JP2004513650A - メチル化状態を検出することによる毒物学的診断方法 - Google Patents
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Abstract
本発明は毒物学的診断方法に関する。
【解決手段】予め、調べる物質の毒物学的作用に曝された生物または培養細胞から前記生物または培養細胞のDNAを含む試料を取り出し、この試料に含まれるDNAを化学的に前処理し、処理されて変化したDNAの部分の塩基配列を決定する。次いで、試料に特徴的なメチル化状態またはメチル化標本を決定する。他の試料のメチル化状態のデータとの比較によって、前記調べる物質の生物または培養細胞への影響が決められるか/または他の物質との毒物学的観点を比較する。
【解決手段】予め、調べる物質の毒物学的作用に曝された生物または培養細胞から前記生物または培養細胞のDNAを含む試料を取り出し、この試料に含まれるDNAを化学的に前処理し、処理されて変化したDNAの部分の塩基配列を決定する。次いで、試料に特徴的なメチル化状態またはメチル化標本を決定する。他の試料のメチル化状態のデータとの比較によって、前記調べる物質の生物または培養細胞への影響が決められるか/または他の物質との毒物学的観点を比較する。
Description
【0001】
近年の分子生物学における手法的開発による研究的観察水準は遺伝子自体、この遺伝子のRNAの解読、そこから発生する蛋白である。個々の開発過程でどの遺伝子が評価されるか、そして、いかにして、特定の細胞および組織における特定の遺伝子の活動及び阻害が制御されるか、は遺伝子またはゲノムのメチル化の程度及び性格と関連づけることができる。個々の遺伝子またはゲノムの変化させられたメチル化サンプルにおいて、病気の状態が表現される。
【0002】
本発明においては、毒物学的関与のある遺伝子のメチル化状態が決定され、その際得られるメチル化サンプルのデータ同時に把握される。対応する対照試料とサンプルとの比較によって、物質の毒物学的特性に包含された予測をすることができる。更に、本発明は調べる遺伝子のメチル化位置の広範囲の解析を可能にする方法を提案する。
【従来の技術】
【0003】
化学物質の毒物学的判定は、現状では、殆ど動物実験によって行なわれている。動物実験は倫理的問題を孕み、且つ経費が高額になる。毒物学的結論をよりよく評価するために、遺伝子発現の解析法の使用が増加している。このような発端はこれまでは本質的にメッセンジャーRNAの解析に頼っていた。なかんずく、DNAチップ使用によれば、数千の遺伝子について、その転写性の変換に関しても同時に研究できる。他方、遺伝子発現の変化から、特定の毒物学的パラメーターを決定することができる(Stoughton R.et al.、U.S.6132969)。
【0004】
5−メチルシトシンは真核生物の細胞のDNAの頻繁に共有変換される塩基である。これは例えば、遺伝子刷り込み及び腫瘍遺伝子での転写規制においてある役割を演じる。遺伝情報の構成成分としての5−メチルシトシンの同定は、だから、非常に興味ある問題である。5−メチルシトシンは、シトシンと同じ塩基対挙動を示すので、5−メチルシトシンの位置は配列によっては同定できない。PCR増幅では5−メチルシトシンを含む後生的情報は完全に失われる。
【0005】
比較的新しく、そうこうするうちに頻繁に使われだした、DNAの5−メチルシトシン研究方法は、シトシンと重亜硫酸塩との特殊な反応である。その反応に続いて、アルカリ加水分解によりウラシルに変換され、これは、塩基対挙動がチミジンに対応する。これに対し、5−メチルシトシンはこの条件下で反応しない。元来、ハイブリッド化挙動によってはシトシンと区別できないメチルシトシンが、今や、“通常”の分子生物学的手法により、唯一、シトシンのままで、例えば、増幅及びハイブリッド化または配列によって証明され得る。これら全ての技術は現在完全に利用されている塩基対に基づくものである。従来技術で、感度に関しては、調べるDNAをアガロースマトリックス中に封じこめて、それにより拡散及びDNAの変性(重亜硫酸塩が単鎖DNAとのみ反応する)が妨げられ、全ての沈殿及び精製行程が迅速な透析に置き換えられる(Olek、A.et al.、Nucl.Acids.Res.1996、24、5064−5066)。この方法によって、方法の潜在力が具体化され、個々の細胞が調べられるようになる。勿論、個々の領域で、これまでに約3000塩基対長までが調べられたが、メチル化解析による数千の広範囲の細胞の調査は不可能である。勿論この方法は僅少量の試料からの非常に小さい断片の信頼性ある解析はできない。この試料が拡散防止措置にも拘らず、マトリックスを通ってロスされる。
【0006】
他の、5−メチルシトシンを実証する、公知の可能性の概観は下記の外観論文から得られる。Rein、T.、DePamphilis、M.L.、Zorbas、H.、Nucleic Acids Res.1998、26、2255。
【0007】
重亜硫酸塩技術はこれまで僅かの例外で、研究のために使用されていた(例えば、Zechnik、M.et al、Eur.J.Hum.Gen.1997、5、94 ̄98)。しかし、公知の遺伝子の特殊な短い断片が重亜硫酸塩処理により増幅され、相補的に配列されるか(Olek、A.und Walter、J.、Nat.Genet.1997、17、275−276)、または個々のシトシン位置が“プライマー伸長反応”(Gonzalgo、M.L.und Jones、P.A.、Nucl.Acids.Res.1997、25、2529−2531、WO−特許9500669)または一つの酵素断片(Xong、Z.und Laird、P.W.、Nucl.Acids.Res.1997、25、2532−2534)が証明される。それについては、ハイブリッド化による証明が記載されている(Olek et al.、WO9928498)。
【0008】
更に、個々の遺伝子のメチル化への重亜硫酸技術の適用が記載されている刊行物は、Xong、Z.und Laird、P.W.(1997)、Nucl.Acids.Res.25、2532; Gonzalgo、M.L.und Jones、P.A.(1997)、Nucl.Acid.Res.25、2529;Grigg、S.und Clark、S.(1994)、Bioassays 16、431; Zechnik、M.et al.(1997)、Human Molecular.Genetics 6、387;Teil、R.et al.(1994)、Nucl.Acids.Res.22、695;Martin、V.et al.(1995)、Gene 157、261;WO 9746705、WO 9515373 und WO 45560。
【0009】
オリゴマーアレーの従来の製造技術の概観は1999年1月に出されたネイチャージェネチックスの特別号(Nature Genetics Supplement、Volume 21、January 1999)及びそこで引用された文献から得られる。
【0010】
固定されたDNA−アレーの調査のために、多重蛍光マーカーをふされたゾンデが使用される。特に、好適な蛍光マーカーはゾンデの5−OHに単一のCy3及びCy5色素を付与することである。ハイブリッド化ゾンデの蛍光体の検出は例えば、コンフォカール顕微鏡で行われる。Cy3及びCy5色素及び他の色素も市販されている。
【0011】
マトリックス−補助レーザー脱離/イオン化−質量分析(MALDI−TOF)は分子生物学の分析において極めて有力な開発手段である[Kras、M.und Hillenkamp、F.(1998)、分子量10000を超える蛋白質のレーザー脱離イオン化。Anal.Chem.60:2299−2301]。被分析物は光吸収性マトリックスに埋め込まれる。短時間のレーザー照射により、マトリックスが蒸発し、被分析分子は断片から気相に運ばれる。マトリクス分子の衝撃によって、被分析物のイオン化が達成される。電圧をかけられ、イオンは飛行管中へと加速される。異なる重量毎にイオンは異なる強さで加速される。小さいイオンは大きいイオンよりも早く検知器に到達する。
【0012】
ゲノムDNAは標準法により、細胞、組織または他の試験試料から得られる。この標準法はフリッチェアンドマニアチス出版の分子クローン:研究手引き、1989年のような参考文献に記載されている。
【0013】
現在の技術では、毒物学的診断のためのメチル化位置に関する大量の試料を扱うことはできない。
【0014】
【発明の課題】
本発明は毒物学的に関連する遺伝子のメチル化状態による診断に好適な方法を提供するものである。本発明は、特に、毒物学的に関連する遺伝子の発現の変化による、シトシンのメチル化状態に基づく診断に好適であるとの知見に基づくものである。
【0015】
本発明は、特定の物質の毒物学的特徴(特性)の判定の方法に関する。試験対象物質による影響によって、ゲノムDNAのメチル化状態またはメチル化サンプルに生じた特殊な変化を検出(検知)することに基づく。
【0016】
本発明におけるメチル化状態は特定のDNA試料のシトシン塩基のメチル化状態を言う。
【0017】
その毒性を調べる物質に予め曝した特定の生物または培養細胞から、その特定の生物または培養細胞のDNAを含む試料を採取する。
【0018】
解析するゲノムDNAは、好ましくは、通常、DNAの供給源、例えば、細胞列、生検、血液、喀痰、便、尿、脳脊髄液;パラフィン埋め込み組織、例えば、眼、腸、腎臓、脳、心臓、前立腺、肺、乳房または肝臓の組織;組織の顕微鏡スライドガラス及びこれらから得られる全ての可能な組み合わせから得られる。
【0019】
本発明の方法の第一段階では、メチル化シトシン塩基が前記DNA試料の中の他の連続する塩基の一つに変化するように処理する。次いで、前記処理されたDNA試料の連続する塩基が決定され、試料に特徴的なメチル化状態またはメチル化サンプルが決定される。最終的に、得られたメチル化状態またはメチル化サンプルと、他の試料のメチル化状態またはメチル化サンプルとを比較して、生物または培養細胞への、使用された物質の影響が決定されるか及び/または他の物質の影響とが交互に比較される。
【0020】
本発明の方法の第一段階では、特定のゲノムDNA試料が、5’−位置の非メチル化シトシン塩基がウラシル、チミンまたは、ハイブリッド化挙動がシトシンのそれに類似していない他の塩基に変換されるように、化学処理される。これは、以下で、化学的前処理下に理解される。
【0021】
上記ゲノムDNAの処理は好ましくは、重亜硫酸塩(亜硫酸水素塩、重亜硫酸塩)で処理され、次いで、アルカリ加水分解処理される。これにより、非メチル化シトシンヌクレオ塩基がウラシルに変化する。
【0022】
本発明の方法の第二段階では、化学処理されたDNAの一部の連続塩基が決められ、資料に特徴的なメチル化状態が決められる。
【0023】
本発明の方法の第二段階では、好ましくは、次ぎに、化学的に前処理されたゲノムDNA断片はプライマーオリゴヌクレオチッドによって増幅される。
【0024】
好ましくは、塩基対長が100〜2000の異なる10種類以上のの断片が増幅される。
【0025】
本発明の方法の好ましい一態様では、増幅はポリメラーゼ連鎖反応により行なわれる。その際、熱安定性DNAポリメラーゼを使用することが好ましい。
【0026】
本発明の方法においては、多数のDNA断片の増幅が一つの反応容器で行なわれることが好ましい。
【0027】
本発明の方法の好ましい一態様では、プライマーオリゴヌクレオチッドの一揃いは、少なくとも二つのオリゴヌクレオチッドからなり、その配列は、その都度逆相補的であるか、または調べる遺伝子の配列の中の、少なくとも18塩基対長の断片と同一である。プライマーオリゴヌクレオチッドはCpGジヌクレオチッドを含まないことが好ましい。
【0028】
化学的に前処理されたDNAの特定の断片の増幅のために、使用される二つのプライマーオリゴヌクレオチッドのうちの少なくとも一つが同定可能なマーカーを含むことが好ましい。
【0029】
本発明の方法においては、増幅産物のマーカーとして、蛍光マーカーを使用することが好ましい。
【0030】
本発明の方法においては、増幅産物のマーカーとして、放射性核種を使用することが好ましい。
【0031】
本発明の方法においては、増幅産物のマーカーとして、質量分析計で実証可能な類型的な質量の、可溶性分子断片を使用することが好ましい。
【0032】
本発明の方法においては、増幅産物、増幅産物の断片または増幅産物に相補的なゾンデが質量分析計で実証可能であることが好ましい。
【0033】
本発明の方法においては、質量分析計の検出感度改善のため生成した断片が個々に陽または陰の正味の電荷を示すことが好ましい。
【0034】
本発明の方法においては、検出をマトリックス−補助レーザー脱離/イオン化質量分析(MALDI)またはエレクトロシュプレー質量分析(ESI)によって実施し、または映像化することが好ましい。
【0035】
本発明の方法においては、増幅時に、少なくとも一つのプライマーオリゴヌクレオチッドが固相に結合することが好ましい。
【0036】
本発明の方法においては、ゾンデオリゴヌクレオチッドまたはPNAオリゴマーが固相の一定の位置に結合することが好ましい。
【0037】
本発明の方法においては、更に、異なるオリゴヌクレオチッド及び/またはPNAオリゴマー配列が固相の平面上に直角形または六角形状の格子形に配置されることが好ましい。
【0038】
本発明の方法においては、固相表面がシリカ、ガラス、ポリスチロール、アルミニウム、鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金からなることが好ましい。
【0039】
本発明の方法の第三段階では、増幅産物が少なくとも10オリゴヌクレオチッドの一揃いまたはPNAオリゴマーゾンデにハイブリッド化される。増幅物は、固相に結合するオリゴヌクレオチッドにハイブリッド化される試料としての役割を果たす。本発明においては、ハイブリッド化の下で、試料DNAにおいて、ワトソンクリックの塩基対のように、オリゴヌクレオチッドの二本鎖構造の形成時完全に相補的な配列に結合することが理解される。次いで、非ハイブリッド化断片が除去される。
【0040】
前記オリゴヌクレオチッドは13ヌクレオチッド長の少なくとも一つの塩基配列を含み、これは逆相補的であるかまたは調べる遺伝子の塩基配列の断片と同じである。CpGジヌクレオチッドのシトシンは13merの5末端の5〜9ヌクレオチッドであることが観察される。各CpGジヌクレオチッド毎に一つのオリゴヌクレオチッドが存在する。
【0041】
前記PNAオリゴマーは13ヌクレオチッド長の少なくとも一つの塩基配列を含み、これは逆相補的であるかまたは調べる遺伝子の塩基配列の断片と同じである。この遺伝子は少なくとも、一つのCpGジヌクレオチッドを含む。CpGジヌクレオチッドのシトシンは9merの5末端の4〜6ヌクレオチッドであることが観察される。各CpGジヌクレオチッド毎に一つのオリゴヌクレオチッドが存在する。
【0042】
本発明の方法の第四段階では、ハイブリッド化されない増幅産物が除去される。
【0043】
本発明の方法の最終段階では、ハイブリッド化された増幅産物が検出される。
【0044】
本発明の方法においては、一つのオリゴヌクレオチッド配列が存在する固相の各位置の増幅産物中のマーカーは同定可能であることが好ましい。
【0045】
本発明の方法においては、一群の遺伝子内部のメチル化状態による診断方法の使用が好ましく、この遺伝子は、特に良好に実証される毒物学的プロセスとの結び付きが際立っている。
【0046】
本発明の方法は、好ましくは、診断方法及び/または患者または各健常者にとって好ましくない事件の予測に役立つ。その際、この好ましくない事件は毒物学的に意味のあるパラメーターの診断と関連する。
【0047】
本発明の方法は、診断方法及び/または患者または各健常者にとって好ましくない事件の予測に使用される。その際、この好ましくない事件は毒物学的に意味のあるパラメーターの診断と関連する。
【0048】
調べる遺伝子の一揃いは、少なくとも、以下に、箇条書きで列挙する遺伝子または配列の一つを含む。それらはエクソンの範囲と一致するか、または、以下の列挙遺伝子の少なくとも85%と一致する。以下に、上記した遺伝子について、遺伝子名及び遺伝子バンク受理番号の順に箇条書きで示す(これを表1とする)。
血清伝達−前駆物質;β−1−金属結合グロブリン、M12530。
ラクト伝達−前駆物質;ラクト伝達、X53961。
アポリポ蛋白E前駆物質(APOE)、M12529。
リポポリサッカライド−結合蛋白前駆物質、M35533。
B−リンパ球キナーゼ;チロシン−蛋白−キナーゼBLK;p55−BLK、Z33998。
アポリポ蛋白A−I前駆物質(APOAI)、X00566。
アポリポ蛋白A−II前駆物質(APOAII)、X00955。
アポリポ蛋白C−III前駆物質(APOCIII)、X01388。
エンドテリン1(ET1)、Y00749。
マクロファージコロニー−刺激因子1(CSF1;MCSF)、M37435。
ファミリアル肝臓内胆汁鬱帯1蛋白(FIC1)、AF038007。
血管内腔壁増殖因子D(VEGFD);C−FOS−誘導増殖因子(FIGF)、D89630。
補完性−成分−4−結合蛋白α(C4B−結合蛋白;C4BPA);プロリンリッチ蛋白(PRP)、M31452。
インスリン−類似増殖因子II(IGF2);ソマトメジンA、M29645
顆粒球マクロファージコロニー−刺激性因子(GM−CSF);CSF2、M11220。
表皮増殖因子−前駆物質(EGF);β−ウロガストロン、X04571。
肝細胞増殖因子−活性因子(HGF−活性因子)、D14012。
マクロファージ−炎症蛋白−1−β−前駆物質(MIP1−β);T−細胞−活性化−蛋白2(AT2);PAT744;H400;SIS−γ;リンパ球−活性化−遺伝子−1−蛋白(LAG1);HC21;小誘導性サイトカインA4(SCYA4);G26T−リンパ球分泌性タンパク、J04130。
グリア増殖因子−2−前駆物質(GGFHPP2);ノイレグリン(Neuregulin);ヘレグリン(Heregurinn)−β3+“細分化因子”+ヘレグリン(Heregurinn)−αL1220;L12261+U02326+M94165
T−細胞−特殊ランテス(Rantes)−蛋白−前駆物質;sisデルタ;小誘導性サイトカインA5(SCYA5);“ランテス(Rantes)パー−炎症”−サイトカイン、M21121。
マクロファージ−“炎症”−蛋白−1−α−前駆物質(MIP1−α);扁桃−リンパ球−LD78−α−蛋白;GOS19―1―蛋白;PAT464.2;SIS―β;小誘導性サイトカイニンA3(SCYA3)、M23452。
オンコスタチン(Onkostatin)M(OSM)、M27288。
インスリン−類似−増殖因子―結合蛋白1(IGFBP1);胎盤蛋白―12(PP12)、M31145。血管内皮細胞―増殖因子前駆物質(VEGF);血管透過性因子(VPF)、M32977;M27281。
肝細胞増殖因子(HGF);分散因子(SF);ヘパトポイエチン(Hepatopoietin)A、M60718。
胸腺ホルモンβ−10(TMSB10;THYB10);PTMB10、M92381。
インターフェロンγ−誘導性蛋白−前駆物質(γ−IP10)、X02530。
マクロファージ“炎症”−蛋白2α(MIP2−α);増殖調節蛋白β(GRO−β)、X53799。
OX40リガンド(OX40L);GP34;tax−転写活性化グリコ蛋白1(TXGP1)、X79929。
形質転換増殖因子β3(TGF−β3)、J03241。
δ−型蛋白前駆物質(DLK)、U15979;Z12172。
インスリン−型増殖因子−IA前駆物質(IGFIA);IGFBP1;ソマトメジンC+インスリン−型増殖因子−I(IGF1)、M27544+M37484。
CCケモカイン−エオタキシン−前駆物質;好酸性、走化性蛋白;小誘導性サイトカインA11(SCYA11)、D49372;Z75669;Z75668。
“ソニック−ハリネズミ”、L38518。
インターロイキン−1−受容体−拮抗蛋白−前駆物質(IL1RA;IRAP)、M63099。
マクロファージ−インヒビターサイトカイン1(MIC1)、AF019770。
エリスロポイエチン、M11319。
好酸性“肉芽−メジャー−ベーシック”蛋白−前駆物質(MBP);妊娠結合メジャー−ベーシック−蛋白;骨髄−プロテオグリカン2、Y00809。
インスリン−型増殖因子−結合蛋白−3−前駆物質(IGF−結合蛋白3;IGFBP3;IBP3)、M31159;M35878。
細胞性レチン酸結合蛋白II(CRABP2)、M68867。
コーチコリベリン−前駆物質;副腎皮質刺激ホルモン放出因子(CRF);副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン(CRH)、V00571。
インターフェロン−γ−前駆物質(IFNγ;IFNG);免疫インターフェロン、X01992;M29383。
インターロイキン−2−前駆物質(IL−2);T−細胞−増殖因子(TCGF)、A14844。
インターロイキン−1−α−前駆物質(IL−1α;IL1A);肝臓ポイエチン−1、X02851。
インターロイキン−4−前駆物質(IL−4);B−細胞刺激因子1(BSF−1);リンパ球刺激因子−1、M13982。
インターロイキン−6−前駆物質(IL−6);B−細胞刺激因子2(BSF−2);インターフェロン−β−2(IFNB2);ハイブリッドム−成長因子、X04602;M14584。
インターロイキン−5−前駆物質(IL−5);T−細胞−置換−因子(TRF);好酸球細分化−因子;B−細胞−細分化因子I、X04688;J03478。
インターロイキン−12−β−下位単位前駆物質(IL−12B);細胞毒リンパ球−成熟−因子40−kDa−下位単位(CLMFp40);NK−細胞−刺激因子−下位単位2(NKSF2)、M65290。
インターロイキン−12−α−下位単位前駆物質(IL−12A);細胞毒リンパ球−成熟−因子35−kDa−下位単位(CLMFp35);NK−細胞−刺激因子−下位単位1(NKSF1)、M65291。
膵臓炎−関連蛋白−1−前駆物質、D13510。
α−1−酸−グリコ蛋白−1−前駆物質(AGP1);Orosomucoid(副腎皮質生成ステロイド)1(OMD1)、X02544。
C―反応性蛋白―前駆物質、X56692。
副腎皮質生成ステロイド−結合グロブリン、J02943。
プロスタグランジン―エンドパーオキサイド―合成―1―前駆物質;プロスタグランジン−G/H―合成―1(PGH−合成−1;PTGS1;PHS1);シクロオキシゲナーゼ−1(COX1)、M59979。
アンピフィシン(AMPH)、U07616。
5−ヒドロキシトリプタミン−1D−受容体(5−HT−1D;HTR−1D);セロトニン−受容体、M89955。
ニュウロメジン−B−前駆物質、M21551。
頭部−プリオン−蛋白−前駆物質(PRP);PRP27〜30;PRP33〜35C;ASCR、M13667。
ドーパミン−β−ヒドロキシラーゼ(DBH);ドーパミン−β−モノオキシゲナーゼ−前駆物質、X13255。
アルツハイマー−病−アミロイド−A4−蛋白−前駆物質;プロテアーゼネキシン−II(PN−II);APPI、Y00264。
膜結合及び溶解性カテコール−O−メチル転移酵素(COMT)、M65212。
フラビン−含有アミン−オキシダーゼ−A;モノアミン−オキシダーゼ(MAO−A)、M68840。
エリスロポエチン−受容体(EPOR)、M60459。
陽イオン非依存性マンノース−6−燐酸−受容体−前駆物質(CI−Man−6−P−受容体;CI−MPR);インスリン型増殖因子−II−受容体(IGFR−II)、Y00285;J03528。
アクチビン受容体型II前駆物質(ACTRIIA;ACVR2)、D31770。
レチノイド−X−受容体−GAMMA(RXR−GAMMA)、U38480。
転写性促進−因子(TEF1);蛋白GT−IIC;転写因子13(TCF13)、M63896。
グルココルチコイド−受容体(GRL)、M10901。
オーファン−細胞核−ホルモン−受容体BD73、L31785。
低密度−リポタンパク−受容体(LDL受容体;LDLR)、M28219。
スルフォニル尿素−受容体2A(SUR2A)、AF061323。
スルフォニル尿素−受容体(SUR);ATP−結合カセット−亜科C(CFTR/MRP)構成体8(ABCC8)、L78207。
ファルネソール−受容体HRR1、U68233。
チロシン−蛋白−キナーゼ−受容体UFO、X66029。
結腸直腸−癌−抑制−蛋白−前駆物質(DCC)、X76132。
血管−細胞−癒合−蛋白1、X53051。
α1−カテニン(CTNNA1);カドヘリン−結合蛋白;αE−カテニン、D13866;D14705;L23805;L22080;D25303;L24158。
インテグリン−α−9(ITGA9);インテグリン−α−RLC細胞内癒合−分子−1−前駆物質(ICAM1);主要グループ−リノウィールス−受容体;CD54−抗原、J03132。
Ras−近縁蛋白RAB5A、M28215。
E−セレクチン−前駆物質(SELE);内腔−リンパ球−癒合−分子1(ELAM1);リンパ球−内腔−細胞癒合−分子2(LECAM2);CD62E抗原、M30640。
NADH−ユビキノン−デヒドロゲナーゼ−1−β−二次化合物−7 18kDa−下位単位(NDUFB7);化合物−I−B18(CI−B18);細胞癒合−蛋白SQM1、M33374。
神経−カドヘリン−前駆物質(N−カドヘリン;NCAD);カドヘリン2(CDH2)、M34064;X57548;X54315;S42303。
細胞表面−癒合グリコ蛋白LFA−1/CR3/p150、95β−下位単位−前駆物質;LYAM1;インテグリン−β−2(ITGB2);CD18−抗原;補体−受容体−C3−β−下位単位、M15395。
フィブロンエクチン−受容体α−下位単位(FNRA);インテグリン−α5(ITGA5);VLA5;CD49E抗原、X06256。
フィブロンエクチン−受容体β−下位単位(FNRB);インテグリン−β−1(ITGB1);“Very Late”抗原4β下位単位(VLA4);CD29抗原、X07979。
インテグリン−α−L(ITGAL);白血球癒合グリコ蛋白−α−下位単位−前駆物質;白血球−機能結合−分子−1−α−鎖(LFA1);CD11A抗原、Y00796。
カドヘリン−6−前駆物質(CDH6);腎臓−カドヘリン(K−カドヘリン)、D31784。
カドヘリン−11−前駆物質(CDH11);骨芽細胞−カドヘリン(OB−カドヘリン);OSF4、L34056。
カドヘリン12(CDH12);脳髄−カドヘリン前駆物質(Br−カドヘリン);神経カドヘリン2(N−カドヘリン2)、L34057;L33477。
カドヘリン13(CDH13);麻痺−カドヘリン前駆物質(T−カドヘリン);心臓−カドヘリン(H−カドヘリン2)、L34058;U59289;U59288。
カドヘリン3(CDH3);胎盤−カドヘリン前駆物質(P−カドヘリン;CDHP)、X63629。
ギャップ−接合−α−5−蛋白(コネキシン40)(CX40)、L34954。
インボルクリン、M13903。
フィブリノゲン−G−γ−ポリペプチッド、X51473;X02415;K02569。
原形質−細胞−膜グリコ蛋白PC−1;アルカリフォスフォジエステラーゼI;ヌクレオチッドピロフォスファターゼ(NPPase)、M57736。
アンネキシンV;リポコルチンV;エンドネキシンII;カルフォビンディンI(CBP−I);胎盤−抗凝固性−蛋白I(PAP−I);PP4;血栓形成−阻害体;血管内凝固阻害−α(VAC−α;アンコリンCII)、X12454。
アミニンα1下位単位前駆物質(LAMA1);ラミニン−A−鎖、X58531。
腸内脂肪酸−結合蛋白2(FABP2;IFABP)+肝臓−脂肪酸−結合蛋白1(FABP1;LFABP)、M10050+M10617。
有機陰イオン用ナトリウム非依存性輸送体;有機陰イオン輸送ポリペプチッド(OATP);SLC21A3、U21943。
N1用ポリ特殊性輸送体(OCTN1)、AB007448。
TNF−α−刺激性ABC−蛋白(TSAP)、AF027302。
有機陽イオン用輸送体−型蛋白2(ORCTL2)、AF037064。
有機陽イオンN2用輸送体(OCTN2)、AF057164。
MRP/有機陽イオン用輸送体(MOAT−B)、AF071202。
アドレノロイコ(Adrenoleuko)ジストロフィー−類似蛋白(ALDR)、AJ000327。
骨格筋−アデニンヌクレオチッド転移体1(ANT1);心臓/骨格筋ADP/ATP搬送蛋白イソホーム(Isoform)T1;ADP/ATP搬送酵素1、J02966。
腺腫における蛋白“減速” 蛋白(DRA)、L02785。
ミトコンドリア解放−蛋白−3(UCP3)、AF011449。
ミトコンドリアカルニチン−パルミトイルトランスフェラーゼ−II−前駆物質(CPTase;CPT2)、M58581。
ミトコンドリア“褐色脂肪組織”−放出−蛋白1(UCP1)、U28480。
プロスタグランジン搬送体(PGT);溶解担体−ファミリー−21−構成体2(SLC21A2)、U70867。
ミトコンドリア解放−蛋白2(UCP2);UCPH、U82819。
胆汁酸塩−放出−ポンプ(BSEP)、AF091582。
アンスラサイクリン抵抗性結合蛋白(ARA)、X95715。
有機陽イオン腎臓−搬送体、X98333。
多重抵抗性結合蛋白3(MRP3);MLP2;ABCC3、Y17151。
抗原−ペプチッド−搬送体2(APT2);ペプチッド−補給−因子2(PSF2);抗原−処理−2−関与ペプチッ−ド−搬送体(TAP2);ATP−結合カセット−下位ファミリー−B−(MBR/TAP)−構成体3(ABCC3);HLA−クラス−II−組織−適合性−抗原DO−β−鎖前駆物質、X66401;L09191;L10287。
有機陰イオン用腎臓搬送体1(hROAT1)、AF057039。
塩素−導伝度−規制−蛋白ICLN;ヌクレオチッド−感受性塩素−導管1;塩素−イオン−流−誘導−蛋白(CLCI);網状赤血球PICLN、X91788。
中性アミノ酸搬送体A(SATT);アラニン/セリン/システイン/スレオニン−搬送体(ASCT1)、L14595。
モノカルボキシレート搬送体1(MCT1)、L31801。
回腸ナトリウム−依存性−胆汁酸塩−搬送体(ISBT);回腸ナトリウム/タウロコレート−共搬送性ポリペプチッド(NTCP2);SLC10A2、U10417。
ナトリウム−依存性胆汁酸塩−共搬送体;肝臓ナトリウム/タウロコレート−共搬送性ポリペプチッド(NTCP2);SLC10A1、L21893。
ナトリウム−及び塩素−依存性グリシン−搬送体−1(GLYT1)、S70609。
ムコヴィスチドース(Mukoviszidose)−経膜的−導伝性−規制体(CFTR);cAMP−依存性塩素−導管、M28668。
有機陰イオン用導管形多重特殊性搬送体;高抵抗性−及び結合性−蛋白2(MRP2);導管形高抵抗性−及び結合性−蛋白、U63970。
有機陽イオン1用搬送体、U77086。
“ギャップ接合性”−β−1蛋白(コネキシン32)(CX32)(肝臓−“ギャップ接合性”−蛋白)、X04325。
カドヘリン1(CDH1);上皮カドヘリン−前駆物質(E−カドヘリン;CDHE);ウボモルリン(UVO);CAM120/80、Z13009。
Geglaettet;GX、U84401。
エフリンA−型受容体−2−前駆物質;上皮細胞−キナーゼ(ECK);チロシン−蛋白−キナーゼ−受容体ECK、M59371;M36395。
NADPHシトクロームp450リダクターゼ、S90469。
NCKメラノーマ(黒色肉腫)サイトプラズマsrc同族体(HSNCK)、X17576。
JV18−1.HMAD2またはMADR2またはSMAD、U68018。
2元性−特殊性−分裂誘発物質−活性化−蛋白−キナーゼキナーゼ−1(MAPキナーゼキナーゼ1;MAPKK1;MKK1);特別細胞の信号−規制キナーゼ1;ERK活性化−キナーゼ1、L0564。
“c−jun”−N−末端キナーゼ1(JNK1);JNK46、L26318。
分裂誘発物質−活性化蛋白−キナーゼp38(MAPキナーゼp38);サイトカイン−抑制“抗−炎症”−作用物質結合蛋白(CSAID−結合蛋白;CSBP);“MAX”−交換性蛋白2(MXI2)、L35253;L35263。
蛋白キ−ナーゼCβI(PKC−β−I)、M27545;X06318。
有糸分裂−活性化蛋白−キナーゼ9(AMPキナーゼ9;MAPK9;PRKM9);“c接合”―N―末端キナーゼ2(JNK2);JNK55、L31951。
“c接合”―N―末端キナーゼ3α2(JNK3A2);PRKM10MAPキナーゼp493F12、U34819+U07620。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ6(MAP−キナーゼキナーゼ6;MAPKK6;MKK6);MAPK/ERK−キナーゼ6;SAPKK3、U39657。
p21−活性化キナーゼ−γ(PAK−γ;PAK2);PAK65;S6/H4キナーゼ、U24153。
有糸分裂−活性化蛋白−キナーゼp38β(MAPキナーゼp38β);ストレス−活性化蛋白キナーゼ2(SAPK)、U53442。
MAPK/ERK−キナーゼキナーゼ3(MEKキナーゼ;MEKK3)、U78876。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ2(MAP−キナーゼキナーゼ2;MAPKK2);ERK−活性体キナーゼ2;MAPK/ERK−キナーゼ2(MEK2)、L11285。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ5(MAP−キナーゼキナーゼ5;MAPKK5)、U25265。
リボソーム蛋白S6キナーゼIIα1(S6KIIα1);リボソームS6キナーゼ1(RSK1)、L07597。
B−リンパ球−胚中心−キナーゼ(GCキナーゼ)、U07349。
YSK1;Ste20及びSPS1近縁キナーゼ、D63780。
蛋白フォスファターゼ2B規制下位単位;カルシニュウリンB下位単位イソフォーム1、M30773。
蛋白−チロシン−ホスファターゼMEG2(PTPASE−MEG2)、M83738。
蛋白−チロシン−ホスファターゼ−α−前駆物質(R−PTP−α;PTPRA;PTPA)、M34668。
糖尿病関連RAS(RAD1)、L24564。
CDC42−同族体;G25KGTP−結合性蛋白(脳−イソフォーム+胎盤−イソフォーム)、M35543+M57298。
カルメジン、D86322。
カルビンジン;エイビアン−型ビタミン−D−依存性カルシウム−結合性蛋白(CABP);D−28K、X06661。
ストラティフィン(SFN);14−3−3蛋白σ;上皮細胞マーカー−蛋白1;HME1,AF029082。
FKBPラパマイシン関連蛋白(FRAP);ラパマイシン標的蛋白、L34075。
亜鉛−フィンガー−蛋白37(ZFP37);KRAB−領域−亜鉛−フィンガー−蛋白、AF022158。
CCAAT/エンヘンサー−結合性蛋白ε(C/EBPε;CEBPE)、U48866;U48865。
転写イニシアチブ因子IID;TATAボックス因子;TATA配列結合蛋白(TBP)、M34960。
60Sリボソーム蛋白L6(RPL6);TAX−応答エンヘンサー−要素結合性蛋白107(TAXREB107);ネオプラズマ−近縁蛋白C140、X69391。
DNA−結合性蛋白L6(RPL6)HIP116;ATPase;SNF2/SWI2−近縁蛋白、L34673。
“ベーシック”転写因子−2−44−kDa−下位単位(BTFp44)、Z30094。
オクタマー−結合性転写因子2(oct−2;OTF2);リンパ性−限定免疫グロブリン−オクタマー−結合性蛋白NF−A2;POU2F2、M36542。
亜鉛−フィンガー−蛋白40(ZNF40);ヒト免疫不全−ウィールス−型−I−エンヘンサー−結合性−蛋白1(HIVEP!);頭−組織適合性−化合物結合蛋白(MBP1);陽性規制−領域−II−結合性因子1(PRDII−BF1)、X51435。
神経組織システム−特殊性オクタマー−結合性転写因子N−oct3;N−oct5A及びN−oct5B;脳−特殊性類似ボックス/POU−領域−蛋白2(POU3F2);brn2;oct7、Z11933。
低酸素症−誘導性因子1α(HIF1α);ARNT−互換性−蛋白;PAS−蛋白1構成物(MOP1)、U22431。
CCAAT/エンヘンサー−結合性蛋白α(CEBPα)、U34070。
類似ボックス−蛋白MOX−2(増殖―停止―特殊性類似ボックス)、X82629。
内皮転写因子GATA2、M68891。
DNA−結合性蛋白−阻害因子Id−2、M97796。
活性化転写因子4(ATF4);Tax―応答エンヘンサー−要素B67(TAXREB67);cAMP―応答―要素―結合性蛋白2(CREB2)、D90209。
