JP2007535966A - 染色体異常を検出するための方法 - Google Patents
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Abstract
Description
1つの態様において、本明細書中で分離融合(Split−Fusion)FISH(SF−FISH)といわれる、少なくとも3つの異なる識別できる標識を有する少なくとも3つの異なるプローブが使用される。1つの態様において、プローブの2つは、核酸の調製物において標的領域に結合する。核酸の調製物としては、染色体、BAC、YAC、プラスミド、およびコスミドの調製が挙げられるがこれらに限定されない。別の態様において、標的領域は、2つのプローブが第1の融合したシグナルを生成するために十分近位であるように、染色体中の擬似分岐点のいずれかの側上であり得る。第3のプローブは、サンプル中の異なる標的領域に結合し、それ自身の独立したシグナルを示す。例えば、これは、他の2つのプローブによって結合される染色体を除く、サンプル中の1つの染色体、染色体の特定のグループ、または他の全ての染色体への結合を含み得る。核酸構造の変化が生じる場合、第1の融合したシグナルは、第1の2つのプローブの近接がなくなったことにより、そのそれぞれの個々のシグナルに分離する。さらに、新規の融合したシグナルが、第3のプローブの2つの他のプローブの1つへの新規の近接により現れる。核酸構造の変化は、第1の融合したシグナルが失われたり、新規の離れたシグナルが現れたり、そして新規の第2の融合したシグナルが現れたりする場合に、明確に同定される。図3を参照。別の態様において、SF−FISH法において使用される少なくとも3つのプローブの少なくとも1つは、相補的な反復非標的配列に前もって吸着され、SF−FISH法における使用の前にサンプル中の反復非標的配列に結合し得る標識されたプローブを除去する。
1つの態様において、本発明は、染色体構造の変化を検出する方法を提供する。本明細書中で使用される場合、句、染色体構造の変化は、正常な染色体コントロールと比較した場合、試験サンプル中の染色体の変化をいう。本明細書中で使用される場合、正倍数性は、正常な数の構造的に正常な染色体を有する状態である。例えば、ヒト女性由来の正倍数性体細胞は、総計46染色体または23染色体対に対して、44の常染色体および2つのX染色体を含む。正倍数性の雄牛は、58の常染色体、1つのX染色体および1つのY染色体を有する。
(a)核酸の調製物を得る工程;
(b)核酸の調製物を、第1の標識を含む第1のプローブと接触させる工程;
(c)核酸の調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ標的領域内に結合し、第1のプローブと第2のプローブとの結合が融合したシグナルを生じる、工程:
(d)核酸の調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで第3のプローブは、核酸の調製物中の異なる標的領域に結合する、工程:ならびに
(e)核酸構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで、この第1のプローブおよび第2のプローブは、離れたシグナルを生じる同じ標的領域には存在せず;
(i)第1のプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
が新規の融合したシグナルを生じる同じ標的領域に存在する。
(a)染色体調製物を得る工程;
(b)染色体調製物を、第1の標識を含む第1のプローブと接触させる工程;
(c)染色体調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ染色体に結合し、第1のプローブと第2のプローブとの結合が融合したシグナルを生じる、工程:
(d)染色体調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで、第3のプローブは染色体調製物中の他の染色体または同じ染色体の別の領域に結合する、工程:ならびに
(e)染色体構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは離れたシグナルを生じる同じ染色体には存在せず;
(i)第1のプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
が新規の融合したシグナルを生じる同じ染色体に存在する。
(a)染色体調製物を得る工程;
(b)染色体サンプル中に存在し結合した標識されたプローブを形成し得る非標的配列に相補的なヌクレオチド配列を有する相補的なプローブと、第1の標識を含む第1のプローブを接触させる工程;
(c)結合した標識されたプローブを除去し、第1の選択されたプローブを残す工程;
(d)染色体調製物を第1の選択されたプローブと接触させる工程;
