JP2015516964A - クロストリジウム・ディフィシル抗原 - Google Patents
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Abstract
本発明は、C.ディフィシル毒素A配列又はC.ディフィシル毒素B配列の残基1500〜1700からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含むポリペプチドに基づく組換えクロストリジウム・ディフィシル抗原に関するが;ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間に位置付けられる1つ又は複数のリピート単位(RU)を含まないという条件である。また、提供するのは、クロストリジウム・ディフィシル感染(CDI)の防止/処置/抑制のための前記抗原の使用であって、前記抗原を生成するための方法、前記抗原に結合する抗体を生成するための方法、及びCDIの防止/処置/抑制のための前記抗体の使用を一緒に伴う。
Description
本発明は、クロストリジウム・ディフィシル感染(CDI)の予防/処置/抑制のための抗原に関する。また、提供するのは、前記抗原を生成するための方法、前記抗原に結合する抗体を生成するための方法、及びCDIの予防/処置/抑制のための前記抗体の使用である。
クロストリジウム・ディフィシル感染(CDI)は、現在、世界中の病院における主要な問題である。細菌は、軽度の自己限定的な下痢から潜在的に生命を脅かす重度の大腸炎まで、いくつかの形態で顕在化する院内の抗生物質関連疾患を起こす。高齢患者は、これらの潜在的に生命を脅かす疾患からのリスクが最も高く、CDIの発生は、過去10年にわたり劇的に増加している。2010年に、英国において、CDIの21,000を上回る症例があり、2,700を上回る関連死を伴った。CDIは、英国National Health Serviceに、年間£500Mを超える負担をかける。
C.ディフィシルの種々の株が、多数の方法により分類されうる。最も一般に使用されるものの1つは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)リボタイピングであり、それにおいて、PCRを使用し、C.ディフィシルの16S−23S rRNA遺伝子の遺伝子間スペーサー領域を増幅する。これからの反応産物は、分離株の細菌リボタイプを同定する特徴的なバンドパターンを提供する。毒素タイピングは、別のタイピング方法であって、それにおいて、C.ディフィシル毒素についてコードするDNAから由来する制限パターンを使用し、株の毒素型を同定する。異なる株の毒素遺伝子の間で観察された制限パターンにおける違いは、また、C.ディフィシル毒素ファミリー内の配列変動を示している。例えば、毒素型III毒素Bにおける同じ領域と比較し、毒素型0毒素BのC末端60kDa領域と約13%の配列差がある。
C.ディフィシルの株は、多様な病原性因子を産生し、その間で注目すべきは、いくつかのタンパク質毒素である:毒素A、毒素B、及び、一部の株において、クロストリジウム・パーフリンジェンスイオタ毒素と同様のバイナリー毒素。毒素Aは、感染の病理において役割を果たし、腸コロニー形成過程に影響しうる大きなタンパク質細胞毒素/エンテロトキシンである。CDIの大流行が、毒素A陰性/毒素B陽性株を伴い報告されており、それは、毒素Bが、また、疾患病理において重要な役割を果たすことが可能であることを示す。
毒素A及び毒素Bをコードする遺伝子配列(それぞれMw308K及びMw269k)が公知である−例えば、Moncrief et al.(1997) Infect. Immun 63: 1105-1108を参照のこと。2つの毒素は、高い配列相同性を有し、遺伝子重複から生じたと考えられる。毒素は、また、共通の構造(図1を参照のこと)、すなわち、N末端グルコシルトランスフェラーゼドメイン、中央疎水性領域、4つの保存されたシステイン、及びC末端リピート単位(RU)の長いシリーズを共有する。
毒素A及びBの両方が、多段階機構を介してそれらの作用の機構を発揮し、それらは、その細胞表面上の受容体への結合、内在化を含み、細胞サイトゾル中へのエフェクタードメインの転位及び遊離、ならびに最後に細胞内作用が続く。前記の作用の機構は、Rhoファミリーの小GTPaseの不活性化を含む。この点において、毒素は、Rhoタンパク質のアミノ酸残基上へのグルコース部分(UDP−グルコースから)の移動を触媒する。毒素A及びBは、また、システインプロテアーゼの形態において第2酵素活性を含み、それは、転位後のサイトゾル中へのエフェクタードメインの放出において役割を果たすように見える。C.ディフィシルのバイナリー毒素は、その標的タンパク質上への、NADからのADPリボース部分の移動を含む機構により細胞アクチンを修飾する。
C.ディフィシル感染の処置のため現在の治療は、抗生物質、顕著には、メトロニダゾール及びバンコマイシンの使用に頼る。しかし、これらの抗生物質は、全ての場合において効果的ではなく、患者の20〜30%は、疾患の再発に苦しむ。主要な懸念は、英国における、より病原性のある株の出現であり、それらは、カナダにおいて2002年に最初に同定された。これらの株は、PCRリボタイプ027及び毒素型IIIに属するものを含み、以前に観察された、直接的に起因する3倍を上回る死亡率を伴うCDIを起こす。
新たな治療が、従って、特に緊急に要求される。なぜなら、現在の抗生物質の効力が、減少しているように見えるからである。
1つのアプローチは、毒素A及び/又は毒素Bに結合し、その活性を中和する抗体の使用である。これは、これらの毒素を放出しないC.ディフィシルの株(いわゆる、非毒素産生株)がCDIを起こさないとの知識に基づいている。例として、動物を免疫化し、それらの血清を採取し、抗体を、患者への投与のために精製することができる−これは、受動免疫化として定義される。別のアプローチにおいて、CDIを伴う患者又はそのような感染を発生するリスクのある被験者を、毒素A及び/又は毒素Bに対して向けられた、循環及び粘膜抗体における増加をもたらす抗原を用いて免疫化することができる−これは、能動免疫化として定義される。
能動免疫化及び受動免疫化の両方のための決定的な要件は、患者又は動物をそれぞれ免疫化するための適した抗原の可用性である。これらは、C.ディフィシルの適した毒素産生株が培養された培地から精製することができる天然毒素を含むことができる。このアプローチにはいくつかの欠点がある。毒素A及び毒素Bの両方が、少量の培養培地中に存在し、有意な喪失を招くことを伴わず、精製することは困難である。このように、世界中のニーズを満たすために必要な量を得るためには、費用がかかり、困難である。また、天然毒素は不安定で、有毒である。
上に言及する問題によって、利用可能なC.ディフィシルワクチン候補がほとんどない結果となっている。今日まで、後期段階の開発中のCDIワクチンだけが、天然(即ち、自然に生じる)毒素A及びBの混合物に基づいており、それらは、化学修飾により広範囲に不活性化されてきた(Salnikova et al 2008, J Pharm Sci 97: 3735-3752)。
天然毒素(及びそれらのトキソイド)の使用への1つの代替物は、毒素A及びBから由来する組換えフラグメントの設計、開発、及び使用を含む。C.ディフィシル感染を処置/防止する際での使用のために意図された既存の抗原の例は、毒素A又は毒素BのC末端リピート単位(RU)に基づくペプチドを含む−例えば、WO 00/61762を参照のこと。そのような抗原に伴う問題は、しかし、それらが、不良に免疫原性である(即ち、抗原が、不良な抗体力価を産生する)、又は、より高い抗体力価が産生される場合、抗体は、C.ディフィシル細胞毒性活性に対して不良な中和効力を実証する(即ち、不十分な中和抗体が産生される)ことである。
従って、当技術分野において、C.ディフィシル感染(CDI)に特異的に対処することが可能である新たなワクチン/治療/治療法についてのニーズがある。このニーズは本発明により対処され、それによって、上記問題の1つ又は複数が解決される。
要するに、本発明は、C.ディフィシル毒素A及び/又はBに対して強力な毒素中和応答を誘導することができる抗原を提供する。本発明は、また、組換え抗原を調製するための方法、及び治療的抗体の大規模調製を可能にするための免疫原としてのその使用を提供する。前記抗体は、C.ディフィシル毒素A及び/又はBに対して強力な毒素中和応答を誘導することができ、従って、予防的及び/又は治療的適用を有する。
上に言及する通り(例えば、WO 00/61762を参照のこと)、以前の試験では、毒素A及び/又は毒素BのC末端、リピート単位(RU)に基づくワクチン調製物が記載されている。前記RUフラグメントは、不良な毒素中和効果を有し、及び/又は大量に製造するのが困難である。
対照的に、本発明は、毒素A及び/又は毒素Bのリピート単位(RU)の1つ又は複数(例えば、全て)を含まない又は含む毒素A及び/又は毒素Bに基づくC.ディフィシルポリペプチド抗原を提供する。本発明のポリペプチド抗原は、毒素の中央領域からの1つ又は複数のドメインからなる又はそれを含む。本発明の前記抗原は、良好な毒素中和免疫応答を実証し、及び/又は容易に大量に製造される。
本発明者らは、驚くべきことに、エフェクタードメインとRUの領域の間の中央領域からの1つ又は複数のドメインからなる又はそれを含むC.ディフィシル抗原ポリペプチド(図1を参照のこと)が、RUの1つ又は複数を含む、対応するC.ディフィシル毒素フラグメントと比較した場合、大きく増強された保護(毒素中和)免疫応答を提供することを特定している(表1及び2を参照のこと)。一実施態様において、C.ディフィシル抗原ポリペプチドは、毒素Bフラグメントを含む。
表1及び2中のデータの比較によって、本発明のポリペプチド抗原が、C.ディフィシル毒素のC末端リピート単位の1つ又は複数を含む、対応するポリペプチド(TxB2と指定されたポリペプチドにより例示される)のものよりも、大幅により強力な毒素中和免疫応答を誘発することが確認される。より詳細において、18週間の免疫化期間後、本発明のポリペプチドにより提供される毒素中和免疫応答は、対応するRU含有ポリペプチドにより提供されるものよりも60倍より高かった。このように、本発明のポリペプチドは、強力な毒素中和免疫応答を誘導する。
これらの知見は、多数の理由のため、驚くべきことである。最も重要なことに、動物が、C.ディフィシル毒素の中央ドメインフラグメント(残基510〜1530からなるフラグメント、及び残基1530〜1750からなるフラグメント)を用いて別々に免疫化された以前の試験では、これらのフラグメントが、毒素中和抗体の産生を誘発しないことが報告された(Kink & Williams (1993) Infect. Immun. 66: 2018-2025)。本試験は、従って、残基510〜1530内のドメインが、有意な抗体結合構造決定基に寄与しないことを示唆する。また、さらなる試験では、C.ディフィシルの全体に対して産生された抗体が、全RU領域単独からなるフラグメントを認識し、C.ディフィシルの同じ毒素の残基901〜1750に基づく中央毒素領域からなるフラグメントを認識しなかったことが示されている(Genth et al., (2000) Infect. Immun., 68: 1094-1101)。本試験は、従って、残基901〜1750内のドメインが、有意な抗体結合構造決定基に寄与しないことを示唆する。さらに、C.ディフィシル毒素のエフェクタードメイン(残基1〜543)への抗体が、強力な免疫応答(簡単な酵素免疫アッセイにより測定される)を誘発することが示されており、前記抗体は、毒素中和活性を有さず、毒素への抗体結合が、毒素中和に対応しないことを示している(Roberts et al.(2012) Infect. Immun., 80: 875-882)。まとめると、従って、エフェクタードメインとリピート領域の間に位置付けられる、C.ディフィシル毒素の中央ドメインに基づく組換え免疫原が、そのような強力な毒素中和免疫応答を誘導することが可能であることは、極度に驚くべきことである。
本発明の一局面は、C.ディフィシル毒素Aの残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間のRU単位の1つ又は複数(例えば、全て)ではないという条件で、C.ディフィシル毒素A配列の残基1500〜1700(例えば、1450〜1750又は1400〜1800)からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、それからなる、又はそれを含むポリペプチドを提供する。一実施態様において、前記ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の配列を欠く。
本発明の別の局面は、C.ディフィシル毒素Aの残基1851〜2710又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間のRU単位のいずれかを含まないという条件で、C.ディフィシル毒素A配列の残基542〜1850からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、それからなる、又はそれを含むポリペプチドを提供する。一実施態様において、前記ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の配列を欠く。
C.ディフィシル毒素A配列への参照は、自然に生じるC.ディフィシル毒素A(また、C.ディフィシル毒素A参照配列として言及される)のアミノ酸配列を意味する。そのような配列の例は、当業者により容易に理解され、単に例示目的のために、より一般の自然に生じる毒素B配列の一部が、本明細書において(例えば、配列番号1&3を参照のこと)ならびに文献全体を通して同定される。
本明細書全体を通した「少なくとも80%の配列同一性」への参照は、語句「に基づく」と同義と考えられ、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも93%、少なくとも95%、少なくとも97%、少なくとも99%、及び100%配列同一性の1つ又は複数を包含しうる。配列同一性を評価する場合、定義された数の連続アミノ酸配列を有する参照配列を、本発明のポリペプチドの対応する部分からのアミノ酸配列(同じ数の連続アミノ酸残基を有する)を伴い整列させる。
