JP2011512159A - 高い信頼性で微生物に対して陽性として培養物を認定するためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
EG=NRafter_growth−NRminimum_growth
式中、NRafter_growthは、複数の平均相対トランスフォーメーション値における(i)最大平均相対トランスフォーメーション値の後の第1の平均相対トランスフォーメーション値、(ii)最大平均相対トランスフォーメーション値、または(iii)最大平均相対トランスフォーメーション値の前の第1の平均相対トランスフォーメーション値の計算に用いられた複数の正規化相対値における正規化相対値であり、NRminimum_growthは、第3の閾値を得るために第1の平均相対トランスフォーメーション値の計算に用いられた複数の正規化相対値における正規化相対値である。一部の実施形態では、第3の閾値は、5から100の値または25から75の値である。
本明細書で使用する用語「アシネトバクター属(Acinetobacter)」は、プロテオバクテリア門(phylum Proteobacteria)に属する細菌のグラム陰性属を指す。非運動性アシネトバクター種は、オキシダーゼ陰性であり、拡大下で対になって生じる。
図1は、プロセッサおよびこのプロセッサに接続されたメモリを備えた、容器内の培養物が複数の微生物を含有するか否かを決定するための装置11を詳細に示している。図1に例示するプロセッサおよびメモリは、例えば、自動または半自動の放射測定または非放射測定微生物培養システムの一部であり得る。装置11は、好ましくは:
・中央処理装置22;
・記憶制御装置12によって制御され、ソフトウエアおよびデータを記憶する、例えば、ハードディスクドライブなどの任意選択の不揮発性主記憶装置14;
・システム制御プログラム、データ、およびアプリケーションプログラムを記憶する、好ましくは、高速ランダムアクセスメモリ(RAM)であるシステムメモリ36であって、プログラムおよびデータ(任意選択で不揮発性記憶装置14からロードされる)を含み、読出し専用記憶素子(ROM)を含むこともできる、システムメモリ36;
・1つまたは複数の入力装置(例えば、キーボード28、マウス)およびディスプレイ26または他の出力装置を含むユーザーインターフェイス32;
・容器内の培養物の生物学的状態の測定値を測定するセンサ34;
・センサ34に接続するネットワークインターフェイスカード20(通信回路);
・システムの上記要素を相互接続する内部バス30;
・上記要素に電力を供給する電源24を含む。
・本発明によって使用される様々なファイルおよびデータ構造へのアクセスを制御するファイルシステム42;
・容器内の培養物が複数の微生物を含有するか否かを決定する微生物検出モジュール44;
・培養物の初期の生物学的状態48および培養物の生物学的状態の複数の測定値を記憶する生物学的データ構造46であって、複数の測定値における各測定値50が、第1(初期)の時点と第2(最終)の時点との間の異なる時点で測定される、生物学的データ構造46;
・(i)値の複数のセットであって、その中の値の各セット56が第1の閾値57および第2の閾値58を含む、値の複数のセットと(ii)培地の種類のセットとの間のマッチを含む任意選択のルックアップテーブル54であって、値の複数のセットにおける値の各セット56に対して、培地の種類のセットの中に対応する培地の種類59が存在する、ルックアップテーブル54;
・レートトランスフォーメーション値のセット60であって、レートトランスフォーメーション値の各セットが複数のレートトランスフォーメーション値62を含み、各レートトランスフォーメーション値62が、時点の所定の一定間隔に関連した正規化相対値の一次導関数である、レートトランスフォーメーション値のセット60;
・レートトランスフォーメーション値60の各セット60に対する平均相対トランスフォーメーション値66;および
・容器内の培養物が複数の微生物を含有するか否かの決定68を記憶するデータ構造。
本発明による例示的な装置をこれまで説明したため、本発明による例示的な方法を詳述する。一部の実施形態では、このような方法は、図1の微生物検出モジュール44によって実施することができる。図3のステップ302を参照して、培養物の初期の生物学的状態を測定する。例えば、図2を参照して、一部の実施形態では、検出器204の初期値を読み取ってセンサのCO2濃度を決定する。代替の実施形態では、培養物の初期のO2濃度、pH、または生物学的状態の他の指標をステップ302で読み取る。一部の実施形態では、培養物の初期の生物学的状態は、培養物に接触しているセンサ(例えば、センサ204)の蛍光出力によって決定する。一部の実施形態では、センサの蛍光出力の量は、図2と共に上記した要領でCO2濃度の影響を受ける。一部の実施形態では、センサの蛍光出力の量は、O2濃度、pH、または当技術分野で公知の代謝状態の他の指標の影響を受ける。一般に、培養物の代謝レートを示すあらゆる物理的な観察可能なものを測定して、初期状態として記憶することができる。一部の実施形態では、この物理的に観察可能なものは、分子産物(一例として、グラム陰性細菌が付いたリポポリ多糖)の蓄積、増殖に関連した環境に対する非分子の物理/化学変化(圧力変化)、および/または蓄積する二酸化炭素もしくは他の代謝物の生産または酸素などの物質の消費)または細胞物質の蓄積である。
EG=NRafter_growth−NRminimum_growth 式1
