JP2013531484A - 植物細胞における遺伝子およびタンパク質の野生型発現を変更する組成物を同定する方法 - Google Patents
植物細胞における遺伝子およびタンパク質の野生型発現を変更する組成物を同定する方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
[実施例]
ハイブリッドコーン種子(1ポットあたり1植物)は、FAFARD 3B(商標)培養土ミックス(Conrad Fafard,Inc.、Agawam、Massachusetts)で満たされた1クオートポットに植え付けられた。コーンは、12時間の光サイクルである温室中で生育され、24時間ごとに、またはストレスツリー条件を維持するために必要に応じて水を与えられた。コーン植物がV10生育段階に達したとき、ポットは、処理あたり3複製を有する4植物を含む無作為の完備ブロック計画に準備された。コーン植物は、20gal/エーカー担体体積で標準CO2噴霧器を用いて処理された。
処理は以下の通りであった:
対照:0.035%v/vの有機ケイ素系界面活性剤であるSILWET L−77(Helena Chemical Co.、Collierville、TN)を用いた油分/アジュバントチェック
化合物1:A17492F(MCP)25g有効成分/ヘクタール(ai/ha)+0.035%SILWET界面活性剤
化合物2:COMPASS抗菌剤(1×)+0.035%SILWET界面活性剤
組み合わせ(1と2):1MCP 25g/ha+COMPASS抗菌剤(1×)
A.実験計画
単一色のAgilentのグローバル遺伝子発現プロファイリング設計を用いて、未処理のトウモロコシ葉組織と比較して、処理されたものについて差異的に発現された遺伝子を特定した。3つの技術的アレイ複製物(Agilent Technologies Inc.、Santa Clara、CA)が、未処理の葉組織と比較して、COMPASS抗菌剤および/または1−MCPで処理された葉組織間で異なる転写物量を比較するためにハイブリダイズされた。
30〜50mgの凍結葉組織の試料は、RNA抽出用のRNeasy(商標)キット(Qiagen、Valencia、CA)の450μLの抽出緩衝液RLTに再懸濁された。次に、組織は、1個の3mm粉砕ビーズを各凍結試料に添加し、300、1Xの比率でGenoGrinder機器を用いて、3分間粉砕することによって微粉末に細かくされた。総RNAは、製造業者の指示に従って精製された。続いて、精製された総RNAは、NanoDrop(商標)分光光度計を用いて定量および品質管理され、標準の1%アガロースゲル電気泳動によって視覚化された。
標識について、処理および未処理の組織からの全1.0μgの精製されたRNAを逆転写し、増幅し、Agilent(Santa Clara、CA)の単一色マイクロアレイベースの遺伝子発現QuicAmp(商標)標識プロトコールに従って、Cy3−CTPを用いて標識した。遺伝子発現用のDow AgroSciencesで生成されたトウモロコシ(Zea maize)のAGILENT(商標)マイクロアレイ(P/N G4503A,デザインID022232)は内部スパイクインコントロールを含むため、単一色のRNAスパイクインキット(Agilent、Santa Clara、CA)もまた製造業者の指示に従って標識された。試料は、MMLV逆転写酵素を用いて逆転写され、T7 RNAポリメラーゼを用いて増幅された。増幅後、cRNAは、QiagenのRNeasyミニスピンカラムを用いて精製され、NanoDrop分光光度計を用いて定量された。Cy3の比活性度は、以下の式:(Cy3濃度)/(cRNA濃度)*1000=1μgのcRNAあたりのCy3のpmolによって決定された。ハイブリダイゼーション用の試料を825ngに正規化し、1μgのcRNAあたりのCy3の比活性度は8.0pmolを超えた。
