JP2007530058A - 識別のための試金は混合するmRNAの安定性に影響を与える - Google Patents

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Abstract

【解決手段】 本発明は生物学的活性化合物を同定するためのアッセイに関するものであり、特にmRNAの安定性への作用を有する化合物を同定するためのレポーター遺伝子アッセイに関する。より具体的には、本発明は、リポーター遺伝子発現系及び前記発現系を有する細胞株に関するものである。本発明は更に、不安定化mRNA化合物に関するものである。
【選択図】 図3A

Description

現在の発明は生物的試金の分野と特にmRNAの安定性に効果をもたらす生物学的に活動的な混合物の同一証明のための試金に関連している。
mammalian細胞のメッセンジャー RNAの表現は非常に調整される。 伝統的に、重点は遺伝子がtranscriptionalのレベルで調整されるメカニズムを明瞭にすることに置かれた; し、mRNAの定常レベルは半減期または低下率にまた依存している。 mRNAの安定性の変更は多くのeukaryotic遺伝子の表現のレベルの調整の重要な役割を担い、異なったメカニズムはmRNAの転換の規則のために提案された (Cleveland and Yen, 1989, New Biol. 1:121; Mitchell and Tollervey, 2000, Curr. Opin. Genet. Dev. 10:193; Mitchell and Tollervey, 2001, Curr. Opin. Cell. Biol. 13:320; Ross, J. 1995, Microbiol. Rev. 59:423; Sachs, A.B., 1993, Cell 74:413; Staton et al. 2000, J. Mol. Endocrinology 25:17; Wilusz et al. 2001, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2:237)。但し、mRNAの安定性の規則は複雑である。 規則は最終的にmRNAの安定性順序の決定要因の処理の要因の相互作用に影響を及ぼす複雑な信号のtransductionの細道の介入と同様、mRNAで順序の要素自体をのnucleasesの活発化、含むことができる。
最近、それはRNAの半分の生命の規則が遺伝子発現の堅い制御の重大な役割を担うこと、そしてmRNAの低下が非常に管理されたプロセスであることますます明白になった。RNAの不安定はトランスクリプション率の変更に急流をmRNAのコピーのレベルの規則または可能にする。いくつかの重大な細胞要因、例えばトランスクリプションはcのmycのような考慮する、正規関数を行うためにまたはcytokinesのようなホストの免疫反応にかかわる遺伝子プロダクトは、あるように一時的だけ要求される。これらの要因のためにコードするmRNAsの一時的な安定は要求されたときこれらのメッセージの蓄積そして翻訳が望ましい細胞要因を表現するようにする; 、これらのmRNAsの急速な回転率が効果的におよび限るnonstabilised、通常状態の下で一方「細胞要因のoffの表現を転換しなさい。従って、異常なmRNAの転換は通常劇的に細胞特性を変更できる変えられた蛋白質のレベルをもたらす。
mRNAの安定は炎症性cytokines、成長因子およびある特定の原始oncogenesの表現にかかわる主要な規定するメカニズムのようである。病気にかかった州では、病気関係した要因のmRNAの半減期そしてレベルはmRNA安定のためにかなり増加する(Ross, J. 1995, Microbiol. Rev. 59:423; Sachs, A.B., 1993, Cell 74:413; Staton et al. 2000, J. Mol. Endocrinology 25:17; Wilusz et al. 2001, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2:237). トランスクリプション率およびmRNAの安定性はc−mycおよびcFOSのような一時的に表現された遺伝子、およびIL−1、IL−2、IL 3、TNFのおよび GM−CSF のような cytokines のために頻繁に堅くそして同等に調整される。 さらに、mRNA安定の異常な規則は望ましくない細胞の変形、炎症性応答を損なう例えば腫瘍の形成を、か不適当もたらす細胞要因の不必要な蓄積をおよびティッシュもたらすことができる。
mRNAの安定性を制御するメカニズムが理解される様子はまったくないが、順序の地域は不安定それらを含んでいるmRNAsで相談するようであるいくつかのmRNAsで識別された。 これらの順序の地域は「mRNA不安定順序」のとここに言われる。 例えば、いくつかの即時の早い遺伝子を含むある特定の遺伝子および炎症性cytokines、例えばIL 1のおよびTNFののためにコードする遺伝子の3 ’ UTR (3 ’未翻訳の地域)にある典型的なmRNAの不安定順序はAREs (adenylate/uridylate (AUの)豊富な要素)である。最もよく特徴付けられたAU豊富な要素はショウKamenいわゆる箱またはである AUUUA motif (Shaw and Kamen, 1986, Cell 46:659). 多数AUUUA順序(の近似性またはタンデム)またはAU豊富な地域はmRNAの不安定で関係した。 例えば、次に識別される文献の参照で記述されているmRNAの不安定順序は順序のモチーフの1つ以上のコピーを、例えばから選ばれて含んでいる: AUUUA; UAUUUAU; UUAUUUA(U/A)(U/A), and AUUUAUUUA. 普通、不安定の決定要因として作用するために、AUUUAのモチーフは少なくとも1つを形作るタンデムで整理されるべきであるUUAUUUAU/AU/A element (Lagnado et al., 1994, Mol. Cell. Biol. 14:7984)。
次の出版物はmRNAの不安定順序およびAREsの含み、(最低)いくつかのmRNAの不安定順序の識別と同様、mRNAの不安定化のための条件を、および配列しなさい順序のモチーフの広汎な議論を含んでいる、
それらを含んでいる遺伝子。
Shaw and Kamen, Cell, 1986, 46:659-667 (GM-CSF);
Shyu et al., Genes & Development, 1991, 15:221-231 (c-fos);
Sachs, Cell, 1993, 74:413-421 (Review. ”Messenger RNA Degradation in
Eukaryotes”);
Chen et al., Mol. Cell. Biol., 1994, 14:416-426 (c-fos);
Akashi et al., Blood, 1994, 83:3182-3187 (GM-CSF etc.);
Nanbu et al., Mol. Cell. Biol., 1994, 14:4920-4920 (uPA);
Stoecklin et al., J. Biol. Chem., 1994, 269:28591-28597 (IL-3);
Lagnado et al., Mol. Cell. Biol., 1994, 14:7984-7995 (general);
Zhang et al., Mol. Cell. Biol., 1995, 15:2231-2244 (yeast);
Zubiaga et al., Mol. Cell. Biol., 1995, 15:2219-2230 (general);
Winstall et al., Mol. Cell. Biol., 1995, 15:3796-3804 (c-fos, GM-CSF);
Chen et al., Mol. Cell. Biol., 1995, 15:5777-5788 (c-fos, GM-CSF);
Chen et al., TIBS, 1995, 20:465-470 (review);
Levy et al., J. Biol. Chem., 1996, 271:2746-2753 (VEGF);
Kastelic et al., Cytokine, 1996, 8:751-761;
Crawford et al., J. Biol. Chem., 1997, 272:21120-21127 (TNF();
Xu et al., Mol. Cell. Biol., 1997, 18:4611-4621 (general);
Danner et al., J. Biol. Chem., 1998, 273:3223-3229 (human (2-Adrenergic Receptor);
Lewis et al., J. Biol. Chem., 1998, 273:13781-13786 (TNF();
Chen, C.-Y. and Shyu, A.-B., Mol. Cell. Biol., 1994, 14:8471-8482;および
Klausner, R. et al., Cell, 1993, 72:19-28。
この基礎的な情報は現在の発明への可能な関連性であると志願者が信じる情報を発表するために提供される。先行する情報のうちのどれかが現在の発明に対して前芸術を構成する入場は必ずしも意図されていない、解釈されるべきである。
現在の発明の目的はmRNAの安定性に影響を与える混合物を識別するために試金を提供することである。現在の発明の面に従って、そこにDNAの表現のベクトル構成提供される:最初のDNA順序1つ以上の探索可能な信号を持っている蛋白質のためのコード配列から成り立つ; 1つ以上の3’UTR順序は前述のコード配列と1つ以上表現の制御シーケンス有効に、関連付け、 1つ以上に対応する第2 DNA順序から成り立つ前述の3’UTR順序に挿入された異種不安定順序のDNAは1つ以上の自然発生する遺伝子からmRNAの不安定順序得た。
発明の別の面に従う、提供されたaが固定してtransfected細胞構成ライン構成をある: 探索可能な信号を持っている最初の蛋白質を符号化する最初のDNA順序から成り立つDNAの表現のベクトルは言われた最初DNA順序と1つ以上の3 ′ UTR順序1つ以上表現の制御シーケンス有効に関連付け、異種不安定順序のDNAは3つの′ UTR順序、1つ以上に対応する第2 DNA順序から成り立つ言われた不安定順序のDNA言われるに1つ以上の自然発生する遺伝子から得られたmRNAの不安定順序挿入した; そして探索可能な信号を持っている第2蛋白質を符号化する制御DNA順序から成り立つ制御DNAの表現のベクトルおよび1つ以上の3 ′ UTR順序は前述の制御DNA順序とおよび1つ以上表現の制御シーケンス有効に関連付けた。
発明の別の面に従って、そこにステップから成り立つmRNAの安定性に影響を与えなさい1つ以上に混合物を選別する方法提供される:
i)蛋白質は異種mRNAの不安定順序で少なくとも1枚のコピーを構成することを言われた表現のベクトルから転写され、符号化する言われるかmRNAテスト混合物がない時探索可能な信号を持っている蛋白質を表現することができるDNAの表現のベクトルを提供する
ii)テスト混合物がない時、言われたDNAの表現システムが探索可能な信号を持っている言われた蛋白質を表現することができるという条件の下の少なくとも1つのテスト混合物との言われたDNAの表現のベクトルの連絡
iii)測定の言われた探索可能な信号;および
iv)制御と測定された探索可能な信号を比較すること
言われた制御と比較される測定された探索可能な信号の減少が示すか言われた制御と比較される測定された探索可能な信号のmRNAの安定性そして増加を減らす混合物はmRNAの安定性を高める混合物を示す。
発明の別の面に従って、そこにステップをで構成する2つ以上の混合物によって引き起こされるmRNAの低下の範囲を比較するために方法提供される:
i)蛋白質は異種mRNAの不安定順序で少なくとも1枚のコピーを構成することを言われた表現のベクトルから転写され、符号化する言われるかmRNAテスト混合物がない時探索可能な信号を持っている蛋白質を表現することができるDNAの表現のベクトルを提供する、
ii)テスト混合物がない時、言われたDNAの表現システムが探索可能な信号を持っている言われた蛋白質を表現することができるという言われたDNAの表現のベクトルに別に2つ以上と連絡して条件の下で混合物をテストしなさい
iii)各テスト混合物の前の測定の言われた探索可能な信号;および
iv)手段探索可能な信号の比較;より低い手段探索可能な信号がmRNAの低下のすばらしい範囲を示すか。
発明の別の面に従って、そこにmRNA の構成を不安定にする混合物のための選別に試金システム提供される:
i)探索可能な信号、一つ以上の3’ UTR 順序を持っている最初の蛋白質を符号化する最初のDNA 順序から成り立つDNA の表現のベクトルは一つ以上の自然に起こる遺伝子から一つ以上有効に前述のDNA 順序と、及び前述の3’ UTR 順序に挿入された異種不安定順序のDNA 関連付けられた表現の制御シーケンス一つ以上に対応する第2 DNA 順序から成り立つ前述の不安定順序のDNA mRNA の不安定順序得;および
ii)探索可能な信号を持っている制御蛋白質を符号化する制御DNA 順序から成り立つ制御DNA の表現のベクトル及び一つ以上の3’ UTR 順序は前述の制御DNA 順序と及び一つ以上表現の制御シーケンス有効に関連付けた。
発明の別の面に従って、mRNA の構成の安定性に影響を与える混合物を識別するためにそこに混合物の図書館を選別する為に高い効率方法提供される:
i)aを提供することは固定して蛋白質は異種mRNAの不安定順序で少なくとも1枚のコピーを構成することを言われた表現のベクトルから転写され、符号化する言われるかmRNAテスト混合物がない時探索可能な信号を持っている蛋白質を表現することができるDNAの表現のベクトルから成り立つ細胞ラインをtransfected;
ii)前述の細胞との成長媒体から成り立つ一つ以上のmulti−well の版の井戸を再接種して並べなさい;
iii)維持は前述の細胞ラインの細胞が探索可能な信号を持っている前述の蛋白質を育て、表現するようにする条件の下で一つ以上のmulti−well の版を言った;
iv)連絡して一つ以上の細胞は混合物をテストする;
v)手段の前述の探索可能な信号;および
vi)制御と手段探索可能な信号を比較すること;
前述の制御と比較される手段探索可能な信号の減少が示すか前述の制御と比較される手段探索可能な信号のmRNAの安定性そして増加を減らす混合物はmRNAの安定性を高める混合物を示す。
発明の別の面に従って、そこに、前述の試金システム構成にキット試金システムから成り立つmRNA を不安定にする混合物のための選別提供される:
i)一つ以上探索可能な信号、一つ以上の3’ UTR 順序を持っている蛋白質を符号化する最初のDNA 順序から成り立つDNA の表現のベクトルは一つ以上の自然に起こる遺伝子から一つ以上有効に前述の最初DNA 順序と、及び前述の3’ UTR 順序に挿入された異種不安定順序のDNA 関連付けられた表現の制御シーケンス一つ以上に対応する第2 DNA 順序から成り立つ前述の不安定順序のDNA mRNA の不安定順序得;および
ii)探索可能な信号を持っている第2蛋白質を符号化する制御DNA順序から成り立つ制御DNAの表現のベクトルは前述の制御DNA順序と一つ以上の3’UTR 順序一つ以上表現の制御シーケンス有効に関連付け; そして任意に
iii)使用説明。
