JP2010161983A - 変異型ギ酸脱水素酵素、これをコードする遺伝子及びnadhの製造方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】特定な配列のアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリン、117番目のトレオニン、153番目のバリン、155番目のヒスチジン、159番目のグルタミン及び227番目のトレオニンからなる群から選ばれる少なくとも2つのアミノ酸残基に相当するアミノ酸残基が他のアミノ酸に置換したアミノ酸配列を含み、耐久性及び/又は比活性が向上した変異型ギ酸脱水素酵素。
【選択図】なし
Description
また、本発明に係るNADHの製造方法は、ギ酸及びNAD+を含む反応系に上述した本発明に係る変異型ギ酸脱水素酵素を作用させるものである。
本発明に係る変異型ギ酸脱水素酵素は、ギ酸脱水素酵素における特定のアミノ酸残基を置換したアミノ酸配列を有する。ここで、ギ酸脱水素酵素としては、詳細を後述する置換対象アミノ酸残基を有し、ギ酸脱水素酵素活性を有するものであれば特に限定されない。すなわち、ギ酸脱水素酵素とは、酵素分類においてEC1.2.1.2に分類され、ギ酸イオンを二酸化炭素に酸化するとともに、NAD+イオンをNADHに還元する反応を触媒する活性を有する酵素である。
本発明に係る変異型ギ酸脱水素酵素は、上述したギ酸脱水素酵素における所定の複数のアミノ酸残基を置換し、アミノ酸置換前のギ酸脱水素酵素と比較して耐久性及び/又は比活性が有意に向上したものである。ここで、置換対象のアミノ酸残基は、配列番号2に示すアミノ酸配列からなるGibberella zeae由来のギ酸脱水素酵素を基準として、N末端から数えた数値として特定することができる。しかしながら、配列番号2に示すアミノ酸配列を基準として具体的数値で特定された置換対象のアミノ酸残基は、ギ酸脱水素酵素の種類によっては異なる数値で表されることとなる。したがって、『配列番号2に示すアミノ酸配列におけるX番目のアミノ酸残基』と表記した場合、配列番号2に示すアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を有するギ酸脱水素酵素についてはX番目とはならず、異なる数値として表現されることとなる。
このグループは、上記参考文献(1)で示された中性非極性アミノ酸のうち、脂肪属性の疎水性側鎖をもつアミノ酸のグループであり、V(Val、バリン)、L(Leu、ロイシン)、I(Ile、イソロイシン)及びM(Met、メチオニン)から構成される。参考文献(1)による中性非極性アミノ酸と分類されるもののうちFGACWPは以下理由で、この「脂肪族疎水性アミノ酸グループ」には含めない。G(Gly、グリシン)やA(Ala、アラニン)はメチル基以下の大きさで非極性の効果が弱いからである。C(Cys、システイン)はS-S結合に重要な役目を担う場合があり、また、酸素原子や窒素原子と水素結合を形成する特性があるからである。F(Phe、フェニルアラニン)やW(Trp、トリプトファン)は側鎖がとりわけ大きな分子量をもち、かつ、芳香族の効果が強いからである。P(Pro、プロリン)はイミノ酸効果が強く、ポリペプチドの主鎖の角度を固定してしまうからである。
このグループは、中性極性アミノ酸のうちヒドロキシメチレン基を側鎖に持つアミノ酸のグループであり、S(Ser、セリン)とT(Thr、スレオニン)から構成される。SとTの側鎖に存在する水酸基は、糖の結合部位であるため、あるポリペプチド(タンパク質)が特定の活性を持つために重要な部位である場合が多い。
このグループは、酸性であるカルボキシル基を側鎖に持つアミノ酸のグループであり、D(Asp、アスパラギン酸)とE(Glu、グルタミン酸)から構成される。
このグループは、塩基性アミノ酸のグループであり、K(Lys、リジン)とR(Arg、アルギニン)から構成される。これらKとRは、pHの広い範囲で正に帯電し塩基性の性質をもつ。一方、塩基性アミノ酸に分類されるH(His、ヒスチジン)はpH7においてほとんどイオン化されないので、このグループには分類されない。
このグループは、全てα位の炭素元素に側鎖としてメチレン基が結合しその先に極性基を有すると言う特徴を持つ。非極性基であるメチレン基の物理的大きさが酷似している特徴を持ち、N(Asn、アスパラギン、極性基はアミド基)、D(Asp、アスパラギン酸、極性基はカルボキシル基)とH(His、ヒスチジン、極性基はイミダゾール基)から成る。
このグループは、全てα位の炭素元素に側鎖としてジメチレン基以上の直鎖炭化水素が結合しその先に極性基を有すると言う特徴を持つ。非極性基であるジメチレン基の物理的大きさが酷似している特徴を持つ。E(Glu、グルタミン酸、極性基はカルボキシル基)、K(Lys、リジン、極性基はアミノ基)、Q(Gln、グルタミン、極性基はアミド基)、R(Arg、アルギニン、極性基はイミノ基とアミノ基)から成る。