オリゴ遺伝子発現アレイは、Agilent Technologies(Santa Clara、CA)遺伝子発現ハイブリダイゼーションキット、洗浄緩衝液キット、安定化および乾燥溶液を用いて、製造業者の指示に従ってハイブリダイズされた。ハイブリダイゼーションは、完全に自動化されたTECAN HS4800 PRO(商標)(TECAN U.S.、Research Triangle Park、NC)で行われた。ハイブリダイゼーション混合物を65℃で注入し、撹拌しながら17時間インキュベートし、その後、スライドのプレハイブリダイゼーション工程を65℃にて30秒間行った。次に、スライドは、Agilent GE Wash #1を用いて37℃にて1分間洗浄し、続いて、Agilent GE Wash #2を用いて30℃にて1分間、第2の洗浄を行い、窒素ガスを用いて2分30秒間、30℃にて最終の乾燥工程を行った。シグナル強度における環境中のオキシダントの影響を最少にするために、スライドを即座にスキャンした。
アレイは、SureScan(商標)高解像能技術を有するAgilent G2565CAマイクロアレイレーザースキャナー(Agilent Technologies、Santa Clara、CA)を用いてスキャンされた。各々のアレイをスキャンするためのプロトコールは、色素チャネル、スキャン領域および解像度、TIFFファイルダイナミックレンジ、PMTゲイン、ならびに最終画像出力の設定のパラメータを画定する。一度、アレイがスキャンされると、特徴抽出プロトコールは、グリッドフィットを設置および最適化し、スポットを検出し、異常値をフラグで示し、バックグラウンドバイアス、誤差および割合を算出し、ならびに品質管理測定基準を計算するために画定されたパラメータを用いて行われる。
スキャニングおよび特徴抽出後、生データファイルをGeneSpring(商標)GXバージョン10.0.2(Agilent Technologies、Santa Clara、CA)にアップロードし、各アレイデータファイルを一試料と定義し、適切なパラメータ値を割り当てるプロジェクトを作成した。同じパラメータ値を有する試料は複製物として処理された。試料がどのようにして実験条件に分類されたかを特定する解釈を作成し、データを視覚化および分析するのに用いた。スパイクインコントロールに基づく試料に関する品質管理は、分析を開始する前にデータの品質を確実するために行われた。レポートを作成した。
1−メチルシクロプロペン(1−MCP)を用いたコーンの処理は、マイクロアレイ上で934個の遺伝子の差異的発現(>2倍の変化)をもたらした。これらの結果から、1−MCP処理に固有の一部の362個の遺伝子をさらに分析した。この分析について、本発明者らは、注釈付きの遺伝子に焦点を合わせ、遺伝子の関連した機能的グループ内で変化/傾向を探索した。これらの遺伝子の発現および推定機能を表1に示す。
COMPASSストロビルリン系殺菌剤を用いたコーンの処理により、マイクロアレイ上で185個の遺伝子の差異的発現(>2倍の変化)をもたらした。これらのうち、COMPASS処理に固有である78個の遺伝子の小集団があった。差異的に発現した低数の遺伝子は、1−MCPによる処理と比較して、この処理において観察された。これは、処理後の遺伝子発現レベルで有意な変化を生じさせるのに2時間超を要するCOMPASSストロビルリン系殺菌剤に起因している可能性がある。
1−メチルシクロプロパンとストロビルリン系殺菌剤であるCompassの組み合わせによるコーンの処理は、マイクロアレイ上で1128個の遺伝子の差異的発現(>2倍の変化)をもたらした。これらから、組み合わせ処理に固有の568個の遺伝子の小集団をさらに分析した。この分析について、本発明者らは、注釈付きの遺伝子に焦点を合わせ、遺伝子の関連した機能的グループ内で変化/傾向を探索した。図1は、条件の比較の図式結果を示す。