T彼は少なくとも1 つのmRNA の不安定順序および任意に順序に対応するDNA と共同してレポーターの遺伝子を構成する不安定のmRNA を並べるDNA の表現システムを発明を提供する示す。このDNA は”不安定順序DNA” のとか”isDNA” 言われ、普通ある自然に起こる遺伝子(”源遺伝子” の) の3’UTR かコーディングの地域にある源の遺伝子から転写されるmRNA の安定性に影響を与えると知られ、ヌクレオチド順序から成り立つ。従って、発明の表現システムに組み込まれるisDNA は3’ UTR または一つ以上で3’ UTR の片源の遺伝子の全体の3’UTR に対応する順序か相当な部分を構成できる。isDNA は一つ以上単一の源の遺伝子、または源の遺伝子の大多数から得られる不安定順序(及び任意に並ぶ地域) から成り立つかもしれない。現在の発明の表現システムは5’ 及び3’ 未翻訳の地域を含む適切な3’and 5’ 遺伝子の並ぶ順序とともに普通レポーターの遺伝子を、構成する(UTRs)。現在の発明の表現システムでは、isDNA はレポーターの遺伝子と関連付けられる3’ UTR に挿入される。従って、isDNA はレポーターの遺伝子と関連付けられる3’UTR のDNA に異種である。
mRNA の安定性に影響を与える混合物を識別するそれ以上の発明は試金のDNA の表現システムの使用を提供する。それに応じて、現在の発明はテスト混合物がない時探索可能な信号を持っている蛋白質を表現することができるDNA の表現システムがテスト混合物の前でテスト混合物および探索可能な信号と測定され、制御と比較される連絡されるmRNA の安定性に影響を与える混合物の同一証明に方法を提供する。
発明の方法はmRNA の不安定順序を含んでいるmRNAs の不安定を促進する混合物の同一証明のために合わせられる。組合わせの混合の図書館を含む混合物の個々の混合物そして図書館を、選別するのにレポーターの遺伝子の試金が使用されるかもしれない。鉛混合物を識別するのに最初のラインスクリーニングの試金としてレポーターの遺伝子の試金が使用され、例えば薬効がある化学鉛の最適化のderivatisation プログラムから作り出される混合物を比較するために混合物の活動を促進するmRNA の不安定を比較するか、または量を示すのに使用されるかもしれない。
従ってmRNA の不安定順序を含んでいるmRNAs の不安定を促進する混合物が主題のそのようなmRNAs の低下を使用することができ、防ぎか、または不適当なmRNA の蓄積を逆転させ、そしてそれにより不必要な蛋白質の表現引き起こすのに、例えば不必要なcytokine の表現を減らすか、または防ぐ。そのような混合物に不適当なmRNA 安定および蓄積および結果として生じる望ましくない蛋白質の表現含む病状か病気の予防法で潜在的な薬物の適用がや処置ある。
他では定義されて、技術的な、科学的な言葉すべてはこの発明が属する芸術で通常の技術の1 つによって一般に理解されるとここに持っている同じ意味を使用しなかった。一般に、専門語は細胞培養、分子生物学、選別法、および核酸化学で実験室のプロシージャここに使用し、後で記述されている混合の同一証明はそれらの有名及び芸術で一般に雇われてである。標準的な技術はベクトル、組換えの核酸方法、細胞培養および変形の準備のために普通使用される。
技術およびプロシージャは芸術および様々な一般参照で従来の方法に従って一般に行われる(一般に見なさい, Sambrook et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2d ed. (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., and Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, New York: Plenum Press (1983) 蛍光性の技術のため). 標準的な技術は化学統合、化学分析、および生物的試金のために使用される。次の意味があるために、次の言葉に発表中雇われるように、特記されない場合は、理解される。
定義
ここに使用されるように言葉”オリゴヌクレオチド、” はリボ核酸(RNA) またはデオキシリボ核酸(DNA) のどれである場合もあるヌクレオチドの順序を、示す。
ここに使用されるように言葉”レポーター遺伝子、” は探索可能な蛋白質を符号化する遺伝子を、示す。レポーターの遺伝子によって符号化される探索可能な蛋白質はそうかもしれない例えば、蛍光蛋白質か探索可能な信号を与える適切な基質か他の物質と反応することができるかもしれない。
ここに使用されるように言葉”探索可能な信号、” は直接または間接的に検出することができる信号を、示す。普通、探索可能な信号は分光、光化学、生化学的な、immunochemical 、または化学薬品の平均によって検出することができる。探索可能な信号は直接作り出されるかもしれないか、または適した”共役” との反作用か相互作用によって間接的に作り出されるかもしれない(例えば、基質、抗体、ligand 、および同類)。
ここに使用されるように言葉”テスト混合物、” は発明の試金そして方法に従ってテストし、含むことができる限られないために、有機金属混合物、polynucleotides 、オリゴヌクレオチド、ペプチッド、蛋白質、有機化合物、金属、過渡的な金属の複合体、および小さい分子を、示す混合物(例えば、non−peptidic 及び非non−oligomeric 混合物)。
言葉”不安定順序” はmRNA の安定性を調整することができるヌクレオチド順序を示す。現在の発明の文脈では、”不安定順序” は不安定正常な生理学的な条件、不安定生理学に異常の下でmRNA で相談する相談するが、または少しがある、または否、正常な生理学的な条件の下のmRNA の安定性に対する効果に重点を置いたりある圧力の条件の下でmRNA の安定性を高めるヌクレオチド順序と同様、条件、ヌクレオチド順序の下でmRNA でヌクレオチド順序を含める。生理学に異常、または、条件圧力一般に制御の要因相関的で正常な生理学的な状態の存在、不在または転位を含みなさい。
言葉”制御の要因” は(に限られなくて) 酸素、温度、およびライトを含む変更可能な要因を示す。
言葉は”に” ”対応し、に対応する、DNA 順序がRNA 順序の直接同等及び逆にであるか” DNA 順序とRNA 順序間の関係を記述するのにここに使用されている、すなわち”T” の基盤がDNA 順序に起こるとき2 つの順序はRNA の同等順序の”U” の基盤と同一但し例外としてそれ取り替えられるである。実例のために、RNA 順序”UAUAC” はDNA 順序”TATAC に対応する。” 同様に、DNA 順序”GTTCA” はRNA 順序”GUUCA に対応する。”
遺伝子についてここに使用されるように”自然に” 起こることは遺伝子が性質で見つけることができるという事実を、示す。例えば、隔離することができる性質の源から実験室の人によって計画的に変更されないし、有機体にある遺伝子は(を含むウイルス) 自然に起こっている。
ここに使用されるように、言葉は”についての” をa + 10% わずかな値からの変化参照する。それはとりわけを参照されるかどうかそのような変化が常にここに提供されるある特定の価値で含められること理解されるべきである。
ここの他の化学言葉は参照によってここに組み込まれる化学言葉(ED Parker 、S. 1985 年、McGraw?Hill 、サンフランシスコ) のMcGraw Hill 辞書によって例証されるように芸術で慣習的な使用法に従って、使用される。
1.DNAの表現システム
現在の発明のDNA の表現システムは少なくとも1 つのmRNA の不安定順序に対応するDNA (isDNA) すなわち不安定順序のDNA と関連付けられるレポーターの遺伝子から成り立つ。レポーターの遺伝子および準のisDNA は適切な細胞ラインを変形させるのにレポーターの遺伝子によって符号化される蛋白質を表現する為に平均を提供するために使用に適したベクトルの内で普通構成される。single.cellラインは1つのベクトルと変形させることができるか、またはベクトルの組合せと変形するかもしれない。後の場合では、各ベクトルはmRNAsの多様性の安定性の混合物の効果を識別するのに細胞ラインが試金で続いて使用することができることそのような物別のレポーターの遺伝子およびisDNAを組み込むことができる。
1.1 isDNA 順序
発明の表現システムで含められるisDNAは一つ以上から得られる少なくとも1つのmRNA の不安定順序に対応するDNA源の遺伝子から成り立つ。isDNAは更にそれから転写されるnaturally−occurring源の遺伝子またはmRNAの不安定順序を並べる地域に対応するDNAから成り立つかもしれない。従って、発明の1具体化にisDNAは約10から長さ約1500のヌクレオチドにある。
1.1.1源の遺伝子
現在の発明に従って、isDNAは一つ以上に対応するDNAを一つ以上から源の遺伝子得られるmRNAの不安定順序、遺伝子から転写されるmRNAの安定性に影響を与える順序を含むと知られているすなわち遺伝子構成する。上示されるように、mRNAの不安定順序はUTRsの特に多数の一時的に表現された遺伝子の3’UTRs、を含む、cytokines、chemokines、核トランスクリプション要因、原始proto−oncogenes、即時の早い遺伝子、細胞周期の制御の遺伝子、オキシゲナーゼおよび遺伝子含まれるおよび制御のapoptosis で識別された。従ってそのような遺伝子は現在の発明の目的のための源の遺伝子として役立つことができる。mRNA の不安定が配列する特定の源の遺伝子の例を非限ることは含んでいるAPP 、VEGF 、bcl−2.a、GM−CSF、cFOSのc−myc、c6 月、krox−20、nur−77 、zif268 、bcl−2 のbIFN、uPA、IL1のためにコードする遺伝子をか。得ることができる、IL 1b 、IL−2 、IL−3 、IL−4 、IL−5 、IL−6 、IL−7 、IL−8 、IL−9 、IL−10 、IL−11 、IL−13 、TNFa のsynl 、b2−AR 、E−selectin 、VCAM−1 、ICAM−1 、刺激の活動のアルファ) 、Gro−b(MIP−2 Gro−a (melanoma の成長のか。) 、グログ(MIP−2はか。) 、MMP−1 、MMP−2のコラゲナーゼ、P糖蛋白質(MDR)、MRPs 、mdr) 、COXII のendothelial リパーゼ、cholesterylester の移動蛋白質、b b−adrenergic 受容器、MIP 1a 、MIP 1b 、MCP−1 、MCP−2 のB 細胞の抑制剤のアルファ(NFKBIA) のkappa ライトポリペプチドの遺伝子の増強物の核要因P?h1 (pf の、IFN か。誘引可能な蛋白質10 のkD (IP−10) 、cyclophilin F 、IL−10 受容器アルファ、AUF1 、tristetraproline 、およびubiquitin の特定のプロテアーゼ18。
さらに、不安定順序はある遺伝子のコーディングの地域の内で識別された。例えば、c−myc のmRNA の安定性に影響を与える2 つの不安定順序の地域はあった; 1 つは3’−UTR で見つけられるAU−rich の要素であり、他はコーディングの地域の内で見つけられ、コーディングの地域の不安定の決定要因(CRD) と言われるおよそ250 のヌクレオチドの地域である(、Bernstein 等の遺伝子Dev. 、1992 年、6:642−654 見なさい) 。従って、現在の発明の目的のために、c−myc の遺伝子は少なくとも2 つの不安定順序の源として役立つ。
現在の発明の1 具体化では、一つ以上のmRNA の不安定順序の構成をAU?rich の要素含んでいる、またはAREs 選ばれる源の遺伝子は。AREs の例は含んでいるが、に、AUUUA 限られない; UAUUUAU; UUAUUUA(U/A)(U/A) およびAUUUAUUUA 。現在の発明の目的のために適したAREs を含んでいる源の遺伝子の例を非限って表1 で提供される。AREs は表1 で示されるように基本的なAUUUA のpentanucleotide の一致順序の整理そして数によって互いとこれらの遺伝子で異なる見つけた。
別の具体化では、コーディングの地域の決定要因から成り立つ源の遺伝子は選ばれる(またはCRD) 。この具体化に従って、源の遺伝子はまたある一つ以上を構成するかもしれない。
A興味の病気で関係する蛋白質のためにコードする源の遺伝子は選ばれるかもしれない。 従って、例えば、特定の病気プロセスの病因学にかかわるcytokineかoncogeneのためにコードする源の遺伝子から得られるmRNAの不安定順序は選ぶことができる。 これらのmRNAの不安定順序に対応するisDNAから成り立つ表現システムはcytokineまたはoncogeneのmRNAを不安定にするこうして、あり、混合物を検出するために有用である準の病気プロセスの処置に有用。 例えば、IL−1の処置のための鉛混合物は慢性関節リウマチのような病気を、仲介したまたは骨関節炎はIL−1 mRNAの不安定順序から成り立つDNAの表現システムを使用して、検出されるかもしれない。 ある特定の源の遺伝子からのmRNAsの高められた安定性と関連付けられる病気はまた表1で示される。
Figure 2007530058
1.1.2 mRNA の不安定順序
isDNA は1 つのmRNA の不安定順序に対応するDNA から成り立つことができるかまたは2 つまたはより多くの不安定順序に対応するDNA から成り立つことができる。現在の発明の1 具体化に従って、isDNA は1 そして約12 のmRNA の不安定順序の間でに対応するDNA を構成する。不安定順序はタンデム繰り返しとして、または他の例えばのヌクレオチド順序と普通一緒にあり、または適切な並置のそれから部分(例えば普通金豊富なモチーフからの少なくとも4 つの連続したヌクレオチドを含んでいる) 、例えば介入であるかもしれ。代わりに、不安定順序はCRD である場合もあるまたはそれから分解しなさい。なお、isDNA 順序はあるそれぞれの並ぶ順序のまたはのない一つ以上のCRD 、一つ以上から成り立ち。1 具体化では、isDNA はを伴ってである符号化の不安定順序一つ以上をCRD の片、構成できる。
発明の別の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも1 つをある含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも2 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも3 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも4 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも5 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも6 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも7 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも8 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも9 つAREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも10 AREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも11 AREs を含んでいる。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は12 AREs 多数を含んでいる。
発明の代わりとなる具体化では、不安定順序は関連した並ぶ地域とともに源の遺伝子で少なくとも1 CRD を、構成する。発明の別の具体化では、不安定順序は並ぶ地域のない少なくとも1 CRD を構成するかもしれない。更に別の具体化では、不安定順序はCRD の、または並ぶ順序ののない片一つ以上を構成するかもしれない。