一実施態様において、ポリペプチドアミノ酸配列は、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1500〜1700又はアミノ酸残基1450〜1750、又はアミノ酸残基1400〜1800に基づく(即ち、少なくとも80%の配列同一性を有する)。別の実施態様において、ポリペプチドアミノ酸配列は、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基544〜1850、例えばアミノ酸残基564〜1850、アミノ酸残基584〜1850、アミノ酸残基594〜1850、アミノ酸残基614〜1850、アミノ酸残基634〜1850、アミノ酸残基654〜1850、アミノ酸残基674〜1850、アミノ酸残基694〜1850、アミノ酸残基714〜1850、アミノ酸残基734〜1850、アミノ酸残基754〜1850、アミノ酸残基767〜1850、アミノ酸残基770〜1850、アミノ酸残基774〜1850、アミノ酸残基794〜1850、アミノ酸残基814〜1850、アミノ酸残基834〜1850、アミノ酸残基854〜1850、アミノ酸残基874〜1850、アミノ酸残基894〜1850、アミノ酸残基914〜1850、アミノ酸残基934〜1850、アミノ酸残基954〜1850、アミノ酸残基974〜1850、アミノ酸残基994〜1850、アミノ酸残基1014〜1850、アミノ酸残基1034〜1850、アミノ酸残基1054〜1850、アミノ酸残基1074〜1850、アミノ酸残基1094〜1850、アミノ酸残基1104〜1850、アミノ酸残基1124〜1850、アミノ酸残基、アミノ酸残基1131〜1850、アミノ酸残基1144〜1850、アミノ酸残基1164〜1850、アミノ酸残基1184〜1850、アミノ酸残基1204〜1850、アミノ酸残基1224〜1850、アミノ酸残基1244〜1850、アミノ酸残基1264〜1850、アミノ酸残基1284〜1850、アミノ酸残基1304〜1850、アミノ酸残基1324〜1850、アミノ酸残基1344〜1850、アミノ酸残基1450〜1750又はアミノ酸残基1550〜1850などであるが;ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素Aの残基1851〜2710又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間のRU単位の1つ又は複数(例えば、全て)を含まないという条件である。一実施態様において、前記ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の配列を欠く。例だけにより、上のアミノ酸位置のナンバリングは、配列番号1及び/又は3として同定されたC.ディフィシル毒素A配列を指しうる。
一実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素A配列のアミノ酸残基542〜1850(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号5及び6を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
別の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、システインプロテアーゼ活性を実質的に欠く毒素A配列のアミノ酸残基542〜1850(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号7を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
別の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素A配列のアミノ酸残基770〜1850(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号8を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
別の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素A配列のアミノ酸残基1130〜1850(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号9を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
本発明の関連する局面は、C.ディフィシル毒素Aの残基1851〜2710又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間のRU単位の1つ又は複数(例えば、いずれか)を含むという条件で、C.ディフィシル毒素B配列の残基1500〜1700(例えば、1450〜1750又は1400〜1800)からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、それからなる、又はそれを含むポリペプチドを提供する。一実施態様において、前記ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の配列を欠く。
本発明の別の局面において、ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素Aの残基1851〜2710又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間のRU単位の1つ又は複数(例えば、いずれか)を含まないという条件で、C.ディフィシル毒素B配列の残基543〜1852からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、それからなる、又はそれを含むポリペプチドを提供する。一実施態様において、前記ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の配列を欠く。
C.ディフィシル毒素B配列への参照は、自然に生じるC.ディフィシル毒素B(また、C.ディフィシル毒素B参照配列として言及される)のアミノ酸配列を意味する。そのような配列の例は、当業者により容易に理解され、単に例示目的のために、より一般の自然に生じる毒素B配列の一部が、本明細書において(例えば、配列番号2&4を参照のこと)ならびに文献全体を通して同定される。
一実施態様において、ポリペプチドアミノ酸配列は、C.ディフィシル毒素Bのアミノ酸残基1500〜1700もしくはアミノ酸残基1450〜1750、又はアミノ酸残基1400〜1800に基づいている(即ち、それと少なくとも80%の配列同一性を有する)。別の実施態様において、ポリペプチドアミノ酸配列は、C.ディフィシル毒素Bのアミノ酸残基544〜1852、例えばアミノ酸残基564〜1852、アミノ酸残基584〜1852、アミノ酸残基594〜1852、アミノ酸残基614〜1852、アミノ酸残基634〜1852、アミノ酸残基654〜1852、アミノ酸残基674〜1852、アミノ酸残基694〜1852、アミノ酸残基714〜1852、アミノ酸残基734〜1852、アミノ酸残基754〜1852、アミノ酸残基767〜1852、アミノ酸残基770〜1852、アミノ酸残基774〜1852、アミノ酸残基794〜1852、アミノ酸残基814〜1852、アミノ酸残基834〜1852、アミノ酸残基854〜1852、アミノ酸残基874〜1852、アミノ酸残基894〜1852、アミノ酸残基914〜1852、アミノ酸残基934〜1852、アミノ酸残基954〜1852、アミノ酸残基974〜1852、アミノ酸残基994〜1852、アミノ酸残基1014〜1852、アミノ酸残基1034〜1852、アミノ酸残基1054〜1852、アミノ酸残基1074〜1852、アミノ酸残基1094〜1852、アミノ酸残基1104〜1852、アミノ酸残基1124〜1852、アミノ酸残基1131〜1852、アミノ酸残基1144〜1852、アミノ酸残基1164〜1852、アミノ酸残基1184〜1852、アミノ酸残基1204〜1852、アミノ酸残基1224〜1852、アミノ酸残基1244〜1852、アミノ酸残基1264〜1852、アミノ酸残基1284〜1852、アミノ酸残基1304〜1852、アミノ酸残基1324〜1852、アミノ酸残基1344〜1852、アミノ酸残基1450〜1750又はアミノ酸残基1550〜1800、アミノ酸残基1450〜1750又はアミノ酸残基1550〜1850などであるが;ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素Aの残基1851〜2710又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間のRU単位の1つ又は複数(例えば、全て)を含まないという条件である。一実施態様において、前記ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の配列を欠く。例だけにより、上のアミノ酸位置のナンバリングは、配列番号2及び/又は4として同定されたC.ディフィシル毒素B配列を指しうる。
一実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素B配列のアミノ酸残基543〜1852(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号10又は11を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
別の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、システインプロテアーゼ活性を実質的に欠く、毒素B配列のアミノ酸残基543〜1852(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号12を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
別の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素B配列のアミノ酸残基767〜1852(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号13を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
他の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素B配列のアミノ酸残基1145〜1852(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号14を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
別の実施態様において、ポリペプチドを提供し、それは、毒素B配列のアミノ酸残基1350〜1852(又はその部分)に基づく配列を含む又はそれからなる。例は、アミノ酸配列配列番号15を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
本発明の抗原ポリペプチドは、システインプロテアーゼ活性を実質的に欠きうる。別の(又は同じ)の実施態様において、抗原は、グルコシルトランスフェラーゼ活性を実質的に欠く。例えば、前記活性(活性)を提供するアミノ酸配列は、本発明の抗原から非存在でありうる(例えば、欠失させうる)。あるいは、そのような活性を提供するために必須の重要アミノ酸残基を、改変又は欠失してもよい。毒素Aのシステインプロテアーゼ活性を実質的に低下させるためのアミノ酸改変の例は、システイン700をアラニンへ、ヒスチジン655をアラニンへ、アスパラギン酸589をアスパラギンへ、又はこれらの変異の複数の組み合わせである。毒素Bのシステインプロテアーゼ活性を実質的に低下させるためのアミノ酸改変の例は、システイン698をアラニンへ、ヒスチジン653をアラニンへ、アスパラギン酸587をアスパラギンへ、又はこれらの変異の複数の組み合わせである。毒素Aのグルコシルトランスフェラーゼ活性を実質的に低下させるためのアミノ酸改変の例は、アスパラギン酸285をアラニンへ、アスパラギン酸287をアラニンへ、又は両方の変異の組み合わせである。毒素Bのグルコシルトランスフェラーゼ活性を実質的に低下させるためのアミノ酸改変の例は、アスパラギン酸286をアラニンへ、アスパラギン酸288をアラニンへ、又は両方の変異の組み合わせである。これらの酵素活性は、天然毒素A及び/又は毒素Bに存在し、前記毒素のN末端ドメインと関連付けられる(図1、ならびに/あるいは配列番号1、2、3、及び4を参照のこと)。
本発明の抗原ポリペプチドは、天然C.ディフィシル毒素のグリコシルトランスフェラーゼ(エフェクター)ドメイン(アミノ酸残基1〜542毒素A;アミノ酸残基1〜543毒素B)を実質的に欠きうる。一実施態様において、抗原ポリペプチドは、天然C.ディフィシル毒素の機能的なグリコシルトランスフェラーゼ(エフェクター)ドメイン(アミノ酸残基1〜542毒素A;アミノ酸残基1〜543毒素B)を欠く。別の(又は同じ)実施態様において、抗原は、天然C.ディフィシル毒素のシステインプロテアーゼドメイン(アミノ酸残基543〜770毒素A;544〜767毒素B)を実質的に欠く。一実施態様において、抗原ポリペプチドは、天然C.ディフィシル毒素の機能的なシステインプロテアーゼドメイン(アミノ酸残基543〜770毒素A;アミノ酸残基544〜767毒素B)を欠く。一実施態様において、抗原ポリペプチドは、天然C.ディフィシル毒素の機能的な転位ドメイン(アミノ酸残基770〜1850毒素A;アミノ酸残基767〜1852毒素B)を含む又はそれからなる。一実施態様において、抗原ポリペプチドは、天然C.ディフィシル毒素の完全な又は完全長の転位ドメイン(アミノ酸残基770〜1850毒素A;アミノ酸残基767〜1852毒素B)を含む又はそれからなる。一実施態様において、抗原ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素B配列の残基850〜1330、又は1500〜1800、又は660〜1255、又は1256〜1852、又は543〜1692からなるアミノ酸配列あるいはC.ディフィシル毒素B配列の残基660〜1100又は1100〜1610からなるアミノ酸配列を含まない。
前記アミノ酸残基ナンバリングは、任意の毒素A又は毒素B毒素型、例えば、本明細書において列挙する参照毒素A及び/又は毒素B毒素型配列番号の任意の1つ又は複数を指す。したがって、前記アミノ酸残基ナンバリングは、本明細書において列挙する任意の特定の毒素A及び/又は毒素B参照配列(それと少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも93%、少なくとも95%、少なくとも97%、又は少なくとも99%を有するアミノ酸配列変異体を含む)を指しうる。
本発明の抗原ポリペプチドは、抗原の1つの部分が、毒素A及び/又は毒素Bの中央ドメインから由来し、抗原の第2部分が、C.ディフィシルの細菌表面層タンパク質成分(SLP)のドメイン(又はそのフラグメント)に基づく、キメラを含む。前記ドメインの包含は、本発明者らにより同定されており、いくつかの利点を付与する。そのようなSLPドメインは、本発明の抗原ポリペプチドの可溶性発現を促進する。また、これらのSLPドメインはC.ディフィシル起源であるため、免疫化の前に、コンストラクトから切断し、次に除去することは不必要である。実際に、本発明者らは、そのようなドメインへの抗体は、インタクトなC.ディフィシル細菌を認識し、細菌のコロニー形成のプロセスを防止する又は遅くすることにより、追加の治療的利益をもたらすと考える。そのようなC.ディフィシルのSLPドメインの例は、C.ディフィシル遺伝子CD2767(又はそのフラグメント)からのポリペプチド産物を含む又はそれからなるポリペプチドに基づく。特定の例として、参照は、C.ディフィシル遺伝子CD2767のポリペプチド産物のアミノ酸残基27〜401(又はその部分)に基づくポリペプチドフラグメントに作られる−例えば、アミノ酸配列配列番号16からなる又はそれを含むポリペプチドを参照のこと。そのようなドメインは、例えば、本発明のポリペプチドのN末端及び/又はC末端に位置付けられうる。
