JP2015509623A - Dna配列のデータ分析 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2012年2月8日に出願された米国仮特許出願第61/596,540号、および2012年2月21日に出願された米国仮特許出願第61/601,090号の利益を主張するものであり、これらの開示は、その全体が参照により本明細書に明白に組み込まれている。
この比は、組込み部位に定量値を与える。
103 発現ベクター
105 プライマー
107 導入遺伝子隣接領域配列
109 アダプター
111 右クローニングベクター
201 入力試料
203 参照試料データ
205 シーケンサー
207 分析システム
209 遠隔システム
220 流れ図
221 試料を準備する
223 試料を処理して配列を得る
225 参照試料情報を受け取る
227 参照試料情報に基づいて配列を分析する
301 入力デバイス
302 ネットワーク
303 入力モジュール
304 クライアント
305 計算モジュール
307 出力モジュール
309 出力デバイス
311 可視化モジュール
313 オペレーティングシステムソフトウェア
315 メモリー
317 試料データ
325 制御装置
401 試料および分析方法を準備する
403 シークエンシング
405 隣接配列を同定する
407 データを後処理する
501 既知のベクター、アダプター、および/またはプライマー配列を選択する/受け取る
503 未知の入力配列を受け取る
505 相同性および配列類似性の検索
507 既知のプライマーおよびアダプターとの類似性の高い配列の同定
509 発現ベクターの類似性
511 入力配列の配向を同定する
513 導入遺伝子隣接配列を特定して出力する
515 ゲノムに隣接配列をマッピングする
517 隣接配列の位置を可視化する
551 プライマーおよびアダプターの検索
553 プライマー及びアダプターは発見されたか?
555 プライマー又はアダプターは発見されたか?
557 処理を失敗した配列−赤色でマークする
559 既知配列を取り出し、ゲノムに対して未知なものを検索する
561 既知配列を取り出し、ゲノムに対して未知なものを検索する
563 ゲノム中で未知か?
565 処理を失敗した配列−橙色でマークする
567 ゲノム中で未知か?
569 処理を失敗した配列−橙色でマークする
571 ゲノム中の配列の位置を記録し、緑色でマークする
573 ゲノム中の配列の位置を記録し、黄色でマークする
603 プライマー
605 入力配列
607 逆相補配列
609 配列
701 ボックス(一連の入力配列を選択する)
703 シロイヌナズナ(arabidopsis)
705 ボックス(実験で使用された、かつ入力配列中に存在するはずである1つまたは複数の発現ベクター103を選択する)
707 ボックス(ベクター配列を入力する)
709 ボックス(プライマー105の配列を入力する)
711 ボックス(アダプター109の配列を入力する)
850 方法
852 入力未知配列を提供する
854 入力参照配列を提供する
856 未知配列内の発現ベクターを検索する
858 発現ベクターは発見されたか?
860 処理を失敗した配列−赤色でマークする
862 未知配列内のアダプター配列を検索する
864 アダプター配列は発見されたか?
866 未知配列の同定を試みる
868 配列は同定されたか?
870 ゲノムに対して未知なものを検索する
872 ゲノム中で未知か?
874 ゲノム中の配列の位置を記録し、緑色でマークする
876 処理を失敗した配列−橙色でマークする
878 処理を失敗した配列−赤色でマークする
880 未知配列の同定を試みる
882 配列は同定されたか?
884 処理を失敗した配列−赤色でマークする
886 ゲノムに対して未知なものを検索する
888 ゲノム中で未知か?
890 ゲノム中の配列の位置を記録し、緑色でマークする
892 処理を失敗した配列−橙色でマークする
Claims (38)
- 配列データを電子的に受け取るステップと、
少なくとも発現ベクターに関係する1つまたは複数の参照データ配列を電子的に受け取るステップと、
参照データ配列の少なくとも1つと配列データを関連付けて導入遺伝子隣接配列を同定するステップと、
ゲノム内の導入遺伝子隣接配列の1つまたは複数の挿入部位を検索するステップと、
前記検索ステップで1つまたは複数の挿入部位が発見された場合に、ゲノムとゲノム内の1つまたは複数の挿入部位とをアノテートするステップと
を含む、分析方法。 - 参照データが、左クローニングベクター、プライマー、アダプター、および右クローニングベクターの少なくとも1つにさらに関係している、請求項1に記載の分析方法。
- 参照データが、左クローニングベクター、プライマー、アダプター、および右クローニングベクターにさらに関係している、請求項1に記載の分析方法。
- 配列データ内の第1の参照データ配列を検索するステップと、
前記第1の参照データ配列が特定された場合に、配列データ内の第2の参照データ配列を検索するステップと
をさらに含む、請求項1に記載の分析方法。 - 第1の参照データ配列が、発現ベクター、アダプター、プライマー、およびクローニングベクターからなる群から選択される、請求項4に記載の分析方法。
- 第2の参照データ配列が、発現ベクター、アダプター、プライマー、およびクローニングベクターからなる群から選択され、第1の参照データ配列とは独立に選択される、請求項5に記載の分析方法。
- 第1の参照データ配列が発現ベクターであり、第2の参照データ配列がアダプターである、請求項4に記載の分析方法。