普通isDNA が得られるmRNA の不安定順序は少なくとも約50 の連続的なヌクレオチドまで少なくとも約10 を構成し。従って、発明の1 具体化で、mRNA の不安定順序は少なくとも10 の連続的なヌクレオチドを構成する。発明の別の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも20 の連続的なヌクレオチドを構成する。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも30 の連続的なヌクレオチドを構成する。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも40 の連続的なヌクレオチドを構成する。発明のそれ以上の具体化では、mRNA の不安定順序は少なくとも50 の連続的なヌクレオチドを構成する。
前に述べられるように、isDNA は一つ以上から得られる少なくとも1 つのmRNA の不安定順序に対応するDNA を源の遺伝子構成し、長さ約10 のヌクレオチドから長さ約1500 のヌクレオチドにある場合もある。発明の1 具体化では、isDNA は約20 から長さ約1200 のヌクレオチドにある。それはisDNA の長さがどの並ぶ地域でも含まれているべきであるどうか、また構成する不安定順序の数そしてタイプに左右されること芸術で巧みな1 つに容易に明白である。従って、発明の別の具体化に、isDNA は約20 から長さ約200 のヌクレオチドにある。発明の更に別の具体化では、isDNA は約20 から長さ約500 のヌクレオチドにある。代わりとなる具体化では、isDNA は約500 から長さ約1500 のヌクレオチドにある。それ以上の具体化では、isDNA は約500 から長さ約1200 のヌクレオチドにある。
現在の発明の別の具体化では、mRNA の不安定順序は同一のモチーフの整理かグループからの選ばれる異なったモチーフの組合せを含んでいる: AUUUA; UAUUUAU; UUAUUUA(U/A)(U/A) およびAUUUAUUUA。
上示されるように、現在の発明によって熟視される不安定順序は少しがある、または否、正常な生理学的な条件の下のmRNA の安定性に対する効果に含んでいるが、ある圧力の条件の下でmRNA の安定性を高めるヌクレオチド順序。例えば、減少された酸素の前でVEGF のmRNA の安定性を高める人間のVEGF の遺伝子の3’ UTR で見つけられるVEGF の低酸素症の範囲はありであり、mRNA を安定させるために機能する(see, Claffey et al., Mol. Biol. Cell, 1998, 9:469−481). 現在の発明の1 具体化では、isDNA はVEGF の低酸素症の範囲ですべて、または部品を、構成する。
現在の発明のisDNA は制限の片、またはde novo によっての総合されるヌクレオチド順序として3’ UTR か適切な源の遺伝子のコーディングの地域から、例えば、構成するPCR かRT−PCR によって発生させる順序として一つ以上をmRNA の不安定順序得られるかもしれない。isDNA はmRNA の不安定順序を関連した並ぶ地域とともに一つ以上含んでいる、または源の遺伝子または一つ以上の3’ UTR で源の遺伝子の3’ UTR の片相当な部分を構成できる適切な源の遺伝子順序のentire/whole 3’ UTR に対応する順序から成り立つことができるか。isDNA が源の遺伝子からの一つ以上のCRD から成り立つとき同様に、isDNA は関連した並ぶ順序の一つ以上のCRD を含んでいる、または全体のCRD 、とまたは関連した並ぶ順序のないから成り立つか、またはとまたは並ぶ順序のないCRD で片を、構成するコーディングの地域で部分を構成できるコーディングの地域でより小さい部分を構成できるコーディング順序で相当な部分を構成できるか。
現在の発明の1 具体化では、表現システムは一つ以上の3’UTR かコーディングの地域からグループから選ばれる源の遺伝子得られる一つ以上に対応するisDNA 順序をmRNA の不安定順序構成する:APP, bcl−2α, c−myc, TNFα, IL−1βそして VEGF mRNAs. 別の具体化では、一つ以上は上示される源の遺伝子人間の遺伝子である。人間の3’UTRs の部分に対応する代表的な順序 APP, bcl−2α, c−myc, TNFα, IL−1β, VEGF, そして人間のVEGF の低酸素症の範囲はSEQ ID No. として表2 で、提供される: 1, 2 、3 、4 、5 、6 、7 および8 。従って、発明の別の具体化で表現システムで含められるisDNA 順序はSEQ ID No. のどれでもで述べられるように全体の順序を構成する: 1, 2 、3 、4 、5 、6 、7 か8 。発明のそれ以上の具体化で表現システムで含められるisDNA 順序はSEQ ID No. のどれでもで述べられるように順序で片を構成する: 1, 2 、3 、4 、5 、6 、7 か8 。現在の発明のそれ以上の具体化では、表現システムで含められるisDNA 順序はSEQ ID No. のどれでもで述べられるように少なくとも10 の連続したヌクレオチドを構成する: 1, 2 、3 、4 、5 、6 、7 か8 。
Figure 2007530058
Figure 2007530058
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1.1.3並ぶ順序
独自性の考慮によって行えばCRD の並ぶ順序は別の不安定順序の結合蛋白質の存在によって、金豊富なモチーフを含む細胞プロセスのための選択率の達成の1 つのアプローチあるかもしれない。AREs と相互に作用している細胞質mRNA 結合蛋白質は規定するTRANS 要因として機能すると考えられる。mRNA への結合は安定するか、または不安定にする効果を示す。
上記に基づかせていて、巧みな職人は不安定順序の長さと同様、いくつかのモチーフがmRNA の安定性に影響を与える混合物の同一証明のためのDNA の表現システムの準備で考慮されるかもしれないことを理解する。1 つは更に並ぶ順序が並べる順序の性質によってコーディングまたは非コーディング順序を構成するかもしれないことを理解する。現在の発明はこうして自然に起こる源の遺伝子またはmRNA のmRNA を並べる順序とともに一つ以上にmRNA の不安定順序対応するDNA から成り立つisDNA を熟視する。isDNA から成り立つこれらの並ぶ順序を含んでいる表現システムが不安定順序および並ぶ順序が得られた源gene/mRNA のための特定性の混合物のために選別するのに使用することができる。
並ぶ順序は発明の表現システムで源の遺伝子の全体の3’UTR 順序、または3’UTR 順序の相当な部分からisDNA の順序を得ることによって含めることができる。なお、isDNA は、全体か相当な3’UTR に加えて、同じか別の源の遺伝子のコーディングの地域からのそれから一つ以上のCRD 、か片を、含むためにかもしれない。entire/whole 3’UTR 順序が停止codon からの地域を普通まで約示すかまたは含んでいることが順序をpolyadenylated 間、3’UTR の相当な部分は長さで含む、に、約600 のヌクレオチドまで約10 から構成する順序限られるかもしれない。従って、発明の他の具体化で3’UTR の相当な部分は約10 約100 までまたは約10 約200 まで、または約20 約100 まで、または約20 から約200 まで構成する順序を含めるまたは約20 から約停止codon までのまたは含んでいることからの地域の長さ約600 のヌクレオチドへの、順序をpolyadenylated。
同様に、isDNA は一つ以上のCRD とともにコーディングの地域で”相当な部分” を構成できる。コーディングの地域はように遺伝子の開始と停止codon 間の地域定義される。コーディングの地域の相当な部分は長さで含み、に、少なくとも1 CRD を組み込む約600 のヌクレオチドまで約10 から構成する順序限らないことができるが。発明の1 具体化では、コーディングの地域の相当な部分は約10 から少なくとも1 のCRD を組み込む約100つのヌクレオチドに構成する順序を含める。他の具体化では、コーディングの地域の相当な部分は約10 約200 まで、または約20 約100 まで、または約20 約200 まで、または約20 からの少なくとも1 CRD を組み込む約600 のヌクレオチドに順序を含んでいる。
上記述されている発明の規模の内に3’UTR 及びコーディング順序の片はまたある。従って、現在の発明の1 具体化で、片は少なくとも8つの連続的なヌクレオチドを構成する。発明の他の具体化では、片は少なくとも10 、か少なくとも15、か少なくとも20 、か少なくとも25 、か少なくとも30 、か少なくとも35 、か少なくとも40 、か少なくとも45 、か少なくとも50 の連続的なヌクレオチドを構成する。
芸術で巧みな1 つはそれをまだ特定性mRNA の不安定のsequence(s) で自然に起こる遺伝子で見つけられるそれらと大幅に同一相談するかもしれないである並ぶ順序認める。従って現在の発明は片が少なくとも1 つのmRNA の不安定順序から成り立てば源の遺伝子の3’UTR の地域と大幅に同一である3’UTR 片を熟視する。従って、発明の1 具体化で、現在の発明のヌクレオチドの片は片が少なくとも1 のmRNA の不安定順序を含んでいれば少なくとも10% へ源の遺伝子の3’UTR の少なくとも90% である順序の長さを含める。発明の別の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも10% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも20% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも30% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも40% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも50% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも60% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも70% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも80% である順序の長さを構成する。発明のそれ以上の具体化では、現在の発明のヌクレオチドの片は源の遺伝子の3’UTR の長さの少なくとも90% である順序の長さを構成する。
発明の他の具体化では、片が不安定順序を並べる順序とともに少なくとも1 つの不安定順序を含んでいれば、発明の片に少なくとも60% 、か少なくとも70% 、か少なくとも75% 、か少なくとも80% 、か少なくとも85% 、か少なくとも90% 、か少なくとも95% 、か少なくとも97.5% 、か3’UTR またはコーディングの地域のそれの少なくとも99% 順序のアイデンティティがある。
1.2不安定順序の効力
上記の記述を提供されて、巧みな職人は不安定にする混合物を識別する為の発明のDNA の表現のベクトルの使用の容易に特定の3’UTR 不安定順序を設計できる。そのような不安定順序は、順序適切な場合には混合結合の特定性mRNA の不安定順序を並べる相談するおよび少なくとも1 つのmRNA の不安定順序から成り立つ。
発明の3’UTR 不安定順序の効力をテストするためには、遺伝子表現の調査を含む分析は熟視される。さらに、他人は芸術で巧みな労働者に親友を理解される分析する、例えば、RT−PCR 、実時間RT−PCR の北のしみの分析、RNase の保護は、しみの分析およびmicroarray 基づかせていた技術に点しみを付けるか、または細長い穴をつける。他の分析は知られている混合物とテストすることを更にmRNA の不安定をもたらす機能のために含むかもしれない。例えば発明の3’UTRs の側面図を描くために、異常なmRNA の不安定をもたらすと知られている混合物は遺伝子表現(賢人) の調査の連続分析で使用することができる。mRNA の安定性に影響を及ぼすことができる混合物はdexamethasone 、トコフェロール、retinoic 酸、サリドマイド、cyclosporin A 、およびradicicol のアナログA (RAA) を含んでいる。RAA は3’UTRs でショウKamen 箱かAUUUA のモチーフを含んでいる原始proto−oncogenes を含むいくつかのmRNAs の低下を、促進するようである。
1.3レポーターの遺伝子
色々なレポーターの遺伝子は現在の発明の表現システムで遺伝子が探索可能な蛋白質を符号化すれば使用することができる。現在の発明に従って、探索可能な蛋白質は探索可能な信号を直接作り出すことが(例えば、吸光度の蛍光信号、変更、燐光性信号、薬剤の抵抗または感受性、auxotrophism 、および同類) または適した”共役” との反作用か相互作用によって可能の1 である(例えば、基質、抗体、ligand 、および同類) 。検出を許可するために必要ならば共役は分類することができる。
様々なレポーターの遺伝子は芸術で知られている(、例えば、分子クローニングを見なさい: 実験室マニュアル, 2nd Ed., ed. by Sambrook, et al., Cold Spring Harbor Laboratory Press: 1989; various volumes of Methods in Enzymology, Academic Press, Inc., N.Y.; Ausubel et al. Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., New York, 1999 and updates). 適したレポーターの遺伝子の例は含みが、に限られないし、符号化の酵素、キナーゼのようなそれら、(を含むアルカリホスファターゼ(AP 及び分泌されたアルカリホスファターゼ(SEAP)) ホスファターゼ、それから緑の蛍光蛋白質または派生物のような符号化の蛍光か燐光性蛋白質、luciferases 、か。ガラクトシダーゼ、reductases 、synthases 、horseradish の過酸化酵素、クロロアムフェニコールのトランスフェラーゼ、ブドウ糖オキシダーゼ、シンセターゼ、そしてそれら(赤い蛍光蛋白質、礁の珊瑚の蛍光蛋白質、高められた蛍光蛋白質および不安定にされた蛍光蛋白質のような)。
レポーターの遺伝子が酵素を符号化するとき、酵素自体は探索可能かもしれないまたは間接的に酵素のレベルを測定するのに酵素の活動が使用されるかもしれない。現在の発明の1 具体化では、レポーターの遺伝子は酵素を符号化する。発明の別の具体化では、レポーターの遺伝子はluciferase 蛋白質かか。
ガラクトシダーゼ蛋白質を符号化する。Luciferases は芸術で知られ、北アメリカのホタルのような有機体、Photinus のpyralis から得ることができる; 海のパンジー、Renilla のreniformis; そして細菌、ビブリオのfischeri。
1.4 表現のベクトル
分子生物学の分野で巧みなそれらは色々表現のベクトルが発明のDNA の表現システムを提供するのに使用することができることを理解する。例えば、細胞の安定したtransfection のために適したいくつかのベクトルは公衆に利用できる、会う、例えば、Pouwels 等に; そのような細胞ラインを組み立てる為の方法はAusubel 等でまた利用できる、例えば、公に。ベクトルはプラスミッド、ウイルスの粒子、バクテリオファージ、等の形に、例えば、あるかもしれない。そのようなベクトルは含んでいるが、に、染色体、nonchromosomal そして総合的なDNA 順序、SV40 の例えば、派生物限られない; 細菌のプラスミッド; phage DNA; イーストプラスミッド; ベクトルはvaccinia のようなプラスミッドおよびphage DNA 、ウイルスのDNA 、アデノウィルス、家禽のpox のウイルス、およびpseudorabies の組合せから得た。但しホストでreplicable そして実行可能である限り、他のベクトルかプラスミッドは使用されるかもしれない。
