JP2007514417A5 - - Google Patents

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JP2007514417A5
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Claims (45)

  1. 個体が進行マーカーＩを有するかまたは進行マーカーＩＩを有するかを決定するための方法であって、該方法は、
    該個体が、
    （ａ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有するか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちの１コピーを有するかもしくはいかなるコピーも有さないか；あるいは、
    （ｂ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のいかなるコピーも有さないか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程であって、ここで、表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）の多型部位（ＰＳ）は、配列番号１のヌクレオチド位置：１８０４（ＰＳ１）；８８７２（ＰＳ２）；９１６６（ＰＳ３）；１２６９９（ＰＳ４）；１７１４５（ＰＳ５）；１７２５８（ＰＳ６）；１９８１９（ＰＳ７）；１９８３３（ＰＳ８）；１９９４３（ＰＳ９）；２００２０（ＰＳ１１）；および２０８００（ＰＳ１２）に対応し、ここで、該個体は、該個体が
    （ａ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの１コピーを有するか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）の何も有さないか；あるいは、
    （ｂ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のいかなるコピーも有さない場合には進行マーカーＩを有し、そして該個体は、該個体が、
    （ａ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有するか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）の何も有さないか；あるいは、
    （ｂ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する場合には進行マーカーＩＩを有する工程を包含する、方法。
  2. 請求項１に記載の方法であって、前記決定する工程は、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプのうちのいずれかを含むＰＳセット中の各ＰＳについての前記個体の遺伝子型を得る工程、ならびに
    該ＰＳセットについてハプロタイプペアを同定するために、該得る工程の結果を用いる工程
    を包含する、方法。
  3. 請求項２に記載の方法であって、前記ＰＳセットについての前記個体の遺伝子型は、
    （ａ）プライマー伸長アッセイ；
    （ｂ）対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイ；
    （ｃ）核酸増幅アッセイ；
    （ｄ）ハイブリダイゼーションアッセイ；
    （ｅ）ミスマッチ検出アッセイ；
    （ｆ）酵素的核酸切断アッセイ；および、
    （ｇ）配列決定アッセイ
    のうちのいずれかによって得られる、方法。
  4. 請求項１に記載の方法であって、前記決定する方法は、
    表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）、
    表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のいずれかの置換ハプロタイプ
    のいずれかについての前記個体のコピー数に関する情報を提供するデータレポジトリを調べる工程
    を包含する、方法。
  5. 請求項４に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
  6. 請求項１に記載の方法であって、前記方法は、個体が、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（３）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（３）の連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（３）の置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有するか、または（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの１コピーを有するかもしくはいかなるコピーも有さないかを決定する工程を包含する、方法。
  7. 請求項６に記載の方法であって、前記方法は、個体が、表１におけるハプロタイプ（３）の２コピーを有するか、もしくは１コピーを有するかまたはいずれかのコピーも有さないかを決定する工程を包含する、方法。
  8. 請求項１に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちの少なくとも１つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
  9. 請求項８に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（３）についてであり、そして該連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（３）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
  10. 請求項１に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換するＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの置換されたＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
  11. 請求項１０に記載の方法であって、前記置換するＰＳにある対立遺伝子と前記表１におけるハプロタイプ（３）のうちの置換されるＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
  12. 請求項１に記載の方法であって、前記個体は、白色人種である、方法。
  13. 請求項１に記載の方法であって、前記個体は、認識障害を有すると診断される、方法。
  14. 個体を第一の進行マーカー群または第二の進行マーカー群に割り当てるための方法であって、該方法は、
    該個体が、
    （ａ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有するか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちのいずれかの１コピーを有するかもしくはいかなるコピーも有さないか；あるいは、
    （ｂ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のいかなるコピーも有さないか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程であって、ここで、表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）における多型部位（ＰＳ）は、配列番号１のヌクレオチド位置：１８０４（ＰＳ１）；８８７２（ＰＳ２）；９１６６（ＰＳ３）；１２６９９（ＰＳ４）；１７１４５（ＰＳ５）；１７２５８（ＰＳ６）；１９８１９（ＰＳ７）；１９８３３（ＰＳ８）；１９９４３（ＰＳ９）；２００２０（ＰＳ１１）；および２０８００（ＰＳ１２）に対応する工程、ならびに、
    該個体が、
    （ａ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの１コピーを有するか、または（ｉ）〜（ｉｉｉ）の何も有さないか；あるいは、
    （ｂ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のいかなるコピーも有さない場合に、該第一の進行マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
    該個体が、
    （ａ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（４１）およびハプロタイプ（６７）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有するか；あるいは、
    （ｂ）
    （ｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）、
    （ｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｉｉｉ）表１におけるハプロタイプ（４２）〜（６６）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する場合に、該第二の進行マーカー群に該個体を割り当てる工程、
    を包含する、方法。
  15. 請求項１４に記載の方法であって、前記決定する工程は、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかを含むＰＳセットにおける各ＰＳについて前記個体の遺伝子型を得る工程、ならびに、
    該ＰＳセットについてハプロタイプペアを同定するために、該得る工程の結果を用いる工程
    を包含する、方法。
  16. 請求項１５に記載の方法であって、前記ＰＳセットについての前記個体の遺伝子型は、
    （ａ）プライマー伸長アッセイ；
    （ｂ）対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイ；
    （ｃ）核酸増幅アッセイ；
    （ｄ）ハイブリダイゼーションアッセイ；
    （ｅ）ミスマッチ検出アッセイ；
    （ｆ）酵素的核酸切断アッセイ；および、
    （ｇ）配列決定アッセイ
    のうちのいずれかによって得られる、方法。
  17. 請求項１４に記載の方法であって、前記決定する工程は、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ
    のうちのいずれかについて前記個体のコピー数に関する情報を提供するデータレポジトリを調べる工程
    を包含する、方法。