このグループには、側鎖にベンゼン核を持つ芳香族アミノ酸であり、芳香族特有の化学的性質を特徴とする。F(Phe、フェニルアラニン)、Y(Tyr、チロシン)、W(Trp、トリプトファン)から成る。
このグループには、側鎖に環状構造を持つと同時に極性も持つアミノ酸で、H(H、ヒスチジン、環状構造と極性基は共にイミダゾール基)、Y(Tyr、チロシン、環状構造はベンゼン核で極性基は水酸基)から成る。
上述した本発明に係る変異型ギ酸脱水素酵素のなかでも、アカカビ由来のギ酸脱水素酵素に由来する変異型ギ酸脱水素酵素は、置換変異前であっても非常に高い比活性を示す。したがって、アカカビ由来のギ酸脱水素酵素に由来する変異型ギ酸脱水素酵素は、他の生物由来のギ酸脱水素酵素由来の変異型ギ酸脱水素酵素と比較して耐久性及び/又は比活性が際だって高いため好ましい。
以上で説明した変異型ギ酸脱水素酵素は、変異導入前のギ酸脱水素酵素と比較して抜群に高い耐久性及び/又は比活性を示すため、従来公知のギ酸脱水素酵素が使用されている反応系のいずれにも優れた代替物として利用することができる。すなわち、従来公知のギ酸脱水素酵素が使用されている反応系において、ギ酸脱水素酵素として上述した変異型ギ酸脱水素酵素を使用することによって、従来の酵素反応と比較して優れた反応効率を達成することができる。
本実施例ではアカカビ由来のギ酸脱水素酵素遺伝子をクローニングし、当該遺伝子に対して複数のアミノ酸残基が置換するように変異を導入し、得られた変異遺伝子に由来するギ酸脱水素酵素における耐久性及び比活性を評価した。
試薬は、特に記載の無い場合ナカライテスク社製のものを使用した。
・リン酸カリウム緩衝液(KPB)
<SolutionA>0.5M KH2PO4 13.6g/200ml
<SolutionB>0.5M K2HPO4 26.13g/300ml
0.5M KPB pH7.5はSolutionAとSolutionBを次の割合で混合。
[SolutionA 16ml]+[SolutionB 84ml]⇒100ml
0.5M KPB pH7.2はSolutionAとSolutionBを次の割合で混合。
[SolutionA 28ml]+[SolutionB 72ml]⇒100ml
0.5M KPB pH6.8はSolutionAとSolutionBを次の割合で混合。
[SolutionA 51ml]+[SolutionB 49ml]⇒100ml
Lysate、Methionine
・1.62M ギ酸ナトリウム
5.5g/50ml 0.5M KPB pH7.5、調製後0.22μmのフィルター(ミリポア社製)で滅菌した。
・16.2mM NAD
581mg/50ml 0.5M KPB pH7.5、調製後0.22μmのフィルター(ミリポア社製)で滅菌した。
・mPMS(DOJINDO社製)
methoxy PMS 0.5mg/mlとなるよう蒸留水で調製した。
・WST1(DOJINDO社製)
8mg/mlに蒸留水で調製した。
LB Broth(Difco社製) 20g/L。オートクレーブして使用した。使用前にアンピシリン(SIGMA社製)を50μg/mlとなるように添加した。
・KOD-Plus-:KOD-Plus-Polymerase [1U/μl] (TOYOBO社製)
25mM MgSO4、2mM dNTP、10×Buffer
・MinElute PCR Purification Kit(QIAGEN社製)
・KOD-Plus-Mutagenesis Kit (TOYOBO社製)
・Protein Assay (BIO-RAD社製)
・BL21(DE3) Competent Cells(Novagen社製)
・100mM IPTG(タカラバイオ社製)
238.31mg/10mlに調製後、0.22μmのフィルター(ミリポア社製)で滅菌した。
・1M MOPS(pH 7.5)
20.927g/100mLで調製後、水酸化ナトリウムでpHを7.5に調製後メスアップした。
(2−1) 微生物株
Gibberella zeaeは独立行政法人製品評価技術基盤機構の関連機関であるNITE Biological Resource Center(以下NBRCと記載)に保存されている株(NBRC No. 4474)を購入し、指定される方法で復元したものをPD(Potato Dextrose)培地を用いて培養した。
(2−2) ギ酸脱水素酵素遺伝子の単離
(2−2−1) ギ酸脱水素酵素遺伝子の増幅
