JP2010511382A - 癌関連タンパク質キナーゼ - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、米国特許商標局に2006年12月1日に出願し、かつ正式に識別番号US60/868,173が割り当てられた“癌関連タンパク質キナーゼ"の出願についての優先権の利益に言及かつ主張する。2006年12月1日に出願した前記出願の内容は、任意の要素の包含、もしくは本出願に含まていないPCT規則4.18を準用するPCT規則20.5(a)で言及される明細書、特許請求の範囲または図面の一部を含むことにおいて、参照として本出願に包含される。
最近、2つの独立したグループが、EGFRキナーゼドメインのATP結合ポケットの周辺に密集した変異の同定を記載し、かつ主としてイレッサ応答性の肺癌患者において発生することを立証した(Lynch,T. J.等、N.Eng.J Med.350、2129‐2139 (2004);Paez,J.G.等、Science 304、1497‐1500(2004))。
(ii)AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ABL1 P829L、ABL1 S991L、ACK1 P725L、ACK1 R1038H、ALK K1491R、ALK D1529E、ARG K959R、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 E745D、CCK4 A777V、CCK4 S795R、CSF1R H362R、EGFR R521K、EPHA1 A160V、EPHA1 V900M、EPHA1 S936L、EPHA10 L629P、EPHA10 V645I、EPHA10 G749E、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHA3 R914H、EPHA3 W924R、EPHA7 I138V、EPHB2 P128A、EPHB3 R514Q、EPHB4 P231S、EPHB6 G107S、EPHB6 S309A、FAK T416fsX、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、FGFR1 V427_T428del、FGFR2 M71T、FGFR2 H199_Q247del、FGFR3 T311_Q422del、FGFR4 V10I、FGFR4 L136P、FGFR4 G388R、FLT3 M227T、FRK G122R、FYN D506E、HER2 I655V、HER2 R1161Q、HER2 P1170A、HER3 S1119C、JAK2 L393V、JAK3 P132T、JAK3 P151R、JAK3 V722I、LMTK2 P30A、LMTK2 L780M、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、MER V870I、MET N375S、MET R988C、MET T1010I、MET V1238I、NTRK1 H604Y、NTRK1 G613V、NTRK1 R780Q、NTRK2 D466fsx14、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins16、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB P345S、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、PYK2 K838T、PYK2 V739_R780del、RET D489N、RET G691S、RET R982C、RON N440S、RON R523Q、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON Y884_Q932del、RON R813_C814insQ、RON R1335G、ROR1 M518T、ROR2 T245A、ROR2 V819I、ROS T145P、ROS R167Q、ROS I537M、ROS S1109L、ROS D2213N、ROS K2228Q、ROS S2229C、ROS C76fsX、RYK N96S、RYK F516L、STYK G204S、TEK P346Q、TEK V486I、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598V、TNK1 M598fsX5、TXK R63C、TXK R336Q、TXK Y414fsX15、TYK2 V362F、TYK2 G363S、TYK2 I684S、TYK2 E971fsX67、TYRO3 I346N、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 V297I、VEGFR2 Q472H、VEGFR2 C482R、VEGFR2 P1147S、VEGFR3 Q890H、VEGFR3 R1321Q、ZAP70 K186fsX、およびZAP70 P296_S301delのうちの少なくとも1つの交互変化を含む、AATYK (AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、CCK4、CSFR1、EGFR、EPHA1、EPHA10、EPHA2、EPHA3、EPHA7、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、JAK2、JAK3、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、STYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼ変異体の核酸標的領域と、ハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップを含む。プローブは変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体、それらの断片をコードする核酸配列、または配列および断片の相補体を含む、および(b)プローブの存在または量の検出:標的領域へのハイブリッドは疾患を示唆する。
本発明は、変化したキナーゼポリペプチド、このようなポリペプチドをコードする核酸、このような核酸を含む細胞、このようなポリペプチドに対する抗体、このようなポリペプチドを利用するアッセイ、および上記に関連した方法に関連する。本発明は、ヒト悪性腫瘍に関与する変異キナーゼポリペプチドおよびキナーゼ変異体の同定に基づく。本発明のポリペプチドおよび核酸は、所定の配列が本明細書中に示される場合、既知の、および標準的な合成技術を用いて産生し得る。
上記で述べたように、本発明は変異体タンパク質キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子にも関連する。いくつかの態様において、変異体タンパク質キナーゼポリペプチドは、AATYK (AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70のうちの一つである。これらの変異体キナーゼは、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの1つ以上の変異を含む。
本発明の核酸分子は、変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体の同定およびクローニングを容易にするためのハイブリダイゼーションプローブの設計、変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体のクローニングを容易にするためのPCRプローブの設計、変異キナーゼポリペプチドおよびキナーゼ変異体に対する抗体の獲得、ならびにアンチセンスオリゴヌクレオチドの設計にも有用である。
本発明はさらに、上記で詳細に説明された本発明による核酸分子を含む組換え細胞または組織について述べる。
本発明の変異キナーゼポリペプチドは、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択され得、ならびにAATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含み得、ならびに単離、濃縮または精製され得る。
変異キナーゼポリペプチドがAATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択され、およびAATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチド、もしくはドメインまたはそれらの断片にのみ特異的な結合親和性を有する抗体も本発明に包含される。
一態様において、本発明は、FGFR4、FGFR1、TYRO3、TEC、CSKおよびAck1のうちの一つのタンパク質キナーゼポリペプチドの変異体をコードする核酸分子の単離、濃縮または精製に関連する。
本開示では、本発明の変異体タンパク質キナーゼポリペプチドまたはタンパク質キナーゼポリペプチド変異体の活性を調節することができる化合物を同定する方法も包含される。前記変異キナーゼポリペプチドまたはタンパク質キナーゼ変異体は、上記で詳細に述べたものから選択される。
VIII.本発明の分子の使用方法
本明細書で述べる化合物はそれ自体がヒト患者に投与することができ、または医薬組成物においては他の有効な成分と、併用療法においては、もしくは担体または賦形剤と混合される。即時適用の化合物の剤形および投与に対する技術は、「Remington’s Medical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton、PA,最新版」で見つけることができる。例示的な経路は、経口、経皮、非経口配送を含むが、これらに限定されない。
さらにこの阻害剤は、HCC細胞株対非癌性細胞株HEK293に、非常に強い抗増殖性効果を表した(図示せず、LD50>50マイクロモル、図16も参照)。ゆえにFGFR4活性は、HCCの正常から腫瘍への進行に貢献し、かつ薬理学的介入に実行可能な標的であり得ると仮定される。
変異(すべて体細胞性起源)
→L89R AGS(ヘテロ接合性)、プレクストリン相同性ドメインにおける変異
→W531R Jurkat(ホモ接合型)、キナーゼドメインにおける変異
→P587L NCI‐H661(ヘテロ接合性)、キナーゼドメインにおける変異
R563K 公開されている体細胞性変化
活性化Cdc42関連キナーゼ1としても知られているAck1は、癌の進行に関係する非受容体チロシンキナーゼである。Singapore OncoGenome programmeによって始められた配列解析の試みによって、腎臓癌株A498の985番目のアミノ酸の、セリンからアスパラギンへのホモ接合型アミノ酸変化をもたらす、一塩基変異が同定された。Hek293細胞における試験管内ユビキチン化アッセイは、985番目のセリンからアスパラギンへの変異は、ユビキチン化に感受性が低い安定したタンパク質をもたらすことを示す(図22)。
細胞外ドメインFGFR4 Y367C内で同定された体細胞性変異FGFR4 Y367Cは、受容体の二量体化により受容体の活性化をおそらく増強する。新規FGFR4 Y367C変異は乳癌細胞株MDA‐MB‐453におけるホモ接合型遺伝子型として検出され、および細胞外膜近傍ドメインにおいて影響を受けたY367残基は、FGFRファミリーを通して高度に保存されている。特に、FGFR1(Y372C)、FGFR2(Y375C)およびFGFR3 (Y373C)における相同的置換は、受容体の二量体化および活性化を強制する分子間ジスルフィド結合の形成を通じて、種々の骨原性欠損症候群を引き起こすことが示されている(Wilkie,A.O.,Cytokine Growth Factor Rev 16:187‐203(2005))。リガンド非依存的、恒常的受容体活性化は、FGFR1 Y372C(White,K.E.等、Am J Hum Genet 76:361‐367(2005))およびFGFR3 Y373C(d‘Avis,P.Y.等、Cell Growth Differ; 9:71‐78(1998))について、試験管内で確認されている。さらに、FGFR3 Y373C変異体の発癌能が立証され、かつ複合的な骨髄腫の腫瘍進行に貢献していることが示唆された〔Chesi,M.,Blood,97:729‐736(2001)〕。したがって、相同的FGFR4変異体としてのY367Cは、基本的な受容体の活性化ももたらし、癌においてこの変異体が重要な役割をすることを強く意味する可能性が高い。
