63または64に記載の核酸の配列、
    (b)配列番号63または64に記載の核酸の配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    を含むヌクレオチドの配列から選択される触媒活性断片をコードする、請求項31〜36および42のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  44. 電子受容体が、シトクロムP450、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、またはスクアレンエポキシダーゼである、請求項31〜43のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  45. 電子受容体が、シトクロムP450である、請求項44に記載の宿主細胞。
  46. さらに、シトクロムP450のテルペン基質を産生するシンターゼをコードする核酸を含み、
    該シンターゼが宿主細胞にとって異種性である、
    請求項1〜45のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  47. コードされるテルペンシンターゼが、サンタレンシンターゼである、請求項46に記載の宿主細胞。
  48. コードされるテルペンシンターゼが、サンタレンおよび/またはベルガモテンの生成を触媒する、請求項46または請求項47に記載の宿主細胞。
  49. コードされるテルペンシンターゼが、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つもしくはその触媒活性断片に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列を含むサンタレンシンターゼである、請求項46〜48のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  50. コードされるテルペンシンターゼが、配列番号17、52、または53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列を含むサンタレンシンターゼである、請求項46〜49のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  51. 核酸分子が、サンタレンシンターゼであるテルペンシンターゼをコードし、
    該核酸分子が、配列番号58〜60のいずれかに記載のヌクレオチドの配列を含む、
    請求項46〜50のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  52. (a)シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子であって、
    該コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、配列番号50に対して少なくとも65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を示し、
    該コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒し、
    前記核酸分子が前記の宿主細胞にとって異種性である、
    (b)シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子であって、
    該核酸分子が前記の宿主細胞にとって異種性であり、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分が、配列番号12〜15に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号12〜15に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、および
    (c)サンタレンシンターゼをコードする核酸分子であって、
    該核酸分子が前記の宿主細胞にとって異種性であり、
    前記コードされるサンタレンシンターゼが、配列番号17、52、もしくは53のいずれかに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列あるいはその触媒活性断片を含む、
    を含む、請求項1〜51のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  53. (a)シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子であって、
    該コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、配列番号50に対して少なくとも65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    (b)シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子であって、
    該コードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分が、配列番号12〜15に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号12〜15に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
    (c)サンタレンシンターゼをコードする核酸分子であって、
    該コードされるサンタレンシンターゼが、配列番号17、52、もしくは53のいずれかに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれかに対して、少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列あるいはその触媒活性断片を含む、
    を含み、(a)または(b)に記載の核酸分子の少なくとも1つが、前記の宿主細胞にとって異種性である、宿主細胞。
  54. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、配列番号6〜9もしくは73〜77に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号6〜9もしくは73〜77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項52または請求項53に記載の宿主細胞。
  55. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項52〜54のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  56. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項52〜54のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  57. 原核細胞または真核細胞であることを特徴とする、請求項1〜56のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  58. 細菌、酵母、昆虫、植物、または哺乳動物細胞から選択される、請求項1〜57のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  59. 酵母細胞である、請求項1〜58のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  60. Saccharomyces属細胞またはPichia属細胞である、請求項59に記載の宿主細胞。
