JP2009027989A - 共通dna断片の検出方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 ある生物集団に属する複数の個体及び別の生物集団に属する複数の個体のそれぞれから同一の手法でDNA断片の混合物を得る工程、前記ある生物集団に属する複数の個体から得られたDNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、前記ある生物集団から得たDNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、前記別の生物集団から得たDNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程を含むことを特徴とする特異的DNA断片の検出方法。
【選択図】 図2
Description
(1)ある生物集団に共通して存在するDNA断片を検出する方法であって、前記生物集団に属する複数の個体からDNA断片の混合物を得る工程、DNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、DNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNA断片の量を計測する工程を含むことを特徴とする共通DNA断片の検出方法。
(3)DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の細胞を採取し、それらを同じ細胞数ずつ混合し、混合した細胞からDNAを抽出した後断片化することによって得ることを特徴とする(1)に記載の共通DNA断片の検出方法。
(4)DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出し、抽出したDNAを同じ量ずつ混合し、混合したDNAを断片化することによって得ることを特徴とする(1)に記載の共通DNA断片の検出方法。
(6)DNA断片の鎖長が、10〜10,000ベースの範囲にあることを特徴とする(1)乃至(5)のいずれかに記載の共通DNA断片の検出方法。
(7)DNA断片の混合物が、標識されていることを特徴とする(1)乃至(6)のいずれかに記載の共通DNA断片の検出方法。
(9)DNA断片の混合物と単離した個々のDNA断片のハイブリダイゼーションにより形成された二重鎖DNA断片が特異的に標識されることを特徴とする(1)乃至(6)のいずれかに記載の共通DNA断片の検出方法。
(12)DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の細胞を採取し、それらを同じ細胞数ずつ混合し、混合した細胞からDNAを抽出した後断片化することによって得ることを特徴とする(10)に記載の特異的DNA断片の検出方法。
(13)DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出し、抽出したDNAを同じ量ずつ混合し、混合したDNAを断片化することによって得ることを特徴とする(10)に記載の特異的DNA断片の検出方法。
(15)DNA断片の鎖長が、10〜10,000ベースの範囲にあることを特徴とする(10)乃至(14)のいずれかに記載の特異的DNA断片の検出方法。
(16)DNA断片の混合物が、標識されていることを特徴とする(10)乃至(15)のいずれかに記載の特異的DNA断片の検出方法。
(18)DNA断片の混合物と単離した個々のDNA断片のハイブリダイゼーションにより形成された二重鎖DNA断片が特異的に標識されることを特徴とする(10)乃至(15)のいずれかに記載の特異的DNA断片の検出方法。
(23)第一時点のDNA断片の混合物及び第二時点のDNA断片の混合物が、標識されていることを特徴とする(21)又は(22)に記載の微生物DNAの変化の検出方法。
(24)第一時点のDNA断片の混合物中に含まれる個々のDNA断片が、標識されていることを特徴とする(21)又は(22)に記載の微生物DNAの変化の検出方法。
(26)DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の組織を採取し、それらを同じ重量ずつ混合し、混合した組織からDNAを抽出した後断片化することによって調製すことを特徴とする(25)に記載のハイブリダイゼーション方法。
(28)DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出し、抽出したDNAを同じ量ずつ混合し、混合したDNAを断片化することによって調製することを特徴とする(25)に記載のハイブリダイゼーション方法。
(29)DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出して同一の手法で断片化し、断片化したDNAを同じ量ずつ混合することによって調製することを特徴とする(25)に記載のハイブリダイゼーション方法。
(31)複数の生物の混合物が、板ノリ又は配合飼料である(30)に記載の混合物に含まれる生物の同定方法。
まず、塩基配列の分かっていない魚種Aと魚種Bとの種判別をおこなうために必要なそれぞれの魚種の特異的DNAを求める手段について、図1を用いて本発明の基本的な考え方を説明する。
以上の方法では、魚種AのDNAからマイクロアレイを作製しているが、このような特定のDNAから作製したマイクロアレイではなく、市販のマイクロアレイを用いても、特異的DNAを求めることは可能である。以下に、魚種Cの共通DNAを求める具体的な手法を例にとり、現行の手法と本発明の手法とを比較して、本発明の手法の利点を説明する。
(A)共通DNA断片の検出方法
本発明の共通DNA断片の検出方法は、ある生物集団に共通して存在するDNA断片を検出する方法であって、前記生物集団に属する複数の個体からDNA断片の混合物を得る工程、DNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、DNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNA断片の量を計測する工程を含むことを特徴とするとするものである。
DNA断片の混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する方法は特に限定されず、例えば、混合物中に含まれるDNA断片をベクターにクローニングしてライブラリーを作製し、それから個々のDNA断片をそれぞれ独立して増やせば、個々のDNA断片を得ることができる。