- 第1の参照データ配列および第2の参照データ配列が、プライマーおよびアダプターからなる群から独立に選択される、請求項4に記載の分析方法。
- 導入遺伝子隣接配列および参照データを可視化するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- ゲノム内の1つまたは複数の挿入部位を可視化するステップをさらに含む、請求項1に記載の分析方法。
- 挿入部位の上流および下流のゲノムの配列情報を特徴付けるステップをさらに含む、請求項1に記載の分析方法。
- 挿入部位の10キロ塩基対上流および10キロ塩基対下流のゲノムの配列情報が特徴付けられる、請求項11に記載の分析方法。
- 配列データを参照データ配列の1つまたは複数と整列させるステップと、
整列された配列の定性分析を行うステップと
をさらに含む、請求項1に記載の分析方法。 - 配列データを参照データ配列の1つまたは複数と整列させるステップと、
整列された配列の定量分析を行うステップと
をさらに含む、請求項1に記載の分析方法。 - ゲノムが、植物ゲノムの少なくとも一部である、請求項1に記載の方法。
- 参照データ配列の少なくとも1つと配列データを関連付けるステップが、配列データに対して参照データ配列の少なくとも1つをマッチさせるアルゴリズムを使用することを含む、請求項1に記載の分析方法。
- アルゴリズムがLASTZアルゴリズムである、請求項16に記載の分析方法。
- ゲノム内の導入遺伝子隣接配列の1つまたは複数の挿入部位を検索するステップが、少なくとも1つの挿入部位の上流および下流の配列をゲノムとともに特定するアルゴリズムを使用することを含む、請求項1に記載の分析方法。
- アルゴリズムがBLASTアルゴリズムである、請求項18に記載の分析方法。
- 配列に関係した配列データを受け取るためのモジュール、
少なくとも発現ベクターに関係した1つまたは複数の参照配列を受け取るためのモジュール、ならびに
参照データ配列の少なくとも1つと配列データを関連付けて、導入遺伝子隣接配列を同定し、
ゲノム内の導入遺伝子隣接配列の1つまたは複数の挿入部位を検索し、
1つまたは複数の挿入部位が発見された場合に、ゲノムとゲノム内の1つまたは複数の挿入部位とをアノテートする
ように作動可能な計算モジュール、
を含む、分析システム。 - 参照配列が、左クローニングベクター、プライマー、アダプター、および右クローニングベクターの少なくとも1つにさらに関係している、請求項20に記載の分析システム。
- 参照配列が、左クローニングベクター、プライマー、アダプター、および右クローニングベクターにさらに関係している、請求項20に記載の分析システム。
- 前記計算モジュールが、
配列データ内の第1の参照データ配列を検索し、
前記第1の参照データ配列が特定された場合に、配列データ内の第2の参照データ配列を検索する
ようにさらに作動可能である、請求項20に記載の分析システム。 - 第1の参照データ配列が、発現ベクター、アダプター、プライマー、およびクローニングベクターからなる群から選択される、請求項23に記載の分析システム。
- 第2の参照データ配列が、発現ベクター、アダプター、プライマー、およびクローニングベクターからなる群から選択され、第1の参照データ配列とは独立に選択される、請求項24に記載の分析システム。
- 第1の参照データ配列が発現ベクターであり、第2の参照データ配列がアダプターである、請求項23に記載の分析システム。
- 第1および第2の参照データ配列が、プライマーおよびアダプターからなる群から独立に選択される、請求項23に記載の分析システム。
- 導入遺伝子隣接配列と、左クローニングベクター、発現ベクター、プライマー、アダプター、および右クローニングベクターの少なくとも1つとを可視化するためのモジュールをさらに含む、請求項20に記載の分析システム。
- ゲノム内の1つまたは複数の挿入部位を可視化するためのモジュールをさらに含む、請求項20に記載の分析システム。
- 前記計算モジュールが、挿入部位の上流および下流のゲノムの配列情報を特徴付けるようにさらに作動可能である、請求項20に記載の分析システム。
- 前記計算モジュールが、挿入部位の10キロ塩基対上流および10キロ塩基対下流のゲノムの配列情報を特徴付けるように作動可能である、請求項30に記載の分析システム。
- 前記計算モジュールが、
配列データを参照データ配列の1つまたは複数と整列させ、
整列された配列の定性分析を行う、
ように作動可能である、請求項20に記載の分析システム。 - 前記計算モジュールが、
配列データを参照データ配列の1つまたは複数と整列させ、
整列された配列の定量分析を行う、
ように作動可能である、請求項20に記載の分析システム。 - ゲノムが、植物ゲノムの少なくとも一部である、請求項20に記載の分析システム。
- 参照データ配列の少なくとも1つと配列データを関連付けることが、配列データに対して参照データ配列の少なくとも1つをマッチさせるアルゴリズムを使用することを含む、請求項20に記載の分析システム。
- アルゴリズムがLASTZアルゴリズムである、請求項35に記載の分析システム。
- ゲノム内の導入遺伝子隣接配列の1つまたは複数の挿入部位を検索することが、少なくとも1つの挿入部位の上流および下流の配列をゲノムとともに特定するアルゴリズムを使用することを含む、請求項20に記載の分析システム。
- アルゴリズムがBLASTアルゴリズムである、請求項37に記載の分析システム。
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