JP2011168592A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2011168592A5 JP2011168592A5 JP2011056001A JP2011056001A JP2011168592A5 JP 2011168592 A5 JP2011168592 A5 JP 2011168592A5 JP 2011056001 A JP2011056001 A JP 2011056001A JP 2011056001 A JP2011056001 A JP 2011056001A JP 2011168592 A5 JP2011168592 A5 JP 2011168592A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- spacer
- amino acid
- epitopes
- epitope
- hla
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Description
(連結エピトープ)
連結エピトープは、2つの他のエピトープの並列に起因して作製されるエピトープとして定義される。新たなエピトープは、第1エピトープに由来するC末端セクション、及び第2エピトープに由来するN末端セクションから構成される。連結エピトープの作製は、以下の理由から、クラスI拘束エピトープ及びクラスII拘束エピトープについての多重エピトープミニ遺伝子ワクチンの設計における潜在的問題である。第1に、HLAトランスジェニック実験動物において免疫原性について代表的に試験される、ヒトエピトープから構成されるか又はヒトエピトープを含むミニ遺伝子を開発する場合、マウスエピトープの作製は、所望でない免疫優性効果を生じ得る。第2に、ヒトHLAクラスI分子又はヒトHLAクラスII分子についての意図しない新たなエピトープの作製は、ワクチンレシピエントにおいて、標的によって誘導されるT細胞応答である、感染細胞又は腫瘍によって発現されない、新たなT細胞特異性を惹起し得る。これらの応答は、当然無関係及び無効であり、そして所望でない免疫優性効果を生じることによって、逆効果でさえあり得る。
連結エピトープは、2つの他のエピトープの並列に起因して作製されるエピトープとして定義される。新たなエピトープは、第1エピトープに由来するC末端セクション、及び第2エピトープに由来するN末端セクションから構成される。連結エピトープの作製は、以下の理由から、クラスI拘束エピトープ及びクラスII拘束エピトープについての多重エピトープミニ遺伝子ワクチンの設計における潜在的問題である。第1に、HLAトランスジェニック実験動物において免疫原性について代表的に試験される、ヒトエピトープから構成されるか又はヒトエピトープを含むミニ遺伝子を開発する場合、マウスエピトープの作製は、所望でない免疫優性効果を生じ得る。第2に、ヒトHLAクラスI分子又はヒトHLAクラスII分子についての意図しない新たなエピトープの作製は、ワクチンレシピエントにおいて、標的によって誘導されるT細胞応答である、感染細胞又は腫瘍によって発現されない、新たなT細胞特異性を惹起し得る。これらの応答は、当然無関係及び無効であり、そして所望でない免疫優性効果を生じることによって、逆効果でさえあり得る。
連結エピトープの存在は、種々の異なる実験状況において実証されている。Gefter及び共同実験者は最初に、2つの異なるクラスII拘束エピトープが並列しており、そして共直線的に合成された系における効果を実証した[Perkinsら,J Immunol,第146巻(7):2137−44(1991):非特許文献9]。この効果は、極めて顕著であるので、エピトープの免疫系認識はこれらの新たな連結エピトープによって完全に「サイレンス」になり得る[Wangら,Cell Immunol,第143巻(2):284−97(1992):非特許文献10]。連結エピトープに対するヘルパーT細胞もまた、合成リポペプチドを用いた免疫の結果としてヒトにおいて観察された。この合成リポペプチドは、HLA−A2拘束HBV由来免疫優性CTLエピトープ及びユニバーサル破傷風トキソイド由来HTLエピトープから構成されていた[Livingstonら,J Immunol,第159巻(3):1383−92(1997):非特許文献11]。従って、連結エピトープの作製は、ポリエピトープ構築物の設計における主な考慮事項である。
本発明は、この問題と取り組み、かつ連結エピトープの出現を回避又は最少化する方法を提供する。
HLAクラスIIペプチド複合体もまた、HLAクラスIプロセシングとは異なる複雑な一連の事象の結果として生成される。このプロセシング経路は、インバリアント鎖(Ii)との会合、特化された区画へのその輸送、CLIPへのIiの分解及びHLA−DMによって触媒されたCLIP除去を含む(概説については[Blumら,Crit Rev Immunol,第17巻(5−6):411−7(1997):非特許文献35;Arndtら,Immunol Res,第16巻(3):261−72(1997):非特許文献36]を参照のこと)。さらに、Ii分解において種々のカテプシン一般、ならびに特にカテプシンS及びカテプシンLの潜在的に重大な役割が存在する[Nakagawaら,Immunity,第10巻(2):207−17(1999):非特許文献37]。しかし、機能的エピトープの生成に関して、このプロセスは、いくらか選択性が低いようであり[Chapman H.A.,Curr Opin Immunol,第10巻(1):93−102(1998):非特許文献38]、そして多くのサイズのペプチドがMHCクラスIIに結合し得る[Huntら,Science,第256巻(5065):1817−20(1992):非特許文献39]。大部分又は全ての可能なペプチドは、生成されるようである[Moudgilら,J Immunol,第159巻(6):2574−9(1997):非特許文献40;及びThomsonら,J Virol,第72巻(3):2246−52(1998):非特許文献41]。従って、隣接領域の問題と比較して、連結エピトープの生成は、特定の実施形態において、より深刻な懸念であり得る。
