JP2013208122A - 新規な部位特異的組換え酵素によって認識される配列及びその認識配列を用いた部位特異的組換え方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】以下のポリペプチド:(1)特定な配列から成るアミノ酸配列のポリペプチド;(2)特定な配列から成るアミノ酸配列において一個又は数個のアミノ酸が、欠失、置換又は挿入されたアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、(3)特定な配列からなるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド、から成る部位特異的組換え酵素によって認識される配列であるオリゴヌクレオチド。
【選択図】図8
Description
[態様1]
以下のポリペプチドから成る部位特異的組換え酵素をコードするポリヌクレオチド:
(1)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列から成るポリペプチド;
(2)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列において一個又は数個のアミノ酸が、欠失、置換又は挿入されたアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(3)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列と70%以上の相同性(同一性)を有するアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(4)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列から成るポリペプチドを特異的に認識する抗体によって認識されるポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド。
[態様2]
以下の塩基配列を含むポリヌクレオチド:
(1)配列番号1又は7で示される塩基配列;
(2)塩基配列(1)と相補的な塩基配列から成るポリヌクレオチドとストリンジェントなハイブリダイズする塩基配列であって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチドをコードする塩基配列;又は、
(3)塩基配列(1)と70%以上の相同性(同一性)を有する塩基配列であって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチドをコードする塩基配列。
[態様3]合成ポリヌクレオチドである、請求1又は2記載のポリヌクレオチド。
[態様4]
態様1ないし3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
[態様5]
態様4記載のベクターによって形質転換された細胞。
[態様6]
幹細胞である、態様5記載の細胞。
[態様7]
態様1ないし3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドが染色体に導入された、ヒト以外のトランスジェニック動物。
[態様8]
齧歯類である、態様7記載のトランスジェニック動物。
[態様9]
以下のポリペプチドから成る部位特異的組換え酵素:
(1)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列から成るポリペプチド;
(2)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列において一個又は数個のアミノ酸が、欠失、置換又は挿入されたアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(3)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列と70%以上の相同性を有するアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(4)配列番号2又は8に示されるアミノ酸配列から成るポリペプチドを特異的に認識する抗体によって認識されるポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド。
[態様10]
組換え型酵素である、態様9記載の部位特異的組換え酵素。
[態様11]
態様9又は10記載の部位特異的組換え酵素を特異的に認識する抗体。
[態様12]
態様9又は10記載の部位特異的組換え酵素によって認識される配列であって、以下の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド:
(1)配列番号3〜5、9〜11又は13〜18のいずれかに示される塩基配列;又は
(2)塩基配列(1)において一個又は数個の塩基が欠失、置換又は挿入された塩基配列。
[態様13]
態様12記載の2つのオリゴヌクレオチドの間に標的DNA領域を含むベクター。
[態様14]
態様13記載のベクターによって形質転換された細胞。
[態様15]
幹細胞である、態様14記載の細胞。
[態様16]
染色体の標的DNA領域を挟むように態様12記載の2つのオリゴヌクレオチドが導入された、ヒト以外のターゲッティング動物。
[態様17]
齧歯類である、態様16記載のターゲッティング動物。
[態様18]
態様7又は8記載のトランスジェニック動物、態様16又は17記載のターゲッティング動物の交配によって作製された条件付ノックイン又はノックアウト実験動物。
[態様19]
齧歯類である、態様18記載の条件付ノックイン又はノックアウト動物。
[態様20]
標的DNA領域を含むヌクレオチド配列において部位特異的組換え方法であって、
(1)標的DNA領域を挟むように態様12記載の塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを該ヌクレオチド配列に導入し、
(2)該標的DNA領域を態様9記載の部位特異的組換え酵素と接触させて、該オリゴヌクレオチド部位において部位特異的組換えを生起させる、ことから成る前記方法。
[態様21]
