JP2010529459A - ペアとなる同位体群の発見 - Google Patents
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Abstract
Description
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- 生物学的サンプルにおいてペアとなる特徴を見いだす方法であって、
特徴ある核酸配列を同定する必要なしに、コントロールサンプルと前記コントロールサンプルに追跡関係を有する処理サンプルとが調製サンプルとしてまとめられる実験から、合成画像を形成するステップと、
前記合成画像から興味ある特徴のペアを見つけるステップであって、興味ある特徴の1つのペアの1つのメンバが前記追跡関係に従って前記ペアの他のメンバに関連しており、前記追跡関係は前記合成画像上の前記ペアの両メンバを見つける制約条件を記載している、ステップと
を備えることを特徴とする方法。 - 非放射性の安定同位体の原子質量単位のいくつかの数で、前記処理サンプルの事例を同位体標識することにより、前記追跡関係が生成される一方で、前記コントロールサンプルの事例が同位体標識を経ないことを特徴とする請求項1の方法。
- 前記コントロールサンプルの事例は、処理サンプルの同位体標識で使ったものと同一の原子質量単位の数からなる同位体標識で逆標識することにより、前記追跡関係が生成される一方で、前記処理サンプルの事例が同位体標識を経ないことを特徴とする請求項2の方法。
- 代謝実験における1つまたは複数の分子の添加又は減失を追跡することにより、前記追跡関係が生成されることを特徴とする請求項1の方法。
- 興味ある特徴のペアを見いだすことは同位体群を見いだすことを含み、同位体群の各々はコントロールサンプル又は処理サンプルを表し、興味ある特徴のペアを見いだすことは興味ある特徴のペアを検索するために共通の同位体ピークの数を決定することを含むことを特徴とする請求項1の方法。
- 比率の自然対数を計算することをさらに含み、前記比率は被除数および除数からなり、前記被除数は処理サンプルを表示するペアのメンバとしての1つの同位体群の同位体ピークの強度の合計であり、前記除数はコントロールサンプルを表示するペアのメンバとしての他の同位体群の同位体ピークの強度の合計であることを特徴とする請求項1の方法。
- 前記比率の自然対数の比率のエラーを計算して該比率のp値を生成することをさらに含み、該p値が処理サンプルの特異性発現レベルを示すことを特徴とする請求項6の方法。
- コンピュータに、生物学的サンプルにおいてペアとなる特徴を見いだす方法を実行させるためのコンピュータ実行可能命令を格納するコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、
前記方法は、
特徴ある核酸配列を同定する必要なしに、コントロールサンプルと前記コントロールサンプルに追跡関係を有する処理サンプルとが調製サンプルとしてまとめられる実験から、合成画像を形成するステップと、
前記合成画像から興味ある特徴のペアを見つけるステップであって、興味ある特徴の1つのペアの1つのメンバが前記追跡関係に従って前記ペアの他のメンバに関連しており、前記追跡関係は前記合成画像上の前記ペアの両メンバを見つける制約条件を記載している、ステップと
を備えることを特徴とするコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。 - 非放射性の安定同位体の原子質量単位のいくつかの数で、前記処理サンプルの事例を同位体標識することにより、前記追跡関係が生成される一方で、前記コントロールサンプルの事例が同位体標識を経ないことを特徴とする請求項8のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
- 前記コントロールサンプルの事例は、処理サンプルの同位体標識で使ったものと同一の原子質量単位の数からなる同位体標識で逆標識することにより、前記追跡関係が生成される一方で、前記処理サンプルの事例が同位体標識を経ないことを特徴とする請求項9のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
- 代謝実験における1つまたは複数の分子の添加又は減失を追跡することにより、前記追跡関係が生成されることを特徴とする請求項8のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
- 興味ある特徴のペアを見いだすことは同位体群を見いだすことを含み、同位体群の各々はコントロールサンプル又は処理サンプルを表し、興味ある特徴のペアを見いだすことは興味ある特徴のペアを検索するために共通の同位体ピークの数を決定することを含むことを特徴とする請求項8のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
- 比率の自然対数を計算することをさらに含み、前記比率は被除数および除数からなり、前記被除数は処理サンプルを表示するペアのメンバとしての1つの同位体群の同位体ピークの強度の合計であり、前記除数はコントロールサンプルを表示するペアのメンバとしての他の同位体群の同位体ピークの強度の合計であることを特徴とする請求項8のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
- 前記比率の自然対数の比率のエラーを計算して該比率のp値を生成することをさらに含み、該p値が処理サンプルの特異性発現レベルを示すことを特徴とする請求項13のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
- 興味あるペアとなる特徴を見いだすシステムであって、
コントロールサンプルおよび処理サンプルが処理のために一緒に従属される調製サンプルを受容する1つのまとまりのクロマトグラフィ機器および質量分析機器と、
前記調製サンプルから合成画像を生成しかつ処理して、特徴を抽出しかつ特性を計算する画像処理パイプラインと、
特徴ある核酸配列をまず同定する必要なしに、前記合成画像から特徴を処理して、関係に従って互いに関連している興味ある特徴のペアを見いだすペア特徴処理器と
を含むことを特徴とするシステム。 - 前記画像処理パイプラインは、データ補間、画像位置合せ、画像ノイズフィルタリング、バックグラウンド補正、および合成画像形成を実行する合成画像生成器を含むことを特徴とする請求項15のシステム。
- 前記画像処理パイプラインは、ピーク、同位体群および電荷群を含む特徴を抽出し、かつ、特徴特性を計算する合成画像処理器を含むことを特徴とする請求項16のシステム。
- 前記ペア特徴処理器は、優先順位処理のために最初に最も強いシグナルの特性を有する特徴を序列する特徴序列器を含むことを特徴とする請求項15のシステム。
- 前記ペア特徴処理器は、合成画像を検索することによって関係に従って興味ある特徴のペアを見つけ出すペア特徴検出器を含むことを特徴とする請求項18のシステム。
- 前記ペア特徴処理器は、比率の自然対数のエラーを獲得することからp値を生成するペア特徴特性処理器を含み、前記比率の各々は被除数および除数からなり、被除数は処理サンプルを表示するペアのメンバとしての1つの同位体群の同位体ピークの強度の合計であり、除数はコントロールサンプルを表示するペアのメンバとしての他の同位体群の同位体ピークの強度の合計であることを特徴とする請求項19のシステム。
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