1つの局面において、本発明は、複数のHLAエピトープを含むかつHLAクラスIプロセシング経路に提示される、ポリエピトープ構築物を設計するための方法を提供する。この方法は、以下の工程を包含する:(i)この複数のHLAエピトープをソートして連結エピトープの数を最小化する工程;(ii)このポリエピトープ構築物に含まれるHLAエピトープのC+1位に、以下からなる群より選択される隣接アミノ酸残基を導入する工程:K、R、N、Q、G、A、S、C及びT;(iii)このポリエピトープ構築物に含まれる2つのエピトープ間に1以上のアミノ酸スペーサー残基を導入する工程であって、このスペーサーは、CTL又はHTL連結エピトープの発生を妨げる、工程;及び(iv)最小数の連結エピトープ、最小数のアミノ酸スペーサー残基、及び各HLAエピトープに対するC+1位での最大数のK、R、N、G、A、S、C又はTを有する、1以上のポリエピトープ構築物を選択する工程。いくつかの実施形態において、これらのスペーサー残基は、公知のHLAクラスII一次アンカー残基ではない残基から独立して選択される。特定の実施形態において、このスペーサー残基の導入は、HTLエピトープの発生を妨げる。このようなスペーサーは、しばしば、G、P及びNからなる群より独立して選択される、少なくとも5アミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態において、スペーサーは、GPGPGである。
「最適化された」ポリエピトープ構築物は、連結エピトープの発生を最小化するためのエピトープのソート、エピトープのC末端又はN末端に隣接する隣接残基の挿入、及び連結エピトープの発生を防止するためか又は隣接残基を提供するためのスペーサー残基のさらなる挿入による構築物の増加した免疫原性又は抗原性をいう。最適化されたポリエピトープ構築物の免疫原性又は抗原性における増加は、最適化されたパラメータに基いて構築されていないポリエピトープ構築物と比較して測定される。そして当該分野で公知のアッセイ(例えば、トランスジェニック動物における免疫原性の評価、ELISPOT、インターフェロンγ遊離アッセイ、テトラマー染色、クロム遊離アッセイ、及び樹状細胞に対する提示)が用いられる。
「スペーサー」は、ポリエピトープ構築物の2つのエピトープ間に挿入されて連結エピトープの発生を防ぐ配列をいう。HLA クラスIIエピトープについて、スペーサーは、5アミノ酸又はそれ以上の長さであり、そしてスペーサー配列中のアミノ酸残基(例えば、G、P、又はN)は、代表的にはHLAクラスIIモチーフの一次アンカー残基であることが知られていない(例えば、PCT/US00/19774)。
ポリエピトープ構築物を設計する際に、以下を考慮する:
(i)ポリエピトープ構築物中へ取り込まれるエピトープがソートされて、形成される連結エピトープの数を最小化する順序を提供する。いくつかの実施形態では、ソートは、コンピューターにより行われる。好ましくは、エピトープの順位付けの際の第2の考慮すべきこととして、エピトープが、CTL免疫原性を生成するエピトープのN末端の残基が、別のCTLエピトープのC末端に並べられるように、配置される。
(i)ポリエピトープ構築物中へ取り込まれるエピトープがソートされて、形成される連結エピトープの数を最小化する順序を提供する。いくつかの実施形態では、ソートは、コンピューターにより行われる。好ましくは、エピトープの順位付けの際の第2の考慮すべきこととして、エピトープが、CTL免疫原性を生成するエピトープのN末端の残基が、別のCTLエピトープのC末端に並べられるように、配置される。
(iii)スペーサー配列をエピトープの間に挿入して、連結エピトープの発生を防ぐ。特定の実施形態では、スペーサー配列はまた、残基がCTLエピトープのC末端に隣接するように、リンカーのN末端で免疫原性を生じる残基を含み得る。
HTL連結エピトープを防ぐ特定の実施形態では、任意の公知のHLAクラスIIアンカー残基に対応しないアミノ酸残基からなるスペーサーが用いられる(例えば、二者択一のG残基及びP残基(GPスペーサー)は、2つのHTLエピトープ間に含まれる)。
(連結モチーフの最小化)
ポリエピトープ構築物を設計する際の考慮すべきことの1つは、エピトープをお互いに隣接して配置する場合の連結エピトープの不慮の生成である。ミニ遺伝子におけるこのようなエピトープの存在は、ミニ遺伝子の能力に有意に影響し得る。この望まれない効果を防ぐためのストラテジーは、ポリエピトープワクチン又はミニ遺伝子ワクチンの開発への適用のために、本明細書中で開示される。連結エピトープは、初めに、エピトープをソートすることにより最小化されて、連結エピトープの数が最小化される順序を特定する。このようなソート手順は、コンピューター、又は目(必要な場合、すなわち、ポリエピトープ構築物に含まれるエピトープの数に依存して)を用いて行われ得る。
ポリエピトープ構築物を設計する際の考慮すべきことの1つは、エピトープをお互いに隣接して配置する場合の連結エピトープの不慮の生成である。ミニ遺伝子におけるこのようなエピトープの存在は、ミニ遺伝子の能力に有意に影響し得る。この望まれない効果を防ぐためのストラテジーは、ポリエピトープワクチン又はミニ遺伝子ワクチンの開発への適用のために、本明細書中で開示される。連結エピトープは、初めに、エピトープをソートすることにより最小化されて、連結エピトープの数が最小化される順序を特定する。このようなソート手順は、コンピューター、又は目(必要な場合、すなわち、ポリエピトープ構築物に含まれるエピトープの数に依存して)を用いて行われ得る。
