JP2010525823A - 心筋炎のトランスクリプトームのバイオマーカー - Google Patents
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Abstract
【選択図】なし
Description
本発明は、国立衛生研究所により付与された助成金番号M400−217−2954及びRO−1 HL−65455の両方の合衆国政府の支援によってなされた。前記合衆国政府は、本発明の特定の権利を有する場合がある。
心筋炎、これらの心臓病のための非常に高感度な診断バイオマーカーとして機能する分子的特徴が同定された。
本発明は、心不全、心疾患、心筋炎その他の心臓病のための非常に高感度な診断バイオマーカーとして機能する分子的特徴を含む。心筋炎は、初期に無症状の患者でさえ、30%まで拡張型心筋症を生じさせると推定される一般的な病気である。心筋炎は心臓突然死として現れる場合があり、全ての年代の個人に影響を与える。子供では、心筋炎は、大人よりもより高い百分率の心不全をもたらす。ウイルスで誘発される症状の大部分が臨床学的に不明確な経路で進行するという事実は、現在利用可能な標準的診断ツール、例えば、ECG、心筋酵素及び免疫組織化学よりもより信頼性のあるバイオマーカーを発見する重要性を指摘する。
本発明に応じて本明細書で用いられるところの以下の用語は、別に明示される場合を除いて以下の意味で定義される。
好ましい実施態様では、バイオマーカー(TBB−I)は、1553145_at (仮想タンパク質 FLJ39653)、1553575_at、1557236_at (アポリポプロテインL、6)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1560752_at (F−ボックス及びWD−40ドメインタンパク質2)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、200068_s_at (カルネキシン///カルネキシン)、201031_s_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、202646_s_at (コールドショックドメイン含有E1、RNA結合)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206188_at (ジンクフィンガータンパク質623)、212637_s_at (WWドメイン含有E3ユビキチンタンパク質リガーゼ1)、212920_at、213317_at (塩素細胞内チャネル5)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、217870_s_at (シチジル酸キナーゼ)、218087_s_at (ソルビン及びSH3ドメイン含有1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、223577_x_at (PRO1073タンパク質)、224321_at (EGF−様及び2つのフォリスタチン−様ドメインを有する膜貫通タンパク質2)、224373_s_at (IQモチーフ及びWDリピート1)、224644_at (CDNA クローン IMAGE:5278517)、226173_at (オルニチンアミノトランスフェラーゼ−様1)、226773_at (CDNA FLJ35131 fis、クローン PLACE6008824)、226880_at (核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1)、228980_at (リングフィンガー及びFYVE−様ドメイン含有1)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231735_s_at (PRO1073タンパク質)、233765_at (仮想LOC197135)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236131_at (CDNA クローン IMAGE:6622963)、236953_s_at (RIKEN cDNA 8030451K01に類似)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、240971_x_at (カリン(Cullin)4A)、244042_x_at ((タザロテンで誘導される)レチノイン酸受容体レスポンダー2に類似)の核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む。
マーカーとしての核酸及びタンパク質の検出
好ましい実施態様では、各バイオマーカーは、以下の実施例で詳細に説明される方法のようなチップを利用する方法で検出される。心疾患、例えば、心不全、心筋炎、特発性心筋症等の正確な診断を提供するために。別の方法は当業者に知られ、1種類又は2種類以上が利用される場合がある。
一般的に、核酸マイクロアレイに用いられる際に、テスト用及び対照用の組織試料からのテスト用及び対照用のmRNA試料は、cDNAプローブを生成するために、逆転写され、標識される。その後、前記プローブは、固体支持体上に不動化される核酸のアレイにハイブリダイズされる。前記アレイは、該アレイの各メンバーの配列及び位置が知られるように形成される。例えば、ある疾患状態で発現される可能性がある選択遺伝子が、固体支持体上に配列される場合がある。標識化プローブが特定のアレイのメンバーとのハイブリダイズすることは、前記プローブが由来した前記試料はその遺伝子を発現することを示す。疾患組織での差次的遺伝子発現解析は、有用な情報を提供する場合がある。マイクロアレイ技術は、1回の実験で数百個の遺伝子のmRNA発現プロファイルを評価するための核酸ハイブリダイゼーション手法及びコンピューター技術を利用する。例えば、2001年10月11日に開示された国際公開第WO 01/75166号明細書を参照せよ。(アレイ作製の議論のために、例えば、米国特許第5,700,637号明細書、米国特許第5,445,934号明細書及び米国特許第5,807,522号明細書と、Lockart、Nature Biotechnology, 14:1675−1680 (1996)及びCheung, V. Gら、Nature Genetics 21(Suppl):15−19 (1999)とを参照せよ。)。DNAマイクロアレイは、ガラスその他の基質上に直接的に合成されるか、配置されるかのいずれかの遺伝子断片を含む、小型のアレイである。数百個の遺伝子は、1つのアレイにしばしば示される。典型的なマイクロアレイの実験は、1)試料から単離されるRNAに由来する蛍光標識化標的を準備するステップと、2)前記マイクロアレイに前記標識化標的をハイブリダイゼーションするステップと、3)前記アレイを、洗浄、染色及び走査するステップと、4)走査画像を解析するステップと、5)遺伝子発現プロファイルを作成するステップとを含む。現在のDNAマイクロアレイの主要な2種類のタイプは、(通常、25ないし70塩基長の)オリゴヌクレオチドアレイと、cDNAから調製されるPCR産物を含む遺伝子発現アレイとが用いられている。アレイの製造において、オリゴヌクレオチドは、前もって作製され、表面上に配置されるか、表面上に直接的に合成させるか(in situ)のいずれかの場合がある。アフィメトリクスジーンチップ(商標)システムは、ガラス表面上にオリゴヌクレオチドを直接的に合成することによって作製されるアレイを含む、商業的に入手可能なマイクロアレイシステムである。
通常25塩基長のオリゴヌクレオチドは、半導体を利用するフォトリソグラフィと、固相化学合成技術との組み合わせによってガラス基板上に直接的に合成される。各アレイは400,000個までの異なるオリゴヌクレオチドを含み、各オリゴヌクレオチドは数百万の複製物で存在する。オリゴヌクレオチドのプローブはアレイ上の既知の位置で合成されるため、ハイブリダイゼーションのパターン及びシグナル強度は、アフィメトリクスのマイクロアレイスイートソフトフェアによって、遺伝子の同定及び相対的発現レベルの面から解釈される。各遺伝子は、一連の異なるオリゴヌクレオチドのプローブによって前記アレイ上に示される。各プローブの対合は、完全な適正塩基対合のオリゴヌクレオチドと、不適正塩基対合のオリゴヌクレオチドとからなる。前記完全な適正塩基対合のプローブは特定の遺伝子に正確に相補的な配列を有し、その後、遺伝子の発現を測定する。前記不適正塩基対合のプローブは、標的遺伝子転写産物の結合を妨げる、中心の塩基位置での1塩基置換によって、前記完全な適正塩基対合のプローブと異なる。バックグラウンド及び非特異的ハイブリダイゼーションを決定するためのこの手助けは、前記オリゴヌクレオチドの完全な適正塩基対合に関するシグナルを測定するのに貢献する。前記マイクロアレイスイートソフトフェアは、各プローブセットの絶対的又は特異的な強度値を測定するために、前記完全な適正塩基対合のプローブのハイブリダイゼーション強度から不適正塩基対合のプローブのハイブリダイゼーション強度を減算する。プローブは、GenBankその他のヌクレオチドのレポジトリー(repository)からの現在の情報にもとづいて選択される。配列は遺伝子の3’末端のユニークな領域を認識すると思われる。ジーンチップハイブリダイゼーションオーブン(「回転式肉焼き用(rotisserie)」オーブン)が、1度に64個までのアレイのハイブリダイゼーションを実施するために用いられる。自動洗浄染色装置(fluidics station)は、プローブアレイの洗浄及び染色を実施する。それは完全に自動化され、4個のモジュールを含み、各モジュールは1個のプローブアレイを保持する。各モジュールは、プログラム化された洗浄プロトコルを用いる、マイクロアレイスイートソフトフェアを通じて独立的に制御される。走査装置は、前記プローブアレイに結合する標識化cRNAによって放出される蛍光強度を測定する共焦点レーザー蛍光走査装置である。マイクロアレイスイートソフトフェアを有するコンピューターワークステーションは、前記自動洗浄染色装置及び前記走査装置を制御する。マイクロアレイスイートソフトフェアは、前記プローブアレイのためにプログラム化された、ハイブリダイゼーション、洗浄及び染色のプロトコルを用いる自動洗浄染色装置を8台まで制御する場合がある。前記ソフトウェアはハイブリダイゼーション強度のデータを習得し、適切なアルゴリズムを用いて前記データを各遺伝子の有/無の呼び掛け(call)に換算する。最終的に、前記ソフトフェアは比較解析による実験間の遺伝子発現の変化を検出し、さらなるデータ解析のために他のソフトフェアプログラムで用いることができる、テキスト形式(.txt)のファイルで出力する。
