JP2010246527A - 化学物質が生体に与える影響の予測方法、これに用いるプローブセット及び検出又は定量用キット - Google Patents
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Abstract
【課題】 臓器・組織に依存することなく、またマイナーな臓器への影響についても、簡便かつ確実に検査できる化学物質が生体に与える影響を検出または予測する方法の提供。
【解決手段】 生体応答遺伝子セットのうち１又は２以上の遺伝子の発現レベルを測定することによって検出され、前記遺伝子セットが特定のGenBank登録番号を有する遺伝子、又はその変異体であることを特徴とする。
【選択図】なし
【解決手段】 生体応答遺伝子セットのうち１又は２以上の遺伝子の発現レベルを測定することによって検出され、前記遺伝子セットが特定のGenBank登録番号を有する遺伝子、又はその変異体であることを特徴とする。
【選択図】なし
Description
本発明は、化学物質が生体に与える影響、生体毒性の検出、診断、予測および/もしくは処置のための方法、および、生体毒性を検出又は予測するためのキットに関する。特に、本発明は、化学物質が生体に与える影響を指標とした化学物質の毒性の検出・予測方法、脾臓毒性の処置の有効性を確認することを助けるための遺伝子発現解析手段およびその結果の使用に関する。
我が国では、環境と調和した健全な産業活動及び安心・安全な国民生活の実現を目指した化学物質リスク評価・管理システムの構築へ向け、公的な化学物質総合評価管理プログラムが進められている。
人類が生活する環境の中で、膨大な数の化学物質が利用されており、現在でも年々新しい化学物質が開発され続けている。しかしながら、これらの化学物質が環境中に放出されることにより、人体を含む生態系に有害な影響を及ぼすことが問題となっており、特に化学物質による環境汚染による人体への影響は社会問題にまでなっている。したがって、化学物質のリスク（特に人体に与える影響）を評価することは社会的な要請が強い。
これまでの化学物質のリスク評価は、細菌等を用いた単純で簡便な試験、及び、ラット等の実験動物を用いた長期毒性試験によって取得・蓄積されてきた知見を、その基盤としていた。
しかし、これらの従来の毒性学的な手法によって獲得される生物学的情報は知見の種類が限られること、並びに、長期毒性試験では費用と効率等の面で問題があることから、これらの課題を解決できる新規の手法の確立が必要であった。
近年、急速な発展を見せるゲノム学的なアプローチが、薬剤の有効性評価（ファーマコゲノミクス）（非特許文献１、非特許文献２）、食物の生体への影響評価（ニュートリゲノミクス）（非特許文献３）等と同様に、化学物質の生物学的活性（特にその有害性）の評価にも応用され始めてきた（トキシコゲノミクス）（非特許文献４、非特許文献５）。
これらのゲノム学的手法は、全遺伝子を個々のパラメータとして活用できるという、従来の手法では得られない膨大かつ多様な観点による生物学的現象の評価を可能にした。
AlisonH. Harrill et al., Expert Opin. Drug Metab. Tosicol. November；４（１１）：１３７９−１３８９（２００８）
Elisa Giovannetti et al., Mol.Cancer Ther. ５（６）：１３８７−１３９４（２００６）
Licia Iacoviello et al., GenesNutr. ３：１９−２４（２００８）
Preeti Chavan et al., EvidBased Complement Alternat Med. Dec；３（４）：４４７−４５７（２００６）
渡邉肇 YAKUGAKU ZASSHI：１２７（１２）：１９６７−１９７４（２００７）
Paolo Fortina et al., Nature Biotech. ２６：２９３−２９４（２００８）
Gary K Geiss et al., NatureBiotech. ２６：３１７−３２５（２００８）
これまでの毒性が未知の化学物質が生体にどのような影響（毒性）があるのかを調べるためには、従来の毒性学的な手法では、獲得される生物学的情報は知見の種類が限られること、並びに、長期毒性試験では費用と効率等の面で問題があった。
また、従来の手法では、化学物質の有害性評価の対象となるのは肝臓または脾臓が主であった。しかし、対象となる臓器・組織が変われば、それぞれの臓器・組織に特異的な評価方法が必要となり、かつ、評価手法も異なることが多かった。さらに、化学物質が及ぼすマイナーな臓器へ影響を検査するためには、病理組織学的検査以外には検査方法が存在しないものもあった。
本発明は、これらの課題を解決できる簡便かつ確実な新規の手法を提供することにある。
本発明者は、既存化学物質毒性データベース（http://dra4.nihs.go.jp/mhlw_data/jsp/SearchPage.jsp）に登録されている化学物質の中から髄外造血を引き起こすことが知られている2−ブタノンオキシムを28日間反復して経口投与したラットの脾臓とそれらの化学物質を溶解した溶媒を投与した対照群のラットの脾臓における遺伝子発現プロファイルを取得し、比較することにより、両者間で発現レベルに統計的に有意な差がある遺伝子が２１９個存在していることを見出し、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明は、（１）化学物質が生体に与える影響を遺伝子発現レベルで検出することにより被検化学物質の毒性を検出する方法であって、
（Ａ）前記化学物質の曝露を受けた脾臓組織または脾臓由来の細胞試料に対して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから選択される少なくとも１以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定する第１の遺伝子発現レベル測定ステップと、
（Ｂ）前記化学物質の曝露を受けていない脾臓組織または脾臓由来の細胞試料に対して、前記第１の遺伝子発現レベル取得ステップにおいて選択された前記生体応答遺伝子のそれぞれに対する遺伝子発現レベルを測定する第２の遺伝子発現レベル測定ステップと、
（Ｃ）前記第１の遺伝子発現データレベル測定ステップ及び前記第２の遺伝子発現データレベル測定ステップにおける前記遺伝子発現レベルを比較するステップと、
を含むことを特徴とする化学物質の毒性の検出方法、である。
（Ａ）前記化学物質の曝露を受けた脾臓組織または脾臓由来の細胞試料に対して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから選択される少なくとも１以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定する第１の遺伝子発現レベル測定ステップと、
（Ｂ）前記化学物質の曝露を受けていない脾臓組織または脾臓由来の細胞試料に対して、前記第１の遺伝子発現レベル取得ステップにおいて選択された前記生体応答遺伝子のそれぞれに対する遺伝子発現レベルを測定する第２の遺伝子発現レベル測定ステップと、
（Ｃ）前記第１の遺伝子発現データレベル測定ステップ及び前記第２の遺伝子発現データレベル測定ステップにおける前記遺伝子発現レベルを比較するステップと、
を含むことを特徴とする化学物質の毒性の検出方法、である。
特に、（２）前記生体応答遺伝子が少なくとも５個以上であることが望ましく、（３）前記生体応答遺伝子が少なくとも１０個以上であることがより望ましい。また、（４）前記生体応答遺伝子が少なくとも２０個以上であることがさらに望ましく、（５）前記生体応答遺伝子が少なくとも５０個以上であることがさらにより望ましい。
更に、（６）上記（１）〜（５）において、前記生体応答遺伝子は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒトにそれぞれ対応するホモログ、パラログまたはオーソログであってもよい。
更に、（７）上記（１）〜（５）において、前記脾臓組織または前記細胞試料は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒト由来であってもよい。
更に、（８）上記（１）〜（７）において、前記遺伝子発現レベルの測定は、ＲＴ-ＰＣＲ法、iAFLP（introduced Amplified Fragment Length Polymorphism）法、LAMP（Loop-Mediated Isothermal Amplification）法、nCounter Analysis system、ハイブリダイゼーション法のうちの１つを用いることで決定されてもよい。
更に、（９）上記（１）〜（８）において、前記遺伝子の発現レベルが、ハイブリダイゼーション法によって測定されてもよく、（１０）前記ハイブリダイゼーション法が、マイクロアレイ法又はブロット法であってもよい。
また、（１１）上記（１０）において、前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであってもよく、さらに、（１２）前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであってもよい。
さらに、上記（１）〜（７）において、（１３）前記遺伝子発現レベルの測定は前記生体応答遺伝子に対応する核酸又は前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質の存在もしくは量を測定することで決定されてもよい。
また、上記（１３）において、（１４）前記タンパク質の存在もしくは量の測定を免疫学的方法によって行ってもよく、（１５）前記免疫学的方法は、前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質又はその断片に対する特異抗体と標的タンパク質との免疫学的複合体を検出する方法であってもよい。また、（１６）前記特異抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、および抗体フラグメントから選択されてもよい。
さらに、本発明は、（１７）化学物質が生体に与える影響を遺伝子発現レベルで検出することにより被検化学物質の毒性を検出するために用いられる照合データとしての遺伝子発現データベースを作成する方法であって、