  18. 請求項１７に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
  19. 請求項１４に記載の方法であって、該方法は、
    前記個体が、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（３）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（３）の連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（３）の置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有するか、または（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの１コピーを有するかもしくはいかなるコピーも有さないかを決定する工程；ならびに、
    該個体が、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（３）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（３）の連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（３）の置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの１コピーを有するか、または（ａ）〜（ｃ）の何も有さない場合に、前記第一の進行マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
    該個体が、
    （ａ）表１におけるハプロタイプ（３）、
    （ｂ）表１におけるハプロタイプ（３）の連鎖ハプロタイプ、および、
    （ｃ）表１におけるハプロタイプ（３）の置換ハプロタイプ、
    のうちのいずれかの２コピーを有す場合に、前記第二の進行マーカー群に該個体を割り当てる工程、
    を包含する、方法。
  20. 請求項１９に記載の方法であって、該方法は、
    前記個体が、表１におけるハプロタイプ（３）の２コピーを有するか、または１コピーを有するかもしくはいかなるコピーも有さないかを決定する工程；ならびに、
    該個体が、表１におけるハプロタイプ（３）の１コピーを有するか、または何も有さない場合に、前記第一の進行マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
    該個体が、表１におけるハプロタイプ（３）の２コピーを有す場合に、前記第二の進行マーカー群に該個体を割り当てる工程、
    を包含する、方法。
  21. 請求項１４に記載の方法であって、前記個体は、白色人種である、方法。
  22. 請求項１４に記載の方法であって、前記個体は、認識障害を有すると診断される、方法。
  23. 請求項１４に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちの少なくとも１つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
  24. 請求項２３に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（３）についてであり、そして該連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（３）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
  25. 請求項１４に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプ中の置換するＰＳ上にある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかにおける置換されるＰＳ上にある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
  26. 請求項２５に記載の方法であって、置換するＰＳ上にある前記対立遺伝子と表１におけるハプロタイプ（３）における置換されるＰＳ上にある前記対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
  27. 個体が進行マーカーＩを有するかまたは進行マーカーＩＩを有するかを決定するためのキットであって、該キットは、一つ以上の多型部位（ＰＳ）からなるセットのうちの各ＰＳにある対立遺伝子のうちの少なくとも１つを同定するために設計された、１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、該１以上のＰＳからなるセットは、
    （ａ）ＰＳ２、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｂ）ＰＳ２、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｃ）ＰＳ２、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｄ）ＰＳ２、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｅ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｆ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｇ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｈ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｉ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｊ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｋ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｌ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｍ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｎ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｏ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｐ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｑ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｒ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｓ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｔ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｕ）ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｖ）ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｗ）ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｘ）ＰＳ６、ＰＳ８、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｙ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｚ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ８、およびＰＳ９；
    （ａａ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｂｂ）ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｃｃ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｄｄ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｅｅ）ＰＳ６、ＰＳ８、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｆｆ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ８、およびＰＳ１２；
    （ｇｇ）ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｈｈ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｉｉ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｊｊ）ＰＳ６、ＰＳ９、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｋｋ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ９、およびＰＳ１２；
    （ｌｌ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｍｍ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１２；
    （ｎｎ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ９；
    （ｏｏ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ８；
    （ｐｐ）ＰＳ３、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｑｑ）ＰＳ３、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｒｒ）ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｓｓ）ＰＳ３、ＰＳ４、およびＰＳ６；
    （ｔｔ）ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ１２；
    （ｕｕ）ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ９；
    （ｖｖ）ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ４、およびＰＳ６；
    （ｗｗ）ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１２；