熱ショック因子−蛋白1(HSF1);熱−ショッ−転写因子1(HSTF);TCF5、M64673。
FK506結合蛋白13前駆物質(FKBP13);FKBP2;ペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼ(PPIase)、M65128。
CAMP−応答−要素−結合性蛋白(CREBP1);転写因子ATF2;HB16、M31630。
CAMP−応答−要素−結合性蛋白(CREB)、M34356。
捕捉増殖―応答―蛋白1(EGR1);転写因子ETR103;KROX24;亜鉛―フィンガー−蛋白225(ZNF225);AT225、X52541;M62829。
トリステトラプロリン(TTP);TIS11;ZFP36;増殖因子誘導性核蛋白475(NUP475)、M92843。
プリン−リッチ単鎖−DNA−結合性蛋白α(PURA)、M96684。
転写因子−relB;I−rel、M83221。
環状−AMP−依存性転写因子1ATF−3(活性化因子FACTOR3)、L19871。
オクタマー−結合性転写因子1(oct1;OTF1);オクタマー−結合性蛋白N−FA1;POU2F1、X13403。
B−細胞−リンパ腫−3コード化蛋白(bcl3)、M31732。
レチン酸−受容体γ1(RAR−γ1;RARG)M24857;M38258;M57707;M32074。
PRB―結合性蛋白E2F1;網膜芽腫―結合性蛋白1(RBAP1);PBR3、M96577。
レチン酸−受容体α;レチノイドX受容体α(RXRA)、X52773。
頭−組織適合性−化合物−エンヘンサー−結合性蛋白MAD3、M69043。
融合性−結合性蛋白2(FBP2)、U69126。
メチル−CpG−結合性蛋白2(MECP2)、L37298。
AP4“ベーシック”螺旋−ループ−螺旋DNA−結合蛋白、S73885。
肝細胞−核−因子4(HNF4);転写−因子14、X76930。
金属規制転写因子、X78710。
コックカイン−症候グループA;WD−リピート−蛋白(CSA−蛋白)、U28413。
RNase−L−阻害体、X76388。
40Sリボソーム蛋白S5、U14970。
グルタメート−ピルベート−トランスアミナーゼ1(GPT1);アラニン−アミノトランスフェラーゼ(AAT1)、D10355。
ペプチジルプロリル−シス−トランス−イソメラーゼA(PPIase;PPIA);ロータマーゼ;シクロフィリン−A−(CYPA);シクロスポリンA結合性蛋白、Y00052。
推定蛋白−ジスルフィド−イソメラーゼ−ER−60−前駆物質(ERP60);58−kDaミクロソーム蛋白フォスフォリパーゼCα、D16234;Z49835;D83485;U42068。
HSC70−置換作用性蛋白;プロジェステロン−受容体−結合性−P48−蛋白、U28918。
チャペロニン含有T化合物ポリペプチッド1β下位単位(CCTβCCTBCCT2TCP1β);99d8.1、AF026293。
パーオキシソーム−集合体−因子−2(PAF−2);パーオキシソーム−型ATPase1;パーオキシン−6;PEX6;PXXX1、U56602。
細胞内レチン酸結合性蛋白、S74445。
内皮変性酵素1、Z35307。
マトリックス−金属プロテナーゼ−14−前駆物質(MMP14);MMP−X1;膜−型マトリックス−金属プロテナーゼ1(MT−MMP1)、D26512;X83535。
ブレオマイシン−ハイドロラーゼ(BLMハイドロラーゼ)、X92106。
プロテアソーム−活性化−HPA28−下位単位β、D45248。
胎盤−プラスミノゲン−活性化−阻害体2(PAI−2;PLANH2);単核細胞ARG−セルピン;ウロキナーゼ−阻害体、M18082;J02685。
α2−マクログロブリン−前駆物質(α−2−M)、M11313。
金属プロテアーゼ1前駆物質の組織阻害体(TIMP1);エリスロイド強化性活性(EPA);繊維芽細胞コラーゲナーゼ阻害体、X03124。
α1−抗キモトリプシン前駆物質、(ACT)、K01500。
α1−抗トリプシン−前駆物質;α1−プロテアーゼ−阻害体;α1−抗プロテイナーゼ、X02920。
DNA結合性蛋白A(DBPA);冷却ショック−領域−蛋白A(CSDA)、M24069。
オトリ受容体3(DCR3)、AF104419。
T−化合物−蛋白1ツェータ−型下位単位(CCT−ツェータ型;TCP1−ツェータ型);TSA303;精巣−特殊TCP20#、D78333。
クロマチン集合体因子1p48下位単位(CAF1p48下位単位);網膜芽腫結合性蛋白4(RBBP4);RBAP48;msil蛋白同族体、X74262。
高移動性グループ蛋白HMG2、X62534。
DNA−結合性蛋白UEV−1;UBE2V、U49278。
活性体−1−140−kDa−下位単位(A1140−kDa−下位単位);複製因子C“大下位単位”;DNA−結合性蛋白POGA、L14922。
複製因子−C−36−kDa−下位単位(RFC36);活性体−1−36−kDa−下位単位、L07540。
複製因子−C−38−kDa−下位単位(RFC38);活性体−1−38−kDa−下位単位、L07541。
複製−蛋白−A−70−kDa−下位単位(RPA70;REPA1;RF−A);単鎖DNA結合性蛋白、M63488。
活性体−1−40−kDa−下位単位(A1−40−kDa−下位単位);複製因子−C−40kDa−下位単位(RFC40);RFC2、M87338。
活性体−1−37kDa−下位単位;複製因子−C−37kDa−下位単位(RFC37);RFC4、M87339。
DNA−トポイソメラーゼI(TOP1)、J03250。
DNA−トポイソメラーゼIIα(TOP2A)、J04088。
増殖性環状核抗原(PCNA);サイクリン、M15796;J04718。
DNAトポイソメラーゼIIβ(TOP2B)、X68060。
複製−蛋白−A−14kDa−下位単位(RP−A)(RF−A);複製因子−A−蛋白3、L07493。
DNA−ヌクレオチジルエキソトランスフェラーゼ;末端付加イオン酵素;末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ;末端トランスフェラーゼ;DNTT、M11722;K01919。
DNA−ポリメラーゼδ触媒的下位単位、M80397。
DNAトポイソメラーゼIII(TOP3)、U43431。
“削除,修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ6”(ERCC6);コックアイン−症候−蛋白2型B(CSB)、L04791。
乾皮症−色素グループG補完蛋白“チャイニーズハムスター細胞5のX線修復−補完欠如修復”(XRCC5)、L20046;X69978。
Ku−p70/p80−下位単位;ATP−依存性DNA−ヘリカーゼ−II−86kDa−下位単位;ルーパス−Ku−自己抗原蛋白;甲状腺ルーパス−自己抗原(TLAA);CTC−ボックス−結合性因子−85kDa−下位単位(CTCBF;CTC85);
核−因子IV、M30938。
乾皮症−色素−グループB補完蛋白(XBP);“削除、修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ3”(ERCC3);基部転写因子−2−89kDa−下位単位(BTF2−p89;TFIIH−89kDa−下位単位)、M31899。
Ku−70kDa−下位単位;ATP−依存性DNA−ヘリカーゼ−II−70kDa−下位単位;ルーパス−Ku−自己抗原−蛋白p70;甲状腺ルーパス−自己抗原(TLAA);CTC−ボックス−結合性因子−75kDa−下位単位(CTC75)、M32865;S38729。
“チャイニーズハムスター細胞1のX線修復−補完欠如修復”(XRCC1)、M36089。
ユビキチン−共役酵素E217−kDa−下位単位(UBE2A);ユビキチン−蛋白−リガーゼ;ユビキチン−担体−蛋白;HR6A、M74524。
DNAポリメラーゼα触媒的下位単位(POLA)、X06745。
6−O−メチルグアニン−DNA−メチルトランスフェラーゼ(MGMT);メチル化DNA蛋白システインメチルトランスフェラーゼ、M29971。
乾皮症−色素−グループD補完蛋白(XPD);“チャイニーズハムスター細胞2のX線修復−補完欠如修復”(XRCC2)、X52221。
“削除,修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ1”(ERCC1)、M13194。
変異L蛋白同族体1(MLH1);結腸癌非ポリープ性型2蛋白(COCA2)、U07418。
紫外線−腫瘍切除修復−蛋白RAD23−同族体B(HHR23B);乾皮症−色素グループC修復−補完化合物58−kDa蛋白D21090HHR23A;紫外線−腫瘍切除修復蛋白蛋白RAD23A、D21235。
DNA依存性蛋白キナーゼ(DNA−PK)+DNA−PK触媒的下位単位(DNA−PKCS)、U35835+U47077。
DNA損傷修復及び再結合蛋白52(RAD52)、U12134。
失調性毛細管拡張症(ATM)、U33841。
RAD50、U63139。
DNA−リガーゼIV(LIG4);ポリデオキシリボヌクレオチッドシンテーゼ、X83441。
DNA−リガーゼIII(LIG3);ポリデオキシリボヌクレオチッドシンテーゼ、X84740。
DNA“不適合”修復蛋白MSH2、U04045;L47583。
DNA“不適合”修復蛋白MSH6;変異Sα160kDa−下位単位;G/T“不適合”結合性蛋白(GTMBP;GTBP)、U54777。
RecQ蛋白型(DNAヘリカーゼQ1型)、D37984。
DNAポリメラーゼβ下位単位(DPOB)、D29013。
DNA−“不適合”−修復−蛋白PMS1(PMS1−蛋白−同族体1)、U13695。
DNA−“不適合”−修復−蛋白PMS2(PMS1−蛋白−同族体2)、U13696。
ATP依存性DNAリガーゼI(LIG1);ポリデオキシリボヌクレオチッド−シンテーゼ、M36067。
乾皮症−色素グループA−補完蛋白(XPA)、D14533。
損傷−特殊性DNA−結合性蛋白−p48−下位単位(DDBBp48);乾皮症色素グループE(DDB2)、U18300。
DNA修復蛋白XRCC4、U40622。
G/T−“不適合”−特殊性チミン−DNA−グリコシラーゼ(TDG)、U51166。
DNA−修復−蛋白XRCC9、U70310。
エンドヌクレアーゼ−III−同族体1;HNTH1;OCTS3、U79718。
DNA−修復−蛋白補完性XP−C−細胞;乾皮症−色素−グループC補完性蛋白(p125)、D21089。
ウラシルDNAグリコシラーゼ前駆物質(UNG1)、X15653。
DNA−(プリンまたはピリミジン位置)リアーゼ;APエンドヌクレアーゼ1(APE1);プリン/ピリミジンエンドヌクレアーゼ(APEX);APEXヌクレアーゼ(APEN);REF1、X59764;X66133。
DNA−修復−蛋白−RAD54−同族体、X97795。
RecA−型蛋白HsRad51;DNA−修復−蛋白RAD51−同族体、D13804。
V(D)J組替え−活性化蛋白2(RAG2)、M94633。
V(D)J組替え−活性化蛋白1(RAG1)、M29474。
筋−特殊性DNアーゼ−I−型前駆物質(DNアーゼ1L1;DNL1L);DNアーゼX、X90392;L40817;U06846。
デオキシリボヌクレアーゼI(DNアーゼ)I、M55983。
二重−特殊性−蛋白−ホスファターゼ9;分裂促進因子−活性化蛋白−キナーゼ−ホスファターゼ4(MAP−キナーゼ−ホスファターゼ4(MKP4)、Y08302。
G1/S−特殊性サイクリンD3(CCND3)、M92287。
G1/S−特殊性サイクリンD1(CCND1);サイクリン−パラスレオイド−アデノマトーゼ1(PRAD1);bc1−1発ガン遺伝子、X59798。
G1/S−特殊性サイクリンD2(CCND2)+KIAK0002、M90813+D13639。
G2/マイトース−特殊性サイクリンB1(CCNB1)、M25753。
G1/S−特殊性サイクリンE(CCNE)、M73812。
G2/マイトース−特殊性サイクリンG1(CCNG1)、U47413。
G1/S−特殊性サイクリンC1、M74091。
サイクリンK、AF060515。
蛋白−セリン−スレオニン−キナーゼSTK1;細胞分割−蛋白−キナーゼ7(CDK7);CDK−活性化キナーゼ;39kDa−蛋白−キナーゼ、L20320。
サイクリン−依存性蛋白−キナーゼ2(CDK2);p33−蛋白−キナーゼ、M68520。
細胞外信号−制御キナーゼ2(ERK2);分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼ2(MAPキナーゼ2;MAPK2);p42−MAPK、M84489。
分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼ3(MAPK3;PRKM3);MAPK1;細胞外信号−制御キナーゼ1(ERK1);微小管−結合性蛋白−2−キナーゼ;インスリン−刺激性MAP2キナーゼ、X60188。
細胞外信号−制御キナーゼ3(ERK3);MAP−キナーゼ3(MAPK3;p97−MAPK);PRKM5、X80692。
CDC型キナーゼ3(CLK3)、L29220。
細胞分割−蛋白−キナーゼ4;サイクリン−依存性キナーゼ4(CDK4);PSK−J3、M14505。
細胞外信号−制御キナーゼ5(ERK5)ERK5;BMK1−キナーゼ、U25278。
細胞分割−制御−蛋白−2−同族体(CDC2);p34−蛋−白キナーゼ;サイクリン−依存性キナーゼ1(CDK1)、X05360。
細胞外信号−制御キナーゼ4(ERK4);MAP−キナーゼ4(MAPK4;p63−MAPK);PRKM4、X59727。
細胞分割−蛋白−キナーゼ5(CDK5);τ−蛋白キナーゼII触媒的下位単位(TPKII触媒的下位単位);セリン/スレオニン−蛋白−キナーゼPSSALRE、X66364。
細胞外信号−制御キナーゼ6(ERK6);ストレス−活性化蛋白キナーゼ−3;分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼp38γ(MAPキナーゼp38γ)、X79483。
セリン/スレオニン−蛋白−キナーゼPLK1(STPK13)、U01038。
“チェックポイント” −キナーゼ1(CHK1)、AF016582。
オーロラ及びIPL1型“ミッドボディ”関連性蛋白キナーゼ1(AIM1);ARK2、AF008552。
サイクリンG関連性キナーゼ(GAK)、D88435。
特別AT−リッチ配列結合性蛋白1(SATB1);MAR/SAR−DNA−結合性蛋白、M97287。
サイクリン−依存性キナーゼ−阻害体1A(CDKN1A);黒色腫−分化−関連性蛋白6(MDA6);CDK−変換作用性蛋白1(CIP1);WAF1;SDI1、U09579;L25610。
wee1Hu−CDK−チロシン−15−キナーゼ;wee−1−型蛋白キナーゼ、U10564。
サイクリン−依存性キナーゼ−4−阻害体2B(CDKN2B);p14−INK4B;多元腫瘍−抑制因子2(MTS2)、U17075;L36844。
螺旋−ループ−螺旋−蛋白HLH1R21;DNA−結合性蛋白−阻害体Id−3;HEIR1、X69111。
DNA−結合性蛋白−阻害体ID−1;Id−1H、D13889。
プロチモシンα(PROT−α;PTMA)、M26708
40sリボソーム蛋白s19(RPS19)、M81757。
p55CDC、U05340。
細胞分割サイクル−蛋白25A(CDC25A);M−相−誘導−フォスファターゼ1、M81933。
CDC25B;CDC25HU2;M−相−誘導−フォスファターゼ2、M81934;S78187。
CDC25C;M−相−誘導−フォスファターゼ3、M34065。
増殖阻害−因子(GIF);金属チオナイン−III(MT−III;MT3)、D13365;M93311。
CDC同族体、U63131。
細胞サイクル−蛋白−p38−2G4−同族体;HG4−1、U59435。
Btg−蛋白−前駆物質;NGF−誘導性抗増殖性蛋白PC3、U72649。
RCL増殖―近縁c−myc−応答Gen、AF040105。
40−kDa熱ショック−蛋白1(HSP40);DNAJ−蛋白同族体1(HDJ1;DNAJ1、D49547。
60−kDa−熱ショック−蛋白(HSP60);HSPD1;60kDa−チャペロニン;ミトコンドリアマトリックス蛋白−p1−前駆物質;p60リンパ球−蛋白;HUCHA60;GLOEL、M34664。
90−kDa−熱ショック−蛋白A(HSP90A);HSP86;HSPCA、X07270。
27kDa−熱ショック−蛋白(HSP27);ストレス応答蛋白27(SRP27);エステロジェン制御24kDa蛋白;HSPB1、X54079。
70kDa−熱ショック−蛋白1(HSP70、1;HSPA1)、M11717。
熱ショック−70kDa−蛋白6(熱ショック−70kDa−蛋白B)、X51757;M11236。
熱ショック−同族−71kDa−蛋白;熱ショック−70kDa−蛋白8(HSPA8;HSC70);HSP73、Y00371。
熱ショック−近縁−70kDa−蛋白2、L26336。
頭頂部蛋白(MVP);肺抵抗性近縁蛋白(LRP)、X79882。
チオサルフェートサルファトランスフェラーゼ;ローダネーゼ、D87292。
溶解性エポキサイドハイドロラーゼ(SEH);エポキサイドハイドロラーゼ;細胞内エポキサイドハイドロラーゼ(CEH);EPHX2、L05779。
血清−パラオキソナーゼ/アリルエステラーゼ1(PON1);血清−アリルジアルキルフォスファターゼ1;芳香族エステラーゼ1(A−エステラーゼ1)、M63012。
ポリモルフェアリルアミン−N−アセチルトランスフェラーゼ(PNAT)+モノモルフェ(MNAT)、X14672;X17059。
キノン−オキシドリダクターゼ;NADPH:キノン−リダクターゼ;ζ−クリスタリン(CRYZ)、L13278;S58039。
細胞溶解スーパーオキシド−ジスミューターゼ1(SOD1)、K00065;X02317。
チトクロームp450IB1(CYP1B1)、U03688。
チトクロームp450IIA6(CYP2A6)+CYP2A7+CYP2A13+CYP2A7PT+CYP2A7PCM33318;M33316+U22029+U22030+U22044チトクロームp450IIB6(CYP2B6)+CYP2B3、M29874;J02864。
チトクロームp450IIIA3(CYP3A3)+CYP3A4+CYP3A5+CYP3A7M13785+M18907+J04813+D00408チトクロームp450IVA11(CYP4A11)、L04751。
チトクロームp450VIIA1(CYP7A1)、X56088。
Dアミノ酸オキシダーゼ(DAMOX;DAO;DAAO)、X13227。
S−メフェニトイン−4−ヒドロキシダーゼ;チトクロームp450IIC9(CYP2C9)+CYP2C10+CYP2C17+CYP2C18+CYP2C19、M21940+M15331;M21939+M61858+M61854。
チトクロームp450IIE1(CYP2E1)、J02625。
チトクロームp450IIF1(CYP2F1)、J02906。
チトクロームp450IVB1(EC1.14.14.1)(p450−HP)J02871。
チトクロームp450IA2(p450−P3)、(p450−4)、Z00036。
プラズマ−グルタチオン−パーオキサイド−前駆物質(GPXP;GPX3)、D00632;X58295。
天然キラー細胞強化因子(NKEFB)+チオール−特殊性抗酸化剤−蛋白(TSA);チオレドキシン−パーオキシダーゼ1(TDPX1);チオレドキシン依存性パーオキサイド−リダクターゼ1、L19185+Z22548;X82321。
チオレドキシン−パーオキシダーゼ2(TDPX2);チオレドキシン−依存性パーオキサイド−リダクターゼ2;増殖−関連性遺伝子(PAG);天然キラー細胞強化因子A(NKEFA)、X67951。
グルタチオン−リダクターゼ(GRアーゼ;GSR;GR)X15722。
ミクロソームグルタチオン−S−トランスフェラーゼ12(GST12;MGST1)、J03746;B28083。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼpi(GSTP1;GST3)、X08058;M24485。
グルタチオン−パーオキシダーゼ(GSHPX1;GPX1)、Y00483;M21304。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼζ1(GSTT1)X79389。
金属チオナインIH(MT1H);金属チオナイン0(MTO)+MT1I;MT2+MT1L+MT1R、X64177+X97260+X76717+X97261。
胃腸内グルタチオン−パーオキシダーゼ(GSHPXGI);グルタチオン−パーオキシダーゼ近縁蛋白(GPRP)、X53463。
ヘム(血液)−オキシゲナーゼ1(HO1);HSOXYGR、X06985。
ヘム(血液)−オキシゲナーゼ2(HO2)、D21243;S34389。
ジメチルアニリン−モノオキシゲナーゼ(N−オキサイド形成)1(EC1.14.13.8);胎児の肝臓フラビン−含有モノオキシゲナーゼ1(FMO1);ジメチルアニリン−オキシダーゼ1、M64082。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼμ1(GSTM1;GST1);HB−下位単位4;GTH4、X68676;S01719。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼA1(GTH1;GSTA1);HB−下位単位1;GSTε、M25627。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)−同族体、U90313。
グルタチオンシンセターゼ(GSHシンセターゼ;GSHS);グルタチオンシンターゼ、U34683。
NAD(P)H―デヒドロゲナーゼ;キノンーリダクターゼ;DT―ジアフォラーゼ;アゾリダクターゼ;フィロキノンーリダクターゼ;メナジオンーリダクターゼ、J03934。
増殖停止−及びDNA−損傷−誘導性蛋白(GADD45);DNA−損傷−誘導転写1(DDIT1)、M60974。
腫瘍−壊死−因子−α−前駆物質(TNF−α;TNFA);癌性悪液質、X01394。
リンフォトキシン−α−前駆物質(LT−α);腫瘍−壊死−因−子β(TNF−β;TNFB)、D12614。
Fas抗原リガンド(FASL);細胞死抗原リガンド(APTL;APT1LG1);TNFSF6、D38122;U08137。
腫瘍−壊死−因子−α−受容体(TNFR)+腫瘍−壊死−因子−受容体(TNFR2);腫瘍−壊死−因子−結合性蛋白2(TBP2)、M32315+M55994。
腫瘍−壊死−因子−受容体(TNFR1);腫瘍−壊死−因子−結合性蛋白1(TBP1);CD120A−抗原、M33294。
FasL−受容体;細胞死補助表面−抗原fas;APO−1−抗原;CD95−抗原、M67454。
レチン酸−受容体β(RXR−β;RXRB)、M84820;X63522;S54072。
腫瘍−壊死−因子−受容体1関連性“死”領域蛋白(TNFR1関連性“死”領域蛋白;TRADD)、L41690。
CD27BP(Siva)、U82938。
腫瘍−壊死−因子型−1受容体関連性蛋白(TRAP1)、U12595。
カスパーゼ−2−前駆物質(CASP2);ICH−1L−プロテアーゼ+ICH−1S−プロテアーゼ、U13021+U13022。
インターロイキン−1−β−コンバーターゼ−前駆物質(IL−1BC);IL−1−β−変換−酵素(ICE);p45;カスパーゼ−1(CASP−1)、U13699;M87507;X65019。
カスパーゼ−6−前駆物質(CASP6);システインプロテアーゼMCH2イソフォルメンα+β、U20536+U20537。
カスパーゼ−4−前駆物質(CASP4);ICH2プロテアーゼ;TXプロテアーゼ;ICE(REL)II+カスパーゼ5前駆物質(CASP5);ICH3プロテアーゼ;TYプロテアーゼ;ICE(REL)III、U28014;U28015。
カスパーゼ−7−前駆物質(CASP7);ICE−型細胞死プロテアーゼ3(ICE−LAP3);細胞死プロテアーゼMCH−3;CMH−1、U37448。
TNF−近縁細胞死−誘導リガンド(TRAIL);APO−2−リガンド(APO2L)、U57059。
カスパーゼ−8−前駆物質(CASP8);ICE−型細胞死プロテアーゼ5(ICE−LAP5);MORT1−関連性CED−3−同族体(MACH);FADD−同族体ICE/CED−3−型プロテアーゼ(FADD−型ICE;FLICE);細胞死システイン−プロテアーゼMCH5、U60520;U58143;X98172;AF00962。
細胞死−規制体bax、L22474。
細胞死−規制体bcl−x、Z23115;L20121;L20122。
細胞死−規制体bcl−2、M14745。
NIP3(NIP3)、U15174。
bcl2同族体拮抗物質/キラー(BAK)、U23765;U16811;X84213。
誘導性骨髄性白血病細胞−差別化−蛋白MCL−1、L08246。
BAD−蛋白;bcl−2−結合性コンポーネント6(BBC6);bcl−2L8、U66879。
BCL−2−結合性アタノージェン−1(BAG−1);グリココルチコイド−受容体−関連性蛋白RAP46、S83171;Z35491。
インターフェロン−誘導RNA−依存性蛋白キナーゼ(p68キナーゼ)、M35663;U50648。
誘導性一酸化窒素−シンターゼ(INOS);II型NOS;肝細胞NOS(HEP−NOS)、L09210。
対細胞死1防御体(DAD1)、D15057。
クラステリン−前駆物質(CLU);相補−関連性−蛋白SP−40;相補−細胞溶解−阻害体(CLI);アポリポ蛋白J(APOJ);雄性ホルモン−産製−前立腺−“メッセージ”2(TRPM2);硫酸化グリコ−蛋白2(SGP2)、M74816。
増殖停止−及びDNA−損傷−誘導性蛋白153(GADD153);DNA−損傷−誘導転写3(DDIT3);C/EBP同族体蛋白(CHOP)、S40706;S62138。
細胞死−蛋白1阻害体(HIAP1;API1)+IAP−同族体C;TNFR2−TRAF信号化合物−蛋白1;MIHC、U45878+U37546。
細胞質ダイニン“ライトチェイン”1(HDLC1);神経単位の一酸化窒素−合成蛋白−阻害体(PIN)、U32944。
細胞死−阻害体“サーバイビン”、U75285。
セントリン;ユビキチン−型蛋白SMT3C;ユビキチン−同族体−領域−蛋白PIC1;UBL1;SUMO1;GAP変性蛋白1;GMP1、U83117。
IEX−1L−Anti“Death”−蛋白;PRG−1;DIF−2、AF039067、AF071596。
ポリ(ADP−リボース)ポリメラーゼ(PARP;PPOL);ADPRT;NAD+ADP−リボシルトランスフェラーゼ;ポリ(ADP−リボース)シンセターゼ、M18112;J03473。
エイビアン骨髄球ウィルス性腫瘍遺伝子−同族体(MYC)、V00568。
P53関連性−mdm2−蛋白、Z12020;M92424。
血小板より収得された増殖因子B下位単位−前駆物質(PDGFB;PDGF2);バカプレルミン;c−sis、X02811;X02744;M12783;M16288。
P53細胞腫瘍抗原、M14694;M14695。
MYB−近縁蛋白B(BMYB);エイビアン骨髄細胞ウィルス性腫瘍遺伝子−同族体−型2(MYBL2)、X13293。
3沃化サイロニン受容体;甲状腺ホルモン受容体(THRA1);verbA近縁蛋白蛋白ear1、M24898。
“jun”主要−腫瘍遺伝子;エイビアン−肉腫−ウィルス−17−腫瘍遺伝子−同族体;転写因子AP−1、J04111。
インスリン型増殖因子結合性蛋白2(IGFBP2)、M35410。
c−mycプリ−ン結合性転写因子puf;ヌクレオシッド−ジホスフェート−キナーゼB(NDP−キナーゼB;NDKB)+nm23−H2S、L16785+M36981。
アベルソンハツカネズミ白血病ウィルス腫瘍遺伝子同族体1(ABL1)、M14752。
網膜芽腫−関連性蛋白(RB1);PP110;P105−RB、M15400。
L−myc主要−腫瘍遺伝子(MYCL1)、M19720。
胸部−癌−タイプ−2−感受性−蛋白(BRCA2)、U43746。
fos−近縁抗原(FRA1);fosL1、X16707。
核細胞フォスフォ蛋白B23;ヌクレオフォスミン(NPM);ヌマトリン、M23613。
c−myc−結合性蛋白MM−1、D89667。
c−fos−主要−腫瘍遺伝子G0S7蛋白、K00650。
met−主要−腫瘍遺伝子;肝細胞−増殖因子−受容体−前駆物質(HGF−SF受容体)、J02958。
ヌクレオシッド−ジホスフェート−キナーゼA(NDKA);NDP−キナーゼA;腫瘍−転移過程−関連性蛋白;転移−阻害−因子NM23(NM23−H1)、X17620。
マトリックス金属プロテイナーゼ11(MMP11);ストロメリシン3、X57766。
ボックス依存性−myc−相互作用蛋白1、U68485。
H−ras−主要−腫瘍遺伝子;形質転換G蛋白、V00574。
蛋白−チロシン−ホス(フォス)ファターゼPTEN;多種進行性癌1(MMAC1);TEP1、U92436。
プロスタグランジン−G/H−シンテーゼ−2−前駆物質(PGH−シンテーゼ−2;PGHS2;PTGS2);シクロオキシゲナーゼ2(COX2);プロスタグランジン−エンドパーオキシド−シンテーゼ2、M90100。
78kDa−グルコース−規制蛋白−前駆物質(GRP78);免疫グロブリン−“重鎖”−結合性蛋白(BIP)、M19645。
補体3(C3)、K02765。
インターロイキン−10−前駆物質(IL−10);サイトカイン−シンテーゼ−ヘム因子(CSIF)、M57627。
チオレドキシン(TRDX;TXN);ATL誘導因子(ADF);表面関連性サルフィドリル蛋白(SASP)、J04026。
エノラーゼ1α(ENO1);非−神経性エノラーゼ(NNE);フォスフォピルベート−ハイドラターゼ(PPH)、M14328。
ビリベルジン還元酵素A前駆物質(BLVRA;BVR)、U34877。
チロシン−アミノトランスフェラーゼ(TAT);I−チロシン:2−オキソグルタレートアミノトランスフェラーゼ、X52520。
筋肉−特殊性炭酸−無水化(脱水)酵素III(CA3);炭酸塩−脱水素酵素III、M29458。
スペルミジン/スペルミン−N1−アセチルトランスフェラーゼ(SSAT);ジアミン−アセチルトランスフェラーゼ;プトレスシン−アセチル−トランスフェラーゼ、M55580。
L−ラクテート−脱水素酵素−H−下位単位(LDHB)、Y00711。
フォスフォグリセライド−キナーゼ1(PGK1;PGKA);原型−識別−蛋白2(PRP2)、V00572。
グルコース6フォスフェート脱水素酵素(G6PD)、X03674。
ミトコンドリアフォスフォエノールピルベート−カルボキシ−キナーゼ−2−前駆物質(PEPCKM;PCK2);フォスフォエノールピルベート−カルボキシキラーゼ、X92720。
ガラクトシッド2−1−フコシルトランスフェラーゼ2;GDP−1−フコース:β−D−ガラクトシッド2−α−1フコシル−トランスフェラーゼ2;フコシルトランスフェラーゼ2(FUT2);分泌血液グループα2−フコシル−トランスフェラーゼ;分泌因子2(SE2)、D87942。
ガラクトシルトランスフェラーゼ−関連性蛋白−キナーゼp58(GAT);細胞分割サイクル−2−型1(CDC2l1;CLK1)、M37712。
アドレノドキシン、M34788。
アルコール−脱水素酵素−α−下位単位+アルコール−脱水素酵素2+アルコール−脱水素酵素3、M12271+D00137+X34788。
アルコール−脱水素酵素−5−chi−ポリペプチッド、M30471。
アルコール−脱水素酵素−キナーゼ−II−pi−下位単位、M15943。
クレアチン−キナーゼB−鎖、L47647。
脂肪酸−、S80437。
肝臓トリグリセライドリパーゼ(HTGL)、X07228。
胆汁酸塩活性化リパーゼ、M85201;M37044。
ミトコンドリアエノイル−CoA−水和酵素短下位単位1、D13900。
パーオキシイソマール2官能性酵素、L07077。
パーオキシイソマールアシル−CoA−オキシダーゼ−分岐下位単位、(BRCOX)、X95190。
アシル−CoA−脱水素酵素−“長鎖”−特殊前駆物質(LCAD;ACADL)、M74096。
アルコールサルファ転移酵素、L20000。
エストラジオール−17−β−脱水素酵素1、M36263。
チトクロームp450XVIIA1(CYP17A1)、M14564。
パーオキシソマール3−ケトアシル−CoA−チオラーゼ前駆物質(PTHIO);パーオキシソマール3−オキソアシル−CoA−チオラーゼ;β−ケトチオラーゼ;アセチル−CoA−アシルトランスフェラーゼ(ACCA)、X14813。
3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoEnzym−A−還元酵素(HMG−CoA還元酵素;HMGCR)、M11058。
リポ蛋白−リパーゼ−前駆物質(LPL)、M15856。
肺グループIBフォスフォリパーゼ−A2−前駆物質(PLA2);フォスファチジル塩素−2−アシルハイドロラーゼ、M21054。
ミトコンドリアチトクローム−p450−XIA1−前駆物質;p450(SCC);コレステロール−側−鎖−分解−酵素;コレステロール−デスモラーゼCYP11A1、M14565。
ジヒドロフォラート−還元酵素、V00507。
チミジラートシンターゼ(TYMS;TS)、X02308。
細胞質体チミジン−キナーゼ(TKI)、K02581。
リボヌクレオシッドジフォスフェート還元酵素M1下位単位;リボヌクレオチッド還元酵素、X59543。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−2B15−前駆物質(UDPGT);UDPGTH−3;UGT2B15+ミクロソーム2B10−前駆物質(UDPGT);UGT2B10+2ミクロソームB8前駆物質、U08854;X63359;U06641;J05428;Y00317。
GLCLC、GLCL(グルタメート−システイン−リガーゼ触媒下位単位、γ−グルタミルシステインシンターゼ)、M90656。
γ―グルタミルーハイドロラーゼー前駆物質(GGH;GH);フォリルーポリγグルタミルーハイドロラーゼ;γ−グル−X−カルボキシ−ペプチダーゼ;共役酵素、U55206。
3’−フォスフォアデノシン−5’−フォスフォサルフェート−シンターゼ1(PAPS−シンターゼ1;PAPSS1);PAPS−シンターゼ1;サルフリラーゼ−キナーゼ1(SK1)Y10387。
溶解性グルタメート−オキザルアセテート−トランスアミナーゼ1(GOT1);サイトプラズマアスパルテート−アミノトランスフェラーゼ1;トランスアミナーゼA、M37400。
アルコール−脱水素酵素−6+アルデヒド−脱水素酵素1(ALDH1)、K03000。
パーオキシソームアシル−コエンザイム−A−オキシダーゼ、S69189。
“超−長−鎖”−特殊アシル−CoA−脱水素酵素−前駆物質、D43682。
グルタメート−システイン−リガーゼ規制下位単位(GLCLR);γ−グルタミル−システイン−シンターゼ、P48507。
LOX(蛋白−リジン−6−オキシダゼ、リジル−オキシダーゼ)M94054。
オルニチン−脱炭酸酵素、X16277。
コルチコステロイド−11−β−脱水素酵素−アイソザーム2、U14631。
チトクロームp450VA1(CYP5A1)、M80647。
ミトコンドリア脱水素酵素前駆物質(クラス2);ALDHI;ALDH2、Y00109。
5,6−ジヒドロキシインドール−2−カルボン酸−オキシダーゼ前駆物質(DHICAオキシダーゼ);チロシナーゼ−近縁蛋白1(TRP−1);カタラーゼB;グリコ蛋白−75(GP75)、X51420。
テナスシン−前駆物質(TN);ヘキサブラキオン(HXB);サイトタクチン;ニュウロネクチン;GMEM;ミオテンジネーゼ抗原;グリオム−関連性細胞外マトリックス−抗原、X78565;M55618。
オステオポンチン(骨橋)前駆物質(骨シアロ蛋白1)、X13694。
ATP−結合性−カセット−輸送体(ABCR)、U88667。
金属プロテイナーゼ−2−前駆物質の組織−阻害体(TIMP2)、J05593。
マトリックス−金属プロテイナーゼ15(MMP15)、Z48482。
マトリックス−金属プロテイナーゼ14(MMP14)、D26512。
マトリックス−金属プロテイナーゼ1(MMP1)、X54925。
ビンクリン、M33308。
ビメンチン(VIM)、X56134;M14144。
血清−アミロイド−A1−前駆物質(SAA1)、M23698。
センスツェンツマーカー蛋白30(SMP30);レギュカルシン(RGN;RC)、D31815。