適切なDNA 順序は色々なプロシージャによってベクトルに挿入されるかもしれない。大将では、DNA 順序は芸術で知られているプロシージャによって適切な制限のendonuclease の場所に挿入される。そのようなプロシージャおよび他は芸術で巧みなそれらの規模の内であると考えられる。 現在の発明の表現のベクトルはmRNA の統合を指示するために有効に適切な表現制御sequence(s) につながるレポーターの遺伝子から成り立つ。そのような促進者の代表的な例として、そこに述べられるかもしれない: リットルかSV40 促進者、E. 大腸菌のラックまたはtrp 、prokaryotic またはeukaryotic 細胞またはウイルスの遺伝子の表現を制御すると知られているphage lambda PL の促進者および他の促進者。ベクトルはまた増幅の表現のための適切な順序が含まれるかもしれない。
それ以上の発明は探索可能な信号持っている蛋白質の表現に遺伝子が促進者や増強物の地域を含む適切な表現制御から成り立つ準の5’ 及び3’ UTR 順序とともに蛋白質のアミノ酸順序のためのDNA のコーディングを構成する及びisDNA 順序を提供するか遺伝子のコーディングから成り立つレポーターの遺伝子のDNA の表現システムを。promoter/enhancer 順序及び他の表現の制御シーケンスの適切な選択は芸術の熟練労働者の範囲の内に問題よく、発明の本質的な一部分にならない。従って例えばmammalian 細胞の表現のためにSV40 、CMV またはHSV のようなウイルスの促進者か。I 促進者は使用されるかもしれない。
さらにdihydrofolate の還元酵素、hygromycin B またはeukaryotic 細胞培養のためのネオマイシンの抵抗、またはE. 大腸菌のテトラサイクリンまたはampicillin の抵抗のような変形させた宿主細胞の選択に表現型特性を提供するために、表現のベクトルは遺伝子を含むかもしれない。
isDNA はレポーターの遺伝子の3’ UTR に普通挿入される。従って例えば、isDNA 順序は天然レポーターの遺伝子の3’ UTR の適した制限の場所に挿入される。適切な制限の酵素の場所はレポーターの遺伝子3’UTR にisDNA の挿入を許可するために芸術で知られている標準的な技術を使用して3’UTR 順序やisDNA 順序に導入されるかもしれない。
1.5 宿主細胞
宿主細胞はこの発明の表現のベクトルと遺伝的に(transduced か、または変形させるまたはtransfected) 設計されるかもしれない。設計された宿主細胞は活動化の促進者、かtransformants を選ぶ為に適切ように変更される慣習的な栄養媒体で培養することができる。文化条件は、温度、pH および同類のような、前にに選ばれる宿主細胞と使用されるそれら通常巧みな職人に明白である。DNA の表現システムは固定して変形させた細胞ラインのような適切に変形させた細胞ラインの形に細胞によって基づかせている表現システム、便利に、であるかもしれない。宿主細胞はeukaryotic またはprokaryotic 宿主細胞であるかもしれない。
適切なホストの代表的な例として、そこに述べられるかもしれない: 細菌の細胞、E. 大腸菌のような、typhimurium サルモネラストレプトミセス; イーストのようなfungal 細胞; ショウジョウバエS2 及びSpodoptera Sf9 のような昆虫の細胞; CHO 、COS またはBowes のmelanoma のような動物の細胞; アデノウィルス; 植物の細胞、等。適切なホストの選択は教授からの芸術で巧みなそれらの規模の内であるとここに考えられる。
宿主細胞は不安定にすることを望むmRNA によってのためにコードされる蛋白質を表現する細胞と同じ一般的な細胞のタイプであるかもしれない。従って例えば発明の試金がcytokine のためのmRNA のコーディングを不安定にする混合物の同一証明に使用するべきなら、使用される宿主細胞は普通質問のcytokine を作り出す細胞へ同じであるまたは同じような細胞のタイプかもしれない細胞または細胞ラインである。例えば、monocyte かmonocyte?like の細胞ラインはcytokine を不安定にする混合物、例えばIL のために試金のために宿主細胞として(THP−1 のような) 使用されるかもしれないか。1ss のmRNA 。oncogene のために有用な細胞ライン及び他の癌関連遺伝子のmRNA の不安定の試金は、例えばCOLO 205 、KB−31 、KB−8511 、DU145 、HCT116 、MCF7 、MCF7/ADR 、MDA?MB?231 、MDA?MB?435 およびMDA?MB?435/TO ある。細胞はcytokine を不安定にする混合物の同一証明のための発明の試金の宿主細胞として使用のために、例えばIL 並ぶか。1ss のmRNA はTHP であるか。Auwerx J. 著記述されている1 つの細胞ライン(例えば、1991 型の、Experientia 、47: 22?30) 及び同じようなmonocytic の例えば人間の白血病、細胞並ぶ。
mRNA の不安定化のメカニズム、およびこれに於いてのmRNA の不安定順序の役割は、十分に理解されないが、不安定にする混合物のほかの他の要因の存在およびmRNA の不安定順序がmRNA の不安定化に起こるように要求されること明確である; 例えば前に識別された文献の参照で論議される。従って現在の発明の1 具体化ではそのような他の要因および補足物を提供するか、またはmRNA の不安定化をもたらすために混合物およびmRNA の不安定順序の相互作用を完了する宿主細胞は選ばれる。mRNA の不安定化に必要な細胞要因の提供された高められたレベルにmRNA の不安定化を、例えば高めるように変形させた宿主細胞は刺激されるか、または別の方法で活動化させるかもしれない。例えば、増進された結果は発明の試金で区別された変形させた宿主細胞が使用されれば得られるかもしれない。例えば、変形させたTHP?1 細胞の場合には、よい結果は変形させたTHP 得ることができるか。1 細胞は?IFN 及びLP とTHP のために正常なように育ち、区別され、そして刺激されるか。例で以下記述されている1 細胞、例えば。
2.mRNA の安定性に影響を与える混合物を識別する為の試金そして方法
発明の別の具体化mRNA の構成を不安定にする混合物の同一証明のための試金システム; 上定義されるレポーターの遺伝子のDNA の表現システム、および構成する制御DNA の表現システム; 遺伝子が適切な表現の制御要素から成り立つ機能mRNA の不安定順序に欠けている準の5’ 及び3’ UTR 順序とともに蛋白質のアミノ酸順序のためのDNA のコーディングを構成するが、か探索可能な信号を持っている蛋白質の表現のための遺伝子のコーディングはに提供される。
レポーターの遺伝子のDNA の表現システムおよび制御DNA の表現システムは両方固定しての形にtransfected 細胞ラインをあるかもしれない。
代わりに、レポーターの遺伝子表現システムはthecontrol として使用されるテスト混合物がない時テストするテスト混合物の存在そして不在でテストされるかもしれない。発明の別の具体化に制御DNA の表現システムはまたレポーターの遺伝子のDNA の表現システムと同じ細胞ラインにあるかもしれない。制御DNA の表現システムはレポーターの遺伝子表現システムによってのためにコードされる蛋白質と異なっているコードし探索可能な蛋白質のためにこの場合の前にように、制御DNAexpression システムが機能mRNA の不安定順序に欠けている。
発明の試金でmRNA を不安定にする混合物の存在は制御と比較して混合物の前で表現システムから作り出される蛋白質によって与えられる探索可能な信号の大きさの減少によって示される; 混合物によるレポーターの遺伝子のmRNA の不安定化は蛋白質の表現の減少およびこうして信号の大きさの減少をもたらす。発明の試金の使用のための適した制御は対応するDNA の表現システム、すなわち含んでいる探索可能な蛋白質の表現のための順序のコーディングをから成り立つが、レポーターの遺伝子のDNA の表現システムにmRNA の不安定順序に対応する順序を含んでいない。制御DNA の表現のレポーターの遺伝子表現システムと同一であるmRNA の不安定順序に対応するDNA はmRNA の不安定順序として取除かれるか、削除されるか、または他では不具になった。制御DNA の表現システムはまた変形させた細胞ライン、普通同じ宿主細胞ライン、例えばTHP から得られる固定して変形させた細胞ラインの形にあるかもしれないか。レポーターの遺伝子として1 つの細胞ラインは、細胞ラインを変形させた。
現在の発明のDNA の表現システムはmRNA を不安定にすることができるスクリーニングの混合物に使用することができる。従って、発明の1 具体化でそこにmRNA の低下の構成を引き起こす混合物の同一証明そしてスクリーニングに方法提供される: コードする蛋白質のために表現システムから転写され、mRNA がmRNA の不安定順序の最少の1 枚のコピーで構成するか混合物の不在で探索可能な信号を持っている蛋白質を表現することができるテスト混合物の存在の探索可能な信号を測定し、得られる制御と結果を比較するDNA の表現システムが付いている混合物に連絡する。
例えば、mRNA を不安定にすることができる混合物はmultiwell のフォーマットの発明のDNA の表現のベクトルと培養細胞によって固定してtransfected 識別することができる。夜通しの孵化の後で、mRNA を不安定にする機能のために選別される混合物は適切な集中の井戸、か集中および適した期間のcompound(s) の前でincubated 扱われた細胞の範囲に加えることができる(例えば、約4 のそして約16 時間間で) 。孵化の後で、DNA の表現システムのレポーターの遺伝子によって作り出される信号を検出するために必要などの試薬でも井戸に加えられ、それぞれで発生する信号の量はよく測定される(例えば、適切な探知器と共の多版の読者の使用によって) 。信号の量は制御、制御についてテスト混合物の効力を定めるために単独で溶質か培養基と扱われる例えば、細胞とそれから比較される。
それらの表現のためにある圧力の条件の下で正常な生理学的な条件増加の下でmRNA の安定性に安定性影響を与えない不安定、表現システムから成り立つ細胞服従しなければならない配列するから成り立つシステムがテストcompound(s) の付加前の圧力の条件にことが芸術で巧みな労働者によって理解される。従って、例えば、VEGF の低酸素症の範囲から成り立つ表現システムのために細胞はテスト混合物の付加前の低い酸素の条件に服従しなければならないすなわち制御の要因(酸素) はmRNA を不安定にする機能のために混合物をテストする前に減らなければならない。
発明の別の具体化ではコードする蛋白質のために表現システムから転写され、mRNA が各テスト混合物の存在の探索可能な信号を測定し、得られる信号を比較するmRNA の不安定順序の最少の1 枚のコピーで構成するか別に混合物の不在で探索可能な信号を持っている蛋白質を表現することができるDNA の表現システムが付いている混合物に連絡するから成り立つmRNA の低下を引き起こす混合物の比較のための方法はに提供される。この方法は存在がmRNA の低下のすばらしい範囲を引き起こすより低い手段探索可能な信号で起因する混合物と2 つまたはより多くの混合物によって引き起こされるmRNA の低下の範囲を比較する。
レポーターの遺伝子によって作り出される探索可能な信号を検出するおよび/または測定する方法は芸術で有名、関連した文献で広く記述されている。用いられた方法は選ばれたレポーターの遺伝子に依存して、適切な方法の選択は芸術の労働者の通常の技術の内にある。上示されるように、探索可能な信号はレポーターの遺伝子によって符号化される蛋白質によって直接作り出されるかもしれないか、または間接的に作り出されるかもしれない。
芸術で巧みな1 つは直接探索可能な信号が付加的な部品を、信号の検出を可能にするために試薬、ライト、および同類を誘発する基質のような要求するかもしれないことを理解する。間接的に探索可能な信号は探索可能な蛋白質に普通その”共役” の使用をとりわけ結合する含む直接探索可能なラベルに付すか、またはつながれ。そのような共役を総合する為の連結化学は芸術で有名である。探索可能な蛋白質と共役の間の不良部分は普通化学または性質の身体検査である。そのような結合の組の例は含んでいるが、に、抗原及び抗体限られない; avidin/streptavidin 及びビオチン; haptens のために特定のhaptens 及び抗体; 受容器及び受容器の基質; 酵素および酵素の補足因子/基質、および同類。お好みであれば共役は知られていた技術を使用して類縁のマトリックスに更に付すかもしれない。
共役と使用されるかもしれない直接探索可能なラベルの例は含んでいるが、に、蛍光一部分(フルオレスセインを含む蛍光染料のようなおよび派生物、テキサスの赤、ローダミンおよび派生物、dansyl 、umbelliferone 、または蛍光染料を含んでいるビードまたはmicrospheres) 、電子密な一部分、探傷、intercalators radiolabels 化学ルミネセンスの一部分(luminol を含むluciferin そして2,3−dihydrophthalazinediones のような、) 、磁気(3H 、125.I 、35S 、14C 、32P または33P のような) 、熱量測定ラベル、核酸の(ethidium 臭化物、SYBR の緑のような) 限られない(コロイド金のようなまたはガラスかプラスチック着色されるビード)。
信号検出は色々知られていた方法の1 つによって、分光、spectrophotometric 、光化学、生化学的な、immunochemical 、電気の、光学上昇温暖気流を含んで進むことができるまたは化学平均、目視検差、または色に基づく分子を追跡する他の方法は、充満か類縁大きさで分類する。従って信号が蛍光一部分のためにそうなったものであるところで、例えば、検出はライトの適切な波長および生じる蛍光性の検出の螢光色素の刺激によって顕微鏡検査、目視検差、写真フィルムによって、使用、電荷結合素子(CCDs) または光電子増倍管および光電管、および同類、デジタルカメラのような電子探知器の例えば行う、場合もある。シンチレーションカウントを含む冷光を、検出するために同じような方法は用いることができる。信号がradiolabel のためにある一方、検出のための平均はシンチレーション計数装置及び放射線写真法を含んでいる。
2.1 mRNA の低下を引き起こすことができる混合物
mRNAの不安定順序を含んでいる、mRNAsの不安定を促進する混合物は現在の発明の試金を使用して識別することができる。 従ってそのような混合物がmRNAsの低下を使用されるかもしれ、防ぎか、または不適当なmRNAの蓄積を逆転させ、そしてそれにより減るか、または不必要な蛋白質引き起こすのに、例えばcytokine、表現を防ぐ。 そのような混合物は不適当なmRNA安定および蓄積および結果として生じる望ましくない蛋白質の表現含む病状である、か病気の予防法のために調剤上可能性としては有用か処置。
従って即刻の発明は現在の発明に従って現在の発明の方法、またはDNA の表現システムまたは試金システムの使用によって確認可能なmRNA を不安定にする混合物を提供する。
3.DNA の表現システムの適用
3.1 高効率の分析
芸術で巧みな1 つはスクリーニングのステップで使用される技術が高効率の分析の容易に合わせることができることを認める。高効率スクリーンは大多数のサンプルを同時に処理する利点を提供し、かなり多数のサンプルを選別するために必要な時間を減らす。従ってmRNA の安定性に影響を与える混合物を識別するために現在の発明は混合物の図書館を選別する為の高効率方法の使用を熟視する。
高効率のスクリーニングのために、反作用の部品は通常多容器のキャリアかプラットホームで、同時に監視されるべき別のテストサンプルを含んでいる反作用の大多数を可能にするそれぞれmulti−well のmicrotitre の版のような収容される。スクリーニング工程の効率を高めるために現在の発明はまた非常に自動化された高効率スクリーンを熟視する。多くの高効率のスクリーニングまたは試金システムは大いにより速い効率の時間に終ってmicroarrays にサンプル、適切な探知器のmicroplate のthermocycling およびmicroplate の読書を、書式作成する液体の分配の、時限孵化ピペットで移すサンプル及び試薬のような多くのプロシージャのためのオートメーションの機能があるように、今利用できる商業的に。