例えば、パターンを見つけ出すコンピュータプログラム(例えば、Panorama)は、多重エピトープミニ遺伝子の設計に使用され得る。多くの異なるエピトープ配列が、特定のミニ遺伝子構築物を設計する際に考慮され得れ得る。コンピュータプログラムは、入力として、考慮される特定のセットのエピトープ、及びこれらのモチーフを保有する任意の連結エピトープが存在するか否かを評価するために走査されるモチーフを受け入れる。例えば、プログラムは、ミニ遺伝子の形成をシミュレートし得、ユーリスティック(euristic)コンピュータアルゴリズムにおいて、連結モチーフの存在を避けるか又は最小化するためにエピトープ対を調べる。このプログラムは、例えば、1秒当たり6×105(約50万)のミニ遺伝子の構成を評価し得る。あまり好ましくない代替物(より時間を消費するので)として、非コンピュータ援助分析が実行され得る。
先のパラグラフに記載されるように、コンピュータプログラムを使用する10−エピトープ構築物の完全な分析は、10の階乗(約3.6×106)の組み合わせを調べることが必要であり、6秒間で完了し得る。14−エピトープ構築物は、2日で完全に分析され得る。しかし、分析時間は、より大きなミニ遺伝子が考慮されるので、非常に迅速に増加する。完全な分析は、必要とされず、プログラムは、任意の所望の長さの時間で実行され得る。この場合において、最小の数の連結エピトープを提供する構成が提供される。
このタイプのアプローチの結果の例は、表2に提示される。25のエピトープを組み込むHCV1ミニ遺伝子に含まれる同じエピトープの10個の異なるランダムな組合せにおける連結モチーフの数(2日間のコンピュータ分析の結果であった)を、表に提示した。非最適化組合せにおいて、多数のA2、A11及びKbモチーフが、25〜38の範囲、平均31で見出された。比較して、2つのこのような連結モチーフのみが、HCV1ミニ遺伝子組合せに提示される。結論として、コンピュータプログラムは、ミニ遺伝子構築物に提示される連結モチーフの数を効果的に最小化するために利用され得る。
(クラスII連結エピトープの除去及びクラスII制限応答についてのインビボの試験)
連結エピトープを除く際のさらなるエレメントとして、スペーサー配列が、並列した場合に連結エピトープを作製する2つのエピトープ間に挿入され得る。
連結エピトープを除く際のさらなるエレメントとして、スペーサー配列が、並列した場合に連結エピトープを作製する2つのエピトープ間に挿入され得る。
HTLエピトープについての連結エピトープの問題を補正するために、少なくとも5個のアミノ酸の長さのスペーサーを2つのエピトープ間に挿入する。このようなスペーサーに組み込まれるアミノ酸残基は、好ましくは、HLAクラスII結合モチーフのいずれに対しても一次アンカー残基であることが公知ではないアミノ酸残基である。このような残基には、G、P、及びNが挙げられる。好ましい実施形態において、配列GPGPGを有するスペーサーが2つのエピトープ間に挿入される。以前の研究によって、GPスペーサーがクラスII結合相互作用を破壊する際に特に効果的であることが示された[Setteら、J.Immunol.,143:1268−73(1989)]。全ての公知のヒトクラスII結合モチーフ及びマウスIAb(HLAトランスジェニックマウスによって発現されるクラスII)は、4つの残基が離れて配置される、この主要なアンカー位置におけるG又はPのいずれかに寛容ではない。このアプローチは、いずれのクラスII制限エピトープも連結エピトープとして形成され得ないことを事実上保証する。
第1の構築物は、直線的に配置された4つの異なるエピトープを組込み、一方、第2の構築物は、GPGPGスペーサーを組み込む。三つの潜在的連結エピトープに対応する合成ペプチドをまた合成した。
2ナノモルのこれらの異なる構築物がIAb陽性マウス内の種々のエピトープに対する増殖性の応答についてプライムする能力を試験し、そして等モル量のプールの同じペプチド(3マイクログラムのそれぞれのペプチド)によって誘発される応答と比較した。詳細には、3匹のマウスのグループに、CFAエマルジョンを注射し、注射の11日後、それらのリンパ節細胞をインビトロでさらに3日間培養し、そしてチミジン取り込みを、24時間の培養において測定した。高親和性IAb結合能力に基づいて予期されるように、全ての4つのエピトープが良好な増殖応答を誘導したことが見出された(図2b)。4.9〜17.9の範囲の刺激指数(SI)値は、これらのペプチドがプールに注入された場合に観測された。しかし、同じエピトープを組み込む直線状ポリペプチドが試験される場合、Pol335に対して指向される応答が失われる。これは、Gag171及びPol335にわたる連結エピトープに対して指向される応答の出現と関連した。GPGPGスペーサーの使用は、おそらく、連結エピトープを破壊することによって、この問題を除去し、そしてPol335応答を回復した。観測される応答は、単離されたペプチドのプールで観測されたものと同じ大きさであった。
これらの結果は、複数HIV誘導クラスIIエピトープに対する応答が同時に誘導され得ることを示し、これらはまた、HTLエピトープ候補を組み込む種々の構築物の免疫原性を調査するためにどうのようにIAb/DR交差反応性が利用され得るかを示す。最後に、これらは、適切なスペーサーが、クラスII連結エピトープを効果的に破壊するように使用され得、これらは、それ以外に効果的なワクチン免疫原性を干渉しないことを示す。
クラスI制限応答の場合において、天然に存在する連結エピトープ及びエピトープ特異的応答の結果としての阻害の1つのケースが、McMichael及び共同研究者によって提示された[Tusseyら、Immunity、第3巻(1):65−77(1995)]。クラスIについての連結エピトープの問題を取り組むために、類似の分析が実行され得る。例えば、特定のコンピュータプログラムを使用して、選択されたマウスモチーフについて及び最も一般的なヒトクラスI HLA A及びBモチーフについてスクリーニングすることによって、潜在的なクラスI制限連結エピトープを同定する。