本発明の特異的DNA断片の検出方法は、ある生物集団に共通して存在し、別の生物集団には存在しない特異的DNA断片を検出する方法であって、前記ある生物集団に属する複数の個体及び前記別の生物集団に属する複数の個体のそれぞれから同一の手法でDNA断片の混合物を得る工程、前記ある生物集団に属する複数の個体から得られたDNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、前記ある生物集団から得たDNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、前記別の生物集団から得たDNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程を含むことを特徴とするものである。
本発明の特定集団間共通DNA断片の検出方法は、複数の特定の生物集団に共通して存在する特定集団間共通DNA断片を検出する方法であって、前記ある生物集団に属する複数の個体及び前記別の生物集団に属する複数の個体のそれぞれから同一の手法でDNA断片の混合物を得る工程、前記ある生物集団に属する複数の個体から得られたDNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、前記ある生物集団から得たDNA断片の混合物と前記別の生物集団から得たDNA断片の混合物を混合し、これを単離した個々のDNA断片とハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程を含むことを特徴とするものである。
ハイブリダイゼーションは、前記ある生物集団から得たDNA断片の混合物と前記別の生物集団から得たDNA断片の混合物を混合し、この混合物同士の混合物を単離した個々のDNA断片とハイブリダイズさせることにより行う。
本発明の微生物DNAの変化の検出方法は、特定環境中に存在する微生物のDNAの変化を検出する方法であって、ある時点において前記特定環境の一定体積に含まれる微生物群を採取し、その微生物群からDNAを抽出した後、断片化し、第一時点のDNA断片混合物を調製する工程、第一時点の微生物群採取後に、第一時点とは異なる時点で前記特定環境の同一体積に含まれる第二時点の微生物群を採取し、その微生物群からDNAを抽出した後、第一時点のDNA断片混合物と同一の手法で断片化し、第二時点のDNA断片混合物を調製する工程、第一時点のDNA断片混合物とその混合物中に含まれる個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、第二時点のDNA断片混合物と第一時点のDNA断片混合物中に含まれる個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程、第一時点のDNA断片混合物中に含まれる個々のDNA断片について、第一時点のDNA断片混合物とハイブリダイズさせた場合と第二時点のDNA断片混合物とハイブリダイズさせた場合の結合したDNAの量を比較する工程を含むことを特徴とするものである。
微生物DNAの変化を検出することにより、特定環境において微生物の組成等に変化があったかどうかを知ることができる。
本発明のハイブリダイゼーション方法は、ある生物集団に属する個体の持つDNAの断片と、プローブDNAとをハイブリダイゼーションさせる方法であって、前記生物集団に属する複数の個体のそれぞれが持つDNAの断片の混合物を調製し、これとプローブDNAとをハイブリダイゼーションさせることを特徴とするものである。本発明のハイブリダイゼーション方法は、上記共通DNA断片の検出方法を応用したものであり、生物集団の意味、DNAの断片の混合物の調製方法、ハイブリダイゼーション方法は、共通DNA断片の検出方法と同様でよい。
プローブDNAはどのようなものでもよく、例えば、市販のマイクロアレイなどを使用することもできる。
本発明の複数の生物の混合物に含まれる生物を同定する方法は、混合物からDNA断片を調製する工程、前記調製したDNA断片と、混合物に含まれる可能性のある生物ごとの特異的DNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNA断片を検出する工程を含むことを特徴とするものである。
以下、本発明の検出方法の好ましい態様を図を用いて説明する。
Claims (31)
- ある生物集団に共通して存在するDNA断片を検出する方法であって、前記生物集団に属する複数の個体からDNA断片の混合物を得る工程、DNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、DNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNA断片の量を計測する工程を含むことを特徴とする共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の組織を採取し、それらを同じ重量ずつ混合し、混合した組織からDNAを抽出した後断片化することによって得ることを特徴とする請求項1に記載の共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから細胞を採取し、それらを同量ずつ混合し、混合した細胞からDNAを抽出した後断片化することによって得ることを特徴とする請求項1に記載の共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出し、抽出したDNAを同じ量ずつ混合し、混合したDNAを断片化することによって得ることを特徴とする請求項1に記載の共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出して同一の手法で断片化し、断片化したDNAを同じ量ずつ混合することによって得ることを特徴とする請求項1に記載の共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の鎖長が、10〜10,000ベースの範囲にあることを特徴とする請求項1乃至5のいずれか一項に記載の共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物が、標識されていることを特徴とする請求項1乃至6のいずれか一項に記載の共通DNA断片の検出方法。
- 単離した個々のDNA断片が、標識されていることを特徴とする請求項1乃至6のいずれか一項に記載の共通DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物と単離した個々のDNA断片のハイブリダイゼーションにより形成された二重鎖DNA断片が特異的に標識されることを特徴とする請求項1乃至6のいずれか一項に記載の共通DNA断片の検出方法。