式中、NRafter_growthは、複数の平均相対トランスフォーメーション値における(i)最大平均相対トランスフォーメーション値の後の第1の平均相対トランスフォーメーション値、(ii)最大平均相対トランスフォーメーション値、または(iii)最大平均相対トランスフォーメーション値の前の第1の平均相対トランスフォーメーション値の計算に用いられた複数の正規化相対値における正規化相対値であり、NRminimum_growthは、第3の閾値を達成するために第1の平均相対トランスフォーメーション値の計算に用いられた複数の正規化相対値における正規化相対値である。EGが式1によって決定される一部の実施形態では、第2の閾値は、使用する正確な培地の種類59にかかわらず、12から40の範囲になる。EGが式1によって決定される一部の実施形態では、第2の閾値は、使用する正確な培地の種類59にかかわらず、13から18の範囲になる。EGが式1によって決定される一部の実施形態では、第2の閾値は、使用する正確な培地の種類59にかかわらず、17になる。
EG=NRmax−NRinitial 式2
式中、NRmaxは、複数の正規化相対値における最大正規化相対値であり、NRinitialは、培養物の初期の生物学的状態の値であり、この値に対して、各正規化相対値が標準化される。EGが式2によって決定される一部の実施形態では、第2の閾値は、使用する正確な培地の種類59にかかわらず、12から40の範囲になる。EGが式2によって決定される一部の実施形態では、第2の閾値は、使用する正確な培地の種類59にかかわらず、13から18の範囲になる。EGが式2によって決定される一部の実施形態では、第2の閾値は、使用する正確な培地の種類59にかかわらず、17になる。
本発明は、コンピュータ可読記憶媒体に組み込まれたコンピュータプログラム機構を含むコンピュータプログラム製品として実施することができる。さらに、本発明の任意の方法は、1つまたは複数のコンピュータで実施することができる。さらに、本発明の任意の方法は、1つまたは複数のコンピュータプログラム製品で実施することができる。本発明の一部の実施形態は、本明細書に開示するいずれかまたはすべての方法を符号化するコンピュータプログラム製品を提供する。このような方法は、CD−ROM、DVD、磁気ディスク記憶製品、または任意の他のコンピュータ可読データもしくはプログラム記憶製品に記憶させることができる。このような方法はまた、ROM、1つまたは複数のプログラム可能なチップ、または1つまたは複数の特定用途向け集積回路(ASIC)などの永久記憶装置に組み込むこともできる。このような永久記憶装置は、サーバー、802.11アクセスポイント、802.11無線ブリッジ/ステーション、中継器、ルータ、携帯電話、または他の電子装置にローカライズすることができる。また、コンピュータプログラム製品に符号化されたこのような方法は、インターネットまたは他の方法によって電子的に配布することもできる。
本発明の一部の実施形態は、本明細書に開示するいずれの方法を実施するキットも含むことができる。限定目的ではない例では、本明細書に開示する方法の任意の組合せを実施するための容器、試料の培養物、追加の作用物質、およびソフトウエアをキットに含めることができる。したがって、キットは、適当なコンテナ手段に入れられた1つまたは複数のこれらの試薬を含む。
血液培養システムにおける容器の陽性状態の告知の信頼レベルを高めることを可能にする方法を開発した。本明細書で説明するこの方法は、BACTEC(登録商標)血液培養システムにおいてこの方法の使用を例示する。BACTEC(登録商標)血液培養システムは、微生物の代謝が起きたときにこのシステムに変化を報告する蛍光センサを使用する。次いで、アルゴリズムを、増殖する微生物の存在を示す信号の経時変化を認識するように設計された一連の信号データに対して実行する。使用者は、システムが増殖の証拠(陽性バイアルに対する状態の変化)を確認し、次いで、微生物の同定および抗菌薬感受性の決定を開始する処理を開始する前に、微生物の存在を確認するために容器を処理(例えば、プレーティングした培地に対するグラム染色および継代培養)するときに知らされる。従来技術のシステムは、陽性決定において定量的信頼性を有していないため、仮陽性の状態を報告する。ここに記載する本発明は、代謝変化レートおよび変化度の差を利用して、個々の容器毎に陽性状態の変化の信頼性についての情報を提供する。本発明のデータトランスフォーメーションは、容器の陽性状態に信頼性を提供し、かつ血液培養システムに現存する偽陰性決定の可能性を本質的に排除するように代謝または細胞増殖データに対して適用することができる。
本明細書で引用したすべての参照文献は、個々の発行物または特許もしくは特許文献が、すべての目的のために参照によりその全容が本明細書に組み込まれた場合と同程度まで、すべての目的のために参照によりその全容が本明細書に組み込まれるものとする。
本発明の多くの変更および変形は、当業者には明らかなように、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく可能である。本明細書に開示した特定の実施形態は、単なる例にすぎず、本発明は、添付の特許請求の範囲の文言によってのみ限定され、このような特許請求の範囲にあらゆる等価物が含まれるものとする。
Claims (55)
- 容器内の培養物が複数の微生物を含有するか否かを決定する方法であって、
(A)第1の時点と第2の時点との間の異なる時点で行った、前記容器内の培養物の生物学的状態の複数の測定における個々の測定のそれぞれに対して、(i)前記個々の測定と(ii)初期の時点で測定された前記培養物の初期の生物学的状態との間で正規化相対値を計算し、これにより複数の正規化相対値を得るステップと、
