JP2008537483A - ヌクレオシドアナログに対する感受性を低減したb型肝炎ウイルス変種およびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
a.前記生物学的サンプルから標的HBVポリ核酸を得る工程であって、ここで、前記標的HBVポリ核酸は、HBV逆転写酵素ドメインのセリンをコードするコドン181、ならびに場合により、HBVウイルスのHBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204またはバリンをコードするコドン204またはセリンをコードするコドン204、およびスレオニンをコードするコドン236からなる群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンを含んでなることが疑われること;
b.(a)の標的HBVポリ核酸の核酸配列を得ること;
c.(b)において得られる核酸配列から、HBV逆転写酵素ドメインの前記セリンをコードするコドン181、および場合により、(a)に記載の群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンの存在、ならびにそれらから、前記生物学的サンプルにおける前記HBVウイルスの存在および/または前記生物学的サンプルに存在するHBVウイルスの抗ウイルス薬に対する前記耐性を推察すること。
a.前記生物学的サンプルに存在する標的HBVポリ核酸を得る工程および/またはそのヌクレオチド配列を得ること;
b.適切な場合、(a)において得られるポリ核酸を部分的もしくは完全に変性するか、または酵素的に修飾すること;
c.適切な場合、好ましくは、HBVポリ核酸またはそのフラグメントにおいて、HBV逆転写酵素ドメイン中のセリンをコードするコドン181とHBV逆転写酵素ドメイン中のアラニンもしくはバリンをコードするコドン181とを識別することが可能な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドの存在下で、工程(b)において得られる変性されたポリ核酸を再生させる工程、ならびに必要であれば、前記オリゴヌクレオチドを酵素的に修飾する(伸長することを含む)工程を含むこと;
d.適切な場合、工程(b)において得られる部分的もしくは完全に変性されたHBVポリ核酸、ならびに/あるいは工程(c)において形成されるハイブリッド、ならびに/あるいは工程(b)および/または(c)において得られる酵素修飾を検出する工程と、
e.以下の群:部分的もしくは完全に変性されたポリ核酸、ハイブリッド、酵素修飾(すべて工程(d)において検出される)のうちの1つもしくはそれ以上のデータ、ならびに(a)において得られるヌクレオチド配列から、前記生物学的サンプルにおける前記HBVの存在および/または前記生物学的サンプルに存在するHBVの抗ウイルス薬に対する前記耐性を推察すること。
a.前記生物学的サンプルから標的HBVポリ核酸を得ること、ここで、前記標的HBVポリ核酸は、HBV逆転写酵素ドメインのセリンをコードするコドン181を、場合により、HBVのHBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204またはバリンをコードするコドン204またはセリンをコードするコドン204、およびスレオニンをコードするコドン236からなる群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンとともに含んでなることが疑われるものであり、
b.(a)の標的HBVポリ核酸を、セリンをコードするコドン181とアラニンまたはバリンをコードするコドン181とを識別することが可能であり、場合により、ロイシンをコードするコドン180とメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204とメチオニン、バリンまたはセリンをコードするコドン204、およびアスパラギンをコードするコドン236とスレオニンをコードするコドン236からなる群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンを識別することが可能なオリゴヌクレオチドと接触させること;
c.(b)において得られる識別シグナルから、場合により、HBV逆転写酵素ドメインの前記メチオニンをコードするコドン180または前記イソロイシンをコードするコドン204または前記アスパラギンをコードするコドン236とともにHBV逆転写酵素の前記セリンをコードするコドン181の存在、ならびにそれから、前記生物学的サンプルにおける前記HBVの存在および/または前記生物学的サンプルに存在するHBVウイルスの抗ウイルス薬に対する前記耐性を推察すること。
a.場合により、HBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204およびアスパラギンをコードするコドン236からなる群からの1つもしくはそれ以上のコドンとともにHBV逆転写酵素ドメインのセリンをコードするコドン181を含んでなることが疑われる標的ポリ核酸の核酸配列から、
場合により、HBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204およびアスパラギンをコードするコドン236からなる群からの1つもしくはそれ以上のコドンとともにHBV逆転写酵素ドメインの前記セリンをコードするコドン181の存在、
ならびにそれから、前記生物学的サンプルにおける前記HBVの存在を推察するための手段と、場合により、
b.標的ポリ核酸の核酸配列を得るための手段。
a.前記生物学的サンプルに存在する標的HBVポリ核酸を得るおよび/またはそのヌクレオチド配列を得るための手段;
b.適切な場合、本発明に従う標的HBVポリ核酸の増幅に適切な少なくとも1つのオリゴヌクレオチド対;
c.適切な場合、核酸を変性するための手段;
d.適切な場合、本発明の少なくとも1つのオリゴヌクレオチド;
e.適切な場合、二本鎖または一本鎖核酸分子を修飾することが可能な酵素;
f.適切な場合、ハイブリダイゼーション緩衝液、または前記緩衝液を生成するのに必要な成分;
g.適切な場合、洗浄液、または前記洗浄液を生成するのに必要な成分;
h.適切な場合、部分的または完全に変性されたポリ核酸を検出するための手段および/または先のハイブリダイゼーションにおいて形成されたハイブリッドを検出するための手段および/または核酸の酵素修飾を検出するための手段;
i.適切な場合、オリゴヌクレオチドを固相支持体上の既知の位置に付着させるための手段;
j.部分的もしくは完全に変性されるポリ核酸および/またはハイブリッドおよび/または酵素修飾(すべて(h)において検出される)ならびに/あるいは(a)において得られるヌクレオチド配列から、前記生物学的サンプルにおける前記HBVウイルスの存在を推察するための手段。
a.前記薬物の非存在下で前記HBVの複製を測定すること;
b.前記薬物の存在下で前記HBVの複製を測定すること;
c.(a)および(b)から、前記HBVの複製に対する前記薬物の阻害効果を推察すること。
a.前記薬物の非存在下で前記HBVウイルスのDNAポリメラーゼ/逆転写酵素活性を測定すること;
b.前記薬物の非存在下で前記HBVウイルスの(a)と同じDNAポリメラーゼ/逆転写酵素活性を測定すること;
c.(a)および(ib)から、前記HBVウイルスの前記DNAポリメラーゼ/逆転写酵素活性に対する阻害効果を推察すること。
症例研究
本発明をもたらす研究において、本発明者らは、HBVにより慢性感染した患者を同定した。患者は、定期診断で診断された1990年より既知のHBV感染を伴う患者AAで示される43歳の白人(Caucasian)男性である。1999年における肝生検は、クノーデル(Knodell)らに従って6の組織学的活性指標を伴う慢性活動性肝炎(CAH)を表した。患者は、HbeAgポジティブ、抗HbeネガティブならびにHBV DNAについてポジティブであった。HBV DNAレベルは、市販の液相ハイブリダイゼーションアッセイ(ダイジーン(Digene)、メリーランド州、米国)(このアッセイの検出の下限は5pg/mLのウイルスDNAであった)を使用して測定した。
