JP2007238550A - オリゴヌクレオチド誘導体 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明はオリゴヌクレオチド誘導体に関し、特には分子の末端に嵩高い置換基を有するオリゴヌクレオチド誘導体に関する。本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、鎖長を識別する性質を有するオリゴヌクレオチドプローブとして、特に生体内でプロセッシングを受ける核酸、例えば、マイクロRNA等の検出に有用である。
近年、プローブ核酸とターゲット核酸とのハイブリダイゼーションを利用した核酸検出技術が開発され、遺伝子診断、遺伝子検出、遺伝子解析等の分野において有用な技術である。また、最近、生体内でタンパク質をコードしていないRNA(非コーディングRNA)が発見され、これらの検出にも上述したハイブリダイゼーション技術が用いられている。非コーディングRNAの1種であるマイクロRNAは19〜25量体程度の短鎖RNAである。マイクロRNAはDNAから転写されて生じる、より長鎖の前駆体RNAがプロセッシングされて短鎖の成熟マイクロRNAが生成され、これにより、初めて遺伝子発現等の機能分子として働くことがわかっている。従って、生体内に存在するマイクロRNAを検出する際には、生理的に活性な成熟RNAと、生理的に不活性な前駆体RNAとを区別して検出することが重要であると考えられる。
通常のハイブリダイゼーション技術に用いられるプローブは、通常の天然型ヌクレオシドのみから構成されており、このような核酸検出プローブは、ターゲット核酸中にプローブと相補的な配列が含まれている場合、ターゲットの長さとは無関係に結合し、長鎖の前駆体RNAと、短鎖の成熟マイクロRNAとを区別することができない。
上述したように、長鎖の前駆体RNAと短鎖の成熟マイクロRNAとを区別するために、現在使用されている手法としては、例えば、生体内の全RNAをカラムクロマトグラフィーやゲル電気泳動で鎖長に従って分離し、短鎖RNAのみを含む画分を溶出した後、ハイブリダイゼーション技術により、短鎖RNAを検出する方法が知られている。この方法によれば、サンプル中に長鎖核酸が含まれていないため、短鎖核酸のみを分析できるという長所を有するが、カラムクロマトグラフィーや電気泳動を行なうのに時間やコストがかかること、操作が煩雑なため、熟練した技術者でなければ実施が困難である等の問題がある(例えば、非特許文献1、2、3、4、5及び6等)。
また、上述したような、短鎖RNAの分離工程を省略するために、DNAポリメラーゼを用いて、短鎖RNAを鋳型とした場合のみ、鎖伸長が可能な蛍光ラベル標識されたプライマー核酸を用いる検出方法が報告されたが、この方法においても複数の酵素反応を用いているため、操作が煩雑となっている。
Thomson, J. M. et al. Nature Methods, 1, 47-53 (2004)
Barad, O. et al. Genome Res. 14, 2486-2494 (2004)
Miska,E.A. et al. Genome Biol. 5, R68 (2004)
Baskerville, S.; Bartel, D. P. RNA, 11, 241-247 (2005)
Barak, T et al. RNA, 10, 1813-1819 (2004)
Liang, R. -Q. et al. Nuclec Acids Res. 33, e17 (2005)
上記問題を解決するためには、鎖長の長い前駆体RNAには結合せず、プロセシング後の短鎖マイクロRNAにのみ結合するプローブが有用である。しかし、従来は、このような、短鎖マイクロRNAにのみ結合するプローブは知られていなかった。
従って、本発明の目的は、ターゲット核酸の配列のみならず、その鎖長までも識別する能力を有し、長鎖核酸との親和性が小さく、短鎖核酸との親和性が大きい、プローブ等として使用可能はオリゴヌクレオチド誘導体を提供することにある。
また、本発明の目的は上記オリゴヌクレオチド誘導体を製造するための化合物を提供することにある。
従って、本発明の目的は、ターゲット核酸の配列のみならず、その鎖長までも識別する能力を有し、長鎖核酸との親和性が小さく、短鎖核酸との親和性が大きい、プローブ等として使用可能はオリゴヌクレオチド誘導体を提供することにある。
また、本発明の目的は上記オリゴヌクレオチド誘導体を製造するための化合物を提供することにある。
上記目的を達成するため、本発明者らは鋭意検討した結果、オリゴヌクレオチド誘導体の両末端に嵩高い置換基を導入することにより、上記目的を達成し得るという知見を得た。
本発明は、上記知見に基づいてなされたものであり、一般式(1)で表わされるオリゴヌクレオチド誘導体を提供するものである。
本発明は、上記知見に基づいてなされたものであり、一般式(1)で表わされるオリゴヌクレオチド誘導体を提供するものである。
(上記式中、Rは水素、アルキル基、又は水酸基の保護基を表し、nは1〜50の整数を表し、Bnは天然又は非天然の核酸塩基を表わし、Xは、水素原子、水酸基、又は置換基を有していてもよい炭素数1〜5のアルコキシ基を表し、W1及びW2は同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、嵩高い置換基を表す。)
また、本発明は、一般式(7)で表わされる化合物を提供する。
(式中、R16は水酸基の保護基を表し、R17及びR18は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ水素原子、又は炭素数1〜5のアルキル基を表し、R19はリン酸基の保護基を表し、X2は、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1〜5のアルコキシ基、ケイ素原子上に炭素数1〜5のアルキル基を3個有するシリルオキシ基を表し、W3は嵩高い置換基を表す。)
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、完全に又は部分的に相補的な配列を有する一本鎖核酸とハイブリダイゼーションする際に、その一本鎖核酸が本発明のオリゴヌクレオチド誘導体よりも長鎖の場合にはハイブリダイゼーション能が低下し、一本鎖核酸が本発明のオリゴヌクレオチド誘導体よりも短鎖に対して強いハイブリダイゼーション能を示す。
以下、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体について説明する。
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、一般式(1)で表わされる。
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、一般式(1)で表わされる。
上記一般式(1)において、Rは水素、アルキル基、又は水酸基の保護基を表す。アルキル基としては、炭素数が1〜4のアルキル基が挙げられ、メチル基、エチル基、n−プロピル基、イソブチル基、n−ブチル基、イソブチル基、t−ブチル基が挙げられる。水酸基の保護基としては、ホスホロアミダイト法で用いられるものであれば特に制限はなく、トリチル基等が挙げられ、置換基を結合していているトリチル基が挙げられる。置換基を結合しているトリチル基としては、例えば、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等が挙げられる。
上記一般式(1)において、nは1〜50の整数、好ましくは10〜40の整数、更に好ましくは15〜35の整数を表す。nは、分析しようとするオリゴヌクレオチドの長さによって適宜選択することができる。
上記一般式(1)において、nは1〜50の整数、好ましくは10〜40の整数、更に好ましくは15〜35の整数を表す。nは、分析しようとするオリゴヌクレオチドの長さによって適宜選択することができる。
また、Bnは天然又は非天然の核酸塩基である。具体的には、天然のアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルのほかに人工塩基である7−デアザアデニン、7−デアザ−8−アザアデニン、3−デアザアデニン、6−チオグアニン、2−チオウラシル、2−チオチミン、7位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入された7−デアザアデニン、8位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入されたアデニン、8位に種々の置換基(アルキル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入された7−デアザアデニン、7位及び8位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入された7−デアザアデニン、7−デアザグアニン、7−デアザ−8−アザグアニン、3−デアザグアニン、7位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入された7−デアザグアニン、8位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基)を導入したグアニン、8位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入された7−デアザグアニン、7位と8位に種々の置換基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入された7−デアザグアニン、5位に種々の官能基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入されたシトシン、シュードイソシトシン、1位に種々の官能基(アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル基、水酸基等)が導入されたシュードイソシトシン、5位に種々の官能基(アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ニトロ基、アシル基、水酸基等)が導入されたウラシル、シュードウラシル、1位に種々の官能基(アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル基、水酸基等)が導入されたシュードウラシル等が挙げられる。また、上記核酸塩基がアミノ基を有する場合には、そのアミノ基が、アシル基、アルコキシカルボニル基、カルバモイル基、N−アルキルカルバモイル基、チオカルバモイル基、N−アルキルチオカルバモイル基等のアシル基で置換されていてもよい。
また、Xは、水素原子、水酸基、又は置換基を有していてもよい炭素数1〜5のアルコキシ基である。アルコキシ基としては、例えば、メトキシ基、エトキシ基、プロポキシ基、1−ブチルオキシ基、1−ペンチルオキシ基等が挙げられ、また、2−プロピルオキシ基、イソブチルオキシ基等のように分枝したアルコキシ基、シクロプロピルオキシ基、シクロブチルオキシ基、シクロペンチルオキシ基等の、側鎖の一部もしくは全部が環化したアルコキシ基も含む。アルコキシ基の有する置換基としては、例えば、アルキル基、シクロアルキル基、アルコキシ基、アミノ基、アルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、ハロゲノ基、シクロアルキル基、アシル基、アシルオキシ基、アシルアミノ基、アルコキシカルボニルアミノ基、シアノ基、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ基、アリール基、ヘテロアリール基、アラルキル基等が挙げられる。
