JP2005513999A - オリゴヌクレオチド識別子 - Google Patents
オリゴヌクレオチド識別子 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2005513999A JP2005513999A JP2002561064A JP2002561064A JP2005513999A JP 2005513999 A JP2005513999 A JP 2005513999A JP 2002561064 A JP2002561064 A JP 2002561064A JP 2002561064 A JP2002561064 A JP 2002561064A JP 2005513999 A JP2005513999 A JP 2005513999A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- protein
- immobilized
- oligonucleotide
- species
- binding
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims description 225
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims abstract description 232
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims abstract description 165
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 142
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims abstract description 14
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims abstract description 13
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 323
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 287
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 103
- 239000013545 self-assembled monolayer Substances 0.000 claims description 102
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 93
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims description 81
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 80
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 70
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 claims description 46
- 239000002184 metal Substances 0.000 claims description 46
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 42
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 39
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 39
- 239000002094 self assembled monolayer Substances 0.000 claims description 36
- 239000013522 chelant Substances 0.000 claims description 23
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 22
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 21
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 20
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 20
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 claims description 20
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 20
- 239000010931 gold Substances 0.000 claims description 17
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 claims description 17
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 claims description 16
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 16
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 16
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 16
- 239000013626 chemical specie Substances 0.000 claims description 15
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 15
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 15
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims description 13
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 claims description 12
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 claims description 11
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims description 11
- 239000000412 dendrimer Substances 0.000 claims description 10
- 229920000736 dendritic polymer Polymers 0.000 claims description 10
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 claims description 9
- 230000009141 biological interaction Effects 0.000 claims description 9
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 8
- 102000044158 nucleic acid binding protein Human genes 0.000 claims description 6
- 108700020942 nucleic acid binding protein Proteins 0.000 claims description 6
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims description 5
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 claims description 5
- 230000006916 protein interaction Effects 0.000 claims description 5
- 101710159080 Aconitate hydratase A Proteins 0.000 claims description 4
- 101710159078 Aconitate hydratase B Proteins 0.000 claims description 4
- 102000044126 RNA-Binding Proteins Human genes 0.000 claims description 4
- 101710105008 RNA-binding protein Proteins 0.000 claims description 4
- 108010058683 Immobilized Proteins Proteins 0.000 claims description 3
- 101710100170 Unknown protein Proteins 0.000 claims description 3
- 238000000099 in vitro assay Methods 0.000 claims 2
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 claims 1
- 229920000891 common polymer Polymers 0.000 claims 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 claims 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 abstract description 36
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 abstract description 12
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 abstract description 11
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 abstract description 8
- 230000004770 neurodegeneration Effects 0.000 abstract description 8
- 208000015122 neurodegenerative disease Diseases 0.000 abstract description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 5
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 4
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 abstract description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 abstract 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 253
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 192
- 239000000084 colloidal system Substances 0.000 description 58
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 29
- 150000003573 thiols Chemical group 0.000 description 21
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 19
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 18
- 239000000047 product Substances 0.000 description 18
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 16
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 15
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 14
- 102000005720 Glutathione transferase Human genes 0.000 description 14
- 108010070675 Glutathione transferase Proteins 0.000 description 14
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 14
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 14
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical group [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 108010001515 Galectin 4 Proteins 0.000 description 12
- 102100039556 Galectin-4 Human genes 0.000 description 12
- KTWOOEGAPBSYNW-UHFFFAOYSA-N ferrocene Chemical group [Fe+2].C=1C=C[CH-]C=1.C=1C=C[CH-]C=1 KTWOOEGAPBSYNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 11
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 10
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 9
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 9
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 9
- 230000006854 communication Effects 0.000 description 9
- RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N glutathione Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N 0.000 description 9