（Ａ）2−ブタノンオキシム、ｍ−キシリレンジアミン、3-シアノピリジン、2−（2−アミノエチルアミノ）エタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、メタクリルアミド、スルホラン、2-イソプロポキシエタノール、ヒドラジン一水和物、4-エチルモルホリン、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール、o-ジクロロベンゼン、3,4-キシリジン、N-メチルアニリン、トリレンジイソシアナート、2-（ジブチルアミノ）エタノール、ｐ-クミルフェノール、ｍ-クレゾール、2,3-ジメチルアニリン、N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド、フタル酸ジヘプチル、テトラブロモエタン、アジピン酸ジブチル、P-エチルフェノール、ο-t-ブチルフェノールおよびｐ-（1,1,3,3,-テトラメチルブチル）フェノールのそれぞれについて所定量を所定期間生体または脾臓由来の細胞試料に投与（曝露）するステップと、
（Ｂ）前記生体の脾臓組織または前記脾臓由来の前記細胞試料からｍＲＮＡを単離して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから選択される少なくとも１以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｃ）（Ｂ）で得られた前記遺伝子発現レベルを対応する前記化学物質、曝露量及び曝露期間とともに遺伝子発現データとしてデータベース化するステップと、
を含むことを特徴とする照合用遺伝子発現データベース作成方法である。
（Ａ）2−ブタノンオキシム、ｍ−キシリレンジアミン、3-シアノピリジン、2−（2−アミノエチルアミノ）エタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、メタクリルアミド、スルホラン、2-イソプロポキシエタノール、ヒドラジン一水和物、4-エチルモルホリン、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール、o-ジクロロベンゼン、3,4-キシリジン、N-メチルアニリン、トリレンジイソシアナート、2-（ジブチルアミノ）エタノール、ｐ-クミルフェノール、ｍ-クレゾール、2,3-ジメチルアニリン、N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド、フタル酸ジヘプチル、テトラブロモエタン、アジピン酸ジブチル、P-エチルフェノール、ο-t-ブチルフェノールおよびｐ-（1,1,3,3,-テトラメチルブチル）フェノールのそれぞれについて所定量を所定期間生体または脾臓由来の細胞試料に投与（曝露）するステップと、
（Ｂ）前記生体の脾臓組織または前記脾臓由来の前記細胞試料からｍＲＮＡを単離して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから選択される少なくとも１以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｃ）（Ｂ）で得られた前記遺伝子発現レベルを対応する前記化学物質、曝露量及び曝露期間とともに遺伝子発現データとしてデータベース化するステップと、
を含むことを特徴とする照合用遺伝子発現データベース作成方法である。
さらに、（１８）前記生体応答遺伝子が少なくとも５個以上であることが望ましく、（１９）前記生体応答遺伝子が少なくとも１０個以上であることがより望ましい。また、（２０）前記生体応答遺伝子が少なくとも２０個以上であることがさらに望ましく、（２１）前記生体応答遺伝子が少なくとも５０個以上であることがさらにより望ましい。
さらに、（２２）上記（１７）〜（２１）において、前記生体応答遺伝子は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒトにそれぞれ対応するホモログ、パラログまたはオーソログであってもよい。
更に、（２３）上記（１７）〜（２２）において、前記脾臓組織または前記細胞試料は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒト由来であってもよい。
更に、（２４）上記（１７）〜（２２）において、前記遺伝子発現レベルの測定は、ＲＴ-ＰＣＲ法、iAFLP（introduced Amplified Fragment Length Polymorphism）法、LAMP（Loop-Mediated Isothermal Amplification）法、nCounter Analysis system、ハイブリダイゼーション法のうちの１つを用いることで決定されてもよい。
更に、（２５）上記（２４）において、前記ハイブリダイゼーション法が、マイクロアレイ法又はブロット法であってもよく、（２６）前記マイクロアレイ法又はブロット法に用いられるプローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であってもよい。
また、（２７）上記（１０）において、前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであってもよく、さらに、（２８）前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであってもよい。
さらに、上記（１７）〜（２３）において、（２９）前記遺伝子発現レベルの測定は前記生体応答遺伝子に対応する核酸又は前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質の存在もしくは量を測定することで決定されてもよい。
また、上記（１７）〜（２３）において、（３０）前記タンパク質の存在もしくは量の測定を免疫学的方法によって行ってもよく、（３１）前記免疫学的方法は、前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質又はその断片に対する特異抗体と標的タンパク質との免疫学的複合体を検出する方法であってもよい。また、（３２）前記特異抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、および抗体フラグメントから選択されてもよい。
さらに、本発明は、（３３）化学物質が生体に与える影響を遺伝子発現レベルで検出することにより被検化学物質の毒性を検出・予測する方法であって、
（Ａ）2−ブタノンオキシム、ｍ−キシリレンジアミン、3-シアノピリジン、2−（2−アミノエチルアミノ）エタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、メタクリルアミド、スルホラン、2-イソプロポキシエタノール、ヒドラジン一水和物、4-エチルモルホリン、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール、o-ジクロロベンゼン、3,4-キシリジン、N-メチルアニリン、トリレンジイソシアナート、2-（ジブチルアミノ）エタノール、ｐ-クミルフェノール、ｍ-クレゾール、2,3-ジメチルアニリン、N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド、フタル酸ジヘプチル、テトラブロモエタン、アジピン酸ジブチル、P-エチルフェノール、ο-t-ブチルフェノールおよびｐ-（1,1,3,3,-テトラメチルブチル）フェノールのそれぞれについて所定量を一定期間生体または脾臓由来の細胞試料に投与（曝露）するステップと、
（Ｂ）前記生体由来の脾臓組織または前記脾臓由来の前記細胞試料からｍＲＮＡを単離して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから少なくとも1以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｃ）（Ｂ）で得られた前記遺伝子発現レベルを対応する前記化学物質、曝露量、曝露期間とともに遺伝子発現データとして収集するステップと、
（Ｄ）被検化学物質を適当な濃度で一定期間生体または脾臓由来の細胞試料に曝露させるステップと、
（Ｅ）前記生体由来の前記脾臓組織または前記脾臓由来の細胞試料からｍＲＮＡを単離して、（Ｂ）のステップで選択した生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｆ）（Ｅ）で得られた前記遺伝子発現レベルを前記被検化学物質、曝露量及び曝露期間とともに遺伝子発現データとして収集するステップと、
（Ｇ）（Ｆ）で収集された遺伝子発現データを（Ｃ）で収集された照合用の対応する遺伝子発現データと比較するステップと、
を含むことを特徴とする化学物質の毒性検出・予測方法である。
（Ａ）2−ブタノンオキシム、ｍ−キシリレンジアミン、3-シアノピリジン、2−（2−アミノエチルアミノ）エタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、メタクリルアミド、スルホラン、2-イソプロポキシエタノール、ヒドラジン一水和物、4-エチルモルホリン、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール、o-ジクロロベンゼン、3,4-キシリジン、N-メチルアニリン、トリレンジイソシアナート、2-（ジブチルアミノ）エタノール、ｐ-クミルフェノール、ｍ-クレゾール、2,3-ジメチルアニリン、N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド、フタル酸ジヘプチル、テトラブロモエタン、アジピン酸ジブチル、P-エチルフェノール、ο-t-ブチルフェノールおよびｐ-（1,1,3,3,-テトラメチルブチル）フェノールのそれぞれについて所定量を一定期間生体または脾臓由来の細胞試料に投与（曝露）するステップと、
（Ｂ）前記生体由来の脾臓組織または前記脾臓由来の前記細胞試料からｍＲＮＡを単離して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから少なくとも1以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｃ）（Ｂ）で得られた前記遺伝子発現レベルを対応する前記化学物質、曝露量、曝露期間とともに遺伝子発現データとして収集するステップと、
（Ｄ）被検化学物質を適当な濃度で一定期間生体または脾臓由来の細胞試料に曝露させるステップと、
（Ｅ）前記生体由来の前記脾臓組織または前記脾臓由来の細胞試料からｍＲＮＡを単離して、（Ｂ）のステップで選択した生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｆ）（Ｅ）で得られた前記遺伝子発現レベルを前記被検化学物質、曝露量及び曝露期間とともに遺伝子発現データとして収集するステップと、