本発明の別の実施態様では、マーカーに対応するポリペプチドが同定される。本発明のポリペプチドを検出するための好ましい薬剤は、本発明のマーカーに対応するポリペプチドに結合可能な抗体又はアプタマーであり、検出可能な標識を有する抗体が好ましい。抗体はポリクローナルか、より好ましくはモノクローナルかの場合がある。未消化の抗体又はこれらの断片、例えば、Fab又はF(ab’)2が用いられる場合がある。前記プローブ又は抗体に関する「標識化」という用語は、例えば、前記プローブ又は抗体に検出可能な物質を物理的に連結する、カップリングによる前記プローブ又は抗体の直接−標識と、直接−標識される別の試薬との反応性による前記プローブ又は抗体の間接−標識とを含むことが意図される。間接標識化の例は、蛍光標識化第2抗体を用いる第1抗体の検出と、蛍光標識化ストレプトアビジンで検出されるビオチンでの末端標識化DNAプローブの検出とを含む。
好ましい実施態様では、抗体及びアプタマーは本明細書で説明されるバイオマーカーの各成分に特異的に結合する。前記成分は、核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物との各バイオマーカーの各成分を含む。
別の好ましい実施態様では、分子的特徴は、心臓循環器疾患の治療の新規薬剤の同定に役立つ。
低分子テスト化合物又は候補治療化合物は、最初は有機又は無機の化学ライブラリーのメンバーの場合がある。本明細書で用いられるところの「低分子」は、約3,000ダルトン未満の分子量の有機又は無機の低分子を指す。前記低分子は、天然物又はコンビナントリアル化学ライブラリーのメンバーとなる。多様な分子のセットは、電荷、芳香族性、水素結合、可動性、サイズ、側鎖の長さ、疎水性及び剛性のようなさまざまな作用を網羅するために用いられるべきである。低分子を合成するのに適切なコンビナントリアル法は、Obrecht及びVillalgordo、Solid−Supported Combinatorial and Parallel Synthesis of Small−Molecular−Weight Compound Libraries、Pergamon−Elsevier Science 有限会社(1998)に示されるように当業者に知られ、「スプリット・アンド・プール(split and pool)」合成法又は「パラレル(parallel)」合成法と、固相及び液相法と、エンコード法(例えば、Czarnik、Curr. Opin. Chem. Bio., 1:60 (1997)を参照せよ。)とのようなものを含む。さらに、低分子ライブラリーの多くは商業的に入手可能である。
ある実施態様では、ベクター及び細胞中のバイオマーカーを含む生体分子が発現することが望ましい。かかる組み合わせの用途は限定されない。1種類又は2種類以上の生体分子を発現する前記ベクター及び細胞は、アッセイ、キット、創薬、診断、予後判断等で用いられる場合がある。前記細胞は、前駆細胞のような骨髄から単離される幹細胞か、例えば、ATCCのような別の供給源のいずれかから得られる細胞かの場合がある。
別の好ましい実施態様では、表1、2及び4を含む、生体分子又は分子的特徴のうち、いずれか1種類又は2種類以上を含むキットが提供される。
患者
EMBは、心筋症の評価のために1997年から2006年までにジョンズ・ホプキンス病院に紹介された患者から採取された(n=350)。患者の結果の臨床データベースは、1997年の開始と同時に10年間維持された。全ての患者は、試料の採取及び医療記録の抽出について同意書を提出した。右心室中隔からの経静脈EMBは、その後のマイクロアレイ解析について以前に説明された(Felker GMら、N Engl J Med 2000;342: 1077−8)ように得られた。想定される疾患特異的な交絡因子を回避するために、心筋症(IDCM)の患者の試料のみが選択された。IDCMは、検出可能な病理学的徴候を全く示すことない、詳細な組織学的精密検査の後の除外診断であった。180検体のIDCMのレポジトリー内において、生検は予後が良好のコホートの表現型の極値を利用する症例−対照様式で選択された。予後が良好なグループ(GP、n=25)は、心不全の徴候の初検後少なくとも5年間発症無しとして定義され、予後が不良なグループ(BP、n=18)は、最初の2年以内に発症を経験した。発症は、死亡(n=14)と、左室補助装置(n=2)又は心臓移植(n=2)の必要性とを含んだ。
EMBsは、バイオレポジトリー中で保存するために液体窒素中でただちに瞬間凍結された。RNAの単離及び処理の全てのステップは、MIAME(マイクロアレイ実験についての最低限の情報)の指針に従って実施された。組織試料(平均直径〜2mm)は、MM 301 ミキサー ミル(レッチェ(Retsch)、カタログ番号第85120番)でホモジナイズされた。マイクロ−トゥ−ミディ全RNA精製システム(インビトロジェン、カタログ番号第12183−018番)とともにトリゾール試薬が、全RNAの抽出のために用いられた(成功率:試料の97%)。全RNAの濃度及びインテグリティーは、アジレント2100バイオアナライザーで測定された。全てのRNA試料は、変性アガロースゲル電気泳動で未消化の28S及び18SのリボソームRNAを示し、260/280nmの吸光度計測値は、1.8−2.1の許容可能な範囲に収まった。平均量568±92ng(SEM)の全RNAは、オベーションビオチンRNA増幅及び標識化システム(ニューゲン(NuGen)、カタログ番号第2300−12番)で単離され、前処理された。
試料は、追加の増幅ステップなしに、アフィメトリクスからのヒトゲノムU133プラス2.0アレイにハイブリダイズされた。RNA単離及びマイクロアレイのハイブリダイゼーションが、試料及びアレイの品質を評価するためのアフィメトリクスの指針(Willard H.Fら編、Handbook of Genomic Medicine.、第1版、Elsevier; 2008のKittleson MMら、Transcriptomics:Translation of Global Expression Analysis to Genomic Medicine.)で詳しく記されたような品質対照の全ての指数を充足したときに、マイクロアレイの実験は成功と判断された。全てのチップの平均バックグラウンド及びノイズは許容可能な範囲内で登録され、ハイブリダイゼーション効率は全ての試料で類似した。
マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの低い強度値は、(www.R−project.orgで入手可能な)統計計算用Rパッケージで実施される頑健なマイクロアレイ平均(Robust Multiarray Average)(RMA)で標準化された。次のステップでは、マイクロアレイの有意性解析(SAM)(Tusher VGら、Proc Natl Acad Sci USA 2001 4月 24;98(9):5116−21)は、遺伝子発現の表現型特異的な相違を同定するために用いられた。SAMは多重比較のためのq−値、p−値の調整の有意性を定義する。TBBの開発のために、マイクロアレイの予測解析(PAM)(Tibshirani Rら、Proc Natl Acad Sci USA 2002 5月14;99(10):6567−72)が、(データの3分の2、n=29を含む)トレーニング用セットの分類指標を作成するために用いられ、その後の検証は、(データの3分の1、n=14を含む)テスト用セットで行なわれた(Kittleson MMら、Circulation 2004 11月 30;110(22):3444−51)。PAMは、分類のための表現型特異的な「最短収縮重心法」を作成するのに必要な最小限の数の遺伝子を発見することができるソフトウェアである(Tibshirani Rら、2002、上述)。これは、誤分類を最小限にする閾値を選択することを可能にするトレーニング用セットで平均化された10回の交差確認によって行なわれた。開発されたトランスクリプトームのバイオマーカーの全ての精度は、50回のランダムな配分後に評価された。予後良好と予後不良とを比較するコホートの平均化された基線条件をテストするために、数値化のためのステューデントt−検定と、カテゴリー変数(categorical variables)のためのフィッシャーの直接確率(Fisher’s exact test)とが用いられた。
このバイオマーカー(遺伝子特徴)を同定するために、心臓の試料は、心筋炎又は特発性心筋症のいずれかに由来する心不全の初期に心臓の生検を受けている患者から採取され、10年以上バイオレポジトリーに保存された。心筋炎又は特発性心筋症の患者の心筋生検の試料は、1997年から2004年までジョンズ・ホプキンス病院で採取され、液体窒素中で保存された。前記バイオレポジトリーは再調査され、心筋炎の患者19人と、特発性心筋症の患者42人との生検の試料が選択された。心筋炎は、免疫組織化学的検査によって心筋生検の試料から診断された。MIAME(マイクロアレイ実験についての最低限の情報)の指針は、全ての実験で従われた。組織はレッチェのMM301装置でホモジナイズされ、全RNAはインビトロジェンのマイクロ−トゥ−ミディ全RNA精製システムで単離された。全RNAのマイクロアレイ解析は、アフィメトリクスのヒトゲノムU133プラス2.0アレイで行なわれた。全ての試料で、RNAの単離及びマイクロアレイのハイブリダイゼーションの両方は、試料及びアレイの品質を評価するためのアフィメトリクスの指針で詳しく記されたような品質対照の全ての指数を充足した。全てのマイクロアレイチップの生の発現値は、Rの頑健なマイクロアレイ平均(RMA)で前処理された。差次的に発現する遺伝子122個のサブセットを選択するために、28検体の試料(心筋炎からの11検体の試料、特発性心筋症からの17検体の試料)のトレーニング用セットでマイクロアレイの有意性解析(SAM)が行なわれた(FC>1.2、q=0%)。これらの122個は、心筋炎の患者で、過剰発現された遺伝子38個と、下向き調節された遺伝子84個とを含んだ(図1)。遺伝子122個のこの前定義されたサブセットで、研究の全ての試料を含む作成されたヒートマップは、平均発現レベルによって標準化される(図2、表1、表2)。ヒートマップは、監督なしの機械学習の分類法である。各列は前記遺伝子122個の1個を示し、各行は患者の試料を示す。赤色の区分は全ての患者での平均遺伝子発現と比較して、特定の患者での低発現の遺伝子を示す一方、青色の区分は過剰発現した遺伝子を示す。上部の樹状図は、類似の遺伝子発現プロファイルにもとづかれたグループに試料を分配する、監督なしの階層的クラスタリングアルゴリズムである。このアルゴリズムは、77%の感度及び97%の特異度で行なわれた。予知力を増大するために、Rで実施されるマイクロアレイの予測解析(PAM)を用いる「最短収縮重心法」の分類アプローチのための遺伝子122個の同一のサブセットが用いられた。心筋炎の患者の試料11検体と、特発性心筋症の試料17検体のサブセットの(監督なしのクラスタリング)分類指標のトレーニング後、90%の感度及び88%の特異度で心筋炎を同定した遺伝子39個のクラスターが発見された(図3、図4、図5、表3、表4)。開発されたトランスクリプトームのバイオマーカーの前記予知力が増大されたかをテストするために、候補遺伝子39個の新規サブセットを用いるヒートマップが作成された(図6)。遺伝子122個の最初のヒートマップは誤分類された6検体の試料を作成する一方、4検体の試料のみがこのアルゴリズムによって誤って分類された(感度:89%、特異度:95%)。遺伝子発現プロファイルの非常に強力な診断方法で、心筋炎の特徴的な臨床学的徴候が存在しない患者でさえ、疾患の非常に初期段階で検出され、適切に治療されるであろう。より高感度のこのバイオマーカーの適用は、将来に心筋炎の致死的な経過をたどる多数症例を有意に減少させるであろう。さらに、このバイオマーカーは心筋炎に特異的な治療で適切に使用できるであろう。
