JP2004511250A - 前立腺特異的膜抗原に対する核酸リガンド - Google Patents
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Abstract
Description
発明の分野
前立腺特異的膜抗原(PSMA)に対する高親和性核酸リガンドを本明細書に記載する。本明細書にはPSMAに対する高親和性核酸リガンドを同定および調製する方法も記載する。そのような核酸リガンドを同定するために本発明に用いる方法はSELEXと呼ばれる。これはSystematic Evolution of Ligands by Exponential enrichmentの頭字語である。さらに、PSMAに対するRNAリガンドをも開示する。ピリミジンの2’位において化学修飾されたヌクレオチド誘導体を含有するオリゴヌクレオチドも含まれる。さらに、2’−F修飾を含む、PSMAに対するRNAリガンドを開示する。本発明には、PSMAの高親和性核酸リガンド阻害薬も含まれる。本発明のオリゴヌクレオチドは診断薬および/または療法薬として有用である。
【0002】
発明の背景
前立腺特異的膜抗原(PSMA)は、750アミノ酸のII型膜貫通タンパク質である。PSMAは前立腺上皮細胞により発現し、前立腺外発現が脳、腎臓、唾液腺および十二指腸において検出されている(たとえば下記を参照:Rennenberg et al.(1999)Urol.Res.27(1):23−7;Troyer et al.(1995)Int.J.Cancer,62(5):552−8;Israel et al.(1994)Cancer Res.54(7):1807−11;Israel et al.(1993)Cancer Res.53(2):227−30)。PSMAは、N−アセチル−asp−gluを開裂するカルボキシペプチダーゼである。PSMAは3つのドメインをもつ:19アミノ酸の細胞質ドメイン、24アミノ酸の膜貫通ドメイン、および707アミノ酸の細胞外ドメイン。細胞質ドメインに特異的なモノクローナル抗体7E11.C5は、インジウム−111で放射性標識することにより前立腺癌のin vivo造影に利用されている(Elgamal et al.(1998)Prostate,37(4):261−9;Lamb and Faulds(1998)Drugs Aging,12(4):293−304)。
【0003】
PSMAは1987年の発見(Horoszewicz et al.(1987)Anticancer Res.7:927−35)以来、卓越した前立腺腫瘍細胞マーカーと考えられている。PSMAの発現は主に前立腺特異的であり、脳、唾液腺および小腸にかろうじて検出できるレベルでみられる(Israeli et al.(1994)Cancer Res.54:1807−11)。さらに、PSMA発現は悪性前立腺細胞に高く、アンドロゲン耐性細胞ではアンドロゲンによる負の調節のため発現が最大となる(Wright et al.(1996)Urology,48:326−34)。さらにPSMAはオルタナティブスプライシングされ、正常な前立腺細胞はPSM’と呼ばれる細胞質ゾル形を主に発現し、悪性細胞は特徴的な全長膜結合形を発現する(Su et al.(1995)Cancer Res.55:1441−3)。この全長PSMAはII型膜糖タンパク質であり、大部分のタンパク質が細胞外にあって診断薬および療法薬のターゲットとして利用できる。これらの特性から、PSMAは下記の理想的ターゲットとなっている:前立腺癌免疫療法(Murphy et al.(1999)Prostate,39:54−9);モノクローナル抗体造影(Sodee et al.(1998)Prostate,37:140−8);および療法(McDevitt et al.(2000)Cancer Res.60:6095−100)。最初の抗PSMA抗体は直ちに改良されて造影剤になり(Lopes et al.(1990)Cancer Res.50:6423−6429)、現在では転移性前立腺腫瘍の診断のために臨床的に用いられている。さらに、PSMAは多様な癌の新生血管上皮細胞により発現し(Chang et al.(1999)Clin.Cancer Res.5:2674−81;Liu et al.(1997)Cancer Res.57:3629−34)、このため腫瘍血管造影および抗血管新生療法のための候補ターゲットとなっている。
【0004】
PSMAの細胞外ドメインを認識するアプタマーは、PSMA酵素活性の阻害による療法薬として、in vivo造影剤として、さらに細胞毒性化学物質および放射性核種を療法送達するためのターゲティング剤として有用となる可能性がある。薬物および試薬としてのタンパク質の使用は、プロテアーゼ活性、タンパク質のサイズ、輸送、および生物がそのタンパク質に対する抗体を産生する能力により制限されることが多い。これらの制限の多くは、ヌクレアーゼ活性に対して安定化された合成RNAからなるアプタマーの使用により回避できる。抗体と対比してアプタマーは小型で(7〜20kDa)、血液からきわめて速やかに消失し、かつ化学合成される。血液からの速やかな消失は、in vivo診断造影に重要である;この場合、映像を隠蔽するバックグラウンドの主な決定因子が血中濃度である。血液からの速やかな消失は療法にも重要であり、この場合は血中濃度が毒性に関与する。SELEX法によりアプタマーを迅速に単離でき、化学合成によりアプタマーを容易かつ部位特異的に多様な不活性分子および生物活性分子に結合させることができる。したがってPSMAに対するアプタマーは、腫瘍療法またはin vivoもしくはex vivo診断造影に有用であり、および/またはPSMAを発現する疾病状態の処置のためにPSMA核酸リガンドと複合体形成した多様な療法薬を送達するのに有用である。
【0005】
Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment(SELEX)法の開発により他の新規なヌクレアーゼ耐性オリゴヌクレオチドが得られ、これらはほぼすべてのリガンドに緊密かつ特異的に結合するように選択できる(Tuerk and Gold(1990)Science,249:505−10;Ellington and Szostak(1990)Nature,346:818−22;Lin et al.(1994)Nuc.Acids Res.22:5229−34;Gold(1995)J.Biol.Chem.270:13581−4);たとえば有機色素、抗体、アミノ酸および細胞に結合する(Ellington and Szostak(1990)Nature,346:818−22;Wang and Rando(1995)Chem.Biol.2:281−90;Connell et al.(1993)Biochemisrty,32:5497−502;Morris et al.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95:2902−7)。”RNAアプタマー”と呼ばれるこれらの合成オリゴヌクレオチド配列は、100を超えるターゲットリガンドに結合するように作られ、療法薬、造影および診断薬において抗体と対抗する新たなクラスの分子として台頭しつつある(Hicke and Stephens(2000)J.Clin.Invest.106:923−8;Jayasena(1999)Clin.Chem.45:1628−50)。
【0006】
SELEX法は、ターゲット分子に高特異的に結合する核酸分子のin vitro進化のための方法であり、下記に記載されている:米国特許出願No.07/536,428(1990年6月11日出願)、表題”Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment”(現在は放棄);USP5,475,096、表題”核酸リガンド”;およびUSP5,270,163(WO91/19813も参照)、表題”核酸リガンドを同定する方法”;これらそれぞれの全体を本明細書に援用する。これらの出願(本明細書においてはまとめてSELEX特許出願と呼ぶ)それぞれに、目的とするあらゆるターゲット分子に対する核酸リガンドを作成するための根本的に新規な方法が記載されている。
【0007】