（Ｇ）（Ｆ）で収集された遺伝子発現データを（Ｃ）で収集された照合用の対応する遺伝子発現データと比較するステップと、
を含むことを特徴とする化学物質の毒性検出・予測方法である。
さらに、（３４）前記生体応答遺伝子が少なくとも５個以上であることが望ましく、（３５）前記生体応答遺伝子が少なくとも１０個以上であることがより望ましい。また、（３６）前記生体応答遺伝子が少なくとも２０個以上であることがさらに望ましく、（３７）前記生体応答遺伝子が少なくとも５０個以上であることがさらにより望ましい。
さらに、（３８）上記（３３）〜（３７）において、前記生体応答遺伝子は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒトにそれぞれ対応するホモログ、パラログまたはオーソログであってもよい。
更に、（３９）上記（３３）〜（３８）において、前記脾臓組織または前記細胞試料は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒト由来であってもよい。
更に、（４０）上記（３３）〜（３９）において、前記遺伝子発現レベルの測定は、ＲＴ-ＰＣＲ法、iAFLP（introduced Amplified Fragment Length Polymorphism）法、LAMP（Loop-Mediated Isothermal Amplification）法、nCounter Analysis system、ハイブリダイゼーション法のうちの１つを用いることで決定されてもよい。
更に、（４１）上記（４０）において、前記ハイブリダイゼーション法が、マイクロアレイ法又はブロット法であってもよく、（４２）前記マイクロアレイ法又はブロット法に用いられるプローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であってもよい。
また、（４３）上記（４２）において、前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであってもよく、さらに、（４４）前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであってもよい。
さらに、上記（３３）〜（３９）において、（４５）前記遺伝子発現レベルの測定は前記生体応答遺伝子に対応する核酸又は前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質の存在もしくは量を測定することで決定されてもよい。
また、上記（３３）〜（３９）において、（４６）前記タンパク質の存在もしくは量の測定を免疫学的方法によって行ってもよく、（４７）前記免疫学的方法は、前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質又はその断片に対する特異抗体と標的タンパク質との免疫学的複合体を検出する方法であってもよい。また、（４８）前記特異抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、および抗体フラグメントから選択されてもよい。
また、本発明は（４９）上記（１）〜（４８）において用いられるプローブを含むキットであって、該プローブが、前記生体応答遺伝子またはその転写産物に特異的にハイブリダイズする配列を有する分子を含む化学物質の毒性検出・予測キットである。
さらに、（５０）上記（４９）において、前記プローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であってもよい。
また、（５１）上記（５０）において、前記ヌクレオチドはｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであってもよい。
さらに、（５２）上記（５０）または（５１）において前記ヌクレオチドは、前記生体応答遺伝子のセンス鎖又はアンチセンス鎖とハイブリダイズし、10〜100merであってもよい。
また、（５３）上記（５０）〜（５２）において、前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであってもよい。
さらに、（５４）上記（４９）または（５０）において、前記プローブは、抗体及び/又はアプタマーであるタンパク質であってもよい。
また、（５５）上記（４９）〜（５４）において、前記プローブは、少なくとも1つ以上を固体支持体に固定したＤＮＡマイクロアレイ、ＤＮＡチップ、タンパクチップまたは抗体チップを含んでいてもよい。
さらに、（５６）上記（５５）において、前記固体支持体は、ガラス、シリコン、プラスチック又は生体膜であってもよい。
本発明によれば、化学物質をラットに28日間反復投与した後の脾臓における遺伝子発現様式を比較することにより、化学物質が生体に対して毒性を有するか否かを簡便に判定あるいは予測できる。
他に特に規定されない限り、本明細書中に使用される用語は、本発明が属する分野における通常の知識を有する者（当業者）によって、一般的に理解されるものと同一の意味を有する。
当業者は、本明細書中に記載されるものと同等または類似の多くの方法および物質を認識する。ただし、本発明は本明細書に記載される方法および物質に限定されない。
本発明の化学物質が生体に与える影響を判別する方法としては、化学物質を28日間反復投与した後の脾臓に存在する本件生体応答遺伝子群から選ばれる遺伝子の発現を検出する方法や、該遺伝子に対応するポリペプチドまたはタンパク質を検出する方法であれば特に制限されない。
本明細書中における「遺伝子発現レベルを測定する」とは、該遺伝子の発現レベルを検出又は定量する限り特に制限されず、例えば、該遺伝子のmRNAやcDNAを検出又は定量してもよい。これらの検出又は定量には、生体応答遺伝子又はその遺伝子産物であるペプチド若しくはタンパク質に特異的に結合する分子を用いることが望ましい。生体応答遺伝子又はその遺伝子産物であるペプチド若しくはタンパク質に特異的に結合する分子とは、特に制限されないが、生体応答遺伝子に特異的に結合するヌクレオチド、DNA、cDNA、RNA、ペプチド若しくはタンパク質に特異的に結合する抗体等を例示することができる。また、該遺伝子の発現レベルの検出又は定量には、該遺伝子のｍＲＮＡもしくはタンパク質の断片またはホモログを用いてもよい。
生体応答遺伝子の発現レベルを検出又は定量する具体的な方法としては、生体応答遺伝子に特異的に結合するプローブ用の標識化ヌクレオチド、標識化cDNAまたは標識化RNAを用いたノーザンブロット法、またはPCR法を用いることができる。PCR法として、RT-PCR法、リアルタイムPCR法、コンペティティブPCR法を挙げることができる。
「ＤＮＡマイクロアレイ」とは、オリゴヌクレオチドや一本鎖または二本鎖のＤＮＡをガラス基板上などに高密度に配置したものをいい、「ＤＮＡマイクロアレイ法」とは、そのＤＮＡマイクロアレイ上で蛍光標識したＲＮＡ分子などとハイブリッド形成を行わせて定性的定量的にＤＮＡと結合した核酸の種類や量を測定する手法をいう。
「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオチドが数個重合した分子の総称のことをいう。
本明細書中、ｍＲＮＡの「ホモログ」とは、該ｍＲＮＡに実質的に類似したヌクレオチドに関連する。「実質的に類似した」とは、当業者によって十分理解され、具体的にはそれぞれの配列類似性が少なくとも80％、好ましくは少なくとも85％、より好ましくは少なくとも90％、最も好ましくは少なくとも95％を有することを意味する。
また、本明細書中、タンパク質の「ホモログ」とは、該ｍＲＮＡに実質的に類似したペプチドに関連する。「実質的に類似した」とは、当業者によって十分理解され、具体的にはそれぞれの配列類似性が少なくとも80％、好ましくは少なくとも85％、より好ましくは少なくとも90％、最も好ましくは少なくとも95％を有することを意味する。
「候補化合物」とは、その毒性について試験される任意の化合物を指す。
「化合物に曝露された臓器組織または細胞試料」とは、組織もしくは細胞試料、または試料が由来した動物が、化合物により処理されたことを意味する。
「脾臓毒性」とは、多くの疾病もしくは障害のプロセスにより誘発され得るところの急性もしくは慢性の脾臓の不全もしくは機能障害を意味する。
「毒性作用」とは、化合物の存在に起因する、生体、臓器系、各臓器、組織、細胞、または細胞内単位に対する有害作用を指す。毒性作用は、生理的もしくは物理的な症状、または細胞もしくは臓器の壊死のような撹乱であり得る。
「試料」には、好ましくは脾臓の生検材料、並びに、例えば血液、血漿、血清、リンパ液、腹水、尿、便のような任意の体液が含まれるものとする。なお、これに限られるものではない。
本明細書で使用される際には、「個体」とは、ヒトの個体、動物又は個体の集団もしくはプールを意味するものとする。
「候補薬剤」には、タンパク質もしくはそのフラグメント、抗体、小分子の阻害剤もしくはアゴニスト、核酸分子、たとえば、アンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二重鎖ＲＮＡ、有機および無機化合物等のような天然のまたは合成の分子を含む。
遺伝子の発現レベルを検出又は定量する具体的な方法としては、該遺伝子に特異的に結合するプローブ用の標識化ヌクレオチド、標識化ｃＤＮＡまたは標識化ＲＮＡを用いたノーザンブロット法、ドットブロット法、iAFLP法、LAMP法、nCounter Analysis systemまたはＰＣＲ法を用いることができる。ＰＣＲ法として、ＲＴ-ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、コンペティティブＰＣＲ法を挙げることができる。
さらに、遺伝子の発現レベルを検出又は定量する具体的な方法としては、DNAマイクロアレイ、DNAチップ、または抗体アレイ等が挙げられる。DNAマイクロアレイ又はDNAチップには該遺伝子のヌクレオチド又はcDNAが少なくとも１つ以上固定化されているものを用いる。
なお、ヌクレオチド又はｃＤＮＡは、該遺伝子の一部に相当する部分でもよい。
上記プローブの標識化に用いられる標識試薬は、例えば放射性同位元素である［125I］、［131I］、［３H］、［１４C］、［３２P］、［３５S］、酵素であるβーガラクトシダーゼ、βーグルコシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、パーオキシダーゼ、また、蛍光物質であるシアニン蛍光色素蛍光色素（例えば、Cy２、Cy３、Cy５、Cy5.5、Cy７、Cyanine３、Cyanine５など）を用いることができる。