LAM処置は最初は成功であった。ALTのレベルの正常化およびHBVの複製阻害が認められた。LAM処置の19箇月目に、臨床的進展が生じた。ヘプセラ(Hepsera)TMのラミブジン単剤療法への添加は、HBV複製の阻害およびALT正常化をもたらさなかった。血球数および肝臓機能試験(アラニンおよびアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ)を、日常的な手順(オリンパス(Olympus) AU2700自動分析器、日本)に従って行った。
抗ウイルス処置の開始から異なる間隔(28、31、42、51、57、61箇月目)で、患者から血清を採取した。HBV−DNAは、製造者の指示に従って、キアアンプ(Qiamp) DNAミニキット(キアゲン(Qiagen)、ヒルデン(Hilden)、独国)の使用によって、患者の血清から各時間に単離した。HBV DNAポリメラーゼ遺伝子をPCRにより増幅した。簡単に説明すると、5マイクロリットルのDNAサンプルを、10mM Tris HCl、pH:8.3、50mM KCl、1.5mM MgCl2、2mM dNTP、25pmol/μLのセンスおよびアンチセンスプライマーならびに2.5単位のTaq DNAポリメラーゼ(ロシェダイアグノティックス(RocheDiagnostic)、ペンツブルグ(Penzburg)、独国)を含有するPCR混合物で50μLまでにした。HBVポリメラーゼ遺伝子を増幅するため、サーマルサイクラー(ジーンアンプ(GeneAmp) PCRシステム9700、PEアプライドバイオシステムズ(PE,Applied Biosystems)、フォスターシティー(Foster City)、カリフォルニア州;米国)を、94℃で1分間の変性、45℃で1分間のアニーリングの35サイクルについてプログラム化し、2分間のポリマー化を実施した。2回目のラウンドのPCRの条件は、1回目のラウンドのPCR由来の5μLのサンプルを使用する1回目のラウンドの条件と同じであった。さらに、2組のネステッドプライマー対を使用して、HBVポリメラーゼ遺伝子を増大させた。アウタープライマーは、5’CAC CTG CAG CCT CAT TTT GTG GGT CAC CAT A3’(配列番号21)および5’CAT AAG CTT CAC AAT TCG TTG ACA TAC TTT CCA AT3’(配列番号22)であり、インナープライマーは、5’GTG CTG CAG TTT GTG GGT CAC CAT ATT CTT G3’(配列番号23)および5’GAC AAG CTT TTG ACA TAC TTT CCA ATC AAT AG3’(配列番号24)であった(オガタ(Ogata)ら、1999年;各配列において、ヌクレオチド4〜9は、PstIおよびヒンディー(Hind)IIIの酵素認識部位を示す)。増幅した産物を、エチジウムブロマイドで染色した2%アガロースゲル上で走行させた。配列決定は、増幅したPCR産物に対して直接行った。PCR産物を、製造者の指示に従って、市販のPCRクリーニングキット(PCR cleaning kit)(ヌクレオスピンエクストラクトキット(Nucleospin Extract kit)、マッハライ−ナーゲル(Macherey−Nagel)、デューレン(Dueren)、独国)によって精製した。PCRに使用されるプライマーおよびビッグダイターミネータサイクルシーケンシングキット(big dye terminator cycle sequencing kit)(アプライドバイオシステムズ(Applied Biosystems)、フォスターシティー(Foster City)、カリフォルニア州、米国)を使用して、PCR産物のダイレクトシーケンシングを実施した。各配列決定反応について、センスインナープライマーだけでなく、アンチセンスインナープライマーも、配列を確認するために使用した。反応産物を、ABI310(PEアプライドバイオシステムズ(PE,Applied Biosystems)、フォスターシティー(Foster City)、カリフォルニア州、米国)自動化シークエンサーに供した。結果を図2に示す。
図2の配列結果は、異なる間隔で患者から採取したすべてのサンプルにおいて、アミノ酸置換rtA181SおよびrtM204Iを生じるヌクレオチド変異が存在したことを示す。従って、rtM204I変異は、rtA181S変異と一緒に、ラミブジン耐性の発達以来得られるすべてのサンプルにおいて検出された。rtA181について、これまで、2つの変異パターンが示された。しかし、rtA181Sは新規のパターンである。
血清サンプル由来のHBV DNAの単離および全長HBVゲノムの増幅
製造者の指示に従ってハイピュアウイルス核酸キット(High Pure Viral Nucleic Acid kit)(ロシェ(Roche)、インディアナポリス(Indianapolis)、米国)を使用して、200μlの血清サンプルからDNAを抽出した。全長HBV DNAゲノムを、グンター(Gunther)ら、1995年によって先に報告されているように、50mM KCl、1.5mM MgCl2、0.35mM Tris−HCl(pH8.3)、200μM dNTP、5UのTaq DNAポリメラーゼおよび0.3μMの次の各プライマー:[P1、5’−CCGGA AAGCTT GAGCTC TTCTTTTT CACCTC TGCCT AATCA−3’(ヌクレオチド1821−1841;配列番号25);P2、5’−CCGGA AAGCTT GAGCTC TTCAAAAA GTTGC ATGGTG CTGG−3’(ヌクレオチド1823−1806;配列番号26)]を含有するPCRシステムを使用して増幅し、50μlのPCR反応の全容積において、2μlの抽出されたDNAを、「エッペンドルフマスターサイクラーパーソナル(Eppendorf Mastercycler Personal)」における94℃で40秒間の変性、60℃で1.5分間のアニーリングおよび68℃で3分間の伸長(各10サイクル後に2分間の追加を伴う)の40サイクルに対して進行させた。
ダイレクトDNAシーケンシングを、血清サンプルから直接抽出された増幅された産物およびTAクローニングの構築物の両方について、「ABIプリズム310ジェネティックアナライザ(ABI PRISM 310 Genetic Analyzer)」(パーキンエルマー(Perkin Elmer)、フォスターシティー(Foster City)、米国)における製造者の指示に従い、「ビッグダイターミネータv3.1 サイクルシーケンシングキット(Big Dye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit)」(アプライドバイオシステムズ(Applied Biosystems)フォスターシティー(Fostercity)、米国)を使用して、実施した。PCR産物を、配列決定前に「キアクイックPCR精製キット(Qiaquick PCR purification kit)」(キアゲン(Quiagen)、ヒルデン(Hilden)、独国)を使用して精製した。ダイレクトシーケンシングにおいて使用されるプライマーを、表1に列挙する。
増幅された全長HBVゲノムを、製造者の指示に従って、「トポ−XL PCRクローニング(Topo−XL PCR Cloning)」(インビトロジェン(Invitrogen)、カリフォルニア州、米国)を使用して、TAベクターにクローニングした。次いで、構築物を配列決定した。A181S+M204I変異パターンを有するクローン内の全長HBVゲノムを、先に記載のようにさらに増幅した。また、同じ手順を、野生型HBVゲノムを有するクローンにも適用した。
