JP2009503498A - 固相緩衝剤を使用した等電点に基づくタンパク質の分離 - Google Patents

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Abstract

それぞれ固体緩衝剤およびイオン交換樹脂を含む、一連のクロマトグラフィー材料の使用を通じて、タンパク質をそれらのpI値に基づいて混合物から分離できる。各固体緩衝剤は安定したpHを発生させるので、通過するタンパク質は正味電荷を有して、適切なイオン交換体の手段によって分離できる。このようにして、同定および研究のためにタンパク質が複雑な生体液から分離できる。

Description

背景
細胞、組織、または流体などの所定の生物学的環境内で発現されるひとそろいのタンパク質の分析であるプロテオミクスは、生物医学研究の主要な焦点になっている。150種を超えるゲノムがカタログ化されているが、生体系の疾患および正常動作状態間の違いを真に機能的に理解するには、遺伝子と発現タンパク質との相関が必要である。多くの遺伝子は、例えばいわゆるスプライセオソームによる処理、いわゆるRNA干渉(「RNAi」)による制御、または翻訳後の変性を通じて間接的に制御されるので、遺伝子転写分析はこの相関を解明できない。したがって、遺伝子−生成物関係を明らかにするためには、タンパク質のカタログを最初に導き出さなくてはならない。
タンパク質をカタログ化できる前に、その天然環境からそれを単離しなくてはならない。混合物中のタンパク質は、それらの等電点に基づいて効果的に分離できる。分子の等電点(pI)は分子が正味電荷を保有しない点のpHである。等電点電気泳動はこの特質を活用し、それらの酸性および塩基性残基の相対含量に基づいて、タンパク質を分離する。簡単に述べると、確立されたpH勾配を有するか、または電流を印加した後にこのような勾配を確立できる、ポリアクリルアミド、デンプン、アガロースなどから構成されるゲル内にタンパク質を導入する。この勾配は、異なるpI値を有する小型ポリマーである高分子両性電解質の混合物に電気泳動法を施して確立される。ふるい効果を排除するために、ゲルの孔は非常に大きく作られる。タンパク質がゲル中に導入されて電界が印加されると、それらはpHがタンパク質の等電点と等しいゲル中の位置に到達するまで移動する。等電点電気泳動はpI値の違いが0.01程度に小さなタンパク質を解明できるが、技術は労働集約的であり高速大量処理では扱いにくい。
電界内のタンパク質を精製するために、等電位膜がある多区画電解槽(ME)が1989年に導入された。MEは、タンパク質分解性基を保有するアクリルアミドおよびアクリルアミドモノマーの架橋コポリマーを含んでなる膜を利用する。しかし、連続膜の使用はいくつかの欠点を呈する。ポリアクリルアミドの機械的特徴のために、ゲルは硬質支持材に物理的に接着して、それが崩壊することを防止しなくてはならない。また、支持材は、タンパク質に対して透過性であるために、高度に多孔性の構造を有さなくてはならない。さらに膜の機械的脆弱性は、MEの工業規模の応用を邪魔する。
クレティック(Cretich)ら著、「Electrophoresis」、24:577〜581頁、2003年、は先行技術の連続膜を逆エマルジョン重合工程で得られた同一のコモノマー組成物のゲルビーズ床で置き換えることを提案する。開示された等電位ビーズは膜の機械的脆弱性なしに安定したpHを与えるが、技術は電界に依存して混合物中のタンパク質を分離する。
したがってタンパク質をpI値に基づいて分離する、より効果的な方法に対する必要性が存在する。
要約
したがって、一の態様では、固体緩衝剤およびイオン交換樹脂を含んでなるクロマトグラフィー材料が提供される。いくつかの実施形態では、固体緩衝剤は異なるpKのモノマーから得られた架橋ポリマーを含んでなる。その他の態様では、固体緩衝剤およびイオン交換樹脂は、同一または異なる固体担体に付着できる。一例では、固体担体は粒子である。別の例では、固体緩衝剤のための固体担体は、実質的に表面から内側に延びる複数の腔を有する多孔性粒子を含む。また、固体担体は、膜またはモノリスを含むことができる。その他の実施形態では、固体緩衝剤およびイオン交換樹脂が固体担体に付着していない。
一例では、クロマトグラフィー材料は、(i)5,000Daよりも低い排除限界を有して、(ii)直径が約50μmを超える粒子に付着する固体緩衝剤を含む。別の例では、クロマトグラフィー材料は、(i)3,000Daの排除限界を有して、(ii)約150μmの粒子に付着する固体緩衝剤を含む。
イオン交換樹脂は、アニオンまたはカチオン交換体を含むことができる。
別の態様では、一連の容器を含む装置が提供され、系列内の第1の容器は流体入り口を含み、系列内の最後の容器は流体出口を含み、系列内の各容器は系列内の次の容器と流体連通し、系列内の各容器は固体緩衝剤およびイオン交換樹脂を含む異なるクロマトグラフィー材料を含み、容器は、イオン交換樹脂タイプに従って、クロマトグラフィー材料のpHに従って、増大するか、または低下する順に配列される。最上部から底部までの固体緩衝剤の順序がpH減少の順である場合、イオン交換樹脂はカチオン交換体である。最上部から底部までの固体緩衝剤の順序がpH増大の順である場合、イオン交換樹脂はアニオン交換体である。一例では、固体緩衝剤はpH約11以下の最高pHを有し、固体緩衝剤はpH約3以上の最低pHを有する。
別の例では、容器はマルチウェルフロープレートのウェルであり、系列内の各容器は脱着式導管によって連接する。また、容器は、積み重ねるとフローカラムを形成する、積み重ね可能なカートリッジを含むことができる。
一例では、イオン交換樹脂はアニオン交換体であり、容器は固体緩衝剤のpHに従って増大する順に配列されるのに対し、別の例ではイオン交換樹脂はカチオン交換体であり、容器は固体緩衝剤のpHに従って低下する順に配列される。