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 8
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 8
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 8
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 8
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 8
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 8
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 8
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 8
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 7
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 7
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 7
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 7
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 7
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 7
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 7
- MGFYIUFZLHCRTH-UHFFFAOYSA-N nitrilotriacetic acid Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CC(O)=O MGFYIUFZLHCRTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 7
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 6
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 6
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 6
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 6
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 6
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 5
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 5
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 5
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 5
- YXIWHUQXZSMYRE-UHFFFAOYSA-N 1,3-benzothiazole-2-thiol Chemical compound C1=CC=C2SC(S)=NC2=C1 YXIWHUQXZSMYRE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 4
- 108010024636 Glutathione Proteins 0.000 description 4
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 4
- 150000001356 alkyl thiols Chemical class 0.000 description 4
- -1 antibodies / haptens Proteins 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 229960003180 glutathione Drugs 0.000 description 4
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 4
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 4
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 4
- 239000000696 magnetic material Substances 0.000 description 4
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 4
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 4
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 239000002356 single layer Substances 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 3
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 3
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 3
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000002933 Thioredoxin Human genes 0.000 description 3
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 3
- 239000003124 biologic agent Substances 0.000 description 3
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 3
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 229940000406 drug candidate Drugs 0.000 description 3
- 238000000840 electrochemical analysis Methods 0.000 description 3
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 3
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 3
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 3
- 239000002070 nanowire Substances 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 3
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 3
- 229920002704 polyhistidine Polymers 0.000 description 3
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 3
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 3
- 108060008226 thioredoxin Proteins 0.000 description 3
- 229940094937 thioredoxin Drugs 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005977 Ethylene Substances 0.000 description 2
- 108010058643 Fungal Proteins Proteins 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 2
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 2
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Malonic acid Chemical compound OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 2
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 230000005672 electromagnetic field Effects 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 2
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000010282 redox signaling Effects 0.000 description 2
- 238000011896 sensitive detection Methods 0.000 description 2
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 2
- SUKJFIGYRHOWBL-UHFFFAOYSA-N sodium hypochlorite Chemical compound [Na+].Cl[O-] SUKJFIGYRHOWBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 229910052723 transition metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000003624 transition metals Chemical class 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JRNVQLOKVMWBFR-UHFFFAOYSA-N 1,2-benzenedithiol Chemical compound SC1=CC=CC=C1S JRNVQLOKVMWBFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZEMPKEQAKRGZGQ-AAKVHIHISA-N 2,3-bis[[(z)-12-hydroxyoctadec-9-enoyl]oxy]propyl (z)-12-hydroxyoctadec-9-enoate Chemical compound CCCCCCC(O)C\C=C/CCCCCCCC(=O)OCC(OC(=O)CCCCCCC\C=C/CC(O)CCCCCC)COC(=O)CCCCCCC\C=C/CC(O)CCCCCC ZEMPKEQAKRGZGQ-AAKVHIHISA-N 0.000 description 1
- CNDCQWGRLNGNNO-UHFFFAOYSA-N 2-(2-sulfanylethoxy)ethanethiol Chemical compound SCCOCCS CNDCQWGRLNGNNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZMRFRBHYXOQLDK-UHFFFAOYSA-N 2-phenylethanethiol Chemical compound SCCC1=CC=CC=C1 ZMRFRBHYXOQLDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 108010077805 Bacterial Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 108020004703 Cruciform DNA Proteins 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 108700020911 DNA-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical group OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012413 Fluorescence activated cell sorting analysis Methods 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 101001120056 Homo sapiens Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 108010068964 Intracellular Signaling Peptides and Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000001702 Intracellular Signaling Peptides and Proteins Human genes 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000000470 PDZ domains Human genes 0.000 description 1
- 108050008994 PDZ domains Proteins 0.000 description 1
- 102100026169 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102000009097 Phosphorylases Human genes 0.000 description 1
- 108010073135 Phosphorylases Proteins 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 229910021607 Silver chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 1
- 101710159648 Uncharacterized protein Proteins 0.000 description 1