ユビキチン“交差反応”蛋白前駆物質(UCRP);α誘導性インターフェロン;インターフェロン誘導17kDa蛋白;G1P2;ISG15、M13755。
ラミニン−γ−2−下位単位−前駆物質(LAMC2)、Z15009。
パーオキサム集合因子1(PAF1);パーオキシソマール膜蛋白3(PXMP3;PMP3);35kDaパーオキシソマール膜蛋白(PMP35;)パーオキシン2(PEX2)、M86852。
パーオキシソマール膜蛋白69(PMP69)、AF009746
パーオキシソーム−バイオゲネーゼ−障害−蛋白1(PEX1)、AF026086。
ミトコンドリアグルタメート−オキザロアセテート−トランスアミナーゼ2(GOT2);アスパルテート−アミノトランスフェラーゼ2;トランスアミナーゼA、M22632。
nck−、ash−及びフォスフォリパーゼ−C−γ−結合性蛋白(NAP4)、AB005216。
N−オキシド−形成ジメチルアニリン−モノオキシゲネーゼ4;肝臓フラビン−含有モノオキシゲネーゼ4(FMO4)、Z11737。
乾皮症色素群F相補化蛋白(XPF);DNA切除−修復蛋白ERCC4;ERCC11、L77890。
複製−蛋白−A−30kDa−下位単位;複製−因子−A蛋白4(RPA4;RFA)、U24186。
mutY同族体(hMYH)、U63329。
β結晶A4(CRYBA4)、U59057。
T化合物蛋白1ε下位単位(TCP1ε);CCTε(CCTE;CCT5)、D43950。
β結晶B1(CRYBB1)、U35340。
β結晶B2(CRYBB2);BP、L10035。
β結晶B3(CRYBB3;CRYB3)、U71216。
ミトコンドリア10kDa熱ショック−蛋白(HSP10);10kDaチャペロニン(CPN10);HSPE1、U07550。
熱ショック−蛋白β−3(HSPB3);熱ショック−17kDa−蛋白;HSPL27、U15590。
推定蛋白ジサルファイドイソメラーゼp5前駆物質、D49489。
90kDa−熱ショック−蛋白β(HSP90);84kDa−熱ショック−蛋白−β(HSP84);HSPCB、M16660。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−6−]前駆物質(UDPGT;UGT16;UGT1F;GNT1)J04093。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼmu3(GSTM);GST5、J05459。
チトクロームp4501A1(CYP1A1);p450−P1 ;p4506型;p450−C、K03191。
パーオキシソーム増殖体−活性化受容体α(PPARα;PPARA)、L02932。
蛋白ジサルファイドイソメラーゼ近縁蛋白−前駆物質(PDIR)、D49490。
肝臓−カルボキシエステラーゼ前駆物質;アシルコエンザイムA:コレステロール−アシルトランスフェラーゼ(ACAT);単細胞/マクロファージ−セリン−エステラーゼ(hMSE);CES2、L07765。
血清−パラオキソナーゼ/アリールエステラーゼ3(PON3);血清−アリールジアルキルフォスファターゼ3;芳香族エステラーゼ3(Aエステラーゼ3)、L48516。
チトクロームp450XXIB(CYP21B);ステロイド21ヒドロキシラーゼ;CYP21A2、M12792;M23280。
チトクロームp450IID6(CYP2D6);p450−DB1;有機堆積物−4−ヒドロキシラーゼ、M20403。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−1−前駆物質(UDPGT;UGT1.1;UGT1A;GNT1);ビリルビ−ン特殊性アイソザーム1(hUG−BR1)、M57899。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−4−前駆物質(UDPGT;UGT1.4;UGT1D;GNT1);ビリルビン特殊性アイソザーム2(hUG−BR2)、M57951。
フラビン−含有アミン−オキシダーゼB(MAOB);モノアミン−オキシダーゼ、M69177。
真核生物ペプチッド鎖リリース因子下位単位1(ERF1);TB3−1;C11蛋白、M75715。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−3−前駆物質(UDPGT;UGT1.3;UGT1C;GNT1)、M84127。
構造−特殊性−認識−蛋白1(SSRP1);組換え−信号−配列−認識−蛋白T160、M86737。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−2−前駆物質(UDPGT;UGT1.2;UGT1B;GNT1);HLUGP4、S55985。
チオプリン−S−メチルトランスフェラーゼ(TPMT)、S62904。
縮小組換え−蛋白−DMC1/LIM15−同族体、D63882。
“短/分岐鎖”−特殊性アシル−CoA脱水素酵素−前駆物質(SBCAD;ACADSB);2−メチル−“分岐鎖”−アシル−CoA−脱水素酵素(2−MEBCAD)、U12778。
チトクロームp450−XIB1前駆物質(CYP11B1);ステロイド−11−β−ヒドロキシラーゼ(S11BH)、X55764。
チトクローム−p450−IVA11(CYP4A11)、X71480。
NADH−チトクローム−B5−還元酵素(B5R);DIA1、Y09501。
コープロポールフィリノーゲン−III−オキシダーゼ−前駆物質(CPO);コープロポールフィリノーゲナーゼ;コープローゲン−オキシダーゼ(COX)、Z28409。
110kDa−熱ショック−蛋白(HSP10);105kDa熱ショック−蛋白;(HSP105);KIAA0201、D86956。
γクリスタリンC(CRYGC;CRYG3);γクリスタリン2+γクリスタリンB(CRYGB;CRYG2);γクリスタリン1−2、U66582+M11971;M11970。
熱ショック−転写因子4(HHSF4)、D87673。
細胞外過酸化物ジスムターゼ前駆物質(ECSOD;SOD3)、J02947。
DNAJ−蛋白−同族体2(DNAJ2;DJ2;HSJ2)、D13388。
DNA“不適合修復”蛋白MSH3;分岐上流−蛋白(UDP);“不適合修復”−蛋白1(MRP1)、J04810。
蛋白−ジサルファイド−イソメラーゼ−近縁蛋白ERP72−前記物質、J05016。
複製−蛋白−A−32kDa−下位単位(RPA32);複製−因子A蛋白2(REPA2;RPA;RFA)、J05249。
多重抵抗−関連性蛋白1(MRP1)、L05628。
カルネキシン−前駆物質(CANX);頭部組織互換性−化合物クラスI抗原−結合性蛋白p88;IP90、L10284;L18887;M94859;M98452。
サイクロフィリン−40(CYP40;CYPD);40kDaペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIASE);ロータマーゼ;サイクロフィリン−近縁蛋白、L11667。
熱ショック−70kDa−蛋白4(HSPA4);HSP70RY;熱ショック−70−近縁蛋白APG−2、L12723。
T−化合物−蛋白−1−ツェータ−下位単位(TCP1−ツェータ);CCT−ツェータ(CCTQ;CCT8);KIAA0002、D13627。
ミトコンドリアストレス−70−蛋白−前駆物質;70kDaグルコース−制御蛋白(GRP75);ペプチッド−結合性蛋白74(PBP74);モータリン(MOT);HSPA9B、L15189。
P23;23−kDaプロジェステロン(黄体ホルモン)−受容体−関連性蛋白、L24804;L24805。
FLAPエンドヌクレアーゼ1(FEN1);成熟−因子1(MF1)、L37374。
FK506−結合性蛋白12(FKBP12);ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ、M34539;M80199;M92423;X55741;X52220。
熱ショック−因子蛋白2(HSF2);熱ショック−転写因子2(HSTF2)、M65217。
3メチルアデニンDNAグリコシラーゼ(ADPG);3アルキルアデニンDNAグリコシラーゼ;NメチルプリンDNAグリコシラーゼ(MPG)、M74905。
カルレチクリン−前駆物質(CRP55);カルレグリン;HACBP;ERP60;52−kDaリボヌクレオ蛋白−自己抗原RO/SS−A、M84739。
形質転換感受性蛋白IEFSSP3521、M86752。
αクリスタリンB下位単位(αBクリスタリン;CRYAB;CRYA2);ローゼンタール繊維コンポーネント、S45630。
熱ショック−蛋白β2(HSFB2);DMPK結合性蛋白;MKBP、S67070。
αクリスタリンA−鎖(CRYAA;CRYA1)、U05569。
ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)、U08021。
フェノール−サルフェート化フェノール−スルフォトランスフェラーゼ1(PPST1);熱安定性フェノール−スルフォトランスフェラーゼ(TS−PST);HAST1/HAST2;ST1A3;STP1+PPST2;ST1A2;STP2+モノアミン−フェノールサルフェート化フェノール−スルフォトランスフェラーゼ、U09031+U28170+L19956。
NADPジヒドロピリミジン脱水素酵素前駆物質(DPD);ジヒドロウラシル脱水素酵素;ジヒドロチミン脱水素酵素(DPYD)、U09178。
転写性規制体atrX;“X−連結”ヘリカーゼII(XH2);“X−連結”−核−蛋白(XNP);RAD54L、U09820。
26−S体蛋白−規制−下位単位S2(PSMD2);腫瘍−壊死−因子−タイプ−1受容体−関連蛋白(TRAP2);55.11蛋白、U12596。
損傷−特殊性DNA−結合性蛋白p127下位単位(DDBAp127);DDB1、U18299。
T−化合物−蛋白−1−δ−下位単位(TCP1−δ);CCT−δ(CCTD;CCT4);RNA−結合性tarの刺激体(SRB)、U38846。
7,8−ジヒドロ−8−オキソグアニン−トリフォスファターゼ(8−オキソdGTPase);mutT−同族体1(MTH1)、D16581。
150−kDa酸素制御蛋白ORP150、U65785。
48−kDaFKBP関連性蛋白(FAP48)、U73704。
T−化合物−蛋白−1−η−下位単位(TCP1−η);CCT−η(CCTH;CCT7);HIV−1NEF相互作用蛋白、U83843。
カタラーゼ(CAT)、X04076。
ポルホビリノーゲン−脱アミン酵素(PBGD);ヒドロキシメチルビラン−シンターゼ(HMBS);プレ−ウロポルフィリノーゲン−シンターゼ、X04808。
Mn+過酸化物−ジスムターゼ−2−前駆物質(SOD2)、X07834;X59445。
94kDa−グルコース−制御蛋白(GRP94);エンドプラスミン−前駆物質;GP96−同族体;腫瘍−拒絶−抗原1(TRA1)、X15187;M33716。
ウラシル−DNA−グリコシラーゼ2(UNG2)、X52486。
T−化合物−蛋白−1−α−下位単位(TCP1−α);CCT−α(CCTA;CCT1)、X52882。
40SリボソーマルタンパクS3(RPS3)、X55715。
47kDa−熱ショック−蛋白−前駆物質;コラーゲン−結合性蛋白1(CBP1);コリギン1+コラーゲン−結合性蛋白2(CBP2)、X61598+D83174。
T−化合物−蛋白−1−γ−下位単位(TCP1−γ);CCT−γ(CCTG;CCT3);TRIC5、X74801;U17104。
転写因子IIH(TFIIH);52−kDa−ベーシック転写因子−2−下位単位(BTF2p52)、Y07595。
“X線修復交互補助蛋白2”(XRCC2)、Y08837。
8−オキシグアニン−DNA−グリコシラーゼ1(OGG1);mutM−同族体、Y11838。
34−kDaベーシック−転写因子−2−下位単位(BTF2p34)、Z30093。
N−オキシド−形成性ジメチルアニリン−モノオキシゲナーゼ5;肝臓フラビン−含有モノオキシゲナーゼ5(FMO5);ジメチルアニリンオキシダーゼ5、L37080。
ユビキチン−型蛋白NEDD8、D23662。
多重抵抗性−蛋白3(MDR3);P−グリコ蛋白3(PGY3)、M23234。
ユビキチン−共役酵素E2−17−kDa(UBE2B);ユビキチン蛋白リガーゼ;ユビキチン−担体−蛋白HR6B、M74525。
59−蛋白;HSP−結合性インミュノフィリン(HBI);推定ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ;52kDa−FK506−結合性蛋白(FKBP52);FKBP59;HSP56;FKBP4、M88279。
熱ショック−蛋白−40同族体(HSP40同族体);DNAJW、U40992。
51kDa−FK506−結合性蛋白(FKBP51);ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ;54kDa−プロジェステロン−受容体−関連性−インミュノフィリン;FKBP54;FF1−抗原;HSP90−結合性インミュノフィリン、U42031。
ヘマトポエティッシュプロジェニター−キナーゼ(HPK1)、U66464。
SPS1/Ste20−同族体KHS1、U77129。
肝臓−グリセルアルデヒド−3−フォスフェート−脱水素酵素(GAPDH;G3PDH)、X01677。
脳−特殊性チューブリン−α−1−下位単位(TUBA1)、K00558。
HLAクラスI組織互換性−抗原−C−4−α−下位単位(HLAC)、M11886。
サイトプラズマβ−アクチン(ACTB)、X00351。
“23kDa高度ベーシック” −蛋白;60Sリボソーマル蛋白L13A(RPL13A)、X56932。
40Sリボソーマル蛋白S9、U14971。
ユビキチン、M26880。
フォスフォリパーゼA2、M86400。
ヒポキサンチングアニンフォスフォリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)、V00530。
【0049】
本発明においては、前記段落の箇条書きの遺伝子(以下、これを表1とする)の本質的に全てのメチル化状態を調べることが特に好ましい。
【0050】
本発明においては、表1に列挙された遺伝子の25%までが含まれていない、一揃いの遺伝子のメチル化が調べられることが好ましい。
【0051】
本発明においては、更に、表1に列挙された遺伝子の95%が、限定された数の、表1に列挙されていない、付加的な遺伝子とともにメチル化状態を調べられることが好ましい。
【0052】
本発明においては、表1に列挙された遺伝子の25%までが、他の表1に列挙されていない遺伝子の相補的一揃いによって、置き換えられる。
【0053】
実証する遺伝子の化学的に前処理されたDNA配列の少なくとも95%が対応する表1に列挙された遺伝子の前処理されたDNA配列と一致することが好ましい。
【0054】
本発明では、エクソンの少なくとも、25塩基対長の断片に100%一致する配列が、同族体である。このことは場合によっては起こり得る読み枠のすれを、まず顧慮して、配列の同族性が認識される。
【0055】
以下の実施例では幾つかの調べる遺伝子及びその毒物学的プロセスの意味が挙げられる。
【0056】
調べる遺伝子のゲノム配列は、公知の、入手可能な、ゲノム配列が寄託されているデータバンクの、その都度の相補的DNA配列と比較によって導き出すことができる。
【0057】
実施例1:HT−29P208細胞の培養、細胞の収得及び染色体DNAの標本化
HT−29P208細胞(5×104細胞/ml)を培養用シャーレに植付け、10%牛胎児血清を添加した、DMEM/Ham’sF−12剤中で、5日間37℃で5%炭酸ガス中で95%合流するまで培養した(Campbell−Thompson、M.und Bhardwaj、B.、Cancer Research 2001、61、632〜640)。次いで、細胞は24時間牛の血清なしの前記F−12剤中で培養した。細胞の培養液を新しいものと交換後、三並列で6時間と24時間、新しいものとして、培養液に10ng/mlをTGF−b1を添加したもの及び培養液に10ng/mlをIL−b1を添加したもの、培養液にトリコスタチン(50nM)を添加したもの、培養液にミルリノン(50μM)を添加したもの、を使用して培養した。培養液から分離した細胞はトリプシンで処理し、遠心分離し、200μlのPBS緩衝液(フリッチェアンドマニアティス出版、分子クローン:研究手引、1989)に再懸濁し、−20℃に保存した。染色体DNAはQIAampキットで、製造指針(Qiagen Hilden)に従って、精製した。
【0058】
実施例2:重亜硫酸塩処理DNAの製造とPCR反応の実施
DNA試料(20ng)を制限酵素Mss1で処理した。処理済DNAを温度を高めた条件下で、亜硫酸水素塩(重亜硫酸塩、酸性亜硫酸塩)及びラジカル捕捉剤で化学変化させた(DE10050942)。その際、非メチル化シトシンの全てが、塩基対挙動がチミンに対応する、ウラシルに変換する。それに対して、5メチルシトシンはこの条件下変化しない。
【0059】
化学的に前処理されたDNAは、次いで、耐熱性DNAポリメラーゼを利用してポリメラーゼ連鎖反応によって増幅される。多重PCR反応は、サーモサイクラー(エッペンドルフGmbH)によって、10ngの重亜硫酸塩処理DNA、及び、その都度6pmolプライマーオリゴヌクレオチッド(32種までの個々のプライマーオリゴヌクレオチッドの混合物、表3参照)、その都度800μMのdNTP 及び4.5mM塩化マグネシウムの使用下実施される。環状化プログラムは、第一段階は14分96℃で、第二段階は60秒96℃で、第三段階45は秒55℃で、第四段階は75は秒72℃、第五段階は10分72℃であり、第二段階及び第四段階は39回繰り返された。
【0060】
表3に挙げられた64種類のDNA断片を、上記のような6通りの多重PCR反応(mPCR)及び重亜硫酸塩処理DNAをテンプレート(複写される側の核酸鎖)として増幅した。ゲノム、重亜硫酸塩処理DNAのmPCR反応(I、J、K、L、M、N)を表3に挙げられたプライマーオリゴヌクレオチッドの組み合わせで行なう。他のプライマーオリゴヌクレオチッドをゲノム、重亜硫酸塩処理DNAの増幅に同様の方法で使用することが同様にできる。特に表1のプライマー対が好ましい。
【0061】
実施例3:選択された遺伝子のメチル化状態の決定
実施例2で製造した増幅産物を固相に結合された状態で、512オリゴヌクレオチッドでハイブリッド化する(Model、F.und Adorjan、P.バイオインフォマチクス、2001、17増補版1、157〜164)。オリゴヌクレオチッドが付加した固相は以下では、オリゴヌクレオチッド−アレーと称する。ハイブリッド化産物の検出感度は、増幅に使用される、Cy5蛍光マーカーを付加されたプライマーオリゴヌクレオチッドに基づく。増幅されたDNAのオリゴヌクレオチッドによるハイブリッド化反応は、例えば、GTTTTTTTCGTTTTAGAG(配列ID6)ただ、メチル化シトシンが重亜硫酸塩処理されたDNAの前記位置に存在するときのみ、行なわれる。特殊なシトシンのメチル化状態はハイブリッド化産物を経て決定される。前記位置のメチル化状態を証明するために、非メチル化シトシンの検出を可能にするところのオリゴヌクレオチッドアレー上にオリゴヌクレオチッドが存在する。これらオリゴヌクレオチッドは、解析すべき位置のオリゴヌクレオチッドがシトシン塩基の位置にチミン塩基を有している、−例えばGTTTTTTTTGTTTTAGAG(配列ID7)−という例外はあるが、試料のメチル化状態の解析に先立ち使用されるオリゴヌクレオチッドと同類である。ある非メチル化シトシンが解析すべき位置に存在するときは、あるハイブリッド化反応が行なわれる。
【0062】
蛍光信号の検出は蛍光スキャナーGenpix4000A(Axon Instruments、USA)によるオリゴヌクレオチッド−アレーのスキャンにより行なわれる。数量的蛍光信号の検出は解析ソフトウエアGenpix3.0(Axon Instruments、USA)により行なわれる。
【0063】
特定の処理を施された細胞のメチル化サンプルを分類するために、HT29−P208細胞のDNAのメチル化サンプルはIL−1b(インターロイキン)またはTGF−b1(形質転換増殖因子)で処理された細胞と共に生育される。得られた結果はデータバンクの記憶装置に入力され、種々のメチル化状態のCpGジヌクレオチッドが同定される。メチル化サンプルはクラスター解析及び統計学的手法により、比較される(Model、F.und Adorjan、P.バイオインフォマチクス、2001、17増補版1、157〜164)。
【0064】
実施例4:外生サイトカイン及び低分子作用物質によるHT29−細胞におけるメチル化状態の変化。
【0065】
この実施例では、生育細胞(実施例参照)のPCR産物(表1参照)がCy5−蛍光マーカーを付されたプライマーと共に重亜硫酸塩で処理されたDNAによって、増幅され混合される。そして、一対の固定されたオリゴヌクレオチッドを各位置に有するガラス担体上でハイブリッド化される。これら、各々の検出オリゴヌクレオチッドは、CpG位置に存在する重亜硫酸塩に親和性の、元は非メチル化状態であるか(TG)またはメチル化状態(CG)であった、配列をハイブリッド化するために、輪郭が描かれた。ハイブリッド化条件は、変形TG及びCGの個々のヌクレオチッドの差異の検出提示するために、選択される。両者の信号の関係は蛍光化信号の強度の比較に基づいて計算される。
【0066】
情報は重要性を判定するマトリックス(図1、2参照)において、処理及び非処理の、HT29−P208細胞の二つのクラスの間のCpGメチル化の差異に関して決められる。P値は重要なメチル化で、(p値?0.05、Model、F.P.Adorjan、A.Olek C.Piepenbrock、Feature selection for DNA methylation based cancer classification.Bioinformatics.2001 Jun;17 Suppl 1 S157〜64)両グループ間の明確な差異を示す。この差異は異なる灰色の濃淡を認識しうる。
【0067】
HT29−P208細胞の64遺伝子断片(表1参照)のメチル化状態の比較調査(研究)は、IL−1bもTGF−b1も特定の遺伝子のメチル化状態の変化に通じることを示す。異なるCpG位置のメチル化度に付いては、コントロール(培養液中にはHT29−P208添加)に対して、TGF−b1を培養液に追加補助した場合のメチル化度は僅かであり、IL−1bを培養液に追加補助した場合のメチル化度はより高いことが見出された。
メチル化状態の変化は24時間の処理後に観察され得る(図1、2参照)。6時間の処理後では明確なメチル化の状況は検知できない(データは無い)。TGF−a遺伝子CpG位置の例外として、TGF−b1とIL−1bが、異なる遺伝子のメチル化状態を変化させる。
【0068】
図3にTGF−a、EGFR、ANT1及びEカドヘリンの各遺伝子の選択された子CpGsのメチル化状態が描出されている。これら遺伝子の増幅は実施例2の条件で行なわれる。表2には使用されるプライマー配列、その配列ID、PCR−断片の長さ及びメチル化解析に使用されるオリゴヌクレオチッドとその配列IDが纏めて記載されている。メチル化状態の決定は、TG−及びCG−オリゴスの蛍光信号の総和に対する、CG−オリゴス蛍光信号の商(除法計算の)の計算によってなされる。これによれば、メチル化状態は0と1の間で変化する、ここで、0は最小の、1は最大のメチル化状態を示す。ここで調べたHT29−P208細胞のCpG位置について、TGF−b1による処理で、メチル化状態の著しい減少が確認された(図3参照)。これに対し、IL−1bによる処理では、メチル化状態は変化無いか、または、増加が確認された(図3、A1 u.図2、B1u.図2、D1参照)。他の実験では、EGFR、ANT1及びCDC25Aの各遺伝子の選択されたCpG位置のメチル化状態に対するミルリノン及びトリコスタチンの影響が調べられた。HT29−P208細胞のミルリノンによる処理によって、メチル化状態は減少し、トリコスタチンによる処理によって、増加した(図4参照)。
【0069】
実施例5:Cyp1a1遺伝子のメチル化解析
遺伝子発現の変化を反映して、変化したメチル化サンプルの解析においては、遺伝子、酵素がコード化され、毒物学的物質の触媒作用によって形質変換された遺伝子、酵素がコード化される。中心的機能はサイトクロームP450ファミリーの遺伝子である。動物実験では、このクラスの遺伝子の一つ、Cyp1a1が、マウス群をβ−ナフトフラボンに曝露後、誘発される(Arch Biochem Biophys 2000 Apr 1;376(1):66−73)。メチル化解析のために、先ず、Cyp1a1をコード化するゲノムDNA配列が同定されなければならない。それには、例えば、コドンDNA配列(遺伝子バンクAcc.NM000499)がゲノムデータバンクの一つ(例えば、遺伝子バンクhtgs)と比較され、その際、インターネットにより可能な(www.ncbi.nlm.nih.gov)、BLASTアルゴリズム比較計算法が使用される。
この場合、Cyp1a1にコード化される、ゲノムDNA(遺伝子バンクAcc.AC020705)の断片が同定される。好ましくは、そのメチル化が遺伝子発現に影響する、重要なCpGジヌクレオチッド、好ましくは、これらの断片中に見られるので、好ましくは、プロモーター及び初期のエクソンまたはイントロンの範囲のゲノム断片のメチル化の差異が調べられる。Cyp1a1遺伝子の例では、下記のゲノム配列断片のエクソン1(太字で強調している)が存在する。
【0070】
Cyp1a1遺伝子のエクソン1を含むゲノム範囲(エクソン1強調される)
【0071】
重亜硫酸塩処理及びPCR増幅後の配列断片(使用されたプライマーオリゴヌクレオチッド及び解析されたCpGが強調されている)
Cyp1a1、センス1、重亜硫酸塩
【0072】
上記のゲノム断片の一部を重亜硫酸塩処理後に増幅するために、例えば、配列TATGTTAAATGGTATTGG及びCATCCAAAAACTATの二つのプライマーが使用される。この配列で限定された1316塩基対長の断片が増幅される。これらの増幅産物は予め一つの固相に結合したオリゴヌクレオチッド、例えば、CTACCCCGTAATAがハイブリッド化される。その際、実証すべきシトシンが増幅産物の837位に存在する。ハイブリッド化産物の実証は、増幅に使用された、プライマーオリゴヌクレオチッドのCy3またはCy5の蛍光マーカーで行なわれる。ただし、重亜硫酸塩処理されたDNAのこの位置に、メチル化シトシンが存在すれば、増幅されたDNAのハイブリッド化反応が、オリゴヌクレオチッドで行なわれる。このようにして、その都度、調べるシトシンのメチル化状態が、ハイブリッド化産物を経由して決定される。
【0073】
実施例6:メチル化標本の決定による、化学物質の毒物学的クラス分類
メチル化サンプルによって、化学物質の一定のクラス分類を行なうために、先ず、非検物質に曝露された生物群と曝露されない生物群のDNAメチル化サンプルの調査を行なう。その結果はデータバンクに登録され、両群の中でのメチル化が異なるCpGジヌクレオチッドが同定される。次いで、判定する物質のメチル化サンプルと他の化学物質の既知のメチル化サンプルが対比される。他の化学物質の毒物学的特性から、類似のメチル化サンプルでもって、調べる物質の特性に対する示唆が得られた。
【0074】
本発明の対象は、重亜硫酸塩が含まれる反応液、配列が少なくとも18塩基対長の断片であって、調べる遺伝子の塩基配列に対応するか、または、それに相補的である、少なくとも二つのオリゴヌクレオチッドを含むプライマーオリゴヌクレオチッドの一揃い、増幅産物製造用オリゴヌクレオチッド及び/またはPNAオリゴマー、コントロール核酸及び本発明の方法の実施及び評価用指導書からなるキットである。
【0075】
図面の説明
図1
非処理HT29−P208細胞(A)及びTGF−b1処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックス[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]を表したものである。数字1〜3は3つの独立実験を記号で示したものである(細胞処理及びメチル化解析)。各水平横帯はメチル化状態がp<0.05で、両解析群が異なる、一つのCpGを表す。比較的高いメチル化度はより暗い灰色に対応し、比較的低いメチル化度はより明るい灰色に対応する。
【0076】
図2
非処理HT29−P208細胞(A)及びIL−1b処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックス[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]を表したものである。数字1〜3は3つの独立実験を記号で示したものである(細胞処理及びメチル化解析)。各水平横帯はメチル化状態がp<0.05で、両解析群異なる、一つのCpGを表す。比較的高いメチル化度はより暗い灰色に対応し、比較的低いメチル化度はより明るい灰色に対応する。
【0077】
図3
非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、TGF−b1(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のIL−1b(白い棒)HT29−P208細胞等の8CpGsのメチル化状態[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]の数量的解析結果を表したものである。
オリゴ−SEQIdsによって表されるCpGsとしては、以下の遺伝子が調べられる。
TGF−a(A1、オリゴSEQIDs6、7;A2、オリゴSEQIDs8、9)、EGFR(B1、オリゴSEQIDs20、21;B2、オリゴSEQIDs22、23)、ANT1(C1、オリゴSEQIDs32、33;C2、オリゴSEQIDs34、35)及びE−カドヘリン(D1、オリゴSEQIDs13、14;D2、オリゴSEQIDs15、16)。y軸の数値はCG−オリゴスの蛍光信号のTG−及びCG−オリゴスの蛍光信号の総和に対する、商として計算される値である。
【0078】
図4
非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、トリコスタチン(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のミルリノン(白い棒)HT29−P208細胞等の4CpGsのメチル化状態[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]の数量的解析結果を表したものである。
オリゴ−SEQIDsによって表されるCpGsとしては、以下の遺伝子が調べられる。
EGFR(A1、オリゴSEQIDs22、23)、ANT1(B1、オリゴSEQIDs32、33;B2、オリゴSEQIDs34、35)及びCDC25A(C1、オリゴSEQIDs27、28)。y軸の数値はCG−オリゴスの蛍光信号のTG−及びCG−オリゴスの蛍光信号の総和に対する、商として計算される値である。
【0079】
【表2】
【0080】
【表3】
【図面の簡単な説明】
【図1】非処理HT29−P208細胞(A)及びTGF−b1処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックスを表したものである。
【図2】非処理HT29−P208細胞(A)及びIL−1b処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックスを表したものである。
【図3】非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、TGF−b1(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のIL−1b(白い棒)HT29−P208細胞等の8CpGsのメチル化状態を表したものである。
【図4】非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、トリコスタチン(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のミルリノン(白い棒)HT29−P208細胞等の4CpGsのメチル化状態の数量的解析結果を表したものである。
近年の分子生物学における手法的開発による研究的観察水準は遺伝子自体、この遺伝子のRNAの解読、そこから発生する蛋白である。個々の開発過程でどの遺伝子が評価されるか、そして、いかにして、特定の細胞および組織における特定の遺伝子の活動及び阻害が制御されるか、は遺伝子またはゲノムのメチル化の程度及び性格と関連づけることができる。個々の遺伝子またはゲノムの変化させられたメチル化サンプルにおいて、病気の状態が表現される。
【0002】
本発明においては、毒物学的関与のある遺伝子のメチル化状態が決定され、その際得られるメチル化サンプルのデータ同時に把握される。対応する対照試料とサンプルとの比較によって、物質の毒物学的特性に包含された予測をすることができる。更に、本発明は調べる遺伝子のメチル化位置の広範囲の解析を可能にする方法を提案する。
【従来の技術】
【0003】
化学物質の毒物学的判定は、現状では、殆ど動物実験によって行なわれている。動物実験は倫理的問題を孕み、且つ経費が高額になる。毒物学的結論をよりよく評価するために、遺伝子発現の解析法の使用が増加している。このような発端はこれまでは本質的にメッセンジャーRNAの解析に頼っていた。なかんずく、DNAチップ使用によれば、数千の遺伝子について、その転写性の変換に関しても同時に研究できる。他方、遺伝子発現の変化から、特定の毒物学的パラメーターを決定することができる(Stoughton R.et al.、U.S.6132969)。
【0004】
5−メチルシトシンは真核生物の細胞のDNAの頻繁に共有変換される塩基である。これは例えば、遺伝子刷り込み及び腫瘍遺伝子での転写規制においてある役割を演じる。遺伝情報の構成成分としての5−メチルシトシンの同定は、だから、非常に興味ある問題である。5−メチルシトシンは、シトシンと同じ塩基対挙動を示すので、5−メチルシトシンの位置は配列によっては同定できない。PCR増幅では5−メチルシトシンを含む後生的情報は完全に失われる。
【0005】
比較的新しく、そうこうするうちに頻繁に使われだした、DNAの5−メチルシトシン研究方法は、シトシンと重亜硫酸塩との特殊な反応である。その反応に続いて、アルカリ加水分解によりウラシルに変換され、これは、塩基対挙動がチミジンに対応する。これに対し、5−メチルシトシンはこの条件下で反応しない。元来、ハイブリッド化挙動によってはシトシンと区別できないメチルシトシンが、今や、“通常”の分子生物学的手法により、唯一、シトシンのままで、例えば、増幅及びハイブリッド化または配列によって証明され得る。これら全ての技術は現在完全に利用されている塩基対に基づくものである。従来技術で、感度に関しては、調べるDNAをアガロースマトリックス中に封じこめて、それにより拡散及びDNAの変性(重亜硫酸塩が単鎖DNAとのみ反応する)が妨げられ、全ての沈殿及び精製行程が迅速な透析に置き換えられる(Olek、A.et al.、Nucl.Acids.Res.1996、24、5064−5066)。この方法によって、方法の潜在力が具体化され、個々の細胞が調べられるようになる。勿論、個々の領域で、これまでに約3000塩基対長までが調べられたが、メチル化解析による数千の広範囲の細胞の調査は不可能である。勿論この方法は僅少量の試料からの非常に小さい断片の信頼性ある解析はできない。この試料が拡散防止措置にも拘らず、マトリックスを通ってロスされる。
【0006】
他の、5−メチルシトシンを実証する、公知の可能性の概観は下記の外観論文から得られる。Rein、T.、DePamphilis、M.L.、Zorbas、H.、Nucleic Acids Res.1998、26、2255。
【0007】
重亜硫酸塩技術はこれまで僅かの例外で、研究のために使用されていた(例えば、Zechnik、M.et al、Eur.J.Hum.Gen.1997、5、94 ̄98)。しかし、公知の遺伝子の特殊な短い断片が重亜硫酸塩処理により増幅され、相補的に配列されるか(Olek、A.und Walter、J.、Nat.Genet.1997、17、275−276)、または個々のシトシン位置が“プライマー伸長反応”(Gonzalgo、M.L.und Jones、P.A.、Nucl.Acids.Res.1997、25、2529−2531、WO−特許9500669)または一つの酵素断片(Xong、Z.und Laird、P.W.、Nucl.Acids.Res.1997、25、2532−2534)が証明される。それについては、ハイブリッド化による証明が記載されている(Olek et al.、WO9928498)。