スペーサー配列もまた、同様にCTL連結エピトープを妨げるために使用され得る。しばしば、A又はGのような非常に少しの残基が好ましいスペーサー残基である。Gはまた、HLAクラスI結合モチーフの好ましい一次アンカー残基(例えば、PCT/US00/24802を参照のこと)として比較的まれに存在する。これらのスペーサーは、種々の長さであり得、例えば、スペーサー配列は、代表的には、1、2、3、4、5、6、7又は8アミノ酸残基の長さであり得、時々、それより長い。より短い長さは、しばしば、ポリエピトープ構築物を作製する際に物理的束縛のため、好ましい。
(ポリエピトープ構築物のソート及び最適化)
本発明を使用してポリエピトープ構築物を開発するために、ポリエピトープ構築物に含めるためのエピトープは、本明細書中で規定されるパラメーターを使用してソート及び最適化される。ソート及び最適化は、コンピューターを使用して、又は少数のエピトープの場合には、コンピューターを使用せずに実施され得る。
本発明を使用してポリエピトープ構築物を開発するために、ポリエピトープ構築物に含めるためのエピトープは、本明細書中で規定されるパラメーターを使用してソート及び最適化される。ソート及び最適化は、コンピューターを使用して、又は少数のエピトープの場合には、コンピューターを使用せずに実施され得る。
コンピューターによる最適化は、代表的に、以下のように実施され得る。以下は、エピトープの組み合わせを同定及び最適化するコンピューター化システム(すなわち、連結エピトープの最小数、及び隣接残基の最大数を提供する)の例を提供する。
エピトープのソートの1つの構成要素は、「Junctional Analyzer」である。例えば、このプログラムは、その操作のためのプログラムを特定するテキストファイルを使用する。5つのタイプの入力データがこのプログラムに与えられる:1)処理するペプチドのセット;2)C+1位及びN−1位に現れる場合の各アミノ酸の重量のセット;3)連結の検出において使用するモチーフのセット:4)各対のペプチド環に挿入されるアミノ酸の最大数;5)プログラムの作動を制御するための他の値。このプログラムは、ペプチドの全ての可能な対を評価し、そして連結の数、C+1及びN−1の重量を計算し、そしてそれらを所定の式に従って合わせる。現在、この式は、この2つの重量の積÷連結の数である。連結の数がゼロである場合、この積を0.5で割る。ペプチド部位を評価するための他の式は、いつでもこのプログラムに容易に加えられ得る。このプログラムからの出力は、最大機能結果を生じる挿入をペプチドの各対について列挙するテキストファイルである。このファイルはまた、ペプチドの元のリスト及びプロセシングの次の工程を行う2つのプログラムのいずれかの作動を制御するコマンドを含む。これら2つのプログラムは、「Exhaustive J Search」及び「Stochastic J Search」である。
このプログラムは以下のように作動し得る:
これらのパラメーターを、このプログラムに入力する:
1.ソートするエピトープ。
2.上記のような、アミノ酸C+1及びN−1の「重量」。
3.連結エピトープを検出するためのモチーフ。
4.最大スペーシング残基。
5.プログラム選択肢を制御するパラメーター。
これらのパラメーターを、このプログラムに入力する:
1.ソートするエピトープ。
2.上記のような、アミノ酸C+1及びN−1の「重量」。
3.連結エピトープを検出するためのモチーフ。
4.最大スペーシング残基。
5.プログラム選択肢を制御するパラメーター。
Junctional Analyzer Programは、次いで、以下を実行する:
1.全てのエピトープ対を生成する。
2.ペプチドの各対について、連結エピトープの最小数及びスペーシング残基のC+1及びN−1の寄与による最大効果を生じる挿入のセットを決定する。
3.各対の最適スペーシング残基及び最適連結の値を出力する。
1.全てのエピトープ対を生成する。
2.ペプチドの各対について、連結エピトープの最小数及びスペーシング残基のC+1及びN−1の寄与による最大効果を生じる挿入のセットを決定する。
3.各対の最適スペーシング残基及び最適連結の値を出力する。
選択されたエピトープについて、さらなる改変もまた導入される。特に、エピトープのC末端及びN末端に他の残基スペーサーを導入することの効力もまた研究される。実施例10に記載のミニ遺伝子ワクチンの分析結果によると、研究された残基は、さらに、例えば、G、Q、W、S及びTを含み得る。連結エピトープがこれらの改変によって作製される場合、連結エピトープを排除する代替的エピトープ順序が、本明細書中に記載されるように、合理的に設計される。すべての第二世代構築物を、本明細書中に記載のように、抗原性及び免疫原性について試験する。
これらのミニ遺伝子ワクチンは、a)最少の推定連結エピトープが提示され;及びb)以前のミニ遺伝子ワクチンにおいて機能的ではなかったエピトープが、ここで、より有効な新規の状況下にあるように設計される。
HTLミニ遺伝子ワクチンについて、「第一世代」ミニ遺伝子ワクチンから得られるデータを、連結エピトープ、及びミニ遺伝子内のエピトープ位置、ならびにスペーサー(例えば、GPGPGスペーサー)に対する近接性に関しての傾向について研究する。特定の傾向が検出された場合、第二世代のミニ遺伝子ワクチンを、これらの傾向に基づいて設計する。あるいは、最適以下の活性を生ずるミニ遺伝子の場合、他の標的ストラテジー(例えば、Ii及びLAMPに基づくもの)の潜在的有効性を再評価し、そして標的なし及び単純なリーダー配列標的に対して比較する。
非刺激及び刺激されたペプチドの両方の培養物を評価する。いくらかの応答が、刺激されていない培養物において検出され得るが、より弱い応答/エピトープは、1つ又は2つのインビトロ刺激を必要とし得る。アッセイ手順を、以下のように実施し得る。例えば、約50個のクラスI拘束エピトープに対する応答がアッセイされる場合、約7個のペプチドの7個のプールが使用され得る。ペプチドのプールもまた、再刺激のために使用される。PADREエピトープに対する応答もまた測定する。ポジティブな結果を生じるペプチドプールの場合、個々のペプチドをアッセイして、観察された応答を担うエピトープを同定する。ポジティブコントロールとしては、破傷風トキソイド全体及び/又はマイトジェンPHA、ならびにインフルエンザウイルス由来エピトープのプールが挙げられる。潜在的連結エピトープもまた合成され、そして単一プールとして試験される。