- ある生物集団に共通して存在し、別の生物集団には存在しない特異的DNA断片を検出する方法であって、前記ある生物集団に属する複数の個体及び前記別の生物集団に属する複数の個体のそれぞれから同一の手法でDNA断片の混合物を得る工程、前記ある生物集団に属する複数の個体から得られたDNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、前記ある生物集団から得たDNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、前記別の生物集団から得たDNA断片の混合物と、単離した個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程を含むことを特徴とする特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の組織を採取し、それらを同じ重量ずつ混合し、混合した組織からDNAを抽出した後断片化することによって得ることを特徴とする請求項10に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから細胞を採取し、それらを同量ずつ混合し、混合した細胞からDNAを抽出した後断片化することによって得ることを特徴とする請求項10に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出し、抽出したDNAを同じ量ずつ混合し、混合したDNAを断片化することによって得ることを特徴とする請求項10に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出して同一の手法で断片化し、断片化したDNAを同じ量ずつ混合することによって得ることを特徴とする請求項10に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の鎖長が、10〜10,000ベースの範囲にあることを特徴とする請求項10乃至14のいずれか一項に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物が、標識されていることを特徴とする請求項10乃至15のいずれか一項に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- 単離した個々のDNA断片が、標識されていることを特徴とする請求項10乃至15のいずれか一項に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- DNA断片の混合物と単離した個々のDNA断片のハイブリダイゼーションにより形成された二重鎖DNA断片が特異的に標識されることを特徴とする請求項10乃至15のいずれか一項に記載の特異的DNA断片の検出方法。
- 複数の特定の生物集団に共通して存在する特定集団間共通DNA断片を検出する方法であって、前記ある生物集団に属する複数の個体及び前記別の生物集団に属する複数の個体のそれぞれから同一の手法でDNA断片の混合物を得る工程、前記ある生物集団に属する複数の個体から得られたDNA断片の混合物の一部をとり、その混合物中に含まれる個々のDNA断片を単離する工程、前記ある生物集団から得たDNA断片の混合物と前記別の生物集団から得たDNA断片の混合物を混合し、これを単離した個々のDNA断片とハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程を含むことを特徴とする特定集団間共通DNA断片の検出方法。
- 請求項1乃至19のいずれか一項に記載の検出方法によって得られたDNA断片を用いてDNA鑑定を行うことを特徴とするDNA鑑定方法。
- 特定環境中に存在する微生物のDNAの変化を検出する方法であって、ある時点において前記特定環境の一定体積に含まれる微生物群を採取し、その微生物群からDNAを抽出した後、断片化し、第一時点のDNA断片混合物を調製する工程、第一時点の微生物群採取後に、第一時点とは異なる時点で前記特定環境の同一体積に含まれる第二時点の微生物群を採取し、その微生物群からDNAを抽出した後、第一時点のDNA断片混合物と同一の手法で断片化し、第二時点のDNA断片混合物を調製する工程、第一時点のDNA断片混合物とその混合物中に含まれる個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、第二時点のDNA断片混合物と第一時点のDNA断片混合物中に含まれる個々のDNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNAの量を計測する工程、第一時点のDNA断片混合物中に含まれる個々のDNA断片について、第一時点のDNA断片混合物とハイブリダイズさせた場合と第二時点のDNA断片混合物とハイブリダイズさせた場合の結合したDNAの量を比較する工程を含むことを特徴とする微生物DNAの変化の検出方法。
- DNA断片の鎖長が、10〜10,000ベースの範囲にあることを特徴とする請求項21に記載の微生物DNAの変化の検出方法。
- 第一時点のDNA断片の混合物及び第二時点のDNA断片の混合物が、標識されていることを特徴とする請求項21又は22に記載の微生物DNAの変化の検出方法。
- 第一時点のDNA断片の混合物中に含まれる個々のDNA断片が、標識されていることを特徴とする請求項21又は22に記載の微生物DNAの変化の検出方法。
- ある生物集団に属する個体の持つDNAの断片と、プローブDNAとをハイブリダイゼーションさせる方法であって、前記生物集団に属する複数の個体のそれぞれが持つDNAの断片の混合物を調製し、これとプローブDNAとをハイブリダイゼーションさせることを特徴とするハイブリダイゼーション方法。
- DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の組織を採取し、それらを同じ重量ずつ混合し、混合した組織からDNAを抽出した後断片化することによって調製すことを特徴とする請求項25に記載のハイブリダイゼーション方法。
- DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれから同様の細胞を採取し、それらを同量ずつ混合し、混合した細胞からDNAを抽出した後断片化することによって調製することを特徴とする請求項25に記載のハイブリダイゼーション方法。
- DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出し、抽出したDNAを同じ量ずつ混合し、混合したDNAを断片化することによって調製することを特徴とする請求項25に記載のハイブリダイゼーション方法。
- DNAの断片の混合物を、複数の個体のそれぞれからDNAを抽出して同一の手法で断片化し、断片化したDNAを同じ量ずつ混合することによって調製することを特徴とする請求項25に記載のハイブリダイゼーション方法。
- 複数の生物の混合物に含まれる生物を同定する方法であって、混合物からDNA断片を調製する工程、前記調製したDNA断片と、混合物に含まれる可能性のある生物ごとの特異的DNA断片とをハイブリダイズさせる工程、ハイブリダイズして結合したDNA断片を検出する工程を含むことを特徴とする、混合物に含まれる生物の同定方法。
- 複数の生物の混合物が、板ノリ又は配合飼料である請求項30に記載の混合物に含まれる生物の同定方法。
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