別の実施形態では、タンパク質は、(A)2つ以上のタンパク質の混合物を一連のクロマトグラフィー材料に適用するステップと、(B)系列内の最後のクロマトグラフィー材料から通過物を収集するステップと、(C)各クロマトグラフィー材料からタンパク質を別々に脱離させるステップによって、等電点に基づいて分離でき、各クロマトグラフィー材料は(1)固体緩衝剤および(2)イオン交換樹脂を含み、固体緩衝剤はイオン交換体のタイプに従って増大するか、または低下する順に配列される。
本発明のその他の目的、徴群、および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。この詳細な説明から、本発明の精神と範囲内で様々な変更と修正ができることは当業者には明らかであるので、詳細な説明および具体例は好ましい実施形態を示しながら、あくまでも例示するために提供される。さらに実施例は本発明の原理を実証するものであり、先行技術当業者にとってそれが明らかに有用なあらゆる例に対する本発明の応用を具体的に例示することは、期待できない。
詳細な説明
本発明は、操作者により選択されるpHで稼働するイオン交換クロマトグラフィー材料を提供する。クロマトグラフィー材料は、それを入れた溶液のpHを安定化する、イオン交換樹脂と固体緩衝剤との組み合わせを含む。イオン交換材料は、例えばpH3〜pH11の一般にクロマトグラフィーで使用されるpH範囲内で荷電される。
タンパク質は、それぞれ固体緩衝剤およびイオン交換樹脂を含む、本発明の一連のクロマトグラフィー材料を使用して、それらのpIに基づいて混合物から分離できる。各固体緩衝剤は、水溶液に所定のpHを与える両性高分子を含む。したがって、各クロマトグラフィー材料は特定のpHを生じる。クロマトグラフィー材料を通過して、それと異なるpIを有するタンパク質は、そのpIがそれぞれクロマトグラフィー材料のpH未満であるか、それを上回るか、またはそれと同一であるかどうかにより、正味正電荷または正味負電荷のいずれかを有するか、または中性である。環境pHにおいてその電荷がイオン交換樹脂の反対であるタンパク質はイオン交換体に結合するのに対し、中性または同一電荷のタンパク質は非結合のままクロマトグラフィー材料を通過する。すなわち、例えば固体緩衝剤のpHで負に帯電したタンパク質が陰イオン交換樹脂に結合する。次に捕捉されたタンパク質をクロマトグラフィー材料から溶出できる。本発明の一実施形態では、各固体緩衝剤が異なるpHを生じる一連のクロマトグラフィー材料(固体緩衝剤とイオン交換樹脂との混合物)が順番に配列される。異なるタンパク質は異なるpHレベルで荷電するので、系列内の各クロマトグラフィー材料のイオン交換樹脂は、混合物中のタンパク質の部分集合を捕捉する。このようにして血清、尿、CSF、ならびに可溶性組織抽出物などの生体液からのタンパク質をそれらの等電点の関数として分離できる。
1.クロマトグラフィー材料
本発明のクロマトグラフィー材料は、イオン交換樹脂と組み合わさった固体緩衝剤を含む。好ましい実施形態では、これらのそれぞれが固相に付着する。特に、本発明は、イオン交換樹脂と混合された固体緩衝剤ビーズまたは粒子を含む組成物を考察する。別の実施形態では、固体緩衝剤およびイオン交換樹脂は、固相に付着していない。別の実施形態では、緩衝およびイオン交換特性は同一粒子内で結びついている。
1.1 固体緩衝剤
用語「固体緩衝剤」とは、それぞれが異なるpKを有する、イオン化できるモノマーから得られる両性、架橋、不溶性の高分子を意味する。固体緩衝剤は、希釈電解質の水溶液に所定のpHを与え、それは酸性またはアルカリ性分子が添加されるとpHを維持する。これらの物理化学的特性に加えて、この文献で有用な固体緩衝剤は小孔を含み、材料に例えば5000Daよりも低い低排除限界を与える。
低排除限界は、小型イオンの完全な拡散を維持しながら、架橋モノマー内部にタンパク質が拡散するのを防止する。このような限定的拡散は、固体緩衝剤の非特異的結合の危険性を最小化する。いくつかの実施形態では、固体緩衝剤は5000Da、4000Da、または3000Daよりも低い排除限界を含んでなる。小孔がある両性高分子は、比較的濃縮されたモノマー溶液および/または高度架橋モノマーを使用して発生させることができる。
一の態様では、固体緩衝剤はポリマーであることができる。例えば固体緩衝剤は、ポリアクリルアミドまたはブロックコポリマーであることができる。別の例では、固体緩衝剤は、所定のpH近辺の緩衝力に到達するように異なるpKのアクリルアミドモノマーを組み合わせて製造できる。
固体緩衝剤は、ポリマー化学および生化学の技術分野で使用される日常的化学物質および方法を使用して調製できる。一般に、特定pHのための固体緩衝を剤作り出すために、数mMから数百mMの範囲に及ぶことができる濃度において対応するpKを有するモノマーが選択され、相補的モノマーによってそのpKに近いか、または同一のpHに滴定される(例えば、選択されるモノマーが8.0のpKを有する場合、それはpKが4.5よりも低いモノマーを使用して8.0に近いpHに滴定される)。所望のpKのモノマーが入手できなければ、モノマー混合物(所望のpKを上回るpK、およびそれ未満のpK)を使用でき、2つのpK間のpHへの滴定がそれに続く。次にpH調節済みモノマー溶液に、適切な架橋試薬および重合触媒を、重合を引き起すのに十分な比率で添加して、固体緩衝剤粒子を発生させる。
多様なモノマーは市販される。例示的モノマーとしては、N−アクリロイルグリシン、4−アクリルアミド酪酸、2−モルホリノエチルアクリルアミド、3−モルホリノプロピルアクリルアミド、N,N−ジメチルアミノエチルアクリルアミド、およびN,N−ジメチルアミノプロピルアクリルアミドが挙げられるが、これに限定されるものではない。
イモビラインもまた使用して、固体緩衝剤を作成できる。イモビラインは、一般式、
Figure 2009503498
(式中、