13個のシロイヌナズナ種子(コロンビア亜種)は、砂質粘土培養土で満たされた6インチポットに植え付けられた。発芽後、ポットを1ポットあたり10個の植物になるように間引かれた。植物は、12時間の光サイクルである温室中で生育され、24時間ごとに、またはストレスフリー条件を維持するために必要に応じて水を与えられた。シロイヌナズナ植物が生長(>BBCH 11<BBCH 30)期(植え付けから約2〜3週)に達したとき、ポットは、処理あたり3複製を有する10個の植物を含む無作為の完備ブロック計画に準備された。植物は、20gal/エーカーのキャリア体積で標準CO2噴霧器を用いて処理された。
処理は以下の通りであった:
対照:油分/アジュバントチェック(0.035%v/vのSILWETアジュバントL−77)
化合物1:A17492F(MCP)25g ai/ha+0.035%SILWETアジュバント
化合物2:COMPASS抗菌剤(1×)+0.035%SILWETアジュバント
組み合わせ:1MCP 25g/ha+COMPASS抗菌剤(1×)
A.実験設計
単一色のAgilent全遺伝子発現プロファイリング設計を用いて、未処理のシロイヌナズナ葉組織と比較して、処理されたものについて差異的に発現された遺伝子を画定した。3つの技術的アレイ複製物(Agilent Technologies Inc.、Santa Clara、CA)が、未処理の葉組織と比較して、ストロビルリンおよび/または1−MCPで処理された葉組織間で異なる転写物量を比較するためにハイブリダイズされた。シロイヌナズナスライド、製造番号G2519F、デザインID021169をAgilent Technologiesから得た。
30〜50mgの凍結葉組織の試料は、RNA抽出用のRNeasyキット(Qiagen、Valencia、CA)の450μLの抽出緩衝液RLTに再懸濁された。次に、組織は、1個の3mm粉砕ビーズを各凍結試料に添加し、300、1Xの比率でGenoGrinder機器を用いて、3分間粉砕することによって微粉末に細かくされた。総RNAは、製造業者の指示に従って精製された。続いて、精製された総RNAは、NanoDrop分光光度計を用いて定量および品質管理され、標準の1%アガロースゲル電気泳動によって視覚化された。
標識について、処理および未処理の組織からの全1.0μgの精製されたRNAを逆転写し、増幅し、Agilent(Santa Clara、CA)の単一色マイクロアレイベースの遺伝子発現QuicAmp標識プロトコールに従って、Cy3−CTPを用いて標識した。遺伝子発現用のAgilentシロイヌナズナマイクロアレイ(製造番号G2519F、デザインID021169)は内部スパイクインコントロールを含むため、単一色のRNAスパイクインキット(Agilent、Santa Clara、CA)もまた製造業者の指示に従って標識された。試料は、MMLV逆転写酵素を用いて逆転写され、T7 RNAポリメラーゼを用いて増幅された。増幅後、cRNAは、QiagenのRNeasyミニスピンカラムを用いて精製され、NanoDrop分光光度計を用いて定量された。Cy3の比活性度は、以下の式:(Cy3濃度)/(cRNA濃度)*1000=1μgのcRNAあたりのCy3のpmolによって決定された。ハイブリダイゼーション用の試料を825ngに正規化し、1μgのcRNAあたりのCy3の比活性度は8.0pmolを超えた。
オリゴ遺伝子発現アレイは、Agilent Technologies(Santa Clara、CA)遺伝子発現ハイブリダイゼーションキット、洗浄緩衝液キット、安定化および乾燥溶液を用いて、製造業者の指示に従ってハイブリダイズされた。ハイブリダイゼーションは、完全に自動化されたTECAN HS4800 PRO(TECAN U.S.、Research Triangle Park、NC)ハイブリダイゼーション機器で行われた。ハイブリダイゼーション混合物を65℃で注入し、撹拌しながら17時間インキュベートし、その後、スライドのプレハイブリダイゼーション工程を65℃にて30秒間行った。次に、スライドは、Agilent GE Wash #1を用いて37℃にて1分間洗浄し、続いて、Agilent GE Wash #2を用いて30℃にて1分間、第2の洗浄を行い、窒素ガスを用いて2分30秒間、30℃にて最終の乾燥工程を行った。シグナル強度における環境中のオキシダントの影響を最少にするために、スライドを即座にスキャンした。