例えば、本発明の一実施態様において、ポリペプチド抗原を提供し、それは、CD 2767ポリペプチド(例えば、その残基27〜401に基づく)及び本明細書において上に定義する通りのC.ディフィシル毒素ポリペプチド(例えば、中央ドメイン)からなる又はそれを含む。
別の実施態様において、ポリペプチド抗原を提供し、それは、CD 2767ポリペプチド(例えば、その残基27〜401に基づく)及び毒素A配列のアミノ酸残基770〜1850(又はその部分)からなる又はそれを含むアミノ酸配列に基づくC.ディフィシル毒素ポリペプチドからなる又はそれを含む。
別の実施態様において、ポリペプチド抗原を提供し、それは、CD 2767ポリペプチド(例えば、その残基27〜401に基づく)及び毒素A配列のアミノ酸残基542〜1850(又はその部分)からなる又はそれを含むアミノ酸配列に基づくC.ディフィシル毒素ポリペプチドからなる又はそれを含む。例は、アミノ酸配列配列番号17を含む又はそれからなるポリペプチドとして同定される。
本発明の関連する実施態様において、抗原を提供し、それは、毒素B配列のアミノ酸残基767〜1852(又はその部分)を伴うCD 2767ポリペプチド残基27〜401(又はその部分)のキメラからなる。配列番号18を参照のこと。
本発明の別の実施態様において、ポリペプチド抗原を提供し、それは、CD 2767ポリペプチド(例えば、その残基27〜401に基づく)及び毒素B配列のアミノ酸残基543〜1852(又はその部分)からなる又はそれを含むアミノ酸配列に基づくC.ディフィシル毒素ポリペプチドからなる又はそれを含む。
本発明の抗原ポリペプチドは、SPLへ追加的に(又は代わりに)、他の融合タンパク質パートナーを含み、可溶性発現を促進しうる。融合タンパク質パートナーは、抗原コンストラクトのN又はC末端で付着されうるが、しかし、通常は、N末端に置かれる。融合パートナーの例は、NusA、チオレドキシン、マルトース結合タンパク質、小さなユビキチン様分子(Sumoタグ)である。精製の間に融合タンパク質パートナーの除去を促進するために、固有のプロテアーゼ部位を、融合タンパク質パートナーと融合タンパク質自体の間に挿入してもよい。そのようなプロテアーゼ部位は、トロンビン、Xa因子、エンテロキナーゼ、PreScission(商標)、Sumo(商標)についてのものを含みうる。あるいは、融合タンパク質パートナーの除去は、融合タンパク質パートナーと融合タンパク質自体の間のインテイン配列の包含を介して達成されうる。インテインは、自己切断タンパク質であり、刺激(例えば、低下したpH)に応答して、インテインと抗原コンストラクトの間の接合部での自己スプライシングが可能であり、このように、特異的プロテアーゼの添加についての必要性を排除する。インテインの例は、マイコバクテリウム・ツベルクローシス(RecA)、及びパイロコッカス・ホリコシ(RadA)から由来するドメインを含む(Fong et al. (2010) Trends Biotechnol. 28: 272-279)。
精製を促進するために、本発明の抗原は、1つ又は複数の精製タグを含み、特定のクロマトグラフィー工程(例えば、金属イオンキレート、親和性クロマトグラフィー)が精製プロセスに含まれることを可能にしうる。そのような精製タグは、例えば、リピートヒスチジン残基(例えば、6〜10のヒスチジン残基)、マルトース結合タンパク質、グルタチオンSトランスフェラーゼ、及びストレプトアビジンを含みうる。これらのタグは、本発明のポリペプチド抗原のN及び/又はC末端で付着されうる。そのようなタグの除去を精製の間に促進するために、プロテアーゼ部位及び/又はインテイン(上の例)を、ポリペプチドと精製タグの間に挿入してもよい。本発明の毒素A及びB由来抗原のための発現コンストラクトの例を、配列番号17、18、19、及び20に示す。
このように、本発明の典型的な抗原コンストラクト(N末端から開始する)は、以下を含みうる:
− 第1精製タグ
− 任意の融合タンパク質パートナー(発現を促進するため)及び/又は任意のSLP
− 第1(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 毒素A及び/又はB抗原配列
− 任意の第2(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 任意の第2精製タグ。
− 第1精製タグ
− 任意の融合タンパク質パートナー(発現を促進するため)及び/又は任意のSLP
− 第1(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 毒素A及び/又はB抗原配列
− 任意の第2(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 任意の第2精製タグ。
第1及び第2精製タグは、同じ又は異なりうる。同様に、第1及び第2のプロテアーゼ/インテイン配列は、同じ又は異なりうる。第1及び第2選択肢は、好ましくは、異なっており、選択的で制御可能な切断/精製を可能にする。
一実施態様において、本発明の抗原は、キメラであり、中央ドメイン毒素A及び/又はBに基づく毒素抗原配列との併用において、C.ディフィシル表面タンパク質の部分又はドメインからなる。
したがって、一実施態様において、本発明のポリペプチドは、以下を含みうる(N末端から開始する):
− 第1精製タグ
− 第1(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 毒素A又はB及びSLPのキメラである抗原配列
− 任意の第2(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 任意の第2精製タグ。
− 第1精製タグ
− 第1(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 毒素A又はB及びSLPのキメラである抗原配列
− 任意の第2(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 任意の第2精製タグ。
スペーサーを導入し、精製タグをポリペプチドから遠ざけてもよい−これは、親和性精製カラム媒質への結合効率を増加するのを助けうる。スペーサーは、精製タグの(直ぐ)後又は融合タンパク質パートナー成分とポリペプチド自体の残分の間に配置されうる。同様に、スペーサーを用いて、融合タンパク質パートナー及び/又はSLPをC.ディフィシル毒素成分から遠ざけてもよい。典型的なスペーサー配列は、直線状又はアルファ−ヘリックス構造のいずれかを与えるための10〜40の間のアミノ酸残基からなりうる。
したがって、一実施態様において、本発明のポリペプチドは、以下を含みうる(N末端から開始する):
− 第1精製タグ
− 任意の第1スペーサー配列
− 融合タンパク質パートナー(発現を促進するため)及び/又はSLP
− 任意の第2スペーサー配列
− (好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 毒素A及び/又はB由来の抗原配列
− 任意の第2(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 任意の第3スペーサー配列
− 任意の第2精製タグ。
− 第1精製タグ
− 任意の第1スペーサー配列
− 融合タンパク質パートナー(発現を促進するため)及び/又はSLP
− 任意の第2スペーサー配列
− (好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 毒素A及び/又はB由来の抗原配列
− 任意の第2(好ましくは特異的な)プロテアーゼ配列又はインテイン配列
− 任意の第3スペーサー配列
− 任意の第2精製タグ。
本発明のコンストラクトをコードする遺伝子を、PCRにより、C.ディフィシルのゲノムDNAから生成し、標準的な方法により配列決定し、完全性を確実にしうる。あるいは及び好ましくは、遺伝子を合成し、発現宿主(例えば、大腸菌、バチルス・メガテリウム)についての最適なコドンバイアスを提供しうる。このように、本発明は、本発明の上記ポリペプチドをコードする、対応する核酸配列を提供する。
したがって、本発明の第2局面は、本発明の上記ポリペプチド抗原の1つ又は複数を発現するための方法を提供し、前記方法は以下を含む:
1)宿主細胞において前記ポリペプチド抗原の1つまたは複数をコードする核酸配列を提供すること、それにおいて、前記核酸配列は、プロモーターに作動可能に連結されている;及び
2)宿主細胞中で核酸配列を発現すること。
1)宿主細胞において前記ポリペプチド抗原の1つまたは複数をコードする核酸配列を提供すること、それにおいて、前記核酸配列は、プロモーターに作動可能に連結されている;及び
2)宿主細胞中で核酸配列を発現すること。
本発明の抗原ペプチドは、多くの方法において、ヒト又は動物での使用のためのワクチンとして製剤化されうる。例えば、製剤は、分子内架橋を導入するための薬剤を用いた処理を含みうる。そのような薬剤の1つの例は、ホルムアルデヒドであり、それは、例えば、本発明の抗原ポリペプチドと、1〜24時間の間にわたりインキュベートされうる。あるいは、より長いインキュベーション時間、例えば、2、4、6、8、又は10日間までを用いてもよい。そのような薬剤を用いた処理に続き、本発明の抗原を、適したアジュバントと組み合わせてもよく、それは、抗原がヒト又は動物での使用のために意図されているか否かに依存して異なりうる。
ヒト又は動物のワクチン製剤は、本発明のポリペプチドを含みうる。このように、一実施態様において、本発明のワクチン製剤手順は、以下の工程を含む:
− 本発明の組換えポリペプチドを、適した緩衝液系中で提供すること
− 場合により(好ましくは)、前記混合物を、トキソイド化成分(例えばホルムアルデヒドなど)を用いて処理すること
− 場合により、ポリペプチドを新たな緩衝系に移すこと
− ポリペプチドを、1つ又は複数の適したアジュバント及び、場合により、他の賦形剤と組み合わせること。
− 本発明の組換えポリペプチドを、適した緩衝液系中で提供すること
− 場合により(好ましくは)、前記混合物を、トキソイド化成分(例えばホルムアルデヒドなど)を用いて処理すること
− 場合により、ポリペプチドを新たな緩衝系に移すこと
− ポリペプチドを、1つ又は複数の適したアジュバント及び、場合により、他の賦形剤と組み合わせること。
したがって、本発明の第3局面は、C.ディフィシル毒素A及び/又は毒素Bに結合する抗体の生成における使用のための、本発明の上記ポリペプチドの1つ又は複数を提供する。一実施態様において、前記抗体は、C.ディフィシル毒素A及び/又は毒素Bに結合し、それを中和する。
動物の免疫化のために、個々のC.ディフィシル毒素又は組み合わせについて特異的な抗体を産生するために、本発明のC.ディフィシル組換え抗原ポリペプチドを、別々に又は組み合わせにおいて、同時に又は連続的のいずれかで、免疫原として使用してもよい。例えば、2つ又はそれ以上の組換え抗原を、一緒に混合し、単一の免疫原として使用してもよい。あるいは、C.ディフィシル毒素抗原(例えば、毒素A由来)を、第1動物群での最初の免疫原として別々に使用してもよく、別のC.ディフィシル毒素抗原(例えば、毒素B由来)を、第2動物群に別々に使用してもよい。別々の免疫化により産生された抗体を、組み合わせ、C.ディフィシル毒素に対して向けられた抗体組成物をもたらしうる。動物/獣医学的使用のための適したアジュバントの非限定的な例は、フロイント(完全及び不完全形態)、ミョウバン(リン酸アルミニウム又は水酸化アルミニウム)、サポニン及びその精製成分Quil Aを含む。
本発明の第4(ワクチン)局面は、(例えば、哺乳動物、例えば人間などにおける)CDIの防止、処置、又は抑制における使用のための、本発明の上記ポリペプチド抗原の1つ又は複数を提供する。言い換えると、本発明は、(例えば、哺乳動物、例えば人間などにおける)CDIの防止、処置、又は抑制のための方法を提供し、前記方法は、被験者(例えば、哺乳動物、例えば人間など)への、本発明の上記ポリペプチドの1つ又は複数の治療的に効果的な量の投与を含む。
例として、毒素Aベース抗原(任意のA毒素型)を、単独で、又は毒素Bベース抗原(任意のB毒素型)との組み合わせにおいて用いてもよい。同様に、毒素Bベース抗原(任意のB毒素型)を、単独で、又は毒素Aベース抗原(任意のA毒素型)との組み合わせにおいて用いてもよい。前記抗原は、連続的な又は同時の様式において投与されうる。本発明のワクチン適用は、さらに、1つ又は複数の抗原、例えばC.ディフィシル抗原など(例えば、非毒素抗原;又はC.ディフィシル細菌、例えば、不活化又は弱毒化されている細菌など)、及び、場合により、1つ又は複数の院内感染抗原(例えば、院内感染を起こす細菌からの抗原、顕著には、表面抗原;及び/又は院内感染を起こす細菌、例えば不活化又は弱毒化されている細菌など)などの組み合わせた使用(例えば、先の、連続的な、又はその後の投与)を含んでもよい。院内感染を起こす細菌の例は、以下の1つ又は複数を含む:大腸菌、クレブシエラ・ニューモニエ、スタフィロコッカス・アウレウス、例えばMRSAなど、レジオネラ、シュードモナス・エルジノーサ、セラチア・マルセッセンス、エンテロバクター属、シトロバクター属、ステノトロフォモナス・マルトフィリア、アシネトバクター属、例えばアシネトバクター・バウマニなど、バークホルデリア・セパシア、及びエンテロコッカス、例えばバンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)など。
一実施態様において、前記ワクチン適用を、予防的に用い、例えば、患者が病院(又は同様の処置施設)に入る前に、患者を処置し、院内感染を防止してもよい。あるいは、前記ワクチン適用を、ルーチンの事項として、脆弱な患者に投与してもよい。
本発明の関連ワクチンの局面は、(例えば、哺乳動物、例えば人間などにおける)CDIの防止、処置、又は抑制における使用のための、本発明の1つ又は複数の上記ポリペプチドに結合する1つ又は複数の抗体(全IgG及び/又はFab及び/又はF(ab’)2フラグメントを含む又はそれからなる)を提供する。言い換えると、本発明は、(例えば、哺乳動物、例えば人間などにおける)CDIの防止、処置、又は抑制のための方法を提供し、前記方法は、被験者(例えば、哺乳動物、例えば人間など)への、前記抗体(又は抗体)の治療的に効果的な量の投与を含む。
