JP2006211934A - Recombinant microorganism - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、有用なタンパク質又はポリペプチドの生産に用いる組換え微生物、及びタンパク質又はポリペプチドの生産方法に関する。 The present invention relates to a recombinant microorganism used for producing a useful protein or polypeptide, and a method for producing a protein or polypeptide.
微生物による有用物質の工業的生産は、アルコール飲料や味噌、醤油等の食品類をはじめとし、アミノ酸、有機酸、核酸関連物質、抗生物質、糖質、脂質、タンパク質等、その種類は多岐に渡っており、またその用途についても食品、医薬品、洗浄剤、化粧品等の日用品、或いは各種化成品原料に至るまで幅広い分野に広がっている。 The industrial production of useful substances by microorganisms includes a wide variety of types including foods such as alcoholic beverages, miso and soy sauce, as well as amino acids, organic acids, nucleic acid-related substances, antibiotics, carbohydrates, lipids, proteins, etc. In addition, its application has been extended to a wide range of fields from foods, pharmaceuticals, detergents, daily necessaries such as cosmetics to various chemical raw materials.
こうした微生物による有用物質の工業生産においては、その生産性の向上が重要な課題の一つであり、その手法として、突然変異等の遺伝学的手法による生産菌の育種が行われてきた。特に最近では、微生物遺伝学、バイオテクノロジーの発展により、遺伝子組換え技術等を用いたより効率的な生産菌の育種が行われるようになっている。さらに、近年のゲノム解析技術の急速な発展を受けて、対象とする微生物のゲノム情報を解読し、これらを積極的に産業に応用しようとする試みもなされている。ゲノム情報の公開されている産業的に有用な宿主微生物としては、枯草菌Bacillus subtilis Marburg No.168(非特許文献1)、大腸菌Escherichia coli K-12 MG1655(非特許文献2)、コリネバクテリウムCorynebacterium glutamicum ATCC132032などが挙げられ、これらのゲノム情報を利用し、改良を加えた菌株が開発されている。 In industrial production of useful substances by such microorganisms, improvement of productivity is one of the important issues, and breeding of produced bacteria by genetic techniques such as mutation has been performed as a technique. Particularly recently, with the development of microbial genetics and biotechnology, more efficient breeding of production bacteria using genetic recombination techniques has been carried out. Furthermore, in response to the rapid development of genome analysis technology in recent years, attempts have been made to decode genome information of target microorganisms and actively apply them to industry. Industrially useful host microorganisms whose genome information has been disclosed include Bacillus subtilis Marburg No.168 (Non-patent Document 1), Escherichia coli K-12 MG1655 (Non-patent Document 2), Corynebacterium Corynebacterium glutamicum ATCC132032 and the like are mentioned, and strains with improved information have been developed using these genomic information.
しかしながら、微生物は元来、自然界における様々な環境変化に対応するために多種多様な遺伝子群を有しており、限定された生産培地と安定な培養条件が用いられる工業的生産においては、タンパク質又はポリペプチドの生産にとって不必要な遺伝子発現も多く、上記のような取り組みにも関わらず、必ずしも生産効率が高いとは言えない状況であった。
本発明は、タンパク質又はポリペプチドの生産性向上を可能とする宿主微生物にタンパク質又はポリペプチドをコードする遺伝子を導入して得られる組換え微生物、更に、当該組換え微生物を用いるタンパク質又はポリペプチドの製造法を提供することを目的とする。 The present invention relates to a recombinant microorganism obtained by introducing a gene encoding a protein or polypeptide into a host microorganism capable of improving the productivity of the protein or polypeptide, and a protein or polypeptide using the recombinant microorganism. The object is to provide a manufacturing method.
本発明者らは、微生物ゲノム上にコードされる各種遺伝子において、有用なタンパク質又はポリペプチドの生産にとって不要或いは有害な働きをする遺伝子群について、特に遺伝子機能が未知の遺伝子群を中心として、鋭意探索したところ、枯草菌等の微生物の特定の遺伝子をゲノム上から欠失又は不活性化した後、目的のタンパク質又はポリペプチドをコードする遺伝子を導入することにより、目的のタンパク質又はポリペプチドの生産性が、欠失又は不活性化前と比較して向上することを見出した。 The inventors of the present invention have earnestly focused on a group of genes that are unnecessary or harmful to the production of useful proteins or polypeptides in various genes encoded on the microbial genome, particularly those that have unknown gene functions. After searching, a specific gene of a microorganism such as Bacillus subtilis is deleted or inactivated from the genome, and then a target protein or polypeptide is produced by introducing a gene encoding the target protein or polypeptide. It has been found that the sex is improved compared to before deletion or inactivation.
すなわち本発明は、枯草菌遺伝子ytcG,ypuH,yjbI,clpX,ykrB,ywgA,galE,yqfF,yqhT,ylbO,ytqI,yjlC,yllB,yqeK,yjbH,ybbR,yrzD,ymcA,ylbG,yhzC,ykzF,ykoA,yebD及びargHのいずれか、又は当該遺伝子に相当する遺伝子のいずれか1以上の遺伝子が欠失又は不活性化された微生物株に、異種のタンパク質又はポリペプチドをコードする遺伝子を導入した組換え微生物を提供するものである。 That is, the present invention is Bacillus subtilis genes ytcG, ypuH, yjbI, clpX, ykrB, ywgA, galE, yqfF, yqhT, ylbO, ytqI, yjlC, yllB, yqeK, yjbH, ybbR, yrzD, ymcA, ylbG, yhzC, ykzF, A group in which a gene encoding a heterologous protein or polypeptide is introduced into a microorganism strain in which any one of ykoA , yebD and argH , or any one of the genes corresponding to the gene is deleted or inactivated A replacement microorganism is provided.
また本発明は、当該組換え微生物を用いたタンパク質又はポリペプチドの製造方法を提供するものである。 The present invention also provides a method for producing a protein or polypeptide using the recombinant microorganism.