SELEX法は、核酸リガンドまたはアプタマーと呼ばれる一群の生成物を提供する;これらはそれぞれユニーク配列をもち、目的とするターゲット化合物または分子に特異的に結合する特性をもつ。SELEX同定された各SELEX核酸リガンドは、そのターゲット化合物または分子の特異的リガンドである。SELEX法は、核酸が多様な二次元および三次元構造を形成するのに十分な能力をもち、かつそれらのモノマーには実質的にいかなる化合物に対しても(モノマーまたはポリマーのいずれに対しても)リガンドとして作用する(特異的な結合対を形成する)のに十分な化学的万能性があるという独特な洞察に基づく。いかなるサイズまたは組成の分子もターゲットとして利用できる。高親和性結合の適用に用いるSELEX法は、同じ全般的選択方式を用いて混合物から候補オリゴヌクレオチドを選択し、結合、分配および増幅の段階的反復を行って、実質的にあらゆる目的基準の結合親和性および選択性を達成する。SELEX法は、核酸の混合物(好ましくはランダム化配列のセグメントを含む)から出発し、結合に好ましい条件下で混合物とターゲットを接触させ、ターゲット分子に特異的に結合した核酸から結合していない核酸を分配し、核酸−ターゲット複合体を解離させ、核酸−ターゲット複合体から解離した核酸を増幅してリガンドに富む核酸混合物にする工程を含み、次いでターゲット分子に対する高特異的な高親和性核酸リガンドを得るのに必要な回数だけこれらの結合、分配、解離および増幅の工程を再反復する。
【0008】
本発明者らは、化学物質としての核酸が広範な形状、サイズおよび構造を形成しうること、かつ生物系における核酸が示すものよりはるかに幅広い結合その他の機能をもちうることをSELEX法が証明すると認識している。
【0009】
基本的SELEX法は多数の具体的目的を達成するように改変されている。たとえば米国特許出願No.07/960,093(1992年10月14日出願)(現在は放棄)、およびUSP5,707,796、両方とも表題”構造に基づく核酸選択方法”には、特定の構造特性をもつ核酸分子、たとえば折れ曲がりDNAを選択するために、SELEX法をゲル電気泳動と併用することが記載されている。米国特許出願No.08/123,935(1993年9月17日出願)、表題”核酸リガンドの光選択”(現在は放棄);USP5,763,177およびUSP6,011,577、両方とも表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment:核酸リガンドの光選択と溶液SELEX”には、ターゲット分子の結合および/または光架橋および/または光不活性化が可能な光反応性基を含む核酸リガンドを選択するためのSELEXベースの方法が記載されている。USP5,580,737、表題”テオフィリンとカフェインを識別する高親和性核酸リガンド”には、近縁分子(非ペプチドでもよい)を識別できる高特異性核酸リガンドの同定方法が記載されている;これは対抗SELEXと呼ばれる。USP5,567,588、表題”Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment:溶液SELEX”には、ターゲット分子に対する親和性の高いオリゴヌクレオチドと低いオリゴヌクレオチドのきわめて効率の高い分配を達成する、SELEXベースの方法が記載されている。
【0010】
SELEX法には、改良された特性、たとえば改良されたin vivo安定性または改良された送達特性をリガンドに与える修飾ヌクレオチドを含む、高親和性核酸リガンドの同定が含まれる。そのような修飾の例には、リボースおよび/またはリン酸および/または塩基部分における化学的置換が含まれる。SELEX法同定による修飾ヌクレオチドを含む核酸リガンドは、USP5,660,985、表題”修飾ヌクレオチドを含む高親和性核酸リガンド”に記載され、これにはピリミジンの5−および2’−位が化学修飾されたヌクレオチド誘導体を含むオリゴヌクレオチドが記載されている。前記USP5,580,737には、2’−アミノ(2’−NH2)、2’−フルオロ(2’−F)および/または2’−O−メチル(2’−OMe)で修飾された1以上のヌクレオチドを含む高特異性核酸リガンドが記載されている。米国特許出願No.08/246,029(1994年6月22日出願)、表題”分子内求核置換による既知および新規2’修飾ヌクレオチドの新規な製造方法”には、種々の2’−修飾ピリミジンを含むオリゴヌクレオチドが記載されている。
【0011】
SELEX法には、選択したオリゴヌクレオチドと他の選択したオリゴヌクレオチドおよび非オリゴヌクレオチド官能単位とを組み合わせることが含まれる:それぞれUSP5,637,459、表題”Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment:キメラSELEX”、およびUSP5,683,867、表題”Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment:ブレンドSELEX”に記載。これらを適用すると、オリゴヌクレオチドがもつ形状その他の広範な特性ならびに効率的な増幅および複製特性と他の分子がもつ望ましい特性とを組み合わせることができる。
【0012】
SELEX法にはさらに、選択した核酸リガンドと親油性化合物または非免疫原性高分子量化合物とを診断用または療法用複合体において組み合わせることが含まれる:USP6,011,020、表題”核酸リガンド複合体”に記載。基本的SELEX法の改変を記載した前記特許出願それぞれの全体を本明細書に援用する。
【0013】
リガンド結合剤としてのRNAアプタマーの最初の発見(Tuerk and Gold(1990)Science,249:505−10;Ellington and Szostak(1990)Nature,346:818−22)以来、多数の多様なターゲット分子が同定された(Famulok et al.(2000)Acc.Chem.Res.33:591−9)。アプタマーライブラリーに多様な構造を用いることにより、単一アミノ酸程度の簡単なターゲット(Connell et al.(1993)Biochemisrty,32:5497−502)から、赤血球のような複雑なターゲット(Morris et al.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95:2902−7)にまで、緊密に結合するRNAリガンドが得られる。しかしこの方法が有効であるにもかかわらず、膜結合腫瘍抗原に対するRNAアプタマーは報告されていない。したがって、周知の前立腺腫瘍細胞表面抗原PSMAに結合してその酵素活性を阻害するヌクレアーゼ安定性RNAアプタマーを同定および調製する可能性を探索した。
【0014】
本発明の目的は、高い特異性および親和性でPSMAに結合する核酸リガンドの同定に使用できる方法を提供することである。
本発明の他の目的は、結合するとPSMAの活性を阻害する、PSMAに対する核酸リガンドを得ることである。
【0015】
本発明の他の目的は、1以上のPSMA核酸リガンドおよび1以上のマーカーを含む、in vivoまたはex vivo診断に使用するための複合体を提供することである。
【0016】
本発明の他の目的は、PSMAマーカーを発現する疾病状態の治療または予防のための療法薬を送達する方法を提供することである。
発明の概要
本発明には、前立腺特異的膜抗原(PSMA)に対する核酸リガンドを同定および調製する方法、ならびにこうして同定および調製された核酸リガンドが含まれる。この方法は、SELEX法(Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment)を用いる。特に、PSMAの細胞外部分に特異的に結合しうる新規なヌクレアーゼ耐性RNA配列が、バキュロウイルス−精製PSMA融合タンパク質をターゲットタンパク質として用いて得られる。本明細書に記載した方法は、SELEX法を初めて膜腫瘍抗原に適用したものである。ピリミジンの2’−位が修飾されたヌクレオチド誘導体を含むオリゴヌクレオチドも含まれる。具体的には、表3に示すRNAリガンド配列(SEQ ID NO:3〜27)が本発明に含まれる。これらのユニークアプタマー配列のうちの2つ:xPSM−A9およびxPSM−A10(SEQ ID NO:5および15)は天然PSMA N−アセチル−α結合−酸性ペプチダーゼ(NAALADase)活性を阻害する能力をもつことにより、PSMAに対するこれらの配列の高親和性が証明された。これらのアプタマーはPSMAの細胞外部分に結合し、ナノモルという低いKiで天然PSMAの酵素活性を阻害する。本発明の核酸リガンドを臨床的に用いてPSMA酵素活性を阻害することができ、あるいは修飾して、造影のための薬剤を運搬させ、または療法薬を前立腺癌細胞へ送達させることができる。
【0017】
発明の詳細な記述
PSMAに対する核酸リガンドを同定するために本発明に用いる主要な方法はSELEX法と呼ばれる。これはSystematic Evolution of Ligands by Exponential enrichmentの頭字語である。SELEX法は下記を伴う:a)核酸の候補混合物をPSMAまたはPSMAに対応する発現ドメインもしくはペプチドと接触させ;b)PSMAに対する親和性に基づいて候補混合物のメンバーを分配し;そしてc)選択した分子を増幅して、PSMAに対する結合親和性が相対的に高い核酸配列に富む核酸混合物を得る。
【0018】