アンプリコンは、キットより提供される取扱説明書に従って、「キアクイックゲル抽出キット(QIAquick Gel Extraction kit)」(キアゲン(QUIAGEN)、バーゼル(Basel)、瑞国)を使用してゲル精製し、プールした。1μgのDNAあたり5UのsapI制限エンドヌクレアーゼによる以後の消化により、ベクターおよび異種のプライマー配列を欠くsapI粘着部位を伴う線状HBVゲノムが放出された。
全長ゲノムHBV DNAのインビトロ複製能を、Huh7細胞系統への一過性トランスフェクションによって測定した。24ウェルプレートは、Fugeneトランスフェクション試薬(ロシェダイアグノティックス(Roche Diagnostics))を使用してトランスフェクション効率を決定するために使用されるμgGFP含有プラスミドであった。トランスフェクションの8時間後、細胞に、複製効率を試験するための新鮮培地単独かまたは抗ウイルス感受性を試験するための0.1μM、1μM、10μMラミブジンもしくはアデフォビル単独を含有する培地を供給した。新鮮培地のみを供給された細胞の上清を、5日間、連日回収し、抗ウイルス剤含有培地を供給された細胞の上清を、5日目終了時に回収した。ウイルスDNA抽出を、製造者の指示に従い、「キアアンプDNAミニキット(QIAamp DNA Mini Kit)」(キアゲン(QUIAGEN)、バーゼル(Basel)、瑞国)を使用して実施した。HBV DNAを、ボズカヤ(Bozkaya)ら、2005年において使用されたプロトコルに従って、「ファストスタートDNAハイブリダイゼーションキット(Fast Start DNA hybridization kit)」(ロシェダイアグノティックスGmbH(Roche Diagnostics,GmbH)、インディアナポリス(Indianapolis)、ABD)を使用するリアルタイムPCR方法によって測定した。
全長HBVゲノムの複製能をインビトロで分析した。各日の上清から抽出されたHBV複製物によって実施されたリアルタイムPCR分析は、細胞培養物において測定された全HBV産生が5日目の終了時にほぼ5の対数コピー数に到達したことを実証した(図4)。この結果から、トランスフェクトされたHBV DNAがインビトロで複製可能であることが確認される。
3つの独立した実験(表2を参照のこと)を実施することによって、ラミブジン(0.1μM、1μM、10μM)またはアデフォビル(0.1μM、1μMおよび10μM)の上昇濃度を使用し、野生型HBVに対して、A181S+M204I変異パターンの薬物感受性を試験した。
33歳の男性が、HBsAg(+)および抗HBe(+)を伴う患者である。彼は、1998年に、HBsAgに対してポジティブであることが見出された。彼は、12箇月間、2003年において、週3回、IFN 9MIUで処置された(IFN処置の開始前は、ダイジーン(Digene)、米国の液相ハイブリダイゼーションアッセイによりALT:242IU/L、AST:155IU/LおよびHBV DNA:3260pg/mL)。不完全奏効のため、2004年にラミブジンを開始した(ゼフィックス(Zeffix)、100mg/日)。ラミブジン処置後、ALT正常化が得られ、HBV DNAレベルは5pg/mL未満であった。しかし、lam処置の20箇月目に、ALTフレアおよびHBV複製の再発によって特徴付けられる臨床的進展(ALT:199IU/mL、AST:145IU/mLおよびHBV DNA:6540pg/mL)が生じた。lam処置および臨床的進展の開始後に得られた2つの血清サンプルを抽出し、抽出された材料の両方において、グンター(Gunther)ら、1995年による方法に従ってHBV DNAの完全なゲノムを増幅した。次いで、PCR産物を、TAベクターにクローニングし、それぞれから得られる8つのクローンを、310ABI(米国)におけるサイクルシーケンス方法によって配列決定した。ラミブジン処置のすぐ後に属する4つのクローンの配列は、野生型配列を示していた。しかし、臨床的進展の後から得られるすべての8つのクローンの配列は、A181S+M204Iパターン(181番目のコドンにおけるGCTからTCT、ならびに204番目のコドンにおけるATTからATC)を示した。
アンガス P.(Angus P.)ら、Resistance to adefovir dipivoxil therapy associated with the selection of a novel mutation in the HBV polymerase.Gastroenterology(2003年)125(2):292−297.
アルグエロ,J.R.(Arguello,J.R.)、リッテル,A.M.(Little,A.M.)、ペイ,A.L.(Pay,A.L.)、ガラード,D.(Gallardo,D.)、ロジャス,I.(Rojas,I.)、マース,S.G.(Marsh,S.G.)、ゴールドマン,J.M.(Goldman,J.M.)およびマドリガル,J.A.(Madrigal,J.A.)(1998年)Nat Genet 18,192−194
バーテル,P.L.(Bartel,P.L.)およびフィールズ,S.(Fields,S.)(1997年)The yeast two−hybrid system.オックスフォードユニバーシティプレス(Oxford University Press)
ビーウケージ,S.L.(Beaucage,S.L.)(2001年)Curr Med Chem 8,1213−1244
ベンハモウ Y.(Benhamou Y.)ら、Antiretroviral therapy and HIV/hepatitis B virus coinfection.Clin.Infect.Dis.(2004年)38補遺2:S98−103.
ベンハモウ Y.(Benhamou Y.)ら、Safety and efficacy of adefovir dipivoxil in patients co−infected with HIV−1 and lamivudine−resistant hepatitis B virus: an open−label pilot study.Lancet(2001年)358:718−723.
ベンハモウ Y.(Benhamou Y.)ら、Tenofovir disoproxil fumarate in patients with HIV and lamivudine−resistant hepatitis B virus.N.Engl.J.Med.(2003年) 348(2):177−178.
ボズダイ,A.M.(Bozdayi,A.M.)、ボズカヤ,H.(Bozkaya,H.)、ツキルマズ,A.R.(Tuerkyilmaz,A.R.)、サリオグル,M.(Sarioglu,M.)、チェインカヤ,H.(Cetinkaya,H.)、カラヤルチン,S.(Karayalcin,S.)、ヤーデイヂン,C.(Yurdaydin,C.)、ウズナリモグル,Oe.(Uzunalimoglu,Oe.)(2001年):Nucleotide divergences in the core promoter and precore region of genotype D hepatitis B virus in patients with persistently elevated or normal ALT levels. J Clin Virol.21(1): 91−101
ボズダイ Am(Bozdayi Am)、ウズナリモグル O(Uzunalimoglu O)、ツキルマズ Ar(Turkyilmaz Ar)、アスラン N(Aslan N)、セズギン O(Sezgin O)、サヒン T(Sahin T)、ボズダイ G(Bozdayi G)、チナル K(Cinar K)、パイ Sb(Pai Sb)、パイ R(Pai R)、ボズカヤ H(Bozkaya H)、カラヤルチン S(Karayalcin S)、ヤーデイヂン C(Yurdaydin C)、シナジ Rf(Schinazi Rf)、(2003年).YSDD:a novel mutation in HBV DNA polymerase confers clinical resistance to lamivudine.J.Viral Hepat.,10:256−65.