  61. Saccharomyces cerevisiae細胞である、請求項1〜60のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  62. 大腸菌細胞である、請求項1〜58のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  63. 非環式のピロホスファートのテルペン前駆体を産生する、請求項1〜62のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  64. 非環式のピロホスファートのテルペン前駆体が、ファルネシル二リン酸である、請求項63に記載の宿主細胞。
  65. ファルネシル二リン酸を天然に産生するか、または、改変されていない細胞と比較してより多くのファルネシル二リン酸を産生するように改変されている、請求項1〜64のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  66. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分をコードする単離された核酸分子であって、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、配列番号50に対して少なくとも65%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    前記核酸分子。
  67. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子であって、
    該核酸分子が、cDNAであり、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、配列番号50またはその対応する触媒活性部分に対して少なくとも65%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    前記核酸分子。
  68. 全長のコードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドが、配列番号50に対して少なくとも70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を示す、請求項66または請求項67に記載の核酸分子。
  69. 全長のコードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドが、配列番号50に対して少なくとも90%の配列同一性を示す、請求項68に記載の核酸分子。
  70. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、ビャクダン属のP450オキシダーゼポリペプチドである、請求項66〜69のいずれか一項に記載の核酸分子。
  71. 請求項66〜70のいずれか一項に記載の核酸分子であって、
    前記のコードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、Santalum albumのP450オキシダーゼポリペプチドであることを特徴とする核酸分子。
  72. P450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、CYP76ファミリーの一員である、請求項66〜71のいずれか一項に記載の核酸分子。
  73. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドもしくはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のアミノ酸の配列を含むか、または
    コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドもしくはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドもしくはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/もしくはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    請求項66〜72のいずれか一項に記載の核酸分子。
  74. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項73に記載の核酸分子。
  75. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも90%の配列同一性を示す、請求項74に記載の核酸分子。
  76. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号7、74、75、76、または77に記載のアミノ酸の配列を含む、請求項66〜73のいずれか一項に記載の核酸分子。
  77. 核酸分子が、
    (a)配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列、
    (b)配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列に対して少なくとも65%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    から選択されるヌクレオチドの配列を含む、請求項66〜76のいずれか一項に記載の核酸分子。
  78. 核酸分子が、配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列に対して少なくとも98%の配列同一性を有する核酸の配列を含む、請求項77に記載の核酸分子。
  79. 核酸分子が、配列番号3、68、69、70、または71のいずれかに記載の核酸の配列を含む、請求項77に記載の核酸分子。
  80. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、サンタレンの水酸化または一酸素添加を触媒する、請求項66〜79のいずれか一項に記載の核酸分子。
  81. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、サンタレンおよびベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、請求項65〜78のいずれか一項に記載の核酸分子。
  82. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、サンタレンからのサンタロールおよびベルガモテンからのベルガモトールの生成を触媒する、請求項66〜81のいずれか一項に記載の核酸分子。
  83. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたは触媒活性断片が、α−サンタレンからのα−サンタロール、β−サンタレンからのβ−サンタロール、epi−β−サンタレンからのepi−β−サンタロール、およびα−trans−ベルガモテンからのα−trans−ベルガモトールの生成を触媒する、請求項66〜82のいずれか一項に記載の核酸分子。
  84. サンタロールが、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、または(Z)−epi−β−サンタロールである、請求項83に記載の核酸分子。
  85. ベルガモトールが、(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールである、請求項83に記載の核酸分子。
  86. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列を含むか、または
    コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、
    シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    請求項66〜72のいずれか一項に記載の核酸分子。
  87. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項86に記載の核酸分子。