第1行は各遺伝子についてのアフィメトリクスの識別番号(ID)を含む。生物学的機能のための注釈は、遺伝子オントロジーデータベースから得られた。
発明は本明細書の詳細な説明とともに関連して説明されたが、前述の説明は例示することを意図するものであって、本発明の範囲を限定するものではないことが理解されるべきである。他の局面、利点及び変更は以下の請求項の範囲に記載の範囲内である。
Claims (56)
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- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを検出することが、心筋炎及び心筋障害の診断となることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
- 遺伝子配列のうち少なくとも10個と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを細胞又は患者で検出することが、心筋炎、特発性心筋症、心疾患及びこれらの障害の診断となることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%、2%、5%、10%のレベル過剰発現されることを特徴とする、請求項2又は3に記載の分子組成物。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%過剰発現されることを特徴とする、請求項2又は3に記載の分子組成物。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%過剰発現されることを特徴とする、請求項2又は3に記載の分子組成物。
- 1553145_at (仮想タンパク質 FLJ39653)、1553575_at、1557236_at (アポリポプロテインL、6)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1560752_at (F−ボックス及びWD−40ドメインタンパク質2)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、200068_s_at (カルネキシン///カルネキシン)、201031_s_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、202646_s_at (コールドショックドメイン含有E1、RNA結合)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206188_at (ジンクフィンガータンパク質623)、212637_s_at (WWドメイン含有E3ユビキチンタンパク質リガーゼ1)、212920_at、213317_at (塩素細胞内チャネル5)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、217870_s_at (シチジル酸キナーゼ)、218087_s_at (ソルビン及びSH3ドメイン含有1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、223577_x_at (PRO1073タンパク質)、224321_at (EGF−様及び2つのフォリスタチン−様ドメインを有する膜貫通タンパク質2)、224373_s_at (IQモチーフ及びWDリピート1)、224644_at (CDNA クローン IMAGE:5278517)、226173_at (オルニチンアミノトランスフェラーゼ−様1)、226773_at (CDNA FLJ35131 fis、クローン PLACE6008824)、226880_at (核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1)、228980_at (リングフィンガー及びFYVE−様ドメイン含有1)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231735_s_at (PRO1073タンパク質)、233765_at (仮想LOC197135)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236131_at (CDNA クローン IMAGE:6622963)、236953_s_at (RIKEN cDNA 8030451K01に類似)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、240971_x_at (カリン(Cullin)4A)、244042_x_at ((タザロテンで誘導される)レチノイン酸受容体レスポンダー2に類似)を含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、心筋炎の診断のためのバイオマーカー(TBB−I)。
- 生体分子のうち少なくとも10個を検出することが、心筋炎の診断となることを特徴とする、請求項7に記載のバイオマーカー。
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- 1553145_at (仮想タンパク質 FLJ39653)、1553575_at、1557236_at (アポリポプロテインL、6)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1560752_at (F−ボックス及びWD−40ドメインタンパク質2)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、200068_s_at (カルネキシン///カルネキシン)、201031_s_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、202646_s_at (コールドショックドメイン含有E1、RNA結合)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206188_at (ジンクフィンガータンパク質623)、212637_s_at (WWドメイン含有E3ユビキチンタンパク質リガーゼ1)、212920_at、213317_at (塩素細胞内チャネル5)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、217870_s_at (シチジル酸キナーゼ)、218087_s_at (ソルビン及びSH3ドメイン含有1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、223577_x_at (PRO1073タンパク質)、224321_at (EGF−様及び2つのフォリスタチン−様ドメインを有する膜貫通タンパク質2)、224373_s_at (IQモチーフ及びWDリピート1)、224644_at (CDNA クローン IMAGE:5278517)、226173_at (オルニチンアミノトランスフェラーゼ−様1)、226773_at (CDNA FLJ35131 fis、クローン PLACE6008824)、226880_at (核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1)、228980_at (リングフィンガー及びFYVE−様ドメイン含有1)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231735_s_at (PRO1073タンパク質)、233765_at (仮想LOC197135)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236131_at (CDNA クローン IMAGE:6622963)、236953_s_at (RIKEN cDNA 8030451K01に類似)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、240971_x_at (カリン(Cullin)4A)、244042_x_at ((タザロテンで誘導される)レチノイン酸受容体レスポンダー2に類似)の核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、バイオチップ。
- 請求項10で同定される核酸配列のうち少なくとも10個と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、請求項10に記載のバイオチップ。
- 1552419_s_at (チューブリンチロシンリガーゼ−様ファミリー、メンバー10)、1553212_at (ケラチン78)、1555124_at (仮想タンパク質MGC40574)、1556192_x_at (転移抑制因子1)、1556320_at (ストマチン(EPB72)−様1)、1556510_at (CDNA クローン IMAGE:4796864)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567410_at (ジンクフィンガータンパク質135)、1568513_x_at (プロテアーゼ、セリン、1(トリプシン1))、1570408_at (セリン/スレオニンキナーゼ24(STE20ホモログ、酵母)、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、204581_at (CD22分子、ミエリン関連糖タンパク質)、205586_x_at (神経成長因子で誘導可能なVGF)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、207004_at (B−細胞 CLL/リンパ腫2)、210059_s_at (分裂促進因子で活性化されるタンパク質キナーゼ13)、210228_at (コロニー刺激因子2(顆粒球−マクロファージ))、210384_at (タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ2)、210923_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー1(グルタミン酸輸送体)、メンバー7)、211024_s_at (甲状腺転写因子1///甲状腺転写因子1)、211062_s_at (カルボキシペプチダーゼZ///カルボキシペプチダーゼZ)、211096_at (プレ−B−細胞白血病転写因子2)、211181_x_at (runt−関連転写因子1(急性骨髄性白血病1 ; aml1 癌遺伝子))、211710_x_at (リボソームタンパク質L4///リボソームタンパク質L4)、213096_at (膜貫通及びコイルド−コイルドメインファミリー2)、213121_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド(RNP抗原))、213242_x_at (KIAA0284)、213568_at (オッド−スキップド(odd−skipped)関連2(Drosophila))、213770_at ras1のキナーゼ抑制因子(214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、216116_at (SH3ドメインを有するNCK相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、216820_at、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217180_at (KIAA0187遺伝子産物に類似する仮想タンパク質)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、217430_x_at (コラーゲン、I型、アルファ1)、219070_s_at (モータイル・スパーム(motile sperm)ドメイン含有3)、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、221663_x_at (ヒスタミン受容体H3)、221684_s_at (ニクタロピン(Nyctalopin))、223974_at (仮想タンパク質MGC11082)、226640_at (ジアシルグリセロールリパーゼベータ)、228074_at (仮想タンパク質LOC162073)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229257_at (KIAA1856タンパク質)、229335_at (免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C)、229358_at (インディアンヘッジホッグホモログ(Drosophila))、230341_x_at (トロンボスポンジン1型モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、10)、230693_at (ATPアーゼ、Ca++輸送、心筋、速筋1)、230768_at (FERM、RhoGEF及びプレクストリンドメインタンパク質2)、231510_at (GLI−クルッペル(Kruppel)ファミリーメンバーGLI2)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、231998_at、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、234637_at (ケラチン関連タンパク質4−5)、234881_at、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235600_at (転写される遺伝子座)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、237087_at (染色体14オープンリーディングフレーム105)、237144_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質3)、237398_at (転写される遺伝子座)、237547_at (仮想タンパク質LOC728730)、237679_at (トリパータイト(tripartite)モチーフ−含有66)、238267_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239026_x_at (センタウリン、ガンマ3)、239463_at (転写される遺伝子座)、239756_at (MAD1有糸分裂停止欠損−様1(酵母))、240039_at (転写される遺伝子座///転写される遺伝子座)、240147_at (仮想タンパク質MGC11257)、240517_at (シスタチオニン−ベータ−シンターゼ)、241270_at (ロンボイド5ホモログ2(Drosophila))、241431_at、242365_at (コイルド−コイルドメイン含有32)、243297_at (液胞タンパク質選別13ホモログD(S. cerevisiae))、243497_at (転写される遺伝子座)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)、43934_at (Gタンパク質−共役受容体137)の遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、トランスクリプトームのバイオマーカー(TBB−II)。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを検出することが、心筋炎及び心筋障害の診断となることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
- 遺伝子配列のうち少なくとも10個と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを細胞又は患者で検出することが、心筋炎、特発性心筋症、心疾患及びこれらの障害の診断となることを特徴とする、請求項12に記載のトランスクリプトームのバイオマーカー。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%、2%、5%、10%のレベル変調されることを特徴とする、請求項12又は13に記載のトランスクリプトームのバイオマーカー。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%変調されることを特徴とする、請求項12又は13に記載のトランスクリプトームのバイオマーカー。
- 前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%変調されることを特徴とする、請求項12又は13に記載のトランスクリプトームのバイオマーカー。
- 1552419_s_at (チューブリンチロシンリガーゼ−様ファミリー、メンバー10)、1553212_at (ケラチン78)、1555124_at (仮想タンパク質MGC40574)、1556192_x_at (転移抑制因子1)、1556320_at (ストマチン(EPB72)−様1)、1556510_at (CDNA クローン IMAGE:4796864)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567410_at (ジンクフィンガータンパク質135)、1568513_x_at (プロテアーゼ、セリン、1(トリプシン1))、1570408_at (セリン/スレオニンキナーゼ24(STE20ホモログ、酵母)、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、204581_at (CD22分子、ミエリン関連糖タンパク質)、205586_x_at (神経成長因子で誘導可能なVGF)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、207004_at (B−細胞 CLL/リンパ腫2)、210059_s_at (分裂促進因子で活性化されるタンパク質キナーゼ13)、210228_at (コロニー刺激因子2(顆粒球−マクロファージ))、210384_at (タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ2)、210923_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー1(グルタミン酸輸送体)、メンバー7)、211024_s_at (甲状腺転写因子1///甲状腺転写因子1)、211062_s_at (カルボキシペプチダーゼZ///カルボキシペプチダーゼZ)、211096_at (プレ−B−細胞白血病転写因子2)、211181_x_at (runt−関連転写因子1(急性骨髄性白血病1 ; aml1 癌遺伝子))、211710_x_at (リボソームタンパク質L4///リボソームタンパク質L4)、213096_at (膜貫通及びコイルド−コイルドメインファミリー2)、213121_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド(RNP抗原))、213242_x_at (KIAA0284)、213568_at (オッド−スキップド(odd−skipped)関連2(Drosophila))、213770_at ras1のキナーゼ抑制因子(214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、216116_at (SH3ドメインを有するNCK相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、216820_at、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217180_at (KIAA0187遺伝子産物に類似する仮想タンパク質)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、217430_x_at (コラーゲン、I型、アルファ1)、219070_s_at (モータイル・スパーム(motile sperm)ドメイン含有3)、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、221663_x_at (ヒスタミン受容体H3)、221684_s_at (ニクタロピン(Nyctalopin))、223974_at (仮想タンパク質MGC11082)、226640_at (ジアシルグリセロールリパーゼベータ)、228074_at (仮想タンパク質LOC162073)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229257_at (KIAA1856タンパク質)、229335_at (免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C)、229358_at (インディアンヘッジホッグホモログ(Drosophila))、230341_x_at (トロンボスポンジン1型モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、10)、230693_at (ATPアーゼ、Ca++輸送、心筋、速筋1)、230768_at (FERM、RhoGEF及びプレクストリンドメインタンパク質2)、231510_at (GLI−クルッペル(Kruppel)ファミリーメンバーGLI2)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、231998_at、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、234637_at (ケラチン関連タンパク質4−5)、234881_at、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235600_at (転写される遺伝子座)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、237087_at (染色体14オープンリーディングフレーム105)、237144_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質3)、237398_at (転写される遺伝子座)、237547_at (仮想タンパク質LOC728730)、237679_at (トリパータイト(tripartite)モチーフ−含有66)、238267_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239026_x_at (センタウリン、ガンマ3)、239463_at (転写される遺伝子座)、239756_at (MAD1有糸分裂停止欠損−様1(酵母))、240039_at (転写される遺伝子座///転写される遺伝子座)、240147_at (仮想タンパク質MGC11257)、240517_at (シスタチオニン−ベータ−シンターゼ)、241270_at (ロンボイド5ホモログ2(Drosophila))、241431_at、242365_at (コイルド−コイルドメイン含有32)、243297_at (液胞タンパク質選別13ホモログD(S. cerevisiae))、243497_at (転写される遺伝子座)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)、43934_at (Gタンパク質−共役受容体137)の核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、バイオチップ。
- 1552419_s_at (チューブリンチロシンリガーゼ−様ファミリー、メンバー10)、1553212_at (ケラチン78)、1555124_at (仮想タンパク質MGC40574)、1556192_x_at (転移抑制因子1)、1556320_at (ストマチン(EPB72)−様1)、1556510_at (CDNA クローン IMAGE:4796864)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567410_at (ジンクフィンガータンパク質135)、1568513_x_at (プロテアーゼ、セリン、1(トリプシン1))、1570408_at (セリン/スレオニンキナーゼ24(STE20ホモログ、酵母)、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、204581_at (CD22分子、ミエリン関連糖タンパク質)、205586_x_at (神経成長因子で誘導可能なVGF)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、207004_at (B−細胞 CLL/リンパ腫2)、210059_s_at (分裂促進因子で活性化されるタンパク質キナーゼ13)、210228_at (コロニー刺激因子2(顆粒球−マクロファージ))、210384_at (タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ2)、210923_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー1(グルタミン酸輸送体)、メンバー7)、211024_s_at (甲状腺転写因子1///甲状腺転写因子1)、211062_s_at (カルボキシペプチダーゼZ///カルボキシペプチダーゼZ)、211096_at (プレ−B−細胞白血病転写因子2)、211181_x_at (runt−関連転写因子1(急性骨髄性白血病1 ; aml1 癌遺伝子))、211710_x_at (リボソームタンパク質L4///リボソームタンパク質L4)、213096_at (膜貫通及びコイルド−コイルドメインファミリー2)、213121_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド(RNP抗原))、213242_x_at (KIAA0284)、213568_at (オッド−スキップド(odd−skipped)関連2(Drosophila))、213770_at ras1のキナーゼ抑制因子(214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、216116_at (SH3ドメインを有するNCK相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、216820_at、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217180_at (KIAA0187遺伝子産物に類似する仮想タンパク質)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、217430_x_at (コラーゲン、I型、アルファ1)、219070_s_at (モータイル・スパーム(motile sperm)ドメイン含有3)、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、221663_x_at (ヒスタミン受容体H3)、221684_s_at (ニクタロピン(Nyctalopin))、223974_at (仮想タンパク質MGC11082)、226640_at (ジアシルグリセロールリパーゼベータ)、228074_at (仮想タンパク質LOC162073)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229257_at (KIAA1856タンパク質)、229335_at (免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C)、229358_at (インディアンヘッジホッグホモログ(Drosophila))、230341_x_at (トロンボスポンジン1型モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、10)、230693_at (ATPアーゼ、Ca++輸送、心筋、速筋1)、230768_at (FERM、RhoGEF及びプレクストリンドメインタンパク質2)、231510_at (GLI−クルッペル(Kruppel)ファミリーメンバーGLI2)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、231998_at、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、234637_at (ケラチン関連タンパク質4−5)、234881_at、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235600_at (転写される遺伝子座)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、237087_at (染色体14オープンリーディングフレーム105)、237144_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質3)、237398_at (転写される遺伝子座)、237547_at (仮想タンパク質LOC728730)、237679_at (トリパータイト(tripartite)モチーフ−含有66)、238267_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239026_x_at (センタウリン、ガンマ3)、239463_at (転写される遺伝子座)、239756_at (MAD1有糸分裂停止欠損−様1(酵母))、240039_at (転写される遺伝子座///転写される遺伝子座)、240147_at (仮想タンパク質MGC11257)、240517_at (シスタチオニン−ベータ−シンターゼ)、241270_at (ロンボイド5ホモログ2(Drosophila))、241431_at、242365_at (コイルド−コイルドメイン含有32)、243297_at (液胞タンパク質選別13ホモログD(S. cerevisiae))、243497_at (転写される遺伝子座)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)、43934_at (Gタンパク質−共役受容体137)を含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む各遺伝子配列に特異的であることを特徴とする、抗体又はアプタマー。
- 1553212_at (ケラチン78)、1557236_at (アポリポプロテインL)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、212920_at、213242_x_at (KIAA0284)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、213770_at (ras1のキナーゼ抑制因子)、214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、233765_at (仮想LOC197135)、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、236953_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239463_at (転写される遺伝子座)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)及び244042_x_atを含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、バイオマーカー(TBB−III)。