アレイは、SureScan(商標)高解像能技術を有するAgilent G2565CAマイクロアレイレーザースキャナー(Agilent Technologies Inc.、Santa Clara、CA)を用いてスキャンされた。各々のアレイをスキャンするためのプロトコールは、色素チャネル、スキャン領域および解像度、TIFFファイルダイナミックレンジ、PMTゲイン、ならびに最終画像出力の設定のパラメータを画定する。一度、アレイがスキャンされると、特徴抽出プロトコールは、グリッドフィットを設置および最適化し、スポットを検出し、異常値をフラグで示し、バックグラウンドバイアス、誤差および割合を算出し、ならびに品質管理測定基準を計算するために画定されたパラメータを用いて行われる。スキャニングおよび特徴抽出プロトコールが完了後、Cy3画像を含むTIFFファイルは、品質管理測定基準レポートおよび全ての生データを含む最終ファイル(TXT)とともに作成される。画像ファイル(TIFF)を用いて、スライドの一般的な品質、右位(四隅)におけるスパイクインコントロールの存在、ならびに強度を調べ、ハイブリダイゼーション、洗浄、スキャニングおよび特徴抽出プロセスが成功したことを確認した。品質管理(QC)レポートは変動係数の値を与え、Agilent Technologies(Santa Clara、CA)によって提供され、設計された陽性および陰性(原核生物遺伝子および人工配列)のスパイクインコントロールに基づいて、データの分散を測定するために使用された。このレポートを用いて、データ分布、均一性、バックグラウンド、再現性、感受性および一般的なデータの品質を決定した。全ての生データを含むTXTファイルを分析のためにGeneSpring(Agilent、Santa Clara、CA)にアップロードした。
スキャニングおよび特徴抽出後、生データファイルをGeneSpring GXバージョン10.0.2(Agilent Technologies、Santa Clara、CA)にアップロードし、各アレイデータファイルを一試料と定義し、適切なパラメータ値を割り当てるプロジェクトを作成した。同じパラメータ値を有する試料は複製物として処理された。試料がどのようにして実験条件に分類されたかを特定する解釈を作成し、データを視覚化および分析するのに用いた。スパイクインコントロールに基づく試料に関する品質管理は、分析を開始する前にデータの品質を確実するために行われた。レポートを作成した。
1−メチルシクロプロペン(1−MCP)を用いたシロイヌナズナの処理は、マイクロアレイ上で411個の遺伝子の差異的発現(>5倍の変化)をもたらした。これらから、1−MCP処理に固有の202個の遺伝子の小集団をさらに分析した。この分析について、本発明者らは、注釈付きの遺伝子に焦点を合わせ、遺伝子の関連した機能的グループ内で変化/傾向を探索した。これらの遺伝子の発現および推定機能を表3に示す。固有のMCP遺伝子セットにおいて反映される1−MCP処理は、ストレス関連遺伝子発現の減少をもたらし、エチレン誘導性であることが知られている一連の遺伝子、例えば、PDF1.2;キチナーゼ、ACS2;SAG13の発現が減少したようである。使用されるマイクロアレイチップに示されたα−キチナーゼ遺伝子は同様に調節されるかどうかが未知であるが、α−キチナーゼはエチレン誘導性であることが留意された。また、エチレン制御がしばしば関与されるABAによって制御される一連の遺伝子の発現の減少は、実際に発現の真の減少を示す可能性を示唆する。グルタチオントランスフェラーゼまたはチオレドキシン関連タンパク質などの遺伝子は、多くの場合、ストレス状態中に誘導され、観察されたこれらの遺伝子の発現の減少は、ストレスの減少レベルと一致している。さらに、特定のストレス(例えば、普遍的ストレスタンパク質)によって発現が誘導されるタンパク質をコードする遺伝子の発現が減少し、ストレスの減少を指示する。また、これは、コーンマイクロアレイ実験でも観察された。