JP2015073506A - 遺伝子多型の判定方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】第1のフラップ領域と第1型アレル特異的領域とを有する第1型アレル特異的プローブ、第2のフラップ領域と第2型アレル特異的領域とを有する第2型アレル特異的プローブ、インベーダプローブ、第1のFRETプローブ及び第2のFRETプローブを用いて、被験体由来の前記ゲノム領域を含むDNA含有試料、及び第1型コントロールオリゴヌクレオチドと第2型コントロールオリゴヌクレオチドの含有比率が異なる標準試料系列をそれぞれ鋳型としてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、標準試料ごとに描いたリアルタイムで計測した蛍光強度の反応軌道と、前記DNA含有試料の結果に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する、遺伝子多型の判定方法。
【選択図】なし
Description
[1] 多型部位を含むゲノム領域における被験体の遺伝子型を、インベーダアッセイを用いて判定する方法であって、
(a)被験体由来の前記ゲノム領域を含むDNA含有試料を鋳型として、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第1のフラップ領域と、前記第1のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第1型アレル特異的領域とを有する第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有する第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするインベーダオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第1のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第1の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第2の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
を用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(b)前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第1型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第1型コントロールオリゴヌクレオチドと、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第2型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第2型コントロールオリゴヌクレオチドとの総量に対する前記第1型コントロールオリゴヌクレオチドの含有比率(モル比)が異なる標準試料系列を調製する工程と、
(c)前記標準試料系列の各標準試料について、それぞれ、当該標準試料を鋳型として、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブ、前記第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブ、及び前記第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブを用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(d)縦軸と横軸のいずれか一方を前記第1の蛍光物質の蛍光強度とし、残る他方を前記第2の蛍光物質の蛍光強度としたグラフに、前記工程(c)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果をプロットし、標準試料ごとに反応軌道を描く工程と、
(e)前記工程(d)において描かれたグラフに、前記工程(a)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果をプロットし、前記反応軌道に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する工程と、
を有することを特徴とする、遺伝子多型の判定方法。
[2] 前記工程(e)において、前記工程(a)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、前記反応軌道が相互に最も分離される反応時点における第1の蛍光物質の蛍光強度及び第2の蛍光物質の蛍光強度に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する、前記[1]の遺伝子多型の判定方法。
[3] 多型部位を含むゲノム領域における被験体の遺伝子型を、リアルタイムインベーダアッセイを用いて判定する方法であって、
(a’)被験体由来の前記ゲノム領域を含むDNA含有試料の希釈系列を調製し、当該希釈系列をそれぞれ鋳型として、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第1のフラップ領域と、前記第1のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第1型アレル特異的領域とを有する第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有する第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするインベーダオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第1のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第1の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第2の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
を用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(b)前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第1型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第1型コントロールオリゴヌクレオチドと、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第2型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第2型コントロールオリゴヌクレオチドとの総量に対する前記第1型コントロールオリゴヌクレオチドの含有比率(モル比)が異なる標準試料系列を調製する工程と、
(c’)前記標準試料系列の各標準試料について、それぞれ希釈系列を調製し、当該希釈系列をそれぞれ鋳型として、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブ、前記第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブ、及び前記第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブを用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(d’)縦軸と横軸のいずれか一方を前記第1の蛍光物質の蛍光強度とし、残る他方を前記第2の蛍光物質の蛍光強度としたグラフに、前記工程(c’)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、蛍光強度が飽和に達するより前の時点における結果をプロットし、各標準試料の希釈系列ごとに反応軌道を描く工程と、
(e’)前記工程(d’)において描かれたグラフに、前記工程(a’)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、前記時点と同じ時点における結果をプロットし、前記反応軌道に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する工程と、