本発明には、PSMAに対するRNAリガンドが含まれる。本発明にはさらに、表3に示すPSMAに対する特異的RNAリガンド(SEQ ID NO:3〜27)が含まれる。より具体的には、本発明には表3に示す特異的核酸リガンドと実質的に相同であり、実質的に同じPSMA結合能をもつ核酸配列が含まれる。実質的に相同とは、70%を超える、きわめて好ましくは80%を超える、さらに好ましくは、90%、95%または99%を超える一次配列相同度を意味するものとする。本明細書に記載する相同性%は、2配列のうち小さい方にあるヌクレオチドのうち比較される配列中の同一ヌクレオチド残基とアラインするヌクレオチドの%として計算される;その際、そのアラインメントを補助するために長さ10ヌクレオチドのギャップ1つを導入することができる。実質的に同じPSMA結合能とは、その親和性が本明細書に記載するリガンドの親和性から1または2桁の範囲内にあることを意味する。ある配列−−本明細書に具体的に記載したものと実質的に相同−−が同じPSMA結合能をもつかという判定は、当業者が容易になしうる。
【0019】
表3に示すPSMA核酸リガンドの配列相同性をみると、一次相同性をほとんどまたは全くもたない配列が実質的に同じPSMA結合能をもつ可能性があることが分かる。このため本発明には、表3に示す核酸リガンドと実質的に同じ想定構造または構造モチーフをもちかつ実質的に同じPSMA結合能をもつ核酸リガンドも含まれる。実質的に同じ構造または構造モチーフは、Zuckerfoldプログラム(Zucker(1989)Science,244:48−52参照)を用いる配列アラインメントにより想定できる。当技術分野で知られているように、二次構造および構造モチーフを予想するために他のコンピュータープログラムも使用できる。溶液中または結合構造体としての核酸リガンドの実質的に同じ構造または構造モチーフは、NMRまたは当技術分野で既知の他の手法を用いて想定することもできる。
【0020】
本発明には、疾病を含む可能性のある生物組織においてPSMAを発現する疾病の存在を下記の方法で検出する方法が含まれる:(a)下記を含む方法で核酸の候補混合物からPSMAのリガンドである核酸リガンドを同定する:(i)候補混合物と対比して高いPSMA親和性を有する核酸を候補混合物の残りのものから分配できるように、核酸の候補混合物とPSMAを接触させ;(ii)高親和性核酸を候補混合物の残りのものから分配し;(iii)高親和性核酸を増幅してPSMAに対する結合の親和性および特異性が相対的に高い核酸に富む核酸混合物にし、これによりPSMAの核酸リガンドを同定する;(b)in vivoまたはex vivo診断に使用できるマーカーを、工程(iii)で同定した核酸リガンドに結合させて、マーカー−核酸リガンド複合体を形成する;(c)前記疾病を含む可能性のある組織をこのマーカー−核酸リガンド複合体に曝露する;そして(d)その組織におけるマーカー−核酸リガンド複合体の存在を検出し、これによりPSMA発現疾病を同定する。
【0021】
さらに本発明には、1以上のPSMA核酸リガンドおよび1以上のマーカーを含む、in vivoまたはex vivo診断に使用できる複合体が含まれる。さらに本発明には、PSMAを発現する疾病状態の治療または予防のための療法薬を送達する方法が含まれる。
【0022】
定義
本発明の態様を説明するために種々の用語を本明細書中で用いる。本発明の構成要素の記述を明瞭にするために、下記の定義を施す。
【0023】
本明細書中で用いる”核酸リガンド”は、ターゲットに対する望ましい作用をもつ天然に存在しない核酸である。核酸リガンドはしばしば”アプタマー”と呼ばれる。望ましい作用には下記のものが含まれるが、これらに限定されない:ターゲットの結合、触媒作用によるターゲットの変化、ターゲットまたはターゲットの機能活性を改変/変更するようなターゲットとの反応、自殺阻害薬の場合のようなターゲットへの共有結合、ターゲットと他の分子との反応の促進。好ましい態様において、この作用はターゲット分子に対する特異的結合親和性であり、それらのターゲット分子は、主にワトソン/クリック塩基対合または三重らせん結合に依存する機序で核酸リガンドに結合するポリヌクレオチド以外の三次元化学構造のものである;この場合、その核酸リガンドはそのターゲット分子が結合するという生理学的機能をもつことが知られていない。本発明において、ターゲットはPSMAまたはその領域である。核酸リガンドには、核酸の候補混合物から下記の方法で同定された核酸であって、そのターゲットのリガンドであるものが含まれる:a)候補混合物と対比して高いターゲット親和性を有する核酸を候補混合物の残りのものから分配できるように、核酸の候補混合物とターゲットを接触させ;b)高親和性核酸を候補混合物の残りのものから分配し;そしてc)高親和性核酸を増幅してリガンドに富む核酸混合物を得る。
【0024】
本明細書中で用いる”候補混合物”は、目的リガンドをそれから選択するための、異なる配列をもつ核酸の混合物である。候補混合物の供給源は、天然核酸もしくはそのフラグメント、化学合成した核酸、酵素合成した核酸、またはこれらの手法の組合わせにより作成した核酸であってよい。好ましい態様においてそれぞれの核酸は、ランダム化領域を囲む増幅プロセス促進のための固定配列をもつ。
【0025】
本明細書中で用いる”核酸”は、DNA、RNA、一本鎖または二本鎖、およびそのいかなる化学修飾体をも意味する。修飾には、さらに電荷、分極性、水素結合、静電相互作用およびフラックス性(fluxionality)を取り込ませる他の基を核酸リガンド塩基または核酸リガンド全体に付与するものが含まれるが、これらに限定されない。そのような修飾には、糖の2’位修飾、ピリミジンの5位修飾、プリンの8位修飾、環外アミンの修飾、4−チオウリジン置換、5−ブロモまたは5−ヨード−ウラシル置換;主鎖の修飾、メチル化、異例の塩基対組合わせ、たとえばイソ塩基、イソシチジンおよびイソグアニジンなどが含まれるが、これらに限定されない。修飾には3’および5’修飾、たとえばキャッピングも含まれる。
【0026】
”SELEX”法は、目的様式でターゲットと相互作用する(たとえばタンパク質と結合する)核酸リガンドの選択と選択したこれらの核酸の増幅との組合わせを伴う。この選択/増幅工程を任意に反復循環することにより、きわめて多数の核酸を含有するプールからターゲットと最も強く相互作用する1つまたは少数の核酸を選択できる。選択した目標が達成されるまで選択/増幅操作の循環を続ける。本発明においては、SELEX法を用いてPSMAに対する核酸リガンドを得る。
【0027】
SELEX法はSELEX特許出願に記載されている。
”SELEXターゲット”または”ターゲット”は、それに対するリガンドを得ることを目的とする当該化合物または分子を意味する。ターゲットはタンパク質、ペプチド、炭水化物、多糖類、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝産物、遷移状態の類似体、補因子、阻害薬、薬物、色素、栄養素、増殖因子などであってよく、制限はない。本発明において、SELEXターゲットはPSMAである。特に本発明におけるSELEXターゲットには、精製PSMAおよびそのフラグメント、ならびにPSMAを含む短いペプチドまたは発現タンパク質ドメインが含まれる。
【0028】
本明細書中で用いる”固体支持体”は、それに分子が共有結合または非共有結合により結合しうるいずれかの表面であると定義される。これには、膜、マイクロタイタープレート、磁性ビーズ、荷電紙、ナイロン、ラングミュア・ブロジェット膜、機能性ガラス、ゲルマニウム、シリコン、PTFE、ポリスチレン、ヒ化ガリウム、金および銀が含まれるが、これらに限定されない。その表面に官能基(たとえばアミノ、カルボキシル、チオールまたはヒドロキシル)を取り込むことができる、当技術分野で既知の他のいずれかの材料も考慮される。これにはいかなる形状の表面も含まれ、球状表面および溝付き表面が含まれるが、これらに限定されない。
【0029】
本明細書中で用いる”複合体”は、1以上のPSMA核酸リガンドと1以上のマーカーが共有結合することにより形成される分子形態を意味する。本発明のある態様においては、複合体をA−B−Yと表わす;ここでAはマーカーであり;Bは任意であってリンカーを含み;YはPSMA核酸リガンドである。
【0030】
本明細書中で用いる”マーカー”は、直接またはリンカー(1以上)もしくはスペーサー(1以上)を介してPSMA核酸リガンドと複合体形成した場合に、in vivoまたはex vivo設定で視覚的または化学的手段による複合体の検出を可能にする分子形態(1以上)である。マーカーの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない:放射性核種:Tc−99m、Re−188、Cu−64、Cu−67、F−18、125I、131I、32P、186Re、111Inを含む;すべての発蛍光団:フルオレセイン、ローダミン、テキサスレッドを含む;上記発蛍光団の誘導体:ローダミン−レッド−Xを含む;磁性化合物;およびビオチン。