(B)前記第1の時点と前記第2の時点との間の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれに対して、前記複数の時点の個々の所定の一定間隔における前記生物学的状態の測定に対する正規化相対値の一次導関数を決定し、これにより複数のレートトランスフォーメーション値を得るステップであって、前記複数のレートトランスフォーメーション値は、レートトランスフォーメーション値の複数のセットを含み、前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれは、前記第1の時点と前記第2の時点との間の連続した時点の異なるセットに対する、ステップと、
(C)前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれに対して、前記レートトランスフォーメーション値の個々のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の代表値として平均相対トランスフォーメーション値を計算し、これにより複数の平均相対トランスフォーメーション値を計算するステップと、
(D)(i)前記複数の平均相対トランスフォーメーション値における平均相対トランスフォーメーション値のいずれかが第1の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第1の結果または(ii)前記培養物によって示される増殖度が第2の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第2の結果を得るステップと、
(E)前記第1の結果または前記第2の結果を用いて、前記容器内の前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定するステップと
を含むことを特徴とする、方法。 - (F)前記第1の結果、前記第2の結果、または前記容器内の前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かの決定をユーザーインターフェイスデバイス、モニタ、コンピュータ可読記憶媒体、コンピュータ可読メモリ、またはローカルもしくはリモートコンピュータシステムに出力するステップ;または前記第1の結果、前記第2の結果、または前記容器内の前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かの前記決定を表示するステップをさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第1の時点は、前記初期の時点から5分以上後であり、前記最終時点は、前記初期の時点から30時間以上後であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第1の時点は、前記初期の時点から0.5時間から3時間後であり、前記最終時点は、前記初期の時点から4.5時間から20時間後であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の第1のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の代表値は、
前記レートトランスフォーメーション値の第1のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の幾何平均、
前記レートトランスフォーメーション値の第1のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の算術平均、
前記レートトランスフォーメーション値の第1のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の中央値、または、
前記レートトランスフォーメーション値の第1のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の最頻値
を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記培養物の前記生物学的状態の前記複数の測定における測定はそれぞれ、前記第1の時点と前記第2の時点との間で周期的な時間間隔で前記培養物について行われることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記周期的な時間間隔は、1分から20分の間のある量の時間であることを特徴とする請求項6に記載の方法。
- 前記周期的な時間間隔は、5分から15分の間のある量の時間であることを特徴とする請求項6に記載の方法。
- 前記培養物の前記初期の生物学的状態は、前記培養物に接触しているセンサの蛍光出力によって決定されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記センサの蛍光出力の量は、CO2濃度、O2濃度、またはpHの影響を受けることを特徴とする請求項9に記載の方法。