- NNJWFWSBENPGEY-UHFFFAOYSA-N [2-(sulfanylmethyl)phenyl]methanethiol Chemical compound SCC1=CC=CC=C1CS NNJWFWSBENPGEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 238000005054 agglomeration Methods 0.000 description 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000012062 aqueous buffer Substances 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000036770 blood supply Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 210000004671 cell-free system Anatomy 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000000919 ceramic Substances 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 238000000749 co-immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 1
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 1
- 230000006957 competitive inhibition Effects 0.000 description 1
- 230000006835 compression Effects 0.000 description 1
- 238000007906 compression Methods 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- ZHYHKXNRKQTQFP-UHFFFAOYSA-N cyclopenta-1,3-diene cyclopenta-1,3-diene-1-thiol iron(2+) Chemical compound [Fe++].c1cc[cH-]c1.Sc1ccc[cH-]1 ZHYHKXNRKQTQFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 238000005034 decoration Methods 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000001066 destructive effect Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000000835 electrochemical detection Methods 0.000 description 1
- 238000002848 electrochemical method Methods 0.000 description 1
- 239000008151 electrolyte solution Substances 0.000 description 1
- 230000005670 electromagnetic radiation Effects 0.000 description 1
- 238000000572 ellipsometry Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 108091006047 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 1
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000005462 in vivo assay Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 239000011810 insulating material Substances 0.000 description 1
- 230000006831 intrinsic signaling Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000013011 mating Effects 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000012907 medicinal substance Substances 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 239000002159 nanocrystal Substances 0.000 description 1
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000002858 neurotransmitter agent Substances 0.000 description 1
- 229910052755 nonmetal Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002843 nonmetals Chemical class 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 210000002741 palatine tonsil Anatomy 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 108091006059 phosphorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 230000010399 physical interaction Effects 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 230000029279 positive regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000004845 protein aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000002331 protein detection Methods 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- WHMDPDGBKYUEMW-UHFFFAOYSA-N pyridine-2-thiol Chemical compound SC1=CC=CC=N1 WHMDPDGBKYUEMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000000682 scanning probe acoustic microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 238000007789 sealing Methods 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000008054 signal transmission Effects 0.000 description 1
- HKZLPVFGJNLROG-UHFFFAOYSA-M silver monochloride Chemical compound [Cl-].[Ag+] HKZLPVFGJNLROG-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940126586 small molecule drug Drugs 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 229920002994 synthetic fiber Polymers 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N triton Chemical compound [3H+] GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N 0.000 description 1
- 230000005641 tunneling Effects 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000004832 voltammetry Methods 0.000 description 1
- 238000001086 yeast two-hybrid system Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B30/00—Methods of screening libraries
- C40B30/04—Methods of screening libraries by measuring the ability to specifically bind a target molecule, e.g. antibody-antigen binding, receptor-ligand binding
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B82—NANOTECHNOLOGY
- B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
- B82Y30/00—Nanotechnology for materials or surface science, e.g. nanocomposites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1055—Protein x Protein interaction, e.g. two hybrid selection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/531—Production of immunochemical test materials
- G01N33/532—Production of labelled immunochemicals
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6842—Proteomic analysis of subsets of protein mixtures with reduced complexity, e.g. membrane proteins, phosphoproteins, organelle proteins
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6845—Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Nanotechnology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Condensed Matter Physics & Semiconductors (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Materials Engineering (AREA)
- Composite Materials (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
Description
本出願は、2000年11月15日に出願された米国仮特許出願第60/248,863号,2000年11月22日に出願された第60/252,650号,2001年1月15日に出願された英国特許出願第0101054.5号、2001年3月19日に出願された米国仮特許出願第60/276,995号、2001年6月29日に出願された第60/302,231号、2001年10月3日に出願された60/326,937号、および2001年10月3日に出願された60/327,089号に基づく優先権を主張する。
本発明は、生体分子および化学的相互作用の迅速、ハイスループット、特異的および高感度な検出および分析のための方法、アッセイ、および成分に関し、より具体的には、これらおよび他のアッセイに関与する物の識別のための識別子に関する。
2000年7月27日に公開された国際特許出願第PCT/US00/01504号はコロイドに関連する各種アッセイについて記載する。
本発明は、化学的および生物学的分析に使用するための一連の方法、成分、キットなどを提供する。具体的には、化学的または生物学的種間の結合相互作用、たとえば蛋白質間の結合相互作用を研究するための技術を提供する。本発明は、種間の相互作用のハイスループットな多重スクリーニングを可能にする。すなわち、結合パートナー候補が順番にスクリーニングされる以前の技術とは対照的に、多数の相互作用を同時にスクリーニングすることができる。ハイスループットな多重スクリーニングがin vitroで実行できることは、本発明の重要な利点である。
別の方法は、表面に対して固定された化学的または生物学的種を化学的または生物学相互作用に関与させることを含む。相互作用に関与した化学的または生物学的種の同定は、表面に結合したオリゴヌクレオチド識別子を同定することにより、場合によっては相互作用パートナーのそれぞれに結合した2つのオリゴヌクレオチド識別子に特有の結合を同定することにより確認することができる。結合した識別子を同定することにより、相互作用対を独自に同定する。一態様において、識別子は、アッセイ中にそれが同定する蛋白質をコードするオリゴヌクレオチドであってもよい。
本発明の別の方法は、核酸から蛋白質を発現すること、および蛋白質およびオリゴヌクレオチドをお互いに固定することを含む。
別の態様において、本発明のキットは、蛋白質およびお互いに固定されるか、お互いに固定されるように適合した、蛋白質をコードするオリゴヌクレオチド識別子、結合した蛋白質の結合パートナーを持つ実体を含む。
国際特許出願第PCT/US00/01997号,01/25/00出願、Bamdadら、“Rapid and Sensitive Detection of Aberrant Protein Aggregation in Neurodegenerative Diseases”(07/27/00にWO 00/43791として公開)、国際特許出願第PCT/US00/0150号,01/21/00出願、Bamdadら、“Interaction of Colloid−Immobilized Species with Species on Non−Colloidal Structures”(07/27/00にWO00/34783として公開);および共有の同時係属中の米国特許出願第09/602,778号、08/03/00号、Bamdadら、“Rapid and Sensitive Detection of ProteinAggregation”はすべて参照として本明細書に援用する。