また、上記リアルタイムPCR法としては、例えば、組織内又は細胞内のトータルRNAやmRNAから逆転写酵素により合成したcDNAを鋳型にして、PCRの増幅産物をリアルタイムでモニタリングする方法が挙げられる。リアルタイムPCR用モニタリング試薬としては、例えばSYBR GreenＩやTapManプローブが用いられる。
通常、DNAマイクロアレイやDNAチップは、プローブが支持体の上に固定されているアレイ又はチップであり、DNAマイクロアレイ又はDNAチップの支持体としては、ハイブリダイゼーションに使用可能なものであればよく、例えばガラス、シリコン、プラスチックなどの基板や、ニトロセルロース膜、ナイロン膜等を用いることができる。
なお、ＤＮＡマイクロアレイとは、生体応答遺伝子セットに含まれる遺伝子全長、またはその部分配列と相補的なｃＤＮＡ断片若しくはオリゴＤＮＡを固定支持体に１つ以上固定したものをいう。ここでいう相補的なオリゴＤＮＡは一般的には２５〜１００塩基の長さのものが用いられるが、必ずしもこれに限定されない。
ＤＮＡマイクロアレイやＤＮＡチップの使用方法については特に制限されない。例えば、生体試料からｍＲＮＡを精製し、該ｍＲＮＡを鋳型とした逆転写反応を行う際に、適切な標識を付したプライマーや標識ヌクレオチドを使用することにより、標識されたｃＤＮＡを得ることができる。この標識化ｃＤＮＡとＤＮＡマイクロアレイやＤＮＡチップ表面上に固定された本発明におけるプローブとの間でハイブリダイゼーションを行わせ、被検試料とのハイブリダイゼーション及び対照試料とのハイブリダイゼーションのそれぞれの結果を比較し、該遺伝子の有無を検出したり、発現レベルを測定することにより、臓器毒性の検出または予測を行うことができる。
DNAマイクロアレイやDNAチップに用いるプローブはcDNAでも合成オリゴDNAでも構わない。
DNAマイクロアレイやDNAチップの使用方法については特に制限されない。例えば、生体試料からmRNAを精製し、該mRNAを鋳型とした逆転写反応を行う際に、適切な標識を付したプライマーや標識ヌクレオチドを使用することにより、標識されたcDNAを得ることができる。この標識化cDNAとDNAマイクロアレイやDNAチップ表面上に固定された本発明におけるプローブとの間でハイブリダイゼーションを行わせ、被検試料とのハイブリダイゼーション及び対照試料とのハイブリダイゼーションのそれぞれの結果を比較し、本件生体応答遺伝子の有無を検出したり、発現レベルを測定することにより、化学物質が生体に与える影響の判別または予測を行うことができる。
本件生体応答遺伝子に対応するポリペプチド又はタンパク質は上記生体応答遺伝子の転写産物であり、該ポリペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列の配列情報は、NCBIの遺伝子データベースにおいて、それぞれのアクセッションナンバーによりアプローチすることもできる。
上記ポリペプチド又はタンパク質を検出又は定量する方法としては、所定のポリペプチド又はタンパク質を検出又は定量する方法であれば特に制限されない。例えば、該ポリペプチド又はタンパク質に特異的に結合する抗体やアプタマー等を用いることができ、抗体としては、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、一本鎖抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、２つのエピトープを同時に認識することができる二機能性抗体等を例示できる。これらの抗体は、慣用のプロトコルを用いて該ポリペプチド又はタンパク質又はそれらの断片を抗原として用いて作製することができる。また、アプタマーとは、タンパク質、アミノ酸等の分子に特異的に結合する核酸分子である。
上記ポリペプチド又はタンパク質に特異的に結合する抗体を用いて、被検試料中に存在する該ポリペプチド又はタンパク質を検出又は定量する場合、PIA法、ELISA法、蛍光抗体法等の公知の免疫学的方法を用いることができる。
上記判定の基準としては、被検試料中に存在する本件生体応答遺伝子の発現レベル（又は該遺伝子に対応するポリペプチド若しくはタンパク質の発現レベル）が正常対照試料中に存在する、該遺伝子の発現レベル（又は該遺伝子に対応するポリペプチド若しくはタンパク質の発現レベル）よりも高いことを用いる。例えば、1群3検体以上の試料の発現レベルを測定した結果について、ｔ検定を行った場合に、P＜0.05、より好ましくはP＜0.01、さらに好ましくはP＜0.001、さらにより好ましくはP＜0.0001である場合が挙げられる。
検定方法はｔ検定に限定されるものではなく、マン・ホイットニ検定やウィルコクサン符号付順位検定でもよい。
基準値は、被検試料における発現レベルを測定する度に毎回測定する必要はなく、例えば、様々な種の生体試料における正常対照試料中に存在する本件生体応答遺伝子の発現レベルをあらかじめ測定しておき、その測定値を用いて比較することができる。
ラットの種類は特に限定されるものではなく、例えば、Sprague Dawley、Wistarラットなどでもよく、雄でも雌でも構わない。さらには、ラットでなくてもよく、例えば、マウスを用いることもできる。
遺伝子発現レベルの変化には特定の化合物と生体組織との直接の反応のみならず、臓器に障害が生じた結果としての二次的反応も含まれる。
生体応答遺伝子セットに含まれる遺伝子は、ヒト、ラット、マウス、またはサルのような任意の哺乳動物において、マーカーとして用いられ得る。好ましくは、生体応答遺伝子セットに含まれる遺伝子は、ラットまたはマウスにおいてマーカーとして用いられる。
以下、実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの例示に限定されるものではない。
本発明の毒性判定方法に用いられる本件遺伝子セットに含まれる遺伝子は、化学物質２−ブタノンオキシム（100mg/kg）（和光純薬株式会社製）をSprague Dawleyラット（日本チャールス・リバー社製）に28日間反復投与することにより脾臓で発現レベルが著しく変化した遺伝子である。
化学物質２−ブタノンオキシムをラットに28日間反復投与することにより、脾臓重量は有意（Ｐ＜0.01）に増加した（図１）。
本発明で用いられる２１９種の遺伝子は以下の方法により得られる。なお、ここで、「発現レベル」とは絶対量である必要はなく相対量でよい。
[遺伝子発現データベース]
本発明の遺伝子発現データベースを作成するには、
（１）種々の化学物質について、ラットなどが死亡しない適当な投与量を決定し、
（２）適当な濃度の化学物質を一定期間、ラットなどに繰り返し曝露し、
（３）曝露した生体から各臓器を摘出し、
（４）摘出した臓器からｍＲＮＡを単離し、
（５）ＤＮＡマイクロアレイ法などにより特定遺伝子の発現レベルを測定し、
（６）得られた遺伝子発現レベルを化学物質、その濃度、曝露時間とともに遺伝子発現データベースとしてまとめる。
という工程によりなされる。
本発明の遺伝子発現データベースを作成するには、
（１）種々の化学物質について、ラットなどが死亡しない適当な投与量を決定し、
（２）適当な濃度の化学物質を一定期間、ラットなどに繰り返し曝露し、
（３）曝露した生体から各臓器を摘出し、
（４）摘出した臓器からｍＲＮＡを単離し、
（５）ＤＮＡマイクロアレイ法などにより特定遺伝子の発現レベルを測定し、
（６）得られた遺伝子発現レベルを化学物質、その濃度、曝露時間とともに遺伝子発現データベースとしてまとめる。
という工程によりなされる。
[動物試験]
国立医薬品食品衛生研究所の既存化学物質毒性データベースにおいて脾臓腫大および髄外造血を引き起こすことが報告されいている化学物質２−ブタノンオキシム（100mg/kg）を28日間反復してSprague Dawleyラット（６週齢、雄）に経口投与した。正常対照群として、化学物質２−ブタノンオキシムを溶解した蒸留水（大塚製薬社製）を28日間反復してSprague Dawleyラット（６週齢、雄）に経口投与した。28日間の反復投与後、ラットから脾臓を採取し、速やかに液体窒素で凍結させた。凍結させた脾臓組織はISOGEN（ニッポンジーン社製）を用いて粉砕した。なお、動物試験は28日間に制限されることはなく、数日間でもよい。
国立医薬品食品衛生研究所の既存化学物質毒性データベースにおいて脾臓腫大および髄外造血を引き起こすことが報告されいている化学物質２−ブタノンオキシム（100mg/kg）を28日間反復してSprague Dawleyラット（６週齢、雄）に経口投与した。正常対照群として、化学物質２−ブタノンオキシムを溶解した蒸留水（大塚製薬社製）を28日間反復してSprague Dawleyラット（６週齢、雄）に経口投与した。28日間の反復投与後、ラットから脾臓を採取し、速やかに液体窒素で凍結させた。凍結させた脾臓組織はISOGEN（ニッポンジーン社製）を用いて粉砕した。なお、動物試験は28日間に制限されることはなく、数日間でもよい。
[全ＲＮＡの抽出]
脾臓組織からの全ＲＮＡの抽出はISOGEN試薬（ニッポンジーン社製）を用いて推奨のプロトコルに従って行った。
脾臓組織からの全ＲＮＡの抽出はISOGEN試薬（ニッポンジーン社製）を用いて推奨のプロトコルに従って行った。
[核酸検体の調製]
検体用ｍＲＮＡの調製は、脾臓組織からISOGEN試薬（ニッポンジーン社製）を用いて抽出した全ＲＮＡから、Poly（A）Pureキット（Ambion社製）を用い、各社推奨のプロトコルに従って行った。
検体用ｍＲＮＡの調製は、脾臓組織からISOGEN試薬（ニッポンジーン社製）を用いて抽出した全ＲＮＡから、Poly（A）Pureキット（Ambion社製）を用い、各社推奨のプロトコルに従って行った。
[マイクロアレイの作製]
マイクロアレイ用合成DNAを用いてマイクロアレイを作製する。マイクロアレイの作製方法・条件に限定はないが、例えば（Schena,M. et.al., Science, 270, 467-470. (1995)）に記載の作製方法を用いることができる。
マイクロアレイ用合成DNAを用いてマイクロアレイを作製する。マイクロアレイの作製方法・条件に限定はないが、例えば（Schena,M. et.al., Science, 270, 467-470. (1995)）に記載の作製方法を用いることができる。
ラット遺伝子断片ライブラリー（マイクロダイアグノスティック社製）を超微量分注装置（マイクロダイアグノスティク社製）によりスライドガラス（松波硝子工業社製、HAコートスライドガラス）にプリントしてマイクロアレイを作製した。該マイクロアレイを気相恒温器内にて80℃で1時間静置し、更にUVクロスリンカー（Hoefer社製、UVC500）を用いて120 mJの紫外線を照射した。
[マイクロアレイの後処理]
