JP2010502752A

JP2010502752A - リシンリボスイッチ、リシンリボスイッチを用いた構造に基づく化合物設計、ならびにリシンリボスイッチを用いた使用のための方法および組成物

Info

Publication number: JP2010502752A
Application number: JP2009527628A
Authority: JP
Inventors: ロナルドアール．ブレイカー，; チンスーリム，; ケニス，ジェイ．ブラント; ジョイワン，; ナラシマンスーダーサン，
Original assignee: Yale University
Current assignee: Yale University
Priority date: 2006-09-11
Filing date: 2007-09-11
Publication date: 2010-01-28
Also published as: WO2008033866A3; US20100137440A1; EP2061799A2; WO2008033866A2; EP2061799A4

Abstract

リシンリボスイッチは、抗生物質および他の小分子治療に対する標的である。化合物を使用することにより、リシンリボスイッチを刺激し、活性化し、阻害し、そして／または不活性化することができる。化合物とＲＮＡ分子とを接触させることによってＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子をコードする遺伝子の発現を変化させるための組成物および方法もまた開示され、ここで、そのＲＮＡ分子は、リシンリボスイッチを含む。リシンリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することによってこのリボスイッチを含む天然に存在する遺伝子またはＲＮＡの発現を制御するための組成物および方法もまた開示される。

Description

（関連出願への相互参照）
本願は、２００６年９月１１日に出願された米国仮特許出願第６０／８４３，７２８号の利益を主張する。２００６年９月１１日に出願された米国仮特許出願第６０／８４３，７２８号は、その全体が本明細書中に参考として援用される。

（政府支援の研究に関する陳述）
本発明は、ＤＡＲＰＡにより授与された助成金番号Ｗ９１１ＮＦ−０４−１−０４１６；ならびにＮＩＨにより授与された助成金番号ＮＩＨＲ３３−ＤＫ０７０２７０の下、政府支援によりなされた。政府は、本発明に一定の権利を有する。

（発明の分野）
開示される発明は、概して、遺伝子発現の分野におけるものであり、詳細には、遺伝子発現の調節の範囲におけるものである。

（発明の背景）
細胞は、遺伝子発現パターンを変化させることによって多数の生化学的シグナルおよび環境的なキューに応答しなければならないので、正確な遺伝子制御は、生物系の不可欠な特徴である。既知のほとんどの遺伝子制御メカニズムは、化学的または物理的な刺激を感知し、そして関連するＤＮＡ配列またはメッセンジャーＲＮＡ配列と選択的に相互作用することによって遺伝子発現を調節するタンパク質因子の使用を含む。タンパク質は、複雑な形状をとり、それらの化学的および物理的な環境を生物系が正確に感知することを可能にする種々の機能を果たすことができる。代謝産物に応答するタンパク質因子は、代表的には、ＤＮＡに結合して、転写開始を調節することによって作用する（例えば、ｌａｃリプレッサータンパク質；非特許文献１）か、またはＲＮＡに結合して、転写終結を制御することによって作用する（例えば、ＰｙｒＲタンパク質；非特許文献２）か、もしくは翻訳を制御することによって作用する（例えば、ＴＲＡＰタンパク質；非特許文献３）。タンパク質因子は、様々なメカニズム（例えば、アロステリック調節または翻訳後修飾）によって環境刺激に応答し、そして、これらのメカニズムを巧みに利用することによって、高度に応答性である遺伝子スイッチとして機能する（例えば、非特許文献４を参照のこと）。

遺伝子制御におけるタンパク質因子の広範な関与に加えて、ＲＮＡが、遺伝子調節において積極的な役割を果たし得ることも知られている。近年の研究は、低分子非コードＲＮＡ（ｓｍａｌｌｎｏｎ−ｃｏｄｉｎｇＲＮＡ）が破壊のためにｍＲＮＡを選択的に標的化する際に働くことによって遺伝子発現のダウンレギュレーションをもたらすという実質的な役割を明らかにするために始められた（例えば、非特許文献５およびこの文献中の参考文献を参照のこと）。このＲＮＡ干渉プロセスは、短鎖ＲＮＡが、ワトソン−クリック塩基相補性を介して、意図されるｍＲＮＡ標的を選択的に認識した後、タンパク質の作用によってその結合したｍＲＮＡを破壊するという能力を利用する。進化的プロセスを介して新しい標的特異的ＲＮＡ因子を作製することのほうが、新規であるが高度に特異的なＲＮＡ結合部位を有するタンパク質因子を作製することよりもはるかに簡単であるので、ＲＮＡは、この系における分子認識に対する理想的な薬剤である。

タンパク質は、酵素、レセプターおよび構造上の機能に対して生物学が有するほとんどの要求を満たすが、ＲＮＡもまた、これらの能力を果たすことができる。例えば、ＲＮＡは、十分な構造上の可塑性を有することにより、かなりの酵素の能力および正確な分子認識を示す、多くのリボザイムドメイン（ＴｈｅＲＮＡＷｏｒｌｄＲ．Ｆ．Ｇｅｓｔｅｌａｎｄ，Ｔ．Ｒ．Ｃｅｃｈ，Ｊ．Ｆ．Ａｔｋｉｎｓ，ｅｄｓ．中の非特許文献６；非特許文献７）およびレセプタードメイン（非特許文献８；非特許文献９）を形成する。さらに、これらの活性を組み合わせることにより、エフェクター分子が選択的に調節するアロステリックなリボザイム（非特許文献１０；非特許文献１１）を作製することができる。

細菌のリボスイッチＲＮＡは、特定のｍＲＮＡの主要なコード領域の５’−非翻訳領域（５’−ＵＴＲ）内に主に配置されている遺伝子制御エレメントである。構造的に調査する研究（以下で詳細に記述する）によって、リボスイッチエレメントが、通常、２つのドメイン：リガンド結合ドメインとして働く天然のアプタマー（非特許文献１２；非特許文献１３）および遺伝子発現に関与するＲＮＡエレメント（例えば、シャイン・ダルガノ（ＳＤ）エレメント；転写ターミネーターステム）を干渉する「発現プラットフォーム」から構成されることが明らかになっている。当該分野において必要とされているものは、リシンリボスイッチを調節するために使用することができる方法および組成物である。

Ｍａｔｔｈｅｗｓ，Ｋ．Ｓ．，ａｎｄＮｉｃｈｏｌｓ，Ｊ．Ｃ．，１９９８，Ｐｒｏｇ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５８，１２７−１６４Ｓｗｉｔｚｅｒ，Ｒ．Ｌ．ら、１９９９，Ｐｒｏｇ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．６２，３２９−３６７Ｂａｂｉｔｚｋｅ，Ｐ．，ａｎｄＧｏｌｌｎｉｃｋ，Ｐ．，２００１，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８３，５７９５−５８０２Ｐｔａｓｈｎｅ，Ｍ．，ａｎｄＧａｎｎ，Ａ．（２００２）．ＧｅｎｅｓａｎｄＳｉｇｎａｌｓ．ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，ＮＹＨａｎｎｏｎ，Ｇ．Ｊ．２００２，Ｎａｔｕｒｅ４１８，２４４−２５１Ｃｅｃｈ＆Ｇｏｌｄｅｎ，ＢｕｉｌｄｉｎｇａｃａｔａｌｙｔｉｃａｃｔｉｖｅｓｉｔｅｕｓｉｎｇｏｎｌｙＲＮＡ．，ｐｐ．３２１−３５０（１９９８）Ｂｒｅａｋｅｒ，Ｉｎｖｉｔｒｏｓｅｌｅｃｔｉｏｎｏｆｃａｔａｌｙｔｉｃｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．９７，３７１−３９０（１９９７）Ｏｓｂｏｒｎｅ＆Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ，Ｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄｓｅｌｅｃｔｉｏｎａｎｄｔｈｅｃｈａｌｌｅｎｇｅｏｆｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．９７，３４９−３７０（１９９７）Ｈｅｒｍａｎｎ＆Ｐａｔｅｌ，Ａｄａｐｔｉｖｅｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｂｙｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄａｐｔａｍｅｒｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ２８７，８２０−８２５（２０００）Ｓｏｕｋｕｐ＆Ｂｒｅａｋｅｒ，ＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇｐｒｅｃｉｓｉｏｎＲＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｓｗｉｔｃｈｅｓ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９６，３５８４−３５８９（１９９９）Ｓｅｅｔｈａｒａｍａｎら、Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄｒｉｂｏｓｗｉｔｃｈｅｓｆｏｒｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｏｍｐｌｅｘｃｈｅｍｉｃａｌａｎｄｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｍｉｘｔｕｒｅｓ．ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９，３３６−３４１（２００１）Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｎ，Ｄ．Ｊ．Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２０００，２８７，８２０Ｌ．Ｇｏｌｄら、ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ１９９５，６４，７６３

（発明の簡潔な要旨）
ある特定の天然のｍＲＮＡが、代謝産物感受性の遺伝子スイッチとして働くことが発見されており、そのＲＮＡは、有機小分子に直接結合する。この結合プロセスは、そのｍＲＮＡの立体配座を変化させ、それによって、種々の様々なメカニズムにより遺伝子発現の変化が引き起こされる。その天然のスイッチは、抗生物質および他の小分子治療に対する標的である。

リシンリボスイッチを活性化し得るか、不活性化し得るか、または遮断し得る化合物およびそのような化合物を含んでいる組成物が開示される。リシンリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断するための組成物および方法もまた開示される。リボスイッチは、トリガー分子の結合または除去を介して遺伝子発現を調節するように機能する。化合物を使用することによって、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することができる。リボスイッチに対するトリガー分子（ならびに他の活性化化合物）を使用することによって、リボスイッチを活性化することができる。トリガー分子以外の化合物は、一般に、リボスイッチを不活性化するか、または遮断するために使用され得る。リボスイッチはまた、例えば、リボスイッチが存在するところからトリガー分子を除去することによって、不活性化され得る。リボスイッチは、例えば、そのリボスイッチを活性化しないトリガー分子のアナログの結合によって遮断され得る。

化合物とＲＮＡ分子とを接触させることによってＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子をコードする遺伝子の発現を変化させるための組成物および方法もまた開示され、ここで、そのＲＮＡ分子は、リシンリボスイッチを含む。リボスイッチは、トリガー分子の結合または除去を介して遺伝子発現を調節するように機能する。従って、リシンリボスイッチを含む目的のＲＮＡ分子を、そのリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する条件に供することによって、そのＲＮＡの発現を変化させることができる。例えば、転写の終結またはＲＮＡとリボソームとの結合の遮断の結果として、発現を変化させることができる。リボスイッチの性質に応じて、トリガー分子またはそのアナログの結合は、ＲＮＡ分子の発現を減少させ得るか、もしくは妨害し得るか、またはＲＮＡ分子の発現を促進し得るか、もしくは増加させ得る。

リシンリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することによってこのリボスイッチを含む天然に存在する遺伝子またはＲＮＡの発現を制御するための組成物および方法もまた開示される。その遺伝子が、それを含んでいる細胞または生物の生存に不可欠である場合、リシンリボスイッチの活性化、不活性化または遮断は、その細胞または生物の死、停止または衰弱をもたらし得る。例えば、微生物の生存に不可欠な天然に存在する遺伝子内の天然に存在するリボスイッチの活性化は、微生物の死をもたらし得る（そのリボスイッチの活性化が発現を停止させるか、または抑制する場合）。これは、抗菌作用および抗生作用のために、開示される化合物および方法を使用することに対する１つの根拠である。

遺伝子発現を阻害する方法が本明細書中に開示され、その方法は、（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、（ｂ）その化合物は、式Ｉ：

の構造を有し、ここで、Ｒ_２およびＲ_３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ_１は、負に帯電し、Ｒ_４は、負に帯電しているか、またはＲ_１およびＲ_４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ_１またはＲ_４の少なくとも１つは、ＣＨ_２、ＣＨ_３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１４、ＣＨ−Ｒ_１４またはＮ−Ｒ_１４であり得、ここで、Ｒ_１４は、ＣＨ_２、ＣＨ_３、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻またはＳＨであり得、
Ｒ_９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり得、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり得、
Ｒ_２は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ_３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり得、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ_７は、Ｒ_２＞Ｒ_６＞Ｒ_８の優先順位に基づいてＳ配置を有し得、
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_１０およびＲ_１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり得、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し得、
上記化合物は、リシンではなく、上記細胞は、リシン応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、上記化合物は、リシン応答性リボスイッチに結合することによって上記遺伝子の発現を阻害する。

Ｒ_３は、正に帯電し得、水素結合供与体として機能し得る。Ｒ_５は、帯電していない可能性がある。Ｒ_９は、Ｃ、ＯまたはＳであり得る。Ｒ_３のｐＫ_ａは、７以上であり得る。Ｒ_１３は、正に帯電し得、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり得る。

１つの例において、Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_９、Ｒ_１０およびＲ_１１は、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ_２ではない。

別の例において、Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_９は、同時にそれぞれＯ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＳではない。さらに、別の例において、Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３およびＲ_４は、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ_３ ^＋およびＯではない。別の例において、Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_９は、同時にそれぞれＣＯ_２ ⁻、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋およびＨではない。さらなる例において、Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_１１は、同時にそれぞれＯ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＣ−ＣＯ_２ ⁻ではない。さらなる例において、Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３およびＲ_４は、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＳではない。

１つの例において、Ｒ_９は、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり得、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である。

Ｒ_２が、ＮＨ_２ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムである化合物。

別の例において、Ｒ_３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり得、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない。

さらなる例において、Ｒ_１０は、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり得る。さらなる例において、Ｒ_７は、ＣＨであり得る。

上記細胞は、遺伝子発現が阻害される必要があると同定され得る。上記細胞は、例えば、細菌細胞であり得、上記化合物は、細菌細胞を殺滅し得るか、または細菌細胞の成長を阻害し得る。その化合物を対象に投与することによって、その化合物と細胞とが接触し得る。１つの例において、上記化合物は、基質としてリシンを有する対象の酵素に対する基質ではない。上記化合物はまた、リシンを変化させる対象の酵素に対する基質でもない可能性がある。上記化合物はまた、リシンを代謝する対象の酵素に対する基質でもない可能性がある。上記化合物は、リシンを異化する対象の酵素に対する基質でもない可能性がある。上記細胞は、対象内の細菌細胞であり得、ここで、上記化合物は、細菌細胞を殺滅するか、または細菌細胞の成長を阻害する。

式Ｉ：

の構造を有する化合物が本明細書中に開示され、ここで、Ｒ_２およびＲ_３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ_１は、負に帯電し、Ｒ_４は、負に帯電しているか、またはＲ_１およびＲ_４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ_１またはＲ_４の少なくとも１つは、ＣＨ_２、ＣＨ_３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１４、ＣＨ−Ｒ_１４またはＮ−Ｒ_１４であり得、ここで、Ｒ_１４は、ＣＨ_２、ＣＨ_３、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻またはＳＨであり得、
Ｒ_９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり得、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり得、
Ｒ_２は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ_３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり得、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ_７は、Ｒ_２＞Ｒ_６＞Ｒ_８の優先順位に基づいてＳ配置を有し得、
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_１０およびＲ_１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり得、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し得、
上記化合物は、リシンではない。

上に記載された化合物、ならびにコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる調節可能な遺伝子発現構築物を含む組成物がさらに開示され、ここで、このリシンリボスイッチは、ＲＮＡの発現を調節し、そしてこのリシンリボスイッチおよびコード領域は、異種性である。リシンリボスイッチは、本化合物によって活性化されるとき、シグナルを生成することができる。例えば、そのリボスイッチは、本化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させることができ、その立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成することができる。さらに、そのリボスイッチは、本化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させることができ、その立体配座の変化が、リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化を引き起こし、その発現の変化が、シグナルを生成する。そのシグナルは、上記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成され得る。

（ａ）上に記載されたような化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程（その阻害は、リシンリボスイッチを介するものである）および（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程を包含する方法もまた開示され、ここで、上記細胞は、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、上記化合物は、リシンリボスイッチに結合することによって遺伝子の発現を阻害する。

細菌の成長を阻害し、そして／または細菌を殺滅する方法がさらに開示され、その方法は、細菌と、上で開示された化合物とを接触させる工程を包含する。対象内の細菌細胞などの細胞の成長を阻害する方法もまた、本明細書中に開示され、その方法は、有効量の本明細書中に開示されるような化合物を対象に投与する工程を包含する。これによって、その化合物が細胞と接触し得る。対象は、例えば、細菌に感染している可能性があり、その細菌細胞は、化合物によって阻害される細胞であり得る。その細菌は、任意の細菌であり得る。細菌の成長はまた、細菌が見られる任意の状況において阻害され得る。例えば、体液中、バイオフィルム中および表面上の細菌の成長が、阻害され得る。本明細書中に開示される化合物は、他の任意の化合物または組成物と併用して投与され得るか、または使用され得る。例えば、開示される化合物は、別の抗菌化合物と併用して投与され得るか、または使用され得る。

リボスイッチを活性化し得るか、不活性化し得るか、または遮断し得る化合物を選択するためおよび同定するための組成物および方法もまた開示される。リボスイッチの活性化とは、トリガー分子が結合したときのリボスイッチの状態の変化のことを指す。リボスイッチは、トリガー分子以外の化合物によって、そして、トリガー分子の結合以外の方法で活性化され得る。トリガー分子という用語は、リボスイッチを活性化することができる分子および化合物のことを指すために本明細書中で使用される。これは、リボスイッチに対する天然または通常のトリガー分子およびリボスイッチを活性化することができる他の化合物を含む。天然または通常のトリガー分子は、天然における所与のリボスイッチに対するトリガー分子であるか、または、いくつかの天然でないリボスイッチの場合は、リボスイッチが設計されたか、またはリボスイッチが選択された（例えば、インビトロ選択またはインビトロ進化技術などにおいて）トリガー分子である。天然でないトリガー分子は、非天然トリガー分子と呼ばれ得る。

リボスイッチの不活性化とは、トリガー分子が結合していないときのリボスイッチの状態の変化のことを指す。リボスイッチは、トリガー分子以外の化合物の結合によって、そしてトリガー分子の除去以外の方法において、不活性化され得る。リボスイッチの遮断とは、トリガー分子の存在がリボスイッチを活性化しない、リボスイッチの条件または状態のことを指す。リボスイッチの活性化は、任意の適当な様式で評価され得る。例えば、リボスイッチは、レポーターＲＮＡに連結され得、そのレポーターＲＮＡの発現、発現レベルまたは発現レベルの変化を、試験化合物の存在下および非存在下において、測定することができる。別の例として、リボスイッチは、立体配座依存性標識を含み得、その標識からのシグナルは、リボスイッチの活性化状態に応じて変化する。そのようなリボスイッチは、好ましくは、天然に存在するリボスイッチからのアプタマードメインまたは天然に存在するリボスイッチに由来するアプタマードメインを使用する。リボスイッチの活性化の評価は、理解されているように、コントロールアッセイもしくは測定を使用して行われ得るか、またはコントロールアッセイもしくは測定を使用せずに行われ得る。リボスイッチを不活性化する化合物を同定するための方法は、同様の方法で行われ得る。

リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する化合物を同定し、そしてその同定された化合物を製作することによって作製される化合物もまた開示される。これは、例えば、本明細書中の他の箇所に開示されるような化合物の同定方法を、同定された化合物を製作するための方法と組み合わせることによって達成され得る。例えば、化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、そのリボスイッチの活性化を評価し、そして、リボスイッチが試験化合物によって活性化された場合にリボスイッチを活性化する試験化合物を化合物として製作することによって、作製され得る。

化合物によるリボスイッチの活性化、不活性化または遮断を確認し、そしてその確認された化合物を製作することによって作製される化合物もまた開示される。これは、例えば、本明細書中の他の箇所に開示されるような化合物の活性化、不活性化または遮断の評価方法を、確認された化合物を製作するための方法と組み合わせることによって達成され得る。例えば、化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、そのリボスイッチの活性化を評価し、そしてリボスイッチが試験化合物によって活性化された場合にリボスイッチを活性化する試験化合物を化合物として製作することによって作製され得る。リボスイッチを活性化する能力、不活性化する能力または遮断する能力について化合物を確認することは、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断すると事前に知られていない化合物の同定と、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断するとすでに知られた化合物がリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する能力の評価との両方のことを指す。

対象内の細菌細胞などの細胞の成長を阻害する方法もまた本明細書中に開示され、その方法は、本明細書中に開示されるような有効量の化合物を対象に投与する工程を包含する。これによって、化合物が細胞と接触し得る。対象は、例えば、細菌に感染している可能性があり、細菌細胞は、上記化合物によって阻害されるべき細胞であり得る。その細菌は、例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｅｒｗｉｎｉａ属、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ属、Ｉｄｉｏｍａｒｉｎａ属、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ属、Ｌｉｓｔｅｒｉａ属、Ｍｏｏｒｅｌｌａ属、Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ属、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ属、Ｓｈｉｇｅｌｌａ属、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ属、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ属、Ｔｈｅｒｍｏｔｏｇａ属、およびＶｉｂｒｉｏ属の細菌などの任意の細菌であり得る。細菌の成長は、細菌が見出される任意の状況においても阻害され得る。例えば、体液中、バイオフィルム中および表面上の細菌の成長が、阻害され得る。本明細書中に開示される化合物は、他の任意の化合物または組成物と併用して投与され得るか、または使用され得る。例えば、開示される化合物は、別の抗菌化合物と併用して投与され得るか、または使用され得る。

開示される方法および組成物のさらなる利点は、以下の説明に部分的に示され、また、その説明から部分的に理解されるか、または開示される方法および組成物の実施によって理解され得る。開示される方法および組成物の利点は、添付の特許請求の範囲において特に指摘されるエレメントおよび組み合わせを用いて実現化され、達成される。前述の全般的な説明と以下の詳細な説明との両方が、例示であって単なる説明であり、特許請求される本発明を限定しないと理解されるべきである。

本明細書に組み込まれ、本明細書の一部を構成する添付の図面は、開示される方法および組成物のいくつかの実施形態を図示し、そして、説明と併せて、開示される方法の原理および組成物の説明に役立つものである。

図１は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来のｌｙｓＣリボスイッチの構造および機能を示している。（ａ）Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来の、抑制された状態のｌｙｓＣ５’−ＵＴＲの配列および二次構造モデル。ある特定のヌクレオチドが、バイオインフォマティクスによって同定された代表の少なくとも９０％において保存されている。リガンドの非存在下において形成する推定上のアンチターミネーターヘアピンもまた示されている。さらなる６３ヌクレオチドが、ヌクレオチド２６８とｌｙｓＣ開始コドンとの間に存在する。ヌクレオチド２７から２０５におよぶ１７９ヌクレオチドの構築物（１７９ｌｙｓＣ）（角括弧で囲まれた部分）を使用して、リガンド結合親和性が測定される。リガンドが結合したときに自発的に切断活性が変化するヌクレオチドが囲まれており（領域Ａ、ＢおよびＣ）、図２ｂにおいて同定されるバンドに対応する。図１は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来のｌｙｓＣリボスイッチの構造および機能を示している。（ｂ）Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおけるリシン生合成経路。各工程における酵素またはトランスポーターをコードする遺伝子の名称は、黒矢印の近くに示される。アスパルトキナーゼＩＩおよびリシン特異的インポーター（ｉｍｐｏｒｔｅｒ）（四角で囲まれたｌｙｓＣおよびｙｖｓＨ）の発現は、各遺伝子の５’−ＵＴＲにおけるリシンリボスイッチによって調節される。リシンの各炭素原子に対するＩＵＰＡＣナンバリングを示す。リシンアナログであるＬ−アミノエチルシステイン（ＡＥＣ、四角で囲まれている）は、Ｃ４が硫黄で置換されているという点でリシンと異なり、それもまた示されている。図２は、リシンリボスイッチレセプターによる分子認識を示している。（ａ）１７９ｌｙｓＣへの結合について本研究において調べられたリシンアナログの化学構造。インラインプロービング（ｉｎ−ｌｉｎｅｐｒｏｂｉｎｇ）に使用された条件下において予想されるプロトン化状態が、各官能基について示されている。影がつけられた領域は、リシンとは異なる官能基を強調している。各アナログと１７９ｌｙｓＣとの相互作用に対するＫ_Ｄ値は、示されている標準偏差をもたらす２回の独立した反復の平均値である。図２は、リシンリボスイッチレセプターによる分子認識を示している。（ａ）１７９ｌｙｓＣへの結合について本研究において調べられたリシンアナログの化学構造。インラインプロービング（ｉｎ−ｌｉｎｅｐｒｏｂｉｎｇ）に使用された条件下において予想されるプロトン化状態が、各官能基について示されている。影がつけられた領域は、リシンとは異なる官能基を強調している。各アナログと１７９ｌｙｓＣとの相互作用に対するＫ_Ｄ値は、示されている標準偏差をもたらす２回の独立した反復の平均値である。図２は、リシンリボスイッチレセプターによる分子認識を示している。（ｂ）２を用いた１７９ｌｙｓＣのインラインプロービング解析によって生成された代表的な変性ポリアクリルアミドゲル分離産物。使用したＬ−４−オキサリシン（２）の濃度は、１ｎＭ〜６ｍＭの範囲であった。（ＮＲ）は、未処理の全長ＲＮＡを示しており、（−）は、いかなる化合物も加えられていない反応を表している。各産物のバンドの長さは、ＲＮアーゼＴ１（Ｔ１）による部分消化物およびアルカリ（⁻ＯＨ）による部分消化物と比較することによって決定される。番号が付けられたバンドは、ＲＮアーゼＴ１消化の選択された産物（Ｇ特異的切断）に対応する。図２は、リシンリボスイッチレセプターによる分子認識を示している。（ｃ）リシンまたはＬ−４−オキサリシン（２）の濃度に対して、領域Ａ、ＢおよびＣにおいて切断されたＲＮＡの正規化された割合を示しているプロット。この曲線は、２状態の結合モデルに対する方程式に対するデータの最適を示している（実施例１）。（ｄ）リシンリボスイッチの分子認識の特徴の模式図。図３は、細菌の成長を阻害して遺伝子発現を抑制するリシン誘導体を示している。（ａ）既知組成の最少培地におけるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓの成長（実施例１）を、１００μＭの各リシン誘導体（化合物は図２のとおりにナンバリングされている）の存在下またはいかなる化合物も加えられていない状態（−）において、培養物の５９５ｎｍにおける吸光度を測定することによってモニターした。成長は、示されていない化合物によって有意に阻害されなかった。図３は、細菌の成長を阻害して遺伝子発現を抑制するリシン誘導体を示している。（ｂ）１００μＭの各リシンアナログの存在下における６時間後の細菌の成長のプロット（化合物が加えられていない成長（−）に対して正規化されている）。丸印は、１３μＭ未満のＫ_Ｄでリボスイッチに結合するリシンアナログを強調している。図３は、細菌の成長を阻害して遺伝子発現を抑制するリシン誘導体を示している。（ｃ）２４時間にわたって成長を完全に阻害するために必要な各化合物の最低濃度（ＭＩＣ）。５ｍＭの示される各誘導体の存在下において３時間生育した後の、野生型Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株においてｌｙｓＣリボスイッチの第２コピーに融合されたβ−ガラクトシダーゼ遺伝子の発現（Ｍｉｌｌｅｒ単位）もまた示されている。灰色で強調されている化合物は、リボスイッチに結合し、成長を完全に阻害し、そして遺伝子発現を抑制する。図３は、細菌の成長を阻害して遺伝子発現を抑制するリシン誘導体を示している。（ｄ）０．３μＭから１ｍＭまでリシン、１または２の濃度を上げていくときの関数としての、ｃに記載されたようなβ−ガラクトシダーゼ発現。相対発現は、いかなる化合物も加えられないときのＭｉｌｌｅｒ単位に対して、各濃度におけるＭｉｌｌｅｒ単位を示している。矢印は、１および２のＭＩＣを示している。図４は、リシン誘導体に対する耐性を付与し、リシンリボスイッチを抑制解除するリシンリボスイッチ内の変異を示している。（ａ）Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓｌｙｓＣリボスイッチにおいて同定されたＭ１変異体およびＭ２変異体におけるヌクレオチドの変化を四角で囲っている。各変異によってもたらされるインラインプロービングパターンの変化（ｃに示される）は、丸で囲まれている。図４は、リシン誘導体に対する耐性を付与し、リシンリボスイッチを抑制解除するリシンリボスイッチ内の変異を示している。（ｂ）Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓの野生型、Ｍ１株またはＭ２株に対する各化合物についてのＭＩＣ値が与えられる。Ｋ_Ｄ値は、示されている化合物と、野生型、Ｍ１またはＭ２リボスイッチの１７９ヌクレオチドのレセプタードメインとの３７℃における相互作用に対するものであり、Ｍｉｌｌｅｒ単位は、変異を有しないか、またはＭ１変異もしくはＭ２変異を有するリシンリボスイッチによって制御されるβ−ガラクトシダーゼ遺伝子の発現を示している。各場合において、レポーター遺伝子は、５ｍＭ（ＷＴ）または１ｍＭ（Ｍ１およびＭ２）の示されているリシン誘導体の存在下において３時間にわたって生育中の野生型Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株において発現された。図４は、リシン誘導体に対する耐性を付与し、リシンリボスイッチを抑制解除するリシンリボスイッチ内の変異を示している。（ｃ）示されている温度における、Ｍ１変異またはＭ２変異のいずれかを用いた、１７９ヌクレオチドのｌｙｓＣレセプタードメインのインラインプロービング解析。各変異によって誘導される自発的な切断パターンの変化を強調している（さらなる詳細は、図２ｂに対する説明文に記載されているとおりである）。（ｄ）野生型、Ｍ１またはＭ２リシンリボスイッチに対応するＤＮＡ鋳型のインビトロにおける転写解析。各レーンについて示されるように、１０ｍＭリシンの存在下（＋）または非存在下（−）においてＥ．ｃｏｌｉＲＮＡポリメラーゼホロ酵素を用いて反応を行った。終結したＲＮＡ＋完全長（ＦＬ）ＲＮＡの総量に対する、予想される部位（図１ａ）における転写終結（Ｔ）のパーセンテージが各レーンの下に記されている。図４は、リシン誘導体に対する耐性を付与し、リシンリボスイッチを抑制解除するリシンリボスイッチ内の変異を示している。（ｅ）示されている化合物の濃度を上げていく関数としてのリシンリボスイッチのインビトロにおける転写解析。リシンによって終結効率が最大半量に達した見かけの濃度（Ｔ_５０）をＷＴまたはＭ２リボスイッチについて破線で示す。図５は、すべての既知のリシンリボスイッチの例の配列を比較することによって決定されたリシンリボスイッチに対するコンセンサス配列および二次構造を示している。図６は、細菌におけるリシンの生合成および移入に対する経路を示している。下線が引かれた遺伝子名を除いて、Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓにおいて見られる、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ遺伝子名および推定上のリシントランスポーター遺伝子の名称（四角で囲まれている）が全体にわたって使用されている。ほとんどの細菌種は、Ｅ．ｃｏｌｉにおいてｄａｐＤ、ｄａｐＣおよびｄａｐＥ遺伝子の産物によって触媒される２つのＮ−スクシニル中間体を介して、テトラヒドロジピコリネートをＬ，Ｌ−ジアミノピメレートに変換する。Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓをはじめとしたいくつかの種は、ｄａｐＤ、ｐａｔＡおよびｙｋｕＲ遺伝子の産物によって触媒されるＮ−アセチル中間体を介してこの変換を達成する。リシンの合成に加えて、多くの細菌は、それらの環境からリシンを移入する。十分に特徴付けられたリシン特異的インポーターは、Ｅ．ｃｏｌｉ、いくつかのグラム陰性種およびグラム陽性種においてｌｙｓＰによってコードされる。さらに、３つの他の推定上のリシントランスポーターが、リシンリボスイッチによって調節される遺伝子の比較解析によって最近同定された。Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのｙｖｓＨ遺伝子は、ＡＰＡ塩基性アミノ酸／ポリアミンアンチポーターファミリーに対して高い配列類似性を有する推定上のリシントランスポーターをコードする。Ｖｉｂｒｉｏ種およびＳｈｅｗａｎｅｌｌａ種に見られるｌｙｓＷクラスの遺伝子は、ＮｈａＣＮａ＋：Ｈ＋アンチポータースーパーファミリーに対して高い配列類似性を有する推定上のトランスポーターをコードする。ｌｙｓＸＹクラスの推定上のリシントランスポーターは、他のアミノ酸に対するＡＴＰ依存性輸送系に対して高い配列類似性を有する。図７は、示されるように、様々な化合物を含んでいる最少培地が補充されたときのＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓリシン栄養要求株１Ａ４０の成長を示している。化合物３（化合物の同定については図２を参照のこと）とリシンとの両方が、既知組成の最少培地において成長を助ける（実施例１）。１ｍＭの示される化合物の存在下または加えられる化合物の非存在下（−）において、３時間後に６００ｎｍにおける吸光度を測定することによって、成長を確立した。