  88. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項87に記載の核酸分子。
  89. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号6、8、9、または73に記載のアミノ酸の配列を含む、請求項66〜72および86のいずれか一項に記載の核酸分子。
  90. 核酸分子が、
    (a)配列番号2、4、5、または67のいずれか1つに記載の核酸の配列、
    (b)配列番号2、4、5、または67のいずれか1つに記載の核酸の配列に対して少なくとも65%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    から選択されるヌクレオチドの配列を含む、請求項66〜72および86〜89のいずれか一項に記載の核酸分子。
  91. 核酸分子が、配列番号2、4、5、または67のいずれか1つに記載の核酸の配列に対して少なくとも98%の配列同一性を有する核酸の配列を含む、請求項90に記載の核酸分子。
  92. 核酸分子が、配列番号2、4、5、または67のいずれか1つに記載の核酸の配列を含む、請求項90に記載の核酸分子。
  93. コードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、請求項66〜72および86〜92のいずれか一項に記載の核酸分子。
  94. コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、α−trans−ベルガモテンからの(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールの生成を触媒する、請求項66〜72および86〜93のいずれか一項に記載の核酸分子。
  95. コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンの水酸化を触媒しない、請求項66〜72および86〜94のいずれか一項に記載の核酸分子。
  96. シトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンの水酸化を触媒する、請求項66〜72および86〜94のいずれか一項に記載の核酸分子。
  97. 請求項66〜96のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分であって、
    該シトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分。
  98. 配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項97に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分であって、
    該シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分。
  99. 配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、請求項97に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分であって、
    該シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性部分。
  100. シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分をコードする単離された核酸分子であって、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分が、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%の配列同一性を示し、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、NADPHから電子受容体への2個の電子の伝達を触媒する、
    前記単離された核酸分子。
  101. シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分をコードする核酸分子であって、
    該核酸分子がcDNAであり、
    前記コードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性部分が、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%の配列同一性を示し、
    前記のコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、NADPHから電子受容体への2個の電子の伝達を触媒する、
    前記核酸分子。
  102. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%のアミノ酸配列同一性を示す、請求項100または請求項102に記載の核酸分子。
  103. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、Santalum属のP450レダクターゼポリペプチドである、請求項100〜102のいずれか一項に記載の核酸分子。
  104. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性部分が、Santalum albumのP450オキシダーゼポリペプチドである、請求項100〜103のいずれか一項に記載の核酸分子。
  105. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、請求項100〜104のいずれか一項に記載の核酸分子。
  106. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、配列番号12または13に記載のアミノ酸の配列を含む、請求項100〜105のいずれか一項に記載の核酸分子。
  107. シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片をコードする核酸分子が、
    (a)配列番号10または11に記載の核酸の配列、
    (b)配列番号10または11に記載の核酸の配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    を含むヌクレオチドの配列から選択される、請求項100〜106のいずれか一項に記載の核酸分子。
  108. 核酸分子が、配列番号10または11に記載の核酸の配列を含む、請求項107に記載の核酸分子。
  109. コードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドが触媒活性断片であり、配列番号14もしくは15に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号14もしくは15に記載のアミノ酸の配列に対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%のアミノ酸配列同一性を示す配列を含む、請求項100〜104のいずれか一項に記載の核酸分子。
  110. 核酸分子が、触媒活性断片をコードし、
    (a)配列番号63または64に記載の核酸の配列、
    (b)配列番号63または64に記載の核酸の配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有する核酸の配列、ならびに
    (c)(a)および(b)の縮重物、
    を含むヌクレオチドの配列から選択される、請求項100〜104および109のいずれか一項に記載の核酸分子。
  111. 請求項33に記載のコードされるシトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片が、電子受容体が、シトクロムP450、ヘムオキシゲナーゼ、シトクロムb、またはスクアレンエポキシダーゼである、請求項100〜110のいずれか一項に記載の核酸分子。