FGFR1 P252Sは、リガンド結合に影響することによる受容体の活性化を導き得る。
本発明者は、黒色腫細胞株MeWoにおいて親水性のセリンにヘテロ接合性交換されていることが見出されている、高度に保存されたFGFR1 P252残基が、肺癌においてスレオニンに(Davies,H.等、Cancer Res;65:7591‐7595(2005))、およびパイフェル症候群の患者においてアルギニンに(Muenke,M.等、Nat Genet;8:269‐274(1994))置換されていることを、以前に示した。相同的活性化FGFR2変異体である、FGFR2 P252Rの結晶構造は、複合体化繊維芽細胞増殖因子2(FGF2)との、3つのさらなる水素結合の形成を明らかにした。これらは受容体自身の特異的リガンドとの親和性を増加し、かつ異なるセットのリガンドとの結合を可能にすると予想された(Ibrahimi,O.A.等、Proc Natl Acad Sci USA;98:7182‐7187(2001))。FGFR1中のP252−置換セリン残基の水酸基は、さらなる水素結合を形成する高い可能性も有するが、体細胞性FGFR1 P252S置換は、類似の機能的結果に関する機能獲得変異FGFR2 P252Rを表し得る。これは、FGFR1またはbFGF機能の妨害は、黒色腫細胞の増殖および生存の抑制と関連することを証明する研究との関連で、特に魅力的である(Wang,Y,&Becker,D.,Nat Med; 3:887‐893(1997))。
大腸癌細胞株 DLD−lおよびHCT−15で検出された、ヘテロ接合性CSK Q26Xナンセンス置換は、ヒト大腸癌の60%のケースにおいて、SRC活性の上昇が報告されている、SRC-ファミリーキナーゼの負の制御因子のタンパク質レベルの減少と一致する(Rengifo‐Cam,W.等、Oncogene;23:289‐297(2004))。これらのデータは、大腸細胞癌の発生および/または進行におけるCSKナンセンス変異の顕著な役割を意味し、かつ、そのため、この一般的な悪性腫瘍の治療的投薬計画におけるSRCキナーゼ阻害剤の封入を強く示唆する。
原発性浸潤型乳癌のサンプルは、the Department of Pathology of the Technical university of Munich、Germany(H.Hoefler教授)、および the Department of Oncology of the university of Chieti、Italy(S.Iacobelli博士)の保存所より入手した。腫瘍の腎臓組織物および健常組織、ならびに前立腺癌組織は、the Urology Department of the Klinikum Darmstadt、Germany(S.Peter教授)より入手した。異なる個人由来の14種の正常組織(脾臓、精巣、卵巣、腎臓、骨格筋、大腸、前立腺、膀胱、頸部、膵臓、肝臓、脳、肺、胃)のcDNAは、Ambion社より購入した。
全体RNAは、PuissantおよびHoudebineによって記載された方法に従って単離された。
それぞれの細胞株および対照サンプルに対して、全体細胞cDNAが調整され、かつ完全PTKコード領域の増幅および直接配列解析に用いられた。PCR増幅(および配列解析)用のプライマーはプライマー3 プログラム(http://www.genome.wi.mit.edu/cgi‐bin/primer/primer3_www.cgi)を用いて設計された後、Proligo社(Singapore)で合成された。PCR増幅 、265の初期継代細胞株、胎盤および14の正常組織(Ambion社)由来のcDNAについて行った。PCR最適化は、96‐ウェル培養プレートに分注される前に、第一段階では異なる細胞株のcDNAプールと、第二段階では6/8異なる個々の細胞株と行った。直接配列解析は、96キャピラリー自動配列解析装置(AB13730XL)を用いて行った。
配列追跡は、Mutation Surveyor software package (SoftGenetics、State College、PA)を用いて、潜在的なゲノム変化を同定するために、集合および解析された。チロシンキナーゼの遺伝子配列はNCBI参照配列(図24)と共に配列され、および同定された変化は、文献またはNCBI SNP database(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)、Ensemble.Genome.Browser (http://www.ensembl.org)、uniProtKB/Swiss‐Prot database(http://www.expasy.org)、SNP500 Cancer database、およびKinMutBase (http://bioinf.uta.fi/KinMutBase/main_frame.html)などの公共のデータベースと比較した。
解析されたRTKおよびTK遺伝子のコード配列は、NCBI(www.ncbi.gov)で検索された。NCBI受入番号は図28に提供されている。
すべての発現したチロシンキナーゼ遺伝子における非サイレント変化について、広く使用されている腫瘍細胞株を包括的に特徴付けるために、本発明者は、254の確立した癌細胞株の、チロシンキナーゼトランスクリプトーム全体の配列を評価した(図28)。これらの細胞株は、19の異なる組織起源(図1A)、7つの非腫瘍原性細胞株を含む対照、および健常者の異なる器官由来の15の組織に由来する。
上記のデータに基づいて、TKT‐連結体細胞変異および生殖系列多型の絶対数および分布が全部の腫瘍細胞株パネル中で特定された。合計で、59の受容体チロシンキナーゼの全体タンパク質チロシンキナーゼ遺伝子ファミリー、および32の細胞質タンパク質チロシンキナーゼをコードする、72.08MbのcDNA配列が解析された。39.85Mbの逆転写されたmRNAは、得られたcDNAサンプルのいずれもからPCR産物がなかったIRR、MUSK、FGRおよびSRMSを別として、試験された280のサンプル中に表示された、全体タンパク質チロシンキナーゼを表すのに増幅された。この解析と共に、非常に多くのサイレントDNA配列の違い(図示されず、かつ以後解析されない)、および、増幅可能、かつ全てのサンプルの検出可能なTKTを表示する、389の非同義遺伝子変異が同定された。これらの大部分、すなわち359の配列の違いは、アミノ酸変化を引き起こすミスセンス一塩基置換であった一方で、たった2つの体細胞性塩基置換が、翻訳終結コドンの産生をもたらした。さらに、43の欠失および18の挿入を検出した。特に、解析した全てのcDNAサンプルにおいて起こった、NCBIデータベースとの65の配列の違いは、これらの変異体が実質的に遺伝子変異よりも野生型を表し(図示せず)、かつヒトゲノムデータベース中の配列解析エラー、またはデータベース全体が個々の配列変異体を表すという事実によって引き起こされる可能性を強く示す。
さらに、同定されたPTK転写産物変異体の全てのデータは、「Tykiva」(Tyrosine Kinome Variant; http://tykiva.bii.a‐star.edu.sg)と指定したデータベース中にコンパイルした。転写産物変異体は、254の腫瘍細胞株、19の組織起源/腫瘍型、または90のPTK遺伝子のいずれかのそれぞれについて、特異的に検索することができる。体細胞性または生殖系列起源が示され、かつ同じ変異体を有する他の細胞株が参照される。図表の遺伝子表示において、全ての検出した変異体の局在は、参照アミノ酸配列およびSwissProtデータによる予測されるタンパク質ドメイン構造との関連で表示される。随意に、主要な既知のアイソフォームを表示可能なようにするため、これらの例示は、本発明者のデータと、NCBI SNP database10、Ensemble Genome Browser、Swiss‐ProtおよびGenBank databases、KinMutBase、IDbases、および文献からの変異体情報とを相互参照する。したがって、これらはPTK遺伝子における非サイレント遺伝子変異の現在の知識を含む。
上記の体細胞性および生殖系列配列変異体の規定に従って、同定された変化の389のうちの155が、配列多型と分類された。これらは、131のSNPs、16の生殖系列欠失、および8の挿入を含む。これらの特有のタンパク質ドメインにおける全体頻度および局在は、図3Aおよび3Bに要約されている。さらに、個々の腫瘍型または対照サンプルにおけるそれぞれの多型の発生頻度が測定された。発生頻度は従って、所定の配列変異体のキャリアの画分、およびその遺伝子型にかかわらず、対応する遺伝子を発現する、同じ組織起源を有する細胞株の数 (図3Cおよび図35中の数の組)と規定される。発生頻度は従って、本発明者のcDNA解析として取り組まれている、それぞれの遺伝子の発現状況および変化を反映する。
ここ何年間かで、遺伝的な多型がヒトの癌の臨床パラメータに顕著に影響することができることを意味する、より多くの証拠が集積されている。個々の多型の可能な構造的または機能的な意義上の一次情報を提供するために、それぞれのタンパク質配列内の全ての同定された型の配置が本明細書中に示されている。図37では、キナーゼ、膜貫通および膜近傍のドメインを含む、異なるドメインをコードするための、領域における生殖系列変化が表示されている。さらに、所定の多型が見出された組織起源が示されている(BL:膀胱;BS:骨および軟組織;BA:脳;BE:乳房;CV:子宮頸部および外陰部;CO:大腸;EP:子宮内膜および胎盤;HN:頭部および頸部;HL:造血系およびリンパ系;KI:腎臓;LI:肝臓;LU:肺;OV:卵巣;PA:膵臓;PR:前立腺;SK:皮膚; ST:胃;TE:精巣;TY:甲状腺、NO:正常対照サンプル)。
特定の癌の型および/または正常組織における配列多型の差分出現頻度は、腫瘍抑制性または促進効果を意味する。特定の腫瘍型に対するすべての多型の潜在的な関連性に取り組むために、組織型および対照サンプルにおけるこれらの発生頻度を比較した(図3Cおよび図35)。ほんのいくつかの例が図4に示されている。EGFR R521Kについて、正常対照サンプル(55%)、大腸(52%)、および頭部および頸部(69%)腫瘍細胞株のcDNAにおける、EGFR K521対立遺伝子の相対的な過剰出現が検出された(図4A)。これは、明らかに大腸癌および頭部および頸部癌と関連していないEGFR K521アイソタイプの、腫瘍抑制活性の可能性を示している。EGFRリガンドへの減弱した成長応答、EGFR R521発現細胞では起こらない、EGFR K521における癌原遺伝子FOS、JUN、およびMYCの誘導の減少、(Moriai等、 Proc Natl Acad Sci U S A 91:10217‐10221 (1994))、および少なくとも一つのEGFR R521対立遺伝子による、直腸癌患者に対する放射線化学治療処理後の局所再発のリスク増加(Zhang等、 Clin Cancer Res 11:600‐5(2005))は、これらの結論を裏付ける。同様に、TYK2 F362対立遺伝子キャリアの明確な差の発生が、対照組織(31%)または他の腫瘍型(図4B)と比べて、脳(75%)および造血系/リンパ系(67%)由来腫瘍細胞株において観測された。新規多型TNK M598delinsEVRSHxは、対照サンプル(5%)およびいくつかの組織起源の癌細胞において低頻度で見い出されたが、62%の血液由来腫瘍細胞株、55%の皮膚由来腫瘍細胞株、および、より突出して、80%の脳由来腫瘍細胞株で発生した(図4C)。EGFR R521Kとは対照的に、TYK2 F362対立遺伝子の提示不足、および対照サンプルにおけるTNK挿入は、白血病、黒色腫、およびグリオーマにおける腫瘍促進機能との特定の関連性を意味する。EGFR R521K(Zhang等、2005、上記を参照)またはFGFR4 G388R(Bange等、Cancer Res 62:840‐847(2002))に関連して、臨床パラメータとの相関性は、このような不均一に分配された対立遺伝子の多くに、治療値および/または予測値を指定すると予測することができる。