例として、抗毒素Aベース抗原(任意のA毒素型)抗体を、単独で、又は抗毒素Bベース抗原(任意のB毒素型)抗体との組み合わせにおいて用いてもよい。同様に、抗毒素Bベース抗原(任意のB毒素型)抗体を、単独で、又は抗毒素Aベース抗原(任意のA毒素型)抗体との組み合わせにおいて用いてもよい。前記抗体は、連続的な又は同時の様式において投与されうる。本発明のワクチン適用は、さらに、抗原、例えばC.ディフィシル抗原など(例えば、非毒素抗原;又はC.ディフィシル細菌)に結合する1つ又は複数の抗体、及び、場合により、1つ又は複数の院内感染抗原(例えば、院内感染を起こす細菌からの抗原、顕著には、表面抗原;及び/又は院内感染を起こす細菌)に結合する1つ又は複数の抗体の組み合わせた使用(例えば、先の、連続的な、又はその後の投与)を含んでもよい。院内感染を起こす細菌の例は、以下の1つ又は複数を含む:大腸菌、クレブシエラ・ニューモニエ、スタフィロコッカス・アウレウス、例えばMRSAなど、レジオネラ、シュードモナス・エルジノーサ、セラチア・マルセッセンス、エンテロバクター属、シトロバクター属、ステノトロフォモナス・マルトフィリア、アシネトバクター属、例えばアシネトバクター・バウマニなど、バークホルデリア・セパシア、及びエンテロコッカス、例えばバンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)など。
一実施態様において、前記ワクチン適用は、例えば、一度、患者が、病院(又は同様の処置施設)に入った場合、予防的に用いてもよい。あるいは、前記ワクチン適用は、患者に、1つ又は複数の抗生物質との組み合わせにおいて投与してもよい。
一実施態様において、前記抗体は、本発明の上記抗原の1つ又は複数を用いた、動物(例えば、哺乳動物、例えば人間など、又は非ヒト動物、例えばヤギもしくはヒツジなど)の免疫化により生成されてきた。
一実施態様において、本発明の抗体は、C.ディフィシル毒素A及び/又は毒素Bのリピート領域に(実質的に)結合しない。
ヒト(又は非ヒト動物)使用のためのワクチンの調製のために、活性な免疫原性成分(これらが、本発明の抗原及び/又はそれに結合する本発明の対応する抗体であるかを問わず)を、担体又は賦形剤と混合してもよく、それらは、医薬的に許容可能である及び活性成分と適合する。適した担体及び賦形剤は、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノール、又は同様のもの、及びそれら組み合わせを含む。また、所望の場合、ワクチンは、ワクチンの有効性を増強する、少量の補助物質(例えば湿潤又は乳化薬剤、pH緩衝薬剤、及び/又はアジュバントなど)を含みうる。
ワクチンは、さらに、1つ又は複数のアジュバントを含みうる。本発明の範囲を伴うアジュバントの1つの非限定的な例は、水酸化アルミニウムである。アジュバントの他の非限定的な例は、しかし、限定されないが、以下を含む:N−アセチル−ムラミル−L−スレオニル−D−イソグルタミン(thr−MDP)、N−アセチル−ノル−ムラミル−L−アラニル−D−イソグルタミン(CGP 11637、ノルMDPとして言及される)、N−アセチルムラミル−L−アラニル−D−イソグルタミニル−L−アラニン−2−(1’−2’−ジパルミトイル−sn−グリセロ−3−ヒドロキシホスホリルオキシ)−エチルアミン(CGP 19835A、MTP−PEとして言及される)、及びRIBI、それらは、2%スクアレン/ツイーン80エマルジョン中の細菌、モノホスホリル脂質A、トレハロースジミコレート、及び細胞壁骨格(MPL+TDM+CWS)から抽出された3つの成分を含む。
典型的には、ワクチンは、注射剤として、液体溶液又は懸濁液のいずれかとして調製される。もちろん、注射の前に、液体中の溶液、又は懸濁液のために適した固体形態が、また、調製されうる。調製物は、また、乳化されうる、あるいは、ペプチドは、リポソーム又はマイクロカプセル中にカプセル化されうる。
ワクチン投与は、一般的に、従来の経路(例えば、静脈内、皮下、腹腔内、又は粘膜経路)による。投与は、非経口注射、例えば、皮下又は筋肉内注射によりうる。
ワクチンを、投薬製剤と適合する様式で、予防的及び/又は治療的に効果的であるような量で投与する。投与される量は、一般的に、1用量あたり5マイクログラム〜250マイクログラムの範囲の抗原であり、処置すべき被験者、抗体を合成する被験者の免疫系の能力、及び所望の保護の程度に依存する。投与するために要求される活性成分の厳密な量は、開業医の判断に依存しうる、及び、各々の患者に特別でありうる。
ワクチンは、単一用量スケジュールにおいて、又は、場合により、複数用量スケジュールにおいて与えてもよい。複数用量スケジュールは、ワクチン接種の一次コースが、1〜6の別々の用量、それに続く、免疫応答を維持及び/又は強化するために要求されるその後の時間間隔で与えられる他の用量(例えば、第2用量について1〜4ヶ月目)、及び、必要な場合、数ヶ月後のその後の用量でありうるものである。投薬レジメンは、また、少なくとも部分的には、個人の必要性により決定され、開業医の判断に依存しうる。
一実施態様において、10〜500μgの本発明のポリペプチドを含む容積X(例えば、1〜6ml)の緩衝溶液を、等容積X(即ち、1〜6ml)のアジュバント(例えば、フロイント完全アジュバント)と混合し、エマルジョンを形成する。アジュバントと混合することが、数分間にわたり行われ、安定なエマルジョンを確実にする。一次免疫化を、次に、前記エマルジョン(例えば、1〜10ml)を用いて実施する(例えば、筋肉内注射)。並行して、10〜500μgの本発明のポリペプチドを含む容積X(例えば、1〜6ml)の緩衝溶液を、等容積X(即ち、1〜6ml)のアジュバント(例えば、フロイント不完全アジュバント)と混合し、エマルジョンを形成する。アジュバントと混合することが、数分間にわたり行われ、安定なエマルジョンを確実にする。その後の免疫化(例えば、2、3、4、5、又は6)を、次に、前記エマルジョン(例えば、1〜10ml)を用いて、毎月ベースで実施する(例えば、筋肉内注射)。抗体力価は、典型的には、前記の毎月の免疫化の各々の後、約2週間の期間でのサンプリングによりテストし、抗体収集を、最適な抗体力価が達成されている場合に実施する。
また、免疫原性抗原を含むワクチンは、他の免疫調節薬剤、例えば、免疫グロブリン、抗生物質、インターロイキン(例えば、IL−2、IL−12)、及び/又はサイトカイン(例えば、IFNガンマ)との併用において投与してもよい。
本発明との使用のために適した追加製剤は、マイクロカプセル、坐剤、及び、一部の場合において、経口製剤、又はエアロゾルとしての分布のために適した製剤を含む。坐剤については、従来の結合剤及び担体は、例えば、ポリアルキレングリコール又はトリグリセリドを含みうる;そのような坐剤は、約0.5%〜10%の範囲(例えば、約1%〜2%を含む)の活性成分を含む混合物から形成されうる。
本発明の抗原は、また、親和性クロマトグラフィー手順における使用のためのリガンドとしての使用を有しうる。そのような手順において、本発明の抗原を、マトリクス、例えばセファロースなどの上に、例えば、臭化シアン活性化セファロースを使用し、共有結合的に固定化しうる。そのような親和性カラムを次に使用し、それらを、カラムを通じて通過させ、次に結合したIgG画分を溶出する(例えば、低pHによる)ことにより抗血清又は免疫グロブリンの部分的に精製された溶液から抗体を精製してもよい。溶出画分中の抗体のほぼ全てが、本発明の抗原に対して向けられ、非特異的な抗体及び他のタンパク質が除去される。これらの親和性精製されたIgG画分は、診断における免疫療法としての及び試薬としての両方の適用を有する。免疫療法のために、親和性精製された抗体によって、低用量を投与することを可能にし、有害な副作用の可能性を低くする。診断のために、親和性精製された薬剤は、しばしば、改善された特異性及びより少ない偽陽性結果を与える。
定義
クロストリジウム・ディフィシルは、クロストリジウム属のグラム陽性菌の種である。
クロストリジウム・ディフィシルは、クロストリジウム属のグラム陽性菌の種である。
クロストリジウム・ディフィシル感染(CDI)は、ヒト及び動物に影響を与え、軽度の自己限定的な下痢から生命を脅かす状態(例えば偽膜性大腸炎及び細胞毒性巨大結腸など)までの広範囲の症状を招く、細菌感染を意味する。この疾患において、C.ディフィシルは、正常腸細菌叢の一部を置き換え、腸上皮を攻撃し、損傷する細胞毒を産生することを開始する。ヒトCDIについての一次リスク因子は、広域抗生物質を受けること、65歳以上であること、及び入院することを含む。
クロストリジウム・ディフィシル毒素Aは、サイズが約300kDaのタンパク質細胞毒素/エンテロトキシンのファミリーである。毒素Aは、N末端領域内に酵素活性を有し、それは、哺乳動物細胞の細胞骨格を破壊するように作用し、細胞死を起こす。自然に生じる毒素Aの多数の変異体が、「毒素型」と呼ばれるクロストリジウム・ディフィシルの株内にある。毒素Aの種々の毒素型は、それらの一次配列内に、通常、全体の<10%の変動を有する。適した毒素A配列の例は、配列番号1及び3を含む。
クロストリジウム・ディフィシル毒素Bは、サイズが約270kDaのタンパク質細胞毒のファミリーであり、それらは、毒素Aと同様であるが、しかし、有意により細胞毒性である。毒素Aと同様に、毒素Bは、N末端領域内に酵素活性を有し、それは、哺乳動物細胞の細胞骨格を破壊するように作用し、細胞死を起こす。自然に生じる毒素Bの多数の変異体が、「毒素型」と呼ばれるC.ディフィシルの株内にある。毒素Bの種々の毒素型は、それらの一次配列内に、全体の<15%までの変動を有する。適した毒素B配列の例は、配列番号2及び4を含む。
C.ディフィシルリピート単位は、von Eichel-Streiber and Sauerborn(1990; Gene 30: 107-113)により最初に同定されたリピートモチーフを含む毒素A及びBのC末端内の領域である。毒素Aの場合において、31の短いリピート及び7つの長いリピート配列があり、各々のリピートは、βヘアピンからなり、ループが続く。毒素Bは、同様の構造からなり、しかし、より少ないリピートを伴う。毒素Aのリピート単位は、残基1850〜2710内に含まれ、毒素Bについてのリピート単位は、残基1852〜2366内である。リピート領域は、受容体結合において役割を果たす。受容体結合領域(即ち、毒素の構造的結合ポケットを定義する)は、長いリピート領域周辺にクラスター化し、「結合モジュール」を形成すると思われる。
毒素A及びBの中央ドメインは、哺乳動物細胞中への毒素の転位において役割を果たすと考えられる。毒素Aの中央ドメインは、残基542〜1849に基づき、毒素Bについての中央ドメインは、残基543〜1851に基づく。毒素A及びBの中央ドメイン領域の内、最初のドメインは、システインプロテアーゼであり、それは、毒素のエフェクタードメイン(グルコシルトランスフェラーゼ活性を含む)の内在化において役割を果たす。
毒素型は、しばしば、C.ディフィシルの株を分類するために使用される。毒素タイピングは、毒素遺伝子を用いて得られた制限パターンを特徴付ける方法に基づく。毒素A及びBの毒素型は、一次アミノ酸配列により、これらのタンパク質毒素の変異体を表す。一実施態様において、C.ディフィシル毒素は、毒素型0からXVの1つより選択される。好ましい毒素型(プラス、例えば、リボタイプ、及び株)を、直ぐ下の表に列挙する。列挙する毒素型は、純粋に例示的であり、本発明に限定することを意図しない。
「抗体」は、最も広い意味において使用され、それらが所望の生物学的活性を示す限り、ポリクローナル抗体及び抗体フラグメントを具体的にカバーする。例えば、抗体は、少なくとも1つ又は2つの重(H)鎖可変領域(本明細書において、VHCとして略される)、及び少なくとも1つ又は2つの軽(L)鎖可変領域(本明細書において、VLCとして略される)を含むタンパク質である。VHC及びVLC領域は、超可変領域中にさらに細分することができ、「相補性決定領域」(「CDR」)と呼ばれ、より保存された領域を伴い散在し、「フレームワーク領域」(FR)と呼ばれる。フレームワーク領域及びCDRの範囲が、厳密に定義されている(Kabat, E.A., et al.Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242, 1991、及びChothia, C. et al, J. MoI. Biol. 196: 901-917, 1987を参照のこと、それらは、本明細書において、参照により組み入れられる)。好ましくは、各々のVHC及びVLCは、3つのCDR及び4つのFRで構成され、以下の順番において、アミノ末端からカルボキシ末端まで配置される:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。
抗体のVHC又はVLC鎖は、重又は軽鎖定常領域の全て又は部分をさらに含むことができる。一実施態様において、抗体は、2つの免疫グロブリン重鎖及び2つの免疫グロブリン軽鎖の四量体であり、それにおいて、免疫グロブリン重及び軽鎖は、例えば、ジスルフィド結合により相互接続されている。重鎖定常領域は、3つのドメインCH1、CH2、及びCH3を含む。軽鎖定常領域は、1つのドメインCLで構成される。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。
抗体の定常領域は、典型的には、免疫系の種々の細胞(例えば、エフェクター細胞)及び古典的な補体系の第1成分(CIq)を含む、宿主組織又は因子への抗体の結合を媒介する。用語「抗体」は、型IgA、IgG、IgE、IgD、IgM(ならびに、それらのサブタイプ)のインタクトな免疫グロブリンを含み、それにおいて、免疫グロブリンの軽鎖は、型カッパ又はラムダでありうる。
用語抗体は、本明細書において使用する通り、また、C.ディフィシルの毒素(例えば、毒素A又はB)に結合する抗体の部分を指す(例えば、1つ又は複数の免疫グロブリン鎖が、完全長ではないが、しかし、毒素に結合する分子)。用語抗体内に包含される結合部分の例は、(i)Fabフラグメント、VLC、VHC、CL、及びCHlドメインからなる一価フラグメント;(ii)F(ab’)2フラグメント、ヒンジ領域でジスルフィド架橋により連結された2つのFabフラグメントを含む二価フラグメント;(iii)VHC及びCHlドメインからなるFcフラグメント;(iv)抗体の単一アームのVLC及びVHCドメインからなるFvフラグメント、(v)dAbフラグメント(Ward et al, Nature 341: 544-546, 1989)、それはVHCドメインからなる;及び(vi)例えば、可変領域の抗原結合部分に結合する十分なフレームワークを有する単離された相補性決定領域(CDR)を含む。軽鎖可変領域の抗原結合部分及び重鎖可変領域の抗原結合部分(例えば、Fvフラグメントの2つのドメイン、VLC及びVHC)を、組換え方法を使用し、VLV及びVHC領域が対合し、一価分子(単一鎖Fv(scFv)として公知;例えば、Bird et al.(1988) Science lAl-ATi-Alβ;及びHuston et al.(1988) Proc. Natl. Acad. ScL USA 85: 5879-5883を参照のこと)を形成する単一タンパク質鎖として、それらを作製することを可能にする合成リンカーにより連結することができる。そのような単鎖抗体(ならびにラクダ)が、また、用語抗体内に包含される。これらは、当業者に公知の従来の技術を使用して得られ、その部分を、有用性について、インタクトな抗体と同じ様式でスクリーニングする。