（発明の詳細な説明）
開示される方法および組成物は、以下の特定の実施形態の詳細な説明およびその中に含まれる実施例ならびに図およびその図の前後の説明を参照することにより、一層容易に理解することができる。

メッセンジャーＲＮＡは、代表的には、タンパク質または低分子ＲＮＡが制御する因子および翻訳プロセス中のリボソームによって作用される、遺伝情報の受動的な運搬体であると考えられている。ある特定のｍＲＮＡが、天然のアプタマードメインを有し、そしてこれらのＲＮＡドメインに特定の代謝産物が直接結合することによって、遺伝子発現の調節がもたらされることが発見された。天然のリボスイッチは、典型的には天然のＲＮＡと関連しない２つの驚くべき機能を示す。第１に、そのｍＲＮＡエレメントは、異なる構造状態をとり得、ここで、１つの構造は、その標的代謝産物に対する正確な結合ポケットとして機能する。第２に、その構造状態間の代謝産物誘導性のアロステリックな相互変換が、いくつかの異なるメカニズムのうちの１つによって、遺伝子発現のレベルの変化をもたらす。リボスイッチは、典型的には、２つの別個のドメインに分けられ得る：一方は、標的に選択的に結合し（アプタマードメイン）、他方は、遺伝子制御に影響を及ぼす（発現プラットフォーム）。これらの２つのドメイン間の動的な相互作用が、遺伝子発現の代謝産物依存性のアロステリック制御をもたらす。

様々なクラスのリボスイッチが同定されており、リボスイッチは、活性化化合物（本明細書中でトリガー分子と呼ばれる）を選択的に認識すると示されている。例えば、コエンザイムＢ_１２、グリシン、チアミンピロホスフェート（ＴＰＰ）およびフラビンモノヌクレオチド（ＦＭＮ）は、これらの化合物の代謝経路または輸送経路において重要な酵素をコードする遺伝子内に存在するリボスイッチを活性化する。各リボスイッチクラスのアプタマードメインは、高度に保存されたコンセンサス配列および構造に一致する。従って、配列相同性検索を使用することにより、関連するリボスイッチドメインを同定することができる。リボスイッチドメインは、細菌、古細菌および真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）の様々な生物において発見されている。

リシンリボスイッチは、リシン濃度を感知し、リシン生合成および輸送遺伝子の発現を調節する細菌ＲＮＡ構造体である。このリボスイッチのメンバーは、メッセンジャーＲＮＡの５’−非翻訳領域（５’−ＵＴＲ）中に見出され、そこでそれらはリシンに対する高度に選択されたレセプターを形成する。このレセプターへのリシンの結合は、ｍＲＮＡ三次構造を安定化させ、たいたいの場合において、隣接するオープンリーディングフレームが発現され得る前に転写終結を引き起こし得る。リシンリボスイッチは、リボスイッチに結合し、リシン生合成および遺伝子発現を抑制する化合物を設計することで、抗菌療法のために用いられ得る。リシンアナログがリボスイッチに結合し、それにより細菌の成長を阻害することが同定され、その作用メカニズムが解明された（実施例１）。

Ａ．リボスイッチＲＮＡの一般的な構成
細菌のリボスイッチＲＮＡは、特定のｍＲＮＡの主要なコード領域の５’−非翻訳領域（５’−ＵＴＲ）内に主に配置されている遺伝子制御エレメントである。構造的に探索する研究（以下でさらに述べる）から、リボスイッチエレメントが、一般に２つのドメイン：リガンド結合ドメインとして働く天然のアプタマー（Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｎ，Ｄ．Ｊ．Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２０００，２８７，８２０；Ｌ．Ｇｏｌｄら、ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ１９９５，６４，７６３）および遺伝子発現に関与するＲＮＡエレメント（例えば、シャイン・ダルガノ（ＳＤ）エレメント；転写ターミネーターステム）を干渉する「発現プラットフォーム」から構成されることが明らかになっている。これらの結論は、インビトロにおいて合成されたアプタマードメインが、発現プラットフォームの非存在下において適切なリガンドと結合するという観察結果から導き出される（米国出願公開番号２００５−００５３９５１の実施例２、３および６を参照のこと）。さらに、構造的に探索する調査から、ほとんどのリボスイッチのアプタマードメインは、独立して調べられたときに特定の２次構造および３次構造をとる（５’リーダーＲＮＡ全体の状態において調べられたときのアプタマー構造と本質的に同一である）と示唆される。このことから、多くの場合において、そのアプタマードメインは、発現プラットフォームとは無関係に折り畳まれるモジュラーユニットであることが示唆される（米国出願公開番号２００５−００５３９５１の実施例２、３および６を参照のこと）。

最終的には、そのアプタマードメインのリガンドに結合した状態または結合していない状態は、遺伝子発現に対して影響を及ぼすことに関与する発現プラットフォームを介して説明される。リボスイッチをモジュラーエレメントとみなすことは、アプタマードメインが、様々な生物間で（また、ＴＰＰリボスイッチに対して観察されるように界の間でさえも）高度に保存されている（Ｎ．Ｓｕｄａｒｓａｎら、ＲＮＡ２００３，９，６４４）のに対し、発現プラットフォームは、配列、構造および付随するオープンリーディングフレームの発現を制御するメカニズムの点で異なるという事実によってさらに裏付けられる。例えば、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのｔｅｎＡｍＲＮＡのＴＰＰリボスイッチへのリガンド結合は、転写終結を引き起こす（Ａ．Ｓ．Ｍｉｒｏｎｏｖら、Ｃｅｌｌ２００２，１１１，７４７）。この発現プラットフォームは、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のｔｈｉＭｍＲＮＡにおけるＴＰＰリボスイッチの発現プラットフォームと比べて配列および構造の点で異なり、ここで、ＴＰＰ結合は、ＳＤを遮断するメカニズムによって翻訳の阻害を引き起こす（米国出願公開番号２００５−００５３９５１の実施例２を参照のこと）。そのＴＰＰアプタマードメインは、容易に認識可能であり、これらの２つの転写単位間でほぼ同一の機能的特徴を有するが、それらを行う遺伝子制御メカニズムおよび発現プラットフォームは、非常に異なる。

リボスイッチＲＮＡに対するアプタマードメインは、典型的には、約７０〜１７０ｎｔ長の範囲である（米国出願公開番号２００５−００５３９５１の図１１）。インビトロ進化実験から、長さがかなり短くて構造が複雑な多岐にわたる小分子結合アプタマーが同定されたことを考えると上記の観察結果は、やや予想外のことであった（Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｎ，Ｄ．Ｊ．Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２０００，２８７，８２０；Ｌ．Ｇｏｌｄら、ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ１９９５，６４，７６３；Ｍ．Ｆａｍｕｌｏｋ，ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎｉｏｎｉｎＳｔｒｕｃｔｕｒａｌＢｉｏｌｏｇｙ１９９９，９，３２４）。人工アプタマーと比べて天然のアプタマー配列の複雑度および情報量が実質的に多いことに対する原因は、依然明らかにされていないが、この複雑度は、高い親和性および選択性で機能するＲＮＡレセプターを形成するために必要であると考えられる。リガンド−リボスイッチ複合体に対する見かけのＫ_Ｄ値は、低ナノモル濃度から低マイクロモル濃度の範囲である。いくつかのアプタマードメインが、付随する発現プラットフォームから単離されるときに、インタクトなリボスイッチの親和性よりも、標的リガンドに対して改善された親和性を示す（約１０〜１００倍）こともまた、注目に値する（米国出願公開番号２００５−００５３９５１の実施例２を参照のこと）。おそらく、非常に完全なリボスイッチＲＮＡが求める多数の異なるＲＮＡ立体配座をサンプリングするには、かなりの労力がかかり、このことは、リガンド親和性の低下によって反映される。アプタマードメインが、分子スイッチとして機能しなければならないので、これは、より複雑な構造を合理的に説明するのを助けうる天然のアプタマーに対する機能的な要求に加えられ得る。

Ｂ．細菌における転写終結のリボスイッチ調節
細菌は、転写を終結させるために主に２つの方法を使用する。ある特定の遺伝子は、Ｒｈｏタンパク質に依存する終結シグナルを組み込んでおり（Ｊ．Ｐ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ，ＢｉｏｃｈｉｍｉｃａｅｔＢｉｏｐｈｙｓｉｃａＡｃｔａ２００２，１５７７，２５１）、他の遺伝子は、転写伸長複合体を不安定化するために、Ｒｈｏとは無関係のターミネーター（内因性ターミネーター）を使用する（Ｉ．Ｇｕｓａｒｏｖ，Ｅ．Ｎｕｄｌｅｒ，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｅｌｌ１９９９，３，４９５；Ｅ．Ｎｕｄｌｅｒ，Ｍ．Ｅ．Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧｅｎｅｓｔｏＣｅｌｌｓ２００２，７，７５５）。後者のＲＮＡエレメントは、１続きの６〜９個のウリジル残基が続くＧＣリッチのステムループから構成される。内因性ターミネーターは、細菌のゲノム全体に広がっており（Ｆ．Ｌｉｌｌｏら、２００２，１８，９７１）、典型的には遺伝子またはオペロンの３’末端に配置されている。興味深いことに、５’−ＵＴＲ内に配置された内因性ターミネーターについてのますます多くの例が、観察されている。

細菌によって用いられる多岐にわたる遺伝子制御ストラテジーのうち、ＲＮＡポリメラーゼが制御された様式で５’−ＵＴＲ内の終結シグナルに応答するクラスの例が増大している（Ｔ．Ｍ．Ｈｅｎｋｉｎ，ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎｉｏｎｉｎＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ２０００，３，１４９）。ある特定の条件において、ＲＮＡポリメラーゼ複合体は、外部シグナルによって、終結シグナルを感知するか、または無視するように指示される。転写開始は、調節なしに起き得るが、ｍＲＮＡ合成に対する（および遺伝子発現の）制御は、最終的には内因性ターミネーターの調節によって決定される。おそらく、少なくとも２つの相互排他的なｍＲＮＡ立体配座のうちの１つが、転写終結をシグナル伝達するＲＮＡ構造の形成または破壊をもたらす。トランス作用因子は、いくつかの場合においてＲＮＡであり（Ｆ．Ｊ．Ｇｒｕｎｄｙら、ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａ２００２，９９，１１１２１；Ｔ．Ｍ．Ｈｅｎｋｉｎ，Ｃ．Ｙａｎｏｆｓｋｙ，Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ２００２，２４，７００）、他の場合ではタンパク質であり（Ｊ．Ｓｔｕｌｋｅ，ＡｒｃｈｉｖｅｓｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ２００２，１７７，４３３）、一般には、特定の細胞内シグナルを受け、その後にＲＮＡ立体配座の１つを安定化するために必要である。リボスイッチは、ＲＮＡ構造調節と遺伝子制御機構によって判断される代謝産物シグナルとを直接結びつける。

たいていの臨床的な坑菌化合物は、わずか４種の細胞プロセスのうちの１種を標的にする（Ｗｏｌｆｓｏｎ２００６）。最近は、これらのプロセスを保護するために、耐性メカニズムを十分に発達させてきたが（Ｄ’Ｃｏｓｔａ２００６）、薬物療法を受けやすい新規の標的の探索に有用である。この攻撃されやすいプロセスのうちの１つの型が、リボスイッチによる遺伝子発現の調節である（Ｗｉｎｋｌｅｒ２００５）。特定のｍＲＮＡの５’−ＵＴＲにおいて代表的に見出されるが、高知のリボスイッチの各メンバーは、構造化されたレセプター（またはアプタマー）（Ｍａｎｄａｌ２００４）を有し、それは、発達して特定の基礎代謝産物に結合する。たいていの場合において、リガンド結合は、結合された代謝産物の合成または輸送に関与する遺伝子の発現を調節する。リボスイッチにより調節される生化学的経路は、細菌の生存に欠かすことのできないものであるため、リボスイッチ標的化を介したこれらの経路の抑制は致死的であり得る。

系統発生的な配列比較および構造プロービングデータは、リシンに結合されると、リシンリボスイッチのレセプタードメインは、５つのステムループ（Ｐ１〜Ｐ５）で構成される二次構造を形成し、それは高度に保存された単鎖コアから放射状に広がる（図１ａ）（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００３；Ｇｒｕｎｄｙ２００３；Ｒｏｄｉｏｎｏｖ２００３）ことを明らかにした。ステムＰ２およびＰ３塩基の末端ループは、互いに対を形成し、Ｐ２はまた、ループＥ構造モチーフ（Ｗｉｍｂｅｒｌｙ１９９３）およびＫ−ターンモチーフ（Ｋｌｅｉｎ２００１）の両方を含む。たいていの細菌において、リシン結合によるこの構造の安定化は、下流のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）が転写され得る前に、ＲＮＡ合成を止める転写終結の形成を可能にする（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００３）。半飽和リシンン濃度で、リボスイッチは代替構造を形成し、その中でアンチターミネーターヘアピン（図１ａ）は、ターミネーターヘアピンの形成を排除し、それにより隣接するＯＲＦの通常の転写を可能にする。

多くの細菌（臨床的に関連する病原体を含む）において（図１）、リシンリボスイッチは、アスパルトキナーゼＩＩ（これは、図２のＢａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓにおけるｌｙｓＣ遺伝子によりコードされる）の発現を調節し、この工程は、リシン、スレオニン、およびメチオニン生合成における第一の工程を触媒する（図６）（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００３；Ｇｒｕｎｄｙ２００３；Ｒｏｄｉｏｎｏｖ２００３）。アスパルテート−４−リン酸の下流の２つのリシン中間体（２，３−ジヒドロピコリネートおよびＬ，Ｌ−ジアミノピメレート）は、細胞壁および気孔のための前駆体でもある（Ｈｕｔｔｏｎ２００３；Ｂｕｇｇ１９９４）。多くの細菌はまた、リシン特異的インポーター（これは、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおけるｙｖｓＨ遺伝子によりコードされる）の発現を調節する（Ｒｏｄｉｏｎｏｖ２００３）。本明細書中に開示される化合物は、リシンリボスイッチレセプターに結合し、細菌がリシン不足のときでさえも、これらの遺伝子を抑制することで成長する。

数種の他の抗菌代謝産物はリボスイッチを標的化することで機能する（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００３；Ｓｕｄａｒｓａｎ２００５；Ｗｏｏｌｌｅｙ１９４３）。例えば、抗菌チアミンアナログのピリチアミン（Ｗｏｏｌｌｅｙ１９４３）は、チアミンピロホスフェート結合リボスイッチを標的化することでたいていは機能する（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００５）。同様に、抗菌リシンアナログであるＬ−アミノエチルシステイン（Ｓｈｉｏｔａ１９５８）（ＡＥＣ、Ｆｉｇ．１ｂ）は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来のｌｙｓＣリボスイッチに結合し、ｌｙｓＣリボスイッチにより調節されるレポーター遺伝子の発現を調節する（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）。さらに、ｌｙｓＣリボスイッチは、ＡＥＣに耐性のあるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ（Ｌｕ１９９１）およびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（Ｐａｔｔｅ１９９８）株中で変異する。

開示される方法および組成物は、別段詳細に述べられない限り、特定の合成方法、特定の分析技術または特定の試薬に限定されず、多様であり得ることが理解されるべきである。また、本明細書中で使用される用語は、特定の実施形態のみを記載するためのものであって、限定する意図はないことも理解されるべきである。

材料
開示される方法および組成物のために使用され得るか、その方法および組成物と組み合わせて使用され得るか、その方法および組成物のための調製において使用され得るか、またはその方法および組成物の生成物である、材料、組成物および構成要素が開示される。これらの材料および他の材料が本明細書中に開示され、また、これらの材料の組み合わせ、サブセット、相互作用、群などが開示されるときに、これらの化合物の様々な個別の組み合わせおよび集合的な組み合わせならびに順列のそれぞれに対する具体的な言及は、明示的に開示され得ないが、その各々は、本明細書中に明確に企図され、記載されることが理解される。例えば、リボスイッチまたはアプタマードメインが開示されて記述され、そして、そのリボスイッチまたはアプタマードメインをはじめとした多くの分子に対してなされ得る多くの改変が記述される場合、具体的に逆のことが示されない限り、リボスイッチまたはアプタマードメインのありとあらゆる組み合わせおよび順列ならびに可能な改変が、具体的に企図される。従って、分子Ａ、ＢおよびＣのクラスが、分子Ｄ、ＥおよびＦのクラスならびに分子の組み合わせの例Ａ−Ｄと同時に開示される場合、各々が個別に列挙されていなかったとしても、その各々は、個別かつ集合的に企図される。従って、この例では、Ａ、ＢおよびＣ；Ｄ、ＥおよびＦ；ならびに組み合わせ例Ａ−Ｄの開示から、組み合わせＡ−Ｅ、Ａ−Ｆ、Ｂ−Ｄ、Ｂ−Ｅ、Ｂ−Ｆ、Ｃ−Ｄ、Ｃ−ＥおよびＣ−Ｆの各々が、具体的に企図され、開示されると考えられるべきである。同様に、これらの任意のサブセットまたは組み合わせもまた、具体的に企図され、開示される。従って、Ａ、ＢおよびＣ；Ｄ、ＥおよびＦ；ならびに組み合わせ例Ａ−Ｄから、例えば、Ａ−Ｅ、Ｂ−ＦおよびＣ−Ｅというサブグループが、具体的に企図され、開示されると考えられるべきである。この考えは、本願のすべての態様（例えば、開示される組成物を作製する方法および使用する方法における工程が挙げられるがこれらに限定されない）に適用される。従って、実施され得る種々の追加工程が存在する場合、これらの追加工程の各々は、開示される方法の任意の特定の実施形態または実施形態の組み合わせとともに行われ得、そしてそのような組み合わせの各々は、具体的に企図され、開示されると考えられるべきであると理解される。

Ａ．リボスイッチ
リボスイッチは、発現されるＲＮＡ分子の一部であり、トリガー分子によって結合されたときに状態を変化させる発現制御エレメントである。リボスイッチは、典型的には、２つの別個のドメインに分けられ得る：一方は、標的に選択的に結合し（アプタマードメイン）、他方は、遺伝子制御に影響を及ぼす（発現プラットフォームドメイン）。これらの２つのドメイン間の動的な相互作用が、遺伝子発現の代謝産物依存性のアロステリック制御をもたらす。単離されたリボスイッチおよび組換えリボスイッチ、そのようなリボスイッチを含んでいる組換え構築物、そのようなリボスイッチに作動可能に連結された異種性配列、ならびにそのようなリボスイッチ、リボスイッチ組換え構築物および異種性配列に作動可能に連結されたリボスイッチを有する細胞およびトランスジェニック生物が開示される。異種性配列は、例えば、レポータータンパク質またはペプチドをはじめとした目的のタンパク質またはペプチドをコードする配列であり得る。好ましいリボスイッチは、天然に存在するリボスイッチであるか、またはそれに由来するものである。

開示されるリボスイッチ（その誘導体および組換え型を含む）は、一般に、天然に存在するリボスイッチおよび新規に設計されたリボスイッチをはじめとした任意の起源に由来し得る。任意のそのようなリボスイッチは、開示される方法において使用され得るか、または開示される方法とともに使用され得る。しかしながら、様々なタイプのリボスイッチが定義され得、いくつかのそのようなサブタイプが、（概して本明細書中の他の箇所に記載されているように）特定の方法において有用であり得るか、またはその特定の方法とともに有用であり得る。リボスイッチのタイプとしては、例えば、天然に存在するリボスイッチ、天然に存在するリボスイッチの誘導体および改変型、キメラリボスイッチならびに組換えリボスイッチが挙げられる。天然に存在するリボスイッチは、天然に見られるようなリボスイッチの配列を有するリボスイッチである。そのような天然に存在するリボスイッチは、それが天然に存在するとき、天然に存在するリボスイッチの単離型または組換え型であり得る。つまり、そのリボスイッチは、同じ１次構造を有するが、新しい遺伝的状況または核酸状況において単離されているか、または操作されている。キメラリボスイッチは、例えば、任意のリボスイッチまたは特定のクラスもしくはタイプのリボスイッチの一部およびそれとは異なるリボスイッチまたは任意の異なるクラスもしくはタイプのリボスイッチの一部；任意のリボスイッチまたは特定のクラスもしくはタイプのリボスイッチの一部および任意のリボスイッチでない配列または構成要素から構成され得る。組換えリボスイッチは、新しい遺伝的状況または核酸状況において単離されているか、または操作されているリボスイッチである。

リボスイッチは、単一または複数のアプタマードメインを有し得る。複数のアプタマードメインを有するリボスイッチ内のアプタマードメインは、トリガー分子の協同的結合を示し得るか、またはトリガー分子の協同的結合を示し得ない（すなわち、アプタマーは、必ずしも協同的結合を示す必要はない）。後者の場合、アプタマードメインは、独立した結合体（ｂｉｎｄｅｒ）と呼ばれ得る。複数のアプタマーを有するリボスイッチは、１つまたは複数の発現プラットフォームドメインを有し得る。例えば、そのトリガー分子の協同的結合を示す２つのアプタマードメインを有するリボスイッチは、その両方のアプタマードメインによって制御される単一の発現プラットフォームドメインに連結され得る。複数のアプタマーを有するリボスイッチは、リンカーを介して連接される１つ以上のアプタマーを有し得る。そのようなアプタマーがトリガー分子の協同的結合を示す場合、そのリンカーは、協同的なリンカーであり得る。

アプタマードメインは、ｘとｘ−１との間のヒル係数ｎを有する場合、協同的結合を示すということができ、ここで、ｘは、協同的結合について解析されているアプタマードメインの数（またはアプタマードメイン上の結合部位の数）である。従って、例えば、２つのアプタマードメインを有するリボスイッチ（例えば、グリシン応答性リボスイッチ）は、そのリボスイッチが、２と１との間のヒル係数を有する場合、協同的結合を示すということができる。用いられるｘの値は、協同的結合について解析されているアプタマードメインの数に左右されるが、必ずしもリボスイッチ内に存在するアプタマードメインの数でなくてもよいことが理解されるべきである。このことは、リボスイッチが、複数のアプタマードメインを有し得るので、いくつかのみが協同的結合を示す場合に意味をなす。

異種性アプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含んでいるキメラリボスイッチが開示される。つまり、キメラリボスイッチは、１つの起源由来のアプタマードメインおよび別の起源由来の発現プラットフォームドメインで構成されている。異種性の起源は、例えば、異なる特定のリボスイッチ、異なるタイプのリボスイッチまたは異なるクラスのリボスイッチ由来であり得る。異種性アプタマーは、非リボスイッチアプタマーにも由来し得る。異種性発現プラットフォームドメインは、非リボスイッチ起源にも由来し得る。

改変されたリボスイッチまたは誘導体リボスイッチが、インビトロにおける選択および進化技術を使用して作製され得る。一般に、リボスイッチに適用されるインビトロにおける進化技術は、バリアントリボスイッチのセットを作製することを含み、ここで、そのリボスイッチ配列の一部は、そのリボスイッチの他の部分が一定に保持されつつ、変更される。そして、そのバリアントリボスイッチのセットの活性化、不活性化または遮断（または他の機能的または構造的な基準）を評価することができ、目的の基準を満たしているバリアントリボスイッチを、使用するために選択するか、またはさらなる進化のために選択する。バリアントを作製するために有用な基礎リボスイッチは、本明細書中に開示される特定のリボスイッチおよびコンセンサスリボスイッチである。コンセンサスリボスイッチは、どのリボスイッチの部分をインビトロにおける選択および進化のために変更するかを知らせるために使用され得る。

調節が変更された改変リボスイッチもまた開示される。リボスイッチの調節は、リボスイッチ（これは、キメラリボスイッチである）のアプタマードメインを発現プラットフォームドメインに作動可能に連結することによって変更され得る。そして、そのアプタマードメインは、例えば、そのアプタマードメインに対するトリガー分子の作用を介してリボスイッチの制御を媒介することができる。アプタマードメインは、任意の適当な様式で、例えば、リボスイッチの通常または天然のアプタマードメインを新しいアプタマードメインに置き換えることによって、リボスイッチの発現プラットフォームドメインに作動可能に連結され得る。一般に、アプタマードメインが由来するリボスイッチを活性化し得るか、不活性化し得るか、または遮断し得る任意の化合物または条件を使用することによって、そのキメラリボスイッチを活性化することができるか、不活性化することができるか、または遮断することができる。

不活性化されたリボスイッチもまた開示される。リボスイッチは、リボスイッチを共有結合的に変化させることによって（例えば、リボスイッチの一部を架橋するか、または化合物をリボスイッチに結合することによって）不活性化され得る。この様式におけるリボスイッチの不活性化は、例えば、そのリボスイッチに対するトリガー分子が結合することを妨害する変更、トリガー分子が結合するときのリボスイッチの状態の変更を妨害する変更、またはリボスイッチの発現プラットフォームドメインがトリガー分子の結合時に発現に影響を及ぼすことを妨害する変更に起因し得る。

バイオセンサーリボスイッチもまた開示される。バイオセンサーリボスイッチは、その同族トリガー分子の存在下で検出可能なシグナルを生成する改変されたリボスイッチである。有用なバイオセンサーリボスイッチは、トリガー分子の閾値レベル以上において引き起こされ得る。バイオセンサーリボスイッチは、インビボまたはインビトロにおける用途のために設計され得る。例えば、シグナルとして機能するタンパク質またはシグナルを生成する際に関連するタンパク質をコードするレポーターＲＮＡに作動可能に連結されたバイオセンサーリボスイッチは、リボスイッチ／レポーターＲＮＡをコードする核酸構築物を有する細胞または生物を操作することによってインビボにおいて使用され得る。インビトロにおいて使用するためのバイオセンサーリボスイッチの例は、そのリボスイッチの活性化状態に応じて変化するシグナルである立体配座依存性標識を含むリボスイッチである。そのようなバイオセンサーリボスイッチは、好ましくは、天然に存在するリボスイッチからのアプタマードメインまたは天然に存在するリボスイッチに由来するアプタマードメインを使用する。バイオセンサーリボスイッチは、様々な状況およびプラットフォームにおいて使用され得る。例えば、バイオセンサーリボスイッチは、固体支持体（例えば、プレート、チップ、ストリップおよびウェル）とともに使用され得る。

新しいトリガー分子を認識する改変されたリボスイッチまたは誘導体リボスイッチもまた開示される。新しいトリガー分子を認識する新しいリボスイッチおよび／または新しいアプタマーは、公知のリボスイッチに対して選択され得るか、公知のリボスイッチから設計され得るか、または公知のリボスイッチに由来し得る。これは、例えば、リボスイッチにおけるアプタマーバリアントのセットを作製し、目的の化合物の存在下においてそのバリアントリボスイッチの活性化を評価し、活性化されたバリアントリボスイッチ（または、例えば、最も高度に活性化されたか、または最も選択的に活性化されたリボスイッチ）を選択し、そして所望の活性、特異性、活性と特異性との組み合わせまたは他の特性の組み合わせのバリアントリボスイッチが生じるまでこれらの工程を繰り返すことによって、達成され得る。