本発明の微生物は、目的タンパク質又はポリペプチドの生産にとって不要、或いは有害な遺伝子が欠失、又は不活性化されているため、エネルギーロス、炭素源、窒素源といった培地成分の浪費を抑え、また、不必要な遺伝子が機能しなくなることでタンパク質又はポリペプチドの生産期間を長期化することによって効率よく目的生産物を生産することができる。 Since the microorganism of the present invention has a gene that is unnecessary or harmful to the production of the target protein or polypeptide has been deleted or inactivated, it suppresses waste of medium components such as energy loss, carbon source, and nitrogen source, and The target product can be efficiently produced by prolonging the production period of the protein or polypeptide because the unnecessary gene ceases to function.
本発明においてアミノ酸配列および塩基配列の同一性はLipman-Pearson法 (Science,227,1435,1985)によって計算される。具体的には、遺伝情報処理ソフトウェアGenetyx-Win(ソフトウェア開発)のホモロジー解析(Search homology)プログラムを用いて、Unit size to compare(ktup)を2として解析を行うことにより算出される。 In the present invention, the identity of the amino acid sequence and the base sequence is calculated by the Lipman-Pearson method (Science, 227, 1435, 1985). Specifically, it is calculated by performing an analysis with a unit size to compare (ktup) of 2 using a homology analysis (Search homology) program of genetic information processing software Genetyx-Win (software development).
本発明の微生物を構築するための親微生物としては、有用なタンパク質又はポリペプチドの生産にとって不要な遺伝子、具体的には表1に示す枯草菌遺伝子又は当該遺伝子に相当する遺伝子を有するものであればよく、野生型のものでも変異を施したものでものよい。具体的には、枯草菌などのバチルス(Bacillus)属細菌や、クロストリジウム(Clostridium属細菌、或いは酵母等が挙げられ、中でもBacillus属細菌が好ましい。更に、全ゲノム情報が明らかにされ、遺伝子工学、ゲノム工学技術が確立されている点、またタンパク質を菌体外に分泌生産させる能力を有する点から特に枯草菌(Bacillus subtilis)が好ましい。 As a parent microorganism for constructing the microorganism of the present invention, a gene unnecessary for the production of a useful protein or polypeptide, specifically, a Bacillus subtilis gene shown in Table 1 or a gene corresponding to the gene is included. It may be wild type or mutated. Specifically, and Bacillus (Bacillus) bacteria such as Bacillus subtilis, Clostridium (Clostridium bacteria, or yeast, and among these bacteria belonging to the genus Bacillus are preferred. Furthermore, the whole genome information is revealed, genetic engineering, Bacillus subtilis is particularly preferred from the standpoint of the establishment of genome engineering technology and the ability to secrete and produce proteins outside the cells.
本発明の微生物を用いて生産する目的タンパク質又はポリペプチドとしては、例えば食品用、医薬品用、化粧品用、洗浄剤用、繊維処理用、医療検査薬用等として有用な酵素や生理活性因子等のタンパク質やポリペプチドが挙げられる。 Examples of the target protein or polypeptide produced using the microorganism of the present invention include proteins useful for foods, pharmaceuticals, cosmetics, detergents, fiber treatments, medical tests, etc. And polypeptides.
本発明において欠失、又は不活性化の対象となる遺伝子は、枯草菌ゲノム上に存在する以下の表1に示す遺伝子、及び当該遺伝子に相当する枯草菌以外の微生物の遺伝子のいずれかである。斯かる遺伝子群は、目的タンパク質又はポリペプチドの生産には直接関与しておらず、通常の工業的生産培地における微生物の生育にも不要であることが本発明者らにより見出されている。 In the present invention, the gene to be deleted or inactivated is any of the genes shown in Table 1 below present on the Bacillus subtilis genome and genes of microorganisms other than Bacillus subtilis corresponding to the gene. . It has been found by the present inventors that such a gene group is not directly involved in the production of the target protein or polypeptide and is unnecessary for the growth of microorganisms in a normal industrial production medium.
尚、表中の各遺伝子の名称、番号及び機能等は、Kunstらによって報告され(Nature,390,249-256,1997)、JAFAN: Japan Functional Analysis Network for Bacillus subtilis (BSORF DB)でインターネット公開(http://bacillus.genome.ad.jp/、2004年3
月10日更新)された枯草菌ゲノムデータに基づいて記載している。
The names, numbers, functions, etc. of each gene in the table were reported by Kunst et al. (Nature, 390, 249-256, 1997) and published online on the JAFAN: Japan Functional Analysis Network for Bacillus subtilis (BSORF DB) (http: //bacillus.genome.ad.jp/, March 2004
The data are based on Bacillus subtilis genome data updated on May 10).
また、表1に示される枯草菌の各遺伝子と同じ機能を有する、または、表1の各遺伝子と塩基配列において70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、特に好ましくは98%以上の同一性を有する、他の微生物由来、好ましくはBacillus属細菌由来の遺伝子は、表1に記載の遺伝子に相当する遺伝子と考えられ、本発明において欠失、不活性化すべき遺伝子に含まれる。尚、塩基配列の同一性はLipman-Pearson法 (Science,227,1435,1985)によって計算される。 Moreover, it has the same function as each gene of Bacillus subtilis shown in Table 1, or 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, more preferably 95% in each gene and base sequence of Table 1. % Or more, particularly preferably 98% or more of the genes derived from other microorganisms, preferably derived from bacteria belonging to the genus Bacillus , are considered to be genes corresponding to the genes listed in Table 1, and are deleted in the present invention. Included in the gene to be inactivated. The nucleotide sequence identity is calculated by the Lipman-Pearson method (Science, 227, 1435, 1985).
表1の遺伝子リストの中には機能未知遺伝子の他に、galE、argH、clpX、ykrB及びypuHなどの機能既知遺伝子も含まれている。 The gene list in Table 1 includes genes with known functions such as galE , argH , clpX , ykrB and ypuH in addition to genes with unknown functions.
これら機能既知遺伝子のうち、galE(UDP-glucose 4-epimerase)或いはargH(argininosuccinate lyase)遺伝子の欠失においては、枯草菌細胞内で糖、或いはアミノ酸代謝が変化することが予想される。また、ypuH(或いは枯草菌ゲノム内で同様の機能を有すると予想されるypuG,smc遺伝子)遺伝子は染色体DNAの分配に関与することが報告されている(EMBO J.,21,3108,2002)。 Among these genes whose functions are known, deletion of galE (UDP-glucose 4-epimerase) or argH (argininosuccinate lyase) genes is expected to change sugar or amino acid metabolism in Bacillus subtilis cells. In addition, ypuH (or ypuG and smc genes predicted to have similar functions in the Bacillus subtilis genome) have been reported to be involved in the distribution of chromosomal DNA (EMBO J., 21, 3108, 2002). .