それぞれのタンパク質配列内の遺伝子変異の局在は、構造的および/または機能的な因果関係を示しうる。例えば、細胞質キナーゼTYK2および TXK、TYK2 E971fsX67および TXK Y414fsX15における全体エキソンの読み飛ばしは、チロシンキナーゼドメインにフレームシフトおよび未熟な翻訳終結をもたらし、よって触媒作用の不活性化と関連する可能性がある。触媒作用部位および活性化ループを含む、キナーゼドメインの206アミノ酸を欠落する切断TYK2変異体は、細胞シグナル上に機能阻害効果も強要し得る。興味深いことに、Stoiber等は、TYK2欠損マウスはBおよびTリンパ系白血病を高頻度で発症し、かつ潜伏期の短縮の結果としてTYK2‐/‐NKおよびNKT細胞の細胞毒性能が減少することによって、腫瘍サーベイランスを損なうことを報告した(Stoiber等、J Clin Invest 114:1650‐1658(2004))。自然免疫反応の一部としてのNK活性は、通常腫瘍拒絶反応を仲介し、TYK2機能喪失の有意性は造血悪性腫瘍では制限されないが、他の癌の型にも重要であり得る。この可能性と一致して、TYK2 E971fsX67は、乳房、頸部/膣、大腸、子宮内膜、肺、および膵臓を含む種々の組織由来の癌細胞(図3C)、ならびに33の乳房、前立腺、および腎臓癌臨床標本において検出された。対照細胞株BPH‐1におけるこの発生は、潜在的な生殖系列起源を示唆する。したがって、TYK2 E971fsx67スプライス変異体は、癌患者に対する予想、および治療の決定の裏付けも表し得る。
全ての配列の違いについて、234箇所は対照サンプルまたは公共のデータベースのいずれかにおいて検出不能であったため、体細胞変異と規定された。しかしながら、細胞株特異的な正常組織対照を欠くため、実質的にまれな生殖系列多型を表す可能性は排除できない。体細胞変異は、210のミスセンス、および2つのナンセンス一塩基置換、ならびに19の欠失、および3つの挿入を含む。大部分(186)が1回発生するのに対して、53箇所は2〜5回、および3箇所が6〜10回、腫瘍細胞株で見い出された(図5A)。2回発生する体細胞変異間で、20箇所が同じ腫瘍提供者起源の細胞株において検出された(図24)。これらは単変異と考えられ、したがってこれらを加えて、全体として206の非再発変異発症とした。多型に対して、全ての体細胞性TKT変化は、それぞれのタンパク質ドメインおよび腫瘍型との関連が示されている。さらに、それぞれの組織起源に対する、影響を受けた、および発現陽性細胞株の比率が示されている(図5B、5Cおよび図37)。
EGFRキナーゼドメインにおいてクラスタリングしている体細胞変異(EGFR G719S、L858R、L861Q他)はゲフィチニブ応答性NSCLCの患者について最近報告され、かつチロシンキナーゼ活性を増幅、および試験管内でゲフィチニブに感受性であることが示されたPaez等、 Science 304:1497‐1500(2004);Lynch等、N Engl J Med 350:2129‐2139(2004);Pao等、Proc Natl Acad Sci USA 101:13306‐13311(2004))。本発明者は、EGFR G719S変異が、大腸癌細胞株SW−48においてヘテロ接合性で発現することを見い出した(図5C、図24および図25)。これは、癌におけるNSCLC以外のイレッサ感受性仲介変異の存在を示し、かつ、特に大腸癌におけるゲフィチニブ治療に対する別の潜在的な指標を示唆する。
この点において、本発明者が検出した、BM‐1604、SK‐MEL‐2、MM‐Leh、Caki‐2、およびJurkatにおいて、ホモまたはヘテロ接合性である、弧発性変化FLT3 R849H、TEK A1006T、ABL G417E、ARG K450R、および TEC W531R(図5C)は、その上活性化ループに位置しているため、特に興味深い。推論の結果として、これらの変異は、TK触媒活性および/またはそれぞれの腫瘍細胞株内において関連するシグナリング経路を調節する、高い可能性を有する。
腫瘍抑制活性の下方制御は、本発明者がEPHB2およびCSKにおいて検出した、2つのナンセンス置換と期待され(図5C)。2つの前立腺癌細胞株BM−1604およびDU−145におけるQ722X-仲介切断およびEPHB2のキナーゼ不活性化は、Huusko等によって提案された、前立腺癌の進行に関与する変異性不活性化を裏付ける。これらは、機能的なEPHB2との再構成における、DU‐145細胞の成長の抑制、およびコロニーの形成を示す(Huusko等、Nat Genet 36:979‐983(2004))。大腸癌細胞株DLD‐1およびHCT‐15において検出した、ヘテロ接合性CSK Q26Xナンセンス置換は、SRC活性の上昇と共に、ヒト大腸癌のおよそ60%の場合について報告されている、SRC‐ファミリーキナーゼの負の制御因子の、タンパク質レベルの減少と一致する(Rengifo‐Cam等、Oncogene 23:289−97 (2004))。これらのデータは大腸細胞癌の発生および/または進行におけるCSKナンセンス変異の顕著な役割を示し、ならびにこの一般的な悪性腫瘍の治療の投薬計画におけるSRCキナーゼ阻害剤の封入を、強く示唆する。
過去の研究の結果(Stephens等、2005,上記を参照;Davies等、2005,上記を参照;Bignen等、2006,上記を参照;Stephens等、2004,上記を参照;Bardelli等、2003,上記を参照;Thomas等、2007,上記を参照;Greenman等、2007,上記を参照;Sjoblom等、Science 314:268‐274(2006))と一致して、254の癌細胞株および、さらに本明細書に示す原発性腫瘍の解析は、変異パターンはヒト腫瘍の大部分に対して相当に特有であり、およびPTKにおける特異的な体細胞変異の頻度は低いこと、を意味する。公共のデータベースおよび文献のデータマイニングは、本発明者による研究において同定された全ての弧発性変化のうちの9つのみが、以前に報告されていたことを明らかにする(図37)。これに該当するものは、現在最も包括的なヒト癌サンプルの変異性キノーム解析(Greenman等、2007、上記を参照)で拾い上げられた、KIT N822KおよびVEGFR1 R781Qの2つだけである。体細胞変異の低重複性は、本発明者の腫瘍細胞株のパネル中の256の変異性現象から、本発明者が発見した206により、非再発をさらに反映する。
HEK293、Jurkat E61、HuH7、HepG2、MCF‐7およびMDA‐MB‐231細胞は、ATCC社(Manassas、VA)より購入した。HEK 293、HuH7およびMCF‐7は、ピルビン酸ナトリウムおよび10%FCSが添加されたDMEM(高グルコース)培地中に維持された。Jurkat E61およびMDA‐MB‐231は、L-グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび10%FCSが添加されたRPMI中に維持された。HepG2は、非必須アミノ酸、L‐グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび10%FCSが添加されたMEM中に維持された。特に指定のない限り、すべての細胞培養試薬はInvitrogen社(Carlsbad、CA)より購入した。
57の近傍正常組織は、National University Hospital の患者由来の摘出した肝臓より得た(組織の回収に対する患者の同意は、手術前に得た)。腫瘍および正常肝臓組織は、視覚的に分離した。 患者から摘出後、腫瘍および正常組織の両方は、小片に切除後、液体窒素中で迅速に瞬間凍結した。凍結組織はその後−80℃に保存した。凍結組織からのRNA抽出は、以前に述べられているTriZol法(Chomczynski、P.、&Sacchi、N.,Nat Protoc 1:581‐5[2006])によって行った。
mRNAは、製造者のプロトコールに従って、Oligotex mRNAキット(Qiagen社、valencia、CA)を用いて、全体RNA(サンプル当たり50μg)より精製した。Oligotexカラムより得られたmRNAは、キット内に提供されている溶出緩衝液を2倍量の50μLで溶出した。溶出物を精製および濃縮ために、200μLの純粋エタノールと‐20℃で一晩沈殿させる前に、操作の視覚化を強調するため、溶出物は、2μLのpellet paint (Merck、Damlstadt、Germany)および10μLの3M酢酸ナトリウムを最初に加えた。得られたmRNAは13000rpmで30分遠心沈殿させた後、続いて80%エタノールで洗浄した。最終沈殿物は 風乾後、10μLのRNAseを含まない水に再溶解した。
上記で精製したmRNA(4μL)は、1.5mL微量遠心機チューブ内で、1μL のOligoDT15プライマー(100μM、Roche社、Basel、Switzerland)と穏やかに混合後、70℃で2分反応させた。氷上で冷却後、4μLの5X RT緩衝液、2.4μLのMgC12、1μLのdNTP(10mM)、1μLのRNase阻害剤、1μLのImProm−II RT(Promega社)、および5.6μL の水を含む、15μLの逆転写混合物を加えた。反応は42 ℃で1時間維持後、75 μLのTE緩衝液で反応を停止した。得られたcDNAは、QiaQuick PCR精製キット(Qiagen社)で精製した。
cDNAサンプル(および配列解析)のPCR増幅用のプライマーは、primer3 プログラム (http://www‐genome.wi.mit.edu/cgi‐bin/primer/primer3_www.cgi)を用いて設計後、Proligo(SigmaAldrich社、Singapore)で合成された。PCR反応は、FGFR4についての以前の記載で最適化した。直接配列解析は、96キャピラリー自動配列解析装置(ABI 3730XL)を用いて行った。配列追跡は、潜在的なゲノム変化を同定するために、Mutation Surveyor software package(SoftGenetics社,State College,PA)を用いて、集積および解析された。FGFR4の全体コード配列は、NCBI参照配列(NM_02011.2)と整列後、同定された変化は、文献 (出版物中)またはNCBI SNP database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)、Ensemble Genome Browser (http://www.ensembl.org)、uniProtKB/Swiss‐Prot database (http://www.expasy.org)および KinMutBase(http://bioinfluta.li/KinMutBase/main_frame.html)などの公共のデータベース中の既知の変異と比較する。
定量的なRT‐PCRは、 Applied Biosystems 7300 Real−time PCRシステム(ABI、Foster City、CA)と、ハウスキーピング対照としてのヒトFGFR4およびヒトGAPDHに対する前最適化TaqMan遺伝子発現アッセイを用いて実施した。温度サイクル条件は、95℃で10分の開始変性ステップ後、40サイクルの95℃で15秒および60 ℃で60秒を含む。サンプルは、4 μLの事前に希釈したcDNA(2−10 倍)サンプルをそれぞれ3組準備した。データは平均CT値として得られ、および続いてΔCTとして、GAPDH内在性対照に対して基準化した。正常および対応する腫瘍組織間のFGFR4転写における発現変化は、2^(組間のΔCTの違い)を用いた倍数変化で表した。
HepG2またhHuH7細胞は、96ウェルプレートに播種後一晩付着させた。これらは、へパリン付加前に24時間血清欠乏状態にさせた。2時間後、FGF19(R&D Systems社、Minneapolis、MN、50‐100ng/mL 最終濃度)を投与した。8時間後、上清の分割量が、下記のAFP ELISA アッセイ用に回収された。類似のFGF19刺激作用は、ホスホ−FRS2αの免疫ブロット検出用に、10cm培養皿内で行った。
全ての回収された画分は、BCAタンパク質アッセイキット(Pierce者、Rockford、IL)を用いて、タンパク質濃度をアッセイした。可溶化液は、4℃、10分、13000 r.p.m.の遠心分離により、不要物を除去した。免疫沈降用に、上清は等量のHNTG緩衝液(Seedorf,K.等、J Biol Chem. Jun 10; 269(23):16009‐16014(1994))で希釈後、続いてそれぞれの抗体および20μlのタンパク質A/G−セファロースを用いて4℃で4時間免疫沈降した。沈殿物は0.5mlのHNTG緩衝液で3回洗浄後、SDSサンプル緩衝液中に懸濁し、3分間煮沸した。