【0008】
更に、個々の遺伝子のメチル化への重亜硫酸技術の適用が記載されている刊行物は、Xong、Z.und Laird、P.W.(1997)、Nucl.Acids.Res.25、2532; Gonzalgo、M.L.und Jones、P.A.(1997)、Nucl.Acid.Res.25、2529;Grigg、S.und Clark、S.(1994)、Bioassays 16、431; Zechnik、M.et al.(1997)、Human Molecular.Genetics 6、387;Teil、R.et al.(1994)、Nucl.Acids.Res.22、695;Martin、V.et al.(1995)、Gene 157、261;WO 9746705、WO 9515373 und WO 45560。
【0009】
オリゴマーアレーの従来の製造技術の概観は1999年1月に出されたネイチャージェネチックスの特別号(Nature Genetics Supplement、Volume 21、January 1999)及びそこで引用された文献から得られる。
【0010】
固定されたDNA−アレーの調査のために、多重蛍光マーカーをふされたゾンデが使用される。特に、好適な蛍光マーカーはゾンデの5−OHに単一のCy3及びCy5色素を付与することである。ハイブリッド化ゾンデの蛍光体の検出は例えば、コンフォカール顕微鏡で行われる。Cy3及びCy5色素及び他の色素も市販されている。
【0011】
マトリックス−補助レーザー脱離/イオン化−質量分析(MALDI−TOF)は分子生物学の分析において極めて有力な開発手段である[Kras、M.und Hillenkamp、F.(1998)、分子量10000を超える蛋白質のレーザー脱離イオン化。Anal.Chem.60:2299−2301]。被分析物は光吸収性マトリックスに埋め込まれる。短時間のレーザー照射により、マトリックスが蒸発し、被分析分子は断片から気相に運ばれる。マトリクス分子の衝撃によって、被分析物のイオン化が達成される。電圧をかけられ、イオンは飛行管中へと加速される。異なる重量毎にイオンは異なる強さで加速される。小さいイオンは大きいイオンよりも早く検知器に到達する。
【0012】
ゲノムDNAは標準法により、細胞、組織または他の試験試料から得られる。この標準法はフリッチェアンドマニアチス出版の分子クローン:研究手引き、1989年のような参考文献に記載されている。
【0013】
現在の技術では、毒物学的診断のためのメチル化位置に関する大量の試料を扱うことはできない。
【0014】
【発明の課題】
本発明は毒物学的に関連する遺伝子のメチル化状態による診断に好適な方法を提供するものである。本発明は、特に、毒物学的に関連する遺伝子の発現の変化による、シトシンのメチル化状態に基づく診断に好適であるとの知見に基づくものである。
【0015】
本発明は、特定の物質の毒物学的特徴(特性)の判定の方法に関する。試験対象物質による影響によって、ゲノムDNAのメチル化状態またはメチル化サンプルに生じた特殊な変化を検出(検知)することに基づく。
【0016】
本発明におけるメチル化状態は特定のDNA試料のシトシン塩基のメチル化状態を言う。
【0017】
その毒性を調べる物質に予め曝した特定の生物または培養細胞から、その特定の生物または培養細胞のDNAを含む試料を採取する。
【0018】
解析するゲノムDNAは、好ましくは、通常、DNAの供給源、例えば、細胞列、生検、血液、喀痰、便、尿、脳脊髄液;パラフィン埋め込み組織、例えば、眼、腸、腎臓、脳、心臓、前立腺、肺、乳房または肝臓の組織;組織の顕微鏡スライドガラス及びこれらから得られる全ての可能な組み合わせから得られる。
【0019】
本発明の方法の第一段階では、メチル化シトシン塩基が前記DNA試料の中の他の連続する塩基の一つに変化するように処理する。次いで、前記処理されたDNA試料の連続する塩基が決定され、試料に特徴的なメチル化状態またはメチル化サンプルが決定される。最終的に、得られたメチル化状態またはメチル化サンプルと、他の試料のメチル化状態またはメチル化サンプルとを比較して、生物または培養細胞への、使用された物質の影響が決定されるか及び/または他の物質の影響とが交互に比較される。
【0020】
本発明の方法の第一段階では、特定のゲノムDNA試料が、5’−位置の非メチル化シトシン塩基がウラシル、チミンまたは、ハイブリッド化挙動がシトシンのそれに類似していない他の塩基に変換されるように、化学処理される。これは、以下で、化学的前処理下に理解される。
【0021】
上記ゲノムDNAの処理は好ましくは、重亜硫酸塩(亜硫酸水素塩、重亜硫酸塩)で処理され、次いで、アルカリ加水分解処理される。これにより、非メチル化シトシンヌクレオ塩基がウラシルに変化する。
【0022】
本発明の方法の第二段階では、化学処理されたDNAの一部の連続塩基が決められ、資料に特徴的なメチル化状態が決められる。
【0023】
本発明の方法の第二段階では、好ましくは、次ぎに、化学的に前処理されたゲノムDNA断片はプライマーオリゴヌクレオチッドによって増幅される。
【0024】
好ましくは、塩基対長が100〜2000の異なる10種類以上のの断片が増幅される。
【0025】
本発明の方法の好ましい一態様では、増幅はポリメラーゼ連鎖反応により行なわれる。その際、熱安定性DNAポリメラーゼを使用することが好ましい。
【0026】
本発明の方法においては、多数のDNA断片の増幅が一つの反応容器で行なわれることが好ましい。
【0027】
本発明の方法の好ましい一態様では、プライマーオリゴヌクレオチッドの一揃いは、少なくとも二つのオリゴヌクレオチッドからなり、その配列は、その都度逆相補的であるか、または調べる遺伝子の配列の中の、少なくとも18塩基対長の断片と同一である。プライマーオリゴヌクレオチッドはCpGジヌクレオチッドを含まないことが好ましい。
【0028】
化学的に前処理されたDNAの特定の断片の増幅のために、使用される二つのプライマーオリゴヌクレオチッドのうちの少なくとも一つが同定可能なマーカーを含むことが好ましい。
【0029】
本発明の方法においては、増幅産物のマーカーとして、蛍光マーカーを使用することが好ましい。
【0030】
本発明の方法においては、増幅産物のマーカーとして、放射性核種を使用することが好ましい。
【0031】
本発明の方法においては、増幅産物のマーカーとして、質量分析計で実証可能な類型的な質量の、可溶性分子断片を使用することが好ましい。
【0032】
本発明の方法においては、増幅産物、増幅産物の断片または増幅産物に相補的なゾンデが質量分析計で実証可能であることが好ましい。
【0033】
本発明の方法においては、質量分析計の検出感度改善のため生成した断片が個々に陽または陰の正味の電荷を示すことが好ましい。
【0034】
本発明の方法においては、検出をマトリックス−補助レーザー脱離/イオン化質量分析(MALDI)またはエレクトロシュプレー質量分析(ESI)によって実施し、または映像化することが好ましい。
【0035】
本発明の方法においては、増幅時に、少なくとも一つのプライマーオリゴヌクレオチッドが固相に結合することが好ましい。
【0036】
本発明の方法においては、ゾンデオリゴヌクレオチッドまたはPNAオリゴマーが固相の一定の位置に結合することが好ましい。
【0037】
本発明の方法においては、更に、異なるオリゴヌクレオチッド及び/またはPNAオリゴマー配列が固相の平面上に直角形または六角形状の格子形に配置されることが好ましい。
【0038】
本発明の方法においては、固相表面がシリカ、ガラス、ポリスチロール、アルミニウム、鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金からなることが好ましい。
【0039】
本発明の方法の第三段階では、増幅産物が少なくとも10オリゴヌクレオチッドの一揃いまたはPNAオリゴマーゾンデにハイブリッド化される。増幅物は、固相に結合するオリゴヌクレオチッドにハイブリッド化される試料としての役割を果たす。本発明においては、ハイブリッド化の下で、試料DNAにおいて、ワトソンクリックの塩基対のように、オリゴヌクレオチッドの二本鎖構造の形成時完全に相補的な配列に結合することが理解される。次いで、非ハイブリッド化断片が除去される。
【0040】
前記オリゴヌクレオチッドは13ヌクレオチッド長の少なくとも一つの塩基配列を含み、これは逆相補的であるかまたは調べる遺伝子の塩基配列の断片と同じである。CpGジヌクレオチッドのシトシンは13merの5末端の5〜9ヌクレオチッドであることが観察される。各CpGジヌクレオチッド毎に一つのオリゴヌクレオチッドが存在する。
【0041】
前記PNAオリゴマーは13ヌクレオチッド長の少なくとも一つの塩基配列を含み、これは逆相補的であるかまたは調べる遺伝子の塩基配列の断片と同じである。この遺伝子は少なくとも、一つのCpGジヌクレオチッドを含む。CpGジヌクレオチッドのシトシンは9merの5末端の4〜6ヌクレオチッドであることが観察される。各CpGジヌクレオチッド毎に一つのオリゴヌクレオチッドが存在する。
【0042】
本発明の方法の第四段階では、ハイブリッド化されない増幅産物が除去される。
【0043】
本発明の方法の最終段階では、ハイブリッド化された増幅産物が検出される。
【0044】
本発明の方法においては、一つのオリゴヌクレオチッド配列が存在する固相の各位置の増幅産物中のマーカーは同定可能であることが好ましい。
【0045】
本発明の方法においては、一群の遺伝子内部のメチル化状態による診断方法の使用が好ましく、この遺伝子は、特に良好に実証される毒物学的プロセスとの結び付きが際立っている。
【0046】
本発明の方法は、好ましくは、診断方法及び/または患者または各健常者にとって好ましくない事件の予測に役立つ。その際、この好ましくない事件は毒物学的に意味のあるパラメーターの診断と関連する。
【0047】
本発明の方法は、診断方法及び/または患者または各健常者にとって好ましくない事件の予測に使用される。その際、この好ましくない事件は毒物学的に意味のあるパラメーターの診断と関連する。
【0048】
調べる遺伝子の一揃いは、少なくとも、以下に、箇条書きで列挙する遺伝子または配列の一つを含む。それらはエクソンの範囲と一致するか、または、以下の列挙遺伝子の少なくとも85%と一致する。以下に、上記した遺伝子について、遺伝子名及び遺伝子バンク受理番号の順に箇条書きで示す(これを表1とする)。
血清伝達−前駆物質;β−1−金属結合グロブリン、M12530。
ラクト伝達−前駆物質;ラクト伝達、X53961。
アポリポ蛋白E前駆物質(APOE)、M12529。
リポポリサッカライド−結合蛋白前駆物質、M35533。
B−リンパ球キナーゼ;チロシン−蛋白−キナーゼBLK;p55−BLK、Z33998。
アポリポ蛋白A−I前駆物質(APOAI)、X00566。
アポリポ蛋白A−II前駆物質(APOAII)、X00955。
アポリポ蛋白C−III前駆物質(APOCIII)、X01388。
エンドテリン1(ET1)、Y00749。
マクロファージコロニー−刺激因子1(CSF1;MCSF)、M37435。
ファミリアル肝臓内胆汁鬱帯1蛋白(FIC1)、AF038007。
血管内腔壁増殖因子D(VEGFD);C−FOS−誘導増殖因子(FIGF)、D89630。
補完性−成分−4−結合蛋白α(C4B−結合蛋白;C4BPA);プロリンリッチ蛋白(PRP)、M31452。
インスリン−類似増殖因子II(IGF2);ソマトメジンA、M29645
顆粒球マクロファージコロニー−刺激性因子(GM−CSF);CSF2、M11220。
表皮増殖因子−前駆物質(EGF);β−ウロガストロン、X04571。
肝細胞増殖因子−活性因子(HGF−活性因子)、D14012。
マクロファージ−炎症蛋白−1−β−前駆物質(MIP1−β);T−細胞−活性化−蛋白2(AT2);PAT744;H400;SIS−γ;リンパ球−活性化−遺伝子−1−蛋白(LAG1);HC21;小誘導性サイトカインA4(SCYA4);G26T−リンパ球分泌性タンパク、J04130。
グリア増殖因子−2−前駆物質(GGFHPP2);ノイレグリン(Neuregulin);ヘレグリン(Heregurinn)−β3+“細分化因子”+ヘレグリン(Heregurinn)−αL1220;L12261+U02326+M94165
T−細胞−特殊ランテス(Rantes)−蛋白−前駆物質;sisデルタ;小誘導性サイトカインA5(SCYA5);“ランテス(Rantes)パー−炎症”−サイトカイン、M21121。
マクロファージ−“炎症”−蛋白−1−α−前駆物質(MIP1−α);扁桃−リンパ球−LD78−α−蛋白;GOS19―1―蛋白;PAT464.2;SIS―β;小誘導性サイトカイニンA3(SCYA3)、M23452。
オンコスタチン(Onkostatin)M(OSM)、M27288。
インスリン−類似−増殖因子―結合蛋白1(IGFBP1);胎盤蛋白―12(PP12)、M31145。血管内皮細胞―増殖因子前駆物質(VEGF);血管透過性因子(VPF)、M32977;M27281。
肝細胞増殖因子(HGF);分散因子(SF);ヘパトポイエチン(Hepatopoietin)A、M60718。
胸腺ホルモンβ−10(TMSB10;THYB10);PTMB10、M92381。
インターフェロンγ−誘導性蛋白−前駆物質(γ−IP10)、X02530。
マクロファージ“炎症”−蛋白2α(MIP2−α);増殖調節蛋白β(GRO−β)、X53799。
OX40リガンド(OX40L);GP34;tax−転写活性化グリコ蛋白1(TXGP1)、X79929。
形質転換増殖因子β3(TGF−β3)、J03241。
δ−型蛋白前駆物質(DLK)、U15979;Z12172。
インスリン−型増殖因子−IA前駆物質(IGFIA);IGFBP1;ソマトメジンC+インスリン−型増殖因子−I(IGF1)、M27544+M37484。
CCケモカイン−エオタキシン−前駆物質;好酸性、走化性蛋白;小誘導性サイトカインA11(SCYA11)、D49372;Z75669;Z75668。
“ソニック−ハリネズミ”、L38518。
インターロイキン−1−受容体−拮抗蛋白−前駆物質(IL1RA;IRAP)、M63099。
マクロファージ−インヒビターサイトカイン1(MIC1)、AF019770。
エリスロポイエチン、M11319。
好酸性“肉芽−メジャー−ベーシック”蛋白−前駆物質(MBP);妊娠結合メジャー−ベーシック−蛋白;骨髄−プロテオグリカン2、Y00809。
インスリン−型増殖因子−結合蛋白−3−前駆物質(IGF−結合蛋白3;IGFBP3;IBP3)、M31159;M35878。
細胞性レチン酸結合蛋白II(CRABP2)、M68867。
コーチコリベリン−前駆物質;副腎皮質刺激ホルモン放出因子(CRF);副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン(CRH)、V00571。
インターフェロン−γ−前駆物質(IFNγ;IFNG);免疫インターフェロン、X01992;M29383。
インターロイキン−2−前駆物質(IL−2);T−細胞−増殖因子(TCGF)、A14844。
インターロイキン−1−α−前駆物質(IL−1α;IL1A);肝臓ポイエチン−1、X02851。
インターロイキン−4−前駆物質(IL−4);B−細胞刺激因子1(BSF−1);リンパ球刺激因子−1、M13982。
インターロイキン−6−前駆物質(IL−6);B−細胞刺激因子2(BSF−2);インターフェロン−β−2(IFNB2);ハイブリッドム−成長因子、X04602;M14584。
インターロイキン−5−前駆物質(IL−5);T−細胞−置換−因子(TRF);好酸球細分化−因子;B−細胞−細分化因子I、X04688;J03478。
インターロイキン−12−β−下位単位前駆物質(IL−12B);細胞毒リンパ球−成熟−因子40−kDa−下位単位(CLMFp40);NK−細胞−刺激因子−下位単位2(NKSF2)、M65290。
インターロイキン−12−α−下位単位前駆物質(IL−12A);細胞毒リンパ球−成熟−因子35−kDa−下位単位(CLMFp35);NK−細胞−刺激因子−下位単位1(NKSF1)、M65291。
膵臓炎−関連蛋白−1−前駆物質、D13510。
α−1−酸−グリコ蛋白−1−前駆物質(AGP1);Orosomucoid(副腎皮質生成ステロイド)1(OMD1)、X02544。
C―反応性蛋白―前駆物質、X56692。
副腎皮質生成ステロイド−結合グロブリン、J02943。
プロスタグランジン―エンドパーオキサイド―合成―1―前駆物質;プロスタグランジン−G/H―合成―1(PGH−合成−1;PTGS1;PHS1);シクロオキシゲナーゼ−1(COX1)、M59979。
アンピフィシン(AMPH)、U07616。
5−ヒドロキシトリプタミン−1D−受容体(5−HT−1D;HTR−1D);セロトニン−受容体、M89955。
ニュウロメジン−B−前駆物質、M21551。
頭部−プリオン−蛋白−前駆物質(PRP);PRP27〜30;PRP33〜35C;ASCR、M13667。
ドーパミン−β−ヒドロキシラーゼ(DBH);ドーパミン−β−モノオキシゲナーゼ−前駆物質、X13255。
アルツハイマー−病−アミロイド−A4−蛋白−前駆物質;プロテアーゼネキシン−II(PN−II);APPI、Y00264。
膜結合及び溶解性カテコール−O−メチル転移酵素(COMT)、M65212。
フラビン−含有アミン−オキシダーゼ−A;モノアミン−オキシダーゼ(MAO−A)、M68840。
エリスロポエチン−受容体(EPOR)、M60459。
陽イオン非依存性マンノース−6−燐酸−受容体−前駆物質(CI−Man−6−P−受容体;CI−MPR);インスリン型増殖因子−II−受容体(IGFR−II)、Y00285;J03528。
アクチビン受容体型II前駆物質(ACTRIIA;ACVR2)、D31770。
レチノイド−X−受容体−GAMMA(RXR−GAMMA)、U38480。
転写性促進−因子(TEF1);蛋白GT−IIC;転写因子13(TCF13)、M63896。
グルココルチコイド−受容体(GRL)、M10901。
オーファン−細胞核−ホルモン−受容体BD73、L31785。
低密度−リポタンパク−受容体(LDL受容体;LDLR)、M28219。
スルフォニル尿素−受容体2A(SUR2A)、AF061323。
スルフォニル尿素−受容体(SUR);ATP−結合カセット−亜科C(CFTR/MRP)構成体8(ABCC8)、L78207。
ファルネソール−受容体HRR1、U68233。
チロシン−蛋白−キナーゼ−受容体UFO、X66029。
結腸直腸−癌−抑制−蛋白−前駆物質(DCC)、X76132。
血管−細胞−癒合−蛋白1、X53051。
α1−カテニン(CTNNA1);カドヘリン−結合蛋白;αE−カテニン、D13866;D14705;L23805;L22080;D25303;L24158。
インテグリン−α−9(ITGA9);インテグリン−α−RLC細胞内癒合−分子−1−前駆物質(ICAM1);主要グループ−リノウィールス−受容体;CD54−抗原、J03132。
Ras−近縁蛋白RAB5A、M28215。
E−セレクチン−前駆物質(SELE);内腔−リンパ球−癒合−分子1(ELAM1);リンパ球−内腔−細胞癒合−分子2(LECAM2);CD62E抗原、M30640。
NADH−ユビキノン−デヒドロゲナーゼ−1−β−二次化合物−7 18kDa−下位単位(NDUFB7);化合物−I−B18(CI−B18);細胞癒合−蛋白SQM1、M33374。
神経−カドヘリン−前駆物質(N−カドヘリン;NCAD);カドヘリン2(CDH2)、M34064;X57548;X54315;S42303。
細胞表面−癒合グリコ蛋白LFA−1/CR3/p150、95β−下位単位−前駆物質;LYAM1;インテグリン−β−2(ITGB2);CD18−抗原;補体−受容体−C3−β−下位単位、M15395。
フィブロンエクチン−受容体α−下位単位(FNRA);インテグリン−α5(ITGA5);VLA5;CD49E抗原、X06256。
フィブロンエクチン−受容体β−下位単位(FNRB);インテグリン−β−1(ITGB1);“Very Late”抗原4β下位単位(VLA4);CD29抗原、X07979。
インテグリン−α−L(ITGAL);白血球癒合グリコ蛋白−α−下位単位−前駆物質;白血球−機能結合−分子−1−α−鎖(LFA1);CD11A抗原、Y00796。
カドヘリン−6−前駆物質(CDH6);腎臓−カドヘリン(K−カドヘリン)、D31784。
カドヘリン−11−前駆物質(CDH11);骨芽細胞−カドヘリン(OB−カドヘリン);OSF4、L34056。
カドヘリン12(CDH12);脳髄−カドヘリン前駆物質(Br−カドヘリン);神経カドヘリン2(N−カドヘリン2)、L34057;L33477。
カドヘリン13(CDH13);麻痺−カドヘリン前駆物質(T−カドヘリン);心臓−カドヘリン(H−カドヘリン2)、L34058;U59289;U59288。
カドヘリン3(CDH3);胎盤−カドヘリン前駆物質(P−カドヘリン;CDHP)、X63629。
ギャップ−接合−α−5−蛋白(コネキシン40)(CX40)、L34954。
インボルクリン、M13903。
フィブリノゲン−G−γ−ポリペプチッド、X51473;X02415;K02569。
原形質−細胞−膜グリコ蛋白PC−1;アルカリフォスフォジエステラーゼI;ヌクレオチッドピロフォスファターゼ(NPPase)、M57736。
アンネキシンV;リポコルチンV;エンドネキシンII;カルフォビンディンI(CBP−I);胎盤−抗凝固性−蛋白I(PAP−I);PP4;血栓形成−阻害体;血管内凝固阻害−α(VAC−α;アンコリンCII)、X12454。
アミニンα1下位単位前駆物質(LAMA1);ラミニン−A−鎖、X58531。
腸内脂肪酸−結合蛋白2(FABP2;IFABP)+肝臓−脂肪酸−結合蛋白1(FABP1;LFABP)、M10050+M10617。
有機陰イオン用ナトリウム非依存性輸送体;有機陰イオン輸送ポリペプチッド(OATP);SLC21A3、U21943。
N1用ポリ特殊性輸送体(OCTN1)、AB007448。
TNF−α−刺激性ABC−蛋白(TSAP)、AF027302。
有機陽イオン用輸送体−型蛋白2(ORCTL2)、AF037064。
有機陽イオンN2用輸送体(OCTN2)、AF057164。
MRP/有機陽イオン用輸送体(MOAT−B)、AF071202。
アドレノロイコ(Adrenoleuko)ジストロフィー−類似蛋白(ALDR)、AJ000327。
骨格筋−アデニンヌクレオチッド転移体1(ANT1);心臓/骨格筋ADP/ATP搬送蛋白イソホーム(Isoform)T1;ADP/ATP搬送酵素1、J02966。
腺腫における蛋白“減速” 蛋白(DRA)、L02785。
ミトコンドリア解放−蛋白−3(UCP3)、AF011449。
ミトコンドリアカルニチン−パルミトイルトランスフェラーゼ−II−前駆物質(CPTase;CPT2)、M58581。
ミトコンドリア“褐色脂肪組織”−放出−蛋白1(UCP1)、U28480。
プロスタグランジン搬送体(PGT);溶解担体−ファミリー−21−構成体2(SLC21A2)、U70867。
ミトコンドリア解放−蛋白2(UCP2);UCPH、U82819。
胆汁酸塩−放出−ポンプ(BSEP)、AF091582。
アンスラサイクリン抵抗性結合蛋白(ARA)、X95715。
有機陽イオン腎臓−搬送体、X98333。
多重抵抗性結合蛋白3(MRP3);MLP2;ABCC3、Y17151。
抗原−ペプチッド−搬送体2(APT2);ペプチッド−補給−因子2(PSF2);抗原−処理−2−関与ペプチッ−ド−搬送体(TAP2);ATP−結合カセット−下位ファミリー−B−(MBR/TAP)−構成体3(ABCC3);HLA−クラス−II−組織−適合性−抗原DO−β−鎖前駆物質、X66401;L09191;L10287。
有機陰イオン用腎臓搬送体1(hROAT1)、AF057039。
塩素−導伝度−規制−蛋白ICLN;ヌクレオチッド−感受性塩素−導管1;塩素−イオン−流−誘導−蛋白(CLCI);網状赤血球PICLN、X91788。
中性アミノ酸搬送体A(SATT);アラニン/セリン/システイン/スレオニン−搬送体(ASCT1)、L14595。
モノカルボキシレート搬送体1(MCT1)、L31801。
回腸ナトリウム−依存性−胆汁酸塩−搬送体(ISBT);回腸ナトリウム/タウロコレート−共搬送性ポリペプチッド(NTCP2);SLC10A2、U10417。
ナトリウム−依存性胆汁酸塩−共搬送体;肝臓ナトリウム/タウロコレート−共搬送性ポリペプチッド(NTCP2);SLC10A1、L21893。
ナトリウム−及び塩素−依存性グリシン−搬送体−1(GLYT1)、S70609。
ムコヴィスチドース(Mukoviszidose)−経膜的−導伝性−規制体(CFTR);cAMP−依存性塩素−導管、M28668。
有機陰イオン用導管形多重特殊性搬送体;高抵抗性−及び結合性−蛋白2(MRP2);導管形高抵抗性−及び結合性−蛋白、U63970。
有機陽イオン1用搬送体、U77086。
“ギャップ接合性”−β−1蛋白(コネキシン32)(CX32)(肝臓−“ギャップ接合性”−蛋白)、X04325。
カドヘリン1(CDH1);上皮カドヘリン−前駆物質(E−カドヘリン;CDHE);ウボモルリン(UVO);CAM120/80、Z13009。
Geglaettet;GX、U84401。
エフリンA−型受容体−2−前駆物質;上皮細胞−キナーゼ(ECK);チロシン−蛋白−キナーゼ−受容体ECK、M59371;M36395。
NADPHシトクロームp450リダクターゼ、S90469。
NCKメラノーマ(黒色肉腫)サイトプラズマsrc同族体(HSNCK)、X17576。
JV18−1.HMAD2またはMADR2またはSMAD、U68018。
2元性−特殊性−分裂誘発物質−活性化−蛋白−キナーゼキナーゼ−1(MAPキナーゼキナーゼ1;MAPKK1;MKK1);特別細胞の信号−規制キナーゼ1;ERK活性化−キナーゼ1、L0564。
“c−jun”−N−末端キナーゼ1(JNK1);JNK46、L26318。
分裂誘発物質−活性化蛋白−キナーゼp38(MAPキナーゼp38);サイトカイン−抑制“抗−炎症”−作用物質結合蛋白(CSAID−結合蛋白;CSBP);“MAX”−交換性蛋白2(MXI2)、L35253;L35263。
蛋白キ−ナーゼCβI(PKC−β−I)、M27545;X06318。
有糸分裂−活性化蛋白−キナーゼ9(AMPキナーゼ9;MAPK9;PRKM9);“c接合”―N―末端キナーゼ2(JNK2);JNK55、L31951。
“c接合”―N―末端キナーゼ3α2(JNK3A2);PRKM10MAPキナーゼp493F12、U34819+U07620。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ6(MAP−キナーゼキナーゼ6;MAPKK6;MKK6);MAPK/ERK−キナーゼ6;SAPKK3、U39657。
p21−活性化キナーゼ−γ(PAK−γ;PAK2);PAK65;S6/H4キナーゼ、U24153。
有糸分裂−活性化蛋白−キナーゼp38β(MAPキナーゼp38β);ストレス−活性化蛋白キナーゼ2(SAPK)、U53442。
MAPK/ERK−キナーゼキナーゼ3(MEKキナーゼ;MEKK3)、U78876。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ2(MAP−キナーゼキナーゼ2;MAPKK2);ERK−活性体キナーゼ2;MAPK/ERK−キナーゼ2(MEK2)、L11285。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ5(MAP−キナーゼキナーゼ5;MAPKK5)、U25265。
リボソーム蛋白S6キナーゼIIα1(S6KIIα1);リボソームS6キナーゼ1(RSK1)、L07597。
B−リンパ球−胚中心−キナーゼ(GCキナーゼ)、U07349。
YSK1;Ste20及びSPS1近縁キナーゼ、D63780。
蛋白フォスファターゼ2B規制下位単位;カルシニュウリンB下位単位イソフォーム1、M30773。
蛋白−チロシン−ホスファターゼMEG2(PTPASE−MEG2)、M83738。
蛋白−チロシン−ホスファターゼ−α−前駆物質(R−PTP−α;PTPRA;PTPA)、M34668。
糖尿病関連RAS(RAD1)、L24564。
CDC42−同族体;G25KGTP−結合性蛋白(脳−イソフォーム+胎盤−イソフォーム)、M35543+M57298。
カルメジン、D86322。
カルビンジン;エイビアン−型ビタミン−D−依存性カルシウム−結合性蛋白(CABP);D−28K、X06661。
ストラティフィン(SFN);14−3−3蛋白σ;上皮細胞マーカー−蛋白1;HME1,AF029082。
FKBPラパマイシン関連蛋白(FRAP);ラパマイシン標的蛋白、L34075。
亜鉛−フィンガー−蛋白37(ZFP37);KRAB−領域−亜鉛−フィンガー−蛋白、AF022158。
CCAAT/エンヘンサー−結合性蛋白ε(C/EBPε;CEBPE)、U48866;U48865。
転写イニシアチブ因子IID;TATAボックス因子;TATA配列結合蛋白(TBP)、M34960。
60Sリボソーム蛋白L6(RPL6);TAX−応答エンヘンサー−要素結合性蛋白107(TAXREB107);ネオプラズマ−近縁蛋白C140、X69391。
DNA−結合性蛋白L6(RPL6)HIP116;ATPase;SNF2/SWI2−近縁蛋白、L34673。
“ベーシック”転写因子−2−44−kDa−下位単位(BTFp44)、Z30094。
オクタマー−結合性転写因子2(oct−2;OTF2);リンパ性−限定免疫グロブリン−オクタマー−結合性蛋白NF−A2;POU2F2、M36542。
亜鉛−フィンガー−蛋白40(ZNF40);ヒト免疫不全−ウィールス−型−I−エンヘンサー−結合性−蛋白1(HIVEP!);頭−組織適合性−化合物結合蛋白(MBP1);陽性規制−領域−II−結合性因子1(PRDII−BF1)、X51435。
神経組織システム−特殊性オクタマー−結合性転写因子N−oct3;N−oct5A及びN−oct5B;脳−特殊性類似ボックス/POU−領域−蛋白2(POU3F2);brn2;oct7、Z11933。
低酸素症−誘導性因子1α(HIF1α);ARNT−互換性−蛋白;PAS−蛋白1構成物(MOP1)、U22431。
CCAAT/エンヘンサー−結合性蛋白α(CEBPα)、U34070。
類似ボックス−蛋白MOX−2(増殖―停止―特殊性類似ボックス)、X82629。
内皮転写因子GATA2、M68891。
DNA−結合性蛋白−阻害因子Id−2、M97796。
活性化転写因子4(ATF4);Tax―応答エンヘンサー−要素B67(TAXREB67);cAMP―応答―要素―結合性蛋白2(CREB2)、D90209。
熱ショック因子−蛋白1(HSF1);熱−ショッ−転写因子1(HSTF);TCF5、M64673。
FK506結合蛋白13前駆物質(FKBP13);FKBP2;ペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼ(PPIase)、M65128。
CAMP−応答−要素−結合性蛋白(CREBP1);転写因子ATF2;HB16、M31630。
CAMP−応答−要素−結合性蛋白(CREB)、M34356。
捕捉増殖―応答―蛋白1(EGR1);転写因子ETR103;KROX24;亜鉛―フィンガー−蛋白225(ZNF225);AT225、X52541;M62829。
トリステトラプロリン(TTP);TIS11;ZFP36;増殖因子誘導性核蛋白475(NUP475)、M92843。
プリン−リッチ単鎖−DNA−結合性蛋白α(PURA)、M96684。
転写因子−relB;I−rel、M83221。
環状−AMP−依存性転写因子1ATF−3(活性化因子FACTOR3)、L19871。
オクタマー−結合性転写因子1(oct1;OTF1);オクタマー−結合性蛋白N−FA1;POU2F1、X13403。
B−細胞−リンパ腫−3コード化蛋白(bcl3)、M31732。
レチン酸−受容体γ1(RAR−γ1;RARG)M24857;M38258;M57707;M32074。
PRB―結合性蛋白E2F1;網膜芽腫―結合性蛋白1(RBAP1);PBR3、M96577。
レチン酸−受容体α;レチノイドX受容体α(RXRA)、X52773。
頭−組織適合性−化合物−エンヘンサー−結合性蛋白MAD3、M69043。
融合性−結合性蛋白2(FBP2)、U69126。
メチル−CpG−結合性蛋白2(MECP2)、L37298。
AP4“ベーシック”螺旋−ループ−螺旋DNA−結合蛋白、S73885。
肝細胞−核−因子4(HNF4);転写−因子14、X76930。
金属規制転写因子、X78710。
コックカイン−症候グループA;WD−リピート−蛋白(CSA−蛋白)、U28413。
RNase−L−阻害体、X76388。
40Sリボソーム蛋白S5、U14970。
グルタメート−ピルベート−トランスアミナーゼ1(GPT1);アラニン−アミノトランスフェラーゼ(AAT1)、D10355。
ペプチジルプロリル−シス−トランス−イソメラーゼA(PPIase;PPIA);ロータマーゼ;シクロフィリン−A−(CYPA);シクロスポリンA結合性蛋白、Y00052。
推定蛋白−ジスルフィド−イソメラーゼ−ER−60−前駆物質(ERP60);58−kDaミクロソーム蛋白フォスフォリパーゼCα、D16234;Z49835;D83485;U42068。
HSC70−置換作用性蛋白;プロジェステロン−受容体−結合性−P48−蛋白、U28918。
チャペロニン含有T化合物ポリペプチッド1β下位単位(CCTβCCTBCCT2TCP1β);99d8.1、AF026293。
パーオキシソーム−集合体−因子−2(PAF−2);パーオキシソーム−型ATPase1;パーオキシン−6;PEX6;PXXX1、U56602。
細胞内レチン酸結合性蛋白、S74445。
内皮変性酵素1、Z35307。
マトリックス−金属プロテナーゼ−14−前駆物質(MMP14);MMP−X1;膜−型マトリックス−金属プロテナーゼ1(MT−MMP1)、D26512;X83535。
ブレオマイシン−ハイドロラーゼ(BLMハイドロラーゼ)、X92106。
プロテアソーム−活性化−HPA28−下位単位β、D45248。
胎盤−プラスミノゲン−活性化−阻害体2(PAI−2;PLANH2);単核細胞ARG−セルピン;ウロキナーゼ−阻害体、M18082;J02685。
α2−マクログロブリン−前駆物質(α−2−M)、M11313。
金属プロテアーゼ1前駆物質の組織阻害体(TIMP1);エリスロイド強化性活性(EPA);繊維芽細胞コラーゲナーゼ阻害体、X03124。
α1−抗キモトリプシン前駆物質、(ACT)、K01500。
α1−抗トリプシン−前駆物質;α1−プロテアーゼ−阻害体;α1−抗プロテイナーゼ、X02920。
DNA結合性蛋白A(DBPA);冷却ショック−領域−蛋白A(CSDA)、M24069。
オトリ受容体3(DCR3)、AF104419。
T−化合物−蛋白1ツェータ−型下位単位(CCT−ツェータ型;TCP1−ツェータ型);TSA303;精巣−特殊TCP20#、D78333。
クロマチン集合体因子1p48下位単位(CAF1p48下位単位);網膜芽腫結合性蛋白4(RBBP4);RBAP48;msil蛋白同族体、X74262。
高移動性グループ蛋白HMG2、X62534。
DNA−結合性蛋白UEV−1;UBE2V、U49278。
活性体−1−140−kDa−下位単位(A1140−kDa−下位単位);複製因子C“大下位単位”;DNA−結合性蛋白POGA、L14922。
複製因子−C−36−kDa−下位単位(RFC36);活性体−1−36−kDa−下位単位、L07540。
複製因子−C−38−kDa−下位単位(RFC38);活性体−1−38−kDa−下位単位、L07541。
複製−蛋白−A−70−kDa−下位単位(RPA70;REPA1;RF−A);単鎖DNA結合性蛋白、M63488。
活性体−1−40−kDa−下位単位(A1−40−kDa−下位単位);複製因子−C−40kDa−下位単位(RFC40);RFC2、M87338。
活性体−1−37kDa−下位単位;複製因子−C−37kDa−下位単位(RFC37);RFC4、M87339。
DNA−トポイソメラーゼI(TOP1)、J03250。
DNA−トポイソメラーゼIIα(TOP2A)、J04088。
増殖性環状核抗原(PCNA);サイクリン、M15796;J04718。
DNAトポイソメラーゼIIβ(TOP2B)、X68060。