- 前記核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを検出することが、心筋炎及び心筋障害の診断となることを特徴とする、請求項20に記載のバイオマーカー(TBB−III)。
- 核酸配列のうち少なくとも10個と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを細胞又は患者で検出することが、心筋炎、特発性心筋症、心疾患及びこれらの障害の診断となることを特徴とする、請求項20に記載のバイオマーカー(TBB−III)。
- 前記核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%、2%、5%、10%のレベル過剰発現されることを特徴とする、請求項20又は22に記載のバイオマーカー(TBB−III)。
- 前記核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%過剰発現されることを特徴とする、請求項20又は22に記載のバイオマーカー(TBB−III)。
- 前記核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%過剰発現されることを特徴とする、請求項20又は22に記載のバイオマーカー(TBB−III)。
- 1553145_at (仮想タンパク質 FLJ39653)、1553575_at、1557236_at (アポリポプロテインL、6)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1560752_at (F−ボックス及びWD−40ドメインタンパク質2)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、200068_s_at (カルネキシン///カルネキシン)、201031_s_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、202646_s_at (コールドショックドメイン含有E1、RNA結合)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206188_at (ジンクフィンガータンパク質623)、212637_s_at (WWドメイン含有E3ユビキチンタンパク質リガーゼ1)、212920_at、213317_at (塩素細胞内チャネル5)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、217870_s_at (シチジル酸キナーゼ)、218087_s_at (ソルビン及びSH3ドメイン含有1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、223577_x_at (PRO1073タンパク質)、224321_at (EGF−様及び2つのフォリスタチン−様ドメインを有する膜貫通タンパク質2)、224373_s_at (IQモチーフ及びWDリピート1)、224644_at (CDNA クローン IMAGE:5278517)、226173_at (オルニチンアミノトランスフェラーゼ−様1)、226773_at (CDNA FLJ35131 fis、クローン PLACE6008824)、226880_at (核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1)、228980_at (リングフィンガー及びFYVE−様ドメイン含有1)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231735_s_at (PRO1073タンパク質)、233765_at (仮想LOC197135)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236131_at (CDNA クローン IMAGE:6622963)、236953_s_at (RIKEN cDNA 8030451K01に類似)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、240971_x_at (カリン(Cullin)4A)、244042_x_at ((タザロテンで誘導される)レチノイン酸受容体レスポンダー2に類似)を含むトランスクリプトームを利用するバイオマーカー−I(TBB−I)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む核酸配列/生体分子の分子的特徴を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、特発性心筋症と、心筋炎とを鑑別するステップとを含むことを特徴とする、心筋炎の診断方法。
- 前記バイオマーカーは、生物学的試料から得られる核酸を単離することによって患者から同定されることを特徴とする、請求項26に記載の方法。
- 前記核酸は前記バイオチップにハイブリダイズされ、マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの生の強度測定値が標準化され、遺伝子発現の表現型特異的な相違が同定されることを特徴とする、請求項27に記載の方法。
- 前記遺伝子発現の相違は、有意性がq値で定義され、多重比較がp値の調整を含む、マイクロアレイの有意性解析によって同定されることを特徴とする、請求項28に記載の方法。
- 得られるデータの約66%を含むトレーニング用セットで分類指標を作成し、その後、得られるデータの約33%が含まれるテスト用セットで検証し、分類のための表現型特異的最短収縮重心法で定義することで表現型の特異度が同定されることを特徴とする、請求項29に記載の方法。
- 前記表現型特異的最短収縮重心法は、トレーニング用セットでの10回の交差確認について平均化することを含むことを特徴とする、請求項30に記載の方法。
- 1552419_s_at (チューブリンチロシンリガーゼ−様ファミリー、メンバー10)、1553212_at (ケラチン78)、1555124_at (仮想タンパク質MGC40574)、1556192_x_at (転移抑制因子1)、1556320_at (ストマチン(EPB72)−様1)、1556510_at (CDNA クローン IMAGE:4796864)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567410_at (ジンクフィンガータンパク質135)、1568513_x_at (プロテアーゼ、セリン、1(トリプシン1))、1570408_at (セリン/スレオニンキナーゼ24(STE20ホモログ、酵母)、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、204581_at (CD22分子、ミエリン関連糖タンパク質)、205586_x_at (神経成長因子で誘導可能なVGF)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、207004_at (B−細胞 CLL/リンパ腫2)、210059_s_at (分裂促進因子で活性化されるタンパク質キナーゼ13)、210228_at (コロニー刺激因子2(顆粒球−マクロファージ))、210384_at (タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ2)、210923_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー1(グルタミン酸輸送体)、メンバー7)、211024_s_at (甲状腺転写因子1///甲状腺転写因子1)、211062_s_at (カルボキシペプチダーゼZ///カルボキシペプチダーゼZ)、211096_at (プレ−B−細胞白血病転写因子2)、211181_x_at (runt−関連転写因子1(急性骨髄性白血病1 ; aml1 癌遺伝子))、211710_x_at (リボソームタンパク質L4///リボソームタンパク質L4)、213096_at (膜貫通及びコイルド−コイルドメインファミリー2)、213121_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド(RNP抗原))、213242_x_at (KIAA0284)、213568_at (オッド−スキップド(odd−skipped)関連2(Drosophila))、213770_at ras1のキナーゼ抑制因子(214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、216116_at (SH3ドメインを有するNCK相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、216820_at、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217180_at (KIAA0187遺伝子産物に類似する仮想タンパク質)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、217430_x_at (コラーゲン、I型、アルファ1)、219070_s_at (モータイル・スパーム(motile sperm)ドメイン含有3)、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、221663_x_at (ヒスタミン受容体H3)、221684_s_at (ニクタロピン(Nyctalopin))、223974_at (仮想タンパク質MGC11082)、226640_at (ジアシルグリセロールリパーゼベータ)、228074_at (仮想タンパク質LOC162073)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229257_at (KIAA1856タンパク質)、229335_at (免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C)、229358_at (インディアンヘッジホッグホモログ(Drosophila))、230341_x_at (トロンボスポンジン1型モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、10)、230693_at (ATPアーゼ、Ca++輸送、心筋、速筋1)、230768_at (FERM、RhoGEF及びプレクストリンドメインタンパク質2)、231510_at (GLI−クルッペル(Kruppel)ファミリーメンバーGLI2)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、231998_at、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、234637_at (ケラチン関連タンパク質4−5)、234881_at、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235600_at (転写される遺伝子座)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、237087_at (染色体14オープンリーディングフレーム105)、237144_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質3)、237398_at (転写される遺伝子座)、237547_at (仮想タンパク質LOC728730)、237679_at (トリパータイト(tripartite)モチーフ−含有66)、238267_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239026_x_at (センタウリン、ガンマ3)、239463_at (転写される遺伝子座)、239756_at (MAD1有糸分裂停止欠損−様1(酵母))、240039_at (転写される遺伝子座///転写される遺伝子座)、240147_at (仮想タンパク質MGC11257)、240517_at (シスタチオニン−ベータ−シンターゼ)、241270_at (ロンボイド5ホモログ2(Drosophila))、241431_at、242365_at (コイルド−コイルドメイン含有32)、243297_at (液胞タンパク質選別13ホモログD(S. cerevisiae))、243497_at (転写される遺伝子座)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)、43934_at (Gタンパク質−共役受容体137)を含むトランスクリプトームを利用するバイオマーカー−II(TBB−II)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む核酸配列/生体分子の分子的特徴を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、心疾患又は心筋炎を診断するステップとを含むことを特徴とする、心疾患又は心筋炎を診断する方法。
- 前記分子的特徴は、生物学的試料から得られる核酸を単離することによって患者から同定されることを特徴とする、請求項32に記載の方法。
- 前記核酸は前記バイオチップにハイブリダイズされ、マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの生の強度測定値が標準化され、遺伝子発現の表現型特異的な相違が同定されることを特徴とする、請求項32に記載の方法。
- 前記遺伝子発現の相違は、有意性がq値で定義され、多重比較がp値の調整を含む、マイクロアレイの有意性解析によって同定されることを特徴とする、請求項34に記載の方法。
- 得られるデータの約66%を含むトレーニング用セットで分類指標を作成し、その後、得られるデータの約33%が含まれるテスト用セットで検証し、分類のための表現型特異的最短収縮重心法で定義することで表現型の特異度が同定されることを特徴とする、請求項35に記載の方法。
- 前記表現型特異的最短収縮重心法は、トレーニング用セットでの10回の交差確認について平均化することを含むことを特徴とする、請求項36に記載の方法。
- 1553212_at (ケラチン78)、1557236_at (アポリポプロテインL)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、212920_at、213242_x_at (KIAA0284)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、213770_at (ras1のキナーゼ抑制因子)、214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、233765_at (仮想LOC197135)、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、236953_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239463_at (転写される遺伝子座)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)及び244042_x_atを含むトランスクリプトームを利用するバイオマーカー−III(TBB−III)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む核酸配列/生体分子の分子的特徴を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、心疾患又は心筋炎を診断するステップとを含むことを特徴とする、心疾患又は心筋炎を診断する方法。
- 前記分子的特徴は、生物学的試料から得られる核酸を単離することによって患者から同定されることを特徴とする、請求項38に記載の方法。
- 前記核酸は前記バイオチップにハイブリダイズされ、マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの生の強度測定値が標準化され、遺伝子発現の表現型特異的な相違が同定されることを特徴とする、請求項39に記載の方法。
- 前記遺伝子発現の相違は、有意性がq値で定義され、多重比較がp値の調整を含む、マイクロアレイの有意性解析によって同定されることを特徴とする、請求項40に記載の方法。
- 得られるデータの約66%を含むトレーニング用セットで分類指標を作成し、その後、得られるデータの約33%が含まれるテスト用セットで検証し、分類のための表現型特異的最短収縮重心法で定義することで表現型の特異度が同定されることを特徴とする、請求項41に記載の方法。
- 前記表現型特異的最短収縮重心法は、トレーニング用セットでの10回の交差確認について平均化することを含むことを特徴とする、請求項42に記載の方法。
- 前記分子的特徴は、生物学的試料から得られる核酸を単離することによって患者から同定されることを特徴とする、請求項40に記載の方法。
- 前記核酸は前記バイオチップにハイブリダイズされ、マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの生の強度測定値が標準化され、遺伝子発現の表現型特異的な相違が同定されることを特徴とする、請求項44に記載の方法。
- 前記遺伝子発現の相違は、有意性がq値で定義され、多重比較がp値の調整を含む、マイクロアレイの有意性解析によって同定されることを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 得られるデータの約66%を含むトレーニング用セットで分類指標を作成し、その後、得られるデータの約33%が含まれるテスト用セットで検証し、分類のための表現型特異的最短収縮重心法で定義することで表現型の特異度が同定されることを特徴とする、請求項46に記載の方法。
- 前記表現型特異的最短収縮重心法は、トレーニング用セットでの10回の交差確認について平均化することを含むことを特徴とする、請求項47に記載の方法。
- 1553212_at (ケラチン78)、1557236_at (アポリポプロテインL)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、212920_at、213242_x_at (KIAA0284)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、213770_at (ras1のキナーゼ抑制因子)、214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、233765_at (仮想LOC197135)、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、236953_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239463_at (転写される遺伝子座)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)及び244042_x_atのトランスクリプトームを利用するバイオマーカー−I(TBB−I)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、キット。
- バイオチップが、前記トランスクリプトームを利用するバイオマーカーと、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、請求項49に記載のキット。
- 1552419_s_at (チューブリンチロシンリガーゼ−様ファミリー、メンバー10)、1553212_at (ケラチン78)、1555124_at (仮想タンパク質MGC40574)、1556192_x_at (転移抑制因子1)、1556320_at (ストマチン(EPB72)−様1)、1556510_at (CDNA クローン IMAGE:4796864)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567410_at (ジンクフィンガータンパク質135)、1568513_x_at (プロテアーゼ、セリン、1(トリプシン1))、1570408_at (セリン/スレオニンキナーゼ24(STE20ホモログ、酵母)、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、204581_at (CD22分子、ミエリン関連糖タンパク質)、205586_x_at (神経成長因子で誘導可能なVGF)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、207004_at (B−細胞 CLL/リンパ腫2)、210059_s_at (分裂促進因子で活性化されるタンパク質キナーゼ13)、210228_at (コロニー刺激因子2(顆粒球−マクロファージ))、210384_at (タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ2)、210923_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー1(グルタミン酸輸送体)、メンバー7)、211024_s_at (甲状腺転写因子1///甲状腺転写因子1)、211062_s_at (カルボキシペプチダーゼZ///カルボキシペプチダーゼZ)、211096_at (プレ−B−細胞白血病転写因子2)、211181_x_at (runt−関連転写因子1(急性骨髄性白血病1 ; aml1 癌遺伝子))、211710_x_at (リボソームタンパク質L4///リボソームタンパク質L4)、213096_at (膜貫通及びコイルド−コイルドメインファミリー2)、213121_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド(RNP抗原))、213242_x_at (KIAA0284)、213568_at (オッド−スキップド(odd−skipped)関連2(Drosophila))、213770_at ras1のキナーゼ抑制因子(214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、216116_at (SH3ドメインを有するNCK相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、216820_at、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217180_at (KIAA0187遺伝子産物に類似する仮想タンパク質)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、217430_x_at (コラーゲン、I型、アルファ1)、219070_s_at (モータイル・スパーム(motile sperm)ドメイン含有3)、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、221663_x_at (ヒスタミン受容体H3)、221684_s_at (ニクタロピン(Nyctalopin))、223974_at (仮想タンパク質MGC11082)、226640_at (ジアシルグリセロールリパーゼベータ)、228074_at (仮想タンパク質LOC162073)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229257_at (KIAA1856タンパク質)、229335_at (免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C)、229358_at (インディアンヘッジホッグホモログ(Drosophila))、230341_x_at (トロンボスポンジン1型モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、10)、230693_at (ATPアーゼ、Ca++輸送、心筋、速筋1)、230768_at (FERM、RhoGEF及びプレクストリンドメインタンパク質2)、231510_at (GLI−クルッペル(Kruppel)ファミリーメンバーGLI2)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、231998_at、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、234637_at (ケラチン関連タンパク質4−5)、234881_at、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235600_at (転写される遺伝子座)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、237087_at (染色体14オープンリーディングフレーム105)、237144_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質3)、237398_at (転写される遺伝子座)、237547_at (仮想タンパク質LOC728730)、237679_at (トリパータイト(tripartite)モチーフ−含有66)、238267_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239026_x_at (センタウリン、ガンマ3)、239463_at (転写される遺伝子座)、239756_at (MAD1有糸分裂停止欠損−様1(酵母))、240039_at (転写される遺伝子座///転写される遺伝子座)、240147_at (仮想タンパク質MGC11257)、240517_at (シスタチオニン−ベータ−シンターゼ)、241270_at (ロンボイド5ホモログ2(Drosophila))、241431_at、242365_at (コイルド−コイルドメイン含有32)、243297_at (液胞タンパク質選別13ホモログD(S. cerevisiae))、243497_at (転写される遺伝子座)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)、43934_at (Gタンパク質−共役受容体137)のトランスクリプトームを利用するバイオマーカー−II(TBB−II)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、キット。
- 1553212_at (ケラチン78)、1557236_at (アポリポプロテインL)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、212920_at、213242_x_at (KIAA0284)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、213770_at (ras1のキナーゼ抑制因子)、214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、233765_at (仮想LOC197135)、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、236953_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239463_at (転写される遺伝子座)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)及び244042_x_atのトランスクリプトームを利用するバイオマーカー−III(TBB−III)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、キット。
- 1553212_at (ケラチン78)、1557236_at (アポリポプロテインL)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、212920_at、213242_x_at (KIAA0284)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、213770_at (ras1のキナーゼ抑制因子)、214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、233765_at (仮想LOC197135)、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、236953_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239463_at (転写される遺伝子座)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)及び244042_x_atを含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とのそれぞれに特異的であることを特徴とする、抗体又はアプタマー。
- 1553212_at (ケラチン78)、1557236_at (アポリポプロテインL)、1558142_at (トリヌクレオチドリピート含有6B)、1558484_s_at (富ロイシンリピート含有27)、1565614_at (ジンクフィンガータンパク質337)、1565662_at (ムチン6、オリゴマー粘液/ゲル形成)、1567100_at (ダックスフントホモログ1 (Drosophila))、203307_at (グアニンヌクレオチド結合タンパク質−様1)、205758_at (CD8a分子///CD8a分子)、206333_at (ムサシホモログ1 (Drosophila))、212920_at、213242_x_at (KIAA0284)、213619_at (ヘテロ核リボヌクレオタンパク質H1(H))、213770_at (ras1のキナーゼ抑制因子)、214171_s_at (U2低分子核内RNA補助因子2)、215443_at (甲状腺刺激ホルモン受容体)、216198_at (活性化転写因子7相互作用タンパク質)、216427_at (CDNA: FLJ22786 fis、クローン KAIA2150)、217054_at (CDNA FLJ39484 fis、クローン PROST2014925)、217182_at (ムチン5AC、オリゴマー粘液/ゲル形成)、217322_x_at、219425_at (スルホトランスフェラーゼファミリー4A、メンバー1)、222145_at (CDNA:FLJ23572 fis、クローンLNG12403)、229191_at (チューブリン折畳共同因子D)、229569_at (CDNA クローン IMAGE:5263455)、231629_x_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ3)、233765_at (仮想LOC197135)、233794_at (一本鎖DNA結合タンパク質3)、233974_s_at (配列類似性を有するファミリー129、メンバーB)、234495_at (カリクレイン−関連ペプチダーゼ15)、235568_at (染色体19オープンリーディングフレーム59)、235803_at (サイトカイン受容体−様因子3)、236496_at (精原細胞変性(degenerative spermatocyte)ホモログ2、脂質デサチュラーゼ(desaturase)(Drosophila))、236953_s_at、238445_x_at (マンノシル(アルファ−1,6−)−糖タンパク質ベータ−1,6−N−アセチル−グルコサミニルトランスフェラーゼ、アイソザイムB)、239463_at (転写される遺伝子座)、240544_at (ジンクフィンガー、AN1−型ドメイン3)、243766_s_at (TEAドメインファミリーメンバー2)及び244042_x_atを含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、バイオチップ。
- TBB−I、TBB−II又はTBB−IIIから選択される生体分子のうち、いずれか1種類又は2種類以上を発現することを特徴とする、細胞。
- TBB−I、TBB−II又はTBB−IIIから選択される生体分子のうち、いずれか1種類又は2種類以上をエンコードすることを特徴とする、ベクター。
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