さらに、clpX遺伝子はSigHレギュロンの転写の活性化(Mol.Microbiology,37,885,2000)、ミスフォールドした蛋白の分解(J.Bacteriol.,182,3259,2000)、コンピテンス後期遺伝子群の制御因子であるcomK遺伝子の制御に関わること(J.Biochem.,133,295,2003)などが知られている。ところが、これらの機能既知遺伝子の欠失がタンパク質又はポリペプチドの生産性向上に寄与することはこれまでに知られておらず、発明者らの研究により明らかになった。 In addition, the clpX gene is a regulator of SigH regulon transcription activation (Mol. Microbiology, 37, 885, 2000), degradation of misfolded proteins (J. Bacteriol., 182, 3259, 2000), and late competence genes. It is known that it is involved in the regulation of the comK gene (J. Biochem., 133, 295, 2003). However, it has not been known so far that the deletion of these genes having known functions contributes to the improvement of protein or polypeptide productivity, and has been clarified by the inventors' research.
一方、枯草菌遺伝子リストの中のyqfF、yqhT及びylbO遺伝子については、枯草菌ゲノムデータ(BSORF DB)においていずれも遺伝子機能が推定されているが、これらの遺伝子についての文献情報は公開されておらず、表1に示される上記以外の機能未知遺伝子と同様、機能未知遺伝子に分類されるものと判断される。 On the other hand, for the yqfF , yqhT and ylbO genes in the Bacillus subtilis gene list, the gene functions are all estimated in the Bacillus subtilis genome data (BSORF DB), but literature information on these genes has not been published. First, it is determined that the gene is classified as a function unknown gene as in the case of the function unknown genes other than those shown in Table 1.
斯かる遺伝子群の中から選ばれる遺伝子を欠失又は不活性化することにより、タンパク質又はポリペプチドの生産にとって不要な、或いは有害な遺伝子の発現が生じないため、当該タンパク質又はポリペプチドの生産において、当該タンパク質又はポリペプチドの生産性の向上が達成される。 Deletion or inactivation of a gene selected from such a gene group does not cause expression of a gene that is unnecessary or harmful to the production of the protein or polypeptide. An improvement in the productivity of the protein or polypeptide is achieved.
尚、欠失又は不活性化する遺伝子は1以上であればよく、複数、特に3以上が好ましく、更には5以上であることが好ましい。更に本発明の微生物の構築には、上記以外の遺伝子群の欠失又は不活性化や上記以外の遺伝子の発現及び機能の強化を組み合わせることも可能であり、生産性向上に対してより大きな効果が期待される。また、本発明は目的遺伝子中に他のDNA断片を挿入する、あるいは、当該遺伝子の転写・翻訳開始領域に変異を与える等の方法によっても目的遺伝子を不活性化することができるが、好適には、標的遺伝子を物理的に欠失させる方がより望ましい。 The number of genes to be deleted or inactivated may be 1 or more, more preferably 3 or more, and further preferably 5 or more. Furthermore, the construction of the microorganism of the present invention can be combined with deletion or inactivation of a gene group other than those described above and the enhancement of expression and function of genes other than those described above, which has a greater effect on productivity improvement. There is expected. In addition, the present invention can inactivate a target gene by a method such as inserting another DNA fragment into the target gene or giving a mutation to the transcription / translation initiation region of the gene. It is more desirable to physically delete the target gene.
遺伝子群の欠失又は不活性化の手順としては、表1に示した標的遺伝子を計画的に欠失又は不活性化する方法のほか、ランダムな遺伝子の欠失又は不活性化変異を与えた後、適当な方法によりタンパク質生産性の評価及び遺伝子解析を行う方法が挙げられる。 As a procedure for deletion or inactivation of gene groups, random deletion or inactivation mutation was given in addition to the method of systematically deleting or inactivating the target genes shown in Table 1. Thereafter, a method for evaluating protein productivity and performing gene analysis by an appropriate method may be mentioned.
標的とする遺伝子を欠失又は不活性化するには、例えば相同組換えによる方法を用いればよい。すなわち、標的遺伝子の一部を含むDNA断片を適当なプラスミドベクターにクローニングして得られる環状の組換えプラスミドを親微生物細胞内に取り込ませ、標的遺伝子の一部領域に於ける相同組換えによって親微生物ゲノム上の標的遺伝子を分断して不活性化することが可能である。或いは、塩基置換や塩基挿入等の変異によって不活性化した標的遺伝子、又は図1のように標的遺伝子の上流、下流領域を含むが標的遺伝子を含まない直鎖状のDNA断片等をPCR等の方法によって構築し、これを親微生物細胞内に取り込ませて親微生物ゲノムの標的遺伝子内の変異箇所の外側の2ヶ所、又は標的遺伝子外側の2箇所(好ましくは、上流側、下流側それぞれ1箇所)で2回交差の相同組換えを起こさせることにより、ゲノム上の標的遺伝子を欠失或いは不活性化した遺伝子断片と置換することが可能である。 In order to delete or inactivate the target gene, for example, a method by homologous recombination may be used. That is, a circular recombinant plasmid obtained by cloning a DNA fragment containing a part of the target gene into an appropriate plasmid vector is introduced into the parent microbial cell, and the parent gene is homologously recombined in a part of the target gene. It is possible to disrupt and inactivate target genes on the microbial genome. Alternatively, a target gene inactivated by mutation such as base substitution or base insertion, or a linear DNA fragment containing the upstream and downstream regions of the target gene but not the target gene as shown in FIG. It is constructed by the method, and this is incorporated into the parent microbial cell, and two places outside the mutation site in the target gene of the parent microbial genome, or two places outside the target gene (preferably, one place each on the upstream side and downstream side) ), It is possible to replace the target gene on the genome with a deleted or inactivated gene fragment.