一般に、任意のアプタマードメインは、発現プラットフォームドメイン内の調節鎖をアプタマードメインの制御鎖に相補的であるように設計するか、または適合させることによって、任意の発現プラットフォームドメインとともに使用するために適応され得る。あるいは、アプタマードメインのアプタマー鎖および制御鎖の配列は、制御鎖が、発現プラットフォーム内の機能的に重要な配列に相補的であるように適合され得る。例えば、制御鎖は、ＲＮＡのシャイン・ダルガノ配列に相補的であるように適合され得、制御鎖とＳＤ配列との間にステム構造を形成するとき、ＳＤ配列は、リボソームに接近できなくなるので、翻訳開始が減少するか、または妨害される。アプタマー鎖は、アプタマードメインにおいてＰ１ステムが形成できるように配列の対応する変化を起こし得ることに注意されたい。協同的結合を示す複数のアプタマーを有するリボスイッチの場合、活性化アプタマー（発現プラットフォームドメインと相互作用するアプタマー）のＰ１ステムは、ＳＤ配列とステム構造を形成するように設計される必要がある。

別の例として、転写ターミネーターが、ＲＮＡ分子に（そのＲＮＡの非翻訳領域において最も便利よく）付加され得、ここで、その転写ターミネーターの配列の一部は、アプタマードメインの制御鎖に対して相補的である（その配列は調節鎖であり得る）。このことによって、アプタマードメインの制御配列がアプタマー鎖および調節鎖と別のステム構造を形成することが可能になるので、そのリボスイッチの活性化時または不活性化時に転写ターミネーターステムが形成されるか、または破壊される。他の任意の発現エレメントは、別のステム構造の同様の設計によってリボスイッチの制御下に置かれ得る。

リボスイッチによって制御される転写ターミネーターに対して、転写の速度ならびにリボスイッチおよび発現プラットフォームエレメントのスペーシングは、適正な制御のために重要であり得る。転写の速度は、例えば、転写を休止し、リボスイッチを形成してトリガー分子を感知することを可能にするポリメラーゼ休止エレメント（例えば、１続きのウリジン残基）を含めることによって調整され得る。

コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる調節可能な遺伝子発現構築物が開示され、ここで、そのリボスイッチは、そのＲＮＡの発現を調節し、そのリボスイッチおよびコード領域は、異種性である。そのリボスイッチは、アプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み得、そのアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインは、異種性である。そのリボスイッチは、アプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み得、そのアプタマードメインは、Ｐ１ステムを含み、そのＰ１ステムは、アプタマー鎖および制御鎖を含み、発現プラットフォームドメインは、調節鎖を含み、調節鎖、制御鎖またはその両方は、ステム構造を形成するように設計されている。そのリボスイッチは、２つ以上のアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み得、ここで、そのアプタマードメインのうちの少なくとも１つおよび発現プラットフォームドメインは、異種性である。そのリボスイッチは、２つ以上のアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み得、ここで、アプタマードメインのうちの少なくとも１つは、Ｐ１ステムを含み、そのＰ１ステムは、アプタマー鎖および制御鎖を含み、発現プラットフォームドメインは、調節鎖を含み、その調節鎖、制御鎖またはその両方は、ステム構造を形成するように設計されている。

１．アプタマードメイン
アプタマーは、特定の化合物および特定のクラスの化合物に選択的に結合することができる核酸セグメントおよび核酸構造である。リボスイッチは、トリガー分子の結合時にリボスイッチの状態または構造の変化をもたらすアプタマードメインを有する。機能的なリボスイッチでは、アプタマードメインに連結された発現プラットフォームドメインの状態または構造は、トリガー分子がそのアプタマードメインに結合したときに変化する。リボスイッチのアプタマードメインは、例えば、リボスイッチの天然のアプタマードメイン、人工アプタマー、操作されたか、選択されたか、進化されたか、もしくは誘導された、アプタマーまたはアプタマードメインをはじめとした任意の起源に由来し得る。リボスイッチ内のアプタマーは、一般に、連結された発現プラットフォームドメインの一部とステム構造を形成することなどによって相互作用することができる少なくとも１つの部分を有する。このステム構造は、トリガー分子が結合すると形成するか、または破壊される。

種々の天然のリボスイッチのコンセンサスアプタマードメインは、米国出願公開番号２００５−００５３９５１の図１１および本明細書中の他の箇所に示されている。リシンリボザイムに対するコンセンサス配列およびコンセンサス構造は、図５に見られ、リシンリボスイッチの構造の例は図１で見られる。これらのアプタマードメイン（その中に具体化されている直接的なバリアントのすべてを含む）は、リボスイッチにおいて使用され得る。そのコンセンサス配列およびコンセンサス構造は、配列および構造におけるバリエーションを示唆する。示唆されるバリエーション内のアプタマードメインは、本明細書中において直接的なバリアントと呼ばれる。これらのアプタマードメインは、改変アプタマードメインまたはバリアントアプタマードメインを生成するために改変され得る。保存的な改変としては、その対におけるヌクレオチドが相補性を保持するような、塩基対形成したヌクレオチドの任意の変更が挙げられる。中程度の改変としては、示されている長さの範囲の２０％以下のステムまたはループの長さ（長さまたは長さの範囲が示されている）の変更が挙げられる。ループおよびステムの長さは、そのコンセンサス構造が特定の長さのステムまたはループを示すか、または長さの範囲が列挙されているか、もしくは描かれている場合に、「示されている」と考えられる。中程度の改変としては、示されている長さの範囲の４０％以下のステムまたはループの長さの変更（長さまたは長さの範囲が示されていない）の変更が挙げられる。中程度の改変としてはまた、アプタマードメインの不特定の部分の機能的バリアントが挙げられる。

Ｐ１ステムおよびその構成鎖は、発現プラットフォームおよびＲＮＡ分子とともに使用するためにアプタマードメインを適合する際に改変され得る。そのような改変は、広範であり得、本明細書中においてＰ１改変と呼ばれる。Ｐ１改変としては、アプタマードメインのＰ１ステムの配列および／または長さに対する変更が挙げられる。図８に示されるアプタマードメインは、インビトロ選択またはインビトロ進化技術を介して、誘導されるアプタマードメインを作製するための開始配列として特に有用である。

開示されるリボスイッチのアプタマードメインはまた、他の任意の目的のために、そして他の任意の状況において、アプタマーとして使用され得る。例えば、アプタマーは、リボザイム、他の分子スイッチおよび任意のＲＮＡ分子を制御するために使用され得、ここで、構造の変化は、ＲＮＡの機能に影響を及ぼし得る。

２．発現プラットフォームドメイン
発現プラットフォームドメインは、リボスイッチを含むＲＮＡ分子の発現に影響を及ぼすリボスイッチの一部である。発現プラットフォームドメインは、一般に、連結されたアプタマードメインの一部とステム構造を形成することなどによって相互作用することができる少なくとも一部分を有する。このステム構造は、トリガー分子が結合すると形成するか、または破壊される。このステム構造は、一般に、発現制御構造であるか、または発現制御構造の形成を妨害する。発現制御構造は、その構造を含むＲＮＡ分子の発現を可能にするか、妨害するか、増強するか、または阻害する構造である。例としては、シャイン・ダルガノ配列、開始コドン、転写ターミネーターならびに安定性シグナルおよびプロセシングシグナルが挙げられる。

Ｂ．トリガー分子
トリガー分子は、リボスイッチを活性化することができる分子および化合物である。このトリガー分子としては、リボスイッチおよびリボスイッチを活性化することができる他の化合物に対する天然または通常のトリガー分子が挙げられる。天然または通常のトリガー分子は、所与のリボスイッチに対する天然におけるトリガー分子であるか、または、いくつかの非天然のリボスイッチの場合、リボスイッチを設計したか、またはリボスイッチを選択したトリガー分子（例えば、インビトロ選択またはインビトロ進化技術において）である。

Ｃ．化合物
リボスイッチを活性化することができるか、不活性化することができるか、または遮断することができる化合物およびそのような化合物を含んでいる組成物もまた開示される。リボスイッチは、トリガー分子の結合または除去を介して遺伝子発現を調節するように機能する。化合物は、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断するために使用され得る。リボスイッチに対するトリガー分子（ならびに他の活性化化合物）は、リボスイッチを活性化するために使用され得る。トリガー分子以外の化合物は、通常、リボスイッチを不活性化するか、または遮断するために使用され得る。リボスイッチは、例えば、リボスイッチが存在するところからトリガー分子を除去することによっても不活性化され得る。リボスイッチは、例えば、リボスイッチを活性化しないトリガー分子のアナログを結合することによって遮断され得る。

ＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子をコードする遺伝子の発現を変化させるための化合物もまた開示され、ここで、そのＲＮＡ分子は、リボスイッチを含む。これは、化合物をそのＲＮＡ分子と接触させることによって達成され得る。リボスイッチは、トリガー分子の結合または除去を介して遺伝子発現を調節するように機能する。従って、リボスイッチを含む目的のＲＮＡ分子を、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する条件に供することを用いて、そのＲＮＡの発現を変化させることができる。発現は、例えば、転写の終結またはＲＮＡへのリボソーム結合の遮断の結果として、変化し得る。トリガー分子の結合は、リボスイッチの性質に応じて、ＲＮＡ分子の発現を低下させ得るか、もしくは妨害し得るか、またはそのＲＮＡ分子の発現を促進し得るか、もしくは増加させ得る。

ＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子をコードする遺伝子の発現を調節するための化合物もまた開示される。リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することによって、リボスイッチを含む天然に存在する遺伝子またはＲＮＡの発現を調節するための化合物もまた開示される。その遺伝子が、それを含んでいる細胞または生物の生存に不可欠である場合、そのリボスイッチの活性化、不活性化または遮断は、その細胞または生物の死、停止または衰弱をもたらし得る。

リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することによって、そのリボスイッチを含む、単離されたか、操作されたか、もしくは組換えの遺伝子またはＲＮＡの発現を調節するための化合物もまた開示される。その遺伝子が、所望の発現産物をコードする場合、そのリボスイッチの活性化または不活性化は、遺伝子の発現を誘導するために使用され得るので、発現産物が生成され得る。その遺伝子が、遺伝子発現または別の細胞プロセスのインデューサーまたはリプレッサーをコードする場合、そのリボスイッチの活性化、不活性化または遮断によって、他の制御される遺伝子または細胞プロセスの誘導、抑制または抑制解除がもたらされ得る。多くのそのような二次的な調節作用が知られており、リボスイッチとともに使用するために適合され得る。そのような調節のための主要な制御としてのリボスイッチの利点は、リボスイッチトリガー分子が低分子で非抗原性の分子であり得る点である。

リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する化合物を同定する方法もまた開示される。例えば、リボスイッチを活性化する化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、そのリボスイッチの活性化を評価することによって同定され得る。リボスイッチが活性化される場合、その試験化合物は、そのリボスイッチを活性化する化合物と同定される。リボスイッチの活性化は、任意の適当な様式で評価され得る。例えば、リボスイッチは、レポーターＲＮＡに連結され得、レポーターＲＮＡの発現、発現レベルまたは発現レベルの変化を、試験化合物の存在下および非存在下において測定することができる。別の例として、リボスイッチは、立体配座依存性標識を含み得、その標識からのシグナルは、リボスイッチの活性化状態に応じて変化する。そのようなリボスイッチは、好ましくは、天然に存在するリボスイッチからのアプタマードメインまたは天然に存在するリボスイッチに由来するアプタマードメインを使用する。理解され得るように、リボスイッチの活性化の評価は、コントロールアッセイもしくは測定を使用して行われ得るか、またはコントロールアッセイもしくは測定を使用せずに行われ得る。リボスイッチを不活性化する化合物を同定するための方法は、同様の方法で行われ得る。

リボスイッチを遮断する化合物の同定は、任意の適当な様式で達成され得る。例えば、リボスイッチを活性化するか、または不活性化すると知られている化合物の存在下において、および試験化合物の存在下において、リボスイッチの活性化または不活性化を評価するために、アッセイが行われ得る。試験化合物の非存在下において観察されるような活性化または不活性化が観察されない場合、その試験化合物は、そのリボスイッチの活性化または不活性化を遮断する化合物と同定される。

本明細書中に開示されるリシンリボスイッチと相互作用するアナログが、本明細書中に開示される。そのようなアナログの例は、図２に見られる。合成され、試験される化合物の多くは、リシンの定数と等しい定数でリシンリボスイッチに結合する。極めて変わりやすい化学組成物の付属物が機能を示すという事実は、これらの化学骨格の多くのバリエーションを作製することができ、インビトロおよび細胞内における機能について試験することができることを示している。具体的には、これらの化合物のさらに改変されたバージョンが、ＲＮＡ構造における他の官能基に対する新しい接触物を作製することによってリシンリボスイッチへの結合を改善し得る。さらに、バイオアベイラビリティ、毒性および合成の容易さ（他の特徴の中でも）の調節は、リボスイッチに対する構造モデルが、これらの部位において多くの改変が可能であることを示すとき、骨格のこれらの２つの領域を改変することによって調節可能であり得る。

分子認識の標準的な様式または標準的でない様式でリボスイッチＲＮＡにも結合する全く新しい化学骨格を明らかにするために、ハイスループットスクリーニングを使用することもできる。リボスイッチは、発見されている天然の代謝産物結合ＲＮＡの最も主要な型であるので、ハイスループットスクリーニングに適合することができる結合アッセイを開発する努力がこれまでほとんどなされてこなかった。代謝産物結合ＲＮＡを検出するために、ゲルベースおよびチップベースの検出方法を用いるアロステリックなリボザイムアッセイならびにインラインプロービングアッセイをはじめとした多数の様々なアプローチを使用することができる。リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する化合物を同定し、そしてその同定された化合物を製造することによって作製された化合物もまた開示される。これは、例えば、本明細書中の他の箇所に開示されるような化合物同定方法と、同定された化合物を製造するための方法とを組み合わせることによって達成され得る。例えば、化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、リボスイッチの活性化を評価し、そして、そのリボスイッチが試験化合物によって活性化される場合にリボスイッチを活性化する試験化合物を化合物として製造することによって、作製され得る。

化合物によるリボスイッチの活性化、不活性化または遮断を確認し、そしてその確認された化合物を製造することによって作製される化合物もまた開示される。これは、例えば、本明細書中の他の箇所に開示されるような化合物の活性化、不活性化または遮断を評価する方法と確認された化合物を製造するための方法とを組み合わせることによって達成され得る。例えば、化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、リボスイッチの活性化を評価し、そのリボスイッチが試験化合物によって活性化された場合に、リボスイッチを活性化する試験化合物を化合物として製造することによって作製され得る。リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する能力について化合物を確認することは、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することがこれまで知られていない化合物の同定と、化合物がリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することがすでに知られている場合にその化合物がリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する能力を評価することとの両方のことを指す。

本明細書中で使用されるとき、用語「置換され（てい）る」は、有機化合物の許容できる置換基のすべてを包含すると企図される。広範な態様において、その許容できる置換基は、非環式および環式の、分枝型および非分枝型の、炭素環式および複素環式の、ならびに芳香族および非芳香族の、有機化合物の置換基を包含する。例示的な置換基としては、例えば、以下に記載されるものが挙げられる。許容できる置換基は、１つ以上であり得るし、適切な有機化合物と同じかまたは異なり得る。本開示の目的のために、窒素などのヘテロ原子は、水素置換基および／またはヘテロ原子の原子価を満たす本明細書中に記載される有機化合物の任意の許容できる置換基を有し得る。本開示は、有機化合物の許容できる置換基によって任意の様式で限定されると意図されない。また、用語「置換」または「〜で置換された」は、そのような置換が、置換される原子および置換基の許容される原子価に従い、そしてその置換によって、安定な化合物（例えば、転位、環化、脱離などによる変換を自発的に起こさない化合物）がもたらされるという暗黙の条件を包含する。

「Ａ^１」、「Ａ^２」、「Ａ^３」および「Ａ^４」は、様々な特定の置換基を表す一般的な符号として本明細書中において使用される。これらの符号は、任意の置換基であり得、本明細書中に開示されるものに限定されず、それらが１つの場合においてある特定の置換基であると定義されるとき、それらは別の場合において他のいくつかの置換基と定義され得る。

用語「アルキル」は、本明細書中で使用されるとき、１〜２４個の炭素原子の分枝型または非分枝型の飽和炭化水素基（例えば、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｔ−ブチル、ペンチル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル、ドデシル、テトラデシル、ヘキサデシル、エイコシル、テトラコシルなど）である。アルキル基は、置換され得るか、または置換され得ない。アルキル基は、１つ以上の基（アルキル、ハロゲン化アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルデヒド、アミノ、カルボン酸、エステル、エーテル、ハロゲン化物、ヒドロキシ、ケトン、スルホ−オキソ、スルホニル、スルホン、スルホキシドまたはチオールが挙げられるがこれらに限定されない）で以下に記載されるように置換され得る。用語「低級アルキル」は、６個以下の炭素原子を有するアルキル基（例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ペンチル、ヘキシルなど）である。

本明細書全体を通して、「アルキル」は、通常、非置換アルキル基と置換アルキル基との両方を指すために使用される；しかしながら、置換アルキル基は、そのアルキル基上の特定の置換基を同定することによって本明細書中において具体的に指されることもある。例えば、用語「ハロゲン化アルキル」とは、具体的には、１つ以上のハロゲン化物、例えば、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素で置換されているアルキル基のことを指す。用語「アルコキシアルキル」とは、具体的には、以下に記載されるように、１つ以上のアルコキシ基で置換されているアルキル基のことを指す。用語「アルキルアミノ」とは、具体的には、以下に記載されるように、１つ以上のアミノ基などで置換されているアルキル基のことを指す。１つの場合において「アルキル」が使用され、別の場合において「ハロゲン化アルキル」などの特定の用語が使用されるとき、用語「アルキル」は、「ハロゲン化アルキル」などの特定の用語のことを指さないことを示唆すると意図されない。

この慣例は、本明細書中に記載される他の基に対しても使用される。つまり、「シクロアルキル」などの用語は、非置換シクロアルキル部分と置換シクロアルキル部分の両方のことを指すが、その置換部分は、さらに本明細書中において具体的に特定され得る；例えば、特定の置換シクロアルキルは、例えば、「アルキルシクロアルキル」と呼ばれ得る。同様に、置換アルコキシは、具体的には、例えば、「ハロゲン化アルコキシ」と呼ばれ得、特定の置換アルケニルは、例えば、「アルケニルアルコール」などであり得る。また、「シクロアルキル」などの一般的な用語および「アルキルシクロアルキル」などの特定の用語を使用する慣例は、その一般的な用語が、その特定の用語を包含しないと示唆すると意図されない。

用語「アルコキシ」は、本明細書中で使用されるとき、末端の単結合のエーテル結合を介して結合されているアルキル基である；すなわち、「アルコキシ」基は、−ＯＡ^１（Ａ^２は上で定義されたようなアルキルである）と定義され得る。

用語「アルケニル」は、本明細書中で使用されるとき、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を含んでいる構造式を有する２〜２４個の炭素原子の炭化水素基である。（Ａ^１Ａ^２）Ｃ＝Ｃ（Ａ^３Ａ^４）などの不斉性の構造は、Ｅ異性体とＺ異性体との両方を包含すると意図される。これは、不斉性のアルケンが存在するか、または構造式が結合符号Ｃ＝Ｃによって明示的に示され得る本明細書中の構造式において想定され得る。アルケニル基は、１つ以上の基（アルキル、ハロゲン化アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルデヒド、アミノ、カルボン酸、エステル、エーテル、ハロゲン化物、ヒドロキシ、ケトン、スルホ−オキソ、スルホニル、スルホン、スルホキシドまたはチオールが挙げられるがこれらに限定されない）で以下に記載されるように置換され得る。

用語「アルキニル」は、本明細書中で使用されるとき、少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を含んでいる構造式を有する２〜２４個の炭素原子の炭化水素基である。アルキニル基は、１つ以上の基（アルキル、ハロゲン化アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルデヒド、アミノ、カルボン酸、エステル、エーテル、ハロゲン化物、ヒドロキシ、ケトン、スルホ−オキソ、スルホニル、スルホン、スルホキシドまたはチオールが挙げられるがこれらに限定されない）で以下に記載されるようなに置換され得る。

用語「アリール」は、本明細書中で使用されるとき、任意の炭素系の芳香族基を含む基であり、それらとしては、ベンゼン、ナフタレン、フェニル、ビフェニル、フェノキシベンゼンなどが挙げられるがこれらに限定されない。用語「アリール」はまた、芳香族基の環内に組み込まれた少なくとも１つのヘテロ原子を有する芳香族基を含んでいる基と定義される「ヘテロアリール」も包含する。ヘテロ原子の例としては、窒素、酸素、硫黄およびリンが挙げられるが、これらに限定されない。同様に、用語「アリール」内にも含められる用語「非ヘテロアリール」は、ヘテロ原子を含んでいない芳香族基を含んでいる基と定義する。アリール基は、置換され得るか、または置換され得ない。アリール基は、１つ以上の基（アルキル、ハロゲン化アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルデヒド、アミノ、カルボン酸、エステル、エーテル、ハロゲン化物、ヒドロキシ、ケトン、スルホ−オキソ、スルホニル、スルホン、スルホキシドまたはチオールが挙げられるがこれらに限定されない）で本明細書中に記載されるように置換され得る。用語「ビアリール」は、特定のタイプのアリール基であり、アリールの定義内に含められる。ビアリールとは、ナフタレンにおけるような縮合環構造を介してともに結合されているか、またはビフェニルにおけるような１つ以上の炭素−炭素結合を介して結合されている、２つのアリール基のことを指す。

用語「シクロアルキル」は、本明細書中で使用されるとき、少なくとも３個の炭素原子から構成されている非芳香族の炭素系環である。シクロアルキル基の例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシルなどが挙げられるが、これらに限定されない。用語「ヘテロシクロアルキル」は、上で定義されたようなシクロアルキル基であり、ここで、その環の炭素原子の少なくとも１つは、ヘテロ原子（例えば、窒素、酸素、硫黄またはリンであるがこれらに限定されない）で置換されている。シクロアルキル基およびヘテロシクロアルキル基は、置換され得るか、または置換され得ない。シクロアルキル基およびヘテロシクロアルキル基は、１つ以上の基（アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルデヒド、アミノ、カルボン酸、エステル、エーテル、ハロゲン化物、ヒドロキシ、ケトン、スルホ−オキソ、スルホニル、スルホン、スルホキシドまたはチオールが挙げられるがこれらに限定されない）で本明細書中に記載されるように置換され得る。

用語「シクロアルケニル」は、本明細書中で使用されるとき、少なくとも３個の炭素原子から構成され、少なくとも１つの二重結合、すなわち、Ｃ＝Ｃを含んでいる非芳香族の炭素系環である。シクロアルケニル基の例としては、シクロプロペニル、シクロブテニル、シクロペンテニル、シクロペンタジエニル、シクロヘキセニル、シクロヘキサジエニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。用語「ヘテロシクロアルケニル」は、上で定義されたようなシクロアルケニル基の一種であり、用語「シクロアルケニル」の意味の中に含まれ、ここでその環の炭素原子の少なくとも１つは、ヘテロ原子（例えば、窒素、酸素、硫黄またはリンであるがこれらに限定されない）で置換されている。シクロアルケニル基およびヘテロシクロアルケニル基は、置換され得るか、または置換され得ない。シクロアルケニル基およびヘテロシクロアルケニル基は、１つ以上の基（アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルデヒド、アミノ、カルボン酸、エステル、エーテル、ハロゲン化物、ヒドロキシ、ケトン、スルホ−オキソ、スルホニル、スルホン、スルホキシドまたはチオールが挙げられるがこれらに限定されない）で本明細書中に記載されるように置換され得る。

用語「環状の基」は、アリール基、非アリール基（すなわち、シクロアルキル基、ヘテロシクロアルキル基、シクロアルケニル基およびヘテロシクロアルケニル基）のいずれかまたはその両方のことを指すために本明細書中で使用される。環状の基は、置換され得るか、または置換され得ない１つ以上の環系を有する。環状の基は、１つ以上のアリール基、１つ以上の非アリール基または１つ以上のアリール基および１つ以上の非アリール基を含み得る。

用語「アルデヒド」は、本明細書中で使用されるとき、式−Ｃ（Ｏ）Ｈによって表される。本明細書全体を通して、「Ｃ（Ｏ）」は、Ｃ＝Ｏに対する簡潔な表記法である。

用語「アミン」または「アミノ」は、本明細書中で使用されるとき、式ＮＡ^１Ａ^２Ａ^３によって表され、ここで、Ａ^１、Ａ^２およびＡ^３は、独立して、水素、上で説明されたアルキル、ハロゲン化アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロシクロアルケニル基であり得る。

用語「カルボン酸」は、本明細書中で使用されるとき、式−Ｃ（Ｏ）ＯＨによって表される。「カルボキシレート」は、本明細書中で使用されるとき、式−Ｃ（Ｏ）Ｏ⁻によって表される。

用語「エステル」は、本明細書中で使用されるとき、式−ＯＣ（Ｏ）Ａ^１または−Ｃ（Ｏ）ＯＡ^１によって表され、ここで、Ａ^１は、上で説明されたアルキル、ハロゲン化アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロシクロアルケニル基であり得る。

用語「エーテル」は、本明細書中で使用されるとき、式Ａ^１ＯＡ^２によって表され、ここで、Ａ^１およびＡ^２は、独立して、上で説明されたアルキル、ハロゲン化アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロシクロアルケニル基であり得る。

用語「ケトン」は、本明細書中で使用されるとき、式Ａ^１Ｃ（Ｏ）Ａ^２によって表され、ここで、Ａ^１およびＡ^２は、独立して、上で説明されたアルキル、ハロゲン化アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロシクロアルケニル基であり得る。

用語「ハロゲン化物」は、本明細書中で使用されるとき、ハロゲンであるフッ素、塩素、臭素およびヨウ素のことを指す。

用語「ヒドロキシル」は、本明細書中で使用されるとき、式−ＯＨによって表される。

用語「スルホ−オキソ」は、本明細書中で使用されるとき、式−Ｓ（Ｏ）Ａ^１（すなわち、「スルホニル」）、Ａ^１Ｓ（Ｏ）Ａ^２（すなわち、「スルホキシド」）、−Ｓ（Ｏ）_２Ａ^１、Ａ^１ＳＯ_２Ａ^２（すなわち、「スルホン」）、−ＯＳ（Ｏ）_２Ａ^１または−ＯＳ（Ｏ）_２ＯＡ^１によって表され、ここで、Ａ_１およびＡ^２は、水素、上で説明されたアルキル、ハロゲン化アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロシクロアルケニル基であり得る。本明細書全体を通して、この「Ｓ（Ｏ）」という記載は、Ｓ＝Ｏに対する簡潔な表記法である。

用語「スルホニルアミノ」または「スルホンアミド」は、本明細書中で使用されるとき、式−Ｓ（Ｏ）_２ＮＨ−によって表される。

用語「チオール」は、本明細書中で使用されるとき、式−ＳＨによって表される。

本明細書中で使用されるとき、「Ｒ^ｎ」（ｎは、何らかの整数である）は、独立して、上に列挙された基のうちの１つ以上を有し得る。例えば、Ｒ^１０が、アリール基を含む場合、そのアリール基の水素原子のうちの１つは、任意に、ヒドロキシル基、アルコキシ基、アミン基、アルキル基、ハロゲン化物などで置換され得る。選択される基に応じて、第１の基は、第２の基の中に組み込まれ得るか、あるいは、第１の基は、第２の基の側鎖であ得る（すなわち、結合され得る）。例えば、句「アミノ基を含んでいるアルキル基」において、アミノ基は、アルキル基の骨格内に組み込まれ得る。あるいは、そのアミノ基は、アルキル基の骨格に結合され得る。選択される基の性質は、第１の基が第２の基に組み込まれるのか、または結合するのかを決定する。

特段の記載がない限り、実線のみで示され、楔形または破線で示されない化学結合を含む式は、可能な異性体の各々、例えば、エナンチオマーおよびジアステレオマーの各々ならびに異性体の混合物（たとえば、ラセミ混合物またはスケールミック（ｓｃａｌｅｍｉｃ）混合物）を企図する。

本明細書中に開示されるある特定の材料、化合物、組成物および構成要素は、市販されているか、または当業者に通常知られている手法を用いて容易に合成することができる。例えば、開示される化合物および組成物を調製する際に使用される出発物質および試薬は、市販業者（例えば、ＡｌｄｒｉｃｈＣｈｅｍｉｃａｌＣｏ．，（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ，Ｗｉｓ．）、ＡｃｒｏｓＯｒｇａｎｉｃｓ（ＭｏｒｒｉｓＰｌａｉｎｓ，Ｎ．Ｊ．）、ＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，Ｐａ．）またはＳｉｇｍａ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｏ．））から入手可能であるか、または参考文献（例えば、ＦｉｅｓｅｒａｎｄＦｉｅｓｅｒ’ｓＲｅａｇｅｎｔｓｆｏｒＯｒｇａｎｉｃＳｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ１−１７（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ，１９９１）；Ｒｏｄｄ’ｓＣｈｅｍｉｓｔｒｙｏｆＣａｒｂｏｎＣｏｍｐｏｕｎｄｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ１−５ａｎｄＳｕｐｐｌｅｍｅｎｔａｌｓ（ＥｌｓｅｖｉｅｒＳｃｉｅｎｃｅＰｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９８９）；ＯｒｇａｎｉｃＲｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ１−４０（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ，１９９１）；Ｍａｒｃｈ’ｓＡｄｖａｎｃｅｄＯｒｇａｎｉｃＣｈｅｍｉｓｔｒｙ，（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ，４ｔｈＥｄｉｔｉｏｎ）；およびＬａｒｏｃｋ’ｓＣｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅＯｒｇａｎｉｃＴｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ（ＶＣＨＰｕｂｌｉｓｈｅｒｓＩｎｃ．，１９８９））に示されている手順に従って当業者に公知の方法によって調製される。