を有することを特徴とする、遺伝子多型の判定方法。
[4] 前記工程(e’)において、前記工程(a’)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、前記工程(d’)における各標準試料のプロットが相互に最も分離される反応時点における第1の蛍光物質の蛍光強度及び第2の蛍光物質の蛍光強度に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する、前記[3]の遺伝子多型の判定方法。
[5] 前記多型が、一塩基多型である、前記[1]〜[4]のいずれかの遺伝子多型の判定方法。
[6] 前記ゲノム領域が、コピー数多型領域内にある、前記[1]〜[5]のいずれかの遺伝子多型の判定方法。
[7] アレル非対称性を伴う重複を検出するためのものである、前記[1]〜[6]のいずれかの遺伝子多型の判定方法。
[8] 前記工程(a)と前記工程(c)を同時に行う、前記[1]又は[2]の遺伝子多型の判定方法。
[9] 前記工程(a’)と前記工程(c’)を同時に行う、前記[3]又は[4]の遺伝子多型の判定方法。
[10] 前記ゲノム領域が、複数の一塩基多型を含む、前記[1]〜[9]のいずれかの遺伝子多型の判定方法。
[11] 前記DNA含有試料が、前記被検体由来の前記ゲノム領域を増幅したDNAを含有する、前記[1]〜[10]のいずれかの遺伝子多型の判定方法。
[12] 定量PCRを用いて得られる、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレル及び前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルの総コピー数に基づいて、各アレルのコピー数を判定する、前記[1]〜[11]のいずれかの遺伝子多型の判定方法。
[13] 前記定量PCRが、TaqMan法により行われる、前記[12]の遺伝子多型の判定方法。
[14] 多型部位を含むゲノム領域における被験体の遺伝子型を、インベーダアッセイを用いて判定する方法に用いられるキットであって、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第1のフラップ領域と、前記第1のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第1型アレル特異的領域とを有する第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有する第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするインベーダオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第1のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第1の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第1型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第1型コントロールオリゴヌクレオチドと、
前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第2型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第2型コントロールオリゴヌクレオチドと、
を有することを特徴とする、遺伝子多型判定キット。
また、本発明に係る遺伝子多型判定キットを用いることによって、本発明に係る遺伝子多型の判定方法より簡便に実施することができる。
本発明において用いられる第2型アレル特異的プローブは、前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有するオリゴヌクレオチドである。
本発明において用いられるインベーダプローブは、前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである。
本発明において用いられる第2型FRETプローブは、5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第2の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合しているオリゴヌクレオチドである。
RETINAを利用した本発明に係るジェノタイピング法により、CYP2D6遺伝子のSNP及びインデルのアレル比を推定した。対象のアレルは、2850C>T(CYP2D6*2)、1846G>A(CYP2D6*4)、1707delT(CYP2D6*6)、100C>T(CYP2D6*10)、2988G>A(CYP2D6*41)の5種類とした。各アレルについて、野生型を第1の遺伝子型、バリアント型を第2の遺伝子型として、本発明に係るジェノタイピング法を行った。
RETINAの鋳型として用いるために、ゲノムDNA中のCYP2D6遺伝子を含む領域のPCR増幅を実施した。サンプルとして、第I期International HapMap projectにおいて用いられた45人の日本人被験体及び45人の中国人被験体(JCH)由来のゲノムDNAサンプルを5検体(NA18552、NA18637、NA18576、NA18537、NA18622)用いた。これらは特許文献1において、ディプロタイプが既に判定されたものである。JCHサンプルは、Coriell Cell Repositories(Camden、New Jersey、USA)から購入した。各アレルの多型部位を含むゲノム領域を増幅するためのフォワードプライマー及びリバースプライマーの塩基配列を、表1に示す。NA18552を鋳型とし、2D6x2_Fプライマー及び2D6x2_Rプライマーを用いて、2850C>T(CYP2D6*2)のゲノム領域を増幅させた。NA18637を鋳型とし、2D6x4_Fプライマー及び2D6x4_Rプライマーを用いて、1846G>A(CYP2D6*4)のゲノム領域を増幅させた。NA18576を鋳型とし、2D6x6_Fプライマー及び2D6x6_Rプライマーを用いて、1707delT(CYP2D6*6)のゲノム領域を増幅させた。NA18537を鋳型とし、2D6x10_Fプライマー及び2D6x10_Rプライマーを用いて、100C>T(CYP2D6*10)のゲノム領域を増幅させた。NA18622を鋳型とし、2D6x41_Fプライマー及び2D6x41_Rプライマーを用いて、2988G>A(CYP2D6*41)のゲノム領域を増幅させた。
各アレル中の多型部位について、野生型コントロールオリゴとバリアント型コントロールオリゴの含有量比が1:0、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、又は0:1である7種の標準試料からなる標準試料系列を調製した。
調製した標準試料系列の各標準試料、又は前記CYP2D6遺伝子の5種類のアレルのゲノム領域の増幅産物を希釈したDNA含有試料を鋳型として、RETINAを実施した。2850C>T(CYP2D6*2)の遺伝子型判定のためのRETINAに用いた各プローブの塩基配列を表2に、1846G>A(CYP2D6*4)の遺伝子型判定のためのRETINAに用いた各プローブの塩基配列を表3に、1707delT(CYP2D6*6)の遺伝子型判定のためのRETINAに用いた各プローブの塩基配列を表4に、100C>T(CYP2D6*10)の遺伝子型判定のためのRETINAに用いた各プローブの塩基配列を表5に、2988G>A(CYP2D6*41)の遺伝子型判定のためのRETINAに用いた各プローブの塩基配列を表6に、それぞれ示す。表2〜6の「役割」欄のうち、「invader」はインベーダプローブを、「allele_Wt」は野生型アレル特異的プローブを、「allele_V」はバリアント型アレル特異的プローブを、「control_Wt」は野生型コントロールオリゴを、「control_V」はバリアント型コントロールオリゴを、それぞれ示す。
実施例1において、2850C>T(CYP2D6*2)の遺伝子型判定のためのRETINAの鋳型として用いた標準試料系列の各標準試料、及びNA18552の増幅産物(被検体由来DNA)を希釈したDNA含有試料について、それぞれ、4段階に希釈した希釈系列を調製した。これらの希釈系列を構成する各試料を鋳型とした以外は、実施例1と同様にしてRETINAを実施した。