用語「フラグメント」は、対応する参照配列の(に基づく)少なくとも70、90、110、130、150、170、190、210、230、250、270、290、310、330、350連続アミノ酸残基を典型的に有するペプチドを意味する。
用語「変異体」は、参照ポリペプチド配列(例えば、C.ディフィシル毒素ポリペプチドアミノ酸配列、及び/又は融合タンパク質パートナーアミノ酸配列、及び/又はSLPアミノ酸参照配列)と、少なくとも80、好ましくは、少なくとも85、より好ましくは、少なくとも90パーセントのアミノ酸配列相同性を有するペプチド又はペプチドフラグメントを意味する。配列比較のために、典型的には、1つの配列が参照配列として作用し、それに、テスト配列を比較してもよい。配列比較アルゴリズムを使用する場合、テスト配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要である場合、サブ配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。配列比較アルゴリズムは、次に、指定されたプログラムパラメータに基づき、参照配列と比べたテスト配列についてのパーセンテージ配列同一性を算出する。
多様な配列アラインメント方法のいずれかを使用し、パーセント同一性を決定することができる。限定を伴わず、包括的方法、局所的方法、及びハイブリッド方法、例えばセグメントアプローチ方法などを含む。パーセント同一性を決定するためのプロトコールは、当業者の範囲内のルーチン手順である。包括的方法では、分子の開始から末端まで配列を整列させ、個々の残基対のスコアを加えることにより、及びギャップペナルティを課すことにより最善のアラインメントを決定する。非限定的な方法は、例えば、以下を含む:CLUSTAL W、例えば、Julie D. Thompson et al., CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position- Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22(22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994)を参照のこと;及び反復改善、例えば、Osamu Gotoh, Significant Improvement in Accuracy of Multiple Protein. Sequence Alignments by Iterative Refinement as Assessed by Reference to Structural Alignments, 264(4) J. Mol. Biol. 823-838 (1996)を参照のこと。局所的方法では、入力配列の全てにより共有される1つ又は複数の保存モチーフを同定することにより、配列を整列させる。非限定的な方法は、例えば、以下を含む:Matchボックス、例えば、Eric Depiereux and Ernest Feytmans, Match-Box: A Fundamentally New Algorithm for the Simultaneous Alignment of Several Protein Sequences, 8(5) CABIOS 501 -509 (1992);Gibbsサンプリング、例えば、C. E. Lawrence et al., Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, 262(5131) Science 208-214 (1993)を参照のこと;Align−M、例えば、Ivo Van Walle et al., Align-M - A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, 20(9) Bioinformatics: 1428-1435 (2004)を参照のこと。
このように、パーセント配列同一性を、従来の方法により決定する。例えば、Altschul et al., Bull. Math. Bio. 48: 603-16, 1986及びHenikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915-19, 1992を参照のこと。簡単には、2つのアミノ酸配列を整列させ、ギャップ開始ペナルティ10、ギャップ伸長ペナルティ1、及びHenikoff and Henikoff (ibid.)の「blosum62」スコアリングマトリクスを使用し、下に示す通りにアラインメントスコアを最適化する(アミノ酸を標準的な1文字コードにより示す)。
配列同一性を決定するためのアラインメントスコア
パーセント同一性を、次に、以下の通りに算出する:
実質的に相同なポリペプチドは、1つ又は複数のアミノ酸置換、欠失、又は付加を有するとして特徴付けられる。これらの変化は、好ましくは、軽微な性質であり、それは、保存的アミノ酸置換(下を参照のこと)及びポリペプチドのフォールディング又は活性に有意に影響しない他の置換;典型的には、1〜約30アミノ酸の小さな欠失;及び小さなアミノ又はカルボキシル末端伸長、例えばアミノ末端メチオニン残基など、約20〜25残基までの小さなリンカーペプチド、又は親和性タグである。
保存的アミノ酸置換
塩基性: アルギニン
リジン
ヒスチジン
酸性: グルタミン酸
アスパラギン酸
極性: グルタミン
アスパラギン
疎水性: ロイシン
イソロイシン
バリン
芳香族: フェニルアラニン
トリプトファン
チロシン
小型: グリシン
アラニン
セリン
スレオニン
メチオニン
塩基性: アルギニン
リジン
ヒスチジン
酸性: グルタミン酸
アスパラギン酸
極性: グルタミン
アスパラギン
疎水性: ロイシン
イソロイシン
バリン
芳香族: フェニルアラニン
トリプトファン
チロシン
小型: グリシン
アラニン
セリン
スレオニン
メチオニン
20の標準的アミノ酸に加えて、非標準アミノ酸(例えば4−ヒドロキシプロリン、6−N−メチルリジン、2−アミノイソ酪酸、イソバリン、及びα−メチルセリンなど)を、本発明のポリペプチドのアミノ酸残基について置換してもよい。限定された数の非保存的アミノ酸、遺伝コードによりコードされないアミノ酸、及び天然ではないアミノ酸を、クロストリジウムのポリペプチドアミノ酸残基について置換してもよい。本発明のポリペプチドは、また、非天然アミノ酸残基を含みうる。
非天然アミノ酸は、限定はされないが、以下を含む:トランス−3−メチルプロリン、2,4−メタノ−プロリン、シス−4−ヒドロキシプロリン、トランス−4−ヒドロキシ−プロリン、N−メチルグリシン、アロ−トレオニン、メチル−トレオニン、ヒドロキシ−エチルシステイン、ヒドロキシエチルホモ−システイン、ニトロ−グルタミン、ホモグルタミン、ピペコリン酸、tert−ロイシン、ノルバリン、2−アザフェニルアラニン、3−アザフェニル−アラニン、4−アザフェニル−アラニン、及び4−フルオロフェニルアラニン。いくつかの方法が、当技術分野において、非天然アミノ酸残基をタンパク質中に取り込むために公知である。例えば、インビトロのシステムを用いることができ、それにおいて、ナンセンス変異が、化学的にアミノアシル化されたサプレッサーtRNAを使用して抑制される。アミノ酸を合成し、tRNAをアミノアシル化するための方法が、当技術分野において公知である。ナンセンス変異を含むプラスミドの転写及び翻訳を、大腸菌S30抽出物ならびに商業的に利用可能な酵素及び他の試薬を含む無細胞システムにおいて行う。タンパク質をクロマトグラフィーにより精製する。例えば、Robertson et al., J. Am. Chem. Soc. 113: 2722, 1991;Ellman et al., Methods Enzymol. 202: 301, 1991;Chung et al., Science 259: 806-9, 1993;及びChung et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 10145-9, 1993を参照のこと。第2の方法において、翻訳を、ゼノパス卵母細胞において、変異mRNA及び化学的にアミノアシル化されたサプレッサーtRNAのマイクロインジェクションにより行う(Turcatti et al., J. Biol. Chem. 271: 19991-8, 1996)。第3の方法内で、大腸菌細胞を、置き換えられるべき天然アミノ酸(例えば、フェニルアラニン)の非存在において及び所望の非天然アミノ酸(例えば、2−アザフェニルアラニン、3−アザフェニルアラニン、4−アザフェニルアラニン、又は4−フルオロフェニルアラニン)の存在において培養する。非天然アミノ酸が、その天然対応物の場所においてポリペプチド中に組み入れられる。Koide et al., Biochem. 33: 7470-6, 1994を参照のこと。天然アミノ酸残基を、インビトロ化学修飾により、非天然種に変換することができる。化学修飾を部位特異的変異誘発と組み合わせ、置換の範囲をさらに拡大することができる(Wynn and Richards, Protein Sci. 2: 395-403, 1993)。
限定された数の非保存的アミノ酸、遺伝コードによりコードされないアミノ酸、非天然アミノ酸、及び天然ではないアミノ酸を、本発明のポリペプチドのアミノ酸残基について置換してもよい。
本発明のポリペプチド中の必須アミノ酸を、当技術分野において公知の手順、例えば部位特異的変異誘発又はアラニンスキャニング変異誘発(Cunningham and Wells, Science 244: 1081-5, 1989)などに従って同定することができる。生物学的相互作用の部位は、また、構造の物理的分析により決定することができ、核磁気共鳴、結晶学、電子回折又は光学的親和性標識(推定接触部位アミノ酸の変異と併用において)などの技術により決定される通りである。例えば、de Vos et al., Science 255: 306-12, 1992;Smith et al., J. Mol. Biol. 224: 899-904, 1992;Wlodaver et al., FEBS Lett. 309: 59-64, 1992を参照のこと。必須アミノ酸の同一性は、また、本発明のポリペプチドの関連成分(例えば、転位成分又はプロテアーゼ成分)との相同性の分析から推測することができる。
複数のアミノ酸置換を作製し、変異誘発及びスクリーニングの公知の方法、例えばReidhaar-Olson and Sauer (Science 241: 53-7, 1988)又はBowie and Sauer (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 2152-6, 1989)により開示されるものなどを使用してテストすることができる。簡単には、これらの著者は、ポリペプチド中の2つ又はそれ以上の位置を同時にランダム化し、機能的ポリペプチドについて選択し、次に変異誘発されたポリペプチドを配列決定し、各位置での許容可能な置換のスペクトルを決定するための方法を開示する。使用することができる他の方法は、ファージディスプレイ(例えば、Lowman et al., Biochem. 30: 10832-7, 1991;Ladner et al., 米国特許第5,223,409号;Huse, WIPO Publication WO 92/06204)及び領域特異的変異誘発(Derbyshire et al., Gene 46: 145, 1986;Ner et al., DNA 7: 127, 1988)を含む。
毒素中和は、哺乳動物細胞に対する毒素A又はBのいずれかの細胞毒性作用を防止するための物質の能力を意味する。毒素中和活性についてのアッセイにおいて、固定量の毒素を、種々の濃度の中和物質(例えば、抗体)と混合し、混合物を、固定時間にわたり、哺乳動物細胞株(例えば、Vero細胞)とインキュベートする。中和力価は、いくつかの方法により測定しうる:
(a)毒素A又はBのいずれかの細胞毒性効果から細胞を完全に保護する物質(血清、抗体、精製IgG)の希釈。これらの細胞毒性効果は、細胞の円形化により明白であり、エンドポイントは、顕微鏡方法により定量化しうる。
(b)毒素A又はBのいずれかの細胞毒性効果から細胞の50%を保護する(ED50力価)物質(血清、抗体、精製IgG)の希釈。ED50力価を、細胞の完全性の測定を与える色素(例えば、クリスタルバイオレット)の使用により評価しうる。滴定データを、4又は5パラメーターロジスティック曲線へ適合することによって、ED50力価の正確な推定が提供される。ED50推定は、一般的には、顕微鏡ベースの方法よりも正確であり、血清及び精製抗体の毒素中和能力の定量的推定を提供する。
(a)毒素A又はBのいずれかの細胞毒性効果から細胞を完全に保護する物質(血清、抗体、精製IgG)の希釈。これらの細胞毒性効果は、細胞の円形化により明白であり、エンドポイントは、顕微鏡方法により定量化しうる。
(b)毒素A又はBのいずれかの細胞毒性効果から細胞の50%を保護する(ED50力価)物質(血清、抗体、精製IgG)の希釈。ED50力価を、細胞の完全性の測定を与える色素(例えば、クリスタルバイオレット)の使用により評価しうる。滴定データを、4又は5パラメーターロジスティック曲線へ適合することによって、ED50力価の正確な推定が提供される。ED50推定は、一般的には、顕微鏡ベースの方法よりも正確であり、血清及び精製抗体の毒素中和能力の定量的推定を提供する。
毒素中和力価は、毒素A又は毒素Bの固定濃度の存在において測定され、それは、24インキュベーション期間にわたり細胞死を誘導するために要求されるものの倍数に設定される。典型的には、毒素Aの最終濃度を50ng/mlに、毒素Bを0.5〜2ng/mlの間に設定しうる。毒素Aと毒素Bの間の濃度における差は、毒素Bの有意により高い特異的細胞毒性活性を反映する。このように、1000単位/mlの血清溶液の抗体についてのED50力価は、1000倍希釈で、抗体溶液が、毒素A又はB細胞毒性活性の50%を中和することが可能であることを示す。血清中での力価に関して、毒素中和力価≧1000単位/mlが、強力な中和活性として見なされうる。
高度に精製されたIgG溶液については、中和活性は、また、毒素A又はB細胞毒性活性の50%を中和するために要求されるIgGの濃度(μg/ml)として表現されうる。この場合において、力価値≦10μg/ml IgGは、強力な中和活性として見なされうる。
C.ディフィシル表面タンパク質(SLP)は、細菌細胞壁に関連付けられる、それらのタンパク質を意味する。29のC.ディフィシル表面(細胞壁タンパク質)の例を、Fagan et al.(2011) J. Medical Microbiol. 60: 1225-1228の表1に与え、それらは、本明細書により、その全体において、それへの参照により、組み入れられる。