  112. 電子受容体が、シトクロムP450である、請求項111に記載の核酸分子。
  113. 請求項100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性部分。
  114. 融合蛋白質である核酸分子であって、
    a)Santalum albumのシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片であって、該シトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片は、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒する、
    b)シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片であって、該シトクロムP450レダクターゼは、NADPHからシトクロムP450オキシダーゼ電子受容体への2個の電子の伝達を触媒する、ならびに
    c)サンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片であって、該サンタレンシンターゼは、前記シトクロムP450のサンタレンおよび/またはベルガモテンのテルペン基質の生成を触媒する、
    をコードする核酸分子から選択される、少なくとも2つのポリペプチドをコードする核酸の配列を含む、前記核酸分子。
  115. シトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸と、サンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸とを含み、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、配列番号6〜9もしくは73〜77に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号6〜9もしくは73〜77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、
    前記サンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片が、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つもしくはその触媒活性断片に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列を含む、
    請求項114に記載の核酸分子。
  116. シトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸と、シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片をコードする核酸とを含み、
    前記コードされるシトクロムP450オキシダーゼまたはその触媒活性断片が、配列番号6〜9もしくは73〜77に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号6〜9もしくは73〜77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、
    前記シトクロムP450レダクターゼまたはその触媒活性断片が、配列番号12〜15に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号12〜15に記載のシトクロムP450レダクターゼポリペプチドに対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
    請求項114に記載の核酸分子。
  117. サンタレンシンターゼもしくはその触媒活性断片をコードする核酸、および/またはシトクロムP450オキシダーゼもしくはその触媒活性断片をコードする核酸、および/またはシトクロムP450レダクターゼもしくはその触媒活性断片をコードする核酸が、直接的にまたはリンカーを介して連結される、請求項114〜116のいずれか一項に記載の核酸分子。
  118. 請求項66〜96のいずれか一項に記載の核酸分子を含む、ベクター。
  119. 請求項100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子を含む、ベクター。
  120. 請求項114〜117のいずれか一項に記載の核酸分子を含む、ベクター。
  121. ベクターが、原核生物ベクター、ウィルスベクター、または真核生物ベクターである、請求項118〜120のいずれか一項に記載のベクター。
  122. ベクターが、酵母ベクターである、請求項118〜121のいずれか一項に記載のベクター。
  123. 請求項66〜96または100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子を含み、
    該核酸分子またはベクターが細胞にとって異種性である、宿主細胞。
  124. 請求項118、119、121、または122に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  125. 請求項114〜117のいずれか一項に記載の核酸分子または請求項120〜122のいずれか一項に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  126. 原核細胞または真核細胞である、請求項123〜125のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  127. 細菌、酵母、昆虫、植物、および哺乳動物細胞から選択される、請求項123〜126のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  128. 酵母細胞であり、Saccharomyces属細胞またはPichia属細胞である、請求項123〜127のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  129. Saccharomyces cerevisiae細胞である、請求項123〜128のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  130. 大腸菌細胞である、請求項123〜127のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  131. 請求項118〜122のいずれか一項に記載のベクターを含む、トランスジェニック植物。
  132. 請求項66〜96または100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子を含み、
    該核酸分子が植物にとって異種性である、トランスジェニック植物。
  133. タバコである、請求項131または請求項132に記載のトランスジェニック植物。
  134. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片を産生するための方法であって、
    請求項66〜96のいずれか一項に記載の核酸分子または請求項118、121、もしくは122に記載のベクターを、細胞内に導入すること、
    前記細胞を、前記核酸またはベクターによってコードされるシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドの発現にとって適当な条件下において培養すること、および
    任意に、前記のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドを単離すること、
    を含む、前記方法。
  135. シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片を産生するための方法であって、