特に、本発明微生物を構築するための親微生物として枯草菌を用いる場合、相同組換えにより標的遺伝子を欠失又は不活性化する方法については、既にいくつかの報告例があり(Mol.Gen.Genet.,223,268,1990等)、こうした方法を繰り返すことによって、本発明の宿主微生物を得ることができる。 In particular, when Bacillus subtilis is used as a parental microorganism for constructing the microorganism of the present invention, there have already been several reports on methods for deleting or inactivating a target gene by homologous recombination (Mol. Gen. Genet., 223, 268, 1990, etc.), the host microorganism of the present invention can be obtained by repeating these methods.
また、ランダムな遺伝子の欠失又は不活性化についてもランダムにクローニングしたDNA断片を用いて上述の方法と同様な相同組換えを起こさせる方法や、親微生物にγ線等を照射すること等によっても実施可能である。 In addition, random gene deletion or inactivation can be achieved by a method of causing homologous recombination similar to the above method using a randomly cloned DNA fragment, or by irradiating a parental microorganism with γ rays, etc. Can also be implemented.
以下、より具体的にSOE(splicing by overlap extension)−PCR法(Gene,77,61,1989)によって調製される欠失用DNA断片を用いた二重交差法による欠失方法について説明するが、本発明に於ける遺伝子欠失方法は下記に限定されるものではない。 Hereinafter, the deletion method by the double crossing method using the DNA fragment for deletion prepared by SOE (splicing by overlap extension) -PCR method (Gene, 77, 61, 1989) will be described more specifically. The gene deletion method in the present invention is not limited to the following.
本方法で用いる欠失用DNA断片は、欠失対象遺伝子の上流に隣接する約0.5〜3、好ましくは0.5〜1kb断片と、同じく下流に隣接する約0.5〜3、好ましくは0.5〜1kb断片の間に、薬剤耐性マーカー遺伝子断片を挿入した断片である。まず、1回目のPCRによって、欠失対象遺伝子の上流断片及び下流断片、並びに薬剤耐性マーカー遺伝子断片の3断片を調製するが、この際、例えば、上流断片の下流末端に薬剤耐性マーカー遺伝子の上流側10〜30塩基対配列、逆に下流断片の上流末端には薬剤耐性マーカー遺伝子の下流側10〜30塩基対配列が付加される様にデザインしたプライマーを用いる(図1)。 The deletion DNA fragment used in this method is an approximately 0.5-3, preferably 0.5-1 kb fragment adjacent upstream of the gene to be deleted, and an approximately 0.5-3 kb, preferably 0.5-1 kb fragment adjacent downstream. A fragment into which a drug resistance marker gene fragment is inserted. First, an upstream fragment and a downstream fragment of a deletion target gene and three fragments of a drug resistance marker gene fragment are prepared by the first PCR. In this case, for example, upstream of the drug resistance marker gene is formed at the downstream end of the upstream fragment. A primer designed so that a 10-30 base pair sequence on the side and, on the contrary, a 10-30 base pair sequence downstream of the drug resistance marker gene is added to the upstream end of the downstream fragment is used (FIG. 1).
次いで、1回目に調製した3種類のPCR断片を鋳型とし、上流断片の上流側プライマーと下流断片の下流側プライマーを用いて2回目のPCRを行う。これにより、上流断片の下流末端及び下流断片の上流末端に付加した薬剤耐性マーカー遺伝子配列に於いて、薬剤耐性マーカー遺伝子断片とのアニールが生じ、PCR増幅の結果、上流側断片と下流側断片との間に、薬剤耐性マーカー遺伝子を挿入したDNA断片を得ることができる(図1)。 Next, using the three types of PCR fragments prepared in the first round as templates, the second round PCR is performed using the upstream primer of the upstream fragment and the downstream primer of the downstream fragment. As a result, in the drug resistance marker gene sequence added to the downstream end of the upstream fragment and the upstream end of the downstream fragment, annealing with the drug resistance marker gene fragment occurs, and as a result of PCR amplification, the upstream fragment and the downstream fragment In between, a DNA fragment into which a drug resistance marker gene is inserted can be obtained (FIG. 1).
薬剤耐性マーカー遺伝子として、クロラムフェニコール耐性遺伝子を用いる場合、例えば表2に示したプライマーセットを用い、Pyrobest DNAポリメーラーゼ(宝酒造)などの一般のPCR用酵素キット等を用いて、成書(PCR Protocols. Current Methods and Applications, Edited by B.A.White, Humana Press pp251 ,1993、Gene,77,61,1989)等に示される通常の条件によりSOE−PCRを行うことによって、各遺伝子の欠失用DNA断片が得られる。 When using a chloramphenicol resistance gene as a drug resistance marker gene, for example, using the primer set shown in Table 2, using a general PCR enzyme kit such as Pyrobest DNA polymerase (Takara Shuzo), etc. Protocols. Current Methods and Applications, Edited by BAWhite, Humana Press pp251, 1993, Gene, 77, 61, 1989) etc., by performing SOE-PCR under the usual conditions, etc., DNA fragments for deletion of each gene Is obtained.
かくして得られた欠失用DNA断片を、コンピテント法等によって細胞内に導入すると、同一性のある欠失対象遺伝子の上流及び下流の相同領域おいて、細胞内での遺伝子組換えが生じ、目的遺伝子が薬剤耐性遺伝子と置換した細胞を薬剤耐性マーカーによる選択によって分離することができる(図1)。即ち、表2に示したプライマーセットを用いて調製した欠失用DNA断片を導入した場合、クロラムフェニコールを含む寒天培地上に生育するコロニーを分離し、ゲノムを鋳型としたPCR法などによってゲノム上の目的遺伝子がクロラムフェニコール耐性遺伝子と置換していることを確認すれば良い。 When the DNA fragment for deletion thus obtained is introduced into a cell by a competent method or the like, gene recombination occurs in the cell in the homologous region upstream and downstream of the identical deletion target gene, Cells in which the target gene is replaced with a drug resistance gene can be isolated by selection with a drug resistance marker (FIG. 1). That is, when a deletion DNA fragment prepared using the primer set shown in Table 2 was introduced, colonies growing on an agar medium containing chloramphenicol were isolated, and PCR was performed using the genome as a template. What is necessary is just to confirm that the target gene on the genome is replaced with the chloramphenicol resistance gene.