実施例
実施例1 − チオレドキシンとの融合タンパク質としての毒素Bフラグメント組換えフラグメント残基767〜1852の発現及び精製(His6TrxTxBcentral)
発現
200μg/mlアンピシリン及び0.4%グルコースを補充したL−ブロス(100ml)に、グリセロール凍結物(プラスミドpET59His6TrxTxBcentralを持つBL21(DE3)大腸菌)からの掻き取りを用いて接種し、30℃及び180rpmで一晩維持した。一晩培養物を、200μg/mlアンピシリン及び0.2%グルコースを補充したテリフィックブロス(2.5Lバッフルなしフラスコ中の4×1L)について、2.5%接種物として使用した。培養物を、オービタルシェーカーを用い(180rpm)、600nmでの吸光度0.6まで、37℃に維持した。培養物の温度を16℃まで低下させ、タンパク質発現を1mM IPTGの添加により誘導した。培養物を、以前の通りに、オービタルシェーカーを用い、16℃で一晩維持した。細胞ペースト(60g)を遠心分離(Sorvall RC3BP遠心機、H6000Aローター、20分間にわたる4000g)により収集した。
実施例1 − チオレドキシンとの融合タンパク質としての毒素Bフラグメント組換えフラグメント残基767〜1852の発現及び精製(His6TrxTxBcentral)
発現
200μg/mlアンピシリン及び0.4%グルコースを補充したL−ブロス(100ml)に、グリセロール凍結物(プラスミドpET59His6TrxTxBcentralを持つBL21(DE3)大腸菌)からの掻き取りを用いて接種し、30℃及び180rpmで一晩維持した。一晩培養物を、200μg/mlアンピシリン及び0.2%グルコースを補充したテリフィックブロス(2.5Lバッフルなしフラスコ中の4×1L)について、2.5%接種物として使用した。培養物を、オービタルシェーカーを用い(180rpm)、600nmでの吸光度0.6まで、37℃に維持した。培養物の温度を16℃まで低下させ、タンパク質発現を1mM IPTGの添加により誘導した。培養物を、以前の通りに、オービタルシェーカーを用い、16℃で一晩維持した。細胞ペースト(60g)を遠心分離(Sorvall RC3BP遠心機、H6000Aローター、20分間にわたる4000g)により収集した。
His6TrxTxBcentralの固定化ニッケル親和性精製
細胞(60g)を緩衝液(pH8、20mM Tris、50mM NaCl)中に再懸濁し、超音波処理を使用した溶解に供した。ライセートを遠心分離(Sorvall RC5C遠心機、SS-34ローター、20,000g、20分間)により清浄化し、飽和溶液を伴う1M硫酸アンモニウムに作製した。溶液を氷上で1時間にわたり保存し、結果として得られた沈殿物を、遠心分離(Heraeus Multifuge X3R遠心機、4000g、4℃)により採取した。沈殿物を250mlの低イミダゾール緩衝液(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、20mMイミダゾール)中に再懸濁し、30mlニッケルカラム(φ26mm)に流速3ml/分で適用した。カラムを、低イミダゾール緩衝液を用いて洗浄し、結合したタンパク質を、0〜100%高イミダゾール緩衝液(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、0.5Mイミダゾール)からの勾配を使用して溶出した。画分を、4〜12% NuPAGEビス−トリスポリアクリルアミドゲル上で、クマシー染色を用いて分析した。部分的に精製された画分のSDS−PAGEを、図2に示す。
細胞(60g)を緩衝液(pH8、20mM Tris、50mM NaCl)中に再懸濁し、超音波処理を使用した溶解に供した。ライセートを遠心分離(Sorvall RC5C遠心機、SS-34ローター、20,000g、20分間)により清浄化し、飽和溶液を伴う1M硫酸アンモニウムに作製した。溶液を氷上で1時間にわたり保存し、結果として得られた沈殿物を、遠心分離(Heraeus Multifuge X3R遠心機、4000g、4℃)により採取した。沈殿物を250mlの低イミダゾール緩衝液(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、20mMイミダゾール)中に再懸濁し、30mlニッケルカラム(φ26mm)に流速3ml/分で適用した。カラムを、低イミダゾール緩衝液を用いて洗浄し、結合したタンパク質を、0〜100%高イミダゾール緩衝液(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、0.5Mイミダゾール)からの勾配を使用して溶出した。画分を、4〜12% NuPAGEビス−トリスポリアクリルアミドゲル上で、クマシー染色を用いて分析した。部分的に精製された画分のSDS−PAGEを、図2に示す。
実施例2 − 毒素Aフラグメント組換えフラグメント残基542〜1850の発現及び精製(TxACPD)
100μg/mlアンピシリン及び0.2%グルコースを補充したL−ブロス(100ml)に、グリセロール凍結物(プラスミドpET59TxACPDcentralを持つBL21(DE3)大腸菌)を用いて接種した。培養物を、600nmでの吸光度0.6まで維持した(37℃、180rpm)。100ml培養物を、200μg/mlアンピシリン及び0.2%グルコースを補充したテリフィックブロス(4×0.75L)について、2%接種物として使用した。培養物を、オービタルシェーカーを用い(180rpm)、600nmでの吸光度0.6まで、37℃に維持した。培養物の温度を16℃まで低下させ、タンパク質発現を、1時間後に、1mM IPTGの添加により誘導した。培養物を、以前の通りに、オービタルシェーカーを用い、16℃で一晩維持した。細胞ペースト(37g)を遠心分離(Sorvall RC3BP遠心機、H6000Aローター、4000g、20分間)により収集し、−80℃で保存した。
100μg/mlアンピシリン及び0.2%グルコースを補充したL−ブロス(100ml)に、グリセロール凍結物(プラスミドpET59TxACPDcentralを持つBL21(DE3)大腸菌)を用いて接種した。培養物を、600nmでの吸光度0.6まで維持した(37℃、180rpm)。100ml培養物を、200μg/mlアンピシリン及び0.2%グルコースを補充したテリフィックブロス(4×0.75L)について、2%接種物として使用した。培養物を、オービタルシェーカーを用い(180rpm)、600nmでの吸光度0.6まで、37℃に維持した。培養物の温度を16℃まで低下させ、タンパク質発現を、1時間後に、1mM IPTGの添加により誘導した。培養物を、以前の通りに、オービタルシェーカーを用い、16℃で一晩維持した。細胞ペースト(37g)を遠心分離(Sorvall RC3BP遠心機、H6000Aローター、4000g、20分間)により収集し、−80℃で保存した。
細胞(37g)を260ml緩衝液(20mM Tris、50mM NaCl、pH8)を用いて再懸濁し、超音波処理を使用した溶解に供した。ライセートを遠心分離(30,000g、20分間)により清浄化し、清浄化したライセートを氷上で穏やかに撹拌し、130mlの飽和硫酸アンモニウム溶液(pH8)を加え、混合物を33%飽和までもたらした。混合物を15〜20分間にわたり氷上に放置し、濁った白色沈殿物が形成することを許した。沈殿物を、遠心分離(30,000g、15分間)により収集し、70ml「低イミダゾール緩衝液」(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、20mMイミダゾール、5%グリセロール)中に再懸濁した。溶液を、30mlニッケルカラム(φ26mm)に流速2ml/分で適用した。カラムを、フロースルーのUV吸光度がベースラインレベル付近へ戻るまで、2ml/分で洗浄した。結合材料を、100%「高イミダゾール」緩衝液(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、0.5Mイミダゾール、15%グリセロール)までの160ml勾配(2ml/分)を用いて、カラムから溶出させた。画分を、4〜12%NuPAGEビス−トリスポリアクリルアミドゲル上で分析し、最も高い量の発現コンストラクトを含むものをプールした。
His6Thioredoxinタグの切断に、第1の固定化ニッケルカラムからのコンストラクトを含むタンパク質溶液(18ml、1.5mg/ml)を室温で解凍し、制限グレードのトロンビン(30U)を加え、混合物を、室温〜20℃で、16〜18時間にわたりインキュベートした。
タンパク質混合物を、1ml/分で、緩衝液A(50mM HEPES、0.5M NaCl、20%グリセロール、pH7.5)を用いて平衡化した30ml(φ26mm)ニッケル荷電キレート化セファロースカラムからなるカラム上に添加した。カラムを、30mlの緩衝液Aを用いて洗浄した。結合タンパク質を、4%(50ml)、8%(50ml)、及び、最後に、100%緩衝液B(50mM HEPES、0.5M NaCl、0.5Mイミダゾール、20%グリセロール、pH7.5)への勾配(120ml)を使用して溶出した。精製画分を含む画分をSDS PAGEにより分析し、最も純粋なコンストラクトを含む画分をプールし、保存緩衝液(pH7.5、50mM Hepes、0.5M NaCl、20%グリセロール)中で透析した。
精製TxACPDコンストラクトのSDS PAGE分析及びウエスタンブロット分析
精製タンパク質溶液を、5mM DTTを補充した4×LDS−PAGEローディング緩衝液と1:1で混合した。サンプルを95℃で5分間にわたり加熱し、デュプリケートで(5及び10μl)、4〜12%NuPAGEビス−トリスポリアクリルアミドゲル上に添加した。ゲルを、MES泳動緩衝液中で、200Vで45分間にわたり泳動した。ゲルの1つの部分を、クマシー染色に供し、他を、転写緩衝液中のニトロセルロース膜上に40Vで1時間にわたりブロットした。メンブレンを、0.1%Tween20(TBST)を補充したトリス緩衝生理食塩水中の5%スキムミルクを用いて、40分間にわたりブロックした。メンブレンを、40分間にわたり、1%スキムミルクTBST中で1:25,000希釈したヒツジ抗毒素A抗体を用いてインキュベートした。ストック抗体濃度は、50mg/mlであった。メンブレンを、4×15分間にわたりTBST中で洗浄した。ロバ抗ヒツジ抗体アルカリホスファターゼコンジュゲートを、1%スキムミルクTBST中の1:10,000の希釈で、メンブレンに適用した。溶液を、以前の通り、40分間にわたり、穏やかな撹拌を伴いメンブレン上に放置した。メンブレンを、以前の通りに、TBSTを用いて洗浄し、ブロットを、NBT/BCIP一工程試薬を使用して展開した。SDS PAGE及びウエスタンブロットを図3に示す。
精製タンパク質溶液を、5mM DTTを補充した4×LDS−PAGEローディング緩衝液と1:1で混合した。サンプルを95℃で5分間にわたり加熱し、デュプリケートで(5及び10μl)、4〜12%NuPAGEビス−トリスポリアクリルアミドゲル上に添加した。ゲルを、MES泳動緩衝液中で、200Vで45分間にわたり泳動した。ゲルの1つの部分を、クマシー染色に供し、他を、転写緩衝液中のニトロセルロース膜上に40Vで1時間にわたりブロットした。メンブレンを、0.1%Tween20(TBST)を補充したトリス緩衝生理食塩水中の5%スキムミルクを用いて、40分間にわたりブロックした。メンブレンを、40分間にわたり、1%スキムミルクTBST中で1:25,000希釈したヒツジ抗毒素A抗体を用いてインキュベートした。ストック抗体濃度は、50mg/mlであった。メンブレンを、4×15分間にわたりTBST中で洗浄した。ロバ抗ヒツジ抗体アルカリホスファターゼコンジュゲートを、1%スキムミルクTBST中の1:10,000の希釈で、メンブレンに適用した。溶液を、以前の通り、40分間にわたり、穏やかな撹拌を伴いメンブレン上に放置した。メンブレンを、以前の通りに、TBSTを用いて洗浄し、ブロットを、NBT/BCIP一工程試薬を使用して展開した。SDS PAGE及びウエスタンブロットを図3に示す。
実施例3 − C.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401の発現及び精製
C.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401をコードする合成遺伝子を、宿主(例えば大腸菌など)中での発現のために最適化されたそのコドンバイアスを用いて、商業的に合成した。遺伝子をpET28a発現ベクター中に挿入し、標準的な分子生物学手順を使用して、BL21大腸菌発現株中に形質転換した。大腸菌発現株を成長させ、タンパク質発現を、カナマイシンをアンピシリンの代わりに使用したことを除き、本質的に実施例1において記載する通り、IPTGを用いて誘導した。細胞ペレットは、直接的に使用した又は−20℃で凍結した。
C.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401をコードする合成遺伝子を、宿主(例えば大腸菌など)中での発現のために最適化されたそのコドンバイアスを用いて、商業的に合成した。遺伝子をpET28a発現ベクター中に挿入し、標準的な分子生物学手順を使用して、BL21大腸菌発現株中に形質転換した。大腸菌発現株を成長させ、タンパク質発現を、カナマイシンをアンピシリンの代わりに使用したことを除き、本質的に実施例1において記載する通り、IPTGを用いて誘導した。細胞ペレットは、直接的に使用した又は−20℃で凍結した。
タンパク質抽出のために、細胞を解凍し、0.5M NaCl及び20mMのイミダゾールを含む50mMトリスHCl pH8.0緩衝液中に再懸濁し、超音波処理し(6×30秒、各々の後に30秒間冷却を伴う)、次に47000×gで20分間にわたり遠心分離した。His6タグ付き残基27〜401 CD2767ポリペプチドを、次に、上清液から、固定化金属イオン(Ni)親和性クロマトグラフィーを使用することにより精製した。カラムへのサンプルの適用及び洗浄は、上のTris/NaCl/イミダゾール緩衝液中であった。精製コンストラクトを、次に、同じ緩衝液中の0.5Mイミダゾールまでの勾配を用いて溶出した。
CD2767(残基27〜401)ポリペプチドが、>90%純度のタンパク質として、単一の精製工程により得られ、約47kDaの強いバンドとしてSDS PAGE上に出現した(図4)。タンパク質フラグメントは、280nmでの吸光度により測定された通りの>120mg/ml又はブラッドフォードタンパク質アッセイ(標準としてウシ血清アルブミン)により測定された通りの>167mg/mlに濃縮することができた。これらのアッセイの両方が、CD2767(残基27〜401)ポリペプチドの極度に高い溶解性及び組換え融合タンパク質内の成分を増強する溶解性としてのその潜在的な有用性を例示する。