(e)染色体調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1の選択されたプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ染色体に結合し、第1の選択されたプローブと第2のプローブとの結合が融合したシグナルを生じる、工程:
(f)染色体調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで、第3のプローブは第1の選択されたプローブおよび第2のプローブによって結合される染色体以外の、染色体調製物中の他の染色体に結合する、工程:ならびに
(g)染色体構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで、第1の選択されたプローブおよび第2のプローブは、離れたシグナルを生じる同じ染色体には存在せず;
(i)第1の選択されたプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
は、新規の融合したシグナルを生じる同じ染色体に存在する。
(実施例1)
中期伸展および間期核を含むスライドガラスを、Human Cytogenetics,a Practical Approach,Volume 1,第2版、D.E.RooneyおよびB.H.Czepulkowski editors(1992)に記載されるように3.7%ホルムアルデヒドを含むTBS(50mmol/L Tris、150mmol/L NaCl、pH7.6)中、室温で2分間前処理した。次いで、このスライドガラスをリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)で、1回洗浄あたり5分間室温で、2回リンスした。リンスの後、このスライドガラスを70%エタノール中4℃で2分間インキュベートし、85%エタノール中4℃で2分間インキュベートし、次いで、96%エタノール中4℃で2分間インキュベートし、その後空気乾燥することによって、このスライドガラスを一連の冷エタノール(4℃)中で脱水した。
正常細胞および試験サンプル細胞由来の中期伸展および間期核を含むスライドガラスを、上記されるようにTBS中で前処理する。次いで、このスライドガラスをPBSで、1回洗浄あたり5分間室温で、2回リンスする。リンスの後、このスライドガラスを、上記されるように70%、85%、および96%の一連の冷エタノール(4℃)中で脱水し、空気乾燥する。
PDGFRAプローブを、正常組織および細胞株ELO−1由来の中期伸展からの中期染色体にハイブリダイズした。第4染色体上の正常なPDGFRA座を、正常細胞において、黄色の点または染色体構造の予想される疾患に関連する変化から上流および下流の領域にハイブリダイズする赤プローブおよび緑プローブの並置に起因する共局在化した緑/赤シグナルのいずれかによって検出した。
PDGRFBプローブをNALM−6細胞株由来の中期染色体にハイブリダイズした。第5染色体上の正常なPDGFRB座を、正常細胞において、黄色の点または染色体構造の予想される疾患に関連する変化から上流および下流の領域にハイブリダイズする赤プローブおよび緑プローブの並置に起因する共局在化した緑/赤シグナルのいずれかによって検出した。一方の緑シグナルの欠損は誘導体第5染色体の欠失を示し、その一方で、赤シグナルは別の染色体への転座を示した。
他のプローブが、BCL2、BCL3、BCL6、BCL10、MALT1、MYC、PAX5、CCND1、TLX1、TCRAD、TCRBおよびTCRG遺伝子に結合するように設計された。これらのプローブは、染色体構造または種々の疾患、例えばT−細胞前リンパ球性白血病、T−細胞巨大顆粒リンパ性白血病(T−LGL)、好酸球増多症候群(HES)、未分化大細胞リンパ腫(ALCL)、リンパ形質細胞性(Lymphoplasmocytic)リンパ腫(LPL)、バーキットリンパ腫(BL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、脾性辺縁帯リンパ腫(SMZL)、辺縁帯(MALT)、濾胞性リンパ腫(FL)、びまん性大細胞型リンパ腫(DLBCL)、T−細胞白血病/リンパ腫(TLL)、T−細胞白血病/リンパ腫(TLL)、およびリンパ腫に関与する標的領域の変化を検出するために使用され得る。
Claims (41)
- 標的領域の変化を検出する方法であって:
(a)核酸の調製物を得る工程;
(b)核酸の調製物を、第1の標識を含む第1のプローブと接触させる工程;
(c)核酸の調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ標的領域内に結合し、第1のプローブと第2のプローブとの結合がこの正常なコントロールサンプル内で融合したシグナルを生じる、工程:
(d)核酸の調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで第3のプローブは核酸の調製物中の異なる標的領域に結合する、工程:ならびに
(e)核酸構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで第1のプローブおよび第2のプローブは離れたシグナルを生じる同じ標的領域には存在せず;