- 前記容器内の前記培養物の前記生物学的状態の10回から50,000回の測定が、前記培養物の前記生物学的状態の前記複数の測定の中にあることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記容器内の前記培養物の前記生物学的状態の100回から10,000回の測定が、前記培養物の前記生物学的状態の前記複数の測定の中にあることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記容器内の前記培養物の前記生物学的状態の150回から5,000回の測定が、前記培養物の前記生物学的状態の前記複数の測定の中にあることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- ステップ(B)の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれは、前記第1の時点と前記第2の時点との間の時間ウィンドウにおける時点に対する各レートトランスフォーメーション値からなり、前記時間ウィンドウは、20分から10時間の時間であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- ステップ(B)の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれは、前記容器内の前記培養物の生物学的状態が測定された、前記第1の時点と前記第2の時点との間の時間ウィンドウにおけるすべての時点に対するレートトランスフォーメーション値からなり、前記時間ウィンドウの時間は、20分から2時間の時間であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- ステップ(B)の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれは、前記容器内の前記培養物の生物学的状態が測定された、前記第1の時点と前記第2の時点との間の時間ウィンドウにおけるすべての時点に対するレートトランスフォーメーション値からなり、前記時間ウィンドウの時間は、30分から90分の時間であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記複数のレートトランスフォーメーション値におけるレートトランスフォーメーション値の各セットは、4から20の連続したレートトランスフォーメーション値からなることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記複数のレートトランスフォーメーション値におけるレートトランスフォーメーション値の各セットは、5から15の連続したレートトランスフォーメーション値からなることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記複数の平均相対トランスフォーメーション値の中には、5から500の平均相対トランスフォーメーション値が存在することを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記複数の平均相対トランスフォーメーション値の中には、20から100の平均相対トランスフォーメーション値が存在することを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記培養物の容量は、1mlから40mlであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記培養物の容量は、2mlから10mlであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記容器は、前記培養物と流体的に連通したセンサ組成物を含み、前記センサ組成物は、酸素に曝露されると、蛍光化合物を蛍光発光させる波長を含む光で照射されたときに蛍光特性が変化する前記蛍光化合物を含み、前記センサ組成物の存在は、前記培養物にとって非破壊的であり、前記培養物の前記初期の生物学的状態を、
前記センサ組成物を、前記蛍光化合物を蛍光発光させる波長を含む光で照射するステップ、および
前記センサ組成物を前記光で照射しながら、前記蛍光化合物からの蛍光の強度を観察することによって測定することを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記蛍光化合物は、水および非ガス状溶質に対しては比較的不透過性であるが酸素に対しては高い透過性を有する基質内に含有されていることを特徴とする請求項23に記載の方法。
- 前記基質は、ゴムまたはプラスチックを含むことを特徴とする請求項24に記載の方法。
- 前記増殖度(EG)は、前記複数の正規化相対値における最大正規化相対値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記増殖度が、以下の式によって決定され、
EG=NRafter_growth−NRminimum_growth
式中、
NRafter_growthは、前記複数の平均相対トランスフォーメーション値における(i)最大平均相対トランスフォーメーション値の後の第1の平均相対トランスフォーメーション値、(ii)最大平均相対トランスフォーメーション値、または(iii)前記最大平均相対トランスフォーメーション値の前の第1の平均相対トランスフォーメーション値の計算に用いられた前記複数の正規化相対値における正規化相対値であり、
NRminimum_growthは、第3の閾値を得るために第1の平均相対トランスフォーメーション値の計算に用いられた前記複数の正規化相対値における正規化相対値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記第3の閾値は、5から100の値であることを特徴とする請求項27に記載の方法。