また、W1及びW2は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ、嵩高い置換基を表わす。嵩高い置換基とは、オリゴヌクレオチド誘導体に、その塩基配列と相同性のあるオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが結合しようとする際に、結合をさまたげる立体障害を起こす置換基を意味する。
嵩高い置換基の具体例としては、例えば、下記一般式(2)〜(6)からなる群から選択される置換基が挙げられる。
嵩高い置換基の具体例としては、例えば、下記一般式(2)〜(6)からなる群から選択される置換基が挙げられる。
上記式(2)において、R1及びR2は同一であっても異なっていてもよく、それぞれ水素原子、又は炭素数1〜5のアルキル基を表わす。アルキル基としては、例えば、メチル基、エチル基、n−プロピル基、イソプロピル基、n−ブチル基、イソブチル基、t−ぶちる基、n−ペンチル基等が挙げられ、また、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基等の、側鎖の一部もしくは全部が環化したアルキル基も含む。また、R1とR2が結合して環を形成していてもよい。
また、R3は水素原子、又は炭素数1〜5のアルキル基を表す。炭素数1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
R4は置換基を有していてもよい炭素数6〜50のアルキル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基又はヘテロアリール基を表す。
アルキル基としては、例えば、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル等の炭素数6〜50のアルキル基を表し、これらは置換基を有していてもよく、また、アルキル鎖内の炭素原子の一部が酸素原子、窒素原子又は硫黄原子に置換されていてもよい。上記置換基としては、例えば、アルキル、シクロアルキル、アルコキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロゲノ、シクロアルキル、アシル、アシルオキシ、アシルアミノ、アルコキシカルボニルアミノ、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ、アリール、ヘテロアリール、アラルキル等が挙げられる。
R4は置換基を有していてもよい炭素数6〜50のアルキル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基又はヘテロアリール基を表す。
アルキル基としては、例えば、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル等の炭素数6〜50のアルキル基を表し、これらは置換基を有していてもよく、また、アルキル鎖内の炭素原子の一部が酸素原子、窒素原子又は硫黄原子に置換されていてもよい。上記置換基としては、例えば、アルキル、シクロアルキル、アルコキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロゲノ、シクロアルキル、アシル、アシルオキシ、アシルアミノ、アルコキシカルボニルアミノ、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ、アリール、ヘテロアリール、アラルキル等が挙げられる。
上記シクロアルキル基としては、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、シクノニル、シクロデカニル等の、環員数6から20のシクロアルキルを表わし、置換基を有していてもよく、また、環内の炭素原子の一部が酸素原子、窒素原子、硫黄原子などに置き換わっていてもよい。上記置換基としては、例えば、アルキル、シクロアルキル、アルコキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロゲノ、シクロアルキル、アシル、アシルオキシ、アシルアミノ、アルコキシカルボニルアミノ、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ、アリール、ヘテロアリール、アラルキル等が挙げられる。ビシクロアルキル基としては、例えば、ビシクロオクチル、ビシクロヘプチル、ノルボルニル、アダマンチルなど環内のふたつの炭素原子が互いに結合して新たな環を形成した最も大きな環の環員数が6〜20のビシクロアルキルが好ましく、これらは置換基を有していてもよく、また環内の炭素原子の一部が酸素原子、窒素原子、硫黄原子等に置き換わっていてもよい。
アリール基としては、例えば、フェニル、ナフチル、アントラセニル、フェナントレニル、ピレニル、ペンタセニル等が挙げられ、複数のベンゼン環が互いに縮環してなる置換基であってもよい。これらのアリール基は、1個以上の置換基を有していてもよい。
これらの置換基としては、例えば、アルキル基、シクロアルキル基、アルコキシ基、アミノ基、アルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、ハロゲノ基、シクロアルキル基、アシル基、アシルオキシ基、アシルアミノ基、アルコキシカルボニルアミノ基、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ基、アリール基、ヘテロアリール基、アラルキル基等が挙げられる。また、これらの置換基が違いに結合して環を形成していてもよい。
アリール基としては、例えば、フェニル、ナフチル、アントラセニル、フェナントレニル、ピレニル、ペンタセニル等が挙げられ、複数のベンゼン環が互いに縮環してなる置換基であってもよい。これらのアリール基は、1個以上の置換基を有していてもよい。
これらの置換基としては、例えば、アルキル基、シクロアルキル基、アルコキシ基、アミノ基、アルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、ハロゲノ基、シクロアルキル基、アシル基、アシルオキシ基、アシルアミノ基、アルコキシカルボニルアミノ基、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ基、アリール基、ヘテロアリール基、アラルキル基等が挙げられる。また、これらの置換基が違いに結合して環を形成していてもよい。
アラルキル基としては、例えば、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基、ノニル基、デシル基等の炭素数6〜50のアルキル基の一部にアリール基又はヘテロアリール基が1個以上結合した基を表し、アルキル鎖内の炭素原子の一部が酸素原子、窒素原子、硫黄原子等に置換していてもよい。これらのアラルキル基上のアリール基又はヘテロアリール基は、1個以上の置換基を有していてもよい。上記置換基としては、例えば、アルキル基、シクロアルキル基、アルコキシ基、アミノ基、アルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、ハロゲノ基、シクロアルキル基、アシル基、アシルオキシ基、アシルアミノ基、アルコキシカルボニルアミノ基、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ基、アリール基、ヘテロアリール基、アラルキル基等が挙げられる。また、これらの置換基が違いに結合して環を形成していてもよい。
ヘテロアリール基としては、例えば、ピリジン、ピリミジン、フラン、チオフェン、ピロール、イミダゾール、オキサゾール、チアゾール、インドール、キナゾリン等のヘテロ原子を少なくとも1つ含有する芳香族化合物から得られる置換基が挙げられる。これらのヘテロアリール基は置換基を有していてもよい。上記置換基としては、例えば、アルキル基、シクロアルキル基、アルコキシ基、アミノ基、アルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、ハロゲノ基、シクロアルキル基、アシル基、アシルオキシ基、アシルアミノ基、アルコキシカルボニルアミノ基、置換基を有してもよいカルバモイルアミノ基、アリール基、ヘテロアリール基、アラルキル基等が挙げられる。これらは、上記と同様に、1個以上の置換基を有していてもよく、互いに環を形成していてもよい。
また、X1は酸素原子又は硫黄原子である。
また、X1は酸素原子又は硫黄原子である。
上記一般式(3)において、R5及びR6は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ水素原子、又は炭素原子1〜5のアルキル基を表す。炭素原子1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
また、R7は置換基を有していてもよい炭素数6〜50のアルキル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基又はヘテロアリール基を表す。これらは、上述した、R4について説明したのと同様である。
X1は、酸素原子又は硫黄原子を表す。
X1は、酸素原子又は硫黄原子を表す。
上記一般式(4)において、R8及びR9は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ水素原子、又は炭素原子1〜5のアルキル基を表す。炭素原子1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
また、R10は置換基を有していてもよい炭素数6〜50のアルキル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基又はヘテロアリール基を表す。これらは、上述した、R4について説明したのと同様である。
X1は、酸素原子又は硫黄原子を表す。
X1は、酸素原子又は硫黄原子を表す。
上記一般式(5)において、R11は、水素原子、又は炭素原子1〜5のアルキル基を表す。炭素原子1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
また、R12は置換基を有していてもよい炭素数6〜50のアルキル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基又はヘテロアリール基を表す。これらは、上述した、R4について説明したのと同様である。
上記一般式(6)において、R13は、水素原子、又は炭素原子1〜5のアルキル基を表す。炭素原子1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
また、R14及びR15は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ置換基を有していてもよい炭素数6〜50のアルキル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基又はヘテロアリール基を表す。これらは、上述した、R4について説明したのと同様である。また、R14及びR15は少なくとも1個が水素でない。
X1は、酸素原子又は硫黄原子を表す。
X1は、酸素原子又は硫黄原子を表す。
本発明のヌクレオチドの製造方法に特に制限はないが、ホスホロアミダイド法を用い、5’末端側と、3’末端側に、後述する本発明の化合物を用いることにより、製造することができる。ホスホロアミダイド法は、従来公知の条件によって実施することができる。
次に、本発明の化合物について説明する。
本発明の化合物は、下記一般式(7)で表わされる。
本発明の化合物は、下記一般式(7)で表わされる。