    請求項1〜30または123〜130のいずれか一項に記載の細胞を、前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドの発現にとって適当な条件下において培養すること、および
    任意に、前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドを単離すること、
    を含む、前記方法。
  136. 請求項134または請求項135に記載の方法によって産生される、シトクロムP450オキシダーゼポリペプチド。
  137. シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片を産生するための方法であって、
    請求項100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子または請求項119、121、もしくは122に記載のベクターを、細胞内に導入すること、
    前記細胞を、前記核酸またはベクターによってコードされるシトクロムP450レダクターゼポリペプチドの発現にとって適当な条件下において培養すること、および
    任意に、前記シトクロムP450レダクターゼポリペプチドを単離すること、
    を含む、前記方法。
  138. シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片を産生するための方法であって、
    請求項31〜45または123〜130のいずれか一項に記載の細胞を、前記シトクロムP450レダクターゼポリペプチドの発現にとって適当な条件下において培養すること、および
    任意に、前記シトクロムP450レダクターゼポリペプチドを単離すること、
    を含む、前記方法。
  139. 請求項137または請求項138に記載の方法によって産生される、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドまたはその触媒活性断片。
  140. サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を産生するための方法であって、
    (a)サンタレンおよび/またはベルガモテンと、請求項97〜99または136のいずれか一項に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドとを接触させること、および
    (b)任意に、前記のサンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を単離すること、
    を含む、前記方法。
  141. サンタレンが、α−サンタレン、β−サンタレン、およびepi−β−サンタレンから選択され、
    ベルガモテンが、α−trans−ベルガモテンである、
    請求項140に記載の方法。
  142. ステップ(a)が、P450レダクターゼの存在下において起こる、請求項140〜141のいずれか一項に記載の方法。
  143. P450レダクターゼが、請求項113または請求項139に記載のポリペプチドである、請求項142に記載の方法。
  144. ステップ(a)が、インビトロまたはインビボにおいて実施される、請求項140〜143のいずれか一項に記載の方法。
  145. ステップ(a)に先立って、非環式のピロホスファートのテルペン前駆体とサンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片とを、サンタレンおよび/またはベルガモテンの生成にとって適当な条件下において接触させる、請求項140〜144のいずれか一項に記載の方法。
  146. 前記サンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片が、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つもしくはその触媒活性断片に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列を含む、請求項145に記載の方法。
  147. 非環式のピロホスファートのテルペン前駆体とサンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片とを接触させるステップが、インビトロまたはインビボにおいて実施される、請求項145または請求項146に記載の方法。
  148. サンタロール、ベルガモトールおよび/またはその混合物を産生するための方法であって、
    (a)非環式のピロホスファートのテルペン前駆体とサンタレンシンターゼまたはその触媒活性断片とを、サンタレンおよび/またはベルガモテンの生成にとって適当な条件下において接触させること、
    (b)サンタレンおよび/またはベルガモテンとシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドとを接触させること、および
    (c)任意に、前記サンタロール、ベルガモトールおよび/またはその混合物を単離すること、
    を含み、
    ステップ(a)および(b)が、同時にまたは連続的に実施される、前記方法。
  149. ステップ(a)および(b)が、サンタレンシンターゼおよびP450シトクロムオキシダーゼを含有する融合ポリペプチドをコードする請求項114または115に記載の核酸分子を用いて実施される、請求項148に記載の方法。
  150. ステップ(b)がP450レダクターゼの存在下において起こる、請求項148または請求項149に記載の方法。
  151. P450レダクターゼが、請求項113または請求項139に記載のポリペプチドである、請求項150に記載の方法。
  152. ステップ(a)または(b)が、インビトロまたはインビボにおいて実施される、請求項148〜151のいずれか一項に記載の方法。
  153. 非環式のピロホスファートのテルペン前駆体が、ファルネシルピロリン酸である、請求項145〜152のいずれか一項に記載の方法。
  154. (i)ステップ(a)が、請求項97〜99および136のいずれか一項に記載の、または請求項66〜96のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドを含む宿主細胞を培養することによって、インビボで実施されるか、あるいは
    (ii)ステップ(a)が、請求項97〜99もしくは136のいずれか一項に記載の、または請求項66〜96のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドと、請求項113もしくは請求項139に記載の、または請求項100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450レダクターゼポリペプチドとを含む宿主細胞を培養することによってインビボで実施されるか、あるいは
    (iii)ステップ(a)が、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つに記載のアミノ酸の配列、または、配列番号17、52、もしくは53のいずれか1つもしくはその触媒活性断片に対して少なくとも80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一のアミノ酸の配列を含む、サンタレンシンターゼと、請求項97〜99もしくは136に記載の、または請求項66〜96のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450オキシダーゼと、請求項113もしくは139に記載の、または請求項100〜112のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされる、シトクロムP450レダクターゼとを含む宿主細胞を培養することによって、インビボで実施される、
    請求項140〜147のいずれか一項に記載の方法。