Claims (12)
- 複数のHLAエピトープを含み、HLAクラスIプロセシング経路に提示されるポリエピトープ構築物を設計するための方法であって、
(i)前記複数のHLAエピトープを、連結エピトープの数が最小になるようにソートする工程;
(ii)K、R、N、Q、G、A、S、CおよびTからなる群から選択される隣接アミノ酸残基を、該ポリエピトープ構築物に含まれるHLAエピトープのC+1位に導入する工程;
(iii)該ポリエピトープ構築物に含まれる2つのエピトープの間に、CTL連結エピトープまたはHTL連結エピトープの出現を妨げるように、1つ以上のアミノ酸スペーサー残基を導入する工程;および
(iv)連結エピトープの数が最小であり、アミノ酸スペーサー残基の数が最小であり、各HLAエピトープのC+1位に存在するK、R、N、G、A、S、CまたはTの数が最大である1つ以上のポリエピトープ構築物を選択する工程、を含み、
前記アミノ酸スペーサー残基により形成されるスペーサーが、G、PおよびNからなる群より独立して選択される少なくとも5アミノ酸残基を含む、方法。 - HTLエピトープの出現を妨げるように前記スペーサー残基を導入する、請求項1に記載の方法。
- 前記スペーサーがGPGPGである、請求項2に記載の方法。
- 前記隣接アミノ酸残基が、CTLエピトープのC+1位に導入される、請求項1に記載の方法。
- 前記隣接アミノ酸残基が、K、R、N、GおよびAからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記隣接アミノ酸残基が、前記スペーサーアミノ酸残基に隣接する、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリエピトープ構築物に含まれるHLAエピトープのC末端に隣接するHLAエピトープのN末端残基を、K、R、N、G、およびAからなる群から選択される残基で置換する工程をさらに包む、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリエピトープ構築物の構造を予測する工程をさらに含むと共に、
前記選択工程において1つ以上のポリエピトープ構築物を選択する際に、細胞に導入されてHLAプロセシング経路によってプロセシングされた場合に、エピトープの全てがHLAプロセシング経路によってプロセシングされるポリエピトープ構築物を選択する、請求項1に記載の方法。 - 請求項1〜8の何れか一項に記載の方法を用いて調製される、ポリエピトープ構築物。
- 前記ポリエピトープ構築物に含まれるエピトープが、ミニ遺伝子によってコードされる、請求項9に記載のポリエピトープ構築物。
- 複数のHLAエピトープペプチドおよび複数のスペーサーアミノ酸を含む、ポリエピトープ構築物であって、ここで:
a.該HLAエピトープペプチドが、8〜13アミノ酸長のクラスI HLAエピトープペプチドであり;
b.該スペーサーアミノ酸の組み合わせが、1以上の該HLAエピトープペプチド間に配置され;
c.該スペーサーアミノ酸が、1〜8アミノ酸長であり;
d.1以上のスペーサーアミノ酸の組み合わせが、他のスペーサーアミノ酸の組み合わせに含まれるアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含み;そして
e.該スペーサーアミノ酸の組み合わせの各々が、エピトーププロセシングを最適化し、そして連結エピトープを最小化し、
f.前記アミノ酸スペーサー残基により形成されるスペーサーは、G、PおよびNからなる群より独立して選択される、少なくとも5アミノ酸残基を含む、ポリエピトープ構築物。 - 前記複数のHLAエピトープペプチドが、複数のHLAエピトープ核酸によってコードされ、前記複数のスペーサーアミノ酸が、複数のスペーサー核酸によってコードされる、請求項11に記載のポリエピトープ構築物。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US17339099P | 1999-12-28 | 1999-12-28 | |
US60/173,390 | 1999-12-28 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2001548133A Division JP2004512815A (ja) | 1999-12-28 | 2000-12-28 | 最適化されたミニ遺伝子およびそれによってコードされるペプチド |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2011168592A JP2011168592A (ja) | 2011-09-01 |
JP2011168592A5 true JP2011168592A5 (ja) | 2014-01-23 |
JP5628716B2 JP5628716B2 (ja) | 2014-11-19 |
Family
ID=22631795
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2001548133A Pending JP2004512815A (ja) | 1999-12-28 | 2000-12-28 | 最適化されたミニ遺伝子およびそれによってコードされるペプチド |
JP2011056001A Expired - Fee Related JP5628716B2 (ja) | 1999-12-28 | 2011-03-14 | 最適化されたミニ遺伝子及びそれによってコードされるペプチド |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2001548133A Pending JP2004512815A (ja) | 1999-12-28 | 2000-12-28 | 最適化されたミニ遺伝子およびそれによってコードされるペプチド |