3.2 公式/キット
現在の発明のDNA の表現システムか試金を含んでいるFormulations/kits は芸術の知られていた技術によって準備することができる。現在の発明はmRNA を不安定にする混合物の識別で使用のためのレポーターの遺伝子の試金を含んでいるキットをその上に提供する。キットの内容はlyophilized 、キットはその上にlyophilized 部品の再構成のための適した溶媒を含むことができる。キットの個々の部品は別の容器で包まれ、そのような容器によって関連付けられて、指示のリストである場合もある。
3.3 薬物の構成
現在の発明の、または現在の発明に従ってDNAの表現システムを用いて方法によってか試金システム識別される混合物は不適当なmRNA安定および結果として生じる望ましくない蛋白質の表現または蓄積含む病状である、か病気の予防法のための可能性としては有用な医薬品か処置。 従って現在の発明は識別された混合物で1つ以上を構成する薬物の構成を提供する。
現在の発明の薬物の構成そして薬物は口頭で、原則的に、非経口的に、吸入かスプレーによってまたは直腸に慣習的で無毒な受諾可能なキャリア、アジェバントおよび車を調剤上含んでいる適量の単位の公式で管理されるかもしれない。 ここに使用されるように非経口的な言葉はsubcutaneous注入、intravenous、筋肉内、intrasternalの注入または注入の技術を含んでいる。 調剤上活動的な混合物か塩はそれから受諾可能なキャリアや希釈剤やアジェバントおよび、お好みであれば、他の有効成分と共同して調剤上1つ以上の無毒かもしれない。
現在の発明に従って現在の発明の方法、またはDNA の表現システムまたは試金システムの使用によって識別される混合物は不適当なmRNA 安定および結果として生じる望ましくない蛋白質expression/accumulation を含む病状である、または病気の予防法または処置のための可能性としては有用なpharmaceuticals 。従って現在の発明は識別された混合物で一つ以上を構成する薬物の構成を提供する。現在の発明の薬物の構成そして薬物は口頭で、原則的に、非経口的に、吸入かスプレーによってまたは直腸に慣習的で無毒な受諾可能なキャリア、アジェバントおよび車を調剤上含んでいる適量の単位の公式で管理されるかもしれない。ここに使用されるように非経口的な言葉はsubcutaneous 注入、intravenous 、筋肉内、intrasternal の注入または注入の技術を含んでいる。調剤上活動的な混合物か塩はそれから受諾可能なキャリアと共同して一つ以上の無毒な調剤上あるかもしれないおよび/または希釈剤やアジェバントおよび、お好みであれば、他の有効成分は、タブレットとして、口頭使用のために、例えばトローチ適したである、形態に薬物の構成菱形、水様か油性懸濁液、分散性の粉または微粒、乳剤堅くか柔らかいカプセル、またはシロップまたはエリクシルかもしれない。口頭使用のために意図されている構成は薬物の構成の製造のために芸術に知られている方法に従って準備され、優雅で、美味しい準備を調剤上提供するために維持の代理店甘くなる代理人、flavouring 代理人、着色の代理人のグループから選ばれる一つ以上の代理店を含むかもしれない。タブレットは適した無毒な受諾可能な結合剤が付いている混和で有効成分をを含む、カルシウム炭酸塩、炭酸ナトリウム、ラクトーゼ、カルシウム隣酸塩またはナトリウム隣酸塩のような例えば、不活性の希釈剤、調剤上含んでいる; 粒状になること及び崩壊の、トウモロコシ澱粉のような代理人、またはアルギン酸; 澱粉、ゼラチンまたはアカシア、およびマグネシウムのステアリン酸塩、ステアリン酸またはタルクのような代理店に、油を差すことのような結合代理店。タブレットは光沢が無い場合もあるかまたは胃腸地域の崩壊そして吸収を遅らせ、長期にわたる支えられた行為を提供するためにそれにより知られていた技術によって塗られるかもしれない。例えば、glyceryl monosterate またはglyceryl distearate のような時間の遅れ材料は用いられるかもしれない。
口頭使用のための薬物の構成はまたとして有効成分がピーナッツ油、液体パラフィンまたはオリーブ油のような水かオイル媒体と混合されるか有効成分が不活性の固体希釈剤、例えば、カルシウム炭酸塩と、カルシウム隣酸塩かカオリン混合される、または柔らかいゼラチンカプセルかもしれないか堅いゼラチンカプセルとして示される。
口頭使用のための薬物の構成はまたとして有効成分がピーナッツ油、液体パラフィンまたはオリーブ油のような水かオイル媒体と混合されるか有効成分が不活性の固体希釈剤、例えば、カルシウム炭酸塩と、カルシウム隣酸塩かカオリン混合される、または柔らかいゼラチンカプセルかもしれないか堅いゼラチンカプセルとして示される。
水様の懸濁液は混和で活動的な混合物をとの含んでいる適した結合剤を含む、例えば、中断代理店、ナトリウムカルボキシメチルセルロースのような、メチルのセルロース、hydropropylmethylcellulose、ナトリウムのアルジネート、polyvinylpyrrolidone、トラガカントゴムおよびアラビアゴム; 自然発生するリン脂質、例えば、レシチン、または脂肪酸、例えば、polyoxyethyeneのステアリン酸塩、または長い鎖の脂肪性のエチレン酸化物の縮合生成物が付いているアルキレンの酸化物の縮合生成物のような分散するまたは湿潤剤部分的なエステルが付いているエチレン酸化物のアルコール、例えば、hepta−decaethyleneoxycetanol、か縮合生成物は脂肪酸およびヘキシット脂肪酸およびヘキシットの無水物の例えば、ポリエチレンのsorbitanのmonooleateから得られた部分的なエステルが付いているエチレン酸化物の例えばから、ポリオキシエチレンのソルビトールのmonooleate、または縮合生成物得た。水様の懸濁液はまた1つ以上の防腐剤、例えばエチル、かn−propyl pヒドロキシ安息香酸塩の1含むかもしれない、またはより多くの着色の代理人、1つ以上の香料添加剤かサッカロースまたはサッカリンのような1つ以上の甘くなる代理人。
油性懸濁液は植物油、例えば、落花生オイル、オリーブ油、ゴマ油またはココナッツ油、または液体パラフィンのようなミネラルオイルで有効成分を中断することによって作り出すことができる。油性懸濁液は厚化の代理人、例えば、蜜蝋、堅いパラフィンまたはcetyl アルコールを含むかもしれない。美味しい口頭準備を提供するために上述べられるそれらのような甘くなる代理店および/またはflavouring 代理店は加えられるかもしれない。これらの構成はアスコルビン酸のような酸化防止剤の付加によって維持することができる。
水の付加によって水様の懸濁液の準備のために適した分散性の粉および微粒はディスパーシングか湿潤剤、中断代理店および一つ以上の防腐剤を混和の有効成分に与える。適したディスパーシングまたは湿潤剤および中断代理店は上記されるそれらによって既に例証される。付加的な甘く結合剤、例えば、風味を付け、着色の代理店甘くなることは、またあるかもしれない。
発明の薬物の構成はまたoil−in−water 乳剤の形にあるかもしれない。オイル段階は植物油であるかもしれない例えば、オリーブ油か落花生オイル、またはミネラルオイルは、例えば、液体パラフィン、またはそれこれらのオイルのであるかもしれない混合物。適した乳状になる代理店はnaturally−occurring ゴム、例えば、アラビアゴムまたはゴムのトラガカントゴムであるかもしれない; naturally−occurring リン脂質、例えば、大豆の豆、レシチン; またはエステルか部分的なエステルは脂肪酸およびヘキシットの無水物、例えば、sorbitan のmonoleate 、およびエチレン酸化物、例えば、ポリオキシエチレンのsorbitan のmonoleate が付いている前述の部分的なエステルの縮合生成物から得た。乳剤はまた甘く及びflavouring 代理店を含むかもしれない。
シロップ及びエリクシルは甘くなる代理人、例えばグリセロール、プロピレングリコール、ソルビトールまたはサッカロースと作り出されるかもしれない。そのような公式はまたdemulcent 、防腐剤およびflavouring および着色の代理店含むかもしれない。
薬物の構成は生殖不能のinjectable 水様かoleaginous 懸濁液の形にあるかもしれない。この懸濁液は上記されるそれらのような適したディスパーシングまたは湿潤剤そして中断代理店を使用して知られていた芸術に従って作り出されるかもしれない. 生殖不能の注射可能な準備はまた1,3ブタンジオールの解決として無毒な親によって受諾可能な希釈剤の生殖不能の注射可能な解決または懸濁液または溶媒、例えば、であるかもしれない。 用いられるかもしれない溶媒および受諾可能な車は含んでいるが、に、水、信号器の解決限られなかったり、解決および等張の塩化ナトリウムの解決信号器の泌乳しなかった。 他の例は、溶媒として通常または中断媒体用いられる、および色々柔和な固定オイルを含む、例えば、総合的なモノラルかdiglyceridesある生殖不能の、固定オイル。 さらに、injectablesの準備のオレイン酸酸の発見の使用のような脂肪酸。
薬物の構成を準備する他の薬物の構成そして方法は芸術で知られ、例えば、記述されている"Remington: The Science and Practice of Pharmacy" (formerly "Remington’s Pharmaceutical Sciences"); Gennaro, A., Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PA (2000)。
ここに記述されている発明のよりよい理解を得るためには次の例は述べられる。これらの例がイラストラティブ目的だけのためであることが理解されるべきである。従って、それらはどうにかこの発明の規模を限るべきでない。
実施例
Kastelic et al. (Cytokine, 1996, 8:751-761), 前にradicicol のアナログA が(次に示されている) 不安定AU?rich の要素を通ってmRNA の(相談することを混合物) モチーフは遺伝子の3’ 未翻訳の地域にmRNA の不安定に応じて置いた(3 ’ UTR) 示される。例のためAREs すべてを削除された含んでいるおよび生じるIL?1ss?AU のDNA は表現のベクトルにsubcloned だったIL?1ss の3’ UTR の1−5 、区分。固定してTHP をtransfected か。この構造物を含んでいる1 細胞はRNase の保護方法(Kastelic 等のibid は。) によって分析されたそしてAU?less の示されていた抵抗はradicicol のアナログA の方のRNA を得た。
IL の3’UTR か。1ss mRNA は3 によってがタンデムにの合計をある6 つのAUUUA のモチーフ含んでいる(図1) を見なさい。luciferase レポーターの遺伝子の試金の構造の場合、私達は3 つのタンデム繰り返しを含んでいるかどれが図1 で示されている下線を引かれた順序から成り立つ片しか使用しなかった。
Figure 2007530058
例1: pGL2 Neo30 及び安定した細胞ラインの構造
安定した統合のためのベクトルをTHP に得るためか。1 細胞、XhoI か。(aminoglycoside 3’phosphotransferase を表現する) pGL2?Control (Promega) のSaII の場所にpMC1neoPolyA (Stratagene) から得られた新抵抗力がある遺伝子のSaII の片はsubcloned あった。この生じるプラスミッドはpGL2_Neo と呼ばれた。(3 つのタンデムAUUUA のモチーフを含み、IL?1ss 3’UTR 順序を並べる) 30bp 片は2 つの補足の総合的なオリゴヌクレオチドの焼きなましによって図2) がPflMI の制限の場所を使用してpGL2_Neo にsubcloned あったことを得た(見なさい。これはluciferase の表現のベクトルpGL2_Neo30 (図3.A) で起因する。図2 はpGL2_Neo のPfIMI の場所にligation に使用する3 つのタンデムAUUUA のモチーフを含んでいるIL?1ss 3’UTR 順序を示す。(図3B) 表現のベクトルpGL2βgalactosidase にpGL2_Neo30 及びpGL2_Neo でluciferase の遺伝子と同じ促進者(SV40) が運転するlacZ の遺伝子、プラスミッドpGL2?ss?galactosidase が含んでいないmRNA の不安定順序をあるが。lacZ の遺伝子はpSV ベータガラクトシダーゼ(Promega) のHindIII/BamHI の制限のダイジェストから得られ、pGL2Control (Promega) のHindIII/BamHI の場所にsubcloned。
THP−1 細胞はelectroporation によってpGL2_Neo 及びpGL2 ss ガラクトシダーゼのベクトルと(制御細胞ラインを発生させるため) またはpGL2_Neo30 及びpGL2 ss ガラクトシダーゼのベクトルとそれからcotransfected あった。1.3mM のKH2PO4 、7.36mM Na2HPO4 、2.44mM のKCl 、124mM のNaCl 、5mM のブドウ糖、9.64.M のMgCl2 および16.M のCaCl2 pH 7.2 の107 cells/ml は(250V 、690.F および不明確な抵抗) 0.4cm のキュヴェットを使用してBio ラド遺伝子のDNA の20.g とtransfected Pulser あった。細胞は10%FBS 、(L グルタミン) 2mM L−Gln 、G418 (geneticin) の50.M の2 2−mercaptoethanol および600.g/ml を含んでいるRPMI 媒体で続いて培養された。
THP−1 細胞へのpGL2_Neo30 そしてpGL2_Neo のtransfection の後で、G418 抵抗力がある安定した細胞ラインはG418 の選択によって得られ、luciferase の活動のために試金された。Cotransfected の細胞ラインはまた内部制御として役立つことができるss ガラクトシダーゼの活動のために試金された(例5 を次に見なさい) 。各transfection の1 つの細胞ラインはそれ以上の分析のために選ばれた; pGL2_Neo30/ のpGL2 ss ガラクトシダーゼの細胞ラインはクローン第53 とクローン第63 として及びpGL2_Neo/ のpGL2 ss ガラクトシダーゼの細胞ライン言われた。内生luciferase の活動は正常なTHP− 1 の細胞で検出できない。 ティッシュの文化及びluciferase の活動の測定は下記に記されているように遂行された。
ティッシュ文化:
人間のmonocytic 白血病の細胞を並べたり、クローンとして作る第53 をtransfected 、63 は110 U/ml のペニシリン、100 .g/ml のストレプトマイシン、2 ミリメートルL−Gln および2 g/l NaHCO3 と補われるRPMI 媒体で育つ。Heat−treated FBS (5%) は使用の前に加えられる。細胞は5 x 105/ml の密度に育ち、100 U/ml (最終的な集中) とγIFN 区別するために引き起こされる。後で3 時間、LP (5.g/ml 最終的な集中) の10 .l は加えられる。今回ポイントは時間0 示される。混合物は示されるようにLP の付加の後で別々の機会に加えられる。
Luciferase の活動の測定:
