JP2014502513A5

JP2014502513A5 -

Info

Publication number: JP2014502513A5
Application number: JP2013549380A
Authority: JP
Filing date: 2012-01-13
Publication date: 2014-10-02

Claims

複数の試料における１以上の多型性を、同時に探索、検出、及び遺伝子型解析する方法であって、
（ａ）複数の試料からＤＮＡを用意するステップと、
（ｂ）少なくとも１つの制限エンドヌクレアーゼでＤＮＡを消化して、制限酵素切断断片を産生することにより、前記試料ＤＮＡの複雑度を減少させるステップと、
（ｃ）少なくとも１つの識別子タグを試料の前記制限酵素切断断片に付与して、タグ付き制限酵素切断断片を産生するステップと、
（ｄ）前記タグ付き制限酵素切断断片の少なくとも一部分をペアエンドシーケンシングするステップであって、断片のペアエンド配列リードの第１の配列リード及び第２の配列リードが、二重タグに、好ましくはコンピューター上で（ｉｎｓｉｌｉｃｏ）結合されるステップと、
（ｅ）前記試料間の多型性を同定するステップと
を含む、方法。
前記第１又は第２の配列リードの１つが、二重タグに結合する前に逆相補される、請求項１に記載の方法。
前記識別子タグが、
前記制限酵素切断断片にタグ付きアダプターをライゲーションして、タグ付きアダプター連結制限酵素切断断片を産生すること、又は
前記アダプターの少なくとも一部分に相補的な少なくとも１つのタグ付きプライマーで、前記アダプター連結制限酵素切断断片を増幅して、タグ付きアダプター連結制限酵素切断断片を産生すること
によって付与される、請求項１に記載の方法。
前記配列が、前記識別子タグに基づいて試料に配分される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
前記配分された配列が、試料間の配列における多型性を同定するために、前記試料の間で比較される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
前記二重タグが、前記試料の間で比較される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
前記試料が、同定された多型性に基づいて遺伝子型解析される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
前記複雑度の減少が、２つ以上の制限エンドヌクレアーゼで前記試料ＤＮＡを消化して、制限酵素切断断片を産生することを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
アダプターが、制限酵素切断断片の１端又は両端にライゲーションして、アダプター連結断片を与える、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
異なる制限酵素によって得られる制限酵素切断断片の各末端に、異なるアダプターがライゲーションする、請求項８又は９に記載の方法。
前記複雑度の減少が、アダプターの一部分に少なくとも相補的である少なくとも１つのプライマーで、アダプター連結断片を増幅することをさらに含む、請求項９又は１０に記載の方法。
前記プライマーが、制限エンドヌクレアーゼの認識配列の残存部分の少なくとも一部分にさらに相補的である、請求項１１に記載の方法。
前記プライマーが、前記プライマーの３’末端に１以上のランダム選択性ヌクレオチドをさらに含有する、請求項１２に記載の方法。
前記プライマーが、１以上の試料に対して、前記プライマーの３’末端に前記同一の１以上のランダム選択性ヌクレオチドを含有する、請求項１２に記載の方法。
シーケンシングが高スループットシーケンシングに基づき、好ましくは、パイロシーケンシング好ましくは固形担体上のパイロシーケンシング、又はライゲーションによるシーケンシング若しくはナノポアシーケンシングに基づく、請求項１から１４までのいずれか一項に記載の方法。