本明細書で使用する“コロイド”は、ナノ粒子、すなわち非常に小さい、自己懸濁可能、または液体に懸濁可能な粒子を意味し、それらはすなわち、たとえば無機もしくは有機、高分子、セラミック、半導体、金属(たとえば金)、非金属、結晶質、非晶質、または組合せのような物質からなるものを含む。一般に、本発明に従って使用されるコロイド粒子は、任意の面が250nmより小さい断面のもの、より一般的には任意の面が100nmより小さい断面のもの、そして大部分の場合、断面が約2〜30nmのものである。本発明の用途に適切なコロイドの1クラスは断面が10〜30nmで、別のものは断面が約2〜10nmである。本明細書で使用するこの用語は生化学の分野で通例使用される定義を含む。
“試料”という用語は、生物学的供与源(“生物学的試料”)または生物学的もしくは非生物学的な任意の他の媒体由来である、任意の細胞、組織、もしくは液体を表し、それらは本発明に従って好都合に評価してもよく、以下のものを含むがそれらに限定されない:人間の患者から採取した生物学的試料、動物から採取した試料、人間の消費用の食物から採取した試料、家畜飼料のような動物での消費用の食物を含む試料、ミルク、臓器移植試料、血液供給のための血液試料、上水道由来の試料など。試料の一例として、候補薬物の効果を確認するために薬物が投与されているヒトまたは動物から採取された試料が挙げられる。
本明細書で使用する“分子ワイヤ”は、液体がSAM‐被覆電極と電気的に連絡するために電極と接触する能力を高めるワイヤを意味する。これには、電気伝導性分子、または電極と連絡できるようにSAMに欠陥を生じることができる分子が挙げられる。付加的な分子ワイヤのリストには、2−メルカプトピリジン、2−メルカプトベンゾチアゾール、ジチオスレイトール、1,2−ベンゼンジチオール、1,2−ベンゼンジメタンチオール、ベンゼン‐エタンチオール、および2−メルカプトエチルエーテルが挙げられるが、それらに限定的されない。単分子膜の伝導性はまた、電極の平面で伝導性を促進する分子の添加により高めることができる。伝導性SAMsは、以下のものからなるが、それらに限定されない:1)硫黄で停止するポリ(エチニルフェニル)鎖;2)ベンゼン環で停止するアルキルチオール;3)DNA塩基で停止するアルキルチオール;4)単分子膜中に不十分に収まった、いずれかの硫黄停止種;5)非特異的吸着を阻害するためのエチレングリコール単位またはメチル基のいずれかで停止する、上記のプラスまたはマイナスアルキルチオールスペーサー分子のすべて。本明細書にMF1:
あるいは、相互作用種の単離は自動的に行うことができる。蛍光またはリン光部分を持つビーズは当業者に公知の技術であるFACS(蛍光分析細胞ソーティング)系を使用して選択し、単離することが可能である。
図3では、本発明の別の態様を説明する。チップ240は複数の化学的または生物学的種244〜250などが固定される表面242を含む。それぞれが化学的または生物学的種254およびオリゴヌクレオチド識別子256を持つコロイド粒子252に表面を暴露すると、図に示すように種246および256間に結合が生じる。その後、局所的な開裂および識別子256による識別、または局所的なPCRまたはハイブリダイゼーションが結合を識別することができる。コロイドに結合した同一でない種と種244〜250が同一であってもよく、またはコロイドに結合した同一の種と種244〜250が異なってもよく、または表面に結合した種およびコロイドに結合した種の両方が異なっていてもよい。
任意の事象において、いったん種126と134間の結合が生じると(たとえばコロイド粒子の凝集が起きるときのピンクから青への色彩変化の検出により)、種126、または134、または両方の実体が決定される。次に図11では、識別子124および132は、相互作用ハイブリダイゼーション識別子136に相補的である配列を一緒に定義する。これが事例である場合、識別子136は識別子124および132の組合せに結合するであろう。これは、各種相互作用ハイブリダイゼーション識別子がアッセイに添加される場合に起こり、それぞれはコロイド粒子に固定されたオリゴヌクレオチド識別子の異なる潜在的組合せに対応する。蛋白質または小分子のような2つの種だけが結合に関してアッセイされる場合、ただ一つの相補的配列だけが添加される必要があるだろう。
この実施例は、促進された電子的連絡を含むSAMを形成する能力を証明する。SAMは第1の、堅く充填された種、および電子的連絡に対するSAMの透過性を促進する異なる分子構造の第2の種の混合物を含む表面上に形成される。欠陥、または開口がSAMに形成され、表面が暴露される液体が表面と電気的に連絡する。とりわけ、全体として、SAMに関して破壊的な構造を有するある硫黄含有小化合物がSAMに安定して組み込まれ、そして電子に対するより高い透過性が証明された。本実施例は、表面を相対的に伝導性にし、細胞増殖を支持できることを表す。
本実施例は固定されたシグナル伝達実体および固定された蛋白質を有するコロイド粒子の有用性を証明する。(図18参照)。
以下の予言的実施例は、蛋白質‐蛋白質相互作用の大規模な並行分析をどのように行うかを説明し、蛋白質の特徴が不明の場合とりわけ有用である。ここで、本方法はヒトプロテオームの蛋白質相互作用マップを解明するために使用される。プロテオームの蛋白質のサブセット、または全セットは粒子の組への発現された蛋白質の結合を促進するために、親和性タグとともに発現される。粒子に固定された蛋白質は一緒にプールされ、相互作用を可能にする。相互作用対は、反復磁気選択/希釈手順により、プールされた混合物から選択される。選択/希釈手順後、相互作用パートナーの実体が確認される。選択段階は、非相互作用蛋白質を分析する必要を取り除くことにより、問題の複雑さを軽減する。
プロテオームのそれぞれの蛋白質メンバーをコードするDNA配列は細菌の蛋白質発現ベクターに挿入される。発現ベクターは、親和性タグ、この場合(His)6、Gal4コンセンサス配列の直列反復、および蛋白質識別配列に隣接する2配列を持ち、PCRプライマーはそれに結合する。ヒスチジンタグは、発現された蛋白質の粒子への結合を促進する。Gal4コンセンサス配列は、認識モチーフと粒子に固定されたイーストDNA結合ドメイン間の相互作用により、コーディングDNAを粒子に結合するために作用し、この場合それはGST‐Gal4融合蛋白質である。Gal4(aa′1〜100)のDNA結合ドメインはコンセンサス配列
CH Instruments(Austin,TX)の電気化学的分析機を使用して、磁気ビーズ上に固定された種と、やはり酸化還元活性金属を持つコロイド上に固定された種間の相互作用を検出する。装置は多重検出を容易にするために改変される。この場合、酸化還元活性金属はフェロセン誘導体である。電極アレイのパッドは個々にアドレス可能であり、作用電極として作用する。この場合、パッドは金で被覆し、伝導性自己組織化単分子膜で誘導体化する。Ag対Ag/Cl参照電極はPt補助電極と共に使用する。電極は交流ボルタンメトリー(ACV)を使用して、周波数10Hz,過電圧25mVで読みとる。
300〜500電極パッド110を有する電極アレイ100(図19)は、Ni++を金で覆うことにより構築する。電極パッドは端から50〜500ミクロンにあり、個々にアドレス可能なHelmholtz(ヘルムホルツ)電磁石120の組間にはさまれ、磁場グラジエントが補充されるように作製し、そしてパッド表面に磁気ビーズを保持することができる(図19参照)。磁気ビーズを表面から離し、洗い流すか、または分配することを所望する場合、電流の方向は磁場をゼロに操作するために反対になる。相互作用容器が電磁石アレイから熱的に分離し、熱が溶液中の蛋白質を変性させないことを確実にするために、絶縁材料130の層が電磁石と相互作用容器140の間に置かれる。
全プロテオームの蛋白質相互作用マップを作製するために、プロテオームをサブセットに分割する必要があり、次に、サブセット毎の相互作用が試験される。約50,000の対象となる蛋白質があると仮定すると、プロテオームはそれぞれ1000蛋白質からなる50の組に分割される。1000蛋白質それぞれの群は、1000の群毎の相互作用に関して試験され、結果として50X50マトリクスまたは2500の異なる実験を生じる。各サブセットの蛋白質の数が、それぞれのアレイの電極パッドの数を決定する。それぞれの蛋白質が単一の結合パートナーを有すると仮定する場合、50の蛋白質のサブセットの一つとの相互作用に関して試験すると、それぞれの蛋白質はそのパートナーを見出す1/50のチャンスを有する。しかし、それぞれの蛋白質はおそらく平均して5つの適切な結合パートナーを有し、サブセット内で結合パートナーを発見する確率は1/10に上昇する。それは、1つのプールされた相互作用混合物中の2000蛋白質に対して、200が陽性シグナルとして送達されることを意味し、電極アレイが300〜500パッドを有するべきであることを意味する。非特異的結合事象からの低レベルのシグナルは、適切なバインダーによる競合的阻害のために最小である。しかし、偽陽性の発生はシグナル閾値が設定されれば最小化され、閾値以下のシグナルは陰性として計数される。相対的親和性は、第1結合種および第2結合種の相互作用の程度と、第1および第2結合種が結合する第3標的蛋白質との比較により決定される。
この予言的実施例は、結合パートナー候補の大きなプールから、どのようにして単一標的蛋白質と相互作用する蛋白質を識別するかを記載する。大きなプール由来の蛋白質は実施例30に記載のように製造し、シグナル伝達ナノ粒子上にだけ固定される。標的蛋白質は1組の磁気ビーズ上に固定される。標的蛋白質の実体は既知のため、そのコーディングDNAを共固定することは必要でない。相互作用パートナーは上記のように電気化学的分析により選択される。
本実施例は単一の標的蛋白質の結合パートナーをどのように識別するかについて記載する。標的蛋白質は直径4〜25ミクロンの1組のビーズ上に固定される。結合パートナー候補は、上記のように作製されるか、またはcDNAライブラリーから作製されてもよく、それらは蛍光シグナル伝達部分を持つナノ粒子上にそれらのコーディングDNAと一緒に共固定される。ビーズに固定された蛋白質がナノ粒子上に固定された種と相互作用する場合、ビーズは蛍光ナノ粒子により装飾され、FACS(蛍光活性化細胞ソーティング)分析により単離することが可能であり、その後それぞれの相互作用種毎に結合したDNAは配列決定され、結合パートナーが同定される。
Claims (118)
- 以下のことを含む方法:
化学種または生物学種を表面に対して固定し、化学的または生物学的な相互作用に関与させること;および
表面に結合したオリゴヌクレオチド識別子を同定することにより、化学的または生物学的な相互作用における化学種または生物学種の関与を確認すること。 - 前記表面が金を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記表面が金コロイド粒子の表面である、請求項2に記載の方法。
- 前記化学種または生物学種が自己組織化単分子膜により表面に対し固定される、請求項3に記載の方法。
- 前記化学種または生物学種が金属結合タグ/金属/キレート結合により表面に固定される、請求項1に記載の方法。
- 前記固定段階において、オリゴヌクレオチド識別子が表面に固定され、前記確認段階が、表面からオリゴヌクレオチド識別子を離し、その後オリゴヌクレオチド識別子を同定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記固定段階において、オリゴヌクレオチド識別子が自己組織化単分子膜により表面に固定される、請求項6に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチド識別子を蛍光配列決定法により同定することを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記固定段階が以下のことを含む請求項1に記載の方法:
第1の種が第1表面に固定され、第2表面に固定された第2の種に生物学的に結合すること;
第2表面に対して第1表面の固定化を確認すること;および
前記固定段階中に、第2アーティクルの表面に固定されたオリゴヌクレオチド識別子を同定することにより、第2表面に固定された種を同定すること。 - 第1および第2アーティクルのそれぞれがコロイド粒子である、請求項9に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子に相補的な第1部分および第2オリゴヌクレオチド識別子に相補的な第2部分を有する、相補的なオリゴヌクレオチドを同定することにより、オリゴヌクレオチド識別子を同定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 以下のことを含む請求項1に記載の方法:
第1の化学種または生物学種を第1アーティクルの表面に対して固定し、第2アーティクルの表面に対して固定された第2の化学種または生物学種と化学的または生物学的に相互作用させること;および
第1アーティクルの表面に固定された第1オリゴヌクレオチド識別子、および第2アーティクルの表面に固定された第2オリゴヌクレオチド識別子の組合せに相補的である相互作用ハイブリダイゼーション識別子を同定することにより、化学的または生物学的相互作用を確認すること。
- 以下のことを含む請求項12に記載の方法:
第1コロイド粒子、第1コロイド粒子に固定された第1の種、および第1コロイド粒子に固定された第1オリゴヌクレオチド識別子、第2コロイド粒子、第2コロイド粒子に固定された第2の種、および第2コロイド粒子に固定された第2オリゴヌクレオチド識別子を提供すること;
第1および第2の種を生物学的に結合させて、第1および第2コロイド粒子をお互いに固定し、第1オリゴヌクレオチド識別子と第2オリゴヌクレオチド識別子を接近させること;
第1および第2オリゴヌクレオチド識別子の組合せに相補的である、相互作用ハイブリダイゼーション識別子を第1および第2オリゴヌクレオチド識別子に暴露し、相互作用ハイブリダイゼーション識別子を第1および第2オリゴヌクレオチド識別子に結合させること;および
相互作用ハイブリダイゼーション識別子を同定し、それによって第1および第2オリゴヌクレオチド識別子を同定し、そしてそれによって生物学的結合を同定すること。 - 同定段階の前に、任意のハイブリダイズされないオリゴヌクレオチドを非活性化することを含む、請求項13に記載の方法。
- 以下のものを含むキット:
表面を有するアーティクル;
表面に固定されるか、または固定されるように適合した、化学的または生物学的相互作用に関与することができる、化学種または生物学種;および
表面に固定されるか、または固定されるように適合したオリゴヌクレオチド識別子。 - アーティクルがコロイド粒子である、請求項15に記載のキット。
- アーティクルが第1アーティクルであり、化学種または生物学種が第1化学種または生物学種であり、そしてオリゴヌクレオチド識別子が第1オリゴヌクレオチド識別子であり、さらに以下のものを含む請求項15に記載のキット:
表面を有する第2アーティクル;
第2表面に固定されるか、または固定されるように適合した、化学的または生物学的相互作用に関与することができる、化学種または生物学種;および
表面に固定されるか、または固定されるように適合させた第2オリゴヌクレオチド識別子。 - 第1および第2アーティクルのそれぞれがコロイド粒子である、請求項17に記載のキット。
- 第1および第2化学種または生物学種のそれぞれが、金属結合タグ/金属/キレート結合により、それぞれ第1または第2表面に固定されるか、固定されるように適合した、請求項17に記載のキット。
- 第1および第2化学種または生物学種ならびに第1および第2オリゴヌクレオチド識別子のそれぞれが、自己組織化単分子膜形成種により、第1または第2表面に固定されるか、固定されるように適合した、請求項19に記載のキット。