態様4記載のベクター及び態様13記載のベクターが導入された形質転換細胞において生起する、態様20記載の部位特異的組換え方法。
[態様22]
態様18又は19記載の条件付ノックアウト又は実験動物において行なわれる、態様21記載の部位特異的組換え方法。
[態様23]
標的DNA領域が蛋白質又はその一部をコードする、態様21又は22記載の部位特異的組換え方法。
[態様24]
部位特異的な標的DNA領域の欠損、置換、又は逆向きが起こる、態様21ないし23のいずれか一項に記載の部位特異的組換え方法。
[態様25]
態様21ないし24のいずれか一項に記載の部位特異的組換え方法を行なうための部位特異的組換え用キットであって、
(1)態様9記載の部位特異的組換え酵素又は該酵素をコードするポリヌクレオチド、
(2)態様12記載のオリゴヌクレオチド、を含む該キット。
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列(380個のアミノ酸)又は配列番号8に示されるアミノ酸配列(371個のアミノ酸)から成るポリペプチド;
(2)配列番号2又は配列番号8に示されるアミノ酸配列において一個又は数個のアミノ酸が、欠失、置換又は挿入されたアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(3)配列番号2又は配列番号8に示されるアミノ酸配列と70%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、更に好ましくは98%以上の相同性を有するアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(4)配列番号2又は配列番号8に示されるアミノ酸配列から成るポリペプチドを特異的に認識する抗体によって認識されるポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド。
(1)配列番号1又は配列番号7で示される塩基配列;
(2)塩基配列(1)と相補的な塩基配列から成るポリヌクレオチドとストリンジェントなハイブリダイズする塩基配列であって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチドをコードする塩基配列;又は、
(3)塩基配列(1)と70%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、更に好ましくは98%以上の相同性を有する塩基配列であって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチドをコードする塩基配列。
(1)配列番号3〜5、9〜11又は13〜18のいずれかに示される塩基配列;又は
(2)塩基配列(1)において一個又は数個の塩基が欠失、置換又は挿入された塩基配列。
(1)本発明の部位特異的組換え酵素の認識配列である塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを標的DNA領域を挟むように該ヌクレオチド配列に導入し、
(2)該標的DNA領域を本発明の部位特異的組換え酵素と接触させて、該オリゴヌクレオチド部位において部位特異的組換えを生起させる、ことから成る前記方法に係る。
(1)本発明の部位特異的組換え酵素又は該酵素をコードするポリヌクレオチド、及び、
(2)該酵素の認識配列であるオリゴヌクレオチド、を含む該キットも本発明に含まれる。尚、上記のポリヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチドは適当なベクター等に挿入された形態でキットに含まれていても良い。
コンデショナルノックアウトを作製するために、2種類の部位特異的組み換え酵素を用いることが通常であるが、ウイルスベクターで導入する場合にもう1種類必要になる。例えば、ヘルパー依存型アデノウイルスベクターやレトロウイルスはパッケージングやウイルスゲノムへ移すためにCre/loxPのシステムが既に使用されているが、本発明の部位特異的組換えシステムも同様に使用することができる。
ヒト細胞を扱う場合に、マウスのように交配はできないので2本の染色体をそれぞれ改変する必要が生じる。同じ遺伝子の片側のアレルをそれぞれにコンデショナルノックアウトする場合に使用できる。片側のアレルに突然変異をノックインすることにより、突然変異の効果を調べることも可能となる。
遺伝子のファミリーが存在する場合、1つの遺伝子の欠損では効果の出ないことがある。その場合に2つの遺伝子を欠損させることにより遺伝子機能を調べる方法が行われる。このような場合にそれぞれの遺伝子を別の部位特異的組み換え酵素の認識部位でははさむと、片方ずつ順番に欠損させることができる。遺伝子重複により遺伝子ファミリーが生じた場合、遺伝子が近傍に存在することが多いので特に複数種類の組み換え部位を用いられることは有効である。
変異の入ったエクソンをハイスループットで導入するためにRMCE法を用いる一方、もう片側のアレルはコンデショナルノックアウトにする。このようなシステムにすることで、片側のアレルをコンデショナルにノックアウトを行い、もう片側のアレルの変異の効果を調べることができる。
スプライシングのアクセプターをもつ4種類の発現を並べて、必要に応じて組み換え反応で取り除くことができる。スプライシングドナー部位に最も近いスプライシングアクセプター部位が使用されることから、カセットA,B,C,Dを組み換え酵素依存的に発現させることができる。例えば、このシステムを用いると4種類の突然変異を順次発現させることができる。
蛋白質のC末端部分のタグを順次変えることができる。薬剤抵抗性遺伝子、蛍光蛋白質、酵素などのタグを組み換え酵素依存的に入れ換えることができる。
Red/ET組み換え法を用いた時にBACやプラスミドがヘテロなマルチマーになってしまうことが知られている。部位特異的な組み換え酵素を用いて、モノマーに変換することができる。
特異性をコンデショナルノックアウトは細胞特異的なプロモーター制御下のCre蛋白質と組み合わせて行うことが多い。2段階でCre蛋白質が発現するようにすることによりプロモーターAとプロモーターBの両方で働く細胞のみでCre蛋白質を発現させることができる。