創傷によって阻害されるACS5の発現の増加はまた、ストレスの減少と一致している。ジャスモン酸の生合成の第1工程を触媒するアレンオキシドシクラーゼ(AOC3)の発現が減少した。これは、ストレスレベルの減少の可能性を示唆する。同様に、アレンオキシドシンターゼの発現は、ストレス関連ホルモンであると一般に考えられるジャスモン酸生合成に関与し、コーンマイクロアレイ実験において減少した。これは、ストレスレベルの減少の可能性を示唆した。エチレンは、アレンオキシドシンターゼの発現を誘導する。F−boxファミリータンパク質の発現が減少し、いくつかのF−boxタンパク質は、EIN3を制御するものなどのエチレンによって下方制御される。いくつかのWRKY転写因子の発現は減少し、いくつかのWRKY転写因子は誘導されることで知られ、他はエチレンによって抑制された。2つのAP2ドメイン含有転写因子ファミリータンパク質の発現は減少した。エチレン応答因子(ERF)は、そのいくつかがエチレンによって誘導され、エチレン応答因子/アペタラ2ファミリーのメンバーである。他の遺伝子、即ち、メチオニンスルホキシド還元酵素ドメイン含有タンパク質、S−アデノシルメチオニン依存性メチルトランスフェラーゼ/メチルトランスフェラーゼ、MAPKKK19;ATP結合/キナーゼ/タンパク質キナーゼ/タンパク質セリン/スレオニンキナーゼ、タンパク質キナーゼファミリータンパク質;代替オキシダーゼ;ペルオキシダーゼ;およびMYBタンパク質の発現はパターンを示すが、それらがエチレンによって制御されるかどうかは知られていない。最後の実施例10の後に記載される表3は、1−MCP単独に応答して差異的に発現された有益なシロイヌナズナ遺伝子を列挙する。データは、全体から見ると、1−MCP処理がストレス関連遺伝子発現の減少をもたらしたことを実証する。
COMPASSストロビルリン殺菌剤を用いたシロイヌナズナの処理は、マイクロアレイ上で278個の遺伝子の差異的発現(>5倍の変化)をもたらした。これらのうち、COMPASS処理に固有であった80個の遺伝子の小集団があった。COMPASS処理の影響に洞察を与えるように分類され得る注釈付きの遺伝子を表4に示す。80個の固有のCOMPASS単独処理遺伝子の分析は、遺伝子発現のいくつかのパターンを示し、例えば、栄養貯蔵タンパク質;ジャスモン酸−Zim−ドメインタンパク質;ニトリル指定タンパク質;α−アミラーゼ;O−メチルトランスフェラーゼファミリー2タンパク質;トランスフェラーゼファミリータンパク質;JAによって誘導される創傷応答性遺伝子であるJR1;ヌクレオシドホスファターゼファミリータンパク質;パルミトイルタンパク質チオエステラーゼファミリータンパク質;システインプロテイナーゼ;NAI2の減少が挙げられる。しかしながら、それらがエチレンによって制御されるかどうかは知られていない。残りの注釈付きの遺伝子のうち、共通の経路に影響を及ぼす遺伝子のグループは観察されておらず、したがって、傾向を決定することができず、結果として、これらに基づいた結果は非常に思索的であった。本発明者らは、この処理において差異的に発現した低数の遺伝子を観察した。COMPASSストロビルリン殺菌剤は、処理後の遺伝子発現のレベルで有意な変化を生じさせるのに2時間超を要する場合がある。
1−メチルシクロプロペンおよびCOMPASSストロビルリン殺菌剤の組み合わせを用いたシロイヌナズナの処理は、マイクロアレイ上で93個の遺伝子の差異的発現(>5倍の変化)をもたらした。これらから、組み合わせ処理に固有の44個の遺伝子の小集団をさらに分析した。この分析について、本発明者らは、注釈付きの遺伝子に焦点を合わせ、遺伝子の関連した機能的グループ内で変化/傾向を探索した。図2は、状態の比較の図式的な結果を示す。
Claims (18)
- 植物細胞の野生型遺伝子発現を選択的に変更する化合物を同定するための方法であって、
第1の試験化合物と接触させた植物細胞または組織からの第1の発現プロフィール、
追加の試験化合物と接触させた、同じ植物細胞または組織からの追加の発現プロフィール、ならびに
