JP2012075437A - 発がん性(高リスク型)ヒトパピロ−マウイルス(hpv)遺伝子型を同定するためのプライマーセット - Google Patents
発がん性(高リスク型)ヒトパピロ−マウイルス(hpv)遺伝子型を同定するためのプライマーセット Download PDFInfo
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Abstract
【解決手段】我が国の子宮頸がんに関連するHPV遺伝子型7種及びその他の高リスク群A(45,51,68型)とその他の高リスク群B(39,56,59型)のアンプリコンの長さが異なるように、プライマーを設計する。すべてのプライマーを混合してマルチプレックスPCRを行い、電気泳動で分離測定することによって試料におけるHPV型を検出する。
【選択図】図1
Description
31,33,35,52,58型)を同定するための特異的プライマーセット及び我が国では頻度は少ないが高リスクHPVに分類されているHPV(39,45,51,56,59,68型)の感染の有無を判定するプライマーセットを提示する。これを用いたマルチプレックスPCR法によるHPV遺伝子型の同定法は、高感度で且つ特異的であり、簡便で安価な方法である。
56,58,59,68型である。
52,58,33,31,35型であり(非特許文献2、非特許文献3)、その遺伝子型の型別診断法を開発することによって、我が国に合ったリスク別の管理が可能になる。
16型、18型以外の遺伝子型の型別検査が出来ない。
26で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13からなる。
(参照 図1)
本発明では、臨床検体(組織試料、生検、スメア等)を用いて、我が国の子宮頚癌に関連する7種類のHPVを特異的且つ高感度で、しかも迅速かつ簡便に検出することが出来る。加えて、我が国の子宮頚癌の約5%に検出されるに過ぎない“その他の高リスク群”(39,45,51,56,59,68)に対しても、一括して検出するプライマーセットを加えることにより、陽性か否かの判定が出来る。即ち、1本のチューブで7種の型別同定と6種類の“その他高リスク型群”の検出が可能である。これを子宮頚癌の健診に使用すれば、一人ひとりに見合った検診スケジュールをたてることが出来る。これによって、被験者への過度の精神的苦痛を減らし、経済的負担を軽減することが出来るなど適切な子宮頚癌の発症予防に資することが出来る。
り、試料中に存在するHPV型を知ることができる。
各HPV遺伝子の配列に基づいて、以下の基準を満たすプライマーを設計した。融解温度が60〜63℃の範囲にある、PCR産物のサイズが132〜589 bpの範囲内にある、他の種類のHPVと有意なホモロジーを有しない、
self - complementarityがない、プライマー同士がハイブリダイズしない。
Claims (2)
- (1)配列番号1の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号1の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号2の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号2の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット1
(2)配列番号3の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号3の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号4の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号4の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット2
(3)配列番号5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号5の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号6の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号6の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット3
(4)配列番号7の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号7の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号8の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号8の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット4
(5)配列番号9の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号9の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号10の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号
10の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット5
(6)配列番号11の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号11の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号12の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号12の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット6
(7)配列番号15の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号15の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号16の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号16の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット8
(8)配列番号17の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号17の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号18の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号18の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット9
(9)配列番号19の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号19の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号20の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号20の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット10
(10)配列番号21の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号
21の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号22の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号22の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット11
(11)配列番号23の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号
23の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号24の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号24の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット12
(12)配列番号25の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号
25の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列番号26の塩基配列を有するオリゴヌクレオチド又は配列番号26の塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとするプライマーセット13 - プライマーセット1、2,3,4,5,6,7、8,9,10,11,12,13を混合し、1チューブでマルチプレックスPCRを行い、電気泳動で分離同定する工程。
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