複製−蛋白−A−14kDa−下位単位(RP−A)(RF−A);複製因子−A−蛋白3、L07493。
DNA−ヌクレオチジルエキソトランスフェラーゼ;末端付加イオン酵素;末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ;末端トランスフェラーゼ;DNTT、M11722;K01919。
DNA−ポリメラーゼδ触媒的下位単位、M80397。
DNAトポイソメラーゼIII(TOP3)、U43431。
“削除,修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ6”(ERCC6);コックアイン−症候−蛋白2型B(CSB)、L04791。
乾皮症−色素グループG補完蛋白“チャイニーズハムスター細胞5のX線修復−補完欠如修復”(XRCC5)、L20046;X69978。
Ku−p70/p80−下位単位;ATP−依存性DNA−ヘリカーゼ−II−86kDa−下位単位;ルーパス−Ku−自己抗原蛋白;甲状腺ルーパス−自己抗原(TLAA);CTC−ボックス−結合性因子−85kDa−下位単位(CTCBF;CTC85);
核−因子IV、M30938。
乾皮症−色素−グループB補完蛋白(XBP);“削除、修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ3”(ERCC3);基部転写因子−2−89kDa−下位単位(BTF2−p89;TFIIH−89kDa−下位単位)、M31899。
Ku−70kDa−下位単位;ATP−依存性DNA−ヘリカーゼ−II−70kDa−下位単位;ルーパス−Ku−自己抗原−蛋白p70;甲状腺ルーパス−自己抗原(TLAA);CTC−ボックス−結合性因子−75kDa−下位単位(CTC75)、M32865;S38729。
“チャイニーズハムスター細胞1のX線修復−補完欠如修復”(XRCC1)、M36089。
ユビキチン−共役酵素E217−kDa−下位単位(UBE2A);ユビキチン−蛋白−リガーゼ;ユビキチン−担体−蛋白;HR6A、M74524。
DNAポリメラーゼα触媒的下位単位(POLA)、X06745。
6−O−メチルグアニン−DNA−メチルトランスフェラーゼ(MGMT);メチル化DNA蛋白システインメチルトランスフェラーゼ、M29971。
乾皮症−色素−グループD補完蛋白(XPD);“チャイニーズハムスター細胞2のX線修復−補完欠如修復”(XRCC2)、X52221。
“削除,修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ1”(ERCC1)、M13194。
変異L蛋白同族体1(MLH1);結腸癌非ポリープ性型2蛋白(COCA2)、U07418。
紫外線−腫瘍切除修復−蛋白RAD23−同族体B(HHR23B);乾皮症−色素グループC修復−補完化合物58−kDa蛋白D21090HHR23A;紫外線−腫瘍切除修復蛋白蛋白RAD23A、D21235。
DNA依存性蛋白キナーゼ(DNA−PK)+DNA−PK触媒的下位単位(DNA−PKCS)、U35835+U47077。
DNA損傷修復及び再結合蛋白52(RAD52)、U12134。
失調性毛細管拡張症(ATM)、U33841。
RAD50、U63139。
DNA−リガーゼIV(LIG4);ポリデオキシリボヌクレオチッドシンテーゼ、X83441。
DNA−リガーゼIII(LIG3);ポリデオキシリボヌクレオチッドシンテーゼ、X84740。
DNA“不適合”修復蛋白MSH2、U04045;L47583。
DNA“不適合”修復蛋白MSH6;変異Sα160kDa−下位単位;G/T“不適合”結合性蛋白(GTMBP;GTBP)、U54777。
RecQ蛋白型(DNAヘリカーゼQ1型)、D37984。
DNAポリメラーゼβ下位単位(DPOB)、D29013。
DNA−“不適合”−修復−蛋白PMS1(PMS1−蛋白−同族体1)、U13695。
DNA−“不適合”−修復−蛋白PMS2(PMS1−蛋白−同族体2)、U13696。
ATP依存性DNAリガーゼI(LIG1);ポリデオキシリボヌクレオチッド−シンテーゼ、M36067。
乾皮症−色素グループA−補完蛋白(XPA)、D14533。
損傷−特殊性DNA−結合性蛋白−p48−下位単位(DDBBp48);乾皮症色素グループE(DDB2)、U18300。
DNA修復蛋白XRCC4、U40622。
G/T−“不適合”−特殊性チミン−DNA−グリコシラーゼ(TDG)、U51166。
DNA−修復−蛋白XRCC9、U70310。
エンドヌクレアーゼ−III−同族体1;HNTH1;OCTS3、U79718。
DNA−修復−蛋白補完性XP−C−細胞;乾皮症−色素−グループC補完性蛋白(p125)、D21089。
ウラシルDNAグリコシラーゼ前駆物質(UNG1)、X15653。
DNA−(プリンまたはピリミジン位置)リアーゼ;APエンドヌクレアーゼ1(APE1);プリン/ピリミジンエンドヌクレアーゼ(APEX);APEXヌクレアーゼ(APEN);REF1、X59764;X66133。
DNA−修復−蛋白−RAD54−同族体、X97795。
RecA−型蛋白HsRad51;DNA−修復−蛋白RAD51−同族体、D13804。
V(D)J組替え−活性化蛋白2(RAG2)、M94633。
V(D)J組替え−活性化蛋白1(RAG1)、M29474。
筋−特殊性DNアーゼ−I−型前駆物質(DNアーゼ1L1;DNL1L);DNアーゼX、X90392;L40817;U06846。
デオキシリボヌクレアーゼI(DNアーゼ)I、M55983。
二重−特殊性−蛋白−ホスファターゼ9;分裂促進因子−活性化蛋白−キナーゼ−ホスファターゼ4(MAP−キナーゼ−ホスファターゼ4(MKP4)、Y08302。
G1/S−特殊性サイクリンD3(CCND3)、M92287。
G1/S−特殊性サイクリンD1(CCND1);サイクリン−パラスレオイド−アデノマトーゼ1(PRAD1);bc1−1発ガン遺伝子、X59798。
G1/S−特殊性サイクリンD2(CCND2)+KIAK0002、M90813+D13639。
G2/マイトース−特殊性サイクリンB1(CCNB1)、M25753。
G1/S−特殊性サイクリンE(CCNE)、M73812。
G2/マイトース−特殊性サイクリンG1(CCNG1)、U47413。
G1/S−特殊性サイクリンC1、M74091。
サイクリンK、AF060515。
蛋白−セリン−スレオニン−キナーゼSTK1;細胞分割−蛋白−キナーゼ7(CDK7);CDK−活性化キナーゼ;39kDa−蛋白−キナーゼ、L20320。
サイクリン−依存性蛋白−キナーゼ2(CDK2);p33−蛋白−キナーゼ、M68520。
細胞外信号−制御キナーゼ2(ERK2);分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼ2(MAPキナーゼ2;MAPK2);p42−MAPK、M84489。
分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼ3(MAPK3;PRKM3);MAPK1;細胞外信号−制御キナーゼ1(ERK1);微小管−結合性蛋白−2−キナーゼ;インスリン−刺激性MAP2キナーゼ、X60188。
細胞外信号−制御キナーゼ3(ERK3);MAP−キナーゼ3(MAPK3;p97−MAPK);PRKM5、X80692。
CDC型キナーゼ3(CLK3)、L29220。
細胞分割−蛋白−キナーゼ4;サイクリン−依存性キナーゼ4(CDK4);PSK−J3、M14505。
細胞外信号−制御キナーゼ5(ERK5)ERK5;BMK1−キナーゼ、U25278。
細胞分割−制御−蛋白−2−同族体(CDC2);p34−蛋−白キナーゼ;サイクリン−依存性キナーゼ1(CDK1)、X05360。
細胞外信号−制御キナーゼ4(ERK4);MAP−キナーゼ4(MAPK4;p63−MAPK);PRKM4、X59727。
細胞分割−蛋白−キナーゼ5(CDK5);τ−蛋白キナーゼII触媒的下位単位(TPKII触媒的下位単位);セリン/スレオニン−蛋白−キナーゼPSSALRE、X66364。
細胞外信号−制御キナーゼ6(ERK6);ストレス−活性化蛋白キナーゼ−3;分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼp38γ(MAPキナーゼp38γ)、X79483。
セリン/スレオニン−蛋白−キナーゼPLK1(STPK13)、U01038。
“チェックポイント” −キナーゼ1(CHK1)、AF016582。
オーロラ及びIPL1型“ミッドボディ”関連性蛋白キナーゼ1(AIM1);ARK2、AF008552。
サイクリンG関連性キナーゼ(GAK)、D88435。
特別AT−リッチ配列結合性蛋白1(SATB1);MAR/SAR−DNA−結合性蛋白、M97287。
サイクリン−依存性キナーゼ−阻害体1A(CDKN1A);黒色腫−分化−関連性蛋白6(MDA6);CDK−変換作用性蛋白1(CIP1);WAF1;SDI1、U09579;L25610。
wee1Hu−CDK−チロシン−15−キナーゼ;wee−1−型蛋白キナーゼ、U10564。
サイクリン−依存性キナーゼ−4−阻害体2B(CDKN2B);p14−INK4B;多元腫瘍−抑制因子2(MTS2)、U17075;L36844。
螺旋−ループ−螺旋−蛋白HLH1R21;DNA−結合性蛋白−阻害体Id−3;HEIR1、X69111。
DNA−結合性蛋白−阻害体ID−1;Id−1H、D13889。
プロチモシンα(PROT−α;PTMA)、M26708
40sリボソーム蛋白s19(RPS19)、M81757。
p55CDC、U05340。
細胞分割サイクル−蛋白25A(CDC25A);M−相−誘導−フォスファターゼ1、M81933。
CDC25B;CDC25HU2;M−相−誘導−フォスファターゼ2、M81934;S78187。
CDC25C;M−相−誘導−フォスファターゼ3、M34065。
増殖阻害−因子(GIF);金属チオナイン−III(MT−III;MT3)、D13365;M93311。
CDC同族体、U63131。
細胞サイクル−蛋白−p38−2G4−同族体;HG4−1、U59435。
Btg−蛋白−前駆物質;NGF−誘導性抗増殖性蛋白PC3、U72649。
RCL増殖―近縁c−myc−応答Gen、AF040105。
40−kDa熱ショック−蛋白1(HSP40);DNAJ−蛋白同族体1(HDJ1;DNAJ1、D49547。
60−kDa−熱ショック−蛋白(HSP60);HSPD1;60kDa−チャペロニン;ミトコンドリアマトリックス蛋白−p1−前駆物質;p60リンパ球−蛋白;HUCHA60;GLOEL、M34664。
90−kDa−熱ショック−蛋白A(HSP90A);HSP86;HSPCA、X07270。
27kDa−熱ショック−蛋白(HSP27);ストレス応答蛋白27(SRP27);エステロジェン制御24kDa蛋白;HSPB1、X54079。
70kDa−熱ショック−蛋白1(HSP70、1;HSPA1)、M11717。
熱ショック−70kDa−蛋白6(熱ショック−70kDa−蛋白B)、X51757;M11236。
熱ショック−同族−71kDa−蛋白;熱ショック−70kDa−蛋白8(HSPA8;HSC70);HSP73、Y00371。
熱ショック−近縁−70kDa−蛋白2、L26336。
頭頂部蛋白(MVP);肺抵抗性近縁蛋白(LRP)、X79882。
チオサルフェートサルファトランスフェラーゼ;ローダネーゼ、D87292。
溶解性エポキサイドハイドロラーゼ(SEH);エポキサイドハイドロラーゼ;細胞内エポキサイドハイドロラーゼ(CEH);EPHX2、L05779。
血清−パラオキソナーゼ/アリルエステラーゼ1(PON1);血清−アリルジアルキルフォスファターゼ1;芳香族エステラーゼ1(A−エステラーゼ1)、M63012。
ポリモルフェアリルアミン−N−アセチルトランスフェラーゼ(PNAT)+モノモルフェ(MNAT)、X14672;X17059。
キノン−オキシドリダクターゼ;NADPH:キノン−リダクターゼ;ζ−クリスタリン(CRYZ)、L13278;S58039。
細胞溶解スーパーオキシド−ジスミューターゼ1(SOD1)、K00065;X02317。
チトクロームp450IB1(CYP1B1)、U03688。
チトクロームp450IIA6(CYP2A6)+CYP2A7+CYP2A13+CYP2A7PT+CYP2A7PCM33318;M33316+U22029+U22030+U22044チトクロームp450IIB6(CYP2B6)+CYP2B3、M29874;J02864。
チトクロームp450IIIA3(CYP3A3)+CYP3A4+CYP3A5+CYP3A7M13785+M18907+J04813+D00408チトクロームp450IVA11(CYP4A11)、L04751。
チトクロームp450VIIA1(CYP7A1)、X56088。
Dアミノ酸オキシダーゼ(DAMOX;DAO;DAAO)、X13227。
S−メフェニトイン−4−ヒドロキシダーゼ;チトクロームp450IIC9(CYP2C9)+CYP2C10+CYP2C17+CYP2C18+CYP2C19、M21940+M15331;M21939+M61858+M61854。
チトクロームp450IIE1(CYP2E1)、J02625。
チトクロームp450IIF1(CYP2F1)、J02906。
チトクロームp450IVB1(EC1.14.14.1)(p450−HP)J02871。
チトクロームp450IA2(p450−P3)、(p450−4)、Z00036。
プラズマ−グルタチオン−パーオキサイド−前駆物質(GPXP;GPX3)、D00632;X58295。
天然キラー細胞強化因子(NKEFB)+チオール−特殊性抗酸化剤−蛋白(TSA);チオレドキシン−パーオキシダーゼ1(TDPX1);チオレドキシン依存性パーオキサイド−リダクターゼ1、L19185+Z22548;X82321。
チオレドキシン−パーオキシダーゼ2(TDPX2);チオレドキシン−依存性パーオキサイド−リダクターゼ2;増殖−関連性遺伝子(PAG);天然キラー細胞強化因子A(NKEFA)、X67951。
グルタチオン−リダクターゼ(GRアーゼ;GSR;GR)X15722。
ミクロソームグルタチオン−S−トランスフェラーゼ12(GST12;MGST1)、J03746;B28083。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼpi(GSTP1;GST3)、X08058;M24485。
グルタチオン−パーオキシダーゼ(GSHPX1;GPX1)、Y00483;M21304。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼζ1(GSTT1)X79389。
金属チオナインIH(MT1H);金属チオナイン0(MTO)+MT1I;MT2+MT1L+MT1R、X64177+X97260+X76717+X97261。
胃腸内グルタチオン−パーオキシダーゼ(GSHPXGI);グルタチオン−パーオキシダーゼ近縁蛋白(GPRP)、X53463。
ヘム(血液)−オキシゲナーゼ1(HO1);HSOXYGR、X06985。
ヘム(血液)−オキシゲナーゼ2(HO2)、D21243;S34389。
ジメチルアニリン−モノオキシゲナーゼ(N−オキサイド形成)1(EC1.14.13.8);胎児の肝臓フラビン−含有モノオキシゲナーゼ1(FMO1);ジメチルアニリン−オキシダーゼ1、M64082。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼμ1(GSTM1;GST1);HB−下位単位4;GTH4、X68676;S01719。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼA1(GTH1;GSTA1);HB−下位単位1;GSTε、M25627。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)−同族体、U90313。
グルタチオンシンセターゼ(GSHシンセターゼ;GSHS);グルタチオンシンターゼ、U34683。
NAD(P)H―デヒドロゲナーゼ;キノンーリダクターゼ;DT―ジアフォラーゼ;アゾリダクターゼ;フィロキノンーリダクターゼ;メナジオンーリダクターゼ、J03934。
増殖停止−及びDNA−損傷−誘導性蛋白(GADD45);DNA−損傷−誘導転写1(DDIT1)、M60974。
腫瘍−壊死−因子−α−前駆物質(TNF−α;TNFA);癌性悪液質、X01394。
リンフォトキシン−α−前駆物質(LT−α);腫瘍−壊死−因−子β(TNF−β;TNFB)、D12614。
Fas抗原リガンド(FASL);細胞死抗原リガンド(APTL;APT1LG1);TNFSF6、D38122;U08137。
腫瘍−壊死−因子−α−受容体(TNFR)+腫瘍−壊死−因子−受容体(TNFR2);腫瘍−壊死−因子−結合性蛋白2(TBP2)、M32315+M55994。
腫瘍−壊死−因子−受容体(TNFR1);腫瘍−壊死−因子−結合性蛋白1(TBP1);CD120A−抗原、M33294。
FasL−受容体;細胞死補助表面−抗原fas;APO−1−抗原;CD95−抗原、M67454。
レチン酸−受容体β(RXR−β;RXRB)、M84820;X63522;S54072。
腫瘍−壊死−因子−受容体1関連性“死”領域蛋白(TNFR1関連性“死”領域蛋白;TRADD)、L41690。
CD27BP(Siva)、U82938。
腫瘍−壊死−因子型−1受容体関連性蛋白(TRAP1)、U12595。
カスパーゼ−2−前駆物質(CASP2);ICH−1L−プロテアーゼ+ICH−1S−プロテアーゼ、U13021+U13022。
インターロイキン−1−β−コンバーターゼ−前駆物質(IL−1BC);IL−1−β−変換−酵素(ICE);p45;カスパーゼ−1(CASP−1)、U13699;M87507;X65019。
カスパーゼ−6−前駆物質(CASP6);システインプロテアーゼMCH2イソフォルメンα+β、U20536+U20537。
カスパーゼ−4−前駆物質(CASP4);ICH2プロテアーゼ;TXプロテアーゼ;ICE(REL)II+カスパーゼ5前駆物質(CASP5);ICH3プロテアーゼ;TYプロテアーゼ;ICE(REL)III、U28014;U28015。
カスパーゼ−7−前駆物質(CASP7);ICE−型細胞死プロテアーゼ3(ICE−LAP3);細胞死プロテアーゼMCH−3;CMH−1、U37448。
TNF−近縁細胞死−誘導リガンド(TRAIL);APO−2−リガンド(APO2L)、U57059。
カスパーゼ−8−前駆物質(CASP8);ICE−型細胞死プロテアーゼ5(ICE−LAP5);MORT1−関連性CED−3−同族体(MACH);FADD−同族体ICE/CED−3−型プロテアーゼ(FADD−型ICE;FLICE);細胞死システイン−プロテアーゼMCH5、U60520;U58143;X98172;AF00962。
細胞死−規制体bax、L22474。
細胞死−規制体bcl−x、Z23115;L20121;L20122。
細胞死−規制体bcl−2、M14745。
NIP3(NIP3)、U15174。
bcl2同族体拮抗物質/キラー(BAK)、U23765;U16811;X84213。
誘導性骨髄性白血病細胞−差別化−蛋白MCL−1、L08246。
BAD−蛋白;bcl−2−結合性コンポーネント6(BBC6);bcl−2L8、U66879。
BCL−2−結合性アタノージェン−1(BAG−1);グリココルチコイド−受容体−関連性蛋白RAP46、S83171;Z35491。
インターフェロン−誘導RNA−依存性蛋白キナーゼ(p68キナーゼ)、M35663;U50648。
誘導性一酸化窒素−シンターゼ(INOS);II型NOS;肝細胞NOS(HEP−NOS)、L09210。
対細胞死1防御体(DAD1)、D15057。
クラステリン−前駆物質(CLU);相補−関連性−蛋白SP−40;相補−細胞溶解−阻害体(CLI);アポリポ蛋白J(APOJ);雄性ホルモン−産製−前立腺−“メッセージ”2(TRPM2);硫酸化グリコ−蛋白2(SGP2)、M74816。
増殖停止−及びDNA−損傷−誘導性蛋白153(GADD153);DNA−損傷−誘導転写3(DDIT3);C/EBP同族体蛋白(CHOP)、S40706;S62138。
細胞死−蛋白1阻害体(HIAP1;API1)+IAP−同族体C;TNFR2−TRAF信号化合物−蛋白1;MIHC、U45878+U37546。
細胞質ダイニン“ライトチェイン”1(HDLC1);神経単位の一酸化窒素−合成蛋白−阻害体(PIN)、U32944。
細胞死−阻害体“サーバイビン”、U75285。
セントリン;ユビキチン−型蛋白SMT3C;ユビキチン−同族体−領域−蛋白PIC1;UBL1;SUMO1;GAP変性蛋白1;GMP1、U83117。
IEX−1L−Anti“Death”−蛋白;PRG−1;DIF−2、AF039067、AF071596。
ポリ(ADP−リボース)ポリメラーゼ(PARP;PPOL);ADPRT;NAD+ADP−リボシルトランスフェラーゼ;ポリ(ADP−リボース)シンセターゼ、M18112;J03473。
エイビアン骨髄球ウィルス性腫瘍遺伝子−同族体(MYC)、V00568。
P53関連性−mdm2−蛋白、Z12020;M92424。
血小板より収得された増殖因子B下位単位−前駆物質(PDGFB;PDGF2);バカプレルミン;c−sis、X02811;X02744;M12783;M16288。
P53細胞腫瘍抗原、M14694;M14695。
MYB−近縁蛋白B(BMYB);エイビアン骨髄細胞ウィルス性腫瘍遺伝子−同族体−型2(MYBL2)、X13293。
3沃化サイロニン受容体;甲状腺ホルモン受容体(THRA1);verbA近縁蛋白蛋白ear1、M24898。
“jun”主要−腫瘍遺伝子;エイビアン−肉腫−ウィルス−17−腫瘍遺伝子−同族体;転写因子AP−1、J04111。
インスリン型増殖因子結合性蛋白2(IGFBP2)、M35410。
c−mycプリ−ン結合性転写因子puf;ヌクレオシッド−ジホスフェート−キナーゼB(NDP−キナーゼB;NDKB)+nm23−H2S、L16785+M36981。
アベルソンハツカネズミ白血病ウィルス腫瘍遺伝子同族体1(ABL1)、M14752。
網膜芽腫−関連性蛋白(RB1);PP110;P105−RB、M15400。
L−myc主要−腫瘍遺伝子(MYCL1)、M19720。
胸部−癌−タイプ−2−感受性−蛋白(BRCA2)、U43746。
fos−近縁抗原(FRA1);fosL1、X16707。
核細胞フォスフォ蛋白B23;ヌクレオフォスミン(NPM);ヌマトリン、M23613。
c−myc−結合性蛋白MM−1、D89667。
c−fos−主要−腫瘍遺伝子G0S7蛋白、K00650。
met−主要−腫瘍遺伝子;肝細胞−増殖因子−受容体−前駆物質(HGF−SF受容体)、J02958。
ヌクレオシッド−ジホスフェート−キナーゼA(NDKA);NDP−キナーゼA;腫瘍−転移過程−関連性蛋白;転移−阻害−因子NM23(NM23−H1)、X17620。
マトリックス金属プロテイナーゼ11(MMP11);ストロメリシン3、X57766。
ボックス依存性−myc−相互作用蛋白1、U68485。
H−ras−主要−腫瘍遺伝子;形質転換G蛋白、V00574。
蛋白−チロシン−ホス(フォス)ファターゼPTEN;多種進行性癌1(MMAC1);TEP1、U92436。
プロスタグランジン−G/H−シンテーゼ−2−前駆物質(PGH−シンテーゼ−2;PGHS2;PTGS2);シクロオキシゲナーゼ2(COX2);プロスタグランジン−エンドパーオキシド−シンテーゼ2、M90100。
78kDa−グルコース−規制蛋白−前駆物質(GRP78);免疫グロブリン−“重鎖”−結合性蛋白(BIP)、M19645。
補体3(C3)、K02765。
インターロイキン−10−前駆物質(IL−10);サイトカイン−シンテーゼ−ヘム因子(CSIF)、M57627。
チオレドキシン(TRDX;TXN);ATL誘導因子(ADF);表面関連性サルフィドリル蛋白(SASP)、J04026。
エノラーゼ1α(ENO1);非−神経性エノラーゼ(NNE);フォスフォピルベート−ハイドラターゼ(PPH)、M14328。
ビリベルジン還元酵素A前駆物質(BLVRA;BVR)、U34877。
チロシン−アミノトランスフェラーゼ(TAT);I−チロシン:2−オキソグルタレートアミノトランスフェラーゼ、X52520。
筋肉−特殊性炭酸−無水化(脱水)酵素III(CA3);炭酸塩−脱水素酵素III、M29458。
スペルミジン/スペルミン−N1−アセチルトランスフェラーゼ(SSAT);ジアミン−アセチルトランスフェラーゼ;プトレスシン−アセチル−トランスフェラーゼ、M55580。
L−ラクテート−脱水素酵素−H−下位単位(LDHB)、Y00711。
フォスフォグリセライド−キナーゼ1(PGK1;PGKA);原型−識別−蛋白2(PRP2)、V00572。
グルコース6フォスフェート脱水素酵素(G6PD)、X03674。
ミトコンドリアフォスフォエノールピルベート−カルボキシ−キナーゼ−2−前駆物質(PEPCKM;PCK2);フォスフォエノールピルベート−カルボキシキラーゼ、X92720。
ガラクトシッド2−1−フコシルトランスフェラーゼ2;GDP−1−フコース:β−D−ガラクトシッド2−α−1フコシル−トランスフェラーゼ2;フコシルトランスフェラーゼ2(FUT2);分泌血液グループα2−フコシル−トランスフェラーゼ;分泌因子2(SE2)、D87942。
ガラクトシルトランスフェラーゼ−関連性蛋白−キナーゼp58(GAT);細胞分割サイクル−2−型1(CDC2l1;CLK1)、M37712。
アドレノドキシン、M34788。
アルコール−脱水素酵素−α−下位単位+アルコール−脱水素酵素2+アルコール−脱水素酵素3、M12271+D00137+X34788。
アルコール−脱水素酵素−5−chi−ポリペプチッド、M30471。
アルコール−脱水素酵素−キナーゼ−II−pi−下位単位、M15943。
クレアチン−キナーゼB−鎖、L47647。
脂肪酸−、S80437。
肝臓トリグリセライドリパーゼ(HTGL)、X07228。
胆汁酸塩活性化リパーゼ、M85201;M37044。
ミトコンドリアエノイル−CoA−水和酵素短下位単位1、D13900。
パーオキシイソマール2官能性酵素、L07077。
パーオキシイソマールアシル−CoA−オキシダーゼ−分岐下位単位、(BRCOX)、X95190。
アシル−CoA−脱水素酵素−“長鎖”−特殊前駆物質(LCAD;ACADL)、M74096。
アルコールサルファ転移酵素、L20000。
エストラジオール−17−β−脱水素酵素1、M36263。
チトクロームp450XVIIA1(CYP17A1)、M14564。
パーオキシソマール3−ケトアシル−CoA−チオラーゼ前駆物質(PTHIO);パーオキシソマール3−オキソアシル−CoA−チオラーゼ;β−ケトチオラーゼ;アセチル−CoA−アシルトランスフェラーゼ(ACCA)、X14813。
3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoEnzym−A−還元酵素(HMG−CoA還元酵素;HMGCR)、M11058。
リポ蛋白−リパーゼ−前駆物質(LPL)、M15856。
肺グループIBフォスフォリパーゼ−A2−前駆物質(PLA2);フォスファチジル塩素−2−アシルハイドロラーゼ、M21054。
ミトコンドリアチトクローム−p450−XIA1−前駆物質;p450(SCC);コレステロール−側−鎖−分解−酵素;コレステロール−デスモラーゼCYP11A1、M14565。
ジヒドロフォラート−還元酵素、V00507。
チミジラートシンターゼ(TYMS;TS)、X02308。
細胞質体チミジン−キナーゼ(TKI)、K02581。
リボヌクレオシッドジフォスフェート還元酵素M1下位単位;リボヌクレオチッド還元酵素、X59543。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−2B15−前駆物質(UDPGT);UDPGTH−3;UGT2B15+ミクロソーム2B10−前駆物質(UDPGT);UGT2B10+2ミクロソームB8前駆物質、U08854;X63359;U06641;J05428;Y00317。
GLCLC、GLCL(グルタメート−システイン−リガーゼ触媒下位単位、γ−グルタミルシステインシンターゼ)、M90656。
γ―グルタミルーハイドロラーゼー前駆物質(GGH;GH);フォリルーポリγグルタミルーハイドロラーゼ;γ−グル−X−カルボキシ−ペプチダーゼ;共役酵素、U55206。
3’−フォスフォアデノシン−5’−フォスフォサルフェート−シンターゼ1(PAPS−シンターゼ1;PAPSS1);PAPS−シンターゼ1;サルフリラーゼ−キナーゼ1(SK1)Y10387。
溶解性グルタメート−オキザルアセテート−トランスアミナーゼ1(GOT1);サイトプラズマアスパルテート−アミノトランスフェラーゼ1;トランスアミナーゼA、M37400。
アルコール−脱水素酵素−6+アルデヒド−脱水素酵素1(ALDH1)、K03000。
パーオキシソームアシル−コエンザイム−A−オキシダーゼ、S69189。
“超−長−鎖”−特殊アシル−CoA−脱水素酵素−前駆物質、D43682。
グルタメート−システイン−リガーゼ規制下位単位(GLCLR);γ−グルタミル−システイン−シンターゼ、P48507。
LOX(蛋白−リジン−6−オキシダゼ、リジル−オキシダーゼ)M94054。
オルニチン−脱炭酸酵素、X16277。
コルチコステロイド−11−β−脱水素酵素−アイソザーム2、U14631。
チトクロームp450VA1(CYP5A1)、M80647。
ミトコンドリア脱水素酵素前駆物質(クラス2);ALDHI;ALDH2、Y00109。
5,6−ジヒドロキシインドール−2−カルボン酸−オキシダーゼ前駆物質(DHICAオキシダーゼ);チロシナーゼ−近縁蛋白1(TRP−1);カタラーゼB;グリコ蛋白−75(GP75)、X51420。
テナスシン−前駆物質(TN);ヘキサブラキオン(HXB);サイトタクチン;ニュウロネクチン;GMEM;ミオテンジネーゼ抗原;グリオム−関連性細胞外マトリックス−抗原、X78565;M55618。
オステオポンチン(骨橋)前駆物質(骨シアロ蛋白1)、X13694。
ATP−結合性−カセット−輸送体(ABCR)、U88667。
金属プロテイナーゼ−2−前駆物質の組織−阻害体(TIMP2)、J05593。
マトリックス−金属プロテイナーゼ15(MMP15)、Z48482。
マトリックス−金属プロテイナーゼ14(MMP14)、D26512。
マトリックス−金属プロテイナーゼ1(MMP1)、X54925。
ビンクリン、M33308。
ビメンチン(VIM)、X56134;M14144。
血清−アミロイド−A1−前駆物質(SAA1)、M23698。
センスツェンツマーカー蛋白30(SMP30);レギュカルシン(RGN;RC)、D31815。
ユビキチン“交差反応”蛋白前駆物質(UCRP);α誘導性インターフェロン;インターフェロン誘導17kDa蛋白;G1P2;ISG15、M13755。
ラミニン−γ−2−下位単位−前駆物質(LAMC2)、Z15009。
パーオキサム集合因子1(PAF1);パーオキシソマール膜蛋白3(PXMP3;PMP3);35kDaパーオキシソマール膜蛋白(PMP35;)パーオキシン2(PEX2)、M86852。
パーオキシソマール膜蛋白69(PMP69)、AF009746
パーオキシソーム−バイオゲネーゼ−障害−蛋白1(PEX1)、AF026086。
ミトコンドリアグルタメート−オキザロアセテート−トランスアミナーゼ2(GOT2);アスパルテート−アミノトランスフェラーゼ2;トランスアミナーゼA、M22632。
nck−、ash−及びフォスフォリパーゼ−C−γ−結合性蛋白(NAP4)、AB005216。
N−オキシド−形成ジメチルアニリン−モノオキシゲネーゼ4;肝臓フラビン−含有モノオキシゲネーゼ4(FMO4)、Z11737。
乾皮症色素群F相補化蛋白(XPF);DNA切除−修復蛋白ERCC4;ERCC11、L77890。
複製−蛋白−A−30kDa−下位単位;複製−因子−A蛋白4(RPA4;RFA)、U24186。
mutY同族体(hMYH)、U63329。
β結晶A4(CRYBA4)、U59057。
T化合物蛋白1ε下位単位(TCP1ε);CCTε(CCTE;CCT5)、D43950。
β結晶B1(CRYBB1)、U35340。
β結晶B2(CRYBB2);BP、L10035。
β結晶B3(CRYBB3;CRYB3)、U71216。
ミトコンドリア10kDa熱ショック−蛋白(HSP10);10kDaチャペロニン(CPN10);HSPE1、U07550。
熱ショック−蛋白β−3(HSPB3);熱ショック−17kDa−蛋白;HSPL27、U15590。
推定蛋白ジサルファイドイソメラーゼp5前駆物質、D49489。
90kDa−熱ショック−蛋白β(HSP90);84kDa−熱ショック−蛋白−β(HSP84);HSPCB、M16660。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−6−]前駆物質(UDPGT;UGT16;UGT1F;GNT1)J04093。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼmu3(GSTM);GST5、J05459。
チトクロームp4501A1(CYP1A1);p450−P1 ;p4506型;p450−C、K03191。
パーオキシソーム増殖体−活性化受容体α(PPARα;PPARA)、L02932。
蛋白ジサルファイドイソメラーゼ近縁蛋白−前駆物質(PDIR)、D49490。
肝臓−カルボキシエステラーゼ前駆物質;アシルコエンザイムA:コレステロール−アシルトランスフェラーゼ(ACAT);単細胞/マクロファージ−セリン−エステラーゼ(hMSE);CES2、L07765。
血清−パラオキソナーゼ/アリールエステラーゼ3(PON3);血清−アリールジアルキルフォスファターゼ3;芳香族エステラーゼ3(Aエステラーゼ3)、L48516。
チトクロームp450XXIB(CYP21B);ステロイド21ヒドロキシラーゼ;CYP21A2、M12792;M23280。
チトクロームp450IID6(CYP2D6);p450−DB1;有機堆積物−4−ヒドロキシラーゼ、M20403。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−1−前駆物質(UDPGT;UGT1.1;UGT1A;GNT1);ビリルビ−ン特殊性アイソザーム1(hUG−BR1)、M57899。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−4−前駆物質(UDPGT;UGT1.4;UGT1D;GNT1);ビリルビン特殊性アイソザーム2(hUG−BR2)、M57951。
フラビン−含有アミン−オキシダーゼB(MAOB);モノアミン−オキシダーゼ、M69177。
真核生物ペプチッド鎖リリース因子下位単位1(ERF1);TB3−1;C11蛋白、M75715。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−3−前駆物質(UDPGT;UGT1.3;UGT1C;GNT1)、M84127。
構造−特殊性−認識−蛋白1(SSRP1);組換え−信号−配列−認識−蛋白T160、M86737。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−2−前駆物質(UDPGT;UGT1.2;UGT1B;GNT1);HLUGP4、S55985。
チオプリン−S−メチルトランスフェラーゼ(TPMT)、S62904。
縮小組換え−蛋白−DMC1/LIM15−同族体、D63882。
“短/分岐鎖”−特殊性アシル−CoA脱水素酵素−前駆物質(SBCAD;ACADSB);2−メチル−“分岐鎖”−アシル−CoA−脱水素酵素(2−MEBCAD)、U12778。
チトクロームp450−XIB1前駆物質(CYP11B1);ステロイド−11−β−ヒドロキシラーゼ(S11BH)、X55764。
チトクローム−p450−IVA11(CYP4A11)、X71480。
NADH−チトクローム−B5−還元酵素(B5R);DIA1、Y09501。
コープロポールフィリノーゲン−III−オキシダーゼ−前駆物質(CPO);コープロポールフィリノーゲナーゼ;コープローゲン−オキシダーゼ(COX)、Z28409。
110kDa−熱ショック−蛋白(HSP10);105kDa熱ショック−蛋白;(HSP105);KIAA0201、D86956。