上記一般式(7)において、R16は水酸基の保護基を表す。水酸基の保護基としては、ホスホロアミダイト法で用いられるものであれば特に制限はなく、トリチル基等が挙げられ、置換基を結合していているトリチル基が挙げられる。置換基を結合しているトリチル基としては、例えば、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基等が挙げられる。
R17及びR18は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ水素原子、又は炭素数1〜5のアルキル基を表す。炭素数1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
R17及びR18は、同一であっても異なっていてもよく、それぞれ水素原子、又は炭素数1〜5のアルキル基を表す。炭素数1〜5のアルキル基としては、R1及びR2において説明したのと同様である。
R19はリン酸基の保護基を表す。リン酸基の保護基としては、ホスホロアミダイト法に用いられるものであれば、特に制限なく用いることができ、例えば、メチル基、2−シアノエチル基、2−トリメチルシリルエチル基等が挙げられる。
X2は、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1〜5のアルコキシ基、ケイ素原子上に炭素数1〜5のアルキル基を3個有するシリルオキシ基を表わす。
W3は嵩高い置換基を表す。嵩高い置換基とは、オリゴヌクレオチド誘導体に、その塩基配列と相同性のあるオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが結合しようとする際に、結合をさまたげる立体障害を起こす置換基を意味する。
嵩高い置換基の具体例としては、例えば、上述した、一般式(2)〜(6)からなる群から選択される置換基が挙げられる。
X2は、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1〜5のアルコキシ基、ケイ素原子上に炭素数1〜5のアルキル基を3個有するシリルオキシ基を表わす。
W3は嵩高い置換基を表す。嵩高い置換基とは、オリゴヌクレオチド誘導体に、その塩基配列と相同性のあるオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが結合しようとする際に、結合をさまたげる立体障害を起こす置換基を意味する。
嵩高い置換基の具体例としては、例えば、上述した、一般式(2)〜(6)からなる群から選択される置換基が挙げられる。
本発明の化合物の具体例としては、例えば、下記式(8)で表わされる化合物〔5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジン3’−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト〕、下記式(9)で表わされる化合物〔5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N−(シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3’−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト〕、下記式(10)で表される化合物〔5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N−(ジシクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3’−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト〕等が挙げられる。
上記式(8)、(9)及び(10)において、R20は、ジメトキシトリチル基である。
本発明の化合物の製造は、従来公知の方法を組み合わせて行うことができる。具体的には、後述する実施例に記載の方法によって製造することができる。
本発明の化合物は、上述した、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を製造するためのユニットとして用いられる。
本発明の化合物は、上述した、本発明のオリゴヌクレオチド誘導体を製造するためのユニットとして用いられる。
以下、本発明を実施例により更に詳細に説明する。なお、本発明の範囲は、かかる実施例に限定されないことはいうまでもない。
実施例1
公知の化合物、3’,5’−O−(テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジル)シチジン(300mg , 0.62mmol)をN,N−ジメチルホルムアミド(脱水)6.2mlに溶解し、得られた溶液にイソシアン酸シクロヘキシル(90.5μL,0.69mmol)を加え、50℃で5時間反応させた。反応終了後、酢酸エチル(10mL)を用いて反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウム(10mL)で3回抽出操作を行った後、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに展開溶媒(クロロホルム/メタノール系)(100:2,v/v)で精製し、3’,5’−O− (テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジイル)−4−N−シクロヘキシルカルバモイルシチジンを得た(336mg,89%)。
1H NMR (500 MHz, DMSO)δ0.96−1.07(28H,m),1.23−1.37(5H,m),1.51(1H,m),1.64(2H, m) ,1.79(2H,m),3.57(1H,m),3.91−3.94(1H,m),4.02−4.06(3H,m),4.18−4.20(1H,m), 5.72(1H,m),6.28(1H,m),7.96(1H,m),7.97(1H,m),9.78(1H,m)
実施例1
公知の化合物、3’,5’−O−(テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジル)シチジン(300mg , 0.62mmol)をN,N−ジメチルホルムアミド(脱水)6.2mlに溶解し、得られた溶液にイソシアン酸シクロヘキシル(90.5μL,0.69mmol)を加え、50℃で5時間反応させた。反応終了後、酢酸エチル(10mL)を用いて反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウム(10mL)で3回抽出操作を行った後、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに展開溶媒(クロロホルム/メタノール系)(100:2,v/v)で精製し、3’,5’−O− (テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジイル)−4−N−シクロヘキシルカルバモイルシチジンを得た(336mg,89%)。
1H NMR (500 MHz, DMSO)δ0.96−1.07(28H,m),1.23−1.37(5H,m),1.51(1H,m),1.64(2H, m) ,1.79(2H,m),3.57(1H,m),3.91−3.94(1H,m),4.02−4.06(3H,m),4.18−4.20(1H,m), 5.72(1H,m),6.28(1H,m),7.96(1H,m),7.97(1H,m),9.78(1H,m)
実施例2
N,N−ジメチルホルムアミド(脱水)190mlにデオキシシチジン塩酸塩(5.0g ,19mmol)を加え、次いでトリエチルアミン2.63ml,19mmol)及びイソシアン酸シクロヘキシル(2.47ml,19mmol)を加え、50℃で5時間反応させた。反応終了後、溶媒を減圧下留去し、クロロホルム/イソプロピルアルコール(3 : 1)(100mL)を用いて反応溶媒を希釈した。有機層を水(100mL)で3〜4回抽出操作を行った後、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに展開溶媒(クロロホルム / メタノール系)(100:5,v/v)で精製し、4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジンを得た(5.94g 89%)。
1H NMR(500MHz,DMSO)δ1.23−1.34(5H,m),1.50(1H,m),1.63(2H,m),1.78(2H,m), 1.96−2.08(1H,m),2.20−2.25(1H,m),3.21−3.28(1H,m),3.31−3.41(1H,m),3.55−3.59(1H,m), 3.82(1H,m),4.21(1H,m),5.25(1H,m),6.08−6.11(1H,m),6.24(1H,m),8.14−8.15(1H,m), 9.78(1H,m)
N,N−ジメチルホルムアミド(脱水)190mlにデオキシシチジン塩酸塩(5.0g ,19mmol)を加え、次いでトリエチルアミン2.63ml,19mmol)及びイソシアン酸シクロヘキシル(2.47ml,19mmol)を加え、50℃で5時間反応させた。反応終了後、溶媒を減圧下留去し、クロロホルム/イソプロピルアルコール(3 : 1)(100mL)を用いて反応溶媒を希釈した。有機層を水(100mL)で3〜4回抽出操作を行った後、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに展開溶媒(クロロホルム / メタノール系)(100:5,v/v)で精製し、4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジンを得た(5.94g 89%)。
1H NMR(500MHz,DMSO)δ1.23−1.34(5H,m),1.50(1H,m),1.63(2H,m),1.78(2H,m), 1.96−2.08(1H,m),2.20−2.25(1H,m),3.21−3.28(1H,m),3.31−3.41(1H,m),3.55−3.59(1H,m), 3.82(1H,m),4.21(1H,m),5.25(1H,m),6.08−6.11(1H,m),6.24(1H,m),8.14−8.15(1H,m), 9.78(1H,m)
上述のようにして得られた4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジン(1.0g,2.84mmol)にピリジン(脱水)(5mL)を加えて共沸した後、ピリジン(脱水)28.4mlに溶解させた。得られた溶液に4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(1.15g,3.41mmol)を加え、室温で3時間反応させた。反応終了後、メタノールでクエンチした後、溶媒を減圧下留去し、酢酸エチル(50mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウム(50mL)で3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー0.5%のピリジンを添加した展開溶媒(クロロホルム/メタノール系)(100:3,v/v)で精製し、5’−O− (4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−クロヘキシルカルバモイルデオキシシチジンを得た(1.45g ,78%)。
1H NMR(500 MHz,DMSO)δ1.22−1.34(5H,m),1,50−1.51(1H,m),1.64−1.65(2H,m),1.79−1.81(2H,m),2.08−2.14(1H,m),2.28−2.33(1H,m),3.25(1H,m),3.33−3.36(1H,m), 3.58−3.59(1H,m),3.72−3.74(6H,m),3.93−3.95(1H,m),4.26−4.28(1H,m),5.34(1H,m), 6.10−6.12(2H,m),6.88−6.90(4H,m),7.22−7.38(9H,m),7.95−7.97(1H,m),9.81(1H,m)