次に、表1に示される枯草菌の遺伝子のいずれか、又は当該遺伝子に相当する遺伝子から選ばれた1以上の遺伝子を欠失又は不活性化した宿主微生物変異株に、目的とするタンパク質又はポリペプチドをコードする遺伝子を導入することによって、本発明の組換え微生物を得ることができる。 Next, any of the Bacillus subtilis genes shown in Table 1 or one or more genes selected from the genes corresponding to the genes are deleted or inactivated, and the target protein or By introducing a gene encoding a polypeptide, the recombinant microorganism of the present invention can be obtained.
目的タンパク質又はポリペプチド遺伝子は特に限定されず、洗浄剤用、食品用、繊維処理用、飼料処理用、化粧品用、医薬品用、診断薬用など各種産業用酵素や、生理活性ペプチドなどが含まれる。また、産業用酵素の機能別には、酸化還元酵素 (Oxidoreductase) 、転移酵素 (Transferase) 、加水分解酵素 (Hydrolase) 、脱離酵素 (Lyase)、異性化酵素 (Isomerase) 、合成酵素 (Ligase/Synthetase) 等が含まれるが、好適にはセルラーゼ、α-アミラーゼ、プロテアーゼ等の加水分解酵素の遺伝子が挙げられる。具体的には、多糖加水分解酵素の分類(Biochem.J.,280,309,1991)中でファミリー5に属するセルラーゼが挙げられ、中でも微生物由来、特にBacillus属細菌由来のセルラーゼが挙げられる。より具体的な例として、配列番号1で示される塩基番号573〜3044の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列からなるBacillus属細菌由来のアルカリセルラーゼ、または、配列番号3で示される塩基番号610〜3075の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列からなるBacillus属細菌由来のアルカリセルラーゼ、或いは、当該アミノ酸配列と70%、好ましくは80%、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、特に好ましくは98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるセルラーゼが挙げられる。 The target protein or polypeptide gene is not particularly limited, and includes various industrial enzymes such as detergents, foods, fiber treatments, feed treatments, cosmetics, pharmaceuticals, and diagnostic agents, and bioactive peptides. In addition, industrial enzymes are classified according to their functions: oxidoreductase, transferase, hydrolase, lyase, isomerase, and synthase (Ligase / Synthetase). ) And the like, and preferred examples include genes for hydrolases such as cellulase, α-amylase, and protease. Specifically, cellulases belonging to Family 5 are listed in the classification of polysaccharide hydrolases (Biochem. J., 280, 309, 1991), among which cellulases derived from microorganisms, particularly Bacillus bacteria. As a more specific example, an alkaline cellulase derived from a bacterium belonging to the genus Bacillus consisting of an amino acid sequence encoded by the nucleotide sequence of nucleotide numbers 573 to 3044 represented by SEQ ID NO: 1, or nucleotide numbers 610 to 3075 represented by SEQ ID NO: 3 Alkaline cellulase derived from Bacillus genus bacteria consisting of the amino acid sequence encoded by A cellulase consisting of an amino acid sequence having 98% or more identity can be mentioned.
また、α−アミラーゼの具体例としては、微生物由来のα−アミラーゼが挙げられ、特にBacillus属細菌由来の液化型アミラーゼが好ましい。より具体的な例として、配列番号5で示される塩基番号162〜1664の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列からなるBacillus属細菌由来のアルカリアミラーゼや、当該アミノ酸配列と70%、好ましくは80%、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、特に好ましくは98%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるアミラーゼが挙げられる。尚、アミノ酸配列の同一性はLipman-Pearson法 (Science,227,1435,1985)によって計算される。また、プロテアーゼの具体例としては、微生物由来、特にBacillus属細菌由来のセリンプロテアーゼや金属プロテアーゼ等が挙げられる。 Specific examples of α-amylase include α-amylase derived from microorganisms, and liquefied amylase derived from Bacillus bacteria is particularly preferable. As a more specific example, an alkaline amylase derived from a Bacillus bacterium comprising the amino acid sequence encoded by the base sequence of base numbers 162 to 1664 represented by SEQ ID NO: 5, or 70%, preferably 80%, An amylase having an amino acid sequence having an identity of 90% or more, more preferably 95% or more, particularly preferably 98% or more is more preferable. The amino acid sequence identity is calculated by the Lipman-Pearson method (Science, 227, 1435, 1985). Specific examples of proteases include serine proteases and metalloproteases derived from microorganisms, in particular, Bacillus bacteria.