γクリスタリンC(CRYGC;CRYG3);γクリスタリン2+γクリスタリンB(CRYGB;CRYG2);γクリスタリン1−2、U66582+M11971;M11970。
熱ショック−転写因子4(HHSF4)、D87673。
細胞外過酸化物ジスムターゼ前駆物質(ECSOD;SOD3)、J02947。
DNAJ−蛋白−同族体2(DNAJ2;DJ2;HSJ2)、D13388。
DNA“不適合修復”蛋白MSH3;分岐上流−蛋白(UDP);“不適合修復”−蛋白1(MRP1)、J04810。
蛋白−ジサルファイド−イソメラーゼ−近縁蛋白ERP72−前記物質、J05016。
複製−蛋白−A−32kDa−下位単位(RPA32);複製−因子A蛋白2(REPA2;RPA;RFA)、J05249。
多重抵抗−関連性蛋白1(MRP1)、L05628。
カルネキシン−前駆物質(CANX);頭部組織互換性−化合物クラスI抗原−結合性蛋白p88;IP90、L10284;L18887;M94859;M98452。
サイクロフィリン−40(CYP40;CYPD);40kDaペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIASE);ロータマーゼ;サイクロフィリン−近縁蛋白、L11667。
熱ショック−70kDa−蛋白4(HSPA4);HSP70RY;熱ショック−70−近縁蛋白APG−2、L12723。
T−化合物−蛋白−1−ツェータ−下位単位(TCP1−ツェータ);CCT−ツェータ(CCTQ;CCT8);KIAA0002、D13627。
ミトコンドリアストレス−70−蛋白−前駆物質;70kDaグルコース−制御蛋白(GRP75);ペプチッド−結合性蛋白74(PBP74);モータリン(MOT);HSPA9B、L15189。
P23;23−kDaプロジェステロン(黄体ホルモン)−受容体−関連性蛋白、L24804;L24805。
FLAPエンドヌクレアーゼ1(FEN1);成熟−因子1(MF1)、L37374。
FK506−結合性蛋白12(FKBP12);ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ、M34539;M80199;M92423;X55741;X52220。
熱ショック−因子蛋白2(HSF2);熱ショック−転写因子2(HSTF2)、M65217。
3メチルアデニンDNAグリコシラーゼ(ADPG);3アルキルアデニンDNAグリコシラーゼ;NメチルプリンDNAグリコシラーゼ(MPG)、M74905。
カルレチクリン−前駆物質(CRP55);カルレグリン;HACBP;ERP60;52−kDaリボヌクレオ蛋白−自己抗原RO/SS−A、M84739。
形質転換感受性蛋白IEFSSP3521、M86752。
αクリスタリンB下位単位(αBクリスタリン;CRYAB;CRYA2);ローゼンタール繊維コンポーネント、S45630。
熱ショック−蛋白β2(HSFB2);DMPK結合性蛋白;MKBP、S67070。
αクリスタリンA−鎖(CRYAA;CRYA1)、U05569。
ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)、U08021。
フェノール−サルフェート化フェノール−スルフォトランスフェラーゼ1(PPST1);熱安定性フェノール−スルフォトランスフェラーゼ(TS−PST);HAST1/HAST2;ST1A3;STP1+PPST2;ST1A2;STP2+モノアミン−フェノールサルフェート化フェノール−スルフォトランスフェラーゼ、U09031+U28170+L19956。
NADPジヒドロピリミジン脱水素酵素前駆物質(DPD);ジヒドロウラシル脱水素酵素;ジヒドロチミン脱水素酵素(DPYD)、U09178。
転写性規制体atrX;“X−連結”ヘリカーゼII(XH2);“X−連結”−核−蛋白(XNP);RAD54L、U09820。
26−S体蛋白−規制−下位単位S2(PSMD2);腫瘍−壊死−因子−タイプ−1受容体−関連蛋白(TRAP2);55.11蛋白、U12596。
損傷−特殊性DNA−結合性蛋白p127下位単位(DDBAp127);DDB1、U18299。
T−化合物−蛋白−1−δ−下位単位(TCP1−δ);CCT−δ(CCTD;CCT4);RNA−結合性tarの刺激体(SRB)、U38846。
7,8−ジヒドロ−8−オキソグアニン−トリフォスファターゼ(8−オキソdGTPase);mutT−同族体1(MTH1)、D16581。
150−kDa酸素制御蛋白ORP150、U65785。
48−kDaFKBP関連性蛋白(FAP48)、U73704。
T−化合物−蛋白−1−η−下位単位(TCP1−η);CCT−η(CCTH;CCT7);HIV−1NEF相互作用蛋白、U83843。
カタラーゼ(CAT)、X04076。
ポルホビリノーゲン−脱アミン酵素(PBGD);ヒドロキシメチルビラン−シンターゼ(HMBS);プレ−ウロポルフィリノーゲン−シンターゼ、X04808。
Mn+過酸化物−ジスムターゼ−2−前駆物質(SOD2)、X07834;X59445。
94kDa−グルコース−制御蛋白(GRP94);エンドプラスミン−前駆物質;GP96−同族体;腫瘍−拒絶−抗原1(TRA1)、X15187;M33716。
ウラシル−DNA−グリコシラーゼ2(UNG2)、X52486。
T−化合物−蛋白−1−α−下位単位(TCP1−α);CCT−α(CCTA;CCT1)、X52882。
40SリボソーマルタンパクS3(RPS3)、X55715。
47kDa−熱ショック−蛋白−前駆物質;コラーゲン−結合性蛋白1(CBP1);コリギン1+コラーゲン−結合性蛋白2(CBP2)、X61598+D83174。
T−化合物−蛋白−1−γ−下位単位(TCP1−γ);CCT−γ(CCTG;CCT3);TRIC5、X74801;U17104。
転写因子IIH(TFIIH);52−kDa−ベーシック転写因子−2−下位単位(BTF2p52)、Y07595。
“X線修復交互補助蛋白2”(XRCC2)、Y08837。
8−オキシグアニン−DNA−グリコシラーゼ1(OGG1);mutM−同族体、Y11838。
34−kDaベーシック−転写因子−2−下位単位(BTF2p34)、Z30093。
N−オキシド−形成性ジメチルアニリン−モノオキシゲナーゼ5;肝臓フラビン−含有モノオキシゲナーゼ5(FMO5);ジメチルアニリンオキシダーゼ5、L37080。
ユビキチン−型蛋白NEDD8、D23662。
多重抵抗性−蛋白3(MDR3);P−グリコ蛋白3(PGY3)、M23234。
ユビキチン−共役酵素E2−17−kDa(UBE2B);ユビキチン蛋白リガーゼ;ユビキチン−担体−蛋白HR6B、M74525。
59−蛋白;HSP−結合性インミュノフィリン(HBI);推定ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ;52kDa−FK506−結合性蛋白(FKBP52);FKBP59;HSP56;FKBP4、M88279。
熱ショック−蛋白−40同族体(HSP40同族体);DNAJW、U40992。
51kDa−FK506−結合性蛋白(FKBP51);ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ;54kDa−プロジェステロン−受容体−関連性−インミュノフィリン;FKBP54;FF1−抗原;HSP90−結合性インミュノフィリン、U42031。
ヘマトポエティッシュプロジェニター−キナーゼ(HPK1)、U66464。
SPS1/Ste20−同族体KHS1、U77129。
肝臓−グリセルアルデヒド−3−フォスフェート−脱水素酵素(GAPDH;G3PDH)、X01677。
脳−特殊性チューブリン−α−1−下位単位(TUBA1)、K00558。
HLAクラスI組織互換性−抗原−C−4−α−下位単位(HLAC)、M11886。
サイトプラズマβ−アクチン(ACTB)、X00351。
“23kDa高度ベーシック” −蛋白;60Sリボソーマル蛋白L13A(RPL13A)、X56932。
40Sリボソーマル蛋白S9、U14971。
ユビキチン、M26880。
フォスフォリパーゼA2、M86400。
ヒポキサンチングアニンフォスフォリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)、V00530。
【0049】
本発明においては、前記段落の箇条書きの遺伝子(以下、これを表1とする)の本質的に全てのメチル化状態を調べることが特に好ましい。
【0050】
本発明においては、表1に列挙された遺伝子の25%までが含まれていない、一揃いの遺伝子のメチル化が調べられることが好ましい。
【0051】
本発明においては、更に、表1に列挙された遺伝子の95%が、限定された数の、表1に列挙されていない、付加的な遺伝子とともにメチル化状態を調べられることが好ましい。
【0052】
本発明においては、表1に列挙された遺伝子の25%までが、他の表1に列挙されていない遺伝子の相補的一揃いによって、置き換えられる。
【0053】
実証する遺伝子の化学的に前処理されたDNA配列の少なくとも95%が対応する表1に列挙された遺伝子の前処理されたDNA配列と一致することが好ましい。
【0054】
本発明では、エクソンの少なくとも、25塩基対長の断片に100%一致する配列が、同族体である。このことは場合によっては起こり得る読み枠のすれを、まず顧慮して、配列の同族性が認識される。
【0055】
以下の実施例では幾つかの調べる遺伝子及びその毒物学的プロセスの意味が挙げられる。
【0056】
調べる遺伝子のゲノム配列は、公知の、入手可能な、ゲノム配列が寄託されているデータバンクの、その都度の相補的DNA配列と比較によって導き出すことができる。
【0057】
実施例1:HT−29P208細胞の培養、細胞の収得及び染色体DNAの標本化
HT−29P208細胞(5×104細胞/ml)を培養用シャーレに植付け、10%牛胎児血清を添加した、DMEM/Ham’sF−12剤中で、5日間37℃で5%炭酸ガス中で95%合流するまで培養した(Campbell−Thompson、M.und Bhardwaj、B.、Cancer Research 2001、61、632〜640)。次いで、細胞は24時間牛の血清なしの前記F−12剤中で培養した。細胞の培養液を新しいものと交換後、三並列で6時間と24時間、新しいものとして、培養液に10ng/mlをTGF−b1を添加したもの及び培養液に10ng/mlをIL−b1を添加したもの、培養液にトリコスタチン(50nM)を添加したもの、培養液にミルリノン(50μM)を添加したもの、を使用して培養した。培養液から分離した細胞はトリプシンで処理し、遠心分離し、200μlのPBS緩衝液(フリッチェアンドマニアティス出版、分子クローン:研究手引、1989)に再懸濁し、−20℃に保存した。染色体DNAはQIAampキットで、製造指針(Qiagen Hilden)に従って、精製した。
【0058】
実施例2:重亜硫酸塩処理DNAの製造とPCR反応の実施
DNA試料(20ng)を制限酵素Mss1で処理した。処理済DNAを温度を高めた条件下で、亜硫酸水素塩(重亜硫酸塩、酸性亜硫酸塩)及びラジカル捕捉剤で化学変化させた(DE10050942)。その際、非メチル化シトシンの全てが、塩基対挙動がチミンに対応する、ウラシルに変換する。それに対して、5メチルシトシンはこの条件下変化しない。
【0059】
化学的に前処理されたDNAは、次いで、耐熱性DNAポリメラーゼを利用してポリメラーゼ連鎖反応によって増幅される。多重PCR反応は、サーモサイクラー(エッペンドルフGmbH)によって、10ngの重亜硫酸塩処理DNA、及び、その都度6pmolプライマーオリゴヌクレオチッド(32種までの個々のプライマーオリゴヌクレオチッドの混合物、表3参照)、その都度800μMのdNTP 及び4.5mM塩化マグネシウムの使用下実施される。環状化プログラムは、第一段階は14分96℃で、第二段階は60秒96℃で、第三段階45は秒55℃で、第四段階は75は秒72℃、第五段階は10分72℃であり、第二段階及び第四段階は39回繰り返された。
【0060】
表3に挙げられた64種類のDNA断片を、上記のような6通りの多重PCR反応(mPCR)及び重亜硫酸塩処理DNAをテンプレート(複写される側の核酸鎖)として増幅した。ゲノム、重亜硫酸塩処理DNAのmPCR反応(I、J、K、L、M、N)を表3に挙げられたプライマーオリゴヌクレオチッドの組み合わせで行なう。他のプライマーオリゴヌクレオチッドをゲノム、重亜硫酸塩処理DNAの増幅に同様の方法で使用することが同様にできる。特に表1のプライマー対が好ましい。
【0061】
実施例3:選択された遺伝子のメチル化状態の決定
実施例2で製造した増幅産物を固相に結合された状態で、512オリゴヌクレオチッドでハイブリッド化する(Model、F.und Adorjan、P.バイオインフォマチクス、2001、17増補版1、157〜164)。オリゴヌクレオチッドが付加した固相は以下では、オリゴヌクレオチッド−アレーと称する。ハイブリッド化産物の検出感度は、増幅に使用される、Cy5蛍光マーカーを付加されたプライマーオリゴヌクレオチッドに基づく。増幅されたDNAのオリゴヌクレオチッドによるハイブリッド化反応は、例えば、GTTTTTTTCGTTTTAGAG(配列ID6)ただ、メチル化シトシンが重亜硫酸塩処理されたDNAの前記位置に存在するときのみ、行なわれる。特殊なシトシンのメチル化状態はハイブリッド化産物を経て決定される。前記位置のメチル化状態を証明するために、非メチル化シトシンの検出を可能にするところのオリゴヌクレオチッドアレー上にオリゴヌクレオチッドが存在する。これらオリゴヌクレオチッドは、解析すべき位置のオリゴヌクレオチッドがシトシン塩基の位置にチミン塩基を有している、−例えばGTTTTTTTTGTTTTAGAG(配列ID7)−という例外はあるが、試料のメチル化状態の解析に先立ち使用されるオリゴヌクレオチッドと同類である。ある非メチル化シトシンが解析すべき位置に存在するときは、あるハイブリッド化反応が行なわれる。
【0062】
蛍光信号の検出は蛍光スキャナーGenpix4000A(Axon Instruments、USA)によるオリゴヌクレオチッド−アレーのスキャンにより行なわれる。数量的蛍光信号の検出は解析ソフトウエアGenpix3.0(Axon Instruments、USA)により行なわれる。
【0063】
特定の処理を施された細胞のメチル化サンプルを分類するために、HT29−P208細胞のDNAのメチル化サンプルはIL−1b(インターロイキン)またはTGF−b1(形質転換増殖因子)で処理された細胞と共に生育される。得られた結果はデータバンクの記憶装置に入力され、種々のメチル化状態のCpGジヌクレオチッドが同定される。メチル化サンプルはクラスター解析及び統計学的手法により、比較される(Model、F.und Adorjan、P.バイオインフォマチクス、2001、17増補版1、157〜164)。
【0064】
実施例4:外生サイトカイン及び低分子作用物質によるHT29−細胞におけるメチル化状態の変化。
【0065】
この実施例では、生育細胞(実施例参照)のPCR産物(表1参照)がCy5−蛍光マーカーを付されたプライマーと共に重亜硫酸塩で処理されたDNAによって、増幅され混合される。そして、一対の固定されたオリゴヌクレオチッドを各位置に有するガラス担体上でハイブリッド化される。これら、各々の検出オリゴヌクレオチッドは、CpG位置に存在する重亜硫酸塩に親和性の、元は非メチル化状態であるか(TG)またはメチル化状態(CG)であった、配列をハイブリッド化するために、輪郭が描かれた。ハイブリッド化条件は、変形TG及びCGの個々のヌクレオチッドの差異の検出提示するために、選択される。両者の信号の関係は蛍光化信号の強度の比較に基づいて計算される。
【0066】
情報は重要性を判定するマトリックス(図1、2参照)において、処理及び非処理の、HT29−P208細胞の二つのクラスの間のCpGメチル化の差異に関して決められる。P値は重要なメチル化で、(p値?0.05、Model、F.P.Adorjan、A.Olek C.Piepenbrock、Feature selection for DNA methylation based cancer classification.Bioinformatics.2001 Jun;17 Suppl 1 S157〜64)両グループ間の明確な差異を示す。この差異は異なる灰色の濃淡を認識しうる。
【0067】
HT29−P208細胞の64遺伝子断片(表1参照)のメチル化状態の比較調査(研究)は、IL−1bもTGF−b1も特定の遺伝子のメチル化状態の変化に通じることを示す。異なるCpG位置のメチル化度に付いては、コントロール(培養液中にはHT29−P208添加)に対して、TGF−b1を培養液に追加補助した場合のメチル化度は僅かであり、IL−1bを培養液に追加補助した場合のメチル化度はより高いことが見出された。
メチル化状態の変化は24時間の処理後に観察され得る(図1、2参照)。6時間の処理後では明確なメチル化の状況は検知できない(データは無い)。TGF−a遺伝子CpG位置の例外として、TGF−b1とIL−1bが、異なる遺伝子のメチル化状態を変化させる。
【0068】
図3にTGF−a、EGFR、ANT1及びEカドヘリンの各遺伝子の選択された子CpGsのメチル化状態が描出されている。これら遺伝子の増幅は実施例2の条件で行なわれる。表2には使用されるプライマー配列、その配列ID、PCR−断片の長さ及びメチル化解析に使用されるオリゴヌクレオチッドとその配列IDが纏めて記載されている。メチル化状態の決定は、TG−及びCG−オリゴスの蛍光信号の総和に対する、CG−オリゴス蛍光信号の商(除法計算の)の計算によってなされる。これによれば、メチル化状態は0と1の間で変化する、ここで、0は最小の、1は最大のメチル化状態を示す。ここで調べたHT29−P208細胞のCpG位置について、TGF−b1による処理で、メチル化状態の著しい減少が確認された(図3参照)。これに対し、IL−1bによる処理では、メチル化状態は変化無いか、または、増加が確認された(図3、A1 u.図2、B1u.図2、D1参照)。他の実験では、EGFR、ANT1及びCDC25Aの各遺伝子の選択されたCpG位置のメチル化状態に対するミルリノン及びトリコスタチンの影響が調べられた。HT29−P208細胞のミルリノンによる処理によって、メチル化状態は減少し、トリコスタチンによる処理によって、増加した(図4参照)。
【0069】
実施例5:Cyp1a1遺伝子のメチル化解析
遺伝子発現の変化を反映して、変化したメチル化サンプルの解析においては、遺伝子、酵素がコード化され、毒物学的物質の触媒作用によって形質変換された遺伝子、酵素がコード化される。中心的機能はサイトクロームP450ファミリーの遺伝子である。動物実験では、このクラスの遺伝子の一つ、Cyp1a1が、マウス群をβ−ナフトフラボンに曝露後、誘発される(Arch Biochem Biophys 2000 Apr 1;376(1):66−73)。メチル化解析のために、先ず、Cyp1a1をコード化するゲノムDNA配列が同定されなければならない。それには、例えば、コドンDNA配列(遺伝子バンクAcc.NM000499)がゲノムデータバンクの一つ(例えば、遺伝子バンクhtgs)と比較され、その際、インターネットにより可能な(www.ncbi.nlm.nih.gov)、BLASTアルゴリズム比較計算法が使用される。
この場合、Cyp1a1にコード化される、ゲノムDNA(遺伝子バンクAcc.AC020705)の断片が同定される。好ましくは、そのメチル化が遺伝子発現に影響する、重要なCpGジヌクレオチッド、好ましくは、これらの断片中に見られるので、好ましくは、プロモーター及び初期のエクソンまたはイントロンの範囲のゲノム断片のメチル化の差異が調べられる。Cyp1a1遺伝子の例では、下記のゲノム配列断片のエクソン1(太字で強調している)が存在する。
【0070】
Cyp1a1遺伝子のエクソン1を含むゲノム範囲(エクソン1強調される)
【0071】
重亜硫酸塩処理及びPCR増幅後の配列断片(使用されたプライマーオリゴヌクレオチッド及び解析されたCpGが強調されている)
Cyp1a1、センス1、重亜硫酸塩
【0072】
上記のゲノム断片の一部を重亜硫酸塩処理後に増幅するために、例えば、配列TATGTTAAATGGTATTGG及びCATCCAAAAACTATの二つのプライマーが使用される。この配列で限定された1316塩基対長の断片が増幅される。これらの増幅産物は予め一つの固相に結合したオリゴヌクレオチッド、例えば、CTACCCCGTAATAがハイブリッド化される。その際、実証すべきシトシンが増幅産物の837位に存在する。ハイブリッド化産物の実証は、増幅に使用された、プライマーオリゴヌクレオチッドのCy3またはCy5の蛍光マーカーで行なわれる。ただし、重亜硫酸塩処理されたDNAのこの位置に、メチル化シトシンが存在すれば、増幅されたDNAのハイブリッド化反応が、オリゴヌクレオチッドで行なわれる。このようにして、その都度、調べるシトシンのメチル化状態が、ハイブリッド化産物を経由して決定される。
【0073】
実施例6:メチル化標本の決定による、化学物質の毒物学的クラス分類
メチル化サンプルによって、化学物質の一定のクラス分類を行なうために、先ず、非検物質に曝露された生物群と曝露されない生物群のDNAメチル化サンプルの調査を行なう。その結果はデータバンクに登録され、両群の中でのメチル化が異なるCpGジヌクレオチッドが同定される。次いで、判定する物質のメチル化サンプルと他の化学物質の既知のメチル化サンプルが対比される。他の化学物質の毒物学的特性から、類似のメチル化サンプルでもって、調べる物質の特性に対する示唆が得られた。
【0074】
本発明の対象は、重亜硫酸塩が含まれる反応液、配列が少なくとも18塩基対長の断片であって、調べる遺伝子の塩基配列に対応するか、または、それに相補的である、少なくとも二つのオリゴヌクレオチッドを含むプライマーオリゴヌクレオチッドの一揃い、増幅産物製造用オリゴヌクレオチッド及び/またはPNAオリゴマー、コントロール核酸及び本発明の方法の実施及び評価用指導書からなるキットである。
【0075】
図面の説明
図1
非処理HT29−P208細胞(A)及びTGF−b1処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックス[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]を表したものである。数字1〜3は3つの独立実験を記号で示したものである(細胞処理及びメチル化解析)。各水平横帯はメチル化状態がp<0.05で、両解析群が異なる、一つのCpGを表す。比較的高いメチル化度はより暗い灰色に対応し、比較的低いメチル化度はより明るい灰色に対応する。
【0076】
図2
非処理HT29−P208細胞(A)及びIL−1b処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックス[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]を表したものである。数字1〜3は3つの独立実験を記号で示したものである(細胞処理及びメチル化解析)。各水平横帯はメチル化状態がp<0.05で、両解析群異なる、一つのCpGを表す。比較的高いメチル化度はより暗い灰色に対応し、比較的低いメチル化度はより明るい灰色に対応する。
【0077】
図3
非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、TGF−b1(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のIL−1b(白い棒)HT29−P208細胞等の8CpGsのメチル化状態[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]の数量的解析結果を表したものである。
オリゴ−SEQIdsによって表されるCpGsとしては、以下の遺伝子が調べられる。
TGF−a(A1、オリゴSEQIDs6、7;A2、オリゴSEQIDs8、9)、EGFR(B1、オリゴSEQIDs20、21;B2、オリゴSEQIDs22、23)、ANT1(C1、オリゴSEQIDs32、33;C2、オリゴSEQIDs34、35)及びE−カドヘリン(D1、オリゴSEQIDs13、14;D2、オリゴSEQIDs15、16)。y軸の数値はCG−オリゴスの蛍光信号のTG−及びCG−オリゴスの蛍光信号の総和に対する、商として計算される値である。
【0078】
図4
非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、トリコスタチン(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のミルリノン(白い棒)HT29−P208細胞等の4CpGsのメチル化状態[蛍光信号CG−オリゴ×(蛍光信号CG−オリゴ+蛍光信号TG−オリゴ)−1]の数量的解析結果を表したものである。
オリゴ−SEQIDsによって表されるCpGsとしては、以下の遺伝子が調べられる。
EGFR(A1、オリゴSEQIDs22、23)、ANT1(B1、オリゴSEQIDs32、33;B2、オリゴSEQIDs34、35)及びCDC25A(C1、オリゴSEQIDs27、28)。y軸の数値はCG−オリゴスの蛍光信号のTG−及びCG−オリゴスの蛍光信号の総和に対する、商として計算される値である。
【0079】
【表2】
【0080】
【表3】
【図面の簡単な説明】
【図1】非処理HT29−P208細胞(A)及びTGF−b1処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックスを表したものである。
【図2】非処理HT29−P208細胞(A)及びIL−1b処理済みHT29−P208細胞(B)の40CpGsのメチル化状態の重要なマトリックスを表したものである。
【図3】非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、TGF−b1(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のIL−1b(白い棒)HT29−P208細胞等の8CpGsのメチル化状態を表したものである。
【図4】非処理HT29−P208細胞(黒い棒)、トリコスタチン(灰色の棒)及び処理済みHT29−P208細胞のミルリノン(白い棒)HT29−P208細胞等の4CpGsのメチル化状態の数量的解析結果を表したものである。
Claims (29)
- 下記の段階からなることを特徴とする毒物学的診断方法。
a) 予め、調べる物質の毒物学的作用に、曝された生物または培養細胞から、前記生物または培養細胞のDNAを含む試料を取り出し、
b)この試料に含まれるDNAが、前記処理されたDNAの所定の位置の他の塩基配列に、メチル化シトシン塩基が、前記処理されたDNAの所定の位置に非メチル化シトシン塩基が配置されるよりも優先的に配置されるように処理する。
c)処理されて変化したDNAの部分の塩基配列が決定され、そして、そこから、試料に特徴的なメチル化状態または特徴的なメチル化標本が決定される。
d)他の試料のメチル化状態のデータとの比較によって、ある物質の生物または培養細胞への影響が決められるか、及び/または、この物質の生物または培養細胞への影響が毒物学的観点において、他の物質と比較される。 - 少なくとも以下に列挙する遺伝子または、エクソンの範囲と同一か、または、少なくとも85%が、以下に列挙する遺伝子と同一の配列であるところの、調査する、一式の遺伝子のメチル化状態またはメチル化サンプルが包含されることを特徴とする請求項1に記載の毒物学的診断方法。
以下に各々の遺伝子名及び遺伝子バンク受理番号を、この順に箇条書きで示す。
血清伝達−前駆物質;β−1−金属結合グロブリン、M12530。
ラクト伝達−前駆物質;ラクト伝達、X53961。
アポリポ蛋白E前駆物質(APOE)、M12529。
リポポリサッカライド−結合蛋白前駆物質、M35533。
B−リンパ球キナーゼ;チロシン−蛋白−キナーゼBLK;p55−BLK、Z33998。
アポリポ蛋白A−I前駆物質(APOAI)、X00566。
アポリポ蛋白A−II前駆物質(APOAII)、X00955。
アポリポ蛋白C−III前駆物質(APOCIII)、X01388。
エンドテリン1(ET1)、Y00749。
マクロファージコロニー−刺激因子1(CSF1;MCSF)、M37435。
ファミリアル肝臓内胆汁鬱帯1蛋白(FIC1)、AF038007。
血管内腔壁増殖因子D(VEGFD);C−FOS−誘導増殖因子(FIGF)、D89630。
補完性−成分−4−結合蛋白α(C4B−結合蛋白;C4BPA);プロリンリッチ蛋白(PRP)、M31452。
インスリン−類似増殖因子II(IGF2);ソマトメジンA、M29645。
顆粒球マクロファージコロニー−刺激性因子(GM−CSF);CSF2、M11220。
表皮増殖因子−前駆物質(EGF);β−ウロガストロン、X04571。
肝細胞増殖因子−活性因子(HGF−活性因子)、D14012。
マクロファージ−炎症蛋白−1−β−前駆物質(MIP1−β);T−細胞−活性化−蛋白2(AT2);PAT744;H400;SIS−γ;リンパ球−活性化−遺伝子−1−蛋白(LAG1);HC21;小誘導性サイトカインA4(SCYA4);G26T−リンパ球分泌性タンパク、J04130。
グリア増殖因子−2−前駆物質(GGFHPP2);ノイレグリン(Neuregulin);ヘレグリン(Heregurinn)−β3+“細分化因子”+ヘレグリン(Heregurinn)−αL1220;L12261+U02326+M94165
T−細胞−特殊ランテス(Rantes)−蛋白−前駆物質;sisデルタ;小誘導性サイトカインA5(SCYA5);“ランテス(Rantes)パー−炎症”−サイトカイン、M21121。
マクロファージ−“炎症”−蛋白−1−α−前駆物質(MIP1−α);扁桃−リンパ球−LD78−α−蛋白;GOS19―1―蛋白;PAT464.2;SIS―β;小誘導性サイトカイニンA3(SCYA3)、M23452。
オンコスタチン(Onkostatin)M(OSM)、M27288。
インスリン−類似−増殖因子―結合蛋白1(IGFBP1);胎盤蛋白―12(PP12)、M31145。血管内皮細胞―増殖因子前駆物質(VEGF);血管透過性因子(VPF)、M32977;M27281。
肝細胞増殖因子(HGF);分散因子(SF);ヘパトポイエチン(Hepatopoietin)A、M60718。
胸腺ホルモンβ−10(TMSB10;THYB10);PTMB10、M92381。
インターフェロンγ−誘導性蛋白−前駆物質(γ−IP10)、X02530。
マクロファージ“炎症”−蛋白2α(MIP2−α);増殖調節蛋白β(GRO−β)、X53799。
OX40リガンド(OX40L);GP34;tax−転写活性化グリコ蛋白1(TXGP1)、X79924。
形質転換増殖因子β3(TGF−β3)、J03241。
δ−型蛋白前駆物質(DLK)、U15979;Z12172。
インスリン−型増殖因子−IA前駆物質(IGFIA);IGFBP1;ソマトメジンC+インスリン−型増殖因子−I(IGF1)、M27544+M37484。
CCケモカイン−エオタキシン−前駆物質;好酸性、走化性蛋白;小誘導性サイトカインA11(SCYA11)、D49372;Z75669;Z75668。
“ソニック−ハリネズミ”、L38518。
インターロイキン−1−受容体−拮抗蛋白−前駆物質(IL1RA;IRAP)、M63099。
マクロファージ−インヒビターサイトカイン1(MIC1)、AF019770。
エリスロポイエチン、M11319。
好酸性“肉芽−メジャー−ベーシック”蛋白−前駆物質(MBP);妊娠結合メジャー−ベーシック−蛋白;骨髄−プロテオグリカン2、Y00809。
インスリン−型増殖因子−結合蛋白−3−前駆物質(IGF−結合蛋白3;IGFBP3;IBP3)、M31159;M35878。
細胞性レチン酸結合蛋白II(CRABP2)、M68867。
コーチコリベリン−前駆物質;副腎皮質刺激ホルモン放出因子(CRF);副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン(CRH)、V00571。
インターフェロン−γ−前駆物質(IFNγ;IFNG);免疫インターフェロン、X01992;M29383。
インターロイキン−2−前駆物質(IL−2);T−細胞−増殖因子(TCGF)、A14844。
インターロイキン−1−α−前駆物質(IL−1α;IL1A);肝臓ポイエチン−1、X02851。
インターロイキン−4−前駆物質(IL−4);B−細胞刺激因子1(BSF−1);リンパ球刺激因子−1、M13982。
インターロイキン−6−前駆物質(IL−6);B−細胞刺激因子2(BSF−2);インターフェロン−β−2(IFNB2);ハイブリッドム−成長因子、X04602;M14584。
インターロイキン−5−前駆物質(IL−5);T−細胞−置換−因子(TRF);好酸球細分化−因子;B−細胞−細分化因子I、X04688;J03478。
インターロイキン−12−β−下位単位前駆物質(IL−12B);細胞毒リンパ球−成熟−因子40−kDa−下位単位(CLMFp40);NK−細胞−刺激因子−下位単位2(NKSF2)、M65290。
インターロイキン−12−α−下位単位前駆物質(IL−12A);細胞毒リンパ球−成熟−因子35−kDa−下位単位(CLMFp35);NK−細胞−刺激因子−下位単位1(NKSF1)、M65291。
膵臓炎−関連蛋白−1−前駆物質、D13510。
α−1−酸−グリコ蛋白−1−前駆物質(AGP1);Orosomucoid(副腎皮質生成ステロイド)1(OMD1)、X02544。
C―反応性蛋白―前駆物質、X56692。
副腎皮質生成ステロイド−結合グロブリン、J02943。
プロスタグランジン―エンドパーオキサイド―合成―1―前駆物質;プロスタグランジン−G/H―合成―1(PGH−合成−1;PTGS1;PHS1);シクロオキシゲナーゼ−1(COX1)、M59979。
アンピフィシン(AMPH)、U07616。
5−ヒドロキシトリプタミン−1D−受容体(5−HT−1D;HTR−1D);セロトニン−受容体、M89955。
ニュウロメジン−B−前駆物質、M21551。
頭部−プリオン−蛋白−前駆物質(PRP);PRP27〜30;PRP33〜35C;ASCR、M13667。
ドーパミン−β−ヒドロキシラーゼ(DBH);ドーパミン−β−モノオキシゲナーゼ−前駆物質、X13255。
アルツハイマー−病−アミロイド−A4−蛋白−前駆物質;プロテアーゼネキシン−II(PN−II);APPI、Y00264。
膜結合及び溶解性カテコール−O−メチル転移酵素(COMT)、M65212。
フラビン−含有アミン−オキシダーゼ−A;モノアミン−オキシダーゼ(MAO−A)、M68840。
エリスロポエチン−受容体(EPOR)、M60459。
陽イオン非依存性マンノース−6−燐酸−受容体−前駆物質(CI−Man−6−P−受容体;CI−MPR);インスリン型増殖因子−II−受容体(IGFR−II)、Y00285;J03528。
アクチビン受容体型II前駆物質(ACTRIIA;ACVR2)、D31770。
レチノイド−X−受容体−GAMMA(RXR−GAMMA)、U38480。
転写性促進−因子(TEF1);蛋白GT−IIC;転写因子13(TCF13)、M63896。
グルココルチコイド−受容体(GRL)、M10901。
オーファン−細胞核−ホルモン−受容体BD73、L31785。
低密度−リポタンパク−受容体(LDL受容体;LDLR)、M28219。
スルフォニル尿素−受容体2A(SUR2A)、AF061323。
スルフォニル尿素−受容体(SUR);ATP−結合カセット−亜科C(CFTR/MRP)構成体8(ABCC8)、L78207。
ファルネソール−受容体HRR1、U68233。
チロシン−蛋白−キナーゼ−受容体UFO、X66029。
結腸直腸−癌−抑制−蛋白−前駆物質(DCC)、X76132。
血管−細胞−癒合−蛋白1、X53051。
α1−カテニン(CTNNA1);カドヘリン−結合蛋白;αE−カテニン、D13866;D14705;L23805;L22080;D25303;L24158。
インテグリン−α−9(ITGA9);インテグリン−α−RLC細胞内癒合−分子−1−前駆物質(ICAM1);主要グループ−リノウィールス−受容体;CD54−抗原、J03132。
Ras−近縁蛋白RAB5A、M28215。
E−セレクチン−前駆物質(SELE);内腔−リンパ球−癒合−分子1(ELAM1);リンパ球−内腔−細胞癒合−分子2(LECAM2);CD62E抗原、M30640。
NADH−ユビキノン−デヒドロゲナーゼ−1−β−二次化合物−7 18kDa−下位単位(NDUFB7);化合物−I−B18(CI−B18);細胞癒合−蛋白SQM1、M33374。