それぞれのFGF19刺激作用およびsiRNA実験で得られた上清は、製造者のプロトコールに従って、DELFIA hAFP キット (Perkin Elmer社、Boston、MA)を用いたAFP ELISA アッセイを行った。読み出しは、キット内に提供されている方法由来の標準曲線を用いて、濃度(ng/mL)に変換された。細胞によるAFP産生は続いて、それぞれのウェル当たりの細胞数で標準化される。細胞数は、製造者のプロトコールを用いて、ATP生物発光細胞タイターGloアッセイ(Promega、Madison,WI)で測定した。
HuH7細胞は、siRNA(低分子干渉RNA)で形質移入する前に、24ウェルプレート上で50%コンフルエンスまで生育された。FGFR4(受入番号: NM_002011)発現のサイレンシングに対して設計された、特注のON−TARGET plus siRNAは、Dharmacon社より購入した。1.3μLの20μM siRNA、および40.2μLの完全生育培地を含む微量遠心分離チューブ用意した(チューブA)。同時に、1μLのオリゴフェクタミン(Invitrogen社)、および7.5μLの生育培地を含む別のチューブも準備した(チューブB)。両方のチューブは含有物と組み合わせる前に室温で5分間反応させた後、組み合わせる後さらに20分反応させた。次に、HuH7細胞のそれぞれのウェルは、新鮮な無血清培地(200μL)で置換した。siRNA形質移入混合物(50μL)の組み合わせ量をウェルに添加後、37℃で培養した。4時間後、20%血清を含む別の250μLの生育培地をサンプルに添加した。免疫ブロットおよびAFP ELISAアッセイは、72時間のFGFR4サイレンシング複合体との細胞培養後に、続いて行なわれた。
HEK‐293細胞 (2x104/96ウェル)は、0.2μgのpfos/luc レポータープラスミド(Yamashita等、BloQd91、1496‐1507(1998))、および0.1μgのTECまたはその変異体に対する発現プラスミドで、一過性で形質移入された。
24時間の形質移入後、ルシフェラーゼ活性は、デュアルルシフェラーゼアッセイ系(Promega社、Madison、WI)の使用と共に測定された。
3.5×106のHek293細胞を10cm皿上に播種した。
細胞は、製造者の取扱説明書に従って、リポフェクタミン(登録商標)2000(Invitrogen社、San Diego、CA)を用いて、7.5μgのMycタグ化ユビキチン、ならびに10μgのFlagタグ化Ack1、Ack1 S985N、Mop1およびEphA5を同時導入された。
1x106のHepG2細胞は、処理日前に、6ウェルプレート上に播種された。細胞は、10μMのMG132(Sigma社、St Louis、MO)と反応後、経時的に回収した。30μgの細胞可溶化物は、7.5%SDS‐PAGEゲルに添加した。
Claims (74)
- タンパク質キナーゼポリペプチドの変異体をコードする核酸分子を単離、濃縮または精製する方法であって、前記タンパク質キナーゼポリペプチドは、FGFR4、FGFR1、TYRO3、TEC、CSKおよびAck1からなる群から選択され、および前記核酸分子によってコードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチドの前記変異体は、FGFR4 Y367C、FGFR1 P252S、TYRO3 S531L、TYRO3 P822L、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、CSK Q26X および ACK1 S985Nからなる群から選択される少なくとも1つの変異を含む、方法。
- −タンパク質キナーゼTyro3の発現の増加は細胞のアポトーシス誘導試薬耐性を意味する、前記細胞内の前記タンパク質キナーゼTyro3の発現を測定し、かつ得られた測定値の結果を対照の測定値と比較するステップと、
−アミノ酸番号531の位置でのセリンに代わるロイシンの存在、および/またはアミノ酸番号822の位置でのプロリンに代わるロイシンの存在が、前記細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼTyro3の、前記アミノ酸番号531および/または前記アミノ酸番号822を同定するステップと、および/または
−アミノ酸番号89の位置でのロイシンに代わるアルギニンの存在、アミノ酸番号531の位置でのトリプトファンに代わるアルギニンの存在、および/またはアミノ酸番号587の位置でのプロリンに代わるロイシンの存在が、前記細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼTecの、前記アミノ酸番号89、531および/または587を同定するステップと、
を含む、アポトーシス誘導試薬に耐性の(化学療法耐性)細胞を同定する方法。 - 前記発現したタンパク質キナーゼTECの前記アミノ酸番号531を同定し、かつ前記細胞がT細胞である、請求項2の方法。
- 前記発現したタンパク質キナーゼTECの前記アミノ酸番号89を同定し、かつ前記細胞が胃細胞である、請求項2の方法。
- 前記発現したタンパク質キナーゼTECの前記アミノ酸番号587を同定し、かつ前記細胞が肺細胞である、請求項2の方法。
- タンパク質キナーゼTyro3の発現の増加は、癌細胞への癌化への性質を意味する、癌細胞への癌化への性質を有する細胞の同定方法であって、前記方法が前記細胞内での前記タンパク質キナーゼTyro3の発現の測定、および得られた測定値の結果を対照の測定値と比較することとを含む、方法。
- −発現したタンパク質キナーゼFGFR4のアミノ酸番号367の位置でのチロシンに代わるシステインの存在、および/または発現したタンパク質キナーゼFGFR1のアミノ酸番号252の位置でのプロリンに代わるセリンの存在が、癌細胞への癌化への性質が増加したことを意味する、前記発現したタンパク質キナーゼFGFR4の前記アミノ酸番号367、および/または前記発現したタンパク質キナーゼFGFR1の前記アミノ酸番号252を同定するステップと、
−アミノ酸番号388の位置でのグリシンに代わるアルギニンの存在が、肝細胞癌細胞への癌化への性質の増加を意味する、細胞が肝臓細胞であって、発現したタンパク質キナーゼFGFR4の前記アミノ酸番号388を、前記細胞内で同定するステップと、
−発現したタンパク質キナーゼTYK2のアミノ酸番号362の位置でのバリンに代わるフェニルアラニンの存在が、癌細胞への癌化への性質の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼTYK2の前記アミノ酸番号362を同定するステップと、
−発現したタンパク質キナーゼCSKのアミノ酸番号26の位置でのグルタミンではないアミノ酸の存在が、〜癌細胞への癌化の性質の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼC末端Srcキナーゼ(CSK)の前記アミノ酸番号26を同定するステップと、および/または
−発現したタンパク質キナーゼAck1のアミノ酸番号985の位置でのセリンに代わるアスパラギンの存在が、癌細胞への癌化への性質の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼAck1の前記アミノ酸番号985を同定するステップ。
を含む、癌細胞への癌化への性質を有する、細胞を同定する方法。 - 前記発現したタンパク質キナーゼTYK2の前記アミノ酸番号362が同定され、かつ前記細胞が脳細胞または前記造血系/リンパ系細胞である、請求項7の方法。
- 前記発現したタンパク質キナーゼCSKの前記アミノ酸番号26を同定し、かつ前記細胞が腸細胞である、請求項7の方法。
- 前記タンパク質キナーゼAck1のアミノ酸番号985の位置でのアスパラギンの存在が、ユビキチン化に低感受性の前記タンパク質キナーゼを提供することにより、985の位置でのセリンの存在を含むタンパク質キナーゼAck1より安定な前記タンパク質キナーを提供し、かつ前記細胞が腎臓細胞である、請求項7の方法。
- 前記発現したタンパク質キナーゼFGFR4の前記アミノ酸番号388が同定され、かつさらに前記肝臓細胞における前記FGFR4受容体をコードする遺伝子の遺伝子型が測定され、前記ホモ接合型遺伝子型FGFR4388Argは、肝細胞癌細胞への癌化の性質の増加を意味する、請求項7の方法。
- 変異体タンパク質キナーゼポリペプチドがAATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択され、かつ前記核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドはAATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含む、変異体タンパク質キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の単離、濃縮または精製。
- 前記核酸分子が、(a)配列番号1‐256に記載のアミノ酸配列、または変異領域が保持されているという条件でアミノ酸残基の1つ以上の区域が欠損しているその任意の断片のポリペプチドをコードする、または(b)前記(a)の核酸配列の相補体である、請求項12に記載の核酸分子。
- 前記核酸分子が、配列番号257‐512のいずれかに記載の核酸配列、またはその相補体を含む、請求項12または13に記載の核酸分子。
- タンパク質キナーゼポリペプチド変異体がAATYK(AATK)、ACK1、AXL、CCK4、EPHA1、EPHA2、EPHA3、EPHB3、FAK、FES、HER2、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RON、ROS、RYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、およびZAP70からなる群から選択され、かつ前記核酸分子コードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチド変異体は、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ACK1 P725L、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 A777V、CCK4 S795R、EPHA1 S936L、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHB3 R514Q、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、HER2 R1161Q、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON R813delinsRQ、RYK F516L、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK Y414fsX15、TYK2 E971fsX67、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 C482R、VEGFR3 R1321Q、およびZAP70 K186fsXのうちの少なくとも1つの変化を含む、タンパク質キナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の単離、濃縮または精製。
- 前記核酸分子が、(a)前記配列番号513‐516、519、524‐525、527‐528、533、537‐538、543、547‐550、562、571−573、583‐587、589‐591、598、600‐601、616、620‐621、623‐624、626、630、632‐634、637、および640‐641に記載のアミノ酸配列のポリペプチド、またはまたは変異領域が保持されているという条件でアミノ酸残基の1つ以上の区域が欠損しているその任意の断片のポリペプチドをコードする、または(b)前記(a)の核酸配列の相補体である、請求項15に記載の核酸分子。
- 前記核酸分子は、配列番号643‐646、649、654‐655、657‐658、663、667‐668、673、677‐680、692、701−703、713‐717、719‐721、728、730‐731、746、750‐751、753‐754、756、760、762‐764、767、および770‐771のいずれかに記載の核酸配列、またはその相補体を含む、請求項15または16に記載の核酸分子。
- 前記核酸分子が天然物より単離されたものである、請求項1および12〜17のいずれか一つに記載の核酸分子。
- 前記天然物が哺乳動物である、請求項18の核酸分子。