【0031】
本明細書中で用いる”リンカー”は、2以上の分子形態を共有結合または非共有相互作用により結合し、1以上の分子形態の機能特性を保存した形でそれらの分子形態を空間的に分離しうる分子形態(1以上)である。リンカーはスペーサーとしても知られる。リンカーの例には下記のものが含まれるが、これらに限定されない:(CH2CH2O)6およびヘキシルアミン構造体:米国特許出願No.09/364,902(1999年7月29日出願)、表題”テネイシン−C核酸リガンド”の図2に示される;その全体を本明細書に援用する。
【0032】
本明細書中で用いる”療法”には、治療および/または予防が含まれる。これを用いる場合、療法はヒトおよび他の動物に関する。
”共有結合”は、電子の共有により形成される化学結合である。
【0033】
”非共有相互作用”は、共有結合以外の相互作用により分子形態を互いに保持する手段であり、イオン性相互作用および水素結合が含まれる。
本明細書中で用いる”PSMA”は、精製タンパク質、該タンパク質の細胞外ドメイン(xPSMを含む)、細胞質ドメインもしくは細胞内ドメイン、またはそのいずれかの対立遺伝子バリアントを表わす。本明細書中で用いる”PSMA”には、ヒト以外の種から単離されたタンパク質も含まれる。
【0034】
本明細書全体を通じて種々の引用文献を提示したことを留意されたい。各引用文献の全体を特に本明細書に引用する。
好ましい態様において、本発明の核酸リガンドはSELEX法で得られる。SELEX法は、米国特許出願No.07/536,428、表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment”(現在は放棄);USP5,475,096、表題”核酸リガンド”;およびUSP5,270,163(WO91/19813も参照)、表題”核酸リガンドを同定する方法”に記載されている。これらの出願それぞれの全体を特に本明細書に援用し、まとめてSELEX特許出願と呼ぶ。
【0035】
SELEX法は、核酸分子である一群の生成物を提供する;これらはそれぞれユニーク配列をもち、かつそれぞれ目的ターゲット化合物または分子に特異的に結合する特性をもつ。ターゲット分子は好ましくはタンパク質であるが、特に炭水化物、ペプチドグリカンおよび多様な小分子も含めることができる。SELEX法は、生物構造体(たとえば細胞表面またはウイルス)の一体部分である分子との特異的相互作用により、それらの生物構造体をターゲティングするのにも使用できる。
【0036】
SELEX法は、最も基本的な形では下記の一連の工程により定義できる:
1.種々の配列をもつ核酸の候補混合物を調製する。候補混合物は、一般に固定配列領域(すなわち候補混合物の各メンバーが同じ位置に同じ配列を含む)およびランダム化配列領域を含む。固定配列領域は下記のいずれかの目的で選択される:(a)下記の増殖工程を助成する;(b)ターゲットに結合することが知られている配列を模倣する;または(c)候補混合物中の核酸の特定構造配列の濃度を高める。ランダム化配列は完全ランダム化(すなわちある塩基をいずれかの位置に見出す確率は4中1である)または部分ランダム化のみ(すなわちある塩基をいずれかの位置に見出す確率を0〜100%の範囲で任意に選択できる)であってよい;
2.ターゲットと候補混合物のメンバーを結合させるのに好ましい条件下で、候補混合物と選択したターゲットを接触させる。これらの場合、ターゲットと候補混合物の核酸との相互作用は、ターゲットとターゲットに対する強い親和性をもつ核酸との核酸−ターゲット対を形成するものと考えることができる;
3.ターゲットに対する最大親和性をもつ核酸をターゲットに対する親和性がより低い核酸から分配する。ターゲットに対する最大親和性をもつ核酸に対応する配列は候補混合物中にごく少数(わずか1分子の核酸の可能性もある)存在するにすぎないので、候補混合物中の有意量(約5〜50%)の核酸が分配中に保持されるように分配基準を設定することが一般に望ましい;
4.次いで、分配に際しターゲットに対する親和性が相対的に高いものとして選択した核酸を増幅して、ターゲットに対する親和性が相対的に高い核酸に富む新たな候補混合物を調製する;
5.前記の分配工程と増幅工程を繰り返すことにより、新たに形成された候補混合物が含有するユニーク配列の数は次第に少なくなり、ターゲットに対する核酸の平均親和度は一般に高まる。極端には、SELEX法によれば、原候補混合物からターゲット分子に対する最大親和性をもつ核酸である1つまたは少数のユニーク核酸を含有する候補混合物が得られるであろう。
【0037】
基本的SELEX法は多数の具体的目的を達成するように改変されている。たとえば米国特許出願No.07/960,093(1992年10月14日出願)(現在は放棄)、およびUSP5,707,796、両方とも表題”構造に基づく核酸選択方法”には、特定の構造特性をもつ核酸分子、たとえば折れ曲がりDNAを選択するために、SELEX法をゲル電気泳動と併用することが記載されている。米国特許出願No.08/123,935(1993年9月17日出願)、表題”核酸リガンドの光選択”(現在は放棄);USP5,763,177およびUSP6,011,577、両方とも表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment:核酸リガンドの光選択と溶液SELEX”にはすべて、ターゲット分子の結合および/または光架橋および/または光不活性化が可能な光反応性基を含む核酸リガンドを選択するためのSELEXベースの方法が記載されている。USP5,580,737、表題”テオフィリンとカフェインを識別する高親和性核酸リガンド”には、近縁分子を識別できる高特異性核酸リガンドの同定方法が記載されている;これは対抗SELEXと呼ばれる。USP5,567,588、表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment:溶液SELEX”には、ターゲット分子に対する親和性の高いオリゴヌクレオチドと低いオリゴヌクレオチドのきわめて効率の高い分離を達成する、SELEXベースの方法が記載されている。USP5,496,938、表題”HIV−RTおよびHIV−1 Revに対する核酸リガンド”には、改良された核酸リガンドをSELEXの実施により得る方法が記載されている。USP5,705,337、表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment:化学SELEX”には、リガンドをそのターゲットに共有結合させる方法が記載されている。
【0038】
SELEX法には、改良された特性、たとえば改良されたin vivo安定性または改良された送達特性をリガンドに与える修飾ヌクレオチドを含む、高親和性核酸リガンドの同定が含まれる。そのような修飾の例には、リボースおよび/またはリン酸および/または塩基部分における化学的置換が含まれる。修飾ヌクレオチドを含むSELEX法同定による核酸リガンドは、USP5,660,985、表題”修飾ヌクレオチドを含む高親和性核酸リガンド”に記載され、これにはピリミジンの5−および2’−位が化学修飾されたヌクレオチド誘導体を含むオリゴヌクレオチドが記載されている。前記USP5,637,459には、2’−アミノ(2’−NH2)、2’−フルオロ(2’−F)および/または2’−O−メチル(2’−OMe)で修飾された1以上のヌクレオチドを含む高特異性核酸リガンドが記載されている。米国特許出願No.08/246,029(1994年6月22日出願)、表題”分子内求核置換による既知および新規2’修飾ヌクレオチドの新規な製造方法”には、種々の2’−修飾ピリミジンを含むオリゴヌクレオチドが記載されている。
【0039】
SELEX法には、選択したオリゴヌクレオチドと他の選択したオリゴヌクレオチドおよび非オリゴヌクレオチド官能単位とを組み合わせることが含まれる:それぞれUSP5,637,459、表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment:キメラSELEX”、およびUSP5,683,867、表題”Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment:ブレンドSELEX”に記載。これらを適用すると、オリゴヌクレオチドがもつ形状その他の広範な特性ならびに効率的な増幅および複製特性と他の分子がもつ望ましい特性とを組み合わせることができる。
【0040】
USP5,496,938には、改良された核酸リガンドをSELEXの実施により得る方法が記載されている。”HIV−RTおよびHIV−1 Revに対する核酸リガンド”と題するこの特許の全体を特に本明細書に援用する