- 第1および第2オリゴヌクレオチド識別子の組合せに相補的である、相互作用ハイブリダイゼーション識別子をさらに含む、請求項17に記載のキット。
- それぞれが粒子を結合パートナーに結合させる化学的または生物学的官能基を持ち、そしてそれぞれがオリゴヌクレオチド識別子に固定された相補的なオリゴヌクレオチドへの結合のために構築された同一のオリゴヌクレオチドリンカーを持つ、複数の粒子を含むキット。
- 以下のものを含む組成物:
化学的または生物学的相互作用に関与できる化学種または生物学種;
リボソームではないリンカー種;および
化学種または生物学種およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがリンカー種に固定されるか、または固定されるように適合した、オリゴヌクレオチド識別子。 - 以下のものを含む組成物:
蛋白質;
リボソームではないリンカー種;および
蛋白質をコードするオリゴヌクレオチド識別子、ここで蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれはリンカー種に対して固定されるか、または固定されるように適合する。 - リンカー種がナノ粒子であり、蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがナノ粒子の表面に対して固定されるか、固定されるように適合した、請求項24に記載の組成物。
- リンカー種がチップであり、蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがチップの表面に対して固定されるか、固定されるように適合した、請求項24に記載の組成物。
- リンカー種がポリマーであり、蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがポリマーの表面に対して固定されるか、固定されるように適合した、請求項24に記載の組成物。
- リンカー種がデンドリマーであり、蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがデンドリマーの表面に対して固定されるか、固定されるように適合した、請求項24に記載の組成物。
- リンカー種がRNA結合蛋白質であり、蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがRNA結合蛋白質の表面に対して固定されるか、固定されるように適合した、請求項24に記載の組成物。
- リンカー種がDNA結合蛋白質であり、蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子のそれぞれがDNA結合蛋白質に対して固定されるか、固定されるように適合した、請求項24に記載の組成物。
- 蛋白質をコードするオリゴヌクレオチド識別子および蛋白質の結合パートナーをコードする第2オリゴヌクレオチド識別子の両方に相補的なキメラオリゴソリューションをさらに含む、請求項24に記載の組成物。
- 以下のものを含むキット:
表面;
表面に対して固定されるか、または表面に対して固定されるように適合した蛋白質;および
表面に対して固定されるか、または表面に対して固定されるように適合した蛋白質をコードする、オリゴヌクレオチド識別子。 - 少なくとも表面の一部が自己組織化単分子膜により被覆された、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質のそれぞれが自己組織化単分子膜により共通表面に対して固定されるか、または固定されるように適合した、請求項33に記載のキット。
- 表面が補充可能な粒子の表面である、請求項32に記載のキット。
- 表面が磁気ビーズの表面である、請求項32に記載のキット。
- 表面がコロイド粒子の表面である、請求項32に記載のキット。
- 表面がチップの表面である、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が、表面に固定されるか、または固定されるように適合したオリゴヌクレオチド配列にハイブリダイズされるか、またはハイブリダイズ可能である、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が、表面に固定された自己組織化単分子膜の部分を形成するオリゴヌクレオチド配列にハイブリダイズされるか、ハイブリダイズ可能である、請求項39に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がプラスミドDNAを含む請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現ベクターを含む、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が線状DNAを含む、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現鋳型を含む、請求項43に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がポリメラーゼ連鎖反応の産物を含む、請求項43に記載のキット
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現鋳型を含む、請求項45に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現鋳型を含む、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が核酸結合蛋白質により表面に固定されるか、または固定されるように適合した、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子が認識蛋白質による表面への結合を促進するように改変された、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がビオチン化されて、ストレプトアビジンによる表面への結合を促進する、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がDNA結合蛋白質により表面に固定されるか、または固定されるように適合した、請求項47に記載のキット。
- 少なくともオリゴヌクレオチド識別子および蛋白質の一つに対して固定されるか、または固定されるように適合したシグナル伝達実体をさらに含んでなる、請求項32に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がシグナル伝達実体を含むように改変された、請求項52に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がシグナル伝達実体により改変されたプライマーを使用してPCTにより産生される、請求項53に記載のキット。
- オリゴヌクレオチド識別子がPCR部位を含む、請求項32に記載のキット。
- 表面に対して固定されるか、または表面に対して固定されるように適合した蛋白質がオリゴヌクレオチド識別子から発現される、請求項32に記載のキット。
- 以下のものを含むキット:
ポリマーまたはデンドリマー;
ポリマーまたはデンドリマーに対して固定されるか、またはポリマーまたはデンドリマーに対して固定されるように適合した蛋白質;および
ポリマーまたはデンドリマーに対して固定されるか、またはポリマーまたはデンドリマーに対して固定されるように適合した蛋白質をコードする、オリゴヌクレオチド識別子。 - お互いに対して固定されるか、お互いに対して固定されるように適合した、蛋白質および蛋白質をコードするオリゴヌクレオチド識別子を含む組成物。
- 以下のものを含むキット:
お互いに対して固定されるか、お互いに対して固定されるように適合した、蛋白質および蛋白質をコードするオリゴヌクレオチド識別子;
および
固定された蛋白質の結合パートナーを持つ実体。 - 実体がそれに固定された複数の蛋白質結合パートナーを持つことができる、請求項59に記載のキット。
- 実体がそれに固定された複数の蛋白質結合パートナーを持つ、請求項59に記載のキット。
- 実体が補充可能な粒子である、請求項59に記載のキット。
- 実体が磁気ビーズである、請求項59に記載のキット。
- 実体がコロイド粒子である、請求項59に記載のキット。
- 実体がチップの表面である、請求項59に記載のキット。
- 結合パートナーに固定されるか、固定されるように適合したオリゴヌクレオチド識別子をさらに含む、請求項59に記載のキット。
- 蛋白質が融合蛋白質である、請求項59に記載のキット。
- 蛋白質が結合パートナーおよび親和性タグを含む、請求項66に記載のキット。
- 以下のことを含む方法:
オリゴヌクレオチドにより蛋白質を発現すること;
蛋白質およびオリゴヌクレオチドをお互いに対して固定すること。 - オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質のそれぞれが共通表面に対して固定されるか、または固定されるように適合した、請求項69に記載の方法。
- 少なくとも表面の一部が自己組織化単分子膜により被覆される、請求項70に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質のそれぞれが自己組織化単分子膜により共通表面に対して固定されるか、または固定されるように適合した、請求項71に記載の方法。
- 表面が補充可能な粒子の表面である、請求項69に記載の方法。
- 表面が磁気ビーズの表面である、請求項73に記載の方法
- 表面がコロイド粒子の表面である、請求項73に記載の方法
- 表面がチップの表面である、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質のそれぞれが共通ポリマーに対して固定されるか、または固定されるように適合した、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質のそれぞれが共通デンドリマーに対して固定されるか、または固定されるように適合した、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子が、表面に固定されるか、または固定されるように適合した、オリゴヌクレオチド配列にハイブリダイズするか、またはハイブリダイズ可能である、請求項70に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子がプラスミドDNAを含む、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現ベクターを含む、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子が線状DNAを含む、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現鋳型を含む、請求項82に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子がポリメラーゼ連鎖反応の産物を含む、請求項82に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子が蛋白質発現鋳型を含む、請求項84に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子が核酸結合蛋白質により表面に固定されるか、または固定されるように適合した、請求項70に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子がDNA結合蛋白質により表面に固定されるか、または固定されるように適合した、請求項86に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質が、それぞれが固定される共通表面が無い場合お互いに対して固定されるか、または固定されるように適合した、請求項69に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド識別子および蛋白質の少なくとも一つに対して固定されるか、または固定されるように適合したシグナル伝達実体をさらに含む、請求項88に記載の方法。
- 実体がそれに固定された蛋白質の結合パートナーを持つ、かかる実体に蛋白質を暴露することをさらに含む、請求項88に記載の方法。
- 実体がそれに固定された、蛋白質の複数の結合パートナーを持つことができる、かかる実体に蛋白質を暴露することをさらに含む、請求項90に記載の方法。
- 実体がそれに固定された、複数の蛋白質の結合パートナーを持つ、かかる実体に蛋白質を暴露することをさらに含む、請求項90に記載の方法。
- 実体が補充可能な粒子である、請求項90に記載の方法。
- 実体が磁気ビーズである、請求項90に記載の方法。
- 実体がコロイド粒子である、請求項90に記載の方法。
- 表面がチップの表面である、請求項90に記載の方法。
- 結合パートナーに固定されるか、または固定されるように適合したオリゴヌクレオチド識別子をさらに含む、請求項90に記載の方法。
- 蛋白質が融合蛋白質である、請求項69に記載の方法。
- 蛋白質が結合パートナーおよび親和性タグを含む、請求項98に記載の方法。
- 蛋白質およびオリゴヌクレオチド識別子に対して固定されたシグナル伝達実体をさらに含む、請求項98に記載の方法。
- シグナル伝達実体が融合蛋白質の部分である、請求項100に記載の方法。
- 以下のことを含む方法:
化学種または生物学種が化学的または生物学的相互作用に関与すること;および
オリゴヌクレオチド識別子を同定することにより、化学的または生物学的相互作用における化学種または生物学種の関与を確認すること、ここでオリゴヌクレオチド識別子は化学種または生物学種をコードする。 - cDNAライブラリーの成分および表面への結合を促進する官能基を含む、核酸ライブラリーを作製すること。
- 核酸ライブラリーの産物がin vitroアッセイで使用される、cDNAライブラリーの成分および官能基を含む、前記核酸ライブラリーを作製すること。
- cDNAライブラリーの成分および核酸結合蛋白質が結合する配列を含む、核酸ライブラリーを作製すること。
- cDNAライブラリーの成分および表面への結合を促進するための官能基を含む、プラスミドのライブラリーを作製すること。
- プラスミドのライブラリーの産物がin vitroアッセイで使用される、cDNAライブラリーの成分および官能基を含む、前記プラスミドのライブラリーを作製すること。
- cDNAライブラリーの成分および核酸結合蛋白質が結合する配列を含む、プラスミドライブラリーを作製すること。
- cDNAライブラリーの成分、DNA結合ドメインをコードする配列およびコードされたDNA結合ドメインが結合する複数の配列を含む、核酸またはプラスミドのライブラリーを作製すること。
- cDNAライブラリーの成分、DNA結合ドメインをコードする配列およびコードされたDNA結合ドメインが結合する複数の配列を含む、核酸またはプラスミドのライブラリーを作製すること、ここで結合モチーフ配列はレポーター遺伝子に近接しない。
- 以下のものを含むキット:
少なくとも1つのコロイド粒子;
少なくとも1つの磁気ビーズ;
少なくとも1つのコロイド粒子への固定に適合した、少なくとも1つの蛋白質認識モチーフ;および