実施例4 − C.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401を伴う融合タンパク質としての毒素A又はBのいずれかの組換えフラグメントの発現及び精製
N末端がC.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401からなり、C末端が毒素Bフラグメントの組換えフラグメント残基767〜1852からなる融合タンパク質をコードする合成遺伝子が、宿主(例えば大腸菌など)における発現のために最適化された、そのコドンバイアスを用いて商業的に合成されうる。N末端がC.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401からなり、C末端が毒素Aフラグメントの組換えフラグメント残基770〜1850からなる融合タンパク質をコードする合成遺伝子が、同様に得られうる。これら及び他の融合タンパク質は、精製を促進するために組み込まれた種々の精製タグ(6ヒスチジン)を伴う発現ベクターを用いて組み込まれうる。そのような発現コンストラクトの例を、CD2767(残基27〜401)及び毒素A(残基542〜1850)からなる配列番号19に示す。
N末端がC.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401からなり、C末端が毒素Bフラグメントの組換えフラグメント残基767〜1852からなる融合タンパク質をコードする合成遺伝子が、宿主(例えば大腸菌など)における発現のために最適化された、そのコドンバイアスを用いて商業的に合成されうる。N末端がC.ディフィシルタンパク質CD2767の残基27〜401からなり、C末端が毒素Aフラグメントの組換えフラグメント残基770〜1850からなる融合タンパク質をコードする合成遺伝子が、同様に得られうる。これら及び他の融合タンパク質は、精製を促進するために組み込まれた種々の精製タグ(6ヒスチジン)を伴う発現ベクターを用いて組み込まれうる。そのような発現コンストラクトの例を、CD2767(残基27〜401)及び毒素A(残基542〜1850)からなる配列番号19に示す。
上のコンストラクトの発現及び精製は、実施例1及び2に概説したものと同様の方法により試みてもよく、毒素A(残基543〜1851)へのN末端融合としてのCD2767(残基27〜401)からなるコンストラクトの発現を、図5に示す。ここで、毒素AフラグメントへのCD2767ドメインの付加によって、それは、全可溶性タンパク質の2%として可溶性になり、発現可能になる。大腸菌中での発現後、コンストラクトの精製は、固定化金属イオン親和性クロマトグラフィー及び他のクロマトグラフィー方法(例えばイオン交換クロマトグラフィーなど)によりもたらされる。
実施例5 − 動物の免疫化のための本発明の抗原の製剤化
濃度0.5〜2mg/ml(名目上は1mg/ml)の精製されたC.ディフィシル抗原を、適した緩衝液(例えば、150mM NaClを含む10mM Hepes緩衝液pH7.4)に対して透析し、次にホルムアルデヒドを最終濃度0.2%まで加え、7日間までにわたり35℃でインキュベートした。インキュベーション後、ホルムアルデヒドは、場合により、適した緩衝液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)に対する透析により除去されうる。
濃度0.5〜2mg/ml(名目上は1mg/ml)の精製されたC.ディフィシル抗原を、適した緩衝液(例えば、150mM NaClを含む10mM Hepes緩衝液pH7.4)に対して透析し、次にホルムアルデヒドを最終濃度0.2%まで加え、7日間までにわたり35℃でインキュベートした。インキュベーション後、ホルムアルデヒドは、場合により、適した緩衝液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)に対する透析により除去されうる。
ヒツジについて、10〜500μgの間の上のC.ディフィシル抗原を含む2mlの緩衝溶液を、2.6mlのフロイントアジュバントと混合し、エマルジョンを形成する。アジュバントと混合することが、数分間にわたり行われ、安定なエマルジョンを確実にする。アジュバントの完全形態を、一次免疫化のために、不完全フロイントアジュバントを、全てのその後の追加免疫のために使用する。
実施例6 − 本発明の抗原への抗体の生成
多数の従来の因子が、最適な体液性抗体応答を達成するために、抗血清の調製の間に考慮に入れられる。これらは、動物の品種;アジュバントの選択;免疫化部位の数及び位置;免疫原の量;ならびに用量の数及びその間の間隔を含む。これらのパラメータの従来の最適化を用いて、6g/リットルの血清を超える特異的抗体レベルを得るためのルーチンである。
多数の従来の因子が、最適な体液性抗体応答を達成するために、抗血清の調製の間に考慮に入れられる。これらは、動物の品種;アジュバントの選択;免疫化部位の数及び位置;免疫原の量;ならびに用量の数及びその間の間隔を含む。これらのパラメータの従来の最適化を用いて、6g/リットルの血清を超える特異的抗体レベルを得るためのルーチンである。
ヒツジについて、フロイントアジュバントを用いた抗原のエマルジョンを、実施例5に記載する通りに調製した。アジュバントの完全形態を、一次免疫化のために、不完全フロイントアジュバントを、全てのその後の追加免疫のために使用する。約4.2mlの抗原/アジュバント混合物を使用し、各々のヒツジを、筋肉内注射により免疫化し、頸部及び全ての上肢を含む6つの部位にわたり拡大した。これを、28日毎に繰り返した。血液サンプルを、各々の免疫後14日目に採取した。
異なる抗原への毒素中和免疫応答の比較のために、3頭のヒツジを、1抗原あたりに使用した。それらは、同一のプロトコール及び1免疫化あたり同じタンパク質用量を使用して、上の通りに免疫化した。
実施例7 − インビトロ細胞アッセイを使用した、毒素への抗血清の中和効力の評価
C.ディフィシル毒素に対する抗血清の毒素中和活性を、Vero細胞を使用した細胞毒性アッセイにより測定した。固定量の精製C.ディフィシル毒素A又は毒素Bのいずれかを、抗体の種々の希釈物と混合し、30分間にわたり37℃でインキュベートし、次に、96ウェル組織培養プレート上で成長しているVero細胞に適用した。毒素A及びBの両方が、24〜72時間の期間にわたり、Vero細胞の特徴的な円形化をもたらす細胞毒性活性を持つ。中和抗体の存在において、この活性は阻害され、抗体調製物の中和力は、毒素A又はBのいずれかの指定量の効果を中和するために要求される希釈により評価されうる。
C.ディフィシル毒素に対する抗血清の毒素中和活性を、Vero細胞を使用した細胞毒性アッセイにより測定した。固定量の精製C.ディフィシル毒素A又は毒素Bのいずれかを、抗体の種々の希釈物と混合し、30分間にわたり37℃でインキュベートし、次に、96ウェル組織培養プレート上で成長しているVero細胞に適用した。毒素A及びBの両方が、24〜72時間の期間にわたり、Vero細胞の特徴的な円形化をもたらす細胞毒性活性を持つ。中和抗体の存在において、この活性は阻害され、抗体調製物の中和力は、毒素A又はBのいずれかの指定量の効果を中和するために要求される希釈により評価されうる。
種々の組換えC.ディフィシル毒素B抗原へのヒツジ抗体の中和活性を実証するデータを、表1及び2に示す。これらの実験において、ヒツジ抗体の種々の希釈物を、最終濃度0.5ng/mlで毒素Bと混合し、30分間にわたり37℃でインキュベートし、次に、上の通りにVero細胞に適用し、37℃でインキュベートし、24〜72時間の期間にわたりモニターした。毒素Bの細胞毒性効果に対して細胞を完全に保護する抗体希釈を算出した。
表1は、本発明の抗原の中和力価を示す。表2は、リピート領域のみからなる抗原を使用して得られた力価を示す。
まとめると、表1及び表2のデータは、リピートドメインのみを含むフラグメントと比較し、毒素中和免疫応答を誘発する、本発明の抗原の優れた能力を示す。
抗体毒素中和力価を、また、クリスタルバイオレットを用いた細胞染色に基づく比色アッセイにより推定した(Rothman (1986) J. Clin. Pathol. 39: 672-676)。Vero細胞を、96ウェル細胞培養プレート中で、コンフルエントまで成長させた。これらのアッセイを、上に記載する通り、50ng/ml及び2ng/mlの抗体混合物中の最終濃度の毒素A及び毒素Bをそれぞれ使用して実施した。一晩のインキュベーション後、細胞を、200μlのダルベッコのPBS(Sigma)を用いて穏やかに洗浄し、それは、細胞を、70μlの氷冷エタノールを用いて2分間にわたり固定する前に、注意深く除去した。エタノールを次に除去し、70μlのクリスタルバイオレット(エタノール中の1% w/v;Pro−Lab)を固定細胞に加え、30分間にわたり22℃でインキュベートした。プレートを次に、脱イオン水中の浸漬により注意深く洗浄し、過剰の染料を除去し、37℃で乾燥させ、次に、200μlの50%(v/v)エタノールを加えた。プレートを次に、492nmで読み取る前に、振盪インキュベーター(300rpm)中で2時間にわたり37℃でインキュベートした。ED50値は、4又は5pl非線形回帰モデルを使用し、結果として得られた毒素中和曲線から由来した(図4)。このように、ED50力価は、アッセイにおいて50%毒素中和エンドポイントを達成するために要求される血清又は抗体の希釈である。公知のIgG濃度の抗体溶液を使用する場合、力価を、また、50%毒素中和エンドポイントを達成するために要求されるIgGの濃度として表現してもよい。
表3は、毒素A及び毒素Bの両方の中央ドメインを使用して生成された血清についての、クリスタルバイオレット方法を使用して得られた毒素中和ED50力価を示す。両方のフラグメントについて、1000単位/mlを超える毒素中和ED50力価を、それらのそれぞれの血清について得た(また、図6を参照のこと)。
ヒツジ抗毒素B(残基767〜1852)IgG溶液について得られた毒素中和ED50力価の値を、表4に示す。毒素Bの種々の毒素型に対する中和力価を、その交差中和効力を評価するために、このフラグメント抗血清について得た。毒素Bの各々の精製毒素型を、アッセイにおいて、毒性について標準化し、24時間のインキュベーション期間中に細胞死を起こす16×最小毒素濃度の固定濃度で保持した。中和効力は、上の毒素B濃度の50%中和のために要求されるμg/ml IgGで表現される。中和力価における4倍未満の差が観察され、それは、良好な交差中和効力を示している。
実施例8 − CDIを処置するための本発明の組換え抗原を使用して生成された抗血清のインビボでの効力の評価
組換え抗原を使用して、CDIをインビボで処置するための、生成された抗血清の効力を実証するために、シリアンハムスターを、C.ディフィシルの毒素の1つ又は複数に対して中和活性を有する抗体を用いて受動的に免疫化する。処理製剤の効力を評価するために、ハムスターに、C.ディフィシルを用いた負荷後6時間から負荷後240時間までの種々の時点で、静脈内に又は腹腔内経路により抗体を与える。
組換え抗原を使用して、CDIをインビボで処置するための、生成された抗血清の効力を実証するために、シリアンハムスターを、C.ディフィシルの毒素の1つ又は複数に対して中和活性を有する抗体を用いて受動的に免疫化する。処理製剤の効力を評価するために、ハムスターに、C.ディフィシルを用いた負荷後6時間から負荷後240時間までの種々の時点で、静脈内に又は腹腔内経路により抗体を与える。
受動的免疫化の前に、ハムスターに、広域抗生物質(例えば、クリンダマイシン)を投与し、12〜72時間後に、C.ディフィシル胞子を用いて口から負荷する。動物を、次に、C.ディフィシル関連疾患の症状について、15日間までにわたりモニターする。コントロールの非免疫化動物は、疾患の徴候(例えば、下痢、腫れた腹部、無気力、乱れた毛並み)を発生し、ヒツジ抗体を用いて処置されたものは、正常に見える又は統計的に有意な低下した疾患の発生率を示す。
実施例9 − 本発明のペプチド/ペプチドフラグメントによるワクチン接種
ワクチンは、本発明のペプチド/ペプチドフラグメントにより表され、現在の適正製造基準により調製される。そのような慣行を使用して、本発明のペプチド/ペプチドフラグメントは、商業的に利用可能である水酸化アルミニウムのアジュバント(例えば、Alhydrogel)に結合されうる。ワクチンは、通常、毒素A及び毒素Bから由来する、本発明の抗原の組み合せを含みうるが、しかし、また、毒素A又はB抗原のいずれかを含みうる。ワクチンは、また、細菌又はウイルス起源の他の抗原との組み合わせてにおいて、毒素A及びB抗原を含みうる。
ワクチンは、本発明のペプチド/ペプチドフラグメントにより表され、現在の適正製造基準により調製される。そのような慣行を使用して、本発明のペプチド/ペプチドフラグメントは、商業的に利用可能である水酸化アルミニウムのアジュバント(例えば、Alhydrogel)に結合されうる。ワクチンは、通常、毒素A及び毒素Bから由来する、本発明の抗原の組み合せを含みうるが、しかし、また、毒素A又はB抗原のいずれかを含みうる。ワクチンは、また、細菌又はウイルス起源の他の抗原との組み合わせてにおいて、毒素A及びB抗原を含みうる。
本発明の精製C.ディフィシル毒素A及び/又は毒素B抗原は、最終濃度0.2%でのホルムアルデヒドを用いて処理し、24時間までにわたり35℃でインキュベートしてもよい(実施例5に記載される通り)。
本発明の抗原に加えて、典型的なワクチン組成物は、以下を含む:
A)緩衝液(例えば、5〜20mMの間の及びpH7.0〜7.5の間のHepes緩衝液);
B)ワクチンを生理学的に等張にする塩成分(例えば、100〜150mMの間のNaCl);
C)アジュバント(例えば、ワクチン用量あたり100〜700μgの間の最終アルミニウム濃度での水酸化アルミニウム);及び
D)保存剤(例えば、0.01%でのチメロサール又は0.01%でのホルムアルデヒド)。
A)緩衝液(例えば、5〜20mMの間の及びpH7.0〜7.5の間のHepes緩衝液);
B)ワクチンを生理学的に等張にする塩成分(例えば、100〜150mMの間のNaCl);
C)アジュバント(例えば、ワクチン用量あたり100〜700μgの間の最終アルミニウム濃度での水酸化アルミニウム);及び
D)保存剤(例えば、0.01%でのチメロサール又は0.01%でのホルムアルデヒド)。
そのようなワクチン組成物は、ヒトに、多様な異なる免疫化計画(例えば以下など)により投与される:
1. 皮下投与された0.5ml中の単一用量(例えば、本発明の20μg吸着フラグメント)。
2. 0及び4週目に投与された0.5ml中の2用量(例えば、本発明の10μg吸着フラグメント)。
3. 0、2、及び12週目に投与された0.5ml中の3用量(例えば、本発明の10μg吸着フラグメント)。
1. 皮下投与された0.5ml中の単一用量(例えば、本発明の20μg吸着フラグメント)。
2. 0及び4週目に投与された0.5ml中の2用量(例えば、本発明の10μg吸着フラグメント)。
3. 0、2、及び12週目に投与された0.5ml中の3用量(例えば、本発明の10μg吸着フラグメント)。