神経−カドヘリン−前駆物質(N−カドヘリン;NCAD);カドヘリン2(CDH2)、M34064;X57548;X54315;S42303。
細胞表面−癒合グリコ蛋白LFA−1/CR3/p150、95β−下位単位−前駆物質;LYAM1;インテグリン−β−2(ITGB2);CD18−抗原;補体−受容体−C3−β−下位単位、M15395。
フィブロンエクチン−受容体α−下位単位(FNRA);インテグリン−α5(ITGA5);VLA5;CD49E抗原、X06256。
フィブロンエクチン−受容体β−下位単位(FNRB);インテグリン−β−1(ITGB1);“Very Late”抗原4β下位単位(VLA4);CD29抗原、X07979。
インテグリン−α−L(ITGAL);白血球癒合グリコ蛋白−α−下位単位−前駆物質;白血球−機能結合−分子−1−α−鎖(LFA1);CD11A抗原、Y00796。
カドヘリン−6−前駆物質(CDH6);腎臓−カドヘリン(K−カドヘリン)、D31784。
カドヘリン−11−前駆物質(CDH11);骨芽細胞−カドヘリン(OB−カドヘリン);OSF4、L34056。
カドヘリン12(CDH12);脳髄−カドヘリン前駆物質(Br−カドヘリン);神経カドヘリン2(N−カドヘリン2)、L34057;L33477。
カドヘリン13(CDH13);麻痺−カドヘリン前駆物質(T−カドヘリン);心臓−カドヘリン(H−カドヘリン2)、L34058;U59289;U59288。
カドヘリン3(CDH3);胎盤−カドヘリン前駆物質(P−カドヘリン;CDHP)、X63629。
ギャップ−接合−α−5−蛋白(コネキシン40)(CX40)、L34954。
インボルクリン、M13903。
フィブリノゲン−G−γ−ポリペプチッド、X51473;X02415;K02569。
原形質−細胞−膜グリコ蛋白PC−1;アルカリフォスフォジエステラーゼI;ヌクレオチッドピロフォスファターゼ(NPPase)、M57736。
アンネキシンV;リポコルチンV;エンドネキシンII;カルフォビンディンI(CBP−I);胎盤−抗凝固性−蛋白I(PAP−I);PP4;血栓形成−阻害体;血管内凝固阻害−α(VAC−α;アンコリンCII)、X12454。
アミニンα1下位単位前駆物質(LAMA1);ラミニン−A−鎖、X58531。
腸内脂肪酸−結合蛋白2(FABP2;IFABP)+肝臓−脂肪酸−結合蛋白1(FABP1;LFABP)、M10050+M10617。
有機陰イオン用ナトリウム非依存性輸送体;有機陰イオン輸送ポリペプチッド(OATP);SLC21A3、U21943。
N1用ポリ特殊性輸送体(OCTN1)、AB007448。
TNF−α−刺激性ABC−蛋白(TSAP)、AF027302。
有機陽イオン用輸送体−型蛋白2(ORCTL2)、AF037064。
有機陽イオンN2用輸送体(OCTN2)、AF057164。
MRP/有機陽イオン用輸送体(MOAT−B)、AF071202。
アドレノロイコ(Adrenoleuko)ジストロフィー−類似蛋白(ALDR)、AJ000327。
骨格筋−アデニンヌクレオチッド転移体1(ANT1);心臓/骨格筋ADP/ATP搬送蛋白イソホーム(Isoform)T1;ADP/ATP搬送酵素1、J02966。
腺腫における蛋白“減速” 蛋白(DRA)、L02785。
ミトコンドリア解放−蛋白−3(UCP3)、AF011449。
ミトコンドリアカルニチン−パルミトイルトランスフェラーゼ−II−前駆物質(CPTase;CPT2)、M58581。
ミトコンドリア“褐色脂肪組織”−放出−蛋白1(UCP1)、U28480。
プロスタグランジン搬送体(PGT);溶解担体−ファミリー−21−構成体2(SLC21A2)、U70867。
ミトコンドリア解放−蛋白2(UCP2);UCPH、U82819。
胆汁酸塩−放出−ポンプ(BSEP)、AF091582。
アンスラサイクリン抵抗性結合蛋白(ARA)、X95715。
有機陽イオン腎臓−搬送体、X98333。
多重抵抗性結合蛋白3(MRP3);MLP2;ABCC3、Y17151。
抗原−ペプチッド−搬送体2(APT2);ペプチッド−補給−因子2(PSF2);抗原−処理−2−関与ペプチッ−ド−搬送体(TAP2);ATP−結合カセット−下位ファミリー−B−(MBR/TAP)−構成体3(ABCC3);HLA−クラス−II−組織−適合性−抗原DO−β−鎖前駆物質、X66401;L09191;L10287。
有機陰イオン用腎臓搬送体1(hROAT1)、AF057039。
塩素−導伝度−規制−蛋白ICLN;ヌクレオチッド−感受性塩素−導管1;塩素−イオン−流−誘導−蛋白(CLCI);網状赤血球PICLN、X91788。
中性アミノ酸搬送体A(SATT);アラニン/セリン/システイン/スレオニン−搬送体(ASCT1)、L14595。
モノカルボキシレート搬送体1(MCT1)、L31801。
回腸ナトリウム−依存性−胆汁酸塩−搬送体(ISBT);回腸ナトリウム/タウロコレート−共搬送性ポリペプチッド(NTCP2);SLC10A2、U10417。
ナトリウム−依存性胆汁酸塩−共搬送体;肝臓ナトリウム/タウロコレート−共搬送性ポリペプチッド(NTCP2);SLC10A1、L21893。
ナトリウム−及び塩素−依存性グリシン−搬送体−1(GLYT1)、S70609。
ムコヴィスチドース(Mukoviszidose)−経膜的−導伝性−規制体(CFTR);cAMP−依存性塩素−導管、M28668。
有機陰イオン用導管形多重特殊性搬送体;高抵抗性−及び結合性−蛋白2(MRP2);導管形高抵抗性−及び結合性−蛋白、U63970。
有機陽イオン1用搬送体、U77086。
“ギャップ接合性”−β−1蛋白(コネキシン32)(CX32)(肝臓−“ギャップ接合性”−蛋白)、X04325。
カドヘリン1(CDH1);上皮カドヘリン−前駆物質(E−カドヘリン;CDHE);ウボモルリン(UVO);CAM120/80、Z13009。
Geglaettet;GX、U84401。
エフリンA−型受容体−2−前駆物質;上皮細胞−キナーゼ(ECK);チロシン−蛋白−キナーゼ−受容体ECK、M59371;M36395。
NADPHシトクロームp450リダクターゼ、S90469。
NCKメラノーマ(黒色肉腫)サイトプラズマsrc同族体(HSNCK)、X17576。
JV18−1.HMAD2またはMADR2またはSMAD、U68018。
2元性−特殊性−分裂誘発物質−活性化−蛋白−キナーゼキナーゼ−1(MAPキナーゼキナーゼ1;MAPKK1;MKK1);特別細胞の信号−規制キナーゼ1;ERK活性化−キナーゼ1、L0564。
“c−jun”−N−末端キナーゼ1(JNK1);JNK46、L26318。
分裂誘発物質−活性化蛋白−キナーゼp38(MAPキナーゼp38);サイトカイン−抑制“抗−炎症”−作用物質結合蛋白(CSAID−結合蛋白;CSBP);“MAX”−交換性蛋白2(MXI2)、L35253;L35263。
蛋白キ−ナーゼCβI(PKC−β−I)、M27545;X06318。
有糸分裂−活性化蛋白−キナーゼ9(AMPキナーゼ9;MAPK9;PRKM9);“c接合”―N―末端キナーゼ2(JNK2);JNK55、L31951。
“c接合”―N―末端キナーゼ3α2(JNK3A2);PRKM10MAPキナーゼp493F12、U34819+U07620。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ6(MAP−キナーゼキナーゼ6;MAPKK6;MKK6);MAPK/ERK−キナーゼ6;SAPKK3、U39657。
p21−活性化キナーゼ−γ(PAK−γ;PAK2);PAK65;S6/H4キナーゼ、U24153。
有糸分裂−活性化蛋白−キナーゼp38β(MAPキナーゼp38β);ストレス−活性化蛋白キナーゼ2(SAPK)、U53442。
MAPK/ERK−キナーゼキナーゼ3(MEKキナーゼ;MEKK3)、U78876。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ2(MAP−キナーゼキナーゼ2;MAPKK2);ERK−活性体キナーゼ2;MAPK/ERK−キナーゼ2(MEK2)、L11285。
二重(2元)−特殊性−有志分裂−活性化蛋白キナーゼキナーゼ5(MAP−キナーゼキナーゼ5;MAPKK5)、U25265。
リボソーム蛋白S6キナーゼIIα1(S6KIIα1);リボソームS6キナーゼ1(RSK1)、L07597。
B−リンパ球−胚中心−キナーゼ(GCキナーゼ)、U07349。
YSK1;Ste20及びSPS1近縁キナーゼ、D63780。
蛋白フォスファターゼ2B規制下位単位;カルシニュウリンB下位単位イソフォーム1、M30773。
蛋白−チロシン−ホスファターゼMEG2(PTPASE−MEG2)、M83738。
蛋白−チロシン−ホスファターゼ−α−前駆物質(R−PTP−α;PTPRA;PTPA)、M34668。
糖尿病関連RAS(RAD1)、L24564。
CDC42−同族体;G25KGTP−結合性蛋白(脳−イソフォーム+胎盤−イソフォーム)、M35543+M57298。
カルメジン、D86322。
カルビンジン;エイビアン−型ビタミン−D−依存性カルシウム−結合性蛋白(CABP);D−28K、X06661。
ストラティフィン(SFN);14−3−3蛋白σ;上皮細胞マーカー−蛋白1;HME1,AF029082。
FKBPラパマイシン関連蛋白(FRAP);ラパマイシン標的蛋白、L34075。
亜鉛−フィンガー−蛋白37(ZFP37);KRAB−領域−亜鉛−フィンガー−蛋白、AF022158。
CCAAT/エンヘンサー−結合性蛋白ε(C/EBPε;CEBPE)、U48866;U48865。
転写イニシアチブ因子IID;TATAボックス因子;TATA配列結合蛋白(TBP)、M34960。
60Sリボソーム蛋白L6(RPL6);TAX−応答エンヘンサー−要素結合性蛋白107(TAXREB107);ネオプラズマ−近縁蛋白C140、X69391。
DNA−結合性蛋白L6(RPL6)HIP116;ATPase;SNF2/SWI2−近縁蛋白、L34673。
“ベーシック”転写因子−2−44−kDa−下位単位(BTFp44)、Z30094。
オクタマー−結合性転写因子2(oct−2;OTF2);リンパ性−限定免疫グロブリン−オクタマー−結合性蛋白NF−A2;POU2F2、M36542。
亜鉛−フィンガー−蛋白40(ZNF40);ヒト免疫不全−ウィールス−型−I−エンヘンサー−結合性−蛋白1(HIV−EP1);頭−組織適合性−化合物結合蛋白(MBP1);陽性規制−領域−II−結合性因子1(PRDII−BF1)、X51435。
神経組織システム−特殊性オクタマー−結合性転写因子N−oct3;N−oct5A及びN−oct5B;脳−特殊性類似ボックス/POU−領域−蛋白2(POU3F2);brn2;oct7、Z11933。
低酸素症−誘導性因子1α(HIF1α);ARNT−互換性−蛋白;PAS−蛋白1構成物(MOP1)、U22431。
CCAAT/エンヘンサー−結合性蛋白α(CEBPα)、U34070。
類似ボックス−蛋白MOX−2(増殖―停止―特殊性類似ボックス)、X82629。
内皮転写因子GATA2、M68891。
DNA−結合性蛋白−阻害因子Id−2、M97796。
活性化転写因子4(ATF4);Tax―応答エンヘンサー−要素B67(TAXREB67);cAMP―応答―要素―結合性蛋白2(CREB2)、D90209。
熱ショック因子−蛋白1(HSF1);熱ショック転写因子1(HSTF);TCF5、M64673。
FK506結合蛋白13前駆物質(FKBP13);FKBP2;ペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼ(PPIase)、M65128。
CAMP−応答−要素−結合性蛋白(CREBP1);転写因子ATF2;HB16、M31630。
CAMP−応答−要素−結合性蛋白(CREB)、M34356。
捕捉増殖―応答―蛋白1(EGR1);転写因子ETR103;KROX24;亜鉛―フィンガー−蛋白225(ZNF225);AT225、X52541;M62829。
トリステトラプロリン(TTP);TIS11;ZFP36;増殖因子誘導性核蛋白475(NUP475)、M92843。
プリン−リッチ単鎖−DNA−結合性蛋白α(PURA)、M96684。
転写因子−relB;I−rel、M83221。
環状−AMP−依存性転写因子1ATF−3(活性化因子FACTOR3)、L19871。
オクタマー−結合性転写因子1(oct1;OTF1);オクタマー−結合性蛋白N−FA1;POU2F1、X13403。
B−細胞−リンパ腫−3コード化蛋白(bcl3)、M31732。
レチン酸−受容体γ1(RAR−γ1;RARG)M24857;M38258;M57707;M32074。
PRB―結合性蛋白E2F1;網膜芽腫―結合性蛋白1(RBAP1);PBR3、M96577。
レチン酸−受容体α;レチノイドX受容体α(RXRA)、X52773。
頭−組織適合性−化合物−エンヘンサー−結合性蛋白MAD3、M69043。
融合性−結合性蛋白2(FBP2)、U69126。
メチル−CpG−結合性蛋白2(MECP2)、L37298。
AP4“ベーシック”螺旋−ループ−螺旋DNA−結合蛋白、S73885。
肝細胞−核−因子4(HNF4);転写−因子14、X76930。
金属規制転写因子、X78710。
コックカイン−症候グループA;WD−リピート−蛋白(CSA−蛋白)、U28413。
RNase−L−阻害体、X76388。
40Sリボソーム蛋白S5、U14970。
グルタメート−ピルベート−トランスアミナーゼ1(GPT1);アラニン−アミノトランスフェラーゼ(AAT1)、D10355。
ペプチジルプロリル−シス−トランス−イソメラーゼA(PPIase;PPIA);ロータマーゼ;シクロフィリン−A−(CYPA);シクロスポリンA結合性蛋白、Y00052。
推定蛋白−ジスルフィド−イソメラーゼ−ER−60−前駆物質(ERP60);58−kDaミクロソーム蛋白フォスフォリパーゼCα、D16234;Z49835;D83485;U42068。
HSC70−置換作用性蛋白;プロジェステロン−受容体−結合性−P48−蛋白、U28918。
チャペロニン含有T化合物ポリペプチッド1β下位単位(CCTβCCTBCCT2TCP1β);99d8.1、AF026293。
パーオキシソーム−集合体−因子−2(PAF−2);パーオキシソーム−型ATPase1;パーオキシン−6;PEX6;PXXX1、U56602。
細胞内レチン酸結合性蛋白、S74445。
内皮変性酵素1、Z35307。
マトリックス−金属プロテナーゼ−14−前駆物質(MMP14);MMP−X1;膜−型マトリックス−金属プロテナーゼ1(MT−MMP1)、D26512;X83535。
ブレオマイシン−ハイドロラーゼ(BLMハイドロラーゼ)、X92106。
プロテアソーム−活性化−HPA28−下位単位β、D45248。
胎盤−プラスミノゲン−活性化−阻害体2(PAI−2;PLANH2);単核細胞ARG−セルピン;ウロキナーゼ−阻害体、M18082;J02685。
α2−マクログロブリン−前駆物質(α−2−M)、M11313。
金属プロテアーゼ1前駆物質の組織阻害体(TIMP1);エリスロイド強化性活性(EPA);繊維芽細胞コラーゲナーゼ阻害体、X03124。
α1−抗キモトリプシン前駆物質、(ACT)、K01500。
α1−抗トリプシン−前駆物質;α1−プロテアーゼ−阻害体;α1−抗プロテイナーゼ、X02920。
DNA結合性蛋白A(DBPA);冷却ショック−領域−蛋白A(CSDA)、M24069。
オトリ受容体3(DCR3)、AF104419。
T−化合物−蛋白1ツェータ−型下位単位(CCT−ツェータ型;TCP1−ツェータ型);TSA303;精巣−特殊TCP20#、D78333。
クロマチン集合体因子1p48下位単位(CAF1p48下位単位);網膜芽腫結合性蛋白4(RBBP4);RBAP48;msil蛋白同族体、X74262。
高移動性グループ蛋白HMG2、X62534。
DNA−結合性蛋白UEV−1;UBE2V、U49278。
活性体−1−140−kDa−下位単位(A1140−kDa−下位単位);複製因子C“大下位単位”;DNA−結合性蛋白POGA、L14922。
複製因子−C−36−kDa−下位単位(RFC36);活性体−1−36−kDa−下位単位、L07540。
複製因子−C−38−kDa−下位単位(RFC38);活性体−1−38−kDa−下位単位、L07541。
複製−蛋白−A−70−kDa−下位単位(RPA70;REPA1;RF−A);単鎖DNA結合性蛋白、M63488。
活性体−1−40−kDa−下位単位(A1−40−kDa−下位単位);複製因子−C−40kDa−下位単位(RFC40);RFC2、M87338。
活性体−1−37kDa−下位単位;複製因子−C−37kDa−下位単位(RFC37);RFC4、M87339。
DNA−トポイソメラーゼI(TOP1)、J03250。
DNA−トポイソメラーゼIIα(TOP2A)、J04088。
増殖性環状核抗原(PCNA);サイクリン、M15796;J04718。
DNAトポイソメラーゼIIβ(TOP2B)、X68060。
複製−蛋白−A−14kDa−下位単位(RP−A)(RF−A);複製因子−A−蛋白3、L07493。
DNA−ヌクレオチジルエキソトランスフェラーゼ;末端付加イオン酵素;末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ;末端トランスフェラーゼ;DNTT、M11722;K01919。
DNA−ポリメラーゼδ触媒的下位単位、M80397。
DNAトポイソメラーゼIII(TOP3)、U43431。
“削除,修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ6”(ERCC6);コックアイン−症候−蛋白2型B(CSB)、L04791。
乾皮症−色素グループG補完蛋白“チャイニーズハムスター細胞5のX線修復−補完欠如修復”(XRCC5)、L20046;X69978。
Ku−p70/p80−下位単位;ATP−依存性DNA−ヘリカーゼ−II−86kDa−下位単位;ルーパス−Ku−自己抗原蛋白;甲状腺ルーパス−自己抗原(TLAA);CTC−ボックス−結合性因子−85kDa−下位単位(CTCBF;CTC85);
核−因子IV、M30938。
乾皮症−色素−グループB補完蛋白(XBP);“削除、修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ3”(ERCC3);基部転写因子−2−89kDa−下位単位(BTF2−p89;TFIIH−89kDa−下位単位)、M31899。
Ku−70kDa−下位単位;ATP−依存性DNA−ヘリカーゼ−II−70kDa−下位単位;ルーパス−Ku−自己抗原−蛋白p70;甲状腺ルーパス−自己抗原(TLAA);CTC−ボックス−結合性因子−75kDa−下位単位(CTC75)、M32865;S38729。
“チャイニーズハムスター細胞1のX線修復−補完欠如修復”(XRCC1)、M36089。
ユビキチン−共役酵素E217−kDa−下位単位(UBE2A);ユビキチン−蛋白−リガーゼ;ユビキチン−担体−蛋白;HR6A、M74524。
DNAポリメラーゼα触媒的下位単位(POLA)、X06745。
6−O−メチルグアニン−DNA−メチルトランスフェラーゼ(MGMT);メチル化DNA蛋白システインメチルトランスフェラーゼ、M29971。
乾皮症−色素−グループD補完蛋白(XPD);“チャイニーズハムスター細胞2のX線修復−補完欠如修復”(XRCC2)、X52221。
“削除,修復相互補完齧歯類修復不全補完グループ1”(ERCC1)、M13194。
変異L蛋白同族体1(MLH1);結腸癌非ポリープ性型2蛋白(COCA2)、U07418。
紫外線−腫瘍切除修復−蛋白RAD23−同族体B(HHR23B);乾皮症−色素グループC修復−補完化合物58−kDa蛋白D21090HHR23A;紫外線−腫瘍切除修復蛋白蛋白RAD23A、D21235。
DNA依存性蛋白キナーゼ(DNA−PK)+DNA−PK触媒的下位単位(DNA−PKCS)、U35835+U47077。
DNA損傷修復及び再結合蛋白52(RAD52)、U12134。
失調性毛細管拡張症(ATM)、U33841。
RAD50、U63139。
DNA−リガーゼIV(LIG4);ポリデオキシリボヌクレオチッドシンテーゼ、X83441。
DNA−リガーゼIII(LIG3);ポリデオキシリボヌクレオチッドシンテーゼ、X84740。
DNA“不適合”修復蛋白MSH2、U04045;L47583。
DNA“不適合”修復蛋白MSH6;変異Sα160kDa−下位単位;G/T“不適合”結合性蛋白(GTMBP;GTBP)、U54777。
RecQ蛋白型(DNAヘリカーゼQ1型)、D37984。
DNAポリメラーゼβ下位単位(DPOB)、D29013。
DNA−“不適合”−修復−蛋白PMS1(PMS1−蛋白−同族体1)、U13695。
DNA−“不適合”−修復−蛋白PMS2(PMS1−蛋白−同族体2)、U13696。
ATP依存性DNAリガーゼI(LIG1);ポリデオキシリボヌクレオチッド−シンテーゼ、M36067。
乾皮症−色素グループA−補完蛋白(XPA)、D14533。
損傷−特殊性DNA−結合性蛋白−p48−下位単位(DDBBp48);乾皮症色素グループE(DDB2)、U18300。
DNA修復蛋白XRCC4、U40622。
G/T−“不適合”−特殊性チミン−DNA−グリコシラーゼ(TDG)、U51166。
DNA−修復−蛋白XRCC9、U70310。
エンドヌクレアーゼ−III−同族体1;HNTH1;OCTS3、U79718。
DNA−修復−蛋白補完性XP−C−細胞;乾皮症−色素−グループC補完性蛋白(p125)、D21089。
ウラシルDNAグリコシラーゼ前駆物質(UNG1)、X15653。
DNA−(プリンまたはピリミジン位置)リアーゼ;APエンドヌクレアーゼ1(APE1);プリン/ピリミジンエンドヌクレアーゼ(APEX);APEXヌクレアーゼ(APEN);REF1、X59764;X66133。
DNA−修復−蛋白−RAD54−同族体、X97795。
RecA−型蛋白HsRad51;DNA−修復−蛋白RAD51−同族体、D13804。
V(D)J組替え−活性化蛋白2(RAG2)、M94633。
V(D)J組替え−活性化蛋白1(RAG1)、M29474。
筋−特殊性DNアーゼ−I−型前駆物質(DNアーゼ1L1;DNL1L);DNアーゼX、X90392;L40817;U06846。
デオキシリボヌクレアーゼI(DNアーゼ)I、M55983。
二重−特殊性−蛋白−ホスファターゼ9;分裂促進因子−活性化蛋白−キナーゼ−ホスファターゼ4(MAP−キナーゼ−ホスファターゼ4(MKP4)、Y08302。
G1/S−特殊性サイクリンD3(CCND3)、M92287。
G1/S−特殊性サイクリンD1(CCND1);サイクリン−パラスレオイド−アデノマトーゼ1(PRAD1);bc1−1発ガン遺伝子、X59798。
G1/S−特殊性サイクリンD2(CCND2)+KIAK0002、M90813+D13639。
G2/マイトース−特殊性サイクリンB1(CCNB1)、M25753。
G1/S−特殊性サイクリンE(CCNE)、M73812。
G2/マイトース−特殊性サイクリンG1(CCNG1)、U47413。
G1/S−特殊性サイクリンC1、M74091。
サイクリンK、AF060515。
蛋白−セリン−スレオニン−キナーゼSTK1;細胞分割−蛋白−キナーゼ7(CDK7);CDK−活性化キナーゼ;39kDa−蛋白−キナーゼ、L20320。
サイクリン−依存性蛋白−キナーゼ2(CDK2);p33−蛋白−キナーゼ、M68520。
細胞外信号−制御キナーゼ2(ERK2);分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼ2(MAPキナーゼ2;MAPK2);p42−MAPK、M84489。
分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼ3(MAPK3;PRKM3);MAPK1;細胞外信号−制御キナーゼ1(ERK1);微小管−結合性蛋白−2−キナーゼ;インスリン−刺激性MAP2キナーゼ、X60188。
細胞外信号−制御キナーゼ3(ERK3);MAP−キナーゼ3(MAPK3;p97−MAPK);PRKM5、X80692。
CDC型キナーゼ3(CLK3)、L29220。
細胞分割−蛋白−キナーゼ4;サイクリン−依存性キナーゼ4(CDK4);PSK−J3、M14505。
細胞外信号−制御キナーゼ5(ERK5)ERK5;BMK1−キナーゼ、U25278。
細胞分割−制御−蛋白−2−同族体(CDC2);p34−蛋−白キナーゼ;サイクリン−依存性キナーゼ1(CDK1)、X05360。
細胞外信号−制御キナーゼ4(ERK4);MAP−キナーゼ4(MAPK4;p63−MAPK);PRKM4、X59727。
細胞分割−蛋白−キナーゼ5(CDK5);τ−蛋白キナーゼII触媒的下位単位(TPKII触媒的下位単位);セリン/スレオニン−蛋白−キナーゼPSSALRE、X66364。
細胞外信号−制御キナーゼ6(ERK6);ストレス−活性化蛋白キナーゼ−3;分裂促進物質−活性化蛋白−キナーゼp38γ(MAPキナーゼp38γ)、X79483。
セリン/スレオニン−蛋白−キナーゼPLK1(STPK13)、U01038。
“チェックポイント” −キナーゼ1(CHK1)、AF016582。
オーロラ及びIPL1型“ミッドボディ”関連性蛋白キナーゼ1(AIM1);ARK2、AF008552。
サイクリンG関連性キナーゼ(GAK)、D88435。
特別AT−リッチ配列結合性蛋白1(SATB1);MAR/SAR−DNA−結合性蛋白、M97287。
サイクリン−依存性キナーゼ−阻害体1A(CDKN1A);黒色腫−分化−関連性蛋白6(MDA6);CDK−変換作用性蛋白1(CIP1);WAF1;SDI1、U09579;L25610。
wee1Hu−CDK−チロシン−15−キナーゼ;wee−1−型蛋白キナーゼ、U10564。
サイクリン−依存性キナーゼ−4−阻害体2B(CDKN2B);p14−INK4B;多元腫瘍−抑制因子2(MTS2)、U17075;L36844。
螺旋−ループ−螺旋−蛋白HLH1R21;DNA−結合性蛋白−阻害体Id−3;HEIR1、X69111。
DNA−結合性蛋白−阻害体ID−1;Id−1H、D13889。
プロチモシンα(PROT−α;PTMA)、M26708
40sリボソーム蛋白s19(RPS19)、M81757。
p55CDC、U05340。
細胞分割サイクル−蛋白25A(CDC25A);M−相−誘導−フォスファターゼ1、M81933。
CDC25B;CDC25HU2;M−相−誘導−フォスファターゼ2、M81934;S78187。
CDC25C;M−相−誘導−フォスファターゼ3、M34065。
増殖阻害−因子(GIF);金属チオナイン−III(MT−III;MT3)、D13365;M93311。
CDC同族体、U63131。
細胞サイクル−蛋白−p38−2G4−同族体;HG4−1、U59435。
Btg−蛋白−前駆物質;NGF−誘導性抗増殖性蛋白PC3、U72649。
RCL増殖―近縁c−myc−応答Gen、AF040105。
40−kDa熱ショック−蛋白1(HSP40);DNAJ−蛋白同族体1(HDJ1;DNAJ1、D49547。
60−kDa−熱ショック−蛋白(HSP60);HSPD1;60kDa−チャペロニン;ミトコンドリアマトリックス蛋白−p1−前駆物質;p60リンパ球−蛋白;HUCHA60;GLOEL、M34664。
90−kDa−熱ショック−蛋白A(HSP90A);HSP86;HSPCA、X07270。
27kDa−熱ショック−蛋白(HSP27);ストレス応答蛋白27(SRP27);エステロジェン制御24kDa蛋白;HSPB1、X54079。
70kDa−熱ショック−蛋白1(HSP70、1;HSPA1)、M11717。
熱ショック−70kDa−蛋白6(熱ショック−70kDa−蛋白B)、X51757;M11236。
熱ショック−同族−71kDa−蛋白;熱ショック−70kDa−蛋白8(HSPA8;HSC70);HSP73、Y00371。
熱ショック−近縁−70kDa−蛋白2、L26336。
頭頂部蛋白(MVP);肺抵抗性近縁蛋白(LRP)、X79882。
チオサルフェートサルファトランスフェラーゼ;ローダネーゼ、D87292。
溶解性エポキサイドハイドロラーゼ(SEH);エポキサイドハイドロラーゼ;細胞内エポキサイドハイドロラーゼ(CEH);EPHX2、L05779。
血清−パラオキソナーゼ/アリルエステラーゼ1(PON1);血清−アリルジアルキルフォスファターゼ1;芳香族エステラーゼ1(A−エステラーゼ1)、M63012。
ポリモルフェアリルアミン−N−アセチルトランスフェラーゼ(PNAT)+モノモルフェ(MNAT)、X14672;X17059。
キノン−オキシドリダクターゼ;NADPH:キノン−リダクターゼ;ζ−クリスタリン(CRYZ)、L13278;S58039。
細胞溶解スーパーオキシド−ジスミューターゼ1(SOD1)、K00065;X02317。
チトクロームp450IB1(CYP1B1)、U03688。
チトクロームp450IIA6(CYP2A6)+CYP2A7+CYP2A13+CYP2A7PT+CYP2A7PCM33318;M33316+U22029+U22030+U22044チトクロームp450IIB6(CYP2B6)+CYP2B3、M29874;J02864。
チトクロームp450IIIA3(CYP3A3)+CYP3A4+CYP3A5+CYP3A7M13785+M18907+J04813+D00408チトクロームp450IVA11(CYP4A11)、L04751。
チトクロームp450VIIA1(CYP7A1)、X56088。
Dアミノ酸オキシダーゼ(DAMOX;DAO;DAAO)、X13227。
S−メフェニトイン−4−ヒドロキシダーゼ;チトクロームp450IIC9(CYP2C9)+CYP2C10+CYP2C17+CYP2C18+CYP2C19、M21940+M15331;M21939+M61858+M61854。
チトクロームp450IIE1(CYP2E1)、J02625。
チトクロームp450IIF1(CYP2F1)、J02906。
チトクロームp450IVB1(EC1.14.14.1)(p450−HP)J02871。
チトクロームp450IA2(p450−P3)、(p450−4)、Z00036。
プラズマ−グルタチオン−パーオキサイド−前駆物質(GPXP;GPX3)、D00632;X58295。
天然キラー細胞強化因子(NKEFB)+チオール−特殊性抗酸化剤−蛋白(TSA);チオレドキシン−パーオキシダーゼ1(TDPX1);チオレドキシン依存性パーオキサイド−リダクターゼ1、L19185+Z22548;X82321。
チオレドキシン−パーオキシダーゼ2(TDPX2);チオレドキシン−依存性パーオキサイド−リダクターゼ2;増殖−関連性遺伝子(PAG);天然キラー細胞強化因子A(NKEFA)、X67951。
グルタチオン−リダクターゼ(GRアーゼ;GSR;GR)X15722。
ミクロソームグルタチオン−S−トランスフェラーゼ12(GST12;MGST1)、J03746;B28083。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼpi(GSTP1;GST3)、X08058;M24485。
グルタチオン−パーオキシダーゼ(GSHPX1;GPX1)、Y00483;M21304。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼζ1(GSTT1)X79389。
金属チオナインIH(MT1H);金属チオナイン0(MTO)+MT1I;MT2+MT1L+MT1R、X64177+X97260+X76717+X97261。
胃腸内グルタチオン−パーオキシダーゼ(GSHPXGI);グルタチオン−パーオキシダーゼ近縁蛋白(GPRP)、X53463。
ヘム(血液)−オキシゲナーゼ1(HO1);HSOXYGR、X06985。
ヘム(血液)−オキシゲナーゼ2(HO2)、D21243;S34389。
ジメチルアニリン−モノオキシゲナーゼ(N−オキサイド形成)1(EC1.14.13.8);胎児の肝臓フラビン−含有モノオキシゲナーゼ1(FMO1);ジメチルアニリン−オキシダーゼ1、M64082。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼμ1(GSTM1;GST1);HB−下位単位4;GTH4、X68676;S01719。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼA1(GTH1;GSTA1);HB−下位単位1;GSTε、M25627。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)−同族体、U90313。
グルタチオンシンセターゼ(GSHシンセターゼ;GSHS);グルタチオンシンターゼ、U34683。
NAD(P)H―デヒドロゲナーゼ;キノンーリダクターゼ;DT―ジアフォラーゼ;アゾリダクターゼ;フィロキノンーリダクターゼ;メナジオンーリダクターゼ、J03934。
増殖停止−及びDNA−損傷−誘導性蛋白(GADD45);DNA−損傷−誘導転写1(DDIT1)、M60974。
腫瘍−壊死−因子−α−前駆物質(TNF−α;TNFA);癌性悪液質、X01394。
リンフォトキシン−α−前駆物質(LT−α);腫瘍−壊死−因−子β(TNF−β;TNFB)、D12614。
Fas抗原リガンド(FASL);細胞死抗原リガンド(APTL;APT1LG1);TNFSF6、D38122;U08137。
腫瘍−壊死−因子−α−受容体(TNFR)+腫瘍−壊死−因子−受容体(TNFR2);腫瘍−壊死−因子−結合性蛋白2(TBP2)、M32315+M55994。
腫瘍−壊死−因子−受容体(TNFR1);腫瘍−壊死−因子−結合性蛋白1(TBP1);CD120A−抗原、M33294。
FasL−受容体;細胞死補助表面−抗原fas;APO−1−抗原;CD95−抗原、M67454。
レチン酸−受容体β(RXR−β;RXRB)、M84820;X63522;S54072。
腫瘍−壊死−因子−受容体1関連性“死”領域蛋白(TNFR1関連性“死”領域蛋白;TRADD)、L41690。
CD27BP(Siva)、U82938。
腫瘍−壊死−因子型−1受容体関連性蛋白(TRAP1)、U12595。
カスパーゼ−2−前駆物質(CASP2);ICH−1L−プロテアーゼ+ICH−1S−プロテアーゼ、U13021+U13022。
インターロイキン−1−β−コンバーターゼ−前駆物質(IL−1BC);IL−1−β−変換−酵素(ICE);p45;カスパーゼ−1(CASP−1)、U13699;M87507;X65019。
カスパーゼ−6−前駆物質(CASP6);システインプロテアーゼMCH2イソフォルメンα+β、U20536+U20537。
カスパーゼ−4−前駆物質(CASP4);ICH2プロテアーゼ;TXプロテアーゼ;ICE(REL)II+カスパーゼ5前駆物質(CASP5);ICH3プロテアーゼ;TYプロテアーゼ;ICE(REL)III、U28014;U28015。
カスパーゼ−7−前駆物質(CASP7);ICE−型細胞死プロテアーゼ3(ICE−LAP3);細胞死プロテアーゼMCH−3;CMH−1、U37448。
TNF−近縁細胞死−誘導リガンド(TRAIL);APO−2−リガンド(APO2L)、U57059。
カスパーゼ−8−前駆物質(CASP8);ICE−型細胞死プロテアーゼ5(ICE−LAP5);MORT1−関連性CED−3−同族体(MACH);FADD−同族体ICE/CED−3−型プロテアーゼ(FADD−型ICE;FLICE);細胞死システイン−プロテアーゼMCH5、U60520;U58143;X98172;AF00962。
細胞死−規制体bax、L22474。
細胞死−規制体bcl−x、Z23115;L20121;L20122。
細胞死−規制体bcl−2、M14745。
NIP3(NIP3)、U15174。
bcl2同族体拮抗物質/キラー(BAK)、U23765;U16811;X84213。
誘導性骨髄性白血病細胞−差別化−蛋白MCL−1、L08246。
BAD−蛋白;bcl−2−結合性コンポーネント6(BBC6);bcl−2L8、U66879。
BCL−2−結合性アタノージェン−1(BAG−1);グリココルチコイド−受容体−関連性蛋白RAP46、S83171;Z35491。
インターフェロン−誘導RNA−依存性蛋白キナーゼ(p68キナーゼ)、M35663;U50648。
誘導性一酸化窒素−シンターゼ(INOS);II型NOS;肝細胞NOS(HEP−NOS)、L09210。