2−1の方法で培養して得た菌体をRNeasy Plant Mini Kit(QIAGEN社製)を用いてTotal RNA(mRNA、rRNA及びtRNA等を含む)を調製した。まず、RNA PCR Kit(タカラバイオ社製)を用いてTotal RNAを鋳型としたcDNA合成をおこなった。表1に反応液組成を示す。
アガロースゲル電気泳動により得られた各種PCR産物のサイズを確認後、MinElute Gel Extraction Kit(QIAGEN製)を用いてアガロースゲルより精製したPCR産物をpT7 Blue T-vector(Novagen製)、JM109 competent cells(タカラバイオ社製)を用いてサブクローニングした(GzFDH/pT7)(図2参照)。単離したギ酸脱水素酵素遺伝子配列はデータベース上に公開されている配列(Genbank No. XP_386303)とアミノ酸レベルで100%の一致を示していた。
2−2−2で作製されたプラスミド(FDH/pT7)を制限酵素NdeI/EcoRIで処理した。表3に反応液組成を示す。制限酵素処理の反応条件としては37℃で2時間とした。
KOD-Plus-Mutagenesis Kitを用いて、以下のプロトコールに従いFDHに部位特異的に変異を導入した。作製した変異体、作製に用いた鋳型/プライマーの組み合わせを表4に示す。また使用したプライマーの配列を表5に示す。
(4−1)大腸菌S30による組換え体FDHの合成
(4−1−1)鋳型の調製
前項(3)で構築したプラスミドを鋳型としてPCRを行った。この増幅産物を翻訳反応の鋳型として用いた。PCRでは、一対のプライマーとしてSingle-F及びSingle-R1を使用した。PCRの反応液組成を表6に示した。
Single-R1 5’-TCC GGA TAT AGT TCC TCC TTT CAG-3’ (配列番号24)
4−1−1で精製したDNA断片を鋳型としてEcoPro T7 system(Novagen社製)を用い翻訳反応を行った。方法はキットのプロトコールに従った。
S30(大腸菌粗抽出液)中における変異酵素の耐久性を加速試験により評価した。手順を以下に示す。4−1−2で調製した翻訳産物を1.8μlずつPCRチューブに分注し、サーマルサイクラー47℃で加熱した。加熱開始から10、20、40及び60分ごとにチューブを取り出し氷につけて冷却した。その後、表7に示す組成の活性測定用試薬のチューブに98μlずつ添加した。その後、サーマルサイクラー37℃で加熱(30分程度)し、チューブを取り出し氷につけて反応を停止させた。
mPMS(還元型) + WST1 → mPMS + 黄色ホルマザン(37000/M・cm、438nm)
(4−3−1)発現誘導
G.zeae由来FDH(野生型および変異体)の発現は以下のように行った。使用菌株としては前項(3)で構築した組換え体プラスミドを導入した大腸菌BL21(DE3)株を使用した。LB培地 5mlを使用して37℃で22時間の前培養を行った。前培養の培養液が1.5%となるように、LB培地 500mlに植菌し、 37℃で4時間(O.D.600:3〜)の本培養を行った。また、タンパク質の発現を誘導する誘導培養として、終濃度1mMとなるようにIPTGを添加し、20℃で16時間(O.D.600:3.5〜4.1)培養した。
(4−3−1)で得た菌体を冷却しながら破砕し、粗抽出液を調製した。集菌後の湿菌体重量を測定し、10mM KPB(pH7.5)を10倍量(湿菌体重量1gに対し10mlの割合)、マルチビーズショッカー専用グラスビーズ0.1mm(安井器械株式会社製)をKPBと等量(KPB10mlに対して10gの割合)を添加した。破砕にはマルチビーズショッカー(安井器械株式会社製)を用いた。
前項4−3−2で調製した粗抽出液をHiTrap Q FFカラム 5ml(GEヘルスケアバイオサイエンス社製)により分画した。手順を以下に示す。先ず、10mM KPB(pH7.5) 25mlを流速1ml/minでカラムに供給して平衡化を行った。次に、粗抽出液を流速1ml/minで供給し、タンパク質成分を結合させた。次に、10mM KPB(pH7.5) 25mlを流速1ml/minでカラムに供給し、洗浄を行った。次に、10mM KPB(pH7.5)をベースとしてNaCl(10ml, 0〜200mM)のグラジエントを流速0.5ml/minでカラムに供給し、溶出を行った。なお、1つのフラクションが0.5mlとなるように分画した。最後に、10mM KPB(pH7.5)及び500mM NaCl 15mlを流速1ml/min でカラムに供給し、洗浄を行った。
前項3−3−3で得たFDH活性含有フラクションを用いて二次精製を行った。各フラクションを一つにまとめ、Amicon Ultra-15(30kDaカット)(ミリポア社製)を用いて5000rpmで4℃にて30分間遠心分離し、脱塩後10mM KPB(pH7.2)で15ml程度に希釈した。二次精製にはEcono-Pac CHT-IIカラム 5ml(BIO-RAD社製)を使用した。手順を以下に示す。