第1の試験化合物および追加の試験化合物と接触させた、同じ植物細胞または組織からの組み合わせた化合物の発現プロフィール
を比較する工程であって、
各々の植物細胞または組織は、前記植物細胞または組織における少なくとも1つの遺伝子または遺伝子産物の発現の変更を生じさせるのに十分な時間にわたって接触させられており、各々の発現プロフィールは、前記植物細胞または組織の少なくとも1つの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルまたはパターンを含む、工程と、
組み合わせた化合物のプロフィールの遺伝子または遺伝子産物と、第1のプロフィールおよび追加のプロフィールの相加変更の遺伝子または遺伝子産物との間における、発現のレベルまたはパターンの有意な予測外の変更を同定する工程と
を含む方法。 - 同じ植物からの植物細胞または組織を、
i.第1の試験化合物、
ii.追加の試験化合物、または
iii.第1の試験化合物と追加の試験化合物の組み合わせ
の1つと接触させる工程と、
iv.(i)と接触させた植物細胞または組織からの第1の発現プロフィール、
v.(ii)と接触させた植物細胞または組織からの追加の発現プロフィール、および
vi.(iii)の植物細胞または組織からの、組み合わせた化合物の発現プロフィール
を生じさせる工程と
をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - 第1のプロフィールおよび追加のプロフィールの相加変更の接触植物細胞の遺伝子または遺伝子産物からの、組み合わせた化合物のプロフィールにおける接触植物細胞の遺伝子または遺伝子産物の発現の変更が、組み合わせた化合物によって引き起こされる植物細胞における選択された効果と相関する、請求項1に記載の方法。
- 第1の試験化合物または追加の試験化合物のいずれとも接触させられていない同じ植物の細胞または組織からの野生型遺伝子または遺伝子産物の発現プロフィールが、比較工程前に各々のプロフィールから差し引かれる、請求項1に記載の方法。
- 発現プロフィールの変更が、平均(mean)もしくは平均(average)、数値平均または数値平均の範囲、数値パターン、図式パターン、または発現プロフィールとして表される、請求項1に記載の方法。
- 前記変更が、
第1のプロフィールおよび追加のプロフィールにおける同じ選択された遺伝子または遺伝子産物の追加発現と比較した、組み合わせた化合物のプロフィールにおける同じ選択された遺伝子または遺伝子産物の上方制御;ならびに
第1のプロフィールおよび追加のプロフィールにおける同じ選択された遺伝子または遺伝子産物の追加発現と比較した、組み合わせた化合物のプロフィールにおける同じ選択された遺伝子または遺伝子産物の下方制御;ならびに
組み合わせた化合物のプロフィールにおける1つ以上の選択された遺伝子または遺伝子産物のアイデンティティーまたは発現の変化であって、前記選択された遺伝子または遺伝子産物が、第1のプロフィールおよび追加のプロフィールの相加変更から生成されたプロフィールにおいて変更されていない、変化
からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。 - 第1の化合物が、植物への既知の効果を有し、追加の化合物が植物への未知の効果を有する、請求項1に記載の方法。
- 各々の発現プロフィールが、植物の完全なゲノムによってコードされた遺伝子または遺伝子産物の小集団を含む、請求項1に記載の方法。
- 遺伝子産物が植物タンパク質である、請求項1に記載の方法。
- 遺伝子産物の変更の結果である、植物代謝産物における対応する変化を同定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 化合物の組み合わせが相乗的効果を有し、相乗的効果は、組み合わせた化合物のプロフィールにおける、植物の遺伝子または遺伝子産物の発現パターンまたはレベルの変更が、第1の発現プロフィールおよび追加の発現プロフィールのパターンまたはレベルの相加変更によって生じるものよりも大きいことである、請求項1に記載の方法。