- 前記第3の閾値は、25から75の値であることを特徴とする請求項27に記載の方法。
- 前記容器内の前記培養物を、前記複数の平均相対トランスフォーメーション値における平均相対トランスフォーメーション値が前記第1の閾値を超える場合に前記複数の微生物を含有するとすることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記容器内の前記培養物を、前記培養物によって示される増殖度が前記第2の閾値を超える場合に前記複数の微生物を含有するとすることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、腸内細菌科(Enterobacteriaceae)の細菌であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、(i)腸内細菌科(Enterobacteriaceae)、(ii)スタフィロコッカス科(Staphylococcaceae)、(iii)連鎖球菌(Streptococcus)、または(iv)アシネトバクター属(Acinetobacter)であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、アリシュワネラ(Alishewanella)、アルテロコッカス(Alterococcus)、アクアモナス(Aquamonas)、アラニコラ(Aranicola)、アルセノフォナス(Arsenophonus)、アゾチビルガ(Azotivirga)、ブロシュマンニア(Blochmannia)、ブレネリア(Brenneria)、ブフネラ(Buchnera)、ブドビシア(Budvicia)、ブティアウクセラ(Buttiauxella)、セデセア(Cedecea)、シトロバクター(Citrobacter)、ディケヤ(Dickeya)、エドワージエラ(Edwardsiella)、エンテロバクター(Enterobacter)、エルウィニア(Erwinia)、大腸菌(Escherichia)、エウィンゲラ(Ewingella)、グリモンテラ(Griimontella)、ハフニア(Hafnia)、クレブシエラ(Klebsiella)、クライベラ(Kluyvera)、レクレルシア(Leclercia)、レミノレラ(Leminorella)、モエレレラ(Moellerella)、モルガネラ(Morganella)、オベスムバクテリウム(Obesumbacterium)、パントエア(Pantoea)、ペクトバクテリウム(Pectobacterium)、カンジダツスフロモバクター(Candidatus Phlomobacter)、フォトラブダス(Photorhabdus)、プレジオモナス(Plesiomonas)、プラジア(Pragia)、プロテウス(Proteus)、プロビデンシア(Providencia)、ラーネラ(Rahnella)、ラオウルテラ(Raoultella)、サルモネラ(Salmonella)、サムソニア(Samsonia)、セラチア(Serratia)、シゲラ(Shigella)ソーダリス(Sodalis)、テイタメラ(Tatumella)、トラブルシエラ(Trabulsiella)、ウィグルスウォーチア(Wigglesworthia)、ゼノラブダス(Xenorhabdus)、エルシニア(Yersinia)、およびヨーケネラ(Yokenella)であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、スタフィロコッカスカプラエ(Staphylococcus caprae)、表皮ブドウ球菌(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカスヘモリティカス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカスホミニス(Staphylococcus hominis)、スタフィロコッカスルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、スタフィロコッカスペテンコフェリ(Staphylococcus pettenkoferi)、スタフィロコッカスサプロフィティカス(Staphylococcus saprophyticus)、スタフィロコッカスワーネリ(Staphylococcus warneri)、およびスタフィロコッカスキシローサス(Staphylococcus xylosus)からなる群から選択されるスタフィロコッカス科(Staphylococcaceae)の1つの種であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)またはコアグラーゼ陰性ブドウ球菌(coagulase negative staphylococci)であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、無乳性連鎖球菌(S.agalactiae)、S.ボビス(S.bovis)、S.ミュータンス(S.mutans)、肺炎球菌(S.pneumoniae)、化膿連鎖球菌(S.pyogenes)、唾液連鎖球菌(S.salivarius)、S.