- 前記哺乳動物がヒトである、請求項19の核酸分子。
- 前記核酸分子が組換え起源である、請求項1および12〜17のいずれか1つに記載の核酸分子。
- 前記核酸分子がRNAまたはDNAである、請求項1および12〜21のいずれか一つに記載の核酸分子。
- 前記核酸分子が、さらに宿主細胞において転写を開始するのに効果的なベクターまたはプロモーターを含む、請求項1および12−22のいずれか1つに記載の核酸分子。
- 変異キナーゼポリペプチドがAATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択され、かつ核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドが、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含み、前記核酸プローブが、前記核酸配列の前記変異領域とハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、サンプルにおいて変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子を検出するための、核酸プローブ。
- 前記核酸プローブが、配列番号257‐512のいずれかに記載の前記核酸配列、またはそれに機能的な派生物の前記変異領域にハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含む、請求項24に記載の核酸プローブ。
- タンパク質キナーゼポリペプチド変異体がAATYK(AATK)、ACK1、AXL、CCK4、EPHA1、EPHA2、EPHA3、EPHB3、FAK、FES、HER2、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RON、ROS、RYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、およびZAP70からなる群から選択され、かつ核酸分子にコードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチド変異体が、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ACK1 P725L、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 A777V、CCK4 S795R、EPHA1 S936L、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHB3 R514Q、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、HER2 R1161Q、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON R813delinsRQ、ROS C76_R77ins9、RYK F516L、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK Y414fsX15、TYK2 E971fsX67、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 C482R、VEGFR3 R1321QおよびZAP70 K186fsXのうちの少なくとも1つの変化を含み、前記核酸プローブが、前記核酸配列の前記変異領域とハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含む、サンプル中のタンパク質キナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子を検出する核酸プローブ。
- 前記核酸プローブが、配列番号643‐646、649、654‐655、657‐658、663、667‐668、673、677‐680、692、701−703、713‐717、719‐721、728、730‐731、737、746、750‐751、753‐754、756、760、762‐764、767、および770‐771のいずれかに記載の前記核酸配列、またはその機能的な派生物の前記変異領域とハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含む、請求項26の核酸プローブ。
- a)ハイブリダイゼーションが起こる条件下で、サンプルと、請求項12〜15のいずれか一つの核酸プローブを接触させるステップと、およびb)変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子と結合した、前記プローブの存在または量を検出するステップと、を含む、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の存在または量を検出する方法。
- 前記方法は、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体をコードする、少なくとも2つの核酸分子の存在または量を同時に検出するための、請求項24〜27のいずれか一つの少なくとも2つの核酸プローブの使用を含む、請求項28に記載の方法。
- 少なくとも5、10、15、20、30、40、50またはそれ以上の核酸プローブのサブセットが、少なくとも5、10、15、20、30、40、50またはそれ以上の、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の存在または量を同時に検出するのに用いられる、請求項29に記載の方法。
- 前記核酸プローブが固体の支持体上に、または固体の支持体と結合して固定される、請求項28〜30のいずれか一つに記載の方法。
- 前記固体の支持体がDNAマイクロチップである、請求項31に記載の方法。
- 請求項24〜27のいずれか一つの1つ以上の核酸プローブをその中に配置する容器を含む、請求項28〜30のいずれか一つの前記方法を行うためのキット。
- 請求項24〜27のいずれか一つの、1つ以上の核酸プローブが固定化された、固体の支持体。
- 前記固体の支持体がDNAマイクロチップである、請求項34に記載の固体の支持体。
- 請求項1および12‐23のいずれか一つの、核酸分子を含む組換え細胞または組織。
- 前記核酸分子が、非相同的プロモーターを含む、ゲノム調節エレメントまたは非相同的な調節エレメントの制御下にある、請求項36の組換え細胞または組織。
- 変異キナーゼポリペプチドがAATYK (AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、BNIX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択され、前記変異キナーゼポリペプチドは、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 N1393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチドの単離、濃縮または精製。
- 断片が前記変異を含むという条件で、前記変異キナーゼポリペプチドは、配列番号1‐256に記載のアミノ酸配列またはその断片を含む、請求項38に記載の変異キナーゼポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが変異を含むという条件で、前記変異キナーゼポリペプチドは、配列番号1〜256に記載のアミノ酸配列の、少なくとも30、35、40、45、50、60、100、200、または300の連続的なアミノ酸を含む、請求項38に記載の変異キナーゼポリペプチド。
- キナーゼポリペプチド変異体が、AATYK(AATK)、ACK1、AXL、CCK4、EPHA1、EPHA2、EPHA3、EPHB3、FAK、FES、HER2、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RON、ROS、RYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、およびZAP70からなる群から選択され、前記キナーゼポリペプチド変異体は、 AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ACK1 P725L、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 A777V、CCK4 S795R、EPHA1 S936L、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHB3 R514Q、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、HER2 R1161Q、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、RON Q473_D515del、RON R627FSX23、RON R813delinsRQ、ROS C76_R77ins9、RYK F516L、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK Y414fsX15、TYK2 E971fsX67、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 C482R、VEGFR3 R1321QおよびZAP70 K186fsXのうちの少なくとも1つの生殖系列の変化を含む、キナーゼポリペプチド変異体の単離、濃縮または精製。
- 断片が前記変異を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチド変異体は、配列番号513‐516、519、524‐525、527‐528、533、537‐538、543、547‐550、562、571−573、583‐587、589‐591、598、600‐601、607、616、620‐621、623‐624、626、630、632‐634、637、および640‐641に記載のアミノ酸配列またはその断片を含む、請求項41に記載のキナーゼポリペプチド変異体。
- 前記ポリペプチドが変異を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチド変異体は、配列番号513‐516、519、524‐525、527‐528、533、537‐538、543、547‐550、562、571−573、583‐587、589‐591、598、600‐601、607、616、620‐621、623‐624、626、630、632‐634、637、および640‐641に記載のアミノ酸配列の、少なくとも30、35、40、45、50、60、100、200、または300の連続的なアミノ酸を含む、請求項38に記載のキナーゼポリペプチド変異体。
- 前記ポリペプチドが天然物または組換え起源ものより単離された、請求項38‐43のいずれか1つに記載のキナーゼポリペプチド。
- 前記天然物が哺乳動物である、請求項44に記載のキナーゼポリペプチド。
- 前記哺乳動物がヒトである、請求項45に記載のキナーゼポリペプチド。
- 変異キナーゼポリペプチド、ポリペプチドドメインまたは断片がAATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70、および断片およびそれらのドメインからなる群から選択され、かつ前記変異キナーゼポリペプチド、ポリペプチドドメインまたは断片が、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチドまたは変異キナーゼポリペプチドドメインもしくは断片にのみ、特異的な結合親和性を有する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体または抗体断片。
- 断片が前記変異を含むという条件で、前記抗体が配列番号1〜256のいずれか一つに記載のアミノ酸配列またはその断片を含む変異キナーゼポリペプチドに対して配向する、請求項47に記載の抗体または抗体断片。