Rは特徴的なpIを提供する基を含む)に従うアクリルアミド誘導体である。例えば、米国特許第4,971,670号明細書を参照されたい。この特性決定は原則として多くの分子を包含するが、アマーシャム(Amersham)は、特に等電位ゲルおよびポリマーを作り出すのに適したイモビライン(IMMOBILINE)(登録商標)の下に市販される分子を製造する。イモビライン(IMMOBILINE)(登録商標)コレクションの分子としては、括弧内に示すpIを有する以下が含まれる。N−アクリロイルグリシン(pK3.6)、4−アクリルアミド酪酸(pK4.6)、2−モルホリノエチル−アクリルアミド(pK6.2)、3−モルホリノプロピルアクリルアミド(pK7.0)、N,N−ジメチルアミノ−エチルアクリルアミド(pK8.5)、およびN,N−ジメチルアミノプロピルアクリルアミド(pK9.3)(ひとまとめにして「イモビライン」)。あらゆるイモビラインをモノマーとして組み合わせることができ、アクリルアミドおよびN,N’−メチレンビスアクリルアミドまたは別の適切な架橋剤と共重合させて、所望のpI特異的ポリマーを生成できる。アクリルアミドは、N−イソプロピルアクリルアミド、メチルアクリルアミド、メチロールアクリルアミドジメチルアクリルアミド、ジエチルアクリルアミド、トリス(ヒドロキシメチル)メチルアクリルアミドなどのその他の非イオン性アクリルアミド誘導体で置換できる。
モノマーの組み合わせおよび濃度の選択を助けて、特定pHの固体緩衝剤を製造するための多様な資源を利用できる。例えばリゲッティ(Righetti)、ストヤノフ(Stoyanov)、およびジューコフ(Zhukov)編、「クロマトグラフィー・ライブラリー・ジャーナル(JOURNAL OF CHROMATOGRAPHIC LIBRARY)」、第63巻、12章、2001年、でモノマーの組み合わせの配合表が提供される。アマーシャム・バイオサイエンシズ(AMERSHAM BIOSCIENCES)は、その「プロトコルガイド#1:タンパク質のイソプライム精製のための等電膜配合(Protocol Guide #1:Isoelectric Membrane Formulas for IsoPrime Purificationof Proteins)」で、同様の配合表を提供する。http://www4.amershambiosciences.com/aptrix/upp00919.nsf/(FileDownload)?OpenAgent&docid=FD3302088BD37BC6C1256EB400417E5C&file=80635018.pdfを参照されたい。
モノマー濃度の選択のためのアルゴリズムもまた利用できる。例えばジャフレーダ(Giaffreda)ら著、「J.Chromatog.」630:313〜327頁、1993年を参照されたい。さらにポリマーのpIを判定する技術については、当該技術分野でよく知られている。このような方法の例としては、リベイロ(Ribeiro)ら著、「Computers in Biology & Medicine」20:235〜42頁、1990年、リベイロ(Ribeiro)ら著、上記引用文、21:131〜41頁、1991年、およびシレロ(Sillero)ら著、Analytical Biochemistry179:319〜25頁、1989年、が挙げられる。
一の実施形態では、参照によって本明細書に援用する国際出願第PCT/US2005/007762号明細書で述べられる粒子を固体緩衝剤として使用できる。
別の実施形態では、固体緩衝剤が固体担体腔内で重合される。その他の実施形態では、固体緩衝剤は、粒子中の腔の内部孔容量により形成される内外面などの固体担体の内外面に付着される。付着は、化学結合またはその他の手段によることができる。
アミノ酸およびペプチドは確定等電点を有するので、このような表層を提供できる。したがっていくつかの実施形態では、固体緩衝剤は2つ以上のアミノ酸を含んでなる。アミノ酸は、20の天然アミノ酸のいずれかであることができ、またはアミノ酸は合成アミノ酸であることができる。有用なアミノ酸としては、リジン、アルギニン、グルタミン酸、アスパラギン酸、セリン、システイン、スレオニン、チロシン、アスパラギン、グルタミンをはじめとする、20の天然アミノ酸の中でイオン化できる側鎖を有するものが挙げられる。さらに確定pI値を有し、上述のように粒子内外面に付着できるその他の化合物が、本発明で使用できることも当業者によって理解される。リンカーを使用して、粒子表面に付着部位を提供できる。
一般に固体緩衝剤は、それ自体がタンパク質を吸着できてはならず、イオン交換体と同一濃度を有し、所望のpHで良好な緩衝能を有するべきである。
1.2 固体担体
用語「固体担体」とは、そこにイオン交換ポリマーまたは固体緩衝剤が付着または装入されて、低濃度下でのポリマー崩壊を防止できる固体多孔性材料を意味する。
クロマトグラフィー材料は、多様な固体担体を利用できる。この文脈中での例示的な固体担体は、粒子、膜、およびモノリスである。「モノリス」とは、一般に、多孔性の単一材料片であり、それにクロマトグラフィーのリガンドを付着できる。一般にモノリスは、例えば1cmのモノリスあたり0.5mLを超えるような、ビーズよりも明らかに大きな容積を有する。
一の実施形態では、固体担体は、表面から内側に延びる複数の腔を有する実質的に多孔性の粒子を含む。粒子は、好ましくは分離する生物学的抽出物に適合する大きさ、機械的強度、および浮揚性を有する。一の実施形態では、粒子は、シリカ、チタニア、ジルコニア、ハフニア、アルミナ、ガリア、スカンジア、イットリウム、酸化アクチニドなどの1つ以上のミネラル酸化物、または希土類ミネラル酸化物を含む。
固体緩衝剤のための固体担体として多孔性粒子を用いる場合、比較的大きな粒子を使用して、粒子容積と比べて外面積を最小化でき、それによってタンパク質の非特異結合の危険性を低下できる。いくつかの実施形態では、粒子は約50μmを超え、または約100μmを超え、または約200μmを超える直径を有する。一例では、約150μmの粒子が固体緩衝剤のための固体担体として使用される。粒子の孔容量は、総粒子容積の10〜70%の範囲であることができる。