サングイニス(S.sanguinis)、ブタ連鎖球菌(S.suis)、緑色連鎖球菌(Streptococcus viridans)、および乳房連鎖球菌(Streptococcus uberis)からなる群から選択される連鎖球菌(Streptococcus)の1つの種であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、好気性であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記用いるステップ(E)は、前記培養物が前記複数の微生物を含有することを決定し、前記複数の微生物は、嫌気性であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記培養物の前記初期の生物学的状態が、比色法、蛍光分析法、比濁分析法、または赤外線法によって測定されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的状態の前記複数の測定における各生物学的状態が、比色法、蛍光分析法、比濁分析法、または赤外線法によって決定されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記培養物は、対象からの血液培養物であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記得るステップ(D)は、前記第1の結果を得、前記用いるステップ(E)は、前記第1の結果を用いて、前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定することを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記得るステップ(D)は、前記第2の結果を得、前記用いるステップ(E)は、前記第2の結果を用いて、前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定することを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記得るステップ(D)は、前記第1の結果および前記第2の結果を得、前記用いるステップ(E)は、前記第1の結果および前記第2の結果を用いて、前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定することを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第1の閾値は、50から200の間の値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第1の閾値は、75から125の間の値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第2の閾値は、112から140の間の値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第2の閾値は、113から118の間の値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記増殖度は、次の式によって決定し、
EG=NRmax−NRinitial
式中、
NRmaxは、前記複数の正規化相対値における最大正規化相対値であり、
NRinitialは、前記初期の生物学的状態の測定値であることを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記第2の閾値は、12から40の間の値であることを特徴とする請求項50に記載の方法。
- 前記第2の閾値は、13から18の間の値であることを特徴とする請求項50に記載の方法。
- 容器内の培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定するための装置であって、プロセッサおよび前記プロセッサに接続されたメモリを備え、前記メモリは、
第1の閾値と、
第2の閾値と、
培養物決定モジュールであって、
(A)第1の時点と第2の時点との間の異なる時点で測定された前記容器内の前記培養物の生物学的状態の複数の測定における個々の測定のそれぞれに対して、(i)前記個々の測定と(ii)初期の時点で測定された前記培養物の初期の生物学的状態との間で正規化相対値を計算し、これにより複数の正規化相対値を得るステップに対する電子的に符号化された命令と、
(B)前記第1の時点と前記第2の時点との間の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれに対して、前記複数の時点の個々の所定の一定間隔における前記生物学的状態の測定に対する正規化相対値の一次導関数を決定し、これにより複数のレートトランスフォーメーション値を得るステップに対する電子的に符号化された命令であって、前記複数のレートトランスフォーメーション値は、レートトランスフォーメーション値の複数のセットを含み、前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれは、前記第1の時点と前記第2の時点との間の連続した時点の異なるセットに対する、命令と、
(C)前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれに対して、前記レートトランスフォーメーション値の個々のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の代表値として平均相対トランスフォーメーション値を計算し、これにより複数の平均相対トランスフォーメーション値を計算するステップに対する電子的に符号化された命令と、