核酸を診断に用いる際に遭遇する可能性のある問題のひとつは、ホスホジエステル形のオリゴヌクレオチドが目的とする効果を達成する前に体液中で細胞内および細胞外酵素(たとえばエンドヌクレアーゼおよびエキソヌクレアーゼ)によって急速に分解される可能性があることである。核酸リガンドに特定の化学修飾を施して、核酸リガンドのin vivo安定性を高め、または核酸リガンドの送達を高めもしくは仲介することができる。たとえば下記を参照:米国特許出願No.08/117,991(1993年9月8日出願)(現在は放棄)およびUSP5,660,985、両方とも表題”修飾ヌクレオチドを含む高親和性核酸リガンド”、ならびに米国特許出願No.09/362,578(1999年7月28日出願)、表題”無転写SELEX”;これらそれぞれの全体を特に本明細書に援用する。本発明において考慮される核酸リガンド修飾には、さらに電荷、分極性、疎水性、水素結合、静電相互作用およびフラックス性を取り込ませる他の基を核酸リガンド塩基または核酸リガンド全体に付与するものが含まれるが、これらに限定されない。そのような修飾には、糖の2’位修飾、ピリミジンの5位修飾、プリンの8位修飾、環外アミンの修飾、4−チオウリジン置換、5−ブロモもしくは5−ヨード−ウラシル置換;主鎖の修飾、ホスホロチオエートまたはアルキルホスフェートの修飾、メチル化、異例の塩基対組合わせ、たとえばイソ塩基、イソシチジンおよびイソグアニジンなどが含まれるが、これらに限定されない。修飾には3’および5’修飾、たとえばキャッピングも含まれる。本発明の好ましい態様において、核酸リガンドはピリミジン残基の糖部分が2’−フルオロ(2’−F)修飾されたRNA分子である。
【0041】
修飾はSELEXプロセス前またはプロセス後修飾であってよい。SELEXプロセス前修飾では、それらのSELEXターゲットに対する特異性と改良されたin vivo安定性を共に備えた核酸リガンドが得られる。2’−OH核酸リガンドに対して行ったSELEXプロセス後修飾では、核酸リガンドの結合能に不都合な影響を与えることなく改良されたin vivo安定性が得られる。
【0042】
他の修飾は当業者に既知である。そのような修飾はSELEXプロセス後に(予め同定した非修飾リガンドを修飾する)、またはSELEXプロセスに組み込んで実施できる。
【0043】
本発明の核酸リガンドは前記に概説したSELEX法により製造される;これは、本明細書にその全体を援用するSELEX特許出願により十分に実施できる。
【0044】
好ましい態様においてこのSELEX法は、疎水性相互作用により磁性ビーズに結合したPSMAフラグメントを用いて実施される。次いで遠心管内で一本鎖RNA分子の候補混合物を磁性ビーズと接触させる。予め定めた時間、選択した温度でインキュベートした後、ビーズを磁界により遠心管の側面に保持し、遠心管を洗浄して結合していない候補核酸リガンドを除去する。次いでRNAに結合している核酸リガンドを遠心管の溶液中へ放出させ、次いで逆転写酵素により逆転写し、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いて増幅する。次いで、増幅した候補混合物を用いて次のラウンドのSELEXプロセスを開始する。
【0045】
本発明の特定の態様において、本明細書に記載するPSMAに対する核酸リガンドは診断用として有用であり、病的状態の造影(たとえばヒト腫瘍の造影)に使用できる。診断のほか、PSMA核酸リガンドは、PSMAを発現する疾病状態の予後および監視に有用である。
【0046】
診断薬は、使用者が特定の部位のターゲットの存在または濃度を同定できさえすればよい。診断用としては、陽性信号を発するためにターゲットと対を形成する能力だけで十分である。当業者は、核酸リガンドの存在を追跡するためにマーカーを取り込ませる既知技術により、PSMA核酸リガンドを利用できるであろう。そのようなマーカーを多くの診断操作、たとえば原発性および転移性腫瘍の検出に使用できる。1態様において標識用マーカーはテクネチウム−99mであるが、他のマーカー、たとえば他の放射性核種、磁性化合物、発蛍光団、ビオチンなども、PSMAを発現する疾病状態のin vivoまたはex vivo設定での造影のために、PSMA核酸リガンドに結合させることができる。マーカーをPSMA核酸リガンドの多様な位置、たとえばPSMA核酸リガンドの塩基の環外アミノ基、ピリミジンヌクレオチドの5位、プリンヌクレオチドの8位、リン酸のヒドロキシル基、または5’もしくは3’末端のヒドロキシルその他の基に共有結合させることができる。マーカーがテクネチウム−99mである態様においては、好ましくはこれをその5’もしくは3’のリン酸基のヒドロキシル、または修飾ピリミジンの5位に結合させる。最も好ましい態様においては、マーカーを核酸リガンドの5’のリン酸基のヒドロキシルに、リンカーにより、またはリンカーなしに結合させる。他の態様においては、5位に第一級アミンを含むピリミジンを取り込ませ、このアミンをマーカーとの結合に利用することにより、マーカーを核酸リガンドに結合させる。マーカーの結合は、直接またはリンカーを用いて行うことができる。テクネチウム−99mをマーカーとして用いる態様において、好ましいリンカーはヘキシルアミンリンカーである。
【0047】
他の態様において、PSMA核酸リガンドは療法化合物(細胞毒性化合物、免疫増強物質および療法用放射性核種が含まれるが、これらに限定されない)をPSMA発現組織または臓器へ送達するのに有用である。PSMAを発現する可能性のある疾病状態には癌が含まれる。当業者は、療法化合物を複合体に取り込ませる既知技術により、PSMA核酸リガンドを利用できるであろう。療法化合物はPSMA核酸リガンドの多様な位置、たとえばPSMA核酸リガンドの塩基の環外アミノ基、ピリミジンヌクレオチドの5位、プリンヌクレオチドの8位、リン酸のヒドロキシル基、または5’もしくは3’末端のヒドロキシルその他の基に共有結合させることができる。好ましい態様においては、療法薬を核酸リガンドの5’アミンに結合させる。療法薬の結合は、直接またはリンカーを用いて行うことができる。ターゲティングする疾病が癌である態様においては、癌に対して有効であることが知られている5−フルオロデオキシウラシルまたは他のヌクレオチド類似体を、PSMA核酸リガンド内の既存のU内へ取り込ませるか、または内部に付加するか、またはいずれかの末端に直接もしくはリンカーにより結合させることができる。さらに、ピリミジン類似体2’,2’−ジフルオロシチジンおよびプリン類似体(デオキシコホルマイシン(deoxycoformycin))の両方を取り込ませてもよい。さらに、米国特許出願No.08/993,765(1997年12月18日出願)、表題”ヌクレオチドベースのプロドラッグ”(その全体を本明細書に援用する)には、特に化学放射線増感剤ならびに放射線増感剤および放射性核種ならびに他の放射線療法薬を腫瘍に正確に局在化させるための、腫瘍細胞に指向する核酸リガンドを含むヌクレオチドベースのプロドラッグが記載されている。
【0048】
マーカーおよび療法薬の両方をPSMA核酸リガンドと結合させ、これにより疾病状態の検出と療法薬の送達を1つのアプタマーにおいて、または同じアプタマーの2以上の異なる修飾形の混合物として、一緒に行うことも考慮される。マーカーおよび/または療法薬の一方または両方を非免疫原性高分子量化合物または親油性化合物、たとえばリポソームと結合させることも考慮される。診断用または療法用複合体において核酸リガンドと親油性化合物または非免疫原性化合物を結合させる方法は、USP6,011,020(1995年5月4日出願)、表題”核酸リガンド複合体”に記載されている;その全体を本明細書に援用する。
【0049】
核酸リガンドの療法用組成物を注射により非経口投与できるが、他の効果的な投与方式、たとえば関節内注射、吸入剤ミスト、経口製剤、経皮イオン浸透療法または坐剤も考慮される。好ましいキャリヤーのひとつは生理食塩水であるが、医薬的に許容できる他のキャリヤーも使用できると考えられる。好ましい態様のひとつにおいては、キャリヤーおよびリガンドが生理的に適合性の徐放性製剤を構成することが考慮される。そのようなキャリヤーにおける主な溶剤は水性または非水性であってよい。さらにキャリヤーは、製剤のpH、浸透圧、粘度、透明度、色、無菌性、安定性、溶解速度、または臭いを改良または保持するために、薬理薬的に許容できる他の賦形剤を含有してもよい。またキャリヤーは、リガンドの安定性、溶解、放出または吸収の速度を改良または保持するために、薬理薬的に許容できるさらに他の賦形剤を含有してもよい。そのような賦形剤は、1回量または複数回量の剤形の非経口投与製剤を配合するために通常慣用される物質である。
【0050】
療法用組成物を調製した後、それを無菌バイアル中に、液剤、懸濁液剤、ゲル剤、乳剤、固体、または脱水もしくは凍結乾燥した散剤として保存できる。そのような製剤をそのまま使用できる形で、または投与直前に再構成する必要のある形で保存できる。核酸リガンドを含有する全身送達製剤の投与様式は、皮下、筋肉内、静脈内、鼻腔内経路によるもの、または膣もしくは直腸坐剤である。
【0051】