あるいは、多孔性可塑性ビーズが、固体担体の役割を果たすことができる。ポリスチレンは、クロマトグラフィーのための孔を有するビーズに形成できるよく知られているポリマーである。例えば、メチルメタクリル酸などのアクリル樹脂ベースのもの、ならびに多孔性ナイロン、多孔性ポリビニルプラスチック、およびポリカーボネートなどのその他の合成ポリマーもまた使用できる。多孔性粒子体の追加的例は、それぞれ参照によって本明細書に援用する、米国特許第6,613,234号明細書、米国特許第5,470,463号明細書、米国特許第5,393,430号明細書、および米国特許第5,445,732号明細書で述べられる
2.イオン交換樹脂
イオン交換クロマトグラフィーは、それらの正味電荷に基づいて化合物を分離する。負にまたは正に帯電した官能基は、固体担体マトリックスに共有結合して、それぞれカチオンまたはアニオン交換体のどちらかを生じる。荷電した化合物が反対に荷電した交換体に適用されると、それは吸着される一方、中性のまたは同一電荷を有する化合物は、カラムのボイド容量内に溶出する。荷電化合物の結合は可逆的であり、吸着された化合物は一般に、塩またはpH勾配により溶出される。
用語「イオン交換樹脂」とは、正または負の符号で、単一群のイオン性基を保有する、固体多孔性網目状組織(ミネラルまたは有機または複合材)を指す。正に帯電したイオン群(アニオン交換体)は、例えば四級、三級、および二級アミンおよびピリジン誘導体である。負に帯電したイオン群(カチオン交換体)は、例えばスルホネート、カルボキシレート、およびホスフェートである。
イオン交換樹脂の選択は、分離する化合物の特性に左右される。両性化合物では、化合物のpIと様々なpH値におけるその安定性が分離ストラテジーを決定する。そのpIを超えるpHでは、関心のある化合物は負に帯電し、そのpI未満のpHでは化合物は正に帯電する。したがって化合物がそのpIを超えるpHで安定している場合、陰イオン交換樹脂が使用される。反対にそのpI未満のpHで化合物が安定している場合、カチオン交換樹脂が使用される。稼働pHもまた、使用する交換体タイプを決定する。強イオン交換樹脂は、広範なpH範囲にわたり能力を維持するのに対し、弱イオンのものは、pHがその官能基のpKと一致しなくなると能力を失う。
アニオン交換体は、弱いか、または強いかのどちらかに分類できる。弱アニオン交換体上の荷電群は弱塩基であり、それは高pHで脱プロトン化され、したがってその電荷を失う。DEAE−セルロースが弱アニオン交換体の例であり、アミノ基はpH約9未満で正に帯電でき、より高いpH値ではその電荷を徐々に失う。一方、強アニオン交換体は四級アミンなどの強塩基を含有し、それはイオン交換クロマトグラフィーで通常使用されるpH範囲(pH2〜12)全体を通じて、正に帯電したままである。
カチオン交換体もまた、弱いか、または強いかのどちらかに分類できる。強カチオン交換体は強酸(スルホプロピル基など)を含有して、pH1〜14で荷電したままであるのに対し、弱カチオン交換体は、弱酸(カルボキシメチル基など)を含有し、pHが4または4.5未満に低下するに従ってその電荷を徐々に失う。
本発明の一の実施形態では、四級アミンまたはスルホン酸などの強イオン交換体が使用される。三級アミンおよびカルボン酸などの弱イオン交換体もまた、例えば5〜8の間のpIを有するタンパク質を分離する場合に使用できる。
表1は一般的なイオン交換体の一覧を提供する。
Figure 2009503498
イオン交換樹脂は、当該技術分野でよく知られている。本発明で有用な市販されるイオン交換体としては、QハイパーD、SハイパーD、Qセファロース、Sセファロース、QハイパーZ、およびCMハイパーZが挙げられるが、これに限定されるものではない。これらの樹脂は固体緩衝剤ビーズと混合して、例えば、本発明のクロマトグラフィー材料を製造できる。
クロマトグラフィー材料は、5%〜95%の一定容積のイオン交換体を含むことができ、残部は固体緩衝剤である。
3.クロマトグラフィー材料の使用
混合物からタンパク質をそれらのpIに基づいて分離するのに有用なクロマトグラフィー材料は、固体緩衝剤とイオン交換樹脂とを組み合わせて製造できる。一の実施形態では、それぞれ異なる固体担体に付着する固体緩衝剤とイオン交換樹脂とを組み合わせて、混合物を形成する。一の態様では混合物は混合粒子床である。
別の実施形態では、クロマトグラフィー材料は、膜またはモノリスなどの単一固体担体に付着する固体緩衝剤とイオン交換樹脂とを含む。別の例では、単一粒子上でイオン交換樹脂と固体緩衝剤とを組み合わせる。この実施形態では、粒子に付着する固体緩衝剤を最初に調製し、次に固体緩衝剤上にイオン交換特性と大型孔を持つポリマーを形成する。
本発明のクロマトグラフィー材料を通過するタンパク質は、それらのpIが、それぞれ、固体緩衝剤により発生するpH未満か、それを上回るか、またはそれと同一かどうかにより、正味正電荷または正味負電荷のどちらかを有し、または中性である。環境pHにおいてその電荷がイオン交換樹脂と反対のタンパク質がイオン交換体に結合するのに対し、中性または同一電荷のタンパク質は非結合のままであり、クロマトグラフィー材料を通過する。すなわち、例えば固体緩衝剤のpHで負に帯電したタンパク質は、それがアニオン交換体であればイオン交換樹脂に結合する。次に捕捉されたタンパク質が、クロマトグラフィー材料から溶出できる。したがって、本発明のクロマトグラフィー材料は、pIに基づいてタンパク質分離するのに有用である。
別の実施形態では、タンパク質は、一連のクロマトグラフィー材料を使用して、それらの各pIに基づいて混合物から分離される。異なるクロマトグラフィー材料を含む多段階カラム中で、不連続のpH勾配を発生させる。このようなカラムを通過する混合物中のタンパク質は、カラム内のそれらの位置に従って様々にイオン化するようになる。タンパク質がイオン交換樹脂と反対の電荷を得ると、それはそれに結合する。このようにしてカラム内を通過する混合物はそれがカラムの異なるセクションを横切る際に、1つのタンパク質カテゴリーが枯渇する。