少なくとも1つのビーズへの固定に適合した性状が未知の蛋白質または薬物。 - 少なくとも1つのビーズへの固定に適合したDNAをさらに含む、請求項111に記載のキット。
- 性状が未知の蛋白質をDNAがコードする、請求項112に記載のキット。
- 以下のことを含む方法:
それぞれが固定された蛋白質認識モチーフを持つ複数のコロイド粒子を、固定された、性状が未知の蛋白質または薬物を有するビーズに暴露すること;
蛋白質認識モチーフおよび性状が未知の蛋白質または薬物間の相互作用により少なくとも1つの粒子のビーズへの固定を確認すること。 - 性状が未知の蛋白質または薬物がどの蛋白質認識モチーフに結合するかを確認することにより、その実体を確認することをさらに含む、請求項114に記載の方法。
- ビーズに結合した識別子を検出することにより未知の蛋白質または薬物の存在が確認される請求項115に記載の方法であって、性状が未知の蛋白質または薬物に識別子が対応する前記方法。
- 識別子がDNAである、請求項116に記載の方法。
- 性状未知の蛋白質をDNAがコードする、請求項117の方法。
Applications Claiming Priority (8)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US24886300P | 2000-11-15 | 2000-11-15 | |
US25265000P | 2000-11-22 | 2000-11-22 | |
GB0101054A GB0101054D0 (en) | 2001-01-15 | 2001-01-15 | Oligonucleotide tag coding for protein it identifies |
US27699501P | 2001-03-19 | 2001-03-19 | |
US30223101P | 2001-06-29 | 2001-06-29 | |
US32693701P | 2001-10-03 | 2001-10-03 | |
US32708901P | 2001-10-03 | 2001-10-03 | |
PCT/US2001/045845 WO2002061129A2 (en) | 2000-11-15 | 2001-11-15 | Oligonucleotide identifiers |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010023936A Division JP5466029B2 (ja) | 2000-11-15 | 2010-02-05 | オリゴヌクレオチド識別子 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2005513999A true JP2005513999A (ja) | 2005-05-19 |
JP4516273B2 JP4516273B2 (ja) | 2010-08-04 |
Family
ID=27562583
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002561064A Expired - Fee Related JP4516273B2 (ja) | 2000-11-15 | 2001-11-15 | オリゴヌクレオチド識別子 |
JP2010023936A Expired - Lifetime JP5466029B2 (ja) | 2000-11-15 | 2010-02-05 | オリゴヌクレオチド識別子 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010023936A Expired - Lifetime JP5466029B2 (ja) | 2000-11-15 | 2010-02-05 | オリゴヌクレオチド識別子 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20020164611A1 (ja) |
EP (2) | EP2360275B1 (ja) |
JP (2) | JP4516273B2 (ja) |
CA (1) | CA2428732C (ja) |
WO (1) | WO2002061129A2 (ja) |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017015715A (ja) * | 2013-02-15 | 2017-01-19 | ヴィブラント ホールディングス リミテッド ライアビリティ カンパニー | 増幅された電気化学発光検出のための方法および組成物 |
US10006909B2 (en) | 2012-09-28 | 2018-06-26 | Vibrant Holdings, Llc | Methods, systems, and arrays for biomolecular analysis |
US10286376B2 (en) | 2012-11-14 | 2019-05-14 | Vibrant Holdings, Llc | Substrates, systems, and methods for array synthesis and biomolecular analysis |
US10486129B2 (en) | 2012-02-07 | 2019-11-26 | Vibrant Holdings, Llc | Substrates, peptide arrays, and methods |
US11168365B2 (en) | 2017-05-26 | 2021-11-09 | Vibrant Holdings, Llc | Photoactive compounds and methods for biomolecule detection and sequencing |
JP2023504836A (ja) * | 2019-12-06 | 2023-02-07 | バイオ-ラッド ラボラトリーズ インコーポレイテッド | サンプル処理バーコード付きビーズ組成物、方法、製造方法およびシステム |
US11865542B2 (en) | 2017-08-29 | 2024-01-09 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System and method for isolating and analyzing cells |
Families Citing this family (57)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050148101A1 (en) * | 1999-01-23 | 2005-07-07 | Bamdad Cynthia C. | Interaction of colloid-immobilized species with species on non-colloidal structures |
WO2001078709A2 (en) * | 2000-04-12 | 2001-10-25 | Minerva Biotechnologies Corporation | Treatment of neurodegenerative disease |
US7615340B2 (en) | 2000-10-03 | 2009-11-10 | Minerva Biotechnologies Corporation | Electronic detection of interaction and detection of interaction based on the interruption of flow |
WO2002039999A2 (en) * | 2000-11-15 | 2002-05-23 | Minerva Biotechnologies Corporation | Use of suramine, l-histidine, quisqualic acid or d-cycloserine for angiogenesis inhibition |
US7015047B2 (en) * | 2001-01-26 | 2006-03-21 | Aviva Biosciences Corporation | Microdevices having a preferential axis of magnetization and uses thereof |
JP2005501238A (ja) * | 2001-08-31 | 2005-01-13 | ミナーヴァ・バイオテクノロジーズ・コーポレーション | アフィニティタグで改変された粒子 |
US7176036B2 (en) * | 2002-09-20 | 2007-02-13 | Arrowhead Center, Inc. | Electroactive microspheres and methods |
JP4300325B2 (ja) * | 2003-03-14 | 2009-07-22 | 財団法人北九州産業学術推進機構 | 生体物質固定化チップおよびその利用 |
KR20080011308A (ko) * | 2005-06-01 | 2008-02-01 | 올림푸스 가부시키가이샤 | 핵산의 검출 방법 |
CN100371713C (zh) * | 2006-01-13 | 2008-02-27 | 东南大学 | 金或银纳米粒子的表面功能化及比色检测生物分子的方法 |
KR20100076802A (ko) * | 2008-12-26 | 2010-07-06 | 삼성전자주식회사 | Dna 분자를 포함하는 막이 형성된 마이크로어레이 및 그의 제조 방법 |
US8741558B2 (en) * | 2009-02-04 | 2014-06-03 | Wake Forest University | Compositions, methods, and kits for identifying candidate molecules from encoded chemical libraries |
WO2011112512A1 (en) * | 2010-03-09 | 2011-09-15 | Brookhaven Science Associates | Arbitrary assembly of nano-objects into designed 1d and 2d arrays |
US20190300945A1 (en) | 2010-04-05 | 2019-10-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially Encoded Biological Assays |
PT2556171E (pt) | 2010-04-05 | 2015-12-21 | Prognosys Biosciences Inc | Ensaios biológicos codificados espacialmente |
US10787701B2 (en) | 2010-04-05 | 2020-09-29 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
US9746466B2 (en) | 2011-12-23 | 2017-08-29 | Nanomedica Llc | Integrated compound discovery systems and methods |
LT3013983T (lt) | 2013-06-25 | 2023-05-10 | Prognosys Biosciences, Inc. | Erdviniai koduoti biologiniai tyrimai, naudojant mikrofluidinį įrenginį |
US20150004599A1 (en) * | 2013-06-27 | 2015-01-01 | Verizon Patent And Licensing Inc. | Real-time dna-based identity solution |
CN113186256A (zh) | 2015-04-10 | 2021-07-30 | 空间转录公司 | 生物样本的空间区别、多重核酸分析 |
WO2017127556A1 (en) * | 2016-01-20 | 2017-07-27 | Cdi Laboratories, Inc. | Methods and compositions to identify, quantify, and characterize target analytes and binding moieties |
US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
SG11202105824RA (en) | 2018-12-10 | 2021-06-29 | 10X Genomics Inc | Imaging system hardware |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
WO2020243579A1 (en) | 2019-05-30 | 2020-12-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
WO2021092433A2 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
WO2021091611A1 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing |
AU2020412766A1 (en) | 2019-12-23 | 2022-06-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using RNA-templated ligation |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11821035B1 (en) | 2020-01-29 | 2023-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods of making gene expression libraries |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
US11835462B2 (en) | 2020-02-11 | 2023-12-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for partitioning a biological sample |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
US11926863B1 (en) | 2020-02-27 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells |
US11768175B1 (en) | 2020-03-04 | 2023-09-26 | 10X Genomics, Inc. | Electrophoretic methods for spatial analysis |