  155. シトクロムP450オキシダーゼ、シトクロムP450レダクターゼ、および/またはサンタレンシンターゼが、宿主細胞にとって異種性である、請求項154に記載の方法。
  156. サンタロールが、α−サンタロール、β−サンタロール、およびepi−β−サンタロールから選択され、
    ベルガモトールが、α−trans−ベルガモトールである、
    請求項140〜155のいずれか一項に記載の方法。
  157. サンタロールが、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、または(Z)−epi−β−サンタロールであり、
    ベルガモトールが、(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールである、
    請求項140〜156のいずれか一項に記載の方法。
  158. シトクロムP450オキシダーゼが、配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のアミノ酸の配列、または配列番号7、74、75、76、もしくは77に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、それによって、前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、サンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒し、
    方法が、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−α−trans−ベルガモトールの1つ以上を産生する、
    請求項140〜157のいずれか一項に記載の方法。
  159. シトクロムP450オキシダーゼが、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のアミノ酸の配列、または、配列番号6、8、9、もしくは73に記載のシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドに対して少なくとも65%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み、それによって、前記シトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片が、ベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒し、
    方法が、(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールの1つ以上を産生する、
    請求項140〜157のいずれか一項に記載の方法。
  160. サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を産生するための方法であって、
    (a)請求項1〜65または123〜130のいずれか一項に記載の宿主細胞を、サンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物の生成に適当な条件下において培養すること、および
    (b)任意に、前記のサンタロール、ベルガモトール、および/またはその混合物を単離すること、
    を含む、前記方法。
  161. 方法が、請求項31または33〜65のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養することを含み、それによって前記宿主細胞にとって異種性のシトクロムP450オキシダーゼおよびシトクロムP450レダクターゼを発現することを含む、請求項160に記載の方法。
  162. 方法が、請求項46〜65のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養し、それによって前記宿主細胞にとって異種性のサンタレンシンターゼ、シトクロムP450オキシダーゼ、およびシトクロムP450レダクターゼを発現することを含む、請求項160または請求項161に記載の方法。
  163. 方法が、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−α−trans−ベルガモトールの1つ以上を産生する、請求項160〜162のいずれか一項に記載の方法。
  164. 方法が、請求項55に記載の宿主細胞を培養し、それによって、前記宿主細胞がサンタレンおよび/またはベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒するシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片を発現することを含み、
    前記方法が、(E)−α−サンタロール、(Z)−α−サンタロール、(E)−β−サンタロール、(Z)−β−サンタロール、(E)−epi−β−サンタロール、(Z)−epi−β−サンタロール、(Z)−α−trans−ベルガモトール、または(E)−α−trans−ベルガモトールの1つ以上を産生する、
    請求項160〜163のいずれか一項に記載の方法。
  165. 方法が、請求項56に記載の宿主細胞を培養し、それによって、前記宿主細胞がベルガモテンの水酸化または一酸素添加を触媒するシトクロムP450オキシダーゼポリペプチドまたはその触媒活性断片を発現することを含み、
    前記方法が、(Z)−α−trans−ベルガモトールまたは(E)−α−trans−ベルガモトールを産生する、
    請求項160〜163のいずれか一項に記載の方法。
  166. 細胞が、細菌、酵母、昆虫、植物、または哺乳動物細胞から選択される原核細胞または真核細胞である、請求項154〜165のいずれか一項に記載の方法。
  167. 細胞が、Saccharomyces属細胞またはPichia属細胞である酵母細胞である、請求項154〜166のいずれか一項に記載の方法。
  168. 細胞が、Saccharomyces cerevisiae細胞である、請求項154〜167のいずれか一項に記載の方法。
  169. 細胞が、改変されていない細胞と比較してより多くのFPPを産生するように改変されている、請求項154〜168のいずれか一項に記載の方法。
  170. 非環式のピロホスファートのテルペン前駆体が、ファルネシルピロリン酸である、請求項154〜169のいずれか一項に記載の方法。
  171. サンタロール、ベルガモトール、またはその混合物が、有機溶媒による抽出および/またはカラムクロマトグラフィーによって単離される、請求項140〜170のいずれか一項に記載の方法。
  172. 請求項140〜171のいずれか一項に記載の方法によって産生された、サンタロールおよびベルガモトールを含む混合物。
JP2015540004A 2012-11-01 2013-10-31 シトクロムp450およびシトクロムp450レダクターゼポリペプチド、コードする核酸分子、ならびにそれらの用途 Ceased JP2015533285A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261796129P 2012-11-01 2012-11-01
US61/796,129 2012-11-01
US201361956086P 2013-05-31 2013-05-31
US61/956,086 2013-05-31
PCT/CA2013/050828 WO2014067007A1 (en) 2012-11-01 2013-10-31 Cytochrome p450 and cytochrome p450 reductase polypeptides, encoding nucleic acid molecules and uses thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2015533285A true JP2015533285A (ja) 2015-11-24
JP2015533285A5 JP2015533285A5 (ja) 2016-12-01