上記のSCre蛋白質のコドンユーセージをマウスやヒトの哺乳類型に変更し、かつ遺伝子中から発現抑制に関与すると考えられているCpG配列を除いたものを人工遺伝子(配列番号1)として合成し、更に、SCre蛋白質のN末端部分に核移行シグナル(MVPKKKRK)及び抗体認識用FLAGタグ(DYKDDDK)を付加し、ヒトHEK293細胞で発現するプロモーター(CAGプロモーター)の下に挿入した。同様にしてCre蛋白質及びVCre蛋白質を夫々発現するプラスミドを作成した。
まず、予測した組み換え部位をプロモーターとEGFPの遺伝子の間に2カ所配置したプラスミドを作製した(図17)。この組み換え部位の間にはストップコドンとポリA付加部位があり、VloxP部位で組み換えが起きると、ストップカセットがぬけてEGFPが発現する。これを用いて、実施例1と同様に、ヒトHEK293細胞に導入して、1日後の細胞からDNAを回収して、組み換えが起こっているかどうかを調べた。
更に、lox66/lox71タイプの変異部位を同定することを試みた。このタイプの変異部位は向かい合った認識部位で反転するが、一度反転すると2重の変異部位ができてしまい、再度反転する効率は著しく下がることが知られている。外側の5塩基がランダムな配列になるようにしたオリゴを用いて、ランダムライブラリーから望ましい変異部位を下記のようにスクリーニングした。外側の5塩基にランダム塩基を含んだ認識部位の間にカナマイシン抵抗性遺伝子を逆向きに配置し、VCre発現プラスミドと同時に実施例1と同様に細胞に導入した後に、プラスミドを回収して大腸菌に形質転換して、カナマイシン抵抗性遺伝子が反転してGSTと融合し、カナマイシン抵抗性を示すプラスミドを選択した。得られたプラスミドのシーケンスを行い配列を確認した。次に、再度反転しにくいクローンを選ぶために、こうして選択したカナマイシン抵抗性プラスミドを何個か混ぜてもう一度VCre発現プラスミドと同時に導入した。再度反転したものはカナマイシン感受性になるため、このようにしてスクリーニングしたクローンをシーケンスして反転しにくい配列を選んだ。
pBACe3.6は非常によく使われるBACであるがloxPサイトとlox511サイトをベクター内に持っている。NanogはiPS化の指標として用いられる遺伝子であり、Nanogプロモーターの制御下でマーカー蛋白質や薬剤耐性マーカーを発現させて、iPS化のマーカーとして使用する用途がある。このことからヒトゲノムDNAを含むBACを改変して、Nanogの開始ATGの直下にピューロマイシン抵抗性遺伝子をRed組み換えを用いて改変した後に、Red組み換えのために使用したBsd薬剤耐性カセットをVCre/VloxPを取り除くことにした(図32)。得られたBACクローンを図32のPCRプライマー(F,R)で増幅した結果、VloxPで挟まれたBsd薬剤選択マーカー遺伝子部分が除かれていることがわかる(図33)。BACをRed組み換え法を用いて改変するためは薬剤選択マーカー遺伝子部分が必要であるが、細胞やマウス受精卵に導入する時には、薬剤選択マーカー遺伝子部分が邪魔する可能性があるので、取り除く必要が生じる。このように不要となった薬剤選択マーカー遺伝子部分を取り除くために、VCre/VloxPシステムは有効であることが示された。
Claims (14)
- 以下のポリペプチド:
(1)配列番号8に示されるアミノ酸配列から成るポリペプチド;
(2)配列番号8に示されるアミノ酸配列において一個又は数個のアミノ酸が、欠失、置換又は挿入されたアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド;又は、
(3)配列番号8に示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るポリペプチドであって、(1)のポリペプチドの部位特異的組換え酵素活性を有するポリペプチド、
から成る部位特異的組換え酵素によって認識される配列であって、配列番号9〜11、又は16〜18のいずれかに示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチド。 - 請求項1記載の2つのオリゴヌクレオチドの間に標的DNA領域を含むベクター。
- 請求項2記載のベクターによって形質転換された細胞。
- 幹細胞である、請求項3記載の細胞。
- 染色体の標的DNA領域を挟むように請求項1記載の2つのオリゴヌクレオチドが導入された、ヒト以外のターゲッティング動物。
- 齧歯類である、請求項5記載のターゲッティング動物。
- 請求項5又は6記載のターゲッティング動物、及び、請求項1記載の部位特異的組換え酵素をコードするポリヌクレオチドが染色体に導入されたヒト以外のトランスジェニック動物の交配によって作製された条件付ノックイン又はノックアウト実験動物。
- 齧歯類である、請求項7記載の条件付ノックイン又はノックアウト実験動物。
- 標的DNA領域を含むヌクレオチド配列における部位特異的組換え方法であって、
(1)標的DNA領域を挟むように請求項1記載の塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを該ヌクレオチド配列に導入し、
(2)該標的DNA領域を請求項1記載の部位特異的組換え酵素と接触させて、該オリゴヌクレオチド部位において部位特異的組換えを生起させる、ことから成る前記方法。 - 請求項2記載のベクターが導入された形質転換細胞において生起する、請求項9記載の部位特異的組換え方法。
- 請求項7又は8記載の条件付ノックイン又はノックアウト実験動物において行なわれる、請求項10記載の部位特異的組換え方法。
- 標的DNA領域が蛋白質又はその一部をコードする、請求項9ないし11のいずれか一項に記載の部位特異的組換え方法。
- 部位特異的な標的DNA領域の欠損、置換、又は逆向きが起こる、請求項9ないし12のいずれか一項に記載の部位特異的組換え方法。
- 請求項9ないし13のいずれか一項に記載の部位特異的組換え方法を行なうための部位特異的組換え用キットであって、
(1)請求項1記載の部位特異的組換え酵素又は該酵素をコードするポリヌクレオチド、及び
(2)請求項1記載のオリゴヌクレオチド、を含む該キット。
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