MY193934A (en) * | 2020-04-11 | 2022-11-02 | Univ Malaya | A device for profiling and identifying an oligonucleotide |
ES2965354T3 (es) | 2020-04-22 | 2024-04-12 | 10X Genomics Inc | Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana |
WO2021236929A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
AU2021275906A1 (en) | 2020-05-22 | 2022-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
WO2021247568A1 (en) | 2020-06-02 | 2021-12-09 | 10X Genomics, Inc. | Spatial trancriptomics for antigen-receptors |
AU2021283174A1 (en) | 2020-06-02 | 2023-01-05 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid library methods |
EP4162074B1 (en) | 2020-06-08 | 2024-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
EP4165207A1 (en) | 2020-06-10 | 2023-04-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
AU2021294334A1 (en) | 2020-06-25 | 2023-02-02 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of DNA methylation |
US11981960B1 (en) | 2020-07-06 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis utilizing degradable hydrogels |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
US11981958B1 (en) | 2020-08-20 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using DNA capture |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
WO2022140028A1 (en) | 2020-12-21 | 2022-06-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
EP4301870A1 (en) | 2021-03-18 | 2024-01-10 | 10X Genomics, Inc. | Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample |
EP4196605A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-06-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998004740A1 (en) * | 1996-07-29 | 1998-02-05 | Nanosphere Llc | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
JPH10507357A (ja) * | 1994-10-13 | 1998-07-21 | リンクス セラピューティクス, インコーポレイテッド | 分子タグ化システム |
WO1999045149A1 (en) * | 1998-03-04 | 1999-09-10 | Lifespan Biosciences, Inc. | Tagged ligand arrays for identifying ligand-target interactions |
WO2000033079A1 (en) * | 1998-11-30 | 2000-06-08 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles with polymer shells |
Family Cites Families (39)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB8417301D0 (en) * | 1984-07-06 | 1984-08-08 | Serono Diagnostics Ltd | Assay |
KR910007824B1 (ko) * | 1989-10-25 | 1991-10-02 | 한국과학기술원 | 포도당과 과당측정용 바이오센서의 제조방법 |
US5294369A (en) * | 1990-12-05 | 1994-03-15 | Akzo N.V. | Ligand gold bonding |
US5639603A (en) * | 1991-09-18 | 1997-06-17 | Affymax Technologies N.V. | Synthesizing and screening molecular diversity |
ES2097925T3 (es) * | 1991-09-18 | 1997-04-16 | Affymax Tech Nv | Metodo para sintetizar diversas colecciones de oligomeros. |
US5565324A (en) * | 1992-10-01 | 1996-10-15 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
DE4309333A1 (de) * | 1993-03-17 | 1994-09-22 | Silica Gel Gmbh | Superparamagnetische Teilchen, Verfahren zu ihrer Herstellung und Verwendung derselben |
US5922624A (en) * | 1993-05-13 | 1999-07-13 | Imec Vzw | Method for semiconductor processing using mixtures of HF and carboxylic acid |
US5922545A (en) * | 1993-10-29 | 1999-07-13 | Affymax Technologies N.V. | In vitro peptide and antibody display libraries |
FR2715847B1 (fr) * | 1994-02-08 | 1996-04-12 | Rhone Poulenc Rorer Sa | Composition contenant des acides nucléiques, préparation et utilisations. |
US5728590A (en) * | 1994-07-29 | 1998-03-17 | Nanoprobes, Inc. | Small organometallic probes |
US5620850A (en) * | 1994-09-26 | 1997-04-15 | President And Fellows Of Harvard College | Molecular recognition at surfaces derivatized with self-assembled monolayers |
DE69630514D1 (de) * | 1995-01-05 | 2003-12-04 | Univ Michigan | Oberflächen-modifizierte nanopartikel und verfahren für ihre herstellung und verwendung |
US6319670B1 (en) * | 1995-05-09 | 2001-11-20 | Meso Scale Technology Llp | Methods and apparatus for improved luminescence assays using microparticles |
US5620820A (en) | 1995-10-12 | 1997-04-15 | Xerox Corporation | Four color toner set |
US20020172953A1 (en) * | 1996-07-29 | 2002-11-21 | Mirkin Chad A. | Movement of biomolecule-coated nanoparticles in an electric field |
US6361944B1 (en) * | 1996-07-29 | 2002-03-26 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
US6582921B2 (en) * | 1996-07-29 | 2003-06-24 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses thereof |
AU3916997A (en) * | 1996-08-19 | 1998-03-06 | Vivorx Pharmaceuticals, Inc. | Methods for the production of protein particles useful for delivery of pharmacological agents |
US6117631A (en) * | 1996-10-29 | 2000-09-12 | Polyprobe, Inc. | Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates |
US5922553A (en) * | 1996-11-21 | 1999-07-13 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Method of detecting protein by immuno RNA |
US5958703A (en) * | 1996-12-03 | 1999-09-28 | Glaxo Group Limited | Use of modified tethers in screening compound libraries |
PT971946E (pt) * | 1997-01-21 | 2006-11-30 | Gen Hospital Corp | Selecção de proteínas utilizando fusões arn-proteína |
US6306584B1 (en) * | 1997-01-21 | 2001-10-23 | President And Fellows Of Harvard College | Electronic-property probing of biological molecules at surfaces |
ATE321849T1 (de) * | 1997-04-23 | 2006-04-15 | Univ Zuerich | Verfahren zur erkennung von nucleinsäuremolekülen codierend für (poly)peptide, welche mit zielmolekülen interagieren |
WO1998056363A1 (en) * | 1997-06-13 | 1998-12-17 | The Johns Hopkins University | Knobby nanospheres |
US6974669B2 (en) * | 2000-03-28 | 2005-12-13 | Nanosphere, Inc. | Bio-barcodes based on oligonucleotide-modified nanoparticles |
US5922617A (en) * | 1997-11-12 | 1999-07-13 | Functional Genetics, Inc. | Rapid screening assay methods and devices |
CA2323638A1 (en) * | 1998-04-03 | 1999-10-14 | Phylos, Inc. | Addressable protein arrays |
US6399302B1 (en) * | 1998-08-21 | 2002-06-04 | University Of Virginia Patent Foundation | Signal generating oligonucleotide-based biosensor |
WO2000024941A1 (en) * | 1998-10-27 | 2000-05-04 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Detection of target analytes using particles and electrodes |
WO2000027365A1 (en) * | 1998-11-10 | 2000-05-18 | Biocrystal Limited | Functionalized nanocrystals and their use in detection systems |
US5942609A (en) * | 1998-11-12 | 1999-08-24 | The Porkin-Elmer Corporation | Ligation assembly and detection of polynucleotides on solid-support |
WO2000034783A1 (en) | 1998-12-08 | 2000-06-15 | Smithkline Beecham Corporation | Methods of screening for agonists and antagonists of the hdpxu17 receptor |
EP2320231A3 (en) | 1999-01-23 | 2012-07-18 | Minerva Biotechnologies Corporation | Assays involving sam-modified colloids and non-colloidal structures |
CA2361013A1 (en) * | 1999-01-25 | 2000-07-27 | Minerva Biotechnologies Corporation | Rapid and sensitive detection of aberrant protein aggregation in neurodegenerative diseases |