1H NMR(500 MHz,DMSO)δ1.22−1.34(5H,m),1,50−1.51(1H,m),1.64−1.65(2H,m),1.79−1.81(2H,m),2.08−2.14(1H,m),2.28−2.33(1H,m),3.25(1H,m),3.33−3.36(1H,m), 3.58−3.59(1H,m),3.72−3.74(6H,m),3.93−3.95(1H,m),4.26−4.28(1H,m),5.34(1H,m), 6.10−6.12(2H,m),6.88−6.90(4H,m),7.22−7.38(9H,m),7.95−7.97(1H,m),9.81(1H,m)
上述のようにして得られた5’−O− (4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−クロヘキシルカルバモイルデオキシシチジン(200mg,0.305mmol)を、ピリジン(脱水)、トルエン(脱水)、ジクロロメタン(脱水)の順で各々3回ずつ共沸した後、ジクロロメタン(脱水)3.05mlに溶解させた。得られた溶液にテトラゾール(12.8mg,0.183mol,0.6equiv)、ジイソプロピルアミン(25.9μl,0.183mmol,0.6equiv)及び2−シアノエチル−ビス(N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(242.3μl,0.763mmol,2.5equiv)を加え、室温で2.5時間反応させた。水でクエンチした後、溶媒を減圧下留去し、酢酸エチル(10mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウム(10mL)で3回抽出操作を行った後、溶媒を減圧下留去した。得られた残渣を展開溶媒としてクロロホルムを用いてリサイクルで精製し、式(8)で表わされる化合物、5’−O− (4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジンを得た(106.5g,41%)。
1H NMR(500MHz,DMSO)δ1.02−1.15(12H,m),1.18−1.26(5H,m),1,51−1.53(1H,m),1.64 (2H,m),1.84(2H,m),2.10−2.13(1H,m),2.37(1H,m),2.57−2.66(2H,m),3.27−3.29(1H,m), 3.35−3.37(1H,m),3.40−3.41(2H,m),3.58(1H,m),3.67−3.69(2H,m),3.72−3.74.(6H,m), 4.16(1H,m),4.46−4.54(1H,m),6.16−6.19(2H,m),6.58(1H,m),6.77(4H,m),7.14−7.33 (9H,m),7.90−8.00(1H,m),10.81(1H, m)、31P NMR(500 MHz,DMSO)δ149.2,150.2
1H NMR(500MHz,DMSO)δ1.02−1.15(12H,m),1.18−1.26(5H,m),1,51−1.53(1H,m),1.64 (2H,m),1.84(2H,m),2.10−2.13(1H,m),2.37(1H,m),2.57−2.66(2H,m),3.27−3.29(1H,m), 3.35−3.37(1H,m),3.40−3.41(2H,m),3.58(1H,m),3.67−3.69(2H,m),3.72−3.74.(6H,m), 4.16(1H,m),4.46−4.54(1H,m),6.16−6.19(2H,m),6.58(1H,m),6.77(4H,m),7.14−7.33 (9H,m),7.90−8.00(1H,m),10.81(1H, m)、31P NMR(500 MHz,DMSO)δ149.2,150.2
実施例3
v公知の化合物である5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)チミジン(3.0g,4.56mmol)をテトラヒドロフラン45.6mlに溶解した。得られた溶液水素化ナトリウム(131mg,5.46mmol)を加え、室温で1時間反応させた。累で、ブロモ酢酸エチル(680μl,6.10mmol)を加え室温で4時間反応させた。メタノールでクエンチした後、酢酸エチル(100mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和食塩水(100mL)で3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/クロロホルム系)(100:2,v/v)で精製し、5’−O− (4、4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t-ブチルジメチルシリル)−3−N−エトキシカルボニルメチルチミジンを得た(2.4g,71%)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ0.06(6H,m),0.85−0.86(9H,m),1.32−1.35(3H,m),1.55(3H,m), 2.25−2.29(1H,m),2.36−2.40(1H,m),3.29−3.31(1H,m),3.52−3.53(1H,m),3.83(6H,m), 4.00(1H,m),4.24−4.29(2H,m),4.54−4.57(1H,m),4.74(2H,m),6.38−6.41(1H,m),6.86− 6.90(4H,m),7.27−7.36(7H,m),7.44−7.46(2H,m),7.75(1H,m)
v公知の化合物である5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)チミジン(3.0g,4.56mmol)をテトラヒドロフラン45.6mlに溶解した。得られた溶液水素化ナトリウム(131mg,5.46mmol)を加え、室温で1時間反応させた。累で、ブロモ酢酸エチル(680μl,6.10mmol)を加え室温で4時間反応させた。メタノールでクエンチした後、酢酸エチル(100mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和食塩水(100mL)で3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/クロロホルム系)(100:2,v/v)で精製し、5’−O− (4、4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t-ブチルジメチルシリル)−3−N−エトキシカルボニルメチルチミジンを得た(2.4g,71%)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ0.06(6H,m),0.85−0.86(9H,m),1.32−1.35(3H,m),1.55(3H,m), 2.25−2.29(1H,m),2.36−2.40(1H,m),3.29−3.31(1H,m),3.52−3.53(1H,m),3.83(6H,m), 4.00(1H,m),4.24−4.29(2H,m),4.54−4.57(1H,m),4.74(2H,m),6.38−6.41(1H,m),6.86− 6.90(4H,m),7.27−7.36(7H,m),7.44−7.46(2H,m),7.75(1H,m)
上述のようにして得られた5’−O− (4、4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t-ブチルジメチルシリル)−3−N−エトキシカルボニルメチルチミジン(500mg,0.67mmol)を1.2M 水酸化ナトリウム水溶液:エタノール=1:3の混合溶媒(10mL)に溶解させ、室温で30分間反応させた。反応終了後、酢酸エチル(20mL)で反応溶媒を希釈し、さらにトリエチルアミンを5ml加えた。この有機層を水で1回抽出操作を行い、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(クロロホルム系/メタノール)(100:5,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N−カルボキシメチルチミジン トリエチルアミン塩を得た(473mg,86%)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ0.06(6H,m),0.87(9H,m),1.29−1.32(9H,m),1.57(3H,m), 2.26−2.30(1H,m),2.35−2.37(1H,m),3.08−3.12(6H,m),3.27−3.30(1H,m),3.50−3.54(1H,m), 3.84(6H,m),3.98(1H,m),4.54−4.59(1H,m),4.62−4.66(2H,m),6.42−6.44(1H,m),6.87− 6.90(4H,m),7.30−7.36(7H,m),7.46−7.48(2H,m),7.71(1H, m)
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ0.06(6H,m),0.87(9H,m),1.29−1.32(9H,m),1.57(3H,m), 2.26−2.30(1H,m),2.35−2.37(1H,m),3.08−3.12(6H,m),3.27−3.30(1H,m),3.50−3.54(1H,m), 3.84(6H,m),3.98(1H,m),4.54−4.59(1H,m),4.62−4.66(2H,m),6.42−6.44(1H,m),6.87− 6.90(4H,m),7.30−7.36(7H,m),7.46−7.48(2H,m),7.71(1H, m)
上述のようにして得られた5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N−カルボキシメチルチミジン トリエチルアミン塩(373mg,0.457mmol)をジクロロメタン4.57mlに溶解させた後、シクロヘキシルアミン(1.23ml,10.8mmol)、及びN,N−ビス−(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)−ホスフィン酸クロリド(1.40g,5.48mmol)を加え、室温で6時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチル(10mL)で反応溶媒を希釈し、有機層を飽和炭酸水素ナトリウム(10mL)で2回抽出操作を行った。有機層を集め溶媒を減圧下留去し、得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(30:70,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(t−ブチルジメチルシリル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジンを得た(236mg , 65%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ0.06 (6H, m) , 0.85−0.87 (9H, m) ,1.19−1.23 (3H, m), 1.29−1.37 (3H, m) , 1.55 (3H, m) , 1.61−1.63 (2H, m) , 1.73−1.75 (2H, m), 2.24−2.29 (1H, m), 2.37−2.40(1H, m) , 3.29−3.30 (1H, m) , 3.52−3.53 (1H, m) , 3.82−3.84 (6H, m), 3.99 (1H, m), 4.55 (1H, m) , 4.60 (2H, m) , 5.56−5.58 (1H, m), 6.39−6.41(1H, m), 6.88−6.89(4H,m), 7.27−7.36 (7H, m), 7.44−7.46(2H, m), 7.74 (1H, m)