これらのワクチン接種計画は、C.ディフィシル毒素の相同血清型への暴露に対して、保護のレベルを付与する。
実施例10 − 本発明の抗原を使用して産生された抗体の臨床的使用
3つの例は、それらのCDIにおける70の異なる程度を伴う患者において、本発明の抗原を使用して産生された、全身性ヒツジ抗体産物の治療的価値を例示するために役立つ。
3つの例は、それらのCDIにおける70の異なる程度を伴う患者において、本発明の抗原を使用して産生された、全身性ヒツジ抗体産物の治療的価値を例示するために役立つ。
軽度CDI
67歳の男性が、重度の心筋梗塞に続き、冠動脈治療室に入院する。無事に回復する一方で、彼は、任意の他の徴候又は症状を伴わない軽度の下痢を発生する。病院においてCDIの最近のエピソードがあったため、糞便サンプルを、テストのために直ちに送り、毒素A及び毒素Bの両方を含むことが見出される。専用トイレのある個室に隔離後、彼は、250mgのヒツジF(ab’)2を静脈内に受け、第2の注射が2日後に続いた。彼の下痢は、直ぐに止まり、彼は、メトラニダゾール(metranidazole)又はバンコマイシンのいずれかの必要性を伴わず、完全回復する。
67歳の男性が、重度の心筋梗塞に続き、冠動脈治療室に入院する。無事に回復する一方で、彼は、任意の他の徴候又は症状を伴わない軽度の下痢を発生する。病院においてCDIの最近のエピソードがあったため、糞便サンプルを、テストのために直ちに送り、毒素A及び毒素Bの両方を含むことが見出される。専用トイレのある個室に隔離後、彼は、250mgのヒツジF(ab’)2を静脈内に受け、第2の注射が2日後に続いた。彼の下痢は、直ぐに止まり、彼は、メトラニダゾール(metranidazole)又はバンコマイシンのいずれかの必要性を伴わず、完全回復する。
再発のリスクを伴う重度CDI
年齢81歳の女性が、彼女の家庭で転倒し、骨折した左股関節を持続した。彼女は直ぐに病院に入院し、股関節は成功裏にピン固定される。彼女の虚弱な状態は、早期退院を妨げ、数日後、彼女は湿性咳を発生し、そのために、彼女は、広域抗生物質を与えられた。さらに8日後、彼女は、腹痛及び圧痛を伴う多量の下痢を発生し、CDIが、適切な糞便テストにより診断される。その時、また、感染の全身所見(著しく上昇した白血球数を含む)、及び脱水を伴う有意な体液喪失の証拠がある。患者は、直ぐに、経口バンコマイシンを開始し、同時に、250mgのヒツジF(ab’)2ベース産物の1日5回注射の第1回目を静脈内に受ける。CDIの徴候及び症状ならびに検査室所見の迅速な消散がある。しかし、バンコマイシンの中止に続く、彼女のCDIの再発のリスクを避けるために、彼女は、さらに2週間にわたり、抗体療法の経口形態で処置され続ける。彼女は、再発を経験しない。
年齢81歳の女性が、彼女の家庭で転倒し、骨折した左股関節を持続した。彼女は直ぐに病院に入院し、股関節は成功裏にピン固定される。彼女の虚弱な状態は、早期退院を妨げ、数日後、彼女は湿性咳を発生し、そのために、彼女は、広域抗生物質を与えられた。さらに8日後、彼女は、腹痛及び圧痛を伴う多量の下痢を発生し、CDIが、適切な糞便テストにより診断される。その時、また、感染の全身所見(著しく上昇した白血球数を含む)、及び脱水を伴う有意な体液喪失の証拠がある。患者は、直ぐに、経口バンコマイシンを開始し、同時に、250mgのヒツジF(ab’)2ベース産物の1日5回注射の第1回目を静脈内に受ける。CDIの徴候及び症状ならびに検査室所見の迅速な消散がある。しかし、バンコマイシンの中止に続く、彼女のCDIの再発のリスクを避けるために、彼女は、さらに2週間にわたり、抗体療法の経口形態で処置され続ける。彼女は、再発を経験しない。
合併症を伴う重度CDI
87歳の女性が、長期介護施設に居住しながら、気管支肺炎を発生する。地元の一般開業医は、彼女に、即時の利益を伴う抗生物質治療のコースを開始する。しかし、抗生物質を止めた後8日目、彼女は、重度の下痢を経験する。彼女の状態が悪化し始め、毒素Aが、彼女の糞便中で、ELISAテストにより検出される病院への入院が必要となる。この時までに、彼女は極度に病気であり、循環不全の証拠を伴い、彼女の下痢は止まっている。後者は、麻痺性イレウス及び中毒性巨大結腸の組み合わせに起因することが見出されており、緊急全結腸切除が必須であると考えられる。そのような手術は、60%を超える死亡率と関連付けられるため、彼女は、抗体産物の2つのアンプル(500mg)の内容物と一緒に静脈内補充療法を受ける。彼女が4時間後に手術室に運ばれる時までに、彼女の全身状態は有意に改善しており、彼女は手術後に生存する。
87歳の女性が、長期介護施設に居住しながら、気管支肺炎を発生する。地元の一般開業医は、彼女に、即時の利益を伴う抗生物質治療のコースを開始する。しかし、抗生物質を止めた後8日目、彼女は、重度の下痢を経験する。彼女の状態が悪化し始め、毒素Aが、彼女の糞便中で、ELISAテストにより検出される病院への入院が必要となる。この時までに、彼女は極度に病気であり、循環不全の証拠を伴い、彼女の下痢は止まっている。後者は、麻痺性イレウス及び中毒性巨大結腸の組み合わせに起因することが見出されており、緊急全結腸切除が必須であると考えられる。そのような手術は、60%を超える死亡率と関連付けられるため、彼女は、抗体産物の2つのアンプル(500mg)の内容物と一緒に静脈内補充療法を受ける。彼女が4時間後に手術室に運ばれる時までに、彼女の全身状態は有意に改善しており、彼女は手術後に生存する。
各々の抗原について、100μgの5用量を、毎月、3頭のヒツジの各々に与え、血清を18週目に分析した。ELISA力価は、14週サンプルから由来し、バックグラウンドを上回る0.5 A450のシグナルを与えた血清希釈(3頭の動物からのプール)を表し、二回測定値の平均値である。クリスタルバイオレットED50アッセイのために、毒素Bを、固定濃度2ng/mlで、毒素Aを50ng/mlで使用した。
毒素B(残基767〜1852)(毒素型0配列)への抗体を、他の毒素B毒素型を中和するためのそれらの能力について評価した。精製された毒素B毒素型(0、3、5、及び10)を、各々、細胞アッセイにおいて滴定し、24時間のインキュベーション期間において細胞死を起こす16×最小毒素濃度の固定濃度で使用した。中和効力は、上の毒素B濃度の50%中和のために要求されるμg/ml IgGで表現する。
配列番号
Claims (21)
- C.ディフィシル毒素A配列又はC.ディフィシル毒素B配列の残基1500〜1700からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含むポリペプチド、
ただし、該ポリペプチドは、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1853〜2366の間に位置付けられる1つ又は複数のリピート単位(RU)を含まない。 - ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素A配列又はC.ディフィシル毒素B配列の残基1450〜1750からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含む、請求項1記載のポリペプチド。
- ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素A配列又はC.ディフィシル毒素B配列の残基1400〜1800からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含む、請求項1又は請求項2記載のポリペプチド。
- ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素Aのアミノ酸残基1851〜2710及び/又はC.ディフィシル毒素Bのアミノ酸残基1853〜2366により提供されるアミノ酸配列を含まない、請求項1〜3のいずれか一項記載のポリペプチド。
- ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素A配列の残基1330〜1850又は770〜1850又は542〜1850からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含む、請求項1〜4のいずれか一項記載のポリペプチド。
- ポリペプチドが、C.ディフィシル毒素B配列の残基1145〜1852又は767〜1852又は543〜1852からなるアミノ酸配列と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含む、請求項1〜4のいずれか一項記載のポリペプチド。
- ポリペプチドが、さらに、細菌表面層タンパク質、NusA、チオレドキシン、マルトース結合タンパク質、ユビキチン様ペプチドの1つ又は複数より選択される第2アミノ酸配列、及び前記第2アミノ酸配列のいずれかのフラグメントを含む、請求項1〜6のいずれか一項記載のポリペプチド。
- 第2アミノ酸配列が、C.ディフィシル表面層タンパク質を含む、請求項7記載のポリペプチド。
- C.ディフィシル表面層タンパク質が、CD 2767ペプチド、例えば、CD 6767ペプチドのアミノ酸残基27〜401と少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる又はそれを含むペプチドからなる又はそれを含む、請求項8記載のポリペプチド。
- C.ディフィシル毒素Aに及び/又はC.ディフィシル毒素Bに結合する抗体を生成する方法における抗原としての使用のための、請求項1〜9のいずれか一項記載のポリペプチドであって;
好ましくは、該抗体が、全IgG、Fab抗体、又はF(ab’)2抗体を含む、ポリペプチド。 - C.ディフィシル毒素Aに及び/又はC.ディフィシル毒素Bに結合する抗体を単離するためのインビトロ方法であって、該方法が、
a)表面上に(例えば、カラム内のマトリクス上に)、請求項1〜7のいずれか一項記載の1つ又は複数のC.ディフィシルポリペプチドを固定化すること;
b)固定化したポリペプチドを、C.ディフィシル毒素A及び/又は毒素Bに結合する抗体を含む溶液と接触させること;
c)該抗体を、該ポリペプチドに結合することを可能にし、それにより、抗体及びポリペプチドの結合複合体を形成させること;
d)いかなる非結合抗体又はタンパク質も洗い流すこと;ならびに
e)結合抗体を表面から溶出し、それにより、親和性精製された抗体を提供することを含む方法。 - C.ディフィシル毒素Aに及び/又はC.ディフィシル毒素Bに結合する抗体であって、該抗体が、請求項8又は請求項9記載の方法により入手可能であり、該抗体が、C.ディフィシル毒素A又は毒素Bのエフェクタードメインに実質的に結合しない、ならびに/あるいはC.ディフィシル毒素A又は毒素BのRUに実質的に結合しない;好ましくは、該抗体が、全IgG、Fab抗体、又はF(ab’)2抗体を含む、抗体。
- 抗体が、C.ディフィシル毒素Aの残基1350〜1850又は1130〜1850又は770〜1850又は542〜1185により及び/又はC.ディフィシル毒素Bの残基1350〜1852又は1145〜1852又は767〜1852又は543〜1852により提示されるエピトープに結合する、請求項12記載の抗体。
- 哺乳動物(例えば、ヒト)におけるCDIの防止、処置、又は抑制における使用のための、請求項1〜9のいずれか一項記載のポリペプチド及び/又は請求項12もしくは請求項13記載の抗体。
- 哺乳動物(例えば、ヒト)においてCDIを防止、処置、又は抑制するための方法であって、該方法が、該ヒトに、治療的に効果的な量の請求項1〜9のいずれか一項記載のポリペプチド及び/又は請求項12もしくは請求項13記載の抗体を投与することを含む方法。
- 請求項15記載の方法であって、ポリペプチドが、C.ディフィシル非毒素抗原、不活化もしくは弱毒化された全細胞C.ディフィシル細菌、及び/又はC.ディフィシル細胞抽出物より選択される1つ又は複数の追加抗原;ならびに
a.場合により、1)院内感染を起こす細菌からの抗原、及び2)院内感染を起こす不活化もしくは弱毒化された全細胞細菌より選択される1つ又は複数の抗原;ならびに
b.場合により、1つ又は複数の抗生物質、例えば、院内感染を起こす細菌に対して効果的な抗生物質など
との組み合わせ治療の部分として投与される方法。 - 請求項15記載の方法であって、抗体が、C.ディフィシル非毒素抗原に結合する抗体、及び全細胞C.ディフィシル細菌に結合する抗体より選択される1つ又は複数の追加抗体;ならびに
a.場合により、1)院内感染を起こす細菌からの抗原に結合する抗体、及び2)院内感染を起こす全細胞細菌に結合する抗体より選択される1つ又は複数の抗体;ならびに
b.場合により、1つ又は複数の抗生物質、例えば、院内感染を起こす細菌に対して効果的な抗生物質など
との組み合わせ治療の部分として投与される方法。 - 請求項14記載の使用のためのポリペプチドであって、該使用が、C.ディフィシル非毒素抗原、不活化もしくは弱毒化された全細胞C.ディフィシル細菌、及び/又はC.ディフィシル細胞抽出物より選択される1つ又は複数の追加抗原;ならびに
a.場合により、1)院内感染を起こす細菌からの抗原、及び2)院内感染を起こす不活化もしくは弱毒化された全細胞細菌より選択される1つ又は複数の抗原;ならびに
b.場合により、1つ又は複数の抗生物質、例えば、院内感染を起こす細菌に対して効果的な抗生物質など
との組み合わせ治療の部分としての該ポリペプチドの投与を含む、ポリペプチド。 - 請求項14記載の使用のための抗体であって、該使用が、C.ディフィシル非毒素抗原に結合する抗体、及び全細胞C.ディフィシル細菌に結合する抗体より選択される1つ又は複数の追加抗体;ならびに
a.場合により、1)院内感染を起こす細菌からの抗原に結合する抗体、及び2)院内感染を起こす全細胞細菌に結合する抗体より選択される1つ又は複数の抗体;ならびに
b.場合により、1つ又は複数の抗生物質、例えば、院内感染を起こす細菌に対して効果的な抗生物質など
との組み合わせ治療の部分としての該抗体の投与を含む抗体。 - 患者サンプルにおけるC.ディフィシル感染の存在又は非存在を確認するためのインビトロ免疫アッセイ方法における請求項12又は請求項13記載の抗体の使用であって、C.ディフィシル感染の存在は、該サンプル中に存在するC.ディフィシル毒素A及び/又はBへの該抗体の結合を検出することにより確認され、該サンプル中に存在するC.ディフィシル毒素A及び/又はBへの該抗体の結合を検出できないことによって、C.ディフィシル感染の非存在が確認される使用。
- 患者サンプルにおけるC.ディフィシル感染の存在又は非存在を確認するためのインビトロ免疫アッセイ方法における請求項1〜9のいずれか一項記載のポリペプチドの使用であって、C.ディフィシル感染の存在は、該サンプル中に存在する抗体への前記融合タンパク質の結合を検出することにより確認され、該サンプル中に存在する抗体への前記融合タンパク質の結合を検出できないことによって、C.ディフィシル感染の非存在が確認される使用。
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