したがって、本発明の装置は、それぞれ(最上部から底部へ)pH9、7、および5の固体緩衝剤を含む一連のクロマトグラフィー材料、およびカチオン交換体を含むことができる。最初に、生物学的抽出物サンプルを、pH9の固体緩衝剤を保持する容器に適用する。pH9を上回るpIを有するタンパク質はこの環境では正に帯電するので、クロマトグラフィー材料のイオン交換体部分に結合する。ほとんどの生物学的抽出物中では、これはタンパク質種の少数派に相当する。中性または負に帯電したタンパク質は結合せず、容器から溶出する。次にこの溶出液をpH7の固体緩衝剤を保持する容器に装入する。このpHでは、7を上回るpIを有するタンパク質は正に帯電し、イオン交換体に結合する。中性および正に帯電したタンパク質は結合せず、クロマトグラフィー材料を保持する容器から溶出する。したがってクロマトグラフィー材料のこのセクションは、7〜9の間のpIを有する捕捉タンパク質を有し、9を上回るpIを有するタンパク質はクロマトグラフィー材料の第1のセクション上に既に捕捉されている。次に、この第2の溶出液を固体緩衝剤がpH5のクロマトグラフィー材料を保持する第3の容器に装入する。上述と同様の機序に従って、pIが5〜7の間のタンパク質はカチオン交換体によって捕捉され、pIが5以下のタンパク質は捕捉されずに溶出液中に見出される。その後、従来の手段に従って、様々な容器から結合タンパク質が溶出できる。したがって、タンパク質は、pIに従って、9を上回るpI、7〜9の間のpI、5〜7の間のpI、5未満のpIを有する画分に分画される。同様にして、pHが増大する固体緩衝剤から構成されるクロマトグラフィー材料を使用して、カチオン交換クロマトグラフィーによってタンパク質を分画できる。
一の態様では、系列は2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12の異なるクロマトグラフィー材料を含むことができる。上述のように、クロマトグラフィー材料は、それぞれ、アニオン交換体またはカチオン交換体が使用されるかどうかによって、pHが増大するか、または低下する順に配列される。
クロマトグラフィー吸着材に装入するための溶液を調製するにあたり、例えば塩化ナトリウムまたは塩化カリウムなどの単純塩のような電解質が使用できる。しかし、生体分子は電解質として機能できるので、純水も使用できる。また、調節剤も混合物に添加してタンパク質凝集を防止できる。このような調節剤の例としては、尿素または非イオン性洗剤などのグリコールおよび非イオン性カオトロピック剤が挙げられるが、これに限定されるものではない。
結合タンパク質は、イオン交換樹脂からタンパク質を溶出できるあらゆる化学成分を使用して脱離できる。最も一般には、塩溶液を使用してタンパク質を脱離する。しかし、また、pH変化も使用でき、ならびに置換剤も使用できる。
別の実施形態では、一連の容器を含む装置が提供され、系列内の第1の容器は流体入り口を含み、系列内の最後の容器は流体出口を含み、系列内の各容器は系列内の次の容器と流体連通しており、系列内の各容器は異なるクロマトグラフィー材料を含み、容器はクロマトグラフィー材料のpHに従って増大するか、または低下する順に配列される。
一の実施形態では、クロマトグラフィー材料は、入り口および出口を有するカートリッジまたは容器セグメントに含有される。セグメントは互いに積み重ね可能であり、脱着可能である。セグメントはそれぞれ異なるクロマトグラフィー材料を含有する。それらはクロマトグラフィー材料を定位置に保持するフィルターまたは膜を含有できる。端と端とを付着すると、セグメントはその中に溶液を注入できるカラムを作り出す。流体が全てのセグメント通過した後、セグメントを互いに脱着して、各セグメントから捕捉されたタンパク質を溶出できる。例えば、シュルツ(Schultz)らに付与された国際公開第03/036304号パンフレットを参照されたい。
別の例では、容器は、マルチウェルフロープレートのウェルであり、系列内の各容器は脱着式導管によって連接する(図1)。一の態様では、プレートはドリッププレートまたはフィルタープレートなどのマイクロタイタープレートであることができる。しかし、その他の実施形態では、プレートは、部品のどちらかの側に開口して導管が穿孔開口分に付着する場合にチャンバーを画定する、穿孔などの溝を含んでなる部品を含むことができる。好ましくは、チャンバーは実質的に平面に配列される。例示的な装置については、参照によって本明細書に援用する米国仮特許出願第60/684177号明細書で述べられる。
マルチウェルフロープレート中では、チャンバーおよび導管の組み合わせが流体経路を画定し、それによって流体をチャンバーからチャンバーに汲み上げることができる。系列内の各チャンバーは、複雑なサンプル中の分析物の異なる部分集合を捕捉できる、異なるクロマトグラフィー材料を含む。この装置の特有の有用性は、導管が脱着式であるのでクロマトグラフィー材料によって捕捉された分析物が、例えば分析物をチャンバーから溶出することで単離できることである。ひとたび単離されると、分析物はあらゆる利用できる方法によって検出または分析できる。
このような実施形態の一例では、流体は(例えば、縦列または横列)系列内の1つのチャンバーを通じて下向きに、系列内の次のチャンバーを通じて上向きに、系列内の次のチャンバーを通じて下向きに、系列内の次のチャンバーを通じて上向きにと、交互に押し出される。より具体的には、系列内の第1のチャンバー底部開口部(例えば、縦列または横列)は、系列内の第2のチャンバー底部開口部と連接してもよい。第2のチャンバーの最上部開口部は、その横列(または縦列)内の第3のチャンバーの最上部開口部と連接してもよい。連接する底部から底部および最上部から最上部の配列は、第1のチャンバーの最上部から底部、次に第2のチャンバーの底部から最上部、次に第3のチャンバーの最上部から底部などを移動する流路を発生させる。