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ0.06 (6H, m) , 0.85−0.87 (9H, m) ,1.19−1.23 (3H, m), 1.29−1.37 (3H, m) , 1.55 (3H, m) , 1.61−1.63 (2H, m) , 1.73−1.75 (2H, m), 2.24−2.29 (1H, m), 2.37−2.40(1H, m) , 3.29−3.30 (1H, m) , 3.52−3.53 (1H, m) , 3.82−3.84 (6H, m), 3.99 (1H, m), 4.55 (1H, m) , 4.60 (2H, m) , 5.56−5.58 (1H, m), 6.39−6.41(1H, m), 6.88−6.89(4H,m), 7.27−7.36 (7H, m), 7.44−7.46(2H, m), 7.74 (1H, m)
上述のようにして得られた5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O−(t−ブチルジメチルシリル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン(290mg, 0.363mmol)にピリジン(脱水)(5mL)を加えて3回共沸した後、ピリジン(脱水)3.63mlに溶解させた。得られた溶液にトリエチルアミントリヒドロフルオリド(118.2μL,0.73mmol)及びトリエチルアミン(100.6μL, 0.73mmol)を加え、室温で24時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチル(10mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和食塩水で3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(10:90,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジンを得た(234.2mg , 94%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.14−1.22 (3H, m), 1.30−1.39 (3H, m) , 1.51 (3H, m) , 1.61−1.64 (2H, m) , 1.70−1.73 (2H, m) , 2.35−2.40 (1H, m), 2.45−2.49 (1H, m) , 3.39−3.40 (1H, m) , 3.50−3.51(1H, m), 3.83 (6H, m) , 4.08 (1H, m) , 4.55−4.61 (3H, m) , 5.86−5.88(1H, m) , 6.46-6.47 (1H, m) , 6.87−6.89 (4H, m), 7.25−7.35 (7H, m) , 7.44−7.45 (2H, m), 7.69 (1H, m)
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.14−1.22 (3H, m), 1.30−1.39 (3H, m) , 1.51 (3H, m) , 1.61−1.64 (2H, m) , 1.70−1.73 (2H, m) , 2.35−2.40 (1H, m), 2.45−2.49 (1H, m) , 3.39−3.40 (1H, m) , 3.50−3.51(1H, m), 3.83 (6H, m) , 4.08 (1H, m) , 4.55−4.61 (3H, m) , 5.86−5.88(1H, m) , 6.46-6.47 (1H, m) , 6.87−6.89 (4H, m), 7.25−7.35 (7H, m) , 7.44−7.45 (2H, m), 7.69 (1H, m)
上述のようにして得られた5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン(243.2mg , 0.343mmol)をピリジン(脱水)(5mL)、トルエン(脱水)(5mL)、ジクロロメタン(脱水)(5mL)の順で各々3回ずつ共沸した後、ジクロロメタン(脱水)3.43mlに溶解させた。これにテトラゾール(14.4mg , 0.206mol)、ジイソプロピルアミン(29.0μL, 0.206mmol)及び2−シアノエチル−ビス(N,N−ジイソプロピル)-ホスホロアミダイト(180μL, 0.567mmol)を加え、室温で20時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチルで反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行った後、溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)で粗精製した。残った試薬残渣を取り除くために、これをジエチルエーテルで溶解し、5%炭酸ナトリウムで3回抽出操作を行い、溶媒を減圧下留去して、式(9)で表わされる化合物、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3‘−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト)を得た(208.5mg , 69%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.13−1.16 (12H, m) , 1.21−1.25 (3H, m) , 1.29−1.38 (3H, m) , 1.44 (3H, m) , 1.58−1.60 (2H, m) , 1.68−1.71 (2H, m) , 2.32−2.41 (1H, m) , 2.47−2.56 (1H, m) , 3.31 (1H, m) , 3.47−3.50 (1H, m) , 3.72-3.84 (6H, m) , 4.13−4.16 (1H, m) , 4.55 (2H, m) , 4.63 (1H, m) , 5.55 (1H, m) , 6.40−6.42 (1H, m) , 6.83 (4H, m) , 7.24-7.30 (7H, m) , 7.36-7.40 (2H, m) , 7.65−7.69 (1H, m)
31P NMR (500 MHz, CDCl3)δ149.1 , 149.6
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.13−1.16 (12H, m) , 1.21−1.25 (3H, m) , 1.29−1.38 (3H, m) , 1.44 (3H, m) , 1.58−1.60 (2H, m) , 1.68−1.71 (2H, m) , 2.32−2.41 (1H, m) , 2.47−2.56 (1H, m) , 3.31 (1H, m) , 3.47−3.50 (1H, m) , 3.72-3.84 (6H, m) , 4.13−4.16 (1H, m) , 4.55 (2H, m) , 4.63 (1H, m) , 5.55 (1H, m) , 6.40−6.42 (1H, m) , 6.83 (4H, m) , 7.24-7.30 (7H, m) , 7.36-7.40 (2H, m) , 7.65−7.69 (1H, m)
31P NMR (500 MHz, CDCl3)δ149.1 , 149.6
実施例4
実施例3の中間物質として得られた、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N−カルボキシメチルチミジン トリエチルアミン塩(500mg, 0.612mmol)をジクロロメタン6.12mlに溶解させた後、ジシクロヘキシルアミン(486μL,2.44mmol)及びN,N−ビス−(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)−ホスフィン酸クロリド(155.8mg, 0.612mmol)を加え、30℃で20時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチル(10mL)で反応溶媒を希釈し、有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで2回抽出操作を行った。有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(30:70,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N− (ジシクロヘキシルカルボバモイルメチル)チミジンを得た(268mg , 50%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ0.04−0.06 (6H, m), 0.86 (9H, m), 1.03−1.10(6H, m), 1.27−1.33 (6H, m) , 1.54 (3H, m) , 1.58−1.66 (4H, m) , 1.71−1.80 (4H, m) , 2.28−2.32 (1H, m) , 2.38−2.40 (1H, m) , 3.29−3.30 (1H, m), 3.53−3.54 (1H, m) , 3.82 (6H, m) , 3.98 (1H, m) , 4.59 (1H, m) , 4.78 (2H, m) , 6.42 (1H, m) , 6.88−6.89 (4H, m), 7.27−7.37 (7H, m) , 7.45−7.47 (2H, m) , 7.77 (1H, m)
実施例3の中間物質として得られた、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N−カルボキシメチルチミジン トリエチルアミン塩(500mg, 0.612mmol)をジクロロメタン6.12mlに溶解させた後、ジシクロヘキシルアミン(486μL,2.44mmol)及びN,N−ビス−(2−オキソ−3−オキサゾリジニル)−ホスフィン酸クロリド(155.8mg, 0.612mmol)を加え、30℃で20時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチル(10mL)で反応溶媒を希釈し、有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで2回抽出操作を行った。有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(30:70,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N− (ジシクロヘキシルカルボバモイルメチル)チミジンを得た(268mg , 50%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ0.04−0.06 (6H, m), 0.86 (9H, m), 1.03−1.10(6H, m), 1.27−1.33 (6H, m) , 1.54 (3H, m) , 1.58−1.66 (4H, m) , 1.71−1.80 (4H, m) , 2.28−2.32 (1H, m) , 2.38−2.40 (1H, m) , 3.29−3.30 (1H, m), 3.53−3.54 (1H, m) , 3.82 (6H, m) , 3.98 (1H, m) , 4.59 (1H, m) , 4.78 (2H, m) , 6.42 (1H, m) , 6.88−6.89 (4H, m), 7.27−7.37 (7H, m) , 7.45−7.47 (2H, m) , 7.77 (1H, m)