マイクロアレイの後処理については、公開特許公報（特開2004-233105）記載の方法により行った。
マイクロアレイの後処理については、公開特許公報（特開2004-233105）記載の方法により行った。
[核酸検体の調製]
検体用mRNAは、脾臓組織からISOGEN試薬（ニッポンジーン社製）を用いて抽出した全RNAから、Poly（A）Pureキット（Ambion社製）を用い、各社推奨のプロトコルに従って行った。
検体用mRNAは、脾臓組織からISOGEN試薬（ニッポンジーン社製）を用いて抽出した全RNAから、Poly（A）Pureキット（Ambion社製）を用い、各社推奨のプロトコルに従って行った。
[標識cDNAの合成]
該mRNA1.5μgを核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬（マイクロダイアグノスティック社製）、逆転写酵素SuperScriptII（インビトロジェン社製）、Cyanine 5-deoxyuridinetriphosphate(Cyanine 5-dUTP)（Perkin Elmer社製）を用い、標識cDNAを作製した。一方、対照としてラット共通レファレンス（マイクロダイアグノスティック社製）を使用した。共通レファレンスに対しては核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬（マイクロダイアグノスティック社製）、逆転写酵素 SuperScriptII（インビトロジェン社製）、Cyanine3-deoxyuridinetriphosphate(Cyanine3-dUTP)（Perkin Elmer社製）を用い、標識cDNAを作製した。作製方法は、各社推奨のプロトコルに従った。
該mRNA1.5μgを核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬（マイクロダイアグノスティック社製）、逆転写酵素SuperScriptII（インビトロジェン社製）、Cyanine 5-deoxyuridinetriphosphate(Cyanine 5-dUTP)（Perkin Elmer社製）を用い、標識cDNAを作製した。一方、対照としてラット共通レファレンス（マイクロダイアグノスティック社製）を使用した。共通レファレンスに対しては核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬（マイクロダイアグノスティック社製）、逆転写酵素 SuperScriptII（インビトロジェン社製）、Cyanine3-deoxyuridinetriphosphate(Cyanine3-dUTP)（Perkin Elmer社製）を用い、標識cDNAを作製した。作製方法は、各社推奨のプロトコルに従った。
[標識プローブの作製]
これらの標識cDNA、すなわち、Cyanine5-dUTPで標識した検体およびCyanine3-dUTPで標識した対照レファレンスを同一試験管内で混合した後、Micropure EZ（ミリポア社製）およびMicrocon YM30（ミリポア社製）により精製した。最終的には核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬に付属のハイブリダイゼーションバッファーおよび純水を用いて15μlに調製した。
これらの標識cDNA、すなわち、Cyanine5-dUTPで標識した検体およびCyanine3-dUTPで標識した対照レファレンスを同一試験管内で混合した後、Micropure EZ（ミリポア社製）およびMicrocon YM30（ミリポア社製）により精製した。最終的には核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬に付属のハイブリダイゼーションバッファーおよび純水を用いて15μlに調製した。
[ハイブリダイゼーション]
該溶液を99℃で5分間加熱して熱変性させた後に、マイクロアレイ上に滴下し、ハイブリダイゼーションカセット（マイクロダイアグノスティック社製）に格納した。該ハイブリダイゼーションカセットを気相恒温器（三洋電機バイオメディカ社製）に入れ、42℃で20時間、静置した状態で保温した。
該溶液を99℃で5分間加熱して熱変性させた後に、マイクロアレイ上に滴下し、ハイブリダイゼーションカセット（マイクロダイアグノスティック社製）に格納した。該ハイブリダイゼーションカセットを気相恒温器（三洋電機バイオメディカ社製）に入れ、42℃で20時間、静置した状態で保温した。
[洗浄]
ハイブリダイゼーションカセットからスライドガラスを取り出し、核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬（マイクロダイアグノスティック社製）付属のハイブリダイゼーション洗浄溶液を用い、同社推奨のプロトコルに従ってスライドガラスを洗浄した。
ハイブリダイゼーションカセットからスライドガラスを取り出し、核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬（マイクロダイアグノスティック社製）付属のハイブリダイゼーション洗浄溶液を用い、同社推奨のプロトコルに従ってスライドガラスを洗浄した。
[蛍光強度の検出および数値化]
各遺伝子の発現レベルはＤＮＡマイクロアレイ上に固定されたオリゴＤＮＡと結合した標識ｃＤＮＡの蛍光強度を測定することにより見積もることができる。洗浄したスライドガラスをスキャナGenePix4000B（Axon Instrument社製）を用いて蛍光を測定し、スキャナに付属の解析ソフトウエアGenePixPro（Axon Instrument社製）を用いて光学的に評価し、蛍光強度の相対値（Cyanine5/
Cyanine3）数値化した。すなわち、ＤＮＡマイクロアレイ上に固定されたオリゴＤＮＡのスポットの蛍光強度をそれぞれ別々に測定し、スポット以外の場所の蛍光強度からバックグラウンドを算出してノイズとしてそれぞれのスポットの蛍光強度から差し引く。そして、サンプルにおける蛍光強度/共通レファレンスの蛍光強度を算出するという解析を行う。すなわち、各サンプルの遺伝子発現レベルはすべて共通レファレンスに対する相対比として検出されるため、単純に複数サンプルを横並び比較できる状態となっている。このようにして取得された数値を集積してデータベース化する。
各遺伝子の発現レベルはＤＮＡマイクロアレイ上に固定されたオリゴＤＮＡと結合した標識ｃＤＮＡの蛍光強度を測定することにより見積もることができる。洗浄したスライドガラスをスキャナGenePix4000B（Axon Instrument社製）を用いて蛍光を測定し、スキャナに付属の解析ソフトウエアGenePixPro（Axon Instrument社製）を用いて光学的に評価し、蛍光強度の相対値（Cyanine5/
Cyanine3）数値化した。すなわち、ＤＮＡマイクロアレイ上に固定されたオリゴＤＮＡのスポットの蛍光強度をそれぞれ別々に測定し、スポット以外の場所の蛍光強度からバックグラウンドを算出してノイズとしてそれぞれのスポットの蛍光強度から差し引く。そして、サンプルにおける蛍光強度/共通レファレンスの蛍光強度を算出するという解析を行う。すなわち、各サンプルの遺伝子発現レベルはすべて共通レファレンスに対する相対比として検出されるため、単純に複数サンプルを横並び比較できる状態となっている。このようにして取得された数値を集積してデータベース化する。
[統計学的処理]
化学物質が生体に与える影響を判別するために有用な遺伝子を選択するために、２−ブタノンオキシムを２８日間反復投与したラットの脾臓と対照群のラットの脾臓において、各遺伝子の対数変換相対的発現比に対するスチューデントのｔ検定を行って、P値を算出した。その結果、両群で発現レベルの平均値の差が2倍以上、かつ、P値が0.01未満である２１９種類の遺伝子を同定した（表1〜４）。表中の「Name」の欄には対象となる遺伝子の遺伝子名を、「ID」の欄には対象となる遺伝子のGenBankの登録番号（アクセッション番号）を示している。また、「対照１」、「対照２」および「対照３」は対照群のラットであることを表しており、それぞれ個体が異なることを示している。さらに、「投与群１」、「投与群２」および「投与群３」は２−ブタノンオキシムを２８日間反復投与したラットであることを表しており、それぞれ個体が異なることを示している。また、数値は各個体における各遺伝子の発現レベル比（底を２とする対数比）を表している。
化学物質が生体に与える影響を判別するために有用な遺伝子を選択するために、２−ブタノンオキシムを２８日間反復投与したラットの脾臓と対照群のラットの脾臓において、各遺伝子の対数変換相対的発現比に対するスチューデントのｔ検定を行って、P値を算出した。その結果、両群で発現レベルの平均値の差が2倍以上、かつ、P値が0.01未満である２１９種類の遺伝子を同定した（表1〜４）。表中の「Name」の欄には対象となる遺伝子の遺伝子名を、「ID」の欄には対象となる遺伝子のGenBankの登録番号（アクセッション番号）を示している。また、「対照１」、「対照２」および「対照３」は対照群のラットであることを表しており、それぞれ個体が異なることを示している。さらに、「投与群１」、「投与群２」および「投与群３」は２−ブタノンオキシムを２８日間反復投与したラットであることを表しており、それぞれ個体が異なることを示している。また、数値は各個体における各遺伝子の発現レベル比（底を２とする対数比）を表している。
[クラスタ解析]
上記同定された遺伝子について階層的クラスタ分析を行った。階層的クラスタ分析は解析用ソフトウェア「Expression View Pro」（マイクロダイアグノスティック社製）を用いて行った。また、階層的クラスタ分析は「cluster」や「treeview」などのソフトウェアを用いても行うことができる。その結果、これらの遺伝子の発現レベルにより明確に2群が区別されることが確認された（図２）。
上記同定された遺伝子について階層的クラスタ分析を行った。階層的クラスタ分析は解析用ソフトウェア「Expression View Pro」（マイクロダイアグノスティック社製）を用いて行った。また、階層的クラスタ分析は「cluster」や「treeview」などのソフトウェアを用いても行うことができる。その結果、これらの遺伝子の発現レベルにより明確に2群が区別されることが確認された（図２）。