(i)第1のプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
が新規の融合したシグナルを生じる同じ標的領域に存在する、方法。 - 染色体構造の変化を検出するための方法であって:
(a)染色体調製物を得る工程;
(b)染色体調製物を、第1の標識を含む第1のプローブと接触させる工程;
(c)染色体調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ染色体に結合し、第1のプローブと第2のプローブとの結合が正常なコントロールサンプルにおいて融合したシグナルを生じる、工程:
(d)染色体調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで、第3のプローブは染色体調製物中の他の染色体または同じ染色体の別の領域に結合する、工程:ならびに
(e)染色体構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで第1のプローブおよび第2のプローブは離れたシグナルを生じる同じ染色体には存在せず;
(i)第1のプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
が新規の融合したシグナルを生じる同じ染色体に存在する、方法。 - 前記染色体構造の変化が異数性、増幅、欠失、融合、転座、重複、挿入、および逆位の少なくとも1つから選択される、請求項2記載の方法。
- 前記第1のプローブ、前記第2のプローブまたは前記第3のプローブあるいはこれらのプローブの1つより多くのプローブが核酸プローブである、請求項2記載の方法。
- 前記核酸プローブがDNAまたはRNAからなる、請求項4記載の方法。
- 前記第1のプローブ、前記第2のプローブまたは前記第3のプローブあるいはこれらのプローブの1つより多くのプローブが非核酸プローブである、請求項2記載の方法。
- 前記非核酸プローブがPNAまたはLNAからなる、請求項8記載の方法。
- 前記標識が発色団、蛍光色素、スピンラベル、放射性同位元素、酵素、ハプテン、量子点、ビーズ、アミノヘキシル、ピレンおよび化学ルミネセンス化合物の少なくとも1つから選択される、請求項2記載の方法。
- 前記蛍光色素が5(6)−カルボキシフルオレセイン、シアニン色素、(ジエチル−アミノ)クマリン、フルオレセイン、テトラメチルローダミン、リスサミン、テキサス赤、AMCA、TRITC、IR色素、Dyomics色素、フィコエリスリン、カスケード青、Oregon緑488、パシフィック青、ローダミン緑、およびAlexa色素の少なくとも1つから選択される、請求項8記載の方法。
- 前記ハプテンが5(6)−カルボキシフルオレセイン、2,4−ジニトロフェニル、ジゴキシゲニン、ローダミン、臭化デオキシウリジン、アセチルアミノフルレン、トリニトロフェノール水銀、エストラジオールおよびビオチンの少なくとも1つから選択される、請求項8記載の方法。
- 前記酵素がダイズペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、および西洋ワサビペルオキシダーゼの少なくとも1つから選択される、請求項8記載の方法。
- 化学ルミネセンス化合物がアクリジニオンである、請求項8記載の方法。
- 前記融合したシグナルが色変化によって検出される、請求項2記載の方法。
- 前記離れたシグナルが色変化によって検出される、請求項2記載の方法。
- 前記第1のプローブおよび第2のプローブが前記染色体中の擬似分岐点の両側に結合する、請求項2記載の方法。
- 少なくとも2つのプローブが染色体調製物に同時に接触する、請求項2記載の方法。
- 前記第1のプローブ、前記第2のプローブ、および前記第3のプローブが染色体調製物に同時に接触する、請求項2記載の方法。
- 標的領域の変化を検出するための方法であって:
(a)核酸の調製物を得る工程;
(b)核酸の調製物中に存在し結合した標識されたプローブを形成し得る非標的配列に相補的なヌクレオチド配列を有する相補的なプローブと、第1の標識を含む第1のプローブを接触させる工程;
(c)結合した標識されたプローブを除去し、第1の選択されたプローブを残す工程;
(d)核酸の調製物を第1の選択されたプローブと接触させる工程;
(e)核酸の調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1の選択されたプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ標的領域に結合し、第1の選択されたプローブと第2のプローブとの結合が正常なコントロールサンプルにおいて融合したシグナルを生じる、工程:
(f)核酸の調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで、第3のプローブは核酸の調製物中の他の核酸または同じ核酸の別の領域に結合する、工程:ならびに
(g)核酸構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで、第1の選択されたプローブおよび第2のプローブは離れたシグナルを生じる同じ標的領域には存在せず;