ボズカヤ H(Bozkaya H)、ヤーデイヂン C(Yurdaydin C)、イヂルマン R(Idilman R)、ツズン A(Tuzun A)、シナル K(Cinar K)、エルカン O(Erkan O)、ボズダイ AM(Bozdayi AM)、エルデン E(Erden E)、ウズン Y(Uzun Y)、セチンカヤ H(Cetinkaya H)およびウズナリモグル O(Uzunalimoglu O).(2005年)Lamivudine treatment in HBeAg−negative chronic hepatitis B patients with low level viraemia.Antivir Ther.10(2):319−25
デイ,I.N.(Day,I.N.)、スパナキス,E.(Spanakis,E.)、パラマンド,D.(Palamand,D.)、ウィーヴィンド,G.P.(Weavind,G.P.)およびO’デル,S.D.(O’Dell,S.D.)(1998年)Trends Biotechnol.16,287−290
デ・クレーク,E.(De Clercq,E.)(1999年)Int.J Antimicrob Agents12,81−95
ディレーニー,W.E.(Delaney,W.E.)、ミラー,T.G.(Miller,T.G.)およびイソム,H.C.(Isom,H.C.)(1999年)Antimicrob Agents Chemother43,2017−2026
ディレーニー W(Delaney W)、ヤン H(Yang H)、ウェストランド C(Westland C)、ダス K(Das K)、アーノルド E(Arnold E)、ミラー M.(Miller M.)(2002年).Functional analysis of rtV173L,an HBV polymerase mutation frequently observed in lamivudine−resistant chronic hepatitis B patients.Hepatology,36:373A
デルワート,E.L.(Delwart,E.L.)、シェパード,H.W.(Sheppard,H.W.)、ウォーカー,B.D.(Walker,B.D.)、ゴードスミット,J.(Goudsmit,J.)およびムリンス,J.I.(Mullins,J.I.)(1994年)J Virol 68,6672−6683
デルワート,E.L.(Delwart,E.L.)、シュパール,E.G.(Shpaer,E.G.)、ロウワギー,J.(Louwagie,J.)、マックカットチャン,F.E.(McCutchan,F.E.)、グレズ,M.(Grez,M.)、ルブサメン−ワイグマン,H.(Rubsamen−Waigmann,H.)およびムリンス,J.I.(Mullins,J.I.)(1993年)Science262,1257−1261
ドレ G.J.(Dore G.J.)ら、Efficacy of tenofovir disoproxil fumarate in antiretroviral therapy−naive and −experienced patients coinfected with HIV−1 and hepatitis B virus.J.Infect.Dis.(2004)189(7):1185−1192.
デルマナック,R.(Drmanac,R.)、デルマナック,S.(Drmanac,S.)、ストレゾスカ,Z.(Strezoska,Z.)、パウネスク,T.(Paunesku,T.)、レイバット,I.(Labat,I.)、ゼレムスキ,M.(Zeremski,M.)、スノッディ,J.(Snoddy,J.)、フンクハウサー,W.K.(Funkhouser,W.K.)、クープ,B.(Koop,B.)およびフッド,L.(Hood,L.)(1993年)Science260,1649−1652
フー,L.(Fu,L.)およびチェン,Y.C.(Cheng,Y.C.)(2000年)Antimicrob Agents Chemother44,3402−3407
グリフィン,T.J.(Griffin,T.J.)およびスミス,L.M.(Smith,L.M.)(2000年)Trends Biotechnol.18,77−84
グンター S(Gunther S)、リー BC(Li BC)、ミスカ S(Miska S)、クルガー DH(Kruger DH)、マイセル H(Meisel H)およびウィル H.(Will H.)(1995年)A novel method for efficient amplification of whole hepatitis B virus genomes permits rapid functional analysis and reveals deletion mutants in immunosuppressed Patients.J Virol 69,5437−5444.
ハーロー,E.(Harlow,E.)およびレーン,D.(Lane,D.)(1988年)Antibodies:A Laboratory Manual.コールドスプリングハーバーラボラトリープレス(Cold Spring Harbor Laboratory Press)
フーバー,C.G.(Huber,C.G.)、プレムスター,A.(Premstaller,A.)、シャオ,W.(Xiao,W.)、オベラチャー,H.(Oberacher,H.)、ブン,G.K.(Bonn,G.K.)およびオエフナー,P.J.(Oefner,P.J.)(2001年)J Biochem Biophys Methods47,5−19
ジャービス,B.(Jarvis,B.)およびファウルズ,D.(Faulds,D.)(1999年)Drugs 58,101−141
クノーデル,R.G.(Knodell,R.G.)、イシャク,K.G.(Ishak,K.G.)、ブラック,W.C.(Black,W.C.)、チェン,T.S.(Chen,T.S.)、クライグ,R.(Craig,R.)、カプロウィズ,N.(Kaplowitz,N.)、キールナン,T.W.(Kiernan,T.W.)およびウォールマン,J.(Wollman,J.)(1981年)Hepatology 1,431−435
コルッコ,J.(Korkko,J.)、アンヌネン,S.(Annunen,S.)、ピラジャマ,T.(Pihlajamaa,T.)、プロコップ,D.J.(Prockop,D.J.)およびアラ−コッコ,L.(Ala−Kokko,L.)(1998年)Proc Natl Acad Sci U S A 95,1681−1685
コスブスキー,M.J.(Kosovsky,M.J.)、カウストブ,V.I.(Khaoustov,V.I.)、ルストン,M.(Rushton,M.)およびヨッフェ,B.(Yoffe,B.)(2000年)Biochim Biophys Acta 1490,63−73
クリステンセン,V.N.(Kristensen,V.N.)、ケレフィオティス,D.(Kelefiotis,D.)、クリステンセン,T.(Kristensen,T.)およびボーレッセン−ダレ,A.L.(Borresen−Dale,A.L.)(2001年)Biotechniques 30,318−22,324,326
リー,Z.(Li,Z.)およびチレル,D.L.(Tyrrell,D.L.)(1999年)Biochem Cell Biol 77,119−126
リデル,J.E.(Liddle,J.E.)およびクライヤー,A.(Cryer,A.)(1991年)A Practical Guide to Monoclonal Antibodies.ウィリー(Wiley),ニューヨーク(New York)
ロク,A.S.(Lok,A.S.)(1994年)J Viral.Hepat.1,105−124
ルー,X.(Lu,X.)、ブロック,T.M.(Block,T.M.)およびゲーリッヒ,W.H.(Gerlich,W.H.)(1996年)J Virol 70,2277−2285
ルー,X.(Lu,X.)、ハズボウン,T.(Hazboun,T.)およびブロック,T.(Block,T.)(2001年)Virus Res 73,27−40
ルスコーム,C.A.(Luscombe,C.A.)およびロカルニニ,S.(Locarnini,S.)(1996年)Viral hepatitis reviews 2,1−35
マチダ,A.(Machida,A.)、キシモト,S.(Kishimoto,S.)、オオヌマ,H.(Ohnuma,H.)、ババ,K.(Baba,K.)、イトウ,Y.(Ito,Y.)、ミヤモト,H.(Miyamoto,H.)、フナツ,G.(Funatsu,G.)、オダ,K.(Oda,K.)、ウスダ,S.(Usuda,S.)およびトガミ,S.(Togami,S.)(1984年)Gastroenterology 86,910−918
マキサム,A.M.(Maxam,A.M.)およびギルバート,W.(Gilbert,W.)(1977年)Proc Natl Acad Sci U S A 74,560−564
メラー,A.(Meller,A.)、ニボン,L.(Nivon,L.)、ブランディン,E.(Brandin,E.)、ゴロベビチェンコ,J.(Golovchenko,J.)およびブラントン,D.(Branton,D.)(2000年)Proc Natl Acad Sci USA 97,1079−1084
ナラヤナスワミ,G.(Narayanaswami,G.)およびテイラー,P.D.(Taylor,P.D.)(2001年)Genet Test.5,9−16
ニールセン,P.E.(Nielsen,P.E.)(2001年)Curr Med Chem 8,545−550
オガタ N.(Ogata N.)、フジイ K.(Fujii K.)、タキガワ S.(Takigawa S.)、ノモト M.(Nomoto M.)、イチダ T.(Ichida T.)およびアサクラ H.(Asakura H.)(1999年)J.Med.Virol.59,270−276.