Protein Assay試薬を用いたブラッドフォード法を使って、精製後のタンパク濃度定量を行った。次に、その値をもとに、タンパク濃度が0.07mg/mlとなるように1mM MOPS(pH7.5)で調整した。
(4−4−1)37℃における耐久時間
4−3−5で得た精製酵素溶液を0.2mlチューブ(BIO-RAD社製)に5μlずつ分注し、サーマルサイクラー(BIO-RAD社製)37℃で0、6、20、24及び30時間後の残存活性を測定した。結果を図5に示す。
4−3−5で得た精製酵素溶液を用いて、FDH活性を測定した。表8に示した組成の反応液を使用した以外は、前記(4−2)と同様にしてFDH活性を測定した。結果の一例を図6に示す。
前記(4−2)で行った耐久性評価試験(加速試験)、(4−4−1)で行った耐久性試験及び(4−4−2)で行った比活性試験の結果を表9に纏めて示す。
Claims (18)
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリン、117番目のトレオニン、153番目のバリン、155番目のヒスチジン、159番目のグルタミン及び227番目のトレオニンからなる群から選ばれる少なくとも2つのアミノ酸残基に相当するアミノ酸残基が他のアミノ酸に置換したアミノ酸配列を含み、耐久性及び/又は比活性が向上した変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における117番目のトレオニンに相当するトレオニンがアラニンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における155番目のヒスチジンに相当するヒスチジンがグルタミンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における159番目のグルタミンに相当するグルタミンがロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における227番目のトレオニンに相当するトレオニンがセリンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、227番目のトレオニンに相当するトレオニンがセリンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における117番目のトレオニンに相当するトレオニンがアラニンに置換するとともに、227番目のトレオニンに相当するトレオニンがセリンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、117番目のトレオニンに相当するトレオニンがアラニンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、155番目のヒスチジンに相当するヒスチジンがグルタミンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、159番目のグルタミンに相当するグルタミンがロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、155番目のヒスチジンに相当するヒスチジンがグルタミンに置換するとともに、159番目のグルタミンに相当するグルタミンがロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、159番目のグルタミンに相当するグルタミンがロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、155番目のヒスチジンに相当するヒスチジンがグルタミンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列からなるギ酸脱水素酵素における99番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、153番目のバリンに相当するバリンがイソロイシンに置換するとともに、155番目のヒスチジンに相当するヒスチジンがグルタミンに置換するとともに、159番目のグルタミンに相当するグルタミンがロイシンに置換したアミノ酸配列を有することを特徴とする請求項1記載の変異型ギ酸脱水素酵素。
- 請求項1乃至16いずれか一項記載の変異型ギ酸脱水素酵素をコードする遺伝子。
- ギ酸及びNAD+を含む反応系に請求項1乃至16いずれか一項記載の変異型ギ酸脱水素酵素を作用させる、
NADHの製造方法。
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