Country Status (14)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP1242108B1 (ja) |
JP (2) | JP2004512815A (ja) |
KR (1) | KR100838507B1 (ja) |
CN (1) | CN1437476A (ja) |
AT (1) | ATE366582T1 (ja) |
AU (1) | AU780064B2 (ja) |
BR (1) | BR0017052B1 (ja) |
CA (1) | CA2394748A1 (ja) |
DE (1) | DE60035523T2 (ja) |
DK (1) | DK1242108T3 (ja) |
ES (1) | ES2288885T3 (ja) |
HK (1) | HK1048068B (ja) |
MX (1) | MXPA02006554A (ja) |
WO (1) | WO2001047541A1 (ja) |
Families Citing this family (21)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7462354B2 (en) * | 1999-12-28 | 2008-12-09 | Pharmexa Inc. | Method and system for optimizing minigenes and peptides encoded thereby |
AU2002950183A0 (en) * | 2002-07-12 | 2002-09-12 | The Council Of The Queensland Institute Of Medical Research | Expression of hydrophobic proteins |
WO2004031210A2 (en) | 2002-10-03 | 2004-04-15 | Epimmune Inc. | Optimized multi-epitope constructs and uses thereof |
EP1578432A4 (en) * | 2002-10-03 | 2008-07-30 | Epimmune Inc | HLA BINDING PEPTIDES AND USES THEREOF |
DE10347710B4 (de) | 2003-10-14 | 2006-03-30 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Rekombinante Impfstoffe und deren Verwendung |
WO2005047483A2 (en) * | 2003-11-12 | 2005-05-26 | Medical Research Council | Renta: an hiv immunogen and uses thereof |
DE102005046490A1 (de) | 2005-09-28 | 2007-03-29 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Modifikationen von RNA, die zu einer erhöhten Transkriptstabilität und Translationseffizienz führen |
DK2023952T3 (en) * | 2006-05-18 | 2015-10-19 | Epimmune Inc | Induction of immune responses to influenza virus using polypeptide and nucleic acid compositions |
WO2010086294A2 (en) | 2009-01-28 | 2010-08-05 | Epimmune Inc. | Pan-dr binding polypeptides and uses thereof |
GB0905519D0 (en) * | 2009-03-31 | 2009-05-13 | Biofortuna Ltd | Assay method and device |
AU2012261237B2 (en) | 2011-05-24 | 2017-06-01 | BioNTech SE | Individualized vaccines for cancer |
WO2013143555A1 (en) | 2012-03-26 | 2013-10-03 | Biontech Ag | Rna formulation for immunotherapy |
US9901632B2 (en) | 2012-10-19 | 2018-02-27 | The Council Of The Queensland Institute Of Medical Research | Human herpesvirus immunotherapy |
EP2925348B1 (en) | 2012-11-28 | 2019-03-06 | BioNTech RNA Pharmaceuticals GmbH | Individualized vaccines for cancer |
WO2014180490A1 (en) | 2013-05-10 | 2014-11-13 | Biontech Ag | Predicting immunogenicity of t cell epitopes |
WO2016045732A1 (en) | 2014-09-25 | 2016-03-31 | Biontech Rna Pharmaceuticals Gmbh | Stable formulations of lipids and liposomes |