- キナーゼポリペプチド変異体、ポリペプチドドメインまたは断片が、AATYK(AATK)、ACK1、AXL、CCK4、EPHA1、EPHA2、EPHA3、EPHB3、FAK、FES、HER2、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RON、ROS、RYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、およびZAP70、ならびにその断片およびドメインからなる群から選択され、かつ前記キナーゼポリペプチド変異体、ポリペプチドドメインまたは断片は、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ACK1 P725L、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 A777V、CCK4 S795R、EPHA1 S936L、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHB3 R514Q、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413FSX131、HER2 R1161Q、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON R813delinsRQ、ROS C76_R77ins9、RYK F516L、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK Y414fsX15、TYK2 E971fsX67、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 C482R、VEGFR3 R1321QおよびZAP70 K186fsXのうちの少なくとも1つの生殖系列の変化を含む、キナーゼポリペプチド変異体またはキナーゼポリペプチド変異体ドメインもしくは断片に対してのみ特異的な結合親和性を有する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体または抗体断片。
- 断片が前記変異を含むという条件で、前記抗体は、配列番号513‐516、519、524‐525、527‐528、533、537‐538、543、547‐550、562、571−573、583‐587、589‐591、598、600‐601、607、616、620‐621、623‐624、626、630、632‐634、637、および640‐641のいずれか一つに記載の前記アミノ酸配列、またはその断片を含むキナーゼポリペプチド変異体に対して配向する、請求項49に記載の抗体または抗体断片。
- a)キナーゼ抗体の免疫複合体形成に適切な条件下でサンプルを、請求項47〜50のいずれか一つの抗体とプローブするステップと、およびb)前記キナーゼポリペプチドに結合した前記抗体の存在および/または量を検出するステップと、を含む、サンプル中の少なくとも1つの変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体の存在および/または量を検出する方法。
- 請求項47〜50のいずれか一つの抗体および抗体断片を含む、請求項51の方法を実施するためのキット。
- さらに前記抗体または抗体断片の結合相手の接合体を含む、請求項52のキット。
- 前記抗体または抗体断片の前記結合相手の接合体は、検出可能な標識を含む、請求項53のキット。
- (a)断片が領域を含むという条件で、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを、試験物質と接触させるステップであって、前記キナーゼポリペプチドはAATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異、または任意の機能的なその断片を含み、(b)前記ポリペプチドの前記活性を測定するステップと、および(c)前記物質が、前記ポリペプチドの前記活性を調節するかどうかを特定するステップと、を含む、試験管内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定する方法。
- 断片が前記変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドが、配列番号1〜256に記載のアミノ酸配列のいずれか一つ、または任意の機能的なその断片を含む、請求項55に記載の方法。
- (a)を含むという条件で、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、CCK4、CSFR1、EGFR、EPHA1、EPHA10、EPHA2、EPHA3、EPHA7、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、JAK2、JAK3、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、STYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを、試験物質と接触させるステップであって、前記キナーゼポリペプチドは、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ABL1 P829L、ABL1 S991L、ACK1 P725L、ACK1 R1038H、ALK K1491R、ALK D1529E、ARG K959R、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 E745D、CCK4 A777V、CCK4 S795R、CSF1R H362R、EGFR R521K、EPHA1 A160V、EPHA1 V900M、EPHA1 S936L、EPHA10 L629P、EPHA10 V645I、EPHA10 G749E、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHA3 R914H、EPHA3 W924R、EPHA7 I138V、EPHB2 P128A、EPHB3 R514Q、EPHB4 P231S、EPHB6 G107S、EPHB6 S309A、FAK T416fsX、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、FGFR1 V427_T428del、FGFR2 M71T、FGFR2 H199_Q247del、FGFR3 T311_Q422del、FGFR4 V10I、FGFR4 L136P、FGFR4 G388R、FLT3 M227T、FRK G122R、FYN D506E、HER2 I655V、HER2 R1161Q、HER2 P1170A、HER3 S1119C、JAK2 L393V、JAK3 P132T、JAK3 P151R、JAK3 V722I、LMTK2 P30A、LMTK2 L780M、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、MER V870I、MET N375S、MET R988C、MET T1010I、MET V1238I、NTRK1 H604Y、NTRK1 G613V、NTRK1 R780Q、NTRK2 D466fsx14、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB P345S、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、PYK2 K838T、PYK2 V739_R780del、RET D489N、RET G691S、RET R982C、RON N440S、RON R523Q、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON Y884_Q932del、RON R813delinsRQ、RON R1335G、ROR1 M518T、ROR2 T245A、ROR2 V819I、ROS T145P、ROS R167Q、ROS I537M、ROS S1109L、ROS D2213N、ROS K2228Q、ROS S2229C、ROS C76_R77ins9、RYK N96S、RYK F516L、STYK G204S、TEK P346Q、TEK V486I、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598V、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK R336Q、TXK Y414fsX15、TYK2 V362F、TYK2 G363S、TYK2 I684S、TYK2 E971fsX67、TYRO3 I346N、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 V297I、VEGFR2 Q472H、VEGFR2 C482R、VEGFR2 P1147S、VEGFR3 Q890H、VEGFR3 R1321Q、ZAP70 K186fsX、およびZAP70 P296_S301delのうちの少なくとも1つの生殖系列の変化、または任意の機能的なその断片を含み、(b)前記ポリペプチドの前記活性を測定するステップと、および(c)前記物質が前記ポリペプチドの前記活性を調節するかどうかを特定するステップと、を含む、試験管内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定するための方法。
- 断片が前記変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドが、配列番号513‐642に記載のアミノ酸配列のいずれか一つ、または任意の機能的なその断片を含む、請求項57に記載の方法。
- (a)断片が変異領域を含むという条件で、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、ARG、AXL、BNIX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを細胞内で発現するステップであって、前記キナーゼポリペプチドが、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含み、または任意の機能的なその断片であって、(b)試験物質を前記細胞に添加するステップと、および(c)細胞表現型、または前記ポリペプチドと天然の結合相手間の相互作用の変化をモニターするステップと、を含む、生体内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定するための方法。
- 断片が変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドは、配列番号1〜256に記載のいずれか一つのアミノ酸配列、または任意の機能的なその断片を含む、請求項59に記載の方法。
- (a)断片が変異領域を含むという条件で、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、CCK4、CSFR1、EGFR、EPHA1、EPHA10、EPHA2、EPHA3、EPHA7、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、JAK2、JAK3、LMTK2(AATYK2JREK)、MATK、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、STYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを細胞内で発現するステップであって、前記キナーゼポリペプチドが、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ABL1 P829L、ABL1 S991L、ACK1 P725L、ACK1 R1038H、ALK K1491R、ALK D1529E、ARG K959R、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 E745D、CCK4 A777V、CCK4 S795R、CSF1R H362R、EGFR R521K、EPHA1 A160V、EPHA1 V900M、EPHA1 S936L、EPHA10 L629P、EPHA10 V645I、EPHA10 G749E、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHA3 R914H、EPHA3 W924R、EPHA7 I138V、EPHB2 P128A、EPHB3 R514Q、EPHB4 P231S、EPHB6 G107S、EPHB6 S309A、FAK