    （ｘｘ）ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ９；
    （ｙｙ）ＰＳ６、ＰＳ８、ＰＳ９、およびＰＳ１２；
    （ｚｚ）ＰＳ６、およびＰＳ８；
    （ａａａ）ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｂｂｂ）ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｃｃｃ）ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｄｄｄ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｅｅｅ）ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｆｆｆ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｇｇｇ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｈｈｈ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｉｉｉ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｊｊｊ）ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｋｋｋ）ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｌｌｌ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｍｍｍ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｎｎｎ）ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｏｏｏ）ＰＳ２、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｐｐｐ）ＰＳ２、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｑｑｑ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１２；
    （ｒｒｒ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１２；
    （ｓｓｓ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかについての連鎖ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット、または、
    （ｔｔｔ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかについての置換ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット
    のうちのいずれかであり、ここで、セット（ａ）〜（ｒｒｒ）中の列挙されたＰＳは、配列番号１のヌクレオチド位置：１８０４（ＰＳ１）；８８７２（ＰＳ２）；９１６６（ＰＳ３）；１２６９９（ＰＳ４）；１７１４５（ＰＳ５）；１７２５８（ＰＳ６）；１９８１９（ＰＳ７）；１９８３３（ＰＳ８）；１９９４３（ＰＳ９）；２００２０（ＰＳ１１）；および２０８００（ＰＳ１２）に対応する、キット。
  28. 請求項２７に記載のキットであって、該キットは、前記一つ以上のＰＳからなるセットにおける各ＰＳにある対立遺伝子のうちの少なくとも１つを同定するために設計された、１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、該１以上のＰＳからなるセットは、
    （ａ）ＰＳ２、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｂ）ＰＳ２、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｃ）ＰＳ２、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｄ）ＰＳ２、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｅ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｆ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｇ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｈ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｉ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｊ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｋ）ＰＳ２、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｌ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｍ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｎ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｏ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｐ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｑ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｒ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｓ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｔ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｕ）ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｖ）ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｗ）ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｘ）ＰＳ６、ＰＳ８、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｙ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｚ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ８、およびＰＳ９；
    （ａａ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｂｂ）ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｃｃ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｄｄ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｅｅ）ＰＳ６、ＰＳ８、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｆｆ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ８、およびＰＳ１２；
    （ｇｇ）ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｈｈ）ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｉｉ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｊｊ）ＰＳ６、ＰＳ９、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｋｋ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ９、およびＰＳ１２；
    （ｌｌ）ＰＳ６、ＰＳ７、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｍｍ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１２；
    （ｎｎ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ９；
    （ｏｏ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ８；
    （ｐｐ）ＰＳ３、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｑｑ）ＰＳ３、ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｒｒ）ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｓｓ）ＰＳ３、ＰＳ４、およびＰＳ６；
    （ｔｔ）ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ１２；
    （ｕｕ）ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ９；
    （ｖｖ）ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ４、およびＰＳ６；
    （ｗｗ）ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１２；
    （ｘｘ）ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ９；
    （ｙｙ）ＰＳ６、ＰＳ８、ＰＳ９、およびＰＳ１２；
    （ｚｚ）ＰＳ６、およびＰＳ８；
    （ａａａ）ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｂｂｂ）ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｃｃｃ）ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｄｄｄ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１１；