WO2016128060A1 (en) | 2015-02-12 | 2016-08-18 | Biontech Ag | Predicting t cell epitopes useful for vaccination |
WO2017059902A1 (en) | 2015-10-07 | 2017-04-13 | Biontech Rna Pharmaceuticals Gmbh | 3' utr sequences for stabilization of rna |
CN105254719B (zh) * | 2015-10-21 | 2018-07-13 | 黑龙江八一农垦大学 | 金黄色葡萄球菌trap蛋白的cd4+t细胞表位鉴定及其重组表位疫苗 |
EP3744847A4 (en) * | 2018-01-22 | 2021-12-08 | Japan as Represented by The Director-General of National Institute of Infectious Diseases | SELECTIVE CD8 POSITIVE T CELL INDUCING VACCINE ANTIGEN |
EP3796927A4 (en) * | 2018-05-23 | 2022-04-20 | Gritstone bio, Inc. | SHARED ANTIGENS |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1996003144A1 (en) * | 1994-07-27 | 1996-02-08 | The Council Of The Queensland Institute Of Medical Research | Polyepitope vaccines |
DE69723434T2 (de) * | 1996-04-26 | 2004-05-19 | Rijksuniversiteit Te Leiden | Verfahren zur selektion und produktion von t-zell-peptide epitope und vakzine mit diese epitope |
JP3945822B2 (ja) * | 1996-05-24 | 2007-07-18 | カイロン コーポレイション | 複数エピトープ融合タンパク質 |
GB9711957D0 (en) * | 1997-06-09 | 1997-08-06 | Isis Innovation | Methods and reagents for vaccination |
GB9808932D0 (en) * | 1998-04-27 | 1998-06-24 | Chiron Spa | Polyepitope carrier protein |
EP1078092B1 (en) * | 1998-05-13 | 2011-08-03 | Epimmune Inc. | Expression vectors for stimulating an immune response and methods of using the same |
-
2000
- 2000-12-28 AT AT00989585T patent/ATE366582T1/de active
- 2000-12-28 BR BRPI0017052-6B1A patent/BR0017052B1/pt not_active IP Right Cessation
- 2000-12-28 CN CN00819182A patent/CN1437476A/zh active Pending
- 2000-12-28 AU AU26075/01A patent/AU780064B2/en not_active Ceased
- 2000-12-28 JP JP2001548133A patent/JP2004512815A/ja active Pending
- 2000-12-28 DE DE60035523T patent/DE60035523T2/de not_active Expired - Lifetime
- 2000-12-28 DK DK00989585T patent/DK1242108T3/da active
- 2000-12-28 WO PCT/US2000/035568 patent/WO2001047541A1/en active IP Right Grant
- 2000-12-28 CA CA002394748A patent/CA2394748A1/en not_active Abandoned
- 2000-12-28 MX MXPA02006554A patent/MXPA02006554A/es not_active Application Discontinuation
- 2000-12-28 ES ES00989585T patent/ES2288885T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2000-12-28 EP EP00989585A patent/EP1242108B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-12-28 KR KR1020027008507A patent/KR100838507B1/ko not_active IP Right Cessation
-
2003
- 2003-01-08 HK HK03100192.3A patent/HK1048068B/zh not_active IP Right Cessation
-
2011
- 2011-03-14 JP JP2011056001A patent/JP5628716B2/ja not_active Expired - Fee Related
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2011168592A5 (ja) | ||