リシン応答性リボスイッチ（およびリシン応答性リボスイッチに由来するリボスイッチ）とともに有用な化合物としては、式Ｉ：

の構造で表される化合物が挙げられ、ここで、Ｒ_２およびＲ_３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ_１は、負に帯電し、Ｒ_４は、負に帯電しているか、またはＲ_１およびＲ_４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ_１またはＲ_４の少なくとも１つは、ＣＨ_２、ＣＨ_３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１４、ＣＨ−Ｒ_１４またはＮ−Ｒ_１４であり得、ここで、Ｒ_１４は、ＣＨ_２、ＣＨ_３、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻またはＳＨであり得、
Ｒ_９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり得、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり得、
Ｒ_２は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ_３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり得、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ_７は、Ｒ_２＞Ｒ_６＞Ｒ_８の優先順位に基づいてＳ配置を有し得、
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_１０およびＲ_１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり得、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し得、
上記化合物は、リシンではない。

特定の部分または基が、本明細書中において水素結合供与体または水素結合受容体と呼ばれ得るが、この用語は、言及を簡単にするために様々な置換基を単に分類するために使用されることが理解されるべきである。そのような用語は、特定の部分が、リボスイッチまたはいくつかの他の化合物との水素結合に実際に関与することを意味すると解釈されるべきでない。例えば、水素結合受容体（または水素結合供与体）と本明細書中で呼ばれる部分は、単独でか、または追加で、リボスイッチまたは他の化合物との、疎水性、イオン性、ファンデルワールスまたは他のタイプの相互作用に関与し得ることができる。

本明細書中に開示されるある特定の基は、本明細書中において、水素結合受容体と水素結合供与体との両方と呼ばれ得ることも理解される。例えば、−ＯＨは、水素原子を供与することによって水素結合供与体であり得；−ＯＨは、酸素原子上の非結合電子対の１つ以上を介する水素結合受容体でもあり得る。従って、本明細書全体を通して、様々な部分が、水素結合供与体および水素結合受容体であり得、また、そのように呼ばれ得る。

上の定義の中のすべての化合物が、本明細書中に具体的に開示されると意図され、また、そのように考えられるべきである。さらに、上の定義内に特定され得るすべてのサブグループが、本明細書中に具体的に開示されると意図され、また、そのように考えられるべきである。結果として、任意の化合物または化合物のサブグループが、化合物の使用に具体的に含められ得るか、もしくは化合物の使用から除外され得るか、または化合物のリストに含められ得るか、もしくは化合物のリストから除外され得ることが具体的に企図される。例として、ある化合物の群は、各化合物が、上に定義されているとおりのものであり、リシン応答性リボスイッチを活性化することができると企図される。

リボスイッチと相互作用する化合物に対して本明細書中に記載される特定の接触および相互作用（例えば、水素結合の供与または受容）が好ましいが、リボスイッチと化合物との相互作用に必須ではないことが理解されるべきである。例えば、化合物は、開示される接触および相互作用を有する化合物よりも低い親和性および／または特異性でリボスイッチと相互作用し得る。さらに、化合物における別の官能基またはさらなる官能基が、リボスイッチとの新しい接触、異なる接触および／または補完する接触をもたらし得る。例えば、リシンリボスイッチに対して、大きな官能基が使用され得る。そのような官能基は、リボスイッチの他の部分との接触および相互作用を有し得、また、有するように設計され得る。そのような接触および相互作用は、トリガー分子およびコア構造の接触および相互作用を補い得る。

Ｄ．構築物、ベクターおよび発現系
開示されるリシンリボスイッチは、任意の適当な発現系とともに使用され得る。組換え発現は、プラスミドなどのベクターを用いて有効に達成される。そのベクターは、リボスイッチをコードする配列および発現されるべきＲＮＡ（例えば、タンパク質をコードするＲＮＡ）に作動可能に連結されたプロモーターを含み得る。そのベクターはまた、転写および翻訳に必要な他のエレメントも含み得る。本明細書中で使用されるとき、ベクターとは、外来性ＤＮＡを含んでいる任意の運搬体のことを指す。従って、ベクターは、外来性核酸を分解することなく細胞内に輸送する物質であり、それが送達される細胞においてその核酸の発現をもたらすプロモーターを含んでいる。ベクターとしては、プラスミド、ウイルス核酸、ウイルス、ファージ核酸、ファージ、コスミドおよび人工染色体が挙げられるがこれらに限定されない。リボスイッチによって調節される構築物の運搬に適した種々の原核生物および真核生物の発現ベクターが、作製され得る。そのような発現ベクターとしては、例えば、ｐＥＴ、ｐＥＴ３ｄ、ｐＣＲ２．１、ｐＢＡＤ、ｐＵＣおよび酵母ベクターが挙げられる。そのベクターは、例えば、種々のインビボおよびインビトロでの状況において使用され得る。

ウイルスベクターとしては、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、ＡＩＤＳウイルス、神経栄養性（ｎｅｕｒｏｎａｌｔｒｏｐｈｉｃ）ウイルス、シンドビスおよび他のＲＮＡウイルス（ＨＩＶのバックボーンを有するこれらのウイルスを含む）が挙げられる。ベクターとして使用するのに適当であるようにするこれらのウイルスの特性を共有する任意のウイルスファミリーもまた有用である。Ｖｅｒｍａ（１９８５）において報告されたレトロウイルスベクターとしては、マウスモロニー白血病ウイルスＭＭＬＶ、およびベクターとしてＭＭＬＶの望ましい特性を示すレトロウイルスが挙げられる。ウイルスベクターは、代表的には、非構造初期遺伝子、構造後期遺伝子、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ転写物、複製およびキャプシド形成に必要な末端逆位配列、ならびにウイルスゲノムの転写および複製を調節するプロモーターを含む。ウイルスがベクターとして操作されるとき、そのウイルスは、典型的には、除去される初期遺伝子の１つ以上を有し、遺伝子または遺伝子／プロモーターカセットは、除去されたウイルスＤＮＡの代わりにウイルスゲノム内に挿入される。

「プロモーター」は、一般に、転写開始部位に対して相対的に固定された位置に存在するとき機能する配列またはＤＮＡの配列である。「プロモーター」は、ＲＮＡポリメラーゼおよび転写因子の基本的な相互作用に必要とされるコアエレメントを含み、上流エレメントおよび応答エレメントを含み得る。

「エンハンサー」は、一般に、転写開始部位から一定でなく離れた箇所において機能し、転写単位に対して５’（Ｌａｉｍｉｎｓ，１９８１）または３’（Ｌｕｓｋｙら、１９８３）に存在し得るＤＮＡの配列のことを指す。さらに、エンハンサーは、イントロン内に存在し得る（Ｂａｎｅｒｊｉら、１９８３）し、コード配列自体の中にも存在し得る（Ｏｓｂｏｒｎｅら、１９８４）。これらは、通常１０〜３００ｂｐ長であり、シスにおいて機能する。エンハンサーは、近くのプロモーターから転写を増加させるように機能する。プロモーターと同様にエンハンサーはまた、転写の調節を媒介する応答エレメントを含むことが多い。エンハンサーは、しばしば発現の調節を決定する。

真核生物の宿主細胞（酵母細胞、真菌細胞、昆虫細胞、植物細胞、動物細胞、ヒト細胞または有核細胞）において使用される発現ベクターはまた、ｍＲＮＡ発現に影響を及ぼし得る転写の終結に必要な配列を含み得る。これらの領域は、組織因子タンパク質をコードするｍＲＮＡの非翻訳部分におけるポリアデニル化されたセグメントとして転写される。３’非翻訳領域はまた、転写終結部位も含む。転写単位もまたポリアデニル化領域を含むことが好ましい。この領域の１つの利点は、転写される単位がプロセシングされ、ｍＲＮＡのように輸送される可能性を高めることである。発現構築物におけるポリアデニル化シグナルの同定および使用は、十分に確立されている。トランスジーン構築物において同種のポリアデニル化シグナルを使用することが、好ましい。

ベクターは、マーカー生成物をコードする核酸配列を含み得る。このマーカー生成物は、遺伝子が、細胞に送達されたか否か、および送達された場合発現されているか否かを判定するために使用される。好ましいマーカー遺伝子は、β−ガラクトシダーゼをコードするＥ．ＣｏｌｉｌａｃＺ遺伝子および緑色蛍光タンパク質である。

いくつかの実施形態において、マーカーは、選択可能マーカーであり得る。そのような選択可能マーカーが宿主細胞内に首尾よく運搬されると、形質転換された宿主細胞は、選択圧下に置かれた場合に生存することができる。広く使用されている２つの特徴的な選択型のカテゴリーがある。第１のカテゴリーは、細胞の代謝および補充された培地とは無関係に成長することができない変異細胞株の使用に基づくものである。第２のカテゴリーは、任意の細胞型において使用される選択スキームのことを指し、変異細胞株の使用を必要としない、優性選択である。これらのスキームは、典型的には、宿主細胞の成長を停止する薬物を使用する。新規遺伝子を有するそれらの細胞は、薬物耐性を付与するタンパク質を発現し、その選択に対して生き残る。そのような優性選択の例は、薬物のネオマイシン（ＳｏｕｔｈｅｒｎａｎｄＢｅｒｇ，１９８２）、ミコフェノール酸（ＭｕｌｌｉｇａｎａｎｄＢｅｒｇ，１９８０）またはハイグロマイシン（Ｓｕｇｄｅｎら、１９８５）を使用する。

遺伝子導入は、プラスミド、ウイルスベクター、ウイルス核酸、ファージ核酸、ファージ、コスミドおよび人工染色体（これらに限定されない）における遺伝物質の直接的な運搬を使用してもたらされ得るか、または細胞もしくは運搬体（例えば、陽イオン性リポソーム）における遺伝物質の運搬を介してもたらされ得る。そのような方法は、当該分野で周知であり、本明細書中に記載される方法で使用するために容易に適用することができる。トランスファーベクターは、遺伝子を細胞内に送達するために使用される任意のヌクレオチド構築物（例えば、プラスミド）であり得るか、または遺伝子を送達する一般的なストラテジーの一部、例えば、組換えレトロウイルスまたはアデノウイルスの一部としての任意のヌクレオチド構築物であり得る（Ｒａｍら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５３：８３−８８，（１９９３））。トランスフェクションのための適切な手段（ウイルスベクター、化学的なトランスフェクタントまたは物理的機械的方法（例えば、エレクトロポレーション）および直接的なＤＮＡの拡散を含む）は、例えば、Ｗｏｌｆｆ，Ｊ．Ａ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４７，１４６５−１４６８，（１９９０）；およびＷｏｌｆｆ，Ｊ．Ａ．Ｎａｔｕｒｅ，３５２，８１５−８１８，（１９９１）に記載されている。

１．ウイルスベクター
好ましいウイルスベクターは、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、ＡＩＤＳウイルス、神経栄養性ウイルス、シンドビスおよび他のＲＮＡウイルス（ＨＩＶのバックボーンを有するこれらのウイルスを含む）である。ベクターとして使用するのに適当であるようにするこれらのウイルスの特性を共有する任意のウイルスファミリーもまた好ましい。好ましいレトロウイルスとしては、マウスモロニー白血病ウイルス、ＭＭＬＶおよびベクターとしてＭＭＬＶの望ましい特性を示すレトロウイルスが挙げられる。レトロウイルスベクターは、他のウイルスベクターよりも大きな遺伝的荷重量、すなわち、トランスジーンまたはマーカー遺伝子を保持することができ、この理由のために、レトロウイルスベクターは、通常使用されるベクターである。しかしながら、これらは、非増殖細胞において有用でない。アデノウイルスベクターは、比較的安定であり、機能しやすく、高力価を有し、エアロゾル製剤で送達することができ、非分裂細胞をトランスフェクトすることができる。ポックスウイルスベクターは、大型であり、遺伝子を挿入するためのいくつかの部位を有し、熱安定性であり、室温で保存することができる。好ましい実施形態は、ウイルス抗原によって誘発される宿主生物の免疫応答を抑制するように操作されたウイルスベクターである。このタイプの好ましいベクターは、インターロイキン８または１０に対するコード領域を有する。

ウイルスベクターは、細胞内に遺伝子を導入するほとんどの化学的または物理的な方法よりも高い処理能力（遺伝子を導入する能力）を有する。ウイルスベクターは、典型的には、非構造初期遺伝子、構造後期遺伝子、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ転写物、複製およびキャプシド形成に必要な末端逆位配列、ならびにウイルスゲノムの転写および複製を制御するプロモーターを含む。ウイルスがベクターとして操作されるとき、そのウイルスは、典型的には、除去される初期遺伝子の１つ以上を有し、遺伝子または遺伝子／プロモーターカセットは、除去されたウイルスＤＮＡの代わりにウイルスゲノム内に挿入される。このタイプの構築物は、最大約８ｋｂの外来遺伝物質を保持することできる。除去された初期遺伝子に必要とされる機能は、典型的には、トランスにおいて初期遺伝子の遺伝子産物を発現するように操作された細胞株によって供給される。

ｉ．レトロウイルスベクター
レトロウイルスは、任意のタイプ、サブファミリー、属または向性を含むＲｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅのウイルスファミリーに属する動物ウイルスである。レトロウイルスベクターは、一般に、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ−１９８５，ＡｍｅｒｉｃａｎＳｏｃｉｅｔｙｆｏｒＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ中のＶｅｒｍａ，Ｉ．Ｍ．，Ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌｖｅｃｔｏｒｓｆｏｒｇｅｎｅｔｒａｎｓｆｅｒ．，ｐｐ．２２９−２３２，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，（１９８５）（本明細書中において参考として援用される）によって報告されている。遺伝子治療のためにレトロウイルスベクターを使用するための方法の例は、米国特許第４，８６８，１１６号および同第４，９８０，２８６号；ＰＣＴ出願ＷＯ９０／０２８０６およびＷＯ８９／０７１３６；ならびにＭｕｌｌｉｇａｎ（Ｓｃｉｅｎｃｅ２６０：９２６−９３２（１９９３））に記載されており；これらの教示は、本明細書中において参考として援用される。

レトロウイルスは、本質的に、その中に核酸カーゴをパッケージングしているパッケージである。その核酸カーゴは、複製された娘分子をパッケージコート内に効率的に確実にパッケージングするパッケージングシグナルをその中に有する。パッケージシグナルに加えて、シスにおいて複製に必要とされ、そして複製されたウイルスのパッケージングに必要とされる多くの分子が存在する。典型的には、レトロウイルスゲノムは、タンパク質コートの生成に関与するｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖ遺伝子を含む。標的細胞に運搬されるのは、典型的には、外来ＤＮＡによって置換されるｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖ遺伝子である。レトロウイルスベクターは、典型的には、逆転写に必要なエレメントであるｇａｇ転写単位の開始を示す配列である、パッケージコート内に組み込むためのパッケージングシグナルを含んでおり、そのエレメントとしては、逆転写のｔＲＮＡプライマーに結合するプライマー結合部位、ＤＮＡ合成中にＲＮＡ鎖のスイッチを導く末端反復配列、ＤＮＡ合成の第２鎖を合成するためのプライミング部位として働く３’ＬＴＲに対して５’のプリンリッチ配列およびＤＮＡ状態のレトロウイルスの挿入物を宿主ゲノム内に挿入することを可能にするＬＴＲの末端近くの特定の配列が挙げられる。ｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖ遺伝子を除去することにより、ウイルスゲノム内に約８ｋｂの外来配列が挿入され、逆転写されるようになり、そして、複製時に新しいレトロウイルス粒子内にパッケージングされることが可能となる。この量の核酸は、各転写物のサイズにもよるが、一対多の遺伝子を送達するのに十分である。その挿入物の中に他の遺伝子とともに正または負の選択可能マーカーのいずれかを含めることが好ましい。

ほとんどのレトロウイルスベクターにおける複製の機構およびパッケージングタンパク質が除去されているので（ｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖ）、それらのベクターは、典型的には、パッケージング細胞株内に置かれることによって生成される。パッケージング細胞株は、複製およびパッケージングの機構を含むが任意のパッケージングシグナルを欠くレトロウイルスでトランスフェクトされたかまたは形質転換された細胞株である。目的のＤＮＡを有するベクターが、これらの細胞株にトランスフェクトされるとき、目的の遺伝子を含んでいるベクターは、複製され、ヘルパー細胞によってシスにおいて提供される機構によって新しいレトロウイルス粒子内にパッケージングされる。その機構のためのゲノムは、必要なシグナルを欠いているので、パッケージングされない。

ｉｉ．アデノウイルスベクター
複製欠損アデノウイルスの構築は、すでに報告されている（Ｂｅｒｋｎｅｒら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ６１：１２１３−１２２０（１９８７）；Ｍａｓｓｉｅら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：２８７２−２８８３（１９８６）；Ｈａｊ−Ａｈｍａｄら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ５７：２６７−２７４（１９８６）；Ｄａｖｉｄｓｏｎら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ６１：１２２６−１２３９（１９８７）；Ｚｈａｎｇ“Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｂｙｌｉｐｏｓｏｍｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎａｎｄＰＣＲａｎａｌｙｓｉｓ”ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ１５：８６８−８７２（１９９３））。これらのウイルスをベクターとして使用する利点は、これらのウイルスは、最初に感染した細胞内で複製することができるが、新しい感染性のウイルス粒子を形成することができないので、それらは、他の細胞型に広がり得る程度を制限するという点である。組換えアデノウイルスは、気道上皮、肝細胞、血管内皮、ＣＮＳ実質および他の多くの組織部位に直接インビボ送達された後、高効率な遺伝子導入を達成すると示されている（Ｍｏｒｓｙ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９２：１５８０−１５８６（１９９３）；Ｋｉｒｓｈｅｎｂａｕｍ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９２：３８１−３８７（１９９３）；Ｒｏｅｓｓｌｅｒ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９２：１０８５−１０９２（１９９３）；Ｍｏｕｌｌｉｅｒ，ＮａｔｕｒｅＧｅｎｅｔｉｃｓ４：１５４−１５９（１９９３）；ＬａＳａｌｌｅ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２５９：９８８−９９０（１９９３）；Ｇｏｍｅｚ−Ｆｏｉｘ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６７：２５１２９−２５１３４（１９９２）；Ｒｉｃｈ，ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ４：４６１−４７６（１９９３）；Ｚａｂｎｅｒ，ＮａｔｕｒｅＧｅｎｅｔｉｃｓ６：７５−８３（１９９４）；Ｇｕｚｍａｎ，ＣｉｒｃｕｌａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈ７３：１２０１−１２０７（１９９３）；Ｂｏｕｔ，ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ５：３−１０（１９９４）；Ｚａｂｎｅｒ，Ｃｅｌｌ７５：２０７−２１６（１９９３）；Ｃａｉｌｌａｕｄ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ５：１２８７−１２９１（１９９３）；およびＲａｇｏｔ，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ７４：５０１−５０７（１９９３））。組換えアデノウイルスは、野生型または複製欠損アデノウイルスと同じ様式でレセプター媒介性のエンドサイトーシスによって内部移行された後、特定の細胞表面レセプターに結合することによって遺伝子形質導入を達成する（ＣｈａｒｄｏｎｎｅｔａｎｄＤａｌｅｓ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ４０：４６２−４７７（１９７０）；ＢｒｏｗｎａｎｄＢｕｒｌｉｎｇｈａｍ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ１２：３８６−３９６（１９７３）；ＳｖｅｎｓｓｏｎａｎｄＰｅｒｓｓｏｎ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ５５：４４２−４４９（１９８５）；Ｓｅｔｈら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５１：６５０−６５５（１９８４）；Ｓｅｔｈら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．４：１５２８−１５３３（１９８４）；Ｖａｒｇａら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ６５：６０６１−６０７０（１９９１）；Ｗｉｃｋｈａｍら、Ｃｅｌｌ７３：３０９−３１９（１９９３））。

好ましいウイルスベクターは、除去されるＥ１遺伝子を有していたアデノウイルスに基づくものであり、これらのビリオンは、ヒト２９３細胞株などの細胞株において産生される。別の好ましい実施形態において、Ｅ１遺伝子とＥ３遺伝子の両方が、アデノウイルスゲノムから除去される。

別のタイプのウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に基づくものである。この欠損パルボウイルスは、多くの細胞型に感染することができ、ヒトに対して非病原性であるので、好ましいベクターである。ＡＡＶ型ベクターは、約４〜５ｋｂを輸送することができ、野生型ＡＡＶは、１９番染色体に安定的に挿入されることが知られている。この部位特異的な組み込み特性を含むベクターが好ましい。このタイプのベクターの特に好ましい実施形態は、Ａｖｉｇｅｎ，ＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡによって製造されているＰ４．１Ｃベクターであり、これは、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ遺伝子、すなわちＨＳＶ−ｔｋおよび／またはマーカー遺伝子（例えば、緑色蛍光タンパク質、すなわちＧＦＰをコードする遺伝子）を含み得る。

ウイルスおよびレトロウイルス内に挿入される遺伝子は、通常、所望の遺伝子産物の発現の制御を助けるプロモーターおよび／またはエンハンサーを含む。プロモーターは、一般に、転写開始部位に対して相対的に固定された位置に存在するとき機能する配列またはＤＮＡの配列である。プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼおよび転写因子の基本的な相互作用に必要とされるコアエレメントを含み、上流エレメントおよび応答エレメントを含み得る。

２．ウイルスプロモーターおよびエンハンサー
哺乳動物の宿主細胞においてベクターからの転写を制御する好ましいプロモーターは、様々な起源、例えば、ウイルス（例えば：ポリオーマ、サルウイルス４０（ＳＶ４０）、アデノウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルスおよび最も好ましくはサイトメガロウイルス）のゲノムまたは異種性哺乳動物プロモーター、例えば、ベータアクチンプロモーターから得ることができる。ＳＶ４０ウイルスの初期プロモーターおよび後期プロモーターは、ＳＶ４０ウイルス複製起点も含んでいるＳＶ４０制限フラグメントとして簡便に得られる（Ｆｉｅｒｓら、Ｎａｔｕｒｅ，２７３：１１３（１９７８））。ヒトサイトメガロウイルスの最初期プロモーターは、ＨｉｎｄＩＩＩＥ制限フラグメントとして便利に得られる（Ｇｒｅｅｎｗａｙ，Ｐ．Ｊ．ら、Ｇｅｎｅ１８：３５５−３６０（１９８２））。当然のことながら、宿主細胞または関連する種由来のプロモーターもまた、本明細書中において有用である。

エンハンサーとは、一般に、転写開始部位から一定でなく離れた箇所において機能し、転写単位に対して５’（Ｌａｉｍｉｎｓ，Ｌ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７８：９９３（１９８１））または３’（Ｌｕｓｋｙ，Ｍ．Ｌ．ら、Ｍｏｌ．ＣｅｌｌＢｉｏ．３：１１０８（１９８３））であり得るＤＮＡの配列のことを指す。さらに、エンハンサーは、イントロン内に存在し得（Ｂａｎｅｒｊｉ，Ｊ．Ｌ．ら、Ｃｅｌｌ３３：７２９（１９８３））、コード配列自体の中にも存在し得る（Ｏｓｂｏｒｎｅ，Ｔ．Ｆ．ら、Ｍｏｌ．ＣｅｌｌＢｉｏ．４：１２９３（１９８４））。これらは、通常１０〜３００ｂｐ長であり、シスにおいて機能する。エンハンサーは、近くのプロモーターから転写を増加させるように機能する。エンハンサーはまた、転写の調節を媒介する応答エレメントも含むことが多い。プロモーターはまた、転写の調節を媒介する応答エレメントも含むことが多い。エンハンサーは、しばしば遺伝子の発現の調節を決定する。多くのエンハンサー配列が、哺乳動物遺伝子（グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトプロテインおよびインスリン）由来で知られているが、典型的には、真核細胞ウイルス由来のエンハンサーが使用される。好ましい例は、複製起点の後ろ側（ｂｐ１００−２７０）に存在するＳＶ４０エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後ろ側に存在するポリオーマエンハンサーおよびアデノウイルスエンハンサーである。

プロモーターおよび／またはエンハンサーは、それらの機能を引き起こす、小さいかまたは特異的な化学的事象によって特異的に活性化され得る。テトラサイクリンおよびデキサメタゾンなどの試薬によって系が調節され得る。ガンマ線照射などの照射またはアルキル化化学療法薬物に曝露することによって、ウイルスベクター遺伝子発現を増強する方法も存在する。

プロモーター領域および／またはエンハンサー領域がすべての真核細胞型において活性であることが好ましい。このタイプの好ましいプロモーターは、ＣＭＶプロモーター（６５０塩基）である。他の好ましいプロモーターは、ＳＶ４０プロモーター、サイトメガロウイルス（全長プロモーター）およびレトロウイルスベクターＬＴＦである。

すべての特定の調節エレメントが、クローニングされており、メラノーマ細胞などの特定の細胞型において選択的に発現される発現ベクターを構築するために使用することができることが示されている。グリア起源の細胞において遺伝子を選択的に発現させるために、グリア線維性酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）プロモーターが使用される。

真核生物の宿主細胞（酵母細胞、真菌細胞、昆虫細胞、植物細胞、動物細胞、ヒト細胞または有核細胞）において使用される発現ベクターはまた、ｍＲＮＡ発現に影響を及ぼし得る、転写の終結に必要な配列も含み得る。これらの領域は、組織因子タンパク質をコードするｍＲＮＡの非翻訳部分におけるポリアデニル化されたセグメントとして転写される。３’非翻訳領域はまた、転写終結部位を含む。転写単位もまたポリアデニル化領域を含むことが好ましい。この領域の１つの利点は、転写される単位が、ｍＲＮＡのようにプロセシングされて運搬される可能性を高めるという点である。発現構築物内のポリアデニル化シグナルの同定および使用は、十分に確立されている。トランスジーン構築物において同種のポリアデニル化シグナルを使用することが、好ましい。転写単位の好ましい実施形態において、ポリアデニル化領域は、ＳＶ４０初期ポリアデニル化シグナルに由来するものであり、約４００塩基からなる。転写される単位が、他の標準的な配列を単独で含むか、またはその構築物からの発現またはその構築物の安定性を改善する上記配列と組み合わせて含むこともまた、好ましい。

３．マーカー
ベクターは、マーカー生成物をコードする核酸配列を含み得る。このマーカー生成物は、遺伝子が、細胞に送達されたか否か、および送達された場合発現されているか否かを判定するために使用される。好ましいマーカー遺伝子は、β−ガラクトシダーゼをコードするＥ．ＣｏｌｉｌａｃＺ遺伝子および緑色蛍光タンパク質である。

いくつかの実施形態において、マーカーは、選択可能マーカーであり得る。哺乳動物の細胞に適した選択可能マーカーの例は、ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）、チミジンキナーゼ、ネオマイシン、ネオマイシンアナログＧ４１８、ハイグロマイシンおよびピューロマイシンである。そのような選択可能マーカーが哺乳動物の宿主細胞内に首尾よく運搬されると、形質転換された哺乳動物の宿主細胞は、選択圧下に置かれた場合に生存することができる。広く使用されている２つの特徴的な選択型のカテゴリーがある。第１のカテゴリーは、細胞の代謝および補充された培地とは無関係に成長する能力を欠いている変異細胞株の使用に基づくものである。２つの例は：ＣＨＯＤＨＦＲ⁻細胞およびマウスＬＴＫ⁻細胞である。これらの細胞は、チミジンまたはヒポキサンチンなどの栄養分を加えずに成長する能力を欠いている。これらの細胞は、完全なヌクレオチド合成経路に必要なある特定の遺伝子を欠いているので、それらは、喪失しているヌクレオチドを補充された培地中に供されない限り、生存することができない。培地を補充することの代替法は、完全なＤＨＦＲ遺伝子またはＴＫ遺伝子を、各々の遺伝子を欠いている細胞内に導入することによって、それらの成長の必要条件を変更することである。ＤＨＦＲ遺伝子またはＴＫ遺伝子で形質転換されていない個別の細胞は、補充されていない培地中で生存することはできない。

第２のカテゴリーは、任意の細胞型において使用される選択スキームのことを指し、変異細胞株の使用を必要としない、優性選択である。これらのスキームは、典型的には、宿主細胞の成長を停止する薬物を使用する。それらの細胞は、薬物耐性を付与するタンパク質を発現し、その選択に対して生き残る。そのような優性選択の例は、薬物のネオマイシン（ＳｏｕｔｈｅｒｎＰ．ａｎｄＢｅｒｇ，Ｐ．，Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．１：３２７（１９８２））、ミコフェノール酸（Ｍｕｌｌｉｇａｎ，Ｒ．Ｃ．ａｎｄＢｅｒｇ，Ｐ．Ｓｃｉｅｎｃｅ２０９：１４２２（１９８０））またはハイグロマイシン（Ｓｕｇｄｅｎ，Ｂ．ら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：４１０−４１３（１９８５））を使用する。この３つの例は、適切な薬物であるＧ４１８またはネオマイシン（ジェネテシン）、ｘｇｐｔ（ミコフェノール酸）またはハイグロマイシンに対する抵抗性を付与するそれぞれの細菌の遺伝子を真核生物の支配下において使用する。他のものとしては、ネオマイシンアナログＧ４１８およびピューロマイシンが挙げられる。

