JP2015514227A5 - - Google Patents
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Claims (33)
- コンピュータデバイスまたはシステムのプロセッサにより実行可能なプログラムコードを具現化するコンピュータ可読媒体を備えるコンピュータプログラムであって、前記プログラムコードは、
a)個人からの生体試料に帰属するデータを取得するコードであって、データは、表1、2、4、5または8から12の少なくとも1つのバイオマーカーに対応するバイオマーカー値を含む、コードと、
b)ステップa)の前記バイオマーカー値を、対照集団のバイオマーカー値と比較するためのコードと、
c)前記対照集団に比べてステップb)における個人のバイオマーカー値の差次的発現がない場合、NEDの第1の評価を示し、または、前記対照集団に比べて個人のバイオマーカー値の差次的発現がある場合、EVDの第2の評価を示す分類方法を実行するコードとを備える、コンピュータプログラム。 - 結核(TB)に関して個人を評価する方法であって、前記評価は、個人を、TBを有する、もしくは有さないと診断すること、TBの未来の経過を予後診断すること、処置応答、TBが見かけ上治癒された個人におけるTBの再発もしくは再活性化を決定すること、またはそれらの任意の組み合わせを含み、前記方法は、
表1、2、4、5、8または12に列挙されるうちのN個(Nは、2から239の整数である)のバイオマーカータンパク質を含むバイオマーカーパネルを提供することと、
個人からの生体試料においてバイオマーカータンパク質を検出し、それぞれパネル中の前記N個のバイオマーカータンパク質の1つに対応する値を得ることを含み、前記個人は、前記バイオマーカー値に基づいてTBを有している、または有していないものとして分類される方法。 - 前記バイオマーカー値を検出することは、in vitroアッセイを行うことを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記in vitroアッセイは、前記バイオマーカーのそれぞれに対応する少なくとも1種の捕捉試薬を含み、前記方法は、前記少なくとも1種の捕捉試薬を、アプタマー、抗体、および核酸プローブからなる群から選択することをさらに含む、請求項3に記載の方法。
- 前記少なくとも1種の捕捉試薬は、アプタマーである、請求項4に記載の方法。
- 前記in vitroアッセイは、免疫測定法、アプタマーに基づくアッセイ、組織学的または細胞学的アッセイ、およびmRNA発現レベルアッセイからなる群から選択される、請求項3に記載の方法。
- 所定の閾値から逸脱する分類スコアに基づいて、個人がTBを有するものとして分類される、または個人がTBを有している尤度が決定される、請求項2から6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生体試料が、肺、痰、尿、または他の感染した組織であり、バイオマーカー値は、前記試料の組織学的または細胞学的分析から得られる、請求項2から7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生体試料は、痰、全血、血漿、他の感染した組織、または体液および血清からなる群から選択される、請求項2から7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生体試料が、痰である、請求項2から8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記個人は、ヒトである、請求項2から10のいずれか一項に記載の方法。
- N=3から239である、請求項2から11のいずれか一項に記載の方法。
- N=4から239である、請求項2から11のいずれか一項に記載の方法。
- N=5から239である、請求項2から11のいずれか一項に記載の方法。
- N=10から239である、請求項2から11のいずれか一項に記載の方法。
- N=15から239である、請求項2から11のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーは、表1および/または表4および/または表5および/または表8から12からなる群から選択される、請求項2から16のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーは、TSP4、TIMP−2、SEPR、MRC−2、抗トロンビンIII、SAA、CRP、NPS−PLA2、LEAP−1、LBP、凝固因子V、XPNPEP1、PSME1、IL−11 Rα、HSP70、ガレクチン−8、α2−抗プラスミン、ECM1、YES、IGFBP−1、CATZ、BGN、LYNB、およびIL−7からなる群から選択される、請求項2から17のいずれか一項に記載の方法。
- 個人における結核感染を診断するためのアッセイであって、
前記個人の生体試料中の表1、2、4、5、または8から12のN個のバイオマーカーに対応するバイオマーカー値を決定させることであって、
前記決定は、前記バイオマーカーの差次的発現に関して、前記個人の前記バイオマーカー値を、対照集団における前記バイオマーカー値と比較することを含み、
前記バイオマーカーの差次的発現は、前記個人における結核感染の存在を示し、
Nは、少なくとも1である、決定させることと、
前記バイオマーカーの前記差次的発現に基づいて、個人が結核感染を有すると診断することとを含むアッセイ。 - 前記生体試料は、痰、全血、血漿、尿、体(例えば胸膜)液、血清からなる群から選択される、請求項19に記載の方法。
- 前記生体試料は、感染した組織であり、前記バイオマーカー値は、前記組織の組織学的または細胞学的分析から得られる、請求項19に記載の方法。
- 前記生体試料は、痰である、請求項19に記載の方法。
- 前記個人は、ヒトである、請求項19から22のいずれか一項に記載の方法。
- N=2から239である、請求項19から23のいずれか一項に記載の方法。
- N=3から239である、請求項19から23のいずれか一項に記載の方法。
- N=4から239である、請求項19から23のいずれか一項に記載の方法。
- N=5から239である、請求項19から23のいずれか一項に記載の方法。
- N=10から239である、請求項19から23のいずれか一項に記載の方法。
- N=15から239である、請求項19から23のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーは、表1および/または表4および/または表5および/または表8から12からなる群から選択される、請求項19から29のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも1つのバイオマーカーは、TSP4、TIMP−2、SEPR、MRC−2、抗トロンビンIII、SAA、CRP、NPS−PLA2、LEAP−1、LBP、凝固因子V、XPNPEP1、PSME1、IL−11 Rα、HSP70、ガレクチン−8、α2−抗プラスミン、ECM1、YES、IGFBP−1、CATZ、BGN、LYNB、およびIL−7からなる群から選択される、請求項19から30のいずれか一項に記載の方法。
- 患者に結核感染に対する処置を施すべきかどうかを決定するための方法であって、
a)前記個人の生体試料中の表1、2、4、5、または8から12のN個のバイオマーカーに対応するバイオマーカー値を決定するために、アッセイを行わせることであって、
前記決定は、前記バイオマーカーの差次的発現に関して、前記個人の前記バイオマーカー値を、対照集団における前記バイオマーカー値と比較することを含み、
前記バイオマーカーの差次的発現は、前記個人における結核感染の存在を示し、
Nは、少なくとも1である、行わせることと、
b)前記バイオマーカーの前記差次的発現に基づいて、個人が結核感染を有すると診断することと、
c)結核感染に対する処置を施すこととを含む方法。 - 患者に結核感染に対する処置を施すべきかどうかを決定するための方法であって、
a)前記患者から生体試料を得ることと、
b)前記個人の前記生体試料中の表1、2、4、5、または8から12のN個のバイオマーカーに対応するバイオマーカー値を決定するために、アッセイを行わせることであって、
前記決定は、前記バイオマーカーの差次的発現に関して、前記個人の前記バイオマーカー値を、対照集団における前記バイオマーカー値と比較することを含み、
前記バイオマーカーの差次的発現は、前記個人における結核感染の存在を示し、
Nは、少なくとも1である、行わせることと、
c)前記バイオマーカーの前記差次的発現に基づいて、個人が結核感染を有すると診断することと、
d)結核感染に対する処置を施すこととを含む方法。
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