上述のようにして得られた5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3’−O− (t−ブチルジメチルシリル)−3−N− (ジシクロヘキシルカルボバモイルメチル)チミジン(268mg , 0.304mmol)にピリジン(脱水)(5mL)を加えて3回共沸した後、ピリジン(脱水)3.04mlに溶解させた。得られた溶液にトリエチルアミントリヒドロフルオリド(99.2μL,0.609mmol)及びトリエチルアミン(84.4μL, 0.609mmol)を加え、室温で2.5時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチルで反応溶媒を希釈した。有機層を飽和食塩水で3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(10:90,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (ジシクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジンを得た(210.0mg , 90%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.09-1.20 (6H, m), 1.31−1.33 (6H, m) , 1.48 (3H, m) , 1.51−1.55 (4H, m) , 1.71−1.73 (4H, m) , 2.32−2.35 (1H, m) , 2.36−2.39 (1H, m) , 3.33−3.36 (1H, m) , 3.46−3.49 (1H, m) , 3.79 (6H, m) , 4.01 (1H, m) , 4.54 (1H, m) , 4.71 (2H, m) , 6.41−6.44 (1H, m) , 6.83−6.84 (4H, m) , 7.23−7.31 (7H, m) , 7.39−7.41 (2H, m) , 7.62 (1H, m)
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.09-1.20 (6H, m), 1.31−1.33 (6H, m) , 1.48 (3H, m) , 1.51−1.55 (4H, m) , 1.71−1.73 (4H, m) , 2.32−2.35 (1H, m) , 2.36−2.39 (1H, m) , 3.33−3.36 (1H, m) , 3.46−3.49 (1H, m) , 3.79 (6H, m) , 4.01 (1H, m) , 4.54 (1H, m) , 4.71 (2H, m) , 6.41−6.44 (1H, m) , 6.83−6.84 (4H, m) , 7.23−7.31 (7H, m) , 7.39−7.41 (2H, m) , 7.62 (1H, m)
上述のようにして得られた5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (ジシクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン(210mg, 0.274mmol)をピリジン(脱水)、トルエン(脱水)、ジクロロメタン(脱水)の順で各々3回ずつ共沸した後、ジクロロメタン(脱水)2.74mlに溶解させた。得られた溶液にテトラゾール(11.5mg, 0.165mol)、ジイソプロピルアミン(23.3μL, 0.165mmol)及び2−シアノエチル−ビス(N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(95.9μL, 0.302mmol)を加え、室温で24時間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチル(10mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行った後、溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトリエチルアミンを添加した展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(40:60,v/v)で精製し、式(10)で表わされる化合物、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (ジシクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3’−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト)を得た(134mg , 51%)。
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.04(12H, m) , 1.09−1.20 (6H, m) , 1.30−1.33 (6H, m) , 1.44 (3H, m), 1.50−1.56 (4H, m), 1.67−1.75 (4H, m), 2.31−2.39 (1H, m), 2.46−2.54 (1H, m), 3.28−3.31 (1H, m), 3.47−3.49 (1H, m), 3.79−3.83 (6H, m), 4.10−4.14 (1H, m), 4.61−4.65 (1H, m), 4.72 (2H, m), 6.43−6.45 (1H, m), 6.84 (4H, m), 7.24−7.30 (7H, m), 7.40 (2H, m) , 7.64-7.68 (1H, m)
31P NMR (500 MHz, DMSO)δ149.0 , 149.6
1H NMR (500 MHz, CDCl3)δ1.04(12H, m) , 1.09−1.20 (6H, m) , 1.30−1.33 (6H, m) , 1.44 (3H, m), 1.50−1.56 (4H, m), 1.67−1.75 (4H, m), 2.31−2.39 (1H, m), 2.46−2.54 (1H, m), 3.28−3.31 (1H, m), 3.47−3.49 (1H, m), 3.79−3.83 (6H, m), 4.10−4.14 (1H, m), 4.61−4.65 (1H, m), 4.72 (2H, m), 6.43−6.45 (1H, m), 6.84 (4H, m), 7.24−7.30 (7H, m), 7.40 (2H, m) , 7.64-7.68 (1H, m)
31P NMR (500 MHz, DMSO)δ149.0 , 149.6
実施例5
公知の化合物3’−5’−O−ビス−(t−ブチルジメチルシリル)デオキシシチジン(2g, 4.39mmol)をジクロロメタン43.9mlに溶解させた後、ピリジン(531.9μL, 6.59mmol)、クロロ炭酸フェニル(660μL, 5.27mmol)を加え、室温で30分間反応させた。反応終了後、クロロホルム(50mL)で反応溶媒を希釈し、有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去し中間体を得た。次いで、ピリジン(脱水)(5mL)を加えて1回共沸した後、ピリジン(脱水)219.5mlに溶解させた。得られた溶液に1,5−ジアミノナフタレン(3.47g , 22.0mmol)を加え、70℃で1時間反応させた。反応終了後、溶媒を減圧下留去し、クロロホルム(250mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をNHシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(50:50,v/v)で精製し、3’−5’−O−ビス-(t-ブチルジメチルシリル)−4−N−[N− (アミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジンを得た(1.13g , 40%)。
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ0.13−0.17 (12H, m) , 0.93−0.96 (18H, m) , 2.20−2.25 (1H, m) , 2,48−2.53 (1H, m) , 3.85−3.87 (1H, m) , 3.96−4.03 (2H, m) , 4.49−4.52 (1H, m) , 6.24−6.26 (1H, m) , 6.29−6.30 (1H, m) , 6.87−6.88 (1H, m) , 7.37−7.42 (2H, m) , 7.67−7.69 (1H, m) , 7.84−7.86 (1H, m) , 8.00−8.01 (1H, m) , 8.33−8.35 (1H, m)
公知の化合物3’−5’−O−ビス−(t−ブチルジメチルシリル)デオキシシチジン(2g, 4.39mmol)をジクロロメタン43.9mlに溶解させた後、ピリジン(531.9μL, 6.59mmol)、クロロ炭酸フェニル(660μL, 5.27mmol)を加え、室温で30分間反応させた。反応終了後、クロロホルム(50mL)で反応溶媒を希釈し、有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去し中間体を得た。次いで、ピリジン(脱水)(5mL)を加えて1回共沸した後、ピリジン(脱水)219.5mlに溶解させた。得られた溶液に1,5−ジアミノナフタレン(3.47g , 22.0mmol)を加え、70℃で1時間反応させた。反応終了後、溶媒を減圧下留去し、クロロホルム(250mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をNHシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより展開溶媒(ヘキサン/酢酸エチル系)(50:50,v/v)で精製し、3’−5’−O−ビス-(t-ブチルジメチルシリル)−4−N−[N− (アミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジンを得た(1.13g , 40%)。
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ0.13−0.17 (12H, m) , 0.93−0.96 (18H, m) , 2.20−2.25 (1H, m) , 2,48−2.53 (1H, m) , 3.85−3.87 (1H, m) , 3.96−4.03 (2H, m) , 4.49−4.52 (1H, m) , 6.24−6.26 (1H, m) , 6.29−6.30 (1H, m) , 6.87−6.88 (1H, m) , 7.37−7.42 (2H, m) , 7.67−7.69 (1H, m) , 7.84−7.86 (1H, m) , 8.00−8.01 (1H, m) , 8.33−8.35 (1H, m)