T416fsX、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、FGFR1 V427_T428del、FGFR2 M71T、FGFR2 H199_Q247del、FGFR3 T311_Q422del、FGFR4 V10I、FGFR4 L136P、FGFR4 G388R、FLT3 M227T、FRK G122R、FYN D506E、HER2 I655V、HER2 R1161Q、HER2 P1170A、HER3 S1119C、JAK2 L393V、JAK3 P132T、JAK3 P151R、JAK3 V722I、LMTK2 P30A、LMTK2 L780M、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、MER V870I、MET N375S、MET R988C、MET T1010I、MET V1238I、NTRK1 H604Y、NTRK1 G613V、NTRK1 R780Q、NTRK2 D466fsx14、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB P345S、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、PYK2 K838T、PYK2 V739_R780del、RET D489N、RET G691S、RET R982C、RON N440S、RON R523Q、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON Y884_Q932del、RON R813delinsRQ、RON R1335G、ROR1 M518T、ROR2 T245A、ROR2 V819I、ROS T145P、ROS R167Q、ROS I537M、ROS S1109L、ROS D2213N、ROS K2228Q、ROS S2229C、ROS C76_R77ins9、RYK N96S、RYK F516L、STYK G204S、TEK P346Q、TEK V486I、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598V、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK R336Q、TXK Y414fsX15、TYK2 V362F、TYK2 G363S、TYK2 I684S、TYK2 E971fsX67、TYRO3 I346N、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 V297I、VEGFR2 Q472H、VEGFR2 C482R、VEGFR2 P1147S、VEGFR3 Q890H、VEGFR3 R1321Q、ZAP70 K186fsX、およびZAP70 P296_S301delのうちの少なくとも1つの生殖系列の変化を含み、または任意の機能的なその断片であって、(b)試験物質を前記細胞に添加するステップと、および(c)細胞表現型、または前記ポリペプチドと天然の結合相手間の相互作用の変化をモニターするステップと、を含む、生体内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定するための方法。
- 断片が変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドが、配列番号513‐642に記載のアミノ酸配列のいずれか一つ、または任意の機能的なその断片を含む、請求項61に記載の方法。
- AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、BNIX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼの活性を調節する物質であって、前記キナーゼポリペプチドは、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077V、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938V、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含む、物質を治療を必要とする患者に投与することによる、増殖性の病気または疾患を治療または予防するための方法。
- 前記キナーゼポリペプチドが、配列番号1‐256に記載の前記アミノ酸配列のいずれか一つを含む、請求項63に記載の方法。
- AATYK (AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、CCK4、CSFRI、EGFR、EPHA1、EPHA10、EPHA2、EPHA3、EPHA7、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、JAK2、JAK3、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、STYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3およびZAP70からなる群から選択されるキナーゼの活性を調節する物質であって、前記キナーゼポリペプチドは、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ABL1 P829L、ABL1 S991L、ACK1 P725L、ACK1 R1038H、ALK K1491R、ALK D1529E、ARG K959R、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 E745D、CCK4 A777V、CCK4 S795R、CSF1R H362R、EGFR R521K、EPHA1 A160V、EPHA1 V900M、EPHA1 S936L、EPHA10 L629P、EPHA10 V645I、EPHA10 G749E、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHA3 R914H、EPHA3 W924R、EPHA7 I138V、EPHB2 P128A、EPHB3 R514Q、EPHB4 P231S、EPHB6 G107S、EPHB6 S309A、FAK T416fsX、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、FGFR1 V427_T428del、FGFR2 M71T、FGFR2 H199_Q247del、FGFR3 T311_Q422del、FGFR4 V10I、FGFR4 L136P、FGFR4 G388R、FLT3 M227T、FRK G122R、FYN D506E、HER2 I655V、HER2 R1161Q、HER2 P1170A、HER3 S1119C、JAK2 L393V、JAK3 P132T、JAK3 P151R、JAK3 V722I、LMTK2 P30A、LMTK2 L780M、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、MER V870I、MET N375S、MET R988C、MET T1010I、MET V1238I、NTRK1 H604Y、NTRK1 G613V、NTRK1 R780Q、NTRK2 D466fsx14、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB P345S、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、PYK2 K838T、PYK2 V739_R780del、RET D489N、RET G691S、RET R982C、RON N440S、RON R523Q、RON Q473_D515del、RON R627FSX23、RON Y884_Q932del、RON R813delinsRQ、RON R1335G、ROR1 M518T、ROR2 T245A、ROR2 V819I、ROS T145P、ROS R167Q、ROS I537M、ROS S1109L、ROS D2213N、ROS K2228Q、ROS S2229C、ROS C76_R77ins9、RYK N96S、RYK F516L、STYK G204S、TEK P346Q、TEK V486I、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598V、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK R336Q、TXK Y414fsX15、TYK2 V362F、TYK2 G363S、TYK2 I684S、TYK2 E971fsX67、TYRO3 I346N、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 V297I、VEGFR2 Q472H、VEGFR2 C482R、VEGFR2 P1147S、VEGFR3 Q890H、VEGFR3 R1321Q、ZAP70 K186fsX、およびZAP70 P296_S301delのうちの少なくとも1つの生殖系列の変化を含む、物質を治療を必要とする患者に投与することによる、増殖性の病気または疾患を治療または予防するための方法。
- 前記キナーゼポリペプチドが、配列番号513‐642に記載の前記アミノ酸配列のいずれか一つを含む、請求項65に記載の方法。
- 患者における、増殖性の病気または疾患、もしくは増殖性の病気または疾患の発症のリスク予測を診断するための方法であって、前記病気または疾患は異常なタンパク質キナーゼ機能に起因するシグナル伝達経路の異常によって特徴付けられ、前記方法は、(a)生物学的サンプルを前記患者から取得するステップと、(b)前記サンプルと、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、BMX、BRK、BTK、CCK4、CSK、DDR1、DDR2、EGFR、EPHA2、EPHA3、EPHA4、EPHA5、EPHA6、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FER、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、HER4、IGF1R、INSR、ITK、JAK1、JAK2、JAK3、LCK、LMTK2(AATYK2/BREK)、LYN、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、SYK、TEC、TEK、TIE、TNK1、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、YES1、およびZAP70からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドであって、前記核酸分子でコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、AATYK F1195C、ABL1 G417E、ABL1 N789S、ABL1 G883fsX12、ACK1 H37Y、ACK1 E111K、ACK1 R127H、ACK1 M393T、ACK1 A634T、ACK1 S699N、ACK1 P731L、ACK1 R748W、ACK1 G947D、ACK1 S985N、ALK G1580V、ARG E332K、ARG V345A、ARG K450R、ARG M657I、ARG P665T、ARG R668C、ARG Q696H、ARG K930R、ARG S968F、ARG Q994H、AXL M569I、AXL M589K、AXL G835V、BMX A150D、BMX S254del、BMX N267I、BRK W78fsX58、BTK M489I、BTK W588C、CCK4 D106N、CCK4 T410S、CCK4 M746L、CCK4 Q913H、CSK Q26X、DDR1 R60C、DDR1 V100A、DDR1 R248W、DDR2 M117I、DDR2 R478C、EGFR N115K、EGFR A289V、EGFR P332S、EGFR I646L、EGFR T678M、EGFR P753S、EGFR E922K、EGFR A1118T、EPHA2 R315Q、EPHA2 H333R、EPHA2 G391R、EPHA2 P460L、EPHA2 H609Y、EPHA2 M631T、EPHA2 G662S、EPHA2 V747I、EPHA2 