JP2004054775A - 生体分子配列情報の編集サーバ - Google Patents
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Abstract
【課題】データベースからダウンロードしたすべてのサンプルデータの塩基配列に対して、編集済みのサンプルデータを元のデータベースへアップロードする一連の作業をＷｅｂブラウザ上で実行し、かつサンプルデータの読み取り品質予測値を付加・変更することができる生体分子配列情報の編集サーバを提供する。
【解決手段】データベース２に保存されているサンプルデータから所望のサンプルデータをダウンロードし、該サンプルデータＤの編集済みデータをデータベースに保存するサンプルデータローダ７と、サンプルデータＤとその編集結果とをディスプレイ１４に表示するデータを生成する情報生成部１５とを有した、ＷＷＷサーバ６が接続した編集サーバ４であって、外部のクライアント装置１からアクセスがあった場合に、該装置１に組み込まれているＷｅｂブラウザＢによるログオン要求に基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部１８を設けた。
【選択図】 図１
【解決手段】データベース２に保存されているサンプルデータから所望のサンプルデータをダウンロードし、該サンプルデータＤの編集済みデータをデータベースに保存するサンプルデータローダ７と、サンプルデータＤとその編集結果とをディスプレイ１４に表示するデータを生成する情報生成部１５とを有した、ＷＷＷサーバ６が接続した編集サーバ４であって、外部のクライアント装置１からアクセスがあった場合に、該装置１に組み込まれているＷｅｂブラウザＢによるログオン要求に基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部１８を設けた。
【選択図】 図１
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】
この発明は、バイオインフォマティックス（生命情報科学）分野において、コンピュータを利用して核酸配列やタンパク質アミノ酸配列等の生体分子配列情報が多数蓄積されているデータべースにアクセスして、生体分子配列情報をダウンロードして、ダウンロードした生体分子配列情報に編集を加え、その編集結果を元のデータベースにアップロードすることができる生体分子配列情報の編集サーバに関し、より詳しくは生体分子配列情報の編集作業がＷｅｂブラウザ上で行えるようにした編集サーバに関するものである。
【０００２】
【従来の技術】
従来、蛍光プライマー法や蛍光ジデオキシ法によりＤＮＡの塩基配列を決定する１個又は複数のＤＮＡシーケンサ（例えば、ＡＢＩ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｚｅｒ、ＡＢＩ社製）から出力されるサンプルファイルを直接、データベース化したＤＮＡの塩基配列やサンプルファイルを解析したフラグメント解析データ等のサンプルデータを１箇所のサーバで集中管理するデータ管理システムを実現するソフトウエアとして、バイオ・リムス（ＢｉｏＬＩＭＳ（商標）、ＡＢＩ社製）やシーケンス・コレクタ（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｏｒ（商標）、ＡＢＩ社製）等のシーケンスデータベース用ソフトウエアがある。
【０００３】
このバイオ・リムスやシーケンス・コレクタは、データベースに汎用性の高いオラクル・データベース（ＯＲＡＣＬＥ（登録商標）、オラクル社製）を使用しているため、サードパーティの各種ソフトウエアとの連携も図れることから、一般に広く使用されている。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、ＤＮＡシーケンサには、電気泳動波形データを読み、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ塩基配列に変換するソフトウエア（例えば、トレース・チューナ（Ｔｒａｃｅ Ｔｕｎｅｒ（商標）、パラセル社製）が同梱されているが、日本では有効に活用されていないのが実状である。
【０００５】
また、シーケンスデータベース用ソフトウエアを使用してＤＮＡの塩基配列やフラグメント解析データを１箇所のサーバで集中管理するデータ管理システムを構築した場合の問題点として、シーケンスデータベース用ソフトウエア自体には読み取りデータの品質の程度を表す表示がなされないため、データの信頼性に疑問を残したまま後工程としての編集作業を行うこととなっていた。
【０００６】
そこで、この発明は、以上のような問題点を解消するために考えられたもので、シーケンスデータベース用ソフトウエアが組み込まれた逐次処理サーバのデータベースからダウンロードしたすべてのサンプルデータの塩基配列に対して、塩基の追加、変更、削除等の編集作業を行った編集済みのサンプルデータを元の逐次処理サーバのデータベースへアップロードする一連の作業をＷｅｂブラウザ上で実行できるものとし、かつサンプルデータの読み取り品質予測値を付加・変更することができる生体分子配列情報の編集装置を提供することを課題としている。
【０００７】
【課題を解決するための手段】
かかる課題を解決するために、請求項１に記載の発明は、核酸配列やタンパク質アミノ酸配列等の生体分子配列のサンプルデータが多数蓄積されているデータベースを有する逐次処理サーバに接続され、前記データベースに保存されているサンプルデータから所望のサンプルデータをダウンロードし、かつ該ダウンロードしたサンプルデータを編集した編集済みサンプルデータを前記データベースに保存するサンプルデータローダと、前記ダウンロードしたサンプルデータとその編集結果とをディスプレイに表示できる表示データを生成する情報生成部とを有する編集サーバであって、前記情報生成部にはＷＷＷサーバが接続されており、かつ外部のクライアント装置からアクセスがあった場合に、該クライアント装置に組み込まれているＷｅｂブラウザによるログオン要求毎に特定のセッションＩＤを生成し、該セッションＩＤに基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部を有することを特徴としている。
【０００８】
この発明に適用できる生体分子配列には特に限定はないが、例えば、構成単位が線状に連なった構造を有する核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）、ポリペプチド（タンパク質）、糖鎖等の配列を挙げることができる。
【０００９】
請求項２に記載の発明は、請求項１の構成に加えて、前記編集サーバには前記データベースからダウンロードしたサンプルデータを保存するサンプルデータ部を有し、該サンプルデータ部には前記セッションＩＤと対応する特定のディレクトリを作成し、その後の前記クライアント装置からの要求によるサンプルデータに関するデータ処理の結果は前記特定のディレクトリに保存されるようにしたことを特徴としている。
【００１０】
請求項３に記載の発明は、請求項１又は２の構成に加えて、前記サンプルデータローダには、前記クライアント装置からの要求によりサンプルデータのダウンロードとアップロードの制御を行うサンプルデータダウン・アップロード部が接続されており、該サンプルデータダウン・アップロード部には前記サンプルデータの読み取り品質予測値を演算するトレース調整部を制御するデータ処理実行部が接続されており、該データ処理実行部は前記トレース調整部で演算された読み取り品質予測値と前記ダウンロードしたサンプルデータとを前記表示情報生成部へ送出することを特徴としている。
【００１１】
ここで、品質予測値とは電気泳動波形データを読み、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ塩基配列に変換する際の読み取りデータの品質の程度を表す指標であって１〜５０の数値が与えられ、数字が大きいほど品質がよいことを示すものである。
【００１２】
請求項４に記載の発明は、前記データ処理実行部には前記逐次処理サーバのデータベースを常時監視する新規データ検出部が接続されており、該新規データ検出部は前記逐次処理サーバのデータベースに新たに保存された新規サンプルデータを検出した結果を前記データ処理実行部に送出し、前記新規サンプルデータに対して前記トレース調整部の演算処理を実行するようにしたことを特徴としている。
【００１３】
請求項５に記載の発明は、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の構成に加えて、特定のサンプルデータについて生体分子配列の各塩基の読み取り品質予測値を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に棒グラフで表示し、該棒グラフで表示された特定の塩基を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、その塩基の種別、読み取り品質予測値、塩基の位置を前記特定の塩基の部分に表示するようにしたことを特徴としている。
【００１４】
請求項６に記載の発明は、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の構成に加えて、特定のサンプルデータについて生体分子配列のすべての塩基の読み取り品質予測値を集計し、該特定のサンプルデータの読み取り品質予測値の分布がわかる折れ線グラフを前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に表示すると共に、該折れ線グラフ上の特定の箇所を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、該特定の箇所に該当する塩基の読み取り品質予測値と塩基の位置を表示するようにしたことを特徴としている。
【００１５】
請求項７に記載の発明は、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の構成に加えて、前記トレース調整部でデータ処理されたサンプルデータに付加される付加的情報ファイルのヘッダ情報内のトリミング情報と品質予測情報を変更することにより、前記サンプルデータの読み取り品質予測値を編集するようにしたことを特徴としている。
【００１６】
【発明の実施の形態】
以下、この発明に係る実施の形態について図面に従って説明する。
【００１７】
図１は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバのブロック図である。
【００１８】
図１に示した実施の形態では、ユーザが使用するパーソナルコンピュータ等のクライアント装置１と離れた場所に、生体分子配列情報を保存しているデータベース２を有する逐次処理サーバ３がある場合を示している。
【００１９】
逐次処理サーバ３のデータベース２には、蛍光プライマー法や蛍光ジデオキシ法によりＤＮＡの塩基配列を決定する１個又は複数のＤＮＡシーケンサ（例えば、３７７ＤＮＡシーケンサ（ＡＢＩ社製）、３１０ＤＮＡシーケンサ（ＡＢＩ社製））等から出力されるサンプルファイル（ａｂ１ファイル）をデータベース化したＤＮＡの塩基配列やサンプルファイル（ａｂ１ファイル）を解析した（後述するトレース調整部Ｔによるベースコールの実行）フラグメント解析データ（ｐｈｄファイル）等のサンプルデータが保存されている。
【００２０】
逐次処理サーバ３には、編集サーバ４が接続されており、この編集サーバ４にユーザが使用するクライアント装置１がインターネット５又はイントラネット（図示せず、以下同じ。）等を介して接続できるようになっている。クライアント装置１としては、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）２０００のオペレーションシステムが組み込まれたコンピュータであってｊａｖａアプレット（ＪＤＫ１．１）が動作する、例えば、インターネットエクスプローラ（登録商標）５．５以上のＷｅｂブラウザが使用できるものが好ましいが、これに限られるものではない。
【００２１】
そして、編集サーバ４がユーザのクライアント装置１からの目的とする生体分子配列に関するサンプルデータの出力要求を受信した場合に、編集サーバ４が出力要求のあったサンプルデータのみを逐次処理サーバ３のデータベース２から抽出してクライアント装置１へ送信したり、編集サーバ４がクライアント装置１で編集された編集済みサンプルデータの保存要求を受信した場合に、逐次処理サーバ３のデータベース２へ編集済みサンプルデータを保存するようになっている。
【００２２】
つまり、編集サーバ４には、クライアント装置１とインターネット５又はイントラネット等を介してデータの送受信を行うための接続部となるＷＷＷサーバ６があり、編集サーバ４の逐次処理サーバ３との接続部には逐次処理サーバ３のデータベース２からサンプルデータをダウンロードし、又は編集済みのサンプルデータを逐次処理サーバ３のデータベース２へアップロードするサンプルデータローダ７がある。
【００２３】
また、編集サーバ４は、クライアント装置１が編集サーバ４に接続した時点から所定の期間その使用を可能とするセッション情報Ｓを生成するセッション情報生成部８と、ダウンロード又はアップロードを実行し、ダウンロードしたサンプルデータＤをサンプルデータ部９に保存するサンプルデータダウン・アップロード部１０と、ダウンロードしたサンプルデータＤのベースコール、読み取り品質予測値ＱＶの演算、トリミング処理を行うトレース調整部Ｔに処理を実行させその処理結果を受け取るデータ処理実行部１１とを有している。このデータ処理実行部１１でデータ処理されたベースコール結果、読み取り品質予測値ＱＶ、トリミング情報を含んだｐｈｄデータは、サンプルデータダウン・アップロード部１０へ送られる。
【００２４】
波形データから塩基文字を決定するベースコールはＤＮＡシーケンサでも行われているが、トレース調整部Ｔを使用して再度ベースコールを行うのは、塩基文字の決定の精度を高めるためである。つまり、ＤＮＡシーケンサの使用機器、試薬及び電気泳動条件の違いにより、電気泳動で現れるピーク特性は著しく変わるため、サンプルデータの正確な読み取り品質を確保するためには実際にサンプルデータを読み取るときの環境を代表するようなトレーニング用データセットを用いてキャリブレーションを行う必要がある。そこで、この発明の実施の形態では、後工程のトリミングやアセンブルツールが最良の結果をもたらすように、本来の性質を忠実に表現したピークモデルを採用することにより電気泳動で現れるピークを再度分析し、サンプルデータのベースコールの実行と読み取り品質予測値ＱＶを演算することのできるトレース調整部Ｔを採用している。具体的には、トレース調整部Ｔとして、トレース・チューナ（Ｔｒａｃｅ Ｔｕｎｅｒ（商標）、パラセル社製）というソフトウエアを使用することができる。
【００２５】
その他、編集サーバ４は、常時、逐次処理サーバ３を監視していて、逐次処理サーバ３のデータベース２にＤＮＡシーケンサから新規なサンプルデータが保存される度に、その新規サンプルデータを検出してデータ処理実行部１１へ送る新規データ検出部１２を有している。さらに、編集サーバ４は、トレース調整部Ｔで演算された読み取り品質予測値ＱＶを逐次処理サーバ３のデータベース２に保存させるための品質予測値アップロード部１３を有している。これにより、ユーザは編集サーバ４によって常に読み取り品質予測値ＱＶが付加された最新のサンプルデータを対象に編集作業をすることができる。
【００２６】
ＷＷＷサーバ６には、主に逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードしたサンプルデータＤと、演算された読み取り品質予測値ＱＶをクライアント装置１のディスプレイ１４に表示するために必要な表示データを生成するための情報生成部１５が接続されている。
【００２７】
情報生成部１５は、逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードしたサンプルデータＤ、サンプルデータ部９に作成したサンプルデータ（ａｂ１ファイル）とｐｈｄデータ（ｐｈｄファイル）のＵＲＬ、トレース調整部Ｔで演算された読み取り品質予測値ＱＶを、クライアント装置１のディスプレイ１４に表示するために必要な表示データを生成する表示データ生成部１６の他に、クライアント装置１から受信したトレース調整部Ｔでのデータ処理に必要なコマンドライン中のパラメータの解析を行うパラメータ解析部１７と、セッション情報生成部８にて生成されたセッション情報Ｓを管理するセッション管理部１８と、クライアント装置１からサンプルデータＤに対して行われた編集作業の編集結果を保存する編集結果保存部１９とを有している。
【００２８】
他方、クライアント装置１には、編集サーバ４の情報生成部１５から送信されてくるサンプルデータ、セッション情報、編集結果等の表示データをディスプレイ１４に映し出すインターネットエクスプローラ（登録商標）等のＷｅｂブラウザＢが組み込まれている。
【００２９】
以下、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバ４の使用方法を、クライアント装置１のディスプレイ１４に映し出される各種操作画面と共に説明する。
【００３０】
図２は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバの使用方法を説明した流れ図である。
【００３１】
まず、ユーザはクライアント装置１のディスプレイ１４に映し出されているログオン画面（図示せず）のユーザＩＤ欄とパスワード欄にそれぞれユーザＩＤとパスワードを入力して、ログオンボタンをクリックしてユーザＩＤとパスワードを送信することで編集サーバ４にログオン要求をする（ステップＳ１１）。すると、インターネット５又はイントラネット等を介して編集サーバ４にそのログオン要求信号が送信される。
【００３２】
このログオン要求信号を編集サーバ４が受信すると、編集サーバ４はユーザ認証を行い、セッション情報生成部８にてセッションＩＤを含むセッション情報Ｓを生成すると共に、図３に示したようなサンプルデータ一覧２１を含むサンプルデータ選択画面２２を情報生成部１５で生成し、このサンプルデータ選択画面２２と共にセッションＩＤをクライアント装置１へ送信する（ステップＳ２１）。以後のクライアント装置１と編集サーバ４との送受信は、すべてこのセッションＩＤに基づいて行われる。
【００３３】
編集サーバ４から送信されたサンプルデータ一覧２１を含むサンプルデータ選択画面２２とセッションＩＤはインターネット５又はイントラネット等を介してクライアント装置１へ届けられ、クライアント装置１のディスプレイ１４に表示される。ここで、このセッションＩＤの元になるセッション情報Ｓは編集サーバ４が使用できる有効期限を持っており、有効期限が切れると編集サーバ４の操作ができなくするためのものである。セッション情報Ｓの有効期限は、システム管理者により編集サーバ４側で設定される。
【００３４】
編集サーバ４に常時接続されている逐次処理サーバ３では、プロジェクトというディレクトリとサンプルデータというファイルを階層構造で管理している。したがって、図３に示したようなサンプルデータ選択画面２２では、左側のプロジェクト一覧フレーム２３と右側のサンプルデータ操作フレーム２４が表示され、プロジェクト一覧フレーム２３で選択したプロジェクトの下位にあるプロジェクトがサンプルデータ操作フレーム２４のプロジェクト一覧２５として、また、そのサンプルデータがサンプルデータ操作フレーム２４のサンプルデータ一覧２１に表示されるようになっている。
【００３５】
プロジェクト一覧フレーム２３には、プロジェクト又はサンプルデータのキーワード検索ができるようにキーワードが入力できる検索ボックス２６が設けられている。
【００３６】
サンプルデータ操作フレーム２４の下方にはａｂ１ファイルダウンロードボタン２７、ｐｈｄファイルダウンロードボタン２８、ａｂ１ファイル＋ｐｈｄファイルダウンロードボタン２９及びデータ処理実行ボタン３０が横一列に並んで表示されている。
【００３７】
ここで、ａｂ１ファイルとは逐次処理サーバ３のデータベース２に保存されているサンプルデータのファイル形式をいい、ｐｈｄファイルとはａｂ１ファイルに編集サーバ４のトレース調整部Ｔでデータ処理した際に付加される付加的情報のファイル形式をいう。したがって、逐次処理サーバ３のデータベース２に保存されている未だ編集サーバ４にダウンロードされる前の新規なサンプルデータは、ａｂ１ファイルのみである。このａｂ１ファイルが編集サーバ４にダウンロードされ、トレース調整部Ｔのデータ処理が行われた場合にはサンプルデータにｐｈｄファイルが付加されることになる。そして、このトレース調整部Ｔのデータ処理が行われたサンプルデータはａｂ１ファイルとｐｈｄファイルとが一体となっており、このサンプルデータが逐次処理サーバ３のデータベース２にアップロードされることで、元のサンプルデータ（ａｂ１ファイルのみ）が上書き保存されてａｂ１ファイルとｐｈｄファイルとからなるサンプルデータに修正される。
【００３８】
つまり、逐次処理サーバ３のデータベース２には、未だ編集サーバ４の編集作業が行われていないサンプルデータ（ａｂ１ファイルのみ）と、編集サーバ４により編集作業を行なわれたサンプルデータ（ａｂ１ファイルとｐｈｄファイル）とが共存していると考えればよい。
【００３９】
そこで、ユーザはクライアント装置１のディスプレイ１４に映し出されているサンプルデータ選択画面２２の検索ボックス２６にキーワードを入力しキーワード検索するか、又はサンプルデータ一覧２１を表示させてからその中から必要とするサンプルデータのａｂ１ファイル及び／又はｐｈｄファイルをダウンロードすることとなる。この場合、目的とするサンプルデータの先頭にあるチェックボックス３１にチェックマークを入れてから、ａｂ１ファイルダウンロードボタン２７、ｐｈｄファイルダウンロードボタン２８、ａｂ１ファイル＋ｐｈｄファイルダウンロードボタン２９のいずれかをクリックすることで、それぞれのファイルについて編集サーバ４にダウンロード要求をする（ステップＳ１２）。このとき、クライアント装置１から編集サーバ４へセッションＩＤと特定のサンプルデータＩＤが送信される。
【００４０】
編集サーバ４では、このクライアント装置１からのダウンロード要求を受信すると、受信したセッションＩＤと対応したディレクトリをサンプルデータ部９に生成し、生成したディレクトリにダウンロード要求のあったサンプルデータを逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードして、その結果として、図４に示したようなサンプルデータのＵＲＬ４４の表示されたサンプルデータダウンロード画面４２を表示情報生成部１５で生成し、その生成したサンプルデータダウンロード画面３２をセッションＩＤと共にクライアント装置１に送信し（ステップＳ２２）、クライアント装置１のディスプレイ１４にサンプルデータのＵＲＬ４４が表示されたサンプルデータダウンロード画面４２を表示させる。
【００４１】
ユーザは、クライアント装置１のディスプレイ１４に映し出されたサンプルデータダウンロード画面４２を見て、必要とするサンプルデータのＵＲＬ４４を指示してダウンロード要求することで（ステップＳ１３）、編集サーバ４からクライアント装置１にそのサンプルデータを読み込む。
【００４２】
以上のように、インターネット５又はイントラネット等を介したデータの送受信を行うに当たって、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバ４では、クライアント装置１に組み込まれたＷｅｂブラウザＢからのログオン要求毎にセッションＩＤを生成することとし、その後のデータの送受信をすべてこのセッションＩＤで管理するようにしている。勿論、セッションＩＤを生成するときは、同一の既存の有効なセッションＩＤがないことを確認してから、セッションＩＤを生成するようにしている。
【００４３】
つまり、セッションＩＤのついたディレクトリを編集サーバ４のサンプルデータ部９に作成して、サンプルデータとサンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶとをこのディレクトリに置いて公開するようにしている。また、セッションＩＤはダウンロード要求を行ったユーザのみが知っていることとなり、セッションＩＤ自体、ランダムな２４文字の英数字で構成され、他人が推測できないようになっている。したがって、ダウンロード要求を行ったユーザのみがサンプルデータ、サンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶをダウンロードできるといった安全性が保たれる。
【００４４】
なお、同一のクライアント装置１で複数のＷｅｂブラウザＢを起動して、それぞれがログオン要求を行った場合には、それぞれ別個のＷｅｂブラウザＢにそれぞれ異なったセッションＩＤを生成するようにしている。
【００４５】
サンプルデータ一覧表２１の各サンプルデータの先頭にはチェックボックス３１が配置されており、複数のサンプルデータに対する処理を行う場合には、目的とするサンプルデータの先頭のチェックボックス３１をクリックしてチェックを入れて指定し、その後ａｂ１ファイルダウンロードボタン２７、ｐｈｄファイルダウンロードボタン２８、ａｂ１ファイル＋ｐｈｄファイルダウンロードボタン２９及びデータ処理実行ボタン３０のいずれかのボタンをクリックすることで目的とする複数ファイルの一括した処理が実行される。
【００４６】
次に、逐次処理サーバ３のデータベース２からａｂ１ファイル又はｐｈｄファイルをダウンロードする手順を説明する。
【００４７】
まず、図３に示したサンプルデータ選択画面２２で、プロジェクト一覧フレーム２３でダウンロードを行うサンプルデータのあるプロジェクトを選択し、選択されたプロジェクトに含まれるサンプルデータ一覧表２１のうちの特定のサンプルデータのａｂ１アンカー３２又はｐｈｄアンカー３３をクリックすると、対象ファイルのＵＲＬが表示されるので、そのＵＲＬを指定して対象ファイルを逐次処理サーバ３のデータベース２よりダウンロードして編集サーバ４に保存を指示します。
【００４８】
次に、逐次処理サーバ３のデータベース２のサンプルデータに対するトレース調整部Ｔによるデータ処理を行う手順について説明する。
【００４９】
まず、図３に示したサンプルデータ選択画面２２で、プロジェクト一覧フレーム２３でダウンロードを行うサンプルデータのあるプロジェクトを選択し、選択されたプロジェクトに含まれるサンプルデータ一覧表２１のうちからデータ処理を実行するサンプルデータのデータ処理アンカー３４をクリックすると、パラメータ設定画面（図示せず）が表示されるので、この画面上で目的とするパラメータを設定し実行ボタンをクリックすると、図５に示したような実行結果ファイルのＵＲＬ５０が表示される。そこで、ユーザはＷｅｂブラウザの機能を使用して表示されたＵＲＬ５０に対して対象ファイルの保存を選択することで、この表示されたＵＲＬ５０から逐次処理サーバ３のデータベース２のサンプルデータに対してトレース調整部Ｔによるデータ処理が実行された対象ファイル（処理結果）のダウンロードをすることができる。この場合、トレース調整部Ｔによるデータ処理結果は、サンプルデータダウン・アップロード部１０により、同時に逐次処理サーバ３のデータベース２にアップロードされるようになっている。
【００５０】
なお、パラメータはサンプルデータ毎に指定しても又は複数のサンプルデータのパラメータを１つのグループ（これを、パラメータセットという。）として一度に指定することもできる。当然に、パラメータセットを指定してデータ処理を実行すれば、ユーザが毎回、１つ１つパラメータの確認及び入力作業を行う手間が省けるので都合がよい。
【００５１】
次に、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバを使用した編集作業について説明する。
【００５２】
図６は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバの編集画面である。図７は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバによる編集作業の手順を示した流れ図である。
【００５３】
編集画面３５の最上部にはコントロールパネル３６が表示されており、このコントロールパネル３６には、必要とする画面を選択することのできる画面切り替えコンボボックス３７と、セットオプションボタン３８と、アップデートボタン３９とが配置されている。
【００５４】
画面切り替えコンボボックス３７に表示される表示内容を選択することにより、波形データ、読み取り品質予測値ＱＶを表示する波形データ画面と、ａｂ１ファイルに格納されている情報を一覧形式で表示する注釈画面と、読み取り品質予測値ＱＶのヒストグラムの先端部を結んだ折れ線グラフを表示する品質予測値ヒストグラム画面と、編集している塩基をｆａｓｔａ形式で表示するシーケンス画面のうちから、必要とする画面を選択することができるようになっている。
【００５５】
編集サーバ４へのログオン操作から編集サーバ４に対して編集要求をする直前までの操作は、サンプルデータのダウンロード操作で説明した内容（ステップＳ１１→ステップＳ２１→ステップＳ２１→ステップＳ１２）と同じである。
【００５６】
サンプルデータのダウンロードの場合には、その後、編集サーバ４に対してダウンロード要求を行うが、編集作業の場合には、編集サーバ４に対して編集要求を行うことになる。
【００５７】
つまり、図３に示したサンプルデータ選択画面２２で、プロジェクト一覧フレーム２３でダウンロードを行うサンプルデータのあるプロジェクトを選択し、選択されたプロジェクトに含まれるサンプルデータ一覧表２１のうちから編集対象とするサンプルデータの編集アンカー４０をクリックして編集サーバ４に編集要求を行う。ここで、編集要求を行うには、サンプルデータがトレース調整部Ｔによるデータ処理が行われたｐｈｄファイルが付与されていることが条件となる。
【００５８】
編集サーバ４では、このクライアント装置１からの編集要求を受信すると、受信したセッションＩＤと対応したディレクトリをサンプルデータ部９に生成し、生成したディレクトリにサンプルデータを逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードして、その結果として、図６に示したような編集画面３５を情報生成部１５で生成し、その生成した編集画面３５をセッションＩＤと共にクライアント装置１に送信し（ステップＳ２３）、クライアント装置１のディスプレイ１４に編集画面３５を表示させる。
【００５９】
そこで、ユーザのクライアント装置１のディスプレイ１４には、図６のような編集画面３５が表示されるので、コントロールパネル３６を塩基変更パネルに切り替えて、塩基配列Ｈ上の具体的に編集を行う塩基４１を選択して、その塩基４１に対して追加、変更、削除のいずれかの操作を指定し編集作業を完了する（ステップＳ１４）。このとき、指定した塩基４１の読み取り品質予測値ＱＶの棒グラフを見ることで基準値Ｋと編集対象としている塩基４１の読み取り品質予測値ＱＶとの相違の程度を感覚的に把握できるだけでなく、編集対象としている塩基４１の下にその塩基４１の塩基の種類、読み取り品質予測値ＱＶ、塩基の位置等の値が表示されるようになっているので、塩基情報に関する具体的な数値を知ることができる。
【００６０】
その後、アップデートボタン３９をクリックして編集結果の保存要求を指示すると、セッションＩＤと編集結果のｐｈｄファイルが編集サーバ４に送信される。
【００６１】
編集サーバ４では、クライアント装置１から受信したセッションＩＤと編集結果のｐｈｄファイルに基づいてＣＧＩパラメータの解析が実行され、編集結果のｐｈｄファイルをサンプルデータ部９に保存すると共に逐次処理サーバ３のデータベース２にアップロードし、当初のサンプルデータのｐｈｄファイルを上書き保存する（ステップＳ２４）。その後、クライアント装置１に対しては、編集結果の保存処理終了コードを送信することで、ユーザに保存処理終了を通知する。
【００６２】
図８は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバにおける読み取り品質予測値ＱＶのヒストグラムの先端部を結んだ折れ線グラフを表示する品質予測値ヒストグラム画面である。
【００６３】
品質予測値ヒストグラム画面４３に示された折れ線グラフ４５ａは編集前のサンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶを示し、折れ線グラフ４５ｂはトリミングした編集後のサンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶを示している。この折れ線グラフの形から、サンプルデータの品質、傾向を推測することが可能となる。また、トリミング前とトリミング後の折れ線グラフを同時に表示することにより、トリミングの効果を確認することができる。
【００６４】
次に、読み取り品質予測値ＱＶの変更作業について説明する。
【００６５】
図９は、読み取り品質予測値ＱＶの変更作業の手順を示した流れ図である。図１０は、ｐｈｄファイルのデータフォーマット例を示したリストである。
【００６６】
サンプルデータの品質予測データ（アルファベットと数字とからなる配列）として、最初に、逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードしたサンプルデータのｐｈｄファイルのヘッダ情報Ｈ、読み取り品質予測情報Ｙ、フッタ情報Ｆをクライアント装置１のメモリに格納する（ステップＳ３１）。次に、格納したメモリ上にあるｐｈｄファイルの品質予測情報Ｙとヘッダ情報Ｈにあるトリミング情報Ｍを変更する（ステップＳ３２）。次に、格納したメモリ上にある変更されたｐｈｄファイルの読み取り品質予測情報Ｙとヘッダ情報Ｈ及び変更のないフッタ情報Ｆとから新たなｐｈｄファイルを作成する（ステップＳ３３）。この新たに作成されたｐｈｄファイルを編集サーバ４のサンプルデータ部９にアップロードすることにより（ステップＳ３４）、元のサンプルデータのｐｈｄファイルが上書き保存される。
【００６７】
塩基配列の編集作業は、図６に示した波形データＷや読み取り品質予測値ＱＶの棒グラフＫを見ながら行われ、その場合の塩基の変更の都度、クライアント装置１のメモリ上にあるｐｈｄファイルの品質予測情報Ｙとヘッダ情報Ｈにあるトリミング情報Ｍが変更される。
【００６８】
以上に記載したとおり、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバ４によれば、クライアント装置１に組み込まれたＷｅｂブラウザＢからのログオン要求毎にセッションＩＤを生成することとし、その後のデータの送受信をすべてこのセッションＩＤで管理するようにしたことで、ダウンロード要求を行ったユーザのみがサンプルデータと、サンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶをダウンロード又はアップロードができるといった安全性が保たれるため、インターネット５又はイントラネット等上でサンプルデータが他に流出するようなことのない堅固な安全性を実現することができるようになった。
【００６９】
そのため、インターネット５又はイントラネット等上での安全なサンプルデータの取り扱いが可能となり、ＷｅｂブラウザＢ上でサンプルデータの編集作業を行えるようになり、生体分子配列情報の編集作業の容易性と迅速性が向上された。
【００７０】
【発明の効果】
以上説明したように、請求項１に記載の発明によれば、情報生成部にはＷＷＷサーバが接続されており、かつ外部のクライアント装置からアクセスがあった場合に、該クライアント装置に組み込まれているＷｅｂブラウザによるログオン要求毎に特定のセッションＩＤを生成し、該セッションＩＤに基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部を有するので、ダウンロード要求を行ったユーザの使用する特定のＷｅｂブラウザのみがサンプルデータと、サンプルデータの読み取り品質予測値をダウンロード又はアップロードができるといった安全性が保たれるため、インターネット又はイントラネット等上でサンプルデータが他に流出するようなことのない堅固な安全性を実現することができるようになった。
【００７１】
請求項２に記載の発明によれば、編集サーバには逐次処理サーバのデータベースからダウンロードしたサンプルデータを保存するサンプルデータ部を有し、該サンプルデータ部にはセッションＩＤと対応する特定のディレクトリを作成し、その後のクライアント装置からの要求によるサンプルデータに関するデータ処理の結果はこの特定のディレクトリに保存されるようにしたので、編集サーバが生成したセッションＩＤ毎に別個のディレクトリによってデータが管理されることとなるため、請求項１の効果に加えて、一層データの安全性が確保できる。
【００７２】
請求項３に記載の発明によれば、サンプルデータローダには、クライアント装置からの要求によりサンプルデータのダウンロードとアップロードの制御を行うサンプルデータダウン・アップロード部が接続されており、該サンプルデータダウン・アップロード部にはサンプルデータの読み取り品質予測値を演算するトレース調整部を制御するデータ処理実行部が接続されており、該データ処理実行部はトレース調整部で演算された読み取り品質予測値とダウンロードしたサンプルデータとを表示情報生成部へ送出するので、請求項１又は２の効果に加えて、クライアント装置のＷｅｂブラウザ上でサンプルデータの読み取り品質予測値を確認しながら編集作業をすることができる。
【００７３】
請求項４に記載の発明によれば、データ処理実行部には逐次処理サーバのデータベースを常時監視する新規データ検出部が接続されており、該新規データ検出部は逐次処理サーバのデータベースに新たに保存された新規サンプルデータを検出した結果をデータ処理実行部に送出し、新規サンプルデータに対してトレース調整部の演算処理を実行するようにしたので、請求項１乃至３のいずれか１つに記載の効果に加えて、最新のサンプルデータのダウンロードとサンプルデータへの読み取り品質予測値の付与及び読み取り品質予測値が付与されたサンプルデータのアップロードを自動で処理するようになっているため、編集作業を行うユーザの負担が大幅に軽減される。
【００７４】
請求項５に記載の発明によれば、特定のサンプルデータについて生体分子配列の各塩基の読み取り品質予測値をクライアント装置のＷｅｂブラウザ上に棒グラフで表示し、該棒グラフで表示された特定の塩基を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、その塩基の種別、読み取り品質予測値、塩基の位置を特定の塩基の部分に表示するようにしたので、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の効果に加えて、編集対象の塩基の読み取り品質予測値の基準値との差異が直感的に把握できると共に、その数値的な塩基情報の確認もできるから、サンプルデータの読み取り品質予測値の付加や変更が容易に行えるようになった。
【００７５】
請求項６に記載の発明によれば、特定のサンプルデータについて生体分子配列のすべての塩基の読み取り品質予測値を集計し、該特定のサンプルデータの読み取り品質予測値の分布がわかる折れ線グラフを前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に表示すると共に、該折れ線グラフ上の特定の箇所をクライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、該特定の箇所に該当する塩基の読み取り品質予測値と塩基の位置を表示するようにしたので、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の効果に加えて、折れ線グラフの形から、サンプルデータの品質、傾向を推測することが可能となり、トリミング前とトリミング後の折れ線グラフを同時に表示することにより、トリミングの効果を確認することができる。
【００７６】
請求項７に記載の発明によれば、トレース調整部でデータ処理されたサンプルデータに付加される付加的情報ファイルのヘッダ情報内のトリミング情報を変更することにより、サンプルデータの読み取り品質予測値を編集するようにしたので、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の効果に加えて、サンプルデータの読み取り品質予測値の付加や変更が容易に行えるようになった。
【図面の簡単な説明】
【図１】この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバのブロック図である。
【図２】この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバの使用方法を説明した流れ図である。
【図３】同生体分子配列情報の編集サーバのサンプルデータ選択画面である。
【図４】同生体分子配列情報の編集サーバのサンプルデータダウンロード画面である。
【図５】同生体分子配列情報の編集サーバの実行結果画面である。
【図６】同生体分子配列情報の編集サーバの編集画面である。
【図７】同生体分子配列情報の編集サーバによる編集作業の手順を示した流れ図である。
【図８】同生体分子配列情報の編集サーバにおける読み取り品質予測値のヒストグラムの先端部を結んだ折れ線グラフを表示する品質予測値ヒストグラム画面である。
【図９】読み取り品質予測値の変更作業の手順を示した流れ図である。
【図１０】サンプルデータに付加される付加的情報ファイルのデータフォーマット例を示したリストである。
【符号の説明】
１ クライアント装置
２ データベース
３ 逐次処理サーバ
４ 編集サーバ
５ インターネット
６ ＷＷＷサーバ
７ サンプルデータローダ
８ セッション情報生成部
９ サンプルデータ部
１０ サンプルデータダウン・アップロード部
１１ データ処理実行部
１２ 新規データ検出部
１３ 品質予測値アップロード部
１４ ディスプレイ
１５ 情報生成部
１８ セッション情報管理部
１９ 編集結果保存部
Ｄ サンプルデータ
Ｓ セッション情報
Ｔ トレース調整部
ＱＶ 読み取り品質予測値
【発明の属する技術分野】
この発明は、バイオインフォマティックス（生命情報科学）分野において、コンピュータを利用して核酸配列やタンパク質アミノ酸配列等の生体分子配列情報が多数蓄積されているデータべースにアクセスして、生体分子配列情報をダウンロードして、ダウンロードした生体分子配列情報に編集を加え、その編集結果を元のデータベースにアップロードすることができる生体分子配列情報の編集サーバに関し、より詳しくは生体分子配列情報の編集作業がＷｅｂブラウザ上で行えるようにした編集サーバに関するものである。
【０００２】
【従来の技術】
従来、蛍光プライマー法や蛍光ジデオキシ法によりＤＮＡの塩基配列を決定する１個又は複数のＤＮＡシーケンサ（例えば、ＡＢＩ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｚｅｒ、ＡＢＩ社製）から出力されるサンプルファイルを直接、データベース化したＤＮＡの塩基配列やサンプルファイルを解析したフラグメント解析データ等のサンプルデータを１箇所のサーバで集中管理するデータ管理システムを実現するソフトウエアとして、バイオ・リムス（ＢｉｏＬＩＭＳ（商標）、ＡＢＩ社製）やシーケンス・コレクタ（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｏｒ（商標）、ＡＢＩ社製）等のシーケンスデータベース用ソフトウエアがある。
【０００３】
このバイオ・リムスやシーケンス・コレクタは、データベースに汎用性の高いオラクル・データベース（ＯＲＡＣＬＥ（登録商標）、オラクル社製）を使用しているため、サードパーティの各種ソフトウエアとの連携も図れることから、一般に広く使用されている。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、ＤＮＡシーケンサには、電気泳動波形データを読み、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ塩基配列に変換するソフトウエア（例えば、トレース・チューナ（Ｔｒａｃｅ Ｔｕｎｅｒ（商標）、パラセル社製）が同梱されているが、日本では有効に活用されていないのが実状である。
【０００５】
また、シーケンスデータベース用ソフトウエアを使用してＤＮＡの塩基配列やフラグメント解析データを１箇所のサーバで集中管理するデータ管理システムを構築した場合の問題点として、シーケンスデータベース用ソフトウエア自体には読み取りデータの品質の程度を表す表示がなされないため、データの信頼性に疑問を残したまま後工程としての編集作業を行うこととなっていた。
【０００６】
そこで、この発明は、以上のような問題点を解消するために考えられたもので、シーケンスデータベース用ソフトウエアが組み込まれた逐次処理サーバのデータベースからダウンロードしたすべてのサンプルデータの塩基配列に対して、塩基の追加、変更、削除等の編集作業を行った編集済みのサンプルデータを元の逐次処理サーバのデータベースへアップロードする一連の作業をＷｅｂブラウザ上で実行できるものとし、かつサンプルデータの読み取り品質予測値を付加・変更することができる生体分子配列情報の編集装置を提供することを課題としている。
【０００７】
【課題を解決するための手段】
かかる課題を解決するために、請求項１に記載の発明は、核酸配列やタンパク質アミノ酸配列等の生体分子配列のサンプルデータが多数蓄積されているデータベースを有する逐次処理サーバに接続され、前記データベースに保存されているサンプルデータから所望のサンプルデータをダウンロードし、かつ該ダウンロードしたサンプルデータを編集した編集済みサンプルデータを前記データベースに保存するサンプルデータローダと、前記ダウンロードしたサンプルデータとその編集結果とをディスプレイに表示できる表示データを生成する情報生成部とを有する編集サーバであって、前記情報生成部にはＷＷＷサーバが接続されており、かつ外部のクライアント装置からアクセスがあった場合に、該クライアント装置に組み込まれているＷｅｂブラウザによるログオン要求毎に特定のセッションＩＤを生成し、該セッションＩＤに基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部を有することを特徴としている。
【０００８】
この発明に適用できる生体分子配列には特に限定はないが、例えば、構成単位が線状に連なった構造を有する核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）、ポリペプチド（タンパク質）、糖鎖等の配列を挙げることができる。
【０００９】
請求項２に記載の発明は、請求項１の構成に加えて、前記編集サーバには前記データベースからダウンロードしたサンプルデータを保存するサンプルデータ部を有し、該サンプルデータ部には前記セッションＩＤと対応する特定のディレクトリを作成し、その後の前記クライアント装置からの要求によるサンプルデータに関するデータ処理の結果は前記特定のディレクトリに保存されるようにしたことを特徴としている。
【００１０】
請求項３に記載の発明は、請求項１又は２の構成に加えて、前記サンプルデータローダには、前記クライアント装置からの要求によりサンプルデータのダウンロードとアップロードの制御を行うサンプルデータダウン・アップロード部が接続されており、該サンプルデータダウン・アップロード部には前記サンプルデータの読み取り品質予測値を演算するトレース調整部を制御するデータ処理実行部が接続されており、該データ処理実行部は前記トレース調整部で演算された読み取り品質予測値と前記ダウンロードしたサンプルデータとを前記表示情報生成部へ送出することを特徴としている。
【００１１】
ここで、品質予測値とは電気泳動波形データを読み、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ塩基配列に変換する際の読み取りデータの品質の程度を表す指標であって１〜５０の数値が与えられ、数字が大きいほど品質がよいことを示すものである。
【００１２】
請求項４に記載の発明は、前記データ処理実行部には前記逐次処理サーバのデータベースを常時監視する新規データ検出部が接続されており、該新規データ検出部は前記逐次処理サーバのデータベースに新たに保存された新規サンプルデータを検出した結果を前記データ処理実行部に送出し、前記新規サンプルデータに対して前記トレース調整部の演算処理を実行するようにしたことを特徴としている。
【００１３】
請求項５に記載の発明は、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の構成に加えて、特定のサンプルデータについて生体分子配列の各塩基の読み取り品質予測値を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に棒グラフで表示し、該棒グラフで表示された特定の塩基を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、その塩基の種別、読み取り品質予測値、塩基の位置を前記特定の塩基の部分に表示するようにしたことを特徴としている。
【００１４】
請求項６に記載の発明は、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の構成に加えて、特定のサンプルデータについて生体分子配列のすべての塩基の読み取り品質予測値を集計し、該特定のサンプルデータの読み取り品質予測値の分布がわかる折れ線グラフを前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に表示すると共に、該折れ線グラフ上の特定の箇所を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、該特定の箇所に該当する塩基の読み取り品質予測値と塩基の位置を表示するようにしたことを特徴としている。
【００１５】
請求項７に記載の発明は、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の構成に加えて、前記トレース調整部でデータ処理されたサンプルデータに付加される付加的情報ファイルのヘッダ情報内のトリミング情報と品質予測情報を変更することにより、前記サンプルデータの読み取り品質予測値を編集するようにしたことを特徴としている。
【００１６】
【発明の実施の形態】
以下、この発明に係る実施の形態について図面に従って説明する。
【００１７】
図１は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバのブロック図である。
【００１８】
図１に示した実施の形態では、ユーザが使用するパーソナルコンピュータ等のクライアント装置１と離れた場所に、生体分子配列情報を保存しているデータベース２を有する逐次処理サーバ３がある場合を示している。
【００１９】
逐次処理サーバ３のデータベース２には、蛍光プライマー法や蛍光ジデオキシ法によりＤＮＡの塩基配列を決定する１個又は複数のＤＮＡシーケンサ（例えば、３７７ＤＮＡシーケンサ（ＡＢＩ社製）、３１０ＤＮＡシーケンサ（ＡＢＩ社製））等から出力されるサンプルファイル（ａｂ１ファイル）をデータベース化したＤＮＡの塩基配列やサンプルファイル（ａｂ１ファイル）を解析した（後述するトレース調整部Ｔによるベースコールの実行）フラグメント解析データ（ｐｈｄファイル）等のサンプルデータが保存されている。
【００２０】
逐次処理サーバ３には、編集サーバ４が接続されており、この編集サーバ４にユーザが使用するクライアント装置１がインターネット５又はイントラネット（図示せず、以下同じ。）等を介して接続できるようになっている。クライアント装置１としては、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）２０００のオペレーションシステムが組み込まれたコンピュータであってｊａｖａアプレット（ＪＤＫ１．１）が動作する、例えば、インターネットエクスプローラ（登録商標）５．５以上のＷｅｂブラウザが使用できるものが好ましいが、これに限られるものではない。
【００２１】
そして、編集サーバ４がユーザのクライアント装置１からの目的とする生体分子配列に関するサンプルデータの出力要求を受信した場合に、編集サーバ４が出力要求のあったサンプルデータのみを逐次処理サーバ３のデータベース２から抽出してクライアント装置１へ送信したり、編集サーバ４がクライアント装置１で編集された編集済みサンプルデータの保存要求を受信した場合に、逐次処理サーバ３のデータベース２へ編集済みサンプルデータを保存するようになっている。
【００２２】
つまり、編集サーバ４には、クライアント装置１とインターネット５又はイントラネット等を介してデータの送受信を行うための接続部となるＷＷＷサーバ６があり、編集サーバ４の逐次処理サーバ３との接続部には逐次処理サーバ３のデータベース２からサンプルデータをダウンロードし、又は編集済みのサンプルデータを逐次処理サーバ３のデータベース２へアップロードするサンプルデータローダ７がある。
【００２３】
また、編集サーバ４は、クライアント装置１が編集サーバ４に接続した時点から所定の期間その使用を可能とするセッション情報Ｓを生成するセッション情報生成部８と、ダウンロード又はアップロードを実行し、ダウンロードしたサンプルデータＤをサンプルデータ部９に保存するサンプルデータダウン・アップロード部１０と、ダウンロードしたサンプルデータＤのベースコール、読み取り品質予測値ＱＶの演算、トリミング処理を行うトレース調整部Ｔに処理を実行させその処理結果を受け取るデータ処理実行部１１とを有している。このデータ処理実行部１１でデータ処理されたベースコール結果、読み取り品質予測値ＱＶ、トリミング情報を含んだｐｈｄデータは、サンプルデータダウン・アップロード部１０へ送られる。
【００２４】
波形データから塩基文字を決定するベースコールはＤＮＡシーケンサでも行われているが、トレース調整部Ｔを使用して再度ベースコールを行うのは、塩基文字の決定の精度を高めるためである。つまり、ＤＮＡシーケンサの使用機器、試薬及び電気泳動条件の違いにより、電気泳動で現れるピーク特性は著しく変わるため、サンプルデータの正確な読み取り品質を確保するためには実際にサンプルデータを読み取るときの環境を代表するようなトレーニング用データセットを用いてキャリブレーションを行う必要がある。そこで、この発明の実施の形態では、後工程のトリミングやアセンブルツールが最良の結果をもたらすように、本来の性質を忠実に表現したピークモデルを採用することにより電気泳動で現れるピークを再度分析し、サンプルデータのベースコールの実行と読み取り品質予測値ＱＶを演算することのできるトレース調整部Ｔを採用している。具体的には、トレース調整部Ｔとして、トレース・チューナ（Ｔｒａｃｅ Ｔｕｎｅｒ（商標）、パラセル社製）というソフトウエアを使用することができる。
【００２５】
その他、編集サーバ４は、常時、逐次処理サーバ３を監視していて、逐次処理サーバ３のデータベース２にＤＮＡシーケンサから新規なサンプルデータが保存される度に、その新規サンプルデータを検出してデータ処理実行部１１へ送る新規データ検出部１２を有している。さらに、編集サーバ４は、トレース調整部Ｔで演算された読み取り品質予測値ＱＶを逐次処理サーバ３のデータベース２に保存させるための品質予測値アップロード部１３を有している。これにより、ユーザは編集サーバ４によって常に読み取り品質予測値ＱＶが付加された最新のサンプルデータを対象に編集作業をすることができる。
【００２６】
ＷＷＷサーバ６には、主に逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードしたサンプルデータＤと、演算された読み取り品質予測値ＱＶをクライアント装置１のディスプレイ１４に表示するために必要な表示データを生成するための情報生成部１５が接続されている。
【００２７】
情報生成部１５は、逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードしたサンプルデータＤ、サンプルデータ部９に作成したサンプルデータ（ａｂ１ファイル）とｐｈｄデータ（ｐｈｄファイル）のＵＲＬ、トレース調整部Ｔで演算された読み取り品質予測値ＱＶを、クライアント装置１のディスプレイ１４に表示するために必要な表示データを生成する表示データ生成部１６の他に、クライアント装置１から受信したトレース調整部Ｔでのデータ処理に必要なコマンドライン中のパラメータの解析を行うパラメータ解析部１７と、セッション情報生成部８にて生成されたセッション情報Ｓを管理するセッション管理部１８と、クライアント装置１からサンプルデータＤに対して行われた編集作業の編集結果を保存する編集結果保存部１９とを有している。
【００２８】
他方、クライアント装置１には、編集サーバ４の情報生成部１５から送信されてくるサンプルデータ、セッション情報、編集結果等の表示データをディスプレイ１４に映し出すインターネットエクスプローラ（登録商標）等のＷｅｂブラウザＢが組み込まれている。
【００２９】
以下、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバ４の使用方法を、クライアント装置１のディスプレイ１４に映し出される各種操作画面と共に説明する。
【００３０】
図２は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバの使用方法を説明した流れ図である。
【００３１】
まず、ユーザはクライアント装置１のディスプレイ１４に映し出されているログオン画面（図示せず）のユーザＩＤ欄とパスワード欄にそれぞれユーザＩＤとパスワードを入力して、ログオンボタンをクリックしてユーザＩＤとパスワードを送信することで編集サーバ４にログオン要求をする（ステップＳ１１）。すると、インターネット５又はイントラネット等を介して編集サーバ４にそのログオン要求信号が送信される。
【００３２】
このログオン要求信号を編集サーバ４が受信すると、編集サーバ４はユーザ認証を行い、セッション情報生成部８にてセッションＩＤを含むセッション情報Ｓを生成すると共に、図３に示したようなサンプルデータ一覧２１を含むサンプルデータ選択画面２２を情報生成部１５で生成し、このサンプルデータ選択画面２２と共にセッションＩＤをクライアント装置１へ送信する（ステップＳ２１）。以後のクライアント装置１と編集サーバ４との送受信は、すべてこのセッションＩＤに基づいて行われる。
【００３３】
編集サーバ４から送信されたサンプルデータ一覧２１を含むサンプルデータ選択画面２２とセッションＩＤはインターネット５又はイントラネット等を介してクライアント装置１へ届けられ、クライアント装置１のディスプレイ１４に表示される。ここで、このセッションＩＤの元になるセッション情報Ｓは編集サーバ４が使用できる有効期限を持っており、有効期限が切れると編集サーバ４の操作ができなくするためのものである。セッション情報Ｓの有効期限は、システム管理者により編集サーバ４側で設定される。
【００３４】
編集サーバ４に常時接続されている逐次処理サーバ３では、プロジェクトというディレクトリとサンプルデータというファイルを階層構造で管理している。したがって、図３に示したようなサンプルデータ選択画面２２では、左側のプロジェクト一覧フレーム２３と右側のサンプルデータ操作フレーム２４が表示され、プロジェクト一覧フレーム２３で選択したプロジェクトの下位にあるプロジェクトがサンプルデータ操作フレーム２４のプロジェクト一覧２５として、また、そのサンプルデータがサンプルデータ操作フレーム２４のサンプルデータ一覧２１に表示されるようになっている。
【００３５】
プロジェクト一覧フレーム２３には、プロジェクト又はサンプルデータのキーワード検索ができるようにキーワードが入力できる検索ボックス２６が設けられている。
【００３６】
サンプルデータ操作フレーム２４の下方にはａｂ１ファイルダウンロードボタン２７、ｐｈｄファイルダウンロードボタン２８、ａｂ１ファイル＋ｐｈｄファイルダウンロードボタン２９及びデータ処理実行ボタン３０が横一列に並んで表示されている。
【００３７】
ここで、ａｂ１ファイルとは逐次処理サーバ３のデータベース２に保存されているサンプルデータのファイル形式をいい、ｐｈｄファイルとはａｂ１ファイルに編集サーバ４のトレース調整部Ｔでデータ処理した際に付加される付加的情報のファイル形式をいう。したがって、逐次処理サーバ３のデータベース２に保存されている未だ編集サーバ４にダウンロードされる前の新規なサンプルデータは、ａｂ１ファイルのみである。このａｂ１ファイルが編集サーバ４にダウンロードされ、トレース調整部Ｔのデータ処理が行われた場合にはサンプルデータにｐｈｄファイルが付加されることになる。そして、このトレース調整部Ｔのデータ処理が行われたサンプルデータはａｂ１ファイルとｐｈｄファイルとが一体となっており、このサンプルデータが逐次処理サーバ３のデータベース２にアップロードされることで、元のサンプルデータ（ａｂ１ファイルのみ）が上書き保存されてａｂ１ファイルとｐｈｄファイルとからなるサンプルデータに修正される。
【００３８】
つまり、逐次処理サーバ３のデータベース２には、未だ編集サーバ４の編集作業が行われていないサンプルデータ（ａｂ１ファイルのみ）と、編集サーバ４により編集作業を行なわれたサンプルデータ（ａｂ１ファイルとｐｈｄファイル）とが共存していると考えればよい。
【００３９】
そこで、ユーザはクライアント装置１のディスプレイ１４に映し出されているサンプルデータ選択画面２２の検索ボックス２６にキーワードを入力しキーワード検索するか、又はサンプルデータ一覧２１を表示させてからその中から必要とするサンプルデータのａｂ１ファイル及び／又はｐｈｄファイルをダウンロードすることとなる。この場合、目的とするサンプルデータの先頭にあるチェックボックス３１にチェックマークを入れてから、ａｂ１ファイルダウンロードボタン２７、ｐｈｄファイルダウンロードボタン２８、ａｂ１ファイル＋ｐｈｄファイルダウンロードボタン２９のいずれかをクリックすることで、それぞれのファイルについて編集サーバ４にダウンロード要求をする（ステップＳ１２）。このとき、クライアント装置１から編集サーバ４へセッションＩＤと特定のサンプルデータＩＤが送信される。
【００４０】
編集サーバ４では、このクライアント装置１からのダウンロード要求を受信すると、受信したセッションＩＤと対応したディレクトリをサンプルデータ部９に生成し、生成したディレクトリにダウンロード要求のあったサンプルデータを逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードして、その結果として、図４に示したようなサンプルデータのＵＲＬ４４の表示されたサンプルデータダウンロード画面４２を表示情報生成部１５で生成し、その生成したサンプルデータダウンロード画面３２をセッションＩＤと共にクライアント装置１に送信し（ステップＳ２２）、クライアント装置１のディスプレイ１４にサンプルデータのＵＲＬ４４が表示されたサンプルデータダウンロード画面４２を表示させる。
【００４１】
ユーザは、クライアント装置１のディスプレイ１４に映し出されたサンプルデータダウンロード画面４２を見て、必要とするサンプルデータのＵＲＬ４４を指示してダウンロード要求することで（ステップＳ１３）、編集サーバ４からクライアント装置１にそのサンプルデータを読み込む。
【００４２】
以上のように、インターネット５又はイントラネット等を介したデータの送受信を行うに当たって、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバ４では、クライアント装置１に組み込まれたＷｅｂブラウザＢからのログオン要求毎にセッションＩＤを生成することとし、その後のデータの送受信をすべてこのセッションＩＤで管理するようにしている。勿論、セッションＩＤを生成するときは、同一の既存の有効なセッションＩＤがないことを確認してから、セッションＩＤを生成するようにしている。
【００４３】
つまり、セッションＩＤのついたディレクトリを編集サーバ４のサンプルデータ部９に作成して、サンプルデータとサンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶとをこのディレクトリに置いて公開するようにしている。また、セッションＩＤはダウンロード要求を行ったユーザのみが知っていることとなり、セッションＩＤ自体、ランダムな２４文字の英数字で構成され、他人が推測できないようになっている。したがって、ダウンロード要求を行ったユーザのみがサンプルデータ、サンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶをダウンロードできるといった安全性が保たれる。
【００４４】
なお、同一のクライアント装置１で複数のＷｅｂブラウザＢを起動して、それぞれがログオン要求を行った場合には、それぞれ別個のＷｅｂブラウザＢにそれぞれ異なったセッションＩＤを生成するようにしている。
【００４５】
サンプルデータ一覧表２１の各サンプルデータの先頭にはチェックボックス３１が配置されており、複数のサンプルデータに対する処理を行う場合には、目的とするサンプルデータの先頭のチェックボックス３１をクリックしてチェックを入れて指定し、その後ａｂ１ファイルダウンロードボタン２７、ｐｈｄファイルダウンロードボタン２８、ａｂ１ファイル＋ｐｈｄファイルダウンロードボタン２９及びデータ処理実行ボタン３０のいずれかのボタンをクリックすることで目的とする複数ファイルの一括した処理が実行される。
【００４６】
次に、逐次処理サーバ３のデータベース２からａｂ１ファイル又はｐｈｄファイルをダウンロードする手順を説明する。
【００４７】
まず、図３に示したサンプルデータ選択画面２２で、プロジェクト一覧フレーム２３でダウンロードを行うサンプルデータのあるプロジェクトを選択し、選択されたプロジェクトに含まれるサンプルデータ一覧表２１のうちの特定のサンプルデータのａｂ１アンカー３２又はｐｈｄアンカー３３をクリックすると、対象ファイルのＵＲＬが表示されるので、そのＵＲＬを指定して対象ファイルを逐次処理サーバ３のデータベース２よりダウンロードして編集サーバ４に保存を指示します。
【００４８】
次に、逐次処理サーバ３のデータベース２のサンプルデータに対するトレース調整部Ｔによるデータ処理を行う手順について説明する。
【００４９】
まず、図３に示したサンプルデータ選択画面２２で、プロジェクト一覧フレーム２３でダウンロードを行うサンプルデータのあるプロジェクトを選択し、選択されたプロジェクトに含まれるサンプルデータ一覧表２１のうちからデータ処理を実行するサンプルデータのデータ処理アンカー３４をクリックすると、パラメータ設定画面（図示せず）が表示されるので、この画面上で目的とするパラメータを設定し実行ボタンをクリックすると、図５に示したような実行結果ファイルのＵＲＬ５０が表示される。そこで、ユーザはＷｅｂブラウザの機能を使用して表示されたＵＲＬ５０に対して対象ファイルの保存を選択することで、この表示されたＵＲＬ５０から逐次処理サーバ３のデータベース２のサンプルデータに対してトレース調整部Ｔによるデータ処理が実行された対象ファイル（処理結果）のダウンロードをすることができる。この場合、トレース調整部Ｔによるデータ処理結果は、サンプルデータダウン・アップロード部１０により、同時に逐次処理サーバ３のデータベース２にアップロードされるようになっている。
【００５０】
なお、パラメータはサンプルデータ毎に指定しても又は複数のサンプルデータのパラメータを１つのグループ（これを、パラメータセットという。）として一度に指定することもできる。当然に、パラメータセットを指定してデータ処理を実行すれば、ユーザが毎回、１つ１つパラメータの確認及び入力作業を行う手間が省けるので都合がよい。
【００５１】
次に、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバを使用した編集作業について説明する。
【００５２】
図６は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバの編集画面である。図７は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバによる編集作業の手順を示した流れ図である。
【００５３】
編集画面３５の最上部にはコントロールパネル３６が表示されており、このコントロールパネル３６には、必要とする画面を選択することのできる画面切り替えコンボボックス３７と、セットオプションボタン３８と、アップデートボタン３９とが配置されている。
【００５４】
画面切り替えコンボボックス３７に表示される表示内容を選択することにより、波形データ、読み取り品質予測値ＱＶを表示する波形データ画面と、ａｂ１ファイルに格納されている情報を一覧形式で表示する注釈画面と、読み取り品質予測値ＱＶのヒストグラムの先端部を結んだ折れ線グラフを表示する品質予測値ヒストグラム画面と、編集している塩基をｆａｓｔａ形式で表示するシーケンス画面のうちから、必要とする画面を選択することができるようになっている。
【００５５】
編集サーバ４へのログオン操作から編集サーバ４に対して編集要求をする直前までの操作は、サンプルデータのダウンロード操作で説明した内容（ステップＳ１１→ステップＳ２１→ステップＳ２１→ステップＳ１２）と同じである。
【００５６】
サンプルデータのダウンロードの場合には、その後、編集サーバ４に対してダウンロード要求を行うが、編集作業の場合には、編集サーバ４に対して編集要求を行うことになる。
【００５７】
つまり、図３に示したサンプルデータ選択画面２２で、プロジェクト一覧フレーム２３でダウンロードを行うサンプルデータのあるプロジェクトを選択し、選択されたプロジェクトに含まれるサンプルデータ一覧表２１のうちから編集対象とするサンプルデータの編集アンカー４０をクリックして編集サーバ４に編集要求を行う。ここで、編集要求を行うには、サンプルデータがトレース調整部Ｔによるデータ処理が行われたｐｈｄファイルが付与されていることが条件となる。
【００５８】
編集サーバ４では、このクライアント装置１からの編集要求を受信すると、受信したセッションＩＤと対応したディレクトリをサンプルデータ部９に生成し、生成したディレクトリにサンプルデータを逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードして、その結果として、図６に示したような編集画面３５を情報生成部１５で生成し、その生成した編集画面３５をセッションＩＤと共にクライアント装置１に送信し（ステップＳ２３）、クライアント装置１のディスプレイ１４に編集画面３５を表示させる。
【００５９】
そこで、ユーザのクライアント装置１のディスプレイ１４には、図６のような編集画面３５が表示されるので、コントロールパネル３６を塩基変更パネルに切り替えて、塩基配列Ｈ上の具体的に編集を行う塩基４１を選択して、その塩基４１に対して追加、変更、削除のいずれかの操作を指定し編集作業を完了する（ステップＳ１４）。このとき、指定した塩基４１の読み取り品質予測値ＱＶの棒グラフを見ることで基準値Ｋと編集対象としている塩基４１の読み取り品質予測値ＱＶとの相違の程度を感覚的に把握できるだけでなく、編集対象としている塩基４１の下にその塩基４１の塩基の種類、読み取り品質予測値ＱＶ、塩基の位置等の値が表示されるようになっているので、塩基情報に関する具体的な数値を知ることができる。
【００６０】
その後、アップデートボタン３９をクリックして編集結果の保存要求を指示すると、セッションＩＤと編集結果のｐｈｄファイルが編集サーバ４に送信される。
【００６１】
編集サーバ４では、クライアント装置１から受信したセッションＩＤと編集結果のｐｈｄファイルに基づいてＣＧＩパラメータの解析が実行され、編集結果のｐｈｄファイルをサンプルデータ部９に保存すると共に逐次処理サーバ３のデータベース２にアップロードし、当初のサンプルデータのｐｈｄファイルを上書き保存する（ステップＳ２４）。その後、クライアント装置１に対しては、編集結果の保存処理終了コードを送信することで、ユーザに保存処理終了を通知する。
【００６２】
図８は、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバにおける読み取り品質予測値ＱＶのヒストグラムの先端部を結んだ折れ線グラフを表示する品質予測値ヒストグラム画面である。
【００６３】
品質予測値ヒストグラム画面４３に示された折れ線グラフ４５ａは編集前のサンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶを示し、折れ線グラフ４５ｂはトリミングした編集後のサンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶを示している。この折れ線グラフの形から、サンプルデータの品質、傾向を推測することが可能となる。また、トリミング前とトリミング後の折れ線グラフを同時に表示することにより、トリミングの効果を確認することができる。
【００６４】
次に、読み取り品質予測値ＱＶの変更作業について説明する。
【００６５】
図９は、読み取り品質予測値ＱＶの変更作業の手順を示した流れ図である。図１０は、ｐｈｄファイルのデータフォーマット例を示したリストである。
【００６６】
サンプルデータの品質予測データ（アルファベットと数字とからなる配列）として、最初に、逐次処理サーバ３のデータベース２からダウンロードしたサンプルデータのｐｈｄファイルのヘッダ情報Ｈ、読み取り品質予測情報Ｙ、フッタ情報Ｆをクライアント装置１のメモリに格納する（ステップＳ３１）。次に、格納したメモリ上にあるｐｈｄファイルの品質予測情報Ｙとヘッダ情報Ｈにあるトリミング情報Ｍを変更する（ステップＳ３２）。次に、格納したメモリ上にある変更されたｐｈｄファイルの読み取り品質予測情報Ｙとヘッダ情報Ｈ及び変更のないフッタ情報Ｆとから新たなｐｈｄファイルを作成する（ステップＳ３３）。この新たに作成されたｐｈｄファイルを編集サーバ４のサンプルデータ部９にアップロードすることにより（ステップＳ３４）、元のサンプルデータのｐｈｄファイルが上書き保存される。
【００６７】
塩基配列の編集作業は、図６に示した波形データＷや読み取り品質予測値ＱＶの棒グラフＫを見ながら行われ、その場合の塩基の変更の都度、クライアント装置１のメモリ上にあるｐｈｄファイルの品質予測情報Ｙとヘッダ情報Ｈにあるトリミング情報Ｍが変更される。
【００６８】
以上に記載したとおり、この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバ４によれば、クライアント装置１に組み込まれたＷｅｂブラウザＢからのログオン要求毎にセッションＩＤを生成することとし、その後のデータの送受信をすべてこのセッションＩＤで管理するようにしたことで、ダウンロード要求を行ったユーザのみがサンプルデータと、サンプルデータの読み取り品質予測値ＱＶをダウンロード又はアップロードができるといった安全性が保たれるため、インターネット５又はイントラネット等上でサンプルデータが他に流出するようなことのない堅固な安全性を実現することができるようになった。
【００６９】
そのため、インターネット５又はイントラネット等上での安全なサンプルデータの取り扱いが可能となり、ＷｅｂブラウザＢ上でサンプルデータの編集作業を行えるようになり、生体分子配列情報の編集作業の容易性と迅速性が向上された。
【００７０】
【発明の効果】
以上説明したように、請求項１に記載の発明によれば、情報生成部にはＷＷＷサーバが接続されており、かつ外部のクライアント装置からアクセスがあった場合に、該クライアント装置に組み込まれているＷｅｂブラウザによるログオン要求毎に特定のセッションＩＤを生成し、該セッションＩＤに基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部を有するので、ダウンロード要求を行ったユーザの使用する特定のＷｅｂブラウザのみがサンプルデータと、サンプルデータの読み取り品質予測値をダウンロード又はアップロードができるといった安全性が保たれるため、インターネット又はイントラネット等上でサンプルデータが他に流出するようなことのない堅固な安全性を実現することができるようになった。