対細胞死1防御体(DAD1)、D15057。
クラステリン−前駆物質(CLU);相補−関連性−蛋白SP−40;相補−細胞溶解−阻害体(CLI);アポリポ蛋白J(APOJ);雄性ホルモン−産製−前立腺−“メッセージ”2(TRPM2);硫酸化グリコ−蛋白2(SGP2)、M74816。
増殖停止−及びDNA−損傷−誘導性蛋白153(GADD153);DNA−損傷−誘導転写3(DDIT3);C/EBP同族体蛋白(CHOP)、S40706;S62138。
細胞死−蛋白1阻害体(HIAP1;API1)+IAP−同族体C;TNFR2−TRAF信号化合物−蛋白1;MIHC、U45878+U37546。
細胞質ダイニン“ライトチェイン”1(HDLC1);神経単位の一酸化窒素−合成蛋白−阻害体(PIN)、U32944。
細胞死−阻害体“サーバイビン”、U75285。
セントリン;ユビキチン−型蛋白SMT3C;ユビキチン−同族体−領域−蛋白PIC1;UBL1;SUMO1;GAP変性蛋白1;GMP1、U83117。
IEX−1L−Anti“Death”−蛋白;PRG−1;DIF−2、AF039067、AF071596。
ポリ(ADP−リボース)ポリメラーゼ(PARP;PPOL);ADPRT;NAD+ADP−リボシルトランスフェラーゼ;ポリ(ADP−リボース)シンセターゼ、M18112;J03473。
エイビアン骨髄球ウィルス性腫瘍遺伝子−同族体(MYC)、V00568。
P53関連性−mdm2−蛋白、Z12020;M92424。
血小板より収得された増殖因子B下位単位−前駆物質(PDGFB;PDGF2);バカプレルミン;c−sis、X02811;X02744;M12783;M16288。
P53細胞腫瘍抗原、M14694;M14695。
MYB−近縁蛋白B(BMYB);エイビアン骨髄細胞ウィルス性腫瘍遺伝子−同族体−型2(MYBL2)、X13293。
3沃化サイロニン受容体;甲状腺ホルモン受容体(THRA1);verbA近縁蛋白蛋白ear1、M24898。
“jun”主要−腫瘍遺伝子;エイビアン−肉腫−ウィルス−17−腫瘍遺伝子−同族体;転写因子AP−1、J04111。
インスリン型増殖因子結合性蛋白2(IGFBP2)、M35410。
c−mycプリ−ン結合性転写因子puf;ヌクレオシッド−ジホスフェート−キナーゼB(NDP−キナーゼB;NDKB)+nm23−H2S、L16785+M36981。
アベルソンハツカネズミ白血病ウィルス腫瘍遺伝子同族体1(ABL1)、M14752。
網膜芽腫−関連性蛋白(RB1);PP110;P105−RB、M15400。
L−myc主要−腫瘍遺伝子(MYCL1)、M19720。
胸部−癌−タイプ−2−感受性−蛋白(BRCA2)、U43746。
fos−近縁抗原(FRA1);fosL1、X16707。
核細胞フォスフォ蛋白B23;ヌクレオフォスミン(NPM);ヌマトリン、M23613。
c−myc−結合性蛋白MM−1、D89667。
c−fos−主要−腫瘍遺伝子G0S7蛋白、K00650。
met−主要−腫瘍遺伝子;肝細胞−増殖因子−受容体−前駆物質(HGF−SF受容体)、J02958。
ヌクレオシッド−ジホスフェート−キナーゼA(NDKA);NDP−キナーゼA;腫瘍−転移過程−関連性蛋白;転移−阻害−因子NM23(NM23−H1)、X17620。
マトリックス金属プロテイナーゼ11(MMP11);ストロメリシン3、X57766。
ボックス依存性−myc−相互作用蛋白1、U68485。
H−ras−主要−腫瘍遺伝子;形質転換G蛋白、V00574。
蛋白−チロシン−ホス(フォス)ファターゼPTEN;多種進行性癌1(MMAC1);TEP1、U92436。
プロスタグランジン−G/H−シンテーゼ−2−前駆物質(PGH−シンテーゼ−2;PGHS2;PTGS2);シクロオキシゲナーゼ2(COX2);プロスタグランジン−エンドパーオキシド−シンテーゼ2、M90100。
78kDa−グルコース−規制蛋白−前駆物質(GRP78);免疫グロブリン−“重鎖”−結合性蛋白(BIP)、M19645。
補体3(C3)、K02765。
インターロイキン−10−前駆物質(IL−10);サイトカイン−シンテーゼ−ヘム因子(CSIF)、M57627。
チオレドキシン(TRDX;TXN);ATL誘導因子(ADF);表面関連性サルフィドリル蛋白(SASP)、J04026。
エノラーゼ1α(ENO1);非−神経性エノラーゼ(NNE);フォスフォピルベート−ハイドラターゼ(PPH)、M14328。
ビリベルジン還元酵素A前駆物質(BLVRA;BVR)、U34877。
チロシン−アミノトランスフェラーゼ(TAT);I−チロシン:2−オキソグルタレートアミノトランスフェラーゼ、X52520。
筋肉−特殊性炭酸−無水化(脱水)酵素III(CA3);炭酸塩−脱水素酵素III、M29458。
スペルミジン/スペルミン−N1−アセチルトランスフェラーゼ(SSAT);ジアミン−アセチルトランスフェラーゼ;プトレスシン−アセチル−トランスフェラーゼ、M55580。
L−ラクテート−脱水素酵素−H−下位単位(LDHB)、Y00711。
フォスフォグリセライド−キナーゼ1(PGK1;PGKA);原型−識別−蛋白2(PRP2)、V00572。
グルコース6フォスフェート脱水素酵素(G6PD)、X03674。
ミトコンドリアフォスフォエノールピルベート−カルボキシ−キナーゼ−2−前駆物質(PEPCKM;PCK2);フォスフォエノールピルベート−カルボキシキラーゼ、X92720。
ガラクトシッド2−1−フコシルトランスフェラーゼ2;GDP−1−フコース:β−D−ガラクトシッド2−α−1フコシル−トランスフェラーゼ2;フコシルトランスフェラーゼ2(FUT2);分泌血液グループα2−フコシル−トランスフェラーゼ;分泌因子2(SE2)、D87942。
ガラクトシルトランスフェラーゼ−関連性蛋白−キナーゼp58(GAT);細胞分割サイクル−2−型1(CDC2l1;CLK1)、M37712。
アドレノドキシン、M34788。
アルコール−脱水素酵素−α−下位単位+アルコール−脱水素酵素2+アルコール−脱水素酵素3、M12271+D00137+X34788。
アルコール−脱水素酵素−5−chi−ポリペプチッド、M30471。
アルコール−脱水素酵素−キナーゼ−II−pi−下位単位、M15943。
クレアチン−キナーゼB−鎖、L47647。
脂肪酸−、S80437。
肝臓トリグリセライドリパーゼ(HTGL)、X07228。
胆汁酸塩活性化リパーゼ、M85201;M37044。
ミトコンドリアエノイル−CoA−水和酵素短下位単位1、D13900。
パーオキシイソマール2官能性酵素、L07077。
パーオキシイソマールアシル−CoA−オキシダーゼ−分岐下位単位、(BRCOX)、X95190。
アシル−CoA−脱水素酵素−“長鎖”−特殊前駆物質(LCAD;ACADL)、M74096。
アルコールサルファ転移酵素、L20000。
エストラジオール−17−β−脱水素酵素1、M36263。
チトクロームp450XVIIA1(CYP17A1)、M14564。
パーオキシソマール3−ケトアシル−CoA−チオラーゼ前駆物質(PTHIO);パーオキシソマール3−オキソアシル−CoA−チオラーゼ;β−ケトチオラーゼ;アセチル−CoA−アシルトランスフェラーゼ(ACCA)、X14813。
3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoEnzym−A−還元酵素(HMG−CoA還元酵素;HMGCR)、M11058。
リポ蛋白−リパーゼ−前駆物質(LPL)、M15856。
肺グループIBフォスフォリパーゼ−A2−前駆物質(PLA2);フォスファチジル塩素−2−アシルハイドロラーゼ、M21054。
ミトコンドリアチトクローム−p450−XIA1−前駆物質;p450(SCC);コレステロール−側−鎖−分解−酵素;コレステロール−デスモラーゼCYP11A1、M14565。
ジヒドロフォラート−還元酵素、V00507。
チミジラートシンターゼ(TYMS;TS)、X02308。
細胞質体チミジン−キナーゼ(TKI)、K02581。
リボヌクレオシッドジフォスフェート還元酵素M1下位単位;リボヌクレオチッド還元酵素、X59543。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−2B15−前駆物質(UDPGT);UDPGTH−3;UGT2B15+ミクロソーム2B10−前駆物質(UDPGT);UGT2B10+2ミクロソームB8前駆物質、U08854;X63359;U06641;J05428;Y00317。
GLCLC、GLCL(グルタメート−システイン−リガーゼ触媒下位単位、γ−グルタミルシステインシンターゼ)、M90656。
γ―グルタミルーハイドロラーゼー前駆物質(GGH;GH);フォリルーポリγグルタミルーハイドロラーゼ;γ−グル−X−カルボキシ−ペプチダーゼ;共役酵素、U55206。
3’−フォスフォアデノシン−5’−フォスフォサルフェート−シンターゼ1(PAPS−シンターゼ1;PAPSS1);PAPS−シンターゼ1;サルフリラーゼ−キナーゼ1(SK1)Y10387。
溶解性グルタメート−オキザルアセテート−トランスアミナーゼ1(GOT1);サイトプラズマアスパルテート−アミノトランスフェラーゼ1;トランスアミナーゼA、M37400。
アルコール−脱水素酵素−6+アルデヒド−脱水素酵素1(ALDH1)、K03000。
パーオキシソームアシル−コエンザイム−A−オキシダーゼ、S69189。
“超−長−鎖”−特殊アシル−CoA−脱水素酵素−前駆物質、D43682。
グルタメート−システイン−リガーゼ規制下位単位(GLCLR);γ−グルタミル−システイン−シンターゼ、P48507。
LOX(蛋白−リジン−6−オキシダゼ、リジル−オキシダーゼ)M94054。
オルニチン−脱炭酸酵素、X16277。
コルチコステロイド−11−β−脱水素酵素−アイソザーム2、U14631。
チトクロームp450VA1(CYP5A1)、M80647。
ミトコンドリア脱水素酵素前駆物質(クラス2);ALDHI;ALDH2、Y00109。
5,6−ジヒドロキシインドール−2−カルボン酸−オキシダーゼ前駆物質(DHICAオキシダーゼ);チロシナーゼ−近縁蛋白1(TRP−1);カタラーゼB;グリコ蛋白−75(GP75)、X51420。
テナスシン−前駆物質(TN);ヘキサブラキオン(HXB);サイトタクチン;ニュウロネクチン;GMEM;ミオテンジネーゼ抗原;グリオム−関連性細胞外マトリックス−抗原、X78565;M55618。
オステオポンチン(骨橋)前駆物質(骨シアロ蛋白1)、X13694。
ATP−結合性−カセット−輸送体(ABCR)、U88667。
金属プロテイナーゼ−2−前駆物質の組織−阻害体(TIMP2)、J05593。
マトリックス−金属プロテイナーゼ15(MMP15)、Z48482。
マトリックス−金属プロテイナーゼ14(MMP14)、D26512。
マトリックス−金属プロテイナーゼ1(MMP1)、X54925。
ビンクリン、M33308。
ビメンチン(VIM)、X56134;M14144。
血清−アミロイド−A1−前駆物質(SAA1)、M23698。
センスツェンツマーカー蛋白30(SMP30);レギュカルシン(RGN;RC)、D31815。
ユビキチン“交差反応”蛋白前駆物質(UCRP);α誘導性インターフェロン;インターフェロン誘導17kDa蛋白;G1P2;ISG15、M13755。
ラミニン−γ−2−下位単位−前駆物質(LAMC2)、Z15009。
パーオキサム集合因子1(PAF1);パーオキシソマール膜蛋白3(PXMP3;PMP3);35kDaパーオキシソマール膜蛋白(PMP35;)パーオキシン2(PEX2)、M86852。
パーオキシソマール膜蛋白69(PMP69)、AF009746
パーオキシソーム−バイオゲネーゼ−障害−蛋白1(PEX1)、AF026086。
ミトコンドリアグルタメート−オキザロアセテート−トランスアミナーゼ2(GOT2);アスパルテート−アミノトランスフェラーゼ2;トランスアミナーゼA、M22632。
nck−、ash−及びフォスフォリパーゼ−C−γ−結合性蛋白(NAP4)、AB005216。
N−オキシド−形成ジメチルアニリン−モノオキシゲネーゼ4;肝臓フラビン−含有モノオキシゲネーゼ4(FMO4)、Z11737。
乾皮症色素群F相補化蛋白(XPF);DNA切除−修復蛋白ERCC4;ERCC11、L77890。
複製−蛋白−A−30kDa−下位単位;複製−因子−A蛋白4(RPA4;RFA)、U24186。
mutY同族体(hMYH)、U63329。
β結晶A4(CRYBA4)、U59057。
T化合物蛋白1ε下位単位(TCP1ε);CCTε(CCTE;CCT5)、D43950。
β結晶B1(CRYBB1)、U35340。
β結晶B2(CRYBB2);BP、L10035。
β結晶B3(CRYBB3;CRYB3)、U71216。
ミトコンドリア10kDa熱ショック−蛋白(HSP10);10kDaチャペロニン(CPN10);HSPE1、U07550。
熱ショック−蛋白β−3(HSPB3);熱ショック−17kDa−蛋白;HSPL27、U15590。
推定蛋白ジサルファイドイソメラーゼp5前駆物質、D49489。
90kDa−熱ショック−蛋白β(HSP90);84kDa−熱ショック−蛋白−β(HSP84);HSPCB、M16660。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−6−]前駆物質(UDPGT;UGT16;UGT1F;GNT1)J04093。
グルタチオン−S−トランスフェラーゼmu3(GSTM);GST5、J05459。
チトクロームp4501A1(CYP1A1);p450−P1 ;p4506型;p450−C、K03191。
パーオキシソーム増殖体−活性化受容体α(PPARα;PPARA)、L02932。
蛋白ジサルファイドイソメラーゼ近縁蛋白−前駆物質(PDIR)、D49490。
肝臓−カルボキシエステラーゼ前駆物質;アシルコエンザイムA:コレステロール−アシルトランスフェラーゼ(ACAT);単細胞/マクロファージ−セリン−エステラーゼ(hMSE);CES2、L07765。
血清−パラオキソナーゼ/アリールエステラーゼ3(PON3);血清−アリールジアルキルフォスファターゼ3;芳香族エステラーゼ3(Aエステラーゼ3)、L48516。
チトクロームp450XXIB(CYP21B);ステロイド21ヒドロキシラーゼ;CYP21A2、M12792;M23280。
チトクロームp450IID6(CYP2D6);p450−DB1;有機堆積物−4−ヒドロキシラーゼ、M20403。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−1−前駆物質(UDPGT;UGT1.1;UGT1A;GNT1);ビリルビ−ン特殊性アイソザーム1(hUG−BR1)、M57899。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−4−前駆物質(UDPGT;UGT1.4;UGT1D;GNT1);ビリルビン特殊性アイソザーム2(hUG−BR2)、M57951。
フラビン−含有アミン−オキシダーゼB(MAOB);モノアミン−オキシダーゼ、M69177。
真核生物ペプチッド鎖リリース因子下位単位1(ERF1);TB3−1;C11蛋白、M75715。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−3−前駆物質(UDPGT;UGT1.3;UGT1C;GNT1)、M84127。
構造−特殊性−認識−蛋白1(SSRP1);組換え−信号−配列−認識−蛋白T160、M86737。
ミクロソームUDP−グルクロノシルトランスフェラーゼ−1−2−前駆物質(UDPGT;UGT1.2;UGT1B;GNT1);HLUGP4、S55985。
チオプリン−S−メチルトランスフェラーゼ(TPMT)、S62904。
縮小組換え−蛋白−DMC1/LIM15−同族体、D63882。
“短/分岐鎖”−特殊性アシル−CoA脱水素酵素−前駆物質(SBCAD;ACADSB);2−メチル−“分岐鎖”−アシル−CoA−脱水素酵素(2−MEBCAD)、U12778。
チトクロームp450−XIB1前駆物質(CYP11B1);ステロイド−11−β−ヒドロキシラーゼ(S11BH)、X55764。
チトクローム−p450−IVA11(CYP4A11)、X71480。
NADH−チトクローム−B5−還元酵素(B5R);DIA1、Y09501。
コープロポールフィリノーゲン−III−オキシダーゼ−前駆物質(CPO);コープロポールフィリノーゲナーゼ;コープローゲン−オキシダーゼ(COX)、Z28409。
110kDa−熱ショック−蛋白(HSP10);105kDa熱ショック−蛋白;(HSP105);KIAA0201、D86956。
γクリスタリンC(CRYGC;CRYG3);γクリスタリン2+γクリスタリンB(CRYGB;CRYG2);γクリスタリン1−2、U66582+M11971;M11970。
熱ショック−転写因子4(HHSF4)、D87673。
細胞外過酸化物ジスムターゼ前駆物質(ECSOD;SOD3)、J02947。
DNAJ−蛋白−同族体2(DNAJ2;DJ2;HSJ2)、D13388。
DNA“不適合修復”蛋白MSH3;分岐上流−蛋白(UDP);“不適合修復”−蛋白1(MRP1)、J04810。
蛋白−ジサルファイド−イソメラーゼ−近縁蛋白ERP72−前記物質、J05016。
複製−蛋白−A−32kDa−下位単位(RPA32);複製−因子A蛋白2(REPA2;RPA;RFA)、J05249。
多重抵抗−関連性蛋白1(MRP1)、L05628。
カルネキシン−前駆物質(CANX);頭部組織互換性−化合物クラスI抗原−結合性蛋白p88;IP90、L10284;L18887;M94859;M98452。
サイクロフィリン−40(CYP40;CYPD);40kDaペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIASE);ロータマーゼ;サイクロフィリン−近縁蛋白、L11667。
熱ショック−70kDa−蛋白4(HSPA4);HSP70RY;熱ショック−70−近縁蛋白APG−2、L12723。
T−化合物−蛋白−1−ツェータ−下位単位(TCP1−ツェータ);CCT−ツェータ(CCTQ;CCT8);KIAA0002、D13627。
ミトコンドリアストレス−70−蛋白−前駆物質;70kDaグルコース−制御蛋白(GRP75);ペプチッド−結合性蛋白74(PBP74);モータリン(MOT);HSPA9B、L15189。
P23;23−kDaプロジェステロン(黄体ホルモン)−受容体−関連性蛋白、L24804;L24805。
FLAPエンドヌクレアーゼ1(FEN1);成熟−因子1(MF1)、L37374。
FK506−結合性蛋白12(FKBP12);ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ、M34539;M80199;M92423;X55741;X52220。
熱ショック−因子蛋白2(HSF2);熱ショック−転写因子2(HSTF2)、M65217。
3メチルアデニンDNAグリコシラーゼ(ADPG);3アルキルアデニンDNAグリコシラーゼ;NメチルプリンDNAグリコシラーゼ(MPG)、M74905。
カルレチクリン−前駆物質(CRP55);カルレグリン;HACBP;ERP60;52−kDaリボヌクレオ蛋白−自己抗原RO/SS−A、M84739。
形質転換感受性蛋白IEFSSP3521、M86752。
αクリスタリンB下位単位(αBクリスタリン;CRYAB;CRYA2);ローゼンタール繊維コンポーネント、S45630。
熱ショック−蛋白β2(HSFB2);DMPK結合性蛋白;MKBP、S67070。
αクリスタリンA−鎖(CRYAA;CRYA1)、U05569。
ニコチンアミドN−メチルトランスフェラーゼ(NNMT)、U08021。
フェノール−サルフェート化フェノール−スルフォトランスフェラーゼ1(PPST1);熱安定性フェノール−スルフォトランスフェラーゼ(TS−PST);HAST1/HAST2;ST1A3;STP1+PPST2;ST1A2;STP2+モノアミン−フェノールサルフェート化フェノール−スルフォトランスフェラーゼ、U09031+U28170+L19956。
NADPジヒドロピリミジン脱水素酵素前駆物質(DPD);ジヒドロウラシル脱水素酵素;ジヒドロチミン脱水素酵素(DPYD)、U09178。
転写性規制体atrX;“X−連結”ヘリカーゼII(XH2);“X−連結”−核−蛋白(XNP);RAD54L、U09820。
26−S体蛋白−規制−下位単位S2(PSMD2);腫瘍−壊死−因子−タイプ−1受容体−関連蛋白(TRAP2);55.11蛋白、U12596。
損傷−特殊性DNA−結合性蛋白p127下位単位(DDBAp127);DDB1、U18299。
T−化合物−蛋白−1−δ−下位単位(TCP1−δ);CCT−δ(CCTD;CCT4);RNA−結合性tarの刺激体(SRB)、U38846。
7,8−ジヒドロ−8−オキソグアニン−トリフォスファターゼ(8−オキソdGTPase);mutT−同族体1(MTH1)、D16581。
150−kDa酸素制御蛋白ORP150、U65785。
48−kDaFKBP関連性蛋白(FAP48)、U73704。
T−化合物−蛋白−1−η−下位単位(TCP1−η);CCT−η(CCTH;CCT7);HIV−1NEF相互作用蛋白、U83843。
カタラーゼ(CAT)、X04076。
ポルホビリノーゲン−脱アミン酵素(PBGD);ヒドロキシメチルビラン−シンターゼ(HMBS);プレ−ウロポルフィリノーゲン−シンターゼ、X04808。
Mn+過酸化物−ジスムターゼ−2−前駆物質(SOD2)、X07834;X59445。
94kDa−グルコース−制御蛋白(GRP94);エンドプラスミン−前駆物質;GP96−同族体;腫瘍−拒絶−抗原1(TRA1)、X15187;M33716。
ウラシル−DNA−グリコシラーゼ2(UNG2)、X52486。
T−化合物−蛋白−1−α−下位単位(TCP1−α);CCT−α(CCTA;CCT1)、X52882。
40SリボソーマルタンパクS3(RPS3)、X55715。
47kDa−熱ショック−蛋白−前駆物質;コラーゲン−結合性蛋白1(CBP1);コリギン1+コラーゲン−結合性蛋白2(CBP2)、X61598+D83174。
T−化合物−蛋白−1−γ−下位単位(TCP1−γ);CCT−γ(CCTG;CCT3);TRIC5、X74801;U17104。
転写因子IIH(TFIIH);52−kDa−ベーシック転写因子−2−下位単位(BTF2p52)、Y07595。
“X線修復交互補助蛋白2”(XRCC2)、Y08837。
8−オキシグアニン−DNA−グリコシラーゼ1(OGG1);mutM−同族体、Y11838。
34−kDaベーシック−転写因子−2−下位単位(BTF2p34)、Z30093。
N−オキシド−形成性ジメチルアニリン−モノオキシゲナーゼ5;肝臓フラビン−含有モノオキシゲナーゼ5(FMO5);ジメチルアニリンオキシダーゼ5、L37080。
ユビキチン−型蛋白NEDD8、D23662。
多重抵抗性−蛋白3(MDR3);P−グリコ蛋白3(PGY3)、M23234。
ユビキチン−共役酵素E2−17−kDa(UBE2B);ユビキチン蛋白リガーゼ;ユビキチン−担体−蛋白HR6B、M74525。
59−蛋白;HSP−結合性インミュノフィリン(HBI);推定ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ;52kDa−FK506−結合性蛋白(FKBP52);FKBP59;HSP56;FKBP4、M88279。
熱ショック−蛋白−40同族体(HSP40同族体);DNAJW、U40992。
51kDa−FK506−結合性蛋白(FKBP51);ペプチジル−プロリル−シス−トランス−イソメラーゼ(PPIase);ロータマーゼ;54kDa−プロジェステロン−受容体−関連性−インミュノフィリン;FKBP54;FF1−抗原;HSP90−結合性インミュノフィリン、U42031。
ヘマトポエティッシュプロジェニター−キナーゼ(HPK1)、U66464。
SPS1/Ste20−同族体KHS1、U77129。
肝臓−グリセルアルデヒド−3−フォスフェート−脱水素酵素(GAPDH;G3PDH)、X01677。
脳−特殊性チューブリン−α−1−下位単位(TUBA1)、K00558。
HLAクラスI組織互換性−抗原−C−4−α−下位単位(HLAC)、M11886。
サイトプラズマβ−アクチン(ACTB)、X00351。
“23kDa高度ベーシック” −蛋白;60Sリボソーマル蛋白L13A(RPL13A)、X56932。
40Sリボソーマル蛋白S9、U14971。
ユビキチン、M26880。
フォスフォリパーゼA2、M86400。
ヒポキサンチングアニンフォスフォリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)、V00530。 - 請求項2で列挙された、本質的に全ての遺伝子のメチル化状態またはメチル化サンプルを調べることを特徴とする請求項1に記載の毒物学的診断方法。
- 請求項2で列挙された遺伝子の25%までが、メチル化で調べられる遺伝子に含まれないことを特徴とする請求項1に記載の毒物学的診断方法。
- 少なくとも請求項2で列挙された、遺伝子の95%が一定の限定された数の、追加された、請求項2で列挙されていない遺伝子と共に、各々のメチル化状態またはメチル化サンプルを調べられることを特徴とする請求項1に記載の毒物学的診断方法。
- 請求項2で列挙された、遺伝子の25%までが、請求項2で列挙されていない他の一揃いの遺伝子と相補的に置き換えられることを特徴とする請求項1に記載の毒物学的診断方法。
- 請求項1から6の何れか1項以上に記載の一揃いの遺伝子において、少なくとも95%の証明すべき遺伝子の、化学的に前処理された遺伝子配列が、前記列挙された遺伝子の、対応する、前処理された遺伝子配列と一致することを特徴とする請求項1に記載の毒物学的診断方法。
- 以下の各段階からなることを特徴とする、請求項1から7の何れか1項に記載の毒物学的診断方法。
a)特定の生物または培養細胞から、前記生物または培養細胞のDNAを含む試料を取り出す。
b)このゲノムDNAを含む試料において、5位置の非メチル化シトシン塩基をウラシルまたはチミンに化学的処理によって変換する。このとき5位置のメチル化シトシン塩基は変化しない。
c)この化学的前処理されたゲノムDNAから断片を増幅する。
d)増幅された断片は(ゾンデ−)オリゴヌクレオチッドまたはPNAオリゴマーにハイブリッド化される。
e) メチル化状態またはメチル化サンプルは増幅された断片のハイブリッド化状態から導かれる。
f)他の試料のメチル化状態のデータの比較から、物質の生物または培養細胞に対する影響が決められれ、及び/または物質の生物または培養細胞に対する影響が他の物質との毒物学的観点の対比において比較される。 - 化学処理が重亜硫酸塩(=酸性亜硫酸塩、亜硫酸水素塩)溶液で行なわれることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって行なわれることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- プライマーオリゴヌクレオチッドの組が少なくとも二つの増幅に使用されるオリゴヌクレオチッドを含有し、その配列は少なくとも18塩基対長の断片の、化学処理後に得られる核酸配列で、請求項2の遺伝子に対応するかまたはそれらに相補的であることを特徴とする請求項10に記載の方法。。
- 同定可能なマーカーを含有するプライマーオリゴヌクレオチッドの組が使用されることを特徴とする請求項10または11に記載の方法。
- プライマーオリゴヌクレオチッドのマーカーが蛍光マーカーであることを特徴とする請求項12に記載の方法。
- プライマーオリゴヌクレオチッドのマーカーが放射性核種であることを特徴とする請求項12に記載の方法。
- プライマーオリゴヌクレオチッドのマーカーが可溶性で、質量分析計で証明可能な定型的質量を有する分子断片であることを特徴とする請求項12に記載の方法。
- プライマーオリゴヌクレオチッドのマーカーが可溶性で、質量分析計で証明可能な定型的質量を有する分子断片であることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 質量分析計の検出感度改善のため生成した断片が個々に陽または陰の正味の電荷を示すことを特徴とする請求項15または16に記載の方法。
- 請求項8d)の(ゾンデ−)オリゴヌクレオチッドまたはPNAオリゴマーが、多数の、少なくとも9ヌクレオチッド長の、請求項2の遺伝子の少なくとも一つの遺伝子の配列断片と同種であるか、または相補的であり、請求項8の化学処理後、少なくとも一つのCGまたはTGジヌクレオチッドを含有することを特徴とする請求項8から17の何れか1項に記載の方法。
- 使用されるオリゴヌクレオチッドでは、CpGジヌクレオチッドのシトシンまたはTpGジヌクレオチッドのチミン13個からなる5末端の5〜9ヌクレオチッドであることを特徴とする請求項18に記載の方法。
- 使用されるPNAオリゴマーでは、CpGジヌクレオチッドのシトシンまたはTpGジヌクレオチッドのチミン9個からなる5末端の4〜6ヌクレオチッドであることを特徴とする請求項18に記載の方法。
- 10以上の異なる断片が増幅され、請求項18から20の中の1項に記載の同じ一組のゾンデオリゴヌクレオチッドが調べられることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- ゾンデオリゴヌクレオチッドまたはPNA−オリゴマーが一つの固相の一定の位置に結合させられることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 異なる検出オリゴヌクレオチッド及び/またはPNAオリゴマー配列が固相平面上に直角または六角格子形で配置されていることを特徴とする請求項22に記載の方法。
- 増幅産物に付加されるマーカーが、オリゴヌクレオチッドが存在する固相の各位置毎に同定可能であることを特徴とする請求項22または23に記載の方法。
- 固相表面がシリカ、ガラス、ポリスチロール、アルミニウム、鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金からなることを特徴とする請求項22から24の何れか1項に記載の方法。
- ゲノムDNAがDNA試料から得られ、DNAの供給源が例えば、細胞列、生検、血液、喀痰、便、尿、脳脊髄液;パラフィン埋め込み組織、例えば、眼、腸、腎臓、脳、心臓、前立腺、肺、乳房または肝臓の組織;組織の顕微鏡スライドガラス及びこれらから得られる全ての可能な組み合わせであることを特徴とする請求項1から25の何れか1項に記載の方法。
- 診断及び/または予備診断のために患者または健常者個人にとって不利である事件であって、この不利な事件が診断と毒物学的に有意のパラメータと関連することを特徴とする請求項1から26の何れか1項に記載の方法。
- 診断及び/または予備診断のために患者または健常者個人にとって不利である事件であって、この不利な事件が診断と毒物学的に有意のパラメータと関連することを特徴とする請求項1から27の何れか1項に記載の方法の使用。
- 下記のa)〜e)を含むキット。
a)シトシン塩基の変換用化学物質、
b)変換した核酸の増幅用プライマーオリゴヌクレオチッド、
c)ゾンデオリゴヌクレオチッドまたはPNAオリゴマー、
及びこれに的に選択的に
d)請求項1から28の何れか1項に記載の方法の実施の指導書、
e)公知のメチル化状態またはメチル化サンプルの制御−核酸。
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WO2005017207A2 (en) * | 2003-08-14 | 2005-02-24 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting colon cancers |
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US20160281128A1 (en) * | 2013-11-08 | 2016-09-29 | Veterinary Diagnostics Institute, Inc. | Method and apparatus for detecting vector-borne diseases in mammals |
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Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4532204A (en) * | 1982-07-19 | 1985-07-30 | Massachusetts Institute Of Technology | Mutation assays involving blood cells that metabolize toxic substances |
US6020139A (en) * | 1995-04-25 | 2000-02-01 | Oridigm Corporation | S-adenosyl methionine regulation of metabolic pathways and its use in diagnosis and therapy |
US6017704A (en) * | 1996-06-03 | 2000-01-25 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
DE19754482A1 (de) * | 1997-11-27 | 1999-07-01 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke |
US6074831A (en) * | 1998-07-09 | 2000-06-13 | Agilent Technologies, Inc. | Partitioning of polymorphic DNAs |
US6143504A (en) * | 1998-10-27 | 2000-11-07 | Arch Development Corporation | Methods and compositions for the diagnosis of fragile X syndrome |
DE19905082C1 (de) * | 1999-01-29 | 2000-05-18 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Identifikation von Cytosin-Methylierungsmustern in genomischen DNA-Proben |
US6331393B1 (en) * | 1999-05-14 | 2001-12-18 | University Of Southern California | Process for high-throughput DNA methylation analysis |
DE19935772C2 (de) * | 1999-07-26 | 2002-11-07 | Epigenomics Ag | Verfahren zur relativen Quantifizierung der Methylierung von Cytosin Basen in DNA-Proben |
WO2001073060A2 (en) * | 2000-03-24 | 2001-10-04 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | 18221, dual specificity phosphatase and uses thereof |
US6451588B1 (en) * | 2000-06-30 | 2002-09-17 | Pe Corporation (Ny) | Multipartite high-affinity nucleic acid probes |
CA2425904A1 (en) * | 2000-10-23 | 2002-05-02 | Cancer Research Technology Limited | Materials and methods relating to nucleic acid amplification and profiling |
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