また、目的タンパク質又はポリペプチド遺伝子は、その上流に当該遺伝子の転写、翻訳、分泌に関わる制御領域、即ち、プロモーター及び転写開始点を含む転写開始制御領域、リボソーム結合部位及び開始コドンを含む翻訳開始領域及び分泌シグナルペプチド領域から選ばれる1以上の領域が適正な形で結合されていることが望ましい。特に、転写開始制御領域、翻訳開始制御領域及び分泌シグナル領域からなる3領域が結合されていることが好ましく、更に分泌シグナルペプチド領域がバチルス属細菌のセルラーゼ遺伝子由来のものであり、転写開始領域及び翻訳開始領域が当該セルラーゼ遺伝子の上流0.6〜1 kb領域であるものが、目的タンパク質又はポリペプチド遺伝子と適正に結合されていることが望ましい。例えば、特開2000-210081号公報や特開平4-190793号公報等に記載されているBacillus属細菌、すなわちKSM-S237株(FERM BP-7875)、KSM-64株(FERM BP-2886)由来のセルラーゼ遺伝子と当該セルラーゼ遺伝子の転写開始制御領域、翻訳開始領域及び分泌用シグナルペプチド領域が目的タンパク質又はポリペプチドの構造遺伝子と適正に結合されていることが望ましい。より具体的には配列番号1で示される塩基配列の塩基番号1〜659の塩基配列、または、配列番号3で示される塩基配列の塩基番号1〜696の塩基配列、或いは当該塩基配列に対して70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、特に好ましくは98%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNA断片、あるいは上記いずれかの塩基配列の一部が欠失した塩基配列からなるDNA断片が、目的タンパク質又はポリペプチドの構造遺伝子と適正に結合されていることが望ましい。尚、ここで、上記塩基配列の一部が欠失した塩基配列からなるDNA断片とは、上記塩基配列の一部が欠失しているが、遺伝子の転写、翻訳、分泌に関る機能を保持しているDNA断片を意味する。 In addition, the target protein or polypeptide gene is upstream of the regulatory region involved in transcription, translation, and secretion of the gene, ie, the transcription initiation control region including the promoter and transcription initiation site, the ribosome binding site, and the initiation of translation including the initiation codon. It is desirable that at least one region selected from the region and the secretory signal peptide region is bound in an appropriate form. In particular, it is preferable that three regions consisting of a transcription initiation control region, a translation initiation control region and a secretion signal region are combined, and the secretion signal peptide region is derived from a cellulase gene of a bacterium belonging to the genus Bacillus, It is desirable that the translation initiation region that is 0.6-1 kb upstream from the cellulase gene is appropriately bound to the target protein or polypeptide gene. For example, the bacterium belonging to the genus Bacillus described in JP 2000-210081, JP 4-190793, etc., that is, KSM-S237 strain (FERM BP-7875), KSM-64 strain (FERM BP-2886) It is desirable that the cellulase gene, the transcription initiation control region, the translation initiation region, and the secretory signal peptide region of the cellulase gene are appropriately combined with the structural gene of the target protein or polypeptide. More specifically, the base sequence of base numbers 1 to 659 of the base sequence shown by SEQ ID NO: 1, the base sequence of base numbers 1 to 696 of the base sequence shown by SEQ ID NO: 3, or the base sequence 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, more preferably 95% or more, particularly preferably 98% or more of a DNA fragment comprising a nucleotide sequence having identity or any of the above nucleotide sequences It is desirable that a DNA fragment consisting of a partially deleted base sequence is appropriately bound to the structural gene of the target protein or polypeptide. Here, a DNA fragment composed of a base sequence from which a part of the base sequence has been deleted means that a part of the base sequence has been deleted, but has functions related to gene transcription, translation and secretion. It means a retained DNA fragment.
上記の目的タンパク質又はポリペプチド遺伝子を含むDNA断片と適当なプラスミドベクターを結合させた組換えプラスミドを、一般的な形質転換法によって宿主微生物細胞に取り込ませることによって、本発明の組換え微生物を得ることができる。また、当該DNA断片に宿主微生物ゲノムとの適当な相同領域を結合したDNA断片を用い、宿主微生物ゲノムに直接組み込むことによっても本発明の組換え微生物を得ることができる。 The recombinant microorganism of the present invention is obtained by incorporating a recombinant plasmid in which a DNA fragment containing the above target protein or polypeptide gene and an appropriate plasmid vector are combined into a host microorganism cell by a general transformation method. be able to. The recombinant microorganism of the present invention can also be obtained by using a DNA fragment in which an appropriate homologous region with the host microorganism genome is bound to the DNA fragment and directly integrating it into the host microorganism genome.
本発明の組換え微生物を用いた目的タンパク質又はポリペプチドの生産は、当該菌株を同化性の炭素源、窒素源、その他の必須成分を含む培地に接種し、通常の微生物培養法にて培養し、培養終了後、タンパク質又はポリペプチドを採取・精製することにより行えばよい。 In producing the target protein or polypeptide using the recombinant microorganism of the present invention, the strain is inoculated into a medium containing an assimilable carbon source, nitrogen source, and other essential components, and cultured by a normal microorganism culture method. After completion of the culture, the protein or polypeptide may be collected and purified.
以上より、表1に示される枯草菌遺伝子のいずれか、又は当該遺伝子に相当する遺伝子から選ばれた1以上の遺伝子を欠失又は不活性化した宿主微生物変異株、及び当該変異株を用いて組換え微生物を構築することができ、これを用いれば有用なタンパク質又はポリペプチドを効率的に生産することができる。また、当該遺伝子に相当する遺伝子の欠失と、その他の遺伝子群の欠失又は不活性化を組合せることや、当該遺伝子に相当する遺伝子の欠失と、その他の遺伝子の発現或いは機能の強化を組合せることにより、有用なタンパク質又はポリペプチドを効率的に生産することが可能な組換え微生物を構築することができる。 From the above, using any one of the Bacillus subtilis genes shown in Table 1, or a host microorganism mutant strain in which one or more genes selected from the genes corresponding to the gene are deleted or inactivated, and the mutant strain A recombinant microorganism can be constructed, and by using this, a useful protein or polypeptide can be produced efficiently. In addition, the deletion of the gene corresponding to the gene and the deletion or inactivation of other genes may be combined, the deletion of the gene corresponding to the gene and the enhancement of expression or function of the other gene. By combining these, recombinant microorganisms capable of efficiently producing useful proteins or polypeptides can be constructed.
以下に、枯草菌のytcG遺伝子(BG13833)を欠失させた組換え枯草菌株構築の実施例を中心に、当該発明の組換え微生物の構築方法と及び当該組換え微生物を用いたセルラーゼ及びアミラーゼの生産方法について具体的に説明する。 In the following, focusing on the examples of the construction of a recombinant Bacillus subtilis strain lacking the ytcG gene (BG13833) of Bacillus subtilis, the method for constructing the recombinant microorganism of the invention, and the cellulase and amylase using the recombinant microorganism The production method will be specifically described.