別の例では、流体は、系列内の各チャンバーを通じて下向きに押し出される。より具体的には、縦列(または横列)内の第1のチャンバーの底部開口部は、その縦列(または横列)内の第2のチャンバーの最上部開口部と連接してもよい。第2のチャンバーの底部開口部は、その横列(または縦列)内の第3のチャンバーの最上部開口部と連接してもよい。連接する底部から最上部の配列は、第1のチャンバーの最上部から底部、第2のチャンバー最上部から底部、第3のチャンバーの最上部から底部などを移動する流路を発生させる。
さらにここで述べられる材料、方法、および装置を追加的材料および装置と組み合わせて使用して、分離タンパク質に関する追加的分析的情報を提供できる。例えば分離タンパク質に、さらなる分離または、例えばSELDIによるゲル電気泳動法または質量分析法による分析のどちらかを実施できる。このようにして分離タンパク質を効果的に同定できる。
ここで述べられる実施例および実施形態はあくまでも例示を目的とし、それを踏まえた様々な修正または変更が当業者に提案されて、本出願の精神と範囲および添付の特許請求の範囲内に含まれるものと理解される。
実施例1.pH8.5の固体緩衝剤の調製
50mLの水中にpK8.5を有する10mMのN,N−ジメチル−アミノプロピル−アクリルアミドを溶解して(これは1420mgの遊離塩基である)、pH8.5の固相緩衝剤を調製できる。pK3.1のモノマーアクリルアミドグリコール酸(遊離酸)の緩慢な添加によって、溶液をpH8.5に滴定する。次に30gのアクリルアミドおよび2gのメチレン−ビス−アクリルアミドを溶液に添加する。次に、溶液の容積を100mLにする。この最終溶液に、例えば過硫酸アンモニウムおよびTEMEDなどの重合触媒を添加する。次に、溶液を使用して、例えば多孔性粒子を含浸させる。ひとたびヒドロゲルが重合したら材料粒子の孔を洗浄し、副産物および過剰な試薬を除去する。固相緩衝剤は20%エタノールの存在下で保存できる。
実施例2.pH4.6の固体緩衝剤の調製
1Lの蒸留水に100mMのN−アクリロイルグリシン(pK4.6)を溶解して、pH4.6の固相緩衝剤を調製できる。次に、N,N,N−トリエチルアミノエチルアクリルアミドの濃縮溶液(50%水溶液)を添加して、溶液をpH4.6に滴定する。得られた溶液に200gのアクリルアミドおよび10gのN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドを添加する。混合物を撹拌して完全に可溶化する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に溶液に添加する。38mLの最終溶液を100mLの約75μMの多孔性ジルコニアビーズ(100gあたり38mLの孔容量)に添加して混合し、溶液をミネラルビーズの孔容量内に完全に吸収させる。次に窒素導入を交互に繰り返して、含浸ビーズを真空下で3回脱気する。次に、モノマーの重合まで、混合物を室温において窒素存在下で保存する。得られた固体緩衝剤を水、同一pHの緩衝剤(例えばpH4.6の酢酸緩衝剤)、最後に水で徹底的に洗浄する。次に、固体緩衝剤は、イオン交換体の存在下で使用する準備ができる。
実施例3.pH9.3の固体緩衝剤の調製
1Lの蒸留水に100mMのN,N−ジメチルアミノプロピルアクリルアミド(pK9.3)を溶解して、pH9.3の固体緩衝剤を調製できる。次に、アクリル酸の濃縮溶液(50%水溶液)を添加して、溶液をpH9.3に滴定する。得られた溶液に200gのジメチルアクリルアミドおよび10gのN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドを添加する。得られた混合物を撹拌して完全に可溶化する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に添加する。38mLの最終溶液を100mLの約75μMの多孔性ジルコニアビーズ(100gあたり38mLの孔容量)に添加して混合し、溶液をビーズの孔容量内に完全に吸収させる。次に窒素導入を交互に繰り返して、含浸ビーズを真空下で3回脱気する。次にモノマーの重合まで、混合物を室温において窒素存在下で保存する。得られた物質を水で、同一pHの緩衝剤(例えばpH9.のトリス−HCl緩衝剤)で、そして再度水で徹底的に洗浄する。次に固体緩衝剤は、イオン交換体の存在下で使用する準備ができる。
実施例4.pH7.7の固体緩衝剤の調製
1Lの蒸留水に50mMの3−モルホリノプロピルアクリルアミド(pK7.0)および50mMのN,N−ジメチルアミノエチルアクリルアミド(pK8.5)を溶解して、pH9.3の固体緩衝剤を調製できる。次に、2−アクリルアミド−2−メチルプロパンスルホン酸の濃縮溶液(50%水溶液)を添加して、溶液をpH7.7に滴定する。得られた溶液に200gのアクリルアミドおよび10gのN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドを添加して、得られた混合物を撹拌して完全に可溶化する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に添加する。38mLの最終溶液を100mLの約75μMの多孔性ジルコニアビーズ(100gあたり38mLの孔容量)に添加して混合し、溶液をビーズの孔容量内に完全に吸収させる。次に、窒素導入を交互に繰り返して、含浸ビーズを真空下で3回脱気する。次に、モノマーの重合まで、混合物を室温において窒素存在下で保存する。得られた物質を水で、同一pHの緩衝剤(例えばpH7.7のモルホリン−HCl緩衝剤)で、そして再度水で徹底的に洗浄する。次に、固体緩衝剤は、イオン交換体の存在下で使用する準備ができる。
実施例5.混合モードクロマトグラフィー材料(pH4.6の固体緩衝剤と、カチオン交換体)の調製
1Lの蒸留水に150mMのN−アクリロイルグリシン(pK4.6)および10mMのN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドを溶解して、pH4.6の固体緩衝剤を調製できる。次にN,N,N−トリエチルアミノエチルアクリルアミドの濃縮溶液(50%水溶液)を添加して、溶液をpH4.6に滴定する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に添加する。
別に、5%の2−アクリルアミド−2−メチルプロパンスルホン酸ナトリウム塩、5%のジメチルアクリルアミド、および1%の mMN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドから構成される第2の水溶液を調製する。次に塩基または酸の添加によって、この溶液のpHを4.6に調節する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に添加する。
100mLの約75μMの多孔性ジルコニアビーズ(100gあたりの孔容量40mL)を20mLの第1のモノマー溶液と混合し、次に重合まで先の例で述べるように処理する。この中間生成物を水、同一pHの緩衝剤(例えば、pH4.6の酢酸緩衝剤)、最後に水で徹底的に洗浄する。次に例えば乾燥エタノールおよびアセトンでの反復洗浄を使用して、洗浄した生成物を乾燥させる。
次に、中間乾燥生成物を20mLの第2のモノマー溶液と混合する(ミネラルビーズの全孔容量を満たす)。次に上記のように第2の重合工程を開始させる。最終クロマトグラフィー材料を水、pH4.6の酢酸緩衝剤、および蒸留水で徹底的に洗浄する。
実施例6.pH6.5の固体緩衝剤の調製
1Lの蒸留水に150mMの3−モルホリノプロピルアクリルアミド(pK7.0)を溶解して、pH6.5の固体緩衝剤を調製できる。次に、N−アクリロイルグリシン(pK3.6)の濃縮溶液(50%水溶液)を添加して、溶液をpH6.5に滴定する。得られた溶液に400gのアクリルアミドおよび30gのN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドを添加して、得られた混合物を撹拌して完全に可溶化する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に添加する。この溶液100mLを3%のアラセルC(油溶性乳化剤)を含有する500mLのパラフィン油に分散する。懸濁液を撹拌しながら65℃で3時間保持して、モノマーを共重合させる。重合中に形成されたヒドロゲルビーズを濾過して収集し、非極性溶剤で徹底的に洗浄して痕跡量のパラフィン油を排除する。次に、ビーズを水、同一pHの緩衝剤、最後に水で徹底的に洗浄する。次に、固体緩衝剤は、イオン交換体の存在下で使用する準備ができる。
実施例7.pH9.0の固体緩衝剤の調製
1Lの蒸留水に150mMのN,N,N−トリエチル−アミノエチル−アクリルアミド(pK12)を溶解して、pH6.5の固体緩衝剤を調製できる。次に、アクリルアミドグリコール酸(pK3.1)の濃縮溶液(50%水溶液)を添加して、溶液をpH9.0に滴定する。得られた溶液に300gのジメチル−アクリルアミドおよび20gのN,N’−メチレン−ビス−アクリルアミドを添加して、得られた混合物を撹拌して完全に可溶化する。N,N,N’,N’−テトラメチルエチレンジアミンおよび過硫酸アンモニウムから構成される触媒作用系を使用直前に添加する。次に、溶液を窒素下で65℃の温浴に入れる。5時間後、完全なヒドロゲルブロック下で重合が完結する。ヒドロゲルを小片に切断し、磨砕して約100μmの粒子を得る。次に、微粒子生成物を水、次に同一pHの緩衝剤、最後に水で徹底的に洗浄する。次に、固体緩衝剤は、イオン交換体の存在下で使用する準備ができる。
実施例8.3つの異なる固体緩衝剤と混合されたアニオン交換体を使用したpIに基づくタンパク質の分離
一連の3つのクロマトグラフィー材料を一連の(前のカラム出口から続くカラム入り口に)相互連接する区分カラムにアセンブルする。各クロマトグラフィー材料は同一アニオン交換体(QハイパーZ吸着剤)を含むが、それぞれ異なるpH、特に5.4、7.7、および9.5の異なる固体緩衝剤を含む。クロマトグラフィーの区分カラムはpHが増大する順に配列され、すなわち第1の区分カラムはpH5.4を有し、最後の吸着材はpH9.5を有する。
Qアニオン性吸着剤は、固相緩衝剤によって誘発される全てのpH範囲(5.4〜9.5)で正に帯電する。
10mM塩化カリウム中で、5つのタンパク質(リゾチーム(pI11)、チトクロームc(pI9.0)、ミオグロビン(pI7.0)、ヒトアルブミン(pI6.0)、およびフェチュイン(pI≦5.0))を含有するサンプルを調製する。タンパク質とタンパク質との相互作用を避けるために、2Mの尿素を添加する。次にサンプルをカラムに装入する。
第1のクロマトグラフィー材料では、pH5.4で負に帯電する唯一のタンパク質であることから、フェチュインのみが吸着される。残る4つのタンパク質は、第2のクロマトグラフィー材料に進む。
第2のクロマトグラフィー材料では、pH5.4.でアルブミンおよびミオグロビンの双方が負に帯電する。したがってそれらはアニオン交換体によって捕捉される。
第3のクロマトグラフィー材料では、サンプル中に残るpH9.5で負に帯電する唯一のタンパク質であることから、チトクロームCのみが吸着される。
リゾチームはpH9.5で正味正電荷を有する。したがってそれは通過物と共にカラムを出る。
ひとたび吸着段階が終了すると、クロマトグラフィー材料を分離して別々に処理し、タンパク質を脱離する。1M塩化カリウムを使用して、結合タンパク質を脱離する。
実施例9.3つの異なる固体緩衝剤と混合されたカチオン交換体を使用したpIに基づくタンパク質の分離