後記実施例は本発明を説明および例示するためのものであり、本発明の限定ととるべきではない。
実施例1にはPSMAに対するRNAリガンドの作成に用いる材料および実験法を記載する。アプタマーのin vitro選択には精製したPSMAタンパク質が必要であった。これらのアプタマーの最終用途はin vivoで前立腺癌細胞を結合することであるので、PSMAの細胞外部分のみで十分なターゲットであると考えられる。したがって、除去可能なアフィニティータグ付きのPSMA細胞外部分のみを発現するベクターを設計した。
【0052】
PSMAの細胞外部分(xPSMと呼ぶ)のみをコードするバキュロウイルス発現ベクターを、実施例1の記載に従って設計した。これを図1に模式的に示す。図1を参照すると、PSMA cDNAのフラグメント(全長PSMAの細胞外アミノ酸706個のみをコードする)を、バキュロウイルス伝達ベクターpBACgus−10の多重クローニング部位へクローニングした。このベクターは増殖培地中で高レベルの融合タンパク質を生成するように設計された。このタンパク質をアフィニティータグにより精製し、エンテロキナーゼ開裂により放出させることができる。得られた伝達プラスミドpBACgus−PSMを配列決定して、コード枠の適正および配列統合性を確認した。pBACgus−PSMとBAC Vector−3000線状DNAの両方をSf−9細胞へ同時トランスフェクションし、得られた組換えウイルスプラークを精製し、Tag−xPSMの発現によりスクリーニングした。次いで、大規模感染のために単一組換えバキュロウイルスを無血清条件下で用いた。
【0053】
感染細胞培地を感染の72〜80時間後に収穫し、S−プロテインアガロースと共にインキュベートしてTag−xPSMを捕獲した。次いで組換えエンテロキナーゼを用いてxPSMを遊離させた。消化後、エンテロキナーゼをアフィニティー樹脂により捕獲すると、純粋なxPSMのみが上清中に残った。タンパク質の純度を銀染色により測定した。エンテロキナーゼ無添加対照にはTag−xPSMがみられなかった(図2)。精製xPSMのサイズは約90kDと計算され、予想した79.5kDの生成物がグリコシル化されたことを示唆する。
【0054】
次いでxPSM融合タンパク質の酵素活性を試験して、天然タンパク質コンホメーションであることを確認した。これは、天然タンパク質ではなく不適正フォールディング融合タンパク質を認識するアプタマーの進化を避けるために重要である。精製xPSMタンパク質は、図3に描いたように、Km16.1nMおよびVmax13mmol/mg*分の予想したNAALADase活性を示した。選択に際して結合RNAアプタマーを分配する手段として、精製タンパク質を磁性ビーズに固定した。xPSM画分はビーズに結合した状態でNAALADase活性を維持した。
【0055】
生理的条件下で使用できるアプタマーを同定するためのin vitro選択方式を設計した。ヌクレアーゼ安定性を保証するために、2’−F修飾ピリミジンをすべての転写に用いた。フルオロピリミジンRNAアプタマーは血清中で数時間は安定であると報告されている(Lin et al.(1994)Nucleic Acids Res.22:5229−34)。さらに、アプタマーを37℃、pH7.4でターゲットにのみ結合させた。
【0056】
ランダム配列合成鋳型の転写により、約6×1014の異なるヌクレアーゼ安定性RNA分子のライブラリーを作成した。このアプタマーライブラリー鋳型は、T7プロモーター、PCR増幅のための2つの末端固定領域、および40ヌクレオチドの内部ランダム領域からなっていた(図4)。選択の前に、ターゲットタンパク質を磁性ビーズに結合させた。ビーズ上でターゲットタンパク質は酵素活性を維持していた。ランダム配列ライブラリーをxPSM−磁性ビーズと共に30分間インキュベートして結合させた。タンパク質結合集団を磁気分離により分配し、逆転写および定量PCRにより増幅した。得られた鋳型が転写されて、次のサイクルの選択に用いる2’−F修飾RNAが生成した。
【0057】
表1に示すように6回の反復選択を実施し、定量した。結合に利用できるxPSM−磁性ビーズの量を減らすことにより、またはRNAの量を減らすことにより、選択の緊縮度を調節した。S−N比は選択ラウンド6において5700倍でピークに達し、合計9ラウンドの選択までそれ以上の改善を示さなかった。表1に示すS−N比は、xPSMビーズに結合したRNAとビーズ単独の比較により判定された。
【0058】
酵素アッセイにより、酵素リガンド相互作用を同定および定量するための高感度法が得られる。したがって、実施例1に記載するように、特定ラウンドの2’−F修飾RNAがxPSM NAALADase活性を阻害する能力を試験した。特異性の対照配列として原ランダム配列ライブラリーを試験したが、NAALADase活性に対する影響はなかった;選択したRNA集団では、ラウンド3で既にマイクロモル濃度のアプタマー阻害がみられた(図5)。ラウンド6のRNAアプタマー集団はxPSMに対し最大親和性を示し、したがってこれを個々のアプタマークローンの単離および配列決定に用いた。
【0059】
ラウンド6のRNAをRT−PCRにより増幅し、クローニングした。ランダムに採取した60のプラスミドクローンを配列決定した。配列決定した60クローンのうち95%がわずか2つの配列で表わされた。xPSM−A9(SEQ ID NO:5)およびxPSM−A10(SEQ ID NO:15)と命名したこれらの同定配列(図6)はユニークであり、共有するコンセンサス配列はない。
【0060】
NAALADase活性阻害能に基づいて、各アプタマーの親和性を試験した。アプタマーxPSM−A9はKi1.1nMで非競合阻害を示す(図7B)。一方、アプタマーxPSM−A10はKi11.9nMで競合阻害を示す(図7A)。これら2つの別個の様式の阻害は、各アプタマーがPSMAの細胞外ユニークエピトープを同定することを示唆する。両アプタマーとも、LNCaP細胞由来の天然NAALADase活性を同様な親和性で阻害する。
【0061】
図9および10は、アプタマーがLNCaP細胞表面の天然PSMAに結合することを証明する。前記の各図のデータはアプタマーがバキュロウイルスにより精製された合成PSMAであるxPSMに結合することを証明しているので、これは重要である。図9に示したNAALADaseアッセイは実施例1の記載に従って実施され、ただしLNCaPからの膜抽出物を精製xPSMの代わりに用いた。この方法はCarter et al.(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,93(2):749−53に記載されている。既知マイクロモル濃度のNAALADase阻害薬キスカル酸を標準対照として含有させる。これにより、既知NAALADase阻害薬と比較した前記アプタマーの力価が証明される。
【0062】
これらのアプタマーがPSMA発現細胞を特異的に結合しうるか判定するために、最小アプタマーA10−3を蛍光標識した。A10−3配列のランダムスクランブリングにより、陰性標準対照A10−3−rndmを開発した。蛍光顕微鏡検査により結合特異性を証明したところ、アプタマーA10−3はPSMAを発現するLNCaP細胞を特異的に結合したが、陰性対照PC−3細胞を結合しなかった(図10)。図10にみられるように、スクランブルA10−3配列(A10−3−rndm)はいずれの細胞系に対しても特異性を示さない。
【0063】
実施例2には、2つの選択した核酸リガンドがxPSMに高親和性結合するのに必要な最小サイズの判定を記載する。アプタマーxPSM−A10(SEQ ID NO:15)がPSMA活性を阻害する能力を保持したまま、56ヌクレオチド、すなわち18.5kDにトランケートするのに成功した(図8)。これらのアプタマーを阻害薬として使用でき、あるいは造影または療法処置のための薬剤を運搬するために修飾することができる。
【0064】
実施例
実施例1.PSMAに対する核酸リガンドを得るためのSELEXの使用
材料および方法
LNCaPからのPSMA cDNAのクローニング.2μgの全LNCaP RNAから、Superscript II RNase H逆転写酵素(Life Technologies社)を用いて、第1鎖cDNAを合成した。全長PSMAコード領域をフランキングするPSMA cDNA塩基134〜152および2551〜2567に相同なプライマーを、PCR増幅に用いた。高忠実度Pfu DNAポリメラーゼ(Stratagene、カリフォルニア州ラ・ホーヤ)を用いて増幅を実施した。単離した生成物をpCR−2.1ベクター(Invitrogen Corporation、カリフォルニア州カールズバッド)中へライゲートさせた。有効なクローンpFULPSM−1を配列決定し、Genbank寄託番号M99487と同一であることが認められた。このクローンは全長PSMAタンパク質のコード領域である。
【0065】