オノ,S.K.(Ono,S.K.)、カトウ,N.(Kato,N.)、シラトリ,Y.(Shiratori,Y.)、カトウ,J.(Kato,J.)、ゴトウ,T.(Goto,T.)、シナジ,R.F.(Schinazi,R.F.)、カリルホ、F.J.(Carrilho,F.J.)およびオマタ,M.(Omata,M.)(2001年)J Clin Invest 107,449−455
オルム,H.(Orum,H.)およびウェンゲル,J.(Wengel,J.)(2001年)Curr Opin.Mol.Ther.3,239−243
パラン,N.(Paran,N.)、ゲイガー,B.(Geiger,B.)およびシャウル,Y.(Shaul,Y.)(2001年)EMBO J 20,4443−4453
ペリロ R.(Perrillo R.)ら、Adefovir dipivoxil added to ongoing lamivudine in chronic hepatitis B with YMDD mutant hepatitis B virus.Gastroenterology(2004年)126(1):81−90.
ペータース M.G.(Peters M.G.)ら、Adefovir dipivoxil alone or in combination with lamivudine in patients with lamivudine−resistant chronic hepatitis B.Gastroenterology(2004年)126(1):91−101.
レシュ,W.(Resch,W.)、パーキン,N.(Parkin,N.)、スルエルケ,E.L.(Stuelke,E.L.)、ワトキンス,T.(Watkins,T.)およびスワンストーム,R.(Swanstrom,R.)(2001年)Proc Natl Acad Sci USA 98,176−181
ルアノ,G.(Ruano,G.)およびキッド,K.K.(Kidd,K.K.)(1991年)Proc Natl Acad Sci USA 88,2815−2819
サイキ,R.K.(Saiki,R.K.)、ワルシュ,P.S.(Walsh,P.S.)、レベンソン,C.H.(Levenson,C.H.)およびエールリッヒ,H.A.(Erlich,H.A.)(1989年)Proc Natl Acad Sci USA 86,6230−6234
サンガー,F.(Sanger,F.)、ニッケルン,S.(Nicklen,S.)およびコールソン,A.R.(Coulson,A.R.)(1977年)Proc Natl Acad Sci USA 74,5463−5467
シナジ,R.(Schinazi,R.)(1997年)in Viral hepatitis and liver disease(リッゼット,M.(Rizzetto,M.)、パーセル,R.(Purcell,R.)、ゲリン,J.(Gerin,J.)およびベルメ,G.(Verme,G.)編、Impact of nucleosides on hepatitis virus.736−742頁、ミネルヴァメディカ(Minerva Medica),トリノ(Torino)
セタ,T.(Seta,T.)、O.ヨコスカ(O.Yokosuka),F.イマゼキ(F.Imazeki)、M.タガワ(M.Tagawa)、およびH.サイスホ(H.Saisho)(2000年).Emergence of YMDD motif mutants of hepatitis B virus during lamivudine treatment of immunocompetent type B hepatitis patients J.Med.Virol.60:8−16.
ストイヴェル,L.(Stuyver,L.)、デ・ゲント,S.(De Gendt,S.)、バン・ゲイト,C.(Van Geyt,C.)、ゾウリム,F.(Zoulim,F.)、フリード,M.(Fried,M.)、シナジ,R.F.(Schinazi,R.F.)およびロッサウ,R.(Rossau,R.)(2000年)J Gen.Virol 81 Pt1,67−74
ストイヴェル,L.(Stuyver,L.)、ウィセウル,A.(Wyseur,A.)、ロンボート,A.(Rombout,A.)、ロウガギー,J.(Louwagie,J.)、スカルセズ,T.(Scarcez,T.)、ベルホフステデ,C.(Verhofstede,C.)、リムランド,D.(Rimland,D.)、シナジ,R.F.(Schinazi,R.F.)およびロッサウ,R.(Rossau,R.)(1997年)Antimicrob Agents Chemother 41,284−291
ストイヴェル,L.(Stuyver,L.)、ウィセウル,A.(Wyseur,A.)、バン・アーンヘム,W.(van Arnhem,W.)、ヘルナンデス,F.(Hernandez,F.)およびマエルテンス,G.(Maertens,G.)(1996年)J Clin Microbiol 34,2259−2266
ストイヴェル,L.J.(Stuyver,L.J.)、ロカルニニ,S.A.(Locarnini,S.A.)、ロク,A.(Lok,A.)、リッチマン,D.D.(Richman,D.D.)、カーマン,W.F.(Carman,W.F.)、ディーンスタグ,J.L.(Dienstag,J.L.)およびシナジ,R.F.(Schinazi,R.F.)(2001年)Hepatology 33,751−757
サマーズ J.(Summers J.)、マソン W.(Mason W.)Cell(1982年)29:403−415.