一連の3つのクロマトグラフィー材料を一連の(前のカラム出口から続くカラム入り口に)相互連接する区分カラムにアセンブルする。各クロマトグラフィー材料は同一カチオン交換体を含むが、それぞれ異なるpH、具体的には5.4、7.7、および9.5の異なる固体緩衝剤を含む。クロマトグラフィーの区分カラムはpHが減少する順に配列され、すなわち第1の区分カラムはpH9.5を有し、最後の吸着材はpH5.4を有する。
カチオン交換体は、固相緩衝剤によって誘発される全てのpH範囲(5.4〜9.5)で負に帯電する。
10mM塩化カリウム中で、5つのタンパク質(リゾチーム(pI11)、チトクロームc(pI9.0)、ミオグロビン(pI7.0)、ヒトアルブミン(pI6.0)、およびフェチュイン(pI≦5.0))を含有するサンプルを調製する。タンパク質とタンパク質との相互作用を防止するために、2Mの尿素を添加する。次にサンプルをカラムに装入する。
第1のクロマトグラフィー材料では、pH9.5で負に帯電する唯一のタンパク質であることから、リゾチームのみが吸着される。残る4つのタンパク質は、第2のクロマトグラフィー材料に進む。
第2のクロマトグラフィー材料では、サンプル中に残るpH7.7で負に帯電する唯一のタンパク質であることから、チトクロームCのみが吸着される。残るタンパク質は、第3のクロマトグラフィー材料に進む。
第3のクロマトグラフィー材料では、アルブミンおよびミオグロビンの双方がpH5.4で負に帯電する。したがってこれらのタンパク質はアニオン交換体によって捕捉される。
フェチュインは、pH5.4で正味正電荷を有する。したがってフェチュインは、通過物と共にカラムを出る。
ひとたび吸着段階が終了すると、クロマトグラフィー材料を分離して別々に処理し、タンパク質を脱離する。1M塩化カリウムを使用して結合タンパク質を脱離する。
ここで述べられる実施例および実施形態はあくまでも例示を目的とし、それを踏まえた様々な修正または変更が当業者に提案されて、本出願の精神と範囲および添付の特許請求の範囲内に含まれるものと理解される。ここで引用する全ての公報、特許、および特許出願は、あらゆる目的のためにその全体を参照によって本明細書に援用する。
図面の簡単な説明
タンパク質を分離するためのマルチウェル装置の概略図を提供する。

Claims (19)

  1. (A)固体緩衝剤と、(B)イオン交換樹脂と、を含むクロマトグラフィー材料。
  2. 前記固体緩衝剤および前記イオン交換樹脂が、異なる固体担体に付着する、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  3. 前記固体緩衝剤および前記イオン交換樹脂が、固体担体に付着していない、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  4. 前記固体緩衝剤および前記イオン交換樹脂が、単一固体担体に付着する、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  5. 前記固体担体が粒子である、請求項2に記載のクロマトグラフィー材料。
  6. 前記固体緩衝剤が5,000Daよりも低い排除限界を有して、約50μmを超える粒子に付着する、請求項2に記載のクロマトグラフィー材料。
  7. 前記固体緩衝剤が、3,000Daの排除限界を有して、約150μmの粒子に付着する、請求項2に記載のクロマトグラフィー材料。
  8. 前記固体担体が、粒子、膜またはモノリスである、請求項2に記載のクロマトグラフィー材料。
  9. 前記固体緩衝剤が、異なるpKのモノマーから得られた架橋ポリマーを含む、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  10. 前記固相緩衝剤の前記固体担体が、表面から内側に延びる複数の空孔を有する実質的に多孔性の粒子を含む、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  11. 前記イオン交換樹脂がアニオン交換体である、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  12. 前記イオン交換樹脂がカチオン交換体である、請求項1に記載のクロマトグラフィー材料。
  13. 一連の容器を含み装置であって、系列内の第1の容器が流体入り口を含み、系列内の最後の容器が流体出口を含み、系列内の各容器が系列内の次の容器と流体連通し、系列内の各容器が請求項1に記載の異なるクロマトグラフィー材料を含み、容器がクロマトグラフィー材料のpHに従って増大するか、または低下する順に配列される、装置。
  14. 前記容器が複数ウェルフロープレートのウェルであり、系列内の各容器が脱着式導管によって連接する、請求項13に記載の装置。
  15. 前記容器が、積み重ねるとフローカラムを形成する積み重ね可能なカートリッジを含む、請求項13に記載の装置。
  16. 前記固体緩衝剤がpH約11以下の最高pHを有し、前記固体緩衝剤がpH約3以上の最低pHを有する、請求項13に記載の装置。
  17. 前記イオン交換樹脂がアニオン交換体であり、前記容器がクロマトグラフィー材料のpHに従って増大する順に配列される、請求項13に記載の装置。
  18. 延期イオン交換樹脂がカチオン交換体であり、前記容器がクロマトグラフィー材料のpHに従って低下する順に配列される、請求項13に記載の装置。
  19. (A)2つ以上のタンパク質の混合物を一連のクロマトグラフィー材料に適用するステップであって、各クロマトグラフィー材料が固体緩衝剤およびイオン交換樹脂を含み、クロマトグラフィー材料がクロマトグラフィー材料のpHに従って増大または低下する順に配列され、
    (B)系列内の最後のクロマトグラフィー材料から通過物を収集するステップと、次に
    (C)各クロマトグラフィー材料からタンパク質を別々に脱離させるステップと、を含む、等電点に基づいてタンパク質を分離する方法。
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