組換えPSMA発現バキュロウイルスの作成.PSMAの細胞外部分全体と連結グリシンを含むように、制限酵素切断部位を含有するプライマーを設計した(具体的には、塩基395〜422および2491〜2503)。PCR生成物を、ポリヘドロンプロモーターの制御下にpBACgus−10伝達プラスミド(Nonagen社、ウィスコンシン州マディソン)中へライゲートさせた。得られたプラスミドpBACgus−PSMを配列決定して、配列統合性を確認した。Sf−9細胞(ATCC)をpBACgus−PSMおよび線状高効率Bac Vector−3000 Triple CutウイルスDNA(Novagen社)により、10%ウシ胎仔血清を補充したGraceの昆虫培地(Life Technologies社)中で同時トランスフェクションした。個々の組換えウイルスプラークを採取し、組換えタンパク質発現をS−タグアッセイ法およびS−タグウェスタン法(Novagen社)により、製造業者の指示に従ってアッセイした。PSMAの細胞外部分全体を発現する単一の陽性クローン(xPSMと命名)を200mLの懸濁培養により、高力価(≧108PFU/mL)に増幅させた。
【0066】
大規模xPSM発現および精製.Sf−9細胞(Novagen社)をSf−900II無血清培地(Life Technologies社)に単層として接種し、組換えウイルスをM.O.I.5で感染させた。感染の72〜80時間後に感染細胞培地を収穫し、tag−PSMレベルをS−タグアッセイ(Novagen社)により定量した。融合タンパク質をS−プロテインアガロースに結合させ、洗浄し、製造業者(Novagen社)の指示に従って組換えエンテロキナーゼ(rEK)によりxPSMを放出させた。最後に、rEKをEKaptureアガロースビーズ(Novagen社)に結合させ、精製されたxPSMタンパク質をUltra−Free15、MWCO 50kD濃縮遠心カラム(Millipore社、マサチュセッツ州ベッドフォード)により濃縮した。xPSM濃度をCoomassie Plusタンパク質アッセイ試薬(Pierce、イリノイ州ロックフォード)により測定した。タンパク質純度を銀染色分析により確認した。
【0067】
銀染色.約100〜500ngの精製PSMAタンパク質を7.5%SDS−PAGEにより分離し、Silver Stain Plusキット(Bio−Rad Laboratories、カリフォルニア州ハーキュレス)により染色した。すべての精製xPSMのサイズおよび純度を銀染色ゲルにより調べた。
【0068】
PSMA NAALADaseアッセイ.本質的にRobinson et al.(1987)J.Biol.Chem.262:14498−506の記載に従って、NAAG加水分解を実施した。50mMトリス、pH7.4、0.5%Triton−X−100の存在下での超音波処理により、LNCaP細胞抽出物を調製した。細胞溶解物または精製xPSMを、放射性標識基質N−アセチル−L−アスパルチル−L−[3,4−3H]グルタメート(NEN Life Science Products、マサチュセッツ州ボストン)の存在下に37℃で10〜15分間インキュベートした。等体積の氷冷した100mMリン酸ナトリウム、2mM EDTAにより、反応を停止した。無傷基質からアニオン交換クロマトグラフィーにより生成物を分離し、シンチレーション計数により定量した。一般に8nMの基質の存在下でアプタマーのIC50を判定した。基質の系列希釈液中5〜30nMのアプタマーを用いて、アプタマーのKiを判定した。すべての場合、基質の開裂は20%未満であった。
【0069】
PSMAアプタマーのin vitro選択.SELEX法はSELEX特許出願に詳述されている。要約すると、40N7a ssDNA:
【0070】
【化1】
【0071】
を、5N7プライマー:
【0072】
【化2】
【0073】
(T7ポリメラーゼプロモーター(下線部)を含む)を用いてクレノーフラグメント延長することにより、二本鎖転写鋳型を作成した。先にFitzwater and Polisky(1996)Methods Enzymol.267:275−301(その全体を本明細書に援用する)に記載されたように、T7 RNAポリメラーゼによりRNAを調製した。転写反応はすべて、糖部分を2’−フルオロ(2’−F)修飾したピリミジンヌクレオチドの存在下で実施された。この置換により、ホスホジエステル結合の開裂に2’−ヒドロキシル部分を利用するリボヌクレアーゼに対する耐性が高まる。具体的には、転写混合物はそれぞれ3.3mM 2’−F UTPおよび3.3mM 2’−F CTPを、1mM GTPおよびATPと一緒に含有していた。こうして調製した原ランダム化RNAライブラリーは6×1014分子を含有していた(1ナノモルのRNA)。
【0074】
後記のように9ラウンドのSELEXプロセスを実施し、PSMA酵素活性阻害能に基づいてラウンド6をクローニング用に選択した。
ターゲットビーズの調製.常磁性ポリスチレンビーズをDynal社から購入した:Dynabeads M−450、コーティングなし、4.5μm、2.4%w/v。0.5mLミクロ遠心管中でDynal MPC−E分離器により、選択および磁気分離を実施した。使用前にビーズ(100μL)をリン酸カリウム(100mM、3×500μL、pH8.0)、3×500μLヘペス緩衝生理食塩水、pH7.4、MgCl2(1mM)、CaCl2(1mM)(HBSMC)で洗浄した。次いで、10μgのターゲットタンパク質を含有するHBSMC(100μL)にビーズを再懸濁し、4℃で一夜回転させた。次いでビーズをHBSMC(3×500μL)で洗浄し、HBSMC(400μL)に再懸濁し、3×500μLのHBSMC、HSA(0.01%)およびTween 20(0.05%)(HBSMCHT)で洗浄した。次いでビーズをHBSMCHIT(”I”はI−ブロックを表わす)(300μL、固形分0.6%w/v)に再懸濁し、4℃に保存した。
【0075】
選択および分配.ターゲットビーズ(50μL)をHBSMCHIT中、37℃で30分間、プレブロックした。次いでターゲットビーズ(50μL)をHBSMCHIT(100μL)緩衝液中でアプタマープール(1ナノモルのRNA)と混和し、混合物を37℃で30分間回転させた。RNAおよびビーズの実際量はラウンド毎に異なり、後の選択ラウンドになるほど少なかった。次いでビーズを37℃のHBSMCHT(5×500μL)で洗浄し、新たな試験管に移し、最終洗液(500μL)を除去した。
【0076】
溶離および逆転写.洗浄ビーズを3’−プライマー(20μL、5μM)に再懸濁し、95℃で5分間インキュベートし、徐々に室温に冷却した。5×RTマスターミックス(5μL)を添加し、混合物を48℃で30分間インキュベートした。反応混合物をビーズから分離し、定量PCR(QPCR)反応ミックスを添加した。反応混合物を表2にまとめる。
【0077】
定量PCR(QPCR)および転写.cDNA(25μL)をQPCRマスターミックス(75μL)に添加した。定量標準cDNAおよび無鋳型対照も、各ラウンドに含めた。PCRを下記に従って実施した:QPC機(ABI7700)により35サイクルの95℃15秒、55℃10秒、72℃30秒、続いて95℃で3分間の初回インキュベーション。次いでPCR生成物(50μL)を転写マスターミックス(150μL)に添加し、混合物を37℃で4〜16時間インキュベートし、続いて10分間のDNAse処理を行い、最後に全長RNA転写体をゲル精製した。
【0078】
クローニングおよび配列決定.増幅した第6ラウンドのオリゴヌクレオチドプールを8%ポリアクリルアミドゲル精製し、逆転写してssDNAにし、BamHIおよびHindIII制限エンドヌクレアーゼ部位を含むプライマーを用いてこのDNAをポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により増幅した。PCRフラグメントを標準法に従ってクローニングし、プラスミドを調製し、配列分析を行った(Sambrook et al.(1989)Molecular Cloning,A Laboratory Manual、第2版、3 vol.、Cold Spring Harbor Laboratory Press、コールド・スプリング・ハーバー)。DYEnamic ET−ターミネーターサイクル配列決定プレミックスキット(Amersham Pharmacia Biotech社、ニュージャージー州ピスカッタウェイ)およびABI Prism 377シークエンサーを用いてプラスミドを配列決定した。
【0079】