(i)第1の選択されたプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
が新規の融合したシグナルを生じる同じ標的領域に存在する、方法。 - 染色体構造の変化を検出するための方法であって:
(a)染色体調製物を得る工程;
(b)染色体調製物を、第1の標識を含む第1のプローブと接触させる工程;
(c)染色体調製物を、第2の標識を含む第2のプローブと接触させる工程であって、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは正常なコントロールサンプルにおいて同じ染色体に結合し、第1のプローブと第2のプローブとの結合がこの正常なコントロールサンプル内で融合したシグナルを生じる、工程:
(d)染色体調製物を、第3の標識を含む第3のプローブと接触させる工程であって、ここで、第3のプローブは染色体調製物中の他の染色体または同じ染色体の別の領域に結合する、工程:ならびに
(e)染色体構造の変化を検出する工程、
を包含し、ここで、第1のプローブおよび第2のプローブは離れたシグナルを生じる同じ染色体には存在せず;
(i)第1のプローブおよび第3のプローブ;または
(ii)第2のプローブおよび第3のプローブ
が新規の融合したシグナルを生じる同じ染色体に存在し;ここで、
(f)核酸調製物をプローブと接触させる前に、
(i)第1の標識を含む第1のプローブ、第2の標識を含む第2のプローブおよび第3の標識を含む第3のプローブの1つ以上を相補的なプローブに結合させ、相補的なプローブが染色体サンプル中に存在し得る非標的配列に相補的なヌクレオチド配列を有し、結合した標識されたプローブを生成する、工程;および
(ii)結合した標識されたプローブを除去する工程、
を包含する、方法。 - 1つのプローブが工程(f)に従って処理される、請求項19記載の方法。
- プローブの2つが工程(f)に従って処理される、請求項19記載の方法。
- 3つ全てのプローブが工程(f)に従って処理される、請求項19記載の方法。
- 前記相補的プローブが固体表面に付着される、請求項19記載の方法。
- 前記固体表面がビーズまたはスライドガラスである、請求項23記載の方法。
- 前記染色体構造の変化が異数性、増幅、欠失、融合、転座、重複、挿入、および逆位の少なくとも1つから選択される、請求項19記載の方法。
- 前記第1のプローブ、前記第2のプローブまたは前記第3のプローブあるいは該プローブの1つより多くのプローブが核酸プローブである、請求項19記載の方法。
- 前記核酸プローブがDNAまたはRNAからなる、請求項26記載の方法。
- 前記相補的なプローブが非核酸プローブである、請求項19記載の方法。
- 前記非核酸プローブがPNAまたはLNAからなる、請求項28記載の方法。
- 前記第1のプローブ、前記第2のプローブまたは前記第3のプローブあるいは該プローブの1つより多くのプローブが非核酸プローブである、請求項19記載の方法。
- 前記非核酸プローブがPNAまたはLNAからなる、請求項30記載の方法。
- 前記標識が発色団、蛍光色素、スピンラベル、放射性同位元素、酵素、ハプテン、量子点、ビーズ、アミノヘキシル、ピレンおよび化学ルミネセンス化合物の少なくとも1つから選択される、請求項19記載の方法。
- 前記蛍光色素が5(6)−カルボキシフルオレセイン、シアニン色素、(ジエチル−アミノ)クマリン、フルオレセイン、テトラメチルローダミン、リスサミン、テキサス赤、AMCA、TRITC、IR色素、Dyomics色素、フィコエリスリン、カスケード青、Oregon緑488、パシフィック青、ローダミン緑、およびAlexa色素の少なくとも1つから選択される、請求項32記載の方法。
- 前記ハプテンが5(6)−カルボキシフルオレセイン、2,4−ジニトロフェニル、ジゴキシゲニン、ローダミン、臭化デオキシウリジン、スルホン酸塩、アセチルアミノフルレン、トリニトロフェノール水銀、エストラジオールおよびビオチンの少なくとも1つから選択される、請求項32記載の方法。
- 前記酵素がダイズペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、および西洋ワサビペルオキシダーゼの少なくとも1つから選択される、請求項32記載の方法。
- 化学ルミネセンス化合物がアクリジニオンである、請求項32記載の方法。
- 前記融合したシグナルが色変化によって検出される、請求項19記載の方法。
- 前記離れたシグナルが色変化によって検出される、請求項19記載の方法。
- 前記第1のプローブおよび第2のプローブが前記染色体中の擬似分岐点の両側に結合する、請求項19記載の方法。
- 少なくとも2つのプローブが染色体調製物に同時に接触する、請求項19記載の方法。
- 前記第1のプローブ、前記第2のプローブ、および前記第3のプローブが染色体調製物に同時に接触する、請求項19記載の方法。
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