実施例1
枯草菌168株から抽出したゲノムDNAを鋳型とし、表2に示したytcG-AFとytcG-A/CmR、及びytcG-B/CmFとytcG-BRの各プライマーセットを用いて、ゲノム上のytcG遺伝子の上流に隣接する0.5kb断片(A)、及び下流に隣接する0.5kb断片(B)をそれぞれ調製した。一方、プラスミドpC194(J.Bacteriol.,158,543,1984)を鋳型とし、表2に示したytcG-CmFとytcG-CmRのプライマーセットを用いて、クロラムフェニコール耐性遺伝子を含む0.9kb断片(C)を調製した。次に、得られた(A)(B)(C)3断片を混合して鋳型とし、ytcG-AFとytcG-BRのプライマーを用いてSOE−PCRを行ない、3断片を(A)-(C)-(B)の順になる様に結合させ、1.9kbのDNA断片を得た(図1参照)。このDNA断片を用いてコンピテント法により枯草菌168株の形質転換を行い、クロラムフェニコールを含むLB寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。さらに、得られた形質転換体からゲノムDNAを抽出し、これを鋳型とするPCRによってytcG遺伝子がクロラムフェニコール耐性遺伝子と置換され、結果として目的とする遺伝子欠失株となっていることを確認した。
Example 1
Using the genomic DNA extracted from Bacillus subtilis 168 as a template and using the ytcG-AF and ytcG-A / CmR and ytcG-B / CmF and ytcG-BR primer sets shown in Table 2, ytcG on the genome A 0.5 kb fragment (A) adjacent to the upstream of the gene and a 0.5 kb fragment (B) adjacent to the downstream were prepared. On the other hand, a 0.9 kb fragment containing a chloramphenicol resistance gene (C) using plasmid pC194 (J. Bacteriol., 158, 543, 1984) as a template and using the ytcG-CmF and ytcG-CmR primer sets shown in Table 2. ) Was prepared. Next, the obtained (A), (B), and (C) 3 fragments were mixed to form a template, SOE-PCR was performed using ytcG-AF and ytcG-BR primers, and the 3 fragments were converted to (A)-( The DNA fragments were bound in the order of C)-(B) to obtain a 1.9 kb DNA fragment (see FIG. 1). Using this DNA fragment, Bacillus subtilis 168 strain was transformed by a competent method, and colonies grown on LB agar medium containing chloramphenicol were isolated as transformants. Furthermore, the genomic DNA was extracted from the obtained transformant, and the ytcG gene was replaced with the chloramphenicol resistance gene by PCR using this as a template. confirmed.
実施例2
実施例1と同様に、表2に示した各遺伝子-AFと各遺伝子-A/CmR、及び各遺伝子-B/CmFと各遺伝子-BRの各プライマーセットを用いて、ゲノム上のypuH,yjbI,clpX,ykrB,ywgA,galE,yqfF,yqhT,ylbO,ytqI,yjlC及びyllB各遺伝子の上流に隣接する0.5kb断片(A)、及び下流に隣接する0.5kb断片(B)をそれぞれ調製した。一方、プラスミドpC194(J.Bacteriol.,158,543,1984)を鋳型とし、表2に示した各遺伝子-CmFと各遺伝子-CmRのプライマーセットを用いて、クロラムフェニコール耐性遺伝子を含む0.9kb断片(C)を調製した。次に、得られた(A)(B)(C)3断片を混合して鋳型とし、各遺伝子-AFと各遺伝子-BRのプライマーを用いてSOE−PCRを行ない、3断片を(A)-(C)-(B)の順になる様に結合させ、1.9kbのDNA断片を得た(図1参照)。このDNA断片を用いてコンピテント法により枯草菌168株の形質転換を行い、クロラムフェニコールを含むLB寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。さらに、得られた形質転換体のゲノムDNAを調製し、これを鋳型とするPCRによって目的遺伝子がクロラムフェニコール耐性遺伝子と置換した遺伝子欠失株であることを確認した。
Similarly to Example 1, using each gene-AF and each gene-A / CmR shown in Table 2, and each gene-B / CmF and each gene-BR primer set, ypuH , yjbI on the genome , clpX, ykrB, ywgA, galE , yqfF, yqhT, ylbO, ytqI, yjlC and YllB 0.5kb fragment immediately upstream of each gene (a), and 0.5kb fragments adjacent to the downstream (B) was prepared. On the other hand, using plasmid pC194 (J. Bacteriol., 158, 543, 1984) as a template and using the gene-CmF and gene-CmR primer sets shown in Table 2, a 0.9 kb fragment containing the chloramphenicol resistance gene (C) was prepared. Next, the 3 fragments obtained (A), (B), and (C) were mixed to form a template, and SOE-PCR was performed using primers for each gene-AF and each gene-BR. -(C)-(B) were combined in this order to obtain a 1.9 kb DNA fragment (see FIG. 1). Using this DNA fragment, Bacillus subtilis 168 strain was transformed by a competent method, and colonies grown on LB agar medium containing chloramphenicol were isolated as transformants. Furthermore, genomic DNA of the obtained transformant was prepared, and it was confirmed by PCR using this as a template that the target gene was a gene deletion strain in which the chloramphenicol resistance gene was replaced.
実施例3
枯草菌168株から抽出したゲノムDNAを鋳型とし、表3に示した各遺伝子-AFと各遺伝子-A/CmR、及び各遺伝子-B/CmFと各遺伝子-BRの各プライマーセットを用いて、ゲノム上の欠失対象とするyqeK,yjbH,ybbR,yrzD,ymcA,ylbG,yhzC,ykzF,ykoA,yebD及びargH遺伝子の上流に隣接する1.0kb断片(A)、及び下流に隣接する1.0kb断片(B)をそれぞれ調製した。次に、プラスミドpC194を鋳型として、表3に示したCmFWとCmRVのプライマーセットを用いて、クロラムフェニコール耐性遺伝子を含む0.9kb断片(C)を調製した。さらに、得られた(A)(B)(C)3断片を混合して鋳型とし、各遺伝子-AFと各遺伝子-BRのプライマーセットを用いたSOE−PCRにより、3断片を(A)-(C)-(B)の順になる様に結合させ、2.9kbのDNA断片を得た(図1参照)。このDNA断片を用いてコンピテント法により枯草菌168株の形質転換を行い、クロラムフェニコールを含むLB寒天培地上に生育したコロニーを形質転換体として分離した。得られた形質転換体からゲノムDNAを抽出し、これを鋳型とするPCRによって標的とする遺伝子がクロラムフェニコール耐性遺伝子と置換した遺伝子欠失株であることを確認した。
Example 3
Using genomic DNA extracted from Bacillus subtilis 168 strain as a template, using each gene-AF and each gene-A / CmR and each gene-B / CmF and each gene-BR primer set shown in Table 3, YqeK , yjbH , ybbR , yrzD , ymcA , ylbG , yhzC , ykzF , ykoA , yebD and argH genes adjacent to the upstream of the 1.0 kb fragment (A), and the downstream 1.0 kb fragment to be deleted on the genome (B) was prepared respectively. Next, a 0.9 kb fragment (C) containing a chloramphenicol resistance gene was prepared using the plasmid pC194 as a template and the CmFW and CmRV primer sets shown in Table 3. Further, the obtained 3 fragments of (A), (B) and (C) were mixed to form a template, and SOE-PCR using each gene-AF and each gene-BR primer set was used to obtain 3 fragments as (A)- They were bound in the order of (C)-(B) to obtain a 2.9 kb DNA fragment (see FIG. 1). Using this DNA fragment, Bacillus subtilis 168 strain was transformed by a competent method, and colonies grown on LB agar medium containing chloramphenicol were isolated as transformants. Genomic DNA was extracted from the obtained transformant, and it was confirmed by PCR using this as a template that the target gene was a gene deletion strain substituted with a chloramphenicol resistance gene.