Family

ID=50626261

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2015540004A Ceased JP2015533285A (ja) 2012-11-01 2013-10-31 シトクロムp450およびシトクロムp450レダクターゼポリペプチド、コードする核酸分子、ならびにそれらの用途

Country Status (10)

Country Link
US (3) US9885023B2 (ja)
EP (1) EP2914729B1 (ja)
JP (1) JP2015533285A (ja)
CN (1) CN105121647A (ja)
AU (1) AU2013337574B2 (ja)
BR (1) BR112015009774A2 (ja)
CA (1) CA2889945A1 (ja)
ES (1) ES2911701T3 (ja)
HK (1) HK1214629A1 (ja)
WO (1) WO2014067007A1 (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2016533707A (ja) * 2013-09-19 2016-11-04 フイルメニツヒ ソシエテ アノニムFirmenich Sa 芳香性アルコールの製造方法

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3183353A2 (en) * 2014-08-21 2017-06-28 Givaudan S.A. Process for producing oxygenated products of valencene
US20170191086A1 (en) * 2015-12-30 2017-07-06 Natura Cosméticos S.A. Process for the transformation of essential oils comprising linalol
CN106350528B (zh) * 2016-09-12 2019-12-13 江南大学 一种亚麻刺盘孢的p450氧化酶及其基因序列
EP3532474B1 (en) * 2016-10-27 2024-03-27 Bayer AG 4,5-annulated 1,2,4-triazolones
CN108866142B (zh) * 2017-05-10 2022-08-16 中国科学院分子植物科学卓越创新中心 细胞色素p450、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸-细胞色素p450还原酶及其应用
CN111434773B (zh) * 2019-01-15 2021-06-18 天津大学 一种高产檀香油的重组酵母菌及其构建方法与应用
CN110305855B (zh) * 2019-06-26 2022-03-22 昆明理工大学 天麻GeCPR基因及其应用
CN110923249A (zh) * 2019-10-15 2020-03-27 贵州省烟草科学研究院 烟草CyP71及在调控植物表皮毛发育方面的应用
WO2021130241A1 (en) * 2019-12-23 2021-07-01 Firmenich Sa Biochemically produced sandalwood oil
CN110885841B (zh) * 2019-12-24 2022-04-12 河南科技大学 葡萄VyCYP89A2基因及其编码蛋白和基因在抗旱品种育种中的应用
CN112831519B (zh) * 2020-12-28 2022-10-21 上海交通大学 一种利用青蒿制备檀香醇的方法
CN115820683B (zh) * 2022-09-28 2024-04-05 西南大学 家蚕Cyp9a20基因及其应用
CN116536336B (zh) * 2023-03-15 2023-12-22 重庆文理学院 一种龙眼果实大小、数目调控基因DlCYP71B10-like及应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011000026A1 (en) * 2009-06-29 2011-01-06 The University Of Western Australia Terpene synthases from santalum

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5605793A (en) 1994-02-17 1997-02-25 Affymax Technologies N.V. Methods for in vitro recombination
US5834252A (en) 1995-04-18 1998-11-10 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
US5837458A (en) 1994-02-17 1998-11-17 Maxygen, Inc. Methods and compositions for cellular and metabolic engineering
WO1997007206A1 (en) 1995-08-11 1997-02-27 Okkels, Jens, Sigurd Method for preparing polypeptide variants
US7186891B1 (en) 1996-04-12 2007-03-06 University Of Kentucky, Research Foundation Plant cells and plants expressing chimeric isoprenoid synthases
US5824774A (en) 1996-04-12 1998-10-20 Board Of Trustees Of The University Of Kentucky Chimeric isoprenoid synthases and uses thereof
US8106260B2 (en) 1996-04-12 2012-01-31 The Board Of Trustees Of The University Of Kentucky Chimeric isoprenoid synthases and uses thereof
US6531303B1 (en) 1998-07-06 2003-03-11 Arkion Life Sciences Llc Method of producing geranylgeraniol
US20040249219A1 (en) 2000-07-05 2004-12-09 Saucy Gabriel G. Method of making teprenone
US6822142B2 (en) 2001-01-05 2004-11-23 Monsanto Company Transgenic plants containing altered levels of steroid compounds
EP1874934B1 (en) 2005-04-19 2013-11-27 University of Kentucky Research Foundation Transformed plants accumulating terpenes
EP2090662A3 (en) 2006-04-05 2012-10-31 Metanomics GmbH Process for the production of a fine chemical
EP2499257A1 (en) 2009-11-10 2012-09-19 Massachusetts Institute of Technology Microbial engineering for the production of chemical and pharmaceutical products from the isoprenoid pathway