Ｅ．バイオセンサーリボスイッチ
バイオセンサーリボスイッチもまた開示される。バイオセンサーリボスイッチは、その同族トリガー分子の存在下において検出可能なシグナルを生成する操作されたリボスイッチである。有用なバイオセンサーリボスイッチは、トリガー分子の閾値レベル以上において引き起こされ得る。バイオセンサーリボスイッチは、インビボまたはインビトロにおける用途のために設計され得る。例えば、シグナルとして機能するタンパク質またはシグナルを生成する際に関連するタンパク質をコードするレポーターＲＮＡに作動可能に連結されたリシンバイオセンサーリボスイッチは、リシンリボスイッチ／レポーターＲＮＡをコードする核酸構築物を有する細胞または生物を操作することによってインビボにおいて使用され得る。インビトロにおいて使用するためのバイオセンサーリボスイッチの例は、立体配座依存性標識を含み、その標識からのシグナルは、リボスイッチの活性化状態に応じて変化するリボスイッチである。そのようなバイオセンサーリボスイッチは、好ましくは、天然に存在するリボスイッチ（例えば、リシン）からのアプタマードメインまたはそのリボスイッチに由来するアプタマードメインを使用する。

Ｆ．レポータータンパク質およびペプチド
リボスイッチまたはバイオセンサーリボスイッチの活性化を評価するために、レポータータンパク質またはレポーターペプチドを使用することができる。レポータータンパク質またはレポーターペプチドは、ＲＮＡによってコードされ得、そのＲＮＡの発現は、リボスイッチによって制御される。その例は、いくつかの特定のレポータータンパク質の使用を説明している。レポータータンパク質およびレポーターペプチドの使用は、周知であり、リボスイッチとともに使用するために容易に適合され得る。このレポータータンパク質は、検出可能であり得るか、または検出可能なシグナルを生成し得る任意のタンパク質またはペプチドであり得る。好ましくは、そのタンパク質またはペプチドの存在は、標準的な手法（例えば、ラジオイムノアッセイ、放射標識、イムノアッセイ、酵素活性に対するアッセイ、吸光度、蛍光、ルミネセンスおよびウエスタンブロット）を使用して検出され得る。より好ましくは、レポータータンパク質のレベルは、低レベルであったとしても標準的な手法を使用して容易に定量可能である。有用なレポータータンパク質としては、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質およびそれらの誘導体（例えば、Ｐｈｏｔｉｎｕｓｐｙｒａｌｉｓ由来のホタルルシフェラーゼ（ＦＬ）およびＲｅｎｉｌｌａｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓ由来のＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼ（ＲＬ））が挙げられる。

Ｇ．立体配座依存性標識
立体配座依存性標識とは、その標識と会合する分子または化合物（例えば、リボスイッチ）の形態または立体配座の変化に基づいて蛍光強度または波長の変化をもたらすすべての標識のことを指す。プローブおよびプライマーの状況において使用される立体配座依存性標識の例としては、分子ビーコン、Ａｍｐｌｉｆｌｕｏｒ、ＦＲＥＴプローブ、切断可能なＦＲＥＴプローブ、ＴａｑＭａｎプローブ、スコーピオン（ｓｃｏｒｐｉｏｎ）プライマー、蛍光性三重鎖オリゴ（例えば、三重鎖分子ビーコンまたは三重鎖ＦＲＥＴプローブが挙げられるがこれらに限定されない）、蛍光性水溶性結合体化ポリマー、ＰＮＡプローブおよびＱＰＮＡプローブが挙げられる。そのような標識、および特にそれらの機能の原理は、リボスイッチとともに使用するために適合され得る。いくつかのタイプの立体配座依存性標識は、ＳｃｈｗｅｉｔｚｅｒａｎｄＫｉｎｇｓｍｏｒｅ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１２：２１−２７（２００１）において概説されている。

立体配座依存性標識の形状である、ステム型でクエンチされる標識は、ステム構造が形成されると、クエンチング部分が近接するようになって、標識からの蛍光をクエンチするように核酸上に位置している蛍光標識である。ステムが破壊されるとき（例えば、標識を含んでいるリボスイッチが活性化されるとき）、そのクエンチング部分は、蛍光標識と近接しなくなり、蛍光が増大する。この作用の例は、分子ビーコン、蛍光性三重鎖オリゴ、三重鎖分子ビーコン、三重鎖ＦＲＥＴプローブおよびＱＰＮＡプローブにおいて見られ、その作動原理は、リボスイッチとともに使用するために適合され得る。

立体配座依存性標識の形状であるステム型の活性化された標識は、ステム構造の形成によって蛍光が増大されるか、もしくは変更される標識または標識の対である。ステム型の活性化された標識は、受容体蛍光標識および供与部分を含み得、受容体と供与体とが近接しているとき（標識を含んでいる核酸鎖がステム構造を形成しているとき）、供与体から受容体への蛍光共鳴エネルギー転移によって、受容体が蛍光を発するようになる。ステム型の活性化された標識は、典型的には、核酸分子においてステム構造が形成されるときに、受容体と供与体とが近接するように、核酸分子（例えば、リボスイッチ）上に位置する標識の対である。ステム型の活性化された標識の供与体部分が、それ自体で蛍光標識である場合、その供与体部分は、受容体に近接していないときに（すなわち、ステム構造が形成されていないときに）、蛍光としてエネルギーを放出し得る（典型的には、受容体の蛍光とは異なる波長において）。ステム構造が形成されるときの、全体の作用は、供与体の蛍光の減少および受容体の蛍光の増加である。ＦＲＥＴプローブは、ステム型の活性化された標識の用途の例であり、その作動原理は、リボスイッチとともに使用するために適合され得る。

Ｈ．検出標識
リボスイッチの活性化、不活性化もしくは遮断の検出および定量化、またはリボスイッチが活性化、不活性化もしくは遮断されるときにもたらされる核酸もしくはタンパク質の発現の検出および定量化を助けるために、検出標識は、検出プローブもしくは検出分子内に組み込まれ得るか、または発現される核酸もしくはタンパク質内に直接組み込まれ得る。本明細書中で使用されるとき、検出標識は、核酸またはタンパク質と直接または間接的に会合され得、その結果、測定可能で検出可能なシグナルが直接または間接的にもたらされる任意の分子である。多くのそのような標識は、当業者に公知である。開示される方法における使用に適した検出標識の例は、放射性同位体、蛍光分子、リン光性分子、酵素、抗体およびリガンドである。

適当な蛍光標識の例としては、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、５，６−カルボキシメチルフルオレセイン、テキサスレッド、ニトロベンズ−２−オキサ−１，３−ジアゾール−４−イル（ＮＢＤ）、クマリン、塩化ダンシル、ローダミン、アミノ−メチルクマリン（ＡＭＣＡ）、エオシン、エリスロシン、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）、ＣａｓｃａｄｅＢｌｕｅ（登録商標）、ＯｒｅｇｏｎＧｒｅｅｎ（登録商標）、ピレン、リサミン、キサンテン、アクリジン、オキサジン、フィコエリトリン、ランタニドイオンの大環状キレート（例えば、ｑｕａｎｔｕｍｄｙｅ^ＴＭ）、蛍光エネルギー移動色素（例えば、チアゾールオレンジ−エチジウムヘテロ二量体）ならびにシアニン色素Ｃｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５およびＣｙ７が挙げられる。他の特定の蛍光標識の例としては、３−ヒドロキシピレン５，８，１０−トリスルホン酸、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、酸フクシン、アリザリンコンプレクソン（ＡｌｉｚａｒｉｎＣｏｍｐｌｅｘｏｎ）、アリザリンレッド、アロフィコシアニン、アミノクマリン、ステアリン酸アントロイル、アストラゾンブリリアントレッド４Ｇ（ＡｓｔｒａｚｏｎＢｒｉｌｌｉａｎｔＲｅｄ４Ｇ）、アストラゾンオレンジＲ、アストラゾンレッド６Ｂ、アストラゾンイエロー７ＧＬＬ、アタブリン、オーラミン、オーロホスフィン（Ａｕｒｏｐｈｏｓｐｈｉｎｅ）、オーロホスフィンＧ、ＢＡＯ９（ビスアミノフェニルオキサジアゾール）、ＢＣＥＣＦ、硫酸ベルベリン、ビスベンズアミド、ブランコフォア（Ｂｌａｎｃｏｐｈｏｒ）ＦＦＧ溶液、ブランコフォアＳＶ、ＢｏｄｉｐｙＦ１、ブリリアントスルフォフラビン（ＢｒｉｌｌｉａｎｔＳｕｌｐｈｏｆｌａｖｉｎ）ＦＦ、カルセインブルー、カルシウムグリーン、カルコフロール（Ｃａｌｃｏｆｌｕｏｒ）ＲＷ溶液、カルコフロールホワイト（ＣａｌｃｏｆｌｕｏｒＷｈｉｔｅ）、カルコフォアホワイト（ＣａｌｃｏｐｈｏｒＷｈｉｔｅ）ＡＢＴ溶液、カルコフォアホワイト標準液、カルボスチリル、カスケードイエロー、カテコールアミン、チナクリン（Ｃｈｉｎａｃｒｉｎｅ）、コリホスフィン（Ｃｏｒｉｐｈｏｓｐｈｉｎｅ）Ｏ、クマリン−ファロイジン（Ｃｏｕｍａｒｉｎ−Ｐｈａｌｌｏｉｄｉｎ）、ＣＹ３．１８、ＣＹ５．１８、ＣＹ７、Ｄａｎｓ（１−ジメチルアミノナファリン５スルホン酸）、Ｄａｎｓａ（ジアミノナフチルスルホン酸）、ダンシルＮＨ−ＣＨ３、ジアミノフェニルオキシジアゾール（ＤＡＯ）、ジメチルアミノ−５−スルホン酸、ジピロメテンボロンジフルオリド、ジフェニルブリリアントフラビン（ＤｉｐｈｅｎｙｌＢｒｉｌｌｉａｎｔＦｌａｖｉｎｅ）７ＧＦＦ、ドーパミン、エリスロシンＩＴＣ、オイクリシン（Ｅｕｃｈｒｙｓｉｎ）、ＦＩＦ（ホルムアルデヒド誘導蛍光）、フラゾオレンジ（ＦｌａｚｏＯｒａｎｇｅ）、フルオ（Ｆｌｕｏ）３、フルオレサミン、フラ−２（Ｆｕｒａ−２）、ゲナクリルブリリアントレッドＢ（ＧｅｎａｃｒｙｌＢｒｉｌｌｉａｎｔＲｅｄＢ）、ゲナクリルブリリアントイエロー１０ＧＦ、ゲナクリルピンク３Ｇ、ゲナクリルイエロー５ＧＦ、グロキサン酸（Ｇｌｏｘａｌｉｃａｃｉｄ）、グラニュラーブルー（ＧｒａｎｕｌａｒＢｌｕｅ）、ヘマトポルフィリン（Ｈａｅｍａｔｏｐｏｒｐｈｙｒｉｎ）、Ｉｎｄｏ−１、イントラホワイト（Ｉｎｔｒａｗｈｉｔｅ）Ｃｆ液、ロイコフォア（Ｌｅｕｃｏｐｈｏｒ）ＰＡＦ、ロイコフォアＳＦ、ロイコフォアＷＳ、リサミンローダミンＢ２００（ＲＤ２００）、ルシファーイエローＣＨ、ルシファーイエローＶＳ、マグダラレッド（ＭａｇｄａｌａＲｅｄ）、マリナブルー（ＭａｒｉｎａＢｌｕｅ）、マキシロンブリリアントフラビン（ＭａｘｉｌｏｎＢｒｉｌｌｉａｎｔＦｌａｖｉｎ）１０ＧＦＦ、マキシロンブリリアントフラビン８ＧＦＦ、ＭＰＳ（メチルグリーンピロニンスチルベン）、ミトラマイシン、ＮＢＤアミン、ニトロベンゾオキサジドール、ノルアドレナリン、ヌクレアーファーストレッド（ＮｕｃｌｅａｒＦａｓｔＲｅｄ）、ヌクレアーイエロー（ＮｕｃｌｅａｒＹｅｌｌｏｗ）、ナイロサンブリリアントフラビン（ＮｙｌｏｓａｎＢｒｉｌｌｉａｎｔＦｌａｖｉｎ）Ｅ８Ｇ、オキサジアゾール、パシフィックブルー（ＰａｃｉｆｉｃＢｌｕｅ）、パラロザニリン（フォイルゲン）、ホルワイト（Ｐｈｏｒｗｉｔｅ）ＡＲ溶液、ホルワイトＢＫＬ、ホルワイトＲｅｖ、ホルワイトＲＰＡ、ホスフィン３Ｒ、フタロシアニン、フィコエリトリンＲ、ポリアザインダセンポントクロームブルーブラック（ＰｏｌｙａｚａｉｎｄａｃｅｎｅＰｏｎｔｏｃｈｒｏｍｅＢｌｕｅＢｌａｃｋ）、ポルフィリン（Ｐｏｒｐｈｙｒｉｎ）、プリムリン（Ｐｒｉｍｕｌｉｎｅ）、プロシオンイエロー（ＰｒｏｃｉｏｎＹｅｌｌｏｗ）、ピロニン、ピロニンＢ、ピロザールブリリアントフラビン（ＰｙｒｏｚａｌＢｒｉｌｌｉａｎｔＦｌａｖｉｎ）７ＧＦ、キナクリンマスタード、ローダミン１２３、ローダミン５ＧＬＤ、ローダミン６Ｇ、ローダミンＢ、ローダミンＢ２００、ローダミンＢエキストラ、ローダミンＢＢ、ローダミンＢＧ、ローダミンＷＴ、セロトニン、セブロンブリリアントレッド（ＳｅｖｒｏｎＢｒｉｌｌｉａｎｔＲｅｄ）２Ｂ、セブロンブリリアントレッド４Ｇ、セブロンブリリアントレッドＢ、セブロンオレンジ、セブロンイエローＬ、ＳＩＴＳ（プリムリン（Ｐｒｉｍｕｌｉｎｅ））、ＳＩＴＳ（スチルベンイソチオスルホン酸）、スチルベン、Ｓｎａｒｆ１、スルホローダミンＢＣａｎＣ、スルホローダミンＧエキストラ、テトラサイクリン、チアジンレッド（ＴｈｉａｚｉｎｅＲｅｄ）Ｒ、チオフラビンＳ、チオフラビンＴＣＮ、チオフラビン５、チオライト（Ｔｈｉｏｌｙｔｅ）、チオゾールオレンジ（ＴｈｉｏｚｏｌＯｒａｎｇｅ）、チノポール（Ｔｉｎｏｐｏｌ）ＣＢＳ、トゥルーブルー（ＴｒｕｅＢｌｕｅ）、ウルトラライト（Ｕｌｔｒａｌｉｔｅ）、ウラニン（Ｕｒａｎｉｎｅ）Ｂ、ユビテックス（Ｕｖｉｔｅｘ）ＳＦＣ、キシレンオレンジおよびＸＲＩＴＣが挙げられる。

有用な蛍光標識は、フルオレセイン（５−カルボキシフルオレセイン−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）、ローダミン（５，６−テトラメチルローダミン）およびシアニン色素Ｃｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５およびＣｙ７である。これらの蛍光に対する最大吸収および最大発光は、それぞれ：ＦＩＴＣ（４９０ｎｍ；５２０ｎｍ）、Ｃｙ３（５５４ｎｍ；５６８ｎｍ）、Ｃｙ３．５（５８１ｎｍ；５８８ｎｍ）、Ｃｙ５（６５２ｎｍ：６７２ｎｍ）、Ｃｙ５．５（６８２ｎｍ；７０３ｎｍ）およびＣｙ７（７５５ｎｍ；７７８ｎｍ）であるので、これらを同時に検出することができる。フルオレセイン色素の他の例としては、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、２’，４’，１，４，−テトラクロロフルオレセイン（ＴＥＴ）、２’，４’，５’，７’，１，４−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシローダミン（ＪＯＥ）、２’−クロロ−５’−フルオロ−７’，８’−融合フェニル−１，４−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン（ＮＥＤ）および２’−クロロ−７’−フェニル−１，４−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン（ＶＩＣ）が挙げられる。蛍光標識は、ＡｍｅｒｓｈａｍＰｈａｒｍａｃｉａＢｉｏｔｅｃｈ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ；ＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｒｏｂｅｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ；およびＲｅｓｅａｒｃｈＯｒｇａｎｉｃｓ，Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ，Ｏｈｉｏをはじめとした種々の商業的供給源から入手することができる。

さらなる目的の標識としては、それらが会合するプローブが標的分子に特異的に結合しているときにだけシグナルを提供するものが挙げられ、ここで、そのような標識としては：Ｔｙａｇｉ＆Ｋｒａｍｅｒ，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９９６）１４：３０３およびＥＰ００７０６８５Ｂ１に記載されているような「分子ビーコン」が挙げられる。他の目的の標識としては、米国特許第５，５６３，０３７号；ＷＯ９７／１７４７１およびＷＯ９７／１７０７６に記載されているものが挙げられる。

標識されたヌクレオチドは、発現される核酸内に合成中に直接組み込むための検出標識の有用な型である。核酸内に組み込まれ得る検出標識の例としては、ヌクレオチドアナログ（例えば、ＢｒｄＵｒｄ（５−ブロモデオキシウリジン，ＨｏｙａｎｄＳｃｈｉｍｋｅ，ＭｕｔａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈ２９０：２１７−２３０（１９９３））、アミノアリルデオキシウリジン（Ｈｅｎｅｇａｒｉｕら、ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１８：３４５−３４８（２０００））、５−メチルシトシン（Ｓａｎｏら、Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ９５１：１５７−１６５（１９８８））、ブロモウリジン（Ｗａｎｓｉｃｋら、Ｊ．ＣｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙ１２２：２８３−２９３（１９９３））およびビオチン（Ｌａｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７８：６６３３（１９８１））または適当なハプテン（例えば、ジゴキシゲニン）（Ｋｅｒｋｈｏｆ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０５：３５９−３６４（１９９２））を用いて改変されたヌクレオチド）が挙げられる。適当な蛍光標識されたヌクレオチドは、フルオレセイン−イソチオシアネート−ｄＵＴＰ、シアニン−３−ｄＵＴＰおよびシアニン−５−ｄＵＴＰ（Ｙｕら、ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．，２２：３２２６−３２３２（１９９４））である。ＤＮＡに対する好ましいヌクレオチドアナログ検出標識は、ＢｒｄＵｒｄ（ブロモデオキシウリジン、ＢｒｄＵｒｄ、ＢｒｄＵ、ＢＵｄＲ、Ｓｉｇｍａ−ＡｌｄｒｉｃｈＣｏ）である。ＤＮＡ内に検出標識を組み込むための他の有用なヌクレオチドアナログは、ＡＡ−ｄＵＴＰ（アミノアリル−デオキシウリジン三リン酸，Ｓｉｇｍａ−ＡｌｄｒｉｃｈＣｏ．）および５−メチル−ｄＣＴＰ（ＲｏｃｈｅＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）である。ＲＮＡ内に検出標識を組み込むための有用なヌクレオチドアナログは、ビオチン−１６−ＵＴＰ（ビオチン−１６−ウリジン−５’−三リン酸，ＲｏｃｈｅＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）である。フルオレセイン、Ｃｙ３およびＣｙ５は、直接標識するためにｄＵＴＰに連結され得る。Ｃｙ３．５およびＣｙ７は、ビオチンまたはジゴキシゲニンで標識されたプローブの二次検出のためにアビジンまたは抗ジゴキシゲニン結合体として利用可能である。

核酸内に組み込まれる検出標識（例えば、ビオチン）は、その後、当該分野で周知の感度の高い方法を使用して検出され得る。例えば、ビオチンは、ビオチンに結合し、続いて、適当な基質（例えば、化学発光基質ＣＳＰＤ：３−（４−メトキシスピロ−［１，２，−ジオキセタン−３−２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１^３，７］デカン］−４−イル）フェニルリン酸二ナトリウム；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ．）の化学発光によって検出されるストレプトアビジン−アルカリホスファターゼ結合体（Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ．）を使用して検出され得る。例えば、化学シグナル増幅を用いてか、または光を生成する酵素に対する基質（例えば、化学発光の１，２−ジオキセタン基質）もしくは蛍光シグナルを使用することによって検出され得る標識はまた、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、ダイズペルオキシダーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼおよびポリメラーゼ）であり得る。

これらの検出標識の２つ以上を組み合わせた分子もまた、検出標識と考えられる。公知の検出標識のいずれかを、開示されるプローブ、タグ、分子および方法とともに使用することによって、開示される方法においてもたらされる活性化もしくは不活性化された、リボスイッチまたは核酸またはタンパク質を標識および検出することができる。検出標識によって生成されるシグナルを検出し、測定するための方法もまた、当業者に公知である。例えば、放射性同位体は、シンチレーション測定法または直接的な可視化によって検出され得；蛍光分子は、蛍光分光光度計を用いて検出され得；リン光性分子は、分光光度計を用いて検出され得るか、またはカメラを用いて直接可視化され得；酵素は、その酵素によって触媒される反応の生成物を検出または可視化することによって検出され得；抗体は、その抗体に結合された２次検出標識を検出することによって検出され得る。本明細書中で使用されるとき、検出分子は、検出されるべき化合物または組成物と相互作用する分子であり、１つ以上の検出標識がその検出分子に結合されている。

Ｉ．配列類似性
本明細書中において記述されるように、相同性および同一性という用語の使用が、類似性と同じものを意味すると理解される。従って、例えば、相同性という単語が、２つの配列間（例えば、天然でない配列）において使用される場合、必ずしもこれらの２つの配列間の進化的関係を示すわけではないが、それらの核酸配列間に類似性または関連性が考察されると理解される。２つの進化的に関連する分子間の相同性を判定するための方法の多くは、それらが進化的に関連するか否かに関係なく、配列類似性を測定する目的で、任意の２つ以上の核酸またはタンパク質に対して慣例的に適合される。

一般に、本明細書中に開示されるリボスイッチ、アプタマー、発現プラットフォーム、遺伝子およびタンパク質の任意の公知のバリアントおよび誘導体またはそれらから生じ得るものを定義するための１つの方法は、特定の公知の配列に対する相同性に関してそれらのバリアントおよび誘導体を定義することを介するものであると理解される。本明細書中に開示される特定の配列の同一性は、本明細書中の他の箇所にも記述される。通常、本明細書中に開示されるリボスイッチ、アプタマー、発現プラットフォーム、遺伝子およびタンパク質のバリアントは、代表的には、決められた配列または天然配列に対して少なくとも約７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９パーセントの相同性を有する。２つのタンパク質または核酸（例えば、遺伝子）の相同性を判定する方法を当業者は容易に理解する。例えば、相同性は、相同性が最も高いレベルになるように２つの配列をアラインメントした後に計算され得る。

相同性を計算する別の方法は、公開されたアルゴリズムによって行われ得る。比較するための配列の最適なアラインメントは、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎＡｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズム、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，Ｊ．ＭｏＬＢｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズム、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４（１９８８）の類似性検索方法、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実行（ＷｉｓｃｏｎｓｉｎＧｅｎｅｔｉｃｓＳｏｆｔｗａｒｅＰａｃｋａｇｅ，ＧｅｎｅｔｉｃｓＣｏｍｐｕｔｅｒＧｒｏｕｐ，５７５ＳｃｉｅｎｃｅＤｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＴＦＡＳＴＡ）または目視によって、行われ得る。

同じタイプの相同性を、例えば、Ｚｕｋｅｒ，Ｍ．Ｓｃｉｅｎｃｅ２４４：４８−５２，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：７７０６−７７１０，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら、ＭｅｔｈｏｄｓＥｎｚｙｍｏｌ．１８３：２８１−３０６，１９８９（少なくとも核酸アラインメントに関する材料に対して本明細書中で参考として援用される）に開示されているアルゴリズムによって、核酸に対して得ることができる。上記方法のいずれかが、典型的に使用され得、ある特定の場合においてこれらの様々な方法の結果は異なり得ることが理解されるが、当業者は、同一性がこれらの方法のうちの少なくとも１つを用いて見出される場合に、それらの配列は、定められた同一性を有すると言われ得ると理解する。

例えば、本明細書中で使用されるとき、別の配列に対して特定の相同性パーセントを有するといわれる配列とは、上に記載された計算方法の任意の１つ以上によって計算されるときにそのいわれた相同性を有する配列のことを指す。例えば、第１配列が、Ｚｕｋｅｒ計算法を使用して第２配列に対して８０パーセントの相同性を有すると計算される場合に、第１配列が他の計算方法のいずれかによって計算されるときに第２配列に対して８０パーセントの相同性を有しない場合でさえも、その第１配列は、第２配列に対して、本明細書中に定義されるような８０パーセントの相同性を有する。別の例として、第１配列が、Ｚｕｋｅｒ計算法とＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ計算法との両方を使用して、第２配列に対して８０パーセントの相同性を有すると計算される場合に、第１配列がＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ計算法、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ計算法、Ｊａｅｇｅｒ計算法または他の計算方法のいずれかによって計算されるときに第２配列に対して８０パーセントの相同性を有しない場合でさえも、その第１配列は、第２配列に対して、本明細書中に定義されるような８０パーセントの相同性を有する。なおも別の例として、上記計算方法の各々を使用して、第１配列が第２配列に対して８０パーセントの相同性を有すると計算される場合に、その第１配列は、第２配列に対して、本明細書中に定義されるような８０パーセントの相同性を有する（実際のところ、様々な計算方法では、様々な相同性パーセンテージが算出されることが多い）。

Ｊ．ハイブリダイゼーションおよび選択的ハイブリダイゼーション
ハイブリダイゼーションという用語は、典型的には、少なくとも２つの核酸分子間（例えば、プライマーまたはプローブとリボスイッチまたは遺伝子との間）における、配列によって動かされる相互作用を意味する。配列によって動かされる相互作用とは、ヌクレオチド特異的様式で２つのヌクレオチド間またはヌクレオチドアナログ間またはヌクレオチド誘導体間に生じる相互作用のことを意味する。例えば、Ｃと相互作用するＧまたはＴと相互作用するＡは、配列によって動かされる相互作用である。典型的には、配列によって動かされる相互作用は、ヌクレオチドのワトソン−クリック面またはフーグスティーン面において生じる。２つの核酸のハイブリダイゼーションは、当業者に公知の多くの条件およびパラメータによって影響される。例えば、反応物の塩濃度、ｐＨおよび温度のすべてが、２つの核酸分子がハイブリダイズするか否かに影響する。

２つの核酸分子間の選択的ハイブリダイゼーションに対するパラメータは、当業者に周知である。例えば、いくつかの実施形態において、選択的ハイブリダイゼーション条件は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件と定義され得る。例えば、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、ハイブリダイゼーション工程および洗浄工程のいずれかまたはその両方の温度と塩濃度との両方によって支配される。例えば、選択的ハイブリダイゼーションを達成するハイブリダイゼーションの条件は、Ｔｍ（半数の分子がそのハイブリダイゼーションパートナーから解離する融解温度）より約１２〜２５℃低い温度における高イオン強度溶液（６×ＳＳＣまたは６×ＳＳＰＥ）中でのハイブリダイゼーション、その後の、洗浄温度がＴｍより約５℃〜２０℃低いように選択された温度と塩濃度との組み合わせにおける洗浄を含み得る。その温度および塩の条件は、フィルター上に固定化された参照ＤＮＡのサンプルを目的の標識核酸にハイブリダイズさせ、次いで、様々なストリンジェンシーの条件下で洗浄する予備試験において経験的に容易に決定される。ハイブリダイゼーション温度は、典型的には、ＤＮＡ−ＲＮＡおよびＲＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーションよりも高い。その条件は、ストリンジェンシーを達成するために上に記載されたようにか、または当該分野で公知のとおりに（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，２ｎｄＥｄ．，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９８９；Ｋｕｎｋｅｌら、ＭｅｔｈｏｄｓＥｎｚｙｍｏｌ．１９８７：１５４：３６７，１９８７（核酸のハイブリダイゼーションに少なくとも関連する材料に対して本明細書中で参考として援用される）使用され得る。ＤＮＡ：ＤＮＡハイブリダイゼーションに対する好ましいストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、６×ＳＳＣまたは６×ＳＳＰＥにおける約６８℃（水溶液中）に続く６８℃での洗浄であり得る。所望であれば、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のストリンジェンシーは、所望の相補性の程度が下げられるのに従って、さらには、可変性が探索される任意の領域のＧ−ＣリッチまたはＡ−Ｔリッチに応じて、低下され得る。同様に、所望であれば、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のストリンジェンシーは、所望の相同性が上げられるのに従って、さらには、高い相同性が望まれる任意の領域のＧ−ＣリッチまたはＡ−Ｔリッチに応じて、上昇され得、これらすべては当該分野で公知のとおりである。

選択的ハイブリダイゼーションを定義する別の方法は、他の核酸に結合される核酸のうちの１つの量（パーセンテージ）を検討することによる方法である。例えば、いくつかの実施形態において、選択的ハイブリダイゼーション条件は、限定的な核酸の少なくとも約６０、６５、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００パーセントが、非限定的な核酸に結合するときのものであり得る。典型的には、その非限定的な核酸は、例えば、１０倍または１００倍または１０００倍過剰である。このタイプのアッセイは、限定的な核酸と非限定的な核酸との両方が、例えば、それらのｋ_ｄよりも１０倍もしくは１００倍もしくは１０００倍低いか、または核酸分子のうちのただ１つが、１０倍もしくは１００倍もしくは１０００倍であるか、または一方もしくは両方の核酸分子がそれらのｋ_ｄよりも高い、条件下で行われ得る。