実施例１と同様の方法を用いて、下記の化学物質を２８日間反復投与したラットの脾臓における遺伝子発現レベルを測定した。使用した化学物質は、ｍ-キシリレンジアミン（C8H12N2）（400mg/kg）（東京化成工業株式会社製）、３−シアノピリジン（C6H4N2）（180mg/kg）（和光純薬株式会社製）、2−（2-アミノエチルアミノ）エタノール（C4H12N2O）（1000mg/kg）（和光純薬株式会社製）、テトラヒドロフルフリルアルコール（C5H10O2）（600mg/kg）（和光純薬株式会社製）、メタクリルアミド（C4H7NO）（150mg/kg）（和光純薬株式会社製）、スルホラン（C4H8O2S）（700mg/kg）（和光純薬株式会社製）、2-イソプロポキシエタノール（C5H12O2）（500mg/kg）（和光純薬株式会社製）、ヒドラジン−水和物（H6N2O）（30mg/kg）（和光純薬株式会社製）、４−エチルモルホリン（C6H13NO）（500mg/kg）（和光純薬株式会社製）、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド（C9H18ClNO2）（1000mg/kg）（和光純薬株式会社製）、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム（C10H16ClN）（120mg/kg）（和光純薬株式会社製）、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム（C6H4NNaO5S）（1000mg/kg）（和光純薬株式会社製）、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物（C10H8NNaO3S）（1000mg/kg）（和光純薬株式会社製）、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール（C6H14O2）（1000mg/kg）（和光純薬株式会社製）、ο-ジクロロベンゼン（C6H4Cl2）（500mg/kg）（和光純薬株式会社製）、3,4-キシリジン（C8H11N）（250mg/kg）（和光純薬株式会社製）、N-メチルアニリン（C7H9N）（125mg/kg）（和光純薬株式会社製）、ジイソシアン酸トリレン（C9H6N2O2）（300mg/kg）（和光純薬株式会社製）、2-（ジブチルアミノ）エタノール（C10H23NO）（250mg/kg）（和光純薬株式会社製）、ｐ-クミルフェノール（C15H16O）（500mg/kg）（和光純薬株式会社製）、ｍ−クレゾール（1000mg/kg）（C7H8O）（和光純薬株式会社製）、2,3-ジメチルアニリン（200mg/kg）（C8H11N）（東京化成工業株式会社製）、N,N’-ジシクロヘキシルカルボジイミド（C6H11N:C:NC6H11）（300mg/kg）（和光純薬株式会社製）、フタル酸ジヘプチル（C22H34O4）（1000mg/kg）（和光純薬株式会社製）である。
本発明である２１９個の生体応答遺伝子群を、前記各種化学物質を投与したラットの脾臓サンプルから取得した遺伝子発現プロファイルから抽出し、2次元のクラスタ解析を行った。
その結果、国立医薬品食品衛生研究所の既存化学物質毒性データベースでは脾臓の髄外造血を引き起こすと報告されており、かつ、剖検所見において脾臓肥大が確認された化学物質である3,4-キシリジン、２,３−ジメチルアニリン、Ｎ−メチルアニリン、および２−イソプロポキシエタノールは、２−ブタノンオキシムと同じクラスタに属し、その他の化学物質は対照群と同じクラスタに属した（図２）。この結果は、本件生体応答遺伝子データセットが、生体に対して２−ブタノンオキシムと同じような影響（例えば、髄外造血を引き起こすような作用）を有する化学物質を遺伝子発現レベルで予測し得ることを意味する。
本発明の、化学物質が生体に与える影響の検出方法および予測方法によって、既存化学物質の有害性評価だけでなく、新規化学物質が世に出る場合に簡便にその生体に対する有害性を評価することができる可能性がある。
Claims (56)
- 化学物質が生体に与える影響を遺伝子発現レベルで検出することにより被検化学物質の毒性を検出する方法であって、
（Ａ）前記化学物質の曝露を受けた脾臓組織または脾臓由来の細胞試料に対して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから選択される少なくとも１以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定する第１の遺伝子発現レベル測定ステップと、
（Ｂ）前記化学物質の曝露を受けていない脾臓組織または脾臓由来の細胞試料に対して、前記第１の遺伝子発現レベル取得ステップにおいて選択された前記生体応答遺伝子のそれぞれに対する遺伝子発現レベルを測定する第２の遺伝子発現レベル測定ステップと、
（Ｃ）前記第１の遺伝子発現データレベル測定ステップ及び前記第２の遺伝子発現データレベル測定ステップにおける前記遺伝子発現レベルを比較するステップと、
を含むことを特徴とする化学物質の毒性の検出方法。 - 少なくとも５個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１記載の化学物質の毒性の検出方法。
- 少なくとも１０個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１記載の化学物質の毒性の検出方法。
- 少なくとも２０個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１記載の化学物質の毒性の検出方法。
- 少なくとも５０個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１記載の化学物質の毒性の検出方法。
- 前記生体応答遺伝子は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒトにそれぞれ対応するホモログ、パラログまたはオーソログであることを特徴とする、請求項１ないし請求項５のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記脾臓組織または前記細胞試料は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒト由来であることを特徴とする、請求項１ないし請求項５のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出方法。
- 遺伝子発現レベルの測定は、ＲＴ-ＰＣＲ法、iAFLP（introduced Amplified Fragment Length Polymorphism）法、LAMP（Loop-Mediated Isothermal Amplification）法、nCounter Analysis system、ハイブリダイゼーション法のうちの１つを用いることを特徴とする請求項１ないし請求項７のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記ハイブリダイゼーション法は、マイクロアレイ法又はブロット法であることを特徴とする請求項８記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記マイクロアレイ法又はブロット法に用いられるプローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であることを特徴とする請求項９記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１０記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであることを特徴とする請求項１０または請求項１１記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記遺伝子発現レベルの測定を前記生体応答遺伝子に対応する核酸又は前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質の存在もしくは量を測定することで決定することを特徴とする請求項１ないし請求項３のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記タンパク質の存在もしくは量の測定を免疫学的方法によって行うことを特徴とする請求項１３記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記免疫学的方法は、前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質又はその断片に対する特異抗体と標的タンパク質との免疫学的複合体を検出する方法であることを特徴とする請求項１４記載の化学物質の毒性検出方法。
- 前記特異抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、および抗体フラグメントから選択されることを特徴とする請求項１５記載の化学物質の毒性検出方法。
- 化学物質が生体に与える影響を遺伝子発現レベルで検出することにより被検化学物質の毒性を検出するために用いられる照合データとしての遺伝子発現データベースを作成する方法であって、
（Ａ）2−ブタノンオキシム、ｍ−キシリレンジアミン、3-シアノピリジン、2−（2−アミノエチルアミノ）エタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、メタクリルアミド、スルホラン、2-イソプロポキシエタノール、ヒドラジン一水和物、4-エチルモルホリン、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール、o-ジクロロベンゼン、3,4-キシリジン、N-メチルアニリン、トリレンジイソシアナート、2-（ジブチルアミノ）エタノール、ｐ-クミルフェノール、ｍ-クレゾール、2,3-ジメチルアニリン、N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド、フタル酸ジヘプチル、テトラブロモエタン、アジピン酸ジブチル、P-エチルフェノール、ο-t-ブチルフェノールおよびｐ-（1,1,3,3,-テトラメチルブチル）フェノールのそれぞれについて所定量を所定期間生体または脾臓由来の細胞試料に投与（曝露）するステップと、
（Ｂ）前記生体の脾臓組織または前記脾臓由来の前記細胞試料からｍＲＮＡを単離して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから選択される少なくとも１以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｃ）（Ｂ）で得られた前記遺伝子発現レベルを対応する前記化学物質、曝露量及び曝露期間とともに遺伝子発現データとしてデータベース化するステップと、