上述のようにして得られた3’−5’−O−ビス−(t−ブチルジメチルシリル)−4−N−[N−(アミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジン(630mg, 0.984mmol)にピリジン(脱水)(5mL)を加えて3回共沸した後、ピリジン(脱水)9.84mlに溶解させた。得られた溶液にシクロヘキサンカルボニルクロリド(129μL, 0.984mmol)を加え、室温で30分間反応させた。水でクエンチした後、酢酸エチル(30mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去し、中間体を得た。次いで、ピリジン(脱水)(5mL)を加えて3回共沸した後、ピリジン(脱水)9.84mlに溶解させた。得られた溶液にトリエチルアミントリヒドロフルオリド(962μL, 5.9mmol)及びトリエチルアミン(818μL, 5.9mmol)を加え、室温で16時間反応させた。水でクエンチした後、クロロホルム(30mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和食塩水で3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。この際に析出してくる結晶を吸引ろ過し、さらにジエチルエーテルで洗いこみを行い、4−N−[N−(N−シクロヘキサンカルボニルアミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジンを得た(330mg, 64%)。
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ1.31−1.36 (1H, m), 1.41−1.49 (2H, m), 1.60−1.67 (2H, m), 1.76−1.78 (1H, m) , 1.88−1.91 (2H, m), 2.03−2.05 (2H, m), 2.49−2.54 (1H, m), 2.58−2.63 (1H, m), 3.76−3.77 (1H, m), 3.84−3.87 (1H, m), 4.02−4.03 (1H, m), 4.40−4.41 (1H, m), 6.29−6.30 (2H, m), 7.51−7.54 (1H, m), 7.60−7.64 (2H, m), 7.80−7.82 (1H, m), 8.09−8.11 (1H, m), 8.25−8.27 (1H, m), 8.42−844 (1H, m)
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ1.31−1.36 (1H, m), 1.41−1.49 (2H, m), 1.60−1.67 (2H, m), 1.76−1.78 (1H, m) , 1.88−1.91 (2H, m), 2.03−2.05 (2H, m), 2.49−2.54 (1H, m), 2.58−2.63 (1H, m), 3.76−3.77 (1H, m), 3.84−3.87 (1H, m), 4.02−4.03 (1H, m), 4.40−4.41 (1H, m), 6.29−6.30 (2H, m), 7.51−7.54 (1H, m), 7.60−7.64 (2H, m), 7.80−7.82 (1H, m), 8.09−8.11 (1H, m), 8.25−8.27 (1H, m), 8.42−844 (1H, m)
上述のようにして得られた4−N−[N−(N−シクロヘキサンカルボニルアミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジン(330mg , 0.633mol)にピリジン(脱水)(5mL)を加えて3回共沸した後、ピリジン(脱水)6.33mlに溶解させた。得られた溶液に4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(257mg , 0.760mmol)を加え、室温で2時間反応させた。メタノールでクエンチした後、酢酸エチル(20mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を飽和炭酸水素ナトリウムで3回抽出操作を行い、有機層を集め硫酸ナトリウムを加え乾燥させた後、濾過し溶媒を減圧下留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに0.5%のトエチルアミンを添加した展開溶媒(クロロホルム/メタノール系)(100:1.5,v/v)で精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−[N−(N−シクロヘキサンカルボニルアミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジンを得た(430mg, 82%)。
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ1.31−1.36 (1H, m), 1.41−1.49(2H, m) , 1.60−1.67 (2H, m) , 1.76−1.78 (1H, m) , 1.89−1.91 (2H, m) , 2.03−2.05 (2H, m) , 2.36−2.38 (1H, m) , 2.59−2.64 (2H, m) , 3.49 (2H, m) , 3.78 (6H, m) , 4.12 (1H, m) , 4.53 (1H, m) , 6.01−6.02 (1H, m) , 6.24 (1H, m) , 6.89 (4H, m) , 7.24−7.26 (1H, m) , 7.30−7.33 (6H, m) , 7.42−7.43 (2H, m) , 7.51−7.54 (1H, m) , 7.59−7.62 (2H, m) , 7.80−7.82 (1H, m) , 8.08 (1H, m) , 8.25−8.29 (2H, m)
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ1.31−1.36 (1H, m), 1.41−1.49(2H, m) , 1.60−1.67 (2H, m) , 1.76−1.78 (1H, m) , 1.89−1.91 (2H, m) , 2.03−2.05 (2H, m) , 2.36−2.38 (1H, m) , 2.59−2.64 (2H, m) , 3.49 (2H, m) , 3.78 (6H, m) , 4.12 (1H, m) , 4.53 (1H, m) , 6.01−6.02 (1H, m) , 6.24 (1H, m) , 6.89 (4H, m) , 7.24−7.26 (1H, m) , 7.30−7.33 (6H, m) , 7.42−7.43 (2H, m) , 7.51−7.54 (1H, m) , 7.59−7.62 (2H, m) , 7.80−7.82 (1H, m) , 8.08 (1H, m) , 8.25−8.29 (2H, m)
上述のようにして得られた、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−[N−(N−シクロヘキサンカルボニルアミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジン(430mg , 0.522mmol)をピリジン(脱水)、トルエン(脱水)、ジクロロメタン(脱水)の順で各々3回ずつ共沸した後、ジクロロメタン(脱水)5.22mlに溶解させた。これにテトラゾール(21.9mg , 0.313mol)、ジイソプロピルアミン(44.2μL, 0.313mmol)及び2−シアノエチル−ビス(N,N−ジイソプロピル)−ホスホロアミダイト(182μl , 0.574mmol)を加え、室温で3時間反応させた。水でクエンチした後、ジエチルエーテル(30mL)で反応溶媒を希釈した。有機層を5%炭酸ナトリウムで7回抽出操作を行った後、有機層を集め溶媒を減圧下留去した。得られた残渣を展開溶媒としてアセトニトリルを用いて精製し、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−[N−(N−シクロヘキサンカルボニルアミノナフタレン−5−イル)カルバモイル]デオキシシチジン3’−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト)を得た(420mg , 78%)。
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ1.15−1.20 (12H, m), 1.31−1.36 (1H, m) , 1.41−1.49 (2H, m) , 1.62−1.65 (2H, m) , 1.76−1.78 (1H, m), 1.90 (2H, m), 2.03−2.05 (2H, m), 2.50 (1H, m), 2.59−2.62 (2H, m) , 2.67−2.73 (2H, m), 3.45−3.47 (1H, m) , 3.54(1H, m), 3.60−3.67 (2H, m), 3.21−3.76 (2H, m), 3.78 (6H, m), 4.19−4,24 (1H, m), 4.74−4.76 (1H, m), 5.99 (1H, m), 6.02−6.25 (1H, m) , 6.89 (4H, m), 7.23−7.26 (1H, m), 7.33 (6H, m), 7.44 (2H, m), 7.52 (1H, m), 7.60−7.62 (2H, m), 7.80 (1H, m), 8.09 (1H, m), 8.26 (1H, m), 8.328.35 (1H, m) 31P NMR (500 MHz, CD3OD) δ149.9
1H NMR (500 MHz, CD3OD)δ1.15−1.20 (12H, m), 1.31−1.36 (1H, m) , 1.41−1.49 (2H, m) , 1.62−1.65 (2H, m) , 1.76−1.78 (1H, m), 1.90 (2H, m), 2.03−2.05 (2H, m), 2.50 (1H, m), 2.59−2.62 (2H, m) , 2.67−2.73 (2H, m), 3.45−3.47 (1H, m) , 3.54(1H, m), 3.60−3.67 (2H, m), 3.21−3.76 (2H, m), 3.78 (6H, m), 4.19−4,24 (1H, m), 4.74−4.76 (1H, m), 5.99 (1H, m), 6.02−6.25 (1H, m) , 6.89 (4H, m), 7.23−7.26 (1H, m), 7.33 (6H, m), 7.44 (2H, m), 7.52 (1H, m), 7.60−7.62 (2H, m), 7.80 (1H, m), 8.09 (1H, m), 8.26 (1H, m), 8.328.35 (1H, m) 31P NMR (500 MHz, CD3OD) δ149.9
実施例6
実施例2で得られたホスホロアミダイトユニット(5’−O− (4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジン)を3’末端、および5’末端に用いて、ABI DNA/RNA synthesized 392を用いて、標準のRNA合成プロトコールに従ってオリゴヌクレオチドを製造した。天然型塩基をもつホスホロアミダイトユニットはGlen Research Incより購入した。実施例2で得られたホスホロアミダイトユニットを無水アセトニトリルに0.1Mの濃度となるよう溶解し、上記DNA自動合成機を用いて、Z1UAUACAACCUACUACCZ2(配列番号:1)の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成した。Z1及びZ2は実施例2で得られたホスホロアミダイトユニット残基である(以下の実施例において同様である)。固相担体としてはGlen research Incより購入した Universal Support II(0.1μmol)を用いた。合成したオリゴヌクレオチドの脱保護および切り出しは、2M アンモニア/メタノールを用いて2時間行った後、固相担体を濾過にて取り除いた後、ろ液を濃縮し、改めて28%アンモニア水を加え、8時間放置することにより行った。