選択的ハイブリダイゼーションを定義する別の方法は、ハイブリダイゼーションが所望の酵素的操作を促進するために必要とされる条件下で、酵素的に操作される核酸のパーセンテージを検討することによる方法である。例えば、いくつかの実施形態において、選択的ハイブリダイゼーション条件は、核酸の少なくとも約６０、６５、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００パーセントが、酵素的操作を促進する条件下において酵素的に操作されるときのものであり得、例えば、その酵素的操作がＤＮＡ伸長である場合、選択的ハイブリダイゼーション条件は、核酸分子の少なくとも約６０、６５、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００パーセントが伸長されるときのものであり得る。好ましい条件としてはまた、製造者によって提案される条件または操作を行う酵素に対して適切であると当該分野において示されている条件が挙げられる。

相同性と全く同様に、２つの核酸分子間のハイブリダイゼーションのレベルを判定するために本明細書中に開示される種々の方法が存在すると理解される。これらの方法および条件は、２つの核酸分子間の様々なパーセンテージのハイブリダイゼーションを提供し得るが、別段示されない限り、それらの方法のいずれかのパラメータを満たすことで十分であり得ることが理解される。例えば、８０％のハイブリダイゼーションが求められる場合、そしてこれらの方法のうちのいずれか１つにおいて求められるパラメータ内でハイブリダイゼーションが生じる限り、それは、本明細書中に開示されると考えられる。

組成物または方法が、集合的に、または単独で、ハイブリダイゼーションを判定するためのこれらの基準のうちのいずれか１つを満たす場合に、その組成物または方法は、本明細書中に開示される組成物または方法であると当業者は理解すると理解される。

Ｋ．核酸
例えば、リボスイッチ、アプタマーならびにリボスイッチおよびアプタマーをコードする核酸をはじめとした核酸ベースの種々の分子が、本明細書中に開示される。開示される核酸は、例えば、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチド代替物で構成され得る。これらの分子および他の分子の非限定的な例は、本明細書中に記述されている。例えば、ベクターが細胞において発現されるとき、発現されるｍＲＮＡは、典型的には、Ａ、Ｃ、ＧおよびＵで構成されると理解される。同様に、核酸分子が、例えば外来性送達を介して細胞内または細胞環境内に導入される場合、その核酸分子が、細胞環境においてその核酸分子の分解を低下させるヌクレオチドアナログで構成されていることが有益であると理解される。

それらの関連する機能が維持される限り、リボスイッチ、アプタマー、発現プラットフォームならびに他の任意のオリゴヌクレオチドおよび核酸は、改変ヌクレオチド（ヌクレオチドアナログ）で構成され得るか、または改変ヌクレオチドを含み得る。多くの改変ヌクレオチドが公知であり、オリゴヌクレオチドおよび核酸において使用され得る。ヌクレオチドアナログは、塩基、糖またはリン酸部分のいずれかにいくつかのタイプの改変を含むヌクレオチドである。塩基部分に対する改変は、Ａ、Ｃ、ＧおよびＴ／Ｕならびに様々なプリン塩基またはピリミジン塩基（例えば、ウラシル−５−イル、ヒポキサンチン−９−イル（Ｉ）および２−アミノアデニン−９−イル）の天然および合成の改変を含み得る。改変塩基としては、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの６−メチル誘導体ならびに他のアルキル誘導体、アデニンおよびグアニンの２−プロピル誘導体ならびに他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミンおよび２−チオシトシン、５−ハロウラシルおよび５−ハロシトシン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシンおよび６−アゾチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロアデニンおよび８−ハログアニン、８−アミノアデニンおよび８−アミノグアニン、８−チオールアデニンおよび８−チオールグアニン、８−チオアルキルアデニンおよび８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルアデニンおよび８−ヒドロキシルグアニンならびに他の８−置換アデニンおよび８−置換グアニン、５−ハロウラシルおよび５−ハロシトシン、特に５−ブロモウラシルおよび５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルウラシルおよび５−トリフルオロメチルシトシンならびに他の５−置換ウラシルおよび５−置換シトシン、７−メチルグアニンおよび７−メチルアデニン、８−アザグアニンおよび８−アザアデニン、７−デアザグアニンおよび７−デアザアデニンならびに３−デアザグアニンおよび３−デアザアデニンが挙げられるが、これらに限定されない。さらなる塩基の改変は、例えば、米国特許第３，６８７，８０８号，Ｅｎｇｌｉｓｃｈら、ＡｎｇｅｗａｎｄｔｅＣｈｅｍｉｅ，ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＥｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３およびＳａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ１５，ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＲｅｓｅａｒｃｈａｎｄＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，２８９−３０２頁，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄＬｅｂｌｅｕ，Ｂ．ｅｄ．，ＣＲＣＰｒｅｓｓ，１９９３に見られる。ある特定のヌクレオチドアナログ（例えば、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジンならびにＮ−２置換プリン、Ｎ−６置換プリンおよびＯ−６置換プリン（２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンを含む））。５−メチルシトシンは、二重鎖形成の安定性を増大し得る。他の改変塩基は、ユニバーサル塩基として機能するものである。ユニバーサル塩基としては、３−ニトロピロールおよび５−ニトロインドールが挙げられる。ユニバーサル塩基は、通常の塩基の代わりとなるが、塩基対形成の際に偏りを有しない。すなわち、ユニバーサル塩基は、他の任意の塩基と塩基対形成することができる。塩基の改変は、例えば、固有の特性（例えば、二重鎖安定性の増大）を達成するために糖の改変（例えば、２’−Ｏ−メトキシエチル）と組み合わされ得ることが多い。一連の塩基の改変を詳述し、記載している米国特許が数多く存在する（例えば、米国特許第４，８４５，２０５号；同第５，１３０，３０２号；同第５，１３４，０６６号；同第５，１７５，２７３号；同第５，３６７，０６６号；同第５，４３２，２７２号；同第５，４５７，１８７号；同第５，４５９，２５５号；同第５，４８４，９０８号；同第５，５０２，１７７号；同第５，５２５，７１１号；同第５，５５２，５４０号；同第５，５８７，４６９号；同第５，５９４，１２１号、同第５，５９６，０９１号；同第５，６１４，６１７号；および同第５，６８１，９４１号）。これらの特許の各々は、本明細書中においてそれらの全体が参照により援用され、具体的には、塩基の改変、その合成、使用ならびにオリゴヌクレオチドおよび核酸への組み込みの説明のために参考として援用される。

ヌクレオチドアナログはまた、糖部分の改変を含み得る。糖部分に対する改変としては、リボースおよびデオキシリボースの天然の改変ならびに合成の改変が挙げられ得る。糖の改変としては、２’位における以下の改変：ＯＨ；Ｆ；Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキルもしくはＮ−アルキル；Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニルもしくはＮ−アルケニル；Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニルもしくはＮ−アルキニル；またはＯ−アルキル−Ｏ−アルキルが挙げられるがこれらに限定されず、ここで、そのアルキル、アルケニルおよびアルキニルは、置換されていても、または置換されていないＣ１〜Ｃ１０のアルキルまたはＣ２〜Ｃ１０のアルケニルおよびアルキニルであってもよい。２’糖改変としては、−Ｏ［（ＣＨ_２）ｎＯ］ｍＣＨ_３、−Ｏ（ＣＨ_２）ｎＯＣＨ_３、−Ｏ（ＣＨ_２）ｎＮＨ_２、−Ｏ（ＣＨ_２）ｎＣＨ_３、−Ｏ（ＣＨ_２）ｎ−ＯＮＨ_２および−Ｏ（ＣＨ_２）ｎＯＮ［（ＣＨ_２）ｎＣＨ_３）］_２も挙げられるがこれらに限定されず、ここで、ｎおよびｍは、１〜約１０である。

２’位における他の改変としては：Ｃ１〜Ｃ１０低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリール（ａｌｋａｒｙｌ）、アラルキル、Ｏ−アルカリールまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ_３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ_３、ＯＣＦ_３、ＳＯＣＨ_３、ＳＯ_２ＣＨ_３、ＯＮＯ_２、ＮＯ_２、Ｎ_３、ＮＨ_２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的な特性を改善するための基またはオリゴヌクレオチドの薬力学的な特性を改善するための基および同様の特性を有する他の置換基が挙げられるがこれらに限定されない。糖の他の位置、特に、３’末端のヌクレオチド上または２’−５’結合したオリゴヌクレオチド内の糖の３’位および５’末端のヌクレオチドの５’位においても同様の改変がなされ得る。改変された糖はまた、架橋環酸素における改変（例えば、ＣＨ_２およびＳ）を含む糖を含み得る。ヌクレオチド糖アナログはまた、糖模倣物（例えば、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル部分）を有し得る。そのような改変された糖構造の調製を教示している数多くの米国特許（例えば、４，９８１，９５７；５，１１８，８００；５，３１９，０８０；５，３５９，０４４；５，３９３，８７８；５，４４６，１３７；５，４６６，７８６；５，５１４，７８５；５，５１９，１３４；５，５６７，８１１；５，５７６，４２７；５，５９１，７２２；５，５９７，９０９；５，６１０，３００；５，６２７，０５３；５，６３９，８７３；５，６４６，２６５；５，６５８，８７３；５，６７０，６３３；および５，７００，９２０（これらの各々は本明細書中でその全体が参照により援用され、そして具体的には改変された糖構造、その合成、使用、ならびにヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよび核酸への組み込みに関する説明のために援用される））が存在する。

ヌクレオチドアナログはまた、リン酸部分において改変され得る。改変されたリン酸部分としては、２つのヌクレオチド間の結合が、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルおよび他のアルキルホスホネート（３’−アルキレンホスホネートおよびキラルホスホネートを含む）、ホスフィネート、ホスホルアミデート（３’−アミノホスホルアミデートおよびアミノアルキルホスホルアミデートを含む）、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステルならびにボラノホスフェートを含むように改変され得るものが挙げられるがこれらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸エステル結合または改変リン酸エステル結合は、３’−５’結合または２’−５’結合を介するものであり得、その結合は、逆転した極性（例えば、３’−５’から５’−３’または２’−５’から５’−２’）を含み得ると理解される。様々な塩、混合された塩および遊離酸の形態もまた含まれる。多くの米国特許は、改変リン酸を含んでいるヌクレオチドの作製方法および使用方法を教示しており、そのような米国特許としては、３，６８７，８０８；４，４６９，８６３；４，４７６，３０１；５，０２３，２４３；５，１７７，１９６；５，１８８，８９７；５，２６４，４２３；５，２７６，０１９；５，２７８，３０２；５，２８６，７１７；５，３２１，１３１；５，３９９，６７６；５，４０５，９３９；５，４５３，４９６；５，４５５，２３３；５，４６６，６７７；５，４７６，９２５；５，５１９，１２６；５，５３６，８２１；５，５４１，３０６；５，５５０，１１１；５，５６３，２５３；５，５７１，７９９；５，５８７，３６１；および５，６２５，０５０号（これらの各々は本明細書中でその全体が参照により援用され、そして具体的には改変されたリン酸、その合成、使用、ならびにヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよび核酸への組み込みに関する説明のために援用される））が挙げられるがこれらに限定されない。

ヌクレオチドアナログが、単一の改変を含む必要があるだけでなく、その部分の１つの中または様々な部分の間において多数の改変も含み得ることが理解される。

ヌクレオチド代替物は、ヌクレオチドと類似の機能的特性を有する分子であるが、それらは、リン酸部分を含まない（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ））。ヌクレオチド代替物は、ワトソン−クリック様式またはフーグスティーン様式で相補的な核酸を認識し、それにハイブリダイズ（塩基対形成）する分子であるが、リン酸部分以外の部分を介してともに連結される。ヌクレオチド代替物は、適切な標的核酸と相互作用するとき、二重らせん型の構造と一致し得る。

ヌクレオチド代替物は、リン酸部分および／または糖部分が置換されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログである。ヌクレオチド代替物は、標準的なリン原子を含まない。そのリン酸に対する代替物は、例えば、短鎖のアルキルもしくはシクロアルキルのヌクレオシド間結合、混合されたヘテロ原子およびアルキルもしくはシクロアルキルのヌクレオシド間結合または１つ以上の短鎖ヘテロ原子ヌクレオシド間結合もしくは複素環式ヌクレオシド間結合であり得る。これらとしては、モルホリノ結合（ヌクレオシドの糖部分から部分的に形成される）；シロキサン骨格；スルフィド骨格、スルホキシド骨格およびスルホン骨格；ホルムアセチル骨格およびチオホルムアセチル骨格；メチレンホルムアセチル骨格およびチオホルムアセチル骨格；アルケン含有骨格；スルファメート骨格；メチレンイミノおよびメチレンヒドラジノ骨格；スルホネート骨格およびスルホンアミド骨格；アミド骨格；ならびにＮ、Ｏ、ＳおよびＣＨ２成分が混合した部分を有するその他のものを有するものが挙げられる。多くの米国特許は、これらのタイプのリン酸代替物の作製方法および使用方法を開示しており、そのような米国特許としては、５，０３４，５０６；５，１６６，３１５；５，１８５，４４４；５，２１４，１３４；５，２１６，１４１；５，２３５，０３３；５，２６４，５６２；５，２６４，５６４；５，４０５，９３８；５，４３４，２５７；５，４６６，６７７；５，４７０，９６７；５，４８９，６７７；５，５４１，３０７；５，５６１，２２５；５，５９６，０８６；５，６０２，２４０；５，６１０，２８９；５，６０２，２４０；５，６０８，０４６；５，６１０，２８９；５，６１８，７０４；５，６２３，０７０；５，６６３，３１２；５，６３３，３６０；５，６７７，４３７；および５，６７７，４３９号（これらの各々は本明細書中でその全体が参照により援用され、そして具体的にはリン酸代替物、その合成、使用、ならびにヌクレオチド、オリゴヌクレオチドおよび核酸への組み込みに関する説明のために援用される））が挙げられるがこれらに限定されない。

ヌクレオチド代替物において、そのヌクレオチドの糖部分とリン酸部分との両方が、例えば、アミド型の結合（アミノエチルグリシン）で置換され得る（ＰＮＡ）ことも理解される。米国特許第５，５３９，０８２号；同第５，７１４，３３１号；および同第５，７１９，２６２号は、ＰＮＡ分子の作製方法および使用方法を教示しており、これらの各々は、本明細書中で参考として援用される（Ｎｉｅｌｓｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５４：１４９７−１５００（１９９１）もまた参照のこと）。

オリゴヌクレオチドおよび核酸は、ヌクレオチドから構成され得、異なるタイプのヌクレオチドまたは同じタイプのヌクレオチドから構成され得る。例えば、オリゴヌクレオチド中のヌクレオチドのうちの１つ以上は、リボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドとの混合物であり得るか；そのヌクレオチドの約１０％〜約５０％は、リボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドとの混合物であり得るか；そのヌクレオチドの約５０％以上は、リボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドとの混合物であり得るか；またはそのヌクレオチドのすべてが、リボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドとの混合物である。そのようなオリゴヌクレオチドおよび核酸は、キメラオリゴヌクレオチドおよびキメラ核酸と呼ばれ得る。

Ｌ．固体支持体
固体支持体は、分子（例えば、トリガー分子）およびリボスイッチ（または開示される方法において使用されるか、もしくは開示される方法によって生成される他の成分）と会合し得る固体状態の基材または支持体である。リボスイッチおよび他の分子は、固体支持体と直接または間接的に会合され得る。例えば、被検体（例えば、トリガー分子、試験化合物）は、固体支持体の表面に結合され得るか、または固体支持体上に固定化された捕捉物質（例えば、被検体に結合する化合物または分子）と会合され得る。別の例として、リボスイッチは、固体支持体の表面に結合され得るか、または固体支持体上に固定化されたプローブと会合され得る。アレイは、多数のリボスイッチ、プローブまたは他の分子が整列パターン、格子パターンまたは他の組織化パターンで会合されている固体支持体である。

固体支持体において使用するための固体状態の基材としては、成分が直接または間接的に会合され得る任意の固体材料が挙げられ得る。これとしては、アクリルアミド、アガロース、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、金、ポリスチレン、ポリエチレンビニルアセテート、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキシド、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン（登録商標）、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、官能化シラン、ポリプロピルフメレート、コラーゲン、グリコサミノグリカンおよびポリアミノ酸などの材料が挙げられる。固体状態の基材は、薄膜、膜、瓶、ディッシュ、繊維、織り繊維（ｗｏｖｅｎｆｉｂｅｒ）、成形ポリマー、粒子、ビーズ、微小粒子または組み合わせをはじめとした任意の有用な形態を有し得る。固体状態の基材および固体支持体は、多孔性または非多孔性であり得る。チップは、長方形または正方形の小片の材料である。固体状態の基材に対して好ましい形態は、薄膜、ビーズまたはチップである。固体状態の基材に対して有用な形態は、マイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態において、マルチウェルガラススライドが使用され得る。

アレイは、その固体支持体上の同定された位置または予め規定された位置に固定化された、複数のリボスイッチ、トリガー分子、他の分子、化合物またはプローブを含み得る。固体支持体上の予め規定された各位置は、通常、１種類の成分を有する（すなわち、その位置における成分のすべてが同一である）。あるいは、多数の種類の成分が、固体支持体上の予め規定された同じ位置に固定化され得る。各位置は、多コピーの所与の成分を有することになる。固体支持体上の様々な成分の空間的隔離によって、別個の検出および同定が可能になる。

固体支持体が単一のユニットまたは構造であることは、有用であるが、必要ではない。
１組のリボスイッチ、トリガー分子、他の分子、化合物および／またはプローブは、任意の数の固体支持体にわたって分配され得る。例えば、１つの極端な場合において、各成分は、別個の反応チューブもしくは反応容器内に固定化され得るか、または別個のビーズもしくは微小粒子上に固定化され得る。

オリゴヌクレオチドを固体状態の基材に固定化するための方法は、十分に確立されている。アドレスプローブおよび検出プローブを含むオリゴヌクレオチドは、確立された結合方法を使用して基材に結合され得る。例えば、適当な接着方法は、Ｐｅａｓｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９１（１１）：５０２２−５０２６（１９９４）およびＫｈｒａｐｋｏら、ＭｏｌＢｉｏｌ（Ｍｏｓｋ）（ＵＳＳＲ）２５：７１８−７３０（１９９１）によって報告されている。３’−アミンオリゴヌクレオチドをカゼインコーティングされたスライド上に固定化するための方法は、Ｓｔｉｍｐｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９２：６３７９−６３８３（１９９５）によって報告されている。オリゴヌクレオチドを固体状態の基材に接着する有用な方法は、Ｇｕｏら、ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２２：５４５６−５４６５（１９９４）によって報告されている。

固体支持体上に固定化された成分（例えば、リボスイッチ、トリガー分子または他の分子）の各々は、その固体支持体の予め規定された異なる領域に配置され得る。その異なる位置は、様々な反応チャンバーであり得る。予め規定された異なる領域の各々は、その異なる領域の互いと物理的に隔離され得る。固体支持体の予め規定された異なる領域間の距離は、固定され得るか、または変化し得る。例えば、アレイにおいて、成分の各々は、互いに固定された距離で配置され得るが、ビーズと会合された成分は、固定された空間的関係にない。特に、多数の固体支持体ユニット（例えば、多数のビーズ）を使用することにより、様々な距離がもたらされる。

成分は、任意の密度で固体支持体上に会合され得るか、または固定化され得る。成分は、１立方センチメートルあたり４００個を超える異なる成分の密度で固体支持体に固定化され得る。成分のアレイは、任意の数の成分を有し得る。例えば、アレイは、固体支持体上に固定化された少なくとも１，０００個の異なる成分、固体支持体上に固定化された少なくとも少なくとも１０，０００個の異なる成分、固体支持体上に固定化された少なくとも少なくとも１００，０００個の異なる成分または固体支持体上に固定化された少なくとも１，０００，０００個の異なる成分を有し得る。

Ｍ．キット
上に記載された材料ならびに他の材料は、開示される方法を実施するためか、またはその実施を補助するために有用なキットとして任意の適当な組み合わせで共にパッケージされ得る。所与のキット内のキット構成要素が、開示される方法においてともに使用するために設計され、適合されている場合に、キットは有用である。例えば、化合物を検出するためのキットが開示され、そのキットは、１つ以上のバイオセンサーリボスイッチを備えている。そのキットは、リボスイッチの活性化を検出するための試薬および標識も含み得る。

Ｎ．混合物
開示される方法を実施することによって形成されるか、またはその実施のために調製することによって形成される混合物が開示される。例えば、リボスイッチおよびトリガー分子を含む混合物が開示される。

本方法が、組成物または成分または試薬を混合する工程またはそれらを接触させる工程を含むときはいつでも、その方法の実施によって多くの異なる混合物が生成される。例えば、本方法が、３つの混合工程を含む場合、これらの工程の各々１つの後に（その工程が別個に行われる場合）、特有の混合物が形成される。さらに、どのように工程が実施されたかに関係なく、それらの工程のすべてが完了したときに、混合物が形成される。本開示は、開示される方法の実施によって得られるこれらの混合物ならびに開示される任意の試薬、組成物または成分を含む混合物、例えば、本明細書中に開示されたものを企図する。

Ｏ．システム
開示される方法を実施するためか、またはその実施を補助するために有用なシステムが、開示される。システムは、一般に、製品（例えば、構造、装置、デバイスなど）と組成物、化合物、材料などとの組み合わせを含む。開示されるか、または本開示から明らかであるそのような組み合わせが企図される。例えば、バイオセンサーリボスイッチ、固体支持体およびシグナル読取デバイスを含むシステムが開示され、企図される。

Ｐ．データ構造およびコンピュータ制御
開示される方法において使用されるか、開示される方法によって生成されるか、または開示される方法から生成される、データ構造が開示される。データ構造は、一般に、構成物または媒体中に回収、編成、保存および／または具体化された、任意の形態のデータ、情報および／またはオブジェクトである。電子的形態（例えば、ＲＡＭ）に保存されたか、またはストレージディスク上に保存されたリボスイッチ構造および活性化の測定値は、一種のデータ構造である。

開示される方法またはその任意の一部またはそのための準備は、コンピュータ制御によって制御され得るか、管理され得るか、あるいは支援され得る。そのようなコンピュータ制御は、コンピュータに制御されたプロセスまたは方法によって達成され得、データ構造を使用および／または生成し得、そしてコンピュータプログラムを使用し得る。そのようなコンピュータ制御、コンピュータに制御されたプロセス、データ構造およびコンピュータプログラムが企図され、本明細書中において開示されると理解されるべきである。

方法
リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断するための方法が開示される。そのような方法は、例えば、リボスイッチと、そのリボスイッチを活性化し得るか、不活性化し得るか、もしくは遮断し得る化合物またはトリガー分子とを接触させる工程を包含し得る。リボスイッチは、トリガー分子の結合または除去を介して遺伝子発現を制御するように機能する。化合物は、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断するために使用され得る。リボスイッチに対するトリガー分子（ならびに他の活性化化合物）は、リボスイッチを活性化するために使用され得る。トリガー分子以外の化合物は、一般に、リボスイッチを不活性化するか、または遮断するために使用され得る。リボスイッチはまた、例えば、リボスイッチが存在するところからトリガー分子を除去することによって不活性化され得る。従って、リボスイッチを不活性化する、開示される方法は、例えば、そのリボスイッチが存在するところからか、またはそのリボスイッチと接触しているところから、トリガー分子（または他の活性化化合物）を除去する工程を包含し得る。リボスイッチは、例えば、そのリボスイッチを活性化しないトリガー分子のアナログの結合によって遮断され得る。

化合物とそのＲＮＡ分子とを接触させることによって、ＲＮＡ分子の発現またはＲＮＡ分子をコードする遺伝子の発現を変化させるための方法もまた開示され、ここで、そのＲＮＡ分子は、リボスイッチを含む。リボスイッチは、トリガー分子の結合または除去を介して遺伝子発現を調節するように機能する。従って、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する条件にリボスイッチを含む目的のＲＮＡ分子を供することを用いて、そのＲＮＡの発現を変化させることができる。発現は、例えば、転写の終結またはＲＮＡへのリボソーム結合の遮断の結果として、変化し得る。トリガー分子の結合は、リボスイッチの性質に応じて、ＲＮＡ分子の発現を低下させ得るか、もしくは妨害し得るか、またはそのＲＮＡ分子の発現を促進し得るか、もしくは増加させ得る。

リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することによって、リボスイッチを含む天然に存在する遺伝子またはＲＮＡの発現を制御するための方法もまた開示される。その遺伝子が、それを含んでいる細胞または生物の生存に不可欠である場合、そのリボスイッチの活性化、不活性化または遮断は、その細胞または生物の死、停止または衰弱をもたらし得る。例えば、微生物の生存に不可欠な天然に存在する遺伝子における天然に存在するリボスイッチを活性化することによって、微生物の死がもたらされ得る（そのリボスイッチの活性化が発現を停止させるかまたは抑制する場合）。これは、抗菌作用および抗生作用のための、開示される化合物および方法の使用に対する１つの根拠である。これらの抗菌性の作用を有する化合物は、静菌性または殺菌性であると考えられる。

リボスイッチを活性化し得るか、不活性化し得るか、または遮断し得る化合物を選択し、同定するための方法もまた開示される。リボスイッチの活性化とは、トリガー分子が結合したときのリボスイッチの状態の変化のことを指す。リボスイッチは、トリガー分子以外の化合物によって、そしてトリガー分子の結合以外の方法で活性化され得る。トリガー分子という用語は、リボスイッチを活性化することができる分子および化合物を指すために本明細書中において使用される。これは、リボスイッチに対する天然または通常のトリガー分子およびリボスイッチを活性化し得る他の化合物を含む。天然または通常のトリガー分子は、天然における所与のリボスイッチに対するトリガー分子であるか、または、いくつかの天然でないリボスイッチの場合は、リボスイッチが設計されたか、もしくはリボスイッチが選択された（例えば、インビトロ選択またはインビトロ進化技術などにおいて）トリガー分子である。天然でないトリガー分子は、非天然トリガー分子と呼ばれ得る。

細菌を殺滅するか、または阻害する方法もまた開示され、その方法は、細菌を、本明細書中に開示される化合物または本明細書中に開示される方法によって同定される化合物と接触させる工程を包含する。

リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する化合物を同定する方法もまた開示される。例えば、リボスイッチを活性化する化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、そのリボスイッチの活性化を評価することによって同定され得る。リボスイッチが活性化される場合、その試験化合物は、そのリボスイッチを活性化する化合物と同定される。リボスイッチの活性化は、任意の適当な様式で評価され得る。例えば、リボスイッチは、レポーターＲＮＡに連結され得、そのレポーターＲＮＡの発現、発現レベルまたは発現レベルの変化を、試験化合物の存在下および非存在下において測定することができる。別の例として、リボスイッチは、立体配座依存性標識を含み得、その標識からのシグナルは、リボスイッチの活性化状態に応じて変化する。そのようなリボスイッチは、好ましくは、天然に存在するリボスイッチからのアプタマードメインまたは天然に存在するリボスイッチに由来するアプタマードメインを使用する。理解されるように、リボスイッチの活性化の評価は、コントロールアッセイもしくは測定を使用して行われ得るか、またはコントロールアッセイもしくは測定を使用せずに行われ得る。リボスイッチを不活性化する化合物を同定するための方法は、類似の方法において行われ得る。

リボスイッチを遮断する化合物の同定は、本明細書中の他の箇所に開示される方法に加えて、任意の適当な様式で達成され得る。例えば、リボスイッチを活性化するか、または不活性化すると知られている化合物の存在下において、および試験化合物の存在下において、そのリボスイッチの活性化または不活性化を評価するためのアッセイが行われ得る。試験化合物の非存在下において観察されるような活性化または不活性化が観察されない場合、その試験化合物は、そのリボスイッチの活性化または不活性化を遮断する化合物と同定される。

バイオセンサーリボスイッチを使用して化合物を検出する方法もまた開示される。その方法は、試験サンプルとバイオセンサーリボスイッチとを接触させる工程およびそのバイオセンサーリボスイッチの活性化を評価する工程を包含し得る。バイオセンサーリボスイッチの活性化は、試験サンプル中にバイオセンサーリボスイッチに対するトリガー分子が存在することを示唆する。バイオセンサーリボスイッチは、その同族トリガー分子の存在下において検出可能なシグナルを生成する、操作されたリボスイッチである。有用なバイオセンサーリボスイッチは、トリガー分子の閾値レベル以上において引き起こされ得る。バイオセンサーリボスイッチは、インビボまたはインビトロにおける用途のために設計され得る。例えば、シグナルとして機能するタンパク質またはシグナルを生成する際に関連するタンパク質をコードするレポーターＲＮＡに作動可能に連結されたリシンバイオセンサーリボスイッチは、リボスイッチ／レポーターＲＮＡをコードする核酸構築物を有する細胞または生物を操作することによってインビボにおいて使用され得る。インビトロにおいて使用するためのバイオセンサーリボスイッチの例は、立体配座依存性標識を含み、その標識からのシグナルは、そのリボスイッチの活性化状態に応じて変化するリシンリボスイッチである。そのようなバイオセンサーリボスイッチは、好ましくは、天然に存在するリシンリボスイッチからのアプタマードメインまたは天然に存在するリシンリボスイッチに由来するアプタマードメインを使用する。

リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する化合物を同定し、そしてその同定された化合物を製作することによって作製された化合物もまた開示される。これは、例えば、本明細書中の他の箇所に開示されるような、化合物の同定方法を、同定された化合物を製作するための方法と組み合わせることによって達成され得る。例えば、化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、そのリボスイッチの活性化を評価し、そして、そのリボスイッチがその試験化合物によって活性化された場合に、リボスイッチを活性化する試験化合物を化合物として製作することによって、作製され得る。

化合物によるリボスイッチの活性化、不活性化または遮断を確認し、そしてその確認された化合物を製作することによって作製される化合物もまた開示される。これは、例えば、本明細書中の他の箇所に開示されるような化合物の活性化、不活性化または遮断の評価方法を、確認された化合物を製作するための方法と組み合わせることによって達成され得る。例えば、化合物は、試験化合物とリボスイッチとを接触させ、そのリボスイッチの活性化を評価し、そしてそのリボスイッチがその試験化合物によって活性化された場合に、リボスイッチを活性化する試験化合物を化合物として製作することによって作製され得る。リボスイッチを活性化する能力、不活性化する能力または遮断する能力について化合物を確認することは、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断すると事前に知られていない化合物の同定と、リボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断するとすでに知られた化合物がリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断する能力の評価との両方のことを指す。

目的の化合物を検出する方法が開示され、その方法は、サンプルとリシンリボスイッチとを接触させる工程を包含し、ここで、そのリボスイッチは、目的の化合物によって活性化され、そのリボスイッチは、その目的の化合物によって活性化されたときにシグナルを生成し、そのリボスイッチは、サンプルが目的の化合物を含んでいるときにシグナルを生成する。上記リボスイッチは、目的の化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ得、ここで、その立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する。上記リボスイッチは、目的の化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ得、ここで、立体配座の変化は、上記リボスイッチに連結されたＲＮＡの発現の変化をもたらし、その発現の変化は、シグナルを生成する。そのシグナルは、リボスイッチに連結されたＲＮＡから発現されるレポータータンパク質によって生成され得る。

（ａ）リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について化合物を試験する工程（その阻害は、そのリボスイッチを介するものである）および（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程を包含する方法（ここで、上記細胞は、リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、上記化合物は、上記リボスイッチに結合することによって上記遺伝子の発現を阻害する）が開示される。

Ａ．抗菌化合物の同定
リボスイッチは、有機小分子と結合するために進化した、構造化されたＲＮＡの新規クラスである。リボスイッチの天然の結合ポケットは、代謝産物アナログを用いて標的化され得るか、または天然の代謝産物の形状空間を模倣する化合物によって標的化され得る。リボスイッチの小分子リガンドは、候補薬物を生成する誘導体化に有用な部位を提供する。いくつかのリボスイッチの分布が米国出願公開番号２００５−００５３９５１の表１に示されている。いったん、リボスイッチの１つのクラスが同定され、薬物標的（例えば、リシンリボスイッチ）としての潜在能力が評価されると、候補分子を同定することができる。

細菌の薬物耐性株の出現によって、抗生物質の新規クラスの同定の必要性が際立つ。抗リボスイッチ薬物は、以下の理由でかなり興味深い抗細菌作用の様式を示す。リボスイッチは、基礎的な代謝プロセスに極めて重大な遺伝子の発現を制御する。ゆえに、薬物を用いてこれらの遺伝子調節エレメントを操作することによって、新規抗生物質がもたらされる。これらの抗菌剤は、静菌性または殺菌性であると考えられ得る。リボスイッチはまた、代謝産物に選択的に結合するように進化したＲＮＡ構造を有するので、これらのＲＮＡレセプターは、タンパク質酵素およびレセプターと同様の良好な薬物標的をもたらす。さらに、（上述の）２つの抗菌化合物が、ＲＮＡ標的の変異によって生じる抗生物質耐性を不活性化することによって細菌を殺滅することが示されている。

リボスイッチが活性化されるときに、化合物を同定することができるか、または化合物の存在下でのリボスイッチアッセイにおけるシグナルが、その化合物の非存在下における同じリボスイッチアッセイと比べて（すなわち、コントロールアッセイと比べて）、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、４００％または５００％増加する場合、リボスイッチ活性化活性を有すると判定され得る。そのリボスイッチアッセイは、任意の適当なリボスイッチ構築物を用いて行われ得る。リボスイッチ活性化アッセイに特に有用なリボスイッチ構築物は、本明細書中の他の箇所に記載されている。リボスイッチを活性化するときまたはリボスイッチ活性化活性を有するときの化合物の同定は、１つ以上の特定のリボスイッチ、リボスイッチ構築物またはリボスイッチのクラスに関して行われ得る。便宜上、リシンリボスイッチを活性化するか、またはリシンリボスイッチに対するリボスイッチ活性化活性を有すると同定された化合物は、特定のリシンリボスイッチ（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓａｎｔｈｒａｃｉｓ、またはＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓに見られるリシンリボスイッチ）に対してそのように同定され得る。

Ｂ．抗菌化合物を使用する方法
インビボおよびインビトロにおける抗細菌の方法が本明細書中に開示される。「抗細菌」とは、細菌の成長の阻害もしくは予防、細菌の殺滅または細菌数の減少を意味する。従って、細菌の成長を阻害または予防する方法が開示され、その方法は、細菌を、本明細書中に開示される有効量の１つ以上の化合物と接触させる工程を包含する。開示される化合物に対するさらなる構造が、本明細書中に提供される。

対象内の細胞（例えば、細菌細胞）の成長を阻害する方法もまた本明細書中に開示され、その方法は、本明細書中に開示されるような有効量の化合物をその対象に投与する工程を包含する。これによって、上記化合物が上記細胞と接触し得る。その対象は、例えば、細菌に感染している可能性があり、上記細菌細胞は、上記化合物によって阻害され得る。上記細菌は、任意の細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属、Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｅｒｗｉｎｉａ属、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ属、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属、Ｉｄｉｏｍａｒｉｎａ属、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ属、Ｌｉｓｔｅｒｉａ属、Ｍｏｏｒｅｌｌａ属、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ属、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ属、Ｓｈｉｇｅｌｌａ属、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ属、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ属、Ｔｈｅｒｍｏｔｏｇａ属、およびＶｉｂｒｉｏ由来の細菌）であり得る。上記細菌は、例えば、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｌａｕｓｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｈａｌｏｄｕｒａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｉｃｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｆｎｉｅｎｓｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｒｗｉｎｉａｃａｒｏｔｏｖｏｒａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐ．、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓｋａｕｓｔｏｐｈｉｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｄｕｃｒｅｙｉ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｓｏｍｎｕｓ、Ｉｄｉｏｍａｒｉｎａｌｏｉｈｉｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔｉｓ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃｍｅｓｅｎｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａｉｎｎｏｃｕａ、Ｌｉｓｔｅｒｉａｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｍｏｏｒｅｌｌａｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ、Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓｉｈｅｙｅｎｓｉｓ、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓｏｅｎｉ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｏｎｅｉｄｅｎｓｉｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｕｓｉｔａｔｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｔｅｎｇｃｏｎｇｅｎｓｉｓ、Ｔｈｅｒｍｏｔｏｇａｍａｒｉｔｉｍａ、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ，Ｖｉｂｒｉｏｆｉｓｃｈｅｒｉであり得る。細菌の成長はまた、細菌が見出される任意の状況において阻害され得る。例えば、体液中、バイオフィルム中および表面上の細菌の成長が、阻害され得る。本明細書中に開示される化合物は、他の任意の化合物または組成物と併用して投与され得るか、または使用され得る。例えば、開示される化合物は、別の抗菌化合物と併用して投与され得るか、または使用され得る。

「細菌の成長の阻害」とは、単一の細菌が娘細胞に分裂する能力を低下させること、または細菌の集団が娘細胞を形成する能力を低下させること、と定義される。細菌が繁殖する能力は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％もしくは１００％またはそれ以上低下し得る。

細菌または細菌の集団を殺滅する方法もまた提供され、その方法は、細菌と、本明細書中に開示され、記載される化合物の１つ以上とを接触させる工程を包含する。

「細菌の殺滅」とは、単一の細菌の死をもたらすこと、または複数の細菌（例えば、コロニーにおける細菌）の数を減少させること、と定義される。細菌が、複数形で言及されるとき、「細菌の殺滅」とは、細菌の所与の集団の１０％、その集団の２０％、その集団の３０％、その集団の４０％、その集団の５０％、その集団の６０％、その集団の７０％、その集団の８０％、その集団の９０％またはその集団の１００％以下の割合での細胞死と定義される。

本明細書中に開示される化合物および組成物は、インビトロまたはインビボにおいて抗細菌活性を有し、同様に殺菌性であり得る他の化合物または組成物とともに使用され得る。

化合物の「治療有効量」という用語は、本明細書中に提供されるとき、無毒性であるが、１つ以上の症状の所望の低減をもたらすのに十分な化合物の量を意味する。以下で指摘されるように、必要とされる化合物の正確な量は、対象の種、年齢および全身の状態、処置される疾患の重症度、使用される特定の化合物、その投与様式などに応じて、対象ごとに異なる。従って、正確な「有効量」を特定することはできない。しかしながら、適切な有効量は、通例の実験のみを使用することで当業者によって決定され得る。

本明細書中に開示される組成物および化合物は、インビボにおいて薬学的に許容可能なキャリア中で投与され得る。「薬学的に許容可能な」とは、生物学的に望ましくなくないか、または別段望ましくなくない材料のことを意味する。すなわち、材料は、任意の望ましくない生物学的作用を引き起こすことなく、またはその材料に含まれている薬学的組成物の他の成分のいずれかと有害な様式で相互作用することなく、対象に投与され得る。上記キャリアは、当業者に周知のとおり、当然、活性成分の任意の分解を最小限にするように、および対象において任意の有害な副作用を最小限にするように、選択される。

本明細書中に開示される組成物または化合物は、経口的に、非経口的に（例えば、静脈内投与）、筋肉内注射によって、腹腔内注射によって、経皮的に、体外に、局所的に（局所的な鼻腔内投与または吸入剤による投与を含む）、投与され得る。本明細書中で使用されるとき、「局所的な鼻腔内投与」とは、片方または両方の鼻孔を介した鼻および鼻腔への組成物の送達のことを意味し、核酸またはベクターの、噴霧メカニズムもしくは液滴メカニズムによる送達またはエアロゾル投与を介する送達を含み得る。吸入剤による組成物の投与は、噴霧メカニズムまたは液滴メカニズムによる送達によって鼻または口を介するものであり得る。送達はまた、挿管によって呼吸器系（例えば、肺）の任意の領域に直接送達されるものであり得る。必要とされる組成物の正確な量は、対象の種、年齢、体重および全身の状態、処置されるアレルギー性障害の重症度、使用される特定の核酸またはベクター、その投与様式などに応じて、対象ごとに異なる。従って、すべての組成物に対して正確な量を特定することはできない。しかしながら、適切な量は、本明細書中に教示が与えられるとき、通例の実験のみを使用することで当業者によって決定され得る。

組成物または化合物の非経口投与は、使用される場合、通常、注射によって特徴付けられる。注射可能物は、従来の形態、液体の溶液もしくは懸濁液のいずれか、注射前に液体での懸濁液の溶解に適した固体の形態、またはエマルジョンとして、調製され得る。近年見直された非経口投与用のアプローチは、一定の投与量が維持される緩効性の系または徐放系の使用を含む。例えば、本明細書中において参考として援用される米国特許第３，６１０，７９５号を参照のこと。

本明細書中に開示される組成物および化合物は、薬学的に許容可能なキャリアと併用して治療的に使用され得る。適当なキャリアおよびその製剤は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：ＴｈｅＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＰｈａｒｍａｃｙ（１９ｔｈｅｄ．）ｅｄ．Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ，ＭａｃｋＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇＣｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ１９９５に記載されている。典型的には、製剤に等張性を付与するために、適切な量の薬学的に許容可能な塩がその製剤において使用される。その薬学的に許容可能なキャリアの例としては、食塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液が挙げられるが、これらに限定されない。その溶液のｐＨは、好ましくは約５〜約８、より好ましくは、約７〜約７．５である。さらなるキャリアとしては、徐放調製物（例えば、抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックス）が挙げられ、そのマトリックスは、成形された物品の形態、例えば、フィルム、リポソームまたは微小粒子である。例えば、投与経路および投与される組成物の濃度に応じて、ある特定のキャリアが、より好ましい場合があることは、当業者には明らかであろう。

薬学的キャリアは、当業者に公知である。これらは、最も典型的には、ヒトへの薬物の投与用の標準的なキャリアであり得、例えば、滅菌水、食塩水および生理学的ｐＨにおける緩衝溶液などの溶液が挙げられる。その組成物は、筋肉内投与または皮下投与され得る。他の化合物は、当業者によって使用される標準的な手順に従って投与される。

薬学的組成物は、最適な分子に加えて、キャリア、増粘剤、希釈剤、緩衝剤、保存剤、界面活性剤などを含み得る。薬学的組成物はまた、１つ以上の活性成分（例えば、抗菌剤、抗炎症剤、麻酔剤など）を含み得る。

薬学的組成物は、局所的処置または全身性処置が望まれるのかに応じて、そして処置される領域に応じて、多くの方法で投与され得る。投与は、局所的投与（眼、膣、直腸、鼻腔内を含む）、経口的投与（吸入による）、または非経口的投与（例えば、静脈内点滴、皮下注射、腹腔内注射または筋肉内注射による）であり得る。開示される抗体は、静脈内投与、腹腔内投与、筋肉内投与、皮下投与、腔内投与、または経皮投与され得る。

非経口投与のための調製物は、滅菌された、水性または非水性の溶液、懸濁液およびエマルジョンを含む。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油（例えば、オリーブ油）および注射可能な有機エステル（例えば、オレイン酸エチル）である。水性のキャリアとしては、水、アルコール性／水性の溶液、エマルジョンまたは懸濁液（食塩水および緩衝媒質を含む）が挙げられる。非経口ビヒクルとしては、塩化ナトリウム溶液、リンガーデキストロース、デキストロースおよび塩化ナトリウム、乳酸加リンガー液または固定油が挙げられる。静脈内ビヒクルとしては、流体補給剤および養分補給剤、電解質補給剤（例えば、リンガーデキストロースに基づくもの）などが挙げられる。保存剤および他の添加剤（例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート剤および不活性ガスなど）もまた、存在し得る。

局所的投与用の製剤としては、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、点眼剤、坐剤、スプレー、液体および散剤が挙げられ得る。従来の薬学的キャリア、水溶液、散剤または油性基剤、増粘剤などは、必要であり得るか、または望ましい場合がある。

経口投与用の組成物としては、散剤もしくは顆粒剤、水もしくは非水性媒質の懸濁液または溶液、カプセル、サシェ剤または錠剤が挙げられる。増粘剤、矯味矯臭剤、希釈剤、乳化剤、分散補助剤または結合剤が、望ましい場合がある。

組成物のいくつかは、無機酸（例えば、塩酸、臭化水素酸、過塩素酸、硝酸、チオシアン酸、硫酸およびリン酸）および有機酸（例えば、ギ酸、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、乳酸、ピルビン酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸およびフマル酸）との反応または無機塩基（例えば、水酸化ナトリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カリウム）および有機塩基（例えば、モノアルキルアミン、ジアルキルアミン、トリアルキルアミンおよびアリールアミンならびに置換エタノールアミン）との反応によって形成される薬学的に許容可能な酸付加塩または塩基付加塩として潜在的に投与され得る。

本明細書中に開示されるような治療的な組成物はまた、化合物分子が結合した個別のキャリアとしてモノクローナル抗体を使用することによって送達され得る。本開示の治療的な組成物はまた、標的化可能な薬物キャリアとして可溶性ポリマーと結合され得る。そのようなポリマーとしては、ポリビニル−ピロリドン、ピラン共重合体、ポリヒドロキシプロピルメタクリル−アミドフェノール、ポリヒドロキシエチルアスパルトアミドフェノールまたはパルミトイル残基で置換されたポリエチレンオキシドポリリジン（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌ−ｅｎｅｏｘｉｄｅｐｏｌｙｌｙｓｉｎｅ）が挙げられ得るが、これらに限定されない。さらに、本開示の治療的な組成物は、薬物の放出制御を達成するのに有用なあるクラスの生分解性ポリマー（例えば、ポリ乳酸、ポリイプシロンカプロラクトン、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリアセタール、ポリジヒドロ−ピラン、ポリシアノアクリレートおよびヒドロゲルの架橋ブロック共重合体または両親媒性ブロック共重合体）に結合され得る。

細菌感染の好ましくは少なくとも約３％、より好ましくは約１０％、より好ましくは約２０％、より好ましくは約３０％、より好ましくは約５０％、より好ましくは７５％およびなおもより好ましくは約１００％が、本化合物の投与によって減少する。感染の減少は、白血球数の減少、熱の低下、炎症の減少、細菌数の減少または細菌感染の他の徴候の減少のようなパラメータによって判定される。細菌感染減少のパーセンテージを上昇させるために、投与量は、対象に対して無毒性を保持する最も効果的なレベルにまで増加させることができる。

本明細書全体を通じて使用されるとき、「対象」とは、個体のことを指す。好ましくは、対象は、哺乳動物（例えば、非ヒト哺乳動物または霊長類）であり、より好ましくは、ヒトである。「対象」は、飼い慣らされた動物（例えば、ネコ、イヌなど）、家畜（例えば、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど）、実験動物（例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモットなど）および魚類が挙げられ得る。

「細菌の感染」は、対象またはサンプル中における細菌の存在と定義される。そのような細菌は、対象中もしくはサンプル中、または対象上もしくはサンプル上における天然に存在する細菌の副産物であり得るか、または外来性生物の侵入に起因するものであり得る。

本明細書中に開示される化合物は、抗生物質と同じ様式で使用され得る。抗生物質の用途は、当該分野において十分に確立されている。それらの用途の１つの例としては、動物の処置が挙げられる。必要とされるとき、開示される化合物は、通常、獣医師または栄養学者の専門的な指導を用いて、注射によって、または食餌もしくは水を介して、動物に投与され得る。それらは、疾患の重症度および動物の種などの状況に応じて、個々に、または一緒に、動物に送達される。集団または群れの全体の処置および治療は、すべての動物が同様の免疫状態である場合およびすべての動物が同じ疾患を引き起こす微生物に曝露されている場合に、必要であり得る。

本化合物を使用する別の例としては、水生動物の微生物感染の減少が挙げられ、それは、微生物に感染した水生動物を選択する工程、開示されるような化合物、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）、ＴＲＩＥＮＥを含む抗菌溶液を提供する工程、その溶液にｐＨ緩衝剤を加えて、そのｐＨを約７．０〜約９．０の値に調整する工程、その溶液中に水生動物を浸漬して、その水生動物の微生物負荷を低減するのに有効な期間にわたってその動物をその中に放置する工程、水生動物をその溶液から取り出す工程、および上記溶液を含まない水にその動物を戻す工程を包含する。ＥＤＴＡ、開示されるような化合物ならびにＴＲＩＥＮＥおよびｐＨ緩衝剤を含んでいる溶液中に水生動物を浸漬する工程は、その動物の微生物負荷が排除されるまで繰り返され得る（米国特許第６，５１８，２５２号）。

本明細書中に開示される化合物の他の用途としては、歯の処置および水の精製（これは、例えば、都市用水、下水処理システム、飲用水および非飲用水の供給および孵化場が挙げられ得る）が挙げられるが、これらに限定されない。

特定の実施形態
遺伝子発現を阻害する方法が本明細書中に開示され、その方法は、（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、（ｂ）その化合物は、式Ｉ：

式Ｉ：

上に記載された化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる調節可能な遺伝子発現構築物を含む組成物がさらに開示され、ここで、そのリシンリボスイッチは、そのＲＮＡの発現を調節し、リシンリボスイッチとコード領域とは、異種性である。そのリシンリボスイッチは、化合物によって活性化されたときにシグナルを生成し得る。例えば、リボスイッチは、化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ得、立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成し得る。さらに、リボスイッチは、化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ得、ここで、その立体配座の変化によって、リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化がもたらされ、その発現の変化が、シグナルを生成する。そのシグナルは、リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成され得る。

（ａ）上に記載されたような化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程（その阻害は、リシンリボスイッチを介するものである）および（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程を包含する方法もまた開示され、ここで、その細胞は、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、上記化合物は、リシンリボスイッチに結合することによって上記遺伝子の発現を阻害する。

細菌を殺滅する方法がさらに開示され、その方法は、細菌と、上に開示された化合物とを接触させる工程を包含する。対象内の細菌細胞などの細胞の成長を阻害する方法もまた本明細書中に開示され、その方法は、有効量の本明細書中に開示されるような化合物を対象に投与する工程を包含する。これによって、その化合物がその細胞と接触し得る。対象は、例えば、細菌に感染している可能性があり、その細菌細胞は、その化合物によって阻害される細胞であり得る。その細菌は、任意の細菌であり得る。細菌の成長はまた、細菌が見られる任意の状況において阻害され得る。例えば、体液中、バイオフィルム中および表面上の細菌の成長が、阻害され得る。本明細書中に開示される化合物は、他の任意の化合物または組成物と併用して投与され得るか、または使用され得る。例えば、開示される化合物は、別の抗菌化合物と併用して投与され得るか、または使用され得る。

（実施例１）リシンリボスイッチを標的化する抗菌性リシンアナログ
リシンリボスイッチは、リシンの濃度を感知し、リシン生合成遺伝子およびリシン輸送遺伝子の発現を調節する細菌のＲＮＡ構造である。このリボスイッチクラスのメンバーは、メッセンジャーＲＮＡの５’−非翻訳領域（５’−ＵＴＲ）に見られ、それらは、リシンに対して高度に選択的なレセプターを形成する。そのレセプターにリシンが結合することによって、ｍＲＮＡ三次構造が安定化し、大抵の場合において、隣接するオープンリーディングフレームが発現され得る前に転写終結がもたらされる。リシンリボスイッチに結合し、リシン生合成遺伝子およびリシン輸送遺伝子を抑制する化合物を設計することによって、そのリボスイッチを抗菌治療に使用することができる。このストラテジーの試験として、リボスイッチに結合して細菌の成長を阻害するいくつかのリシンアナログを同定した。これらの結果から、リボスイッチは、抗菌性薬物標的として機能を果たし得ることが示唆される。

１つの例において、リボスイッチ標的化化合物は、天然の代謝産物と似ていないので、その薬物は、病原体に対する栄養補助物としても機能を果たし得ないし、天然の代謝産物をプロセシングする宿主の酵素と相互作用もし得ない。リシンへの改変がリシンリボスイッチレセプターによって許容される官能基を同定するために、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来のリボスイッチレセプターに結合する能力について、１２個のリシンアナログを評価した（図２ａ）。そのリボスイッチの１７９ヌクレオチドのレセプタードメイン（１７９ｌｙｓＣと呼ばれる）を用いるインラインプロービングアッセイ（Ｓｏｕｋｕｐ１９９９）を行うことによって、各化合物に対する平衡解離定数（Ｋ_Ｄ）を確定した（図２ｂ）。インラインプロービングによって、各ヌクレオチド間結合が、Ｓ_Ｎ２Ｐメカニズムを介して自己切断を起こす能力が明らかになる。以前に報告されたように（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）、レセプターには３つの領域（Ａ、ＢおよびＣ，図２ｂ）が存在し、その領域では、加えられる化合物の非存在下におけるパターンと比べて切断の程度が低下することから、リガンドが結合するときに、そのＲＮＡに構造上の変化が起きると示唆される。リガンド濃度の関数として、各領域において切断されたＲＮＡの割合の定量化によって、Ｋ_Ｄの合理的な基準がもたらされる（図２ｃ）。

試験された１２個のアナログのうち５つが、リシンに対するＫ_Ｄ（３６０ｎＭ）の４０倍以内のＫ_Ｄ値で１７９ｌｙｓＣに結合することから、このリボスイッチが、そのリガンドのある特定の位置における化学修飾を許容し得ることが明らかになる。誘導体である１、２、４およびＡＥＣ（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）が十分に結合するという観察結果から、リシンのＣ４位における様々なサイズのさらなる改変が、レセプターによって許容される可能性があり、また、相互作用の親和性を上げ得ることが示唆される。このアミンが、中性ｐＨにおいて水素結合供与体および正電荷をなおも有する限り、Ｎ６上において大きな官能基もまた適応し得る（化合物３および７）。Ｎ６が、水素結合供与体を欠く（１２）か、または７未満のｐＫ_ａを有する（６）とき、結合は観察されない。８の不良な親和性は、５−ヒドロキシリシンもこのリボスイッチに結合しないという以前の観察結果（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）と一致することから、このＲＮＡは、リガンドに対する嵩高いＣ５改変を許容できないことが示される。化合物９および１０は、側鎖原子に対して、嵩高さを上げ、そしてＮ６に等価なアミンにおいて７未満のｐＫ_ａをもたらすと予想される大きな改変を有する。これらの相違点は、その不良な親和性を説明するのに十分であり得るが、そのリガンドの限られた立体配座などの他の作用もまた、結合を妨げ得る。最後に、このリボスイッチは、立体的な衝突（ｓｔｅｒｉｃｃｌａｓｈ）またはその窒素のイオン特性の変化におそらく起因して、Ｎ２における改変を許容しない（５，１１）。Ｎ２の除去によって結合が無くなる（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）ので、Ｎ２の電荷または水素結合特性のいずれかが、結合に必要とされる。カルボキシレートの重要性、Ｃ２における立体化学およびアミノ酸側鎖の長さは、以前に確立されている（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）。リシンリボスイッチレセプターに結合するリガンドに対する分子認識決定基の概要を図２ｄに示す。

次に、上記アナログのいずれかがＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓの成長を阻害するかを判定した。５つの化合物が、既知組成の最少培地（方法を参照のこと）中の１００μＭにおいて、細菌の成長を遅延させる（図３ａ，ｂ）。これらのうち、１、２および４だけが、２４時間にわたって細菌の成長を完全に阻害する（図３ｃ）。３は、リシンアプタマーに強く結合するが、このアナログは、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのリシン栄養要求株（１Ａ４０）の成長を助ける、リシン以外で本研究において調べられた唯一の化合物である（補足図３）。ゆえに、３はリシン生成に対する偶然の前駆体として機能を果たす可能性が高く、この予想外の代謝的変換が毒性を回避するとみられる。化合物７も、１７９ｌｙｓＣに強く結合するにもかかわらず、細胞の成長を阻害しない。７は、細菌によって化学的に改変されるか、またはおそらく細胞に入り込むことができないとみられる。いずれかの説明が、７がリボスイッチ媒介性のレポーター遺伝子発現を抑制しないという観察結果に一致する（図３ｃ）。

化合物８および９は、インビトロにおいて試験されたとき、リシンアプタマーによって拒絶されており（図２ａ）、それらは、ｌｙｓＣリボスイッチによって制御されるレポーター遺伝子の発現を抑制しない。しかしながら、その両方の化合物は、中程度のレベルの成長阻害活性を示す（図３ａ，ｂ）。これらの知見から、８および９は、リシンリボスイッチが関与しないメカニズムによって細菌の成長を阻害することが示唆される。これに一致するのは、１および２は、生存可能な胞子の形成も阻害するのに対し、８および９は、阻害しないという（補足の表２）観察結果であり、このことから、リボスイッチ機能を誘発する化合物は、リボスイッチに結合しないものとは異なる細胞プロセスに影響を及ぼすことが示される。

１および２の作用に対する１つの有望な説明は、それらが、リシンリボスイッチに結合してｌｙｓＣを抑制することで、細菌のリシンおよび２，３−ジヒドロピコリネートを枯渇させることによって成長および胞子形成を阻害するというものである。別の可能性は、それらが、機能的な相互作用を破壊するタンパク質に組み込まれるというものである。Ｌ−２−アミノエチル−システイン（ＡＥＣ）が、細菌の成長を阻害する理由についての説明として、これらの両方の可能性についての論拠が存在する（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６；Ｇｒｕｎｄｙ２００３）。ゆえに、１、２および４に対する成長阻害のメカニズムをより慎重に評価した。

上記リシンアナログが遺伝子発現を抑制するか否かを判定するために、ｌｙｓＣリシンリボスイッチのコピーをｌａｃＺレポーター遺伝子の上流にクローニングし、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのａｍｙＥ遺伝子座に形質転換した細菌株を構築した。予想通り、β−ガラクトシダーゼ発現は、リシンによって強く抑制される（図３ｃ）。上記リシンアナログのうち、１、２および４だけがβ−ガラクトシダーゼ発現を有意に抑制することから、それらは、天然のｌｙｓＣ発現および最もあり得るのはｙｖｓＨ発現を抑制することができると確認される。

Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓの成長を妨害する１、２および４の最小阻止濃度（ＭＩＣ）は、この細菌および他の細菌に対してＡＥＣについて測定されたＭＩＣに類似する（日本の参考論文）。特に、発現を完全に抑制するのに必要なリシン、１および２の相対濃度（図３ｄ）は、それらの相対的なＫ_Ｄ値およびＭＩＣ値と十分に対応する。さらに、その各々のＭＩＣにおいて、１および２は、レポーター遺伝子発現を完全に抑制する。Ｋ_Ｄとレポーター遺伝子抑制と抗菌活性との強力な相関は、リボスイッチ媒介性の遺伝子抑制がこれらの化合物の阻害活性に関与するメカニズムに一致する。

阻害のメカニズムをより完全に特徴付けるために、２に耐性を示すＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株を培養した。２は、リボスイッチに対する強力な結合および良好なＭＩＣ値を示す、市販されている化合物の代表であるので、２に対する耐性を調べた。連続継代（方法を参照のこと）を用いて、２に対して少なくとも９倍高いＭＩＣ値を示す２４個の細菌コロニーを単離し、そしてこれらの耐性細菌由来のｌｙｓＣリボスイッチおよびｙｖｓＨリボスイッチに対応するＤＮＡを増幅し、配列決定した。驚くことではないが、これらの細菌のｙｖｓＨリボスイッチに変異は観察されなかった。リシンが補充されていない規定された最少培地中でこれらの耐性細菌を進化させたので、ｙｖｓＨによってコードされるリシントランスポーターの発現を抑制解除する選択圧は存在しなかった。特筆すべきことに、すべての耐性コロニーが、ｌｙｓＣリボスイッチに単一変異を有した（図４ａ）。これらの耐性コロニーのうち、２１個が、Ｐ４（Ｍ１）においてＧからＡへの変異を有し、３つが、Ｐ２（Ｍ２）のループＥモチーフにおいてＡ欠失を有した。重要なことには、この両方の変異は、１および４に対する耐性も付与する（図４ｂ）ことから、これらの化合物が、共通の作用メカニズムを有し得ることが示唆される。Ｍ１変異またはＭ２変異を含んでいる構築物は、β−ガラクトシダーゼレポーターの上流にクローニングされるとき、５ｍＭというリシン濃度においてでさえも遺伝子発現を抑制解除する。さらに、細胞が、高濃度の１および２の存在下において生育されるとき、完全に活性なβ−ガラクトシダーゼがなおも発現されるので、タンパク質へのこれらの化合物の組み込みが、成長阻害の原因ではありそうにない。

変異がリシンリボスイッチを無能にする方法を理解するために、Ｍ１変異またはＭ２変異を有するｌｙｓＣレセプター領域を用いて、インラインプロービングアッセイを行った。リガンドの非存在下において、Ｍ１変異は、室温においてＰ４を不安定化し、この作用は、３７℃において一層顕著である（図４ｃ）。同様に、リガンドの非存在下において、Ｍ２変異は、ループＥ構造を不安定化する。驚いたことに、これらの構造上の欠陥のみが、リシンに対するＫ_Ｄを中程度に低下させる（図４ｂ）。他のリボスイッチ（Ｗｉｃｋｉｓｉｅｒ２００５_１；Ｗｉｃｋｉｓｉｅｒ２００５_２）と同様に、結合親和性ではなくリガンドがリシンリボスイッチに結合する速度によって、遺伝子抑制が生じているか否かを判定することができる。この場合、それらの変異は、リガンド会合を遅延させることによって遺伝子調節を破壊する。

Ｍ１およびＭ２の変形がどのように遺伝子調節を変化させるかを直接調べるために、各バリアントを用いてインビトロ転写アッセイを行った。リガンドの非存在下において、両方の変異が、野生型リボスイッチと比べて終結効率を低下させる（図４ｄ）。おそらく、各変異によって、わずかなレセプターが、ターミネーター構造を形成することができない不活性型に折り畳まれる。この作用は、飽和濃度のリシンを加えることによってレスキューされない（図４ｄ，ｅ）ことから、わずかな変異リボスイッチが不活性であるという主張が裏付けられる。折り畳みの欠陥をもたらすことに加えて、上記変異は、終結を誘導するのに必要なリガンド濃度を高くする（Ｔ_５０，図４ｅ）。このことは、各変異が、適切に折り畳まれた集団内でさえもレセプターによるリガンド結合に影響を及ぼすことを示している。インビトロにおける結合親和性が、劇的に変化しないので、この作用は、おそらく低い割合でのリガンド会合を反映している。要約すれば、これらの結果から、リシンリボスイッチの遺伝子調節機能を減じる変異が、抗菌性リシンアナログに対する耐性を付与することが示唆される。

まとめると、これらのデータは、抗菌性リシンが、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおけるアスパルトキナーゼＩＩのリシンリボスイッチ媒介性の抑制によって、少なくとも部分的に１、２および４の機能を模倣することを証明する。

これらの化合物は、感染している状況においても細菌の成長を阻害し得る。多くの細菌が、リボスイッチによって調節されないアスパルトキナーゼＩＩに対するアイソザイムを有するので（図６）（Ｚｈａｎｇ１９９０）、ｌｙｓＣの完全な抑制は、リシン生合成を十分に抑えないために、宿主環境内での成長を阻害しない。しかしながら、ＢａｃｉｌｌｕｓｃｅｒｅｕｓおよびＢａｃｉｌｌｕｓａｎｔｈｒａｃｉｓなどのいくつかの種では、本リボスイッチのさらなるコピーが、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ遺伝子（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓにおけるｌｙｓＡ，図１ｂ）を調節し、それに対する代替経路は存在しない（Ｒｏｄｉｏｎｏｖ２００３）。従って、１は、最少培地においてＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓよりもＢ．ｃｅｒｅｕｓの成長を１３倍厳しく阻害することから、生存により重大である遺伝子の抑制が、成長にとって一層不利益であることが示唆される。それにもかかわらず、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓとＢ．ａｎｔｈｒａｃｉｓとの両方が、富栄養培地中での５１２μｇｍｌ^−１の１または２によって阻害されない（詳細については方法を参照のこと）。おそらく、リシン生合成が完全に抑制されているときでさえも、ジペプチド（Ｈｉｇｇｉｎｓ１９８６）または他の制御されないアミノ酸トランスポーターが、その培地から十分なリシンを供給し得る。この結果から、もっぱらリシンリボスイッチを標的化する化合物は、宿主からリシンを収集し得る病原体に対して必ずしも有効ではないことが示される。

結論として、本リシンリボスイッチが、最少培地において抗菌性薬物標的として機能を果たし得るという証拠が提供される。１９５８年に初めて特徴付けられたＡＥＣ（Ｓｈｉｏｔａ１９５８）が、リシンリボスイッチを標的化することによって細菌の成長を阻害することも見出された（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）。数十年前に確立されたピリチアミンの抗菌活性（Ｗｏｏｌｌｅｙ１９４３）はチアミンピロホスフェートに結合するリボスイッチを標的化するという最近の発見（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００５）と組み合わせると、本研究によって、抗菌薬を用いてリボスイッチを標的化する普遍性が強調される。

方法
化学薬品、オリゴヌクレオチドおよび細菌の株。Ｌ−リシン、Ｌ−４−オキサリシン、Ｌ−ホモアルギニン、Ｌ−Ｎ^２−アセチルリシン、Ｌ−Ｎ^６−アセチルリシン、Ｌ−Ｎ^６−１−イミノエチルリシン、Ｌ−３−アミノチロシン、Ｌ−２−アミノ−３−（２−アミノベンゾイル）−プロピオン酸およびＬ−Ｎ^６−トリメチルリシンをＳｉｇｍａから購入した。ＤＬ−ｔｒａｎｓ−２，６−ジアミノ−４−ヘキセン酸、ＤＬ−５−オキソリシンおよびＬ−Ｎ^２−メチルリシンをＢａｃｈｅｍから購入した。デコイニンをＭＰＢｉｏｍｅｄｉｃａｌｓから購入した。オリゴヌクレオチドは、ＹａｌｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙのＨＨＭＩＫｅｃｋＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＲｅｓｏｕｒｃｅＣｅｎｔｅｒによって合成された。本研究において作製されたＭ１およびＭ２株以外のすべてのＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株をＢａｃｉｌｌｕｓＧｅｎｅｔｉｃＳｔｏｃｋＣｅｎｔｅｒ（ＴｈｅＯｈｉｏＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）から入手した。

Ｌ−３−［（２−アミノエチル）−スルホニル］−アラニンを、以前に報告されている方法（Ｔｏｅｎｎｉｅｓ１９４１）と同様に調製した。過塩素酸（７０％，４．１ｍｌ，４７．５ｍｍｏｌ）を、１５ｍｌの水中のモリブデン酸アンモニウム（５８６ｍｇ，３．０ｍｍｏｌ）の溶液に加え、その溶液を白色固体が形成するまで１００〜１１０℃で加熱した。２５℃に冷却した後、その混合物を濾過し、その濾液をＬ−２−アミノエチルシステイン（３００ｍｇ，１．５ｍｍｏｌ）で処理した後、過酸化水素（３０％，１１．７ｍｌ，０．１２２ｍｏｌ）で処理した。その混合物を２５℃で一晩撹拌し、Ｄｏｗｅｘ５０ＷＸ樹脂（Ｈ^＋型）に充填した。その樹脂をＨ_２Ｏで洗浄した後、生成物を２ＮＮＨ_４ＯＨで溶出することによって回収し、次いで、真空中で濃縮することにより、生成物を得た（３０４．４ｍｇ，８７．５％）：^１ＨＮＭＲ（４００ＭＨｚ，Ｄ_２Ｏ）δ ２．８１（ｍ，２Ｈ），３．０４（ｍ，２Ｈ），３．１６（ｔ，２Ｈ），３．８８（ｔ，１Ｈ）。

インラインプロービングアッセイ。インラインプロービングアッセイに使用した１７９ｌｙｓＣＲＮＡ構築物を、適切なＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株（１Ａ１または耐性株）の全細胞ＰＣＲから生成された鋳型を用いたインビトロ転写によって調製した。ＲＮＡ転写物を、脱リン酸化し、５’−^３２Ｐ標識し、続いて、以前に報告されたプロトコル（Ｓｏｕｋｕｐ１９９９）と同様のプロトコルを使用するインラインプロービングに供した。各反応について、各実験について示されているように１ｎＭ〜６ｍＭのリシンまたは各アナログの非存在下または存在下において、５０ｍＭＴｒｉｓ（２５℃においてｐＨ８．３）、２０ｍＭＭｇＣｌ_２および１００ｍＭＫＣｌを含んでいる１０μｌの溶液中において、約１ｎＭの標識ＲＮＡを室温で３９〜４８時間または３７℃で１６〜２０時間インキュベートした。変性１０％ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）を使用して、自発的な切断産物を分離し、その切断産物を、ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅＰｈｏｓｐｈｏｒＩｍａｇｅｒおよびＩｍａｇｅＱｕａｎｔＮＴソフトウェアを用いて検出し、定量した。

一連のリガンド濃度に対して、各ヌクレオチド位において切断されたＲＮＡの量を定量化することによって各リガンドに対するＫ_Ｄを得た。改変が観察された各領域（図２ｂにおけるＡ、ＢおよびＣ）に対して、リガンドの非存在下において、切断の最大の程度が観察され、最も高いリガンド濃度の存在下において最小の切断が観察されると想定することによって、各リガンド濃度において切断されたＲＮＡの割合を計算した。ＳｉｇｍａＰｌｏｔ９ソフトウェアを使用して、以下の方程式：χ＝Ｋ_Ｄ／（［Ｌ］＋Ｋ_Ｄ）に、リガンド濃度［Ｌ］に対する、切断された割合χのプロットを当てはめることによって、見かけのＫ_Ｄを決定した。

抗菌活性アッセイ。５０μｇ／ｍｌトリプトファンおよび示される化合物が補充された、１５０μｌの既知組成の最少培地（Ａｎａｇｎｏｓｔｏｐｏｕｌｏｓ１９６１）「ＧＭＭ」（０．５％ｗ／ｖグルコース、２ｇ／ｌ（ＮＨ_４）_２ＳＯ_４、１４ｇ／ｌＫ_２ＨＰＯ_４、６ｇ／ｌＫＨ_２ＰＯ_４、１ｇ／ｌクエン酸ナトリウム、０．２ｇ／ｌＭｇＳＯ_４・７Ｈ_２Ｏ、５μＭＭｎＣｌ_２、０．５ｍＭＣａＣｌ_２、２．５ｍＭＭｇＣｌ_２）において、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ１６８（１Ａ１）を一晩培養した液体培地をＡ_５９５が０．１である濃度に希釈し、そして所与の時点におけるＡ_５９５を測定することによって、細菌の成長曲線を決定した。ＣＬＳＩガイドライン（ＣｌｉｎｉｃａｌａｎｄＬａｂｏｒａｔｏｒｙＳｔａｎｄａｒｄｓＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｍｅｔｈｏｄｓｆｏｒｄｉｌｕｔｉｏｎａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙｔｅｓｔｓｆｏｒｂａｃｔｅｒｉａｔｈａｔｇｒｏｗａｅｒｏｂｉｃａｌｌｙ− Ｎｉｎｔｈｅｄ：ＡｐｐｒｏｖｅｄＳｔａｎｄａｒｄ：Ｍ７−Ａ７，ＣＬＳＩＷａｙｎｅ，ＰＡ２００６）に推奨されているように、ＭＩＣ値を決定した。ＣＬＳＩガイドラインに推奨されているようにＭｕｅｌｌｅｒ−ＨｉｎｔｏｎＩＩ培地を使用して、Ｂ．ｃｅｒｅｕｓおよびＢ．ａｎｔｈｒａｃｉｓの成長に対する化合物の有効性を確定するアッセイをＭｉｃｒｏｍｙｘ（Ｋａｌａｍａｚｏｏ，Ｍｉｃｈｉｇａｎ）によって行った。

胞子形成アッセイ。他（Ｌａｚａｚｚｅｒａ１９９７）で記載されているように、胞子形成の影響を測定した。簡潔には、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ１６８株１Ａ１をＧＭＭ中で一晩培養したものを、２０ｍＭグルタメートが補充されたＧＭＭ中に３０倍希釈し、Ａ_６００が０．５〜０．７となるまで振盪しながら３７℃で生育させた。示されるリシンアナログのアリコートを加えた後、最終濃度が５００μｇ／ｍｌとなるまでデコイニンを加えることによって、胞子形成を誘導した。さらに２２〜２４時間生育させた後、その培養物のアリコートを８０℃で２０分間加熱する前または後にＴＢＡＢ上にプレーティングし、生存コロニーを定量することによって、その時点で培養物が生存可能な胞子を形成した効率を測定した。

インビボレポーター遺伝子発現アッセイ。以前に報告された方法（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）に従って、野生型Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株由来または耐性Ｍ１株もしくは耐性Ｍ２株の代表由来のｌｙｓＣ５’−ＵＴＲをＰＣＲ増幅し、β−ガラクトシダーゼレポーター遺伝子の上流に連結し、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのゲノム内に組み込んだ。簡潔には、ｌｙｓＣ翻訳開始部位に対するヌクレオチド−３９９から−１７を、各株の全細胞ＰＣＲによってＥｃｏＲＩ−ＢａｍＨＩフラグメントとして増幅した。そのＰＣＲ産物を、ｐＤＧ１６６１（Ｇｕｅｒｏｔ−Ｆｌｅｕｒｙ１９９６）内のｌａｃＺレポーター遺伝子のすぐ上流にクローニングし、配列決定によって組み込みを確認した。得られたｐＤＧ１６６１バリアントを、標準的なプロトコル（Ｊａｒｍｅｒ２００２）を用いてＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ株１Ａ４０のａｍｙＥ遺伝子座内に形質転換し、そして正しい形質転換体を、クロラムフェニコール（５μｇ／ｍｌ）耐性およびスペクチノマイシン（５０μｇ／ｍｌ）感受性についてスクリーニングすることによって選択した。

各株のβ−ガラクトシダーゼ発現レベルを、以前に報告されているように（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）測定した。簡潔には、各々５０μｇ／ｍｌのトリプトファン、メチオニンおよびリシンが補充されたＧＭＭ中において、３７℃で振盪しながら細胞を一晩生育した。翌日、その細胞を遠心分離機にかけ、ペレットを、各々５０μｇ／ｍｌのトリプトファンおよびメチオニンが補充されたＧＭＭに再懸濁した。その再懸濁された細胞を、示される濃度のリシンまたはリシンアナログが補充された同じ培地中に１０倍希釈した。３７℃で３時間生育させた後、標準的なプロトコルを用いてβ−ガラクトシダーゼアッセイを行った。

９６ウェルマイクロプレートにおいて細胞成長および発現の定量化を行ったことを除いて、同様にリガンド濃度の関数としてのβ−ガラクトシダーゼ発現を測定した。簡潔には、出発Ａ_５９５が０．６である各株の培養物を、５０μｇ／ｍｌのトリプトファンおよびメチオニンならびに様々なリガンド濃度が補充された１５０μｌのＧＭＭ中において３７℃で３時間生育させた。ＢｅｃｋｍａｎＣｏｕｌｔｅｒＤＴＸ８８０プレートリーダーを用いて５９５ｎｍにおける吸光度を記録した後、ポリプロピレンマイクロプレートの１ウェルあたり１００μｌの各培養物を、０．５ｍｌのＺ−緩衝液（１００ｍＭＮａ_２ＨＰＯ_４［２５℃においてｐＨ７．０］、１０ｍＭＫＣｌ、１ｍＭＭｇＳＯ_４および５０ｍＭ β−メルカプトエタノール）、１０μｌの０．１％ＳＤＳおよび４０μｌのクロロホルム中に混合することによって、その細胞を透過性にした。その溶液を静置させた後、１５０μｌを別のプレートに移し、２５℃で２０分間、２５μｌのオルト−ニトロフェニル−β−ガラクトシドとともにインキュベートした後、４１４ｎｍおよび５５０ｎｍにおける吸光度を定量し、そしてリボスイッチ遺伝子抑制アッセイ（Ｓｕｄａｒｓａｎ２００６）について、以前に報告されたようにＭｉｌｌｅｒ単位を計算した。

Ｌ−４−オキサリシン耐性株の進化。連続継代（Ｋａｗａｓａｋｉ１９６９）を用いて耐性変異体を培養した。５０μｇ／ｍｌトリプトファンが補充されたＧＭＭ中のＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ１６８株１Ａ１の新鮮な一晩培養物を、１００μＭＬ−４−オキサリシン（２）を含んでいる同じ培地中に１００倍希釈し、その培養物が飽和に達するまで３７℃において振盪しながら生育させた。次いで、１０μｌのアリコートを、１００μＭＬ−４−オキサリシンを含んでいる１ｍｌのＧＭＭ中に希釈し、６回継代した後、化合物が加えられていない培養物と同じ速度で培養物が飽和に達するまでこのプロセスを繰り返した。トリプトン血液寒天基材（ＴＢＡＢ）上にプレーティングした後、耐性単離体の２４個から、ｌｙｓＣ遺伝子の５’−ＵＴＲ（その翻訳開始部位に対して−４８６から＋１１０）およびｙｖｓＨ遺伝子の５’−ＵＴＲ（−３７６から＋１５６４）を含むゲノム領域を増幅し、配列決定した。

インビトロ転写終結アッセイ。１回の転写終結アッセイを、以前に報告された方法（Ｌａｎｄｉｃｋ１９９６）から適合させたプロトコルに従って行った。ＤＮＡ鋳型は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓｌｙｓＣ遺伝子の領域−３９０から−１７（翻訳開始に対して）にわたり、それは、ヌクレオチド１７位の前の新生中のＲＮＡ上のＣ残基を除去する点変異（そのＲＮＡのＣ６Ｇ）を有し、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ１６８株１Ａ１または対応する耐性株の全細胞ＰＣＲによって生成された。転写を開始し、Ｃ１７停止複合体を形成するために、各サンプルを３７℃で１０分間インキュベートし、各サンプルは、１ｐｍｏｌのＤＮＡ鋳型、０．２ｍＭＡｐＡジヌクレオチド、各々１μＭのＡＴＰ、ＧＴＰおよびＵＴＰ＋２μＣｉの５’−［α−^３２Ｐ］−ＵＴＰ、ならびに０．４ＵのＥ．ｃｏｌｉＲＮＡポリメラーゼホロ酵素（Ｅｐｉｃｅｎｔｅｒ）を、１０μｌの８０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（２６℃においてｐＨ８．０）、２０ｍＭＮａＣｌ、１４ｍＭＭｇＣｌ_２、０．１ｍＭＥＤＴＡおよび０．０１ｍｇ／ｍｌＢＳＡ中に含んでいた。１５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（２６℃においてｐＨ８．０）、２０ｍＭＮａＣｌ、１４ｍＭＭｇＣｌ_２、０．１ｍＭＥＤＴＡおよび０．０１ｍｇ／ｍｌＢＳＡを含んでいる緩衝液中における最終容積１２．５μｌがもたらされるように、各々１０μＭの４種のＮＴＰと、再開を妨害する０．２ｍｇ／ｍｌヘパリンと、示されるような様々な濃度のリガンドとを同時に加えることによって停止複合体を再度開始した。反応物を３７℃でさらに２０分間インキュベートし、生成物を変性１０％ＰＡＧＥによって分離した後、上に記載したように定量化した。

表１．細菌の種間におけるリシンリボスイッチの分布。Ｒｏｄｉｏｎｏｖら（Ｒｏｄｉｏｎｏｖ２００３）に基づく。遺伝子名は、図６に示されるとおりである。

表２．リシンアナログの存在下において生育したときのＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓの胞子形成効率（他（Ｌａｚａｚｚｅｒａ１９９７）で記載されたように測定した）。このデータは、熱ショックの前に存在した生存可能なコロニー形成単位数に対して、熱ショック後に形成された胞子を形成している生存可能なコロニーの数として表されている。細胞の成長に影響を及ぼした４つのアナログを胞子形成効果について試験したところ、リボスイッチに結合された２つの化合物の例およびリボスイッチに結合されなかった２つの化合物の例がもたらされた。

開示される方法および組成物は、記載される特定の方法、プロトコルおよび試薬が変更され得るように、これらに限定されないことが理解される。本明細書中において使用される用語は、特定の実施形態のみを説明するためのものであって、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定すると意図されないこともまた理解されるべきである。

本明細書中で使用されるとき、そして添付の特許請求の範囲において、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに別のものを示していない限り、複数の言及物を包含することに注意されなければならない。従って、例えば、「リボスイッチ（ａｒｉｂｏｓｗｉｔｃｈ）」という言及は、複数のそのようなリボスイッチを包含し、「その（上記）リボスイッチ（ｔｈｅｒｉｂｏｓｗｉｔｃｈ）」という言及は、１つ以上のリボスイッチおよび当業者に公知のその均等物に対する言及などである。

「任意の」または「任意に」とは、それに続いて記載される事象、状況または材料が、起きてもよいし、起きなくてもよいか、または存在してもよいし、存在しなくてもよいこと、ならびに、その記載が、その事象、状況または材料が、起きる場合または存在する場合、およびそれが起きない場合または存在しない場合を包含することを意味する。

本明細書中において、範囲は、「約」１つの特定の値から、および／または「約」別の特定の値まで、と表現され得る。そのような範囲が表されるとき、文脈が明確に別のことを示していない限り、１つの特定の値から、および／または他の特定の値までの範囲もまた具体的に企図され、開示されると考えられる。同様に、文脈が明確に別のことを示していない限り、値が先行詞「約」を使用することによって近似として表されるとき、その特定の値が、開示されると考えられるべき別の具体的に企図される実施形態を形成すると理解される。文脈が明確に別のことを示していない限り、範囲の各終点は、他の終点に関して、および他の終点とは無関係に、の両方において重要であることがさらに理解される。最後に、明示的に開示される範囲内に含まれる個別の値のすべておよび値の部分的な範囲もまた、文脈が明確に別のことを示していない限り、具体的に企図され、開示されると考えられるべきであると理解されるべきである。前述のことは、特定の場合において、これらの実施形態の一部または全部が明示的に開示されるか否かに関係なく適用される。

別段定義されない限り、本明細書中において使用されるすべての技術用語および科学用語は、開示される方法および組成物が属する分野の当業者が通常理解している意味と同じ意味を有する。本明細書中に記載されるものと類似または等価な任意の方法および材料が、本方法および本組成物の実施または試験において使用され得るが、特に有用な方法、デバイスおよび材料は、記載されたものである。本明細書中において引用された刊行物およびそれらが引用しているものは、本明細書に明確に参考として援用される。本発明が、先願発明という理由でそのような開示に先行する権利はないという承諾として解釈されるべきものは、本明細書中には一切存在しない。任意の参考文献が従来技術とみなされるという承諾をしない。参考文献における議論は、それらの参考文献の著者が断言していることを述べているにすぎず、本出願人は、引用された文献の正確性および妥当性に異議を唱える権利を留保する。多くの刊行物が、本明細書中で参照されているが、そのような参考文献は、これらの文献のいずれかが、当該分野における通常の一般的な知識の一部を形成するという承諾としてみなされないことが、明白に理解される。

本明細書の記載および特許請求の範囲の全体を通じて、単語「〜を含む（包含する）（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」およびその単語の変化形（例えば、「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」）は、「〜が挙げられるがこれらに限定されない」を意味し、例えば、他の追加物、構成要素、整数または工程を排除すると意図されない。

当業者は、本明細書中に記載される方法および組成物の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、または単なる通例の実験を使用して確かめることができる。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されると意図される。

（参考文献）

Claims

遺伝子発現を阻害する方法であって、該方法は、
（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、
（ｂ）ここで、該化合物は、式Ｉ：

の構造を有し、ここで、Ｒ_２およびＲ_３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ_１は、負に帯電し、Ｒ_４は、負に帯電しているか、またはＲ_１およびＲ_４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ_１またはＲ_４の少なくとも１つは、ＣＨ_２、ＣＨ_３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１４、ＣＨ−Ｒ_１４またはＮ−Ｒ_１４であり、ここで、Ｒ_１４は、ＣＨ_２、ＣＨ_３、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻またはＳＨであり、
Ｒ_９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ_２は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ_３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１、４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ_７は、Ｒ_２＞Ｒ_６＞Ｒ_８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_１０およびＲ_１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではなく、
該細胞は、リシン応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、ここで該化合物は、該リシン応答性リボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
Ｒ_３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、請求項１に記載の方法。
Ｒ_５が、帯電していない、請求項１または２に記載の方法。
Ｒ_９が、Ｃ、ＯまたはＳである、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
Ｒ_３のｐＫ_ａが、７以上である、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_９、Ｒ_１０およびＲ_１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ_２ではない、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＳではない、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３およびＲ_４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ_３ ^＋およびＯではない、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_９が、同時にそれぞれＣＯ_２ ⁻、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋およびＨではない、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＣ−ＣＯ_２ ⁻ではない、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３およびＲ_４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＳではない、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
Ｒ_９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
Ｒ_２が、ＮＨ_２ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムである、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
Ｒ_３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
Ｒ_１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
Ｒ_７が、ＣＨである、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
前記細胞が、遺伝子発現が阻害される必要があると同定されている、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
前記細胞が、細菌細胞である、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
前記化合物が、前記細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
前記化合物を対象に投与することによって、前記化合物と前記細胞とを接触させる、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
前記化合物が、基質としてリシンを有する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１に記載の方法。
前記化合物が、リシンを変化させる前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
前記化合物が、リシンを代謝する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１〜２３のいずれかに記載の方法。
前記化合物が、リシンを異化する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１〜２４のいずれかに記載の方法。
前記細胞が、前記対象内の細菌細胞であり、前記化合物は、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項２１〜２５のいずれかに記載の方法。
前記対象が、細菌に感染している、請求項２１〜２６のいずれかに記載の方法。
前記細胞が、リシンリボスイッチを含む、請求項２１〜２７のいずれかに記載の方法。
前記化合物が、別の抗菌化合物と組み合わせて投与される、請求項２１〜２８のいずれかに記載の方法。
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、請求項１〜２９のいずれかに記載の方法。
式Ｉ：

の構造を有する化合物であって、ここで、Ｒ_２およびＲ_３は、各々独立して、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ_１は、負に帯電し、Ｒ_４は、負に帯電しているか、またはＲ_１およびＲ_４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ_１またはＲ_４の少なくとも１つは、ＣＨ_２、ＣＨ_３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１４、ＣＨ−Ｒ_１４またはＮ−Ｒ_１４であり、ここで、Ｒ_１４は、ＣＨ_２、ＣＨ_３、Ｏ、Ｏ⁻、ＯＨ、Ｓ、Ｓ⁻またはＳＨであり、
Ｒ_９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ_２は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ_３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ_７は、Ｒ_２＞Ｒ_６＞Ｒ_８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_１０およびＲ_１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ_２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではない、
化合物。
Ｒ_３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、請求項３１に記載の化合物。
Ｒ_５が、帯電していない、請求項３１または３２に記載の化合物。
Ｒ_９が、Ｃ、ＯまたはＳである、請求項３１〜３３のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_３のｐＫ_ａが、７以上である、請求項３１〜３４のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、請求項３１〜３５のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_６、Ｒ_７、Ｒ_８、Ｒ_９、Ｒ_１０およびＲ_１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ_２ではない、請求項３１〜３６のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＳではない、請求項３１〜３７のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３およびＲ_４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ_３ ^＋およびＯではない、請求項３１〜３８のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_９が、同時にそれぞれＣＯ_２ ⁻、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋およびＨではない、請求項３１〜３９のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３、Ｒ_４およびＲ_１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＣ−ＣＯ_２ ⁻ではない、請求項３１〜４０のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１、Ｒ_２、Ｒ_３およびＲ_４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ_３ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＯおよびＳではない、請求項３１〜４１のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ_５、ＣＨ−Ｒ_５またはＮ−Ｒ_５であり、ここで、Ｒ_５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、請求項３１〜４２のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_２が、ＮＨ_２ ^＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ_２、ＮＨＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、ＳＯ_２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）_２またはイミダゾリウムである、請求項３１〜４３のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ_２ ^＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ_１３、ＣＨ−Ｒ_１３、Ｎ−Ｒ_１３、ＮＨ−Ｒ_１３、Ｏ−Ｒ_１３またはＳ−Ｒ_１３であり、ここで、Ｒ_１３は、ＮＨ_２ ^＋、ＮＨ_３ ^＋、ＣＯ_２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）_２、ＣＨ（ＮＨ_２）_２、Ｃ（ＮＨ_２）_２ ^＋、ＣＮＨ_２ＮＨ_３ ^＋、Ｃ（ＮＨ_３ ^＋）_３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、請求項３１〜４４のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項３１〜４５のいずれかに記載の化合物。
Ｒ_７が、ＣＨである、請求項３１〜４６のいずれかに記載の化合物。
請求項３１〜４７のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる制御可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該リシンリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該リシンリボスイッチとコード領域とは、異種性である、組成物。
前記リシンリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成する、請求項４８に記載の組成物。
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する、請求項４８または４９に記載の組成物。
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化によって、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化がもたらされ、該発現の変化は、シグナルを生成する、請求項４８〜５０のいずれかに記載の組成物。
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、請求項４９〜５１のいずれかに記載の組成物。
（ａ）請求項３１〜５２のいずれかに記載の化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、ここで、該阻害は、該リシンリボスイッチを介するものである、工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含する方法であって、
ここで、該細胞は、該リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該リシンリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。