(D)(i)前記複数の平均相対トランスフォーメーション値における平均相対トランスフォーメーション値のいずれかが第1の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第1の結果または(ii)前記培養物によって示される増殖度が第2の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第2の結果を得るステップに対する電子的に符号化された命令と、
(E)前記第1の結果または前記第2の結果を用いて、前記容器内の前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定するステップに対する電子的に符号化された命令とを有する、培養物決定モジュールと
を備えることを特徴とする、装置。 - コンピュータによって実行される、容器内の培養物が複数の微生物を含有するか否かを決定するコンピュータプログラム製品を記憶するコンピュータ可読媒体であって、前記コンピュータプログラム製品は、
第1の閾値と、
第2の閾値と、
培養物決定モジュールであって、
(A)第1の時点と第2の時点との間の異なる時点で行われた前記容器内の前記培養物の生物学的状態の複数の測定における個々の測定のそれぞれに対して、(i)前記個々の測定と(ii)初期の時点で測定された前記培養物の初期の生物学的状態との間で正規化相対値を計算し、これにより複数の正規化相対値を得るステップに対する電子的に符号化された命令と、
(B)前記第1の時点と前記第2の時点との間の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれに対して、前記複数の時点の個々の所定の一定間隔における前記生物学的状態の測定に対する正規化相対値の一次導関数を決定し、これにより複数のレートトランスフォーメーション値を得るステップに対する電子的に符号化された命令であって、前記複数のレートトランスフォーメーション値は、レートトランスフォーメーション値の複数のセットを含み、前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれは、前記第1の時点と前記第2の時点との間の連続した時点の異なるセットに対する、命令と、
(C)前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれに対して、前記レートトランスフォーメーション値の個々のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の代表値として平均相対トランスフォーメーション値を計算し、これにより複数の平均相対トランスフォーメーション値を計算するステップに対する電子的に符号化された命令と、
(D)(i)前記複数の平均相対トランスフォーメーション値における平均相対トランスフォーメーション値のいずれかが第1の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第1の結果または(ii)前記培養物によって示される増殖度が第2の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第2の結果を得るステップに対する電子的に符号化された命令と、
(E)前記第1の結果または前記第2の結果を用いて、前記容器内の前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定するステップに対する電子的に符号化された命令とを有する、培養物決定モジュールと
を備えることを特徴とする、コンピュータ可読媒体。 - 容器内の培養物が複数の微生物を含有するか否かを決定する方法であって、
(A)前記培養物の生物学的状態の複数の測定を得るステップであり、前記複数の測定における各測定を、第1の時点と第2の時点との間の異なる時点で行う、ステップと、
(B)前記第1の時点と前記第2の時点との間の複数の時点の個々の所定の一定間隔のそれぞれに対して、前記複数の時点の個々の所定の一定間隔における前記生物学的状態の測定の一次導関数を決定し、これにより複数のレートトランスフォーメーション値を得るステップであって、前記複数のレートトランスフォーメーション値は、レートトランスフォーメーション値の複数のセットを含み、前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれは、前記第1の時点と前記第2の時点との間の連続した時点の異なるセットに対する、ステップと、
(C)前記レートトランスフォーメーション値の複数のセットにおけるレートトランスフォーメーション値の個々のセットのそれぞれに対して、前記レートトランスフォーメーション値の個々のセットにおける各レートトランスフォーメーション値の代表値として平均相対トランスフォーメーション値を計算し、これにより複数の平均相対トランスフォーメーション値を計算するステップと、
(D)(i)前記複数の平均相対トランスフォーメーション値における平均相対トランスフォーメーション値のいずれかが第1の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第1の結果または(ii)前記培養物によって示される増殖度が第2の閾値を超えているか否かの決定に基づいた第2の結果を得るステップと、
(E)前記第1の結果または前記第2の結果を用いて、前記容器内の前記培養物が前記複数の微生物を含有するか否かを決定するステップと
を含むことを特徴とする方法。
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