なお、合成したオリゴヌクレオチドの構造は以下のようにMALDI TOF質量分析法により決定した。
MALDI-TOF 質量分析 calcd. 6019.22, Found 6014.04
実施例2で得られたホスホロアミダイトユニット(5’−O− (4,4’−ジメトキシトリチル)−4−N−シクロヘキシルカルバモイルデオキシシチジン)を3’末端、および5’末端に用いて、ABI DNA/RNA synthesized 392を用いて、標準のRNA合成プロトコールに従ってオリゴヌクレオチドを製造した。天然型塩基をもつホスホロアミダイトユニットはGlen Research Incより購入した。実施例2で得られたホスホロアミダイトユニットを無水アセトニトリルに0.1Mの濃度となるよう溶解し、上記DNA自動合成機を用いて、Z1UAUACAACCUACUACCZ2(配列番号:1)の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成した。Z1及びZ2は実施例2で得られたホスホロアミダイトユニット残基である(以下の実施例において同様である)。固相担体としてはGlen research Incより購入した Universal Support II(0.1μmol)を用いた。合成したオリゴヌクレオチドの脱保護および切り出しは、2M アンモニア/メタノールを用いて2時間行った後、固相担体を濾過にて取り除いた後、ろ液を濃縮し、改めて28%アンモニア水を加え、8時間放置することにより行った。
なお、合成したオリゴヌクレオチドの構造は以下のようにMALDI TOF質量分析法により決定した。
MALDI-TOF 質量分析 calcd. 6019.22, Found 6014.04
実施例7
実施例3で得られたホスホロアミダイトユニット(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3‘−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト))を3’末端、及び5’末端に用いて、実施例6と同様に操作を行い、Z1UAUACAACCUACUACCZ2(配列番号:2)の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成した。合成したオリゴヌクレオチドの構造は以下のようにMALDI TOF質量分析法により決定した。
MALDI-TOF 質量分析 calcd. 6077.25, Found 6081.35.
実施例3で得られたホスホロアミダイトユニット(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3‘−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト))を3’末端、及び5’末端に用いて、実施例6と同様に操作を行い、Z1UAUACAACCUACUACCZ2(配列番号:2)の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成した。合成したオリゴヌクレオチドの構造は以下のようにMALDI TOF質量分析法により決定した。
MALDI-TOF 質量分析 calcd. 6077.25, Found 6081.35.
実施例8
実施例4で得られたホスホロアミダイトユニット(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3‘−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト))を3’末端、及び5’末端に用いて、実施例6と同様に操作を行い、Z1UAUACAACCUACUACCZ2(配列番号:3)の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成した。合成したオリゴヌクレオチドの構造は以下のようにMALDI TOF質量分析法により決定した。
MALDI-TOF 質量分析 calcd. 6241.41, Found 6244.58
実施例4で得られたホスホロアミダイトユニット(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−3−N− (シクロヘキシルカルバモイルメチル)チミジン3‘−(2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルホスホロアミダイト))を3’末端、及び5’末端に用いて、実施例6と同様に操作を行い、Z1UAUACAACCUACUACCZ2(配列番号:3)の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成した。合成したオリゴヌクレオチドの構造は以下のようにMALDI TOF質量分析法により決定した。
MALDI-TOF 質量分析 calcd. 6241.41, Found 6244.58
実施例9
実施例6で得られたオリゴヌクレオチドと、下記配列番号:4、又は配列番号:5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとを、各オリゴヌクレオチドの濃度が2μMになるように、10mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.0)−1M NaCl中に溶解した。得られた溶液を、90℃に加温し、20分間90℃に維持した後、1分間に1℃の割合で5℃まで冷却し、再度同じ速度で90℃まで加温した。温度を加温する間の260nmのUV吸収を測定し、UV−融解曲線を得た。得られたUV融解曲線を微分し、極大値を与える温度をTm値とした。
配列番号:4
5’−GGTAGTAGGTTGTATA−3’
配列番号:5
5’−ATTGGTAGTAGGTTGTATATAA−3’
実施例6で得られたオリゴヌクレオチドと、下記配列番号:4、又は配列番号:5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとを、各オリゴヌクレオチドの濃度が2μMになるように、10mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.0)−1M NaCl中に溶解した。得られた溶液を、90℃に加温し、20分間90℃に維持した後、1分間に1℃の割合で5℃まで冷却し、再度同じ速度で90℃まで加温した。温度を加温する間の260nmのUV吸収を測定し、UV−融解曲線を得た。得られたUV融解曲線を微分し、極大値を与える温度をTm値とした。
配列番号:4
5’−GGTAGTAGGTTGTATA−3’
配列番号:5
5’−ATTGGTAGTAGGTTGTATATAA−3’
実施例6で得られたオリゴヌクレオチドと、配列番号:4の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとのTm値は63.6℃であり、配列番号:1の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドと、配列番号:5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとのTm値は62.9℃であった。
実施例6で得られたオリゴヌクレオチドと配列番号:4とは、塩基の数が同じであり、配列番号:5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、実施例6で得られたオリゴヌクレオチドよりも塩基長は長いものであり、それぞれのTm値は0.7℃異なっていた。
実施例6で得られたオリゴヌクレオチドと配列番号:4とは、塩基の数が同じであり、配列番号:5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、実施例6で得られたオリゴヌクレオチドよりも塩基長は長いものであり、それぞれのTm値は0.7℃異なっていた。
一方、実施例6で得られたオリゴヌクレオチドの3’末端及び5’末端にZ1及びZ2を有しないオリゴヌクレオチドを用いて同様にTm値の測定を行ったところ、配列番号:4の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのTm値は60.3℃であり、配列番号:5の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのTm値は62.1℃であった。すなわち、Z1及びZ2を有しないオリゴヌクレオチドを用いた場合は、鎖長の長いオリゴヌクレオチドの方がターゲットのより強く結合することがわかった。これに対し、実施例6で得られたオリゴヌクレオチドの場合は、鎖長の長いオリゴヌクレオチドの方が親和性が低下していることがわかった。
Claims (6)
- 一般式(1)において、W1及びW2が、下記一般式(2)〜(6)からなる群から選択される、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。
- Rが、置換基を結合していてもよいトリチル基である、請求項1又は2に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。
- 一般式(7)において、W3が、下記一般式(2)〜(6)からなる群から選択される、請求項4「に記載の化合物。
- R16が、ジメトキシトリチル基である、請求項5に記載の化合物。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006066135A JP2007238550A (ja) | 2006-03-10 | 2006-03-10 | オリゴヌクレオチド誘導体 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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JP2006066135A JP2007238550A (ja) | 2006-03-10 | 2006-03-10 | オリゴヌクレオチド誘導体 |
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JP2006066135A Pending JP2007238550A (ja) | 2006-03-10 | 2006-03-10 | オリゴヌクレオチド誘導体 |
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---|---|
JP (1) | JP2007238550A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011102414A1 (ja) * | 2010-02-19 | 2011-08-25 | 国立大学法人 東京工業大学 | オリゴヌクレオチド誘導体 |
-
2006
- 2006-03-10 JP JP2006066135A patent/JP2007238550A/ja active Pending
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WO2011102414A1 (ja) * | 2010-02-19 | 2011-08-25 | 国立大学法人 東京工業大学 | オリゴヌクレオチド誘導体 |
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