US6355431B1 (en) * | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US7615340B2 (en) * | 2000-10-03 | 2009-11-10 | Minerva Biotechnologies Corporation | Electronic detection of interaction and detection of interaction based on the interruption of flow |
WO2002039999A2 (en) * | 2000-11-15 | 2002-05-23 | Minerva Biotechnologies Corporation | Use of suramine, l-histidine, quisqualic acid or d-cycloserine for angiogenesis inhibition |
-
2001
- 2001-11-15 US US10/004,275 patent/US20020164611A1/en not_active Abandoned
- 2001-11-15 WO PCT/US2001/045845 patent/WO2002061129A2/en active Application Filing
- 2001-11-15 EP EP10184188.0A patent/EP2360275B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2001-11-15 EP EP01997037.5A patent/EP1348034B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2001-11-15 CA CA2428732A patent/CA2428732C/en not_active Expired - Lifetime
- 2001-11-15 JP JP2002561064A patent/JP4516273B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2004
- 2004-01-13 US US10/756,802 patent/US20050053964A1/en not_active Abandoned
-
2010
- 2010-02-05 JP JP2010023936A patent/JP5466029B2/ja not_active Expired - Lifetime
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH10507357A (ja) * | 1994-10-13 | 1998-07-21 | リンクス セラピューティクス, インコーポレイテッド | 分子タグ化システム |
WO1998004740A1 (en) * | 1996-07-29 | 1998-02-05 | Nanosphere Llc | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
WO1999045149A1 (en) * | 1998-03-04 | 1999-09-10 | Lifespan Biosciences, Inc. | Tagged ligand arrays for identifying ligand-target interactions |
WO2000033079A1 (en) * | 1998-11-30 | 2000-06-08 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles with polymer shells |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
JPN6008028915, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, Vol.90, pp.10700−10704 * |
JPN6008028917, Anal. Chem., 1996, Vol.68, pp.490−497 * |
JPN6009007133, Nucleic Acids Research, 1993, Vol.21, No.1, pp.99−103 * |
Cited By (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11565231B2 (en) | 2012-02-07 | 2023-01-31 | Vibrant Holdings, Llc | Substrates, peptide arrays, and methods |
US10486129B2 (en) | 2012-02-07 | 2019-11-26 | Vibrant Holdings, Llc | Substrates, peptide arrays, and methods |
US10006909B2 (en) | 2012-09-28 | 2018-06-26 | Vibrant Holdings, Llc | Methods, systems, and arrays for biomolecular analysis |
US10175234B2 (en) | 2012-09-28 | 2019-01-08 | Vibrant Holdings, Llc | Methods, systems, and arrays for biomolecular analysis |
US11815512B2 (en) | 2012-09-28 | 2023-11-14 | Vibrant Holdings, Llc | Methods, systems, and arrays for biomolecular analysis |
US10746732B2 (en) | 2012-09-28 | 2020-08-18 | Vibrant Holdings, Llc | Methods, systems, and arrays for biomolecular analysis |
US11674956B2 (en) | 2012-09-28 | 2023-06-13 | Vibrant Holdings, Llc | Methods, systems, and arrays for biomolecular analysis |
US10286376B2 (en) | 2012-11-14 | 2019-05-14 | Vibrant Holdings, Llc | Substrates, systems, and methods for array synthesis and biomolecular analysis |
US10799845B2 (en) | 2012-11-14 | 2020-10-13 | Vibrant Holdings, Llc | Substrates, systems, and methods for array synthesis and biomolecular analysis |
US10816553B2 (en) | 2013-02-15 | 2020-10-27 | Vibrant Holdings, Llc | Methods and compositions for amplified electrochemiluminescence detection |
JP2017015715A (ja) * | 2013-02-15 | 2017-01-19 | ヴィブラント ホールディングス リミテッド ライアビリティ カンパニー | 増幅された電気化学発光検出のための方法および組成物 |
US11168365B2 (en) | 2017-05-26 | 2021-11-09 | Vibrant Holdings, Llc | Photoactive compounds and methods for biomolecule detection and sequencing |
US11865542B2 (en) | 2017-08-29 | 2024-01-09 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System and method for isolating and analyzing cells |
JP2023504836A (ja) * | 2019-12-06 | 2023-02-07 | バイオ-ラッド ラボラトリーズ インコーポレイテッド | サンプル処理バーコード付きビーズ組成物、方法、製造方法およびシステム |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP5466029B2 (ja) | 2014-04-09 |
WO2002061129A3 (en) | 2003-06-26 |
CA2428732C (en) | 2018-07-31 |
EP2360275B1 (en) | 2018-03-28 |
US20020164611A1 (en) | 2002-11-07 |
EP1348034A2 (en) | 2003-10-01 |
WO2002061129A2 (en) | 2002-08-08 |
EP1348034B1 (en) | 2016-07-20 |
JP2010142244A (ja) | 2010-07-01 |
JP4516273B2 (ja) | 2010-08-04 |
EP2360275A1 (en) | 2011-08-24 |
US20050053964A1 (en) | 2005-03-10 |
CA2428732A1 (en) | 2002-08-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4516273B2 (ja) | オリゴヌクレオチド識別子 | |
JP4223804B2 (ja) | 磁力でのInSitu希釈法 | |
AU2001296579A1 (en) | Magnetic in situ dilution | |
EP1147416B1 (en) | Assays involving colloids and non-colloidal structures | |
US20050148101A1 (en) | Interaction of colloid-immobilized species with species on non-colloidal structures | |
CA2413932A1 (en) | Interaction of colloid-immobilized species with species on non-colloidal structures | |
JP4335526B2 (ja) | コロイド構造体および非コロイド構造体による結合スピーシーズの検出 | |
US20050202402A1 (en) | Tandem signaling assay | |
US20060024230A1 (en) | Customized therapeutics and in situ diagnostics | |
US20050064446A1 (en) | Detection of binding species with colloidal and non-colloidal structures | |
AU2002248159A1 (en) | Oligonucleotide identifiers | |
AU2012202818A1 (en) | Detection of binding species with colloidal and non-colloidal structures | |
AU2001270140A1 (en) | Interaction of colloid-immobilized species with species on non-colloidal structures |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A072 | Dismissal of procedure [no reply to invitation to correct request for examination] |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A072 Effective date: 20050405 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20080611 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20080902 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20080909 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20081211 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20090216 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090511 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090518 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090817 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20091005 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100205 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20100401 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20100420 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20100514 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Ref document number: 4516273 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130521 Year of fee payment: 3 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130521 Year of fee payment: 3 |
|
S531 | Written request for registration of change of domicile |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313531 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130521 Year of fee payment: 3 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |