JP2004511223A - 多重化酵素アッセイ - Google Patents
多重化酵素アッセイ Download PDFInfo
- Publication number
- JP2004511223A JP2004511223A JP2002517831A JP2002517831A JP2004511223A JP 2004511223 A JP2004511223 A JP 2004511223A JP 2002517831 A JP2002517831 A JP 2002517831A JP 2002517831 A JP2002517831 A JP 2002517831A JP 2004511223 A JP2004511223 A JP 2004511223A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- substrate
- enzyme
- kinase
- enzymes
- substrates
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/558—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor using diffusion or migration of antigen or antibody
- G01N33/561—Immunoelectrophoresis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/48—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving transferase
- C12Q1/485—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving transferase involving kinase
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- G01N2333/91205—Phosphotransferases in general
- G01N2333/9121—Phosphotransferases in general with an alcohol group as acceptor (2.7.1), e.g. general tyrosine, serine or threonine kinases
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- G01N2333/91205—Phosphotransferases in general
- G01N2333/9121—Phosphotransferases in general with an alcohol group as acceptor (2.7.1), e.g. general tyrosine, serine or threonine kinases
- G01N2333/91215—Phosphotransferases in general with an alcohol group as acceptor (2.7.1), e.g. general tyrosine, serine or threonine kinases with a definite EC number (2.7.1.-)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
- G01N2500/04—Screening involving studying the effect of compounds C directly on molecule A (e.g. C are potential ligands for a receptor A, or potential substrates for an enzyme A)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
- G01N2500/20—Screening for compounds of potential therapeutic value cell-free systems
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
- Y10S435/966—Chemistry: molecular biology and microbiology involving an enzyme system with high turnover rate or complement magnified assay, e.g. multi-enzyme systems
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
- Y10S435/968—High energy substrates, e.g. fluorescent, chemiluminescent, radioactive
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
- Y10S435/975—Kit
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Electrochemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
多重化酵素アッセイ方法およびこの方法を行うための基質セットが開示される。この方法は、複数の酵素反応を、酵素基質を対応する産物へと変換するのに有効な条件下で複数の酵素基質の存在下で実施する工程を包含し、ここで、各基質の産物および基質は、互いに、そして他の基質およびそれらの対応する産物とは異なる分離特徴を有する。この反応(この反応は、別々の反応または合わせた反応で行われ得る)を行った後、この反応物中の基質および産物は、単一の分離媒体中で分離される。各分離された産物および基質について、産物および基質の量に関連する産物および基質ならびにシグナルを同定するのに有効な分離特徴が検出される。これから、反応の各々において対応する産物に変換された基質の量を決定し得る。
Description
【0001】
(発明の分野)
本発明の分野は、酵素アッセイであり、特に、多重化基質および必要に応じて多重化酵素を含むアッセイである。
【0002】
(参考文献)
【0003】
【表3】
(発明の背景)
単一の容器において複数の決定を実施することおよび各決定の結果を個々に決定し得ることに興味を有する多数の状況が存在する。個々の結果を達成し得るために、各決定が他の決定とは独立すること、および各決定が、測定され得かつ他の決定の産物とは区別され得る産物を提供することが必要である。
【0004】
目的の分野の1つは、複数の酵素に対する、環境変化の影響である。化合物を生物学的活性についてスクリーニングする際に、1以上の標的に対するこの化合物の影響、ならびに標的ではない酵素に対するこの化合物の影響に興味を有する。それゆえ、複数の酵素に対する化合物の影響を決定するために同じ条件下で単一の決定を実施し得るならば、目的の標的に関するこの化合物の生物学的活性を決定し得るだけでなく、副作用に関するこの化合物の特異性もまた決定し得る。
【0005】
生物学的活性について化合物をスクリーニングすること以外に、特定の酵素に関する、細胞活性に対する環境変化の影響を決定することにも興味が存在する。癌細胞に関して、化合物または処置の過程に関する、タンパク質の細胞発現、個々の酵素の活性、または酵素プロフィールの変化を決定する際に興味を有する。
【0006】
酵素多重化が有利である1つの特別のクラスの酵素は、細胞表面レセプターまたは細胞内レセプターであり、これらは、薬物スクリーニングについての標的の重要なクラスを表す。なぜなら、これらのレセプターは、細胞の増殖および代謝に関与するからである。多くのレセプター(例えば、インスリンレセプター、インスリン様増殖因子レセプター、上皮増殖因子および血小板由来増殖因子)は、酵素ドメインを有する(White)。いくつかのレセプターは、レセプターをアッセイするために酵素にカップリングされ得る(Bunemann)。リガンドがレセプターの特定の部位に結合する場合、リガンドは代表的に、レセプターの酵素ドメインを活性化する。多くの例では、この酵素は、合成ペプチドのリン酸化速度の決定によって測定され得る、プロテインキナーゼである。多くのレセプターはそれらの特異的リガンドに対して高い親和性を有するので(Pike,1984,Blakesley,Sasaki)、それらの酵素(キナーゼ)活性をモニタリングすることによってレセプターアッセイを実施するための方法を開発することが可能である。特異的に結合した天然のリガンドのみが酵素ドメインを活性化する可能性を有するので、その酵素活性をモニタリングすることによるレセプターアッセイは、非特異的結合の問題を回避し得る。このアプローチは、多くのレセプター、特にホルモンレセプターおよび増殖因子レセプターについて、リガンド結合アッセイおよび酵素アッセイの両方に用いられ得る。
【0007】
リガンド/レセプター結合を阻害し得る化合物についてスクリーニングする際に、スクリーニングされなければならない、2つの、いくつかの場合には3つの変動要因が存在する。第1の変動要因は、試験化合物自体(例えば、リガンド/レセプター相互作用の潜在的インヒビターのライブラリーから誘導された非常に多数の試験化合物)である。第2の変動要因は、レセプターリガンドの濃度に対する試験化合物濃度である。第3の変動要因は、他の酵素(例えば、標的細胞上または標的細胞内の他のレセプターキナーゼ)に対する試験化合物の影響である。試験化合物の濃度について試験し、これを最適化すること、ならびに他の細胞酵素に対するそれらの影響をアッセイすることは、多数のアッセイサンプルを最終的に必要とする。多重化アッセイにおける試験変動要因のうちの1以上を合わせることによって、実施することが必要とされるアッセイの数を実質的に低減し得、そして/または複数のアッセイについての内部コントロールを提供し得る。
【0008】
(発明の要旨)
1つの局面では、本発明は、多重化酵素アッセイ方法を含む。この方法は、基質のセット中の複数の酵素基質の存在下で、酵素基質を対応する産物へと変換するのに有効な条件下で複数の酵素反応を実施する工程を包含し、ここで、各基質の産物および基質は、互いに、そしてこのセット中の他の基質およびそれらの対応する産物とは異なる分離特徴を有する。この反応を実施した後、この産物、そして好ましくは、この反応物中の基質もまた、単一の分離媒体中で分離される。各分離された産物および基質について、この産物および基質を同定するに有効な分離特徴、ならびにこの産物および基質の量に関連するシグナルが検出される。これから、反応の各々において対応する産物へと変換された基質の量が決定され得る。
【0009】
この基質および産物の分離特徴は好ましくは、電場の影響下にある電気泳動媒体中の電気泳動移動度であるが、他の分離特徴(例えば、排除クロマトグラフィーまたはイオン交換クロマトグラフィー、等電点電気泳動または質量分析法によって分離した場合の挙動)もまた意図される。この基質および対応する産物は蛍光標識され得、ここで、検出する工程は、蛍光励起波長を照射した場合に各産物から蛍光シグナルを検出することを含む。
【0010】
1つの一般的実施形態では、複数の酵素反応は、複数の異なる酵素を含む単一の反応混合物において実施され、ここで、アッセイされる酵素の各々は、反応混合物中の基質のうちの1つを対応する産物へと変換するのに有効である。この実施形態は、例えば、選択された細胞条件下で、細胞中の複数の異なる酵素の各々の活性レベルを決定するために用いられ得、ここで、この反応混合物中の異なる酵素は、このような選択された細胞条件下で細胞から入手される。
【0011】
コントロール細胞条件および試験細胞条件の両方において、細胞中の一群の酵素の各々の活性レベルの変化を決定する際の使用のために、実施する工程、分離する工程、検出する工程および決定する工程は、コントロール条件および試験条件の両方で細胞から得られた酵素について実施される。例えば、異なる酵素のうちの1以上の活性レベルを阻害または活性化する能力について既知であるかまたは試験される因子に細胞が暴露された場合のこの細胞中の一群の酵素の各々の活性レベルの変化を決定するために、実施する工程、分離する工程、検出する工程および決定する工程は、この因子への暴露の前および後のこの細胞から得られた酵素について実施される。例示的な群の酵素としては、レセプター−キナーゼ酵素および細胞シグナル伝達経路酵素が挙げられる。
【0012】
別の一般的な実施形態では、選択された酵素の活性を阻害または刺激する際の1以上の因子の影響をアッセイする際に使用するために、酵素反応は、別々の反応混合物中で実施され、ここで、各混合物は、(i)1以上の酵素および(ii)基質のセット由来の1以上の基質を含む。
【0013】
より特定の実施形態では、試験化合物が酵素活性に影響を与える能力についてスクリーニングまたは評価する際に使用するために、反応混合物はまた、(a)複数の異なる試験因子のうちの1つ、および/または単一の因子の複数の異なる濃度のうちの1つの一方または両方を含む。反応混合物は、異なる反応の基質および産物を分離する前に合わされる。
【0014】
セット中の異なる基質は、(i)酵素基質部分、(ii)このセット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特である分離特徴を、このセット中の各基質およびその対応する産物に付与する移動度モディファイヤー、ならびに(iii)このセット中の上記基質および産物からのシグナルの検出を可能にするレポーター部分を含み得る。ここで、セット中のこの基質は、オリゴペプチド基質部分を有し、そしてこの移動度モディファイヤーは、(i)該オリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)この基質部分を保存するが、このオリゴペプチドの分子量および/または電荷を変更する、上記オリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、ならびに(iii)異なる電荷および/または分子量を有する異なるレポーター部分であり得る。
【0015】
レセプター酵素とこのレセプターの酵素活性を刺激することが公知のリガンドとの間の相互作用をアッセイする際に使用するために、この別々の酵素反応混合物は好ましくは、(i)1以上の選択された酵素、(ii)基質のセットからの1以上の基質、および(iii)少なくとも1つの反応混合物中に、この酵素の最適な活性化を生じるために充分な濃度のリガンドを含む、1以上の異なる濃度のこのリガンドを含む。反応混合物のうちの1つは好ましくは、リガンドを含まず、非活性化酵素の酵素活性レベルを提供する。
【0016】
レセプター酵素は例えば、活性化状態で、オリゴペプチド基質をリン酸化するに有効なレセプター−キナーゼ酵素(例えば、リガンドがEGFであるEGFR、リガンドがインスリンであるレセプターIIキナーゼ、ならびにリガンドがインスリンであるインスリンレセプターキナーゼ)であり得る。このレセプター酵素アッセイでは、セット中の基質は、オリゴペプチド基質、および上記の型の移動度モディファイヤーを含む。
【0017】
1以上の試験因子がリガンド活性化酵素活性を妨害する能力をアッセイするために、反応混合物の少なくともいくつかは、最適な濃度のリガンドに加えて、複数の異なる試験因子のうちの1つを含む。あるいは、またはさらに、反応混合物のうちの少なくともいくつかは、最適な濃度のリガンドに加えて、1以上の濃度の少なくとも1つの試験因子を含む。
【0018】
別の局面では、本発明は、多重化酵素アッセイを実施するための酵素基質のセットを含む。このセットは、複数の酵素基質を含み、複数の酵素基質の各々は、(i)このアッセイ中の酵素がこの基質と反応してこの基質を対応する産物へと変換する、酵素基質部分、(ii)このセット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特の分離特徴をこのセット中の各基質およびその対応する産物に付与する、移動度モディファイヤー、ならびに(iii)このセット中の上記基質および産物からのシグナルの検出を可能にするレポーター部分を有する。このレポーター部分は例えば、蛍光レポーターであり得る。この酵素は例えば、異なる機能群のキナーゼ(サイクリックヌクレオチド調節プロテインキナーゼ、プロテインキナーゼC、Ca2+/CaMによって調節されるキナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ、ERK/MAPキナーゼ、およびプロテイン−チロシンキナーゼを含む)由来のキナーゼであり得る。このキナーゼは、オリゴペプチド基質をリン酸化するに有効な、シグナル伝達経路中のプロテインキナーゼ酵素(例えば、ERKキナーゼ、S6キナーゼ、IRキナーゼ、P38キナーゼおよびAbIキナーゼ)であり得る。この酵素アッセイでは、このセット中の基質は、オリゴペプチド基質および上記の型の移動度モディファイヤーを含む。目的の他のキナーゼは、例えば、Srcキナーゼ、JNK、MAPキナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ、P53キナーゼ、血小板由来増殖因子レセプター、上皮増殖因子レセプターおよびMEKを含み得る。
【0019】
オリゴペプチド基質を有する、1以上の酵素をアッセイするための方法において使用するために、セット中のこの基質は、オリゴペプチド基質部分を有し、そしてこの移動度モディファイヤーは、(i)このオリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)この基質部分の認識を保存するが、このオリゴペプチドの分子量および/または電荷を変更する、このオリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、ならびに(iii)異なる電荷および/または分子量を有する異なるレポーター部分であり得る。
【0020】
本発明のこれらおよび他の目的および特徴は、本発明の以下の詳細な説明を添付の図面と共に読んだ場合、より充分に明らかになる。
【0021】
(特定の実施形態の説明)
本発明は、多重化酵素アッセイ(すなわち、複数の異なる酵素アッセイの結果が単一の検出形式でモニタリングまたは検出されるアッセイ)を実施するための方法に関する。2つの一般的型の多重化アッセイが意図される。第一に、第A節に詳述したように、複数の酵素は、複数またはセットの異なる酵素基質の存在下で同じ反応混合物中でアッセイされる。各酵素は、基質のうちの1つを対応する産物へと変換し得、ここで、この基質および対応する産物は、この産物および好ましくは、この基質が単一の分離媒体中で互いに分離されるのを可能にする、異なる、独特の分離特徴をする。
【0022】
第二の一般的アッセイの型では、第B節に詳述したように、複数の酵素反応は別々に、例えば、並行して実施される。別々の反応は、同じもしくは異なる酵素の1以上、同じ酵素インヒビターもしくは酵素アクチベーターまたは異なる酵素インヒビターもしくは酵素アクチベーターの1以上、および/または異なる濃度のインヒビター、アクチベーターもしくは基質を含み得る。上記のように、各反応混合物は、関連した産物へと変換され得る1以上の基質を含み、ここで、この基質および対応する産物は、上記のような異なる、独特の分離特徴を有する。1つの例示的な実施形態では、異なる反応混合物は、リガンドによって活性化または阻害されることが公知であるレセプター酵素、複数の選択された濃度の1以上のリガンド自体、ならびにリガンド−レセプター結合を阻害もしくは刺激する能力についてスクリーニングされる異なる試験化合物および/または異なる濃度のこのような試験化合物のいずれかを含む。個々の反応を実施した後、この反応混合物は、産物および基質の分離および検出について合わされる。
【0023】
両方の型のアッセイでは、この産物および好ましくはこの基質は、単一の分離媒体で分離され、そして各産物の分離特徴およびこの産物の量に関連するシグナルが決定される。これから、反応物中の各酵素によって対応する産物へと変換された基質の量が決定され得る。好ましい分離特徴は電気泳動移動度であり、ここで、この産物および基質は、例えば、キャピラリー電気泳動(CE)によって分離される。分離工程および検出工程は、第C節において考慮される。別の局面では、本発明は、第D節において考察したように、多重化反応方法のための基質のセットを提供する。
【0024】
(A.単一反応形式)
酵素および/または酵素基質の多重化アッセイが実施され、それによって、媒体の酵素活性は、少なくとも1つの酵素に関して決定され、特に、媒体の酵素活性に対する因子の影響が決定される。共通の特徴を保有する酵素のファミリー、または酵素によって作用が及ぼされる共通の機能を共有する基質のファミリーまたはそれらの組合せは、酵素組成物の酵素活性の迅速かつ効率的な評価において用いられる。酵素組成物の酵素は、例えば、副作用に関する薬物の影響などのアッセイの目的に関して目的の機能以外には機能の共通性を有さないことが必要である。
【0025】
複数の基質および/または産物が分離および検出され、ここで、個々の酵素の存在および量が決定され得るか、または基質および/もしくは産物の量もしくは性質の特定の変化が因子の影響を示す。好都合なことには、この産物は、キャピラリー電気泳動によって個々に決定され得、ここで、この因子の存在下での産物の量または性質は、この因子の非存在下での結果と比較され得る。本方法論は、酵素活性、細胞性酵素活性の変化または目的の媒体の酵素活性に対する化合物の影響について化合物をスクリーニングするための特定の用途を見出す。
【0026】
このアッセイは、個々の決定され得る基質のセットを有することを必要とする。決定されるべき酵素活性の性質に依存して、基質の各々は、適切な機能性および機能性についてのコンホメーションを有して、酵素の活性部位が結合して酵素改変を受けるのを可能にする。個々の基質は、酵素反応の結果として、標識されるかまたは標識されることになり、それによって、この酵素反応は、反応物と産物との間の分離を可能にする分離特徴の変化をもたらす。通常、変化した特徴は、例えば、電気泳動、クロマトグラフィーおよび質量分析法に関与する、移動時間の変化である。1つの例示的な分離特徴は、電気泳動移動度であり、これは、分子の電荷、質量および形状(すなわち、半径)に主に依存するが、二次的因子(例えば、形状および疎水性)にも依存する。本発明の重要な特徴によって、セット中の基質の酵素的変換によって産生される産物は、互いに異なる、そしてそれらの対応する基質とは異なる、分離特徴を有する。好ましくは、セット中の基質はまた、互いに異なる、そしてセット中の産物の各々とは異なる、分離特徴を有し、その結果、各基質およびその対応する産物は、多重化アッセイにおいて独自に分離および検出され得る。本発明において使用するための基質の例示的なセットを以下に考察する。
【0027】
酵素は、触媒される反応の性質に基づいて異なる群に分けられ得る。酵素群としては、以下が挙げられる:ヒドロラーゼ、オキシドレダクターゼ、リアーゼ、トランスフェラーゼ、イソメラーゼおよびリガーゼもしくはシンターゼ。特に興味深いのは、生理学的重要性を有する酵素のクラスである。これらの酵素としては、以下が挙げられる:プロテインキナーゼ、ペプチダーゼ、エステラーゼ、プロテインホスファターゼ、イソメラーゼ、グリコシラーゼ、シンテターゼ、プロテアーゼ、デヒドロゲナーゼ、オキシダーゼ、レダクターゼなど、特に、(有機および無機の両方の)エステルを作製または加水分解する際、アミドをグリコシル化する際、ならびにアミドを加水分解する際に関与する酵素。任意のクラスにおいて、キナーゼにおいて(ここで、キナーゼは、ペプチドおよびタンパク質中のセリン残基、トレオニン残基および/またはチロシン残基のリン酸化に特異的であり得る)のように、さらなる細分が存在し得る。
【0028】
酵素の組合せは、少なくとも2つの酵素、通常少なくとも3つの酵素を含み、そして4以上の酵素を含み得る。任意の最大数の酵素が自由裁量によるが、実際問題として、通常、12よりも少ない異なる酵素、より通常は9よりも少ない、一般に2〜8の範囲、より通常は3〜6の範囲、便利には4〜6の範囲の異なる酵素が存在する。一群の酵素は一般に、適合可能な反応条件(例えば、pHおよびイオン強度)を有するが、比較的低い質量濃度を有するアッセイ成分(例えば、補因子)を含め、補因子の必要要件、金属イオンの必要要件などは、共通である必要はない。
【0029】
独立して活性によって、基質の変換の約20%未満が、意図された酵素以外の酵素に起因することが意図される。共通の条件は、酵素の各々が反応過程の間に測定可能な速度を提供することを必要とし、そして一般に、酵素の各々が、他の酵素について添加された成分から顕著な妨害を受けることなく、特定の基質についての最大代謝回転速度の少なくとも約10%、通常少なくとも約20%、好ましくは少なくとも約50%を有することである。
【0030】
各アッセイ決定について、成分は、酵素について適切な条件下で、適切な基質と合わされる。酵素およびアッセイの性質に依存して、基質は天然に存在し得るかまたは合成物であり得、頻繁に合成物である。大部分は、分離技術は産物の検出のために用いられるので、産物は、(通常、分光光度測定検出(特に蛍光測定(fluorimetric)検出)または電気化学的検出を可能にする標識を有し)検出可能である。
【0031】
本発明の例示は、多重化キナーゼアッセイの例証である。このキナーゼは、ヒドロキシル基をリン酸化する大きな群の酵素であり、その多くは、ヒドロキシル基について特定の環境に関して高い特異性を有し、内部リン酸化(intraphosphorylation)または外部リン酸化(interphosphorylation)(これは、高濃度の競合的基質を用いて内部リン酸化を競合し得る)を提供し得、そして共通の反応物(ATP)を用い、そして一般にほぼ同じ媒体必要要件を有する。酵素の濃度は一般に、の範囲である。約1pM〜1μM、より適切には10−6〜1IU/ml(IUは、最適な条件における1マイクロモル/分の産物形成と定義される)。例示的なアッセイ条件は、実施例1〜8に与えられる。
【0032】
標的化されたキナーゼに依存して反応条件を変動させ得る;例示的なキナーゼの活性を支持するインビトロでの条件は、以下に例示されるかおよび/または当該分野で他に公知である。例えば、反応は一般に、有効量のヌクレオシド三リン酸(例えば、ATP)の存在を通常、約0.1mM〜約20mMの範囲の濃度で必要とする。緩衝液(例えば、HEPESまたはTris)は一般に、約5〜約9の範囲のpHで、約1mM〜約50mMの範囲の濃度である。個々の酵素は一般に、約1pg/μl〜5ng/μlの範囲の量で存在する。頻繁に、カチオン(例えば、Mg、MnおよびCa)が、一般に約0.1mM〜約5mMの濃度で用いられる。他の添加物は、約0.1mM〜約2mMの範囲の濃度でDTTを含み得る。いくつかの例では、オルト−バナジン酸ナトリウム(sodium ortho−vanadate)は、夾雑するホスファターゼを阻害する、約0.5mM〜2mMの範囲の濃度で用いられ得る。また、不活性なタンパク質(例えば、オボアルブミン、血清アルブミンなど)は、低濃度アッセイ成分の非特異的結合および不活性化を妨害する、特に、表面への酵素結合を妨害する、一般に、約0.1mg/ml〜約5mg/mlの範囲の濃度で含まれ得る。多くの哺乳動物キナーゼについて、反応は、室温または高温で、通常、20℃〜40℃の範囲で、便利には室温(約25℃)で実施される。高処理能力適用について、反応時間は最少にされ、そして通常0.01時間〜4時間であり、より通常は約0.1時間〜1時間である。
【0033】
一般に、コントロール測定が実施され、ここで、単一の酵素の速度が、特異的基質を用いて決定され、ならびにそれぞれの基質の存在下または非存在下での他の酵素についての基質の組合せを用いてこの酵素の反応が決定される。
【0034】
候補化合物活性の評価を実施する際に、候補化合物は所望の濃度で添加されるか、または複数のアッセイが、1桁〜5桁の大きさの範囲にわたる異なる濃度で候補化合物を用いて実施され得る。目的の活性範囲に依存して、この候補の濃度は、候補の予想される活性、媒体中の酵素数、候補が調査される指標の性質などに依存して約0.1pM〜約1mMの範囲であり得る。特に興味深いのは、天然に存在するかまたは合成物かのいずれかの、生物学的活性について調査される、通常5kDa未満の、候補化合物(例えば、薬物)である。
【0035】
反応混合物中の全ての成分を合わせた後、代表的に、酵素および候補化合物を最初に添加し、続いて基質を同時に添加して、反応を進行させる。1以上のアリコートを採取して、基質の各々について反応の時間経過を入手し得る。各アリコートについて、反応は、インヒビターを添加することによってクエンチングされ得、(例えば、加熱すること、酵素からの基質の分離の開始による)変性プロセスによって、または他の便利な手段によって停止され得る。
【0036】
以下の実施例1〜8は、複数の酵素が単一反応混合物においてアッセイされる、アッセイ方法の種々の実施形態を例示する。図1Aおよび図1Bは、分離および検出反応を実施する際に用いられる2つの型の電気泳動デバイスにおけるチャネルネットワークを示す。手短には、図1A中の20で示されるネットワークは、2つの側方チャネルが交差した分離チャネルを含み、この2つの側方チャネルは、分離チャネルを下流の分離領域24、中間サンプル容量領域26および上流のチャネル領域28へと分ける。サンプルはこのネットワーク中のレザバ30中に含まれ、そして領域26へとローディングされる。サンプルローディングの後、電圧が分離チャネルの端にまたがってかけられ、反応の基質成分および産物成分の電気泳動移動が引き起こされて、分離領域24中に含まれる分離媒体中へ、そして分離媒体を通って移動する。この領域の下流端に隣接して配置された検出器(示さず)(例えば、標準的な共焦点蛍光検出器)を用いて、検出領域を通したサンプルの基質および産物のバンドの移動が慣用的に検出される。分離された産物および基質のバンドのシグナル強度は、例えば、ピーク高さまたはピーク面積によって測定されることに従って決定され得る。例示的な実施条件の詳細を、以下の実施例に示す。
【0037】
図1Bは、2つの側方チャネルが交差した分離チャネルを備える、ミクロな流体(microfluidics)チャネルネットワーク33を示し、この側方チャネルは、分離チャネルを下流の分離領域34、中間サンプル容量領域36および上流のチャネル領域38へと分ける。ネットワーク中のレザバ40に含まれるサンプルは、サンプルをレザバからレザバ42へと引き出すことによって、領域36中にローディングされる。サンプルローディング後、サンプルの基質成分および産物成分は、上記の通りに分離され、そして検出される。
【0038】
実施例1は、4つの異なるキナーゼ酵素についての単一混合物の多重化反応を記載し、反応混合物には、1セットの異なる酵素基質を含む。酵素反応性を確認するために、アッセイにおいて1つのみの酵素およびその基質を用いることによって、多重化アッセイについてと同じプロトコルに従って4つの酵素の各々について個々の酵素アッセイをまた行った。ピーク同定を図2Aに示す。
【0039】
多重化アッセイの特異性を実証するために、アッセイ容量を一定に維持し、そして1つのみの酵素を他の3つの酵素についての基質と共に添加した(すなわち、このアッセイ混合物中の酵素についての基質は存在しない)こと以外は多重化アッセイについてと同じプロトコルを続けた。図2Bにおいて見られ得るように、この実験において用いた4つの酵素および他の酵素の基質の各々の間で交差反応性は存在しない。
【0040】
実施例2は、3つの酵素(Srcキナーゼ、レセプターIIキナーゼおよびPKAキナーゼ)を含む類似の方法を記載する。この実験の目的は、この実施例において詳述するように、酵素反応について釣り合いがとれた量の産物を有するために、実験条件を最適化した後の多重化アッセイ性能を実証することであった。この結果を図3Aに示す。特異性もまた、これらの3つの酵素について研究され、実施例1においてと同様に、1つの酵素を、1つのチューブにおいて他の2つの酵素についての基質と共にインキュベートした。この結果を図3Bに示す。
【0041】
実施例3では、この方法を用いて、それぞれ、以下の3つのクラスのキナーゼがアッセイされる:チロシンをリン酸化するキナーゼ、セリンをリン酸化するキナーゼおよびトレオニンをリン酸化するキナーゼ。基質および反応条件を実施例2に示す。図4に示す結果は再度、単一の反応混合物中の各基質および対応する産物について位置およびシグナル強度を検出する能力を実証する。
【0042】
単一酵素反応においてと同様に複数酵素アッセイにおいて類似の酵素反応速度が観察されることを実証するために、Srcキナーゼ単独または多重化反応物中のSrcキナーゼによって生成された反応産物(図5A)、ならびにPKA単独および多重化反応物中のPKAによって生成された反応産物(図5B)についての時間経過を実施した。この2つの図において産物対時間プロットから見られるように、実質的に同じ反応速度が、単一酵素および複数酵素反応混合物の両方において観察された。
【0043】
実施例5において報告された研究は、複数アッセイ形式中の酵素が、酵素インヒビターに対して、単一酵素と実質的に同じ反応を示すことを示すために設計された。用いられた酵素はSrcキナーゼであり、そして既知のインヒビターであった。この酵素は、単一酵素形式(図6A)または複数酵素形式(図6B)のいずれにおいても存在した。これらの図から見られるように、複数酵素混合物中のさらなるキナーゼ酵素の存在は、いずれのキナーゼの阻害測定値にも影響を与えない。特に、IC50値は、多重化アッセイ形式および個々のアッセイ形式について同等である。同様の結果もまた、PKAキナーゼについて得られた。
【0044】
実施例6において記載されるアッセイ方法は、多重化アッセイが、異なるクラスの酵素に適用可能であることを実証し、ここで、合理的な酵素代謝回転速度を得るために共通の条件が用いられ得る。この実施例では、アッセイにおける2つの酵素はホスホリパーゼおよびPKAであり、実施例6において詳述した条件下でアッセイされる。図7において見られるように、この多重化アッセイは、個々のホスホリパーゼおよびPKAアッセイと実質的に同じアッセイ結果を与える。
【0045】
実施例7に記載される多重化アッセイ方法は、インスリンレセプター経路におけるいくつかの重要な酵素(すなわち、インスリンレセプターキナーゼ、ErkキナーゼおよびS6キナーゼ)を含み、このアッセイ方法の使用によって、例えば、共役した機能を有する、単一の経路中のいくつかの細胞性酵素の活性が検出されることを実証する。図8は、3つの酵素の活性が多重化アッセイにおいて同時にモニタリングされ得ることを示す。
【0046】
キナーゼS6、キナーゼP38およびキナーゼAb1を用いて細胞のシグナル伝達経路における複数の酵素の活性を同時にアッセイするための同様のアッセイを実施例8に示し、結果を図9Aに示す。特異性を調べるために、アッセイ条件は、1つのみのキナーゼおよび他の2つのキナーゼについての基質をこのアッセイにおいて用いて交差反応性をチェックしたこと以外は同じであった。図9Bに示すように、1%未満の交差反応性が、キナーゼと他のキナーゼについての基質との間に観察された。それゆえ、これらの基質は、この実験においてそれらのそれぞれのキナーゼについて特異的である。
【0047】
多重化酵素アッセイが実施され得、ここで、個々の酵素の活性が、存在する他の酵素とは独立して決定され得るだけでなく、因子もまた添加され得、そしてこれらの酵素の各々に対するこの因子の影響もまた決定され得ることが上記の結果から明らかである。移動度が酵素反応後にシフトする基質を用い、そして例えば、キャピラリー電気泳動を用いて分離され得る基質を選択することによって、あるクラスの酵素のメンバーの酵素活性に対する因子の影響が迅速に決定され得る。このようにして、候補薬物は、活性、特異性、交差反応性および潜在的副作用について、単一の容器において、および1回の分離において、迅速にスクリーニングされ得る。
【0048】
(B.複数反応形式)
本発明のこの一般的実施形態では、個々の酵素アッセイ反応は、別々の反応混合物において実施される。酵素アッセイ後、この混合物(または反応の基質および産物を含むその画分)は合わされ、そして単一の反応媒体中で、例えば、CEによって分離される。各個々の反応混合物は、1以上の酵素および1以上の基質を含み得る。この最も単純な形態において、アッセイされるべき単一の酵素およびその酵素についての単一の基質が、各反応混合物中に予めセットされる。
【0049】
反応において用いられる基質のセットは、単一の反応多重化アッセイにおいて必要される特性と同じ一般的特性を有する。すなわち、各基質および対応する産物は独特の分離特徴を有し、これらが互いに分離されるのを可能にする。同様に、産物の全ては独特の分離特徴を有し、これらが互いに、そして他の全ての基質から分離されるのを可能にする。上記に示したように、セット中の基質は、異なる反応混合物中に分布し得、1混合物あたり1つまたは1混合物あたり2以上であり得る。
【0050】
1つの例示的な適用において、このアッセイ方法は、リガンド−レセプター相互作用を妨害することによって酵素活性を妨害または活性化し得る化合物をスクリーニングしそして評価することを目的として、リガンド活性化レセプターまたはリガンド阻害レセプターに適用され得る。レセプターは、薬物スクリーニングについての重要なクラスの標的を表す。なぜなら、これらは、細胞の増殖および代謝に関与するからである。特に重要なもののうち、多くのレセプターは、腫瘍形成プロセスに関与する。多くのレセプター(例えば、インスリンレセプター、インスリン様増殖因子レセプター、上皮増殖因子および血小板由来増殖因子)は、酵素ドメインを有する(White)。いくつかのレセプターは、レセプターをアッセイするために酵素にカップリングされ得る(Bunemann)。リガンドがレセプターの特異的部位に結合する場合、これは代表的に、レセプターの酵素ドメインを活性化する。多くの場合、この酵素はプロテインキナーゼであり、これは、合成ペプチドのリン酸化速度の決定によって測定され得る。
【0051】
本発明のこの実施形態において標的化されるレセプターは、酵素ドメインを有するかまたはアッセイのために酵素へとカップリングされ得るかのいずれかであるので、このアッセイ方法は、リガンド−レセプター結合での競合についてライブラリーの化合物をスクリーニングするために適用可能であり、そして酵素ドメインの阻害を導く。この方法を例示するために、図10は、上皮増殖因子レセプター(EGFR)の固有の活性レベルおよびリガンド活性の活性レベルを示す。見られるように、このレセプター酵素は、固有の酵素活性(低いリガンド/レセプター濃度)を有し、これは、リガンドによって増強されるレセプター酵素活性よりもずっと低い。第1に、化合物がこのレセプターに対する結合についてこのリガンドと競合する場合、レセプター酵素活性は、第2段階と第1段階との間であり、この化合物は、完全な競合を示さないとみなされる。第2のシナリオでは、この化合物が強力な競合物であり、そして非常に高い濃度になる場合、結合の平衡は化合物レセプターへと傾き、そしてこのレセプター酵素は、固有の酵素活性を示すのみである。第3の状況では、ライブラリーの化合物がこの酵素ドメインに対するインヒビターである場合、このレセプター酵素活性は、0と段階2との間である。強力なインヒビターは、全体としてこの酵素を打ち消す。上記の考察に基づいて、ライブラリーの化合物をリガンド結合競合および酵素阻害についてスクリーニングすることが可能である。レセプターの酵素活性を変化させる機構を解明するために、高濃度のこの化合物が用いられ得る。この酵素活性がその固有の活性よりも低くは決して低下しない場合、この化合物はおそらく、このリガンドに対する競合物である。一方、過剰量のライブラリー化合物を添加した後のこの酵素活性が固有の活性よりも低く、または0まで低下した場合、この化合物は、酵素ドメインに対するインヒビターの可能性が最も高い。しかし、こうすることは必要でないかもしれない。なぜなら、リガンドと競合するかまたは酵素ドメインを阻害するかのいずれかの化合物を見出す目的は、細胞の増殖または代謝(例えば、癌遺伝子プロセス)に関与する有害なシグナル伝達を停止させるからである。
【0052】
リガンド/レセプター結合を阻害し得る化合物についてスクリーニングする際に、上記のように、スクリーニングしなければならない、2つ、そして時々は3つの変動要因が存在する。第1の変動要因は、試験化合物自体、例えば、リガンド/レセプター相互作用の潜在的インヒビターのライブラリーから誘導された非常に多数の試験化合物である。本発明の方法において、非常に多数の試験化合物は、別々のアッセイ混合物においてスクリーニングされ得、アッセイ混合物の各々は、この酵素および最適な濃度のリガンドを含み、ここで、各反応混合物は、以下の第D節において詳述するように、同じ基質部分を有するが異なる分離特徴を有する基質のセットからの基質を含む。
【0053】
次いで、反応混合物または産物および基質を含むその一部は合わされ、単一の分離媒体において分離され、そして分離特徴(例えば、電気泳動移動度)に関して分析されて、各産物および基質が同定される。産物レベルにおいて測定可能な変化を生じる試験化合物は、リガンド/レセプター相互作用を妨害し得る薬物についての潜在的候補として同定される。
【0054】
第2の変動要因は、レセプターリガンドの濃度に対する、試験化合物濃度である。上記のように、いくつかの異なるリガンド/試験化合物比で酵素活性レベルを調べて、この化合物がリガンド−レセプター結合の競合インヒビターであるかまたは酵素活性を単純に阻害するかを決定し、そして試験化合物が有効であり得る濃度を決定することが必要であり得る。これは、本発明に従って、複数の別々の反応を実施することによって行われ得、各々の反応は、目的の酵素、最適な濃度のリガンド、複数の異なる試験化合物濃度の各々、および基質セット中の複数の別々の基質の各々を含む。
【0055】
次いで、この反応混合物は合わされ、そして上記の通りに処理されて、各産物および基質が同定される。この情報、ならびにこのセット中の各基質についての産物および基質の相対レベルから、濃度活性曲線は、単一の多重化アッセイ結果から構築され得る。
【0056】
第3の変動要因は、標的細胞上または標的細胞中の他の酵素(例えば、他のレセプターキナーゼ)に対するこの試験化合物の影響である。上記の第A節から認識され得るように、この相の化合物試験は、複数酵素形式において効率的に行われ得、この形式において、酵素−リガンド相互作用に対する化合物の影響は、複数の他の酵素(関連したリガンドを含む)の存在下でアッセイされ得る。
【0057】
以下の実施例9〜12は、単一アッセイ形式について上記で考察した一般的原理を実証する。実施例9における研究は、2つの異なる基質を用いて、EGF/EGFR対について最適なリガンド/レセプター比を決定するために設計される(図11Aおよび図11B)。図11Aおよび図11Bから測定されたキナーゼ活性は、両方の基質についてEGF/EGFR比の関数としてプロットされた。図12Aにおけるプロットは、この酵素が、基質1に対して作用する場合に、最適なEGF/EGFR比を用いて、キナーゼにおける6.3倍の増強を示す。最大レベルの増強は、図12Bにおいて見られるように、基質2を用いて約11倍であった。
【0058】
本発明に従って、多重化形式においてどのようにして同じ情報が入手され得るかが認識され得る。ここで、各異なる反応混合物は、選択されたEGF/EGFR比のうちの1つおよび基質セット由来の基質のうちの1つを含む。次いで、個々の反応混合物が合わされ、産物および基質は単一の分離媒体中で分離され、そして基質および産物の相対レベルが各反応について測定される。このことから、図12Aおよび図12Bに示す用量応答曲線のような用量応答曲線が構築される。
【0059】
実施例10は、キナーゼレセプター酵素のリガンド活性化を妨害し得る競合についてスクリーニングする(アンタゴニストについてスクリーニングする)アッセイの使用を実証する。この実施例において、2つのEGFRフラグメントは、結合部位を飽和し、そしてEGFが添加された場合にEGFの結合をブロックし、続いてキナーゼ活性の増大をブロックする能力について研究された。実施例10における表1から見られるように、高濃度のフラグメントは、EGFRの増強された活性を抑制し得たが、基底酵素レベル(リガンドの非存在下における活性)を抑制し得なかった。
【0060】
多重化形式におけるこの研究を実施するために、固定した比でのこの酵素およびリガンドは、複数の異なる濃度の各々の選択された試験インヒビターおよび基質セット由来の基質の1つと混合される。各分離反応を実施した後、この反応混合物は合わされ、そして上記の通りに単一分離媒体において分析され、化合物の阻害活性についての用量応答曲線が得られる。
【0061】
別の例として、レセプターII(インスリン関連レセプター)は、インスリン様増殖因子(IGF)に関連して研究された。レセプターIIキナーゼ活性において顕著な増強(>4倍)が観察された。試験された他のリガンドとしては、インスリン、インスリンα鎖およびインスリンβ鎖が挙げられる。インスリンおよびインスリンβ鎖は両方とも、高濃度を用いた場合、20倍という高さでこのレセプターキナーゼ活性を刺激した(実施例11中の表2)。このレセプターについての1つのインスリンβ鎖の用量応答研究を図13に示す。いくつかのリガンドによるこのレセプターキナーゼ活性についての増強の顕著な相違(IGFについて4倍、インスリンおよびインスリンβ鎖について>20倍、インスリンα鎖についてほんの約3倍)に基づいて、インスリンβ鎖は、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによってレセプター−リガンド結合アッセイを実証するために選択された。
【0062】
レセプターIIレセプターについての、インスリンβ鎖と上皮増殖因子(EGF)との間の競合を実施して、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによって、活性化リガンドと推定競合物との間の競合において使用するためのアッセイ方法が実証された。図14Aは、高濃度の活性化リガンドで、非活性化リガンドによるリガンド誘導性レセプターIIキナーゼ活性化の阻害を示す。図14Bに示すように、3μMという、より低いインスリンβ鎖濃度を用いた場合、EGFについてほぼ完全な競合を示すこともまた可能である。
【0063】
上記のリガンド阻害アッセイが、本発明に従って多重化アッセイにおいてどのようにして実施されるかが上記から認識される。各反応混合物は、この酵素、最適に活性化する(または阻害する)量のリガンド、複数の異なる濃度の各々の試験化合物、および基質セットからの選択された基質を含む。各個々の酵素反応を実施した後に、アッセイ混合物が合わされ、そしてこの基質および産物が上記の通りに分離され、そして定量される。この情報から、この酵素に対するその競合結合における、この試験化合物の用量応答曲線が構築される。
【0064】
(C.分離および検出)
アッセイ反応由来の産物、そして好ましくは関連の基質は、単一の分離媒体または形式で分離される。このことは、反応物由来の合わせた産物(そして好ましくは、基質の全て)を含むサンプル混合物が、単一の分離媒体(例えば、電気泳動分離媒体、クロマトグラフィー媒体または質量分析法媒体に適用され、そしてサンプル産物/基質成分の全てがその媒体で分離されることを意味する。
【0065】
好ましい分離媒体は電気泳動媒体であり、そして適切な分離デバイスは、周知の方法に従って分離チャネルを横切って荷電成分を分離するための上記の型のミクロ流体デバイスである。図のいくつかにおいて例示したように、複数のプローブおよび基質の電気泳動分離およびバンドの分解能は、この方法によって容易に達成される。
【0066】
便利には、アリコート(一般に、約5μl以下)は、統合型システムへの電気泳動注入もしくは圧気注入を介して、またはシリンジ、キャピラリーなどのいずれかによって直接、ミクロ流体デバイスまたはキャピラリー電気泳動デバイスのサンプルレザバへと移される。ミクロ流体デバイスは、国内および外国の多数の特許および公開特許出願に記載される。例えば、米国特許第5,750,015号;同第5,900,130号;同第6,007,690号;ならびにWO 98/45693;WO 99/19717およびWO 99/15876を参照のこと。
【0067】
図1Aおよび図1Bは、上記の通り、CE分離および蛍光検出における使用のために適切な2つの型のミクロ流体デバイスを例示する。分離が実施される条件は、従来の条件であり、そして産物の性質に伴って変動する。電気泳動の条件下で同様の移動度を有する産物については、より長い時間が必要とされる。条件は、キャピラリー電気泳動について従来の電圧を用いて、オリゴペプチドまたは他の基質に適用可能である。
【0068】
各産物および基質を同定するために、各基質およびその対応するレポーターは、その産物/基質に独特である検出可能なレポーターを有さなければならないか、またはより通常は、選択された分離条件下での各産物および基質の相対的分離特徴を知っているかのいずれかである。例えば、サンプルがCZEによって分離される場合、各産物および基質は、他の産物および基質に対する、または検出可能な内部標準に対する、その既知の移動位置または相対的移動位置から同定され得る。これは、上記のいくつかの特徴において例示され、ここで、産物および基質の特定のバンドは、電気泳動ゲルに単一の産物/基質対として適用された場合に、それらの既知の移動挙動に従って同定される。
【0069】
分離後、成分は検出され、最初に上記の通りに分離特徴が決定され、そして二番目に、サンプル中の基質および各異なる基質についての産物の相対量の尺度としてシグナル強度(例えば、ピーク高さまたはピーク面積)が測定される。所定の基質およびその産物が両方とも同じ検出特徴(例えば、蛍光吸光度および発光スペクトル)を有すると仮定して、その基質および産物の相対量は、他の基質−産物対が異なる検出特徴を有したとしても、それらの相対ピーク高さまたはピーク面積から決定され得る。産物シグナル単独が測定される場合、種々の産物の相対検出特徴を知って、それらの異なる測定レベルを比較するための標準を有することが必要である。
【0070】
産物および基質のシグナルを測定するための方法は周知である。1つの好ましい方法では、この産物および基質は、蛍光標識される。標準的な蛍光発光源は、分離媒体の下流部分における検出域へと向けられ、そしてこの域の蛍光発光は、標準的な光検出器によって測定される。記録されるシグナルの高さまたは面積は、サンプル中の産物および基質の濃度の尺度を提供する。
【0071】
上記の検出情報を用いて、検出された各産物または基質−産物対を基質セット中の特定の基質へと割当て、そして多重酵素アッセイにおける各異なる酵素または多重反応アッセイにおける各異なる反応に対応する、各基質についての基質から産物への変換のレベルを比較することが現在可能である。
【0072】
(D.基質セット)
本発明によって提供される基質セットは、複数の酵素基質を含み、酵素基質の各々は、以下を有する:(i)そのアッセイにおいて酵素がその基質と反応して、その基質を対応する産物へと変換する、酵素基質部分、(ii)そのセット中の各基質およびその対応する産物に、そのセット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特の分離特徴を付与する、移動度モディファイヤー、ならびに(iii)このセット中の上記基質および産物からのシグナルの検出を可能にする、レポーター部分。
【0073】
レポーター部分は、分離媒体における分離後に、産物および基質が(好ましくは、定量的に)検出されるのを可能にする、任意の部分である。分光光度的検出について、発蛍光団または色素が用いられ得る。放射標識レポーターは、別のクラスの適切なレポーターである。あるいは、このレポーターは、例えば、共有に係る米国特許出願第60/293,821号(2001年5月26日出願)に記載されるような、適切な反応成分の存在下で検出可能な反応を触媒するに有効である、触媒部分であり得る。
【0074】
多数の異なる蛍光剤は、上記で言及した論文;すなわち、Stryer,Science 162,526(1968)およびBrandら,Ann.Rev.Biochem.41,843(1972)に記載される。1つの蛍光剤群は、キサンテン色素であり、これには、3,6−ジヒドロキシ−9−フェニルキサントヒドロール(3,6−dihydroxy−9−phenylxanthhydrol)から誘導されたフルオレセイン、ならびに3,6−ジアミノ−9−フェニルキサントヒドロールから誘導されたロサミン(rosamine)およびローダミンが含まれる。ローダミンおよびフルオレセインは、9−o−カルボキシフェニル基を有し、そして9−o−カルボキシフェニルキサントヒドロールの誘導体である。これらの化合物は、フェニル基に置換基を伴って市販され、フェニル基は、結合のための部位として、または結合官能基として、用いられ得る。例えば、アミノおよびイソチオシアネート置換フルオレセイン化合物が入手可能である。
【0075】
別の群の蛍光化合物は、ナフチルアミンであり、α位またはβ位(通常、α位)にアミノ基を有する。ナフチルアミノ化合物の中に含まれるのは、1−ジメチルアミノナフチル−5−スルホネート、1−アニリノ−8−ナフタレンスルホネートおよび2−p−トルイジニル−6−ナフタレンスルホネートである。いくつかのナフタレン化合物は、タンパク質に対する非特異的結合を有することが見出されており、それゆえ、これらの使用は、タンパク質の量が最少にされるアッセイ媒体を用いることを必要とする。他の蛍光剤は、窒素含有大環状分子を含む多座配位子リガンドであり、この大環状分子は、π電子を有する共役環構造を有する。これらの大環状分子は、架橋している炭素または窒素での置換を含め、必要に応じて置換され得る。適切な大環状分子としては、極めて非局在している電子を含む、ポルフィリン、アザポルフィリン、コリン、サフィリン(sapphyrin)およびポルフィセン(porphycene)ならびに他の同様の大環状分子の誘導体が挙げられる。アザポルフィリン誘導体としては、フタロシアン、ベンゾトリアザポルフィリンおよびナフタロシアンならびにそれらの誘導体が挙げられる。
【0076】
いくつかの例では、ポリペプチド基質へと融合されたグリーン蛍光タンパク質または他の蛍光タンパク質を用いる、蛍光融合タンパク質が用いられ得る。
【0077】
電気化学発光(ECL)を含め、電気化学的標識について、ECL部分は、本発明に従った電気化学的刺激の結果として、電磁放射(例えば、可視光)を放出する有機金属化合物を包含する。例は、4,4’,5’,5テトラメチルビピリジンRe(I)(4−エチルピリジン)(CO3.+CF3SO3 −;およびPt(2−(2−チエニル)ピリジン)2である。
【0078】
基質における移動度モディファイヤーは、互いに関して、ならびにそのセット中の全ての他の基質および対応する産物に関して独特の分離特徴をその基質およびその対応する産物に付与するように選択される。分離特徴が電気泳動移動度である場合、移動度モディファイヤーは好ましくは、独特の電荷/質量比および/または形状を各基質および産物に付与するように選択される。分離特徴がクロマトグラフィー分離である場合、この異なる移動度モディファイヤーは、異なる疎水性、電荷、分子量、および/またはサイズを有する。質量分析法による分析については、この異なる移動度モディファイヤーは、異なる質量を有する。
【0079】
1つの一般的実施形態では、この移動度モディファイヤーは、この基質には関連せず、そしてこの基質に対して共有結合する。異なる電気泳動分離特徴を付与するために適切なこの型のモディファイヤーは、共有に係るPCT特許出願WO 00/66607(2000年11月9日公開、そして本明細書中に参考として援用される)に詳述されている。このようなモディファイヤーは代表的に、独特の電荷/質量比を各異なるモディファイヤーに付与する反復サブユニット基を有する。
【0080】
基質部分が生体高分子(例えば、オリゴペプチド)である場合、この部分自体を変動させて、分離特徴における相違を提供し得る、すなわち、移動度モディファイヤーとして作用し得る。例えば、酵素との基質相互作用に関連しない、オリゴペプチド中のアミノ酸を置換して、このオリゴペプチドの分子量もしくはサイズを増大もしくは低減し得るか、またはこのオリゴペプチドの電荷を変動させ得る。この型の基質を構築する際に、酵素特異性に必要なアミノ酸を最初に同定し、次いで電気泳動移動度を変更するように設計されたアミノ酸の置換、欠失または付加を行う。新たな基質を構築した後、この基質は、基質反応速度が変化していないことを確認するために試験されなければならないか、または変化していた場合、反応速度が既知の基質に対して標準化されなければならない。基質の改変および別々の移動度モディファイヤーの組合せもまた用いられ得る。
【0081】
最後に、分離特徴における変化は、検出基の質量、電荷および/またはサイズにおける変化によって達成され得る。異なる数の荷電塩基性基もしくは荷電酸性基、または異なる分子量を有する蛍光基は公知である。
【0082】
以下の実施例は、本発明に従う種々の組み合わせた酵素アッセイ形式および単一酵素アッセイ形式を例示する。実施例は、本発明を例示するが、本発明の範囲を限定することを決して意図しない。
【0083】
(実施例1〜8についての実験)
用いた機器は、Ar+レーザー光学システムを備えた共焦点顕微鏡システムを備えていた。4つの独立して制御される電圧を有する電源を用いて、分離プロセスを制御した。2種類のLabCardTMミクロ流体デバイスを、多重化アッセイ混合物の分離について棒状の図に以下に示すように用いた(図1)。チャネルの寸法は、深さ35μm×幅80μmであり、種々の長さを有していた。このレザバは、直径が2.5mmであった。
【0084】
全ての試薬およびアッセイ緩衝液を以下に列挙する:
・酵素および基質:
−Src−キナーゼ(Tyr):最適な基質:FITC1−AEEEIYGEFEAKKKK;
−CDC−2基質:FITC−LCKVEKIGEGTTGVYK;
−カゼインキナーゼ(Ser):FITC−RRRDDDSDDDK;
−MAP−キナーゼ(Thr):FITC−PKTP;
−PKA−キナーゼ(Ser/Thr):FITC−GRTGRRNSI;
−レセプターII−キナーゼ(Tyr):FITC−KKKSPGEYVNIEFG。
1フルオレセインイソチオシアネートを、フルオレセインを末端アミノ基に結合させるために用いた。
【0085】
この基質ストック溶液を、D.I.H2O中に1mMで調製した。各アッセイにおける基質濃度を、アッセイプロトコルに記載する。レセプターII−キナーゼが好意による贈与物であったこと以外は、全ての酵素を、Upstate Biotechnologyから購入した。
・反応緩衝液およびストック溶液:
1.2mg/mLオボアルブミンを含む、100mM HEPES(pH 7.4)、
2.50mM HEPES(pH7.4)、
3.50mM HEPES中の10μMフルオレセイン、
4.50mM HEPES中の100μMフルオレセイン、
5.50mM HEPES中の50mM DTT、
6.50mM HEPES中の50mM Na3VO4、
7.50mM HEPES中の10mM MgCl2+5mM MnCl2、
8.50mM HEPES中の100mM Mg−ATP。
上記の溶液を調製するための全ての化学物質を、Sigma Chemicalsから購入した。
【0086】
実施例1〜9における多重化アッセイを、1つのチューブ中でいくつか(代表的に2〜4)の酵素を用いて実施した。アッセイ混合物は、50mM HEPES(pH7.4)ならびに1mM DTT、1mM Na3VO4、1mM Mg−ATP、4mM MgCl2、2mM MnCl2およびアッセイにおいて用いられる各酵素について各50μMのペプチド基質を含む。種々の量の酵素を、実施例において記載されるとおり、異なる実験のために用いた。
【0087】
2種類のLabCardミクロ流体デバイスを、基質および産物の電気泳動分離のために用いた。これらを、上記の通りに、図1Aおよび図1Bに示す。チャネル寸法は、深さ35μm×幅80μmであり、種々の長さを有した。レザバは、直径が2.5mmであった。4つの独立して制御される電圧を有する電源(powerful supply)を用いて、分離プロセスを制御した。検出のために用いた機器は、Ar+レーザー光学システムを備えた共焦点顕微鏡システムであった。全ての試薬およびアッセイ緩衝液を以下に列挙する:
(実施例1:4つのキナーゼを用いた多重化酵素アッセイおよびアッセイ特異性(図2))
アッセイプロトコルは一般的プロトコルに記載したのと同じである。本実験において用いた酵素は、各々3μLのカゼインキナーゼ、src−キナーゼ、レセプターII−キナーゼおよびPKAキナーゼであった。src−キナーゼについての基質はcdc−2であり、そして他のキナーゼについての基質は、対応するキナーゼについて上記に列挙した通りであった。総アッセイ容量は60μLであり、そして室温で45分間インキュベートされる。反応を停止させるために、10μLの100mM EDTAをアッセイ混合物に添加した。分析を実施する前に、70μLのD.I.H2Oを、分析物および塩の希釈のためにアッセイ溶液に添加した。酵素反応性を確認するために、個々の酵素アッセイをまた、アッセイにおいて1つのみの酵素およびその基質を用いることによって、多重化アッセイについてと同じプロトコルに従って4つの酵素の各々について実施した。ピーク同定を図2aに示す。
【0088】
多重化アッセイの特異性を実証するために、アッセイ容量を60μLに維持し、そして1つのみの酵素を他の3つの酵素についての基質と一緒に添加した(すなわち、このアッセイ混合物中にこの酵素についての基質は存在しない)こと以外は、多重化アッセイについてと同じプロトコルを続けた。図2bにおいて見られ得るように、本実験で用いた4つの酵素および他の酵素の基質の各々の間で交差反応性は存在しない。
【0089】
アッセイ産物の分離を、以下の注入条件および分離条件を用いて、改変LabCardミクロ流体デバイスで実施した(サンプルは常にウェル4に存在する):
注入:ウェル2に450V、そして他の3つの電極について30秒間アースした。
分離:ウェル1で0V;ウェル2および4で400V;ウェル3で700V。
検出スポット:5mm。
Ex./Em.:488nm/520nm。
分離媒体:25mM HEPES+1% PEO、pH7.4。
【0090】
(実施例2:3つのキナーゼを用いた多重化酵素アッセイおよびそれらの特異性(図3))
アッセイプロトコルは、実施例1においてと同じである。用いた3つの酵素は、Src−キナーゼ、レセプターII−キナーゼおよびPKAキナーゼである。本実験の目的は、酵素反応について釣り合いのとれた量の産物が得られるように、実験条件を最適化した後の多重化アッセイの性能を示すことである。src−キナーゼについて、最適なペプチドは、迅速な反応のために用いられる。本実験において用いられる酵素量は、1μLのsrc−キナーゼならびに各々5μLのPKAキナーゼおよびレセプターIIキナーゼであった。このアッセイを、60分間インキュベートし、その後、10μLの100mM EDTAを添加することによって反応を停止した。改変したLabCardミクロ流体デバイスでの分析前に、アッセイサンプルを、70μLのD.I.H2Oで希釈した。特異性をまた、これらの3つの酵素について研究し、1つの酵素を、1つのチューブにおいて他の2つの酵素についての基質とともにインキュベートした。同じ手順および前処理を用いて反応を停止させ、そしてアッセイサンプルを希釈した。分析条件は、実施例1について用いたのと同じである。
【0091】
(実施例3:3つのクラスのキナーゼを用いた多重化酵素アッセイ(図4))
アッセイプロトコルは、実施例1において用いたのと同じである。多重化アッセイは、3つのクラスのキナーゼについてであり、これらのキナーゼは、それぞれ、チロシン、セリンおよびトレオニンをリン酸化する。このアッセイを、各々5μLのPKAキナーゼおよびレセプターIIキナーゼ、ならびに3μLのMAP(Erk−2)キナーゼとともに1時間にわたってインキュベートした。実施例1と同じ手順を用いて反応を停止させ、そして分析のためにアッセイサンプルを希釈した。標準どおりのLabCardミクロ流体デバイスを、分析を実施するために用いた。注入を、ウェル番号2に800Vを60秒間印加し、一方他の3つのウェルはアースすることによって行った。サンプルは、ウェル番号4中にある。分離条件は、ウェル番号1について0Vであり、ウェル番号2および4について800Vであり、そしてウェル番号3について1500Vである。分離距離は3cmである。類似の移動度を有する成分を分離するために、比較的長い分離距離が必要とされた。
【0092】
(実施例4:時間経過研究(図5))
酵素量および2μMフルオレセインを内部標準として用いたこと以外は、実施例1について用いたのと同じプロトコルを本実験のために用いた。Src−キナーゼおよびPKAキナーゼを、時間経過研究のために用いた。1mg/mLオボアルブミンを用いてHEPES中に新たに事前希釈したsrc−キナーゼ(5×)およびPKAキナーゼ(4×)を用いて、最終量のsrc−キナーゼを0.4μLの商業的src−キナーゼに等価であるように、そして最終量のPKAキナーゼを0.5μLの商業的PKAキナーゼに等価であるように調整した。これらの酵素をアッセイチューブに添加した後、反応を反復CE分析によってモニタリングした。両方の酵素を用いるアッセイまたは1つのみの酵素を用いる2つの別々のアッセイのいずれについても、酵素の存在または非存在以外は等しい条件を用いた。しかし、これは、反応容量における何の顕著な相違も引き起こさなかった。なぜなら、酵素の容量は、総アッセイ容量の1%未満であるからである。多重化アッセイについて、両方の酵素についての基質が存在した。特定の基質のみが、個々のアッセイについて存在した。改変されたLabCardミクロ流体デバイスを、実施例1においてと同じ条件で分析のために用いた。内部標準(フルオレセイン)に対して正規化した産物ピーク面積を用いて、反応程度をモニタリングした。図5に示すように、src−キナーゼおよびPKAキナーゼは両方とも、多重化アッセイまたは個々のアッセイのいずれにおいても、約1時間にわたって非常に良好な線形性を示した。また、両方の酵素は、多重化アッセイ対個々のアッセイにおいてほぼ同じ反応性を示した。このことは、この2つの酵素が、個々のアッセイにおける速度と等しい速度で多重化アッセイにおいて独立して作動することを示す。
【0093】
(実施例5:阻害研究(図6))
本実験は、多重化アッセイ形式および個々のアッセイ形式の両方において測定されたIC50または阻害が、類似の結果を示すことを実証する。アッセイ条件は、酵素の数および内部標準としての1μMフルオレセインの使用以外は、実施例1において用いたのと同じであった。寛大な贈与物として提供された既知のキナーゼインヒビターであるsrc−キナーゼを、阻害研究のために用いた。市販のインヒビターPKI−[6−22]を、PKAキナーゼ研究のために用いた。インヒビターの濃度範囲は、src−キナーゼについて0μM〜50μM、そしてPKAキナーゼについて0μM〜150μMである。反応物を、新たに希釈した酵素溶液由来の各々0.4μLのsrc−キナーゼおよびPKAキナーゼと共に40分間インキュベートした(実施例4においてと同様のアプローチ)。阻害を定量するための反応を停止させるために、アッセイチューブを、>80℃で1分間加熱した(これは、この酵素を変性させる)。アッセイサンプルを直ちに分析しない場合、これらを酵素変性の直後に−20℃で貯蔵した。分析条件は、改変LabCardミクロ流体デバイスについて実施例1において用いたのと正確に同じである。この結果(図6)は、他のキナーゼの存在が、いずれのキナーゼの阻害測定値にも影響を与えないことを示す。IC50値は、多重化アッセイ形式と個々のアッセイ形式とで同等であった。
【0094】
(実施例6:PKAキナーゼおよびホスホリパーゼを用いた多重化酵素アッセイ(図7))
本実験は、異なるクラスの酵素を用いて多重化酵素アッセイを実施することが実行可能であることを実証し、ここで、共通の条件を用いて、合理的な酵素代謝回転速度を獲得し得る。多重化アッセイ溶液は、50mM HEPES、10mM Ca(Ac)2、2mM MgCl2、1mM MnCl2、2mM Mg−ATP(Sigma)、内部標準としての3μMフルオレセイン、両方の酵素についての各々30μMの基質、1μLのホスホリパーゼ(Sigma P7147)および0.5μLのPKAキナーゼを含む。個々のアッセイについて、1つのみの酵素およびその基質をアッセイ混合物中に添加したこと以外は、多重化アッセイについてと同じ条件を用いた。このアッセイを20分間インキュベートし、そしてこの酵素を、100℃まで2分間加熱することによって変性させた。
【0095】
分析条件は、改変したLabCardミクロ流体デバイスについて用いたのと同じであり、そして分離媒体は、1% PEOを有する25mM HEPESであった。図7は、これらの2つの酵素についてのアッセイが多重化され得ることを示す。
【0096】
(実施例7:インスリン刺激シグナル伝達経路のモニタリング(図8))
この経路に関与する重要な酵素(生化学的サンプル)を多重化するための実験条件:50mM HEPES(pH7.4)、2mM MgCl2、1mM DTT、1mM Na3VO4、1mM ATP、30μMの基質(S6キナーゼ:FITC−LC−LRRASLG;IRキナーゼ:(5−FAM)−KKKSPGEYVNIEFG;Erkキナーゼ:FITC−LC−PKTP)、3μLのS6キナーゼ(Upstate biotechnology)、1μL Erk−2キナーゼ(Upstate Biotechnology)および1μLインスリンレセプターキナーゼ(Sigma)。このアッセイを、室温で1.4時間インキュベートし、その後、分析を行った(図8)。
【0097】
(実施例8:細胞のシグナル伝達経路をモニタリングするための多重化キナーゼアッセイ(図9Aおよび図9B))
多重化アッセイについての実験条件:50mM HEPES(pH7.4)、1mM DTT、1mM Na3VO4、2mM MgCl2、2mM ATP、各キナーゼについて60μMの基質(AbIキナーゼ:FITC−LC−EAIYAAPFAK;p38キナーゼ:FITC−LC−KRELVEPLTPSGEPNQALLR;S6キナーゼ:FITC−LC−LRRASLG)、3μLのS6キナーゼ(Upstate biotechnology)、0.5μLのp38キナーゼ(Upstate biotechnology)および0.5μLのAbIキナーゼ(CALBIOCHEM)。室温で3時間にわたってインキュベートした。反応を停止させるために、アッセイ混合物を80℃で1分間加熱してこれらのキナーゼを変性させた。
【0098】
1つのみのキナーゼおよび他の2つのキナーゼについての基質をアッセイにおいて用いて交差反応性をチェックしたこと以外は、特異性研究:実験条件は、同じであった。図に示すように、キナーゼと他のキナーゼについての基質との間に1%未満の交差反応性が観察された。それゆえ、これらの基質は、本実験においてそれらのキナーゼについて特異的である。
【0099】
【表4】
EGFRアッセイについてのプロトコル:25μLの100mM HEPES(pH:7.4)、10μLの10mM MgCl2+5mM MnCl2、3μLの1M NaCl、1μL 50mM DTT、1μL 50mM Na3VO4、3μLグリセロール、2μL 1% Triton X−100、2μL 100mM Na−ATP、3μL EGFRキナーゼ、種々の量のEGF、および3μL基質(50μM最終濃度)を添加して、反応を開始する。基質を添加する前に、混合物を5分間インキュベートして、EGFへの結合によってEGFRを活性化する。このインキュベーションを、30℃にて30分間〜1時間行った。10μLの200mM EDTAを添加したかまたはこのサンプルを凍結するかのいずれかによってキナーゼ反応を停止させた後に分析をする。凍結したサンプルについて、分析を解凍直後に行った。
【0100】
分析を、2.5cmの有効分離距離を有するLabCardで行った(例えば、図1Bを参照のこと)。注入を、ウェル番号2で30秒間にわたって1000Vを印加し、一方、他のウェルをアースすることによって行った。分離条件は、ウェル番号1について0V、ウェル番号2および4について700V、ウェル番号3について1500Vである。
【0101】
レセプターIIアッセイについてのプロトコル:30μLの100mM HEPES(pH:7.4)、10μLの10mM MgCl2+5mM MnCl2、1μLの50mM DTT、1μLの50mM Na3VO4、2μLの100mM Na−ATP、1μLのレセプターIIキナーゼ、種々の量のインスリンβまたは他のインスリンリガンド[活性化リガンド]および/またはEGF[活性化リガンド結合の競合インヒビター]、そして最終工程は、3μLのレセプターIIキナーゼ基質(50μMの最終濃度)を添加して反応を開始することである。キナーゼ基質を添加する前に、混合物を5分間インキュベートして、インスリンβへの結合によってレセプターIIキナーゼを活性化する。インキュベーションを、室温にて30分間行った。10μLの200mM EDTAを添加するかまたはこのサンプルを凍結するかのいずれかによって反応を停止させた後に分析する。凍結したサンプルについて、サンプルを解凍した直後に分析を行った。
【0102】
分析を、5mmの有効分離長を有する改変Henryチップで行った。注入を、ウェル番号2に45秒間にわたって400Vを印加し、一方、他のウェルをアースすることによって実施した。分離条件は、ウェル番号1について0V、ウェル番号2および4について400V、ウェル番号3について700Vである。
【0103】
(実施例9:EGFRキナーゼ活性のEGF増強)
図10は、EGFRキナーゼ活性のEGF増強を示す。EGFは、基質1を用いて測定した場合、EGFRキナーゼ活性を4倍も増強し得る。文献によれば、EGFがEGFRに結合する場合、このことは、このレセプターの二量体化またはインターナリゼーションを引き起こす。しかし、この機構は、充分には理解されていない。膜貫通タンパク質のように、EGFRは、そのキナーゼドメインを細胞内に有する。EGFRの細胞外レセプタードメインへのEGF結合がそのキナーゼ活性を顕著に増大させることが報告されている。このプロセスは、癌腫の発達の多くの局面において見出される。本研究において観察される増強の程度は、文献において報告された程度と一貫している。
【0104】
EGF量に対するEGFRキナーゼ活性の用量応答を、両方の基質を用いて研究した(図12Aの基質1、図12Bの基質2)。用量応答研究について、基質濃度はいずれの基質についても50μMであり、そしてEGFR濃度は50nMであった。他の条件を、実験の節に列挙する。予想されるように、EGFはEGFに強固に結合するので、キナーゼ活性の増強は、化学量論量のEGFを添加した場合、プラトーに達する。これは、0.5:1に等しい、EGF:EGFRのモル比において到達する。おそらく、EGFがEGFRの二量体化を引き起こし、その結果、1分子のEGFが二分子のEGFRを活性化し得るからである。
【0105】
図11Aおよび図11Bから測定されたキナーゼ活性を、両方の基質についてEGF/EGFR比の関数としてプロットした。図12Aにおけるプロットは、この酵素が基質1に作用する場合、最適なEGF/EGFR比を用いて、キナーゼにおける6.3倍の増強を示す。最大レベルの増強は、図12Bにおいて見られるように、基質2を用いて約11倍であった。
【0106】
(実施例10:スクリーニングアッセイ)
本実施例は、キナーゼレセプター酵素のリガンド活性化を妨害し得る競合(スクリーニングアンタゴニスト)についてスクリーニングするアッセイの使用を実証する。本実施例では、2つのEGFRフラグメントを、EGFの結合部位を飽和して結合をブロックし、続いてEGFが添加された場合にキナーゼ活性を増大させる能力について研究した。本実験では、50μMのEGFR基質2を用いた。EGFRおよびEGFの濃度をそれぞれ、50nMおよび55nMで用いた。表1に列挙するように、フラグメントの濃度をEGF濃度よりも約10倍高くした場合、より少ない増強が観察される。しかし、これは、EGFによって促進される増強を完全には抑制しない。競合現象は、以下に考察されるように、レセプターIIキナーゼアッセイを用いて、より明確に実証される。
【0107】
【表1】
(実施例11:レセプターII活性をモニタリングすることによるレセプターIIアッセイ)
別の実施例として、レセプターII(インスリン関連レセプター)を、インスリン様増殖因子(IGF)に関連して研究した。レセプターIIキナーゼ活性における顕著な増強(>4倍)が観察された。試験した他のリガンドには、インスリン、インスリンα鎖およびインスリンβ鎖が含まれていた。インスリンおよびインスリンβ鎖の両方は、高濃度を用いた場合、このレセプターキナーゼ活性を20倍も刺激した(表2)。このレセプターについての1つのインスリンβ鎖用量応答研究を、図13に示す。いくつかのリガンドによるこのレセプターキナーゼ活性についての増強の顕著な相違(IGFについて4倍、インスリンおよびインスリンβ鎖について>20倍、インスリンα鎖についてほんの約3倍)に基づいて、インスリンβ鎖を、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによってレセプター−リガンド結合アッセイを実証するために選択した。本実験のために、25μMの基質を、固定量のレセプターIIおよび種々の量のリガンドと共に用いて、レセプターとリガンドとの間の飽和した結合を確認した。
【0108】
【表2】
図13は、インスリンβによるレセプターIIキナーゼについての活性化曲線を示す。
【0109】
(実施例12:競合インヒビターについてのスクリーニングアッセイ)
このレセプターを用いた、インスリンβ鎖と上皮増殖因子(EGF)との間の競合を実施し、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによって、活性化リガンドと推定競合物との間の競合における使用のためのアッセイ方法を実証した。固定したレセプター濃度で、2つの濃度(3μMおよび15μM)のインスリンβ鎖(活性化リガンド)を用い、種々の量のEGF(競合する非活性化リガンド)を用いた競合実験を実施し、このことは、0.2μM〜0.3μMという同等のIC50を導いた。競合する非活性化リガンドはより高いインスリンβ濃度で完全な競合を示さなかったが、レセプターキナーゼ活性の変化に基づいて結合競合を測定することは簡単である。
【0110】
図14Aは、高濃度の活性化リガンドでの非活性化リガンドによる、リガンド誘導性レセプターIIキナーゼ活性化の阻害を示す。図14Bに示すように、3μMというより低いインスリンβ鎖濃度を用いた場合、EGFを用いてほぼ完全な競合を示すこともまた可能である。
【0111】
本明細書に引用した全ての刊行物および特許出願は、あたかも各々の個々の刊行物または特許出願が参考として援用されると具体的かつ個々に示されたかのように、本明細書中に参考として援用される。
【0112】
上記の発明は、理解を明確にする目的で例示および例によっていくらか詳細に記載されたが、本発明の教示を考慮すれば、添付の特許請求の範囲の趣旨または範囲から逸脱することなく、本発明に特定の変更および改変が行われ得ることが当業者に容易に明らかである。
【図面の簡単な説明】
【図1A】
図1Aは、本発明に従って多重化反応産物の電気泳動分離を実施するためのミクロ流体デバイス(microfluidics device)の、単純化した平面図である。
【図1B】
図1Bは、本発明に従って多重化反応産物の電気泳動分離を実施するためのミクロ流体デバイスの、単純化した平面図である。
【図2A】
図2Aは、アッセイ産物および基質(2A)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図2B】
図2Bは、基質特異性(2B)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図3A】
図3Aは、アッセイ産物および基質(3A)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図3B】
図3Bは、基質特異性(3B)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図4】
図4は、3つのクラスのキナーゼを用いる多重化酵素アッセイについての電気泳動図である。
【図5A】
図5Aは、個々のアッセイ形式(5A)における酵素についての時間経過研究を示す。
【図5B】
図5Bは、多重化アッセイ形式(5B)における酵素についての時間経過研究を示す。
【図6A】
図6Aは、個々のアッセイ形式(6A)における阻害測定値である。
【図6B】
図6Bは、多重化アッセイ形式(6B)における阻害測定値である。
【図7】
図7は、ホスホリパーゼおよびPKAキナーゼを用いた多重化酵素アッセイの電気泳動図を示す。
【図8】
図8は、インスリンレセプター経路における酵素についての多重化アッセイの電気泳動図を示す。
【図9A】
図9Aは、細胞シグナル伝達経路をモニタリングするために用いられる多重化キナーゼアッセイの電気泳動図を示す。
【図9B】
図9Bは、細胞シグナル伝達経路をモニタリングするために用いられる多重化キナーゼアッセイの電気泳動図を示す。
【図10】
図10は、レセプターキナーゼ活性のリガンド増強のレベルを示すプロットである。
【図11A】
図11Aは、第一の基質(11A)を用いた、EGFR活性で測定したレベルに対する種々のEGF/EGFR比の影響を示す。
【図11B】
図11Bは、第二の基質(11B)を用いた、EGFR活性で測定したレベルに対する種々のEGF/EGFR比の影響を示す。
【図12A】
図12Aは、第一の基質(12A)を用いた、EGFRキナーゼのEGF増強を示すプロットである。
【図12B】
図12Bは、第二の基質(12B)を用いた、EGFRキナーゼのEGF増強を示すプロットである。
【図13】
図13は、レセプターIIキナーゼアッセイにおけるインスリンB用量応答を示す。
【図14A】
図14Aは、EGFを競合物として用いた、高い活性化リガンド濃度(14A)でのレセプターIIキナーゼ活性の変化を示すプロットである。
【図14B】
図14Bは、EGFを競合物として用いた、低い活性化リガンド濃度(14B)でのレセプターIIキナーゼ活性の変化を示すプロットである。
(発明の分野)
本発明の分野は、酵素アッセイであり、特に、多重化基質および必要に応じて多重化酵素を含むアッセイである。
【0002】
(参考文献)
【0003】
【表3】
(発明の背景)
単一の容器において複数の決定を実施することおよび各決定の結果を個々に決定し得ることに興味を有する多数の状況が存在する。個々の結果を達成し得るために、各決定が他の決定とは独立すること、および各決定が、測定され得かつ他の決定の産物とは区別され得る産物を提供することが必要である。
【0004】
目的の分野の1つは、複数の酵素に対する、環境変化の影響である。化合物を生物学的活性についてスクリーニングする際に、1以上の標的に対するこの化合物の影響、ならびに標的ではない酵素に対するこの化合物の影響に興味を有する。それゆえ、複数の酵素に対する化合物の影響を決定するために同じ条件下で単一の決定を実施し得るならば、目的の標的に関するこの化合物の生物学的活性を決定し得るだけでなく、副作用に関するこの化合物の特異性もまた決定し得る。
【0005】
生物学的活性について化合物をスクリーニングすること以外に、特定の酵素に関する、細胞活性に対する環境変化の影響を決定することにも興味が存在する。癌細胞に関して、化合物または処置の過程に関する、タンパク質の細胞発現、個々の酵素の活性、または酵素プロフィールの変化を決定する際に興味を有する。
【0006】
酵素多重化が有利である1つの特別のクラスの酵素は、細胞表面レセプターまたは細胞内レセプターであり、これらは、薬物スクリーニングについての標的の重要なクラスを表す。なぜなら、これらのレセプターは、細胞の増殖および代謝に関与するからである。多くのレセプター(例えば、インスリンレセプター、インスリン様増殖因子レセプター、上皮増殖因子および血小板由来増殖因子)は、酵素ドメインを有する(White)。いくつかのレセプターは、レセプターをアッセイするために酵素にカップリングされ得る(Bunemann)。リガンドがレセプターの特定の部位に結合する場合、リガンドは代表的に、レセプターの酵素ドメインを活性化する。多くの例では、この酵素は、合成ペプチドのリン酸化速度の決定によって測定され得る、プロテインキナーゼである。多くのレセプターはそれらの特異的リガンドに対して高い親和性を有するので(Pike,1984,Blakesley,Sasaki)、それらの酵素(キナーゼ)活性をモニタリングすることによってレセプターアッセイを実施するための方法を開発することが可能である。特異的に結合した天然のリガンドのみが酵素ドメインを活性化する可能性を有するので、その酵素活性をモニタリングすることによるレセプターアッセイは、非特異的結合の問題を回避し得る。このアプローチは、多くのレセプター、特にホルモンレセプターおよび増殖因子レセプターについて、リガンド結合アッセイおよび酵素アッセイの両方に用いられ得る。
【0007】
リガンド/レセプター結合を阻害し得る化合物についてスクリーニングする際に、スクリーニングされなければならない、2つの、いくつかの場合には3つの変動要因が存在する。第1の変動要因は、試験化合物自体(例えば、リガンド/レセプター相互作用の潜在的インヒビターのライブラリーから誘導された非常に多数の試験化合物)である。第2の変動要因は、レセプターリガンドの濃度に対する試験化合物濃度である。第3の変動要因は、他の酵素(例えば、標的細胞上または標的細胞内の他のレセプターキナーゼ)に対する試験化合物の影響である。試験化合物の濃度について試験し、これを最適化すること、ならびに他の細胞酵素に対するそれらの影響をアッセイすることは、多数のアッセイサンプルを最終的に必要とする。多重化アッセイにおける試験変動要因のうちの1以上を合わせることによって、実施することが必要とされるアッセイの数を実質的に低減し得、そして/または複数のアッセイについての内部コントロールを提供し得る。
【0008】
(発明の要旨)
1つの局面では、本発明は、多重化酵素アッセイ方法を含む。この方法は、基質のセット中の複数の酵素基質の存在下で、酵素基質を対応する産物へと変換するのに有効な条件下で複数の酵素反応を実施する工程を包含し、ここで、各基質の産物および基質は、互いに、そしてこのセット中の他の基質およびそれらの対応する産物とは異なる分離特徴を有する。この反応を実施した後、この産物、そして好ましくは、この反応物中の基質もまた、単一の分離媒体中で分離される。各分離された産物および基質について、この産物および基質を同定するに有効な分離特徴、ならびにこの産物および基質の量に関連するシグナルが検出される。これから、反応の各々において対応する産物へと変換された基質の量が決定され得る。
【0009】
この基質および産物の分離特徴は好ましくは、電場の影響下にある電気泳動媒体中の電気泳動移動度であるが、他の分離特徴(例えば、排除クロマトグラフィーまたはイオン交換クロマトグラフィー、等電点電気泳動または質量分析法によって分離した場合の挙動)もまた意図される。この基質および対応する産物は蛍光標識され得、ここで、検出する工程は、蛍光励起波長を照射した場合に各産物から蛍光シグナルを検出することを含む。
【0010】
1つの一般的実施形態では、複数の酵素反応は、複数の異なる酵素を含む単一の反応混合物において実施され、ここで、アッセイされる酵素の各々は、反応混合物中の基質のうちの1つを対応する産物へと変換するのに有効である。この実施形態は、例えば、選択された細胞条件下で、細胞中の複数の異なる酵素の各々の活性レベルを決定するために用いられ得、ここで、この反応混合物中の異なる酵素は、このような選択された細胞条件下で細胞から入手される。
【0011】
コントロール細胞条件および試験細胞条件の両方において、細胞中の一群の酵素の各々の活性レベルの変化を決定する際の使用のために、実施する工程、分離する工程、検出する工程および決定する工程は、コントロール条件および試験条件の両方で細胞から得られた酵素について実施される。例えば、異なる酵素のうちの1以上の活性レベルを阻害または活性化する能力について既知であるかまたは試験される因子に細胞が暴露された場合のこの細胞中の一群の酵素の各々の活性レベルの変化を決定するために、実施する工程、分離する工程、検出する工程および決定する工程は、この因子への暴露の前および後のこの細胞から得られた酵素について実施される。例示的な群の酵素としては、レセプター−キナーゼ酵素および細胞シグナル伝達経路酵素が挙げられる。
【0012】
別の一般的な実施形態では、選択された酵素の活性を阻害または刺激する際の1以上の因子の影響をアッセイする際に使用するために、酵素反応は、別々の反応混合物中で実施され、ここで、各混合物は、(i)1以上の酵素および(ii)基質のセット由来の1以上の基質を含む。
【0013】
より特定の実施形態では、試験化合物が酵素活性に影響を与える能力についてスクリーニングまたは評価する際に使用するために、反応混合物はまた、(a)複数の異なる試験因子のうちの1つ、および/または単一の因子の複数の異なる濃度のうちの1つの一方または両方を含む。反応混合物は、異なる反応の基質および産物を分離する前に合わされる。
【0014】
セット中の異なる基質は、(i)酵素基質部分、(ii)このセット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特である分離特徴を、このセット中の各基質およびその対応する産物に付与する移動度モディファイヤー、ならびに(iii)このセット中の上記基質および産物からのシグナルの検出を可能にするレポーター部分を含み得る。ここで、セット中のこの基質は、オリゴペプチド基質部分を有し、そしてこの移動度モディファイヤーは、(i)該オリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)この基質部分を保存するが、このオリゴペプチドの分子量および/または電荷を変更する、上記オリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、ならびに(iii)異なる電荷および/または分子量を有する異なるレポーター部分であり得る。
【0015】
レセプター酵素とこのレセプターの酵素活性を刺激することが公知のリガンドとの間の相互作用をアッセイする際に使用するために、この別々の酵素反応混合物は好ましくは、(i)1以上の選択された酵素、(ii)基質のセットからの1以上の基質、および(iii)少なくとも1つの反応混合物中に、この酵素の最適な活性化を生じるために充分な濃度のリガンドを含む、1以上の異なる濃度のこのリガンドを含む。反応混合物のうちの1つは好ましくは、リガンドを含まず、非活性化酵素の酵素活性レベルを提供する。
【0016】
レセプター酵素は例えば、活性化状態で、オリゴペプチド基質をリン酸化するに有効なレセプター−キナーゼ酵素(例えば、リガンドがEGFであるEGFR、リガンドがインスリンであるレセプターIIキナーゼ、ならびにリガンドがインスリンであるインスリンレセプターキナーゼ)であり得る。このレセプター酵素アッセイでは、セット中の基質は、オリゴペプチド基質、および上記の型の移動度モディファイヤーを含む。
【0017】
1以上の試験因子がリガンド活性化酵素活性を妨害する能力をアッセイするために、反応混合物の少なくともいくつかは、最適な濃度のリガンドに加えて、複数の異なる試験因子のうちの1つを含む。あるいは、またはさらに、反応混合物のうちの少なくともいくつかは、最適な濃度のリガンドに加えて、1以上の濃度の少なくとも1つの試験因子を含む。
【0018】
別の局面では、本発明は、多重化酵素アッセイを実施するための酵素基質のセットを含む。このセットは、複数の酵素基質を含み、複数の酵素基質の各々は、(i)このアッセイ中の酵素がこの基質と反応してこの基質を対応する産物へと変換する、酵素基質部分、(ii)このセット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特の分離特徴をこのセット中の各基質およびその対応する産物に付与する、移動度モディファイヤー、ならびに(iii)このセット中の上記基質および産物からのシグナルの検出を可能にするレポーター部分を有する。このレポーター部分は例えば、蛍光レポーターであり得る。この酵素は例えば、異なる機能群のキナーゼ(サイクリックヌクレオチド調節プロテインキナーゼ、プロテインキナーゼC、Ca2+/CaMによって調節されるキナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ、ERK/MAPキナーゼ、およびプロテイン−チロシンキナーゼを含む)由来のキナーゼであり得る。このキナーゼは、オリゴペプチド基質をリン酸化するに有効な、シグナル伝達経路中のプロテインキナーゼ酵素(例えば、ERKキナーゼ、S6キナーゼ、IRキナーゼ、P38キナーゼおよびAbIキナーゼ)であり得る。この酵素アッセイでは、このセット中の基質は、オリゴペプチド基質および上記の型の移動度モディファイヤーを含む。目的の他のキナーゼは、例えば、Srcキナーゼ、JNK、MAPキナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ、P53キナーゼ、血小板由来増殖因子レセプター、上皮増殖因子レセプターおよびMEKを含み得る。
【0019】
オリゴペプチド基質を有する、1以上の酵素をアッセイするための方法において使用するために、セット中のこの基質は、オリゴペプチド基質部分を有し、そしてこの移動度モディファイヤーは、(i)このオリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)この基質部分の認識を保存するが、このオリゴペプチドの分子量および/または電荷を変更する、このオリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、ならびに(iii)異なる電荷および/または分子量を有する異なるレポーター部分であり得る。
【0020】
本発明のこれらおよび他の目的および特徴は、本発明の以下の詳細な説明を添付の図面と共に読んだ場合、より充分に明らかになる。
【0021】
(特定の実施形態の説明)
本発明は、多重化酵素アッセイ(すなわち、複数の異なる酵素アッセイの結果が単一の検出形式でモニタリングまたは検出されるアッセイ)を実施するための方法に関する。2つの一般的型の多重化アッセイが意図される。第一に、第A節に詳述したように、複数の酵素は、複数またはセットの異なる酵素基質の存在下で同じ反応混合物中でアッセイされる。各酵素は、基質のうちの1つを対応する産物へと変換し得、ここで、この基質および対応する産物は、この産物および好ましくは、この基質が単一の分離媒体中で互いに分離されるのを可能にする、異なる、独特の分離特徴をする。
【0022】
第二の一般的アッセイの型では、第B節に詳述したように、複数の酵素反応は別々に、例えば、並行して実施される。別々の反応は、同じもしくは異なる酵素の1以上、同じ酵素インヒビターもしくは酵素アクチベーターまたは異なる酵素インヒビターもしくは酵素アクチベーターの1以上、および/または異なる濃度のインヒビター、アクチベーターもしくは基質を含み得る。上記のように、各反応混合物は、関連した産物へと変換され得る1以上の基質を含み、ここで、この基質および対応する産物は、上記のような異なる、独特の分離特徴を有する。1つの例示的な実施形態では、異なる反応混合物は、リガンドによって活性化または阻害されることが公知であるレセプター酵素、複数の選択された濃度の1以上のリガンド自体、ならびにリガンド−レセプター結合を阻害もしくは刺激する能力についてスクリーニングされる異なる試験化合物および/または異なる濃度のこのような試験化合物のいずれかを含む。個々の反応を実施した後、この反応混合物は、産物および基質の分離および検出について合わされる。
【0023】
両方の型のアッセイでは、この産物および好ましくはこの基質は、単一の分離媒体で分離され、そして各産物の分離特徴およびこの産物の量に関連するシグナルが決定される。これから、反応物中の各酵素によって対応する産物へと変換された基質の量が決定され得る。好ましい分離特徴は電気泳動移動度であり、ここで、この産物および基質は、例えば、キャピラリー電気泳動(CE)によって分離される。分離工程および検出工程は、第C節において考慮される。別の局面では、本発明は、第D節において考察したように、多重化反応方法のための基質のセットを提供する。
【0024】
(A.単一反応形式)
酵素および/または酵素基質の多重化アッセイが実施され、それによって、媒体の酵素活性は、少なくとも1つの酵素に関して決定され、特に、媒体の酵素活性に対する因子の影響が決定される。共通の特徴を保有する酵素のファミリー、または酵素によって作用が及ぼされる共通の機能を共有する基質のファミリーまたはそれらの組合せは、酵素組成物の酵素活性の迅速かつ効率的な評価において用いられる。酵素組成物の酵素は、例えば、副作用に関する薬物の影響などのアッセイの目的に関して目的の機能以外には機能の共通性を有さないことが必要である。
【0025】
複数の基質および/または産物が分離および検出され、ここで、個々の酵素の存在および量が決定され得るか、または基質および/もしくは産物の量もしくは性質の特定の変化が因子の影響を示す。好都合なことには、この産物は、キャピラリー電気泳動によって個々に決定され得、ここで、この因子の存在下での産物の量または性質は、この因子の非存在下での結果と比較され得る。本方法論は、酵素活性、細胞性酵素活性の変化または目的の媒体の酵素活性に対する化合物の影響について化合物をスクリーニングするための特定の用途を見出す。
【0026】
このアッセイは、個々の決定され得る基質のセットを有することを必要とする。決定されるべき酵素活性の性質に依存して、基質の各々は、適切な機能性および機能性についてのコンホメーションを有して、酵素の活性部位が結合して酵素改変を受けるのを可能にする。個々の基質は、酵素反応の結果として、標識されるかまたは標識されることになり、それによって、この酵素反応は、反応物と産物との間の分離を可能にする分離特徴の変化をもたらす。通常、変化した特徴は、例えば、電気泳動、クロマトグラフィーおよび質量分析法に関与する、移動時間の変化である。1つの例示的な分離特徴は、電気泳動移動度であり、これは、分子の電荷、質量および形状(すなわち、半径)に主に依存するが、二次的因子(例えば、形状および疎水性)にも依存する。本発明の重要な特徴によって、セット中の基質の酵素的変換によって産生される産物は、互いに異なる、そしてそれらの対応する基質とは異なる、分離特徴を有する。好ましくは、セット中の基質はまた、互いに異なる、そしてセット中の産物の各々とは異なる、分離特徴を有し、その結果、各基質およびその対応する産物は、多重化アッセイにおいて独自に分離および検出され得る。本発明において使用するための基質の例示的なセットを以下に考察する。
【0027】
酵素は、触媒される反応の性質に基づいて異なる群に分けられ得る。酵素群としては、以下が挙げられる:ヒドロラーゼ、オキシドレダクターゼ、リアーゼ、トランスフェラーゼ、イソメラーゼおよびリガーゼもしくはシンターゼ。特に興味深いのは、生理学的重要性を有する酵素のクラスである。これらの酵素としては、以下が挙げられる:プロテインキナーゼ、ペプチダーゼ、エステラーゼ、プロテインホスファターゼ、イソメラーゼ、グリコシラーゼ、シンテターゼ、プロテアーゼ、デヒドロゲナーゼ、オキシダーゼ、レダクターゼなど、特に、(有機および無機の両方の)エステルを作製または加水分解する際、アミドをグリコシル化する際、ならびにアミドを加水分解する際に関与する酵素。任意のクラスにおいて、キナーゼにおいて(ここで、キナーゼは、ペプチドおよびタンパク質中のセリン残基、トレオニン残基および/またはチロシン残基のリン酸化に特異的であり得る)のように、さらなる細分が存在し得る。
【0028】
酵素の組合せは、少なくとも2つの酵素、通常少なくとも3つの酵素を含み、そして4以上の酵素を含み得る。任意の最大数の酵素が自由裁量によるが、実際問題として、通常、12よりも少ない異なる酵素、より通常は9よりも少ない、一般に2〜8の範囲、より通常は3〜6の範囲、便利には4〜6の範囲の異なる酵素が存在する。一群の酵素は一般に、適合可能な反応条件(例えば、pHおよびイオン強度)を有するが、比較的低い質量濃度を有するアッセイ成分(例えば、補因子)を含め、補因子の必要要件、金属イオンの必要要件などは、共通である必要はない。
【0029】
独立して活性によって、基質の変換の約20%未満が、意図された酵素以外の酵素に起因することが意図される。共通の条件は、酵素の各々が反応過程の間に測定可能な速度を提供することを必要とし、そして一般に、酵素の各々が、他の酵素について添加された成分から顕著な妨害を受けることなく、特定の基質についての最大代謝回転速度の少なくとも約10%、通常少なくとも約20%、好ましくは少なくとも約50%を有することである。
【0030】
各アッセイ決定について、成分は、酵素について適切な条件下で、適切な基質と合わされる。酵素およびアッセイの性質に依存して、基質は天然に存在し得るかまたは合成物であり得、頻繁に合成物である。大部分は、分離技術は産物の検出のために用いられるので、産物は、(通常、分光光度測定検出(特に蛍光測定(fluorimetric)検出)または電気化学的検出を可能にする標識を有し)検出可能である。
【0031】
本発明の例示は、多重化キナーゼアッセイの例証である。このキナーゼは、ヒドロキシル基をリン酸化する大きな群の酵素であり、その多くは、ヒドロキシル基について特定の環境に関して高い特異性を有し、内部リン酸化(intraphosphorylation)または外部リン酸化(interphosphorylation)(これは、高濃度の競合的基質を用いて内部リン酸化を競合し得る)を提供し得、そして共通の反応物(ATP)を用い、そして一般にほぼ同じ媒体必要要件を有する。酵素の濃度は一般に、の範囲である。約1pM〜1μM、より適切には10−6〜1IU/ml(IUは、最適な条件における1マイクロモル/分の産物形成と定義される)。例示的なアッセイ条件は、実施例1〜8に与えられる。
【0032】
標的化されたキナーゼに依存して反応条件を変動させ得る;例示的なキナーゼの活性を支持するインビトロでの条件は、以下に例示されるかおよび/または当該分野で他に公知である。例えば、反応は一般に、有効量のヌクレオシド三リン酸(例えば、ATP)の存在を通常、約0.1mM〜約20mMの範囲の濃度で必要とする。緩衝液(例えば、HEPESまたはTris)は一般に、約5〜約9の範囲のpHで、約1mM〜約50mMの範囲の濃度である。個々の酵素は一般に、約1pg/μl〜5ng/μlの範囲の量で存在する。頻繁に、カチオン(例えば、Mg、MnおよびCa)が、一般に約0.1mM〜約5mMの濃度で用いられる。他の添加物は、約0.1mM〜約2mMの範囲の濃度でDTTを含み得る。いくつかの例では、オルト−バナジン酸ナトリウム(sodium ortho−vanadate)は、夾雑するホスファターゼを阻害する、約0.5mM〜2mMの範囲の濃度で用いられ得る。また、不活性なタンパク質(例えば、オボアルブミン、血清アルブミンなど)は、低濃度アッセイ成分の非特異的結合および不活性化を妨害する、特に、表面への酵素結合を妨害する、一般に、約0.1mg/ml〜約5mg/mlの範囲の濃度で含まれ得る。多くの哺乳動物キナーゼについて、反応は、室温または高温で、通常、20℃〜40℃の範囲で、便利には室温(約25℃)で実施される。高処理能力適用について、反応時間は最少にされ、そして通常0.01時間〜4時間であり、より通常は約0.1時間〜1時間である。
【0033】
一般に、コントロール測定が実施され、ここで、単一の酵素の速度が、特異的基質を用いて決定され、ならびにそれぞれの基質の存在下または非存在下での他の酵素についての基質の組合せを用いてこの酵素の反応が決定される。
【0034】
候補化合物活性の評価を実施する際に、候補化合物は所望の濃度で添加されるか、または複数のアッセイが、1桁〜5桁の大きさの範囲にわたる異なる濃度で候補化合物を用いて実施され得る。目的の活性範囲に依存して、この候補の濃度は、候補の予想される活性、媒体中の酵素数、候補が調査される指標の性質などに依存して約0.1pM〜約1mMの範囲であり得る。特に興味深いのは、天然に存在するかまたは合成物かのいずれかの、生物学的活性について調査される、通常5kDa未満の、候補化合物(例えば、薬物)である。
【0035】
反応混合物中の全ての成分を合わせた後、代表的に、酵素および候補化合物を最初に添加し、続いて基質を同時に添加して、反応を進行させる。1以上のアリコートを採取して、基質の各々について反応の時間経過を入手し得る。各アリコートについて、反応は、インヒビターを添加することによってクエンチングされ得、(例えば、加熱すること、酵素からの基質の分離の開始による)変性プロセスによって、または他の便利な手段によって停止され得る。
【0036】
以下の実施例1〜8は、複数の酵素が単一反応混合物においてアッセイされる、アッセイ方法の種々の実施形態を例示する。図1Aおよび図1Bは、分離および検出反応を実施する際に用いられる2つの型の電気泳動デバイスにおけるチャネルネットワークを示す。手短には、図1A中の20で示されるネットワークは、2つの側方チャネルが交差した分離チャネルを含み、この2つの側方チャネルは、分離チャネルを下流の分離領域24、中間サンプル容量領域26および上流のチャネル領域28へと分ける。サンプルはこのネットワーク中のレザバ30中に含まれ、そして領域26へとローディングされる。サンプルローディングの後、電圧が分離チャネルの端にまたがってかけられ、反応の基質成分および産物成分の電気泳動移動が引き起こされて、分離領域24中に含まれる分離媒体中へ、そして分離媒体を通って移動する。この領域の下流端に隣接して配置された検出器(示さず)(例えば、標準的な共焦点蛍光検出器)を用いて、検出領域を通したサンプルの基質および産物のバンドの移動が慣用的に検出される。分離された産物および基質のバンドのシグナル強度は、例えば、ピーク高さまたはピーク面積によって測定されることに従って決定され得る。例示的な実施条件の詳細を、以下の実施例に示す。
【0037】
図1Bは、2つの側方チャネルが交差した分離チャネルを備える、ミクロな流体(microfluidics)チャネルネットワーク33を示し、この側方チャネルは、分離チャネルを下流の分離領域34、中間サンプル容量領域36および上流のチャネル領域38へと分ける。ネットワーク中のレザバ40に含まれるサンプルは、サンプルをレザバからレザバ42へと引き出すことによって、領域36中にローディングされる。サンプルローディング後、サンプルの基質成分および産物成分は、上記の通りに分離され、そして検出される。
【0038】
実施例1は、4つの異なるキナーゼ酵素についての単一混合物の多重化反応を記載し、反応混合物には、1セットの異なる酵素基質を含む。酵素反応性を確認するために、アッセイにおいて1つのみの酵素およびその基質を用いることによって、多重化アッセイについてと同じプロトコルに従って4つの酵素の各々について個々の酵素アッセイをまた行った。ピーク同定を図2Aに示す。
【0039】
多重化アッセイの特異性を実証するために、アッセイ容量を一定に維持し、そして1つのみの酵素を他の3つの酵素についての基質と共に添加した(すなわち、このアッセイ混合物中の酵素についての基質は存在しない)こと以外は多重化アッセイについてと同じプロトコルを続けた。図2Bにおいて見られ得るように、この実験において用いた4つの酵素および他の酵素の基質の各々の間で交差反応性は存在しない。
【0040】
実施例2は、3つの酵素(Srcキナーゼ、レセプターIIキナーゼおよびPKAキナーゼ)を含む類似の方法を記載する。この実験の目的は、この実施例において詳述するように、酵素反応について釣り合いがとれた量の産物を有するために、実験条件を最適化した後の多重化アッセイ性能を実証することであった。この結果を図3Aに示す。特異性もまた、これらの3つの酵素について研究され、実施例1においてと同様に、1つの酵素を、1つのチューブにおいて他の2つの酵素についての基質と共にインキュベートした。この結果を図3Bに示す。
【0041】
実施例3では、この方法を用いて、それぞれ、以下の3つのクラスのキナーゼがアッセイされる:チロシンをリン酸化するキナーゼ、セリンをリン酸化するキナーゼおよびトレオニンをリン酸化するキナーゼ。基質および反応条件を実施例2に示す。図4に示す結果は再度、単一の反応混合物中の各基質および対応する産物について位置およびシグナル強度を検出する能力を実証する。
【0042】
単一酵素反応においてと同様に複数酵素アッセイにおいて類似の酵素反応速度が観察されることを実証するために、Srcキナーゼ単独または多重化反応物中のSrcキナーゼによって生成された反応産物(図5A)、ならびにPKA単独および多重化反応物中のPKAによって生成された反応産物(図5B)についての時間経過を実施した。この2つの図において産物対時間プロットから見られるように、実質的に同じ反応速度が、単一酵素および複数酵素反応混合物の両方において観察された。
【0043】
実施例5において報告された研究は、複数アッセイ形式中の酵素が、酵素インヒビターに対して、単一酵素と実質的に同じ反応を示すことを示すために設計された。用いられた酵素はSrcキナーゼであり、そして既知のインヒビターであった。この酵素は、単一酵素形式(図6A)または複数酵素形式(図6B)のいずれにおいても存在した。これらの図から見られるように、複数酵素混合物中のさらなるキナーゼ酵素の存在は、いずれのキナーゼの阻害測定値にも影響を与えない。特に、IC50値は、多重化アッセイ形式および個々のアッセイ形式について同等である。同様の結果もまた、PKAキナーゼについて得られた。
【0044】
実施例6において記載されるアッセイ方法は、多重化アッセイが、異なるクラスの酵素に適用可能であることを実証し、ここで、合理的な酵素代謝回転速度を得るために共通の条件が用いられ得る。この実施例では、アッセイにおける2つの酵素はホスホリパーゼおよびPKAであり、実施例6において詳述した条件下でアッセイされる。図7において見られるように、この多重化アッセイは、個々のホスホリパーゼおよびPKAアッセイと実質的に同じアッセイ結果を与える。
【0045】
実施例7に記載される多重化アッセイ方法は、インスリンレセプター経路におけるいくつかの重要な酵素(すなわち、インスリンレセプターキナーゼ、ErkキナーゼおよびS6キナーゼ)を含み、このアッセイ方法の使用によって、例えば、共役した機能を有する、単一の経路中のいくつかの細胞性酵素の活性が検出されることを実証する。図8は、3つの酵素の活性が多重化アッセイにおいて同時にモニタリングされ得ることを示す。
【0046】
キナーゼS6、キナーゼP38およびキナーゼAb1を用いて細胞のシグナル伝達経路における複数の酵素の活性を同時にアッセイするための同様のアッセイを実施例8に示し、結果を図9Aに示す。特異性を調べるために、アッセイ条件は、1つのみのキナーゼおよび他の2つのキナーゼについての基質をこのアッセイにおいて用いて交差反応性をチェックしたこと以外は同じであった。図9Bに示すように、1%未満の交差反応性が、キナーゼと他のキナーゼについての基質との間に観察された。それゆえ、これらの基質は、この実験においてそれらのそれぞれのキナーゼについて特異的である。
【0047】
多重化酵素アッセイが実施され得、ここで、個々の酵素の活性が、存在する他の酵素とは独立して決定され得るだけでなく、因子もまた添加され得、そしてこれらの酵素の各々に対するこの因子の影響もまた決定され得ることが上記の結果から明らかである。移動度が酵素反応後にシフトする基質を用い、そして例えば、キャピラリー電気泳動を用いて分離され得る基質を選択することによって、あるクラスの酵素のメンバーの酵素活性に対する因子の影響が迅速に決定され得る。このようにして、候補薬物は、活性、特異性、交差反応性および潜在的副作用について、単一の容器において、および1回の分離において、迅速にスクリーニングされ得る。
【0048】
(B.複数反応形式)
本発明のこの一般的実施形態では、個々の酵素アッセイ反応は、別々の反応混合物において実施される。酵素アッセイ後、この混合物(または反応の基質および産物を含むその画分)は合わされ、そして単一の反応媒体中で、例えば、CEによって分離される。各個々の反応混合物は、1以上の酵素および1以上の基質を含み得る。この最も単純な形態において、アッセイされるべき単一の酵素およびその酵素についての単一の基質が、各反応混合物中に予めセットされる。
【0049】
反応において用いられる基質のセットは、単一の反応多重化アッセイにおいて必要される特性と同じ一般的特性を有する。すなわち、各基質および対応する産物は独特の分離特徴を有し、これらが互いに分離されるのを可能にする。同様に、産物の全ては独特の分離特徴を有し、これらが互いに、そして他の全ての基質から分離されるのを可能にする。上記に示したように、セット中の基質は、異なる反応混合物中に分布し得、1混合物あたり1つまたは1混合物あたり2以上であり得る。
【0050】
1つの例示的な適用において、このアッセイ方法は、リガンド−レセプター相互作用を妨害することによって酵素活性を妨害または活性化し得る化合物をスクリーニングしそして評価することを目的として、リガンド活性化レセプターまたはリガンド阻害レセプターに適用され得る。レセプターは、薬物スクリーニングについての重要なクラスの標的を表す。なぜなら、これらは、細胞の増殖および代謝に関与するからである。特に重要なもののうち、多くのレセプターは、腫瘍形成プロセスに関与する。多くのレセプター(例えば、インスリンレセプター、インスリン様増殖因子レセプター、上皮増殖因子および血小板由来増殖因子)は、酵素ドメインを有する(White)。いくつかのレセプターは、レセプターをアッセイするために酵素にカップリングされ得る(Bunemann)。リガンドがレセプターの特異的部位に結合する場合、これは代表的に、レセプターの酵素ドメインを活性化する。多くの場合、この酵素はプロテインキナーゼであり、これは、合成ペプチドのリン酸化速度の決定によって測定され得る。
【0051】
本発明のこの実施形態において標的化されるレセプターは、酵素ドメインを有するかまたはアッセイのために酵素へとカップリングされ得るかのいずれかであるので、このアッセイ方法は、リガンド−レセプター結合での競合についてライブラリーの化合物をスクリーニングするために適用可能であり、そして酵素ドメインの阻害を導く。この方法を例示するために、図10は、上皮増殖因子レセプター(EGFR)の固有の活性レベルおよびリガンド活性の活性レベルを示す。見られるように、このレセプター酵素は、固有の酵素活性(低いリガンド/レセプター濃度)を有し、これは、リガンドによって増強されるレセプター酵素活性よりもずっと低い。第1に、化合物がこのレセプターに対する結合についてこのリガンドと競合する場合、レセプター酵素活性は、第2段階と第1段階との間であり、この化合物は、完全な競合を示さないとみなされる。第2のシナリオでは、この化合物が強力な競合物であり、そして非常に高い濃度になる場合、結合の平衡は化合物レセプターへと傾き、そしてこのレセプター酵素は、固有の酵素活性を示すのみである。第3の状況では、ライブラリーの化合物がこの酵素ドメインに対するインヒビターである場合、このレセプター酵素活性は、0と段階2との間である。強力なインヒビターは、全体としてこの酵素を打ち消す。上記の考察に基づいて、ライブラリーの化合物をリガンド結合競合および酵素阻害についてスクリーニングすることが可能である。レセプターの酵素活性を変化させる機構を解明するために、高濃度のこの化合物が用いられ得る。この酵素活性がその固有の活性よりも低くは決して低下しない場合、この化合物はおそらく、このリガンドに対する競合物である。一方、過剰量のライブラリー化合物を添加した後のこの酵素活性が固有の活性よりも低く、または0まで低下した場合、この化合物は、酵素ドメインに対するインヒビターの可能性が最も高い。しかし、こうすることは必要でないかもしれない。なぜなら、リガンドと競合するかまたは酵素ドメインを阻害するかのいずれかの化合物を見出す目的は、細胞の増殖または代謝(例えば、癌遺伝子プロセス)に関与する有害なシグナル伝達を停止させるからである。
【0052】
リガンド/レセプター結合を阻害し得る化合物についてスクリーニングする際に、上記のように、スクリーニングしなければならない、2つ、そして時々は3つの変動要因が存在する。第1の変動要因は、試験化合物自体、例えば、リガンド/レセプター相互作用の潜在的インヒビターのライブラリーから誘導された非常に多数の試験化合物である。本発明の方法において、非常に多数の試験化合物は、別々のアッセイ混合物においてスクリーニングされ得、アッセイ混合物の各々は、この酵素および最適な濃度のリガンドを含み、ここで、各反応混合物は、以下の第D節において詳述するように、同じ基質部分を有するが異なる分離特徴を有する基質のセットからの基質を含む。
【0053】
次いで、反応混合物または産物および基質を含むその一部は合わされ、単一の分離媒体において分離され、そして分離特徴(例えば、電気泳動移動度)に関して分析されて、各産物および基質が同定される。産物レベルにおいて測定可能な変化を生じる試験化合物は、リガンド/レセプター相互作用を妨害し得る薬物についての潜在的候補として同定される。
【0054】
第2の変動要因は、レセプターリガンドの濃度に対する、試験化合物濃度である。上記のように、いくつかの異なるリガンド/試験化合物比で酵素活性レベルを調べて、この化合物がリガンド−レセプター結合の競合インヒビターであるかまたは酵素活性を単純に阻害するかを決定し、そして試験化合物が有効であり得る濃度を決定することが必要であり得る。これは、本発明に従って、複数の別々の反応を実施することによって行われ得、各々の反応は、目的の酵素、最適な濃度のリガンド、複数の異なる試験化合物濃度の各々、および基質セット中の複数の別々の基質の各々を含む。
【0055】
次いで、この反応混合物は合わされ、そして上記の通りに処理されて、各産物および基質が同定される。この情報、ならびにこのセット中の各基質についての産物および基質の相対レベルから、濃度活性曲線は、単一の多重化アッセイ結果から構築され得る。
【0056】
第3の変動要因は、標的細胞上または標的細胞中の他の酵素(例えば、他のレセプターキナーゼ)に対するこの試験化合物の影響である。上記の第A節から認識され得るように、この相の化合物試験は、複数酵素形式において効率的に行われ得、この形式において、酵素−リガンド相互作用に対する化合物の影響は、複数の他の酵素(関連したリガンドを含む)の存在下でアッセイされ得る。
【0057】
以下の実施例9〜12は、単一アッセイ形式について上記で考察した一般的原理を実証する。実施例9における研究は、2つの異なる基質を用いて、EGF/EGFR対について最適なリガンド/レセプター比を決定するために設計される(図11Aおよび図11B)。図11Aおよび図11Bから測定されたキナーゼ活性は、両方の基質についてEGF/EGFR比の関数としてプロットされた。図12Aにおけるプロットは、この酵素が、基質1に対して作用する場合に、最適なEGF/EGFR比を用いて、キナーゼにおける6.3倍の増強を示す。最大レベルの増強は、図12Bにおいて見られるように、基質2を用いて約11倍であった。
【0058】
本発明に従って、多重化形式においてどのようにして同じ情報が入手され得るかが認識され得る。ここで、各異なる反応混合物は、選択されたEGF/EGFR比のうちの1つおよび基質セット由来の基質のうちの1つを含む。次いで、個々の反応混合物が合わされ、産物および基質は単一の分離媒体中で分離され、そして基質および産物の相対レベルが各反応について測定される。このことから、図12Aおよび図12Bに示す用量応答曲線のような用量応答曲線が構築される。
【0059】
実施例10は、キナーゼレセプター酵素のリガンド活性化を妨害し得る競合についてスクリーニングする(アンタゴニストについてスクリーニングする)アッセイの使用を実証する。この実施例において、2つのEGFRフラグメントは、結合部位を飽和し、そしてEGFが添加された場合にEGFの結合をブロックし、続いてキナーゼ活性の増大をブロックする能力について研究された。実施例10における表1から見られるように、高濃度のフラグメントは、EGFRの増強された活性を抑制し得たが、基底酵素レベル(リガンドの非存在下における活性)を抑制し得なかった。
【0060】
多重化形式におけるこの研究を実施するために、固定した比でのこの酵素およびリガンドは、複数の異なる濃度の各々の選択された試験インヒビターおよび基質セット由来の基質の1つと混合される。各分離反応を実施した後、この反応混合物は合わされ、そして上記の通りに単一分離媒体において分析され、化合物の阻害活性についての用量応答曲線が得られる。
【0061】
別の例として、レセプターII(インスリン関連レセプター)は、インスリン様増殖因子(IGF)に関連して研究された。レセプターIIキナーゼ活性において顕著な増強(>4倍)が観察された。試験された他のリガンドとしては、インスリン、インスリンα鎖およびインスリンβ鎖が挙げられる。インスリンおよびインスリンβ鎖は両方とも、高濃度を用いた場合、20倍という高さでこのレセプターキナーゼ活性を刺激した(実施例11中の表2)。このレセプターについての1つのインスリンβ鎖の用量応答研究を図13に示す。いくつかのリガンドによるこのレセプターキナーゼ活性についての増強の顕著な相違(IGFについて4倍、インスリンおよびインスリンβ鎖について>20倍、インスリンα鎖についてほんの約3倍)に基づいて、インスリンβ鎖は、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによってレセプター−リガンド結合アッセイを実証するために選択された。
【0062】
レセプターIIレセプターについての、インスリンβ鎖と上皮増殖因子(EGF)との間の競合を実施して、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによって、活性化リガンドと推定競合物との間の競合において使用するためのアッセイ方法が実証された。図14Aは、高濃度の活性化リガンドで、非活性化リガンドによるリガンド誘導性レセプターIIキナーゼ活性化の阻害を示す。図14Bに示すように、3μMという、より低いインスリンβ鎖濃度を用いた場合、EGFについてほぼ完全な競合を示すこともまた可能である。
【0063】
上記のリガンド阻害アッセイが、本発明に従って多重化アッセイにおいてどのようにして実施されるかが上記から認識される。各反応混合物は、この酵素、最適に活性化する(または阻害する)量のリガンド、複数の異なる濃度の各々の試験化合物、および基質セットからの選択された基質を含む。各個々の酵素反応を実施した後に、アッセイ混合物が合わされ、そしてこの基質および産物が上記の通りに分離され、そして定量される。この情報から、この酵素に対するその競合結合における、この試験化合物の用量応答曲線が構築される。
【0064】
(C.分離および検出)
アッセイ反応由来の産物、そして好ましくは関連の基質は、単一の分離媒体または形式で分離される。このことは、反応物由来の合わせた産物(そして好ましくは、基質の全て)を含むサンプル混合物が、単一の分離媒体(例えば、電気泳動分離媒体、クロマトグラフィー媒体または質量分析法媒体に適用され、そしてサンプル産物/基質成分の全てがその媒体で分離されることを意味する。
【0065】
好ましい分離媒体は電気泳動媒体であり、そして適切な分離デバイスは、周知の方法に従って分離チャネルを横切って荷電成分を分離するための上記の型のミクロ流体デバイスである。図のいくつかにおいて例示したように、複数のプローブおよび基質の電気泳動分離およびバンドの分解能は、この方法によって容易に達成される。
【0066】
便利には、アリコート(一般に、約5μl以下)は、統合型システムへの電気泳動注入もしくは圧気注入を介して、またはシリンジ、キャピラリーなどのいずれかによって直接、ミクロ流体デバイスまたはキャピラリー電気泳動デバイスのサンプルレザバへと移される。ミクロ流体デバイスは、国内および外国の多数の特許および公開特許出願に記載される。例えば、米国特許第5,750,015号;同第5,900,130号;同第6,007,690号;ならびにWO 98/45693;WO 99/19717およびWO 99/15876を参照のこと。
【0067】
図1Aおよび図1Bは、上記の通り、CE分離および蛍光検出における使用のために適切な2つの型のミクロ流体デバイスを例示する。分離が実施される条件は、従来の条件であり、そして産物の性質に伴って変動する。電気泳動の条件下で同様の移動度を有する産物については、より長い時間が必要とされる。条件は、キャピラリー電気泳動について従来の電圧を用いて、オリゴペプチドまたは他の基質に適用可能である。
【0068】
各産物および基質を同定するために、各基質およびその対応するレポーターは、その産物/基質に独特である検出可能なレポーターを有さなければならないか、またはより通常は、選択された分離条件下での各産物および基質の相対的分離特徴を知っているかのいずれかである。例えば、サンプルがCZEによって分離される場合、各産物および基質は、他の産物および基質に対する、または検出可能な内部標準に対する、その既知の移動位置または相対的移動位置から同定され得る。これは、上記のいくつかの特徴において例示され、ここで、産物および基質の特定のバンドは、電気泳動ゲルに単一の産物/基質対として適用された場合に、それらの既知の移動挙動に従って同定される。
【0069】
分離後、成分は検出され、最初に上記の通りに分離特徴が決定され、そして二番目に、サンプル中の基質および各異なる基質についての産物の相対量の尺度としてシグナル強度(例えば、ピーク高さまたはピーク面積)が測定される。所定の基質およびその産物が両方とも同じ検出特徴(例えば、蛍光吸光度および発光スペクトル)を有すると仮定して、その基質および産物の相対量は、他の基質−産物対が異なる検出特徴を有したとしても、それらの相対ピーク高さまたはピーク面積から決定され得る。産物シグナル単独が測定される場合、種々の産物の相対検出特徴を知って、それらの異なる測定レベルを比較するための標準を有することが必要である。
【0070】
産物および基質のシグナルを測定するための方法は周知である。1つの好ましい方法では、この産物および基質は、蛍光標識される。標準的な蛍光発光源は、分離媒体の下流部分における検出域へと向けられ、そしてこの域の蛍光発光は、標準的な光検出器によって測定される。記録されるシグナルの高さまたは面積は、サンプル中の産物および基質の濃度の尺度を提供する。
【0071】
上記の検出情報を用いて、検出された各産物または基質−産物対を基質セット中の特定の基質へと割当て、そして多重酵素アッセイにおける各異なる酵素または多重反応アッセイにおける各異なる反応に対応する、各基質についての基質から産物への変換のレベルを比較することが現在可能である。
【0072】
(D.基質セット)
本発明によって提供される基質セットは、複数の酵素基質を含み、酵素基質の各々は、以下を有する:(i)そのアッセイにおいて酵素がその基質と反応して、その基質を対応する産物へと変換する、酵素基質部分、(ii)そのセット中の各基質およびその対応する産物に、そのセット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特の分離特徴を付与する、移動度モディファイヤー、ならびに(iii)このセット中の上記基質および産物からのシグナルの検出を可能にする、レポーター部分。
【0073】
レポーター部分は、分離媒体における分離後に、産物および基質が(好ましくは、定量的に)検出されるのを可能にする、任意の部分である。分光光度的検出について、発蛍光団または色素が用いられ得る。放射標識レポーターは、別のクラスの適切なレポーターである。あるいは、このレポーターは、例えば、共有に係る米国特許出願第60/293,821号(2001年5月26日出願)に記載されるような、適切な反応成分の存在下で検出可能な反応を触媒するに有効である、触媒部分であり得る。
【0074】
多数の異なる蛍光剤は、上記で言及した論文;すなわち、Stryer,Science 162,526(1968)およびBrandら,Ann.Rev.Biochem.41,843(1972)に記載される。1つの蛍光剤群は、キサンテン色素であり、これには、3,6−ジヒドロキシ−9−フェニルキサントヒドロール(3,6−dihydroxy−9−phenylxanthhydrol)から誘導されたフルオレセイン、ならびに3,6−ジアミノ−9−フェニルキサントヒドロールから誘導されたロサミン(rosamine)およびローダミンが含まれる。ローダミンおよびフルオレセインは、9−o−カルボキシフェニル基を有し、そして9−o−カルボキシフェニルキサントヒドロールの誘導体である。これらの化合物は、フェニル基に置換基を伴って市販され、フェニル基は、結合のための部位として、または結合官能基として、用いられ得る。例えば、アミノおよびイソチオシアネート置換フルオレセイン化合物が入手可能である。
【0075】
別の群の蛍光化合物は、ナフチルアミンであり、α位またはβ位(通常、α位)にアミノ基を有する。ナフチルアミノ化合物の中に含まれるのは、1−ジメチルアミノナフチル−5−スルホネート、1−アニリノ−8−ナフタレンスルホネートおよび2−p−トルイジニル−6−ナフタレンスルホネートである。いくつかのナフタレン化合物は、タンパク質に対する非特異的結合を有することが見出されており、それゆえ、これらの使用は、タンパク質の量が最少にされるアッセイ媒体を用いることを必要とする。他の蛍光剤は、窒素含有大環状分子を含む多座配位子リガンドであり、この大環状分子は、π電子を有する共役環構造を有する。これらの大環状分子は、架橋している炭素または窒素での置換を含め、必要に応じて置換され得る。適切な大環状分子としては、極めて非局在している電子を含む、ポルフィリン、アザポルフィリン、コリン、サフィリン(sapphyrin)およびポルフィセン(porphycene)ならびに他の同様の大環状分子の誘導体が挙げられる。アザポルフィリン誘導体としては、フタロシアン、ベンゾトリアザポルフィリンおよびナフタロシアンならびにそれらの誘導体が挙げられる。
【0076】
いくつかの例では、ポリペプチド基質へと融合されたグリーン蛍光タンパク質または他の蛍光タンパク質を用いる、蛍光融合タンパク質が用いられ得る。
【0077】
電気化学発光(ECL)を含め、電気化学的標識について、ECL部分は、本発明に従った電気化学的刺激の結果として、電磁放射(例えば、可視光)を放出する有機金属化合物を包含する。例は、4,4’,5’,5テトラメチルビピリジンRe(I)(4−エチルピリジン)(CO3.+CF3SO3 −;およびPt(2−(2−チエニル)ピリジン)2である。
【0078】
基質における移動度モディファイヤーは、互いに関して、ならびにそのセット中の全ての他の基質および対応する産物に関して独特の分離特徴をその基質およびその対応する産物に付与するように選択される。分離特徴が電気泳動移動度である場合、移動度モディファイヤーは好ましくは、独特の電荷/質量比および/または形状を各基質および産物に付与するように選択される。分離特徴がクロマトグラフィー分離である場合、この異なる移動度モディファイヤーは、異なる疎水性、電荷、分子量、および/またはサイズを有する。質量分析法による分析については、この異なる移動度モディファイヤーは、異なる質量を有する。
【0079】
1つの一般的実施形態では、この移動度モディファイヤーは、この基質には関連せず、そしてこの基質に対して共有結合する。異なる電気泳動分離特徴を付与するために適切なこの型のモディファイヤーは、共有に係るPCT特許出願WO 00/66607(2000年11月9日公開、そして本明細書中に参考として援用される)に詳述されている。このようなモディファイヤーは代表的に、独特の電荷/質量比を各異なるモディファイヤーに付与する反復サブユニット基を有する。
【0080】
基質部分が生体高分子(例えば、オリゴペプチド)である場合、この部分自体を変動させて、分離特徴における相違を提供し得る、すなわち、移動度モディファイヤーとして作用し得る。例えば、酵素との基質相互作用に関連しない、オリゴペプチド中のアミノ酸を置換して、このオリゴペプチドの分子量もしくはサイズを増大もしくは低減し得るか、またはこのオリゴペプチドの電荷を変動させ得る。この型の基質を構築する際に、酵素特異性に必要なアミノ酸を最初に同定し、次いで電気泳動移動度を変更するように設計されたアミノ酸の置換、欠失または付加を行う。新たな基質を構築した後、この基質は、基質反応速度が変化していないことを確認するために試験されなければならないか、または変化していた場合、反応速度が既知の基質に対して標準化されなければならない。基質の改変および別々の移動度モディファイヤーの組合せもまた用いられ得る。
【0081】
最後に、分離特徴における変化は、検出基の質量、電荷および/またはサイズにおける変化によって達成され得る。異なる数の荷電塩基性基もしくは荷電酸性基、または異なる分子量を有する蛍光基は公知である。
【0082】
以下の実施例は、本発明に従う種々の組み合わせた酵素アッセイ形式および単一酵素アッセイ形式を例示する。実施例は、本発明を例示するが、本発明の範囲を限定することを決して意図しない。
【0083】
(実施例1〜8についての実験)
用いた機器は、Ar+レーザー光学システムを備えた共焦点顕微鏡システムを備えていた。4つの独立して制御される電圧を有する電源を用いて、分離プロセスを制御した。2種類のLabCardTMミクロ流体デバイスを、多重化アッセイ混合物の分離について棒状の図に以下に示すように用いた(図1)。チャネルの寸法は、深さ35μm×幅80μmであり、種々の長さを有していた。このレザバは、直径が2.5mmであった。
【0084】
全ての試薬およびアッセイ緩衝液を以下に列挙する:
・酵素および基質:
−Src−キナーゼ(Tyr):最適な基質:FITC1−AEEEIYGEFEAKKKK;
−CDC−2基質:FITC−LCKVEKIGEGTTGVYK;
−カゼインキナーゼ(Ser):FITC−RRRDDDSDDDK;
−MAP−キナーゼ(Thr):FITC−PKTP;
−PKA−キナーゼ(Ser/Thr):FITC−GRTGRRNSI;
−レセプターII−キナーゼ(Tyr):FITC−KKKSPGEYVNIEFG。
1フルオレセインイソチオシアネートを、フルオレセインを末端アミノ基に結合させるために用いた。
【0085】
この基質ストック溶液を、D.I.H2O中に1mMで調製した。各アッセイにおける基質濃度を、アッセイプロトコルに記載する。レセプターII−キナーゼが好意による贈与物であったこと以外は、全ての酵素を、Upstate Biotechnologyから購入した。
・反応緩衝液およびストック溶液:
1.2mg/mLオボアルブミンを含む、100mM HEPES(pH 7.4)、
2.50mM HEPES(pH7.4)、
3.50mM HEPES中の10μMフルオレセイン、
4.50mM HEPES中の100μMフルオレセイン、
5.50mM HEPES中の50mM DTT、
6.50mM HEPES中の50mM Na3VO4、
7.50mM HEPES中の10mM MgCl2+5mM MnCl2、
8.50mM HEPES中の100mM Mg−ATP。
上記の溶液を調製するための全ての化学物質を、Sigma Chemicalsから購入した。
【0086】
実施例1〜9における多重化アッセイを、1つのチューブ中でいくつか(代表的に2〜4)の酵素を用いて実施した。アッセイ混合物は、50mM HEPES(pH7.4)ならびに1mM DTT、1mM Na3VO4、1mM Mg−ATP、4mM MgCl2、2mM MnCl2およびアッセイにおいて用いられる各酵素について各50μMのペプチド基質を含む。種々の量の酵素を、実施例において記載されるとおり、異なる実験のために用いた。
【0087】
2種類のLabCardミクロ流体デバイスを、基質および産物の電気泳動分離のために用いた。これらを、上記の通りに、図1Aおよび図1Bに示す。チャネル寸法は、深さ35μm×幅80μmであり、種々の長さを有した。レザバは、直径が2.5mmであった。4つの独立して制御される電圧を有する電源(powerful supply)を用いて、分離プロセスを制御した。検出のために用いた機器は、Ar+レーザー光学システムを備えた共焦点顕微鏡システムであった。全ての試薬およびアッセイ緩衝液を以下に列挙する:
(実施例1:4つのキナーゼを用いた多重化酵素アッセイおよびアッセイ特異性(図2))
アッセイプロトコルは一般的プロトコルに記載したのと同じである。本実験において用いた酵素は、各々3μLのカゼインキナーゼ、src−キナーゼ、レセプターII−キナーゼおよびPKAキナーゼであった。src−キナーゼについての基質はcdc−2であり、そして他のキナーゼについての基質は、対応するキナーゼについて上記に列挙した通りであった。総アッセイ容量は60μLであり、そして室温で45分間インキュベートされる。反応を停止させるために、10μLの100mM EDTAをアッセイ混合物に添加した。分析を実施する前に、70μLのD.I.H2Oを、分析物および塩の希釈のためにアッセイ溶液に添加した。酵素反応性を確認するために、個々の酵素アッセイをまた、アッセイにおいて1つのみの酵素およびその基質を用いることによって、多重化アッセイについてと同じプロトコルに従って4つの酵素の各々について実施した。ピーク同定を図2aに示す。
【0088】
多重化アッセイの特異性を実証するために、アッセイ容量を60μLに維持し、そして1つのみの酵素を他の3つの酵素についての基質と一緒に添加した(すなわち、このアッセイ混合物中にこの酵素についての基質は存在しない)こと以外は、多重化アッセイについてと同じプロトコルを続けた。図2bにおいて見られ得るように、本実験で用いた4つの酵素および他の酵素の基質の各々の間で交差反応性は存在しない。
【0089】
アッセイ産物の分離を、以下の注入条件および分離条件を用いて、改変LabCardミクロ流体デバイスで実施した(サンプルは常にウェル4に存在する):
注入:ウェル2に450V、そして他の3つの電極について30秒間アースした。
分離:ウェル1で0V;ウェル2および4で400V;ウェル3で700V。
検出スポット:5mm。
Ex./Em.:488nm/520nm。
分離媒体:25mM HEPES+1% PEO、pH7.4。
【0090】
(実施例2:3つのキナーゼを用いた多重化酵素アッセイおよびそれらの特異性(図3))
アッセイプロトコルは、実施例1においてと同じである。用いた3つの酵素は、Src−キナーゼ、レセプターII−キナーゼおよびPKAキナーゼである。本実験の目的は、酵素反応について釣り合いのとれた量の産物が得られるように、実験条件を最適化した後の多重化アッセイの性能を示すことである。src−キナーゼについて、最適なペプチドは、迅速な反応のために用いられる。本実験において用いられる酵素量は、1μLのsrc−キナーゼならびに各々5μLのPKAキナーゼおよびレセプターIIキナーゼであった。このアッセイを、60分間インキュベートし、その後、10μLの100mM EDTAを添加することによって反応を停止した。改変したLabCardミクロ流体デバイスでの分析前に、アッセイサンプルを、70μLのD.I.H2Oで希釈した。特異性をまた、これらの3つの酵素について研究し、1つの酵素を、1つのチューブにおいて他の2つの酵素についての基質とともにインキュベートした。同じ手順および前処理を用いて反応を停止させ、そしてアッセイサンプルを希釈した。分析条件は、実施例1について用いたのと同じである。
【0091】
(実施例3:3つのクラスのキナーゼを用いた多重化酵素アッセイ(図4))
アッセイプロトコルは、実施例1において用いたのと同じである。多重化アッセイは、3つのクラスのキナーゼについてであり、これらのキナーゼは、それぞれ、チロシン、セリンおよびトレオニンをリン酸化する。このアッセイを、各々5μLのPKAキナーゼおよびレセプターIIキナーゼ、ならびに3μLのMAP(Erk−2)キナーゼとともに1時間にわたってインキュベートした。実施例1と同じ手順を用いて反応を停止させ、そして分析のためにアッセイサンプルを希釈した。標準どおりのLabCardミクロ流体デバイスを、分析を実施するために用いた。注入を、ウェル番号2に800Vを60秒間印加し、一方他の3つのウェルはアースすることによって行った。サンプルは、ウェル番号4中にある。分離条件は、ウェル番号1について0Vであり、ウェル番号2および4について800Vであり、そしてウェル番号3について1500Vである。分離距離は3cmである。類似の移動度を有する成分を分離するために、比較的長い分離距離が必要とされた。
【0092】
(実施例4:時間経過研究(図5))
酵素量および2μMフルオレセインを内部標準として用いたこと以外は、実施例1について用いたのと同じプロトコルを本実験のために用いた。Src−キナーゼおよびPKAキナーゼを、時間経過研究のために用いた。1mg/mLオボアルブミンを用いてHEPES中に新たに事前希釈したsrc−キナーゼ(5×)およびPKAキナーゼ(4×)を用いて、最終量のsrc−キナーゼを0.4μLの商業的src−キナーゼに等価であるように、そして最終量のPKAキナーゼを0.5μLの商業的PKAキナーゼに等価であるように調整した。これらの酵素をアッセイチューブに添加した後、反応を反復CE分析によってモニタリングした。両方の酵素を用いるアッセイまたは1つのみの酵素を用いる2つの別々のアッセイのいずれについても、酵素の存在または非存在以外は等しい条件を用いた。しかし、これは、反応容量における何の顕著な相違も引き起こさなかった。なぜなら、酵素の容量は、総アッセイ容量の1%未満であるからである。多重化アッセイについて、両方の酵素についての基質が存在した。特定の基質のみが、個々のアッセイについて存在した。改変されたLabCardミクロ流体デバイスを、実施例1においてと同じ条件で分析のために用いた。内部標準(フルオレセイン)に対して正規化した産物ピーク面積を用いて、反応程度をモニタリングした。図5に示すように、src−キナーゼおよびPKAキナーゼは両方とも、多重化アッセイまたは個々のアッセイのいずれにおいても、約1時間にわたって非常に良好な線形性を示した。また、両方の酵素は、多重化アッセイ対個々のアッセイにおいてほぼ同じ反応性を示した。このことは、この2つの酵素が、個々のアッセイにおける速度と等しい速度で多重化アッセイにおいて独立して作動することを示す。
【0093】
(実施例5:阻害研究(図6))
本実験は、多重化アッセイ形式および個々のアッセイ形式の両方において測定されたIC50または阻害が、類似の結果を示すことを実証する。アッセイ条件は、酵素の数および内部標準としての1μMフルオレセインの使用以外は、実施例1において用いたのと同じであった。寛大な贈与物として提供された既知のキナーゼインヒビターであるsrc−キナーゼを、阻害研究のために用いた。市販のインヒビターPKI−[6−22]を、PKAキナーゼ研究のために用いた。インヒビターの濃度範囲は、src−キナーゼについて0μM〜50μM、そしてPKAキナーゼについて0μM〜150μMである。反応物を、新たに希釈した酵素溶液由来の各々0.4μLのsrc−キナーゼおよびPKAキナーゼと共に40分間インキュベートした(実施例4においてと同様のアプローチ)。阻害を定量するための反応を停止させるために、アッセイチューブを、>80℃で1分間加熱した(これは、この酵素を変性させる)。アッセイサンプルを直ちに分析しない場合、これらを酵素変性の直後に−20℃で貯蔵した。分析条件は、改変LabCardミクロ流体デバイスについて実施例1において用いたのと正確に同じである。この結果(図6)は、他のキナーゼの存在が、いずれのキナーゼの阻害測定値にも影響を与えないことを示す。IC50値は、多重化アッセイ形式と個々のアッセイ形式とで同等であった。
【0094】
(実施例6:PKAキナーゼおよびホスホリパーゼを用いた多重化酵素アッセイ(図7))
本実験は、異なるクラスの酵素を用いて多重化酵素アッセイを実施することが実行可能であることを実証し、ここで、共通の条件を用いて、合理的な酵素代謝回転速度を獲得し得る。多重化アッセイ溶液は、50mM HEPES、10mM Ca(Ac)2、2mM MgCl2、1mM MnCl2、2mM Mg−ATP(Sigma)、内部標準としての3μMフルオレセイン、両方の酵素についての各々30μMの基質、1μLのホスホリパーゼ(Sigma P7147)および0.5μLのPKAキナーゼを含む。個々のアッセイについて、1つのみの酵素およびその基質をアッセイ混合物中に添加したこと以外は、多重化アッセイについてと同じ条件を用いた。このアッセイを20分間インキュベートし、そしてこの酵素を、100℃まで2分間加熱することによって変性させた。
【0095】
分析条件は、改変したLabCardミクロ流体デバイスについて用いたのと同じであり、そして分離媒体は、1% PEOを有する25mM HEPESであった。図7は、これらの2つの酵素についてのアッセイが多重化され得ることを示す。
【0096】
(実施例7:インスリン刺激シグナル伝達経路のモニタリング(図8))
この経路に関与する重要な酵素(生化学的サンプル)を多重化するための実験条件:50mM HEPES(pH7.4)、2mM MgCl2、1mM DTT、1mM Na3VO4、1mM ATP、30μMの基質(S6キナーゼ:FITC−LC−LRRASLG;IRキナーゼ:(5−FAM)−KKKSPGEYVNIEFG;Erkキナーゼ:FITC−LC−PKTP)、3μLのS6キナーゼ(Upstate biotechnology)、1μL Erk−2キナーゼ(Upstate Biotechnology)および1μLインスリンレセプターキナーゼ(Sigma)。このアッセイを、室温で1.4時間インキュベートし、その後、分析を行った(図8)。
【0097】
(実施例8:細胞のシグナル伝達経路をモニタリングするための多重化キナーゼアッセイ(図9Aおよび図9B))
多重化アッセイについての実験条件:50mM HEPES(pH7.4)、1mM DTT、1mM Na3VO4、2mM MgCl2、2mM ATP、各キナーゼについて60μMの基質(AbIキナーゼ:FITC−LC−EAIYAAPFAK;p38キナーゼ:FITC−LC−KRELVEPLTPSGEPNQALLR;S6キナーゼ:FITC−LC−LRRASLG)、3μLのS6キナーゼ(Upstate biotechnology)、0.5μLのp38キナーゼ(Upstate biotechnology)および0.5μLのAbIキナーゼ(CALBIOCHEM)。室温で3時間にわたってインキュベートした。反応を停止させるために、アッセイ混合物を80℃で1分間加熱してこれらのキナーゼを変性させた。
【0098】
1つのみのキナーゼおよび他の2つのキナーゼについての基質をアッセイにおいて用いて交差反応性をチェックしたこと以外は、特異性研究:実験条件は、同じであった。図に示すように、キナーゼと他のキナーゼについての基質との間に1%未満の交差反応性が観察された。それゆえ、これらの基質は、本実験においてそれらのキナーゼについて特異的である。
【0099】
【表4】
EGFRアッセイについてのプロトコル:25μLの100mM HEPES(pH:7.4)、10μLの10mM MgCl2+5mM MnCl2、3μLの1M NaCl、1μL 50mM DTT、1μL 50mM Na3VO4、3μLグリセロール、2μL 1% Triton X−100、2μL 100mM Na−ATP、3μL EGFRキナーゼ、種々の量のEGF、および3μL基質(50μM最終濃度)を添加して、反応を開始する。基質を添加する前に、混合物を5分間インキュベートして、EGFへの結合によってEGFRを活性化する。このインキュベーションを、30℃にて30分間〜1時間行った。10μLの200mM EDTAを添加したかまたはこのサンプルを凍結するかのいずれかによってキナーゼ反応を停止させた後に分析をする。凍結したサンプルについて、分析を解凍直後に行った。
【0100】
分析を、2.5cmの有効分離距離を有するLabCardで行った(例えば、図1Bを参照のこと)。注入を、ウェル番号2で30秒間にわたって1000Vを印加し、一方、他のウェルをアースすることによって行った。分離条件は、ウェル番号1について0V、ウェル番号2および4について700V、ウェル番号3について1500Vである。
【0101】
レセプターIIアッセイについてのプロトコル:30μLの100mM HEPES(pH:7.4)、10μLの10mM MgCl2+5mM MnCl2、1μLの50mM DTT、1μLの50mM Na3VO4、2μLの100mM Na−ATP、1μLのレセプターIIキナーゼ、種々の量のインスリンβまたは他のインスリンリガンド[活性化リガンド]および/またはEGF[活性化リガンド結合の競合インヒビター]、そして最終工程は、3μLのレセプターIIキナーゼ基質(50μMの最終濃度)を添加して反応を開始することである。キナーゼ基質を添加する前に、混合物を5分間インキュベートして、インスリンβへの結合によってレセプターIIキナーゼを活性化する。インキュベーションを、室温にて30分間行った。10μLの200mM EDTAを添加するかまたはこのサンプルを凍結するかのいずれかによって反応を停止させた後に分析する。凍結したサンプルについて、サンプルを解凍した直後に分析を行った。
【0102】
分析を、5mmの有効分離長を有する改変Henryチップで行った。注入を、ウェル番号2に45秒間にわたって400Vを印加し、一方、他のウェルをアースすることによって実施した。分離条件は、ウェル番号1について0V、ウェル番号2および4について400V、ウェル番号3について700Vである。
【0103】
(実施例9:EGFRキナーゼ活性のEGF増強)
図10は、EGFRキナーゼ活性のEGF増強を示す。EGFは、基質1を用いて測定した場合、EGFRキナーゼ活性を4倍も増強し得る。文献によれば、EGFがEGFRに結合する場合、このことは、このレセプターの二量体化またはインターナリゼーションを引き起こす。しかし、この機構は、充分には理解されていない。膜貫通タンパク質のように、EGFRは、そのキナーゼドメインを細胞内に有する。EGFRの細胞外レセプタードメインへのEGF結合がそのキナーゼ活性を顕著に増大させることが報告されている。このプロセスは、癌腫の発達の多くの局面において見出される。本研究において観察される増強の程度は、文献において報告された程度と一貫している。
【0104】
EGF量に対するEGFRキナーゼ活性の用量応答を、両方の基質を用いて研究した(図12Aの基質1、図12Bの基質2)。用量応答研究について、基質濃度はいずれの基質についても50μMであり、そしてEGFR濃度は50nMであった。他の条件を、実験の節に列挙する。予想されるように、EGFはEGFに強固に結合するので、キナーゼ活性の増強は、化学量論量のEGFを添加した場合、プラトーに達する。これは、0.5:1に等しい、EGF:EGFRのモル比において到達する。おそらく、EGFがEGFRの二量体化を引き起こし、その結果、1分子のEGFが二分子のEGFRを活性化し得るからである。
【0105】
図11Aおよび図11Bから測定されたキナーゼ活性を、両方の基質についてEGF/EGFR比の関数としてプロットした。図12Aにおけるプロットは、この酵素が基質1に作用する場合、最適なEGF/EGFR比を用いて、キナーゼにおける6.3倍の増強を示す。最大レベルの増強は、図12Bにおいて見られるように、基質2を用いて約11倍であった。
【0106】
(実施例10:スクリーニングアッセイ)
本実施例は、キナーゼレセプター酵素のリガンド活性化を妨害し得る競合(スクリーニングアンタゴニスト)についてスクリーニングするアッセイの使用を実証する。本実施例では、2つのEGFRフラグメントを、EGFの結合部位を飽和して結合をブロックし、続いてEGFが添加された場合にキナーゼ活性を増大させる能力について研究した。本実験では、50μMのEGFR基質2を用いた。EGFRおよびEGFの濃度をそれぞれ、50nMおよび55nMで用いた。表1に列挙するように、フラグメントの濃度をEGF濃度よりも約10倍高くした場合、より少ない増強が観察される。しかし、これは、EGFによって促進される増強を完全には抑制しない。競合現象は、以下に考察されるように、レセプターIIキナーゼアッセイを用いて、より明確に実証される。
【0107】
【表1】
(実施例11:レセプターII活性をモニタリングすることによるレセプターIIアッセイ)
別の実施例として、レセプターII(インスリン関連レセプター)を、インスリン様増殖因子(IGF)に関連して研究した。レセプターIIキナーゼ活性における顕著な増強(>4倍)が観察された。試験した他のリガンドには、インスリン、インスリンα鎖およびインスリンβ鎖が含まれていた。インスリンおよびインスリンβ鎖の両方は、高濃度を用いた場合、このレセプターキナーゼ活性を20倍も刺激した(表2)。このレセプターについての1つのインスリンβ鎖用量応答研究を、図13に示す。いくつかのリガンドによるこのレセプターキナーゼ活性についての増強の顕著な相違(IGFについて4倍、インスリンおよびインスリンβ鎖について>20倍、インスリンα鎖についてほんの約3倍)に基づいて、インスリンβ鎖を、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによってレセプター−リガンド結合アッセイを実証するために選択した。本実験のために、25μMの基質を、固定量のレセプターIIおよび種々の量のリガンドと共に用いて、レセプターとリガンドとの間の飽和した結合を確認した。
【0108】
【表2】
図13は、インスリンβによるレセプターIIキナーゼについての活性化曲線を示す。
【0109】
(実施例12:競合インヒビターについてのスクリーニングアッセイ)
このレセプターを用いた、インスリンβ鎖と上皮増殖因子(EGF)との間の競合を実施し、レセプターキナーゼ活性をモニタリングすることによって、活性化リガンドと推定競合物との間の競合における使用のためのアッセイ方法を実証した。固定したレセプター濃度で、2つの濃度(3μMおよび15μM)のインスリンβ鎖(活性化リガンド)を用い、種々の量のEGF(競合する非活性化リガンド)を用いた競合実験を実施し、このことは、0.2μM〜0.3μMという同等のIC50を導いた。競合する非活性化リガンドはより高いインスリンβ濃度で完全な競合を示さなかったが、レセプターキナーゼ活性の変化に基づいて結合競合を測定することは簡単である。
【0110】
図14Aは、高濃度の活性化リガンドでの非活性化リガンドによる、リガンド誘導性レセプターIIキナーゼ活性化の阻害を示す。図14Bに示すように、3μMというより低いインスリンβ鎖濃度を用いた場合、EGFを用いてほぼ完全な競合を示すこともまた可能である。
【0111】
本明細書に引用した全ての刊行物および特許出願は、あたかも各々の個々の刊行物または特許出願が参考として援用されると具体的かつ個々に示されたかのように、本明細書中に参考として援用される。
【0112】
上記の発明は、理解を明確にする目的で例示および例によっていくらか詳細に記載されたが、本発明の教示を考慮すれば、添付の特許請求の範囲の趣旨または範囲から逸脱することなく、本発明に特定の変更および改変が行われ得ることが当業者に容易に明らかである。
【図面の簡単な説明】
【図1A】
図1Aは、本発明に従って多重化反応産物の電気泳動分離を実施するためのミクロ流体デバイス(microfluidics device)の、単純化した平面図である。
【図1B】
図1Bは、本発明に従って多重化反応産物の電気泳動分離を実施するためのミクロ流体デバイスの、単純化した平面図である。
【図2A】
図2Aは、アッセイ産物および基質(2A)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図2B】
図2Bは、基質特異性(2B)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図3A】
図3Aは、アッセイ産物および基質(3A)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図3B】
図3Bは、基質特異性(3B)を示す、4つの異なるキナーゼを用いる多重化酵素アッセイの電気泳動図である。
【図4】
図4は、3つのクラスのキナーゼを用いる多重化酵素アッセイについての電気泳動図である。
【図5A】
図5Aは、個々のアッセイ形式(5A)における酵素についての時間経過研究を示す。
【図5B】
図5Bは、多重化アッセイ形式(5B)における酵素についての時間経過研究を示す。
【図6A】
図6Aは、個々のアッセイ形式(6A)における阻害測定値である。
【図6B】
図6Bは、多重化アッセイ形式(6B)における阻害測定値である。
【図7】
図7は、ホスホリパーゼおよびPKAキナーゼを用いた多重化酵素アッセイの電気泳動図を示す。
【図8】
図8は、インスリンレセプター経路における酵素についての多重化アッセイの電気泳動図を示す。
【図9A】
図9Aは、細胞シグナル伝達経路をモニタリングするために用いられる多重化キナーゼアッセイの電気泳動図を示す。
【図9B】
図9Bは、細胞シグナル伝達経路をモニタリングするために用いられる多重化キナーゼアッセイの電気泳動図を示す。
【図10】
図10は、レセプターキナーゼ活性のリガンド増強のレベルを示すプロットである。
【図11A】
図11Aは、第一の基質(11A)を用いた、EGFR活性で測定したレベルに対する種々のEGF/EGFR比の影響を示す。
【図11B】
図11Bは、第二の基質(11B)を用いた、EGFR活性で測定したレベルに対する種々のEGF/EGFR比の影響を示す。
【図12A】
図12Aは、第一の基質(12A)を用いた、EGFRキナーゼのEGF増強を示すプロットである。
【図12B】
図12Bは、第二の基質(12B)を用いた、EGFRキナーゼのEGF増強を示すプロットである。
【図13】
図13は、レセプターIIキナーゼアッセイにおけるインスリンB用量応答を示す。
【図14A】
図14Aは、EGFを競合物として用いた、高い活性化リガンド濃度(14A)でのレセプターIIキナーゼ活性の変化を示すプロットである。
【図14B】
図14Bは、EGFを競合物として用いた、低い活性化リガンド濃度(14B)でのレセプターIIキナーゼ活性の変化を示すプロットである。
Claims (25)
- 多重化酵素アッセイ方法であって、以下の工程:
酵素基質のセットの存在下で、該基質についての酵素の存在下で、該セット中の酵素基質を対応する産物へと変換するに有効な条件下で、複数の酵素反応を実施する工程であって、ここで、(i)各基質および該基質の該産物が、互いに、かつ該セット中の他の基質およびそれらの対応する産物とは異なる分離特徴を有し、そして(ii)各基質およびその対応する産物は、検出可能なシグナルを生じ得る検出部分を有する、工程、
反応物中の該基質および産物を単一の分離媒体で分離する工程、
各分離された産物について、該産物を同定するに有効な分離特徴および該産物の量に関連するシグナルを検出する工程、ならびに
各産物について検出された、該検出された分離特徴およびシグナルから、該反応の各々で該対応する産物へと変換された基質の量を決定する工程
を包含する、方法。 - 前記基質および産物の前記分離特徴が電気泳動移動度であり、そして前記分離する工程が、該基質および対応する産物を電気泳動媒体内で、印加された電場の影響下で分離することを包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記基質および対応する産物が、キャピラリー電気泳動によって分離される、請求項2に記載の方法。
- 前記検出する工程が、前記基質の各々について、該基質を同定するに有効な分離特徴および該基質の量に関連するシグナルを検出することをさらに包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記基質および対応する産物が蛍光標識され、そして前記検出する工程が、蛍光励起波長が照射されたときに各産物から蛍光シグナルを検出することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記複数の酵素反応が、複数の異なる酵素を含む単一の反応混合物において実施され、そして該酵素の各々が、該反応混合物中の前記基質の1つを前記対応する産物へと変換するに有効である、請求項1に記載の方法。
- 選択された細胞条件下で、細胞中の複数の異なる酵素の各々の活性のレベルを決定する際における使用のための、請求項6に記載の方法であって、ここで、前記反応混合物中の該異なる酵素が、このような選択された細胞条件下で該細胞から得られる、方法。
- コントロール細胞条件および試験細胞条件における、細胞中の一群の酵素の各々の活性レベルの変化を決定するための、請求項7に記載の方法であって、ここで、前記実施する工程、分離する工程、検出する工程および決定する工程が、コントロール条件および試験条件で該細胞から得られた酵素について実施される、方法。
- 前記異なる酵素のうちの1以上の活性レベルを阻害または活性化する能力について既知であるかまたは試験される因子に細胞が暴露された場合の該細胞中の一群の酵素の各々の活性レベルの変化を決定するための、請求項7に記載の方法であって、ここで、前記実施する工程、分離する工程、検出する工程および決定する工程が、該因子への暴露の前および後の該細胞から得られた酵素について実施される、方法。
- 前記一群の酵素が、レセプターキナーゼ酵素および細胞シグナル伝達経路酵素からなる群より選択される、請求項9に記載の方法。
- 選択された酵素の活性を阻害または刺激する際の1以上の因子の影響をアッセイするための、請求項1に記載の方法であって、ここで、前記実施する工程が、複数の別々の酵素反応を別々の反応混合物中で実施することを包含し、ここで、各混合物が、(i)1以上の酵素および(ii)前記セット由来の前記基質の1以上を含み、そしてここで、前記実施する工程が、該基質および前記複数の反応の産物を分離する前に前記反応混合物を合わせることをさらに包含する、方法。
- 酵素活性に影響を与え得る試験化合物についてスクリーニングまたは評価する際に使用するための、請求項11に記載の方法であって、ここで、前記別々の反応混合物がまた、(a)該酵素の活性を活性化または阻害する能力について試験される複数の異なる試験因子のうちの1つ、および(b)単一の因子の複数の異なる濃度のうちの1つの一方または両方を含む、方法。
- 請求項11に記載の方法であって、セット中の前記異なる基質が、(i)酵素基質部分、(ii)該セット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特である、該セット中の各基質およびその対応する産物に分離特徴を付与する移動度モディファイヤー、ならびに(iii)該基質およびそれらの対応する産物からのシグナルの検出を可能にする検出部分を含む、方法。
- セット中の前記異なる基質が、オリゴペプチド基質部分を有し、そして前記移動度モディファイヤーが、(i)該オリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)該酵素による該基質部分の認識を保存するが、該オリゴペプチドの分離特徴を変更する、該オリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、および(iii)異なる分離特徴を有する異なるレポーター部分からなる群より選択される、請求項13に記載の方法。
- レセプター酵素と該レセプター酵素の活性に影響を与えることが公知のリガンドとの間の相互作用をアッセイするための、請求項11に記載の方法であって、ここで前記別々の酵素反応混合物が、(i)該酵素、(ii)前記セットからの前記基質の1つ、(iii)少なくとも1つの反応混合物中に、該酵素の最適な活性化を生じるために充分な濃度のリガンドを含む、1以上の異なる濃度の前記リガンドを含む、方法。
- 前記反応混合物の少なくとも1つが、リガンドを実質的に含まず、非活性化酵素の酵素活性レベルを提供する、請求項15に記載の方法。
- 1以上の試験因子がリガンド活性化酵素活性を妨害する能力をアッセイするための、請求項15に記載の方法であって、前記反応混合物の少なくともいくつかが、最適な濃度のリガンドに加えて、複数の異なる試験因子のうちの1つを含む、方法。
- 1以上の試験因子がリガンド活性化酵素活性を妨害する影響をアッセイするための、請求項15に記載の方法であって、ここで、前記反応混合物の少なくともいくつかが、最適な濃度のリガンドおよび1以上の異なる濃度の少なくとも1つの試験因子を含む、方法。
- 前記レセプター酵素が、活性化状態で、オリゴペプチド基質をリン酸化するに有効なレセプター−キナーゼ酵素であり、そして前記セット中の前記基質が、このようなオリゴペプチド基質を含み、移動度モディファイヤーが、(i)該オリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)該酵素による該基質部分の認識を保存するが、該オリゴペプチドの該分離特徴を変更する、該オリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、および(iii)異なる分離特徴を有する異なる検出部分からなる群より選択される、請求項15に記載の方法。
- 前記レセプター酵素が、前記リガンドがEGFであるEGFR、前記リガンドがインスリンであるレセプターIIキナーゼ、ならびに前記リガンドがインスリンであるERKおよびインスリンレセプターキナーゼからなる群より選択される、請求項19に記載の方法。
- 前記酵素がキナーゼである、請求項11に記載の方法。
- 前記酵素が、ERKキナーゼ、S6キナーゼ、P38キナーゼおよびAbIキナーゼからなる群より選択される、請求項21に記載の方法。
- 複数の酵素基質を含む、多重化酵素アッセイを実施するための酵素基質のセットであって、該複数の酵素基質の各々が、(i)該アッセイ中の酵素が該基質と反応して該基質を対応する産物へと変換する、酵素基質部分、(ii)該セット中の他の基質および対応する産物の分離特徴に関して独特の分離特徴を該セット中の各基質およびその対応する産物に付与する、移動度モディファイヤー、ならびに(iii)該セット中の該基質および産物からのシグナルの検出を可能にする検出部分を有する、セット。
- 前記検出部分が、蛍光レポーターである、請求項23に記載のセット。
- オリゴペプチド基質を有する、1以上の酵素をアッセイするための方法における使用のための、請求項23に記載のセットであって、ここで、セット中の該基質は、オリゴペプチド基質部分を有し、そして前記移動度モディファイヤーは、(i)該オリゴペプチドにカップリングされた非ペプチド部分、(ii)該酵素による該基質部分の認識を保存するが、該オリゴペプチドの分離特徴を変更する、該オリゴペプチド中の1以上のアミノ酸置換、ならびに(iii)異なる分離特徴を有する異なる検出部分からなる群より選択される、セット。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US22383200P | 2000-08-08 | 2000-08-08 | |
PCT/US2001/024758 WO2002012547A1 (en) | 2000-08-08 | 2001-08-08 | Multiplexed enzymatic assays |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2004511223A true JP2004511223A (ja) | 2004-04-15 |
Family
ID=22838134
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002517831A Withdrawn JP2004511223A (ja) | 2000-08-08 | 2001-08-08 | 多重化酵素アッセイ |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US6630296B2 (ja) |
EP (1) | EP1309717A1 (ja) |
JP (1) | JP2004511223A (ja) |
AU (2) | AU2001279222B2 (ja) |
CA (1) | CA2417355A1 (ja) |
WO (1) | WO2002012547A1 (ja) |
Families Citing this family (26)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6630296B2 (en) * | 2000-08-08 | 2003-10-07 | Aclara Biosciences, Inc. | Multiplexed enzymatic assays |
US7244598B2 (en) * | 2000-08-14 | 2007-07-17 | Surface Logix, Inc. | Biomolecule arrays |
AU2002223950A1 (en) * | 2000-09-20 | 2002-04-02 | Qlt Inc. | Cancer associated protein kinases and their uses |
CA2474695A1 (en) * | 2002-02-01 | 2003-08-14 | Promega Corporation | Bioluminescent protease assay |
US20040229380A1 (en) * | 2002-05-21 | 2004-11-18 | Po-Ying Chan-Hui | ErbB heterodimers as biomarkers |
US20040229294A1 (en) | 2002-05-21 | 2004-11-18 | Po-Ying Chan-Hui | ErbB surface receptor complexes as biomarkers |
SE523933C2 (sv) * | 2002-09-04 | 2004-06-01 | Btg Kaelle Inventing Ab | Förfarande för mätning av ditionitkoncentration |
US20040091850A1 (en) * | 2002-11-08 | 2004-05-13 | Travis Boone | Single cell analysis of membrane molecules |
US7402398B2 (en) | 2003-07-17 | 2008-07-22 | Monogram Biosciences, Inc. | Measuring receptor homodimerization |
WO2005019470A2 (en) * | 2003-08-11 | 2005-03-03 | Monogram Biosciences, Inc. | Detecting and profiling molecular complexes |
US7553632B2 (en) | 2004-01-22 | 2009-06-30 | Promega Corporation | Luminogenic and nonluminogenic multiplex assay |
US7416854B2 (en) * | 2004-01-22 | 2008-08-26 | Promega Corporation | Luminogenic and nonluminogenic multiplex assay |
US7887750B2 (en) * | 2004-05-05 | 2011-02-15 | Bayer Healthcare Llc | Analytical systems, devices, and cartridges therefor |
WO2007021819A2 (en) * | 2005-08-11 | 2007-02-22 | Eksigent Technologies, Llc | Biochemical assay methods |
US20090145201A1 (en) * | 2005-08-11 | 2009-06-11 | Eksigent Technologies, Llc | Methods and apparatuses for reducing effects of molecule adsorption within microfluidic channels |
US20070048812A1 (en) * | 2005-09-01 | 2007-03-01 | Moravec Richard A | Cell-based luminogenic and nonluminogenic proteasome assays |
CN101384733A (zh) * | 2006-02-13 | 2009-03-11 | 奥尔加·奥尔纳茨基 | 通过元素分析实施的基因表达检测 |
WO2007093049A1 (en) | 2006-02-13 | 2007-08-23 | Olga Ornatsky | Kinase and phosphatase assays conducted by elemental analysis |
PT2444804E (pt) | 2006-05-27 | 2015-11-25 | Fluidigm Canada Inc | Marcadores elementares da cadeia principal de polímeros |
US8227205B2 (en) | 2007-04-13 | 2012-07-24 | Promega Corporation | Luminescent live and dead cell assay |
WO2009070772A1 (en) | 2007-11-27 | 2009-06-04 | Monogram Biosciences, Inc. | Enhanced method for detecting and/or quantifying an analyte in a sample |
CA2711843C (en) | 2007-12-20 | 2018-11-13 | Laboratory Corporation Of America Holdings | Her-2 diagnostic methods |
SG177252A1 (en) | 2008-12-01 | 2012-03-29 | Lab Corp America Holdings | METHODS AND ASSAYS FOR MEASURING p95 AND/OR p95 IN A SAMPLE AND ANTIBODIES SPECIFIC FOR p95 |
KR20110120890A (ko) * | 2009-01-15 | 2011-11-04 | 래버러토리 코포레이션 오브 아메리카 홀딩스 | Her-2 발현의 측정에 의한 환자 반응의 결정 방법 |
CN102460152B (zh) | 2009-01-15 | 2014-11-26 | 美国控股实验室公司 | 通过测量Her-3确定患者反应的方法 |
CA3016914C (en) | 2016-03-15 | 2019-08-27 | Laboratory Corporation Of America Holdings | Methods of assessing protein interactions between cells |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US37542A (en) * | 1863-01-27 | Improvement in giffard s injector | ||
US127604A (en) * | 1872-06-04 | Improvement in sewing-machine tables | ||
US142323A (en) * | 1873-09-02 | blessing | ||
US5308460A (en) | 1992-10-30 | 1994-05-03 | Glyko, Incorporated | Rapid synthesis and analysis of carbohydrates |
US5981180A (en) * | 1995-10-11 | 1999-11-09 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
US7236888B2 (en) | 1998-03-06 | 2007-06-26 | The Regents Of The University Of California | Method to measure the activation state of signaling pathways in cells |
US6740497B2 (en) | 1998-03-06 | 2004-05-25 | The Regents Of The University Of California | Method and apparatus for detecting cancerous cells using molecules that change electrophoretic mobility |
US6335201B1 (en) * | 1998-03-06 | 2002-01-01 | The Regents Of The University Of California | Method and apparatus for detecting enzymatic activity using molecules that change electrophoretic mobility |
US6630296B2 (en) * | 2000-08-08 | 2003-10-07 | Aclara Biosciences, Inc. | Multiplexed enzymatic assays |
-
2001
- 2001-08-08 US US09/924,692 patent/US6630296B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-08-08 AU AU2001279222A patent/AU2001279222B2/en not_active Ceased
- 2001-08-08 WO PCT/US2001/024758 patent/WO2002012547A1/en not_active Application Discontinuation
- 2001-08-08 CA CA002417355A patent/CA2417355A1/en not_active Abandoned
- 2001-08-08 EP EP01957484A patent/EP1309717A1/en not_active Withdrawn
- 2001-08-08 JP JP2002517831A patent/JP2004511223A/ja not_active Withdrawn
- 2001-08-08 AU AU7922201A patent/AU7922201A/xx active Pending
-
2003
- 2003-07-02 US US10/613,583 patent/US6846645B2/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20020119500A1 (en) | 2002-08-29 |
CA2417355A1 (en) | 2002-02-14 |
US20040048328A1 (en) | 2004-03-11 |
US6846645B2 (en) | 2005-01-25 |
WO2002012547A1 (en) | 2002-02-14 |
EP1309717A1 (en) | 2003-05-14 |
AU2001279222B2 (en) | 2006-03-02 |
US6630296B2 (en) | 2003-10-07 |
AU7922201A (en) | 2002-02-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2004511223A (ja) | 多重化酵素アッセイ | |
AU2001279222A1 (en) | Multiplexed enzymatic assays | |
Hewitt et al. | Application of lanthanide luminescence in probing enzyme activity | |
EP2012125B1 (en) | Molecular modification assays | |
US7632651B2 (en) | Molecular modification assays | |
US20060211075A1 (en) | Enzyme sensors including environmentally sensitive or fluorescent labels and uses thereof | |
KR20040082273A (ko) | 단백질 분석을 위한 방법 및 조성물 | |
US8568973B2 (en) | Cell-signaling assays | |
US8206941B2 (en) | Three part assay for kinase or phosphatase activity | |
EP2812698B1 (en) | Dual-acceptor time-resolved-fret | |
Warner et al. | AlphaScreen™ kinase HTS platforms | |
US20030175986A1 (en) | Activity based probe analysis | |
US20030224469A1 (en) | Methods and kits for assays utilizing fluorescence polarization | |
US20070238143A1 (en) | Metal ion mediated fluorescence superquenching assays, kits and reagents | |
CA2315051C (en) | Capillary electrophoretic methods to detect new biologically active compounds in complex biological material | |
US10024865B2 (en) | Ubiquitination assay | |
US20010004522A1 (en) | Kinase activity measurement using fluorescence polarization | |
Morris | A Toolbox of Fluorescent Peptide Biosensors to Highlight Protein Kinases in Complex Samples: Focus on Cyclin‐Dependent Kinases | |
US20030027236A1 (en) | Kinase activity measurement using flourescence polarization | |
EP2505572A1 (en) | Kinases labeled in the C helix for the screening of inhibitors | |
JP2006512905A (ja) | ポリ(adp−リボース)ポリメラーゼ(parp)の活性を減少させる化合物を検定する方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A300 | Application deemed to be withdrawn because no request for examination was validly filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A300 Effective date: 20081104 |