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011000026A1 (en) * 2009-06-29 2011-01-06 The University Of Western Australia Terpene synthases from santalum

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2016533707A (ja) * 2013-09-19 2016-11-04 フイルメニツヒ ソシエテ アノニムFirmenich Sa 芳香性アルコールの製造方法

Also Published As

Publication number Publication date
EP2914729A4 (en) 2016-11-02
AU2013337574B2 (en) 2018-07-05
HK1214629A1 (zh) 2016-07-29
US20200270585A1 (en) 2020-08-27
ES2911701T3 (es) 2022-05-20
CN105121647A (zh) 2015-12-02
US9885023B2 (en) 2018-02-06
US20160108374A1 (en) 2016-04-21
WO2014067007A1 (en) 2014-05-08
CA2889945A1 (en) 2014-05-08
BR112015009774A2 (pt) 2017-12-05
US20180355326A1 (en) 2018-12-13
AU2013337574A1 (en) 2015-05-14
EP2914729B1 (en) 2022-01-26
EP2914729A1 (en) 2015-09-09

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20200270585A1 (en) Cytochrome p450 and cytochrome p450 reductase polypeptides, encoding nucleic acid molecules and uses thereof
Wakabayashi et al. CYP722C from Gossypium arboreum catalyzes the conversion of carlactonoic acid to 5-deoxystrigol
JP6735750B2 (ja) 含酸素テルペンの産生方法
Diaz-Chavez et al. Biosynthesis of sandalwood oil: Santalum album CYP76F cytochromes P450 produce santalols and bergamotol
EP2783004B1 (en) Diterpene synthases and method for producing diterpenoids
US9725740B2 (en) Sclareol and labdenediol diphosphate synthase polypeptides, encoding nucleic acid molecules and uses thereof
Goetz et al. Ergot cluster-encoded catalase is required for synthesis of chanoclavine-I in Aspergillus fumigatus
Rana et al. NADPH-cytochrome P450 reductase: molecular cloning and functional characterization of two paralogs from Withania somnifera (L.) Dunal
Huang et al. Aromatization of natural products by a specialized detoxification enzyme
US20120021475A1 (en) Method for producing (+)-zizaene
EP3126492A2 (en) Modified santalene synthase polypeptides, encoding nucleic acid molecules and uses thereof
Toporkova et al. Epoxyalcohol synthase activity of the CYP74B enzymes of higher plants
Chen et al. A terpene synthase-cytochrome P450 cluster in Dictyostelium discoideum produces a novel trisnorsesquiterpene
Gorina et al. Detection of unprecedented allene oxide synthase member of CYP74B subfamily: CYP74B33 of carrot (Daucus carota)
US20180094281A1 (en) Production of fragrant compounds
US8822187B1 (en) Polypeptides, nucleic acid molecules, and methods for synthesis of triterpenes
Wu Investigating labdane-related diterpenoids biosynthetic network in rice: characterization of cytochromes P450 and short-chain alcohol dehydrogenases/reductase
Ly Characterization of CYP264B1 and a terpene cyclase of a terpene biosynthesis gene cluster from the myxobacterium Sorangium cellulosum So ce56

Legal Events

Date Code Title Description
A529 Written submission of copy of amendment under article 34 pct

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A529

Effective date: 20150630

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20161012

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20161012

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20170906

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20171206

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20180206

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20180306

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20180803

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20181102

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20181228

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20190123

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20190508

A045 Written measure of dismissal of application [lapsed due to lack of payment]

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A045

Effective date: 20190912