L836R、EPHA2 E911K、EPHA2 V936M、EPHA2 R950W、EPHA3 S46F、EPHA3 E53K、EPHA3 A777G、EPHA4 V234F、EPHA4 S803A、EPHA4 M877V、EPHA5 N81T、EPHA5 E85K、EPHA5 A672T、EPHA5 V891L、EPHA5 A957T、EPHA5 R981L、EPHA6 N291H、EPHA6 G513E、EPHA6 L622F、EPHB1 A39V、EPHB1 I837M、EPHB2 A83V、EPHB2 S98R、EPHB2 V136M、EPHB2 R270Q、EPHB2 P273L、EPHB2 R369Q、EPHB2 E686K、EPHB2 V762L、EPHB3 P6del、EPHB3 A517V、EPHB4 P231S、EPHB4 V547M、EPHB4 D576G、EPHB4 I610T、EPHB4 E890D、EPHB4 A955V、EPHB6 G353_E471del、EPHB6 A369T、EPHB6 L580F、EPHB6 E615K、EPHB6 A647V、EPHB6 S785R、EPHB6 R811C、FAK S329I、FAK Q440R、FAK A472V、FAK P901S、FER I240T、FER Q526L、FER Q599R、FES M323V、FES L690M、FES V724M、FGFR1 R78H、FGFR1 P252S、FGFR1 A268S、FGFR1 G539_K540del、FGFR2 I526T、FGFR4 Y367C、FLT3 V194M、FLT3 D358V、FLT3 V557I、FLT3 G757E、FLT3 R849H、FRK R64Q、FRK G119A、FRK R406H、FYN E521K、HER2 G518V、HER2 A830V、HER2 E930D、HER2 G1015E、HER2 A1216D、HER3 N126K、HER3 R611W、HER3 R667H、HER3 R1077W、HER3 R1089W、HER3 P1142H、HER3 L1177I、HER4 L753V、HER4 G936R、IGF1R T104M、IGF1R Y201H、IGF1R N209S、INSR L991I、ITK R448H、JAK1 I363V、JAK1 R494C、JAK1 N849fsX16、JAK2 F85S、JAK2 A377E、JAK2 L383P、JAK2 G571S、JAK2 E592K、JAK2 R1063H、JAK2 N1108S、JAK3 G62fsX47、JAK3 M511I、JAK3 P693L、JAK3 E698K、LCK L36fsX8、LCK F151S、LCK R484W、LMTK2 Q238P、LMTK2 A251T、LMTK2 G518V、LMTK2 D523Y、LMTK2 M758V、LMTK2 D793G、LMTK2 R828Q、LMTK2 L879M、LMTK2 A1008V、LYN F130V、MER E831Q、MET T17I、MET P366S、MET S691L、NTRK1 P453fsX15、NTRK1 L585fsX73、NTRK1 G595E、NTRK1 R748W、NTRK2 A586V、NTRK2 V622I、NTRK2 A647fsX54、NTRK3 V530fsX6、NTRK3 G608D、NTRK3 A631fsX33、PDGFRA G79D、PTK‐9 D258E、PTK‐9 K265R、PTK‐9 N333S、PYK2 S9I、PYK2 C395Y、PYK2 E404Q、PYK2 D424Y、PYK2 E798Q、PYK2 M885L、PYK2 T978M、RET A750T、RON F574fsX23、RON Q955H、RON A1022_K1090del、RON V1070fsX12、ROR1 R185H、ROR1 R429Q、ROR1 S870I、ROR1 P883S、ROR2 R302H、ROR2 C389R、ROR2 D390fsX46、ROR2 P548S、ROS R187M、ROS D709fsX16、ROS Q865fsX90、ROS A1443S、RYK H250R、RYK R504H、RYK A559T、SYK M34fsX3、SYK I262L、SYK E315K、SYK A353T、SYK R520S、SYK V622A、TEC L89R、TEC W531R、TEC P587L、TEK A615T、TEK A1006T、TIE S470L、TIE M871T、TNK1 A299D、TYK2 A53T、TYK2 S340fsX26、TYK2 R701T、TYK2 D883N、TYK2 R901Q、TYK2 A928V、TYK2 P1104A、TYRO3 S324C、TYRO3 E489K、TYRO3 S531L、TYRO3 N788T、TYRO3 P822L、VEGFR1 G203W、VEGFR1 S437L、VEGFR1 A673V、VEGFR1 R781Q、VEGFR1 M938Y、VEGFR2 E107K、VEGFR2 P1280S、YES1 K113Q、ZAP70 T155M、およびZAP70 M549Vのうちの少なくとも1つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の標的領域と、ハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップと、および(c)標的領域のハイブリッドは前記病気または疾患の指標または性質である、前記プローブの存在または量を検出するステップと、を含む、方法。
- 前記核酸分子によってコードされる前記変異キナーゼポリペプチドが、配列番号1〜256に記載のアミノ酸配列の少なくとも一つを含む、請求項67に記載の方法。
- 断片が変異を有するという条件で、前記核酸プローブが、配列番号257〜512に記載のいずれか一つの前記核酸配列、もしくはその相補体または断片を含む、請求項67または請求項68に記載の方法。
- 患者における、増殖性の病気または疾患、もしくは増殖性の病気または疾患の発症のリスク予測を診断するための方法であって、前記病気または疾患は異常なタンパク質キナーゼ機能に起因するシグナル伝達経路の異常によって特徴付けられ、前記方法は、(a)生物学的サンプルを前記患者から取得するステップと、(b)前記サンプルと、AATYK(AATK)、ABL1、ACK1、ALK、Arg、AXL、CCK4、CSFRI、EGFR、EPHA1、EPHA10、EPHA2、EPHA3、EPHA7、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPHB6、FAK、FES、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FRK、FYN、HER2、HER3、JAK2、JAK3、LMTK2(AATYK2/BREK)、MATK、MER、MET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGRFA、PDGFRB、PTK‐9、PYK2、RET、RON、ROR1、ROR2、ROS、RYK、STYK、TEK、TNK1、TXK、TYK2、TYRO3、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3およびZAP70からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドであって、前記核酸分子でコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、AATYK G600C、AATYK G641S、AATYK F1163S、AATYK T1227M、ABL1 P829L、ABL1 S991L、ACK1 P725L、ACK1 R1038H、ALK K1491R、ALK D1529E、ARG K959R、AXL G517S、CCK4 P693L、CCK4 E745D、CCK4 A777V、CCK4 S795R、CSF1R H362R、EGFR R521K、EPHA1 A160V、EPHA1 V900M、EPHA1 S936L、EPHA10 L629P、EPHA10 V645I、EPHA10 G749E、EPHA2 R876H、EPHA3 I564V、EPHA3 R914H、EPHA3 W924R、EPHA7 I138V、EPHB2 P128A、EPHB3 R514Q、EPHB4 P231S、EPHB6 G107S、EPHB6 S309A、FAK T416fsX、FAK L926delinsPWRL、FES P397R、FES S72_K129del、FES E413fsX131、FGFR1 V427_T428del、FGFR2 M71T、FGFR2 H199_Q247del、FGFR3 T311_Q422del、FGFR4 V10I、FGFR4 L136P、FGFR4 G388R、FLT3 M227T、FRK G122R、FYN D506E、HER2 I655V、HER2 R1161Q、HER2 P1170A、HER3 S1119C、JAK2 L393V、JAK3 P132T、JAK3 P151R、JAK3 V722I、LMTK2 P30A、LMTK2 L780M、LMTK2 S910I、MATK A496T、MER E823Q、MER V870I、MET N375S、MET R988C、MET T1010I、MET V1238I、NTRK1 H604Y、NTRK1 G613V、NTRK1 R780Q、NTRK2 D466fsx14、NTRK3 E402_F410delinsV、NTRK3 G466_Y529delinsD、NTRK3 R711_V712ins14、PDGFRA L221F、PDGFRA S478P、PDGFRB P345S、PDGFRB T464M、PTK‐9 E195_V196insRPEDHIG、PYK2 G414V、PYK2 K838T、PYK2 V739_R780del、RET D489N、RET G691S、RET R982C、RON N440S、RON R523Q、RON Q473_D515del、RON R627fsX23、RON Y884_Q932del、RON R813delinsRQ、RON R1335G、ROR1 M518T、ROR2 T245A、ROR2 V819I、ROS T145P、ROS R167Q、ROS I537M、ROS S1109L、ROS D2213N、ROS K2228Q、ROS S2229C、ROS C76_R77ins9、RYK N96S、RYK F516L、STYK G204S、TEK P346Q、TEK V486I、TEK V600L、TNK1 D472_R473del、TNK1 M598V、TNK1 M598delinsEVRSHX、TXK R63C、TXK R336Q、TXK Y414fsX15、TYK2 V362F、TYK2 G363S、TYK2 I684S、TYK2 E971fsX67、TYRO3 I346N、VEGFR1 Y642H、VEGFR1 E982A、VEGFR1 P1201L、VEGFR2 V297I、VEGFR2 Q472H、VEGFR2 C482R、VEGFR2 P1147S、VEGFR3 Q890H、VEGFR3 R1321Q、ZAP70 K186fsX、およびZAP70 P296_S301delうちの少なくとも1つの生殖系列の変化を含む、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の標的領域と、ハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップと、および(c)標的領域のハイブリッドは前記病気または疾患の指標または性質である、前記プローブの存在または量を検出するステップと、を含む、方法。
- 前記核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、配列番号513〜642に記載のアミノ酸配列の少なくとも一つを含む、請求項70に記載の方法。
- 断片が変異を有するという条件で、前記核酸プローブは、配列番号643〜772に記載の核酸配列のいずれか一つ、もしくはその相補体または断片を含む、請求項70または71に記載の方法。
- 前記患者がヒトである、請求項63〜72のいずれか一つに記載の方法。
- 前記増殖性の病気または疾患が癌である、請求項63〜73のいずれか一つに記載の方法。
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