    （ｅｅｅ）ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｆｆｆ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ９；
    （ｇｇｇ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ１１、およびＰＳ１２；
    （ｈｈｈ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１１；
    （ｉｉｉ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８；
    （ｊｊｊ）ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｋｋｋ）ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｌｌｌ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ８、およびＰＳ１１；
    （ｍｍｍ）ＰＳ３、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ１２；
    （ｎｎｎ）ＰＳ３、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｏｏｏ）ＰＳ２、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ１１；
    （ｐｐｐ）ＰＳ２、ＰＳ４、ＰＳ６、およびＰＳ７；
    （ｑｑｑ）ＰＳ５、ＰＳ６、およびＰＳ１２；ならびに
    （ｒｒｒ）ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ９、およびＰＳ１２；
    （ｓｓｓ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかについての連鎖ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット、および、
    （ｔｔｔ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかについての置換ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット
    を含み、ここで、セット（ａ）〜（ｒｒｒ）中の列挙されたＰＳは、配列番号１のヌクレオチド位置：１８０４（ＰＳ１）；８８７２（ＰＳ２）；９１６６（ＰＳ３）；１２６９９（ＰＳ４）；１７１４５（ＰＳ５）；１７２５８（ＰＳ６）；１９８１９（ＰＳ７）；１９８３３（ＰＳ８）；１９９４３（ＰＳ９）；２００２０（ＰＳ１１）；および２０８００（ＰＳ１２）に対応する、キット。
  29. 請求項２７に記載のキットであって、前記１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットは、前記１以上のＰＳからなるセットにおける各ＰＳにある両方の対立遺伝子を同定するために設計される、キット。
  30. 請求項２７に記載のキットであって、前記１以上のＰＳからなるセットは、（ｃ）、（ｓｓｓ）、または（ｔｔｔ）であり、
    ここで、該セットが（ｓｓｓ）である場合、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（３）についての連鎖ハプロタイプであり、
    該セットが（ｔｔｔ）である場合、前記置換ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（３）についての置換ハプロタイプである、キット。
  31. 請求項３０に記載のキットであって、前記１以上のＰＳからなるセットが（ｃ）である、キット。
  32. 請求項２７に記載のキットであって、前記個体が白色人種である、キット。
  33. 請求項２７に記載のキットであって、該キットは、
    （ａ）前記１以上のＰＳからなるセットのうちの各ＰＳにある前記個体中に存在する対立遺伝子を同定するために、ヒト核酸サンプルに対して、１つ以上の反応を実施すること、および
    （ｂ）該個体が、進行マーカーＩを有するかまたは進行マーカーＩＩを有するかを、該同定された対立遺伝子に基づいて決定すること
    についての指示を含む説明書をさらに備える、キット。
  34. 請求項２７に記載のキットであって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちの少なくとも１つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、キット。
  35. 請求項２７に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ｃ）または（ｓｓｓ）であり、
    該セットが（ｓｓｓ）である場合、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（３）についての連鎖ハプロタイプであり、そして
    該連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（３）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、キット。
  36. 請求項２７に記載のキットであって、前記置換ハプロタイプ中の置換するＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（７０）のうちのいずれかの置換されるＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、キット。
  37. 請求項２７に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ｃ）または（ｔｔｔ）であり、
    ここで、該セットが（ｔｔｔ）である場合、前記置換ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（３）についての置換ハプロタイプであり、該置換ハプロタイプにおける置換するＰＳにある対立遺伝子と前記表１におけるハプロタイプ（３）のうちの置換されるＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、キット。
  38. 請求項２７に記載のキットであって、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含む対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブであり、ここで、該配列は、配列番号２〜１２およびそれらの相補配列のいずれかである、キット。
  39. 請求項３８に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ｃ）であり、そして前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドは、第一のＡＳＯプローブ、第二のＡＳＯプローブ、第三のＡＳＯプローブ、第四のＡＳＯプローブ、第五のＡＳＯプローブ、および第六のＡＳＯプローブであり、
    該第一のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３またはその相補配列であり、配列番号３中のＹはＴであり、
    該第二のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３またはその相補配列であり、配列番号３中のＹはＣであり、
    該第三のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号７またはその相補配列であり、配列番号７中のＲはＧであり、
    該第四のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号７またはその相補配列であり、配列番号７中のＲはＡであり、
    該第五のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号１１またはその相補配列であり、配列番号１１中のＹはＴであり、そして
    該第六のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号１１またはその相補配列であり、配列番号１１中のＹはＣである、キット。
  40. 請求項２７に記載のキットであって、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含むプライマー伸長オリゴヌクレオチドであり、該配列は、配列番号１３〜５６のうちのいずれかである、キット。
  41. 請求項４０に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ｃ）であり、そして、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドは、第一のプライマー伸長オリゴヌクレオチド、第二のプライマー伸長オリゴヌクレオチド、および第三のプライマー伸長オリゴヌクレオチドであり、
    該第一のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３６および配列番号４７のいずれかであり、
    該第二のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号４０および配列番号５１のいずれかであり、
    該第三のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号４４および配列番号５５のいずれかである、キット。
  42. 個体のアルツハイマー病（ＡＤ）の進行を予測することを補助するための方法であって、該方法は
    該個体が進行マーカーＩを有するかまたは進行マーカーＩＩを有するかを決定する工程を包含し、ここで
    該決定する工程の結果に基づき予測を行うことができる、方法。
  43. 請求項４２に記載の方法であって、前記個体が進行マーカーＩを有すると決定される場合に、前記予測は、進行マーカーＩを有さない個体よりも緩やかなＡＤの進行を該個体が示す可能性が高いという予測を行うことができ、そして、ここで、前記個体が進行マーカーＩＩを有すると決定される場合に、前記予測は、進行マーカーＩＩを有さない個体よりもよりも緩やかなＡＤの進行を該個体が示す可能性が低いという予測を行うことができる、方法。
  44. 請求項４２に記載の方法であって、前記決定する工程は、前記個体が、進行マーカーＩを有するか進行マーカーＩＩを有するかを示すデータレポジトリを調べる工程を包含する、方法。
  45. 請求項４４に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
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