を含むことを特徴とする照合用遺伝子発現データベース作成方法。 - 少なくとも５個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１７記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 少なくとも１０個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１７記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 少なくとも２０個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１７記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 少なくとも５０個以上の前記生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップを包含する請求項１７記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 前記生体応答遺伝子は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒトにそれぞれ対応するホモログ、パラログまたはオーソログであることを特徴とする、請求項１７ないし請求項２１のいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 前記脾臓組織または前記細胞試料は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒト由来であることを特徴とする、請求項１７ないし請求項２２のうちのいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 遺伝子発現レベルの測定は、ＲＴ-ＰＣＲ法、iAFLP（introduced Amplified Fragment Length Polymorphism）法、LAMP（Loop-Mediated Isothermal Amplification）法、nCounter Analysis system、ハイブリダイゼーション法のうちの１つを用いることを特徴とする、請求項１７ないし請求項２２のうちのいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法。
- 前記ハイブリダイゼーション法は、マイクロアレイ法又はブロット法であることを特徴とする請求項２４記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記マイクロアレイ法又はブロット法に用いられるプローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であることを特徴とする請求項２５記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項２６記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであることを特徴とする請求項２６または請求項２７のいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記遺伝子発現レベルの測定を前記生体応答遺伝子に対応する核酸又は前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質の存在もしくは量を測定することで決定することを特徴とする、請求項１７ないし請求項２３のうちのいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記遺伝子発現レベルの測定を免疫学的方法によって行うことを特徴とする請求項１７ないし請求項２３のうちのいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記免疫学的方法は、前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質又はその断片に対する特異抗体と標的タンパク質との免疫学的複合体を検出する方法であることを特徴とする請求項３０記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 前記特異抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、および抗体フラグメントから選択されることを特徴とする請求項３１記載の照合用遺伝子発現データベースの作成方法。
- 化学物質が生体に与える影響を遺伝子発現レベルで検出することにより被検化学物質の毒性を検出・予測する方法であって、
（Ａ）2−ブタノンオキシム、ｍ−キシリレンジアミン、3-シアノピリジン、2−（2−アミノエチルアミノ）エタノール、テトラヒドロフルフリルアルコール、メタクリルアミド、スルホラン、2-イソプロポキシエタノール、ヒドラジン一水和物、4-エチルモルホリン、メタクリル酸エチルトリメチルアンモニウムクロリド、塩化ベンジルトリメチルアンモニウム、ｍ-ニトロベンゼンスルホン酸ナトリウム、1-ナフチルアミン-4-スルホン酸ナトリウム四水和物、3-メトキシ-3-メチル-1-ブタノール、o-ジクロロベンゼン、3,4-キシリジン、N-メチルアニリン、トリレンジイソシアナート、2-（ジブチルアミノ）エタノール、ｐ-クミルフェノール、ｍ-クレゾール、2,3-ジメチルアニリン、N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド、フタル酸ジヘプチル、テトラブロモエタン、アジピン酸ジブチル、P-エチルフェノール、ο-t-ブチルフェノールおよびｐ-（1,1,3,3,-テトラメチルブチル）フェノールのそれぞれについて所定量を一定期間生体または脾臓由来の細胞試料に投与（曝露）するステップと、
（Ｂ）前記生体由来の脾臓組織または前記脾臓由来の前記細胞試料からｍＲＮＡを単離して、下記のGenBank登録番号で塩基配列が特定される生体応答遺伝子群：
（１）NM_012887、（２）NM_080581、（３）S78284、（４）NM_001029917、（５）U72350、（６）NM_134411、（７）NM_031776、（８）NM_001037095、（９）NM_133560、（１０）NM_012713、（１１）NM_001105833、（１２）J02934、（１３）NM_017301、（１４）NM_012734、（１５）NM_001106134、（１６）NM_198743、（１７）NM_019227、（１８）NM_017226、（１９）NM_022597、（２０）NM_134395、（２１）NM_001107958、（２２）NM_053582、（２３）NM_001106847、（２４）NM_012899、（２５）AF367448、（２６）BF544079、（２７）AF039218、（２８）NM_033651、（２９）XM_577816、（３０）NM_031008、（３１）NM_001109159、（３２）NM_001012166、（３３）AW434086、（３４）XM_222462、（３５）NM_001004203、（３６）NM_021262、（３７）X73371、（３８）U95113、（３９）NM_001009645、（４０）NM_012955、（４１）NM_022637、（４２）BC168943、（４３）NM_023022、（４４）NM_139186、（４５）AJ003004、（４６）NM_133294、（４７）NM_012716、（４８）NM_001105822、（４９）BF411776、（５０）NM_012624、（５１）XM_226431、（５２）NM_133285、（５３）NM_001014843、（５４）NM_031695、（５５）M88595、（５６）J05181、（５７）NM_012915、（５８）D50564、（５９）NM_024127、（６０）AF184893、（６１）NM_080582、（６２）U10188、（６３）NM_080889、（６４）NM_053707、（６５）NM_001130497、（６６）NM_053358、（６７）NM_022539、（６８）NM_031740、（６９）NM_022798、（７０）NM_001106825、（７１）XM_233453、（７２）NM_152790、（７３）NM_030851、（７４）NM_001000856、（７５）NM_022245、（７６）NM_001106856、（７７）NM_022540、（７８）NM_017312、（７９）NM_053983、（８０）Y00350、（８１）NM_001013236、（８２）NM_021590、（８３）NM_001013996、（８４）AB021980、（８５）NM_022588、（８６）NM_001011904、（８７）L06040、（８８）XM_227612、（８９）XM_228464、（９０）M58040、（９１）M22642、（９２）NM_001105968、（９３）NM_001109227、（９４）X76452、（９５）NM_017168、（９６）NM_019263、（９７）NM_031010、（９８）NM_022381、（９９）D14015、（１００）NM_030826、（１０１）NM_012568、（１０２）NM_022505、（１０３）NM_053959、（１０４）NM_022533、（１０５）S75437、（１０６）NM_019354、（１０７）NM_001107529、（１０８）NM_001110487、（１０９）NM_012520、（１１０）L41686、（１１１）L26268、（１１２）NM_017169、（１１３）NM_019186、（１１４）NM_133296、（１１５）AF026472、（１１６）M75146、（１１７）Y00047、（１１８）NM_138853、（１１９）NM_022647、（１２０）XM_220618、（１２１）NM_175577、（１２２）NM_001002016、（１２３）NM_020091、（１２４）NM_012964、（１２５）NM_012491、（１２６）D25233、（１２７）AJ251299、（１２８）AF035951、（１２９）NM_001105796、（１３０）NM_023021、（１３１）U10455、（１３２）X99257、（１３３）NM_012507、（１３４）NM_019296、（１３５）AF095576、（１３６）NM_053688、（１３７）NM_001011955、（１３８）NM_053749、（１３９）NM_017038、（１４０）NM