96 の健康な版の使用にシステムを合わせるためには、細胞はPackard の平底のRPMI の中型の欠乏のフェノール赤(AMIMED) の白いポリスチレンのmicroplates (猫第6005180) で育った。細胞は5 時x 104/well でめっきされた。細胞の処置の後で、luciferase はPackard Luc ライトシステムを使用して測定された(100 U/ml の最終的な集中への5 x 105 cells/ml 、gIFN (1000U/ml 、Boehringer Mannheim 、第1050494) およびLuc 0.25% の(v/v) ライトの増強物の細胞の懸濁液への205.l. の最終的な容積の製造業者の指示に従って猫第601691 1) は簡潔に、加えられた。3 時間の孵化のLP (50.g/ml シグマ、L?8274) の後で弾力性5.g/ml の最終の集中に加えられた。細胞は平底の白いポリスチレンのmicroplates (Packard の猫に5 x 104/100 .l/well でそれからめっきされた。第6005180) 及び16 時間incubated 。混合の解決または標準車の5 .l はそれから加えられ、細胞は示されるように更にincubated 。luciferase の基質の解決の100 .l は加えられ、版はTopSeal?A のpress?on の付着力のシーリングフィルム(Packard 猫で覆われた。22.oC のPackard の上の計算のシンチレーション計数装置との冷光を測定する前の第6005185) 。luciferase 信号は少なくとも90 分の間安定していた。
2つの細胞ライン、(a)第53および(b) 63のluciferaseの活動の微分のの依存した誘導はテストされ、得られる結果はfigs. 4 aおよびb.で示されている。 両方のクローンではluciferaseの表現の明瞭な誘導は、試金の時中の活動の維持のハイレベル観察された。 luciferaseのこの高く、一定した表現はmRNAの不安定を引き起こす混合物の効果を分析した場合留意されるべきである。 mRNAの低下が野生タイプTHP− 1の細胞の状態とは違うde novoのトランスクリプションが付いている一定した競争に、IL−1sのmRNAの場合には、ハイレベル16時間得られたLPの付加の後のある。 1つはluciferaseの場合にはradicicolのアナログaの場合には次に見なさい、トランスクリプションが高く残るのでmRNAの不安定にする薬剤のより弱い効果を見ると、ように観察された期待する。
例2: Luciferase mRNAおよび蛋白質の半分の生命
luciferase 蛋白質の安定性を通って潜在的なmRNA の不安定にする代理店のための試金のための最適のひとときを定めるためにluciferase 蛋白質の活動を使用してmRNA の低下を測定するためにはluciferase の酵素の半減期を知っていることは重要である。可能性はmRNA が蛋白質の長い半減期のために低下できること高い酵素活動主張できるある。従って私達はtranscriptional の抑制剤のアクチノマイシンD (行為d) か翻訳の抑制剤のの付加の後のluciferase の活動をシクロヘキシミド(CHX) 分析した。図5 はことを20.g/ml 行為の前で示す。20 .M の前のと同様、D はCHX のluciferase の活動急速に低下し、孵化の8 時間後にradicicol のアナログA (1mM) によって達成された阻止と対等なレベルに達した。luciferase の酵素のこの比較的短い半減期の故に、混合の付加の後の8 時間には早くもmRNA の低下の活動のための物質を査定することは安全である。
例3: radicicol のアナログA の効果
THP?1 細胞ライン、クローンNo. 。63 及び53 はgIFN と育ち、区別され、そして正常なTHP?1 細胞と同一のLP と刺激される。LP 及び細胞のエキスの付加がそれから後で8 時間取られたまたは加えられた16 時間後Radicicol のアナログA は示されるように。Luciferase の活動は50% +/?17% の時として阻止による平均の1 つのM のradicicol のアナログA によってradicicol のアナログA の5x10?6M まで制御クローン第53 に効果をもたらさなかった一方93% 大きかった、図6 禁じられた(固体棒はクローン第53 、開いた棒クローン第63 を示す)。
1 ミリメートルのradicicol のアナログと扱われたとき興味深く、(開いた棒) luciferase のより低い表現のためにそうなったものまたはAU?rich の要素によって仲介されるmRNA の低下プロセスの特異的に表現されたか、または変更された部品の介入を表している画一的なクローン第63 はA はluciferase の活動(図7 の固体棒クローン第53 を) の限られた減少しか示さなかった示す。全く、ゲルの遅滞はIL?1ss のAU?rich 3’ UTR の241 bp を使用してriboprobe が示されていないgIFN によって引き起こされた微分または修正を用いる付加的な蛋白質の結合を示したように実験する()。
区別されたクローン第63 のluciferase の活動の集中の依存した阻止は図8 で、示されている。radicicol のアナログA の集中はまたトランスクリプションの細胞毒性か抑制的な活動のために5x 10?6 M より高く制御クローン(第53) を禁じた。
例4: 選択された多数の化合物に対するアッセイの適用
いくつかの指定物質への試金の適用 いくつかの指定物質は例3 で記述されているように発明の試金の活動のために大幅にテストされた(区別された細胞のために) 。得られる結果は表3 で次に与えられる。Radicicol (方式II を次に見なさい) 及びradicicol のアナログA はmRNA の安定性に対する明確な効果を示した; テストされた他の混合物は使用された試金で活動を示さなかった。
Figure 2007530058
Figure 2007530058
例5: 単一セルラインを使用して試金の適用
前の例では、テスト混合物は2 つの別々の細胞ライン(クローンNo. の活動の比較によって試金された。53 及び63) 。但し、クローン63 は2 個の別々のプラスミッドとcotransfected あった: 1 個のプラスミッド(pGL2_Neo30) はSV40 促進者および他のプラスミッド(pGL2?ss?galactosidase の図3B) によって運転された30 のbp の不安定順序のluciferase の遺伝子を含んでいたりSV40 促進者が運転したlacZ の遺伝子を含んでいたmRNA の不安定順序を含んでいなかったが。この細胞ラインのss?galactosidase の活動はmRNA の不安定順序によるmRNA の不安定を促進する混合物への細胞の露出によって影響されるべきでない。その結果、1 つは刺激された細胞対刺激されない細胞でluciferase の活動を単に比較し、これらの同じ細胞でss?galactosidase の活動を比較することによってmRNA の不安定の活動を持っている混合物のために選別べきである。従って、クローン63 の(刺激され、刺激されない細胞) のluciferase の活動そしてss?galactosidase の活動のradicicol のアナログA の効果はクローン63 及びクローン53 の刺激され、刺激されない細胞のradicicol のアナログA の効果と比較された。
試金は前の例で記述されているように行われた。表4 ショークローン63 及び53 の?IFN/LPS の刺激され、刺激されない細胞のradicicol のアナログA の様々な集中のluciferase の活動。活動は制御の% で与えられ、細胞数のために制御される3 つの独立した実験の平均に基づいていた。表5 はクローン63 及び53 の刺激され、刺激されない細胞でss?galactosidase の活動を示したものだ。活動は制御の% で与えられ、細胞数のために制御される3 つの独立した実験の平均に基づいていた。それは表5 の活動的な混合物としてradicicol のアナログA を識別しようことデータから明確こと表4 の試金、そしてである。
Figure 2007530058
Figure 2007530058
例6: pGL2NeoN/N Luciferase の表現のベクトルの構造
例にある様々な不安定順序のクローニングを促進するために付加的な制限の酵素の場所を含むようにプラスミッドpGL2_Neo (Promega) は7−14 次の通り変更された(次に)。
2 つのunphosphorylatedのオリゴヌクレオチド、N/N−TK5P:
Figure 2007530058
及びN/N−TK3P:
Figure 2007530058
は、アニールされ、PflM1 にligated pGL2_Neo を一直線に並べた。アニールされたオリゴヌクレオチドは(大胆及びイタリック体で示されている) NotI 及び(大胆、イタリック体および下線で示されている) NdeI のための制限の酵素の場所を形作った含んでいる小さい多数のクローニング場所を。付加的で独特な制限の場所を含むためにこの小さい多数のクローニング場所が拡大することができることが注意されるべきである。NotI/NdeI の生じるプラスミッドの多数のクローニングのオリエンテーションはDNA の配列によって場所、pGL2NeoN/N 、確認された。
例7: 人間のAPP の不安定順序の構造
この例で使用されたAPP 順序はAlzheimer の病気(GenBank の受入番号に対応するamyloid A4 前駆物質のための人間のmRNA から得られた: Y00264 の位置: HSAFPA4) 。アミロイドA4 の前駆物質順序の3’ UTR は5 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。人間の多数のティッシュのDNA (Clontech のMTC のパネルI 、K1420−1 の源: 頭脳は) 3 ’ プライマー、TK−APP−3P 、5 ’ プライマー、TK−APP−5P およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
TK−APP−3P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。3309 から3331 まで人間のAPP 順序と同一の順序は大胆で示されている。潜在的なpolyA 信号順序は3081..3086 及び3090..3095 にある。
TK−APP−5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。2240 から2264 まで人間のAPP 順序と同一の順序は大胆で示されている。
生じるDNA の片は図9 (SEQ ID NO:1) で示され、位置2240 からの人間のアミロイドA4 の前駆物質蛋白質の遺伝子の3’ UTR の1093 のヌクレオチドを(停止codon は2235 にあり) 、及び表しまで、第3 推定のpolyA 信号順序(3332..3337) の公正上流にである位置3331 含んでいる。片は5 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。この片はシャトルのベクトルとして使用されたpCR 鈍いII−TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られた鈍終りだった。NotI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルは人間のアミロイドA4 の前駆物質蛋白質の遺伝子でpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される5 つのAUUUA のモチーフを含んでいる3’UTR を構成する。
例8: 人間のbcl−2 の構造か。長い不安定順序
この例で使用されたbcl 2 アルファ順序はleukaemia/lymphoma の病気(GenBank の受入番号に対応するB 細胞2 の(bcl−2) 原始proto−oncogene のための人間のmRNA から得られた: M13994 の位置: HUMBCL2.A) 。bcl 2 アルファ順序の3’ UTR は3 つがタンデムにある8 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。人間のHL−60 細胞からの総RNA は(激しいpromyelocytic 白血病) 3’ プライマー、hbcl2.a−TK3PL および指数II のRNase H− の逆のtranscriptase (Invitrogen) を使用して転写された逆だった。生じる最初繊維によって総合されたDNA はそれから3’ プライマー、hbcl2.a−TK3PL 、5’ プライマー、hbcl2.a−TK5P 、およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
hbcl2.a−TK3PL:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。3041 から3061 まで人間のbcl 2 アルファ順序と同一の順序は大胆で示されている。このmRNA の3’UTR は非常に長く、位置5086 に伸びる。
hbcl2.a−TK5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。2176 から2194 まで人間のbcl 2 アルファ順序と同一の順序は大胆で示されている。停止codon は位置2176 にある。
生じるDNA の片は図10 (SEQ ID NO:2) で示され、位置2176 からのbcl 2 アルファ蛋白質の遺伝子の3’ UTR の889 のヌクレオチドを(停止codon は2176 にあり) 、及び表しまで、位置3061 含んでいる。片は6 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。この片は拡大の高い忠誠PCR システム(Roche) と増幅された。3’ A の突出部分があるプロダクトはpCR XL TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られ、シャトルのベクトルとして使用した。NotI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される最初の6 つのAUUUA のモチーフを含んでいる人間のbcl 2 アルファ蛋白質の遺伝子で3’UTR を構成する。
例9: 人間のbcl−2.alpha の構造は不安定順序をショートさせる
例9: この例で使用されたleukaemia/lymphoma の病気(GenBank の受入番号に対応するB 細胞2 の(bcl−2) 原始proto−oncogene のための人間のmRNA から人間のbcl−2.alpha の短い不安定のSequenceThe のbcl 2 アルファ順序の構造は得られた: M13994 の位置: HUMBCL2.A) 。bcl 2 アルファ順序の3’ UTR は3 つがタンデムにある8 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。人間のHL−60 細胞からの総RNA は(激しいpromyelocytic 白血病) 3’ プライマー、hbcl2.a−TK3PS および指数II のRNase H− の逆のtranscriptase (Invitrogen) を使用して転写された逆だった。生じる最初繊維によって総合されたDNA はそれから3’ プライマー、hbcl2.a−TK3PS 、5’ プライマー、hbcl2.a−TK5P 、およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
hbcl2.a−TK3PS:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。2848 から2878 まで人間のbcl 2 アルファ順序と同一の順序は大胆で示されている。