【００７１】
請求項２に記載の発明によれば、編集サーバには逐次処理サーバのデータベースからダウンロードしたサンプルデータを保存するサンプルデータ部を有し、該サンプルデータ部にはセッションＩＤと対応する特定のディレクトリを作成し、その後のクライアント装置からの要求によるサンプルデータに関するデータ処理の結果はこの特定のディレクトリに保存されるようにしたので、編集サーバが生成したセッションＩＤ毎に別個のディレクトリによってデータが管理されることとなるため、請求項１の効果に加えて、一層データの安全性が確保できる。
【００７２】
請求項３に記載の発明によれば、サンプルデータローダには、クライアント装置からの要求によりサンプルデータのダウンロードとアップロードの制御を行うサンプルデータダウン・アップロード部が接続されており、該サンプルデータダウン・アップロード部にはサンプルデータの読み取り品質予測値を演算するトレース調整部を制御するデータ処理実行部が接続されており、該データ処理実行部はトレース調整部で演算された読み取り品質予測値とダウンロードしたサンプルデータとを表示情報生成部へ送出するので、請求項１又は２の効果に加えて、クライアント装置のＷｅｂブラウザ上でサンプルデータの読み取り品質予測値を確認しながら編集作業をすることができる。
【００７３】
請求項４に記載の発明によれば、データ処理実行部には逐次処理サーバのデータベースを常時監視する新規データ検出部が接続されており、該新規データ検出部は逐次処理サーバのデータベースに新たに保存された新規サンプルデータを検出した結果をデータ処理実行部に送出し、新規サンプルデータに対してトレース調整部の演算処理を実行するようにしたので、請求項１乃至３のいずれか１つに記載の効果に加えて、最新のサンプルデータのダウンロードとサンプルデータへの読み取り品質予測値の付与及び読み取り品質予測値が付与されたサンプルデータのアップロードを自動で処理するようになっているため、編集作業を行うユーザの負担が大幅に軽減される。
【００７４】
請求項５に記載の発明によれば、特定のサンプルデータについて生体分子配列の各塩基の読み取り品質予測値をクライアント装置のＷｅｂブラウザ上に棒グラフで表示し、該棒グラフで表示された特定の塩基を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、その塩基の種別、読み取り品質予測値、塩基の位置を特定の塩基の部分に表示するようにしたので、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の効果に加えて、編集対象の塩基の読み取り品質予測値の基準値との差異が直感的に把握できると共に、その数値的な塩基情報の確認もできるから、サンプルデータの読み取り品質予測値の付加や変更が容易に行えるようになった。
【００７５】
請求項６に記載の発明によれば、特定のサンプルデータについて生体分子配列のすべての塩基の読み取り品質予測値を集計し、該特定のサンプルデータの読み取り品質予測値の分布がわかる折れ線グラフを前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に表示すると共に、該折れ線グラフ上の特定の箇所をクライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、該特定の箇所に該当する塩基の読み取り品質予測値と塩基の位置を表示するようにしたので、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の効果に加えて、折れ線グラフの形から、サンプルデータの品質、傾向を推測することが可能となり、トリミング前とトリミング後の折れ線グラフを同時に表示することにより、トリミングの効果を確認することができる。
【００７６】
請求項７に記載の発明によれば、トレース調整部でデータ処理されたサンプルデータに付加される付加的情報ファイルのヘッダ情報内のトリミング情報を変更することにより、サンプルデータの読み取り品質予測値を編集するようにしたので、請求項１乃至４のいずれか１つに記載の効果に加えて、サンプルデータの読み取り品質予測値の付加や変更が容易に行えるようになった。
【図面の簡単な説明】
【図１】この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバのブロック図である。
【図２】この発明の実施の形態に係る生体分子配列情報の編集サーバの使用方法を説明した流れ図である。
【図３】同生体分子配列情報の編集サーバのサンプルデータ選択画面である。
【図４】同生体分子配列情報の編集サーバのサンプルデータダウンロード画面である。
【図５】同生体分子配列情報の編集サーバの実行結果画面である。
【図６】同生体分子配列情報の編集サーバの編集画面である。
【図７】同生体分子配列情報の編集サーバによる編集作業の手順を示した流れ図である。
【図８】同生体分子配列情報の編集サーバにおける読み取り品質予測値のヒストグラムの先端部を結んだ折れ線グラフを表示する品質予測値ヒストグラム画面である。
【図９】読み取り品質予測値の変更作業の手順を示した流れ図である。
【図１０】サンプルデータに付加される付加的情報ファイルのデータフォーマット例を示したリストである。
【符号の説明】
１ クライアント装置
２ データベース
３ 逐次処理サーバ
４ 編集サーバ
５ インターネット
６ ＷＷＷサーバ
７ サンプルデータローダ
８ セッション情報生成部
９ サンプルデータ部
１０ サンプルデータダウン・アップロード部
１１ データ処理実行部
１２ 新規データ検出部
１３ 品質予測値アップロード部
１４ ディスプレイ
１５ 情報生成部
１８ セッション情報管理部
１９ 編集結果保存部
Ｄ サンプルデータ
Ｓ セッション情報
Ｔ トレース調整部
ＱＶ 読み取り品質予測値
Claims (7)
- 核酸配列やタンパク質アミノ酸配列等の生体分子配列のサンプルデータが多数蓄積されているデータベースを有する逐次処理サーバに接続され、前記データベースに保存されているサンプルデータから所望のサンプルデータをダウンロードし、かつ該ダウンロードしたサンプルデータを編集した編集済みサンプルデータを前記データベースに保存するサンプルデータローダと、前記ダウンロードしたサンプルデータとその編集結果とをディスプレイに表示できる表示データを生成する情報生成部とを有する編集サーバであって、 前記情報生成部にはＷＷＷサーバが接続されており、かつ外部のクライアント装置からアクセスがあった場合に、該クライアント装置に組み込まれているＷｅｂブラウザによるログオン要求毎に特定のセッションＩＤを生成し、該セッションＩＤに基づいてその後のデータの送受信を実行するセッション管理部を有することを特徴とする生体分子配列情報の編集サーバ。
- 前記編集サーバには前記データベースからダウンロードしたサンプルデータを保存するサンプルデータ部を有し、該サンプルデータ部には前記セッションＩＤと対応する特定のディレクトリを作成し、その後の前記クライアント装置からの要求によるサンプルデータに関するデータ処理の結果は前記特定のディレクトリに保存されるようにしたことを特徴とする請求項１に記載の生体分子配列情報の編集サーバ。
- 前記サンプルデータローダには、前記クライアント装置からの要求によりサンプルデータのダウンロードとアップロードの制御を行うサンプルデータダウン・アップロード部が接続されており、該サンプルデータダウン・アップロード部には前記サンプルデータの読み取り品質予測値を演算するトレース調整部を制御するデータ処理実行部が接続されており、該データ処理実行部は前記トレース調整部で演算された読み取り品質予測値と前記ダウンロードしたサンプルデータとを前記表示情報生成部へ送出することを特徴とする請求項１又は２に記載の生体分子配列情報の編集サーバ。
- 前記データ処理実行部には前記逐次処理サーバのデータベースを常時監視する新規データ検出部が接続されており、該新規データ検出部は前記逐次処理サーバのデータベースに新たに保存された新規サンプルデータを検出した結果を前記データ処理実行部に送出し、前記新規サンプルデータに対して前記トレース調整部の演算処理を実行するようにしたことを特徴とする請求項１乃至３のいずれか１つに記載の生体分子配列情報の編集サーバ。
- 特定のサンプルデータについて生体分子配列の各塩基の読み取り品質予測値を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に棒グラフで表示し、該棒グラフで表示された特定の塩基を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、その塩基の種別、読み取り品質予測値、塩基の位置を前記特定の塩基の部分に表示するようにしたことを特徴とする請求項１乃至４のいずれか１つに記載の生体分子配列情報の編集サーバ。
- 特定のサンプルデータについて生体分子配列のすべての塩基の読み取り品質予測値を集計し、該特定のサンプルデータの読み取り品質予測値の分布がわかる折れ線グラフを前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上に表示すると共に、該折れ線グラフ上の特定の箇所を前記クライアント装置のＷｅｂブラウザ上で指定した場合に、該特定の箇所に該当する塩基の読み取り品質予測値と塩基の位置を表示するようにしたことを特徴とする請求項１乃至４のいずれか１つに記載の生体分子配列情報の編集サーバ。
- 前記トレース調整部でデータ処理されたサンプルデータに付加される付加的情報ファイルのヘッダ情報内のトリミング情報と品質予測情報を変更することにより、前記サンプルデータの読み取り品質予測値を編集するようにしたことを特徴とする請求項１乃至４のいずれか１つに記載の生体分子配列情報の編集サーバ。
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|---|---|---|---|---|
| JP2015515042A (ja) * | 2012-02-28 | 2015-05-21 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェ | コンパクトな次世代シーケンシングデータセット及び該データセットを使用した効率的な配列の処理 |
-
2002
- 2002-07-23 JP JP2002214124A patent/JP2004054775A/ja active Pending
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