実施例4(セルラーゼ生産性評価)
実施例1〜3にて得られた各遺伝子欠失株、及び対照として枯草菌168株に、Bacillus属細菌 KSM-S237株(FERM BP-7875)由来のアルカリセルラーゼ遺伝子(特開2000-210081号公報)をコードするDNA断片(3.1kb)が、シャトルベクターpHY300PLKのBamHI制限酵素切断点に挿入された組換えプラスミドpHY-S237をプロトプラスト形質転換法によって導入した。これによって得られた菌株を5mLのLB培地で30℃で15時間振盪培養を行い、更にこの培養液0.6mLを30mLの2xL−マルトース培地(2%トリプトン、1%酵母エキス、1%塩化ナトリウム、7.5%マルトース、7.5ppm硫酸マンガン4-5水和物、15ppmテトラサイクリン)に接種し、30℃で3日間、振盪培養を行った。培養後、遠心分離によって菌体を除いた培養液上清のアルカリセルラーゼ活性を測定し、菌体外に分泌生産されたアルカリセルラーゼの量を求めた。この結果、表4に示した様に、宿主として各遺伝子欠失株を用いた場合、対照の168株(野生型)の場合と比較して高いアルカリセルラーゼの分泌生産が認められた。
Alkaline cellulase gene derived from Bacillus genus KSM-S237 strain (FERM BP-7875) to each gene deletion strain obtained in Examples 1 to 3 and Bacillus subtilis 168 strain as a control (JP 2000-210081) The recombinant plasmid pHY-S237 in which a DNA fragment (3.1 kb) encoding the publication was inserted into the shuttle vector pHY300PLK at the Bam HI restriction site was introduced by protoplast transformation. The obtained strain was shaken and cultured in 5 mL of LB medium at 30 ° C. for 15 hours, and 0.6 mL of this culture solution was further added to 30 mL of 2 × L-maltose medium (2% tryptone, 1% yeast extract, 1% sodium chloride, 7.5% maltose, 7.5ppm manganese sulfate 4-5 hydrate, 15ppm tetracycline) and shake culture at 30 ° C for 3 days. After culturing, the alkaline cellulase activity of the culture supernatant after removing the cells by centrifugation was measured, and the amount of the alkaline cellulase secreted and produced outside the cells was determined. As a result, as shown in Table 4, when each gene-deficient strain was used as a host, a higher secretory production of alkaline cellulase was observed compared to the control 168 strain (wild type).
実施例5(アミラーゼ生産性評価株)
実施例1〜3にて得られた各遺伝子欠失株、及び対照として枯草菌168株に、配列番号1に示されるアルカリセルラーゼ遺伝子のプロモーター領域とシグナル配列領域の下流に、配列番号5に示されるBacillus属細菌 KSM-K38株(FERM BP-6946)由来のアルカリアミラーゼ遺伝子(特開2000-184882号公報、Eur.J.Biochem.,268,2974,2001)の成熟酵素領域(Asp1-Gln480)をコードするDNA断片(1.5kb)を付加させたDNA断片(2.1kb)を、シャトルベクターpHY300PLKのBglII-XbaI制限酵素切断点に挿入した組換えプラスミドpHY-K38をプロトプラスト形質転換法によって導入した。これによって得られた菌株を5mLのLB培地で30℃で15時間振盪培養を行い、更にこの培養液0.6mLを30mLの2xL−マルトース培地(2%トリプトン、1%酵母エキス、1%塩化ナトリウム、7.5%マルトース、7.5ppm硫酸マンガン4-5水和物、15ppmテトラサイクリン)に接種し、30℃で7日間、振盪培養を行った。培養後、遠心分離によって菌体を除いた培養液上清のアルカリアミラーゼ活性を測定し、菌体外に分泌生産されたアルカリアミラーゼの量を求めた。この結果、表5に示した様に、宿主として各遺伝子欠失株を用いた場合、対照の168株(野生型)の場合と比較して高いアルカリアミラーゼの分泌生産が認められた。
Example 5 (Amylase productivity evaluation strain)
Each gene deletion strain obtained in Examples 1 to 3, and Bacillus subtilis 168 strain as a control, shown in SEQ ID NO: 5 downstream of the promoter region and signal sequence region of the alkaline cellulase gene shown in SEQ ID NO: 1. Bacillus genus KSM-K38 strain (FERM BP-6946) -derived alkaline amylase gene (JP 2000-184882, Eur. J. Biochem., 268, 2974, 2001) mature enzyme region (Asp1-Gln480) the encoding DNA fragment (1.5 kb) the added was a DNA fragment (2.1 kb), introducing a recombinant plasmid pHY-K38 were inserted into Bgl II- Xba I restriction enzyme cleavage point of a shuttle vector pHY300PLK by protoplast transformation method did. The obtained strain was shaken and cultured in 5 mL of LB medium at 30 ° C. for 15 hours, and 0.6 mL of this culture solution was further added to 30 mL of 2 × L-maltose medium (2% tryptone, 1% yeast extract, 1% sodium chloride, 7.5% maltose, 7.5ppm manganese sulfate 4-5 hydrate, 15ppm tetracycline) and shaking culture at 30 ° C for 7 days. After culturing, the alkaline amylase activity of the culture supernatant after removing the cells by centrifugation was measured, and the amount of alkaline amylase secreted and produced outside the cells was determined. As a result, as shown in Table 5, when each gene-deficient strain was used as a host, higher secretion of alkaline amylase was observed compared to the control 168 strain (wild type).
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