アーバン,S.(Urban,S.)およびチレル,D.L.(Tyrrell,D.L.)(2000年)Antiviral Res 45,185−197
ウォーレステッド,C.(Wahlestedt,C.)、サルミ,P.(Salmi,P.)、グッド,L.(Good,L.)、ケラ,J.(Kela,J.)、ジョンソン,T.(Johnsson,T.)、ホクフェルト,T.(Hokfelt,T.)、ブロベーガー,C.(Broberger,C.)、ポレッカ,F.(Porreca,F.)、ライ,J.(Lai,J.)、レン,K.(Ren,K.)、オッシポブ,M.(Ossipov,M.)、コスキン,A.(Koshkin,A.)、ヤコブセン,N.(Jakobsen,N.)、スコウブ,J.(Skouv,J.)、オエルム,H.(Oerum,H.)、ヤコブセン,M.H.(Jacobsen,M.H.)およびウェンゲル,J.(Wengel,J.)(2000年)Proc Natl Acad Sci USA 97,5633−5638
ウェストランド CE(Westland CE)ら、Week 48 resistance surveillance in two phase 3 clinical studies of adefovir dipivoxil for chronic hepatitis B.Hepatology(2003年) 38(1):96−103.
シャオ,W.(Xiao,W.)およびオエフナー,P.J.(Oefner,P.J.)(2001年)Hum Mutat 17,439−474
ション,X.(Xiong,X.)、C.フローレス(C.Flores)、H.ヤン(H.Yang)、J.J.ツーレ(J.J.Toole)、およびC.S.ギブス(C.S.Gibbs)(1998年).Mutations in hepatitis B DNA polymerase associated with resistance to lamivudine do not confer resistance to adefovir in vitro Hepatology 28:1669−1673.
ヤガー,T.D.(Yager,T.D.)、バロン,L.(Baron,L.)、バトラ、R.(Batra,R.)、ボーエビッチ,A.(Bouevitch,A.)、チャン,D.(Chan,D.)、チャン,K.(Chan,K.)、ダラシュ,S.(Darasch,S.)、ギルヒリスト,R.(Gilchrist,R.)、イズマイロフ,A.(Izmailov,A.)、ラクロイクス,J.M.(Lacroix,J.M.)、マーチェレタ,K.(Marchelleta,K.)、レンフリュー,J.(Renfrew,J.)、ルシュロー,D.(Rushlow,D.)、ステインバッハ,E.(Steinbach,E.)、トン,C.(Ton,C.)、ウォーターハウス,P.(Waterhouse,P.)、ザレスキー,H.(Zaleski,H.)、デュン,J.M.(Dunn,J.M.)およびスティーブンズ,J.(Stevens,J.)(1999年)Electrophoresis 20,1280−1300
ヤン H(Yang H)ら、Complete Genotypic and Phenotypic Analyses of HBV Mutations Identified in HBeAg−negative Chronic Hepatitis B Patients Receiving 96 Weeks of Adefovir Dipivoxil(ADV).Hepatology(2003年)38:705A.,C.T.,チェン,R.N.(Chien,R.N.)、チュ,C.M.(Chu,C.M.)およびリャウ,Y.F.(Liaw,Y.F.)(2000年)Hepatology 31,1318−1326
Claims (27)
- アラニンからセリンへのアミノ酸置換、rtA181Sを生じるコドン位置181におけるDNAポリメラーゼ遺伝子の少なくとも1つのヌクレオチド変異を含んでなる、単離されたHBV変種。
- ヌクレオシドアナログに対して低減した感受性を示す、請求項1に記載の単離されたHBV変種。
- ヌクレオシドアナログアデフォビルおよび/またはラミブジンに対して低減した感受性を示す、請求項2に記載の単離されたHBV変種。
- DNAポリメラーゼ遺伝子における少なくとも1つのさらなるヌクレオチド変異を含んでなり、ここで、前記さらなるヌクレオチド変異は、ポリメラーゼ遺伝子のコドン位置204にあり、メチオニンからメチオニン以外の任意のアミノ酸へのアミノ酸置換を生じる、請求項1、2および3のいずれか一項に記載の単離されたHBV変種。
- 前記さらなるヌクレオチド変異が、メチオニンからイソロイシンへのアミノ酸置換を生じる、請求項4に記載の単離されたHBV変種。
- HBV変種におけるDNAポリメラーゼ遺伝子のアミノ酸置換rtA181Sを生じるヌクレオチド変異を含んでなる請求項1〜5のいずれか一項に記載のHBV変種から得られる単離されたHBVポリ核酸、または前記ヌクレオチド変異を含んでなる前記HBVポリ核酸のフラグメント。
- HBV変種におけるDNAポリメラーゼ遺伝子のコドン位置204を生じ、かつメチオニンからメチオニン以外任意のアミノ酸へのアミノ酸置換を生じるさらなるヌクレオチド変異を含んでなる請求項6に記載の単離されたHBVポリ核酸、または該ヌクレオチド変異を含んでなる前記HBVポリ核酸のフラグメント。
- HBV変種におけるDNAポリメラーゼ遺伝子のドメインBにおいてrtA181S置換を生じるヌクレオチド変異およびHBV変種におけるDNAポリメラーゼ遺伝子のドメインCにおいてrtM204I置換を生じるヌクレオチド変異を含んでなる請求項7に記載の単離されたHBVポリ核酸、または該ヌクレオチド変異を含んでなる前記HBVポリ核酸のフラグメント。
- 配列番号2、配列番号3、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択されるポリ核酸を含んでなる請求項6〜8のいずれか一項に記載の単離されたHBVポリ核酸。
- 請求項6〜9のいずれか一項に記載の単離されたHBVポリ核酸またはそのフラグメント由来のHBV発現産物。
- 配列番号10、配列番号11、配列番号13および配列番号14からなる群から選択されるポリアミノ酸を含んでなる請求項10に記載のHBV発現産物。
- 請求項1〜5のいずれか一項に記載の単離されたHBV変種を含んでなる組成物。
- 請求項6〜9のいずれか一項に記載の単離されたHBVポリ核酸またはそのフラグメントを含んでなる組成物。
- 請求項10または11に記載のHBV発現産物を含んでなる組成物。
- 少なくとも1つの非交差耐性な抗HBV薬の選択のためのプロセスにおける、請求項1〜5のいずれか一項に記載の単離されたHBV変種、あるいは請求項6〜9のいずれか一項に記載の単離されたHBVポリ核酸あるいは請求項10または11に記載のHBV発現産物あるいは請求項12または13に記載の組成物の使用。
- HBV変種の検出のためのプロセスにおける、請求項1〜5のいずれか一項に記載の単離されたHBV変種、あるいは請求項6〜9のいずれか一項に記載の単離されたHBVポリ核酸あるいは請求項10または11に記載のHBV発現産物あるいは請求項12または13に記載の組成物の使用。
- 前記被験体にヌクレオシドアナログを投与すること、被験体が請求項1〜5のいずれか一項に記載の単離されたHBV変種に感染しているかどうかを決定すること、および感染していれば、少なくとも1つの非交差耐性な抗HBV薬を前記被験体に投与すること、を含んでなる、HBV感染症に感染した被験体の処置のための方法。
- 生物学的サンプルにおいて請求項1〜5のいずれか一項に記載のHBV変種の存在を検出するための方法であって、請求項6〜9のいずれか一項に記載のポリ核酸またはそのフラグメントの存在を検出する工程を含んでなる方法。
- a.前記生物学的サンプルから標的HBVポリ核酸を得ること、ここで、前記標的HBVポリ核酸は、HBV逆転写酵素ドメインのセリンをコードするコドン181、ならびに場合により、HBVウイルスのHBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204またはバリンをコードするコドン204またはセリンをコードするコドン204、およびスレオニンをコードするコドン236からなる群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンを含んでなることが疑われるものであり;
b.(a)の標的HBVポリ核酸の核酸配列を得ること;
c.(b)において得られる核酸配列から、HBV逆転写酵素ドメインの前記セリンをコードするコドン181、および場合により、(a)に記載の群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンの存在、ならびにそれらから、前記生物学的サンプルにおける前記HBVウイルスの存在および/または前記生物学的サンプルに存在するHBVウイルスの抗ウイルス薬に対する前記耐性を推察すること
を含んでなる、請求項18に記載の方法。 - a.前記生物学的サンプルに存在する標的HBVポリ核酸を得る工程および/またはそのヌクレオチド配列を得ること;
b.適切な場合、(a)において得られるポリ核酸を部分的もしくは完全に変性するか、または酵素的に修飾すること;
c.適切な場合、好ましくは、HBVポリ核酸またはそのフラグメントにおいて、HBV逆転写酵素ドメイン中のセリンをコードするコドン181とHBV逆転写酵素ドメイン中のアラニンもしくはバリンをコードするコドン181とを識別することが可能な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドの存在下で、工程(b)において得られる変性されたポリ核酸を再生させる工程、ならびに必要であれば、前記オリゴヌクレオチドを酵素的に修飾する(伸長することを含む)工程を含むこと;