このmRNA の3’UTR は非常に長く、位置5086 に伸びる。 hbcl2.a−TK5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。2176 から2194 まで人間のbcl 2 アルファ順序と同一の順序は大胆で示されている。停止codon は位置2176 にある。
生じるDNA の片は図11 (SEQ ID NO:3) で示され、位置2176 からのbcl 2 アルファ蛋白質の遺伝子の3’ UTR の696 のヌクレオチドを(停止codon は2176 にあり) 、及び表しまで、位置2878 含んでいる。片は5 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。この片は拡大の高い忠誠PCR システム(Roche) と増幅された。3’ A の突出部分があるプロダクトはpCR XL TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られ、シャトルのベクトルとして使用した。NotI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される最初の5 つのAUUUA のモチーフを含んでいる人間のbcl 2 アルファ蛋白質の遺伝子で3’UTR を構成する。
例10: 人間のc−myc の不安定順序の構造
この例で使用されたc−myc 順序はp67 及びp64 myc 蛋白質(GenBank の受入番号のための人間のc−myc の遺伝子から得られた: D10493 及びD90467 の位置: HUMMYCKOB) 。人間のc−myc のgenomic 構成はp67 に及びp64 に共通の3’UTR が4 つを含んでいることをあることを隔離されたAUUUA 順序示す。両方の蛋白質(ヌクレオチド6628−7190) の末端のexon はBernstein 等が記述しているコーディングの地域の不安定の決定要因(crd) として知られている60 アミノ酸の範囲を含んでいる。(Genes 及びDev. 、1992 年、6 、642−652) 7008 から停止codon (7190) への。人間のHL−60 細胞からの総RNA は(激しいpromyelocytic 白血病) 3’ プライマー、hcmyc−TK3P および指数II のRNase H− の逆のtranscriptase (Invitrogen) を使用して転写された逆だった。生じる最初繊維によって総合されたDNA はそれから3’ プライマー、hcmyc−TK3P 、5’ プライマー、hcmyc−TK5P 、およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
hcmyc−TK3P:
Figure 2007530058
は、NdeI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。7636 から7658 まで人間のc−myc 順序と同一の順序は大胆で示されている。2 つのpolyA 信号順序は7485...7490 そして7626... 7631 にある。
hcmyc−TK5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。6984 から7005 までcmyc 順序と同一の順序は大胆で示されている。
生じるDNA の片は図12 (SEQ ID NO:4) で示され、位置6984 からの人間のc−myc 蛋白質の遺伝子の3’ UTR の675 のヌクレオチドを、及び表しまで、位置7658 含んでいる。片は4 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。片は拡大の高い忠誠PCR システム(Roche) と増幅された。3’ A の突出部分があるプロダクトはpCR XL TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られ、シャトルのベクトルとして使用した。NotI/NdeI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI/NdeI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される4 つのAUUUA のモチーフを含んでいる人間のc−myc 蛋白質の遺伝子で3’UTR を構成する。
例11: 人間のTNFa の不安定順序の構造
この例で使用されたTNFa のmRNA 順序は人間の腫瘍壊死要因(superfamily TNF 、メンバー2) の(TNF) からmRNA (GenBank の受入番号得られた: NM_000594 の位置: TNF) 。このmRNA の3’ UTR に9 つのAUUUA のモチーフがある。(?IFN/LPS と区別される) 人間のTHP−1 細胞からの総RNA は隔離され、逆は3’ プライマー、TKHT3P および指数II のRNase H− の逆のtranscriptase (Invitrogen) を使用して転写された。生じる最初繊維によって総合されたDNA はそれから3’ プライマー、TKHT3P 、5’ プライマー、TKHT5P 、およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
TKHT3P:
Figure 2007530058
は、NdeI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。1640 年から1660 年までTNFalpha 人間の順序と同一の順序は大胆で示されている。潜在的なpolyA 信号順序は1647..1652 にある。polyA の尾の付加は1666 年か1669 年に起こる。
TKHT5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。869 から890 までTNFa 人間の順序と同一の順序は大胆で示されている。
生じるDNA の片は図13 (SEQ ID NO:5) で示され、位置869 からの人間のTNFa 蛋白質の遺伝子の3’ UTR の792 のヌクレオチドをに、及び表し、位置1660 年含んでいる。片は9 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。片はシャトルのベクトルとして使用されたpCR 鈍いII−TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られた鈍終りだった。NotI/NdeI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI/NdeI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される9 つのAUUUA のモチーフを含んでいる人間のTNFa 蛋白質の遺伝子で3’UTR を構成する。
例12: 人間のIL 1b 不安定順序の構造
この例で使用されたIL 1b mRNA 順序はベータprointerleukin 1 のための人間の遺伝子から得られた(GenBank の受入番号: X04500, の位置: HSIL1B) 。このmRNA の3’ UTR に6 つのAUUUA のモチーフがある。(?IFN/LPS と区別される) 人間のTHP−1 細胞からの総RNA は隔離され、逆は3’ プライマー、HIL1B3 および指数II のRNase H− の逆のtranscriptase (Invitrogen) を使用して転写された。生じる最初繊維によって総合されたDNA はそれから3’ プライマー、HIL1B3 、5’ プライマー、HIL1B5 、およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
HIL1B3:
Figure 2007530058
は、NdeI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。人間のIL−1 と同一の順序は大胆で示されているか。8917 から8936 まで順序。潜在的なpolyA 信号順序は8925... 8930 にある。
HIL1B5:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。人間のIL−1 と同一の順序は大胆で示されているか。8337 から8357 まで順序。
生じるDNA の片は図14 (SEQ ID NO:6) で示され、位置8337 からの人間のIL 1b 蛋白質の遺伝子の3’ UTR の600 のヌクレオチドを、及び表しまで、位置8936 含んでいる。片は6 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。片はシャトルのベクトルとして使用されたpCR 鈍いII−TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られた鈍終りだった。NotI/NdeI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI/NdeI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される6 つのAUUUA のモチーフを含んでいる人間のIL 1b 蛋白質の遺伝子で3’ UTR を構成する。
例13: 人間のVEGF の不安定順序の構造
この例で使用された管のendothelial 成長因子(VEGF) のmRNA 順序はVEGF (GenBank の受入番号のための人間の遺伝子から得られた: AF022375) 。このmRNA の3’ UTR に8 つのAUUUA のモチーフ、単一コピーのすべての現在がある。VEGF のmRNA にまた3’UTR (Claffey 等1998 年、Mol. Biol にある報告された低酸素症引き起こされたmRNA の安定性の地域がある。細胞9:469−481) 。人間の多数のティッシュのDNA (Clontech のMTC のパネルI 、K1420−1 の源: 胎盤は) 3 ’ プライマー、TK−VAU−3P 、5 ’ プライマー、TK−VAU−5P およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
TK−VAU−3P:
Figure 2007530058
は、NdeI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。3124 から3146 までVEGF 順序と同一の順序は大胆で示されている。このmRNA の3’UTR は非常に長く、位置3166 に伸びる。潜在性のpolyA の付加順序であるかもしれないか何が3139..3144 にそこに位置3155 で始まるpolyA の尾のようで。
TK−VAU−5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。2062 年から2085 年までVEGF 順序と同一の順序は大胆で示されている。停止codon は位置1275 年にある。
生じるDNA の片は図15 (SEQ ID NO:7) で示され、位置2062 年からの人間のVEGF 蛋白質の遺伝子の3’ UTR の1087 のヌクレオチドを(停止codon は1275 年にあり) 、及び表しまで、位置3146 含んでいる。片は7 つのAUUUA のモチーフを含んでいる。片はシャトルのベクトルとして使用されたpCR 鈍いII−TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られた鈍終りだった。NotI/NdeI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI /NdeI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される7 つのAUUUA のモチーフを含んでいる人間のVEGF 蛋白質の遺伝子で3’UTR を構成する。
例14: 人間のVEGF の低酸素症の範囲の不安定順序の構造
この例で使用された管のendothelial 成長因子(VEGF) のmRNA 順序はVEGF (GenBank の受入番号のための人間の遺伝子から得られた: AF022375) 。このmRNA の3’ UTR に8 つのAUUUA のモチーフ、単一コピーのすべての現在がある。VEGF のmRNA にまた3’UTR (Claffey 等1998 年、Mol. Biol にある報告された低酸素症引き起こされたmRNA の安定性の地域がある。細胞9:469−481) 。人間の多数のティッシュのDNA (Clontech のMTC のパネルI 、K1420−1 の源: 胎盤は) 3 ’ プライマー、TK−V−3P 、5 ’ プライマー、TK−V−5P およびプラチナPfx のDNA のポリメラーゼ(Invitrogen) を使用して増幅されたPCR だった。
TK−V−3P:
Figure 2007530058
は、NdeI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。1730 年から1752 年までVEGF 順序と同一の順序は大胆で示されている。このmRNA の3’UTR は非常に長く、位置3166 に伸びる。潜在性のpolyA の付加順序であるかもしれないか何が3139..3144 にそこに位置3155 で始まるpolyA の尾のようで。
TK−V−5P:
Figure 2007530058
は、NotI の制限の場所を含む付加的な5’ 順序を含んでいる。1601 年から1622 年までVEGF 順序と同一の順序は大胆で示されている。停止codon は位置1275 年にある。
生じるDNA の片は図16 (SEQ ID NO:8) で示され、位置1601 年からの人間のVEGF 蛋白質の遺伝子の3’ UTR の152 のヌクレオチドを(停止codon は1275 年にあり) 、及び表しまで、位置1752 年含んでいる。片は報告された低酸素症の範囲を含んでいる。片はシャトルのベクトルとして使用されたpCR 鈍いII−TOPO (Invitrogen) にクローンとして作られた鈍終りだった。NotI/NdeI の片はシャトルのベクトルから消化され、NotI /NdeI によって一直線に並べられたpGL2NeoN/N のluciferase の表現のベクトルにsubcloned 。生じるDNA の表現のベクトルはpGL2NeoN/N で使用されるluciferase の遺伝子の3’UTR に挿入される報告された低酸素症の範囲を含んでいる人間のVEGF 蛋白質の遺伝子で3’UTR を構成する。
例15: か。ガラクトシダーゼのHygromycin B 相談制御プラスミッドの構造
制御プラスミッドを準備するため、pTK−Hyg のプラスミッド(GenBank の受入番号: BD のBiosciences から得られたU40398 は) Hygromycin の抵抗の相談の遺伝子および規定する要素を並べる独特な制限の場所を導入するために変更された。Hygromycin このカセットが第2 プラスミッドのSalI の場所にクローンとして作られるので、TK のpolyA 信号を含んでいるHygr のHSV−TK の促進者、遺伝子およびHSV の片を並べるためにpGL2 か。ガラクトシダーゼ、SalI 及びXhoI の制限は場所選ばれた。2 プライマー、TKSF およびTKSR はアニールされ、PflMI にligated pTK−Hyg (2879 及び2928 にあるPflMI の場所) を一直線に並べた。
TKSF:
Figure 2007530058
は大胆で、識別されるSalI の認識部位を含んでいる。
TKSR:
Figure 2007530058
は大胆で、識別されるSalI の認識部位を含んでいる。
生じるpTK−Hyg−SalI のプラスミッドはHindIII と、一直線に並べられ、子牛の腸のホスファターゼ(CIP) とdephosphorylated 。2 プライマー、TKXF3
Figure 2007530058
およびTKXR3
Figure 2007530058