実施例1において、インベーダ反応開始から2.5分後の蛍光強度が帰属判定に適していることが分かったため、各RETINAのインベーダ反応開始から2.5分後の結果について、X−Yプロット(X軸にFAM蛍光強度、Y軸にYellow蛍光強度)を作成し、反応軌道を描いた(図6)。反応軌道は、各RETINAにおいて、同一の希釈系列に属する各試料の蛍光強度のプロット同士(4プロット)を結んだものが、反応軌道である。図6中、「x:y」(xとyは0〜3の整数)と付されている黒丸のプロットは、野生型コントロールオリゴとバリアント型コントロールオリゴの含有量比がx:yである標準試料の希釈系列を鋳型とした場合の測定結果であり、白抜き丸のプロットは、ゲノムDNAの増幅産物(被検体由来のDNA含有試料)の希釈系列を鋳型とした場合の測定結果である。希釈倍率が高い試料ほど、原点近くにプロットされた。標準試料の希釈系列の反応軌道と被検体由来のDNA含有試料の希釈系列の反応軌道を比較すると、明らかに、2850C>T(NA18552)の野生型アレル:バリアント型アレルのコピー数比は1:1であることが分かった。
実施例1において、100C>T(CYP2D6*10)の遺伝子型判定のためのRETINAの鋳型として用いた標準試料系列の各標準試料、及びNA18537の増幅産物(被検体由来DNA)を希釈したDNA含有試料について、それぞれ、4段階に希釈した希釈系列を調製した。これらの希釈系列を構成する各試料を鋳型とした以外は、実施例1と同様にしてRETINAを実施した。
実施例1において、インベーダ反応開始から4分後の蛍光強度が帰属判定に適していることが分かったため、各RETINAのインベーダ反応開始から4分後の結果について、X−Yプロット(X軸にFAM蛍光強度、Y軸にYellow蛍光強度)を作成し、図6と同様にして反応軌道を描いた(図7)。図7中、「x:y」(xとyは0〜3の整数)と付されている黒丸のプロットは、野生型コントロールオリゴとバリアント型コントロールオリゴの含有量比がx:yである標準試料の希釈系列を鋳型とした場合の測定結果であり、白抜き丸のプロットは、ゲノムDNAの増幅産物(被検体由来のDNA含有試料)の希釈系列を鋳型とした場合の測定結果である。希釈倍率が高い試料ほど、原点近くにプロットされた。標準試料の希釈系列の反応軌道と被検体由来のDNA含有試料の希釈系列の反応軌道を比較すると、明らかに、100C>T(CYP2D6*10)の野生型アレル:バリアント型アレルのコピー数比は1:2であることが分かった。
Claims (14)
- 多型部位を含むゲノム領域における被験体の遺伝子型を、インベーダアッセイを用いて判定する方法であって、
(a)被験体由来の前記ゲノム領域を含むDNA含有試料を鋳型として、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第1のフラップ領域と、前記第1のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第1型アレル特異的領域とを有する第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有する第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするインベーダオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第1のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第1の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第2の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
を用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(b)前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第1型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第1型コントロールオリゴヌクレオチドと、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第2型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第2型コントロールオリゴヌクレオチドとの総量に対する前記第1型コントロールオリゴヌクレオチドの含有比率(モル比)が異なる標準試料系列を調製する工程と、
(c)前記標準試料系列の各標準試料について、それぞれ、当該標準試料を鋳型として、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブ、前記第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブ、及び前記第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブを用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(d)縦軸と横軸のいずれか一方を前記第1の蛍光物質の蛍光強度とし、残る他方を前記第2の蛍光物質の蛍光強度としたグラフに、前記工程(c)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果をプロットし、標準試料ごとに反応軌道を描く工程と、
(e)前記工程(d)において描かれたグラフに、前記工程(a)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果をプロットし、前記反応軌道に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する工程と、
を有することを特徴とする、遺伝子多型の判定方法。 - 前記工程(e)において、前記工程(a)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、前記反応軌道が相互に最も分離される反応時点における第1の蛍光物質の蛍光強度及び第2の蛍光物質の蛍光強度に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する、請求項1に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 多型部位を含むゲノム領域における被験体の遺伝子型を、リアルタイムインベーダアッセイを用いて判定する方法であって、
(a’)被験体由来の前記ゲノム領域を含むDNA含有試料の希釈系列を調製し、当該希釈系列をそれぞれ鋳型として、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第1のフラップ領域と、前記第1のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第1型アレル特異的領域とを有する第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有する第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするインベーダオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第1のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第1の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第2の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