- 化合物の組み合わせが拮抗作用を有し、拮抗作用は、組み合わせた化合物のプロフィールにおける遺伝子または遺伝子産物の発現パターンもしくはレベルの変更の大きさが、第1のプロフィールおよび追加のプロフィールの相加変更の発現のパターンまたはレベルによって生じるものよりも減少していることである、請求項1に記載の方法。
- 組み合わせの発現プロフィールにおける発現のパターンまたはレベルの変更が、第1のプロフィールおよび追加のプロフィールの相加変更のパターンを形成する遺伝子または遺伝子産物の発現の少なくとも2倍の変更である、請求項11に記載の方法。
- 遺伝子または遺伝子産物発現プロフィールの選択された変更が、エチレン感受性の増加、エチレン感受性の減少、熟成の増大、ストレス、熱、集団密度または塩分に対する抵抗性の増加、ストレス、熱、集団密度または塩分に対する抵抗性の減少、病原体抵抗性の増加、病原体抵抗性の減少、開花の増加、窒素効率の増加、除草抵抗性の増加、光合成作用の増加、および収量の増加から選択される状態にある植物に典型的である遺伝子または遺伝子産物の発現パターンの変更である、請求項1に記載の方法。
- 追加の化合物が、2つ以上の追加の化合物を含む、請求項1に記載の方法。
- 植物細胞が、米、トウモロコシ、小麦、大麦、ソルガム、キビ、スイッチグラス、ススキ、シバ、オートムギ、トマト、ポテト、バナナ、キウイフルーツ、アボカド、メロン、マンゴ、トウ、サトウダイコン、タバコ、パパイヤ、ピーチ、ストローベリー、ラズベリー、ブラックベリー、ブルーベリー、レタス、キャベツ、カリフラワー、タマネギ、ブロッコリー、芽キャベツ、綿、キャノーラ、グレープ、大豆、菜種、アスパラガス、豆、ニンジン、キュウリ、ナス、メロン、オクラ、アメリカボウフウ、ピーナッツ、ペッパー、パインアップル、カボチャ、サツマイモ、ライ麦、カンタロープ、エンドウ、パンプキン、ヒマワリ、ホウレンソウ、リンゴ、チェリー、クランベリー、グレープフルーツ、レモン、ライム、ネクタリン、オレンジ、ピーチ、西洋ナシ、タンジェロ、タンジェリン、ユリ、カーネション、菊、ペチュニア、バラ、ゼラニウム、スミレ、グラジオリ、ラン、ライラック、クラブアップル、モミジバフウ、カエデ、ポインセチア、ニセアカシア、セイヨウトネリコ、ポプラ、リンデンツリーおよびシロイヌナズナからなる群から選択される植物由来である、請求項1に記載の方法。
- 植物細胞の野生型遺伝子発現を選択的に変更する相乗的化合物を同定するための方法であって、
(a)i.第1の試験化合物と接触させた植物細胞または組織からの第1の発現プロフィール、
ii.追加の試験化合物と接触させた同じ植物細胞または組織からの追加の発現プロフィール、ならびに
iii.第1の試験化合物および追加の試験化合物と接触させた同じ植物細胞または組織からの組み合わせの発現プロフィール
を比較する工程であって、
各々の植物細胞または組織は、前記植物細胞または組織において少なくとも1つの遺伝子または遺伝子産物の発現の変更を生じさせるのに十分な時間にわたって接触させられており、各々の発現プロフィールは、前記植物細胞または組織の少なくとも1つの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルまたはパターンを含む工程と、
(b)組み合わせた化合物のプロフィール(a)(iii)の遺伝子または遺伝子産物と、第1のプロフィール(a)(i)および追加のプロフィール(a)(ii)の組み合わせの遺伝子または遺伝子産物との間における、発現のレベルまたはパターンの有意な予測外の変更を同定する工程と
を含む方法。 - 前記比較が、数値データまたは図式データを生じさせるコンピュータプロセッサまたはコンピュータプログラムされた機器によって行われる、請求項1から17のいずれかに記載の方法。
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