はHindIII に一直線に並べたpTK−Hyg/SalI (元のpTK−Hyg のベクトルの1037 年にあるHindIII の場所) をアニールされ、ligated。生じるプラスミッドはpTK−Hyg−SalI/XhoI として識別された。
TKXF3:
Figure 2007530058
は大胆で、識別されるXhoI の認識部位を含んでいる。
TKXR3:
Figure 2007530058
は大胆で、識別されるXhoI の認識部位を含んでいる。
pGL2 か。ガラクトシダーゼのプラスミッドを準備するためには(図3B を見なさい) 、pSV か。ガラクトシダーゼのベクトル(Promega) のHindIII/BamHI の制限のダイジェストから得られたか。
ガラクトシダーゼ相談カセット(3731bp) はCIP 扱われるの背骨のプラスミッドおよびAmpr 、f1 ori およびSV40 促進者順序含んでいるpGL2 制御ベクトル(Promega) からの〜3104bp HindIII/BamHI のDNA の片にクローンとして作られた。
pTK−Hyg−SalI/XhoI のプラスミッドはSalI 及びXhoI と一直線に並べられた。一直線に並べられたHygromycin 相談カセットを、含んでいる〜1840bp SalI/XhoI の片はligated 、SalI にpGL2 か。ガラクトシダーゼのプラスミッドをdephosphorylated 。pGL?gal−TKhygSX (8683bp) として識別された生じる制御プラスミッド(図17) は制限のダイジェスト及びDNA の配列によって確認された。
すべてのパテント、出版された特許出願およびこの指定で参照される同じ範囲への全体の参照によってデータベースの記入項目を含む出版物の発表は、とりわけ各々のそのような個々のパテント、出版物、およびデータベースの記入項目がとりわけそしてそれぞれ参照によって組み込まれるために示されたように組み込まれる。
こうして記述されている発明それはの具体化同じが多くの方法で変わるかもしれないこと明らかである。そのような変化は芸術で巧みな1 つに明らかが次の要求の規模の内に含まれているように意図されているありなさいのような及びすべての修正発明の精神そして規模からの出発とみなされるべきでない。
図1はIL−1ss 3’ UTR のDNA 順序を示す。 図2は例1 でmRNA の不安定順序として使用される30 のbp の片を示す。 図3AはpGL2_Neo30 及びpGL2?Control のためのプラスミッドの図表を示す。 図3BはpGL2 か。ガラクトシダーゼのためのプラスミッドの図表を示す。 図4 はクローン第53 及び(b) クローン第63 のための(a) 微分の時にわたるluciferase の活動のグラフを示す。 図5 示すluciferase の半分の生命のグラフを、4 およびクローン第53 及び63 のための混合物の付加がradicicol のアナログA (RAA) と扱った8 時間後、アクチノマイシン行為D はD は(。) そしてcyclohexamide (CHX)。 図6 クローン第53 (固体棒) 及び63 からのluciferase の活動のショーグラフはradicicol のアナログA (RAA) の様々な集中と(開いた棒) 扱った。 図7 画一的な、区別されたクローン第53 および(開いた棒) 1?M のradicicol のアナログA (RAA) の8 時間の処置のクローン第63 のための(固体棒) luciferase の活動のショーグラフ。 図8 ショーradicicol のアナログA (RAA の8 時間の処置の後の区別されたクローン第63 のluciferase の活動の集中の依存した阻止のグラフ)。 図9はDNA の構造物が人間のAPP 3’UTR から得たョー。 図10はDNA の構造物が人間のbcl−2.a 長い3’UTR から得たョー。 図11はシDNA の構造物が人間のbcl−2.a 短い3’UTR から得たョー。 DNA の構造物が人間のc−myc 3’UTR から得た図12 ショー。 DNA の構造物が人間のTNFa 3’UTR から得た図13 ショー。 DNA の構造物が人間のIL 1b 3’UTR から得た図14 ショー。 DNA の構造物が人間のVEGF 3’UTR から得た図15 ショー。 DNA の構造物が人間のVEGF の低酸素症の範囲3’ UTR から得た図16 ショー。 図17はpGLbgal制御プラスミッドを− TKhygSX示す。

Claims (22)

  1. DNA発現ベクターであって、
    i)検出可能シグナルを有する1若しくはそれ以上のタンパク質のコード配列を有する第1のDNA配列と、
    ii)動作可能なように前記コード配列と結合した1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び1若しくはそれ以上の発現制御配列と、
    iii)1若しくはそれ以上の天然発生遺伝子に由来する1若しくはそれ以上のmRNA不安定配列に相当する第2のDNA配列を有する前記3’UTR配列を挿入した異種不安定配列DNAと
    を有するDNA発現ベクター。
  2. 請求項1のDNA発現ベクターにおいて、前記異種不安定配列DNAは、前記天然発生遺伝子の前記mRNA不安定配列に隣接する配列に相当するDNAをさらに有するものである。
  3. 請求項1のDNA発現ベクターにおいて、前記異種不安定配列DNAは、約10〜約1500ヌクレオチドの長さである。
  4. 請求項2のDNA発現ベクターにおいて、前記異種不安定配列DNAは、前記天然発生遺伝子から得られる前記3’UTRの全体或いは実質的に一部に相当するDNAを有するものである。
  5. 請求項2のDNA発現ベクターにおいて、前記異種不安定配列DNAは、前記天然発生遺伝子のコード領域からの1若しくはそれ以上のCRDに相当するDNAを有するものである。
  6. 請求項1のDNA発現ベクターであって、前記1若しくはそれ以上の天然発生遺伝子は、サイトカインコード化遺伝子、ケモカインコード化遺伝子、核転写因子コード化遺伝子、オキシゲナーゼコード化遺伝子、プロトオンコジーン、前初期遺伝子、細胞周期制御遺伝子、及びアポトーシスに関与した遺伝子の群から選択されるものである。
  7. 請求項1のDNA発現ベクターであって、前記1若しくはそれ以上の天然発生遺伝子は、APPコード化遺伝子、VEGF、GM−CSF、c−fos、c−myc、c−jun、krox−20、nur−77、zif268、bcl−2、B−IFN、uPA、IL−1α、IL−1β、IL−2、IL−3、IL−4、IL−5、IL−6、Il−7、IL−8、IL−9、IL−10、IL−11、IL−12、IL−13、TNFα、synl、β2−AR、E−セレクチン、VCAM−1、ICAM−1、Gro−α、Gro−β、MIP−2α、Gro−γ、MIP−2β、MMP−1、MMP−2、コラゲナーゼ、P−グリコプロテイン、MDR、MRPs、Pγhl、pf mdr、COXII、内皮リパーゼ、コレステリルエステル転送タンパク質、β−アドレナリン受容体、MIP−1α、MIP−1β、MCP−1、MCP−2、B細胞阻害アルファにおけるカッパ光ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、IFN−γ誘導タンパク質10kD、シクロフィリンF、IL−10受容体アルファ、AUF1、トリステトラプロリン、及びユビキチン特異的プロテアーゼ18の群から選択されるものである。
  8. 請求項1のDNA発現ベクターを有する宿主細胞。
  9. 安定に導入された細胞株であって、
    i)検出可能シグナルを有する第1のタンパク質をコード化した第1のDNA配列、1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び前記第1のDNA配列に動作可能であるように結合した1若しくはそれ以上の発現制御配列、及び前記3’UTR配列を挿入した異種不安定配列DNAを有するDNA発現ベクターであって、前記不安定配列DNAは1若しくはそれ以上の天然発生遺伝子由来の1若しくはそれ以上のmRNA不安定配列に相当する第2のDNA配列を有するDNA発現ベクターと、、
    ii)検出可能シグナルを有する第2のタンパク質をコード化した制御DNA配列を有する制御DNA発現ベクターと、操作可能であるように前記制御DNA配列に結合した1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び1若しくはそれ以上の発現制御配列と
    を有する安定に導入された細胞株。
  10. mRNAの安定性に作用する1若しくはそれ以上の化合物のスクリーニング方法であって、
    i)試験化合物の不在下で検出可能シグナルを有するタンパク質を発現することが可能なDNA発現ベクターを提供する工程であって、前記発現ベクター及び前記タンパク質のコードから転写されたmRNAは、異種mRNA不安定化配列の少なくとも1つの複製を有するものである、前記DNA発現ベクターを提供する工程と、
    ii)前記DNA発現ベクターを少なくとも1つの試験化合物と接触させる工程であって、この工程は、試験化合物の不在下で前記DNA発現系が検出可能シグナルを有する前記タンパク質を発現することが可能なものである前記接触させる工程と、
    iii)前記検出可能シグナルを測定する工程と、
    iv)前記測定された検出可能シグナルをコントロールと比較する工程であって、
    前記コントロールとの比較において前記測定された検出可能シグナルの減少は、mRNAの安定性が減少した化合物を示し、更に前記コントロールとの比較において前記測定された検出可能シグナルの増加は、mRNAの安定性が増加した化合物を示すものである前記測定された検出可能シグナルをコントロールと比較する工程と
    を有するスクリーニング方法。
  11. 請求項10の方法において、前記コントロールは、前記試験化合物の不在下において前記DNA発現ベクターからの前記検出可能シグナルを測定する工程を有するものである。
  12. 請求項10の方法において、前記コントロールは、第2の検出可能シグナルを有する第2のタンパク質を発現することが可能なコントロール発現ベクターを前記試験化合物と接触させる工程と、前記第2の検出可能シグナルを測定する工程とを有するものである。
  13. 請求項10の方法において、前記化合物は、該化合物のmRNA分解誘導能力に関してスクリーニングされているものであり、前記コントロールとの比較において前記測定された検出可能シグナルの減少は、mRNAの分解を誘導する化合物を示しているものである。
  14. 2若しくはそれ以上の化合物によって誘導されたmRNAの分解度の比較方法であって、
    (i)試験化合物の不在下において検出可能シグナルを有するタンパク質を発現することが可能なDNA発現ベクターを提供する工程であって、前記発現ベクター及び前記タンパク質のコードから転写された前記mRNAは、異種mRNA不安定配列の少なくとも1つの複製を有するものである前記提供する工程と、
    (ii)試験化合物不在の条件下において、前記DNA発現ベクターを個別に2若しくはそれ以上の試験化合物と接触させる工程であって、前記DNA発現系は前記検出可能シグナルを有するタンパク質の発現が可能なものである、前記接触させる工程と、
    (iii)各試験化合物の存在下において前記検可能シグナルを測定する工程と、
    (iv)前記測定された検出可能シグナルを比較する工程であって、低く測定された検出可能シグナルはmRNAのより大きな分解度を示すものである前記比較する工程と
    を有する比較方法。
  15. 不安定化mRNAの化合物をスクリーニングする定量法であって、
    (i)検出可能シグナルを有する第1のタンパク質をコード化した第1のDNA配列と、操作可能であるように前記DNA配列及び結合した1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び1若しくはそれ以上の発現制御配列と、前記3’UTR配列に挿入された異種不安定配列DNAを有するDNA発現ベクターとであって、前記不安定配列DNAは1若しくはそれ以上の天然発生遺伝子から誘導される1若しくはそれ以上のmRNA不安定配列に相当する第2のDNA配列を有するものである、前記DNA発現ベクターと、
    (ii)検出可能シグナルを有する制御タンパク質をコード化した制御DNA配列と、1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び操作可能であるように前記制御DNA配列と結合した1若しくはそれ以上の発現制御配列とを有する制御DNA発現ベクターと、
    を有する測定系。
  16. 請求項15の測定系において、前記DNA発現ベクター及び前記制御DNA発現ベクターは、安定に導入された異なる細胞株において提供されるものである。
  17. 請求項15の測定系において、前記DNA発現ベクター及び前記制御DNA発現ベクターは、安定に導入された同じ細胞株において提供されるものである。
  18. mRNAの安定性に影響を及ぼす化合物を同定するために化合物のライブラリーをスクリーニングする高度スループット方法であって、
    (i)試験化合物の不在下において検出可能シグナルを有するタンパク質を発現することが可能なDNA発現ベクターを有する安定に導入された細胞株を提供する工程であって、前記発現ベクター及び善意タンパク質のコードから転写された前記mRNAは異種mRNA不安定配列の少なくとも1つの複製を有するものである、前記提供する工程と、
    (ii)前記細胞株と成長培地とを含む1若しくはそれ以上の多ウェルプレートのウェルを播種する工程と、
    (iii)前記細胞株の細胞が成長し、検出可能シグナルを有する前記タンパク質を発現することが可能である条件下において、1若しくはそれ以上の前記多ウェルプレートを維持する工程と、
    (iv)前記細胞を1若しくはそれ以上の試験化合物と接触させる工程と、
    (v)前記検出可能シグナルを測定する工程と、更に
    (vi)前記測定可能シグナルをコントロールと比較する工程であって、
    前記コントロールとの比較において前記測定された検出可能シグナルの減少は、mRNAの安定性が減少した化合物を示し、前記コントロールとの比較において前記測定された検出可能シグナルの増加は、mRNAの安定性が増加した化合物を示すものである、前記比較する工程と
    を有する高度スループット方法。
  19. 不安定化mRNAの化合物をスクリーニングする測定系を含むキットであって、
    (i)検出可能シグナルを有するタンパク質をコード化した第1のDNA配列と、操作可能であるように前記第1のDNA配列と結合した1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び1若しくはそれ以上の発現制御配列と、3’UTR配列に挿入された異種不安定配列DNAとを有する1若しくはそれ以上のDNA発現ベクターであって、前記不安定配列DNAは1若しくはそれ以上の天然発生遺伝子由来の1若しくはそれ以上のmRNA不安定化配列に相当する第2のDNA配列を有するものである、前記1若しくはそれ以上のDNA発現ベクターと、
    (ii)検出可能シグナルを有する第2のタンパク質をコード化した制御DNA配列と、操作可能であるように前記制御DNA配列と結合した1若しくはそれ以上の3’UTR配列及び1若しくはそれ以上の発現制御配列とを有する制御DNA発現ベクターと、選択的に、
    (iii)使用方法説明書と
    を有するキット。
  20. 請求項19のキットであって、このキットは、更に
    1若しくはそれ以上の細胞株を有するものである。
  21. 請求項19のキットであって、前記DNA発現ベクター及び前記制御DNA発現ベクターは、安定に導入された異なる細胞株において提供されるものである。
  22. 請求項19のキットにおいて、前記DNA発現ベクター及び前記制御DNA発現ベクターは、安定に導入された同じ細胞株において提供されるものである。
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