を用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(b)前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第1型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第1型コントロールオリゴヌクレオチドと、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第2型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第2型コントロールオリゴヌクレオチドとの総量に対する前記第1型コントロールオリゴヌクレオチドの含有比率(モル比)が異なる標準試料系列を調製する工程と、
(c’)前記標準試料系列の各標準試料について、それぞれ希釈系列を調製し、当該希釈系列をそれぞれ鋳型として、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ、前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブ、前記第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブ、及び前記第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブを用いてリアルタイムインベーダアッセイを行う工程と、
(d’)縦軸と横軸のいずれか一方を前記第1の蛍光物質の蛍光強度とし、残る他方を前記第2の蛍光物質の蛍光強度としたグラフに、前記工程(c’)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、蛍光強度が飽和に達するより前の時点における結果をプロットし、各標準試料の希釈系列ごとに反応軌道を描く工程と、
(e’)前記工程(d’)において描かれたグラフに、前記工程(a’)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、前記時点と同じ時点における結果をプロットし、前記反応軌道に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する工程と、
を有することを特徴とする、遺伝子多型の判定方法。 - 前記工程(e’)において、前記工程(a’)におけるリアルタイムインベーダアッセイで測定された結果のうち、前記工程(d’)における各標準試料のプロットが相互に最も分離される反応時点における第1の蛍光物質の蛍光強度及び第2の蛍光物質の蛍光強度に基づいて、前記被験体の遺伝子型を判定する、請求項3に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記多型が、一塩基多型である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記ゲノム領域が、コピー数多型領域内にある、請求項1〜5のいずれか一項に記載の遺伝子多型の判定方法。
- アレル非対称性を伴う重複を検出するためのものである、請求項1〜6のいずれか一項に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記工程(a)と前記工程(c)を同時に行う、請求項1又は2に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記工程(a’)と前記工程(c’)を同時に行う、請求項3又は4に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記ゲノム領域が、複数の一塩基多型を含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記DNA含有試料が、前記被検体由来の前記ゲノム領域を増幅したDNAを含有する、請求項1〜10のいずれか一項に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 定量PCRを用いて得られる、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレル及び前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルの総コピー数に基づいて、各アレルのコピー数を判定する、請求項1〜11のいずれか一項に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 前記定量PCRが、TaqMan法により行われる、請求項12に記載の遺伝子多型の判定方法。
- 多型部位を含むゲノム領域における被験体の遺伝子型を、インベーダアッセイを用いて判定する方法に用いられるキットであって、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第1のフラップ領域と、前記第1のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第1の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第1型アレル特異的領域とを有する第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記ゲノム領域とはハイブリダイズしない第2のフラップ領域と、前記第2のフラップ領域の3’側に、前記多型部位が第2の遺伝子型であるアレルに対して特異的にハイブリダイズする第2型アレル特異的領域とを有する第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドと、少なくとも1塩基重複するように、前記ゲノム領域のうち前記多型部位の3’側の領域とハイブリダイズするインベーダオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第1のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第1の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第1のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
5’側がヘアピン構造をとり得る塩基配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に5’末端の塩基と対をなす塩基から3’側に連続する塩基配列が前記第2のフラップ領域と相補的な塩基配列であり、5’末端に第2の蛍光物質が結合しており、ヘアピン構造を形成した際に前記第1の蛍光物質からの蛍光を消光する消光物質が結合している第2のFRETオリゴヌクレオチドプローブと、
前記第1のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第1型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第1型コントロールオリゴヌクレオチドと、
前記第2のアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブ中の前記第2型アレル特異的領域及び前記インベーダオリゴヌクレオチドプローブの両方とハイブリダイズし得る第2型コントロールオリゴヌクレオチドと、
を有することを特徴とする、遺伝子多型判定キット。
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JP2013213234A JP2015073506A (ja) | 2013-10-10 | 2013-10-10 | 遺伝子多型の判定方法 |
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JP2008263974A (ja) * | 2007-03-28 | 2008-11-06 | Institute Of Physical & Chemical Research | 新規多型検出法 |
WO2009054474A1 (ja) * | 2007-10-26 | 2009-04-30 | Toppan Printing Co., Ltd. | アレル判定装置及び方法、ならびに、コンピュータプログラム |
JP2010104360A (ja) * | 2008-10-01 | 2010-05-13 | Shimadzu Corp | 遺伝子多型判定方法 |
-
2013
- 2013-10-10 JP JP2013213234A patent/JP2015073506A/ja active Pending
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