De Groot et al. | Better epitope discovery, precision immune engineering, and accelerated vaccine design using immunoinformatics tools | |
Soria-Guerra et al. | An overview of bioinformatics tools for epitope prediction: implications on vaccine development | |
Rueckert et al. | Vaccines: from empirical development to rational design | |
JP7236216B2 (ja) | がんのネオエピトープ | |
JP5628716B2 (ja) | 最適化されたミニ遺伝子及びそれによってコードされるペプチド | |
Zhang et al. | Synthetic genomes | |
WO2014200910A2 (en) | Bioinformatic processes for determination of peptide binding | |
CA2444001A1 (en) | Method and system for optimizing multi-epitope nucleic acid constructs and peptides encoded thereby | |
Boros et al. | A diarrheic chicken simultaneously co-infected with multiple picornaviruses: Complete genome analysis of avian picornaviruses representing up to six genera | |
Karpenko et al. | Novel approaches in polyepitope T-cell vaccine development against HIV-1 | |
De Groot et al. | Epitope-based immunome-derived vaccines: a strategy for improved design and safety | |
Richard et al. | Neoantigen-based personalized cancer vaccines: the emergence of precision cancer immunotherapy | |
Momtaz et al. | Design of epitope based vaccine against shrimp white spot syndrome virus (WSSV) by targeting the envelope proteins: an immunoinformatic approach | |
Xu et al. | Protein engineering and particulate display of B-cell epitopes to facilitate development of novel vaccines | |
Fenimore et al. | Designing and testing broadly-protective filoviral vaccines optimized for cytotoxic T-lymphocyte epitope coverage | |
Dhanda et al. | Development of a strategy and computational application to select candidate protein analogues with reduced HLA binding and immunogenicity | |
Wei et al. | Plastid phylogenomics provides novel insights into the infrafamilial relationship of Polypodiaceae | |
Ghafouri et al. | Development of a multiepitope vaccine against SARS-CoV-2: Immunoinformatics study | |
Vishwanath et al. | A computationally designed antigen eliciting broad humoral responses against SARS-CoV-2 and related sarbecoviruses | |
Yousefi et al. | B and T-cell epitope prediction of the OMP25 antigen for developing Brucella melitensis vaccines for sheep | |
Saul et al. | Human immunity and the design of multi-component, single target vaccines | |
Woelke et al. | Development of immune-specific interaction potentials and their application in the multi-agent-system VaccImm | |
Sharma et al. | In-silico immunoinformatic analysis of SARS-CoV-2 virus for the development of putative vaccine construct | |
Khan et al. | Immunoinformatics design of B and T-cell epitope-based SARS-CoV-2 peptide vaccination |