蛍光染色.5’−Hexal−アミンアプタマーA10−3およびA10−3−スクランブル(caggcaugccuagcuaagcagcccauggcuuaugcgcggaauauuggcuuccguuc)2’FY−アプタマーを、デオキシ−T3’キャップ付きで合成した。アプタマーをローダミン−レッド−Xスクシンイミジルエステル*5異性体*(Molecular Probes)により、製造業者の指示に従って末端標識した。全長ローダミン標識アプタマーをゲル精製し、定量した。ウェル当たり5×104のLNCaP親細胞およびPC−3細胞を4チャンバースライドガラス(Becton Dickinson、ニュージャージー州フランクリン・レークス)に接種した。接種の24時間後、スライドを10%緩衝ホルマリン中、室温でで8〜16時間固定し、マグネシウムまたはカルシウムを含有しないPBS中に4℃で保存した。各ウェルを、マグネシウムまたはカルシウムを含有しないPBS中50nMの標識アプタマー中、室温で10〜15分間インキュベートした。次いでスライドをPBS中で数回すすぎ、カバーガラスをかけ、シールした。ショートアーク水銀灯照明付き蛍光顕微鏡(Zaiss Axioskop epifluoresense microscope)(Carl Zaiss社、ニューヨーク州ソーンウッド)および冷却したCCDカメラ(Micro MAXデジタルカメラ、Princeton Instruments、ニュージャージー州トレントン)によりスライドを映像化した。Adbe Photoshop(Adbe Systems社、ワシントン州シアトル)で映像を同様に処理した。結果を図10に示す。
【0080】
実施例2.アプタマーA10およびA9の最小サイズの判定
最小アプタマー配列を判定するために、一連の3’および5’トランケート体のIC50を調べた。アプタマーxPSM−A9(SEQ ID NO:5)の3’末端から活性を保持した状態で5ヌクレオチドを除くことができ、これによりアプタマーA9−1(SEQ ID NO:6)が得られる。アプタマーxPSM−A10(SEQ ID NO:15)の3’末端から活性を保持した状態で少なくとも15ヌクレオチドを欠失しうることが認められ、これによりアプタマーA10−3(SEQ ID NO:18)が得られる。この18.5kDアプタマーは、Ki=20.5nMでxPSM NAALADase活性阻害能を保持する(図8)。この短いA10−3は5’−トランケーションでは活性を保持できなかった。
【0081】
【表1】
【0082】
【表2】
【0083】
【表3】
【図面の簡単な説明】
【図1】
in vitro選択ターゲットであるPSMA細胞外部分の設計を示す。融合タンパク質を発現する組換えバキュロウイルスは、Tag−xPSMをgp64分泌シグナルにより分泌する。この融合タンパク質を培地から、セルロースカラムまたはS−プロテインアガロースビーズにより精製する。PSMAの細胞外部分のみを含むタンパク質(xPSM)がエンテロキナーゼ開裂により放出される。
【図2】
精製xPSMタンパク質の銀染色を示す。xPMSの純度が銀染色により明らかになる。陰性対照は、エンテロキナーゼが存在しないとタンパク質が放出されないことを示す。精製xPMSのサイズは約90kDと計算され、発現した79.5kDの生成物がグリコシル化されたことを示唆する。
【図3】
xPMS融合タンパク質のNAALADase活性を示す。精製xPMSは、Km16.1nMおよびVmax13mmol/mg*分の天然NAALADase活性を示す。
【図4】
実施例1に記載したin vitro選択を模式的に示す。使用したRNAアプタマーライブラリー鋳型は、T7プロモーターを含む5’末端固定領域、40連続ヌクレオチドの内部ランダム領域、続いて最終固定プライマー領域からなる。典型的な選択ラウンドは、2’−フルオロ(2’−F)修飾ピリミジンを含むRNAライブラリーの転写、続いてリガンド結合したRNAをリガンド結合していないRNAから分離する分配工程を伴う。次いで、結合したRNAをRT−PCRおよびin vitro転写により増幅する。ターゲットリガンドに対するRNAアプタマープールの親和性が最大に達するまで数ラウンドのin vitro選択を終了する。次いで得られたdsDNAをプラスミドベクター中へクローニングし、配列決定する。次いで各アプタマーをターゲットリガンドに対する親和性について試験する。
【図5】
SELEX−RNAプールによるxPMS活性阻害を示す。図5に示すように、in vitro選択ラウンドはNAALADase活性を阻害し、これに対し原プールは阻害を示さない。ラウンド6のxPMS結合選択が、それ以前および以後のラウンドの選択と比較して最良のIC50を示す。原ランダムRNAは、これらの範囲ではNAALADaseに対し効果がない。(〇)ランダムRNA;(黒四角)ラウンド3;(▲)ラウンド6;(◆)ラウンド8;(*)ラウンド9。
【図6】
ラウンド6からの個々のアプタマー配列を示す。約1014の多様な原RNA配列を選択して本質的に2つのアプタマー配列xPSM−A9(SEQ ID NO:5)およびxPSM−A10(SEQ ID NO:15)を得た。
【図7】
図7AおよびBは、2つのアプタマーxPSM−A9およびxPSM−A10が別個のタイプの阻害性をもつことをグラフで示す。これは、2つの別個のエピトープであることを表わす。図7Aでは、30nMのアプタマーxPSM−A10が計算値Ki11.9nMで競合阻害を示す。あるいは図7Bでは、1nMのアプタマーxPSM−A9が計算値Ki1.1nMで非競合阻害を示す。両方のグラフにおいて:(黒四角)はxPSM、(〇)はxPMS+アプタマー阻害薬である。R2値はA:xPMS 0.7932、A:xPMS−A10 0.887、B:xPMS 0.8155、B:xPMS−A9 0.7248。
【図8】
56ヌクレオチドのxPSM−A10トランケート体によるNAALADase阻害をグラフで示す。アプタマーxPSM−A10−3(SEQ ID NO:18)は、xPSM−A10の15ヌクレオチドトランケート体である。この比較的短いヌクレオチドは競合阻害を示し、Vmaxには影響を与えずにKmを高める。平均Ki=20.46±7.8nM。R2値:xPMS 0.8748、xPSM−A10−3 0.7861。
【図9】
アプタマーxPSM−A9(SEQ ID NO:5)およびxPSM−A10(SEQ ID NO:15)による天然PSMAのNAALADase阻害をグラフで示す。
【図10】
アプタマーA10−3が細胞表面に発現した天然PSMAに特異的に結合する能力を示す。蛍光標識したA10−3(50nM)またはA10−3−rndm(スクランブルA10−3配列)をホルマリン固定LNCaP細胞(PSMA陽性)およびPC−3細胞(PSMA陰性)と共に12分間インキュベートし、洗浄し、蛍光顕微鏡検査により視覚化した。
Claims (15)
- 下記の工程を含む方法に従って同定された、前立腺特異的膜抗原(PSMA)に対する核酸リガンド:
a)核酸の候補混合物を調製する工程;
b)候補混合物と対比して高いPSMA親和性を有する核酸を候補混合物の残りのものから分配できるように、核酸の候補混合物とPSMAを接触させる工程;
c)高親和性核酸を候補混合物の残りのものから分配する工程;そして
d)PSMAに対する結合の親和性および特異性が相対的に高い核酸に富む核酸混合物にするために、高親和性核酸を増幅する工程であって、これによりPSMAの核酸リガンドを同定する。 - 核酸の候補混合物が一本鎖核酸を含む、請求項1に記載の核酸リガンド。
- 一本鎖核酸がリボ核酸である、請求項2に記載の核酸リガンド。
- 一本鎖核酸がデオキシリボ核酸である、請求項2に記載の核酸リガンド。
- 核酸の候補混合物が2’−F(2’−フルオロ)修飾リボ核酸を含む、請求項3に記載の核酸リガンド。
- PSMAに対する精製および単離された非天然核酸リガンド。
- 核酸リガンドが一本鎖である、請求項6に記載の精製および単離された非天然核酸リガンド。
- 核酸リガンドがRNAである、請求項7に記載の精製および単離された非天然核酸リガンド。
- リガンドが2’−フルオロ(2’−F)修飾ヌクレオチドを含む、請求項8に記載の精製および単離された非天然RNAリガンド。
- リガンドがSEQ ID NO:3〜27よりなる群から選択される、PSMAに対する精製された非天然RNAリガンド。
- 下記の工程を含む、PSMAに対する核酸リガンドの同定方法:
a)核酸の候補混合物を調製する工程;
b)候補混合物と対比して高いPSMA親和性を有する核酸を候補混合物の残りのものから分配できるように、核酸の候補混合物とPSMAを接触させる工程;
c)高親和性核酸を候補混合物の残りのものから分配する工程;そして
d)PSMAに対する結合の親和性および特異性が相対的に高い核酸に富む核酸混合物にするために、高親和性核酸を増幅する工程であって、これによりPSMAの核酸リガンドを同定する。 - 候補混合物が一本鎖核酸を含む、請求項11に記載の方法。
- 一本鎖核酸がリボ核酸を含む、請求項12に記載の方法。
- PSMAが疎水性相互作用により固体支持体と結合しており、工程b)〜c)が該固体支持体の表面で行われる、請求項1に記載の核酸リガンド。
- 固体支持体がビーズである、請求項14に記載の核酸リガンド。
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