JP2015522267A5 - - Google Patents

Claims (15)

1. 少なくとも一つのターゲットヌクレオチド配列をＰＣＲ増幅および検出するための方法であって、以下の連続的な工程を含む方法であり、方法が、
   ａ）装置を提供する工程であって、装置が、
   ０．０１ｍｍ〜１０ｍｍの断面を有するチャネル（３）、
   チャネル（３）と流体連通する試験片（４）であって、試験片（４）が、増幅されたターゲットヌクレオチド配列の少なくとも一つの第一の配列部分に対して、一以上の第一の相補的かつ特定のプローブ、またはその一対の異なる第二の分子に結合することが可能な、一対の異なるかつ相補的な分子のうちの少なくとも一つの第一の分子のいずれかを含み、第二の分子が、増幅されたターゲットヌクレオチド配列の第一の配列部分に結合する、試験片（４）、および
   異なる一定温度の少なくとも四つの区域を生成するための手段であって、少なくとも二つ又は三つの区域がチャネル（３）の異なる場所に位置し、第四の区域が試験片（４）に位置する、手段、
   を含む、装置を提供する工程と、
   ｂ）試料及びターゲットヌクレオチド配列のための増幅試薬を含む溶液をチャネル（３）内に導入する工程と、
   ｃ）溶液をチャネル（３）内で一定の動的流動によって循環させることによって、ターゲットヌクレオチド配列の、増幅され、場合によりラベルされた配列を生成する工程と、 ｄ）増幅された配列を試験片（４）に接触させる工程と、
   ｅ）第一のプローブと前記増幅された配列との間のハイブリダイゼーションによって、測定可能な検出シグナルを形成する錯体を生成する工程と、
   を含む、方法。
2. 工程ｂ）〜ｅ）が、閉鎖された仕方に設計された工程ａ）の装置において発生する、請求項１に記載の方法。
3. 増幅された配列が、複数の増幅サイクルのために構成された、異なる一定温度の二つ又は三つの区域を通過する複数のループを含むチャネル（３）内で生成されることを特徴とする、請求項１または２に記載の方法。
4. 一定の動的流動によってチャネル（３）内の試料の置換を可能にするシリンジポンプを用いて溶液をチャネル（３）内に導入し、
   吸引装置により、チャネル（３）内に一定の動的流動において溶液を導入、置き換え、 又は蠕動ポンプ（ローラーポンプ）により、一定の動的流動において溶液を置き換えることを特徴とする、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
5. 増幅試薬が一以上の一対のプライマーを包含し、
   各一対のプライマーの少なくとも一つが、ラベルされ、好ましくは、金属粒子、とりわけ金粒子、コロイド粒子、カラーもしくは常磁性粒子、ポリスチレン粒子、または蛍光要素によって形成される群より選択されたラベルによってラベルされ、
   蛍光ラベルが好ましくはシアニン（Ｃｙ５）または同様の蛍光特性を有するラベルであり、
   検出シグナルが好ましくはラベルによって形成された一以上の線又はドットからなり、
   より好ましくは、シグナルがラベルによって形成された４、６、８、９、１０、１２、１４、１６または３２ドット（のネットワーク）からなることを特徴とする、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
6. ハイブリダイゼーションされていない、増幅されたヌクレオチド配列の部分を、一以上の第二のラベルされたプローブとともに、第一のプローブに接触させ、
   ターゲットヌクレオチド配列が、単一鎖、二本鎖、部分的に二本鎖配列、またはＲＮＡ配列から逆転写されたｃＤＮＡ配列であることを特徴とする、請求項１〜５のいずれかの方法。
7. 工程ｂ）およびそれ以前の工程において、ＭＬＰＡ（多重ライゲーション依存性プローブ増幅）反応を包含することを特徴とする、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
8. シグナルの読み出しが、一以上の病原体による一以上の感染症の特定、および／または一以上の治療処理に対する一以上の病原体の耐性の特定に相関し、
   病原体が好ましくはバクテリアであり、耐性が一以上の抗生物質に対する耐性であり、
   シグナルの読み出しが食品の汚染の特定に相関する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
9. 同じ試料内に存在する複数のかつ異なるヌクレオチド配列（多重状況）の増幅および検出のための、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
10. 一対の異なるかつ相補的な分子が、ストレプトアビジン／ビオチン、アビジン／ビオチン、ストレプトアビジン／ビオチン、または抗ビオチン／ビオチン抗体からなる群より選択される、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
11. 請求項１〜１０のいずれかに記載の方法を適用するための手段を含む、少なくとも一つのターゲットヌクレオチド配列の迅速な増幅および検出のための装置であって、
    ０．０１ｍｍ〜１０ｍｍの断面を有するチャネル（３）と、
    チャネル（３）と流体連通する試験片（４）であって、試験片（４）が、増幅されたターゲットヌクレオチド配列の第一の配列部分の第一の相補的かつ特定のプローブ、またはその一対の異なる第二の分子に結合することが可能な、一対の異なるかつ相補的な分子のうちの少なくとも一つの第一の分子のいずれかを含み、第二の分子が、増幅されたターゲットヌクレオチド配列の第一の配列部分に（直接または間接的のいずれかで）結合する、試験片（４）と、を含み、
    チャネル（３）が、ＰＣＲによる複数の遺伝子増幅サイクルのために構成された三つ（少なくとも二つ）の異なる一定温度の区域を通過する複数のループを含む、装置。
12. 異なる一定温度の少なくとも四つの区域を生成するための手段を含み、三つの区域がチャネル（３）の異なる場所に位置し、第四の区域が試験片（４）に位置する、請求項１１に記載の装置。
13. チャネル（３）の端部において、試料のチャネル（３）内への導入および一定の動的流動を保証するシリンジポンプを含む、請求項１１または１２に記載の装置。
14. 試験片（４）が、試験片（４）の表面に、増幅されたヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションの後に線またはドットの形態の検出シグナルを生成することが可能な、第一のプローブ、および、場合により第二のプローブを包含し、
    シグナルが、４、６、８、９、１０、１２、１４、１６または３２ドット（のネットワーク）からなることを特徴とする、請求項１１〜１３のいずれかに記載の装置。
15. 請求項１１〜１４のいずれかに記載の装置、ならびに試験片（４）における、ＰＣＲによる（遺伝子）増幅およびオリゴクロマトグラフの検出のための培地および試薬を含み、
    好ましくは（場合によりラベルされた）プライマー、（場合によりラベルされた）プローブ、および／または場合により、試料を希釈するための手段、とりわけ、バッファーされた溶液を含み、
    ラベルが、金属粒子、ポリスチレン粒子、カラーもしくは（常）磁性粒子、コロイド粒子または蛍光要素からなる群より選択され、
    蛍光要素が、シアニン（Ｃｙ５）または同様の蛍光特性を有するラベルであり、
    一対の異なるかつ相補的な分子が、ストレプトアビジン／ビオチン、アビジン／ビオチン、ポリストレプトアビジン／ビオチン、または抗ビオチン／ビオチン抗体からなる群より選択される、
    少なくとも一つのターゲットヌクレオチド配列のためのＰＣＲ増幅および検出キット。