_001107823、（１４１）AF036548、（１４２）NM_053439、（１４３）NM_001106787、（１４４）NM_001034133、（１４５）NM_001106601、（１４６）NM_022676、（１４７）NM_147135、（１４８）NM_017166、（１４９）NM_053818、（１５０）NM_022274、（１５１）X57018、（１５２）NM_017258、（１５３）NM_172009、（１５４）Y13380、（１５５）NM_134472、（１５６）NM_001100992、（１５７）NM_001100986、（１５８）NM_013096、（１５９）NM_012511、（１６０）M21782、（１６１）NM_053592、（１６２）NM_001007742、（１６３）NM_001106547、（１６４）NM_019346、（１６５）NM_133567、（１６６）D89731、（１６７）NM_012925、（１６８）X76697、（１６９）NM_024356、（１７０）NM_022706、（１７１）X54467、（１７２）NM_017187、（１７３）NM_001008882、（１７４）NM_052805、（１７５）X07365、（１７６）NM_001100723、（１７７）NM_138873、（１７８）AF090348、（１７９）NM_012690、（１８０）NM_053730、（１８１）NM_001012028、（１８２）NM_001025691、（１８３）NM_001025411、（１８４）NM_001126270、（１８５）NM_012764、（１８６）NM_001135875、（１８７）M21210、（１８８）D87212、（１８９）NM_001013120、（１９０）NM_001001286、（１９１）NM_001024242、（１９２）NM_001013859、（１９３）NM_053820、（１９４）U22893、（１９５）NM_134353、（１９６）U97667、（１９７）NM_022615、（１９８）NM_019179、（１９９）NM_001109537、（２００）NM_001108304、（２０１）NM_001017491、（２０２）NM_001106192、（２０３）AF410926、（２０４）NM_013069、（２０５）NM_019283、（２０６）NM_053598、（２０７）NM_001012460、（２０８）NM_001009600、（２０９）NM_012778、（２１０）NM_022391、（２１１）NM_001107882、（２１２）NM_001008510、（２１３）NM_001106460、（２１４）NM_001127523、（２１５）NM_017305、（２１６）V01226、（２１７）J00750、（２１８）NM_012766、（２１９）NM_019205
のうちから少なくとも1以上の生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｃ）（Ｂ）で得られた前記遺伝子発現レベルを対応する前記化学物質、曝露量、曝露期間とともに遺伝子発現データとして収集するステップと、
（Ｄ）被検化学物質を適当な濃度で一定期間生体または脾臓由来の細胞試料に曝露させるステップと、
（Ｅ）前記生体由来の前記脾臓組織または前記脾臓由来の細胞試料からｍＲＮＡを単離して、（Ｂ）のステップで選択した生体応答遺伝子に対する遺伝子発現レベルを測定するステップと、
（Ｆ）（Ｅ）で得られた前記遺伝子発現レベルを前記被検化学物質、曝露量及び曝露期間とともに遺伝子発現データとして収集するステップと、
（Ｇ）（Ｆ）で収集された遺伝子発現データを（Ｃ）で収集された照合用の対応する遺伝子発現データと比較するステップと、
を含むことを特徴とする化学物質の毒性検出・予測方法。 - 請求項３３記載の（Ｂ）および（Ｅ）において選択される生体応答遺伝子は、少なくとも５個以上であることを特徴とする、請求項３３記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 請求項３３記載の（Ｂ）および（Ｅ）において選択される生体応答遺伝子は、少なくとも１０個以上であることを特徴とする、請求項３３記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 請求項３３記載の（Ｂ）および（Ｅ）において選択される生体応答遺伝子は、少なくとも２０個以上であることを特徴とする、請求項３３記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 請求項３３記載の（Ｂ）および（Ｅ）において選択される生体応答遺伝子は、少なくとも５０個以上であることを特徴とする、請求項３３記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記生体応答遺伝子は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒトにそれぞれ対応するホモログ、パラログまたはオーソログであることを特徴とする、請求項３３ないし請求項３７のいずれか１つに記載の照合用遺伝子発現データベース作成方法
- 前記脾臓組織または前記細胞試料は、マウス、ラット、イヌ、サルまたはヒト由来であることを特徴とする、請求項３３ないし請求項３８のうちの１つに記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 遺伝子発現レベルの測定は、ＲＴ-ＰＣＲ法、iAFLP（introduced Amplified Fragment Length Polymorphism）法、LAMP（Loop-Mediated Isothermal Amplification）法、nCounter Analysis system、ハイブリダイゼーション法のうちの１つを用いることを特徴とする、請求項３３ないし請求項３９のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記ハイブリダイゼーション法は、マイクロアレイ法又はブロット法であることを特徴とする請求項４０記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記マイクロアレイ法又はブロット法に用いられるプローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であることを特徴とする請求項４１記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項４２記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであることを特徴とする請求項４２または請求項４３記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記遺伝子発現レベルの測定を前記生体応答遺伝子に対応する核酸又は前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質の存在もしくは量を測定することで決定することを特徴とする請求項３３ないし請求項３９のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記遺伝子発現レベルの測定を免疫学的方法によって行うことを特徴とする請求項３３ないし請求項３９のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出・予測方法。
- 前記免疫学的方法は、前記生体応答遺伝子によってコードされるタンパク質又はその断片に対する特異抗体と標的タンパク質との免疫学的複合体を検出する方法であることを特徴とする請求項４６記載の化学物質の毒性の検出・予測方法。
- 前記特異抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、および抗体フラグメントから選択されることを特徴とする請求項４７記載の化学物質の毒性の検出・予測方法。
- 請求項１ないし請求項４８のうちのいずれか１つに記載の方法に用いられるプローブを含むキットであって、該プローブが、前記生体応答遺伝子またはその転写産物に特異的にハイブリダイズする配列を有する分子を含むことを特徴とする化学物質の毒性検出キット。
- 前記プローブは、ヌクレオチド又はタンパク質であることを特徴とする請求項４９記載の化学物質の毒性検出キット。
- 前記ヌクレオチドは、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項５０記載の化学物質の毒性検出キット。
- 前記ヌクレオチドは、前記生体応答遺伝子のセンス鎖又はアンチセンス鎖とハイブリダイズし、10〜100merであることを特徴とする請求項５０または請求項５１記載の化学物質の毒性検出キット。
- 前記ヌクレオチドは、標識化ヌクレオチドであることを特徴とする請求項５０ないし請求項５２のうちいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出キット。
- 前記プローブは、抗体及び/又はアプタマーであるタンパク質であることを特徴とする請求項４９または請求項５０記載の化学物質の毒性検出キット。
- 前記プローブは、少なくとも1つ以上を固体支持体に固定したＤＮＡマイクロアレイ、ＤＮＡチップ、タンパクチップまたは抗体チップを含むことを特徴とする請求項４９ないし請求項５４のうちのいずれか１つに記載の化学物質の毒性検出キット。
- 前記固体支持体は、ガラス、シリコン、プラスチック又は生体膜であることを特徴とする請求項５５記載の化学物質の毒性検出キット。
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|---|---|---|---|---|
| JP2013013384A (ja) * | 2011-07-06 | 2013-01-24 | Medichrome:Kk | 化学物質の生体に対する影響の評価方法 |
| CN107064368A (zh) * | 2017-04-21 | 2017-08-18 | 常州佳德医药科技有限公司 | 衍生化hplc法测定水合肼的方法 |
| CN111724866A (zh) * | 2019-03-22 | 2020-09-29 | 塔塔咨询服务有限公司 | 基于化学信息的化合物的生物响应的自动预测 |
-
2010
- 2010-03-03 JP JP2010046952A patent/JP2010246527A/ja active Pending
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