d.適切な場合、工程(b)において得られる部分的もしくは完全に変性されたHBVポリ核酸、ならびに/あるいは工程(c)において形成されるハイブリッド、ならびに/あるいは工程(b)および/または(c)において得られる酵素修飾を検出すること;
e.以下の群:部分的もしくは完全に変性されたポリ核酸、ハイブリッド、酵素修飾(すべて工程(d)において検出される)のうちの1つもしくはそれ以上のデータ、ならびに(a)において得られるヌクレオチド配列から、前記生物学的サンプルにおける前記HBVの存在および/または前記生物学的サンプルに存在するHBVの抗ウイルス薬に対する前記耐性を推察すること
を含んでなる、請求項19に記載の方法。 - a.前記生物学的サンプルから標的HBVポリ核酸を得ること、ここで、前記標的HBVポリ核酸は、HBV逆転写酵素ドメインのセリンをコードするコドン181を、場合により、HBVのHBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204またはバリンをコードするコドン204またはセリンをコードするコドン204、およびスレオニンをコードするコドン236からなる群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンとともに含んでなることが疑われるものであり;
b.(a)の標的HBVポリ核酸を、セリンをコードするコドン181とアラニンまたはバリンをコードするコドン181とを識別することが可能であり、場合により、ロイシンをコードするコドン180とメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204とメチオニン、バリンまたはセリンをコードするコドン204、およびアスパラギンをコードするコドン236とスレオニンをコードするコドン236からなる群から選択される1つもしくはそれ以上のコドンを識別することが可能なオリゴヌクレオチドと接触させること;
c.(b)において得られる識別シグナルから、場合により、HBV逆転写酵素ドメインの前記メチオニンをコードするコドン180または前記イソロイシンをコードするコドン204または前記アスパラギンをコードするコドン236とともにHBV逆転写酵素の前記セリンをコードするコドン181の存在、ならびにそれから、前記生物学的サンプルにおける前記HBVの存在および/または前記生物学的サンプルに存在するHBVウイルスの抗ウイルス薬に対する前記耐性を推察すること
を含んでなる、請求項18に記載のHBV変種の存在を検出するための方法。 - 生物学的サンプルにおけるHBV変種の存在を検出するためおよび/または生物学的サンプルに存在するHBVの抗ウイルス薬に対する耐性を検出するための診断キットであって、請求項6〜9のいずれか一項に記載のポリ核酸の存在を検出するための手段を含んでなるキット。
- a.場合により、HBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204およびアスパラギンをコードするコドン236からなる群からの1つもしくはそれ以上のコドンをとともにHBV逆転写酵素ドメインのセリンをコードするコドン181を含んでなることが疑われる標的ポリ核酸の核酸配列から、
場合により、HBV逆転写酵素ドメインのメチオニンをコードするコドン180、イソロイシンをコードするコドン204およびアスパラギンをコードするコドン236からなる群からの1つもしくはそれ以上のコドンとともにHBV逆転写酵素ドメインの前記セリンをコードするコドン181の存在、
ならびにそれから、前記生物学的サンプルにおける前記HBVの存在を推察するための手段と、場合により、
b.標的ポリ核酸の核酸配列を得るための手段と、
を含んでなる、請求項22に記載の診断キット。 - セリンをコードするコドン181とアラニンまたはバリンをコードするコドン181とを識別することが可能なオリゴヌクレオチドを含んでなる請求項22または23に記載の診断キット。
- 請求項6〜9のいずれか一項に記載のポリ核酸を含んでなるHBVに対して活性な薬物をスクリーニングするための方法であって、
a.前記薬物の非存在下で前記HBVの複製を測定すること;
b.前記薬物の存在下で前記HBVの複製を測定すること;
c.(a)および(b)から、前記HBVの複製に対する前記薬物の阻害効果を推察すること
を含んでなる方法。 - 請求項6〜9のいずれか一項に記載のHBVポリ核酸またはそのフラグメントにおいて、セリンをコードするコドン181と他の任意のアミノ酸をコードするコドン181とを識別することが可能なオリゴヌクレオチド。
- セリンをコードするコドン181とアラニンまたはバリンをコードするコドン181とを識別することが可能な請求項28に記載のオリゴヌクレオチド。
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AUPO351996A0 (en) * | 1996-11-08 | 1996-12-05 | Western Health Care Network | Viral variants and methods for detecting same |
US7405039B2 (en) | 2002-02-07 | 2008-07-29 | Austin Health | Viral variants with altered susceptibility to nucleoside analogs and uses thereof |
TR200402517T1 (tr) | 2002-03-29 | 2007-12-24 | Innogenetics N.V. | HBV ilaç direnci tespit metotları |
EP2455390A1 (en) | 2002-04-12 | 2012-05-23 | Melbourne Health | Hepatitis B viral variants with reduced susceptibility to nucleoside analogs and uses thereof |
AU2006224788B2 (en) * | 2005-03-15 | 2012-08-16 | Justus-Liebig-Universitat Giessen | Variants of Hepatitis B virus resistant against some nucleoside analogues, but sensitive to others, and uses thereof |
ES2494840T3 (es) | 2005-03-15 | 2014-09-16 | Fujirebio Europe N.V. | Variantes víricas de la hepatitis B con susceptibilidad reducida a análogos de nucleósidos y usos de las mismas |
EP1874923A4 (en) * | 2005-04-08 | 2010-08-04 | Melbourne Health | VARIANTS OF THE HEPATITIS B VIRUS WITH RESISTANCE TO ANTIVIRAL NUCLEOSIDAGENTS AND APPLICATIONS THEREOF |
US8211443B2 (en) * | 2005-04-08 | 2012-07-03 | Melbourne Health | Variants of hepatitis B virus with resistance to anti-viral nucleoside agents and applications thereof |
KR101110013B1 (ko) * | 2007-10-05 | 2012-02-29 | (주)바이오니아 | 서열 내에 어베이직 부분을 포함하는 pcr 증폭용프라이머 |
JP2009213465A (ja) * | 2007-10-30 | 2009-09-24 | Toshiba Corp | B型肝炎ウイルス薬剤耐性株検出用核酸プライマーセット、アッセイキットおよびb型肝炎ウィルスの薬剤耐性株の検出方法 |
WO2015187009A1 (en) * | 2014-06-02 | 2015-12-10 | Isa Pharmaceuticals B.V. | Synthetic long peptides (slp) for therapeutic vaccination against hepatitis b virus infection |
US9963751B2 (en) | 2015-11-24 | 2018-05-08 | The Penn State Research Foundation | Compositions and methods for identifying agents to reduce hepatitis B virus covalently closed circular DNA |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2003066841A1 (en) * | 2002-02-07 | 2003-08-14 | Melbourne Health | Viral variants with altered susceptibility to nucleoside analogs and uses thereof |
WO2003087351A1 (en) * | 2002-04-12 | 2003-10-23 | Melbourne Health | Hepatitis b viral variants with redused susceptibility to nucleoside analogs and uses thereof |
Family Cites Families (23)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5576175A (en) | 1989-09-20 | 1996-11-19 | Immuno Aktiengesellschaft | Complex suitable for carrying out a method of purifying pre-S hepatitis B surface antigen |
US5849987A (en) | 1992-06-02 | 1998-12-15 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | Animal model for hepatitis virus infection |
US5858328A (en) | 1991-06-04 | 1999-01-12 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | Animal model for hepatitis virus infection |
ES2146231T3 (es) | 1992-07-08 | 2000-08-01 | Innogenetics Nv | Polipeptidos derivados de la endonexina 2 y que presentan una actividad de receptor del virus de la hepatitis b, y su utilizacion en composiciones diagnosticas y farmaceuticas. |
US5595739A (en) | 1993-05-07 | 1997-01-21 | Abbott Laboratories | Hepatitis B virus mutants, reagents and methods for detection |
US6242187B1 (en) | 1996-01-29 | 2001-06-05 | Virologic, Inc. | Compositions and methods for determining anti-viral drug susceptibility and resistance and anti-viral drug screening |
US6100068A (en) | 1997-01-21 | 2000-08-08 | Paik-Inje Memorial Institute For Biomedical Science | Method of protein production using mitochondrial translation system |
US5817457A (en) | 1996-02-07 | 1998-10-06 | Ma Bioservices, Inc. | Methods and kits for detecting viral reverse transcriptase activity in a sample using an acidic pH or an elevated temperature |
US5877162A (en) | 1996-03-14 | 1999-03-02 | Innovir Laboratories, Inc. | Short external guide sequences |
ZA973367B (en) | 1996-04-19 | 1997-11-18 | Innogenetics Nv | Method for typing and detecting HBV. |
JP2000508923A (ja) | 1996-04-26 | 2000-07-18 | マサチューセッツ・インスティテュート・オブ・テクノロジー | 3―ハイブリッド・スクリーニング・アッセイ |
CA2262515A1 (en) | 1996-08-16 | 1998-02-26 | Dong Wha Pharm. Ind. Co., Ltd. | Hbv polymerase, rnase h enzyme derived from hbv polymerase, processes for preparation and uses for screening antiviral agents thereof |
AUPO351996A0 (en) | 1996-11-08 | 1996-12-05 | Western Health Care Network | Viral variants and methods for detecting same |
US5939541A (en) | 1997-03-28 | 1999-08-17 | University Of South Carolina | Method for enhancing expression of a foreign or endogenous gene product in plants |
WO1999037821A1 (en) | 1998-01-21 | 1999-07-29 | The Penn State Research Foundation | Methods and compositions to investigate infection by hepatitis b virus and agents to prevent and treat the infection |
US6150105A (en) | 1998-08-20 | 2000-11-21 | Genetic Assays, Inc. | Methods of screening nucleic acids for nucleotide variations |
JP2000270876A (ja) | 1999-03-26 | 2000-10-03 | Genome Science Laboratories Co Ltd | B型肝炎ウイルス遺伝子の変異検出方法および検出キット |
AUPP967999A0 (en) | 1999-04-09 | 1999-05-06 | North Western Health Care Network | Viral variants |
DE60020830T2 (de) | 1999-04-30 | 2006-07-27 | Sequenom, Inc., San Diego | Diagnostische sequenzierung durch eine kombination von spezifischer spaltung und massenspektrometrie |
TR200402517T1 (tr) | 2002-03-29 | 2007-12-24 | Innogenetics N.V. | HBV ilaç direnci tespit metotları |
US20040191763A1 (en) | 2002-10-01 | 2004-09-30 | Gilead Sciences, Inc. | HBV mutations associated with reduced susceptibility to adefovir |
AU2006224788B2 (en) | 2005-03-15 | 2012-08-16 | Justus-Liebig-Universitat Giessen | Variants of Hepatitis B virus resistant against some nucleoside analogues, but sensitive to others, and uses thereof |
ES2494840T3 (es) | 2005-03-15 | 2014-09-16 | Fujirebio Europe N.V. | Variantes víricas de la hepatitis B con susceptibilidad reducida a análogos de nucleósidos y usos de las mismas |
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Patent Citations (2)
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---|---|---|---|---|
WO2003066841A1 (en) * | 2002-02-07 | 2003-08-14 | Melbourne Health | Viral variants with altered susceptibility to nucleoside analogs and uses thereof |
WO2003087351A1 (en) * | 2002-04-12 | 2003-10-23 | Melbourne Health | Hepatitis b viral variants with redused susceptibility to nucleoside analogs and uses thereof |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
JPN6011033959; GASROENTEROLOGY, vol.122, p.264-273 (2002) * |
JPN6011033961; Virology, vol.299, p.89-99 (2002) * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
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